Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402410.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_549.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25453
ACGTcount: A:0.23, C:0.09, G:0.07, T:0.24
Warning! 9519 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:761 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 414--762 Score: 385
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
404 NNNNNNNNNN
* * * * * *
414 TCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATGATGCTTTCGAAGGCACGGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGACTATAAAAACATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCACGGATGACTAT
* * * *
479 AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTATTATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAT
66 AAATGAACTTTTCTTACCAATGAATATCTATTTCTTATCATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAT
* * **********
544 AATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAATATNNNNNNNNNNA
131 AATCTGGTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAAATTAAAA
* * *
585 TCAATTATGAGGCTATAAAAACATTT-AAGCCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTA
1 TCAATTATGAGACTATAAAAACATTTAAAG-CGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCACGGATGACTA
* * * * * * * *
649 TAAATGAACTTTTCTTGCCAGTGGATATCTATTTCTTCTCGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTT
65 TAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATATCTATTTCTTATCATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTA
714 TAATCTGGTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAAATTAAAA
130 TAATCTGGTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAAATTAAAA
756 TCAATTA
1 TCAATTA
763 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 33, Indels: 2
0.80 0.18 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 141 0.98
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TCAATTATGAGACTATAAAAACATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCACGGATGACTAT
AAATGAACTTTTCTTACCAATGAATATCTATTTCTTATCATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAT
AATCTGGTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAAATTAAAA
Found at i:2450 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2150--3240 Score: 928
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 171
2140 NNNNNNNNNN
* * * *
2150 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAATTTTAATTTTATTTAT-TTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTTATATTTTTAT
* * * *
2214 TAAAACATATTATAATTGAATGTTTAG-C-TTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCGTTGGCAA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGTCATAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* *
2277 GAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATACTTGTAGAAGCCTTTTT
130 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACTT-TAGAAGCCTTATT
* * * *
2320 ACTCGCTTTAAATAATTTGATAATCTGATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTATATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-AT
* * * * * *
2385 TAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-GTCATAG-GAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGTCATAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * * * *
2448 GAAAAGTTTCTTTATAGTCATCTATACTTTCGAAAGTCTTATT
130 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACTTTAG-AAGCCTTATT
* * * * * *
2491 ACTCACTTGAAATAATTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTACTTTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTTTAT
* * * * * * *
2556 TAAAACTGATTATAATTGAATGCCTAG-C-TTGAGAAATGTGGAGAAAAAAATATCCATTGGTAA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGTCATAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * * * *
2619 GAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATN
130 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT-ACTTTAGAAGCCTTATT
**************** *
2662 NNNNNNNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTAAT
1 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-AT
* * * * * *
2727 TAAAAAAAATTATAATTGAATATCCA-TC-TCA-AGAAACGTG-AGGAAAAGATATCCATTGGAA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGTCAT-AGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA
* *
2788 AGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATTTCTTT-GAAAGCCTTATT
129 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-TACTTTAG-AAGCCTTATT
* *
2832 ACTCGC-TTAAATAATTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTATTTA
1 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TT-TTTA
* *
2896 TTAAAACATG-TTATAATTGAACGTCTA--CCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGG
64 TTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTAGTCAT-AGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGG
