Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402388.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5468.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2259
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Found at i:419 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 76--2248 Score: 2182
Period size: 171 Copynumber: 12.8 Consensus size: 170
66 CATTAGAGGA
* * * * *
76 AAAAGTCCATTTATAAAT-ACTCAAGCCATTGAAAGCCTTATTTCTAGCTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTAT-AGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
140 TTCTCATAATTGGCTTTAA--T--A--GTTTTACATTTTTGGTAAAAATATGTTATAATTGAATG
65 TTCTCATAATT-GATTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATG
* * * * * * *
199 T-GTGCTTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATGAGACAA
129 TCG-ACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
* *
241 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
* * * *
306 TC-CAATAATTGGGTTTAAGTTGGATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATG
66 TCTC-ATAATT-GATTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATG
* * *
370 ACGACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATGGGAGAG
129 TCGACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
* * * **
412 AAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTACGTGGTTTTATAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
* * * *
477 TCTCATAATTCATTTCAAGTTGAATTTTTATATATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTT-AAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGT
** * * ** * * *
542 ATACGTCCA-GAAATATGAATCAAAAGCCATCCATTGGCGAG
130 CGACCT-TAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
* * * *
583 AAAAGTCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTCATAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
* * * * * *
648 TCTCATAATTGACTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAGTAGGCTATCATTAAATGC
66 TCTCATAATTGA-TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGT
* * * *
713 CAACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATGGGTGAG
130 CGACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
* * *
754 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
* * * * *
819 TCTCATAATTGATTTTAAATTAGATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGGCTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGA-TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGT
* * * * * * * * *
884 CTG-TCTAAAGAAGCATGAAACAAAAGCCATCCATTGCACAG
130 C-GACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
* * *
925 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCATATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATGT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
* * ** *
990 TCTCATAATTGGTTTTAAGTTAGATTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGA
66 TCTCATAATT-GATTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATG-
** * * * *
1055 T-TTCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCTAGTCAAT-AGAGA-
129 TCGACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCCATGGGAGAG
** * * * **
1095 AAAAACCCATTTATAGTCACACAAGCCATT-AAGAGCCATT-TTACTCACTTTAAATAATTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA-AGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * ** *
1158 ATTCTCATAATTAGTTTTAAATTAGATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATGCTATAATTAAAT
64 ATTCTCATAATT-GATTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAAT
* *
1223 GTCTG-CCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
128 GTC-GACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
* * ** * *
1266 AAATGTCTATTTATAGTTGCTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
** * * * *
1331 TCTCATAATTGATTCTAAGTCAGATGTTTTTGCATTTTTGATTAAAATATGCTATAATCGAATGT
66 TCTCATAATTGATT-TAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGT
* * *
1396 CTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT-GGAGGAG
130 CGACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGA-GAG
* * **
1437 AAAATTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
* * * * * * *
1502 TCTTATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTGTGATTAAAATAAGCTATAGTTGAATGT
66 TCTCATAATTGAT-TTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGT
* * ** **
1567 CTACCTTAGAAAACGTGATA-CAAAAGCCATCCAACGTTGAG
130 CGACCTTAGGAAACGTGA-AGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
** * * * *
1608 AAAAACCCATTTATAGTC-GTACAAGCCTTTAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATG
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
1672 TTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATGTTTTTACATTTTTGGTTAAACTATGCTATAATAGAATG
65 TTCTCATAATTGA-TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATG
*** * * * *
1737 TTTTTCTTTA-GAAACTTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGAGAG
129 -TCGACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
* * *
1779 AAATGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
* * * * ** *
1844 TTTCATAATTGGTTCTAAGTTGGATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAAAATATTATAATTGATTGT
66 TCTCATAATTGATT-TAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGT
* * * **
1909 CCACCTTAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCAAT-AAAGAG
130 CGACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC-ATGGGAGAG
* * *
1950 AAAAGTACATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
* * ** *
2015 T-TCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAATATAT--TATAATTAAATG
66 TCTCATAATTGATT-TAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA-ATATGCTATAATTGAATG
* * * ****
2077 ACTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAACAAAGAG
129 TCGACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
* ** * *
2119 AAATGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
* * * ** *
2184 TCTCATAATTGATTCTAAATTGGATTCTTTTATATTTTTTATTAAAATATGCTATAATCGAATGT
66 TCTCATAATTGATT-TAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGT
2249 TTGCCTTGGG
Statistics
Matches: 1673, Mismatches: 289, Indels: 86
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
164 3 0.00
165 70 0.04
167 1 0.00
168 1 0.00
169 114 0.07
170 233 0.14
171 1224 0.73
172 27 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
TCTCATAATTGATTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTC
GACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
Found at i:1901 original size:854 final size:844
Alignment explanation
Indices: 76--2259 Score: 2599
Period size: 854 Copynumber: 2.6 Consensus size: 844
66 CATTAGAGGA
* * *
76 AAAAGTCCATTTATAAAT-ACTCAAGCCATTGAAAGCCTTATTTCTAGCTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTAT-AGTCACTCAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
*
140 TTCTCATAATTGGCTTTAA--T-A-GTTTTACATTTTTGG-TAAAAATATGTTATAATTGAATGT
64 TTCTCATAATTGG-TTTAAGTTGATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAA-ATGTTATAATTGAATGT
* * * * * * *
200 GTGCTTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATGAGACAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAA
127 CTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCAAT-AGAGAAAAAA-TCCATTTATAGTCACTCAA
* *
265 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTC-CAATAATTGGGTTTAAGTTGG
190 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATATTCTC-ATAATT-GTTTTAAGTT-G
* ** *
329 ATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGAC-GACCTTAGGAAACATGAAGCA
252 ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATG-TATAATTAAATGACTG-CCTTAGGAAACATGAAGCA
* * * *
393 AAAGCTATCCATGGGAGAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
315 AAAGCCATCCATGGGAGAGAAATGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTC
** * * *
458 ACTTTACGTGGTTTTATATTCTCATAATTCATT-TCAAGTTGAATTTTTATATATTTTTGGTTAA
380 ACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTCT-AAGTAG-ATTTTT-TATATTTTTGATTAA
* * *** * *
522 AATATGCTATAATTGAATGTATACGTCCAGAAATATGAATCAAAAGCCATCCATTGGCGAGAAAA
442 AATATGCTATAATCGAATGTATACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCGAGAAAA
* * * *
587 GTCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTCATATTCTC
507 GTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTCATATTCTC
* * * *
652 ATAATTGACTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAGTAGGCTATCATTAAATGCCAAC
572 ATAATTGACTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTGTGATTAAAATAAGCTATCATTAAATGCCAAC
* * * ** ** *
717 CTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATGGGTGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCT
637 CTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAACGGTGAGAAAAACCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * *
782 TTGAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAATTAGATATT
702 TTAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAATTAGATATT
* * *
847 TTTATATTTTTGGTTAAAATAGGCTATAATTGAATGTCTGTCTAAAGAAGCATGAAACAAAAGCC
767 TTTACATTTTTGGTTAAAATAGGCTATAATAGAATGTCTGTCTAAAGAAACATGAAACAAAAGCC
912 ATCCATTGCACAG
832 ATCCATTGCACAG
* * * *
925 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCATATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATGT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAT
** *
990 TCTCATAATTGGTTTTAAGTTAGATTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGA
65 TCTCATAATTGG-TTTAAGTT-GA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAATGTTATAATTGAATG-
* * * *
