Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402428.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5507.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 4116
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Warning! 182 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:563 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 61--3805 Score: 2790
Period size: 171 Copynumber: 22.0 Consensus size: 169
51 CGCACATTTT
*
61 TTCAAAAGCCCTATTAC-CTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
1 TTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
124 TTCTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTTCC-TAGAAAAATGTGAAGGAAAA
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAG-AAAATGTGAA-GAAAA
* * *
188 CCCATTCATTGGCAAG-AAAG-CCTATTTATAGTCACCTAAGCC
128 ACCATTCATT-GCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * *
230 TTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTCTATAACCTCATAATTGATTTTAACTT-ATATA
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-AT-
* * * * * *
294 TTTTTTAAAATGTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAATGTGAACTAAA
64 TTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAATGTGAA-GAAA
** * * *
359 AGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCC
127 AACCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* ** *
403 TTCAAAAGCTTTGCTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * *
468 TTTTAAATTTTTGGTTAAAACCA-ATTATAATTCAATGTTTTCCTCAGAAAATGTGAAGAAAAAC
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAC
** * *
532 TTGTTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC
130 -CATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
*
574 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-A---GAA-TT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * *
634 TTTTACA-TTTTGGTTAAAA-ATGATTATAATTGATTGTTTGCTTTGCGAAACA--TGAAGAAAA
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTTTTCCTT-AGAAA-ATGTGAAGAAAA
** ** * * *
695 AGTAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTAAAGTCACCTATTCC
128 A-CCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * ** * * * * *
739 CTCAAAAGCCTTATCACTCAATTTAAATGGTTTCGTAACCTTATAATTCACTTTAAGTTGAATTG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** * * * * * * **
804 TTTTATGTTTTTGGTTAAAATAGACTCTAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGC
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAA-C
* *
869 TATTCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCC
130 CATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * ** * * *
910 TTCGAAAGCCTAACTACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTAAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * ** * * * *
975 TTTTAGATTTCTAATTAAAACAGGTTATAATTGACTGTTTGCCTTGTGAAACA--TGAAGAAAAG
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-AGAAA-ATGTGAAGAAAA-
* * *
1038 GCTATTCATTG-ACAGAAAAAG-CTCATTTATAGTCACTCATGCC
128 ACCATTCATTGCA-AG-AAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCC
* * * *
1081 TTCAAAAGCCTTATTAC-CTACTTTGAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * ** * *
1145 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATGATTGAACATTTGCCTTGAGAAACT-TGAAGAAAAA
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-AGAAAATGTGAAGAAAAA
* * * *
1209 CCTGTTCATTGGCAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACCAAAGGC
129 CC-ATTCATT-GCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCC
* * * *
1252 TTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *
1317 TTTTACATTGTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATTGTCTACC-TAGGAAAACGTGAAGAAAAG
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTTCCTTA-GAAAATGTGAAGAAAAA
* * * * * * *
1380 GCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTTATTACAATCATCAATTACC
129 CCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCCA-TGCC
** * * * * * *
1423 -TCAAAAGCCTTATCGCTTACTTTAAATAGTTTTGTAACCTCATAATTCATTTTAAGCTT-AACT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT
* * * * * *
1486 GTTTTACATTTTTTGTTAAAGCAGATTATAATTAAATGTGTTCCTTGAGAAACT-TGAAGAAAAA
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-AGAAAATGTGAAGAAAAA
* *
1550 GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCC
129 -CCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * ** * * *
1593 TTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTCAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* ** * * * * * * * *** *
1658 TTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATATTTACCTTGGGAACCATGAAGTAAAAG
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAATGTGAAG-AAAAA
* * * * * ** *
1723 TCATCCATTTGC-ATAAAAGTTTCACTTATAGTCACTTAAGCC
129 CCATTCA-TTGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * *
1765 TTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * * * *
1830 TTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAAATAAATATCTGCCTT-GAAAAATATGAAGAAAAAG
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAG-AAAATGTGAAGAAAAA-
** * * * * * *
1894 GTATAT-ATTGGCAGGAAAAGTCCACTTATATTTACTCATTCC
129 CCAT-TCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * *
1936 CTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTATGTTTAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** * * * *
