Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402366.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5447.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2040
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Warning! 187 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:774 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 483--2036 Score: 1671
Period size: 172 Copynumber: 9.1 Consensus size: 171
473 NNNNNNNNNN
* * * *
483 TAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAATATTTAAATTTAAATAAAGTTT
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAA-ATTCAAATTTAAATCAATTTT
* * * * * * * *
548 GAGATTATAAAACTATTTAAACTGAGTAATAAGACTCTTGAAGCAATAGGTGACTTTAAATGGAC
65 GAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* **
613 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTTTTCATGTTTCTGAACA
130 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGG
* * * *
655 TAGACATTAAATCCAAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTATAAATAATTCAAATTTAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAA-AATTCAAATTTAAATCAATTTT
* *
720 GAGAATATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
65 GAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
785 TTCTCTTGCCAATTAATGCTCTCTTCTTTATGTATCTTG-GGG
130 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTC-TGAAGG
* * * * * * * * * *
827 TAGACAATCAATTATAATATGTCTTAACCAGAAA---A-AAAAATTGAACTTAAAACCAATTTTG
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTG
* * * * * *
888 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGCAATGTGTGACTCTAAATAGACT
66 AGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* *
953 TTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGA
131 TTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGG
* * * * *
994 TAGACATTCAATCCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGAACAAAAAATTTAAATTGAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAC-AAAAATTCAAATTTAAATCAATTTT
* * * * ** *
1059 GAGATTATAAAACTATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGGCTGGGTGACTATAAATGGAT
65 GAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * *
1124 TTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCATGG
130 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGG
* * * * * *
1166 TATAGATTCAATTTTATTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAATATTGAAATTTAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAA-ATTCAAATTTAAATCAATTTT
* * * * * *
1231 GAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGACTCTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAGGGAC
65 GAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
*
1296 TTTT-TTGCCAATGGATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGG
130 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGG
* *
1337 TAGACATTCAA-TCTCAGTCTGTTTTAGCAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTT
1 TAGACATTCAATTCT-AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAA-AATTCAAATTTAAATCAATTT
* * * * *
1401 TTAGAATATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGATGACTATAAAGGGA
64 TGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * **
1466 CTTCTCTTGCCGATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTG-AGG
129 CTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTC-TGAAGG
* * * * * *
1509 TAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACAAAAAATATAAAAAACAATTCAAATTCAAATCAATTA
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-ACAAA-AATTCAAATTTAAATCAATTT
* * *
1573 CG-GCAT-TACAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATG
64 TGAGAATATA-AAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * *
1636 GACTTTTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG
127 GACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGG
* *
1680 TAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAAT-ATATTA
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAA-AATTCAAATTTAAATCA-ATTT
* * * * *
1744 T-AAAATTATAAAAACATTTAAAATGACTAATAAGGCGTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
64 TGAGAA-TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
1808 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTCTCTTCTTCAAGTTTCTCAAGG
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGG
*
1852 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAATTCAATTTT
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAA-AATTCAAATTTAAATCAATTTT
* * * * * *
1917 GA-AATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTAAAAGAATGGATAACTATAAATAGA
65 GAGAA-TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * *
1981 CTTCTATTGCCAATTAATGCTCTCTTCTTTATGTTTCTTAGGG
129 CTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGG
**
2024 TAGATGTTCAATT
1 TAGACATTCAATT
2037 ATAA
Statistics
Matches: 1155, Mismatches: 201, Indels: 52
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 131 0.11
168 3 0.00
169 1 0.00
170 7 0.01
171 291 0.25
172 710 0.61
173 11 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTG
AGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGG
Found at i:1372 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 483--1949 Score: 1736
Period size: 343 Copynumber: 4.3 Consensus size: 342
473 NNNNNNNNNN
* * * *
483 TAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAATATTTAAATTTAAATAAAGTTT
1 TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAA-ATTCAAATTTAAATCAATTTT
* * *
548 GAGATTATAAAACTATTTAAACTGAGTAATAAGACTCTTGAAGCAATAGGTGACTTTAAATGGAC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTCTTGAAGCAATAGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
613 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTTTTCATGTTTCTGAACATAGACATTAAATCCAAGTCTGTT
130 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGATAGACATTCAATCCTAGTCTGTT
* *
678 TTAACCAAAAATGTATAAATAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTGAAAGT
195 TTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTGAAAGT
* *
743 GAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATTAATGCTCTC
260 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGCTCTC
* * **
808 TTCTTTATGTATCTTGGGG
325 TTCTTCATGTTTC-TCAGG
* * * * * * * * * *
827 TAGACAATCAATTATAATATGTCTTAACCAGAAA---A-AAAAATTGAACTTAAAACCAATTTTG
1 TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTG
* * * * *
888 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAGCAAT-GTGTGACTCTAAATAGAC
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTCTTGAAGCAATAG-GTGACTATAAATGGAC
*
952 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGATAGACATTCAATCCTAGTCTGTT
130 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGATAGACATTCAATCCTAGTCTGTT
* * * * * * * * *
1017 TTAACTAAAAATGAACAAAAAATTTAAATTGAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAGAGT
195 TTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTGAAAGT
* ** * * * * * *
1082 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGGCTGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATACTTTT
260 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGCTCTC
1147 TTCTTCATGTTTCTCATGG
325 TTCTTCATGTTTCTCA-GG
* * * * *
1166 TATAGATTCAATTTTATTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAATATTGAAATTTAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAA-ATTCAAATTTAAATCAATTTT
* * *
1231 GAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGACTCTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAGGGAC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTCTTGAAGCAATAGGTGACTATAAATGGAC
* *
1296 TTTT-TTGCCAATGGATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGGTAGACATTCAAT-CTCAGTCTGT
130 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGATAGACATTCAATCCT-AGTCTGT
* * *
1359 TTTAGCAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTTAGAATATAAAACCATTGAAAG
194 TTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTGAAAG
* * * *
1424 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGATGACTATAAAGGGACTTCTCTTGCCGATGAATGC-CT
259 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGCTC-
* * ** *
1488 TTTTCTTTACATTTCTTGAGG
323 TCTTCTTCATGTTTC-TCAGG
* * * * * *
1509 TAGACATTCAATTATAGTCT-GTTTAACAAAAAATATAAAAAACAATTCAAATTCAAATCAATTA
1 TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGT-ACAAA-AATTCAAATTTAAATCAATTT
* * * * * ** *
1573 CG-GCATTACAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGG
64 TGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTCTTGAAGCAATAGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
1637 ACTTTTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTA
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGATAGACATTCAATCCTAGTCTG
* * * *
1701 TTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAAT-ATATTAT-AAAATTATAAAAACATTTA
193 TTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCA-ATTTTGAGAA-TATAAAACCATTGA
* * * *
1764 AAATGACTAATAAGGCGTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
256 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGC
*
1829 TCTCTTCTTCAAGTTTCTCAAGG
321 TCTCTTCTTCATGTTTCTC-AGG
* * *
1852 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAATTCAATTTT
1 TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAA-AATTCAAATTTAAATCAATTTT
*
1917 GAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
1950 GCTTCTAAAA
Statistics
Matches: 944, Mismatches: 157, Indels: 45
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 278 0.29
340 4 0.00
341 1 0.00
342 22 0.02
343 502 0.53
344 134 0.14
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAAATTCAAATTTAAATCAATTTTG
AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTCTTGAAGCAATAGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGATAGACATTCAATCCTAGTCTGTTT
TAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTGAAAGTG
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGCTCTCT
TCTTCATGTTTCTCAGG
Found at i:1633 original size:515 final size:511
Alignment explanation
Indices: 483--2039 Score: 1737
Period size: 515 Copynumber: 3.0 Consensus size: 511
