Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397762.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1059.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2656
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Warning! 31 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:289 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4--2624 Score: 2378
Period size: 171 Copynumber: 15.3 Consensus size: 169
1 ATA
* * * *
4 TAAAAAAATTTAAATTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TC
1 TAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-
* * * * *
68 TTCCAATGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTC
65 TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
** * * *
133 GCAAGGGTAACATTCAATTATAATTTGTTTTATCCAATAATG
129 -CAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
* ** * ** *
175 TAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTGGAAGCGAATAATAAAACAT
1 TAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
240 TAGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCGAATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTTCT
66 TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-
** ** *
305 TGAGTTAAACATTCAATTATAATATGTTTTCACCAAAAATG
129 CAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
** * * *
346 TAAAAAAAT-TCAGTTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGAT
1 TAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * *
410 TTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACAT-TT
65 TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTT
* * *
474 TCCCTATGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATG
127 T-CCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
* * * **
518 TAAAAATAATTTAACCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAGTCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-T
1 TAAAAA-AATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* ** *
582 TTCGAATGCATGACTGACTATAAATGGAC-TTTCGTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTT
65 TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TT-GCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTT
* * * *
646 TCCAAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATA
127 TCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
* *
689 TAAAAAAATC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTAGAGCGAGTAATCAGGCTT
1 TAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
752 TCGACGGTATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTTCTAT-CAATGAATGAC-TTTTCTTAATGTTTC
66 TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT-TGCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
** * *
815 TTGAGGCAAACATTCAATCATAATATG-TTTAACTAAAAATAG
129 -CAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAT-G
* * * * * * *
857 -AAAAGAATTCAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCCTTTGAAGTGAGTAATTAGGCT
1 TAAAA-AAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * *
921 TTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTATACTTCATGTTTT
65 TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATG--TT
* * * *
986 TGCAAGTG-AAATATTCAATTATAATATGTTTGAATCAAAAATG
127 TCCAAG-GCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
* **
1029 TAAAAAGAT-TCAACCAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-T
1 TAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * *
1092 TTCCGAATGTATGGATGAGC-ATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGAT
65 TT-CGAAGGCATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT
* *
1156 TCCTAAGGCAGACACTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
127 TCC-AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
* * * *
1200 TAAAATAATTTAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * **
1265 TCGAAGGCAT-GGTGA-TAATAAATGCAC-TTTCATTGCCAATGCATGGCTTTTTCTTCACATTT
66 TCGAAGGCATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTC-TTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
* * * * ** *
1327 TCAAGGACAAACATTTAGTTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
128 CCAAGG-CAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
* * * * *
1370 CAAAACATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* ** * * *
1434 TTGAAAACTTGGATGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCC
66 TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-C
* * *
1498 CTAAGGTAAACATTCAATTATAATATTTTTTAACCAAAAATA
129 C-AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
** * * * * * *
1540 T-AAAAAATAAAAATCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTCAAAACTAGTAATAAGG-T
1 TAAAAAAATCTAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
** * *
1603 ATTCGAACACATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAAGAGAAGCATGAATGGCTTTTTC
65 -TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-C-------A--ATGAATGGCTTTTTC
* * ** * * **
1668 TTCATGGTTCCCATGTTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATG
119 TTCAT-GTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
* *
1720 TAAAACAATTCT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCC
1 TAAAA-AAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-C
* * * *
1784 GTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTT
64 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
* ** * *
1848 CCCAAGGCAAACATTCAGTTATAACCTGTTTTAACTAAAAATA
128 -CCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
* *
1891 TAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAGACT
1 TAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * *
1955 TTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACAAATAAATGGCTTTTT-TTCATATTTC
65 TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-
* *
2019 CCAAGACAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATG
128 CCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
* ** *
2061 TATAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTAAAAGCGA-TACATAAGGC
