Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402362.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5441.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1838
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Warning! 37 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:831 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 403--1799 Score: 1366
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 171
393 GAAACGTGCA
* * ** * *
403 AAAAAGCCATTCATTAAGGAA-AAAAGTCTATTTATAGTCAATCATTTCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGCCATTCATTGA-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTA
** * * * **********
467 CTCATTTTTAATGATTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAANNNNNNNNNNTTTTTTATT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT
** * * * * * ** *
532 AAAACAGGGTATAATTGAATACCTGCTTTGGGAAACATGCAG
130 AAAACAGACTATAATTAAATGCTTACCTTGAAAAACATGTAG
* * * * *
574 AAAAAGCCTGTTCATTAAGAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGCC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTA
* * *
639 CTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT
*
704 AAAACAGACTATAATTAAATGCTTGCCTTGAAAAACATGTA-
130 AAAACAGACTATAATTAAATGCTTACCTTGAAAAACATGTAG
**
745 AAAAGAGTAATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTA
1 AAAA-AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTA
* * * *
810 CTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCTATT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT
* * * * * * *
875 AAAACAAACTATAAGTGATTGTTTACCTAGGAAAACATGTAG
130 AAAACAGACTATAATTAAATGCTTACCTTGAAAAACATGTAG
* * *
917 AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAC
* *
982 TCGCTTTGAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCTACATTTTTCT-
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TACATTTTT-TA
* * * **
1046 TTAAAACAGGCTATAATTGAAA-GCTTACC-TCAGGAAAGGTGTAG
128 TTAAAACAGACTATAATT-AAATGCTTACCTTGA-AAAACATGTAG
* * * * * * * * *
1090 AAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAAATCCATTTTTAGTAACCCATTCTTTCGAAAGCCTTCTTAC
1 AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAC
* *
1155 TCGGTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCT-TT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TATT
* * * * * *
1219 AAAACAGTCTATAATTGAATGTCTT-TC-TCAAGAA-AGGTACAG
130 AAAACAGACTATAATTAAATG-CTTACCTTGAAAAACATGT--AG
* * * * *
1261 AAAAAGCCGTTGATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTAT
1 AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAC
* * * * * **
1326 TCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTGTGGCATTTTTTATTA
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTA
* * * * ** *
1391 AAACAGACTATAACTGATTG-TCTACCTAGGGAAACATGCAG
131 AAACAGACTATAATTAAATGCT-TACCTTGAAAAACATGTAG
* * *
1432 -AAAAGCCATTCATT-AGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGGCCTATTA
1 AAAAAGCCATTCATTGA-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTA
1495 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT
* * *
1560 AAAACATACTATAATTAAATG-TCTACCTTGAGAAACATGAAG
130 AAAACAGACTATAATTAAATGCT-TACCTTGAAAAACATGTAG
* * * * * ** *
1602 AAACAAG-CATTCTTTGACAAGAAAACTCCATTTAGAGCCAGTCATTCCTTCAAAAAGCTTATTA
1 AAA-AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTA
* * * * * *
1666 TTCGCTTTAAACGGTTTTATAACCTCATAATCGATTTTAAGTT-ATTTTTTTTTACATTTTTTGT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTAT
* * * ** ** *
1730 TAAAACAGACTATAATTGATTGCCTACCTTGGGAAATGTATAG
129 TAAAACAGACTATAATTAAATGCTTACCTTGAAAAACATGTAG
* * *
1773 AAAAAGACATTGATTGAAAAGAAAAGT
1 AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGT
1800 TTCCTTCGAA
Statistics
Matches: 1017, Mismatches: 184, Indels: 50
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 156 0.15
171 569 0.56
172 149 0.15
173 137 0.13
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAC
TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTA
AAACAGACTATAATTAAATGCTTACCTTGAAAAACATGTAG
Found at i:1194 original size:344 final size:342
Alignment explanation
Indices: 403--1748 Score: 1396
