Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397769.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1068.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13624
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.12, T:0.31
Warning! 2035 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:519 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1--1056 Score: 614
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 172
*
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATT-ATTTTATATTTTTCATTAAAATA
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATTGATTTTATATTTTTCATTAAAATA
* * * *
65 GATTATATTTGAATGTCTGT-CTTGGGAAACATGAACAAAAAGCTATTAAAGTGCAAGAGAAGTT
66 GATTATAATTGAATGT-TTTCCTTGGAAAACATGAACAAAAAGCTATTAAAGTGCAAGAGAAGTC
* ** * * *
129 CATTTACAGTCACCTATGCCTTCTGTGGCCTTATTATTCGCTT
130 CATTTATAGTCGTCTATGCCTTCCGAGGCCTTATTATTTGCTT
* * * * ** **
172 TAAATGATTTTATAATCTTATAATTGACTTTT-AGTTGAATTTGTTTTTACATTTTTTGTTATCA
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTCGAA-TTGATTTTATATTTTTCATTAAAA
** * * * * * ** * * *
236 TATTTTATAATTGGATGTTTACTTTAGAAAACACGATGTAAAAA-CTATT-CATTGGCAAGAAAA
64 TAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAAACATGA-ACAAAAAGCTATTAAAGT-GCAAGAGAA
* * * * ** * * * **
299 GTCCATTTGTAGTGGTCCATTCCTTTGGATGTCTCATTACCTGCTT
127 GTCCATTTATAGTCGTCTATGCCTTCCGAGGCCTTATTATTTGCTT
* *
345 TAAAT-AGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTCCAATT-ATTTTATATTTTTCATTAAAAT
1 TAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATTGATTTTATATTTTTCATTAAAAT
*
408 AGATTATATTTGAATGTTTTCCTTGGAAAACATGAACAAAAAGCTATTAAAGTGCAAGAGAAGTC
65 AGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAAACATGAACAAAAAGCTATTAAAGTGCAAGAGAAGTC
* * *
473 CATTTATAGTTGTTTATGCCTTCCGAGGCCTTATTATTTACTT
130 CATTTATAGTCGTCTATGCCTTCCGAGGCCTTATTATTTGCTT
* * * * *
516 TAAATGATTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTT-AGTTAAAAC
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATTGATTTTATATTTTTCA-TTAAAAT
* ** * *
580 AGGTTATAATTGAAT-TTCTAT-C-TCAAGAAACATG-ACAAAAAAG-TCATT-CATTGGCAAGA
65 AGATTATAATTGAATGTT-T-TCCTTGGA-AAACATGAAC-AAAAAGCT-ATTAAAGT-GCAAGA
* * ** * ** * *
639 TAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTT
124 GAAGTCCATTTATAGTCGTCTATGCCTTCCGAGGCCTTATTATTTGCTT
* * * * ** *
688 TAAATGTTTTTATAAT-TGCGTAATTGATTTTAAGTTGAA-T-ATTTTTACATTTTTTGTCAAAA
1 TAAATGATTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTCGAATTGA-TTTTATATTTTTCATTAAAA
* * ** * * * ** * * *
750 CT-GATTGTAATTGAGTGTTCACCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCCGTT-CATTGGCAAGAAAA
64 -TAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAAACATGAACAAAAAGCTATTAAAGT-GCAAGAGAA
* ** * ** * *
813 GTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCC-ACAACTTTATTACTTGCTT
127 GTCCATTTATAGTCGTCTATGCCTTCCGA-GGCCTTATTATTTGCTT
* * * * * * **
859 TAAATAATTTTATAACCTCA-ATATTGATTTCAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
1 TAAATGATTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTCGAATTGATTTTATATTTTTCATTAAAAT
* * * * * * * * * * *
922 AGATTA-ATCTTCAATG-TGTGCTTTGAGAAACATGAAGAAAAAACTAGT-CATTAGCAAGAAAA
65 AGATTATA-ATTGAATGTTTTCCTTGGA-AAACATGAACAAAAAGCTATTAAAGT-GCAAGAGAA
* * *** ** ** * *
984 GTCCATTTGTCGTAACCCCTGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTT
127 GTCCATTTATAGTCGTCTATGCCTTCCGAGGCCTTATTATTTGCTT
*
1030 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA
1057 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 683, Mismatches: 165, Indels: 74
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 14 0.02
171 402 0.59
172 152 0.22
173 110 0.16
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (172 bp):
TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATTGATTTTATATTTTTCATTAAAATA
GATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGAAAACATGAACAAAAAGCTATTAAAGTGCAAGAGAAGTCC
ATTTATAGTCGTCTATGCCTTCCGAGGCCTTATTATTTGCTT
Found at i:817 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1--1056 Score: 1044
Period size: 343 Copynumber: 3.1 Consensus size: 341
* * *
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATTATTTTATATTTTTCATTAAAATAG
1 TAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCCAATTATTTTACATTTTTCATCAAAATAG
* ** * * * * *
66 ATTATATTTGAATG-TCTGTCTTGGGAAACATGAACAAAAAGCTATTAAAGTGCAAGAGAAGTTC
65 ATTATAATTGAATGTTC-ACCTTGGAAAACATAAACAAAAAGCCATTAAAGTGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
130 ATTTACAGTCACCTATGCCTTCTGTGGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAA
129 ATTTATAGCCACCTATGCCTTCCGAGGCCTTATTATTTGCTTTAAATGATTTTATAAACTTATAA
* ** ** *
195 TTGACTTTT-AGTTGAATTTGTTTTTACATTTTTTGTTATCATATTTTATAATTGGATGTT-TA-
194 TTGA-TTTTAAGTTGAA-TTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTCTAT
* * * *** *
257 CTTTAGAAAACACGATGTAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTGGTCCATTCC
257 C-TAAG-AAACATGA-GAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCATGCC
* * * *
322 TTTGGATGTCTCATTACCTGCTT
319 TTTGGAAGCCTTATTACTTGCTT
* * *
345 TAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTCCAATTATTTTATATTTTTCATTAAAATAG
1 TAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCCAATTATTTTACATTTTTCATCAAAATAG
* ** * * *
410 ATTATATTTGAATGTTTTCCTTGGAAAACATGAACAAAAAGCTATTAAAGTGCAAGAGAAGTCCA
65 ATTATAATTGAATGTTCACCTTGGAAAACATAAACAAAAAGCCATTAAAGTGCAAGAAAAGTCCA
***** *
475 TTTATAGTTGTTTATGCCTTCCGAGGCCTTATTATTTACTTTAAATGATTTTATAAACTTATAAT
130 TTTATAGCCACCTATGCCTTCCGAGGCCTTATTATTTGCTTTAAATGATTTTATAAACTTATAAT
* * *
540 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTGAAT-TTCTATCTC
195 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTCTATCT-
* * * *
604 AAGAAACATGACAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGATAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTTG
259 AAGAAACATGAGAAAAAACT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCATGCCTTTG
669 GAAGCCTTATTACTTGCTT
323 GAAGCCTTATTACTTGCTT
* ** **
688 TAAATGTTTTTATAAT-TGCGTAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTTACATTTTTTGTCAAAAC
1 TAAATG-TTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTCCAATTA-TTTTACATTTTTCATCAAAA-
* * * * * * *
751 T-GATTGTAATTGAGTGTTCACCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCCGTT-CATTGGCAAGAAAAG
62 TAGATTATAATTGAATGTTCACCTTGGAAAACATAAACAAAAAGCCATTAAAGT-GCAAGAAAAG
* ** * * * * *
814 TCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCC-ACAACTTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAACCTC
126 TCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCCGA-GGCCTTATTATTTGCTTTAAATGATTTTATAAACTT
* * * *
878 A-ATATTGATTTCAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA-ATCTTCAATGTG
190 ATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATA-ATTGAATGT-
* * * * *
940 TGCT-T-TGAGAAACATGAAGAAAAAACTAGTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTGTCGTAACCCC
252 T-CTATCTAAGAAACATG-AGAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCA
1003 TGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTT
315 TGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTT
1030 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
1 TAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGA
1057 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 600, Mismatches: 92, Indels: 42
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 133 0.22
343 272 0.45
344 191 0.32
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (341 bp):
TAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCCAATTATTTTACATTTTTCATCAAAATAGA
TTATAATTGAATGTTCACCTTGGAAAACATAAACAAAAAGCCATTAAAGTGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGCCACCTATGCCTTCCGAGGCCTTATTATTTGCTTTAAATGATTTTATAAACTTATAATT
GATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTCTATCTAA
GAAACATGAGAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTAACCCATGCCTTTGGAA
GCCTTATTACTTGCTT
Found at i:1567 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1164--2119 Score: 1034
Period size: 172 Copynumber: 5.6 Consensus size: 172
1154 NNNTACCTCG
* * *
1164 AGAAACGTGAAGAAAGAA--AATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-GATCTCCCATT-CTAT
1 AGAAACGTGAAGAAA-AAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATTCCT-T
* * * * *
1225 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAAC-CTATAATTGATTGTATGTTCAATTTT
63 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTATCTC-AAAATTGATTTTATGTTCAA--TT
* * * *
1289 TTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAAATTATAATTGAAAGT-TAACCTCG
125 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-ACATCA
* * * *
1337 AGAAACGTGAATAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
1402 AAGCCTTATTATTTGCTTCAAATAGTTTTATTATCTTAAAATTGATTTTATGTTCAATGTTTTTT
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTT
* * *
1467 ACTTTTTTGGTTAGAACATATTATAATTGAATGTCTACGAT-A
131 ACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAC-ATCA
* * * * *
1509 AGAAA-GCTGAAGAAAAAGGCATTCATTAACAAGAAAAGACCATTTATATTCGCCCATTCCTTAA
1 AGAAACG-TGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
** * * * *
1573 AAAGATTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTCATTTTAAGTTTAATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTT
** * * * * *
1638 TACATTACTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGGCTACTTGA
130 TACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACATCA
* * * * * *
1681 AGAAATGTGTAGAAAAAGGCATTCATTGGCATGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCATCAA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * * * *
1746 AAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGCTTTGAAGTTCAATTTTTTTT
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAA-TTTTTTT
* * *
1811 TACA-TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAAGT-TAACCTCG
130 TACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-ACATCA
* * * *
1853 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCATCCATTTCTTCAA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
1918 AAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTT
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTT
* * * *
1983 ACTTTTTTGGTTAGAACATATTATCATTGAATGTCTACGAT-A
131 ACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAC-ATCA
* * ** * *
2025 AGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAAACTATTTATATTCACCCATTCCTTCAA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
**
2090 AAGATTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
2120 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 649, Mismatches: 119, Indels: 31
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 13 0.02
172 520 0.80
173 30 0.05
174 83 0.13
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTT
ACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACATCA
Found at i:3366 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2651--4398 Score: 1543
Period size: 171 Copynumber: 10.2 Consensus size: 170
2641 NNNNNNNNNN
* * * * ** * *
2651 AGAAAAGACCATTTATATTCACCCATTCCTTCGAAAGATTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * * * *
2716 TATCTCAAAATTCATTTTAAATTCAATTTTGTTACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAA
66 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
* * * *
2781 GGCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCA
131 GTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCA
* * * * *
2822 TGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTGCTTCAAAAGCC----T---CACTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * *
2880 TATCTCAAAATTCATTTTAAGTTTAATTTTTTTCACATTATTGGTTAAAACAGATTATAAGTGAA
66 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAA
* * * * * *
2945 TGGCTACTTGAAGAAACGTGTAGAAGAAGGCATTCATTGGCA
130 TGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAA-AAAGCATTCATTGGCA
* * * * * *
2987 TGAAAAGTCCATTTATAGTCAT-CCATTCCATCAAAAGCCTTATT-CATCGCTGTAAATGGTTTT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CCACTTTAAATAGTTTT
* *
3050 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
64 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAAT
* * * *
3115 TGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCTTTGGCA
126 TGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCA
* * * *
3161 AGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTGT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * * * * **
3226 AATTTAAAAATTGATTTTCAGTTCAATTTTTATACATTATCGATTAAAACATATTATAATCAAAT
66 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
* ** *
3291 GTGTATATCATGAAATGTGAAGAAACAAGCATTCATT-GCTA
131 GTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGGC-A
* * * * *
3332 AGAAAAGTCCATTTAAAGTCTCTCATTACTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
3397 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAAT
66 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
* * *
3462 GTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCCTTGGTA
131 GTCTACCTCAAGAAATGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCA
* * * * *
3503 AGAAAAGACCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAACCACTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * **
3568 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTGTACATTATTGATTAAAACAGATTATAATCAAA
66 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAA
* * *** *
3633 TTTGTACCTTGTGAAACGTGAAGAAAGAAGCATTCATT-GCTA
130 TGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGGC-A
* * * * * * *
3675 AAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTACTTGAAAAGGCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTAT
** * * * *
3740 AATCTCGTAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAACTATAATTGAAT
66 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
*
3805 GTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCATTCCTTGGCA
131 GTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCA
* * * *
3845 AGAAAAGACCATTTATTGT-TACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGCCACTGTAAATAGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *
3909 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTATATATTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGA
65 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGA
* ** ** * * *
3974 ATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAGAA-AATTTATTGACA
129 ATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCA
* * * * * * * * * *
