Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402359.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5439.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2414
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.10, T:0.35
Warning! 234 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:548 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2033 Score: 1996
Period size: 171 Copynumber: 11.9 Consensus size: 171
* * * *
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTCAAACAGACTACAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * *
66 AATGTCTTCCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAA-AATATTCATTTG-CAAGAAAAGTTCATTTAT-G
66 AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCAT-TT-A-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* ** * *
128 TCTCTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTT
128 TCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
172 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTATAGTTAAAACATACTGTACA-C
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA-ATT
* * * * ** * *
236 AAATGCCTACCTTAGGAAACGTGTAGAAAAATCCATTTATT-AGGAAGAAAAGTCCATTAATAGT
65 GAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** * *
300 CTCTTATTCTTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
129 CTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* *
342 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * *
407 AATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
66 AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
* * * **
472 CCCATTTCTTTAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATCATTT
131 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * *
513 TATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAACCATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * **
578 AACGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG-CTATGAAAAGTTTATTTATAGTC
66 AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
642 TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTT
130 TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* ** *
684 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTCATTAAAATAGACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
** * * * * ** * * * *
749 GCT-ACTTCCCTT-GGAAAACATGTTG-AGAAAGCCATTTATTCAGAAGAAAAGTCCATTTACAG
66 AATGTC-TACCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAAAG-CATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
811 TCTCCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACT-AGCCTTAAATGGTTT
128 TCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTT
** * ** * * *
855 TGCAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT
* ** * * * * * * *
918 GAATG-CTTGCCTTGGGGAATGTGTAG-AAAAAGCCATTCATTGACAATAAAAGTTCTTTTATAG
65 GAATGTC-TACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
981 TCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTT
128 TCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* *
1025 TATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * *
1090 AATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
66 AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
* *** * *
1155 CCCATTCCCTCAAAAAATTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
131 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * *
1196 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * *
1261 AATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTTG-TAAGAAAAGTCCATTTAT-GTT
66 AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
1324 TCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
130 TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
1366 TATTATCTCATAATTGATCTTGAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTGTACA-C
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA-ATT
* * * * ** *
1430 GAATGTCAACCTTGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGA-AAGAAAAGTCCATTAATAGT
65 GAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
**
1494 CTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
129 CTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * *
1537 TCTAATCTCGTAATTGATTTTATGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * *
1601 ATTGTCTACCTTAAGAAACGTAAAGAAAAATAG-ATTTATTGACAAGAAAAG-CCTATTTATAGC
66 AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTTATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGT
* * **
1664 CACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTT
129 CTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * * *
1707 TCTTATCTCATAGTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAACCATAATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * * *
1772 AACGTCTACCTCAAGAAACATGAATAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCT
66 AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
* * *
1837 CCTATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATAGTTT
131 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTTAAATGGTTT
********** ** ***
1878 TATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAGTTAGACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * * * *
1943 AATG-CTTGCCTCGAA-AAACATGCAG-AGAGAGCTATTTATTTGA-AAGAAAAGTCCATTTACA
66 AATGTC-TACCT-TAAGAAACGTGAAGAAAAAAGC-ATTTA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
*
2004 GTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT
127 GTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
2034 AGCCTTNNNN
Statistics
Matches: 1546, Mismatches: 278, Indels: 76
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 585 0.38
171 931 0.60
172 20 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
AATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
Found at i:629 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1--1886 Score: 1963
Period size: 341 Copynumber: 5.5 Consensus size: 341
* * * *
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTCAAACAGACTACAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* ** *
66 AATGTCTTCCTTGAGAAA-AGTGAAGAAAAAAAATATTCATTTG-CAAGAAAAGTTCATTTAT-G
66 AATGTCTACCTTGAGAAACA-TGAAGAAAAAGCAT-TT-A-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* ** * **
128 TCTCTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTT
127 TCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** * *
193 AAGTTGAAA-TTTTTTACATTTATAGTTAAAACATACTGTACA-CAAATGCCTACCTTAGGAAAC
192 AAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATA-ATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* ** * * * * *
256 GTGTAGAAAAATCCATTTATTAG-GAAGAAAAGTCCATTAATAGTCTCTTATTCTTTC-AAAGCC
255 GTGAAGAAAAAAGCATTCATT-GCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC
*
319 TTATTACTCACTTTAAATAGTTT
319 TTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* *
342 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * *
407 AATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
66 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
* * * * *
472 CCCATTTCTTTAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATCATTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAG
130 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
537 TTAAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAACCATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACATGAA
195 TTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAA
* ** *
602 GAAAAAAGCATTCATTGCTATGAAAAGTTTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
260 GAAAAAAGCATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
*
667 CCCACTTTAAATGGTTT
325 CTCACTTTAAATGGTTT
* ** *
684 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTCATTAAAATAGACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
** * * ** * * * *
749 GCT-ACTTCCCTTG-GAAAACATGTTGAGAAAGCCATTTATTCAGAAGAAAAGTCCATTTACAGT
66 AATGTC-TACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAG-CATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * **
812 CTCCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACT-AGCCTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTG-TATT
128 CTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT-TT
* * * * * ** *
875 TAAGTT-GATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAAATTATAATTGAATG-CTTGCCTTGGGGAA
191 TAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAA
* * * * *
937 TGTGTAG-AAAAAGCCATTCATTGAC-AATAAAAGTTCTTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
254 CGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTG-CTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
* * *
1000 TCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTT
317 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* *
1025 TATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
** ** * *
1090 AATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
66 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
* *** *
1155 CCCATTCCCTCAAAAAATTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
130 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
1219 GTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGA
194 GTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGA
* *
1284 AGAAAAAAGCATTCATTTG-TAAGAAAAGTCCATTTAT-GTTTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTAT
259 AGAAAAAAGCATTCA-TTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1347 TACTCACTTTAAATGGTTT
323 TACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
1366 TATTATCTCATAATTGATCTTGAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTGTACA-C
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA-ATT
* * * *
1430 GAATGTCAACCTTGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGA-AAGAAAAGTCCATTAATAGT
65 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTTA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** * * *
1494 CTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCGTAATTGATTTTA
128 CTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
1559 TGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGATTGTCTACCTTAAGAAACGTA
193 AGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTG
* * * * *
1623 AAGAAAAATAG-ATTTATTGAC-AAGAAAAG-CCTATTTATAGCCACCCATTCCTCCAAAAGCCT
258 AAGAAAAA-AGCATTCATTG-CTAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
**
1685 TATTACTCACTTTAAATCATTT
320 TATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * * *
1707 TCTTATCTCATAGTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAACCATAATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* ** * * * *
1772 AACGTCTACCTCAAGAAACATGAATAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCT
66 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAGCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
* *
1837 CCTATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAAT-AGTTTTATAATCTC
130 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTTAAATGA-TTTTATAATCTC
1887 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1276, Mismatches: 226, Indels: 86
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 8 0.01
340 115 0.09
341 871 0.68
342 272 0.21
343 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG
AAAAAAGCATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATGGTTT
Found at i:980 original size:512 final size:506
Alignment explanation
Indices: 1--2033 Score: 1976
