Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397305.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_485.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 17442 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1039 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 977--1096 Score: 172
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967 NNNNNGGGCT
* *
977 TAATTGATCAAA-TTGTTTAATTAAGTTATTGGGCC
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* *
1012 TCATTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGGTC
1 TAATTGATTAAATTTGTTTAATTAAGTTATTGGGTC
*
1048 TAATTAATT-AATTTGTTTAATTAAGTTATTGGGTC
1 TAATTGATTAAATTTGTTTAATTAAGTTATTGGGTC
*
1083 TAATGGATTAAATT
1 TAATTGATTAAATT
1097 AAACAATTAA
Statistics
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Consensus pattern (36 bp):
TAATTGATTAAATTTGTTTAATTAAGTTATTGGGTC
Found at i:9833 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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9198 GGGTGTTACA
* * * *
9208 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATA-CCATCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
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** * * *
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* * * *
9379 AAAAG-CAGATTTATAGTCACCCATA-CCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTAT
1 AAAAGTC-CATTTATAGTCA-CCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * *
9442 AATCTCATTATTGATTATAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGCTCAAACATATCATAATTGAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * * *
9506 GTTTGTCTTGA-AAAACATGAAGAAATAA-CCATTCATTGACAGG
129 GTCT-ACTTTAGGAAACATGAAGAAA-AAGCCATCCATTGGCAAG
* *
9549 AAAAGTCCATTTATAATCACCCATA--C-TTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
9611 AATCTTATAACTGA-TTTAAGTTAGAA-TTTTTTATATTTTTGGATAAAATATAGTCTAATTGAA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAA
* * * *
9674 TGTCTACTTTGGGAAACGT-ACTGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
128 TGTCTACTTTAGGAAACATGA-AGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * * * * *
9718 AAAAGTCTATTTATAGCCACCTTAGCGTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTAAAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*
9783 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * * *
9848 CTGCCTTATGAAACGTGAAGAAAAAGTCA-CTCATTGGTAAG
131 CTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATC-CATTGGCAAG
* * * *
9889 AACAGTCCATTCATAGTCACCA-ATGCCTTACAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCATA-GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * * *
9953 ATCTCATTACTGA-TTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTACATTTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * ** * * * *
10017 TTTGCATCA-GAAATGTGAAGGAAAAA-CCATTCACTAGTAAG
130 TCTACTTTAGGAAACATGAA-GAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* *
10058 AAAAGTCAATTTATAGTCAACCAT-GCC-TTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATAGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* ********** *
10121 GATCTCATAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTTATATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAA
* * * * * * *
10185 TGTCTACTTCAGAAAACAT-AATGCACATGCCATCGATTGACAAG
128 TGTCTACTTTAGGAAACATGAA-GAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
** * * * * * **
10229 -AAAGTTTATTTATAGTCACTCA-AACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATCTTANN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
******** * * * *
10292 NNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCT-GATAAAATATAGTGTAATTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT-TAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * * *
10356 GGT-TGCTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATTGGCAAG
129 -GTCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * * * *
10399 AAAACTCTATTTATTGTCACCCTAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAGAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
10464 TCTCATAATTGATTTCAAGTT-GATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * * * * *
10528 CCTACTTCAGGAAACATCATGCAAATGCCATCCAATGGCAAA
130 TCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * * *
10570 AAAAGTCAATTTATTGTCACCCTAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTGTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
10635 TCTCGTAATTGATTTTCAA-TTGAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * *
10699 TCT-GTCTCAAGAAACATGATGAAAAAGCCA-CTCATTGGCAAG
130 TCTACT-TTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATC-CATTGGCAAG
* * ** * *
10741 AAAAGTTCATTTATATTCACCTATA-CAGTCCATAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATAGCCTTTCA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
10804 AATCTCATAATTGATTGTAAG-CAGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAGTATAATTGAA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAA
* * * * * * *
10868 TGTCTGCTTTAAGATATATGATGCAAAAGCCATCCATTGG-AAT
128 TGTCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * * *
10911 AACAAGTCCATTTATAGTCACCACAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTCTTATA
1 AA-AAGTCCATTTATAGTCACCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
10976 ATTTCATAATTGGTTTTAAGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * *
11040 TCTGCCTT-GAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
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* * *********
11082 AAAAGTCCATTTATAGTCGTCCAT-GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
** * * ** * *
11146 NCCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTT-GAAAAAAACATATTATAATTGAGT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * *
11210 GTTTAGC-TTAGGAAGCATGATGCAAAAGCCATTCATTGGCAAG
129 GTCTA-CTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
*
11253 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTCAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * * * *
11317 ATCTTATTATTGATTTTAAG-TAGAATTTTTCTGCATTTTTGGTTAAAACAAATTAAAATTCAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * **********
11381 ATCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCNNNNNNNNNNCAAG
129 GTCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * *
11424 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-TGTGCC-TTCGAAATCTTTATTACAT-GCTTTAAATAGTTTTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCAT-AGCCTTTC-AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * * *
11486 TAATCTCACAATTAATTTCAAGTTAAATTTTTTTATTTTTTTGGTTAAAATATGTTACAATTGAA
63 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAA
* * * **
11551 TGTCTACTTCAGG--AGATGTAATGCAAAAGCCATCCATTGATAAG
128 TGTCTACTTTAGGAAACATG-AA-GAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * ** ********
11595 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCA-AGCCATTGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGNNNNNNNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
** * * * * * * * *
11659 NNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATCACATTTTTTA-TTAAAACAGATAATATTTTATA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATATATTATA-ATT-GA
* * * * * * * * ** * *
11723 ATTTTTCCCTCAAGAAACGTGAGGAAAAAATCATTCATTGGCATG
127 ATGTCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * * *
11768 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTGTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * **
11832 ATCTCATAACTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATTTTTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * *
11897 GTCTAC-CTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGGCCATTCATTGGCAAG
129 GTCTACTTTAG-GAAACATG-AAGAAAAA-GCCATCCATTGGCAAG
* * *
11942 AAAAGACCATTTAAAGTCACTCAT-GCC-TTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATAGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
12005 AACCTCATAATTGATATTAAGTT-GATTTTTTTACATTTTTACTTAAAATATATTATAATTGAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * **
12069 GTCTGCTTCCA-AAAACATGATA-CAAAAGCCATCCACTGATAAG
129 GTCTACTT-TAGGAAACATGA-AGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * ***
12112 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTNNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
******* * * * * * *
12176 NNNNNNNAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAACATTTTTTG-TACAAACAGATTATAATTGAG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTA-AAATATATTATAATTGAA
* * ** * *
12240 TGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCTAG
128 TGTCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * * *
12284 AAAAGTCTATTTATAGTCATCCATA-CC-TTCTAAAGCTTTGTTATTTGCTTTAAATGATTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
** * * * *
12347 AATCTCATTGTTGATTTT-AGGTAGAATTTTTTTACAATTTTTA-TTAAAAAAGT-TTAAAATTC
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAATA-TATTATAATTG
* * * *
12409 AATGTCTACATTAGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
126 AATGTCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* ********** *
12455 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT-GCNNNNNNNNNNCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * ** * *
12519 ATCTAATAATTGACTTTAAGTTGAACTTTTTTTTACATTTTTGGCAAAAATAAATTATAATTGAG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAA
* * * * * *
12584 TATTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
128 TGTCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * *
12628 AAAAATCCATTTATTGTCACCCAT-GCC-TTCTAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTAC
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * *
12691 AATCTTATAGTTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * ** **** *
12756 GTTTACTTTAGAAAATGTGATCTGAAAGCCATCCATTGGTAAG
129 GTCTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * * * * *
12799 AAAAGTCTATTTATAGTCATCAAAG-CTAGTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTCTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCATAGCCT-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * ** * * * *
12863 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTAACTTTTTTGGCATTTTTTA-TTAAAACAGATTGTAATTGAGT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * * ** * *
12927 CTTTGCCTTAGAAAACGTG-AGTAAAAAATCATTCATTGGCAAA
129 GTCTACTTTAGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * **********
12970 AAAAGTTCATTTATATTCACCCAT-GCATTCCAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
13034 ATCTCAGT-ATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATAGTTTTT-GTTAAAATAGATTCTATTTGAA
65 ATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAA
* * * ** * * *
13097 TGTCTGCCTTT-GAAAAAATGAAGAAAAAGCCATATACTAGCAAC
128 TGTCT-ACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * **
13141 AAAAGTCCA-TT-TAGTCACCTTAGCCTATGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** * * *
13204 TCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTGCAAAAACATATTATAATTGAGTAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * *
13269 TTGCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAG
131 CTACTTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * * *
13310 AAAAGTCCATTTATAATCACTTATA-CCTTTTAAAACCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * ** * ** * *
13374 ATCTCATTATTAATTTT-AGGTAGAATTTTTCTATATTTTGGGTTAAAACAGGTTAAAATTCAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * *
13438 GTCTACCTT-GGAAAACATGAA-AATAAAGCTATTCATTGGTAAG
129 GTCTACTTTAGG-AAACATGAAGAA-AAAGCCATCCATTGGCAAG
* ** * **********
13481 AAAAGTCTATTTACGGTCGCCCAT-GCC-TTCTAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATAGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
13544 AATCTCATTATTGATTTT-AGATAGAATTTTTCTACATTTTTAGTTTAAACAGT-TTAAAATTCA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA-TATTATAATTGA
* * ** * *
13607 ATATGTACCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAA
127 ATGTCTACTTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
*
13652 AAAAGTTCATTTATAGTCACC
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACC
13673 CATTACTCAC
Statistics
Matches: 3275, Mismatches: 877, Indels: 285
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 34 0.01
169 306 0.09
170 592 0.18
171 1759 0.54
172 246 0.08
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174 103 0.03
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
CTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
Found at i:10241 original size:510 final size:508
Alignment explanation
Indices: 9216--16962 Score: 3390
Period size: 512 Copynumber: 15.2 Consensus size: 508
9206 CAAAAAGTCC
** ** * * * *
9216 ATTTATAGTCACCTATACCATCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAATCTCATTA
1 ATTTATAGTCACCTATACGTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
9281 TTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTAGTTTAAATAGATTAAAATTCAATGTCTACCCT-
66 TTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTGCCTTA
* * * * *
9345 AGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CAGATTTATAGTCACCCATACCTTC
131 AG-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCAATACCTTT
* *
9409 CAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATTATTGATTATAAGTTGAATTTTT
194 CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATT-TAAGTTGAATTTTT
* * * * *
9473 TACATTTTTTGCTCAAACATATCATAATTGAATGTTTGTCTTGAAAAACATGAAGAAATAACCAT
257 TACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTCAAAAACATGAAGAAA-AACCAT
* * * * * * *
9538 TCATTGACAGGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAT-AC-TTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAA
321 TCATTG-CAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAACCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * *
9601 ATGGTTTTATAATCTTATAACTGA-TTTAAGTTAGAATTTTTTATATTTTTGGATAAAATATAGT
384 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTAGATAAAATATATT
* ** * * * *
9665 CTAATTGAATGTCTACTTTGGGAAACGTACTGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCT
449 ATAATTGAATGTCTACTTCAGAAAACATAATGCAAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTTT
* * ** * *
9726 ATTTATAGCCACCT-TAGCGTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTAAAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCTATA-CGTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
9790 ATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT
65 ATTGATTTTAAG-TAGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * * * * *
9854 TATGAAACGTGAAGAAAAAGTCA-CTCATTGGTAAGAACAGTCCATTCATAGTCACCAATGCCTT
129 TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATC-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACCTT
* * * *
9918 ACAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTACTGATTTAAGTTAAATTATTT
193 TCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATT-TTT
* * * * * * **
9983 TACATTTTTGGTTAAAACAAATTACATTTGAATGTTTG-CATCAGAAATGTGAAGGAAAAACCAT
257 TACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTCAAAAACATGAA-GAAAAACCAT
* * *
10047 TCACTAGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAACCATGCC-TTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
321 TCA-TTGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAACCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * **********
10111 ATGATTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTTATATTTTT-GATTAAAATATAT
384 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTAGA-TAAAATATAT
* * *
10175 TATAATTGAATGTCTACTTCAGAAAACATAATGCACATGCCATCGATTGACAAG-AAAGTTT
448 TATAATTGAATGTCTACTTCAGAAAACATAATGCAAAAGCCATC-ATTGGCAAGAAAAGTTT
* * * * **********
10236 ATTTATAGTCA-CTCAAACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATCTTANNNNNNNNNN
1 ATTTATAGTCACCT-ATACGTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
10300 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCT-GATAAAATATAGTGTAATTGAATGGT-TG-C
65 ATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTT-TAGATAAAATAGAGTATAATTGAAT-GTCTGCC
* * * * * * * *
10362 TTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATTGTCACC-CTAGCC
128 TT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATA-CC
* * * *
10426 TTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGATTGT
191 TTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAAT-T
* ** * * * * **
10491 TTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGCCT-ACTTCAGGAAACATCATGCAAATG
254 TTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTCA-AAAACATGAAG-AAAAA
* * * * *
10555 CCATCCAATGGCAAAAAAAGTCAATTTATTGTC-ACCCTAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACT
317 CCATTC-ATTGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAACCAT-GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACT
* * * * *
10619 TCAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTTTCAA-TTGAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAAT
380 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAAATTTTTTATATTTTTAGATAAAAT
* * *
10683 ATATTATAATTGAATGTCT-GTCTCA-AGAAACATGATGAAAAAGCCACTCATTGGCAAGAAAAG
444 ATATTATAATTGAATGTCTACT-TCAGA-AAACATAATGCAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAG
*
10746 TTC
506 TTT
* ** *
10749 ATTTATATTCACCTATACAGTCCATAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCTATAC-GTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
10813 ATTGATTGTAAGCAGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTGCTTT
65 ATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * * *
10878 AAGATATATGATGCAAAAGCCATCCATTGG-AATAACAAGTCCATTTATAGTCACCACA-ACCTT
130 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCA-ATACCTT
* * * * *
10941 TGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTCTTATAATTTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTT
193 TCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-GATTTAAGTTGAATTTTT
* * * *
11006 TAC-TTTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAAT-TTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCC
257 TACATTTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGTT-TGCCTTCAAAAACATGAAGAAAAA-CC
* **
11069 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGTCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTA
319 ATTCATTG-CAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAACCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTA
*********** * * ** * *
11134 AATNNNNNNNNNNCCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTT-GAAAAAAACATA
383 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTAG-ATAAAATATA
* * * * * **
11198 TTATAATTGAGTGTTTAGCTT-AGGAAGCATGATGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
447 TTATAATTGAATGTCTA-CTTCAGAAAACATAATGCAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTTT
* * * * * * *
11261 ATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTCAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATT
1 ATTTATAGTCACCTATA-CGTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * * * *
11325 ATTGATTTTAAGTAGAATTTTTCTGCATTTTTGGTTAAAACAAATTAAAATTCAATATCTACCTT
65 ATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTGCCTT
** ********** ** *
11390 GGGAAACATGAAGAAAAAGCNNNNNNNNNNCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTGTGCC-TTC
130 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACCTTTC
* * * * *
11454 GAAATCTTTATTACAT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTAATTTCAAGTTAAATTTTT
195 -AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAA-TTTT
* * * * * * ** * *
11518 TTA-TTTTTTTGGTTAAAATATGTTACAATTGAATGTCT-ACTTC-AGGAGATGTAATGCAAAAG
256 TTACATTTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTCAAAAACATG-AA-G-AAAAA
* * * ** * * * *
11580 CCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCAAGCCATTGAAAGCCTTATTACTCATTT
317 CCATTCATTG-CAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAACCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTT
********** * * * * *
11645 TAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTATCACATTTTTTA-TTAAAAC
381 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTT-TTATA-TTTTTAGATAAAAT
* * * * * * * * * * * * ** *
11708 AGATAATATTTTATAATTTTTCCCTCA-AGAAACGTGAGGAAAAAATCATTCATTGGCATGAAAA
444 ATATTATA-ATT-GAATGTCTACTTCAGA-AAACATAATGCAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAA
*
11772 GTCT
505 GTTT
* * * * ** * *
11776 ATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTGTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCTATA-CGTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * ** *
11840 ACTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATTTTTGAATGTCTACC-
65 ATTGATTTTAAGTAGAA-TTTTTTTACATTTTTAGATAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * * *
11904 TAGAGAAACATGAAAAAAAAAGGCCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTAAAGTCACTC-ATGC
129 TA-AGAAACATG-AAGAAAAA-GCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATAC
* * * *
11968 C-TTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATATTAAGTTGATT
190 CTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTAAGTTGAAT
** * * *
12032 TTTTTACATTTTTACTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CTTCCAAAAACATGATACAAAA
253 TTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTT-CAAAAACATGA-AGAAAA
* * * * * * * * * *
12096 GCCATCCACTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCT
316 ACCATTCATTG-CAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAACCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACT
********** * * * * *
12161 TTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAACATTTTTTG-TACAAA
380 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTT-ATATTTTTAGATA-AAA
* * * * * * ** *
12225 CAGATTATAATTGAGTGTTTACCTT-AGGAAACATGAA-GAAAAAGTTATTCATTGGCTAGAAAA
443 TATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAGAAAACAT-AATGCAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAA
*
12288 GTCT
505 GTTT
* * * * ** *
12292 ATTTATAGTCATCC-ATACCTTCT-AAAGCTTTGTTATTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
1 ATTTATAGTCA-CCTATACGTT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
** * * * ** * * * *
12355 TGTTGATTTTAGGTAGAATTTTTTTACAATTTTTA-TTAAAAAAGTTTAAAATTCAATGTCTACA
64 AATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTAC-ATTTTTAGATAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * * * * ***
12419 TTAGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCNNN
128 TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACCTT
******* *
12484 NNNNNNNCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGACTTTAAGTTGAACTTTT
193 TCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA---TT
* ** * * * * *
12549 TTTTACATTTTTGGCAAAAATAAATTATAATTGAGTATTTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAG
254 TTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTCA-AAAACATGAAGAAAAA-
* * * * * * **
12613 TCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATTGTCACCCATGCC-TTCTAAAGCCTTACTACTTGCT
317 CCATTCATT-GCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAACCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCACT
* * * * * * * * *
12677 TTAAATGGTTTTACAATCTTATAGTTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA
380 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTAGATAAAATA
* * * ** * * * *
12742 TATTATAATTAAATGTTTACTTTAGAAAATGTGAT-CTGAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTC
445 TATTATAATTGAATGTCTACTTCAGAAAACATAATGC-AAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTT
12806 T
508 T
* * * * *
12807 ATTTATAGTCATC-A-AAGCTAGTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTCTTATAATCTCAT
1 ATTTATAGTCACCTATACG-T-TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * ** * * * * * * *
12870 AATTAATTTTAAGTTA-ACTTTTTTGGCATTTTTTA-TTAAAACAGATTGTAATTGAGTCTTTGC
64 AATTGATTTTAAG-TAGAATTTTTTTACA-TTTTTAGATAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTGC
* ** * * * * * *
12933 CTT-AGAAAACGTG-AGTAAAAAATCATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATATTCACCCATGC
127 CTTAAG-AAACATGAAG-AAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATAC
* * ********** * *
12996 ATTCCAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGT-ATTAATTTTAAGTTGAAT
190 CTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-TAATTGA-TTTAAGTTGAAT
* * * * * * * *
13060 TCTTTTATAGTTTTTGTTAAAATAGATTCTATTTGAATGTCTGCCTTTGAAAAA-ATGAAGAAAA
253 T-TTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCC-TTCAAAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
13124 AGCCATAT-ACTAGCAACAAAAGTCCA-TT-TAGTC-ACCTTAGCCTATGAAAGCCTTATTACTC
316 A-CCAT-TCA-TTGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAACCAT-GCCTTTCAAAGCCTTATTACTC
* * * *
13185 ATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTT-AAATTTTTTAACATTTTTTGCA-A
377 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTT-ATATTTTTAG-ATA
* * * * * * * *
13248 AAACATATTATAATTGAGTATTTGCCTTGAG-AAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTAGCAAGA
440 AAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAGAAAACAT-AATGCAAAAGCCA-TCATTGGCAAGA
**
13311 AAAGTCC
502 AAAGTTT
* * * * *
13318 ATTTATAATCACTTATACCTTTTAAAA-CCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATT
1 ATTTATAGTCACCTATA-CGTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * ** * * * * *
13382 ATTAATTTTAGGTAGAATTTTTCTATATTTTGGGTTAAAACAG-GTTAAAATTCAATGTCTACCT
65 ATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAATAGAG-TATAATTGAATGTCTGCCT
* * * * * ** * * *
13446 T-GGAAAACATGAA-AATAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTACGGTCGCCCATGCC-
129 TAAG-AAACATGAAGAA-AAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACCT
********** * * *
13508 TTCTAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATTATTGATTTTAGATAGAATTT
192 TTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAG-TTGAATTT
* * * * * * * * * *
13573 TTCTACATTTTTAGTTTAAACAGT-TTAAAATTCAATATGTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAG
255 TT-TACATTTTTTGTTAAAACA-TATTATAATTGAATGTTTGCCTTCAAAAACATGAAGAAAAA-
*
13637 CCATTCATTGGCAAAAAAAGTTC-ATTTATAGT----CA-------C----CC--ATTACTCACT
317 CCATTCATT-GCAAGAAAAG-TCAATTTATAGTCAACCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACT
* ** * * * * *
13684 TTACATCATTTTATAATTTCATAA-TCATTTTCAAGTGAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAA
380 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAAATTTTTTATA-TTTTTAGATAAAA
** * * * * **
13747 TATGCTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGATGCAAAACCCATCCATTAACAAGAAATA-
443 TATATTATAATTGAATGTCTACTTCAGAAAACATAATGCAAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAA-AG
**
13811 TCC
506 TTT
* * * * * * *
13814 ATTTATAGTCACCGAAACATTTGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCTATACGTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
13879 TTCATTTTAAGGTTA-ATTTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGATTAT-ATATGAATGTCTGGC
66 TTGATTTTAA-G-TAGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAATAGAGTATAAT-TGAATGTCTGCC
** * * * ** * *
13942 TTGGGAAATATAAAGAAAAACCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTC-ATACCC
128 TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATA-CC
* *********
14006 TTT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTANNNNNNNNNNTAAGTTGAATGT
191 TTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTAAGTTGAAT-T
* * * * * * ** ** *
14070 TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATATCT-ACTTTAAGAAATGTGATCCAAAAG
254 TTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTCAA-AAACATGA-AGAAAAA
* * * * * * * * * * *
14134 CCATCCATTGGTAGGAAAAGTCCA-TTATA-CCCACTTAAGCCATTGATAA-CCTTATTACTCTC
317 CCATTCATT-GCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAAC-CATGCCTTTCA-AAGCCTTATTACTCAC
* * * * * * *
14196 GTAAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTAGTTAAAAC
379 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTAGATAAAAT
* * * * * * *** * *
14260 AGATTATATTTGAATGTTTGTCTT-GGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTTATTGTCAAGAAAAG
444 ATATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAGAAAACAT-AATGCAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAG
**
14324 TCC
506 TTT
* * * * * * *********
14327 ATTTATAGTGACCCA-AGCCATCT-AATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNT-A
1 ATTTATAGTCACCTATA--CGTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT-TTTATAATCTCA
* * * ** * * * * **
14389 TAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTATGTATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTAC
63 TAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTGCC
* *** *
14453 TTTAGAAA-ATGTAATTCGAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-GC
128 TTAAGAAACATG-AA-GAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAATAC
** * * * * * *
14516 GATTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTGAGTT
190 CTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGA-AT
* * * * * *
14581 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTCCCTT-AAGAAACATGAA-AAAAG
253 TTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTCAA-AAACATGAAGAAAAA
* * * * ** *
14644 CCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCACACATTTCAAAGCCTTATTACTCGA-T
317 CCATTCATT-GCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAACCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTC-ACT
* * * * *
14708 TTTAGTGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTT-GAATTCTTTTATATTTTTA-ATTTAAA
380 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATT-TTTTATATTTTTAGA-TAAAA
* * * * * * ** *
14771 CAGATTCA-ATTTGAATGTCTACCTT-AGGAAACCTGAT--AAAATACATTCATTAGCAAGAAAA
443 TATATT-ATAATTGAATGTCTA-CTTCAGAAAACATAATGCAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAA
**
14832 GTCC
505 GTTT
* * * * * * *
14836 ATTTATAGTTACAC-ATGCATTCT-AAAGCCTTATTGCTCCCTTTAAATGGTTTTAGAATCTTAT
1 ATTTATAGTCAC-CTATACGTT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * ** * * * **
14899 AATTTATTTTAAGTTGAAACTTTTTACACTTTT-GATTAAAATATA-TCATAACTGAATGT-TTA
64 AATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTAGA-TAAAATAGAGT-ATAATTGAATGTCTGC
* * * * * ** * *
14961 CTTTAGAAACCGTGATGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCAA-GC
127 CTTAAGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATAC
* ********** *
15025 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT
190 CTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-T
* * * * *
15090 TTTTTAACATTTTTTG-TAAAAGCATATCATAATTCAGTATTTACCTT-AGAAAACATGAAGAAA
253 TTTTT-ACATTTTTTGTTAAAA-CATATTATAATTGAATGTTTGCCTTCA-AAAACATGAAGAAA
* * * * * * * *
15153 AAGACTTTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACGCA
315 AA-CCATTCATT-GCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAACCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
15218 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTT-AGGTGAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAA
378 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATT-TTTTATATTTTTAGATAAA
* ** * * * * * * * *
15282 ACAGGTTACAATTCATTGTCTACCAT-AGGAAACATGAA--AATAAAGCTATTCATTAGCAAGAA
442 ATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAGAAAACAT-AATGCA-AAAGCCA-TCATTGGCAAGAA
*
15344 AAGTCT
503 AAGTTT
* * * * ********** **
15350 ATTTACAGTTATCC-ATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTAATTTTATAATCTCAT
1 ATTTATAGTCA-CCTATACGTT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * * * * *
15413 AATTGACTTTAAGTTGAATTTTGTTTTCATATTTTTGGTAAAAACATATTATAGTTGAGTGTTTG
64 AATTGATTTTAAGTAGAATTTT-TTTACAT-TTTTAGAT-AAAATAGAGTATAATTGAATGTCTG
* * * * * ***
15478 CCTTAGGAAACATGAA-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGGG
126 CCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACC
* * * * * *
15542 TTCCAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAGATAGAATTT
191 TTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAG-TTGAATTT
* * * * * * * ** * *
15607 TTCTACATATTTGGTTACAACATATTAAAATTCAATGTCTACCTTGGAAGACATAAAGAAAAAGC
255 TT-TACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTCAAAAACATGAAGAAAAA-C
* ** * * *
15672 CATTCATTGGTAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAATCCTTATTACTCATTT
318 CATTCATT-GCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAACCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCACTT
* ** * * *
15736 TAAATCGTTTTATAATCTCATAATCAATTTCAAGTT-GAATTGTTTTATATTTTT-GTTAAAATA
381 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATT-TTTTATATTTTTAGATAAAATA
* * * * * * *
15799 TGTTATAATTGAATGTCTACTTTAGAAAACGTGATGTAAAA-CCTATCCATTGACAAGAAAAGTC
445 TATTATAATTGAATGTCTACTTCAGAAAACATAATGCAAAAGCC-AT-CATTGGCAAGAAAAGTT
15863 T
508 T
* * * ********** * * *
15864 ATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATA
1 ATTTATAGTCACCTATA-CGTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * * * *
15928 ATTCATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTATGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTCT-ACAT
65 ATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * ** * * * ** *
15992 CAGAAAACATGAAGAAAAACCCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATCGTCACCCTTGCC-TT
130 AAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACCTTT
** * **********
16056 CTAAAGTTTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTT
194 C-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-TTTT
* * * * * * * * ** *
16121 TTACATATTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGAAAAATATGATCCAAAAGCCA
256 TTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTCAAAAACATGA-AGAAAAACCA
* ** * * **
16186 TCCATTGGTAGAAAAAGTTC-ATTTATA--CATACTC-TGACCATT-AATAGCGTTATTACTTTC
320 TTCATTGCAAG-AAAAG-TCAATTTATAGTCA-AC-CATG-CCTTTCAA-AGCCTTATTACTCAC
* * * * * * *
16246 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTT-GATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAC
379 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTAGATAAAAT
* * * * *
16310 AGATTATATTTGAATGTCTA-TCTCAGGAAACATAAT-AAAAAGCCATTTATT-GCTAAGAAAAG
444 ATATTATAATTGAATGTCTACT-TCAGAAAACATAATGCAAAAGCCA-TCATTGGC-AAGAAAAG
**
16372 TCC
506 TTT
* * * * ** * *
16375 ATTTATAGTGACCCATGCCTTTTGAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATC-CTATA
1 ATTTATAGTCACCTATACGTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATA
* * * * ** * * **
16439 ATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTT-GATTAAAGCATATTATAATTGAATGTC-AACT
65 ATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTAGA-TAAAATAGAGTATAATTGAATGTCTGCCT
* **** * *
16502 TCAAGAAATATGATCTGAAAGCCATCCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCAAGT--C
129 T-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAA-TACC
* ** * ********** *
16565 ATAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTT
191 TTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTT
* * * * *
16630 TTTATATTTTTTGTTAAAACAAATTATAAGTTTG--TGTTTCCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAT
255 TTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAA--TTGAATGTTTGCCTTCAAAAACATGAAGAAAAA-
* * * * * **
16693 CCATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTGAT-TTCACCCATGCATTCCAAAGCCTTTTTACTCGT
317 CCATTCATTG-CAAGAAAAG-TCAATTT-ATAGTCAACCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCAC
* ********** * *
16756 TTTAAATAGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTCTTTTTTATTTTTAGTTAAAA