4016 GGGAAAGACCATTTATGGTCCCCCATTCCATCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * * *
4081 AAACTCATAATTGATTGTATGTTAAATTATTTTTTCATATTTTTGCTTAAAACAAATTATAATTG
66 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-T-TTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTG
* * ** ** *
4146 AAAGT-TATTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGGCA
128 AATGTCTA-CCTCAAGAAATGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCA
* * ** * * ***
4190 TGAAAAGTCCGA-TTATAGTCACCCATTATTTGAAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
1 AGAAAAGTCC-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *
4254 TTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATGTTTTTTACTTTTTTGATTAGAACAGATTATAATTGA
65 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGA
* * *
4319 ATGTCTACGAT-AAGAAA-GATGAA-AAAAGAGGCATTTATTGACA
129 ATGTCTAC-CTCAAGAAATG-TGAAGAAAA-A-GCATTCATTGGCA
* * * *
4362 AGAAAAGACTATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAG
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG
4399 ATTCATTACT
Statistics
Matches: 1289, Mismatches: 248, Indels: 79
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 46 0.04
165 95 0.07
166 2 0.00
167 1 0.00
169 2 0.00
170 90 0.07
171 498 0.39
172 268 0.21
173 64 0.05
174 214 0.17
175 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTAT
AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
GTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCA
Found at i:4316 original size:345 final size:339
Alignment explanation
Indices: 2651--4408 Score: 1831
Period size: 342 Copynumber: 5.1 Consensus size: 339
2641 NNNNNNNNNN
* * *
2651 AGAAAAGACCATTTATATTCACCCATTCCTTCGAAAGATTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * * * * * *
2716 TATCTCAAAATTCATTTTAAATTCAATTTTGTTACATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAA
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTG-AA
* * * * *
2781 GGCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
130 TGTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
2846 ATTGCTTCAAAAGCC----T--CACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTCATTTTAAGTTTA
195 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCA
* * * *
2905 ATTTTTTTCACATTATTGGTTAAAACAGATTATAAGTGAATGGCTA-CTTGAAGAAACGTGTAG-
260 ATTTTTTT-ACATTATTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-AGAAACGTGAAGA
2968 AAGAAGGCATTCATTGGCA
323 AAGAA-GCATTCATT-GCA
* * * * * * *
2987 TGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCATCAAAAGCCTTATT-CATCGCTGTAAATGGTTTTA
1 AGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTA
* *
3051 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA--TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATT
* * *
3116 GAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCTTTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTC
127 GAATG-TTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
3181 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTGTAATTTAAAAATTGATTTTCA
191 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
* * * ** * * *
3246 GTTCAATTTTTATACATTATCGATTAAAACATATTATAATCAAATGTGTA--TATCATGAAATGT
255 GTTCAATTTTTTTACATTATTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGA-GAAACGT
*
3309 GAAGAAACAAGCATTCATTGCTA
318 GAAGAAAGAAGCATTCATTGC-A
* * * * * * * *
3332 AGAAAAGTCCATTTAAAGTCTCTCATTACTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * *
3397 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
* * * * * *
3462 GTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCCTTGGTAAGAAAAGACCATTTATTGTCACCC
131 GT-TACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
3527 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAACCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
195 ATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
** * * *
3592 AATTTTTTGTACATTATTGATTAAAACAGATTATAATCAAATTTGTACCTTGTGAAACGTGAAGA
259 AATTTTTT-TACATTATTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGA
3657 AAGAAGCATTCATTGCTA
323 AAGAAGCATTCATTGC-A
* * * * * * * *
3675 AAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTACTTGAAAAGGC-TTACTACTCACTTTAAATAGTTTTA
1 AGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-GCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * *
3739 TAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAACTATAATTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAA
* * * * * *
3804 TGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAA-GCATTCCTTGGCAAGAAAAGACCATTTATTGTTACC
130 TGT-TACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* *
3868 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGCCACTGTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
194 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
3933 GAATTATTTTTATA-TATTTAGTTAAAAGAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAA
258 CAATT-TTTTTACATTATTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAA
* *
3997 GAAAGAA-AATTTATTGACA
321 GAAAGAAGCATTCATTG-CA
* * * * * *
4016 GGGAAAGACCATTTATGGTCCCCCATTCCATCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
4081 AAACTCATAATTGATTGTATGTTAAATTATTTTTTCATATTTTTGCTTAAAACAAATTATAATTG
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-T-TTTTTT-ATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTG
* * ** * * * *
4146 AAAGTTATTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGGCATGAAAAGTCCGA-TTATAGTC
128 AATGTTA-CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTC
** * * ** * * *
4210 ACCCATTATTTGAAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAT
191 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
* * * ** *
4275 GTTCAATGTTTTTTACTTTTTTGATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACGATAAGAAA-GAT
255 GTTCAAT-TTTTTTACATTATTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG-T
* * *
4339 GAAAAAAGAGGCATTTATTGACA
318 GAAGAAAGAAGCATTCATTG-CA
* * * *
4362 AGAAAAGACTATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGATTCATTACT
1 AGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACT
4409 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1210, Mismatches: 173, Indels: 68
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
335 1 0.00
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338 3 0.00
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340 2 0.00
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346 103 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
AGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
GTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA
TTTTTTTACATTATTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAG
AAGCATTCATTGCA
Found at i:6900 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6207--8193 Score: 1070
Period size: 172 Copynumber: 11.7 Consensus size: 170
6197 GAATGAGTGA
* *
6207 CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAAGT-GAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
1 CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AA
* * *
6271 AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTC
63 AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * ** * *