2001 TTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGT-CTT-GAGAAACGTGAAGCAAAA
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTTCCTTAGA-AAATGTGAAG-AAAA
* * * * * * *
2064 GCCA-TCTATTAGTACA-AAAAGTCCAGTTATTGTGACTCAAGCC
128 ACCATTC-ATT-GCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * *
2107 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *
2172 TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTACC-TCGAGAAATGTGAAGAAAAAG
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGA-AAATGTGAAGAAAAA-
** * ** * * * *
2235 ATATTCATTGATAAGAAAAGTTTATATATAGTTATCGATGCC
129 CCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* ** * * *
2277 TTCGAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAAGGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAA-TT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * * ** *
2341 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAATGTAATTCAATGTCTACCTTTGAAAACATGAACAAAAAGC
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAA-C
* *
2406 CATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAT-CC
130 CATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* ** * * * * * *
2446 TTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTAGTTTTACAAACACATAATTGATTTTAGGTTGAATT
1 -TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
2511 TTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGGTTATAATT-AA-GTATCTACCTCAAGAAACA--TGAAGAA
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TTCCT-TAGAAA-ATGTGAAGAA
* * ** *
2572 AAAGTCATTCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCC
126 AAA-CCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * *
2618 TTCAAAAGCATTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *
2682 TTTT-CATGTTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAATGTAAAGAAAAA
66 TTTTACA--TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAA
* * * * * *
2745 GCCATTTATTGATAAGAAAAGTCCACTTACAGTCACCTAAGCC
129 -CCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* *
2788 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
2853 TTTTAATAC-TTTTT-ATTTAAACATATTATAATTGAATGTTTGT-CTTAGGAAACGTAAAGTAA
65 TTTT--TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-TCCTTAGAAAATGTGAAG-AA
** * * * * * **
2915 AAGTCATCCATTGGTATA-AAAAGTCTATATATAGTCACTCAAACC
126 AAACCATTCATT-GCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * * ** * * *
2960 TTCGAAAGTCTTATTACTCGCTCTAAATGATTTGGTAATCTCATAATTAATTTTAAATT-AAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * **
3024 TTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGT-CTT-GAAAAATAAGAAGAAAAA
66 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-TCCTTAG-AAAATGTGAAGAAAAA
* * * **
3087 GCTATTGATTGACAAGAAAAGTTCA-TTATAGTCATTCATGCC
129 -CCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * ** * *
3129 TTTAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGCTTGAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT
* * ** * *
3193 CTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATCAAAATGTTTGCCTTGGAAAATGTGAAGAAAAA
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT-TGAATGTTTTCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAA
* * *
3258 GCCATTCATTGTCAAGAAAA-TCCTATTTCTAGTCACCTAAGCC
129 -CCATTCATTG-CAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCC
* * **
3301 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-ACTAATTGATTTTAGGTAAAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
3365 TTCTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATATGAAGAAAAAC
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAC
* * * *
3430 TCATTCATTGACAAGAGAAGTCTATTTATAGTCATCCATACC
130 -CATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * *
3472 TTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT-ATATGA-TTTGAGTTAAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATT
* * * * ***
3535 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TAGGGAAACACGAAGAATAA
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTA-GAAAATGTGAAGAA-AA
* * ** * * *
3599 GCCATTCATTAGCTAGAAAAGTCCAACTATAGTCATCTATTCC
128 ACCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * ** * * * *
3642 TTTAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTGGAATCTCATGATTAATTTTAACTTTAATAT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * * * ** **
3707 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACTGATTATAATTCAATATTTGT-CTCAGGGAACATGAAGAAAAA
65 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-TCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAA
* * *
3771 CCCATTTATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
129 -CCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
3806 GTCAAGCCTT
Statistics
Matches: 2873, Mismatches: 571, Indels: 261
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
165 114 0.04
166 12 0.00
167 4 0.00
168 5 0.00
169 178 0.06
170 674 0.23
171 1306 0.45
172 482 0.17
173 92 0.03
174 4 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAACC
ATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
Found at i:1644 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 61--3805 Score: 3128
Period size: 513 Copynumber: 7.3 Consensus size: 509
51 CGCACATTTT
* * *
61 TTCAAAAGCCCTATTACCTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * * * *
126 CTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTT-CCTAGA-AAAATGTGAAGGAAAAC
66 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATAT-TTGCCTTGAGAAACTGTGAAGAAAAAC
* *
189 CCATTCATTGGCAAG-AAAGC-CTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCT
130 CTATTCATTGGCAAGAAAAGCTC-ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * * *
252 TTAAATGGTTCTATAACCTCATAATTGATTTTAACTTATATATTTTTTAAAATGTTTAGTTAAAA
194 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-A-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * ** * *
317 CAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAATGTGAACTAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAG
257 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAAACATGAA-GAAAAGGCATTCATTG-GCAAGAAAAG
* * * * ** *
381 TCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTGCTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
320 T-CTATTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * *
446 TAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACCA-ATTATAATTCAATGTTTTC
384 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-CAGATTATAATTAAATG-TTTC
* ** * * *
510 C-TCAGAAA-ATGTGAAGAAAAA-CTTGTTTATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA
447 CTTGAGAAACA--TGAAGAAAAAGC-CATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAT
571 GCC
507 GCC
** *
574 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-A---GAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * *
635 TTTACA-TTTTGGTTAAAA-ATGATTATAATTGATTGTTTGCTTTGCGAAAC-ATGAAGAAAAA-
66 TTTACATTTTTAGTTAAAACA-GATTATAATTGAATATTTGCCTTGAGAAACTGTGAAGAAAAAC
* * * * ** * * **
696 GTAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTAAAGTCACCTATTCCCTCAAAAGCCTTATCACTCAAT
130 CT-ATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** * * * * * * ** *
761 TTAAATGGTTTCGTAACCTTATAATTCACTTTAAGTTGAATTGTTTTATGTTTTTGGTTAAAATA
194 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * *
826 GACTCTAATTGAATGTCTGCCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTA
259 GATTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAAACATGAAGAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGT-
* * * * *
890 C-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAACTACTCACTTTAAATCA-TTTTATAATCTCA
321 CTA-TTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCA
* * * * ** * * *
953 TAAATGATTTTAGGTTAAATTTTTTTAGATTTCTAATTAAAACAGGTTATAATTGACTGTTTGCC
384 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTT-CC
* * *
1018 TTGTGAAACATGAAGAAAAGGCTATTCATTGAC-AGAAAAAG-CTCATTTATAGTCACTCATGCC
448 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAAGTC-CATTTATAGTCACT-ATGCC
* * *
1081 TTCAAAAGCCTTATTACCTACTTTGAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATGT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* *
1146 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATGATTGAACATTTGCCTTGAGAAACT-TGAAGAAAAAC
65 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGAGAAACTGTGAAGAAAAAC
* * * *
1210 CTGTTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCAAAGGCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTT
130 CTATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
1275 TAAATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAG
195 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
*
1340 ATTATAATT-AATTGTCTACCTAGGAAAACGTGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTT
260 ATTATAATTGAA-TGTCTACCTAGGAAAACATGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-T
* * * ** * * *
1404 ATTACAATCATCAATTACC-TCAAAAGCCTTATCGCTTACTTTAAATAGTTTTGTAACCTCATAA
323 ATTATAGTCATCCA-TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
1468 TTCATTTTAAGCTT-AACTGTTTTACATTTTTTGTTAAAGCAGATTATAATTAAATGTGTTCCTT
387 TTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT-TTCCTT
* *
1532 GAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCC
450 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATGCC
* * * * *
1593 TTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTCAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * * * ** *
1658 TTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTAAATATTTACCTTG-GGAACCATGAAGTAAA
64 TTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGAGAAACTGTGAAGAAAA
* * * * * * * *
1721 A-GTCATCCATTTGC-ATAAAAGTTTCACTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTC
128 ACCT-ATTCATTGGCAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
1784 GCTTTAAATGTTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAA
191 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * * *
1849 ATAGATTATAAATAAATATCTGCCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGGTATAT-ATTGGCAGGAAAA
256 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAAACATGAAG-AAAAGGCAT-TCATTGGCAAGAAAA
* * * * * * *
1913 GTCCACTTATATTTA-CTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCT
319 GTCTA-TTATAGTCATC-CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * * *
1977 CATAATTGATTTTATGTTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTG
382 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT-AA-ATGTT
* * * * *
2042 T-CTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTAGTAC-A-AAAAGTCCAGTTATTGTGACTCA
445 TCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATT-G-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-A
