Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402333.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5413.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2300
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Warning! 35 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:720 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1349 Score: 1429
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 171
* * * * * *
1 AATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAGTGAAAGCATTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCT
* * * *
66 TCATGTTTATCGAA-GTAGACATTCAATTATATTTTGTTTTAACT-GAAAATATAAAAAATTCAA
66 TCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATATAAAAAATTCAA
* * *
129 CTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGGGAGT
130 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGT
* * **
171 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCATTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCT
** * * * *
236 TCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAATAAAATAGAAACAATTGAA
66 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA-AAAATATAAAAAATTCAA
* * * *
301 CCTAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAAATCATTTAATGCGAGT
130 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGT
* * *
343 AATAAGAG-TTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGCTTTTTTC
1 AATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTC
* * *
407 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTG-TTTAACT-AAAAATGTAAAACAATTCA
65 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATATAAAA-AATTCA
* * *
470 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT
129 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGT
* *** * * *
513 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGAACACTATAAATAGACTTTTCATGTCAATGAATGCTTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCT
* ** * * *
578 TTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCGATTATAATATGTTTTAA-TAAAAAATATTAAAAAATTTAA
66 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATA-TAAAAAATTCAA
* * * *
642 CTTAAAATTAGTTATAAGAATATAAAAATATTTAAAGTGAGT
130 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
684 AATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTACAAATAGAGTTTTCTTGTCAATGAATG-TCCTTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTC
* * * * * *
748 TTCACGTATCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAA--AAAAAATTGTAAAAATGTTC
65 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAA-TATAAAAA-ATTC
* ** * *
811 AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGACCATCTAAAGAGAGT
128 AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGT
* *
855 AATAA-GATTCTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTC
1 AATAAGGCTT-TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTC
* * * ** * * *
919 TTCATGTTTCACATGGTAGACATTCAGTTATTGTCTGGTTTAAC-AAAAAATGTAAAAATAATCA
65 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATATAAAAA-ATTCA
* * *
983 ACTTAAAATCAATTATTAGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGC
129 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGT
* * ** *
1026 AATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAGTGAATG-TCTTTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTC
* * * * * * *
1090 TTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTGTTATCTATTTTAA-TGAAAAATATAAAGAAATTGA
65 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATATAAA-AAATTCA
* * *
1154 ACATAAACTTAATTTTGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGT
129 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGT
* * * * * *
1197 AATAAGGCCTTTGAAGAAATGGGTGTCTATAAATGGACTTTT-TGTGCCAGTGAAAGCCTTTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCTTTTTTC
* * * * *
1261 TTCATGTTTATCGAGGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAATTTAA
65 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATATAAAAAATTCAA
*
1325 CTTAAAATAAATTATGAGATTATAA
130 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
1350 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 982, Mismatches: 171, Indels: 51
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.01
170 263 0.27
171 558 0.57
172 149 0.15
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCT
TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATATAAAAAATTCAAC
TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGT
Found at i:804 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1--2296 Score: 1533
Period size: 342 Copynumber: 6.5 Consensus size: 341
* * * ** * *
1 AATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAGTGAAAG-CATTTTTC
1 AATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTC-TTTTTC
* * * * ** *
65 TTCATGTTTATCGAA-GTAGACATTCAATTA-TATTTTGTTTTAACTGAAAATATAAAAAATTCA
65 TTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCA
* * *
128 ACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
128 ACTTAAAATTAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
* * ** *
192 GGTA-ACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCATTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGAC
192 GG-AGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGAC
* * * * * *
256 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAATAAAATAGAAACAATTGAACCTAAAATCAATTTTGAGAT
256 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGAT
*
321 TATAAAATCATTTAATGCGAGT
320 TATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* * *
