Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397772.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1070.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.10, T:0.31
Warning! 1739 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:297 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--313 Score: 410
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 169
* * * * * ** *
1 ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAATGTTAAGAAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACATGAAGAAAA
** * *
66 ACATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCATATTACTCAC
66 ACATATCCATCAGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCATATTACTCAC
*
131 TTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTAATTTTGAGTTG
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTGAGTTG
* * * *
170 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTGCTTCATGAAACATGAAGAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCA-GAAACATGAAGAAA
* * * ** *
235 AATATATCCGTCAGCAAGAAATGTATATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCG
65 AACATATCCATCAGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCATATTACTCA
300 CTTTAAATGGTTTT
130 CTTTAAATGGTTTT
314 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 23, Indels: 1
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
169 42 0.35
170 78 0.65
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACATGAAGAAAA
ACATATCCATCAGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCATATTACTCAC
TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTGAGTTG
Found at i:819 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 526--1590 Score: 794
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 169
516 NNNNNNNNNN
* * *
526 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATAATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAACTT-AATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATAGATAATAATTGAAT
* * * *** * * * *
591 GTTTGCCTTGAGAAACCCAAAGAAAAAGACATCCATTAGCAGGAAACGTATATTTATAGTCACTC
64 GTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCC
* * *
656 ATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAATTGGTTTTAT
129 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
697 AATGTCATAATTGATTTTAACTTAATTTTTTTTATATGTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAACTTAA-TTTTTTTACAT-TTTTATTAAAATAGATAATAATTGAAT
* * * * ** *
762 GTCTACCTCCATAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCG
64 GTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCC
* * **********
827 ATGGCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAANNNNNNNNNN
129 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* *
868 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA----TTT---TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATG
1 AATCTCATAATTGATTTTAA-CTTAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATG
* * * *
926 TCTGCCTTGAGCAACGTGAA-AAGAAAGATATCCATT-GACAA-AAACAGTCTATTTATAGTCAC
65 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAA-AAAGATATCCATTAG-CAAGAAA-AGTATATTTATAGTCAC
* * * * *
988 TCATGTCTT-GAAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATAGTTTTAT
127 CCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* ********* * *
1031 AATCTCATAATTAATTTNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTT-TAACTTAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATAGATAATAATTGAAT
* * *
1096 GTCTACTTCGAGAAACGTGAA-AAAATATATATCCATTAGCAAGAAACGTATATTTATAGTCACC
64 GTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAA-AGATATCCATTAGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACC
* * *
1160 CATGGCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTT-T
128 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *********
1201 AATATAATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTTATNNNNNNNNNNT-ATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAACTT-AATTTTTTTACA-TTTTTAT-TAAAATAGATAATAATTGAA
* * * * * * ** *
1265 TGTCTACCT-TAGGAAACATGAAGAAAAACATATCCATTGGTAAGACAAGTCCATTTATAGTTAC
63 TGTCTACCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCAC
* * *
1329 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTTC-CTGCTTTAAATGTTTTTAT
127 CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTAT
********* * *
1372 AATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTA-ACTTAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAAT
* * * * * * *
1437 GCCTACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGACATCCATTCGCATGAAACGTATATTTATAGTCACCC
64 GTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCC
* * * *
1502 ATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAACTGATTTTAT
129 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* *
1543 AATATCATAATTGATTTTAACTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAACTTAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAA
1591 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 688, Mismatches: 175, Indels: 63
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 7 0.01
163 114 0.17
164 1 0.00
167 6 0.01
169 2 0.00
170 143 0.21
171 400 0.58
172 15 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAACTTAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGT
CTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCAT
GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
Found at i:2864 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2578--4359 Score: 1599