********** *
2957 CAAGAAAAGTGC-ATTTATAGTNNNNNNNNNNTTCGAAAGCCTTATT
127 CAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATACTTTAG-AAGCCTTATT
* * *
3003 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTCTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT-TTTAT
* * * * * *
3068 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA--CCTTGAGAAACGTGAGGAAAATGATATTCATTGACAA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGTCATAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * * * *
3131 GAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATT
130 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACTTTAG-AAGCCTTATT
* * *
3174 ACTTGCTTTAAA-AGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATA-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTA
3238 TTA
64 TTA
3241 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 732, Mismatches: 162, Indels: 53
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 44 0.06
170 153 0.21
171 475 0.65
172 60 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTATT
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGTCATAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG
AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACTTTAGAAGCCTTATT
Found at i:3025 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 2150--3240 Score: 1025
Period size: 341 Copynumber: 3.2 Consensus size: 337
2140 NNNNNNNNNN
* ** * * *
2150 ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAATTTTAATTTTATT-TATTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * *
2214 TAAAACATATTATAATTGAATGTTTAGCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCGTTGGCAAGA
66 TAAAACATGTTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA
* * * *
2279 AAAGTCTATTTATAGTCAGCC-ATACTT-GTAGAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATAATTTGATA
131 AAAGTC-ATTTATAGT-AACCAAGACTTCG-A-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATA
* * * *
2342 ATCTGATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATG
192 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * ** * *
2407 T-C-TGTCATAGGAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTTTCTTTATAGTCATC
256 TCCATCTCA-A-GAAACGT-GAGGAAAAGATATTCATT-GAAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACC
* *
2470 TA-TACTTTCGAAAGTCTTATT
317 CATTACTTT-GAAAGCCTTATT
* * * *
2491 ACTCACTTGAAATAATTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTACT-TTTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTTTTA
* * * * *
2555 TTAAAAC-TGATTATAATTGAATGCCTAGCTTGAGAAATGTGGAGAAAAAAATATCCATTGGTAA
65 TTAAAACATG-TTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
* * * * * *****************
2619 GAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATA
129 GAAAAGT-CATTTATAGT-AACCAAGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATA
* * * *
2684 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTAATTAAAAAAAATTATAATTGAATA
192 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATG
*
2749 TCCATCTCAAGAAACGTGAGGAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAT
256 TCCATCTCAAGAAACGTGAGGAAAAGATATTCATT-GAAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAT
*
2814 TTCTTTGAAAGCCTTATT
320 TACTTTGAAAGCCTTATT
** *
2832 ACTCGC-TTAAATAATTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTATTTA
1 ACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT-TTTA
* * **
2896 TTAAAACATGTTATAATTGAACGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG
65 TTAAAACATGTTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG
*********
2961 AAAAGTGCATTTATAGTNNNNNNNNNNTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAA
130 AAAAGT-CATTTATAGT-AACCAAGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAA
* * *
3026 CCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTCTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
193 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT-TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * ** *
3091 CTACCTTGAGAAACGTGAGGAAAATGATATTCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGCCACCCA
257 CCATCTCAAGAAACGTGAGGAAAA-GATATTCATTGA-AAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCA
** * *
3155 TGCCTTCGAAAGCTTTATT
319 TTACTTTGAAAGCCTTATT
* *
3174 ACTTGCTTTAAA-AGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATA-ATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA
3238 TTA
65 TTA
3241 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 597, Mismatches: 135, Indels: 35
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 45 0.08
341 265 0.44
342 225 0.38
343 57 0.10
344 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
ACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTAT
TAAAACATGTTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA
AAAGTCATTTATAGTAACCAAGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCAT
CTCAAGAAACGTGAGGAAAAGATATTCATTGAAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATTACTTT
GAAAGCCTTATT
Found at i:3196 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 2154--3240 Score: 1215
Period size: 512 Copynumber: 2.1 Consensus size: 512
2144 NNNNNNACTC
* * * *
2154 GCTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAATTTTAATTTTATT-TATTTTTTATTAAA
1 GCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTATATTTTTTATTAAA
* * * ** ** * *
2218 ACATATTATAATTGAATGTTTAGCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCGTTGGCAAGAAAAG
65 AAAAATTATAATTGAATATCCAGCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAG
* * * *
2283 TCTATTTATAGTCAGCCATACTTGTAGAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATAATTTGATAATCTGA
130 CCTATTTATAGTCACCCATACTTGTAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTGATAATCTCA
* * * *
2348 TAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTC
195 TAATTAATTTTAAGTGAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAACGTCTCTC
* * *
2413 ATAGGAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTTTCTTTATAGTCATCTATACTTT
260 ATAGGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTGCTTTATAGTCATCTATACTTT
* **
2478 CGAAAGTCTTATTACTCACTTGAAATAATTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTAAAATTTTT
325 CGAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATAATTTTATAACCTCACAATTGATTTTAAGTAAAATTTTT
* * * *
2543 TTACTTTTTTTATTAAAACTGATTATAATTGAATGCCTAGCTTGAGAAATGTGGAGAAAAAAATA
390 TTACTTTCTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGGAGAAAAAAATA
** * *****
2608 TCCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATNNNNN
455 TCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
************ *
2666 NNNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTAATTAAA
1 GCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ATATTTTTTATTAAA
* *
2731 AAAAATTATAATTGAATATCCATCTCAAGAAACGTG-AGGAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAG
65 AAAAATTATAATTGAATATCCAGCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAG
* * *
2795 CCTATTTATAGTCACCCATTTCTT-T-GAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATAATTTTATAGTCT
130 CCTATTTATAGTCACCCA-TACTTGTAG-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTGATAATCT
* * *
2857 CATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTATTTATTAAAACATG-TTATAATTGAACGTC
193 CATAATTAATTTTAAGTGAAATTTTTTTATATTT-TTGATTAAAACA-GATAATAATTGAACGTC
* * * *****
2921 TACCTCA-A-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG-TGCATTTATAGTNNNNN
256 T--CTCATAGGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTGC-TTTATAGTCATCT
***** * * **
2983 NNNNNTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCACAATTGATTTTAAGTTG
318 ATACTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATAATTTTATAACCTCACAATTGATTTTAAGTAA
*
3048 AATTTTTTTA-TATTCTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT-GAGG
383 AATTTTTTTACT-TTCTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGGA-G
** * * * *
3111 AAAATGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTAC
446 AAAAAAATATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
3176 TT
511 TT
* *
3178 GCTTTAAAAGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTA
1 GCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTTATTA
3241 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 465, Mismatches: 98, Indels: 24
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 56 0.12
512 353 0.76
513 53 0.11
514 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (512 bp):
GCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAA
AAAATTATAATTGAATATCCAGCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGC
CTATTTATAGTCACCCATACTTGTAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTGATAATCTCAT
AATTAATTTTAAGTGAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAACGTCTCTCA
TAGGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTTGCTTTATAGTCATCTATACTTTC
GAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATAATTTTATAACCTCACAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTT
TACTTTCTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACGTGGAGAAAAAAATAT
CCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
Found at i:9072 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8745--9139 Score: 411
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
8735 NNNNNNNNNN
*
8745 TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTGATATTTTTATTAAAATAGATTATAAT
1 TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTCTTGATATTTTTATTAAAATAGATTATAAT
