Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402440.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5519.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2472
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.35
Warning! 215 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:633 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 300--2305 Score: 1911
Period size: 171 Copynumber: 11.7 Consensus size: 170
290 NNNNNTTTGG
* * * *
300 AATCTAATAATTAATCTTAAG-TCAATTTGTGTTT-TATTATTT-GTTAAAACAGAGC-ATAATT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T-TTTATATT-TTTGGTTAAAACAGA-CTATAATT
* * *
361 GAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAACGTCCATTTATAGTC
62 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * *
426 ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
126 TCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT
* * *
471 AATCTCATAATTGATTCTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * *
536 GTCTACCTTGATAAACATAAAGAAACAAGCATTAATTGGGAACAAAAGTCCAATTATAGTCTCCT
66 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCT
* * *
601 ATCCCCTT-AAGAGCCTCATTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT
130 AT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * * ** *
642 AATCTCAAAATTAATTATAGGTTCAATTTTTTTTGTATTACTGGCTAAAACAGACTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * *
707 TGTCTACCTTGAGAAACATGAGGAAACAAGCATTTATTGTCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTTC
65 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
* * *
772 TATTCCCTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
129 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * * ** *
814 AATGTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTGTTTTTACATTATTGGTTAAAATGGATTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * ** * ** *
879 TATCTAGCTCAAGAAATAT-ATAGAAAAAGGCATTTGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TA
65 TGTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-
* * *
942 CCTATTCCTTTAAAATCCTTATTACT-GTCTTTAAATAATTTTAT
127 CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGT-TTTAAATAGTTTTAT
* * ** *
986 AATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGCCAAAATAGACTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* ** * * ** *
1051 GTC-AGTCTCAAGAAACATAAAGAAACAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACC
66 GTCTA-CCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
*
1115 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
129 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT
** *
1157 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* *
1222 GTCTA-CTTGGAGAAACGTGAAGAAAAAAG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TAC
66 GTCTACCTT-GAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-C
*
1284 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT
128 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
1327 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TGATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAA
* * * *
1391 TG-CTTTCCTTAAGAAACATCAAGAAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
65 TGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
* * * *
1454 CCCATTCCTTCATAAGCCTTATTACCCATTTTAAATTA-TTTTAT
127 CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAA-TAGTTTTAT
* * * * * *
1498 AATCTCAGAATTGATTTTAAG-TCAATTTTTTT-TCATTATTAGTTAAAATAGGCTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
** * * * *
1561 TGTC-AGCCTCAATAAACATAAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTC-A
65 TGTCTA-CCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
** *
1624 CTCATTTGTTCAAAAGCCTCATTACTCAG-TTTAAATAGTTTTAT
128 CT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GTTTTAAATAGTTTTAT
* * *
1668 AATCTCATAATTGATTTTAAGTGGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * *
1733 GT-TGA-CTTGGTGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTAAT
66 GTCT-ACCTT-GAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CT
* ***********
1796 CC-ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTAT
127 CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT
* * *
1839 AATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * ** * * *
1903 GCCTGCCTTGAAAAACATGTGGAACAAGCCATTTATTGTG-AAGAAAAGTCCGTTTATAGT-TAC
66 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-C
* * *
1966 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCCTCAAATAGTTTTAT
128 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGT-TTTAAATAGTTTTAT
* * * * * * * **
2009 ATTATCACAACTGATTTTAAG-TCAATTTGTTTTATATTATTAGTTAAAATTGA-TCATAATTGA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGA
*
2072 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATGCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
64 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
* *
2136 -CTCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-GATTTTAT
127 CCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAG-TTTTAT
* * * * * *
2180 AATCTAATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTCTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
2245 GTCTA-CTTAGAGAAACATGAAGAGAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
66 GTCTACCTT-GAGAAACATGAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
2306 ACNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1516, Mismatches: 251, Indels: 136
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 19 0.01
170 414 0.27
171 760 0.50
172 321 0.21
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTA
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT
Found at i:1407 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 300--2304 Score: 1973
Period size: 341 Copynumber: 5.9 Consensus size: 340
290 NNNNNTTTGG
* * * *