Period size: 512 Copynumber: 4.0 Consensus size: 506
* * * * *
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTCAAACAGACTACAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTG
* ** ** *
66 AATGTCTTCCTTGAGAAA-AGTGAAGAAAAAAAATATTCATTTGCAAGAAAAGTTCATTTAT-GT
66 AATGTCTACCTCAAGAAACA-TGAAG-AAAAAAGCATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** * *
129 CTCTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
128 CTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * ** *
194 AGTTGAAATTTTTTACATTTATAGTTAAAACATACTGTACA-CAAATGCCTACCTTAGG-AAACG
193 AGTTGAATTTTTTTACATTT-TAGTTAAAACATACTATA-ATTGAAT-CTTACCTT-GGAAAACG
* * * * *
257 TGTAGAAAAATCCATTTATTAGGAAGAAAAGTCCATTAATAGTCTCTTATTCTTTCAAAGCCTTA
254 TGTAGAAAAAGCCATTTATTA-GAAGAAAAGTCCATTTA-AGTCTCTCATCCTTTAAAAGCCTTA
*
322 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
317 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
*
387 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATG-CATTTATTGACA
381 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAA-GCCATTTATTGACA
* * * * * **
451 AGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATCATTT
445 AGAAAAGTTCT-TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
513 TATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAACCATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTG
* * **
578 AACGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGCTATGAAAAGTTTATTTATAGTCT
66 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
*
643 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
130 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * ** * *
708 TTGAATTTTTTTACATTGTTCA-TTAAAATAGACTATAATTGGCTACTTCCCTTGGAAAACATGT
195 TTGAATTTTTTTACATT-TT-AGTTAAAACATACTATAATTGAAT-CTTACCTTGGAAAACGTGT
* * *
772 TGAGAAAGCCATTTATTCAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCCCATACCTTTAAAAGCCTTATT
257 AGAAAAAGCCATTTATT-AGAAGAAAAGTCCATTTA-AGTCTCTCAT-CCTTTAAAAGCCTTATT
* ** *
837 ACT-AGCCTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTGTATTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTTTTA
319 ACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG
* * * * * * * *
900 TTAAAATAAATTATAATTGAATG-CTTGCCTTGGGGAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
382 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTTATTGACAA
* * * *
964 TAAAAGTTCTTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTT
446 GAAAAGTTCTTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * *
1025 TATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTG
**
1090 AATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
66 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
* *** * *
1155 CCCATTCCCTCAAAAAATTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
130 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * ** *
1220 TTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGA
195 TTGAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATCT-TACCTTGGA-AAACGTGT
* * * * * *
1284 AGAAAAAAG-CATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATGTTTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATT
257 AG-AAAAAGCCATTTATTAG-AAGAAAAGTCCATTTAAGTCTCTCA-TCCTTTAAAAGCCTTATT
* * * * *
1348 ACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATCTTGAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGT
319 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGT
* * * * *
1413 TAAAACAGACTGTACA-CGAATGTCAACCTTGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTGA-AA
383 TAAAACAGACTATA-ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTTA-TTGACAA
* * * *
1476 GAAAAGTCCATTAATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
446 GAAAAGTTCTTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
1537 TCTAATCTCGTAATTGATTTTATGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTG
* * * * * *
1601 ATTGTCTACCTTAAGAAACGTAAAGAAAAATAG-ATTTATTGACAAGAAAAG-CCTATTTATAGC
66 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTG-CAAGAAAAGTCC-ATTTATAGT
* * ** * * * *
1664 CACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTCTTATCTCATAGTTAATTTTA
128 CTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * ** *
1729 AGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAACCATAATT-AAACGTCTACC-TCAAGAAACA
193 AGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATC-T-TACCTTGGA-AAACG
* * *
1792 TGAATA-AAAAAG-CATTCATT-GCCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTC-CTATCCCTTCAAAAG
254 TG--TAGAAAAAGCCATTTATTAG--AAGAAAAGTCCATTTA-AGTCTCTC-AT-CCTTTAAAAG
* ********* *
1853 CCTTATTACTC-CTTTTAAATAGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTACA
312 CCTTATTACTCAC-TTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTATA
** *** * * * * * * * *
1917 TTTTTCATTAAGTTAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTCGAAAAACATGCAGAGAGAGCTATTTA
375 TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTTA
* * * * *
1981 TTTGA-AAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT
439 -TTGACAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
2034 AGCCTTNNNN
Statistics
Matches: 1267, Mismatches: 212, Indels: 84
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 12 0.01
511 313 0.25
512 866 0.68
513 75 0.06
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (506 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTG
AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATCTTACCTTGGAAAACGTGTAGAA
AAAGCCATTTATTAGAAGAAAAGTCCATTTAAGTCTCTCATCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAG
ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTTCT
TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
Done.