1 TAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA-ATAAGGC
* * ** * * * * * * *
2124 TTTTGTAGGGTTGGGTGGCTATAAATGAACTTTTTTTGCTAATGAATAGTTTTTTCTACACGTTT
64 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TT
** * ** * * *
2189 TGAAAGGCAGACATTCGTTTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATG
127 TCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
* * * * * * *
2232 TAAAAAAA-CTCAACTGAAAGTCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGAT
1 TAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
2296 TTTGAATGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTCTAATGAATGGC-TTTTCTTCATCTTTT
65 TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTT
* *
2360 CCTAAGGCAAACATTCAATGATAATATGTGTTAACCAAAAATG
128 CC-AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
* * * * * *
2403 -AAAAAACAT-TCAGCCTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTATTTAACA-TGAGTAACAAGG
1 TAAAAAA-ATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGG
* * * *
2465 CCTTCGAAGGCTTAGGTGAATATAAATGGACTTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTT-TGTCATG
63 CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTTTCT-TCATG
* ** * * * *
2529 TTTCCTGAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATG
125 TTTCC-AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
* * *
2575 TAAAAACAAATC-AACCTAAATTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
1 T-AAAA-AAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
2625 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1996, Mismatches: 366, Indels: 175
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 21 0.01
168 52 0.03
169 181 0.09
170 362 0.18
171 849 0.43
172 273 0.14
173 109 0.05
174 7 0.00
175 2 0.00
178 1 0.00
180 114 0.06
181 19 0.01
182 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCA
AGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATG
Found at i:1482 original size:512 final size:504
Alignment explanation
Indices: 19--2624 Score: 2513
Period size: 512 Copynumber: 5.1 Consensus size: 504
9 AAATTTAAAT
*
19 TAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTCTTCCAATGCATAGG-T
1 TAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGT-TTCGAATGCAT-GGAT
* * *
83 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCGCAAGGGTA-ACATT
64 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTC-CAA-GGCAGACATT
* * * * * *
147 CAATTATAATTTGTTTTATCCAATAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
127 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * ** * *
212 AAACCATTGGAAGCGAATAATAAAACATTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTT-TCTTG
192 AAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGACTTTCT-TTG
* * ** **
276 CGAATGAATGGCTTTTTCTT-AATGTTTCTTGAGTTAAACATTCAATTATAATATGTTTTCACCA
254 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAT-TTTC--AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTT-AATA
* ** * **
340 AAAATGTAAAAAAATTCAGTTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATA
315 AAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * *
405 AGGATTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
379 AGGCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCAT
* * * *
470 ATTTTCCCTA-TGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATGTAAAAATAATTTAACC
443 GTTTTCCCAAGTG-AAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAA-AATTCAACC
*
534 TAAAATAAATTATGAGATTATAAAGTCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTCGAATGCAT-GACTG
1 TAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTCGAATGCATGGA-TG
* *
598 ACTATAAATGGAC-TTTCGTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTCCAAGGCAAATATTC
65 ACTATAAATGGACTTTTC-TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGG-TTCCAAGGCAGACATTC
* *
662 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
128 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * **
726 AACCTTTAGAGCGAGTAATCAGGCTTTCGACGGTATGGGTGACTGTAAATGGACTTT-TTCTATC
193 AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTCTT-TGCC
* * *
790 AATGAATGAC-TTTTCTT-AATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATCATAATATG-TTTAACT-AA
256 AATGAATGGCTTTTTCTTCAAT-TTTC--AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAA
* * * *
851 AAATAGAAAAGAATTCAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCCTTTGAAGTGAGTAATT
317 AAATA-AAAA-AATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * *
916 AGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTATACTTCAT
379 AGGCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTT-TTCTTCAT
** * * *
981 GTTTTTGCAAGTGAAATATTCAATTATAATATGTTTGAATCAAAAATGTAAAAAGATTCAACC
443 GTTTTCCCAAGTGAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACC
* * * *
1044 AAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTCCGAATGTATGGATG
1 TAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTT-CGAATGCATGGATG
* * *
1109 AGC-ATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGATTCCTAAGGCAGACACTC
65 A-CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCC-AAGGCAGACATTC
* * * *
1173 AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTTAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAA
128 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*
1238 AAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGA-TAATAAATGCACTTTCATTGC
193 AA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACT-ATAAATG-ACTTTCTTTGC
* * * *
1301 CAATGCATGGCTTTTTCTTCACATTTTCAAGGACAAACATTTAGTTATAATCTGTTTTAATAAAA
255 CAATGAATGGCTTTTTCTTCA-ATTTTCAAGG-CAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAA
* *
1366 AATACAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
318 AATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* ** *
1431 CTTTTGAAAACTTGGATGACTATAGATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCATG-TT
382 CTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTT
* * ** *