473 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
483 TAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAATATTTAAATTTAAATAAAGTT-
1 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAAATTCAAATTCAAATCAA-TTA
* * * * * * * * *
547 TGAGATTATAAAACTATTTAAACTGAGTAATAAGACTCTTGAAGCAATAGGTGACTTTAAATGGA
65 CGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * ** * * * *
612 CTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTTTTCATGTTTCTGAACATAGACATTAAATCCAAGTCTGT
130 CTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTAT
* * *
677 TTTAACCAAAAATGTA-TAAATAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTGAAA
195 TTTAACCAAAAATGTACAAAAT-ATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
741 GTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATTAATGCTC
259 ATGAGTAATAA-GC-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTTTGCCAATGAATGCTC
* * * * * * * * *
806 TCTTCTTTATGTATCTTG-GGGTAGACAATCAATTATAATATGTCTTAACCAGAAA---A-AAA-
321 TCTTCTTCATGTTTC-TGAAGGTAGACATTCAATT-CAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAG
* * * * * *
865 AATTGAACTTAAAACCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAAG
384 AATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * * *
930 CAATGTG-TGACTCTAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTAAAGA
449 AAATG-GATGACTATAAATAGACTTCTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCT-TAGG
** * * * * **
994 TAGACATTCAATCCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGAACAAAAAATTTAAATTGAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAAATTCAAATTCAAATCAATTAC
* * * * ** *
1059 GAGATTATAAAACTATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGGCTGGGTGACTATAAATGGAT
66 GAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
1124 TTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGTATAGATTCAATTTTATTCTATT
131 TTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATT
* *
1189 TTAACCAAAAATGTACAAAATATTGAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACT
196 TTAACCAAAAATGTACAAAATATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAAT
* * * * * *
1254 GAGTAATAAGACTCTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAGGGACTTTTTTGCCAATGGATACTTTTT
261 GAGTAATAAG-CT-TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGCTCTCT
* *
1319 TCTTCATGTTTCTGAAGGTAGACATTCAATCTCAGTCTGTTTTAGCAAAAAATGTACAAAGAATT
324 TCTTCATGTTTCTGAAGGTAGACATTCAAT-TCAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATT
* *
1384 CAAATTTAAATCAATTTTTAGAATATAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT
388 CAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT
** * **
1449 GGATGACTATAAAGGGACTTCTCTTGCCGATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGG
453 GGATGACTATAAATAGACTTCTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTT-AGG
1509 TAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACAAAAAAT-ATAAAAAACAATTCAAATTCAAATCAATT
1 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGA-AAAAAA-AATTCAAATTCAAATCAATT
* *
1572 ACG-GCATTACAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATG
64 ACGAG-ATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* *
1636 GACTTTTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCT
128 GACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCT
* * * *
1700 ATTTTAACCAAAAATGTACAAAGA-ATTCAAATTTAAAT-ATATTATAAAATTATAAAAACATTT
193 ATTTTAACCAAAAATGTACAAA-ATATTCAAATTTAAATCA-ATTTTGAGATTATAAAACCATTT
*
1763 AAAATGACTAATAAGGCGTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
256 AAAATGAGTAATAA-GC-TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATG
* *
1828 CTCTCTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAA
318 CTCTCTTCTTCATGTTTCTGAAGGTAGACATTCAATTC-AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAA
* *
1893 AGAATTCAAATTTAATTCAATTTTGA-AATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCT-
382 AGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAA-TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
1956 AAAAGAATGGATAACTATAAATAGACTTCTATTGCCAATTAATG-CTCTCTTCTTTATGTTTCTT
446 AAGA-AATGGATGACTATAAATAGACTTCTCTTGCCAATGAATGCCT-TTTTCTTTATGTTTCTT
2020 AGGG
509 A-GG
**
2024 TAGATGTTCAATTATA
1 TAGACATTCAATTATA
2040 A
Statistics
Matches: 887, Mismatches: 133, Indels: 48
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
509 2 0.00
510 55 0.06
511 254 0.29
512 4 0.00
513 3 0.00
514 165 0.19
515 404 0.46
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (511 bp):
TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAAATTCAAATTCAAATCAATTAC
GAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATT
TTAACCAAAAATGTACAAAATATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAAT
GAGTAATAAGCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGCTCTCTTC
TTCATGTTTCTGAAGGTAGACATTCAATTCAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAA
ATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGA
TGACTATAAATAGACTTCTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAGG
Done.