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 169
2568 ATGTCATAAG
** * * *
2578 AAGATATCCATT-GACAAGAAAAGTTTATTTATAGCCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
1 AAGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
2642 GCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGCTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
65 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ACTTAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAA
* * * *
2707 ACAGATAATAATTGAATGTTTGA-CTTGATAAATGTGAAGAAA
128 ACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* ** ** *
2749 AAGATATCTC-TTAGTAA-AAAACGTATATTTATAGTCACCCATAACTTCGAAAGCCTTATTAGT
1 AAGATATC-CATTAGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* *
2812 CACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAACTTAATTATTTTTATATTTTT-TTAAA
64 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAATT-TTTTTATATTTTTATT--A
* * * ** *
2876 AAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGAAAAGAGA
126 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * * * * * *
2920 AAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTCATAGTCGCCTATGCCTTCGGAAGCCTTATTAC-AA
1 AAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
** * * *
2984 GCTTTAAATATTTTTATAATCTTC-TAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATGTTTTTGGTTAA
66 -CTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAACTT-AATTTTTTTATATTTTT-ATTAA
* * * * *
3048 AATAGATAATAATTGAATGTGTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAA
127 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * * * *
3091 AAGATATCCATTGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCG
1 AAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* *
3156 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAA
66 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTT-AA-TTTTTTTATA-TTTTTATTAAA
* *
3221 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAA
128 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* *
3263 AAGATATCCAATAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGGCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
1 AAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * * * **
3328 TTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTTTTGGTTAAA
66 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTT-AA-TTTTTTTATA-TTTTTATTAAA
* * * * *
3393 ACATATTATAGTTGAATGTTTACCAT-AGAAAACATGAAGAAA
128 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAA
* * * * * * * * **
3435 ACGATACCCACTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTCTTATTGCTTG
1 AAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
** * * * * *
3500 CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATATTTTTACATTTTTGAATAAAA
66 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-CTTAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAA
* ** * * * *
3565 GAGATTATAATTG-ATCGTCTGTCTCGGGAAACATGAAGAAG
129 CAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * ** * *
3606 AAGATATTCATT-GCCAAGAAACGTATATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTC
1 AAGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
3670 GCTTTACATGGTTTTAGAATATCATAATTGATTTTAACTTAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAA
65 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAA-TTTTTTTATA-TTTTTATTAAA
* * * * *
3735 ACATATTATAATTGACTGTCTACGTAGAGAAACATGAAGAAA
128 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * * * **
3777 AAGATATCGATT-GTCATGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTTGAAAGCCTTGGTACTC
1 AAGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
3841 ATTTTAAATGCTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAC-TAATTTTTTTATATTTTTTTATCAAA
65 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAATTTTTTTATA--TTTTTATTAAA
3905 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
128 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * ** * * * *
3947 ATGATATCTA-TACGTGAGAAAAGTCAATTTAGAGTAACCGATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
1 AAGATATCCATTA-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
********** * *
4011 NNNNNNNNNNGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTGACTTAA-----TT-T-TTTTTATTAAAAC
65 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAATTTTTTTATATTTTTATTAAAAC
* * *
4069 ATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACTTGAAGAAA
130 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
* * * *
4109 AAGATATCCATTAGCATGAAAAGACCATTCATAGTCACCCATGCCTTGGAAAGCCTTATTACTCA
1 AAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* ********** * *
4174 TTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAA
66 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-CTTAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAA
* * * * ** *
4239 TAGGTTATAATTCAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAG
129 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
** * * * *
4280 AAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC
1 AAGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
*
4344 GCTTTAAATGGTTTTA
65 ACTTTAAATGGTTTTA
4360 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1306, Mismatches: 263, Indels: 84
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 121 0.09
163 6 0.00
165 1 0.00
166 2 0.00
168 2 0.00
169 14 0.01
170 153 0.12
171 691 0.53
