Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402394.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5473.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2647
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Warning! 119 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:443 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1533 Score: 1410
Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 170
* * *
1 CTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAGA
1 CTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A
* * * * *
66 TTGTTTTAC-TTTTTGATT-AAACTATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAA
64 TT-TTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAA
* * * * ** * * ** **
129 AAGTCATCCATTGGTATTAAAAGTTCACTTATAGTCATTCAAGC
127 AAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* ** * * **** *
173 CTTTAAAAGCCTTATTACTC-GGTTAAATAGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAACCCATTT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * ** * * * *
237 TTTTATAGTTCTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGA
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGC
* * *
302 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCCCATTC
131 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * **
342 CCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *
407 TTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGC
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGC
* *
472 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTC
131 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * * * * *
512 CTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTCTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGATTT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-AT
** * * * * ** *
577 TTTTTACATTTACGGTCAAAACAAATTGTAATTGAATGTTTACCTCAGGAAATGTGATGAAAAA-
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAG
* ** * * * *
641 CCTATTCACTAATAAGAAGAGCCCATCTATTGTCACCC-TTGC
130 CC-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-C
* *
683 CTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA---
* * * * * *
747 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGATGAAAA
63 ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAA
* * * **
812 ATCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGC
128 AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* ** * * *
855 CTTCGAAAGAATTATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * * *
920 TTTTTATATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAG
* * * *
985 GCATTCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATCC
130 CCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * * * *
1026 CCTGAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTAGAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT-GAA
* * * * * * * ** *
1090 TTTTTTACCTTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGCCTGCCTCAGAAAATGTGAAAAAAAA
64 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAA
** * * * * *
1155 GTTATTCAGTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTGACTCATCC
129 GCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * * * *
1197 CCTCAAATGTCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * * *
1262 TTTTTACATTTATGATTAAAACATATTATAATTAAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAG
** * * *
1327 GAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTC
130 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * * * * * * *
1368 TTTCAAACGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAAATAATTTTAGGTTAAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
1433 TTCTTGCATTTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTATCTT-GAGAAACATGAAGAAAA
66 TT-TTACA-TTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAA
*
1497 AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCAC
128 AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
1534 TAATTAGTTT
Statistics
Matches: 1122, Mismatches: 218, Indels: 42
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 92 0.08
170 276 0.25
171 520 0.46
172 177 0.16
173 52 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGC
CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
Found at i:847 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 7--1534 Score: 1599
Period size: 343 Copynumber: 4.5 Consensus size: 342
1 CTTCGA
* * * * * *
7 AAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAGATTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTT
* * * * * * *
72 TAC-TTTTTGATT-AAACTATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGT-C
66 TACATTTTTGGTTAAAAC-AAATTGTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAATCC
* * * ** * * * * **
134 ATCCATTGGTATTAAAAGTTCACTTATAGTCATTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-GGTTA
129 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* **** * * * *
198 AATAGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAA-ACCCATTTTTTTATAGTTCTAATTAAAACAGAT
194 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGATTAAAACAGAT
* * * * * *
262 TATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
259 TATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATT
* * *
327 TATAGTCCCCCATTCCCTC
324 TATTGTCACCCATTCCTTC
* * *
346 AAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A-TTTT
1 -AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTT
* * *
409 TTACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
65 TTACATTTTTGGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAATCCA
* ** * * *
474 TTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTCTAA
130 TTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * * *
539 ATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTTACATTTACGGTCAAAACAAATT
195 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGATTAAAACAGATT
* * * * * ** * * * * * * *
604 GTAATTGAATGTTTACCTCAGGAAATGTGATGAAAAA-CCTATTCACTAATAAGAAGAGCCCATC
260 ATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATT
668 TATTGTCACCC-TTGCCTTC
324 TATTGTCACCCATT-CCTTC
* * *
687 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAG-ATTTTT
* * *
752 TTACATTTTTAGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGATGAAAAATCCA
65 TTACATTTTTGGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAATCCA
* * **
817 TTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGAATTATTACTCACTTTAA
130 TTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
882 ATAGTTTAATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTATGGTTAAAACAGATT
195 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGATTAAAACAGATT
* * *
947 ATAATTAAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTT
260 ATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTT
* **
1012 ATTGTCACCCATCCCCTGA
325 ATTGTCACCCAT-TCCTTC
*
1031 AAAGCCTTATTAATCACTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTT-AGATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTGTAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAGATTTT
* * * * * * ** * ** *
1093 TTTACCTTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGCCTGCCTCAGAAAATGTGAAAAAAAAGT-
64 TTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-TC
* * * * ** * * * *
1157 TATTCAGTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTGACTCATCCCCTCAAATGTCTTATTAATCACTTT
128 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
