Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402423.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5503.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 946
Length: 1578
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Warning! 70 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:427 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 98--1560 Score: 673
Period size: 172 Copynumber: 8.5 Consensus size: 171
88 NNNNNNNAAA
* * ** * *
98 TTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTTTATGTCCACCTTGAGAAACATGAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAA
* ** * * * ** *
162 AAGGCATTCATTGATAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCACTATTTTTG--AAAGCCTTATTACT
65 AAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCA-CTC-ATTCCTGCAAAAGCCTTATTACG
* * ***********
225 CGCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAGT
128 CACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA-T
* *
270 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGACTATAATT-AATTGTCTACCTTGAAAAACGT-AAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAA
* ********** *
333 AAG-CCTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTNNNNNNNNNNCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCA
65 AAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCATTCCTGCAAAAGCCTTATTACGCA
* * * *
397 CTTTAAATGGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAT
130 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GAT
* * * * * * *
440 TTTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAAAGTGTACATTGAGAAACATGAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAA
* * * * *
504 AAGAGATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCATTCCTGCAAAAGCTTTATTACTCG
65 AAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCATTCCTGCAAAAGCCTTATTACGCA
* * * * *
569 CTTTAAATAGTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAACTTGAA
130 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAT
* ** * *
611 TTTTTTTACATTTTTAATT-AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCACG-AGAA-ATGTATATAA
1 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATG-A-AGAA
* * * * * * * *
673 AAAGTCATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
64 AAAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCATTCCTGCAAAAGCCTTATTACG
* * ********** *
738 CGA-TTTCAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAA
128 C-ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAT
** * * * * * * * *
782 TTTTTTTACATTTTCCATTTAAACAAACTATAATTGAATGCCAACCTAGAGAAACGTGTAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAA
* * * * * * ** * * *
847 AGTCATTCATTTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
66 AGACATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCATTCCTGCAAAAGCCTTATTACGCA
** * *
912 CTCCAAATTA-TTTTACAATC-CAAGAATTGATTTTAAGTTGAA
130 CTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAT
* ********* * * *
954 TATTTTTACATTTTTT-TGTNNNNNNNNNNTATAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTAT-T-AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAA
* * * * * * * * *
1018 AAAGGCATTCATCGACAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT-CTATCAAAAGCTTTATTACT
64 AAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCATTCCT-GCAAAAGCCTTATTACG
** * * *
1082 CACTTTAAATAGGGTTATAATCTCAAAATTGATTTTCAGTTCAA
128 CACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAT
** * * * * * * * *
1126 TTTTTTT-CATATTTCTGGTTAAAACATATTATAATTCAATCTGTATC-TCAAGAAACGTGAAGA
1 TTTTTTTACAT-TTT-TTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGA
** *********** * * * **
1189 AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTATT
63 AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCATTCCTGCAAAAGCCTTATTACG
* ** * *
1254 CTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATCATTGATTTAAAGTT-AA
128 CACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAT
* ** * ** *
1297 ATTTTTTA-ATATTTTCCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAGAAA
1 TTTTTTTACAT-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAA
** * * * * * *** *
1361 AAGGTATTTATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTCTTTGAAAGCCTTATTAC-TA
65 AAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCATTCCTGCAAAAGCCTTATTACGCA
********** *
1425 GCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA
130 -CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAT
* * * * * * *
1468 TTATTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGGCAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAA
*
1532 AATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
65 AAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
1561 ATAGTAACCT
Statistics
Matches: 973, Mismatches: 281, Indels: 75
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 10 0.01
170 246 0.25
171 221 0.23
172 430 0.44
173 56 0.06
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAA
AGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTCATTCCTGCAAAAGCCTTATTACGCAC
TTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAT
Done.