1495 TCCCTAAG-GTAAACATTCAATTATAATATTTTTTAACCAAAAATATAAAAAATAAAAATC
447 TCCC-AAGTG-AAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAT-TCAACC
* * * ** *
1555 TAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTCAAAACTAGTAATAAGGTATTCGAACACATGGGTG
1 TAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGT-TTCGAATGCATGGATG
* * * * **
1620 ATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAAGAGAAGCATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCCATGTT
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTACC-------A--ATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTT-CCAAGGC
** *
1685 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAACAATTCT-ACTTAAAATCAATTATG
120 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT-TAACTTAAAATCAATTATG
* *
1749 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCCGTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAC
184 AGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GAC
* * * * **
1813 TTTTTTTGTCAATGCATGGCTTTTTCTTC-ATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAGTTATAACCTGT
246 TTTCTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAT-TTT--CAAGGCAAACATTCAATTATAATATGT
* *
1877 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGC
308 TTTAA-TAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * *
1942 GAGTAATAAGACTTTCGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCT-ACAAATAAATGGCT
371 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCT
* * ** *
2005 TTTTTTCAT-ATTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTATAAAAA
434 TTTCTTCATGTTTTCCCAAGTGAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAA
*
2069 TTCAACT
498 TTCAACC
* * * * * ** *
2076 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGT-ATTAAAAGCGA-TACATAAGGCTTTTGTAGGGTTGGG
1 TAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTA-ATAAGG-TTTCGAATGCATGGA
* * * * * * * * * * **
2139 TGGCTATAAATGAACTTTTTTTGCTAATGAATAGTTTTTTCTACACGTTTTGAAAGGCAGACATT
63 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-GTTCCAAGGCAGACATT
** * * * * * *
2204 CGTTTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAACTCAACTGAAAGTCAATAATGAGATTATA
127 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * *
2269 AAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGATTTTGAATGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTC
192 AAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTCTTTGC
* * * * **
2334 TAATGAATGGC-TTTTCTTCATCTTTTCCTAAGGCAAACATTCAATGATAATATGTGTTAACCAA
255 CAATGAATGGCTTTTTCTTCA-ATTTT-C-AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAA
* * * * *
2398 AAATGAAAAAACATTCAGCCTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTATTTAACA-TGAGTAACA
317 AAAT-AAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGTGAGTAATA
* * *
2462 AGGCCTTCGAAGGCTTAGG-TGAATATAAATGGACTTTTTCTTG-CAAATGAATGGCTTTTTTGT
379 AGGCTTTCGAAGGCTT-GGATGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTCT-T
** * * * * *
2525 CATG-TTTCCTGAGAT-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAACAAATCA
440 CATGTTTTCCCAAG-TGAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAA-AATTCA
2588 ACC
502 ACC
* *
2591 TAAATTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
1 TAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
2625 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1752, Mismatches: 256, Indels: 166
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
508 2 0.00
509 10 0.01
510 80 0.05
511 403 0.23
512 449 0.26
513 123 0.07
514 158 0.09
515 90 0.05
518 1 0.00
519 2 0.00
520 125 0.07
521 176 0.10
522 130 0.07
523 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (504 bp):
TAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTCGAATGCATGGATGA
CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCAAGGCAGACATTCAAT
TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGACTTTCTTTGCCAATGA
ATGGCTTTTTCTTCAATTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATAAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
GCTTGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTTCCCAAGTG
AAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACC
Found at i:2180 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 6--2624 Score: 2403
Period size: 341 Copynumber: 7.6 Consensus size: 341
1 ATATA
* * * * *
6 AAAAAATTTAAATTAAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TCTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCT-TT
** * * * * * * *
70 CCAATGCATAGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCG
65 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC
** * * * *
134 CAAGGGTAACATTCAATTATAATTTGTTTTATCCAATAATGTAAAAAAA-TCTAACTTAAAATTA
129 CAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCA
** * * * *
198 ATTATGAGATTATAAAACCATTGGAAGCGAATAATAAAACATTAGAAGGCATGGGTGACTATAAA
193 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * *** *
263 TTGACTTTTCTTGCGAATGAATGGCTTTTTCTTAATGTTTCTTGAGTTAAACATTCAATTATAAT
258 TAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGTCAAACATTCAATTATAAT
*
328 ATGTTTTCACCAAAAATGT
323 ATGTTTTAACCAAAAATGT
** * *
347 AAAAAAATTCAGTTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAA-CGAGTAATAAGGATT
1 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAAGCGAGTAATAAGGCTT
*
411 TTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGAACTTTTTTTG-TCAATGAATGGCTTTTTCTTCACAT-TT
64 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTT
* * * * *
474 TCCCTATGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTTACCAAAAATGTAAAAATAATTTAACCTAAAA
126 TCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAA
* ** * * **
539 TAAATTATGAGATTATAAAGTCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTCGAATGCATGACTGACTAT
190 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * *
603 AAATGGAC-TTTCGTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTT-CCAAGGCAAATATTCAATT