Period size: 344 Copynumber: 3.9 Consensus size: 342
393 GAAACGTGCA
* * * * ** *
403 AAAAAGCCATTCATTAAGGAA-AAAAGTCTATTTATAGTCAATCATTTCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGTCATTCATT-GGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * * * ********** *
467 CTCATTTTTAATGATTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAANNNNNNNNNNTTTTTTATT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCTATT
*** *** * * ** * * *
532 AAAACAGGGTATAATTGAATACCTGCTTTGGGAAACATGCAGAAAAAGCCTGTTCATTAAGAAGA
130 AAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTAAGAAAACATGCAGAAAAAGCC-ATTCATTGAGAAGA
* * *
597 AAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAA
194 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*
661 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATT-AAAT
258 CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAA-
* * *
724 GCTTGCCTTGAAAAACATGTA-
322 GCTTACCTAG-GAAACATGTAG
* * * *
745 AAAAGAGTAATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTA
1 AAAA-AGTCATTCATTGGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
810 CTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCTATT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCTATT
* * * *
875 AAAACAAACTATAAGTGATTGTTTACCTAGGAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAA
130 AAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTAAGAAAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAA
* * * * *
940 AAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTAAAAT
195 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAC
*
1004 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCTACATTTTTCT-TTAAAACAGGCTATAATTGAAA
259 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-TACATTTTT-TGTTAAAACAGACTATAATTGAAA
**
1068 GCTTACCTCAGGAAAGGTGTAG
322 GCTTACCT-AGGAAACATGTAG
* * * * *
1090 AAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAAATCCATTTTTAGTAACCCATTCTTTCGAAAGCCTTCTTAC
1 AAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
1155 TCGGTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCT-TT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCTATT
** * ** * * *
1219 AAAACAGTCTATAATTGAATGTCTT-TCTCAAG-AAAGGTACAGAAAAAGCCGTTGATTGAGAAG
130 AAAACAAACTATAATTGAATGT-TTACCT-AAGAAAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAG
* * *
1282 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
193 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** * * **
1347 CCTAATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTGTGGCATTTTTTATTAAAACAGACTATAACTGATTG
258 CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAAG
*
1411 -TCTACCTAGGGAAACATGCAG
323 CT-TACCTA-GGAAACATGTAG
* * *
1432 -AAAAGCCATTCATTAGGAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGGCC-TATT
1 AAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-GCCTTATT
*
1494 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTAT
64 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCTAT
* * * * * * *
1559 TAAAACATACTATAATTAAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAACAAG-CATTCTTTGACAA
129 TAAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTAAGA-AAACATGCAGAAA-AAGCCATTCATTGAGAA
* * * ** * *
1622 GAAAACTCCATTTAGAGCCAGTCATTCCTTCAAAAAGCTTATTATTCGCTTTAAACGGTTTTATA
192 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
1687 ACCTCATAATCGATTTTAAGTT-ATTTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGA
257 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGA
1749 TTGCCTACCT
Statistics
Matches: 840, Mismatches: 140, Indels: 49
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 14 0.02
341 250 0.30
342 149 0.18
343 136 0.16
344 266 0.32
345 24 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
AAAAAGTCATTCATTGGGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCTATTA
AAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTAAGAAAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGCTT
ACCTAGGAAACATGTAG
Found at i:1392 original size:515 final size:510
Alignment explanation
Indices: 394--1748 Score: 1579
Period size: 515 Copynumber: 2.6 Consensus size: 510
384 TTGCCTTGGG