172 308 0.24
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACA
GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
Found at i:4969 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 4675--5351 Score: 576
Period size: 169 Copynumber: 4.0 Consensus size: 168
4665 NNNNNNNNNT
* * * *
4675 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGATAAATGTGAAGAGAAA
1 TTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAA
* * **********
4740 GATATCCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTNNNNNNNNNNATTACTCGCT
65 GATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * *
4805 TTAAATATTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA-TT-T
130 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
4842 TTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTGTACCCTAAGAAATGTGAAGAAAA
1 TTTTTTTA-TTTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAA
* * * *
4907 AGATATCCATT-GATAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCTATGCCGTCGAAAGCCTTATTACTCG
64 AGATATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
***********
4971 CTTTAAAT-GTTTTTATAANNNNNNNNNNAATTTTAAGTTGAA
128 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A
* ** * * ** * **
5013 TTTCTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAA
1 TTT-TTT-TATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAA
* * * * * * * *
5078 AGATAACCATTAGCAAGAAAGGCCCATTTATACTCACCCATGCCTTAGAAAGCCTAATCACTCGT
64 AGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
5143 TTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTGAAGTTGA
129 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * *
5183 ATTTTTTATATTTTTATAAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGT-ATGGAAAA
1 TTTTTTTAT-TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGA-AGAAAA
** * * * *
5247 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGGAAG-CTCTATTACTC
64 AGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT-TATTACTC
* *
5310 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGA
127 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
5352 ATTNNNNNNN
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 102, Indels: 28
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.01
167 13 0.03
168 118 0.30
169 128 0.33
170 3 0.01
171 118 0.30
172 10 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAG
ATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
Found at i:6031 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5837--7559 Score: 1209
Period size: 171 Copynumber: 10.1 Consensus size: 170
5827 TATGTCTTCG
* * * * *
5837 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAGTTGATTTAAAGGTCAATATCTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAATTTTTTT
* * *
5902 CTAGTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCTGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCAT
65 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
* **
5966 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCCTTA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTTA
* * * *** *
6008 AAAGCCTTATTTCACGTTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** * * * * * * **
6073 TTCATTTTTGGTGAAAACATATTATAATTGACTGTCTATCTTGAGAAATGTGAACAAAAAGTTAT
65 AT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
* * * * **
6138 TCATTGGGAAAAAAAGTCTATTTATACG-CACCCATGCCATCG
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCATGCCCTTA
* * * ********* *
6180 AATGCCTTATTACTTGCTTT-AATTGTTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTT-AAATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT-ATTTTATAATCTC-ATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTT
* * ** * * ***
6243 TACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT-ATAAATATTAAGAGAAATATA
64 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
* * * * *
6307 TCCATTGACAA-AAAATGTCCATTTATAGTCACCTATG-CGTTCG
128 TTCATTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTT-A
** * * * *
6350 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGACTTTATAACCTCATGATTGATATTAGGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAT-TTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
6415 AT-TGTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAA-TCAT
65 ATAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
*
6478 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATG-CCTTCAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTT--A
* * * ** * *
6521 AAAACTTTATTGCTCGCTTTAAA-TGGTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTT
* *** * * * * ** ** * **
6585 ACATTTTTGGGTAAAAAAAATTATAATTTAATGTTTGTCTCAACAAATATGAAGAAAAAGCCATT
65 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* *
6650 CATTGGCAAGAAAAGT-CTTTATATAGTCACCCATGCCTTTA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACCCATGCCCTTA
********** * *
6691 AAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATGT-TTTTATAATCTCATAATTGAATTTGAGTTAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-TATTTTATAATCTCATAATTG-ATTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * **
6755 TTATATTTTTTATTAAAATAGATTATGACTGAATGTCTACCTTGA-AAGACGTGAAGAAAAAGAT
63 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA-ACGTGAAGAAAAAGCC
* * **
6819 ATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATG-CCTTCA
127 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTT-A
* ** * *