1055 T-TTCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCTAGTCAATAGAGAAAAAACCCATTTATAGTCACACAA
126 TCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCAATAGAGAAAAAATCCATTTATAGTCACTCAA
* * *
1119 GCCATT-AAGAGCCATT-TTACTCACTTTAAATAATTTTATATTCTCATAATTAGTTTTAAATTA
190 GCCTTTGAA-AGCC-TTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATATTCTCATAATT-GTTTTAAGTT-
* * *
1182 GATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATGCTATAATTAAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGCA
251 GATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATG-TATAATTAAATGACTGCCTTAGGAAACATGAAGCA
** *
1247 AAAGCCATCCATGGGAGAGAAATGTCTATTTATAGTTGCTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTT
315 AAAGCCATCCATGGGAGAGAAATGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTC
* **
1312 GCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTCTAAGTCAGATGTTTTTGCATTTTTGATTAAA
380 ACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTCTAAGT-AGAT-TTTTTATATTTTTGATTAAA
* *
1377 ATATGCTATAATCGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TGGAGGAGAAAA
443 ATATGCTATAATCGAATGTATACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-CGAGAAAA
* * * * *
1441 TTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATATTCTT
507 GTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTCATATTCTC
* * *
1506 ATAATTGA-TGTTAAGTT-GAATTTTTTTAGATTTGTGATTAAAATAAGCTAT-AGTTGAATGTC
572 ATAATTGACT-TTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTGTGATTAAAATAAGCTATCA-TTAAATGCC
* * *
1568 TACCTTAGAAAACGTGATA-CAAAAGCCATCCAACGTTGAGAAAAACCCATTTATAGTC-GTACA
634 AACCTTAGAAAACGTGA-AGCAAAAGCCATCCAACGGTGAGAAAAACCCATTTATAGTCACT-CA
* * * *
1631 AGCCTTTAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGTTCTCATAATTGATTTTAAGTTGG
697 AGCCTTTAAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAATTAG
* * * * * ** * **
1696 ATGTTTTTACATTTTTGGTTAAACTATGCTATAATAGAATGTTTTTCTTTAGAAACTTGAAGTAA
762 ATATTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGGCTATAATAGAATGTCTGTCTAAAGAAACATGAAACAA
* *
1761 AAGCCATCCATTGGAGAG
827 AAGCCATCCATTGCACAG
* *
1779 AAATGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAT
* * *
1844 TTTCATAATTGGTTCTAAGTTGGATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAAAATATTATAATTGATTGT
65 TCTCATAATTGGTT-TAAGTT-GATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAAAATGTTATAATTGAATGT
* ** * * * * *
1909 CCACCTTAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCAATAAAGAGAAAAGTACATTTATATTCACTCAA
127 CTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCAT-CAATAGAGA-AAAAATCCATTTATAGTCACTCAA
* *
1974 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATATT-TCATAATTGATTCTAAGTTGAA
190 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATATTCTCATAATTG-TTTTAAGTTG-A
* * *
2038 TTTTTTTATATTTTTTATTAAATATAT-TATAATTAAATGACTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAA
253 TTTTTTTATATTTTTTATTAAA-ATATGTATAATTAAATGACTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAA
**** * *
2102 AGCCATCCAACAAAGAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCAC
317 AGCCATCCATGGGAGAGAAATGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
2167 TTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTCTAAATTGGATTCTTTTATATTTTTTATTAAAAT
382 TTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTCT-AAGTAGATT-TTTTATATTTTTGATTAAAAT
* *
2232 ATGCTATAATCGAATGTTTGCCTTGGGA
445 ATGCTATAATCGAATGTATACCTTGGGA
Statistics
Matches: 1136, Mismatches: 163, Indels: 68
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
848 2 0.00
849 71 0.06
851 1 0.00
852 1 0.00
853 187 0.16
854 734 0.65
855 128 0.11
856 12 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (844 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATATT
CTCATAATTGGTTTAAGTTGATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAATGTTATAATTGAATGTCTAC
CTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCAATAGAGAAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATATTCTCATAATTGTTTTAAGTTGATTTTTTTA
TATTTTTTATTAAAATATGTATAATTAAATGACTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
TGGGAGAGAAATGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
TTTTATATTCTCATAATTGATTCTAAGTAGATTTTTTATATTTTTGATTAAAATATGCTATAATC
GAATGTATACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCGAGAAAAGTCCATTTACAGTC
ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTCATATTCTCATAATTGACTTTAA
GTTAGATTTTTTTACATTTGTGATTAAAATAAGCTATCATTAAATGCCAACCTTAGAAAACGTGA
AGCAAAAGCCATCCAACGGTGAGAAAAACCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCATATT
ACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAATTAGATATTTTTACATTTTTGGT
TAAAATAGGCTATAATAGAATGTCTGTCTAAAGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGCACAG
Done.