Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397768.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1066.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 3935 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:833 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--1002 Score: 686
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 168
* * * * ** * * * *
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATGAAAGGCTTTTCTACACGTTTC-CTATGATAGTCGTTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATGGTTTTTCTTTATGTTTCTCTAAG-TAGACATTC
* * *
65 AATTATTA-TCTGTTTGAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATA
64 AATTA-TAGTATGTTT-AATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
********** *
129 AANNNNNNNNNNGTGAGTAATAA-AGCTTTTGAAGGAATGGGT
127 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTTTTGAAGGAATGGGT
* * * *
171 GACTATAAATGGACTTGTCTTTCCAATGAATATGTTGTTCTTTATGTTTCTC-AAGGTAAACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGAAT-GGTTTTTCTTTATGTTTCTCTAA-GTAGACATT
* * * * **********
235 CAATTATTGTTTGTTTTATCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATA
63 CAATTATAGTATGTTTAAT-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
300 AAACAATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATGGGT
127 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGT
* * ** *
341 GACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAATGAATGGCTTTTCTACATGTTTC-CTAGGATAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATGGTTTTTCTTTATGTTTCTCTAAG-TAGACATTC
* * ********** *
405 AATTATTATCTAT-TTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTNNNNNNNNNNTCAATTATGAGTTTATA
64 AATTA-TA-GTATGTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * *
469 AAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTCAAGAAATGGGT
127 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * *
511 GATTATAAATGGA-TATTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTCCTTCATTTTTCTC-AAGGTAGACAT
1 GACTATAAATGGACT-TTTCTT-CCAATGAATG-GTTTTTCTTTATGTTTCTCTAA-GTAGACAT
** **********
574 TCAATTATTTTTAT-TTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTAT
62 TCAATTA-TAGTATGTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
637 AAAACATATTTAAAGCGAATAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGT
126 AAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGT
* * * *
681 GACTATAAAGGGACTTCTCTTGCCAACGAATGTGTTTTTCTTTATGTTTCTCTAAGTAGACATTT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATG-GTTTTTCTTTATGTTTCTCTAAGTAGACATTC
* * * * *
746 AATTATAGTATGCTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAA
64 AATTATAGTATG-TTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*
811 AACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGA-TTTTGAAGGAATGGGT
128 AACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GACTTTTGAAGGAATGGGT
* * *
852 GACTCTAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGTTTTTTCTATATGTTTC-CTAAGATAGGCATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATGG-TTTTTCTTTATGTTTCTCTAAG-TAGACATT
* * * **
916 CAATTATAGTTTGTTTCAATGAAAAATAT-AAAATCTTCAACTTAAAATCAATTATGA-ATT-TA
63 CAATTATAGTATGTTT-AATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
978 TAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
127 -AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1003 GCTNNNNNNN
Statistics
Matches: 636, Mismatches: 166, Indels: 62
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 133 0.21
170 231 0.36
171 235 0.37
172 32 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGGTTTTTCTTTATGTTTCTCTAAGTAGACATTCAA
TTATAGTATGTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGT
Found at i:918 original size:341 final size:327
Alignment explanation
Indices: 1--962 Score: 751
Period size: 340 Copynumber: 2.9 Consensus size: 327
** * * * * * * * *
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATGAAAGGCTTTTCTACACGTTTCCTATGATAGTCGTTCA
1 GACTATAAAGGGACTTCTCTTCTAAACGAATGGCTTTTCTACATGTTTCCTAAGATAGACATTCA
* * ** * **
66 ATTATTATCTGTTTGAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTAT-AA
66 ATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAA
********** * *
130 ANNNNNNNNNNGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTGTCTT-TC
131 ACCATTTAAAGGT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-
* *
194 CAATGAAT-ATGTTGTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTGTTTGTTTT-ATCCA
