Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402424.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5503.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 996
Length: 1660
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Warning! 24 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:510 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 267--1660 Score: 1156
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 168
257 NNNNNNNNNN
* * * * ** * * *
267 AAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTATGTTGAATTTTTTACATTTTTCCTTTAAATAGTC
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGAC
** * *
332 TATAATTGAATACCTGTCTCGAGAAACGTGATGAAAAAGCCACTCATTAAG-AAAAAAAGTCCAT
66 TATAATTGAATGTCT-TCTCGAGAAACGTGATGAAAAAG-CATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
396 TTATAGTCACCAATTTTTTCAAATGTCTTATTACTCGCTTT
128 TTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
437 AAATGGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * *
502 CAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAATGCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCA
65 CTATAATTGAATGTCT-TCTCGAGAAACGTGATGAAAAA-GCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCA
* *
566 -TTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
127 TTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * ** *
607 AAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTGACTTTTTTAGTCAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-AAATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * *
672 CTATAATTGAATGTGTATCTCAAGAAACATGATGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
65 CTATAATTGAATGTCT-TCTCGAGAAACGTGATGAAAAA-GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
737 TTCTAGTCA-CCACTCTTTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTT
128 TTATAGTCACCCA-TTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
778 CAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACA
* * * * *
843 GACTAT-ATT-AATTGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTAGCAAGACAAGTCC
63 GACTATAATTGAA-TGTCT-TCTCGAGAAACGTGATGAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
906 ATTTATAGTCTCTCATTTTTTTAAAAGCCTTATTGC-CTACTTT
126 ATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTT
* * * *** * * *
949 AAATGATTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAGTTTTTTTTTTTTACTTTTTGGGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATTTTT-AGTTAAAACAGA
* * * * * * * * *
1014 TTATAATTGAATGTCTACATTGTGAAACGTGA-AAAAAATGGGATTCATTGGAAAGAAAAGTCTA
65 CTATAATTGAATGTCTTC-TCGAGAAACGTGATGAAAAA--GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA
* ** * * *
1078 TTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTTGTTTT
127 TTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
*** * * * * *
1120 AAAAAATTTAACAATCTCATAATT-ATTTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-AATTTTTAGTTAAAACA
*
1183 GACTATAATTGAATG-CTTGC-CTTAGGAAACGTG-TGGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAA
63 GACTATAATTGAATGTCTT-CTC-GA-GAAACGTGAT-GAAAAAG-CATTCATT-AGCAAGAAAA
* ** * *
1244 GTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAATGCCTTATTGCTCGCTTT
122 GTCCATTTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
1291 AAATGGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAGTTTAATTGTTTTATAGTTTTAGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * * *
1356 CAATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAATGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGTAA-AAAATGCCCA
65 CTATAATTGAATGTCTTC-TCGAGAAACGTGATGAAAAA-GCATTCATTAGCAAGAAAA-GTCCA
* *
1420 -TTATAGTCACTCATTTCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTT
127 TTTATAGTCACCCATTT-TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * ** * *
1461 AAATGGCTTTATAATCGCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTGACTTTTTTTA-TCAAAATAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-A-AATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * *
1525 ATTATAATTGACTATGTAC--CTCAAGAAATGTGATGAAAAAAGCATTCATTGGCAACAAAAGTC
64 ACTATAATTGA--ATGT-CTTCTCGAGAAACGTGATG-AAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTC
* *
1588 CATATATAGTCACCGC-TTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTT
125 CATTTATAGTCACC-CATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
*
1632 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
Statistics
Matches: 986, Mismatches: 186, Indels: 103
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.01
169 29 0.03
170 329 0.33
171 531 0.54
172 51 0.05
173 29 0.03
174 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGAC
TATAATTGAATGTCTTCTCGAGAAACGTGATGAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Found at i:1026 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 26--1660 Score: 1253
Period size: 342 Copynumber: 4.8 Consensus size: 337
16 ACAGATTATG
* ** *
26 AAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-CTTCTTCAAAAGCCTTATTTTTT