6863 AAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATCGATTTTCAA-TTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGA-TTT-AAGTTGAATTTTTT
** * ** * * *
6927 TATATTTTTGGTTAAAATAGAAAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-TCAT
64 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
** * * *********
6991 TCATTTACAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCCNNNNNNNNN
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTTA
* * * *
7033 NAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAA-CTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTG-ATTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * **
7097 ATA-TTTTTAGGTAAAAGATATTATAATTGAATGTCTGTCC-TGATAAATATGAAGAAAAAGCCA
65 ATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
* * * *
7160 TTAATTGGCATGAAAAGTCTC-TATATAGTCACCCAT-ACCTTCA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCCTT-A
* * * * *
7203 AAAGCCTTATTATTCACTCTAAA-TATTTTTATAGTTTCATAATTGATTTTGAA-TTGAATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTT-AAGTTGAATTTTT
* * * *
7266 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATGATTGAATGTCTACC-TCAGAAAACGTGAACAAAAAACC
63 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGCC
* * ** * *
7330 ATTCGTTCGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATACCTTTA
127 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTTA
* * * * * **
7374 AAAGCTTTATCACTCGCTTTAAA-TATTTTTTGAACCTCATAATTGATTTTGAGCAGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTAT-AATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
7438 TATATTTTTTGTTAAAACA-AGTAATAATTGAATGT-TGATCTTG-GAAAACGTGAAGAAAAAGT
64 TATATTTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGC
* * * * *
7500 GATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCGTACCTTTA
126 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTTA
7545 AAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCCTTATTACTC
7560 CNNNNNNNNN
Statistics
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0.74 0.19 0.07
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168 6 0.01
169 72 0.06
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171 509 0.43
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173 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTA
TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTTA
Found at i:7531 original size:342 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 5.4 Consensus size: 340
5771 CTAAAAATGA
* ** * * * * *
5781 GAAGAAAAAATCATTCATTGGTGAGGAAAGTTTATTTATTA-TCACCTATGTCTTCGAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA-TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
** * * * * * * *
5845 ATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAGTTGATTTAAAGGTCAATATCTTT-CTAGTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTT
* * * *
5909 TTATTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCTGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
129 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTG-C
** * * * * **
5974 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCCTTAAAAGCCTTATTTCACGTTTTAAATGGCTTTA
193 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTA
* * * * *
6039 TAATCTCATAATTGACTTTAAGTTA-AATTTTTTTTTCATTTTTGGTGAAAACATA-TTATAATT
257 TAACCTCATAATTGATTTTAAG-TAGAATTTTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAACA-AGTTATAATT
* *
6102 GACTGTCTATCTTGAGAAATGT
319 GAATGTCTATCTTGAGAAACGT
* * * * * * *
6124 GAACAAAAAGTTATTCATTGGGAAAAAAAGTCTATTTATACG-CACCCATGCCATCGAATGCCTT
1 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA-GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * ********** *
6188 ATTACTTGCTTTAATTGTTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * *
6252 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTA-TAAATATTAAGAGAAATA-TATCCATTGA
130 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAAACATGAAGA-AAAAACCATTCATTG-
* * ** * *
6315 CAA-AAAATGTCCATTTATAGTCACCTATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGACTT
192 CAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TATTT
* * * * *
6379 TATAACCTCATGATTGATATTAGGTTGAATTTTTTTAT-TGTTTTTATTAAAAC-AGATTATAAT
255 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATAT-TTTTTGTTAAAACAAG-TTATAAT
*
6442 TGTATGTCTA-CATTGAGAAACGT
318 TGAATGTCTATC-TTGAGAAACGT
* *
6465 GAAGAAAAA-TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAAACTTT
1 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTT
* * *
6529 ATTGCTCGCTTTAAATGG-TTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
*** * * * * ** * *
6593 GGGTAAAAAAAATTATAATTTAATGTTTGTCTCA-ACAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
130 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGA-AAACATGAAGAAAAAACCATTCATT-GC
* ********** *
6657 AAGAAAAGT-CTTTATATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATGTTTTT
193 AAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTT
* * * * * * *
6721 ATAATCTCATAATTGAATTTGAGTTA-AATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAA-TAGATTATGAC
256 ATAACCTCATAATTGATTTTAAG-TAGAA-TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAG-TTATAAT
*
6784 TGAATGTCTACCTTGA-AAGACGT
318 TGAATGTCTATCTTGAGAA-ACGT
* **
6807 GAAGAAAAAGAT-ATCCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCT
1 GAAGAAAAAG-TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
* * * *
6870 TATTACGCGCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATCGATTTTCAA-TTGAATTTTTTTATATTT