343 AATAAGAGTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATG-CTTTTTTC
1 AATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTC-TTTTTC
* *
407 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-TAGT-T-TGTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTC
65 TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTA-TCTAT-TTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTC
* *
469 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
127 AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
* * * * * * * *
534 GAACACTATAAATAGACTTTTCATGTCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACA
192 GGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
* * * * * *
599 TTCGATTATAATATGTTTTAA-TAAAAAATATTAAAAAATTTAACTTAAAATTAGTTATAAGAAT
257 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAATA-TAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATT
*
663 ATAAAAAT-ATTTAAAGTGAGT
321 AT-AAAATCATTTAAAGCGAGT
* * * * *
684 AATAACG-CTTTTGAAGGAATGGGTGATTACAAATAGAGTTTTCTTGTCAATGAATGTCCTTTTC
1 AATAA-GACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTC
* *
748 TTCACGTATCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAA-AAAAAATTGTAAAAATGTTCA
65 TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAA-TGTAAAAA-ATTCA
* * * * *
812 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGACCATCTAAAGAGAGTAATAA-GATTCTTGAAGGAATG
128 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT-TTGAAAGAATG
* * *
876 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCAC-ATGGTAGAC
192 GGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTAGAC
* ** * * * * *
940 ATTCAGTTATTGTCTGGTTTAA-CAAAAAATGTAAAAATAATCAACTTAAAATCAATTATTAGAT
256 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAATATAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATAAGAT
*
1004 TATAAAATCATTTAAAGCGAGC
320 TATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* * * *
1026 AATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAGTGAATGTCTTTTTCT
1 AATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCT
* * ** * *
1091 TCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTGTTATCTATTTTAATGAAAAATATAAAGAAATTGAAC
66 TCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAA-AAATTCAAC
* * * * *
1156 ATAAACTTAATTTTGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTG-AAGAAATGG
130 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGG
* * * * * *
1219 GTGTCTATAAATGGACTTTT-TGTGCCAGTGAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTATCGAGGTAGATA
193 GAGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
* * * *
1283 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTA
257 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
************** *
1347 TAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCT
322 TAA---------------------AATCATTTAAAGCGA-GT
* * ** *** * * * *** * *
1389 AA-AATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGG-GTTTTGAAG-GAATGGG
1 AATAA-GACTTTT--GA--A-GGAAT-GGGT-GA-CTA-TAA-ATGGACTTTTCTTGTCAAT-GA
* * *** ** * * ** *** * * *
1451 A-GACTATAAATGAACTTTTTTTATCAATGAGT-GATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACA
54 ATGTCTTTTTCTTCAC---GTTTCTCAA-G-GTAGACATTCAATT-AT-TATCT--A-TTTTA-A
** ** ** * *
1514 TTCAATTATAGTCTGTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAA
108 --CAA--A-A-AATG--TAAAAAATT-------------CAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
* *
1579 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTGTTT-TT
152 AAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACT-TTTCTT
* * * * * *
1643 GCCAATGAATGCTTTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAA-CT
216 GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * * * *
1707 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
281 AAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* * * * *
1769 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTACAAATGGAGTTTTTTTGTCAATGAATGTCTTTTTCT
1 AATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCT
* * * * * *
1834 TCACGTATCTCGAGGTAGACATTCCATTATTGTCTGTTTTAA-AGAAAATTGTAAAAATATTCAA
66 TCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACA-AAAAATGTAAAAA-ATTCAA
* * * * * * * *
1898 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATCTAAAGCGTGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGG
129 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGG
* * * * *
1963 TGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCGTTTTTCTTCACGTTTCAC-ATGGTAGACAT
194 AGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTAGACAT
* * ** * * * * *
2027 TTAGTTATTGTCTGTTTTAACGAAAAACGTA-AAAATAA-TCAACTTAGAATCAATTATTAGATT
258 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-ATATAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATT
* *
2090 ACAGAATCATTTAAAGCGAGT
321 ATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* * * *
2111 AATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAGTGAATGTCTTTTTCT
1 AATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCT
* * * * *
2176 TCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAGAAATTGAAC
66 TCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAA-AAATTCAAC
* * * * * *
2241 CTAAACTCAATT-TTAGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
130 TTAAAATTAATTATGA-GATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
2297 GAAA
Statistics
Matches: 1522, Mismatches: 321, Indels: 222