1 AAGGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATCTT-TTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
90 GCTTTAAATAGTGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGCTAAAA
63 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAA
* * * * **
155 ATAGTCTATAATTGAATGT-TCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGATAAAGAAA
127 ACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATT-AGCAAGAAA
* * * * ************************
219 AGTCTATTTATAATCACTCATTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAT-AGTTTTATAATC
189 AGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATC
** * *** ** * * * **
283 TCATGATTGATTTTATG-TTGAATTTTTTACATTTTTCCTTTAAATAGTCTATAATTGAATACCT
253 TCAAAATTGATTTTAAGTTTTTTTTTTTTAC-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
*
347 GTC-TCGAGAAACGTGATGAAA
317 -ACATCGAGAAACGTGATGAAA
* * * * * * *
368 AAGCCACTCATTAAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTTTTTCAAATGTCTTATTACTCG
1 AAGGCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATCTTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
433 CTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTAAATTTTTGGTTAAAA
64 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAA
* *
498 CAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAATGCATTCATT-GACAAGAAAAG
128 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTAG-CAAGAAAAG
**
562 TCCA-TTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCA
191 TCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* *** * * *
626 AAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTGACTTTTTTAGTCAAAACAGACTATAATTGAATGTGTATC
256 AAATTGATTTTAAGTTTTTTTTTTTTAC-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-C
* *
691 -TCAAGAAACATGATGAAA
319 ATCGAGAAACGTGATGAAA
* *
709 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCACTCTTTTCAAAAGCCTAATTACTCG
1 AAGGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA-TCTTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
774 CTTTCAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAA
64 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTA-TTAA
* *
839 AACAGACTAT-ATT-AATTGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTAGCAAGACAA
126 AACAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAA
* * * * * *
902 GTCCATTTATAGTCTCTCATTTTTTTAAAAGCCTTATTGC-CTACTTTAAATGATTTTATACTCT
190 GTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGATTTTATAATCT
* *
966 CAAAATTGATTTTAAGTTTTTTTTTTTTACTTTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
254 CAAAATTGATTTTAAGTTTTTTTTTTTTACTTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * *
1031 CATTGTGAAACGTGA-AAAA
318 CATCGAGAAACGTGATGAAA
* * * * *
1050 AATGGGATTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTTTTACT
1 AA-GGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATCT-TTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *** * * * *
1114 TGTTTTAAAAAATTTAACAATCTCATAATT-ATTTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
62 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTA
* * **
1178 AAATAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTT-AGGAAACGTGTGGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAG
125 AAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATT-AGCAAG
* * * * * *
1240 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAATGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
186 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
* * * * * * *
1305 TCCCATAATTAATTTTAAGTTTAATTGTTTTATA-GTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATG
251 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTT--TTTTTTTTTACTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * *
1369 TCTACTTTGAGAAATGTGAAGAAA
314 TCTACATCGAGAAACGTGATGAAA
* * *
1393 AATGCATTCATTGGTAA-AAAATGCCCA-TTATAGTCACTCAT-TTCTTTAAAAGCCTTATTACT
1 AAGGCATTCATTGG-AAGAAAA-GTCCATTTATAGTCAC-CATCTT-TTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * *
1455 CACTTTAAATGGCTTTATAATCGCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTGACTTTTTTTATCAA
62 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTATTAA
* * * * * ** * * * *
1520 AATAGATTATAATTGACTATGTACCTCAAGAAATGTGATGAAAAAAGCATTCATTGGCAACAAAA
126 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAA
* * **
1585 GTCCATATATAGTCACCGC-TTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCT
190 GTCCATTTATAGTCACC-CATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCT
*
1649 CATAATTGATTT
254 CAAAATTGATTT
Statistics
Matches: 1031, Mismatches: 217, Indels: 91
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 68 0.07
341 407 0.39
342 504 0.49
343 44 0.04
344 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
AAGGCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATCTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAG
ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATT
GATTTTAAGTTTTTTTTTTTTACTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCGAGA
AACGTGATGAAA
Done.