255 AAATAGACTTTTC-TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCCCAAGTCAAACATTCAATT
* * *
666 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATAT
318 ATAATATGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * *
690 AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-TTTAGAGCGAGTAATCAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
754 GACGG-TATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTTCTAT-C-AATGAATGAC-TTTTCTTAATGTTTC
66 GAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGAACTTTTT-T-TGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
*** * * *
815 TTGAGGCAAACATTCAATCATAATATG-TTTAACTAAAAATAG-AAAAGAATTCAAACTTAAAAT
128 CCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATTC-AACTTAAAAT
* * * * * * *
878 TAATTATGAGATTATAAAACCCTTTGAAGTGAGTAATTAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATA
191 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATA
* * * ** * *
943 AATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTATACTTCATGTTTTTGCAAGTGAAATATTCAATTAT
256 AATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCCAAGTCAAACATTCAATTAT
* *
1008 AATATGTTTGAATCAAAAATGT
320 AATATGTTTTAACCAAAAATGT
** *
1030 AAAAAGATTCAACCAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
1094 CCGAATG-TATGGATGAGC-ATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGATT
65 -TGAAGGCT-TGGGTGA-CTATAAATGAACTTTTTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * *
1157 CCTAAGGCAGACACTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTTAACTTAAAAAC
127 CCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* *
1222 AATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGA-TAATA
192 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACT-ATA
* * ** * * * *
1285 AAT-GCAC-TTTCATTGCCAATGCATGGCTTTTTCTTCACATTT-TCAAGGACAAACATTTAGTT
256 AATAG-ACTTTTC-TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAA-GTCAAACATTCAATT
* ** **
1347 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATAC
318 ATAATATGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
1371 AAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
** * * * *
1436 GAAAACTTGGATGACTATAGATGGACTTTTCTTG-TCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCCC
66 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
* * * ** * *
1499 TAAGGTAAACATTCAATTATAATATTTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATAAAAATCTAAAATAA
130 -AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCA
* * * * * ** *
1563 ATTATGAGATTATAAAATCATTCAAAACTAGTAATAAG-GTATTCGAACACATGGGTGATTATAA
193 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACT-TTCGAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * *
1627 ATAGACTTTTCTTGCCAAAGAGAAGCATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTCCCATGTTAGACATT
257 ATAGACTTTTCTTACC-------A--ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGTCAAACATT
* **
1692 CAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGT
313 CAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT
* * * **
1721 AAAACAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCCGT
1 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* *
1786 TGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTTTTG-TCAATGCATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
65 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTTTTGCT-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* ** * *
1849 CCAAGGCAAACATTCAGTTATAACCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
128 CCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
1914 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAA
193 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
1979 TGGACTTTTCCTACAAATAAATGGCTTTTT-TTCATATTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAAT
258 TAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGTCAAACATTCAATTATAAT
*
2043 TTGTTTTAACCAAAAATGT
323 ATGTTTTAACCAAAAATGT
**
2062 ATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTAAAAGCGA-TACATAAGGCTT
1 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTA-ATAAGGCTT
* * * * * * * **
2126 TTGTAGGGTTGGGTGGCTATAAATGAACTTTTTTTGCTAATGAATAGTTTTTTCTACACGTTTTG
64 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC
* * ** * * * * * *
2191 AAAGGCAGACATTCGTTTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAACTCAACTGAAAGTCAA
129 CAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
2256 TAATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGA-TTTTGAATGCTTGGGTGACTATAAA
194 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * * *
2320 TAGACTTTTTTTTCTAATGAATGGC-TTTTCTTCATCTTTTCCTAAGGCAAACATTCAATGATAA
258 TAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCCCAAGTCAAACATTCAATTATAA
* *
2384 TATGTGTTAACCAAAAATGA
322 TATGTTTTAACCAAAAATGT
* * * * * * * *
2404 AAAAACATTCAGCCTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTATTTAACA-TGAGTAACAAGGCCT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
2468 TCGAAGGCTTAGGTGAATATAAATGGACTTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTT-TGTCATGTTT
64 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTT-TTGCTAATGAATGGCTTTTTCT-TCATGTTT
** ** * * * * * * *
2532 CCTGAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAACAAATCAACCTAAATT
127 CCCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAAT
*
2597 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
191 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
2625 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1873, Mismatches: 330, Indels: 146
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 4 0.00
338 60 0.03
339 105 0.06
340 238 0.13
341 428 0.23
342 356 0.19
343 290 0.15
344 108 0.06
345 1 0.00
348 1 0.00
350 55 0.03
351 199 0.11
352 28 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCA
AGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG
ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGTCAAACATTCAATTATAATATG
TTTTAACCAAAAATGT
Done.