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
340 7 0.00
341 204 0.13
342 963 0.63
343 20 0.01
344 1 0.00
354 4 0.00
355 1 0.00
356 2 0.00
357 1 0.00
358 1 0.00
359 1 0.00
360 1 0.00
362 4 0.00
363 9 0.01
365 2 0.00
366 4 0.00
367 5 0.00
368 11 0.01
369 6 0.00
370 4 0.00
371 22 0.01
372 21 0.01
373 4 0.00
374 8 0.01
375 9 0.01
376 4 0.00
377 4 0.00
378 2 0.00
379 1 0.00
380 10 0.01
381 4 0.00
383 1 0.00
385 1 0.00
386 1 0.00
387 1 0.00
388 2 0.00
389 3 0.00
401 132 0.09
402 41 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCT
TCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACT
TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAG
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAA
ATCATTTAAAGCGAGT
Found at i:993 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 1--2297 Score: 2242
Period size: 513 Copynumber: 4.4 Consensus size: 511
* * * *
1 AATAAGGCTTTTG-AAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAGTGAAAGCATTTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAGTGAATGCTTTTTTC
* * * *
65 TTCATGTTTATCGAA-GTAGACATTCAATTATATTTTGTTTTAACTGAAAATATAAAAAATTCAA
65 TTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAATTCAA
*
129 CTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
128 CTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * *
194 TAACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCATTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATT
193 TGATTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCATTTTCTTCACGTATCTCAAGGTAGACATT
* * * * *
259 CAATTATAATCTGTTTTAACCAATAAAATAG-AAACAA-TTGAACCTAAAATCAATTTTGAGATT
258 CAATTATTATCTGTTTTAA-CAA-AAAATTGTAAA-AATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
322 ATAAAATCATTTAATGCGAGTAATAAGAGTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTTT
320 ATAAGACCATCTAAAGAGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
387 TGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT-TTGTTTAACT
385 TGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGGTTTAACT
* *
451 AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGT
450 AAAAATGTAAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGT
*** * * * *
513 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGAACACTATAAATAGACTTTTCATGTCAATGAATGCTTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAGTGAATGCTTTTTTCT
* ** * *
578 TTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCGATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATTAAAAAATTTAAC
66 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAATA-TAAAAAATTCAAC
* * * * *
643 TTAAAATTAGTTATAAGAATATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGT
129 TTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * *
708 GATTACAAATAGAGTTTTCTTGTCAATGAATGTCC-TTTTCTTCACGTATCTCAAGGTAGACATT
194 GATTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CCATTTTCTTCACGTATCTCAAGGTAGACATT
* *
772 CAATTATTATCTATTTTAA-AAAAAATTGTAAAAATGTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
258 CAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATTGTAAAAAT-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
836 AAGACCATCTAAAGAGAGTAATAAGATTCTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
322 AAGACCATCTAAAGAGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * *
901 CCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCACATGGTAGACATTCAGTTATTGTCTGGTTTAACAAA
387 CCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGGTTTAACTAA
* *
966 AAATGTAAAA-ATAATCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGC
452 AAATGTAAAACA-AATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
*
1026 AATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAGTGAATG-TCTTTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAGTGAATGCT-TTTTTC
* * * * * * *
1090 TTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTGTTATCTATTTTAATGAAAAATATAAAGAAATTGAA
65 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAATATAAA-AAATTCAA
* * * * * * *
1155 CATAAACTTAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGAAATGGG
128 CTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * * * *
1220 TG-TCTATAAATGGACTTTT-TGTGCCAGTGAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTATCGAGGTAGATA
193 TGAT-TACAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCATTTTCTTCACGTATCTCAAGGTAGACA
* * *
1283 TTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTT-AACTTAAAATAAATTATGAGAT
256 TTCAATTATTA-TCTGTTTTAACAAAAAAT-TGTAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
**** * *
1345 TATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCTAAAATCAATTTTGAGATTATA
319 TATAA-------------------------------GACCATCT-A----AA----GAGA--GT-
* * **
1410 AAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGAACTTTTTTTAT
341 --A--A--T--A---AG--AT-----TTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * *
1475 CAATGAGTG-ATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACATTCAATTATAGTCT-GTTTAACTAA
388 CAATGAATGCA-TTTTTCTTCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGGTTTAACTAA
* * * *
1538 AAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGT
452 AAATGTAAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* ** *
1598 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTGTTT-TTGCCAATGAATGCTTTTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTATCAGTGAATGCTTTTTTC
* * *
1662 CTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