* * * * * * *
8810 TGAATGTTTGGCTTGAGAAACCTGAAGAAAAAGACTTCCATTTGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGT
66 TGAATGTCTGGCCTCAGAAACATAAAGAAAAAGACTTCCATTGGAAAGAAAAGTCCGTTTATAGT
* * *
8875 CACCCGTGCGTTCAGAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATGA
131 CACCCATGCGTTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * *
8915 TTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTGAATTTCCTT-ATATCTTTTATTTAAATAGTTTATA
1 TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTT-CTTGATAT-TTTTATTAAAATAGATTATA
**********
8979 ATTGAATGTCT-GCCTCATGAAACATAAAGAAAAAGA-TATCCATTGGAAAGAANNNNNNNNNNA
64 ATTGAATGTCTGGCCTCA-GAAACATAAAGAAAAAGACT-TCCATTGGAAAGAAAAGTCCGTTTA
* * **
9042 TAGTCACCCATTCTTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTC
127 TAGTCACCCATGCGTTCAG-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * * *
9086 TTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAA
1 TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTCTTGATATTTTT-ATTAAA
9140 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 34, Indels: 13
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 50 0.27
171 134 0.73
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (170 bp):
TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTCTTGATATTTTTATTAAAATAGATTATAAT
TGAATGTCTGGCCTCAGAAACATAAAGAAAAAGACTTCCATTGGAAAGAAAAGTCCGTTTATAGT
CACCCATGCGTTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
Found at i:11985 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 11668--12166 Score: 520
Period size: 172 Copynumber: 2.9 Consensus size: 168
11658 TTGAATTTTT
* * *
11668 TTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTCAATGTCTGTC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGAT
1 TTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGAT
* * * *
11732 ATCCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATGCCTTTGAAAGTTTTATTACTTGCTTT
65 ATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCA-TTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGTTTTATTACTCGCTTT
* * * *
11796 ACATGGTTTTTTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTAAACTTTA
128 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAAGTTAAA--TTA
* *
11839 TTATATTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAACGTCTGCCTTAGGAAACTTGAAGAAAAAGAT
1 TTATA-TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGAT
* * ** * *
11904 ATCCATTAGCAAGAGAAGTCCATTAATACTCACCCATGCCTTCGATAGCCTTAATACTCGCATTA
65 ATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATT-ATACTCACCCATGCCTTCGAAAGTTTTATTACTCGCTTTA
* ****
11969 AATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAANNNN
129 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTT-AAATTA
****** * * * * * *
12010 NNNNNNTTTTTATTAACACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAAAATGAAGAAAAAGATA
1 TTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATA
* *
12075 TCCATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATTG-CTTCAAAAGTTTTATTACTCGCTTTA
66 TCCATTAGCAAGAAAAGTCCA-TTATACTCACCCA-TGCCTTCGAAAGTTTTATTACTCGCTTTA
*
12139 AATGATTTTATAACCTCATAATTGATTT
129 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT
12167 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 47, Indels: 17
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 127 0.47
171 11 0.04
172 129 0.47
173 6 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATA
TCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAA
TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATTA
Found at i:14451 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 14264--14737 Score: 315
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 160
14254 CTTTAAATAG
* * **
14264 TTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAACT-TTTGTATATTTTTTATTCAAACAGATTATA
1 TTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TATTTGTATA-TTTTTATAAAAACAGATTATA
* ** * * * *
14328 ATTGAATGTTTGTCT-AGAGAAACGTGAACCAAAAGATATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTGT
64 ATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACGTGAACAAAAAGATATCCACTAGCAAAAAAAGTCCATTTAT
*
14392 AGTCACGGATACCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATGA
128 AGTCACGCATACCTTCAAAAGCCTTATT----------AATGA
* * * *
14435 TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATATTTTTATATTTTTATAAAAATAGATTATAAT
1 TTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTGTATATTTTTATAAAAACAGATTATAAT
* ** * *
14500 TGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAGGAAAAAGATATCCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGT
66 TGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAACAAAAAGATATCCACTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGT
* * * ****
14565 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNNNN
131 CACGCATACCTTCAAAAGCCTTATTA----------ATGA
** * * * * * *
14605 NNTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAGT-TGTTTTATATTTTTTATTAAAACTGATTATA
1 TTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATAT-TTGTATA-TTTTTATAAAAACAGATTATA
* * * * * * *
14669 ATTGAAGGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAATAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATA
64 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAACAAAAAGATATCCACTAGCAAAAAAAGTCCATTTATA
14734 GTCA
129 GTCA
14738 TCCATATTTT
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 42, Indels: 28
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
169 1 0.00
170 130 0.53
171 115 0.47
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (160 bp):
TTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTGTATATTTTTATAAAAACAGATTATAAT
TGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAACAAAAAGATATCCACTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGT
CACGCATACCTTCAAAAGCCTTATTAATGA
Found at i:14794 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14247--15627 Score: 657
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 170
14237 NNNNNNNNNN
* * * * * *
14247 TTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTGTATATTTTT
1 TTACTCGTTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAA-TTTTTTATATTTTT
* * * ** * * * *
14311 TATTCAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCT-AGAGAAACGTGAACCAAA-AGATATTCACTAG
64 TATTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACGTGAA-GAAATAGATATCCATTGG
* * ** *
14374 CAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACGGATACCTTCAAAAGCCTTA
127 CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTA
**********
14418 TTNNNNNNNNNNAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATATTTTTATA-TTTTT
1 TTACTCGTTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAAT-TTTTTATATTTTTT
* * * * * *
14482 A-TAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAGGAAAAAGATATCCATTAGTA
65 ATTAAAACT-GATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAATAGATATCCATTGGCA
*
14546 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTA
129 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTA
*************** *
14588 TTACNNNNNNNNNNNNNNNTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAGTTGTTTTATATTTTTT
1 TTACTCGTTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATT-TTTTATATTTTTT
*
14653 ATTAAAACTGATTATAATTGAAGGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAATAGATATCCATTGGCAA
65 ATTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAATAGATATCCATTGGCAA
* * ** *
14718 GAAAAGTTCATTTATAGTCA-TCCATATTTTCGGAAGCCTTA
130 AAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATACCTTCGAAAGCCTTA
* * *
14759 TTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAATTTAAATTTTGTTATATTTTTT
1 TTACTCGTTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTT-TTATA-TTTTT
* * * ** * ***
14824 TATTAAATCAGATTAAAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGAGAAGAAATAGATATCCATTGNNN
64 TATTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAATAGATATCCATTGGCA
*********************************
14889 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGCCTTA
129 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTA
** * * *
14931 TTACTCGGCTTAAAT-ATTTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTT
1 TTACTCGTTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAA-TTTTTTATATTTTT
** * * ** * * * *
14995 TATTAAAACACATTATAATTGAATGTTTACGTTGAGAAA--TAAGAGCAAAAAGATATTCATTGA
64 TATTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGA-AG-AAATAGATATCCATTGG
* * * * *
15058 TAAAAAAAGTCCATATATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATCA
127 CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTA
* * * * **********
15102 TTACTAGCTCTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTATATTTTTTA
1 TTACTCGTTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTATATTTTTTA
* * * * * * *
15167 TTAAAACAGATTATAAGTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATCAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG
66 TTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAATAGATATCCATTGGCAAA
* **
15232 AAAAGTCCATTTATAGTCGC-C-TAAGCCTTAAAAAGCCTTA
131 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-A-CCTTCGAAAGCCTTA
** ********** * * *
15272 TTACTCACTTTAAATGANNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTCAATAATTTTT
1 TTACTCGTTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTT-TATATTTTTT
* * * * * * * *
15337 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGATATCTACTGGCAA
65 ATTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAATAGATATCCATTGGCAA
* * * * ** *
15402 GAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCCTA
130 AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTA
* * ********* *
15443 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTTATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTATAATTTTC
1 TTACTCGTTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTT-TAATTTGAATTTTTTAT-ATTTTT
* * * * * *
15508 T-TTAAAA-TAGATTATAATTGAATATTTGCC-CTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
64 TATTAAAACT-GATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACGTGAAGAAATAGATATCCATTGG
* * * * *
15570 CAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTA
127 CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTA
*
15614 TTACTCGCTTTAAA
1 TTACTCGTTTTAAA
15628 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 902, Mismatches: 280, Indels: 56
0.73 0.23 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 11 0.01
170 257 0.28
171 495 0.55
172 133 0.15
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTACTCGTTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTATATTTTTTA
TTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAATAGATATCCATTGGCAAA
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTA
Found at i:15325 original size:341 final size:324
Alignment explanation
Indices: 14958--15627 Score: 607
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 324
14948 TTTTATAGCC
** * *
14958 TCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACACATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTCAATAATTTTTATTAAAACACATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
15023 ACGTTGAGAAATAAG-AGCAAAAAGATAT-TCATTGATAAAAAAAGTCCATATATAGTCACCCAT
66 ACCTCGACAAACAAGAAG-AAAAAGATATCT-ACTGACAAAAAAAGTCAATATATAGTCACCCAT
** * *
15086 ACCTTCGAAAG-CATCATTACTAGCTCTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT-TNNNNNN
129 ACCTTAAAAAGCCCT-ATTACTAGCTCTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTAT------
** * *
15149 NNNNTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAAGTGAATGTCTG-CCTCAAGAAACATCAAGA
187 --TTTTTTATAATTTTCT-TTAAAACAGATTATAAGTGAATATCTGCCCT-AAGAAACATCAAGA
* * *
15212 AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACT
248 AAAAGATATCCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACT
15277 CACTTTAAATGA
313 CACTTTAAATGA
* * *
15289 NNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAATTTA-AATTTTTCAATAATTTTTGTTAAAACAGATTATA
1 ----------TCATAATTGATTTTAA-GTAGAATTTTTCAATAATTTTTATTAAAACACATTATA
* * * *
15353 ATTGAATGTCTACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGATATCTACTGGCAAGAAAAGTCAATTTATA
55 ATTGAATGTCTACCTCGACAAACAAGAAGAAAAAGATATCTACTGACAAAAAAAGTCAATATATA
* * * *
15418 GTCACCCATGCCTTAAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTTATAATTGATTT
120 GTCACCCATACCTTAAAAAGCCCTATTACTAGCTCTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTT
** * * * *
15483 NNNNNNNNNNTTTTTTATAATTTTCTTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTGCCCTGAGAAACA
185 --------ATTTTTTTATAATTTTCTTTAAAACAGATTATAAGTGAATATCTGCCCTAAGAAACA
* * * *
15548 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTT
242 TCAAGAAAAAGATATCCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTAAAAAGCCTT
*
15613 ATTACTCGCTTTAAA
307 ATTACTCACTTTAAA
15628 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 43, Indels: 29
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
341 147 0.54
342 115 0.42
343 9 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (324 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTCAATAATTTTTATTAAAACACATTATAATTGAATGTCT
ACCTCGACAAACAAGAAGAAAAAGATATCTACTGACAAAAAAAGTCAATATATAGTCACCCATAC
CTTAAAAAGCCCTATTACTAGCTCTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTATTTTTTTATA
ATTTTCTTTAAAACAGATTATAAGTGAATATCTGCCCTAAGAAACATCAAGAAAAAGATATCCAT
TGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
Found at i:16230 original size:170 final size:164
Alignment explanation
Indices: 15781--16485 Score: 474
Period size: 170 Copynumber: 4.2 Consensus size: 164
15771 NNNNNNNNNN
* * * *
15781 AAAGCTTTATTACTCGATTTAAATGATTTTAGAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCA-AA---A--TTAATTTGAATCTTTTT
* * * * * * * *
15846 TTATATTTTT-T-AAAACATATTATAATTAAATGTCTACGTTGAGAAATGTTAAGAAAAAGATAT
60 ATAT-TTTTTATGAAAAAAGATTATAATTGAATGTATAC-CTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
* * * * ** * **
15909 CCA-TGGTAA-AACAGGTCCATTTGTAGTCACCCATGCGTTCG
123 CCATTAGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACAAATGCCTTAA
* * * * *
15950 AAAGTCTTATTACTTGCTATAAATGATTTTATAAGCTCATAATCGATTTTAATTTGAGT-TTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCA-AA---A--TTAATTTGAATCTTTTT
