Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402353.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5433.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 754
Length: 1258
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Warning! 20 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:579 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5--1127 Score: 1100
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 170
1 TGAG
** * * * * *
5 AAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGA-TTTTAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTTT
* * * * * * * *
69 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAGTTATTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGA
** * ** * *
134 ATACCTGCCT-TGGAAAACATGCAGAAAAAGCCTATTCATTGAC
130 ATGTCTACCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAG-C-ATTCATTGAC
* * ** **
177 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAACCCTTATTACTCGGTTTAAAT-GATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTT
* * * *
241 ATAATGTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACATACTATAATT
* ** * * *
304 AAATGTCTGTCTCGAGAAACGT--ACAAAAAGCCATTCATTGAG
128 GAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGAC
* * * * * * *
346 AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCTATTCCTACAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCA
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* ** *
411 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAATGCATACTATAAATGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAA
*
476 TGCCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGAC
131 TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGAC
* * * *
517 AAGAAAAGTCAATTTAGAGACACCCGTTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAGATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * * *
582 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAA
* *
647 TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
131 TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGAC
* * * * *
688 AAAAAAAGTCCATTTAGAGTTACCCATT-CTCTCAAAAAGCTTATGACTCGCTTTAAAT-GATTT
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTT
* * * *
751 TATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGACTAAAGCATACTATAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTG
** *
816 AATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGCC
129 AATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGAC
* * * * *
859 AAAAAAAGTCCATCTAGAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCATTTTCAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * *
924 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGACTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACATACTATAATTGA
* ** * *
988 TTGTCTACCTTGAGAAAC-TTACA-AAAAAGCCATTCATTGAG
130 ATGTCTACCTCAAGAAACGTGA-AGAAAAAG-CATTCATTGAC
* * ********** * * * *
1029 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCNNNNNNNNNNTCAAAAGGCTTGTTACCCACTTTTAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
*
1094 TAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1128 GTATTTTTNN
Statistics
Matches: 802, Mismatches: 129, Indels: 42
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 133 0.17
170 111 0.14
171 423 0.53
172 134 0.17
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAA
TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGAC
Found at i:841 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--1049 Score: 1254
Period size: 342 Copynumber: 3.1 Consensus size: 340
** * * ** * * * *
1 TGAGAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGATTTTAATGGT
1 TGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTACAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * * ** *
66 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAGTTATTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAAT
66 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAGCATACTATAAT
* * * * * *
131 TAAATACCTGCCTTG-GAAAACATGCAGAAA-AAGCCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
131 TGAATGCCTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAACAAG-C-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAG
* ** ** *
194 AGTCACCCAATCCTTCAAAACCCTTATTACTCGGTTTAA-ATGATTTTATAATGTCATAATTAAT
193 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAATA-G-TTTTATAATCTCATAATTAAT
* * * **
258 TTTAAGTTAATTTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGTCTCGAGAA
256 TTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
*
322 AC-GTACAAAAAGCCATTCAT
320 ACTGTAAAAAAAGCCATTCAT
* * *
342 TGAGAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCTATTCCTACAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAAT-AG
1 TGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTACAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGA-
* * * *
406 TTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAATGCATACTATAA
65 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAGCATACTATAA
* ** *
471 ATGAATGCCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTAGAG
130 TTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAG
* *
536 ACACCCGTTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAGATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
195 TCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTA-ATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
* *
601 AAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT
259 AAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC-T
*
666 GAAGAAAAAAG-CATTCAT
323 GTA-AAAAAAGCCATTCAT
* * *
684 TG-GCAAAAAAAGTCCATTTAGAGTTACCCATTCTCT-CAAAAAGCTTATGACTCGCTTTAAATG
1 TGAG-AAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTC-CTACAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATG
* *
747 ATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGACTAAAGCATACTATA
64 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAGCATACTATA
* * * *
812 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGCCAAAAAAAGTCCATCTAGA
129 ATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGA
* * *
877 GTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCATTTTCAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
194 GTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTT-AATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
* * * * * * *
942 TAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACT
258 TAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACT
1007 -TACAAAAAAGCCATTCAT
323 GTA-AAAAAAGCCATTCAT
* *
1025 TGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
1 TGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTC
1050 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 604, Mismatches: 89, Indels: 30
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 136 0.23
341 164 0.27
342 294 0.49
343 10 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
TGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTACAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAGCATACTATAAT
TGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGT
CACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
GTTAAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTGTA
AAAAAAGCCATTCAT
Found at i:1094 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 31--1127 Score: 1252
Period size: 512 Copynumber: 2.1 Consensus size: 512
21 TAGTCACTCA
* * *
31 TTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGA-TTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTG
1 TTCCTTCAAAAGGCTTATTAC-CCACTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * ** *
95 AGTTATTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTAAATACCTGCCTTGGAAAACATGCAGAA
65 AATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATACCTACCTAAGAAAACATGAAGAA
* * * *
160 AAAGCCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAACCCTTATTACT
130 AAAGCCTATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCAATCCTTCAAAAACCTTATGACT
* * * * *
225 CGGTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAA
195 CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTAGCTAA
** * *
290 AACAGACTATAATTAAATGTCTGTCTCGAGAAACGTACAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGT
260 AACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTACAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGT
* * * *
355 CCTTTTATAGTCACCTATTCCTACAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCAT
325 CCATCTAGAGTCACCTATTCCTACAAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATAATCTCAT
** *
420 AATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAATGCATACTATAAATGAATGCCTACCT
390 AATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAATGAATGCCTACCT
485 CAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTAGAGACACCCG
455 CAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTAGAGACACCCG
* * * *
543 TTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCAC-TTTAGATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTA
1 TTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCACTTTTA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * **
607 AATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGA
65 AATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATACCTACCT-AAGAAAACATGAAG-
* * * *
671 AAAAAG-C-ATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAGAGTTACCC-ATTCTCTCAAAAAGCTTATG
128 AAAAAGCCTATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCAATCCT-TCAAAAACCTTATG
* *
733 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTACATTTTT-G
192 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATT-AATTTTTTTTACATTTTTAG
* * * * * *
796 ACTAAAGCATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAG-CATTCATTGCCA
256 -CTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGT--ACAAA-AAGCCATTCATTGACA
* * * * *
860 AAAAAAGTCCATCTAGAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCATTTTCAATAGTTTTAT
317 AAAAAAGTCCATCTAGAGTCACCTATTCCTACAAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCAT
* *
925 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGACTATAATTGA
382 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAAATGA
* * ** * * * *
988 TTGTCTACCTTGAGAAAC-TTACA-AAA-AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTC-ATTTATAGT
445 ATGCCTACCTCAAGAAACGTGA-AGAAACAAG-CATTCATTGACAAGAAAAG-TCAATTTAGAGA
*****
1049 CNNNNN
507 CACCCG
***** * *
1055 NNNNNTCAAAAGGCTTGTTACCCACTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGA
1 TTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCACTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
1120 ATTTTTTT
66 ATTTTTTT
1128 GTATTTTTNN
Statistics
Matches: 487, Mismatches: 82, Indels: 32
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 5 0.01
511 136 0.28
512 191 0.39
513 146 0.30
514 9 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
TTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCACTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
ATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATACCTACCTAAGAAAACATGAAGAAA
AAGCCTATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCAATCCTTCAAAAACCTTATGACTC
GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTAGCTAAA
ACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTACAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTC
CATCTAGAGTCACCTATTCCTACAAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAATGAATGCCTACCTC
AAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTAGAGACACCCG
Found at i:1230 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 31--1257 Score: 1246
Period size: 512 Copynumber: 2.4 Consensus size: 510
21 TAGTCACTCA
* * * * * * * *
31 TTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGATTTTA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTG
1 TTCCTTCAAAAGGCTTATTAC-CCACTTTAGATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTA
* * * * * * * *
95 AGTTATTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTAAATACCTGCCTTGGAAAACATGCAGAA
65 AATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATACTTGCCTTAG-AAACATGCAAAA
* * **
160 AAAGCCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATC-CTTCAAAACCCTTATTAC
129 AAAGCCTATTCATTGAGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTC-TCAAAAAGCTTATTAC
* * * *
224 TCGGTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTTATATTTTTAGTTA
192 TCGGTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTAGCTA
** * *
289 AAACAGACTATAATTAAATGTCTGTCTCGAGAAACGTACAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAG
257 AAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTACAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAG
* * * *
354 TCCTTTTATAGTCACCTATTCCTACAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCA
322 TCCATCTAGAGTCACCTATTCCTACAAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATAATCTCA
** *
419 TAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAATGCATACTATAAATGAATGCCTACC
387 TAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAATGAATGCCTACC
484 TCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTAGAGACACCCG
452 TCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTAGAGACACCCG
* *
543 TTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAGATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAA
1 TTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCACTTTAGATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTAA
* * * * *
608 ATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAAT-GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAA
66 ATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATACT-TGCCT-TAGAAACATGCA-AA
* * *
672 AAAAG-C-ATTCATTG-GCAAAAAAAGTCCATTTAGAGTTACCCATTCTCTCAAAAAGCTTATGA
128 AAAAGCCTATTCATTGAG--AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTCTCAAAAAGCTTATTA
* * *
734 CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTACATTTTT-GA
191 CTCGGTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATT-AATTTTTTTTACATTTTTAG-
* * * * * *
797 CTAAAGCATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAG-CATTCATTGCCAA
254 CTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGT--ACAAA-AAGCCATTCATTGACAA
* * * * *
861 AAAAAGTCCATCTAGAGTCACCTATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCATTTTCAATAGTTTTATA
316 AAAAAGTCCATCTAGAGTCACCTATTCCTACAAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATA
* * *
926 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGACTATAATTGAT
381 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAAATGAA
* ** * * * *
989 TGTCTACCTTGAGAAAC-TTACA-AAA-AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTC
444 TGCCTACCTCAAGAAACGTGA-AGAAACAAG-CATTCATTGACAAGAAAAG-TCAATTTAGAGAC
*****
1050 NNNNN
506 ACCCG
***** * * * *
1055 NNNNNTCAAAAGGCTTGTTACCCACTTTTA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTG
1 TTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCAC-TTTAGATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTA
** ********** * *
1119 AATTTTTTTGTATTTTTNNNNNNNNNNGACTATAATTGAATACTTGCCTTAGAAACGTGCACAAA
65 AATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATACTTGCCTTAGAAACATGCAAAAA
* *
1184 AAGCCTATTCATTGAGAAAAGAAGTTCATTTATAGCCACCCATTCTCTC-AAAAGTCTTATTACT
130 AAGCCTATTCATTGAGAAAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTCTCAAAAAG-CTTATTACT
1248 CGGTTTAAAT
193 CGGTTTAAAT
1258 A
Statistics
Matches: 583, Mismatches: 108, Indels: 48
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 7 0.01
511 155 0.27
512 264 0.45
513 148 0.25
514 9 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (510 bp):
TTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCACTTTAGATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTAA
ATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATACTTGCCTTAGAAACATGCAAAAAA
AGCCTATTCATTGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTCTCAAAAAGCTTATTACTCGG
TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTAGCTAAAAC
AGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTACAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCA
TCTAGAGTCACCTATTCCTACAAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAATGAATGCCTACCTCAA
GAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTAGAGACACCCG
Done.