Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402355.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5435.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2121
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.09, T:0.28
Warning! 559 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:501 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 87--1322 Score: 1357
Period size: 171 Copynumber: 7.2 Consensus size: 169
77 CTTTTAGAAA
* * *
87 AAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * *
152 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATATTTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * *
217 TTAGC-AAGAGAAACATAAAAAACAAACATTCATTGACAAG
131 CTACCTCA-AGAAACATGAAGAACAAGCATTCATTG-CAAG
* * * * * *
257 AAAAGTCTATTTATAGTC-TCTCATTCCATCAAAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATTGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * *
321 ATCTCATAATTGTTTTTTAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* *
386 TCTACCTCAAGAAACGTGAAGTAACAAGCATTCATTAGCAAC
130 TCTACCTCAAGAAACATGAAG-AACAAGCATTCATT-GCAAG
* * * * * *
428 AAGAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
493 TATCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * *
557 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGGAAG
130 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAACAAG-CATTCATT-GCAAG
* * * * * *
599 AAAAGTCTATTTATAGTGACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGGTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
*
664 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTA-TATTTTT--CTAAAACAGACTATAATTGAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* *
726 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGCAATCATTGGTAAG
129 GTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AACAAGCATTCATT-GCAAG
** * * * *
769 TTAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAGGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * *
834 TCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTTACATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTG-AT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * *
898 GTCTAGCTCAAGTAACAT-AACGAAAAAGCTATTCATAGTG-AAG
129 GTCTACCTCAAGAAACATGAA-GAACAAGC-ATTCAT--TGCAAG
* * * **
941 AAAAGTCCATTTATTGTCACC-ATTCCTTTAAAAGCCATATTACTTACTTTAAATTA-TTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATA
* * * * *
1004 AGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA-TCTTTTTGGTTAAAAGAGACTAGAATTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
** *
1068 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AATGGCATTAATTGACAAG
129 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAACAA--GCATTCATTG-CAAG
* * * *
1111 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATAGTATTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
1176 TCTGATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
1240 TATAGCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGAATTCATTGAAAAG
130 TCTACCTCAAGAAACATGAAG-AACAAGCATTCATTG-CAAG
* *
1282 ACAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1323 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 896, Mismatches: 137, Indels: 65
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 33 0.04
170 320 0.36
171 456 0.51
172 55 0.06
173 29 0.03
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
CTACCTCAAGAAACATGAAGAACAAGCATTCATTGCAAG
Found at i:711 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 88--1322 Score: 1466
Period size: 341 Copynumber: 3.6 Consensus size: 337
78 TTTTAGAAAA
* *
88 AAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAATTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAAT
* *
153 CTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATATTTGAATGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * * * *
217 TTAGC-AAGAGAAACATAA-AAAACAAACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCA
131 CTAGCTCA-AGAAACATAAGAAAA-AGATATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * *
280 TTCCATCAAAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTTAGTTGA
194 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
*
345 ATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGTAA
259 ATTTTTTTA-TTTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AA
410 CAAGCATTCATTAGCAAC
321 CAAGCATTCATT-GCAAC
* * * * * *
428 AAGAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAA
1 AA-AGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAA
* * *
493 TATCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
557 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTGACCCA
130 TCTAGCTCAAGAAACAT-AAGAAAAAGATATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* *
622 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
194 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-
*
687 AATTTTTTTATATTTTT-CTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAA
258 AATTTTTTTAT-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AA
* * *
751 CAAGCAATCATTGGTAAGT
321 CAAGCATTCATT-GCAA-C
* * * * * *
770 TAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAGGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAAT
* * * * * *
835 CTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTTACATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTG-ATG
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * *
899 TCTAGCTCAAGTAACATAACGAAAAAGCTATTCATAGTGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCA-CCA