* * * * *
16014 CATAATTTTT-T--AAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTCAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
60 -ATATTTTTTATGAAAAAAGATTATAATTGAATGTATA-CCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
* * * *** * *
16076 CCACTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATGGATACCTTCA
123 CCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAAATGCCTTAA
* ****
16118 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTNNNNNNNNNNTGAATCTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATT------AATTTGAATCTTTTT
* * *
16183 ATA-TTTTTATGAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACGTGAGGAAAAAGACATC
60 ATATTTTTTATGAAAAAAGATTATAATTGAATGTATACC-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATC
* **
16247 CATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAAATGCCTTTG
124 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAAATGCCTTAA
* * ***** * *
16288 AAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATNNNNNNNNNNAATTTGAGTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCA------AAATTAATTTGAATCTTTTT
* * * *
16353 ATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTATACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATATATC
60 ATATTTTTTATGAAAAAAGATTATAATTGAATGTATACCT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATC
* **
16418 CATTAGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTAA
124 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAAATGCCTTAA
16459 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
16486 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 431, Mismatches: 82, Indels: 44
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.00
164 1 0.00
167 53 0.12
168 79 0.18
169 60 0.14
170 124 0.29
171 112 0.26
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (164 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTAATTTGAATCTTTTTATATTT
TTTATGAAAAAAGATTATAATTGAATGTATACCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAAATGCCTTAA
Found at i:16481 original size:341 final size:325
Alignment explanation
Indices: 15843--16485 Score: 680
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 325
15833 TTTGAATTTT
* * ** * * *
15843 TTTTTATATTTTTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACGTTGAGAAATGTTAAGAAAAAGATA
1 TTTTTATATTTTTTAAAAAAGATTATAATTAAATGTCTACCATGAGAAACGTGAAGAAAAAGACA
* * * ** *
15908 TCCATGGTAAAACAGGTCCATTTGTAGTCACCCATGCGTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTATAAA
66 TCCATGGCAAAACAAGTCCATTTATAGTCACAAATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTATAAA
*
15973 TGATTTTATAAGCTCATAATCGATTTTAATTTGAGTTTTTTCATAATTTTTTAAACAGATTATAA
131 TGATTTTATAACCTCATAATCGATTTTAATTTGAGTTTTTTCATAATTTTTTAAACAGATTATAA
* * * * *
16038 TTGAATGTTTATCTTCAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCACTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAG
196 TTGAATGTATATCCTCAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*** *
16103 TCATGGATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTNNNNNN
261 TCACCCATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATT------
16168 NNNNTGAATC
320 ----TGAATC
* *
16178 TTTTTATATTTTTATGAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACGTGAGGAAAAAGA
1 TTTTTATATTTTT-T-AAAAAAGATTATAATTAAATGTCTACCATGAGAAACGTGAAGAAAAAGA
* *
16243 CATCCATTTGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACAAATGCCTTTGAAAG-CTTTATTACTTGCT
64 CATCCA-TGGCAA-AACAAGTCCATTTATAGTCACAAATGCCTTCGAAAGTC-TTATTACTTGCT
* ********** * * *
16306 TTAAATGATTTTATAACCTCATNNNNNNNNNNAATTTGAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATA
126 ATAAATGATTTTATAACCTCATAATCGATTTTAATTTGAGTTTTTTCATA-ATTTT-TT-AAACA
* * *
16371 GATTATAATTGAATGTATA-CCTCGAGAAACATGAAGAAAAATATATCCATTAGCAAGAAAGGTC
188 GATTATAATTGAATGTATATCCTC-AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCACTAGCAAGAAAAGTC
* *
16435 CATTTATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
252 CATTTATAGTCACCCATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
16486 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 46, Indels: 12
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
335 13 0.05
336 1 0.00
337 47 0.19
338 80 0.32
339 6 0.02
340 5 0.02
341 101 0.40
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (325 bp):
TTTTTATATTTTTTAAAAAAGATTATAATTAAATGTCTACCATGAGAAACGTGAAGAAAAAGACA
TCCATGGCAAAACAAGTCCATTTATAGTCACAAATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTATAAA
TGATTTTATAACCTCATAATCGATTTTAATTTGAGTTTTTTCATAATTTTTTAAACAGATTATAA
TTGAATGTATATCCTCAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACCCATACCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTTGAATC
Found at i:18411 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 18119--18425 Score: 373
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
18109 NNNNNACGTA
* * * * *
18119 AAGAAATAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATATCTTCGAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATAGCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
18184 TTCTCGCTTTAAATTTTTTTATAACCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTA
66 TACTAGCTTTAAATTTTTTTATAACCTCATAACTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTAT-TTTTTTA
18249 TTAAAACNNNNNNNNNNTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTG
130 TTAAAAC----------TGAATGTCTACCTCGAGAAACTTG
* * * *
18290 AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTAACCTA-AGCATTCGAAAGCCTTC
1 AAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATAGC-TTCGAAAGCCTTA
*
18354 TTACTAGCTTTAAATTTTTTTATAACCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTTA
65 TTACTAGCTTTAAATTTTTTTATAACCTCATAACTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATTTTTTTA
18419 TTAAAAC
130 TTAAAAC
18426 AGATTCTAAT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 14, Indels: 3
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 16 0.13
171 105 0.87
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (160 bp):
AAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATAGCTTCGAAAGCCTTAT
TACTAGCTTTAAATTTTTTTATAACCTCATAACTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATTTTTTTAT
TAAAACTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTG
Found at i:23793 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 23478--23802 Score: 350
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
23468 TGAATTTAAA
* * * * *
23478 TTTTTT-ATATTTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAATGTCGAGAAA
1 TTTTTTAATAATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATATCGAGAAA
* * * * **
23542 AAAAATCCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCTAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGC
65 AAAAATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTAAAAAGCATTATTACTCGC
23607 TTTAAATGATTTTATAACCTCATAACTGATT
130 TTTAAATGATTTTATAACCTCATAACTGATT
*
23638 TNNNNNNNNNNTTTTTAATAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAAT
1 T----------TTTTTAATAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAAT
* * *
23703 AT-GAAGAAAAACATATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-TCTTAAAAAGC
56 ATCG-AGAAAAA-AAATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTAAAAAGC
* *
23766 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTTATAA
118 ATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAA
23803 TTGANNNNNN
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 17, Indels: 17
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
169 1 0.01
170 48 0.36
171 83 0.62
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (160 bp):
TTTTTTAATAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAATATCGAGAAAA
AAAATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTAAAAAGCATTATTACTCGCT
TTAAATGATTTTATAACCTCATAACTGATT
Found at i:24336 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 24036--24362 Score: 331
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
24026 NNNNNNNNNN
* * * * * **
24036 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGCATGGGTGACTATATATGGACTTGT
1 TTATAAAACAATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTCTGAAGGCATGGGTGACTACAAATAGACTTCA
* * *
24101 CTTGCAAATGAATGGTGTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGAGATTTATCTATAATCTATTTT-A
66 CTTGCAAACGAATGGTGTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAGAGATTTATCTATAATCCATTTTAA
* *
24165 ACTAAAAATGCAAAACAATTCAACTTNNNNNNNNNNATGAGA
131 AC-AAAAACGAAAAACAATTCAACTT----------ATGAGA
*
24207 TTATAAAACAATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTT-TCGAAGGCATGGGTGACTACAAATAGACTTC
1 TTATAAAACAATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTCT-GAAGGCATGGGTGACTACAAATAGACTTC
* * *
24271 ACTTGCCAACGAATGGCT-TTTTCTTCAAGTTT-TCTGAGGTAGATATTTAAT-TATACTCCATT
65 ACTTGCAAACGAATGG-TGTTTTCTTCAAGTTTCTC-GAGGTAGAGATTT-ATCTATAATCCATT
*
24333 TTAAACAAAAACGAAAAACAATTTAACTTA
127 TTAAACAAAAACGAAAAACAATTCAACTTA
24363 AAGTCAGTTA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 17, Indels: 20
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
170 3 0.02
171 124 0.93
172 6 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (161 bp):
TTATAAAACAATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTCTGAAGGCATGGGTGACTACAAATAGACTTCA
CTTGCAAACGAATGGTGTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAGAGATTTATCTATAATCCATTTTAA
ACAAAAACGAAAAACAATTCAACTTATGAGA
Done.