1222 AAATGGTTTTGTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGATTAAAACATA
193 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGATTAAAACAGA
* * *
1287 TTATAATTAAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
258 TTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCAT
*
1352 TTATTGTCACCCATTCTTTC
323 TTATTGTCACCCATTCCTTC
* * * * * *
1372 AAACGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAAATAATTTTAGGTT-AAATTTTC
1 AAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTT
* * * * * *
1436 TTGCATTTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCC
65 TTACA-TTTTTGGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAATCC
*
1501 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACT
129 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
1535 AATTAGTTTT
Statistics
Matches: 977, Mismatches: 190, Indels: 39
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
338 11 0.01
339 88 0.09
340 141 0.14
341 88 0.09
342 288 0.29
343 308 0.32
344 53 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTT
TACATTTTTGGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAATCCAT
TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGATTAAAACAGATTA
TAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA
TTGTCACCCATTCCTTC
Found at i:1266 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 250--1533 Score: 1515
Period size: 514 Copynumber: 2.5 Consensus size: 511
240 TATAGTTCTA
* * *
250 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAA
1 ATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAA
* * * *
315 GAAAAGTCCATTTATAGTCCCCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGCA
66 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTGTA
* * *
380 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATG
129 ATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATG
* * * *
444 TCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
194 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCA
* * * * * *
509 TTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTCTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
259 TCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTCTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * ** * **
574 TTTTTTTTACATTTACGGTCAAAACAAATTGTAATTGAATGTTTACCTCAGGAAATGTGATGAAA
324 TTTTTTTTACATTTACGGTCAAAACAAATTATAATTAAATGCCTACCTCAGAAAATGTGAAAAAA
* * * * * * *
639 AACCTATTCACTAATAAGAAGAGCCCATCTATTGTCACCCTTGCCTTCAAAGCCTTATTACTCAC
389 AACCTATTCACTAACAAGAAAAGCCCATCTATAGTCACCCATCCCCTCAAAGCCTTATTAATCAC
* * * *
704 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTTTTTACATTT-TT
454 TTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAG-ATTTTTTTACATTTATG
* * * * ** * *
762 AGTTAAAACAAATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGATGAAAAATCCATTCATTAGCA
1 A-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTA
* * ** ** **
827 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGAATTATTACTCACTTTAAATAGTTTAAT
65 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTGT
* * * *
892 AATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTAAAT
128 AATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAAT
* * *
957 GTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACC
193 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACC
* * **
1021 CATCCCCTGAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGT
257 CATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTCTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGA-TTTTAAGT
* * *
1085 TAGA-TTTTTTTACCTTT-CTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGCCTGCCTCAGAAAATGTGA
321 T-GATTTTTTTTACATTTAC-GGTCAAAACAAATTATAATTAAATGCCTACCTCAGAAAATGTGA
** * * * * * * * *
1148 AAAAAAAGTTATTCAGTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTGACTCATCCCCTCAAATGTCTTATT
384 AAAAAAACCTATTCACTAACAAGAAAAGCCCATCTATAGTCACCCATCCCCTCAAA-GCCTTATT
* *
1213 AATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTATG
448 AATCACTTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTTACATTTATG
* * * *
1276 ATTAAAACATATTATAATTAAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGA-ATTCATTGGTA
1 ATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGGTA
* * *
1340 AGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCTTTCAAACGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTGT
65 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTGT
* * * * *
1405 AATCTCATAAATAATTTTAGGTTAAATTTTCTTGCAT-TTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGA
128 AATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTT-TT-TATATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGA
* *
1469 ATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCAC
191 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCAC
1534 TAATTAGTTT
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 118, Indels: 26
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
512 5 0.01
513 268 0.42
514 314 0.49
515 53 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (511 bp):
ATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTGTAAT
CTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTC
TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATC
CCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTCTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATT
TTTTTTACATTTACGGTCAAAACAAATTATAATTAAATGCCTACCTCAGAAAATGTGAAAAAAAA
CCTATTCACTAACAAGAAAAGCCCATCTATAGTCACCCATCCCCTCAAAGCCTTATTAATCACTT
TAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTTACATTTATG
Found at i:1836 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1538--2036 Score: 558
Period size: 169 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
1528 TGTCACTAAT
* * *
1538 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTA
1 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTA
* * * ** *
1603 TAATTGAACGTCTGCTTTGGGAAACATGAAGCGAAAGT-AATCATTGGCATAA-AAAGTCCATTT
66 TAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-G-ATAAGAAAGT-CATTT
* * ***
1666 ATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAA
128 ATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACGAGCTTTAAA
* * *
1708 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAATTAAAACAGAATC
1 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTA
*
1772 TAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAGTGCATTTAT
66 TAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAGT-CATTTAT
* *
1837 AGTCACCCATACCTTTGGAAGCCTTATTACGAGCTTTAAA
130 AGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACGAGCTTTAAA
* * * * ** *
1877 TGGTTTTATAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTAAAATGTTTTTAGATTTTTGTTTAAAACTGATT
1 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATT
* * * * *
1942 ATAATTGACTATTTGCC-TGAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTTAATTG-CAAGAAAAGTCTAT
65 ATAATTGAATGTCTGCCTTG-AGAAACATGAAGAAAAAGTCA-TTCATTGATAAG-AAAGTC-AT
* * * *
2005 TTATAGTCACCTATTCCCTCAAAAGCCTTATT
126 TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATT
2037 GCTCACTTTA
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 43, Indels: 14
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 130 0.47
170 46 0.17
171 59 0.21
172 39 0.14
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAGTCATTTATA
GTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACGAGCTTTAAA
Done.