194 CAATGAATGAT-TTTTTC-TTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATT-TTTGTTTTAAT-CA
*
257 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAACAATTTAAAGCGACTAATA
255 AAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAA----------AGATTATAAAACAATTTAAAGCGAATAATA
*
322 AGGCTTTTGAAGGATGGGT
309 AGACTTTTGAAGGATGGGT
* * * *
341 GACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAATGAATGGCTTTTCTACATGTTTCCTAGGATAGACATTCA
1 GACTATAAAGGGACTTCTCTTCTAAACGAATGGCTTTTCTACATGTTTCCTAAGATAGACATTCA
** ********** **
406 ATTATTATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTNNNNNNNNNNTCAATTATGAGTTTATAAA
66 ATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAA
* * * *
471 ACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTCAAGAAATGGGTGATTATAAATGGA-TATTTCTTGC-
131 ACCATTTAAAGGTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTT-CT
* ** * * *
534 AAATGAATGCCTTTTCCTTCATTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTTTTATTTTAATCAAAA
194 CAATGAATGATTTTTTCTT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTTTTGTTTTAATCAAAA
*
599 ATGTAAAAAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAACATATTTAAAGCGAATAATAAGA
258 ATATAAAAAATTCAACTTAAA----------AGATTATAAAACA-ATTTAAAGCGAATAATAAGA
664 CTTTTGAAGGAATGGGT
312 CTTTTGAAGG-ATGGGT
* * **
681 GACTATAAAGGGACTTCTCTTGC-CAACGAATGTGTTTTTCTTTATGTTTCTCTAAG-TAGACAT
1 GACTATAAAGGGACTTCTCTT-CTAAACGAATG-GCTTTTCTACATGTTTC-CTAAGATAGACAT
* * * *
744 TTAATTA-TA-GTATGCTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATTAATTATGAAATT
63 TCAATTATTATCTAT--TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAAATT
* *
807 ATAAAACCATTTAAAGCGT-GTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTC
126 ATAAAACCATTTAAAG-GTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
871 TTCTCAATGAATGGTTTTTTCTATATGTTTC-CTAAGATAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTCAA
190 TTCTCAATGAATGATTTTTTCT-TATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTAT-TTTTGTTTTAA
* **
935 TGAAAAATATAAAATCTTCAACTTAAAA
252 TCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAA
963 TCAATTATGA
Statistics
Matches: 509, Mismatches: 93, Indels: 48
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 1 0.00
338 40 0.08
339 49 0.10
340 224 0.44
341 157 0.31
342 38 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (327 bp):
GACTATAAAGGGACTTCTCTTCTAAACGAATGGCTTTTCTACATGTTTCCTAAGATAGACATTCA
ATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAA
ACCATTTAAAGGTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCA
ATGAATGATTTTTTCTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTTTTGTTTTAATCAAAAATA
TAAAAAATTCAACTTAAAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAATAATAAGACTTTTGAAGGATGG
GT
Found at i:1041 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 143--1003 Score: 500
Period size: 170 Copynumber: 5.1 Consensus size: 170
133 NNNNNNNNGT
* * * * * * * *
143 GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTGTCTTTCCAATGAATATGTTG
1 GAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAGGGACTTCTCTTGCCAACGAATGTGTTT
* * * * * * *
208 TTCTTTATGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATTGTTTGTTTTATCCAAAAATATAAAAAAAT
66 TTCTATATGTTTCTCTAA-GTAGACATTCAATTATAGTATGCTTTAACCAAAAATAT-AAAACAT
* ********** * *
272 TCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAACAATTTAAAGC
129 TAAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
314 GACTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAAATGAATG-GCT
1 GAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAGGGACTTCTCTTGC-CAACGAATGTGTT
* * * ** *
376 TTTCTACATGTTTC-CTAGGATAGACATTCAATTATTATCTAT--TTTAATGAAAAATGTAAAAA
65 TTTCTATATGTTTCTCTAAG-TAGACATTCAATTA-TA-GTATGCTTTAACCAAAAATAT-AAAA
* ********** ** *
438 AATTNNNNNNNNNNTCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGT
126 CATTAAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * * * * **
483 TAGTAATAAGGCTTTTCAAGAAATGGGTGATTATAAATGGA-TATTTCTTGCAAATGAATGCCTT
1 GAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAGGGACT-TCTCTTGCCAACGAATGTGTT
* * ** * * *
547 TTCCT-TCATTTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATTTTTAT--TTTAATCAAAAATGTAAAAA
65 TTTCTAT-ATGTTTCTCTAA-GTAGACATTCAATTA-TAGTATGCTTTAACCAAAAATATAAAAC
* ********** * *
608 ATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAACATATTTAAAGC
127 ATTAAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAC-CATTTAAAGC
*
653 GAATAATAA-GACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAGGGACTTCTCTTGCCAACGAATGTGTT
1 GAGTAATAAGGA-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAGGGACTTCTCTTGCCAACGAATGTGTT
* * *
717 TTTCTTTATGTTTCTCTAAGTAGACATTTAATTATAGTATGCTTTAACCAAAAATGTAAAACAAT
65 TTTCTATATGTTTCTCTAAGTAGACATTCAATTATAGTATGCTTTAACCAAAAATATAAAAC-AT
*
782 TAAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGC
129 TAAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
824 GTGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATG-GTT
1 GAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAGGGACTTCTCTTGC-CAACGAATGTG-T
* * **
887 TTTTCTATATGTTTC-CTAAGATAGGCATTCAATTATAGTTTG-TTTCAATGAAAAATATAAAAT
64 TTTTCTATATGTTTCTCTAAG-TAGACATTCAATTATAGTATGCTTT-AACCAAAAATATAAAA-
* *
950 C-TTCAACTTAAAATCAATTATGAATTTAT-AAACCATTTAAAGC
126 CATTAAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGC
993 GAGTAATAAGG
1 GAGTAATAAGG
1004 CTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 541, Mismatches: 123, Indels: 54
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 135 0.25
170 201 0.37
171 176 0.33
172 27 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAGGGACTTCTCTTGCCAACGAATGTGTTT
TTCTATATGTTTCTCTAAGTAGACATTCAATTATAGTATGCTTTAACCAAAAATATAAAACATTA
AACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGC
Found at i:2741 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2360--3054 Score: 566
Period size: 170 Copynumber: 4.1 Consensus size: 170
2350 NNNNNNNNNN
* * * *
2360 AATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAACAACACTTTTGAA
1 AATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAA
* * ** * **
2424 GGAATGGGTGGCTATAAAT-AGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCGTTTTTCTTCATATTT-CTCA
66 CGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT-CTCAATGAATG-GCATTTCTACACGTTTCCT-A
* * * * *
2486 AGGTAAGA-ATTCAATTA-TAGTTTGTTTT-ATCAAAAAAGGTAAAA
127 GGGT-AGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAAT-GAGAAATGTAAAA
2530 CAATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-AATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAA
1 -AATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAA
* *
2593 ACGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-TTGCTTAATGAATGGCATTTCTACACGTTTCCTATG
65 ACGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCATTTCTACACGTTTCCTAGG
**********
2657 GTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTANNNNNNNNNNTAAAA
129 GTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATGAGAAATGTAAAA
* * * * * *
2699 AATTTCAACTTAAAATCAACTATCAGTTTATAAAACAATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAA
1 AATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAA
* ********** * * * *
2764 GGAATGGNNNNNNNNNNATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTCTACATGTTTTCTAGGGT
66 CGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCATTTCTACACGTTTCCTAGGGT
*
2829 AGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATGAGAAATGT-AAA
131 AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATGAGAAATGTAAAA
* **********
2868 AATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATNNNNNNNNNNA
1 AAT-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAA
* * * * *
2933 AGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTACATGTTTCCTGGGG
65 ACGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCATTTCTACACGTTTCCTAGGG
* * * * *
2998 TAGACAATGAATTATTTTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAA
130 TAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATGAGAAATGTAAAA
**
3039 AAAGTCAACTTAAAAT
1 AATTTCAACTTAAAAT
3055 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 92, Indels: 23
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.02
169 72 0.17
170 299 0.71
171 42 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAA
CGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCATTTCTACACGTTTCCTAGGGT
AGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATGAGAAATGTAAAA
Found at i:7980 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7641--9719 Score: 634
Period size: 171 Copynumber: 12.2 Consensus size: 169
7631 NNNNNNNTTG
* * *
7641 GCAAGAAAAGTCCCTTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATGTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTT
