Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402420.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_550.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5208
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.10, T:0.34
Warning! 658 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:293 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5--1288 Score: 1175
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 170
1 GTTG
* ** * * *
5 AATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGGA
1 AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAA
* * * * * * ** *
70 AATGACATTTATTGCGAAGAAAAGTCCATTTGTATTCTCTCATTTATTCAAAAGCTTTATTACTC
66 AAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
**
135 ACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
131 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
175 AAATTTTTTTATATTTCTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAATCATGTAGA
1 -AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGA
* * * * *
240 GAAAGTCATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT
65 AAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
305 -AGCCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG-TATTTAAGTT
130 CA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTT
* * * ** * *
346 GAATTGTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATG-CTTGCCT-TGGAAAACATAT
1 -AATT-TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAG-AAACGTGT
* *
409 AGAAAAAGCCATTCATTTGCAG--GAAAAGTCCATTTATAGTCT-TATATTCCTTCAAAAGCCTT
62 AGAAAAAGTCATTCA-TTG-AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
471 ATTTCTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT
124 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
518 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAGTGTTTACCTTGAA-AGATGTGTAGA
1 AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGTAGA
* * ** * *
582 AAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTTCC-TCAAAAGCCTTATTAC
65 AAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
646 TCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTGTAAGTT
129 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
** * * *
688 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACC-CTAAGAAACGTGAAG
1 -AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACGTGTAG
** * * * *
752 AAAAA-TACATTCATTGATTAGAAAAATTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTA
64 AAAAAGT-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
816 CTGACTTTAAGTGGTTTTATTATCTTAAAATTGATTTTATGTT
128 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* ** * * *
859 GAGTTTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGA
1 -A---ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGT
* **
924 AGAAAAAATCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
62 AGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
989 TCTCACTTCAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGA-TTTATGTT
127 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** *
1032 CAATTTTTTATACATATTTGC-TT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACGACAAGAAACGTGAA
1 -AATTTTTT-TACAT-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTA
* * * ** * **
1095 GAAACAAG-CAATCATTG-GCAAGAAAATTTCATTTATAGTAACCCATTTTTTCAAAA-CCTTAT
63 GAAA-AAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
1157 TACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAG-T
126 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
1201 CATTTTTTTACATTTTTCATTGAAATAGACTATAATTGAGTGCCTACCTCGAA-AAACATGTAGA
1 AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACGTGTAGA
* * *
1265 AAAGGCCATTCATTGATAAGAAAA
65 AAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAA
1289 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 926, Mismatches: 150, Indels: 77
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 9 0.01
168 56 0.06
169 42 0.05
170 222 0.24
171 302 0.33
172 133 0.14
173 13 0.01
174 143 0.15
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGTAGAA
AAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
Found at i:1061 original size:515 final size:511
Alignment explanation
Indices: 5--1288 Score: 1320
Period size: 513 Copynumber: 2.5 Consensus size: 511
1 GTTG
* *** *
5 AATTTTTTTACACT-TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGG
1 AATTTTTTTACA-TATTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACGACAAG-AACGTGAAGA
* * * * * * * ** * ** *
69 AA-ATGACATTTATTG-CGAAGAAAAGTCCATTTGTATTCTCTCATTTATTCAAAAGCTTTATTA
64 AACAAG-CAATCATTGAC-AAGAAAATTTCATTTATAGTAACCCATTTCCTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
132 CTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTCTCATT
127 CTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTCATT
* * * * * * * *