379 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATT-TTTTATATTTTTAGATAAAA
* * * * * * * * * * *
16820 CAGATTCTATTTGAATGTTTGCGTCA-AGAAATATAATG-AAAAACACATTCATTAGCATGAAAA
443 TATATTATAATTGAATGTCTACTTCAGA-AAACATAATGCAAAAGC-CA-TCATTGGCAAGAAAA
**
16883 GTCC
505 GTTT
* *
16887 ATTTATAGTCA-CTCATAC-CTTATAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT
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16950 AATTGA-TTTAAGT
64 AATTGATTTTAAGT
16963 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5542, Mismatches: 1383, Indels: 623
0.73 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
495 19 0.00
496 149 0.03
497 174 0.03
498 22 0.00
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TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTAGATAAAATATATTATAATTG
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * **
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194 ATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAG-TA
******* * * * *
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* * * ** *
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320 AAAAGCCATCCATTGACAGA-AAAGTCCATTTATAGTCAC-CCAACCTTTAAAAGCCTTATTACT
********** *
10273 CACTTTAAATGATCTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCT-GATA
383 CACTTTAAATGATCTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTAGATA
* * * *
10337 AAATATAGTGTAATTGAATGGTTG-CTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAA
447 AAATAGAGTATAATTGAAT-GTTGCCTTCAAGAAACGTGATGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
* * * * *
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* *
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* * * * * *
10530 TACTTCAGGAAACATCATGCAAATGCCATCCAATGGCAAA
640 TACTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * * *
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1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
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* * * * * *
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130 GTCTG-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
** * *
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* * * * *
10827 GAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTGCTTTAAGATATATGATGC
257 GAATT-TTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTAAGAAACATAATGC
* *
10892 AAAAGCCATCCATTGGA-ATAACAAGTCCATTTATAGTCACCACAACCTTTGAAAGCCTTATTAC
320 AAAAGCCATCCATT-GACAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACC-CAACCTTTAAAAGCCTTATTAC
** * *
10956 TTGCTTTAAAT-AGTCTTATAATTTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTAC-TTTTTTAGTT
382 TCACTTTAAATGA-TCTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTAGAT
* * * * * * * *
11019 AAAATAGATTATATTTGAATTTCTGCCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
446 AAAATAGAGTATAATTGAATGT-TGCCTTCAAGAAACGTGATGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
* * **********
11083 AAAGTCCATTTATAGTCGTCCAT-GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNN
510 AAAGTCTATTTATAGTC-ACCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAA
* * * * * *
11147 CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-GTTTTTGAAAAAAACATATTATAATTGAGTG
574 TCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-ATAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * *
11211 TTTAGCTTAGGAAGCATGATGCAAAAGCCATTCATTGGCAAG
638 TCTA-CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
*
11253 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-GCCTTTCAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * * *
11317 ATCTTATTATTGATTTTAAGTAGAATTTTTCTGCATTTTTGGTTAAAACAAATTAAAATTCAATA
66 ATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTAAAATTGAATG
* *** ********** **
11382 TCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCNNNNNNNNNNCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTG
131 TCT-GCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * * *
11447 TGCCTTCGAAATCTTTATTACAT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTAATTTCAAGTTA
195 TACCTTCCAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAG-TA
** * * * * * **
11511 -AATTTTTTTATTTTTTTGGTTAAAATATG-TTACAATTGAATGTCTACTTCAGGAGATGTAATG
257 GAA-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACTTTAAGAAACATAATG
* * * *
11574 CAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCAAGCCATTGAAAGCCTTATTAC
319 CAAAAGCCATCCATTGA-CAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-CCTTTAAAAGCCTTATTAC
* *********** * *
11639 TCATTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATCACATTTTTTA-TT
382 TCACTTTAAATGATCTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTTAGAT
* * * * * * * ** * *
11703 AAAACAGA-TAATATTTTATAATTTTTCCCTCAAGAAACGTGAGGAAAAAATCATTCATTGGCAT
446 AAAATAGAGT-ATA-ATT-GAATGTTGCCTTCAAGAAACGTGATGAAAAAGCCATCCATTGGCAA
* * ** * * *
11767 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAAAGGTGTTAT
508 GAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAA
* * * * **
11831 AATCTCATAACTGATTTTC-AGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATTTTTGA
572 AATCTCATAATTGA-TTTCAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGATAAAATATATTATAATTGA
* * *
11895 ATGTCTACCTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGGCCATTCATTGGCAAG
635 ATGTCTACTTAG-GAAACATG-AAGAAAAA-GCCATCCATTGGCAAG
* * * *
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1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
12005 AACCTCATAATTGATATTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTACTTAAAATATATTATAATTGAAT
65 AATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTAAAATTGAAT
* * **
12069 GTCTGCTTCCAA-AAACATGATA-CAAAAGCCATCCACTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
130 GTCTGC-T-CAAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * ********** *
12132 CCA-AGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAGG
192 CCATA-CCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAG
* * * * *
12196 TTGAATTTTTTTAACATTTTT-TGTACAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTAGGAAACATG
255 TAGAA-TTTTTT-ACATTTTTGT-TA-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTAAGAAACAT-
* ** * * * * *
12260 AA-GAAAAAGTTATTCATTGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATACCTTCT-AAAGCTTT
315 AATGCAAAAGCCATCCATTGAC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-ACCTT-TAAAAGCCTT
* * ** * * ** * * *
12323 GTTATTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTGTTGATTTTAGGTAGAATTTTTTTACAATTTT
377 ATTACTCACTTTAAATGATCTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT
* * ** * * * * * ** * *
12388 TA-TTAAAAAAGTTTAAAATTCAATGTCTACATT-AGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
441 TAGATAAAATAGAGTATAATTGAATGT-TGCCTTCAAGAAACGTGATGAAAAAGCCATCCATTGG
* ********** * *
12451 TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT-GCNNNNNNNNNNCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
505 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
12515 TATAATCTAATAATTGACTTT-AAGTTGAACTTTTTTTTACATTTTTGGCA-AAAATAAATTATA
569 TAAAATCTCATAATTGA-TTTCAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTTG-ATAAAATATATTATA
* * * * * *
12578 ATTGAGTATTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
630 ATTGAATGTCT-ACTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * *
12628 AAAAATCCATTTATTGTCACCC-ATGCC-TTCTAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTAC
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * *
12691 AATCTTA-TAGTTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAA
65 AATCTCATTA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTAAAATTGAA
* * ** * * * * * *
12755 TGTTTACTTTAGAAA-ATG-TGATCTGAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
129 TGTCTGCTCAAGAAACATGAAGA---AAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * * *
12818 -TCAAAGCTAGT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTCTTATAATCTCATAATTAATTTTA
191 CCCATACCT--TCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTA
* * * * * * * * * *
12881 AGTTA-ACTTTTTTGGCATTTTTTATTAAAACAGATTGTAATTGAGTCTTTGCCTT-AGAAAACG
253 AG-TAGAATTTTTT-ACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTAAG-AAACA
* * ** * * * * * * * ** *****
12944 TGA-GTAAAAAATCATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATATTCACCCATGCATTCCAANNNNN
314 TAATG-CAAAAGCCATCCATTGAC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-ACCTTTAAAAGCCT
***** * * * * * * *
13008 NNNNNCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGT-ATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATAGTT
376 TATTACTCACTTTAAATGATCTTATAATTTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTT
* * * * * * * ** *
13072 TTT-GTTAAAATAGATTCTATTTGAATGTCTGCCTTTGAA-AAA-ATGAAGAAAAAGCCATATAC
439 TTTAGATAAAATAGAGTATAATTGAATGT-TGCC-TTCAAGAAACGTGATGAAAAAGCCATCCAT
* * * * * * *
13134 TAGCAACAAAAGTCCA-TT-TAGTCACCTTAGCCTATGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGT
502 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * * *
13197 TTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTGCA-AAAACATATTATAA
567 TTTAAAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-ATAAAATATATTATAA
* * * * * *
13261 TTGAGTATTTGCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAG
631 TTGAATGTCT-ACTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* ** * * * * *
13310 AAAAGTCCATTTATAATCA-CTTATACCTTTTAAAACCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * ** * ** *
13374 ATCTCATTATTAATTTTAGGTAGAATTTTTCTATATTTTGGGTTAAAACAGGTTAAAATTCAATG
66 ATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTAAAATTGAATG
* ** * * * * ** *
13439 TCTAC-CTTGGAAAACATGAA-AATAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTACGGTCGCC
131 TCTGCTC-AAG-AAACATGAAGAA-AAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * ********** * *
13502 CATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATTATTGATTTTAGATA
193 CATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAG-TA
* * * * * * ** *
13567 GAATTTTTCTACATTTTTAGTTTAAACAGTTTAAAATTCAATATGTACCATGAGAAACATGAA-G
257 GAATTTTT-TACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTAAGAAACAT-AATG
* * * * *
13631 AAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGT----C-A-C--------CC--ATTACT
319 CAAAAGCCATCCATTGAC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAACCTTTAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
13680 CACTTTACATCATTTTATAATTTCATAA-TCATTTTCAAG-TGAAATTTTTTTATATTTTTTA-T
383 CACTTTAAATGATCTTATAATTTCATAATTGATTTT-AAGTTG-AA-TTTTTTACATTTTTTAGA
* * * * * * * **
13742 TAAAATATG-CTATAATTGAATGTCT-ACTTTAGGAAACATGATGCAAAACCCATCCATTAACAA
445 TAAAATA-GAGTATAATTGAATGT-TGCCTTCAAGAAACGTGATGAAAAAGCCATCCATTGGCAA
* * * * * * *
13805 GAAATA-TCCATTTATAGTCACCGA-AACATTTGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
508 GAAA-AGTCTATTTATAGTCACC-ATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
13868 TAATCTCATAATTCATTTTAAGGTT-AATTTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGATTAT-ATAT
571 AAATCTCATAATTGATTTCAA-GTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGATAAAATATATTATAAT-T
* * * * * ** *
13931 GAATGTCTGGCTTGGGAAATATAAAGAAAAACCCATTTATTGACAAG
633 GAATGTCT-ACTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * *
13978 AAAAGTCCATTTATAATCACTC-ATACCCTTT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAT-GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* ********** * * * *
14041 AATCTTANNNNNNNNNNTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
65 AATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTAAAATTGAAT
* * * ** *** * * * * ** **
14106 ATCTACTTTAAGAAATGTGATCCAAAAGCCATCCATTGGTAGGAAAAGTCCA-TTATACCCACTT
130 GTCTGC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
14170 A-AGCCATT-GATAA-CCTTATTACTCTCGTAAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAG
194 ATA-CC-TTCCA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAG
* ** * ** **
14232 TTA-ATTTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGT-TTGTCTTGGGAAACATGA
255 -TAGAATTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACT-TTAAGAAACAT-A
*** ** * * * *
14295 AAAAAAAAGCCATTTATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCAAGCCATCT-AATGCCTTA
316 ATGCAAAAGCCATCCATTGAC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-CC-TTTAAAAGCCTTA
* * ********* * **
14359 TTACTCGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNT-ATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTATGTATTTTT
378 TTACTCACTTTAAATGAT-CTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTT
* * * ** * * * ***
14423 T-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTT-TAGAAAATGTAATTCGAAAGCCATCCATTGG
441 TAGATAAAATAGAGTATAATTGAATGTTGCCTTCAAG-AAACGTGATGAAAAAGCCATCCATTGG
* ** * *
14486 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCGATTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCT
505 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
14550 TATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
569 TAAAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAATATATTATAATTG
* * * * * *
14615 AGTGTTTCCCTTAAGAAACATG-A-AAAAAGCCATTCATTGGTAAG
634 AATGTCT-ACTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * * *
14659 AAAAGTCTATTTATATTCACCCACA--CATTTCAAAGCCTTATTACTCGATTTTAGTGGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-ATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * * * *
14722 AATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTAATTTAAACAGATTCAATTTGAAT
65 AATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTAAAATTGAAT
* * * * * * * * *
14787 GTCTACCTTAGGAAACCTGATA-AAATA--CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACA
130 GTCT-GCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * * * * *
14849 CATGCATTCTAAAGCCTTATTGCTCCCTTTAAATGGTTTTAGAATCTTATAATTTATTTTAAGTT
193 CATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTA
* * * * * * * * *
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257 G-AATTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTAAGAAA-CATAATG
* * * * *
14978 CAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
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* * * * * * *
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* *** * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * ** *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * ********** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * ** * *
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1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
********** * * *
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* * * *** * * * * *
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* * **
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* * * ** * * *
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252 AAGTAGAATTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACT-TTAAGAAACAT
* ** * * **
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* * * * * * *
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377 ATTACTCACTTTAAATGATCTTATAATTTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTT
** * * *** ** ***
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440 TTAGA-TAAAATAGAGTATAATTGAATGTTGCCTTCAAGAAACGTGATGAAAAAGCCATCCATTG
* * * * * ** *****
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504 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
***** * * * * * *
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568 TTAAAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAATATATTATAA--
* * * * *
16661 TTG--TGTTTCCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGACAAG
631 TTGAATGTCT-ACTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAG
* * * * * * * ******
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1 AAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCAATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
**** * * * * * ** *
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* * * * *
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* ** * *
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191 CCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGT
16963 TNNNNNNNNN
Statistics
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TTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTAAGAAACATAATGCAAAAGC
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TTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTAGGAAA
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* * * * * *
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** ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * **
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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255 TGAATTGTTTTACATTTTTG-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-GCTTTAGGAA-CATGAT
*
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*
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* * * * * * * *
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**
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316 TGCAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * ** *******
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**** * * * * **
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*** *
11913 ATGAAAAAAAAAGGCCATTCATTGGCA
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* * * * *
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** * * * * *
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13501 CCATGCCTTCTA-AAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATTATTGATTTTAGA
191 CTATACAGTCCATAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTAAG-
* * * * * * * * * *
13565 TAGAATT-TTTCTACATTTTTAGTTTAAACAGT-TTAAAATTCAATATGTACCATGAGAAACATG
254 TTGAATTGTTT-TACATTTTT-GTTAAAACA-TATTATAATTGAATGTCT-GCTTTAGGAACATG
* * *
13628 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
315 ATGCAAAAGCCATCCATTGGC-A
* * * **
13651 AAAAAGTTCATTTATAGT----C-A-----C----CC--ATTACTCACTTTACATCATTTTATAA
1 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * ***
13700 TTTCATAA-TCATTTTCAAG-TGAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATGCTATAATTGAA
66 TTTCATAATTGATTTT-AAGTTG-AA-TTTTTTA-CTTTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAA
* * * * * * * *
13762 TGTCT-ACTTTAGGAAACATGATGCAAAACCCA-TCCATTAACAAGAAATA-TCCATTTATAGTC
127 TATCTGCCTTGA-AAAACATGAAGAAAAAGCCACT-CATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTC
* * * ** * * * * *
13824 ACCGAAACATTTGA-AAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTA
189 ACCTATACAGTCCATAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA-TTTA
* * * *
13888 AGGTT-AATTTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGATTAT-ATATGAATGTCTGGC-TTGGGAAA
252 A-GTTGAA-TTGTTTTACATTT-TTGTTAAAACATATTATAAT-TGAATGTCT-GCTTTAGG-AA
* * * * * ** *
13950 TATAAAGAAAAACCCATTTATTGACA
311 CATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCA
* * *
13976 AGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATACCCTTT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 A-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-A-CCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
********** * * *
14040 TAATCTT-ANNNNNNNNNNTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
63 TAAT-TTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACTTTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGA
* * ** *** ** * **
14104 ATATCT-ACTTTAAGAAATGTGATCCAAAAGCCA-TCCATTGGTAGGAAAAGTCCA-TTATACCC
126 ATATCTGCCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGCCACT-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** * * * **
14166 ACTTA-AGCCA-TTGATAACCTTATTACTCTCGTAAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTT
189 ACCTATA--CAGTCCATAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA-TTT
* ** * * * *
14229 AAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTG-TCTTGGGAAACA
251 AAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCT-TTAGG-AACA
*** ** *
14292 TGAAAAAAAAAGCCATTTATTGTCA
313 TG-ATGCAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * ***
14317 AGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCAAGCC-ATCTAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTNNNN
1 A-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-CCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT-TTT
****** * *
14381 NNNNNNT-ATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTATGTA-TTTTTT-GTTAAAATATATTATAATT
62 ATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTT-T-TACTTTTTTAGTTAAAATAAATTATAATT
* ** * * *** *
14443 GAATGT-TTACTTTAGAAA-ATGTAATTCGAAAGCCA-TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
124 GAATATCTGCCTTGAAAAACATG-AA-GAAAAAGCCACT-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* ** * * *
14505 GTCACCCA-AGC-GATTGA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATCTCATCATTGA
186 GTCACCTATA-CAG-TCCATAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA
* * * * * * * * *
14567 TTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTCCCTTAAGAA
248 -TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-GCTTTAGGA
* * *
14632 ACATGA--AAAAAGCCATTCATTGGTA
310 ACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * * *
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1 A-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-ACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
14722 AATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTA-TATTTTTAATTTAAACAGATTCA-ATTTGA
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * **
14972 GTGATGCAAAAGTCATCCATTGATA
312 ATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * **********
14997 AGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTAT
1 A-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-CCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
15062 AATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAACATTTTTT-G-TAAAAGCATATCATAATT
64 AAT-TTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-AC-TTTTTTAGTTAAAA-TAAATTATAATT
* * * * * ** *
15124 CAGTATTTACCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGACTTTCATT-AGCAAAAAAAGTCCATTTATAG
124 GAATATCTGCCTTGA-AAAACATGAAGAAAAAGCCACTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAG
* ** * * * *
15187 TCACCCATACCTTCCA-AAGCCTTATTACGCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTT
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* * ** * * * * **
15251 TAGGTGAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGTTACAATTCATTGTCTACCATAGGAAACA
251 AAGTTG-AATTGTTTTACATTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGG-AACA
** * * *
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* * * * * ********** **
15340 AGAAAAGTCTATTTACAGTTATCCATGCC-TTCTAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTAATTTTA
1 A-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-ACCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
15658 CATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA
311 CATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCA
** * * ** *
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* ** * **
15748 TAATCTCATAATCAATTTCAAGTTGAATTGTTTTA-TATTTTT-GTTAAAATATGTTATAATTGA
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* * * * * * *
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* ** ** ********** * * ** *
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* * * * * * * *
15936 TAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTATGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACATCAGAAAAC
250 TAAGTTGAATTG-TTTTACATTT-TTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAG-GAAC
* * * ** *
16000 ATGAAGAAAAACCCATTTATTGGTA
312 ATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCA
* * ** ** * *
16025 AGAAAAGTCTATTTATCGTCACCCTTGCC-TTCTAAAGTTTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
1 A-AAAAGTCCATTTATAGTCACCC-AACCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
********** * * *
16089 TAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTAGTTAAAATATATTATAATTGAA
63 TAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAA
* * * * *** ** * *
16154 TGTCTACTTTGAAAAATATGATCCAAAAGCCA-TCCATTG-GTAGAAAAAGTTCATTTATACAT-
127 TATCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCACT-CATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATA-GTC
* ** * * ** *
16216 ACTCTGA-CCA-TTAATAGCGTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
189 AC-CT-ATACAGTCCATAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA-TTT
* * ** * * * *
16279 ACGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCT-ATCTCAGGAAACA
251 AAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCT-TTAGG-AACA
* * **
16342 TAAT-AAAAAGCCATTTATT-GCTA
313 TGATGCAAAAGCCATCCATTGGC-A
* * ** *
16365 AGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATGCCTTTTGAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTAT
1 A-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-ACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * ** *
16430 AA-TCCTATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTA-TATTTTT-GATTAAAGCATATTATAATTG
64 AATTTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACT-TTTTTAG-TTAAAATAAATTATAATTG
16492 AAT
125 AAT
16495 GTCAACTTCA
Statistics
Matches: 5319, Mismatches: 1292, Indels: 673
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GTTTTACATTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAACATGATGCAAAAGCC
ATCCATTGGCA
Found at i:11840 original size:173 final size:172
Alignment explanation
Indices: 9208--16963 Score: 1423
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9198 GGGTGTTACA
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* * * * * *** *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * **
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* ** * * * * * *
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* * * *
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1 AAAAGACCATTTA-AAGTCACCCA-AGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTAT
* * * * * * * * * **
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* * * * **** *
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* * * * ** * * * * * * *
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1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCT-AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATA
* * * * * **
9782 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAAT
65 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATTTTTGAAT
* * * * * * *
9846 GTCTGCCTTA-TGAAACGTG-AAGAAAAAGTCACTCATTGGTAAG
129 GTCTACC-TAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * *
9889 AACAGTCCATTCATAGTCA-CCAATGCCTTAC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAA-GCCTT-CTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTGTTA
* * * * * ** * **
9951 TAATCTCATTACTGA-TTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTACATTTGAA
63 TAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAA
* * * * ** ** * * *
10015 TGTTTGCAT-CAGAAATGTGAAGGAAAAA-CCATTCACTAGTAAG
128 TGTCTACCTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * * * *
10058 AAAAGTCAATTTATAGTCAACCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATGA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATAA
* ********** * * * * **
10123 TCTCATAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGT
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* *** * * *
10188 CTACTTCAGA-AAACAT-AATGCACATGCCA-TCGATTGACAAG
131 CTACCT-AGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAG
*** * * * * * * * * **
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1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCT-AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATA
******** * * * * * **
10292 NNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCTGA-TAAAATATAGTGTAATTGAAT
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* * * *** * *
10356 GGT-TGCTTCA-AGAAACGTG-ATGCAAAAGCTATCCATTGGCAAG
129 -GTCTACCT-AGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
** * ** * * * ** * *
10399 AAAACTCTATTTATTGTCACCCTAGCCTT-TCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAGA
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* * * * * **
10463 ATCTCATAATTGATTTCAAGTTG-ATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAT
65 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAAT
* * * *** * * * *
10527 GCCTACTTCAG-GAAACAT-CATGCAAATGCCATCCAATGGCAAA
129 GTCTACCT-AGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * ** * * * * * * *
10570 AAAAGTCAATTTATTGTCACCCTAGCCTT-TCAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTGTA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCT-AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATA
* * * * * * **
10634 ATCTCGTAATTGATTTTCAA-TTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGATAAAATATATTATAATTGAA
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** ** *
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** * * * ** * * * * *
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* * ** * * **
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* * * * *** * *
10868 TGTCTGCTTTA-AGATATATG-ATGCAAAAGCCATCCATTGG-AAT
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* * * * *
10911 AACAAGTCCATTTATAGTCACCACAA-CCTT-TGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATA-GTCTT
1 AA-AAGACCATTTAAAGTCACC-CAAGCCTTCT-AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTGTT
** * * *
10973 ATAATTTCATAATTGGTTTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTG
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* * * * * *
11036 AATTTCTGCCTTGAAAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
126 AATGTCTACCTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * ** * * * **********
11082 AAAAGTCCATTTATAGTCGTCCATGCCTT-TCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNN
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCT-AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATA
* * * ** * ** *
11146 NCCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTTGAAAAAAACATATTATAATTGAGTG
65 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAATG
* * * ***
11211 TTTAGCTTAG-GAAGCATG-ATGCAAAAGCCATTCATTGGCAAG
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* * * * * *
11253 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT-TCAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
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* * * * * * ** * *** * *
11317 ATCTTATTATTGATTTTAAGTAGAATTTTTCTGCATTTTTGGTTAAAACAAATTAAAATTCAATA
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* * * **********
11382 TCTACCTTGGGAAACATG-AAGAAAAAGCNNNNNNNNNNCAAG
130 TCTACCTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * *** * * *
11424 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTGTGCCTTCGAAATCTTTATTACAT-GCTTTAAATA-GTTTTAT
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCTTTATTAC-TCGCTTTAAA-AGGTGTTAT
* * * * * * * * ***
11487 AATCTCACAATTAATTTCAAGTTAAATTTTTTTA-TTTTTTTGGTTAAAATATG-TTACAATTGA
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* * *** * **
11550 ATGTCTACTTCAG-G--AGATGTAATGCAAAAGCCATCCATTGATAAG
127 ATGTCTACCT-AGAGAAACATG-AAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * ** * ********
11595 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCAAGCCATT-GAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGNNNNNNNN
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** * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * * **
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* * * * * * ***
12112 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT-TGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTNNN
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCT-AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATA
******* * * ** *
12176 NNNNNNNAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAACATTTTTT-GTACAAACAGATTATAATTGAG
65 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTTATTA-AAACAGATTATTTTTGAA
* * ** *
12240 TGTTTACCTTAG-GAAACATG-AAGAAAAAGTTATTCATTGGCTAG
128 TGTCTACC-TAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * * * *
12284 AAAAGTCTATTTATAGTCATCCATA-CCTTCTAAAGCTTTGTTATTTGCTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCA-AGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATA
* ** * * * * * *** *
12348 ATCTCATTGTTGATTTTAGGTAGAATTTTTTTACAATTTTTATTAAAAAAGTTTAAAATTCAATG
65 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAATG
* * * *
12413 TCTACATTAG-GAAATATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
130 TCTAC-CTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * ********* *
12455 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCNNNNNNNNNNC-TTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTAT
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGC-CTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTGTTAT
* * * **** * * **
12518 AATCTAATAATTGACTTTAAGTTGAACTTTTTTTTACATTTTTGGCAAAAATAAATTATAATTGA
64 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGA
* * * * * *
12583 GTATTTGCCTTAG-GAAACATG-AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
127 ATGTCTACC-TAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
** * * * * * * *
12628 AAAA-ATCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTACA
1 AAAAGA-CCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATA
* * * * * * ** * * ** *
12692 ATCTTATAGTTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATG
65 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAATG
* ** * **** * *
12757 TTTA-CTTTAGAAA-ATGTGATCTGAAAGCCATCCATTGGTAAG
130 TCTACCTAGAGAAACATG-AAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * ** * * *
12799 AAAAGTCTATTTATAGTCATCAAAG-CTAGTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTCTTAT
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCT-AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTGTTAT
* * ** * ** *
12862 AATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AACTTTTTTGGCATTTTTTATTAAAACAGATTGTAATTGAG
64 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAA
* * * * ** * *
12926 TCTTTGCCTTAGA-AAACGTGAGTAAAAAA-TCATTCATTGGCAAA
128 TGTCTACC-TAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
** * * * * * ********** * *
12970 AAAAGTTCATTTATATTCACCCATGCATTCCAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATAA
* * * * * * * * *
13035 TCTCAGT-ATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATAGTTTTTGTTAAAATAGATTCTATTTGAATG
66 CCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAATG
* * * * * * *
13099 TCTGCCTTTGA-AAAAATG-AAGAAAAAGCCATAT-ACTAGCAAC
130 TCTACC-TAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAG
* ** * * ** * *
13141 AAAAGTCCATTT--AGTCACCTTAGCCTAT-GAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCT-TCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATA
* * * * *** * ** * *
13203 ATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTGCAAAAACATATTATAATTGAGTA
65 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAATG
* * * * *
13268 TTTGCCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAG
130 TCTACCTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* ** * * * * * * *
13310 AAAAGTCCATTTATAA-TCACTTATA-CCTTTTAAAACCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAAGACCATTTA-AAGTCACCCA-AGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTAT
* * * * * * * *** * *** *
13373 AATCTCATTATTAATTTTAGGTAGAATTTTTCTATATTTTGGGTTAAAACAGGTTAAAATTCAAT
64 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAAT
* * * *
13438 GTCTACCTTG-GAAAACATG-AAAATAAAGCTATTCATTGGTAAG
129 GTCTACCTAGAG-AAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * ** * * * **********
13481 AAAAGTCTATTTACGGTCGCCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATAA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATAA
* * * * * * *** *
13546 TCTCATTATTGATTTT-AGATAGAATTTTTCTACA-TTTTTAGTTTAAACAGTTTAAAATTCAAT
66 CCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATTTTTGAAT
* * * *
13609 ATGTACC-ATGAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAA
129 GTCTACCTA-GAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
** * * * ** *
13652 AAAAGTTCATTTATAGTCACCC-A---TTACT-CA-CTTTA-CA-TCATTTTATAA--T-TTCAT
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTT-CTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTT-AT
* * * * **
13706 AA--TC---A-T--TTTCAAG-TGAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATG-CTATAATTGA
64 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACA-GATTATTTTTGA
* *** * * **
13761 ATGTCTACTTTAG-GAAACATG-ATGCAAAACCCATCCATTAACAAG
127 ATGTCTAC-CTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * ** *
13806 AAATA-TCCATTTATAGTCACCGAAACATT-TGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTA
1 AAA-AGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCT-AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTGTTA
* * * ** * *
13868 TAATCTCATAATTCATTTTAAGGTT-AATTTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGATTATATATG
63 TAACCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTG
** * * * * * * *
13932 AATGTCTGGCTTGGGAAATAT-AAAGAAAAACCCATTTATTGACAAG
126 AATGTCTACCTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * *
13978 AAAAGTCCATTTATAA-TCACTCATACCCTT-TAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTA
1 AAAAGACCATTTA-AAGTCACCCA-AGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTGTTA
* * ********** * ** * * **
14040 TAATCTTANNNNNNNNNNTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA
63 TAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAA
* * ** *** * * *
14105 TATCTACTTTA-AGAAATGTG-ATCCAAAAGCCATCCATTGGTAGG
128 TGTCTAC-CTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * ** ** * * * * *
14149 AAAAGTCCA-TTATACCCACTTAAGCCATT-GATAA-CCTTATTACTCTC-GTAAAATGGTTTTA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCC-TTCTA-AAGCTTTATTACTCGCTTTAAAA-GGTGTTA
** ** *
14210 TAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGA
63 TAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATTTTTGA
* ** * * * *
14273 ATGTTTGTCTTGGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTTATTGTCAAG
127 ATGTCTACCTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * ******
14319 AAAAGTCCATTTATAGTGACCCAAGCCATCTAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTNNNNNNN
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGT-GTTATA
*** * * ** * * * **
14384 NNNT-ATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTATGTATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATG
65 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAATG
* ** **** *
14448 TTTA-CTTTAGAAA-ATGTAATTCGAAAGCCATCCATTGGCAAG
130 TCTACCTAGAGAAACATG-AAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * *
14490 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCGATT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGC-CTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATA
* * * ** * ** *
14554 ATCTCATCATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAGTG
65 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAATG
* * *
14619 TTTCCCTTA-AGAAACATG---AAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
130 TCTACC-TAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * * ** *
14659 AAAAGTCTATTTATATTCACCCACA-CATT-TCAAAGCCTTATTACTCGATTTTAGTGGTTTTAT
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCA-AGCCTTCT-AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTAT
* * * * * * *
14722 AATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTAATTTAAACAGATTCA-ATTTGAA
64 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATT-ATTTTTGAA
* * * *
14786 TGTCTACCTTAG-GAAACCTG-ATAAAATA--CATTCATTAGCAAG
128 TGTCTACC-TAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * * * * * *
14828 AAAAGTCCATTTATAGTTACACATGCATTCTAAAGCCTTATTGCTCCCTTTAAATGGTTTTAGAA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATAA
* * * ** * * * * * ***
14893 TCTTATAATTTATTTTAAGTTGAAACTTTTTACACTTTTGATTAAAATATATCATAACTGAATGT
66 CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAATGT
* * * * *** * * **
14958 TTACTTTAGA-AACCGTG-ATGCAAAAGTCATCCATTGATAAG
131 CTAC-CTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * **********
14999 AAAAGTCCATTCATAGTCACTCAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCT-AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATA
* * * * * ** * *
15063 ATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAACATTTTTT-GTAAAAGCATATCATAATTCAG
65 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTTATTAAAA-CAGATTATTTTTGAA
* * * * * * *
15127 TATTTACCTTAGA-AAACATG-AAGAAAAAGACTTTCATTAGCAAA
128 TGTCTACC-TAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * * *
15171 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCCAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCA-AGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATA
* * * * * *** * *
15235 ATCTCATTATTGATTTT-AGGTGAAATTGTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGGTTACAATTCAT
65 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATTTTTGAA
* * *
15298 TGTCTACCATAG-GAAACATG-AAAATAAAGCTATTCATTAGCAAG
128 TGTCTACC-TAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * ********* *
15342 AAAAGTCTATTTACAGTTATCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTAA--TTTTAT
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCTTTATTAC--TCGCTTTAAAAGGTGTTAT
* * * * * * **
15405 AATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTGTTTTCATATTTTTGGTAAAAACATATTATAGTTG
64 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACAT-TTTTT-ATTAAAACAGATTATTTTTG
* * * *
15470 AGTGTTTGCCTTAG-GAAACATG--AAAAAAAGCCATTCATTGACAAG
126 AATGTCTACC-TAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
** * * * ** * * * * *
15515 AAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGGGTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATAA
* * * * * ** * * *** *
15580 TCTCATTATTGATTTT-AGATAGAATTTTTCTACATATTTGGTTACAACATATTAAAATTCAATG
66 CCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAATG
* * *
15644 TCTACCTTG-GAAGACAT-AAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
130 TCTACCTAGAGAA-ACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
*** * * * * * ** ** *
15686 AAAAGTGTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAATCCTTATTACTCATTTTAAATCGTTTTATAA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATAA
* ** * * * * * **
15751 TCTCATAATCAATTTCAAGTTGAATTGTTTTATA-TTTTTGTTAAAATATG-TTATAATTGAATG
66 CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACA-GATTATTTTTGAATG
* * *** * *
15814 TCTACTTTAGA-AAACGTG-ATGTAAAA-CCTATCCATTGACAAG
130 TCTAC-CTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCC-ATTCATTGGCAAG
* * * ********** *
15856 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTT-TGAAAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAATA-GTTTTAT
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCT-AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTGTTAT
** * * * ** * * *
15919 AGTCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTATGGTTAAAATAAATTATATTTGAAT
64 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAAT
* * * * *
15984 GTCTACATCAGA-AAACATG-AAGAAAAACCCATTTATTGGTAAG
129 GTCTACCT-AGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * ** ** * * *
16027 AAAAGTCTATTTATCGTCACCCTTGCCTTCTAAAGTTTTATTACTCGTTTTAAATA-GTTTTATA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTGTTATA
*********** * * * **
16091 ATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TATTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
65 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATTTTTGAAT
* * * * *** * *
16155 GTCTACTTTGAAAAATATG-ATCCAAAAGCCATCCATTGG-TAG
129 GTCTACCTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
** * * * * ** * *
16197 AAAAAGTTCATTTATACA-T-ACTC-TGACCAT-TAATAGCGTTATTACTTTCTTTAAATGGTTT
1 -AAAAGACCATTTA-A-AGTCACCCAAG-CCTTCTAA-AGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGT
* * ** ** *
16258 TATAATCTCATAATTGATTTTACGTTG-ATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTG
61 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTG
* * *
16322 AATGTCTATCTCAG-GAAACAT--AATAAAAAGCCATTTATT-GCTAAG
126 AATGTCTACCT-AGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGC-AAG
* * * * * * * * * *
16367 AAAAGTCCATTTATAGTGACCCATGCCTTTTGAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATAA
* * * * * * **
16432 TCCT-ATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTGATTAAAGCATATTATAATTGAATG
66 -CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAATG
* * * **** * *
16496 TCAACTTCA-AGAAATATG-ATCTGAAAGCCATCCATTGGCAGG
130 TCTACCT-AGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* ** * * ** * * **********
16538 AAAAGTCCATTTGTAGTCACCCAAGTCATAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATAA
* * * * * *
16603 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AGTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAATTATAAGTTTG--T
66 CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTAT--TTTTGAAT
* * * * * *
16665 GTTTCCCTTGAGAAACATG-AAGAAAAATCCATTCATTGACAAG
129 GTCTACCTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
** * ** * * * * ******
16708 AAAAGTTCATTTGATTTCACCCATGCATTCCAAAGCCTTT-TTACTCGTTTTAAATA-GNNNNNN
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCTAAAG-CTTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTGTTAT
**** * * * *
16771 NNNNTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTT-TA-TTTTTAGTTAAAACAGATTCTATTTGA
64 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATTTTTGA
* * * * ** * *
16834 ATGTTTGCGTCA-AGAAATAT-AATGAAAAA-CACATTCATTAGCATG
127 ATGTCTACCT-AGAGAAACATGAAAAAAAAAGC-CATTCATTGGCAAG
* * * * * * * *
16879 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTATAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGACCATTTAAAGTCACCCA-AGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATA
* *
16943 ATCTTATAATTGA-TTTAAGTT
65 ACCTCATAATTGATTTTAAGTT
16964 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5697, Mismatches: 1587, Indels: 603
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
153 1 0.00
154 75 0.01
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AAAAGACCATTTAAAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGGTGTTATAA
CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATTTTTGAATGT
CTACCTAGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
Found at i:13297 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13017--13391 Score: 420
Period size: 169 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
13007 NNNNNNCTCG
* * * **
13017 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGTATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATAGTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TATGAATTTTAAGTTAAATTCTTTTACAGTTTTTGCAAAAA
* * * *
13082 TAGATTCTATTTGAATGTCTGCCTTTGAAAAAATGAAGAAAAAGCCATAT-ACTAGCAACAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATATCTGCCTTTGAAAAAATGAAGAAAAAGCCAT-TCACTAGCAACAAAAG
* * * *
13146 TCCA-TT-TAGTCACCTTA-GCCTATGAAAGCCTTATTACTCA
129 TCCATTTATAATCA-CTTATACCTATGAAAACCTTACTACTCA
* * *
13186 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATT-TTTTAACATTTTTTGCAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATGAATTTTAAGTTAAATTCTTTT-ACAGTTTTTGCAAAA
* * * * * *
13250 ACATATTATAATTGAGTATTTGCC-TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAA
64 ACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTTGA-AAAAATGAAGAAAAAGCCATTCACTAGCAACAAAA
* *
13314 GTCCATTTATAATCACTTATACCTTTTAAAACCTTACTACTCA
128 GTCCATTTATAATCACTTATACCTATGAAAACCTTACTACTCA
*
13357 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TATGAATTTTA
13392 GGTAGAATTT
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 27, Indels: 14
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.06
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATGAATTTTAAGTTAAATTCTTTTACAGTTTTTGCAAAAAC
AGATTATAATTGAATATCTGCCTTTGAAAAAATGAAGAAAAAGCCATTCACTAGCAACAAAAGTC
CATTTATAATCACTTATACCTATGAAAACCTTACTACTCA
Found at i:14477 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 14387--14704 Score: 227
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
14377 NNNNNNNNNN
* * * *
14387 TATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTATGTATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-
1 TATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTATGTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
* ****
14451 ACTTTAGAAA-ATGTAATTCGAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG
65 ACTTGAGAAACATG-AAAAAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG
*
14515 CGATTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTT
129 CCATTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG---T
* * ** * *
14551 ATAATCTCATCATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
1 -T-A--T-A--ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTATGTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* ** * * * * *
14616 GTGTTTCCCTTAAGAAACATG---AAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCA
58 ATGTTTGACTTGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
*
14678 CCC-A-CACATTTCAAAGCCTTATTACTC
123 CCCAAGC-CA-TTGAAAGCCTTATTACTC
14705 GATTTTAGTG
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 17, Indels: 16
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.01
166 1 0.01
167 1 0.01
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169 55 0.44
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172 8 0.06
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (161 bp):
TATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTATGTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGA
CTTGAGAAACATGAAAAAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC
ATTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
Found at i:34071 original size:162 final size:159
Alignment explanation
Indices: 33793--34106 Score: 378
Period size: 162 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
33783 ATTTAAAGCA
* * * * * *
33793 AGTAATAAGGCTTTGAAAGGCGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCGTTT
1 AGTAATAAAGCTTTGAAAGGCATGCGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCGTTT
* *
33858 GCATCATATTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATTGTAAAAACAAAT
66 GCATCATATTTCCTAAAGCAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA-TATAAAAA-AAAT
*
33923 AACTTAAAATCAATTATGAGTTTATTAGAGCG
129 AA-TTAAAATCAATTATGAGATTATTAGAGCG
*
33955 AGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGCGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTT
1 AGTAATAAAGCTTTGAAAGGCATGCGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCGTTT
*** * ** * * * * * **
34019 TTTTCATGTTTTTTGAGGTAAAGAGTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAATTTA
66 GCATCATATTTCCTAAAGCAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAATATAAAAAAAATA
34084 ATTAAAATCAATTATGAGATTAT
130 ATTAAAATCAATTATGAGATTAT
34107 AAANNNNNNN
Statistics
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160 4 0.03
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162 60 0.47
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (159 bp):
AGTAATAAAGCTTTGAAAGGCATGCGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCGTTT
GCATCATATTTCCTAAAGCAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAAATAA
TTAAAATCAATTATGAGATTATTAGAGCG
Found at i:35414 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 33414--36777 Score: 1358
Period size: 171 Copynumber: 19.9 Consensus size: 169
33404 TTAACCGACA
* * * * *
33414 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AGGATGCATAGGTG
1 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCATAGGT-
* * ** *
33478 AA-TATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGATAAATAGT
64 AACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACAGT
* * * * *
33541 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTA
128 TAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATT-AACTT
* * * * ** * *
33585 AAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAATCTTTCAAAGGC-TCCGGGT
1 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAT--AGGT
* * * * * * * * * *** *
33649 AACTAGAAATGGA-TATTTCTTGCCAATGGATGGCATTTGCATCACGTTTTCAAAAATAGACA-T
64 AACTATAAATAGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAGT
* * *
33712 TCAATTATAATATATTTTTACAAAAAATGCATAAAAATTCAACTT
128 T-AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTA-AAAAATT-AACTT
** ********** * * * *
33757 AAAATCAATTTTGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCGTGGGTGA
1 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTAA
* * * * * * *