* ********** * *
7706 TTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTNNNNNNNNNNATTAAAATAGACTATAATTG
65 TTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTCTCATTAAAACAGACAATAATTG
* *
7771 AATGTCTAACGT-GAGAAACATGAATAAAAAAG-CATTCATTT
130 AATGTCTACCCTAGA-AAACATG--TAAAAAAGCCATTCATTT
* * *
7812 GCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTTC-TTAAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATAGTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
*
7876 TTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTCTCATTAAAACAGACAATAAT
65 TTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTCTCATTAAAACAGACAATAAT
*
7941 TGAATGTCGACCCTAGAAAACATGTAAAAAAGCCATTCA-TT
128 TGAATGTCTACCCTAGAAAACATGTAAAAAAGCCATTCATTT
* * * * ********** *
7982 GAGAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATTGTT
1 G-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * ** *
8047 TTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTAAAATGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACAGTAATT
65 TTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTCTCATTAAAACAGACAATAATT
* * * * * *
8112 GATTGTCTACCAC-AGGAAACATGTAGAAATGCCATTAATTAA
129 GAATGTCTACC-CTAGAAAACATGTAAAAAAGCCATTCATT-T
* * *********
8154 GC-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTNNNNNNNNN
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
* * * * * * * *
8218 NATAATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTGTTTTACATTTTTTGA-TAAAACAGACTATAATT
66 TATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTCTCATTAAAACAGACAATAATT
********** * *
8282 GAATG-CTTACCNNNNNNNNNNTGAAGAAAAATG-CATTCATTG
129 GAATGTC-TACCCTAGAAAACATGTA-AAAAA-GCCATTCATTT
* ** * ** *
8324 GCAAGAAAAGTCTATTTATAG-CTAGACATTCCTTCAAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATTA-T
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGT
* * *************** * ** *
8387 TTTATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
64 TTTATAAACTTATAATTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTCTCATTAAAACAGACAATAAT
* * * * *
8452 TGAATGTCCA-CCTCGAGAAACAT-TAAGAAAAACAATT-AATT
128 TGAATGTCTACCCTAGA-AAACATGTAA-AAAAGCCATTCATTT
* * * ********** *
8493 GCTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATGGTT
1 GC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * * * ** * *
8558 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTT-TTTTGCTAAAACAAACTATAA
65 TTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTCTCAT--TAAAACAGACAATAA
* * ** * * *** *
8622 TTAAATATCTA-TTTAGAGAAACTTG-AACAAAAACGCATTTGCTG
127 TTGAATGTCTACCCTAGA-AAACATGTAA-AAAAGC-CATTCATTT
* * * * *
8666 GCAAGAAAAGTCCCTTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA-TT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTT
* * * ********** * * ** *
8730 TTACAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
65 TTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTCTCATTAAAACAGACAATAAT
** * * * *
8795 TGAATGTCTA-GTTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTN
128 TGAATGTCTACCCTAGA-AAACATGTA-AAAAAGCCATTCATTT
********* * * * ** * **
8838 NNNNNNNNNGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGTGTTATTGCTCGTTTTAAATTA-TT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTT
* * * * ** **********
8902 TTAT-AA-TTGCATAATTAATTTTACGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAANNNNNNNNNN
65 TTATAAACTT--ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTCTCATTAAAACAGACAATAA
* *
8965 TTGAATGTGTACCTCAAG-AAACAT-TAAGAAAAAGCCATTCATTCT
127 TTGAATGTCTACC-CTAGAAAACATGT-A-AAAAAGCCATTCATT-T
* * * * * *
9010 -CAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCAATTTC-TTGAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTN
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
********** *
9073 NNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTCATTAAAATAGACAATAATT
65 TTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTCTCATTAAAACAGACAATAATT
* * *
9138 GAATGTCAACCCTAGAAAACATGTAGAAAAGCGATTCA-TT
129 GAATGTCTACCCTAGAAAACATGTAAAAAAGCCATTCATTT
* * * * *
9178 GAGAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT-AGTTTTAAATTGT
1 G-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGT
* * * * ** *
9242 TTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACAATAAT
64 TTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTCTCATTAAAACAGACAATAAT
* ** * *