197 AAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAATCATGTAGAGAAAGTCATTTATTTAGAAGAA
191 AAAATAGACTATAATTGAATGCCTCCCTCAAGAAACATGAAGAGAAAATCATTCATTGAGAAGAA
* * *
262 AAGTCCATTTATGGTCTCTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATAGTTTTATAATC
256 AAATCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATAGTTTTATAATC
* *
327 TCATAATTGTATTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGCT
321 TCAAAATTGTATTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGCT
* * * * *
392 TGCCTTGGAAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTTGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCTTATATT
386 TACCTTGCAAAACATATAGAAAAAACCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTACATT
*
457 CCTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT
451 CCTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATT
* * * * * * *
518 AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAGTGTTTACCTTGA-AAG-ATGTGTAG
1 AATTTTTTTACATATTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-C--GACAAGAACGTGAAG
* * *
581 AAA-AAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTTT-ATTTATAGTCACCCATTTCCTCAAAAGCCTTATT
63 AAACAAG-CAATCATTGACAAGAAAA-TTTCATTTATAGTAACCCATTTCCTCAAAAGCCTTATT
* **
644 ACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
126 ACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTCAT
** * **
709 TAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCCT-AAGAAACGTGAAGA-AAAATACATTCATTGATTA
190 TAAAATAGACTATAATTGAATGCCT-CCCTCAAGAAACATGAAGAGAAAAT-CATTCATTGAGAA
* * * * * *
772 GAAAAATTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACT-GACTTTAAGTGGTTTTAT
253 GAAAAATCCATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAG-CCTTAAATAGTTTTAT
* * * * * *
836 TATCTTAAAATTG-ATTTTATGTTGAGTTTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATT
317 AATCTCAAAATTGTA-TTTAAGTTGA--ATTGTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGACTATAATT
* *
900 GAATG-TCTACC-T-CAAGAA-ATGTGAAGAAAAAATCATTCA-TTGCCAAGAAAAGTCCATTTA
379 GAATGCT-TACCTTGCAA-AACATAT--AGAAAAAACCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTA
*
960 TAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCAC-TTCAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTG
439 TAGTCT-TACATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTC-AATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
**
1023 A-TTTATGTT
502 ATTTTAAATT
* *
1032 CAATTTTTTATACATATTTGCTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACGACAAGAAACGTGAAG
1 -AATTTTTT-TACATATTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACGACAAG-AACGTGAAG
* **
1096 AAACAAGCAATCATTGGCAAGAAAATTTCATTTATAGTAACCCATTTTTTCAAAA-CCTTATTAC
63 AAACAAGCAATCATTGACAAGAAAATTTCATTTATAGTAACCCATTTCCTCAAAAGCCTTATTAC
* * *
1160 TCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAG-TCATTTTTTTACATTTTTCATTGA
128 TCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAA
* * * ** *
1224 AATAGACTATAATTGAGTGCCTACCTCGAA-AAACATGTAGA-AAAGGCCATTCATTGATAAGAA
193 AATAGACTATAATTGAATGCCTCCCTC-AAGAAACATGAAGAGAAA-ATCATTCATTGAGAAGAA
1287 AA
256 AA
1289 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 639, Mismatches: 103, Indels: 59
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 3 0.00
512 76 0.12
513 271 0.42
514 72 0.11
515 204 0.32
516 13 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (511 bp):
AATTTTTTTACATATTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACGACAAGAACGTGAAGAAA
CAAGCAATCATTGACAAGAAAATTTCATTTATAGTAACCCATTTCCTCAAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAT
AGACTATAATTGAATGCCTCCCTCAAGAAACATGAAGAGAAAATCATTCATTGAGAAGAAAAATC
CATTTATAGTCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATAGTTTTATAATCTCAAA
ATTGTATTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTACCT
TGCAAAACATATAGAAAAAACCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTACATTCCTTC
AAAAGCCTTATTTCTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATT
Found at i:2651 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2001--2681 Score: 448
Period size: 172 Copynumber: 4.0 Consensus size: 172
1991 NNNNNNNNNT
* * * ** *
2001 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATCGTTTTATTATCACAAAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCAAAATCCCAAAATT
** * * * * *
2066 GATTTTATGTTC-AATTTTTATTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAAATGAATGTCTACGA-
66 GATTTTAACTTCAAATTTTT-TTTACTTTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-AT
* * * * ** *
2129 AGAGAAACATGAAGAAAAAGTCTTTCATTGGTAAGAAAAGCCCA
129 CGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAATCTA
* * ********** * * ** * * * *
2173 TTAATAGTAAGCNNNNNNNNNNAAA-CCTTATCACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAAT
1 TT-ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCAAAATCCCAAAAT
* * * * * * **********
2237 TGATTTTAAGTT--GATTTTTGTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGNNNNNNNNNNT
65 TGATTTTAACTTCAAATTTTTTTTACTTTTTTGA-CTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACAT
* * *
2299 CGAGAAACATAAAGAAAAATG-CATTCATTGGCAATAAAAGTCTA
129 CGAGAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGGCAAGAAAAATCTA
* * * * * *
2343 TTATAGTTACTCATTCCTTTAATAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCAAAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCAAAATCCCAAAATT
* ** ********** *
2408 GATTTTAACTTCAAATTTTTTTTGCTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATNNNNNNNNNNCATCA
66 GATTTTAACTTCAAATTTTTTTTACTTTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCG
2473 AGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAATCTA
131 AGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAATCTA
* *
2515 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-TTCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCCCAAAA
1 -TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTCAAAATCCCAAAA
* * *
2579 TTGATTTTAAGTTC-AATTTTTTTTACTTTTTTGACTAAAACGGATTATCATTGAATGTCTACAA
64 TTGATTTTAACTTCAAATTTTTTTTACTTTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-A
2643 T-GAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAA
128 TCGAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAA
2682 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 101, Indels: 26
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.02
170 109 0.28
171 9 0.02
172 190 0.48
173 78 0.20
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCAAAATCCCAAAATT
GATTTTAACTTCAAATTTTTTTTACTTTTTTGACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCG
AGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAATCTA
Found at i:3837 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2876--4805 Score: 1632
Period size: 170 Copynumber: 11.3 Consensus size: 170
2866 NNNNNNNNNN
* * * *
2876 CACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTA-ACTTTTTTAGT
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACA-TTTTTGA-T
* * * * ** * * * *
2940 TAAAACATATTATAATTAAATGTTTAGATCAAGAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATT-AGCAAG
63 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-ACATTCATTGA-CAAG
* * * *
3004 AAAAGTCTATTTACAGTCAC-C-TGCTCTTACAAAAACCTTATTACT
126 AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTC-CTT-CAAAAGCCTTATTACT
* * * **
3049 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTATATTTTTCTTTAA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
* * * * * ** *
3113 AACAGA-TAATAATTGAGTGCCTACCTTGAGAAATGT-ATAGAAAAAGTCATTCATTGGTAGGAA
66 AACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGA-AGAAAAA-ACATTCATTGACAAGAA
* * *
3176 AAGTTTATTTATCGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
128 AAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * **
3219 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTCG
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
* * * * * * * * *
3283 AACAAACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACTTGTAG-AAAAACATAGTTATTCATAAGAAA
66 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAACAT--TCATTGACAAGAAA
* *
3347 AGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCATATTACT
129 AGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
3389 CTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATATTTGGTTA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGATTA
* * * * * *
3454 AAATAGACAATAATTGAATGTCTACCATAAGAAACGTGAACAAAAAAGCATTCCTTCG-GAAGAA
65 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAA-CATTCATT-GACAAGAA
* * * **
3518 AAGTCAATATAT-GTCTCTCATTCCTTCGAAAGGGTTATTACT
128 AAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
3560 CACTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTAATTTTAAGTTCAAGTTTTGTACATTTTTGGTTAA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
* * ** *
3625 AACAGACTATAATTTG-TTATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTTATTGACAAGAAA
66 AACAGACTATAA-TTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-ACATTCATTGACAAGAAA
* * *
3689 AGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTACT-CT
129 AGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
3730 CACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTTAATTTTTATTTACATTTTTGATT
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTT-TTTACATTTTTGATT
* **
3795 AAAACAGACTATAATTGAAT-TCCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGA
64 AAAACAGACTATAATTGAATGT-CTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAA-CATTCATTGACAAGA
* * * *
3859 AAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACT
127 AAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* ** * * *