6336 GATGGAATGGGTGACGATAAATGGACTTTTCATGGCAATGAATTC
128 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAAGGAA-TG
* * * *
6381 CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGTCATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAAA-GTAAAA
1 CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAATGTAAAA
* * * *
6445 AAAATTAAACTTAAAATGAATTTTGAGA-TACTAAAACTATTTAAAGC--G-----AGGCTTCTG
65 AAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * *
6502 AAGCAAT-AGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTGGCCAAGGAATG
129 AAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAAGGAATG
* * * * *
6545 CCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGCCATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAATAATGT-AAA
1 -CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * **
6609 AAAATTG-A--TAAAATGAATTTTGAGATAATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAATCTTTTGA
65 AAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
6671 AGGAATGGGTGACAATACAT-GATCTTTTCTTGCCAAGGAATG
130 AGGAATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTT-CCAAGGAATG
*
6713 CTTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGAT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAA
1 C-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATA-ATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AA
* * * * *
6777 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTT
63 AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
6842 GAAGTAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCACAATGAATG
128 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAAGGAATG
* * *** * ** ** *
6886 CTTGTTTGTTCACATTTCACAAGGTACACATTTGATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTACAA
1 CTT-TTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * *
6951 AAAATTGAACTTAAAATTAATTTTAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGA
65 AAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
7016 AGGAATTG-GTGACCATAAATGGCCTTTTCTTGCCAAAGAATG
130 AGGAA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAGGAATG
* ******************************
7058 ACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 -CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
*****************************************************************
7123 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
65 AAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
***** * * *
7188 NNNNNTGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAGCAATGAATG
130 AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAGGAATG
* ** * * *
7230 CTTGTTTCTTCACGTTT-TATGAGGTACACATTTGATTATAATCTGTTTTAATCAATAATGTACA
1 CTT-TTTCTTCACGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * * * * * *
7294 AAAAATTGAACTTAAAATCATTTTTGAGAATATAAAACCATTTGAAGTGGGTAATAAGGATTTTG
64 AAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* *
7359 AAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATG
129 AAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAGGAATG
* * * *
7402 ACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATTTTAAA
1 -CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * *
7467 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGTGAGTAGTAAGGTTTTTGA
65 AAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
7532 AGTAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTAGCAATGAATG
130 AGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAGGAATG
* * * * * *
7574 CTTGTATCTTCATGTTTCATAAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
1 CTT-TTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA
* * * *
7639 AAAAATTGAACTAAAAATCAATTATGAGATTAGAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGACCTTT
64 AAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * **
7703 GATGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCCATGCCAATAAATG
128 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAAGGAATG
* ** * * *
7747 CCTTTTTCTTCACATTTCTTGATATAGCCATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGT-AAA
1 -CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * *
7811 AAAATTAAACTTAAAATGAATTTTGAGATAATAAAACTATTTAAAGC--G-----AGGCTTTTGA
65 AAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * *
7869 AGCAAT-AGGTGAATATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATG
130 AGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAAGGAATG
* * * *
7911 CCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGCCATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAA
1 -CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * * **
7975 AAAATTGAACTTAAAATGAATTTTGAGATAATAAAACTAATAAAAGCGAGTAATAAATCTTTTGA
65 AAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * *
8040 AGGAAT-AGGTGAATATAAATCGTCTTTTCTTGTCAATGAATAC
130 AGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAGGAAT-G
* * * * * **
8083 CTTTTTCTTCATC-TTTCAT-ATCGTAGCCATTCAAATATAATCTGTTCTAACCAAAAAAATAAA
1 CTTTTTCTTCA-CGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * *
8146 AAACATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACTATTTAAAGC
64 AAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
8194 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1340, Mismatches: 417, Indels: 114
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 32 0.02
162 1 0.00
163 2 0.00
164 157 0.12
165 87 0.06
166 1 0.00
167 3 0.00
168 88 0.07
169 3 0.00
170 12 0.01
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174 56 0.04
175 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
AAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAGGAATG
Found at i:8923 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 8596--8940 Score: 403
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 173
8586 NNNNNNNNNN
* * * * * ** *
8596 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTGGTGAAAATAGATT
1 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTGTACATTATTAATGAAAACAGATT
** * * * * *
8661 ATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTTAAGAAAAAGTCATTCTTTGGCAAGACAAGTCCATTT
66 ATAATCAAATGTGTACCGCAAGAAACGTTAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
8726 ATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTA-TCCACTTTAAAT
131 ATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTACTACT-CACTTTAAAT
*
8769 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTGTTTGTACATTATTAATTAAAACAGATT
1 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTGTACATTATTAATGAAAACAGATT
** *
8833 ATAATCAAATGTGTACCGCGTGAAACGTGT-AGAAACAAG-CATTCATT-GCTAAGAAAATTCCA
66 ATAATCAAATGTGTACCGCAAGAAACGT-TAAGAAA-AAGTCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCA
* *
8895 TTTATAGTCTCTCATTACTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAT
128 TTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAT
8941 AGTTNNNNNN
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 24, Indels: 9
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.01
172 107 0.74
173 35 0.24
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (173 bp):
GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTGTACATTATTAATGAAAACAGATT
ATAATCAAATGTGTACCGCAAGAAACGTTAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAT
Found at i:10125 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 9463--12588 Score: 2857
Period size: 172 Copynumber: 18.2 Consensus size: 172
9453 NNNNNNNNNN
* * *
9463 GGAATGGGTGAATATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATC-TTTCTT-AT
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-CGTTTCTTGA-
* * * *
9526 TGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAATAA-GTAAAAAACATTGAACATAAAATCAAT
64 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-AATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAAT
* * * * *
9590 TTTGAGATAATAGAACTATTTAAAG-GAAGTAGTAAGGCTTCTAAA
128 TTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * *
9635 GGAATCGGTGACTATAAATAGACTTTT-TTCGCCAACGAATGCCTTTTTCTTCGCGTTTCTCGAG
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAG
* * * * *
9699 GTTA-A-ATTTCAATTATAATTTGTTTTAAGCACAAATGTAAAAAAAAAGAATTGAACATACAAT
65 G-TAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT---AAAAAA-AATTGAACTTAAAAT
* * * * *
9762 CAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAT
124 CAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * **
9811 GAAATTGGG-GACCATAAATGAAAC-TTTCTTGTCAAT-AA----ATTTTCTT--TG-TTCTCAA
1 GGAA-TGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA
* * * * * * *
9866 TGTAGATATTCAATTATAATCTTTTTTAA-C-TAAATCTAAAAAAATAATTCAACTTAAAAACAA
64 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA-AATTGAACTTAAAATCAA
* *
9929 TTTTAAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
127 TTTTGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
** * * * * * * *
9975 GGAACAGGTGACAATAAATGGTCTTTTCTTGCCAAGGAATGCTTTTTTCTTCGCATTGCTTGAGG
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * * *
10040 TAGACATTCAATTATAGTTTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
66 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTT
* * * *
10105 GAAATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAA
131 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
10147 GTAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-CACAATGAATG-CTTGTTTCTTCACGTCTCATGA
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTT-TTTCTTCACGTTTCTTGA
* ** * * * * *
10210 GGTACACATTTGATTATAATCTGTTTTAATCTATAATGTACAAAAAAGTGAACTTAAAATCAATT
64 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
**
10275 TTGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAA
129 TTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
10319 GTAATAGGTGACCATAAATGGACTTTTCGTGTCAAAGAAT-CACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAG
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAG
* * * * *
10383 GTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTA
65 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTT
* * *
10448 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAT
130 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* ** *
10491 GGAATGGGTGACTATATATGGAC-TTTCACGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACG-TTCGTTGAA
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTC-TTGAG
* * * *
10554 GTAGCCATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGT-AAAAAAATTGAACTTAAAATGAATTT
65 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTT
* * *
10618 TAAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAA
130 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * * *
10661 GCAATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCATGCCAACGAGTGCCTTTTCCTTTACGTTTCTCT-AG
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT-TGAG
* * * * * * * *
10725 GTAGCCATTCAATGATAATCTATTTTAATCAATAATGT-AAAACAATTGAATTTAAAATGAATTT
65 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTT
* * * * *
10789 TGAGATAATAAAAATATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTAAA
130 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * **
10832 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCACGAGG
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * * ** * *
10897 TTA-ACTTTCAATTATAATTTGTTTTAAGCAAAAGTGTAAAAAAAGAATCAAACATACAATCAAT
66 -TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA-AATTGAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
10961 TATGAGTTTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAT
128 TTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * * * * *
11006 GGAATGGGGGACCATAAATAGTCTTTCCTTGTCAATAAAT--TTTCTTTCTTCATGTTTCTCGAG
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT-TTTCTTCACGTTTCTTGAG
* * * * ** * * *
11069 GTAGATATTCAATTATAATATCTTTTAACTAAATCTATAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTT
65 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTT
* *
11134 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
130 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * *
11177 GGAATGGGTGACAAAAAATGGTCTTTTCTTG-CAAGGGAATG-CTTTTCTCTTCACATTTCTTGA
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAATGCCTTTT-TCTTCACGTTTCTTGA
** * * * * *
11240 GGTAGACATTCAATTATGGTTTGTTTTCACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCTATT
64 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
* * * * *
11304 ATGAGACTATCAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAA
129 TTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * ***
11348 GTAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAG-CAATGAATG-CTTGTTTCTTCATGGTTCACAA
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTT-TTTCTTCACGTTTCTTGA
* ** * * * * * *
11411 GGTACACATTTGATTATAATATGTTTTAATCAATAATGTACAAAAAATTGAACTTAAAATTATTT
64 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
** *
11476 TTGAG-TGTATAAAACTATTTAAATTGGGTAATAAGGCTTTTGAA
129 TTGAGAT-TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * ** * *
11520 GGAATGAGTGAATATAAATAGTCTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTT-ATC
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA-G
* * * * *
11584 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAACAAA-GTCAAAAACACTGAACGTAAAATCAATT
65 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
* * * * *
11648 TTGAGATAATCAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGATTTTGAA
129 TTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * **
11692 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAAAGAATGACTTTTTCTTTGCGTTTCTTGAGG
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * * *
11757 TAAACATTCAATTATAATCTGTTTTACCCAAAAATGGAAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTA
66 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTT
*
11822 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
130 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* ** * *
11865 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCACGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAAG
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * * * * *
11930 TAGCCATTCAATTATAGTATATTTTAACCAATAATGTAAAAAAAA-TGAACTTCAAATGAATTTT
66 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTT
* * *
11994 GAGATAAGAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAA
131 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
12036 GCAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGG
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
