Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402384.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5463.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5526
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Warning! 643 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:659 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 82--1598 Score: 1094
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 169
72 TCCATTGACG
* * *
82 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACTTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTA
* * * * *
146 TAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTATTGGTTGAAACATATTGTAATTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGTTAAAATATATTATAATTGAA
* * ** * * * * * *
211 TGTGTGCTCCAAGAAAGTCCTG--CAAAAGCCATCCATTGGCA
129 TGTCTACTTTAGGAAA--CATGAAGAAAAACCATTCATTGGTA
* * * * * * * * * * *
252 GGAAAGGTCTAGTTATAGTCACTCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTGTTCT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * * * * * * * *
317 AATCCCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACGTTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGATT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* *
382 GTGTACTTT-GGAAA-AAGTAA-AAAAAGCCATTCATTGGTA
130 GTCTACTTTAGGAAACATG-AAGAAAAA-CCATTCATTGGTA
* * * * * * * *
421 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCATTCTAAAGCCCTATTACTGGCTTCAAA-AAGCTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTA
* ** *
485 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAATACATTATAATTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAA
* * * *
550 TGTCCACTTTAGGAAACACT-ATACAAAAACCATCCATTAGTA
129 TGTCTACTTTAGGAAACA-TGA-AGAAAAACCATTCATTGGTA
* * * ** * *
592 AGAAAAGTCCACTTATAATCACCTAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * ** * * **
657 AATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATGTTTCAACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAGC
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* *** * ** * *
722 GTTTACCCCAAGAAACATGAAGAAAACATTATTCATTTGCA
130 GTCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAA-ACCATTCATTGGTA
* * * *
763 AGAAAAATCCATTTATATTCTCCCATGCCTTCCG-AAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
* * * * * *
827 TAACCTCACAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGTTGAAAATATATTGTAATTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTT-AAAATATATTATAATTGAA
* * * * * * * * *
892 TGCCTGCTTTAGGAAACGTGATGTGAAAGCCATCCATTAGCA
129 TGTCTACTTTAGGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGGTA
* * * * * ** * *
934 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCTTTTGCAAGCCTTATTGTTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * ** * *
999 AATCTCGTAATTGATTTCAAGTTG-ATTCTTTTTACATTTTTGGTTAAACCAGATTATAATTGAC
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAA
* * * *
1063 TGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGGTA
129 TGTCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAA-ACCATTCATTGGTA
* * * * * * * *
1105 GGAAAAGTCTACTTATAGTCATCTATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* * * ** * * * *
1169 CATCGCATTATTGATTTTTGGTAGAATTTGTTTTACAATTTTTGTTAAAATAGAATAAAAGTTG-
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTAC-ATTTTTGTTAAAATATATTATAA-TTGA
* * * * *
1233 ATGTCCACCTCAAGAAACATGAAGAGAAAGCCATTCATT--TA
128 ATGTCTACTTTAGGAAACATGAAGA-AAAACCATTCATTGGTA
* * * * * *
1274 CGAGAAAAGTCCATATGTACTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
1 --AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
* * * * * *
1339 ATAAACTTATAAATCG-TTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTATTAAAGTATATTATTATTGA
64 ATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGA
* * * * * * *
1402 ATGTCTGGC-TTAGGAAACATAAAGAAATATCATTTATTGATG
128 ATGTCT-ACTTTAGGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGTA
* * * * *
1444 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAACCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
* *
1509 AATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAATTATATTA-ATATTGAA
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATATATTATA-ATTGAA
* * * *
1572 TGTTTGC-TTGGGAAACATGAAAAAAAA
129 TGTCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAA
1599 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1037, Mismatches: 270, Indels: 82
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 3 0.00
168 123 0.12
169 178 0.17
170 161 0.16
171 520 0.50
172 48 0.05
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATG
TCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGTA
Found at i:907 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 64--1562 Score: 1253
Period size: 342 Copynumber: 4.4 Consensus size: 339
54 AGTGTGATGT
* * * * *
64 AAAAGCCATCCATTGACGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACTTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACT
* * *
129 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTATTGGTTG-
66 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTGTTGA
* ** ** * * *
193 AAACATATTGTAATTGAATGTGTGCTCCAAGAAAGTCC--TGCAAAAGCCATCCATTGGCAGGAA
130 AAATATATTGTAATTGAATGCCTGCTTTAGGAAA--CCTATGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAA
* * * * * *
256 AGGTCTAGTTATAGTCA-CTCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTGTTCTAAT
193 AAGTCTACTTATAGTCACCT-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
320 CCCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACGTTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGATTGTG
257 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA-CGTT
* *
385 TA-CTTTGGAAA-AAGTAA-A
320 TACCTTAGGAAACATG-AAGA