* * *
394 AAACGTGCA-AAAAAGCCATTCATTAAGGAAAAAAGTCTATTTATAGTCAATCATTTCTTCAAAA
1 AAACATGCAGAAAAAGCCATTCATT-AGGAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
** * * * **********
458 GCCTTATTACTCATTTTTAATGATTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAANNNNNNNNNN
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * *
523 TTTTTTATTAAAACAGGGTATAATTGAATA-CCTGCTTTGGGAAACATGCAGAAAAAGCCTGTTC
130 TTTTTTATTAAAACAGGCTATAATTGAA-AGCTTAC-CTAGGAAACATGAAGAAAAAG-C-ATTC
* * *
587 ATTAAGAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAAT
191 ATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAAT
*
651 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
255 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
* * * * *
716 AATTAAATGCTTGCCTTGAAAAACATGTAAAAAGAGTAATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
320 AATTGAATGCTTGCCTTCAAAAACAGGTAAAAAAAGCAATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * **
781 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCGTAATTGATT
385 AGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAACCTAATAATTGATT
* * * *
846 TTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCTATTAAAACAAACTATAAGTGATTGTTTACCTAGGA
450 TTAAGTTAAATTTTGTGACATTTTCTATTAAAACAAACTATAACTGATTGTCTACCTAGGA
*
907 AAACATGTAGAAAAAGCCATTCATT-GAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
1 AAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTAG-GAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
* *
971 AGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCT
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-T
** *
1036 ACATTTTTCT-TTAAAACAGGCTATAATTGAAAGCTTACCTCAGGAAAGGTGTAGAAAAAGTCAT
127 ACATTTTT-TATTAAAACAGGCTATAATTGAAAGCTTACCT-AGGAAACATGAAGAAAAAG-CAT
* * * * *
1100 TCATTGGGAAGAAAAATCCATTTTTAGTAACCCATTCTTTCGAAAGCCTTCTTACTCGGTTTAAA
189 TCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAA
* *
1165 TGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCT-TTAAAACAGTCT
254 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGACT
* * ** * *
1229 ATAATTGAATGTCTT-TC-TCAAGAA-AGGTACAGAAAAAGCCGTTGATTGAGAAGAAAAGTCTA
318 ATAATTGAATG-CTTGCCTTCAAAAACAGGTA-A-AAAAAGCAATTCATTGAGAAGAAAAGTCCA
* *
1291 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTAATAAT
380 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAACCTAATAAT
* * * *
1356 TGATTTTAAGTTCAATTTTGTGGCATTTTTTATTAAAACAGACTATAACTGATTGTCTACCTAGG
445 TGATTTTAAGTTAAATTTTGTGACATTTTCTATTAAAACAAACTATAACTGATTGTCTACCTAGG
*
1421 G
510 A
* * *
1422 AAACATGCAG-AAAAGCCATTCATTAGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAA
1 AAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTAGG-AAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
1486 GGCC-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
65 -GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
** *
1550 ATTTTTTATTAAAACATACTATAATT-AAATG-TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAACAAGCATT
129 ATTTTTTATTAAAACAGGCTATAATTGAAA-GCT-TACCTAG-GAAACATGAAGAAA-AAGCATT
* * * * * ** * * *
1613 CTTTGACAAGAAAACTCCATTTAGAGCCAGTCATTCCTTCAAAAAG-CTTATTATTCGCTTTAAA
190 CATTGAGAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC-AAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAA
* * * *
1677 CGGTTTTATAACCTCATAATCGATTTTAAGTT-ATTTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACT
254 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACT
1741 ATAATTGA
318 ATAATTGA
1749 TTGCCTACCT
Statistics
Matches: 717, Mismatches: 101, Indels: 49
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 8 0.01
512 153 0.21
513 25 0.03
514 203 0.28
515 279 0.39
516 48 0.07
517 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (510 bp):
AAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTTATTAAAACAGGCTATAATTGAAAGCTTACCTAGGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGA
GAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGA
ATGCTTGCCTTCAAAAACAGGTAAAAAAAGCAATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAACCTAATAATTGATTTTAAGT
TAAATTTTGTGACATTTTCTATTAAAACAAACTATAACTGATTGTCTACCTAGGA
Done.