* * * * *
12101 TAGCCATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGT-AACAAAATTGAACTTAAAATGAATTTT
66 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTT
* **
12165 GAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAATCTTTTGAA
131 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * *
12207 GGAATGGGTGAATATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTT-ATC
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA-G
* * * * * * ********
12271 GTAGAGATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAAAGTAAAAAACATTGAACATAAANNNNNNNN
65 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTT
** * * * *
12336 NNAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTCTGAA
130 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
*
12379 GGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-TGTCACGTTTCTTGAG
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT-TCACGTTTCTTGAG
** * * * * * *
12443 GTTTACTTTCAATTATAAT-TGGTTTTAAGCAAAAATGCAAAAAAAAAACTGAACATACAATCAA
65 GTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACCAAAAATG--TAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
12507 TTATGGGTTTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAT
127 TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * ** *
12553 GGAATGGGGGACCATAAATTAACTTTTCTTGGCAAT
1 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
12589 AAAATTNNNN
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GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTT
GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
Found at i:12394 original size:687 final size:684
Alignment explanation
Indices: 9463--12571 Score: 3194
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9453 NNNNNNNNNN
* *
9463 GGAATGGGTGAATATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATCTTTCTTATTG
1 GGAATGGGTGAATATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTATCG
*
9528 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAATAAGTAAAAAACATTGAACATAAAATCAATTTT
66 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAAGTAAAAAACATTGAACATAAAATCAATTTT
* * * * * *
9593 GAGATAATAGAACTATTTAAAGGAAGTAGTAAGGCTTCTAAAGGAATCGGTGACTATAAATAGAC
131 GAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
9658 TTTT-TTCGCCAACGAATGCCTTTTTCTTCGCGTTTCTCGAGGTTAAA-TTTCAATTATAATTTG
196 TTTTCTT-GCCAAAGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG-TAAACATTCAATTATAATCTG
* * * *
9721 TTTTAAGCACAAATGTAAAAAAAAAGAATTGAACATACAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATT
259 TTTTAACCAAAAATG--AAAAAAAA-AATTGAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * ** *
9786 TAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGATGAAATTGGG-GACCATAAATGAAACTTTCTTGTCAAT-AA
320 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAA-TGGGTGACTATAAATG-GACTTTCACGCCAATGAA
* * * * * *
9849 ---ATTTTCTT---TGTTC-TCAATGTAGATATTCAATTATAATCTTTTTTAA-CTA-AATCTAA
383 TGCTTTTTCTTCACT-TTCTTGAA-GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGT-A
* * * *
9905 AAAAATAATTCAACTTAAAAACAATTTTAAGA-TTATAAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
445 AAAAA-AA-TCAACTTAAAATCAATTTTAAGACTAAT-AAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGC
* * * * * * * * * *
9968 TTTTGAAGGAACAGGTGACAATAAATGGTCTTTTCTTGCCAAGGAATGCTTTTTTCTTCGCATTG
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* * * * * * *
10033 CTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAAT
572 CTCGAGGTAGCCATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGT-AAAAAAATTGAACTTAAAAT
* * * * * *
10098 CAATTATGAAATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAA
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* * * * * * ** * * *
10147 GTAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCACAATGAATG-CTTGTTTCTTCACGTCTCATGA-
1 GGAATGGGTGAATATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTT-TTTCTTCATGTTTC-TTAT
* * ** * * * * * * *
10210 GGTACACATTTGATTATAATCTGTTTTAATCTATAATGTACAAAAA-AGTGAACTTAAAATCAAT
64 CGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAAGTA-AAAAACATTGAACATAAAATCAAT
* *** * * * *
10274 TTTGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATAGGTGACCATAAATG
128 TTTGAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * *
10339 GACTTTTCGTGTCAAAGAATCACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTTAATTATAATCT
193 GACTTTTCTTGCCAAAGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCT
*
10404 GTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
258 GTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAAATTGAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
*
10468 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGGTGACTATATATGGACTTTCACGCCAATGAATGCC
322 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCACGCCAATGAATG-C
* *
10533 TTTTTCTTCACGTTCGTTGAAGTAGCCATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGTAAAAAA
386 TTTTTCTTCACTTTC-TTGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGTAAAAAA
* * *
10598 ATTGAACTTAAAATGAATTTTAAGA-TAATAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAG
450 AATCAACTTAAAATCAATTTTAAGACTAATAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
10662 CAATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCATGCCAACGAGTGCCTTTTCCTTTACGTTTCTCTAGGT
515 CAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGT
* * * *
10727 AGCCATTCAATGATAATCTATTTTAATCAATAATGTAAAACAATTGAATTTAAAATGAATTTTGA
580 AGCCATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATGAATTTTGA
* * * *
10792 GATAATAAAAATATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTAAA
645 GATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * ** *
10832 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCACGA-G
1 GGAATGGGTGAATATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TTATC
* * * * ** * ** *
10896 GTTA-ACTTTCAATTATAATTTGTTTTAAGCAAAAGTGTAAAAAAAGAATCAAACATACAATCAA
65 G-TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAAGT-AAAAAA-CATTGAACATAAAATCAA
* * ** * * * * * * *
10960 TTATGAGTTTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGATGGAATGGGGGACCATAAAT
127 TTTTGAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * * * * * * * *
11025 AGTCTTTCCTTGTCAATA-AAT--TTTCTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTATAA
192 GGACTTTTCTTGCCAA-AGAATGACTT-TTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAA
* * * ** * * * *
11087 TATCTTTTAACTAAATCT-ATAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAT
255 TCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAAATTGAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * ** *
11151 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAAAAAATGGTCTTTTCTTG-CAAGGGA
319 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCACGCCAA-TGA
* ** * * * * *
11215 ATGCTTTTCTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATGGTTTGTTTTCACCAAAAATATA
382 ATGCTTTT-TCTTCAC-TTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGTA
* * * * * * * *
11280 AAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGACT-ATCAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTT
445 AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTAAGACTAATAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTT
* * * * *
11344 TGAAGTAAT-GAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAG-CAATGAATG-CTTGTTTCTTCATGGTT
510 TGAAGCAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCAT-GCCAATGAATGCCTT-TTTCTTCACGTTT
* * ** * * *
11406 CACAAGGTA-CACATTTGATTATAATATGTTTTAATCAATAATGTACAAAAAATTGAACTTAAAA
572 CTCGAGGTAGC-CATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGTA-AAAAAATTGAACTTAAAA
* * * ** *
11470 TTATTTTTGAG-TGTATAAAACTATTTAAATTGGGTAATAAGGCTTTTGAA
635 TGAATTTTGAGAT-AATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * *
11520 GGAATGAGTGAATATAAATAGTCTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTATCG
1 GGAATGGGTGAATATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTATCG
* * * *
11585 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAACAAAGTCAAAAACACTGAACGTAAAATCAATTTT
66 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAAGTAAAAAACATTGAACATAAAATCAATTTT
* * *
11650 GAGATAATCAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGATTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
131 GAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* **
11715 TTTTCATGCCAAAGAATGACTTTTTCTTTGCGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTT
196 TTTTCTTGCCAAAGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTT
* *
11780 TTACCCAAAAATGGAAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
261 TTAACCAAAAATGAAAAAAAAAATTGAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
11845 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCACGCCAATGAATGCCTT
325 TGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCACGCCAATGAATG-CTT
* * *
11910 TTTCTTCACATTTCTTGAAGTAGCCATTCAATTATAGTATATTTTAACCAATAATGTAAAAAAAA
388 TTTCTTCAC-TTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGTAAAAAAAA
* * * * *
11975 TGAACTTCAAATGAATTTTGAGA-TAAGAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGCA
452 TCAACTTAAAATCAATTTTAAGACTAATAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGCA
* *
12039 ATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAG
517 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAG
*
12104 CCATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGTAACAAAATTGAACTTAAAATGAATTTTGAGA
582 CCATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATGAATTTTGAGA
**
12169 TAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAATCTTTTGAA
647 TAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
12207 GGAATGGGTGAATATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTATCG
1 GGAATGGGTGAATATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTATCG
* * *********
12272 TAGAGATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAAAGTAAAAAACATTGAACATAAANNNNNNNNN
66 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAAGTAAAAAACATTGAACATAAAATCAATTTT
* * *
12337 NAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTCTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGAC
131 GAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * ** *
12402 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-TGTCACGTTTCTTGAGGTTTACTTTCAATTATAAT-TGG
196 TTTTCTTGCCAAAGAATGACTTTTTCT-TCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCT-G
* * * * * *
12465 TTTTAAGCAAAAATGCAAAAAAAAAACTGAACATACAATCAATTATGGGTTTATAAAACCATTAA
259 TTTTAACCAAAAATG-AAAAAAAAAATTGAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *
12530 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGGGGACCATAAAT
322 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAAT
12572 TAACTTTTCT
Statistics
Matches: 1993, Mismatches: 374, Indels: 112
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
679 16 0.01
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689 18 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (684 bp):
GGAATGGGTGAATATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTATCG
TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAAGTAAAAAACATTGAACATAAAATCAATTTT
GAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTGCCAAAGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTT
TTAACCAAAAATGAAAAAAAAAATTGAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
GAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCACGCCAATGAATGCTTTTT
CTTCACTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGTAAAAAAAATCAA
CTTAAAATCAATTTTAAGACTAATAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTTGAAGCAATAG
GTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGCCAT
TCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATGAATTTTGAGATAAT
AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
Found at i:12456 original size:859 final size:849
Alignment explanation
Indices: 9476--12461 Score: 2833
Period size: 859 Copynumber: 3.5 Consensus size: 849
9466 ATGGGTGAAT
* * * *
9476 ATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATC-TTTCTT-ATTGTAGACATTCAA
1 ATAAATGGACTTTTCATG-CAAAGAATGCCTTTTTCTTCA-CGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAA
* * * * *
9539 TTATAATCTGTTCTAACCAAATAAGTA-AAAAACATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATAATAG
63 TTATAATCTGTTTTAACCAAA-AA-TATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGAT-ATAA
* * * * *
9603 AACTATTTAAAG-GAAGTAGTAAGGCTTCTAAAGGAATCGGTGACTATAAATAGACTTTT-TTCG
125 AACTATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-G
* ** * * * * *
9666 CCAACGAATGCCTTTTTCTTCGCGTTTCTCGAGGTTA-A-ATTTCAATTATAATTTGTTTTAAGC
188 -CAATGAATGCCTTTTTCTTCATG-TTCT-TAAG-TAGACA-TTCAATTATAATCTATTTTAACC
* * * * * * * *
9729 ACA-AATGTAAAAAAAAAGAATTGAACATACAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGCG
248 A-ATAATGT----AAAAA-AATTGAACTTAAAATGAATTTTAAGATAATAAAACTATTTAAAGCG
* * * * * * *
9793 ACTAATAAGGCTTTTGATGAAATTGGG-GACCATAAATGAAAC-TTTCTTGTCAATAAAT---TT
307 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
* * * * * * * *
9853 TCTTT---G-TTCTCAATGTAGATATTCAATTATAATCTTTTTTAACTAAATCTAAA--AAAATA
370 TTTTTCACGTTTCT-TAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTCTAAC-CAA-C-AAAGTAAAACA
* * * * * * ** *
9912 ATTCAACTTAAAAACAATTTTAAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
431 ACTGAACGTAAAATCAATTTTGAGATAAT-AAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * *
9976 GAA-CAGGTGACAATAAATGGTCTTTTCTTGCCAAGGAATG-CTTTTTTCTTCGCATTGCTTGAG
495 GAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAAAGAATGAC-TTTTTCTTCGCGTTTCTTGAG
* * * * *
10039 GTAGACATTCAATTATAGTTTCTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
558 GTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGGAAAAAAAAATTAAAC-TAAAATCAATT
* * * * * *
10103 ATGAAATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGTAATGAGAGACTATAAATAG
622 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAG
* * * ** *
10168 ACTTTTCTTC-ACAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTCTCATGAGGTA-CACATTTGATTATAATC
687 ACTTTTC-TCGACAATGAATGCTTCTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGC-CATTCAATTATAATA
* *
10231 TGTTTTAATCTATAATGTACAAAAAAGTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTA
750 TATTTTAA-CTATAATGTACAAAAAAATGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTA
* * *
