Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402381.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5460.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 835
Length: 1392
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Warning! 20 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:462 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 85--1392 Score: 1088
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 169
75 TAAAACATAG
* * ** * * *
85 GAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCTTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* ** *
150 AGCCTTATTATTTTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAA-TTTTTTTT
* * **
215 ACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA
129 --ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* ** * * ** * * *
258 AAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGTCATCGAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * * * *
323 AGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTCTTTGT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTT-TTTTT
* * *
388 ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCTCGA
129 ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * *
429 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAGGCCTATTTATGGTCACCAATGCCGTTGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCC-TTCA
* * * * * *
493 AAA-CCCTATTA-TGGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGATAAATTGTTT
64 AAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-GATTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
556 TTACATTTTTGTTAAAATAGATTATTATTAAATGACTACCTTAA
127 TTA-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * *
600 GAAACGTGAAGTAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * * *
664 AAGACTTATTACTGGCCTTAAATTGATTTATAATCTCATAGTTGATTGTAAGTTG-A-TTTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TAAGTTGAATTTTTTTT
* * * *
727 ACCTTTTGGTT-TTGAAACATATTGTAATTGAATGTCTACCATGA
129 A--TTTT--TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * * * * ****
771 GAAACCTGAAGAAAAAACTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTNNNN
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
****** * *
836 NNNNNNATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTT-T
* * *
901 ATTTTTAGTTGAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTT-A
129 ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* ********** * *
941 GGAAACGTGNNNNNNNNNNCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAC
1 -GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * ** * * *
1006 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATTGTTTATTGTATGTGGAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TAAGTTGAATTTTTTT-
* * * * * *
1071 TATTTTAT-TTAGAATAGATTATAGTTGAGTGTCTACCTTGG
128 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * ** * * * * *
1112 GAAACGTGAAGAGAAAGATATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* *
1177 AGCCTTATTAC-CACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-TTTTTTTT
* * * * *
1241 CATTTTTAGTTAAAACTGATTATAATTAAATATCTAGCTTGA
129 -ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* ** * ** * **
1283 GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACTGAAGCCTTTGAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* **
1348 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGAT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
Statistics
Matches: 895, Mismatches: 212, Indels: 58
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 41 0.05
170 126 0.14
171 564 0.63
172 53 0.06
173 107 0.12
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTTAT
TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
Found at i:1239 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 91--1391 Score: 1276
Period size: 513 Copynumber: 2.5 Consensus size: 508
81 ATAGGAAATA
* * * * *
91 TGAAGAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTATGCTTTCAAAAGCCTT
1 TGAAG-AAAAGCTATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
*** *
156 ATTATTTTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTTACATTT
65 ATTA-CCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAA-TTTTTTTTACATTT
* * *
221 TTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAG
127 TTT-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAA-ATATTCATTAG
* * ** *
286 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGTCATCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTT
189 CAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCATCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* ** * *
351 ATTATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTCTTTGTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
254 ATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAA
* * *
416 ATGTCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAGGCCTATTTATGGTCAC
319 ATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAGGCCTATTTATAGTCAC
* * * * * *
481 CAATGCCGTTGAAAACCCTATTATGGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGA
384 CAATGCCCTTCAAAACCCTATTATGCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGA
546 TAAATTGTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATTATTAAATGACTACCTTAAGAAACG
449 TAAATTGTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATTATTAAATGACTACCTTAAGAAACG
* * * * * *
606 TGAAGTAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGACTT
1 TGAAG-AAAAGCTATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
** * * * * *
671 ATTACTGGCCTTAAATTGATTTATAATCTCATAGTTGATTGTAAGTTG-A-TTTTTTTACCTTTT
65 ATTAC-CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TAAGTTGAATTTTTTTTACATTTT
* * *
734 GGTTTTGAAACATATTGTAATTGAATGTCTACCATGAGAAACCTGAAGAAAAAACTATTCATTAG
128 --TTTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAA-TATTCATTAG
* * ********** * *
799 TAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTNNNNNNNNNNATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
189 CAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCATCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * *
864 ATAATCTCTTAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTGAAACAGATAATAATTGA
254 ATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAA
* ********** *
929 ATGTCTACCTTAG-GAAACGTGNNNNNNNNNNCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTC
319 ATGTCTACC-TAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAGGCCTATTTATAGTC
* * ** ** *
992 ACCCAT-CCCTTCACAAGCTTTATTACT-CGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATTGTTTATTGT
382 ACCAATGCCCTTCA-AAACCCTATTA-TGCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTGT
* * * * * * * **
1055 ATG-TGGAATT-TTTTTATATTTTAT-TTAGAATAGATTA-TAGTTGAGTGTCTACCTTGGGAAA
445 AAGAT-AAATTGTTTTTACATTTT-TGTTAAAATAGATTATTA-TTAAATGACTACCTTAAGAAA
1116 CG
507 CG
* *
1118 TGAAGAGAAAGATATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGA-AAAGCTATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
* *
1183 ATTACCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCATTTTT
65 ATTACCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT
* * * * * *
1248 AGTTAAAAC-TGATTATAATTAAATATCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAAC
129 -TTTAAAACAT-ATTATAATTGAATGTCTA-CCTGAGAAACATGAAGAAAAAAT-ATTCATTAGC
** * * * * *
1312 AAGAAAAGTCCATTTC-TAGTCACTGAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTT
190 AAGAAAAGTCCA-TTCATAGTCACCCATGCCATCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTT
1376 ATAATCTCATAATTGA
254 ATAATCTCATAATTGA
1392 T
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 135, Indels: 47
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 38 0.06
512 230 0.37
513 256 0.41
514 13 0.02
515 91 0.14
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
TGAAGAAAAGCTATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA
TTACCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTT
TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTGAGAAACATGAAGAAAAAATATTCATTAGCAAGAAA
AGTCCATTCATAGTCACCCATGCCATCGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
CATAATTGACTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTA
CCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAGGCCTATTTATAGTCACCAATGCC
CTTCAAAACCCTATTATGCGCTTTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGATAAATTG
TTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATTATTAAATGACTACCTTAAGAAACG
Done.