65 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAATAT-AAAAAATTCAA
* * * *
1727 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
128 CTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * *
1792 TGATTACAAATGGAGTTTTTTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTATCTCGAGGTAGACATT
193 TGATTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCATTTTCTTCACGTATCTCAAGGTAGACATT
* * *
1857 CCATTATTGTCTGTTTTAA-AGAAAATTGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
258 CAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATTGTAAAAAT-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
1921 AAGACCATCTAAAGCGTGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTG
322 AAGACCATCTAAAGAGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * * *
1986 CCAATGAATGCGTTTTTCTTCACGTTTCACATGGTAGACATTTAGTTATTGTCTGTTTTAACGAA
387 CCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGGTTTAACTAA
* * * * *
2051 AAACGTAAAA-ATAATCAACTTAGAATCAATTATTAGATTACAGAATCATTTAAAGCGAGT
452 AAATGTAAAACA-AATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
*
2111 AATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAGTGAATG-TCTTTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAGTGAATGCT-TTTTTC
* * * * *
2175 TTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAGAAATTGAA
65 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAATATAAA-AAATTCAA
* * * * * *
2240 CCTAAACTCAATTTTAGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
128 CTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
2298 AAA
Statistics
Matches: 1462, Mismatches: 225, Indels: 195
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
510 8 0.01
511 7 0.00
512 337 0.23
513 642 0.44
514 15 0.01
515 1 0.00
517 1 0.00
519 2 0.00
522 1 0.00
524 1 0.00
526 1 0.00
528 1 0.00
531 1 0.00
533 2 0.00
537 2 0.00
541 1 0.00
542 3 0.00
543 3 0.00
544 1 0.00
548 2 0.00
552 4 0.00
554 1 0.00
557 1 0.00
559 1 0.00
561 1 0.00
563 1 0.00
566 2 0.00
568 2 0.00
570 1 0.00
571 11 0.01
572 289 0.20
573 116 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (511 bp):
AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAGTGAATGCTTTTTTCT
TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAATATAAAAAATTCAACTT
AAAATTAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
TTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCATTTTCTTCACGTATCTCAAGGTAGACATTCAA
TTATTATCTGTTTTAACAAAAAATTGTAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGA
CCATCTAAAGAGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
TGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGGTTTAACTAAAAAT
GTAAAACAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
Found at i:1774 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1388--2297 Score: 1124
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 169
1378 NNNNNNNACC
* * * * *
1388 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGGGAG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * *
1453 ACTATAAATGAACTTTTTTTATCAATGAGTGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTATACATTCA
66 ACTATAAATGGAC-TTTTTTGTCAATGAATG-TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* *
1518 ATTATAGTCTG-TTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACT
129 ATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * *
1558 TAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * *
1623 ACTATAAATGGACTGTTTTTGCCAATGAATGCTTTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
66 ACTATAAATGGACT-TTTTTGTCAATGAATG-TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* *
1688 ATTATAGTATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
129 ATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
*
1729 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * *
1794 ATTACAAATGGAGTTTTTTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTATCTCGAGGTAGACATTCC
66 ACTATAAATGGA-CTTTTTTGTCAATGAATGT-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * * *
1859 ATTATTGTCTGTTTTAAAGAAAATTGTAAAAATATTCAACT
129 ATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * *
1900 TAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATCTAAAGCGTGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * *
1965 ACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCGTTTTTCTTCACGTTTCACATGGTAGACATTTA
66 ACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGAATG-TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * *
2030 GTTATTGTCTGTTTTAACGAAAAACGTAAAAATAA-TCAACT
129 ATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAA-AATTCAACT
* * * * * * *
2071 TAGAATCAATTATTAGATTACAGAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * *
2136 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAGTGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGAATGT-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * * * * *
2201 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAGAAATTGAACC
129 ATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* *
2242 TAAACTCAATT-TTAGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 TAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
2298 AAA
Statistics
Matches: 638, Mismatches: 92, Indels: 19
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 134 0.21
171 501 0.79
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
ACTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGAATGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
TATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
Done.