130 TCTAGCTCAAGAAACATAA-GAAAAAGATATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
963 TTCCTTTAAAAGCCATATTACT-TACTTTAAATTATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTG
194 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * **
1027 AATTTTTTCATCTTTTTGGTTAAAAGAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
258 AATTTTTTTAT-TTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAA
* *
1092 -AATGGCATTAATTGACAAGA
321 CAA--GCATTCATTG-CAA-C
* * *
1112 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATAGTATTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAAT
* * * *
1177 CTGATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * *
1241 ATAGCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGA-ATTCATTGAAAAGACAAGTCCATTTATAGTCTCCTA
131 CTAGCTCAAGAAACAT-AAGAAA-AAGATATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
1305 TTCCTTCAAAAGCCTTAT
194 TTCCTTCAAAAGCCTTAT
1323 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 765, Mismatches: 109, Indels: 40
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 60 0.08
341 358 0.47
342 295 0.39
343 52 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
CTAGCTCAAGAAACATAAGAAAAAGATATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTTATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAACAAGC
ATTCATTGCAAC
Found at i:1051 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 87--1322 Score: 1576
Period size: 512 Copynumber: 2.4 Consensus size: 511
77 CTTTTAGAAA
*
87 AAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAAT-AGTTTATAA
* * *
152 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATATTTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * * * *
217 TTAGC-AAGAGAAACAT-AAAAAACAAACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCA
129 ATAGCTCA-AGAAACATGAAGAAACAAGCAATCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTA
* * * * * * *
280 TTCCATCAAAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTTAGTTGA
193 TTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGTATTTTAGTTCA
* * * *
345 ATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGTAA
258 ATTTTTTTACATTATTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGTAA
* * * * * * *
410 CAAGCATTCATTAGCAACAAGAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCG
323 AAAGCATTCATTAGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCATATTACTCA
* * *
475 CTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAA
388 CTTTAAATTATTTTATAAGATCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTCAACATTTTTGGTTAAAA
* * * **
540 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGGAAG
453 CAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTAATTGACAAG
* * * * * *
599 AAAAGTCTATTTATAGTGACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGGTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAAT-AGTTTATAA
*
664 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTATATTTTT-CTAAAACAGACTATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * ** **
728 CTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGCAATCATTGGTAAGTTAAGTCCATTTATAGTCTCTTAT
129 ATAGCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGCAATCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTAT
*
793 TCCTTCAAAGGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG-ATTTTAGGTTCA
194 TCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGTATTTTA-GTTCA
* * *
857 ATTTTTTTTTACATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTG-ATGTCTAGCTCAAGTAACAT-AACG
258 A--TTTTTTTACATTATTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-G
* * *
920 -AAAAAGCTATTCA-TAGTGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCAC-CATTCCTTTAAAAGCCATATT
320 TAAAAAGC-ATTCATTAG-CAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCATATT
* * * *
982 ACTTACTTTAAATTATTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATC-TTTTTGG
383 ACTCACTTTAAATTATTTTATAAGATCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTCAACATTTTTGG
* ** * *
1046 TTAAAAGAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAATGGCATTAATTGACAAG
447 TTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTAATTGACAAG
* * *
1111 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATAGTATTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGT-TTATAA
* * * *
1176 TCTGATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* *
1241 ATAGCTCAAGAAACATGAAGAAACAAG-AATTCATTGAAAAGACAAGTCCATTTATAGTCTCCTA
129 ATAGCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGCAA-TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTA
1305 TTCCTTCAAAAGCCTTAT
193 TTCCTTCAAAAGCCTTAT
1323 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 623, Mismatches: 87, Indels: 27
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 56 0.09
512 374 0.60
513 161 0.26
514 32 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (511 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTAT
AGCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGCAATCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTC
CTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGTATTTTAGTTCAATT
TTTTTACATTATTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGTAAAAA
GCATTCATTAGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCATATTACTCACTT
TAAATTATTTTATAAGATCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTCAACATTTTTGGTTAAAACAG
ACTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTAATTGACAAG
Done.