9307 TGAATGTCTACCAC-AGGAAATGTGTAAAAATGCCATTCATTAA
128 TGAATGTCTACC-CTAGAAAACATGTAAAAAAGCCATTCATT-T
*********** ** *
9350 GC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCANNNNNNNNNNTTATTACTTGCTTTAAATTGTTT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
* ** * * ** *
9414 TATAATCGCATAATTGATTGTAAGTTAAATGTTTTTACATTT-TTTTATAAAACAGACTATAATT
66 TATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTCTCAT-TAAAACAGACAATAATT
* ********** *
9478 GAATG-CTTACCTTGAGAANNNNNNNNNNNAAAG-CATTCATTG
129 GAATGTC-TACCCT-AGAA-AACATGTAAAAAAGCCATTCATTT
* * ** *
9520 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATTA-TT
1 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTT
* * * * * ** * *
9584 TTATAATCTTATAATTAATTTTAAATTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAGTT
65 TTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTCTCATTAAAACAGACAATAATT
* * * * * *
9649 GAATATCCACCTCAAG-AAACA--TAAAGAAAACAATT-AATT
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* *
9688 GCCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTC
1 G-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
9720 CTTNNNNNNN
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Consensus pattern (169 bp):
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TATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTCTCATTAAAACAGACAATAATTGA
ATGTCTACCCTAGAAAACATGTAAAAAAGCCATTCATTT
Found at i:10964 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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9975 NNNNNNGTTA
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10218 GAAAAGTCCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTC-ATTCCTNNNNNNNNNNTATT
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* * *
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**** ** * * *
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* *********** *
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**********
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* * * *
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*
10792 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTG
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** * * * * * * *
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* *
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********** * *
10967 GNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTT
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* * * *
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11070 AAAAATGCATCCGTTG-GAAAGAAAATTCTCTTTATAGTCATCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
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* * * **********
11133 ATTCGCTTTAAATATGTTTTATAATCTTANNNNNNNNNNTAAGTTG
127 ACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
11179 AATTTTTTTACATATTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCATGA-GAAACATGA-AG
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* * * * *
11242 AAAAAGGCATTCATTTG-CAAGAAATGTCCATTTATAGTCA-CACATTCCTTGAAAAGCCTTATT
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** * **********
11305 ACTTACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGANNNNNNNNNN
127 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
11350 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTATCC-TAGGAAACATATAG
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* * * * *
11413 -AAAAACCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
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**********************
11477 TCGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTG
129 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
11520 AATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGTATATCTA-CTTAGAGAAACGTGA-AG
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* * *
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* *
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11739 ACAGGAAACA
Statistics
Matches: 1143, Mismatches: 379, Indels: 121
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Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 9 0.01
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171 574 0.50
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173 17 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTACGAAACATATAGAA
AAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
Done.