33822 CTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCGTTTGCATCATATTTCCTAAAGCAAACA-TTCA
66 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAGTT-A
* * *
33886 ATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATTGTAAAAACAAATAACTT
130 ATTATAATATATTTTAACTAAAAA-TGT-AAAA-AATTAACTT
* * * * *
33928 AAAATCAATTATGAG-TT-T------A-TTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCAT-GCGTG
1 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAG-GTA
* ** * * * *
33983 ACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-TTCATGTTTTTTGAGGTAAAGAGTCA
65 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAGTTA
* * * * *
34047 ATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAATTTAA-TT
130 ATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-TTAACTT
* ********** * * * *
34087 AAAATCAATTATGAGATTATAAANNNNNNNNNNGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGC-TCGAGTG
1 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAG-GTA
* * * * * * ** * * ** * * * *
34151 ACCAGAAATAAACATTTCTTGTCAATGGATGAATTTTGCATCATACTTCTTGAA-GTAGATA-TT
65 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACAGTT
* ** *
34214 CAATTGTAATATATTTTAACTAAAAAAATAAAAACATTCAGCTT
129 -AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATT-AACTT
* * *
34258 AAAATCAATTTTA-GA-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TTGAG
1 AAAATCAA--TTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAG-G
* * * * * * * * *
34320 TGACTATCAAT-GAACTTTTCTTAG-CAATGGATTGCTTTTGCATCAAGATTCCTAAAGCAAACA
63 TAACTATAAATAG-ACTTTTCTT-GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACA
* ** * * * *
34383 -TTCAACTATAATATATTTTGGCCAAAAATCTGAAATAATTCAATTT
126 GTT-AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATT-AACTT
* * * * * * * *
34429 AAAATAAATTATGCGGTTATAAAATCATTAAAAGCGAGTAATAAGGCCTTGAAAGGCATGGGTAA
1 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTAA
* *** *
34494 CTATAAATGGACTTTTCACACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACA-TTCA
66 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAGTT-A
* * * * *
34558 AATACAATCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTT
130 ATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-TT-AACTT
* * * * *
34600 AAAATCAGTAATGA-ATTTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAA-GAAT-GGC
1 AAAATCAATTACGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGCATAGG-
* * * * * * * * *
34662 TGACTATAACTGGACTTTTCTTACCAATGAGTGACTTTTTCTTCACGGTTCCCAAGGTC-AACA-
63 TAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGG-CAAACAG
* * * * *
34725 TTCAA--ATAATATTTGTTTTCACCAATAATGTAGAAAAACTCAACTT
127 TT-AATTATAATA--TATTTTAACTAAAAATGTA-AAAAA-TTAACTT
* ********** * * * *
34771 AAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGA
1 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTAA
* * * * * * * * *
34836 CTATAAATGGACGTTTCTTACCAATTAATGGC-TTTTCATTCA-GATTT-TTATAGGTAGATATT
66 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TTCATG-TTTCCTA-AGGCAAACAGT
* * * * * *
34898 TAAATATTATCTGTTTTAA-TGAAAAAT-AAAAAAATCAACTT
128 TAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAATTAACTT
* * * *********** *
34939 AAAATTAATTATGAGAATATAAAATNNNNNNNNNNGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATAGGTG
1 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCATAGGTA
* ** *
35003 ACTATAAAT-GAACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTAATTCTTCATGTTTCCCT-AGACAAACA-T
65 ACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CCTAAGGCAAACAGT
* * * * * *
35065 TCAAATATTATCTATTTTAACCAACAATATAAAATAATTCAACTT
128 T-AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATT-AACTT
********** * * * ** *
35110 AAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAGGATTTTG-AAGATATGGGTA
1 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTGAAAGGCATAGGTA
* * * * * * *
35174 ACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTTGCTTTTTCTTCATCG-TTCCTGAGGCAGACAGTC
65 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCCTAAGGCAAACAGTT
*
35238 AATTATAATATATTTTATCTAAAAATGTAAAATAATTAACTT
129 AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTAACTT
* *
35280 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTCATAAGGCTTTGAAAGGCATCGGTAA
1 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTAA
* * * * * * * *
35345 CTATAAACAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTTTCTAAGGTAGACACTTAA
66 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAGTTAA
35410 TTATAATCAGT-TTTT-ACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTT
131 TTATAAT-A-TATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATT-AACTT
*********** * * *
35451 AAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGATAA
1 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTAA
* * * * *
35516 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGTCTTTTGCATTGCA--TTTCCTAAAGTC-AACATT
66 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTCCT-AAGGCAAACAGT
* * * *
35578 TAATTATAACATATTTTAACCAATAATGTAAAAATATTCAGCTT
128 TAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATT-AACTT
* * * * *
35622 AAAATTAATTATC-AAATCATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCAT-GAGT
1 AAAATCAATTA-CGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAG-GT
* * * * * *
35685 GACCATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGCCAAACAGT
64 AACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACAGT
* * * * *
35749 CAAGTGTAATAT-GTTT---T---AA---AAAAAATT---GT
128 TAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTAACTT
* * ** * * * * * * *
35778 AAAATCAATAACGAGAATATAAAATTATTTACAGTGAGTAATAAGGCTTCGGAAGACGTAGGTGA
1 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTAA
* * * * * * * * * * *
35843 CTATAAATAAAATTTTTTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTCTCCCAAGGTAAATAGTCAA
66 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAGTTAA
* * * *
35908 TTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAGTATAAAAAATTTAACTA
131 TTATAATATATTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAA-TTAACTT
* * * * * * *
35948 AAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TCGGGTG
1 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAT-AGGTA
* * * * * * * * * *
36012 ACTAGAAATGGACTCTTCTTGCTAATGGATGGGTTTTGCATCATATTTCCTAAAGCAAACA-TTC
65 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAGTT-
* * *
36076 AATTATAATATATTTTAACCAAAAAGGTAAAAAAATTCAGCTT
129 AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATT-AACTT
** * * * * *
36119 AAAATCAATTTA-GAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAGTAAAGCTTTGGAAGGTATGGGTG
1 AAAATCAA-TTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGT-
* ** ** *
36183 AA-TATAAATGGACTTTTCTTGATAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAACAGACA-TT
64 AACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAGTT
** *
36246 CAAGAATAATATATTTTAAC-AAAAAAGTAAAAAAAACTTAA-TT
129 -AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGT--AAAAAA-TTAACTT
* * * * * * *
36289 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAATCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGC-TTGGATT
1 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGG-TA
* * * * * **
36353 ACTATAAATAGAATTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTGCATT-ACCTTTCCTGAA-GCAAACA-T
65 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCCT-AAGGCAAACAGT
** * *
36415 TCAACCATAATATGTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAGTTCAACTT
128 T-AATTATAATAT-ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-TT-AACTT
* ********** * * * * * *
36461 AAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGGCTTGGGTGA
1 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTAA
* * * * * *
36526 CTATAAAT-GAACTTTTTTTACCAATGAATATG-TTTTTC-ACAATGTTTCCTGAGCCAAACA-T
66 CTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTC-ATGTTTCCTAAGGCAAACAGT
* * * * **********
36587 TCAAATAGAATCTGTTNNNNNNNNNNATGTAAAAGAATTCAACTT
128 T-AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATT-AACTT
* * * * * * * *
36632 AAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTAGGAATGTATAAGT
1 --AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGT
* * * * * *
36697 GAA-TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCTAA-GCAAACAC
64 -AACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGCAAACAG
*
36760 TGAATTATAATATATTTT
127 TTAATTATAATATATTTT
36778 TCAACTTAAA
Statistics
Matches: 2406, Mismatches: 639, Indels: 294
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
155 1 0.00
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159 19 0.01
160 12 0.00
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164 2 0.00
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167 6 0.00
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Consensus pattern (169 bp):
AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTAA
CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACAGTTAA
TTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTAACTT
Found at i:36917 original size:151 final size:152
Alignment explanation
Indices: 36624--36928 Score: 386
Period size: 151 Copynumber: 2.0 Consensus size: 152
36614 TGTAAAAGAA
* *
36624 TTCAACTTAAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTAGGAAT
1 TTCAACTT-AAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTAGCAAT
* *
36689 GTATAAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCTAAGC
65 GTATAAGTGAATATAAATGGAATTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCTAAGC
*
36754 AAACACTGAATTATAATATATTT
130 AAACACTCAATTATAATATATTT
* *
36777 TTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAGACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTT-TCAATG
1 TTCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTAGCAAT-
* * ** * *
36840 GCT-TAGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGTCAATGGATG-GTTTTTGGTTCACATTTC-CTAA
65 G-TATAAGTGAATATAAATGGAATTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTT-CTTCACATTTCTCT-A
* * *
36902 AGTAGACATTCAATTATAATATATTT
127 AGCAAACACTCAATTATAATATATTT
36928 T
1 T
36929 AATCAAAAAT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 16, Indels: 10
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
150 10 0.08
151 113 0.86
152 1 0.01
153 8 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (152 bp):
TTCAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTAGCAATG
TATAAGTGAATATAAATGGAATTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCTAAGCA
AACACTCAATTATAATATATTT
Found at i:37146 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 36966--37342 Score: 461
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
36956 NNNNNNNNTT
** *
36966 ATAAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGATTATAAATGG
1 ATAAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGAATATAAATGG
* * * * * *
37031 ATTTTTCTTGTCAATAAATTACTTTTTGTTTAT-GATTCTTGAGGCAGACAATTAGATAT-AATT
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* * *
37094 TGTTTTAACCAAAAATATAAAGAAATTCAACTTCAAATCAATA
128 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATA
* * ** **
37137 ATGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAATTCATGGGTGAATATAAATGG
1 ATAAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGAATATAAATGG
* * * * *
37202 ACTTTTCTTGTTAATAAATGACTTTTTTTTTTTAGTTTCTCGAGGCAAACACTCAATTCCAATAT
65 ACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTGTTTATAGATTCTCGAGGCAAACAATCAATT-CAATAT
* *
37267 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATT
129 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATA
*
37309 GTAAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 ATAAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
37343 AATTTCGAAC
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 29, Indels: 6
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 108 0.62
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATAAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGAATATAAATGGA
CTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTGTTTATAGATTCTCGAGGCAAACAATCAATTCAATATGT
TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATA
Found at i:37897 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 37707--38084 Score: 424
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
37697 NNNNNNNNNN
* *
37707 ATGAGATTATGAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAT-GCATAGGTGAATATAAATA
1 ATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-CAATGGCATAGGTGAATATAAATA
* *
37771 GAC-TTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTTTTCACAATTT-TTAAGGCAA-ACACTCAATTATAA
64 GACTTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTTATCAC-ATTTCTGAA-G-AAGACACTCAATTATAA
* * * *
37833 TCCGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAACTCAGCTTAAAATCAATT
126 TACATTTGAAGC-AAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
37878 ATGAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAATGGCTTGGGTGACTATAAATGG
1 ATGAGATTATAA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCATAGGTGAATATAAATAG
* * * * *
37943 ACTTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTTTATCACATTTCCTGAAGAAGACATTTAATTATAATAT
65 ACTTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTTATCACATTT-CTGAAGAAGACACTCAATTATAATAC
* * *
38008 ATTTGAAGCAAAAGTGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATT
129 ATTTGAAGCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATT
* *
38050 ATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
1 ATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
38085 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 26, Indels: 15
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.03
171 58 0.34
172 104 0.60
173 6 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
ATGAGATTATAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCATAGGTGAATATAAATAGA
CTTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTTATCACATTTCTGAAGAAGACACTCAATTATAATACAT
TTGAAGCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATT
Found at i:38724 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 38281--42104 Score: 2260
Period size: 171 Copynumber: 22.4 Consensus size: 170
38271 AAACGTAACA
* * * ** *
38281 CAAATGCCATCCATTAGCAAGAAAAG-TCATTTTCTAGTCACCCCTGCCTTTGAAAGCCTTATTA
1 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCA-TTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * *
38345 CTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTTAA-TTGAGTTTTTT-TACATTTTTAG
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTATA-A-TTTTAG
* * * * * * * * **
38408 TTAAAACAGATTATACTTGACTATTTACCTTAGGAAACGTAAAA
127 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGATG
* * ********** ** * * *
38452 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAANNNNNNNNNNATAGTCACCCATTCCTTCCAAAGTCTTTTTAC
1 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTAC
* * **********
38517 TCACTATAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATAATTTTAGTTA
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*
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* * * * * * *
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1 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTAC
* * *
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66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTATA-A-TTTTAGT
** * * * * *
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* * * * *** * * * * *
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1 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * *
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* * * *
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** * *
38966 CAAAAGCCATCCATTGTAAAGAAAAG-TCTATTTATA-ACTACCCTAGCC-TTCGAAAGCCTTA-
1 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTC-ACCCAAGCCTTTC-AAAGCCTTAT
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTC-AAAGCCTTATTA
* * * * * * *
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65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATAATTTTAGTT
* * * * * * * *
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129 AAAACATATTATAATTGAATGTCTACTTTAG-GAAACATGATG
* * * ********
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1 --C-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTTC-AAAGCCTT
* * * * *
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61 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTT-TTATAATTT
* * * * * * * * * *
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124 TAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGATG
* * * ** ** ** *
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1 CAAAAGCCATC-CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTC-AAAGCCTTATT
* * * * * * * * *
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64 ACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAATTT-TAG
* * * * ** * * * *
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* ********** * * * *
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1 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTAC
* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * *
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* * * * * *
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** * * ** *
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* * * *
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* * * * ** ** *
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1 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTAC
* * * * * * *
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* * * * * * *
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********** * *