* * * * *
403 AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCATTCTAAAGCCCTATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
468 GGCTTCAAAAAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATGTTTTTGGTT-A
66 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTGA
* * * * * *
532 AAATACATTATAATTGAATGTCC-ACTTTAGGAAACACTATACAAAAACCATCCATTAGTAAGAA
130 AAATATATTGTAATTGAATG-CCTGCTTTAGGAAAC-CTATGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAA
* * * *
596 AAGTCCACTTATAATCACCTAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATC
193 AAGTCTACTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
661 TCATAATTGATTTTACGTTGAATGTTTCAACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAGCGTTT
258 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT-TACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA-CGTTT
** *
726 ACCCCAAGAAACATGAAGA
321 ACCTTAGGAAACATGAAGA
** * * * * * *
745 AAACA-TTATTCATTTGCAAGAAAAATCCATTTATATTCTCCCATGCCTTCCGAAGCCTTATTGC
1 AAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTAC
* * * *
809 TCGCTTTAAAT-GATTTTATAACCTCACAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGTTG
65 TCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTG
* **
873 AAAATATATTGTAATTGAATGCCTGCTTTAGGAAACGTGATGTGAAAGCCATCCATTAGCAAGAA
129 AAAATATATTGTAATTGAATGCCTGCTTTAGGAAACCT-ATGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAA
* * * * **
938 AAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCTTTTGCAAGCCTTATTGTTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
193 AAGTCTACTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * ** *
1003 TCGTAATTGATTTCAAGTTGATTCTTTTTACATTTTTGGTTAAACCAGATTATAATTGACTGTTT
258 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-GTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAC-GTTT
*
1068 GCCTTAGGAAACATGAAGA
321 ACCTTAGGAAACATGAAGA
* * * * * * * *
1087 AAAGGCCATTCATTGGTAGGAAAAGTCTACTTATAGTCATCTATACCTTCCAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACT
* * * * ** * *
1152 CGCTTTAAAT-GGTTTATCATCGCATTATTGATTTTTGGTAGAATTTGTTTTACAATTTTTGTT-
66 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTA-TATTTTTGTTG
* * ** * * * * * * * *
1215 AAAATAGAATAAAAGTTG-ATGTCC-ACCTCAAGAAACATGAAG-AGAAAGCCATTCATTTA-CG
129 AAAATATATTGTAA-TTGAATG-CCTGCTTTAGGAAACCT-ATGCA-AAAGCCATCCA-TTAGCA
* * * * * **
1276 AGAAAAGTCCA-TATGTACTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
189 AGAAAAGTCTACT-TATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * ** * *
1340 TAAACTTATAAATCG-TTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTTATTAAAGTATATTATTATTGAA
253 TAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG-A
* * ** *
1403 TGTCTGGCTTAGGAAACATAAAGA
316 CGTTTACCTTAGGAAACATGAAGA
* * * *** * *
1427 AATA-TCATTTATTGATGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAACCCTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACT
* * * *
1491 AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTT-A
66 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTTGA
*
1554 AATTATATT
130 AAATATATT
1563 AATATTGAAT
Statistics
Matches: 925, Mismatches: 205, Indels: 61
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
338 23 0.02
339 196 0.21
340 189 0.20
341 51 0.06
342 439 0.47
343 25 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTGAA
AATATATTGTAATTGAATGCCTGCTTTAGGAAACCTATGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAG
TCTACTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGACGTTTACCTT
AGGAAACATGAAGA
Found at i:2342 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1701--2390 Score: 549
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 169
1691 NNNNNNNNGT
* * *
1701 CTTATTACTCACTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAAATTGAATTCTTTTA-ATT
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-T
* * * * * *
1765 TTTTGGATAAAA-AATTATGTAATTGAATGTCTGCTTCAAAAAAAGCGATGCAAAAGCTATCCAT
64 TTTTGGTTAAAATAATTA--TAATTGAATGTCTACTTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCAATCCAT
* * * * * * **
1829 TGGTAACAAAAGTCTATTTATACTCACCAAAGTTTTTGAAAGC
127 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGC
* * * * * *
1872 GTAATTACTCACTTTAGATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATGTTTTTACATT
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATT
* ** * ** * **
1937 TTTAGTTAAAATAGATTATGGTTGAGTGT-TCACCCCAA-AAAACATGAAG-AAAA-CATGATTT
65 TTTGGTTAAAATA-ATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAAGAAAA-GTGAAGCAAAAGCA--ATCC
* * * *
1998 ATTAACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGCCTCTT-AAAGC
125 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCT-TTGAAAGC
* *
2043 CTTATTACTCGA-TTTAAGTAGTTTTATAACCAT-ATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACA
1 CTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA
* * * * *
2106 CTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAATTTAGGAAACA-TGATA-CAAAAGCAATCC
63 TTTTTGGTTAAAATA-ATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAA-AGTGA-AGCAAAAGCAATCC
* *
2169 ATTAGCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGC
125 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGC
** * * * * *
2214 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTTAATTTTTTAATATT
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATT
* * * * * *
2279 TTTGGTTAAAATACATTTTAATTGAATGTGTGCTTCAAGAAAAGTGAAGCAAAGGCCATCCATTG
65 TTTGGTTAAAATA-ATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCAATCCATTA
* * * *
2344 GTAAGAAAAGTCCATTCATAGTCA-ATCAAGCCTTCGAAAGC
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTTGAAAGC
*
2385 ATTATT
1 CTTATT
2391 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 89, Indels: 50