10296 AAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATAGGTGACC
814 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGTGACA
* * *
10332 ATAAATGGACTTTTCGTGTCAAAGAAT-CACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTTAAT
1 ATAAATGGACTTTTCATG-CAAAGAATGC-CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
*
10396 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
64 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAA
* * * **
10461 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATGGGTGACTATATATGGAC-TTTCACGCCAA
127 CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAA
* *
10525 TGAATGCCTTTTTCTTCACGTTCGTTGAAGTAGCCATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAAT
191 TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTC-TT-AAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAAT
*
10590 GTAAAAAAATTGAACTTAAAATGAATTTTAAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCT
254 GTAAAAAAATTGAACTTAAAATGAATTTTAAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
10655 TTTGAAGCAATAGGTGACTATAAATGGAATTTTCATGCCAACGAGTGCCTTTTCCTTT-ACGTTT
319 TTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT--TTTCACGTTT
* * * * * * * ** *
10719 CTCTAGGTAGCCATTCAATGATAATCTATTTTAATCAATAATGTAAAACAATTGAATTTAAAATG
382 CT-TAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTCTAACCAACAAAGTAAAACAACTGAACGTAAAATC
* * *
10784 AATTTTGAGATAATAAAAATATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAA
446 AATTTTGAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAA
* * ** * *
10849 ATGGACTTTTCATGCCAATGAAT-ACCTTTTTCTTCACGTTTCACGAGGTTAACTTTCAATTATA
511 ATGGACTTTTCATGCCAAAGAATGA-CTTTTTCTTCGCGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATA
* * * * * * *
10913 ATTTGTTTTAAGCAAAAGTGTAAAAAAAGAATCAAACATACAATCAATTATGAGTTTGTAAAACC
575 ATTTGTTTTAACCAAAAATGGAAAAAAA-AATTAAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * * * * *
10978 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGATGGAATGGGGGACCATAAATAGTCTTTCCTTGTCAATA
638 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTCGACAATG
* * * ** * *
11043 AAT-TTTCTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTATAATATCTTTTAACTA-AATCTA
703 AATGCTTCTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGCCATTCAATTATAATATATTTTAACTATAATGTA
* * *
11106 TAAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
768 CAAAAA-AA-TGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* *
11171 TTTGAAGGAATGGGTGACA
831 TTTGAAGCAATAGGTGACA
* * * * *
11190 AAAAATGGTCTTTTCTTGCAAGGGAATG-CTTTTCTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTCATGCAA-AGAATGCCTTTT-TCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
** * * * * *
11254 TATGGTTTGTTTTCACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGACTATCAAAC
64 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGA-TATAAAAC
* * * *
11319 TATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGTAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAGCAAT
128 TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAAT
** * ** * * *
11384 GAATG-CTTGTTTCTTCATGGTTCACAAGGTACACATTTGATTATAATATGTTTTAATCAATAAT
192 GAATGCCTT-TTTCTTCAT-GTTCTTAA-GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAAT
* * * * ** *
11448 GTACAAAAAATTGAACTTAAAATTATTTTTGAG-TGTATAAAACTATTTAAATTGGGTAATAAGG
254 GTA-AAAAAATTGAACTTAAAATGAATTTTAAGAT-AATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * ** *
11512 CTTTTGAAGGAATGAGTGAATATAAATAGTCTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTT
317 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-TTCACGTT
* *
11577 TCTTATCGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAACAAAGTCAAAA-ACACTGAACGTAAA
381 TCTTA-GGTAGACATTCAATTATAATCTATTCTAACCAACAAAGT-AAAACA-ACTGAACGTAAA
* *
11641 ATCAATTTTGAGATAATCAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGATTTTGAAGGAATGAGTGACTA
443 ATCAATTTTGAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
*
11706 TAAATGGACTTTTCATGCCAAAGAATGACTTTTTCTTTGCGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTA
508 TAAATGGACTTTTCATGCCAAAGAATGACTTTTTCTTCGCGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTA
* * *
11771 TAATCTGTTTTACCCAAAAATGGAAAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
573 TAATTTGTTTTAACCAAAAATGGAAAAAAAAATTAAACT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
11836 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCACGCCAAT
637 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTCGACAAT
* * * *
11901 GAATGCCTT-TTTCTTCACATTTCTTGAAGTAGCCATTCAATTATAGTATATTTTAACCAATAAT
702 GAATG-CTTCTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGCCATTCAATTATAATATATTTTAA-CTATAAT
* * * * * *
11965 GTA-AAAAAAATGAACTTCAAATGAATTTTGAGATAAGAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGC
765 GTACAAAAAAATGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
*
12029 TTTTGAAGCAATAGGTGACT
830 TTTTGAAGCAATAGGTGACA
* * * * *
12049 ATAAATAGACTTTTCATGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGCCATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCATG-CAAAGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
* * * * * *
12114 ATAATCTATTTTAACCAATAATGTAACAAAATTGAACTTAAAATGAATTTTGAGATAATAAAACT
65 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGAT-ATAAAACT
* ** * *
12179 ATTTAAAGCGAGTAATAAATCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATG
129 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATG
* * * * *
12244 AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTATCGTAGAGATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAAAGT
193 AATGCCTTTTTCTTCATG-TTCTTA-AGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGT
* ********** * *
12309 AAAAAACATTGAACATAAANNNNNNNNNNAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTT
256 AAAAAA-ATTGAACTTAAAATGAATTTTAAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* *
12374 CTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTGTCACGTTTCT
320 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTT-TCACGTTTCT
** *
12439 TGAGGTTTACTTTCAATTATAAT
384 T-AGGTAGACATTCAATTATAAT
12462 TGGTTTTAAG
Statistics
Matches: 1728, Mismatches: 335, Indels: 131
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
849 4 0.00
850 77 0.04
851 5 0.00
853 3 0.00
854 8 0.00
855 64 0.04
856 161 0.09
857 234 0.14
858 279 0.16
859 671 0.39
860 207 0.12
861 10 0.01
862 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (849 bp):
ATAAATGGACTTTTCATGCAAAGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATATAAAACTAT
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGAAT
GCCTTTTTCTTCATGTTCTTAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAATAATGTAAAAA
AATTGAACTTAAAATGAATTTTAAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTCACGTTTCTTAGGTAG
ACATTCAATTATAATCTATTCTAACCAACAAAGTAAAACAACTGAACGTAAAATCAATTTTGAGA
TAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
CATGCCAAAGAATGACTTTTTCTTCGCGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAA
CCAAAAATGGAAAAAAAAATTAAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTCGACAATGAATGCTTCTTTCT
TCACGTTTCTTGAGGTAGCCATTCAATTATAATATATTTTAACTATAATGTACAAAAAAATGAAC
TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAATAGGT
GACA
Done.