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*
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* * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * ** * * * *
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* * * * * ** **
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*
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* * ** * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * ** * *
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* *
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* * * * ** * * * *
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** * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * ***
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* * * * * * *
47720 TTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATG-CTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAATCCATCCA
65 TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * *
47784 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCGA-GTCTTTGAAAG
129 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTCAAAG
* * *
47827 CCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAA-TTGTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
** * * * * * ** *
47891 TTTTTATTAAAACATATTATAATTTACTAGT-TGCCTT-GAGAGACGTGAAGAAAAAGTAATCCA
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT-GTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * *
47954 TTGGCAAGAAAAGTTTATTTACAGTCACTTATGCCTTGCAAAG
129 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAG
* ** *
47997 CCTTATTACTCA-TTGTAACTAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTCTTTTTAT
1 CCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTA-
* * * * *
48061 AATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC--CACTTCAGGAAATATGATA-CAAAAGCCA
63 CATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-CTT-AGGAAACATGA-AGAAAAAGCCA
* * *
48122 -TCTATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCCAAAG
125 TTC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTCAAAG
* * * * * * *
48169 CCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTGTAATCTCAAAATTTATTTGAAGTTGAATTTTTATAC-T
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
** * * * *
48233 GTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATG-CGTGCTTTAGGAAAC--GCAATGCAAAATCCATC
66 -TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TGCCTTAGGAAACATG-AA-GAAAAAGCCATT
* * * *
48295 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACTCGA-GCTTTTGAAAG
127 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTCAAAG
* * * *
48340 CCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-TGATTGAA-TTTTTTATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACA
* * * * * * * *
48403 TGTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGACTATTTTCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCA
65 T-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
** * * *
48467 TTGATAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCC-TTCTAAAG
129 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAAG
* * * * *
48510 CCTTATTACTC-GTTGAAAATTGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATA
1 CCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-C
* * * *** * * * * *
48573 ATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATTTTAGAAAATATGATGCAAAAGCCATCCA
64 ATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * ** *
48637 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCAC-CAATATCTTCCAAAG
129 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTCAAAG
* * * * * * * * *
48680 CCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTATATAG
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
** * * * * * *
48745 TTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATATCTG-TTTCAGAAAACAT-AATGCAAATGCCATCCA
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCA
* * * * * * *
48808 TTAGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGGCACCCAAGCTTTTGAAAG
129 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAG
** * * * *
48851 CCTTATTACTCACTTCGAATGGTTTGATAATCTCATAATTGAATTTT-TGCTG-AGTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * ** * * * * * ** * *
48914 TTTTCGGTTAAAATAAATTATGTTTTACTATTTGCC-TCGAGAAATGTAAAAAAAAAGCCATTCA
65 TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * *
48978 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCCTGCCTTTCAATG
129 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAG
* * ** * * * * *
49021 TCTTATTACTCGCTGGAAATGATTTTATGATCTCATAATTGATTTAAAGTTTAATTTTTTTACAA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * ** * * * * *
49086 TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGATTTAGGAAACGTGATGCAAAATCCA-TCTGT
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-AT
* * * *
49150 TGGTAAG-AAAGT-TCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG
130 TGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAG
** * * * * * * *
49191 CCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATGACCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTTATAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * **
49256 TGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTGTTCATT
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * *
49321 AGTAAGAAAAGACTATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAG
131 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAG
** ** * * * *
49362 CCTTATTACTCGGTTTAAATAATTTTATAATATGATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * * *
49427 TATTAGTTAAAATATATTATAATTAAATAT-TGACATTAGGAAACGA-CATATATAAAAGCTATC
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CCTTAGGAAAC-ATGA-AGA-AAAAGCCATT
* * * *
49490 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTCA-GCCGTTGAAA-
127 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCATGCCTTTCAAAG
* * * * *
49534 CTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATATTTTTAAA
1 C-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * *
49599 TTTTTGG-TAAAACT-TATTATAATTGAGTGTCTACATTAGAAAACATTAAGAAAAACCCATTCA
65 TTTTTGGTTAAAA-TATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * **********
49662 TTAGCAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCATGCC-TTCTAAAG
129 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAAG
* * * *
49705 CCTTATTACTCTCTTTATATGGTTTTA-AATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* ** * * * ** * ** *
49769 TTTTT-ATTAAAGCAGATAATATTTGAATACCTACCTT-GAGAAATGTGAACAAAAAGCCATTCA
65 TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * *
49832 TTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATACC-TTCTAAAG
129 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAAG
** ********** ** * *
49875 CCTTATTACTTGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATCAATTTTAAGTT-AAGTTATTTTATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA
* ** * * * * * * * *
49939 TTTGTGGTGGAAACATATAATATTTGAACGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCACTCAT
65 TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * *
50004 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CAT-TCTTTCCAAAG
130 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACTCATGCCTTT-CAAAG
* * * * * * * * *
50046 CCTTCTCACTCACTTTAAACGGTTTTATAAACCCATTACTGATTTTAAGTTTAATGTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
50111 TTTTGGGTCAAATAGATTGTATTTGAATGTCTGCC-TCGAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCAT
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * *
50175 TGGCAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATGCCTTTCAAGG
130 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAG
* * * *
50217 CCTTATTACTCACTTTTAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTGTT--
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TT-TTAC
* * * * * * * * * * *
50280 ATTTTTGGTTTAAACATATTATAGTTGAATGTTTGCTTTTGGAAACTTCATGCAAAAGCTA-TCT
64 ATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-
** * **********
50344 ATTGTTAAGAAAAGT-TCATTTACAGTCACTCANNNNNNNNNNAG
128 ATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAG
* ** * * * * * *
50388 CCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTTAAAATTAATTTTAAGCTAAATTTTTTTACCA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CA
* * * * * * *
50453 -TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACATGATGCAAAATCCATACAT
65 TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * *
50517 TGGTAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCGA-GCCTTTAAAAG
130 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTCAAAG
********** * *
50559 CCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA-TT-AAATTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * *
50622 TTTTGGGTAAAATAGATTATAATTGACTATTTGCC-TCGAGAAACGTAAAG-AAAAGCCATTCAT
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * *
50685 TGACAAAAAAAGTTTATTTATAGTCAAC-CATACC-TTCTAAAG
130 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACTCATGCCTTTC-AAAG
* * * * * **
50727 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTGAGTTGTATTTTTTTATTT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * ** *
50792 TTTTAGTTAAAACATATAATATTTGAATGTCTACTTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATT
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * *
50857 GACAAGAAAAGCCTATATATAGTCACCCATGCC-TTCTAAAG
131 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAAG
********** * * * *
50898 CCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTAAATGTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * *** * *
50963 TTTTAGTAAAAAT-TGAGTATAATTGAGTGTCTATGTCAAGAAACATGAAGAAAAA-CC-TTCAT
66 TTTTGGTTAAAATAT-ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * ** * * ** *
51025 CGGTAAGAAAAGTCCGTTTAGAGACAC-CAATGCCTCCCAAAT
130 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTCAAAG
* * * * * * *
51067 CCTTATTACTCACTTTAAGTGATTTTATAACCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTATTATAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * ** *
51132 TTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCTTTAAGAAACTTGATCAAAAAGCCATCCATT
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * *
51197 GAG-AAGAAAAATCCATTTATATTCACCCATGCC-TTCTAAAG
131 G-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAAG
** * * * * * * * *
51238 GTTTATTACTGACTTTAAATAGTTTTATAATTTTATTATTGATTTTTAGTTGAAGTTTTTTATA-
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* *** * * * **** * ** * *
51302 TTTTGATTAAAAGCCA-T-TCATTG---GCCAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAAGCCACT
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACA-T-G-AAGAAAAAGCCATT
* * * * *
51362 CATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAATCAC-CAAAGCCTTTGAAAG
127 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTCAAAG
* * * * *
51407 CTTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * * * * * *
51472 TTTTAGTCAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAAAAAAAACGATTTATT
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * *
51537 GGCAAGAAAAGTTTGTTTATAGTCAC-CTATGCCTTTAAAAG
131 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTCAAAG
* * * * *
51578 TCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGT-ATCCTCATAATTGATTTTAAATTGAATGTTTTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* ** ** * * * * * * * *
51642 TTTCTACTTAAAGCAAATAATATTTGAATGTCTGCTTTCA-AAAATATGAAGAGAAAGCTATTCA
65 TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* *
51706 TTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CA--------AAAG
129 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAG
* * * * * *
51740 CCTCATTACTAACTTTAAATGG-TTTATAATCTCAGAACTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
********** ** * * *
51804 TTTNNNNNNNNNNATATTATAATTGAATGTCTGTTTTAGGAAATC-T-AATGCAAAAGTCATCCA
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA-CATGAA-GAAAAAGCCATTCA
** * * * * *
51867 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTTGAAAG
129 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAG
* * * * *
51910 CCTTATTACTCACCTTAAATAGTATTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * * * *
51975 TTTTGGCTAAAATAGATAATATTTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATT
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
** * * *
52040 GGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCAC-CTAAGCTTTTAAAAG
131 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTCAAAG
* ********** * *
52081 TCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * * * * *
52146 ATTTAGTTAAAAAAGATAATATTTGAATATCT-ACTTGAAGAAACAAG-AGAAAAAGTCATTCAT
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * *
52209 TGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTTAAAG
130 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAG
********** *
52251 CCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA
* * * * * * * *
52315 TTTTTGGTGAAAATATATTATAATTGAATATCTACTTTAGAAAACATGATGCAAAAGCCATCCAT
65 TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
** * * **********
52380 TAACAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTCANNNNNNNNNNAG
130 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAG
* ** * ** * *
52422 CTTTATTACTTGCTTTAAATGATCCTATAATCTCATAGA-TGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * * *
52486 TTTTTGATTAAAACAGATTATATTTCG-ATGTCTACCTT-GAGAGACATGAAAAAAAAGGCATTC
65 TTTTTGGTTAAAATATATTATAATT-GAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* *
52549 GTTGGAAAGAAATA-TCTATTTATAGTCA-TCTATGCC-TTCTAAAG
128 ATTGGCAAGAAA-AGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTC-AAAG
* * * *
52593 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* *** * * * *
52658 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATT
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * *
52723 TGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGC-CAAAT-CCTTTAAAAG
131 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC--ATGCCTTTCAAAG
* * * * * * *
52764 CCTTGTTACTCGCTTT-AATGGTTTTGTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTACCT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * * * *
52828 TTTTAGTTAAAATATATTGTAACTGAATGTTTG-CTTCAAGAAACATGATGCAAAGGCCATCCTT
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * *
52892 TGGCAAGAAAAGTCTGTTTACAGTCAC-CTATGCCTTCCAAAG
130 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTCAAAG
* * * ********** * *
52934 CTTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAGTTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * * * *
52999 TTTTGGTTAAAACAGAATATAATTTAATGTCT-ACTTCTGAAAACATGATGCAAAAGCCATCCAT
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * *
53063 TGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTTGAAAG
130 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTCAAAG
* * * * * *
53105 CCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTCATTTGAATTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * **
53170 TTTTGGTTAAGATATATTGTAATTTAATGTTTG-CTTCAGGAAATATGATGTAAAAGCCACCCAT
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * *
53234 TGGGAAGAAAAGTCTATTCATAGTCA-TGCATACCTTCCAAAG
130 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CATGCCTTTCAAAG
* ** * * * * *
53276 CTTTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTGTAATCTCATTATTGATTTTAAGTT-AAATTTCTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
** * * * * * * *
53340 TTTTGACTAAAATATATTACAATTGAATTTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCGTTCATT
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * *
53405 AGTAGGAAAAGTCCATTCATAGTCA-TCCATGCC-TTCAAAAG
131 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CATGCCTTTC-AAAG
*********** * * * * *
53446 CNNNNNNNNNNGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAAGTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * **
53511 TTTTGGATAAAATATAGTGTAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACGTGATGTGAAAGCCA-TCTAT
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-AT
** * * * * *
53575 TGATAAAAAAAAATCCATTTATTGTCACTC-TAGCCTTTGAAAG
130 TG-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT-GCCTTTCAAAG
* * * ** * * *
53618 CCTTAGTATTCAGTCCAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTT-ATATTCTTTTATA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACA
* * * * * * * * *
53682 TTTTTAGATAAAATATATTATAATTAAATATCTGTCTTAAGAAACATTAAGAAAAAGTCACTCAT
65 TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
*
53747 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCTC-AAG
130 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTT-TCAAAG
*** * *
53789 CCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGATGAATTTTTCTTACA
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACA
* * * * * * * *
53854 TCTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAA-AAAAACCCACTCAT
65 TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * * *
53918 TTGCAAAAAAAGTCTATATATACTCACTCATGCCGTTGAAAG
130 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAG
* ** ********** * *
53960 CCATATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * ******
54025 TTTT-ATTAAAACAAATTGTAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCANNNNNN
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
**** * * *
54089 NNNNAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGACTTCCAAAG
131 GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTCAAAG
* * ********** * *
54130 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
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66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-T
* * ** * *
54258 T-GTAAGAAAGGTCTATACATAGTCACCCATACC-TTCTAAAG