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 21 0.05
171 359 0.89
172 17 0.04
173 7 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTT
TTGGTTAAAATAATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCAATCCATTAGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGC
Found at i:3116 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2854--4710 Score: 1370
Period size: 171 Copynumber: 10.9 Consensus size: 169
2844 GTACCTTGGA
* *
2854 AAACATGAA-AAAAGCCTTTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCT-AAA
1 AAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT-TGAAA
* * * * * * * *
2917 GCCCTATTAATCACTTCAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACG
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* *
2982 TTTTTGGTTAAAATACATTATAATTGAATGTCCACTTCAGG
130 TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTT-AGG
* * * * * * *
3023 AAACATGATGCAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCACTTATAATCACCTAAGCCTTTGAAA
1 AAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAA
* * * *
3088 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGCA-TTGAATGTTTCTAA
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * *
3152 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGAAT-T-TACCCTAAG
129 ATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT--GAATGTCTA-CTTAGG
* * * * *
3194 AAACATGAAGAAAA-CATTATTCATTGGCAAAAAAAAAATCCATTTATATTCACCCATGCCTTTC
1 AAACATGAAGAAAAGC--CATTCATTGGC--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTT-
* * * * * * *
3258 G-AAGCCTTATTGCTCGC-TTAAATAGTTTTATAACCTCACAATTCATTTTAAATTGAATTGTTT
61 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
3321 TACATTTTTGATTAAAATATATTGTAATTGAATG-CTTTCTTTAGG
126 TACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TAC-TTAGG
* * * * * *
3366 AAACATGATGTGAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGCAA
1 AAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAA
* * * ** *
3431 GCCTTATTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAA-CATCGCAATTGATTTCAAGTTG-ATTCTTTTTA
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTA
* ** * * * *
3494 CATTTTTAGTTAAACCAGATTAAAATTGAGTGTTTACCTTAGG
128 CATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTAGG
* * * * **
3537 AAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCACTTATAGTCACCTATA-CCTTCCAA
1 AAACATGAAGAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAA
* * * ** * *
3601 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATCATCTCATTATTGATTTTTGGTAGAATATGTTTTA
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTA
* * * * * * *
3665 CAATTTTT-GTTAAAACAGAATAAAAGTTG-ATGTCCACCTCAAG
128 C-ATTTTTGGTTAAAATATATTATAA-TTGAATGTCTA-CTTAGG
* * **** * * * * *
3708 AAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTAATGAGAAAAGTCCATATGTAGTCATCCATGCCTTTGACA
1 AAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAA
* * * * * **
3773 GTCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTTATAATTCTTTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * *
3837 TTTTT-ATTAAAGTATATTATTATTGAATGTCTGGCTT-GG
130 TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTAGG
* ** * * * * *
3876 AAAACATAAAGAAATA-ATATTTATTGACGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTTCA
1 -AAACATGAAGAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGA
* * * *
3939 AACCCTTATTACTCGCTTTAACTGCTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
4003 CATTTTTTGTTAAATTATATTAGAATTGAATGTTTACCTTGGG
128 CATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTAGG
* * * * ** * * ** *
4046 AAACATGAAGAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTTATGTCTTCAAAAC
1 AAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAG
* * * * *
4111 CCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTTATAAGTGATTTTAAATTGAATTCTTTTA-AT
66 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-
* * * * ** * *
4175 TTTTTGGATAAAAAATAGTGTAACCGAATGTCTGCTTCA-A
130 TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTT-AGG
* * * * * * * *
4215 AAAAAGGGATGCAGAAGCCATCCATTGGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCAAAGCCTTTGAA
1 AAACA-TGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAA
* * * * * * * * *
4280 AGCATAATTACTCACTTTAGATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTGTAT
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * ** * * *
4345 ATTTTTGATTAAAACAGATTATGGTTGAGTGT-TCACCCTAAG
129 ATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-A-CTTAGG
*** * *
4387 AAACATGAAGAAAACGTGTTTCATT-GCTAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGCCTCTT-A
1 AAACATGAAGAAAA-GCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCT-TTGA
* * * * *
4450 AAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAACCACATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTTA
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
*
4515 CACTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGG
128 CATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC-TTAGG
* * * * * *
4558 AAACATGATGCAAAAGCGATCCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAA
1 AAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAA
* * * *
4623 GCCTTATTACTCGCTTTTAATGG-----T--T-TCACAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATA
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* *
4680 TTTTTGGTTAAAATAGATTTTAATTGAATGT
130 TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
4711 GTGCTTCACG
Statistics
Matches: 1311, Mismatches: 315, Indels: 130
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 54 0.04
166 1 0.00
168 103 0.08
169 172 0.13
170 128 0.10
171 665 0.51
172 137 0.10
173 49 0.04
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTAGG
Done.