300 AATCTAATAATTAATCTTAAG-TCAATTTGTGTTT-TATTATTT-GTTAAAACAGAGC-ATAATT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-T-TTTATATT-TTTGGTTAAAACAGA-CTATAATT
* *
361 GAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAACGTCCATTTATAGTC
62 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
426 ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAA
125 ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
491 ATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGATAAACATAA
190 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATGA
* * * * * * * * *
556 AGAAACAAGCATTAATTGGGAACAAAAGTCCAATTATAGTCT-CCTATCCCCTT-AAGAGCCTCA
255 AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTA
619 TTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT
318 TTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * * ** *
642 AATCTCAAAATTAATTATAGGTTCAATTTTTTTTGTATTACTGGCTAAAACAGACTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * **
707 TGTCTACCTTGAGAAACATGAGGAAACAAGCATTTATTGTCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTTC
65 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * *
772 TATTCCCTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAGGTT
128 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** * * ** *
837 CAATTGTTTTTACATTATTGGTTAAAATGGATTATAATTGAATATCTAGCTCAAGAAATAT-ATA
193 GAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATGA-A
* ** * * * *
901 GAAAAAGGCATTTGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTTAAAATCCTTATTA
256 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
*
966 CT-GTCTTTAAATAATTTTAT
321 CTCGT-TTTAAATAGTTTTAT
* * * ** *
986 AATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGCCAAAATAGACTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* ** * * **
1051 GTC-AGTCTCAAGAAACATAAAGAAACAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACC
66 GTCTA-CCTTGAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
1115 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
128 TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
1180 GAATTTTTTTGCATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTGGAGAAACGTGAAG
193 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTT-GAGAAACATGAAG
*
1244 AAAAAAG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
257 AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1308 TCGTTTTAAATAGTTTTAT
322 TCGTTTTAAATAGTTTTAT
* * *
1327 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TGATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAA
* * *
1391 TG-CTTTCCTTAAGAAACATCAAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
65 TGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * ** *
1455 CCATTCCTTCATAAGCCTTATTACCCATTTTAAATTA-TTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAG
127 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * ** * *
1519 -TCAATTTTTTTTCATTATTAGTTAAAATAGGCTATAATTGAATGTC-AGCCTCAATAAACATAA
191 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAG-CTTGAGAAACATGA
* * * * ** *
1582 AGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACTCATTTGTTCAAAAGCCTCATT
255 AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
1647 ACTCAG-TTTAAATAGTTTTAT
320 ACTC-GTTTTAAATAGTTTTAT
** * *
1668 AATCTCATAATTGATTTTAAGTGGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * *
1733 GT-TGA-CTTGGTGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTAAT
66 GTCT-ACCTT-GAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
* **********
1796 CC-ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AG
126 CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
1859 TTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGCCT-GCCTTGAAAAACATG-
191 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAG-CTTGAGAAACATGA
* * * * *
1922 TGGAACAAGCCATTTATTGTG-AAGAAAAGTCCGTTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
255 AGAAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* *
1986 TTACTC-TCCTCAAATAGTTTTAT
318 TTACTCGT-TTTAAATAGTTTTAT
* * * * * * * **
2009 ATTATCACAACTGATTTTAAG-TCAATTTGTTTTATATTATTAGTTAAAATTGA-TCATAATTGA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGA
* *
2072 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATGCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-T
64 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* ** * *
2136 CTCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-GATTTTATAATCTAATAATTGATTATAA
127 CT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
2200 GTTGAATTTTTCTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTA-CTTAGAGAAACATG
190 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTT-GAGAAACATG
*
2264 AAGAGAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
254 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
2305 CACNNNNNNN
Statistics
Matches: 1365, Mismatches: 243, Indels: 110
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 85 0.06
341 676 0.50
342 170 0.12
343 298 0.22
344 134 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAA
AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGT
TTTAAATAGTTTTAT
Found at i:1790 original size:682 final size:675
Alignment explanation
Indices: 334--2307 Score: 2191
Period size: 682 Copynumber: 2.9 Consensus size: 675
324 ATTTGTGTTT
*
334 TATTATTTGTTAAAACAGAGC-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATT
1 TATT-TTTGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGT-TA-CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
* * *
398 CATTGGTAAGAAACGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
62 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
463 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
126 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
* * * *
528 AATTGAATGTCTACCTTGATAAACATAAAGAAACAAGCATTAATTGGGAACAAAAGTCCAATTAT
191 AATTGAATGTCTA-CTTGAAAAACATGAAGAAACAAGCATTAATT-GGAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