64 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTT
** * ** ** * * *
6934 TTGGTTAAAATAGAAAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAATCATTCATTTA
128 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAACCATTCA-TTG
* * ********** *
6998 CAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCCNNNNNNNNNNAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAATTTT
192 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTT
* * * * *
7063 ATAA-CTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGGTAAAAGATA-TTATAATTG
256 ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACA-AGTTATAATTG
* * * **
7126 AATGTCTGTCCTGATAAATAT
320 AATGTCTATCTTGAGAAACGT
* * * * * *
7147 GAAGAAAAAGCCATTAATTGGCATGAAAAGTCTCTATATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * ** * * *
7212 TTATTCACTCTAAATATTTTTATAGTTTCATAATTGATTTTGAA-TTGAATTTTTTTATATTTTT
66 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * *
7276 TATTAAAACAGATTATGATTGAATGTCTACCTCAGAAAACGTGAACAAAAAACCATTCGTTCGCA
130 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATT-GCA
** * * * *
7341 AGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCTTTATCACTCGCTTTAAATATTTTTTG
194 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTAT-
* * *
7406 AACCTCATAATTGATTTTGAGCAGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAGTAATAATTGAAT
258 AACCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAGTTATAATTGAAT
7471 GT-TGATCTTG-GAAAACGT
323 GTCT-ATCTTGAG-AAACGT
* * * *
7489 GAAGAAAAAGTGATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCGTACCTTTAAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
********* * *
7554 TTACTC-CNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGATTTTTTTTACATTTTT
66 TTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
7618 T
130 T
7619 GTTATTATAA
Statistics
Matches: 1154, Mismatches: 291, Indels: 101
0.75 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 255 0.22
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344 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
GAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTATAAC
CTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAGTTATAATTGAATGTC
TATCTTGAGAAACGT
Found at i:7607 original size:512 final size:513
Alignment explanation
Indices: 5924--7617 Score: 1257
Period size: 511 Copynumber: 3.3 Consensus size: 513
5914 AAAACAGATT
* * * *
5924 ATAATTGAAAGTCTACCTCT-GAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
1 ATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAAACATGAAGAAAAA-TCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATT
* *** * * * * * * ***
5988 TATAGTCACTTATGCCCTTAAAAGCCTTATTTCACGTTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTG
64 TATAATCACCCGTACCTTTAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * **
6053 ACTTTAAGTTAAATTTTTTTTTCATTTTT-GGTGAAAACATATTATAATTGACTGTCTATCTTGA
129 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGGT-AAAAAAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAA
* * * ** * * * * * * * *
6117 GAAATGTGAACAAAAAGTTATTCATTGGGAAAAAAAGTCTATTTATACG-CACCCATGCCATCGA
192 CAAATATGAAGAAAAAGCCATTAATTGGCAAGAAAAGTCTCTATATA-GTCACCCATACCTTCAA
* * * * **********
6181 ATGCCTT-ATTACTTGC-TTTAATTGTTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTT-AAGTTAAA--TTT
256 AAGCCTTAATTA-TT-CACTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGAATTTGAA-TTAAATTTTT
* * * * * * * * *
6241 TTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTATAAATA--TTAAGAGAAAT
318 TTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATGACTGAATGTCTA-C-CTAGAAAGACGTGAACAAAAAG
* * * * * * * *
6304 ATATCCATT-GACAA-AAAATGTCCATTTATAGTCACCTATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
381 ACATCCATTCG-CAAGAAAA-GTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATCACGCGC
* * * * *** **
6367 TTTAAACGACTT-TATAACCTCATGATTGATATT-AGGTTGAATTTTTTTAT-TGTTTTTATTAA
444 TTTAAATGA-TTGTATAACCTCATAATCGATTTTCA-ACAGAATTTTTTTATAT-TTTTGGTTAA
* **
6429 AACAGATT
506 AAAAGAAA
* * * * * *
6437 ATAATTGTATGTCTACATT-GAGAAACGTGAAGAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
1 ATAATTGAATGTCTACCTTGGA-AAACATGAAGAAAAATCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTT
* * * * * ** * ** *
6501 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAAACTTTATTGCTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATTTCATAATTG
65 ATAATCACCCGTACCTT-TAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
6565 ATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGGTAAAAAAAATTATAATTTAATGTTTGTCTCAACA
129 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGGTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAACA
* * * *
6630 AATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTTTATATAGTCACCCATGCCTTTAAAAG
194 AATATGAAGAAAAAGCCATTAATTGGCAAGAAAAGTCTCTATATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
********** * *
6695 CCTTNNNNNNNNNNTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGAATTTGAGTTAAATTTTTTTTATA
259 CCTTAATTATTCACTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGAATTTGAATTAAATTTTTTTTATA
* * * *
6760 TTTTTTATTAAAATAGATTATGACTGAATGTCTACCTTGAAAGACGTGAAGAAAAAGATATCCAT
324 TTTTTTATTAAAACAGATTATGACTGAATGTCTACCTAGAAAGACGTGAACAAAAAGACATCCAT
* ** * * *
6825 TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATGGT
389 TCGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATCACGCGCTTTAAATGAT
* ** *
6890 TGTATAATCTCATAATCGATTTTCAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAAA
454 TGTATAACCTCATAATCGATTTTCAACAGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGAAA
* *
6950 ATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAATCATTCATTTACAAAAAAAGTCCATTTA
1 ATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAATCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTA
********** *
7015 TAATCACCCNNNNNNNNNNAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAA-CTCATAATTGTT
66 TAATCACCCGTACCTTTAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
7079 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGGTAAAAGATATTATAATTGAATGTCTGTC-CTGATAA
131 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGGTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTGTCTC-AACAA
*
7143 ATATGAAGAAAAAGCCATTAATTGGCATGAAAAGTCTCTATATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
195 ATATGAAGAAAAAGCCATTAATTGGCAAGAAAAGTCTCTATATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* * * *
7208 CTT-ATTATTCACTCTAAATATTTTTATAGTTTCATAATTGATTTTGAATTGAA-TTTTTTTATA
260 CTTAATTATTCACT-TAAATATTTTTATAATCTCATAATTGAATTTGAATTAAATTTTTTTTATA
* *
7271 TTTTTTATTAAAACAGATTATGATTGAATGTCTACCTCAGAAA-ACGTGAACAAAAA-ACCATTC
324 TTTTTTATTAAAACAGATTATGACTGAATGTCTACCT-AGAAAGACGTGAACAAAAAGA-CATCC
* * * *
7334 GTTCGCAAGAAAAGTAT-ATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCTTTATCACTCGCTTTAAAT
387 ATTCGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATCACGCGCTTTAAAT
* * * * * * *
7398 -ATTTTTTGAACCTCATAATTGATTTTGAGCAGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAG-TA
451 GATTGTAT-AACCTCATAATCGATTTTCAACAGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-AAGAAA
* * * * * *
7461 ATAATTGAATGT-TGATCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGTGATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
1 ATAATTGAATGTCT-ACCTTGGAAAACATGAAGAAAAA-TCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATT
* * *********
7525 TATAGTCACCCGTACCTTTAAAAGCCTTATTACTC-CNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATT
64 TATAATCACCCGTACCTTTAAAAGCCATATTACTCGC-TTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
* *
7589 GATTTCAAGTTGATTTTTTTTACATTTTT
128 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
7618 TGTTATTATA
Statistics
Matches: 947, Mismatches: 205, Indels: 58
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 7 0.01
511 315 0.33
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (513 bp):
ATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAATCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTA
TAATCACCCGTACCTTTAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGGTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAACAAA
TATGAAGAAAAAGCCATTAATTGGCAAGAAAAGTCTCTATATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
TTAATTATTCACTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGAATTTGAATTAAATTTTTTTTATATT
TTTTATTAAAACAGATTATGACTGAATGTCTACCTAGAAAGACGTGAACAAAAAGACATCCATTC
GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATCACGCGCTTTAAATGATTG
TATAACCTCATAATCGATTTTCAACAGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGAAA
Found at i:7657 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 7573--7668 Score: 138
Period size: 50 Copynumber: 1.9 Consensus size: 50
7563 NNNNNNNNTT
* * *
7573 TTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTGTTA
1 TTATAATCTCATAATTGATCTCAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA
* * *
7623 TTATAATCTCATATTTGATCTGAAATTGAATTTTTTTATATTTTTT
1 TTATAATCTCATAATTGATCTCAAATTGAATTTTTTTACATTTTTT
7669 ATTAAAACAG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
50 40 1.00
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Consensus pattern (50 bp):
TTATAATCTCATAATTGATCTCAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA
Found at i:7920 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7626--7951 Score: 408
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
7616 TTTGTTATTA
* * * *
7626 TAATCTCATATTTGATCTGAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATCTGAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTAAA
* * * *
7691 TATCTACCCTAAGAAACGTGAAAAAAAAGTCATTCATTGATAAAAAAGGTTCATTTATAGTCACC
66 TATCTACCCTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAGCTTCATTTATAGTCACC
* *
7756 CATGCCTTTAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATATTTTTG
131 CAAGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATATTTTTG
* * * *
7797 TAATCTCATAATTGATTTTAAGATT-AATTTTTTTATATTTTTGGTGT-AAACCGATAATAATTA
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* * ** *
7860 AATGTCTA-CCTAAAGAAATATGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTT-ATTTATAGT
64 AATATCTACCCT-AAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAA-AAAAGCTTCATTTATAGT
*
7923 CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
127 CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTC
7952 GCTTNNNNNN
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 20, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 117 0.89
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Consensus pattern (171 bp):
TAATCTCATAATTGATCTGAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTAAA
TATCTACCCTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAGCTTCATTTATAGTCACC
CAAGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATATTTTTG
Done.