Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402334.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5415.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6451
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.11, T:0.33
Warning! 796 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1426 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1129--5183 Score: 3393
Period size: 171 Copynumber: 23.8 Consensus size: 171
1119 TGTTTTGTAA
* * * * * * * *
1129 ATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGGCAATCG
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
*** * *
1194 TTGATGAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
66 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * *
1259 TTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
131 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
1300 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCTTAAGAAACATGAAGAGCAAA-GCATAC
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA-AAAAGGCATTC
* * * **
1364 ATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATA
65 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * ** *
1429 GTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTACAATTTGTTTAC
130 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * *
1471 ATTTTTTGTTAGAATAGATTATAAATGAATGTCTGCCTTGAGATAA-ATGAAGAGAAAGGTATTC
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGA-AACATGAAGAAAAAGGCATTC
* * * * *
1535 ATTGGCAAGTAGAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATT
65 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * *
1600 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTAAATGTTTTGAC
130 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* ** * ** * **
1642 ATTTTTCA-TT-AAACTAAATTATAATTGAATG-CTTGCTTCAGGAAATGTGTAGAAAAACCCAT
1 ATTTTT-AGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
* * * * * * * *
1704 TTATTTGG-AATAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCGTATTACTCGCTTTAA
63 TCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* *
1768 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAGTTTTTTAC
127 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * *
1813 ATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAATACGGAGAAAAAGGTATTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * * * *
1878 TTGGTAAGAAAAGTCGATTTATTGTCACCCATACCTTCAAAATCCTTATTACTCATTTTAAATGG
66 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * * * *
1943 TTATATTATCTAAAAATTGATCTTAAGCTCAATTATTTTTA-
131 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAC
* * *
1984 ATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * **
2048 TTGAAACAA-AAAAGTCCATTTATGGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAAT
66 TTG--GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
2112 GGTTTTATAGTCTCAAAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTAC
129 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
2155 ATTTTTGGGTAAGACAGACTAGT-AGTGAATGTCGT-CCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATT
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTA-TAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
* * *
2218 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTT-AA-
64 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * *
2281 A--TTCAT--T-T--TAA--G--TTCAA-TT---TGTTTTA-C
129 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
2308 CTTTTTTGTTAAAACAAAGTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * *
2373 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGTCTCATTACTCATTTTAAAT-G
66 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* *
2437 ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTTAC
131 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTAC
* * *
2482 ATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTAAATATCTA-CTGCT-AGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT--TAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
* * * * * *
2545 CATTAGAAAGAAAAATCCTTTTA-ATCTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAA
64 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAA
* * *
2608 A-AGGTTTTAAAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
127 ATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * *
2653 ATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-AGCGAAGGAAAAGGTATTC
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACA-TGAAGAAAAAGGCATTC
* * * ** * * * *
2717 ATTAGCAAGAGAAGTACATTTATAGTTGCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACACACTTTCAATG
65 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * *
2782 GTTTTATAATCTCAAAATTGGTTTTAATTTGAATTCTTTGTAC
130 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAC
* * * * *
2825 AGTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * * *
2890 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCACACATTCTTTCAATAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
66 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * *
2955 TTTTATAATCTCA-AATTTGATTTGAAGTTAAATTTTTTCAA
131 TTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* ** ** * * * *
2996 ATTTTTAGTTAAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGCGAAACCTGTAGCAAAAGCCATTC
1 ATTTTTAGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
* * * * * * ** * ** * *
3061 AATGGCATGAGAAGTCTATTTATAGGCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTCAATG
65 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * *
3126 GTTTTATAAGCTAACAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATT
130 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-C
* * * * *
3169 TTTTTTA-TTAAAACAAACTT-TAATTGAATG-CTTACCTTGATAATCATGAAGAAAAAGGCACT
1 ATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCA-T
* * * * * * * *
3231 T-ATTGGAAAGAAAAGACAATTTGA-AGTCACCCATCCCGTCAAAAACCTTACTATTCACTTTAA
63 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
*
3294 AT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAC
127 ATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
3339 ATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCATGAAACATG-AGAGAAAA-GCATTC
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA-AAAAGGCATTC
* * * * * * *
3402 ATTGGTAAGGAAAGTCCATTTATAGTTACTCATTCCTTCACAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
65 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
*
3467 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAC
130 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * ** * *
3509 ATTTTTCA-CTAAAACATG-CTATAATTGAATGTATACCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGTCATT
1 ATTTTT-AGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
* *
3572 CATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
64 CATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * *
3636 -AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATATTTTTAC
128 TA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * ** *
3680 ATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTTCGAAACATGTAA-AAAAAGGTATT
1 ATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATG-AAGAAAAAGGCATT
* * * * * * ** * *
3743 CATTGG-AAAACAAATTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTCCAAAAGTGTTATTACCCGCTTTAAA
64 CATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* *
3807 -AGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAC
128 TA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * * ** * * * *
3851 TTTTTTGGTTAAAAAAGGTCATAATAGAATGTTTTCCTTTGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* ** ** ** * * ** *
3916 TTGGC-ACAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTGGAAAGCTTTATTAATTTCTTTAAATGG
66 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * *
3980 CTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTCAC
131 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * *
4020 ATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGTAAAGAAAGAGGCATTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* ********** * * *
4085 TTGGCAAGAAAAGTACNNNNNNNNNNACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAA
66 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* *
4150 TTTTATAATCTCAT-ATGTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTAC
131 TTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * ** * * ** ** *
4191 ATTTTTGGTTAGAACATTTTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGACGCATGAAGAAAAAGGTATTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
** ********** * *
4256 TTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTNNNNNNNNNNTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
66 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * *
4321 TTTTATAATCTCAAAAATGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTTTTAC
131 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA----TTTTTTTAC
* * * * *
4366 ACTTTT-GATTAAAATAGATTATAATAGAATGTCTACCTCAAGAAATAT-AGAGAAAAAGGCATT
1 ATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATT
* * * * * **
4429 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTCCTCTTTTTAAAT
64 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
4494 TGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAGGTTGAATTCTTTTAT
129 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * ***
4537 A-TTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACATATTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * * **
4601 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTAACTTTAAAGGG
66 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* *
4666 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTAC
131 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * **
4707 ATTTTTTTGTTAAAATAGTTTATAATGGAATGTCTACC-TAGAGAAACATGAAGAAAAAGAAATT
1 A-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
* * * * *
4771 CATTGGCAATAAAAGTTCATTTATAGTCACCTCA-TCTTTCAAAAGCCTTACTACTTGA-TTTAA
64 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAA
* * *
4834 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGCTGAATATTTTTAC
127 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
4879 ATTTTTGGCTT-AAATAGA-TATAATTGAATGT-TGACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAAGCAT
1 ATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGGCAT
* * * * *
4941 TCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCCCATTCCTTCAAAAG-CTGTATTACTCGCTATAA
63 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAA
* ********** * *
5005 ATGGTTTTATAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTAAATTTTTTTAT
127 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * *
5050 ATTTTTTATTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTC
1 A-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTC
** * * * **
5115 ATCAGTAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-A
65 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
5179 GTTTT
130 GTTTT
5184 TATATTTTTG
Statistics
Matches: 3088, Mismatches: 680, Indels: 232
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
152 2 0.00
153 105 0.03
154 7 0.00
157 6 0.00
158 4 0.00
159 1 0.00
160 1 0.00
162 4 0.00
164 2 0.00
165 1 0.00
166 4 0.00
167 6 0.00
169 67 0.02
170 527 0.17
171 1461 0.47
172 570 0.18
173 56 0.02
174 133 0.04
175 131 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
Done.