3903 CGCTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATATTTTTTACTTTTTTGATTA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTACATTTTTGATTA
* * * * * ** * *
3968 AAACAGATTATAATTAAATGTCTACATCAAGAAACTTGGGGAAAAAAGTATTCATTCG-TAAGAA
65 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAA-CATTCATT-GACAAGAA
* *
4032 AAGTCTATTTATAGTCTCTCATTTCTTGAAAAGCCTTATTACT
128 AAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** * * * * * *
4075 TGCTTTAAATGGTTTTACAATTTCATAATTGATTTTAAGTTTAAGTTTTTTACTTTTTTGGTTAA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
* * * * ** ** * *
4140 AACAGCCTGTAGA-CGAATG-CTTGCCTCGAGAAATAT-ATAGAAAAACCTAGTT-ATTTG-GAA
66 AACAGACTATA-ATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACGTGA-AGAAAAAAC-A-TTCA-TTGACAA
* * * *
4200 GAAAAGTCGATTAATAGTTTC-CTATTGCTTCAAAAGCCTTATTACT
125 GAAAAGTCTATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** * * * *
4246 CACTTTAAATTATTTTATAACCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTGGTTAA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
* * *
4310 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACGTGAAGAAAAATACATTTATTGACAAGAAAA
66 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-ACATTCATTGACAAGAAAA
* * * *
4375 GTCAATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAATCCTTATTACT
130 GTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
4416 CCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAA-TTTTTTAAATTTTTTATTA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATTA
* * * * * ** * * * *
4479 AAATAAACTATAATTAAATGCCT-GCTTCGGGAAACGT-ATAGTAAAACACATTTATTCAGAAGA
65 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGA-AG-AAAAAACATTCATTGACAAGA
* * * *
4542 AAAGTCCATTTATAGTCTGTCATTCCTTCAAAAACCATATTACT
127 AAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
********** *
4586 CACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACATTTTTGATTA
* * * *
4651 AAAGAGACAATAATTGAATGTTCTA-CTTCGAA-AAACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAG
65 AAACAGACTATAATTGAATG-TCTACCTT--AAGAAACGTGAAGAAAAA-ACATTCATTGACAAG
* * * * *
4714 CAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCGTATTACT
126 AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
4759 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT-AGTTTTAAGTTCAATTT
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTCAATTT
4806 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1418, Mismatches: 282, Indels: 115
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 23 0.02
170 596 0.42
171 258 0.18
172 350 0.25
173 184 0.13
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAACATTCATTGACAAGAAAAG
TCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
Found at i:4590 original size:856 final size:853
Alignment explanation
Indices: 2876--4805 Score: 2153
Period size: 856 Copynumber: 2.3 Consensus size: 853
2866 NNNNNNNNNN
*
2876 CACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTA-ACTTTTTTAGT
1 CACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACA-TTTTTGA-T
* * * * * * * * *
2940 TAAAACATATTATAATTAAATGTTTAGATCAAGAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGA
64 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * *
3005 AAAGTCTATTTACAGTCA-CC-TGCTCTTACAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
128 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTC-CTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
3068 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTATATTTTTCTTTAAAACAGATAATAATTGAGTG
191 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATAATAATTAAATG
* ** * * * * * *
3132 CCTACCTTGAGAAATGTATAGAAAAAGTCATTCATTGGTAGGAAAAGTTTATTTATCGTCTCTCA
256 CCTACATCAAGAAATGGAGAGAAAAAGTCATTCATTCGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCA
* *
3197 TTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGA
321 TTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGA
** * * *
3262 ATTTTTTACATTTTTCATTCGAACAAACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACTTGTAGAAAA
386 ATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATCAAATGTCTGCCTCGAGAAACTTATAGAAAA
* * *
3327 ACATAGTTATTCATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCTC
451 ACATAGTTATTCAGAAGAAAAGTCCATTAATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCAC
* * *
3392 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATATTTGGTTAAAA
516 TTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATATTAAGTTCAATTTTTTTTACATATTTGGTTAAAA
* * * *
3457 TAGACAATAATTGAATGTCTACCATAAGAAACGTGAACAAAAAAGCATTCCTTCGGAAGAAAAGT
581 CAGACAATAATTGAATGTCTACCATAACAAACGTGAACAAAAAAGCATTCATTCGCAAGAAAAGT
* * ** *
3522 CAATATATGTCTCTCATTCCTTCGAAAGGGTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATACTCTCATA
646 CAATATATGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * *** *
3587 ATTAATTTTAAGTTCAAGTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTTGTTATCTACCTC
711 ATTAATTTTAAGTTCAAGTTTTGTAAATTTTTGATTAAAACAAACTATAATTAAATACCTACCTC
* * * *
3652 GAGAAACGTGAAGAAAAATACATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCA
776 GAGAAACGTGAAGAAAAACACATTTATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* *
3717 AAAGCCTTACTCT
841 AAAACCATACTCT
* *
3730 CACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTTAATTTTTATTTACATTTTTGATT
1 CACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTT-TTTACATTTTTGATT
** *
3795 AAAACAGACTATAATTGAAT-TCCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGA
65 AAAACAGACTATAATTGAATGT-CTA-CTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * **
3859 AAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAATTTTATAAT
128 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
3924 CTCAAAATTGATTTTATGTTCAATATTTTTTACT-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATG
193 CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTA-TATTTTTCATTAAAACAGATAATAATTAAATG
* *
3988 TCTACATCAAGAAACTTGGGGA-AAAAAGT-ATTCATTCGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCT
256 CCTACATCAAGAAA--TGGAGAGAAAAAGTCATTCATTCGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCT
* **
4051 CATTTCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAAT-TTCATAATTGATTTTAAGT
319 CATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTT-ATAATTGATTTTAAGT
* * ** ** * *
4115 TTAAGTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGCCTGTAGA-CGAATG-CTTGCCTCGAGAAA-TATA
383 TGAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATA-ATCAAATGTC-TGCCTCGAGAAACT-TA
* ** * * * *
4177 TAGAAAAACCTAGTTATTTGGAAGAAAAGTCGATTAATAGTTTC-CTATTGCTTCAAAAGCCTTA
444 TAGAAAAACATAGTTATTCAGAAGAAAAGTCCATTAATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCATA
* * * *
4241 TTACTCACTTTAAATTATTTTATAACCTCATAATTGATATTAAGTTGAA-TTTTTTT-CATTTTT
508 TTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATATTAAGTTCAATTTTTTTTACATATTT
* * *
4304 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAACAAACGTGAAGAAAAATA-CATTTATT-G
573 GGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCAT-AACAAACGTGAACAAAAA-AGCATTCATTCG
* * * * *
4366 ACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAATCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTT
636 -CAAGAAAAGTCAATATAT-GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
* * * * *
4431 TATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAA-TTTTTTAAATTTTTTATTAAAATAAACTATAATT
699 TATAATCTCATAATTAATTTTA-AGTTCAAGTTTTGTAAATTTTTGATTAAAACAAACTATAATT
* * * * * *
4494 AAATGCCTGCTTCGGGAAACGT-ATAGTAAAACACATTTATTCAGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
763 AAATACCTACCTCGAGAAACGTGA-AGAAAAACACATTTATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** *
4558 CTGTCATTCCTTCAAAAACCATATTACT
827 CACTCATTCCTTCAAAAACCATACT-CT
* ********** * *
4586 CACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTA
1 CACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGATTA
* *
4651 AAAGAGACAATAATTGAATGTTCTACTTCGAA-AAACATGAAGAAAAATA-CATTCATTGGCAAG
66 AAACAGACTATAATTGAATG-TCTACTT--AAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAG
* * * * * *
4714 CAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
127 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
4779 TCTCAAAATT-AGTTTTAAGTTCAATTT
192 TCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTCAATTT
4806 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 896, Mismatches: 151, Indels: 57
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
853 1 0.00
854 168 0.19
855 226 0.25
856 350 0.39
857 147 0.16
858 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (853 bp):
CACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGATTA
AAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
GTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
AAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATAATAATTAAATGCCTAC
ATCAAGAAATGGAGAGAAAAAGTCATTCATTCGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCT
TGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
TTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATCAAATGTCTGCCTCGAGAAACTTATAGAAAAACATA
GTTATTCAGAAGAAAAGTCCATTAATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAA
ATGATTTTATAACCTCAAAATTGATATTAAGTTCAATTTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGAC
AATAATTGAATGTCTACCATAACAAACGTGAACAAAAAAGCATTCATTCGCAAGAAAAGTCAATA
TATGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAA
TTTTAAGTTCAAGTTTTGTAAATTTTTGATTAAAACAAACTATAATTAAATACCTACCTCGAGAA
ACGTGAAGAAAAACACATTTATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAAC
CATACTCT
Done.