*
2103 AGCC
506 TGCC
* * * * *
2107 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * * * * * *
2172 TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTCTACCTCGAGAAA-TGTGAAGAAAAAG
65 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGAGAAACTGTGAAGAAAAAC
* ** * * * * * * * * *
2235 ATATTCATTGATAAGAAAAGTTTATATATAGTTATCGATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGGTT
130 CTATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
2300 TAAAGGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
195 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * ** * * * *
2363 GAATGTAATTCAATGTCTACCTTTGAAAACATGAACAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGTCC
259 GATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAAACATGAA-GAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* ** * * * *
2428 ATTTATAGTCATCCAT-CCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTAGTTTTACAAACACATA
323 A-TTATAGTCATCCATACC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * * *
2492 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGGTTATAATTAAGTATCTACCTC
386 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT-TTCCTT
* * * *
2557 AAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-AGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCC
450 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TATGCC
*
2618 TTCAAAAGCATTATTA-TTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTT-ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
2681 TTTTTCATGTTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAA-TGTAAAGAAAA
65 TTTTACA--TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGAGAAACTGTGAAGAAAA
* ** * *
2744 AGCC-ATTTATTGATAAGAAAAG-TCCACTTACAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
128 A-CCTATTCATTGGCAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
2807 ACTTTAAATTGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATAC-TTTTT-ATT
191 GCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT--TACATTTTTGGTT
* * * * * * * * * *
2870 TAAACATATTATAATTGAATGTTTGTCTTAGG-AAACGTAAAGTAAAAGTCATCCATTGGTATA-
253 AAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTAGGAAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCA-AG
* * * * * **
2933 AAAAGTCTATATATAGTCA-CTCAAACCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTCTAAAT-GATTTGGT
315 AAAAGTCTAT-TATAGTCATC-CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTAT
* * * * *
2996 AATCTCATAATTAATTTTAAATTAAA-TTTTTTATA-TTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAA
377 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTAAA
* * * * * * * *
3059 TGTTTGTCTTGAAAAATAAGAAGAAAAAGCTATTGATTGACAAGAAAAGTTCA-TTATAGTCATT
441 TGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
3123 CATGCC
505 -ATGCC
* * * *
3129 TTTAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGCTTGAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT
* * ** * *
3193 CTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATCAAAATGTTTGCCTTG-GAAAATGTGAAGAAAA
65 -TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT-TGAATATTTGCCTTGAGAAACTGTGAAGAAAA
* * * *
3257 AGCC-ATTCATTGTCAAGAAAATC-CTATTTCTAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
128 A-CCTATTCATTGGCAAGAAAAGCTC-ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
3320 ACTTTAAATGGTTTTATAATCT-ACTAATTGATTTTAGGTAAAATTTTCTTACATTTTTGGTTAA
191 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * ** * *
3384 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAATATGAAGAAAAACTCATTCATTGACAAGAGA
255 AACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * * *
3448 AGTCTATTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCT
318 AGTCTA-TTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * *
3513 CAT-ATATGA-TTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
382 CATAAT-TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT-T
* * * * * * ** *
3576 GCCTAGGGAAACACGAAGAATAAGCCATTCATT-AGCTAGAAAAGTCCAACTATAGTCATCTATT
445 TCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTATG
3640 CC
508 CC
* * * ** * * * *
3642 TTTAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTGGAATCTCATGATTAATTTTAACTTTAATAT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGA-AT
* * * * * * *
3707 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACTGATTATAATTCAATATTTGTC-TCAGGGAAC-ATGAAGAAAA
64 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGA-GAAACTGTGAAGAAAA
* * * *
3770 ACCCATTTATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
128 ACCTATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCA
3806 GTCAAGCCTT
Statistics
Matches: 2613, Mismatches: 491, Indels: 256
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
506 15 0.01
507 249 0.10
508 62 0.02
509 91 0.03
510 32 0.01
511 444 0.17
512 630 0.24
513 832 0.32
514 241 0.09
515 12 0.00
516 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (509 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGAGAAACTGTGAAGAAAAACC
TATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAAACATGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
ATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTCCTTGAGAAA
CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTATGCC
Done.