Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402380.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_546.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3462
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.11, T:0.31
Warning! 546 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:346 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9--2129 Score: 2055
Period size: 171 Copynumber: 12.5 Consensus size: 171
1 TATAATCT
* * * * * * *
9 GTTTTAATAAAAAATATTAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATAAAATTATAAAAATATTTAAA
1 GTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
* * * * ** *
74 GTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGTAAATGGATATCA
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCT
* * *
139 TTTTCTTCT-CGTTTCCCGAGTTAGACATTCAATTATTATTTA
130 TTTTCTT-TATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATTTA
* * * * *
181 TTTTTACTAAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAA
1 GTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAG
* * * * * **
246 TGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATGCGTGACTATAAAAAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTT
66 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTT
* * *
311 TTTCTTTATATTTCCTGAGGTAGACGTTTAATTATTATTT-
131 TTTCTTTATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATTTA
* * * * ***
351 GTTTTAATAAAAAATATAAAAAAGATTTAACTTATAATCAAATATGAGATTATAAATCCATTTAA
1 GTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAA
** * * * * *
416 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGATGATTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGGATATC
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATC
* * * *
481 TTTTTCTTCAAGTTTCCTGAGGTAGACATTTAATAATTA-TTA
129 TTTTTCTTTATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATTTA
* * * *
523 GTTCTAATGAAAGATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
1 GTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
* ** * * *
588 ACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTACTGGATATCT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCT
** ** *
653 TTTT-TTTACATTTCCCAAGGTTGACATTCAATTATTATTTA
130 TTTTCTTTATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATTTA
* * * * * * * * *
694 --TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCATCTTTAAATCCATTGTCAGATTATAAAAACAATTGAA
1 GTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
* * * * * * *
757 GCCAGTAA-AGAGCCCTTTGAAGGCGTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATT
65 GCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATC
* * * * *
821 TTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTTAATAATTA-TTA
129 TTTTTCTTTATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATTTA
* * * * *
863 CTTTTAATGAAACACGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
1 GTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
* * * * * *
928 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTACAAATGGACTTGTCTTACCACTGCATATCT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCT
* *
993 TTTTCTTCT-TGTTT-CTCAAGGTAGACAATCAATTATTATTTA
130 TTTTCTT-TATGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATTATTTA
** *
1035 -TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
1 GTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
* * * * *
1099 GCAAGTAA-AAGGTCTTTTGAAGACGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATA-C
65 GCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATC
*** * * *
1162 TTGTTTCTTCCCGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTACTATCT-
129 TT-TTTCTTTATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATTTA
* * *
1205 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTC-ATTATGAGATTATAAAAACATTTCA
1 GTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAA
** ** * * * *
1269 AGCTTGTAGA-AAGGCTTTTGAAGGTGTGGGTGATTATAAATGGACTCTTCTTGCTAATGAATAT
64 AGCGAGTA-ATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAT
* * * *
1333 CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-
128 CTTTTTCTTTATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATTTA
* * * * *** *
1376 GTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATAAGAGATTATAAAGCCATTGAAA
1 GTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
* * * *
1441 GCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCT
* * * *
1506 TTTT-TTTCATGTTT-CTAAAGGTAGACATACAATTATAATCTA
130 TTTTCTTT-ATGTTTCCT-GAGGTAGACATTCAATTATTATTTA
* * * * *
1548 -TTTTAATAAAAAATATAAAAATATAT-AATTTAAAATAAATTATAAGATTATAAAAATATTTAA
1 GTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAA
* * * * *
1611 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGTGTGAATACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATC
64 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATC
* ** *
1676 TTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATTATTTA
129 TTTTTCTTTATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATTTA
* *
1719 -TTTTAACTAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTGAAATCATTTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
1 GTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
** * * *
1782 TTGTGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGGATAT-T
65 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCT
* * * * * * *
1846 ATTT-TTTCTCGTTTCTTGAAGTAAACATTCAATTATAATCT-
130 TTTTCTTTAT-GTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATTTA
* ** *
1887 GTTTTAATAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTACAAGATTCTAAAAATATTTAAAG
1 GTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAG
* * * *
1951 CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAG-CACTGCATATCT
66 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGGATATCT
* * * * * *
2015 TTTTCTTCATGTCTCCTAAGGCAGACATTCAATAATTATCT-
130 TTTTCTTTATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATTTA
* * * *
2056 GTTTTGATGAAACA---CATAAAA---AA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
1 GTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
2114 GCGAGTAATAAGGCTT
65 GCGAGTAATAAGGCTT
2130 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1614, Mismatches: 293, Indels: 92
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 47 0.03
165 2 0.00
167 5 0.00
168 95 0.06
169 184 0.11
170 177 0.11
171 938 0.58
172 166 0.10
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTT
TTTCTTTATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATTATTTA
Found at i:1459 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 5--2129 Score: 2382
Period size: 513 Copynumber: 4.2 Consensus size: 513
1 TATA
* * * *
5 ATCTGTTTTAATAAAAAATATTAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATAAAATTATAAAAATATT
1 ATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATT
* * * **
70 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGTAAATGGAT
66 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGAT
* * * * * *
135 ATCATTTTCTTCTCGTTTCCCGAGTTAGACATTCAATTATTATTTATTTTTACTAAAAATGTAAA
131 ATCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * *
200 AAAAGTCAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTTAA
196 AAAATTCAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAAACATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * ** * *
265 AGGAATGCGTGACTATAAAAAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTATATTTCCTGAG
261 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAG
* * * * *
330 GTAGACGTTTAATTATTATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAGATTTAACTTATAATCAAATA
326 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAAATA
* ** ** * * * *
395 TGAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGATGATTATAAATGGA
390 AGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGA
* * * * * *
460 CTTTTCTTACAAATGGATATCTTTTTCTTCAAGTTTCCTGAGGTAGACATTTAATAATT
455 CTTTTCTTACCAATGCATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACAATCAATAATT
* * * * *
519 AT-TAGTTCTAATGAAAGATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATAT
1 ATCTA-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATAT
* * * * * * *
583 TTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTACTGGA
65 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGA
* * *
648 TATCTTTTT-TTTACATTTCCCAAGGTTGACATTCAATTATTATTTA-TTTAACTAAAAATATAA
130 TATCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACTAAAAATGTAA
* * * * * * * * *
711 AAAAATTCATCTTTAAATCCATTGTCAGATTATAAAAACAATTGAAGC-CAGTAA-AGAGCCCTT
195 AAAAATTCAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAACTGAGTAATA-AGGCTTT
* * * *
774 TGAAGGCGTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATTTTTTTCTTCATGTTTCCT
258 TGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT
* * * * * * * * ** * * *
839 AAGGCAGACATTTAATAATTAT-TACTTTTAATGAAACACGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTAA
323 GAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * * * *
903 TTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTACAAAT
387 ATAAGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * *
968 GGACTTGTCTTACCACTGCATATCTTTTTCTTCTTGTTT-CTCAAGGTAGACAATCAATTATT
452 AGACTTTTCTTACCAATGCATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACAATCAATAATT
* * * *
1030 ATTTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATAT
1 ATCTATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATAT
* * * *
1094 TTAAAGCAAGTAA-AAGGTCTTTTGAAGACGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
65 TTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGACATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGG
* * *** * * *
1158 ATA-CTTGTTTCTTCCCGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTACTATCTGTTTTAACTAAAAATGT
129 ATATCTT-TTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACTAAAAATGT
* * * *
1222 AAAAAAATTTAACTTAAAATTCATTATGAGATTATAAAAACATTTCAAGCT-TGTAGA-AAGGCT
193 AAAAAAATTCAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAAACATTT-AAACTGAGTA-ATAAGGCT
** * * * *
1285 TTTGAAGGTGTGGGTGATTATAAATGGACTCTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC
256 TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC
*
1350 TTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
321 CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
** * * *
1415 AATAAGAGATTATAAAGCCATTGAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTGTAAA
386 AATAAGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * *
1480 TAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTTTTCATGTTT-CTAAAGGTAGAC-ATACAATTATA
451 TAGACTTTTCTTACCAATGCATATCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACAAT-CAATAATT
* * * *
1543 ATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAATATATAATTTAAAATAAATTATAAGATTATAAAAATATT
1 ATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATT
* ** * * *
1608 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGTGTGAATACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT
66 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGAT
*
1673 ATCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACTAAAAATG-AAA
131 ATCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * *
1737 AAAATTCAACTTGAAAT-CATTTATGAGATTATAAAAATATTTAAATTGTGTAATAAGGCTTTCG
196 AAAATTCAACTTAAAATCCA-TTATGAGATTATAAAAACATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTG
* *
1801 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGGATAT-TATTTT-TTC-TCGTTTCTT
260 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCT-TTTTCTTCAT-GTTTCCT
* * *
1863 GAAGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAAT
323 GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAA
* * *
1926 TACA-AGATTCTAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
388 TA-AGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * *
1990 AGACTTTTCTTAGCACTGCATATCTTTTTCTTCATGTCTCCTAAGGCAGACATTCAATAATT
452 AGACTTTTCTTACCAATGCATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACAATCAATAATT
* * * * * *
2052 ATCTGTTTTGATGAAACACAT---AAAA---AA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATT
1 ATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATT
2110 TAAAGCGAGTAATAAGGCTT
66 TAAAGCGAGTAATAAGGCTT
2130 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1355, Mismatches: 229, Indels: 66
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
502 48 0.04
503 2 0.00
506 3 0.00
509 133 0.10
510 29 0.02
511 275 0.20
512 276 0.20
513 464 0.34
514 125 0.09
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (513 bp):
ATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATT
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGAT
ATCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATTATTTATTTTAACTAAAAATGTAAA
AAAATTCAACTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAAACATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGA
AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAG
GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATAA
GAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAC
TTTTCTTACCAATGCATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACAATCAATAATT
Found at i:3162 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2861--3461 Score: 679
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 169
2851 NNNNNNNNNN
* * * **
2861 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAATGTGTGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* ** * * *
2926 CAATAAATATACTTTTTTTACCAATGGGTATCTTTTTCTTCACATTTCACAAGGTAGACATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTT--CAAGATAGACATTCAA
2991 TTATTATCAGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAATCAACTT
129 TTATTATCAGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAATCAACTT
* * * ** * **
3032 AAAATTAAATATGAGGTTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGACGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
3097 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGATAGACATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTC-A-AGATAGACATTCAA
* * * * *
3162 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAACAATTGAACAT
129 TTATTATCAGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAA-TCAACTT
* * * * * * * *
3203 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAATGCGAGTAATATGGCTTTTGAACGCAAGTGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * * * *
3268 TTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTCCCAAGTTAGACATTCAAT
66 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACATT-TCAAGATAGACATTCAAT
* * *
3333 TATTATTATTTTTAA-TCAAAAATA-AAAAA-ATTCAACTT
130 TATTATCAGTTTTAACT-AAAAATATAAAAACAATCAACTT
* * * * *
3371 AAAATCAATTATGAGATTATATAAACATTTAAAATCAATAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
*
3436 CTATAGATGGACTTTTCTTACCAATG
66 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
3462 A
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 71, Indels: 15
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 78 0.22
169 2 0.01
170 44 0.12
171 228 0.65
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCAAGATAGACATTCAATT
ATTATCAGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAATCAACTT
Done.