593 AGTCT-CCTATCCCCTT-AAGAGCCTCATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAA
254 AGT-TACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAA
* * * * * *
656 TTATAGGTTCAATTTTTTTTGTATTACTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
317 TTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * ** * * * * *
721 AACATGAGGAAACAAGCATTTATTGTCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCTTCTATTCCCTCAAAAG
380 AACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG
* ** * * *
786 CCTCATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTGTTTTTAC
444 CCTTATTACTCATTTTAAATTA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTTC
* * * * *
850 ATTATTGGTTAAAAT-GGATTATAATTGAATATCTAGCTCAAGAAATATATAGAAAAAGGCATTT
507 ATTATTAGTTAAAATAGG-TTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATAAAGAAAAA-GCATTC
* * * * * * **
914 GTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATTCCTTTAAAATCCTTATTACTGTCTTTAAATA
570 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATA
* *
979 ATTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTTA
635 ATTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTGGAAGTTTTTTA
** * * ** * * * *
1020 TATTTTTAGCCAAAATAGACTATAATTGAATGTCAGTCTCAAGAAACATAAAGAAACAAGCATTT
1 TATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTA--CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* **
1085 ATTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
63 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* *
1150 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTGTTTAAAACAGACTATA
127 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * * * *
1215 ATTGAATGTCTACTTGGAGAAACGTGAAGAAAAAAG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
192 ATTGAATGTCTACTT-GAAAAACATGAAGAAACAAGCATTAATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATA
*
1279 GTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTT
255 GTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTT
* * * * *
1344 TAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATGATAATTGAATG-CTTTCCTTAAGAAAC
320 TAAGTTAAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAACAGAT-ATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAAC
* * *
1408 ATCAAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCATAAGCCT
383 ATGAAGAAAAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCT
* *
1473 TATTACCCATTTTAAATTATTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAG-TCAATTTTTTTTCATTAT
447 TATTACTCATTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTCATTAT
* *
1537 TAGTTAAAATAGGCTATAATTGAATGTC-AGCCTCAATAAACATAAAGAAACAAGCATTCATTGG
512 TAGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTAG-CTCAAGAAACATAAAGAAA-AAGCATTCATTGG
* ** * *
1601 CAAGAAAAGTCCATTTATGGTCA-CTCATTTGTTCAAAAGCCTCATTACTCAGTTTAAATAGTTT
575 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAATTT
*
1665 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGGAAGTTTTTTA
639 TATAATCTCATAATTGATTATAAGTGGAAGTTTTTTA
* *
1702 TATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTTGACTTGGTGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
1 TATTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTT-ACTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * ********
1767 ATTGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTAATCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNN
63 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
** * *
1832 NNTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATA
127 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * * * * *
1896 ATTGAATGCCTGCCTTGAAAAACATG-TGGAACAAGCCATTTATTGTGAAGAAAAGTCCGTTTAT
192 ATTGAATGTCT-ACTTGAAAAACATGAAGAAACAAG-CATTAATTG-GAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
1960 AGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCCTCAAATAGTTTTATATTATCACAACTGAT
254 AGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGT-TTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAAT
* * **
2024 TTTAAG-TCAATTTGTTTTATATTATTAGTTAAAATTGATCATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
318 TTTAAGTTAAATTT-TTTTATATTATTGGTTAAAACAGAT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
* * *
2088 ACATGAAGAAAAAGCTATGCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTAAAAAGC
381 ACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGC
* * * *
2153 CTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCT-AATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTCTAT-A
445 CTTATTACTCATTTTAAATTATTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTCAATTTTT-TTTCA
* * * * * *
2216 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTA-CTTAGAGAAACATGAAGAGAAAAGCATTCA
508 TTATTAGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTAGCTCA-AGAAACATAAAGA-AAAAGCATTCA
2280 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
571 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
2308 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1081, Mismatches: 173, Indels: 70
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
680 6 0.01
681 67 0.06
682 487 0.45
683 102 0.09
684 142 0.13
685 90 0.08
686 187 0.17
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (675 bp):
TATTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTACTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
AATGTCTACTTGAAAAACATGAAGAAACAAGCATTAATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACC
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTT
AAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAACAGATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
AAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
TTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTCATTATTAGTTAAAA
TAGGTTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATA
ATTGATTATAAGTGGAAGTTTTTTA
Done.