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** * * * * *
54299 CCTTATTACTGGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTTATAATAGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACTT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * *
54364 TTTTGGTTAAAATATATTATCATTGAATGTTTG-CTTCA--AAGTACATGATGCAAAAGCCATTC
66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAA--ACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * * *
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* * *
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1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTAC
* * * ** * * *
54530 A-------TTAAAACAGATTATAATT-AAGTGTTTGCCCCAGGAAACATCAACAAAAAGGCATTC
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* * * * ** *
54587 ATTGGCAAGAAAA-TATATTTGTATTCACCCATGTATTCCAAAG
128 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAG
** ********** * ** *
54630 CCTTATTACTTGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-GGTTTTATAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
** * * ** * * * * * *
54694 TTTTAATTCAAACAGT-TTATGTTTGAACGCCTGCCTTTGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTAAT
66 TTTTGGTTAAAATA-TATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * *
54758 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTTACCCATGTC-TTCTAAAG
130 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAAG
* * * * * **********
54800 CCTTATTAATCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTAANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTACAT
1 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
** * *
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66 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
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**
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TAATTTTAAGTTAAATAGATTGA
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * *
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** * * * * * * * * * * *
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* *** * * * * * * *
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* * * * * *
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128 AACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAG
* ** * * *
46985 CCTTATTACTCACTTTTAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTA-CA
193 CCTTATTACTCA-TTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATC-
** * * * * * * * * *
47049 TTTTTGGTTAAAATTTATTATAGTTAAACGTTTACTTCATGAAACTTGATGCAAAAGCCATCTAT
256 TTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGATTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCAT
**
47114 TGTTAAGAAAAGT-TCATT
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
47259 GAAAACATGATA-CAAAA-TCTATCTATTGGTAAGAAAAATCCATTTCTAGTTACCCAAGCCTTT
126 G-AAACGTGA-AGAAAAAGTC-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * * ** * * *
47322 GAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAA-TT-AAATTTTT
188 CAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * *
47385 TA-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACT-ATTTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAACCC
252 TATC-TTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGA-TTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCC
* *
47447 ATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATT
314 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* ** *
47471 TATAG-CTACACATGCCTTACAAAGCCTTATTACTCAC--T--A-----TAATAATCTCATAATT
1 TATAGTC-ACCCA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * *
47526 AATTTTAAGTTAAATATTTTGATA-ATTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTCA
64 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGACTGT-TGCCTTGA
* * * * * * * * **
47589 GGAAACTTGATGCAAAAGCCATTCATTAAGAAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTTGTGCCTTCC
126 -GAAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATT-GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCC
* ** ***
47653 AAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATGGTTTTATAATCTCA-AAATTGATTTTAAGCCAAATTTTTT
189 AAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATAATTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
47716 TATCTTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGCTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAATCCAT
252 TATCTTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGATTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCAT
47781 CCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
316 CCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * *
47803 TCTAGTCACCCGAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
1 TATAGTCACCC-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
47868 ATTTTTAGTTGAATTGTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTTACTAGTTGCCTTGAGAG
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGACT-GTTGCCTTGAGAA
* * * * *
47933 ACGTGAAGAAAAAGTAATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTACAGTCACTTATGCCTTGCAAAGC
129 ACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGC
* *
47998 CTTATTACTCATTGTAACTAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTCTTTTTATAA
194 CTTATTACTCATT-TAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAT-C
* ** * ** * *
48063 TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCCACTTCAGGAAATATGATACAAAAGCCATCTAT
256 TTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGAT-TGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCAT
* *
48127 TTGCAAGAAAAGTCCATT
320 TGGCAAGAAAAGTCTATT
* ** * * * * *
48145 TATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTGTAATCTCAAAATTT
1 TATAGTCACCCA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
48210 ATTTGAAGTTGAA-TTTTTATACTGTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATGCGTG-CTTTAG
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-T-TTTTTATTAAAACATATTATAATTGACTG-TTGCCTTGA-
* * * * * *
48273 GAAACG-CAATGCAAAA-TCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACTCGA-GCTTTT
126 GAAACGTGAA-GAAAAAGT-CATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTC
* * ** * * *
48335 GAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-TGATTGAATTTTT
188 CAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAG-TTGAATTTTT
* * * * * * *
48399 TATAT-GTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGACT-ATTTTCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCC
251 T-TATCTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGA-TTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCC
** * *
48462 ATCCATTGATAAAAAAAGTTTATT
314 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * *
48486 TATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTC-GTTGAAAATTGTTTTATAATCTTATAAT
1 TATAGTCACCCA-GCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** *
48549 TGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ATTTTA
63 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGACTGT-TGCCTTGA
** * * * * * **
48612 GAAAATATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCAC-CAATATCTTCC
126 G-AAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCC
* * * * * *
48676 AAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCA-AAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTA
189 AAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATAATTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* ** * * * * *
48740 TATAGTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAAT-ATCTG-TTTCAGAAAACATAATGCAAATGCC
252 TAT-CTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGAT-TGCTTT-AGGAAACGTGATGCAAAAGCC
*
48803 ATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATT
314 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * ** *
48827 TCTAGGCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTCGAATGGTTTGATAATCTCATAATTG
1 TATAGTCACCC-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *** * * ** * * *
48892 AATTTT-TGCTGAGTTTTTTACATTTTCGGTTAAAATAAATTATGTTTTACTATTTGCCTCGAGA
65 -ATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGACT-GTTGCCTTGAGA
* * * * * * * * * * *
48956 AATGTAAAAAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCCTGCCTTTCAATG
128 AACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAG
* * ** * * * * *
49021 TCTTATTACTCGCTGGAAATGATTTTATGATCTCATAATTGATTTAAAGTTTAATTTTTTTA-CA
193 CCTTATTACTC-ATTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATC-
* * * * * **
49085 ATTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGATTTAGGAAACGTGATGCAAAATCCATCTGT
256 -TTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGATTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCAT
*
49150 TGGTAAG-AAAGT-TCATT
320 TGGCAAGAAAAGTCT-ATT
* * ** * * * *
49167 TGTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATGACCTCAAAATTG
1 TATAGTCAC-CCAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
49232 ATTTTTAGTTGAATTGTTTTATA-TTGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTTTACCTT-AG
65 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGACTG-TTGCCTTGA-
* * * * * * * * *
49295 GAAACATGAAGAAAAAG-CTGTTCATTAGTAAGAAAAGACTATTTATAGTCACCCATACCTTTCA
126 GAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCCA
* * * * * *
49359 AAGCCTTATTACTCGGTTTAAATAATTTTATAATATGATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTA
190 AAGCCTTATTACTC-ATTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * **
49424 -CATTATTAGTTAAAATATATTATAATTAAAT-ATTGACATTAGGAAACGACAT-ATATAAAAGC
254 TC-TT-TTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGATTG-CTTTAGGAAACG---TGATGCAAAAGC
* * *
49486 TATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
313 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * *
49511 TATAGTCACCTCAGCCGTTGAAA-CTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATG
1 TATAGTCACC-CAGCCTTTGAAAGC-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** * * * *
49575 GATTTTAAGTTAAATATTTTTA-AATTTTTGGTAAAACTTATTATAATTGAGTGTCTACATT-AG
64 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGACTGT-TGCCTTGAG
* * ** * * * ********** *
49638 AAAACATTAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCATGCCTTCTAA
127 -AAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAA
* * ** * *
49703 AGCCTTATTACTCTCTTTATATGGTTTTA-AATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT-
191 AGCCTTATTACTC-ATTTAAATAATTTTATAA-TCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * * *
49766 TCATTTTTATTAAAGCAGATAATATTTGAAT-ACCTACCTT-GAGAAATGTGA-ACAAAAAGCCA
254 TC-TTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGA-TTGCTTTAG-GAAACGTGATGC-AAAAGCCA
* *
49828 TTCATTGGTAAGAAAAGTCTATT
315 TCCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * ** ********** *
49851 TATAGTTACCCATACCTTCT-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATC
1 TATAGTCACCCA-GCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** ** * * *
49915 AATTTTAAGTT-AAGTTATTTTATATTTGTGGTGGAAACATATAATATTTGAAC-GTCTACCTTG
64 GATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTG-ACTGT-TGCCTTG
* * * * * *
49978 GGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-CTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATTCTTTC
125 AGAAACGTGAAGAAAAAGTCATC-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACTCATGCCTTC
* * *** * * * * * *
50041 CAAAGCCTTCTCACTCACTTTAAACGGTTTTATAAACCCATTACTGATTTTAAGTTTAATGTTTT
188 CAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * * ***
50106 TA-CATTTTTGGGTCAAATAGATTGTATTTGAATG-TCTGC-CTCGAGAAACATGAAAAAAAAGC
252 TATC-TTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGAT-TGCTTTAG-GAAACGTGATGCAAAAGC
*
50168 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
313 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * * * * *
50193 TAAAGTCACCCATGCCTTTCAAGGCCTTATTACTCACTTTTAATGATTTTATAACCTCATAATTA
1 TATAGTCACCCA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
** * * * *
50258 ATTTTAAGTTGAATTTGTTGT-TATTTTTGGTTTAAACATATTATAGTTGAATGTTTGCTTTTG-
65 ATTTTAAGTTGAATTT-TT-TATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGACTG-TTGC-CTTGA
* * * * * ** * ********
50321 GAAACTTCATGCAAAAG-CTATCTATTGTTAAGAAAAGT-TCATTTACAGTCACTCANNNNNNNN
126 GAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCC
** * * * * * *
50384 NNAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTTA-AAATTAATTTTAAGCTAAATTTTTT
189 AAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATAATTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
50448 TACCATTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACATGATGCAAAATCCAT
252 TATC-TTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGATTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCAT
* * *
50513 ACATTGGTAAGAAAAGTCCATT
316 CCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * ********** *
50535 TCTAGTCACCCGAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATATTCTCATAATTG
1 TATAGTCACCC-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *** * * * *
50600 ATTTTAA-TTAAATTTTTTACATTTTTGGGTAAAATAGATTATAATTGACTATTTGCCTCGAGAA
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGACT-GTTGCCTTGAGAA
* * * * * * * *
50664 ACGTAAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTTTATTTATAGTCAAC-CATACCTTCTAAAG
129 ACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACTCATGCCTTCCAAAG
* ** * * * * * *
50727 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTGAGTTGTATTTTTTTATTT
193 CCTTATTACTC-ATTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATCT
* * * * * * * * *
50792 TTTTAGTTAAAACATATAATATTTGAATG-TCTACTTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCAT
257 TTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGAT-TGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCAT
* * *
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320 TGGCAAGAAAAGTCTATT
********** *
50874 TATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCAAAATT
1 TATAGTCACCCA-GCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *** **
50938 GATTTTAAATTAAATGTTTTTACA-TTTTTAGTAAAA-ATTGAGTATAATTGAGTGTCTATGTCA
64 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTATTAAAACA-T-ATTATAATTGACTGT-TGCCTTG
* * * * * ** * * *
51001 AGAAACATGAAGAAAAA--CCTTCATCGGTAAGAAAAGTCCGTTTAGAGACAC-CAATGCCTCCC
125 AGAAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCC
* * * * * * * *
51063 AAATCCTTATTACTCACTTTAAGTGATTTTATAACCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTATT
189 AAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
51128 ATATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATG-TCTGCTTTAAGAAACTTGAT-CAAAAAGCCA
253 ATCTTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGAT-TGCTTTAGGAAACGTGATGC-AAAAGCCA
* *
51191 TCCATTGAG-AAGAAAAATCCATT
315 TCCATTG-GCAAGAAAAGTCTATT
* ** * * * * *
51214 TATATTCACCCATGCCTTCT-AAAGGTTTATTACTGACTTTAAATAGTTTTATAATTTTATTATT
1 TATAGTCACCCA-GCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * **
51278 GATTTTTAGTTGAAGTTTTTTATA-TTTTGATTAAAAGCCAT-TCAT--TGGCCAGGAAAAGCCA
64 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAA--CATATTATAATTGAC-TG--TTGCC-
* ** * * * * * *
51339 TT---CATTG-GCAAAAAAAAGCCA-CTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAATCAC-CAAAGC
122 TTGAGAAACGTG-AAGAAAAAGTCATC-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGC
** * * ** * * *
51398 CTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
184 CTTCCAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * * * ***
51463 TTTCTA-CATTTTTAGTCAAAACAGATAATATTTGAATG-TCTACCTTAGGAAACATAAAAAAAA
248 TTTTTATC-TTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGAT-TGCTTTAGGAAACGTGATGCAAA
* * ** * *
51526 AACGATTTATTGGCAAGAAAAGTTTGTT
310 AGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * * *
51554 TATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGT-ATCCTCATAATT
1 TATAGTCACCCA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATT
* * * * * * * * * *
51618 GATTTTAAATTGAATGTTTTTACA-TTTCTACTTAAAGCAAATAATATTTGAATGTCTGCTTTCA
64 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGACTGT-TGCCTTGA
* ** * * * *
51682 AAAATATGAAGAGAAAG-CTATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CA--------A
126 GAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCCA
* * ** * * * *
51737 AAGCCTCATTACTAACTTTAAAT-GGTTTATAATCTCAGAACTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTA
190 AAGCCTTATTACTCA-TTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
********* * * *
51801 -CATTTTNNNNNNNNNNATATTATAATTGAATG-TCTGTTTTAGGAAATC-TAATGCAAAAGTCA
254 TC-TTTT-TGTTAAAACATATTATAATTGAATGAT-TGCTTTAGGAAA-CGTGATGCAAAAGCCA
** *
51863 TCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
315 TCCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * * *
51886 TATAATCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATAGTATTATAATCTCATAATTA
1 TATAGTCACCC-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* *** * * * * * * *
51951 ATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGCTAAAATAGATAATATTTGAATGTTTACCTTGGGA
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGACTG-TTGCCTTGAGA
* * ** * * **
52016 AACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCAC-CTAAGCTTTTAAAA
128 AACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCCAAA
* ********** * * *
52080 GTCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTA-C
192 GCCTTATTACTCA-TTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATC
* * * * * * * * ** * * *
52144 ATATTTAGTTAAAAAAGATAATATTTGAAT-ATCTACTTGAAGAAACAAGA-GAAAAAGTCATTC
256 -T-TTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGAT-TGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCC
*
52207 ATTGGAAAGAAAAGTCTATT
318 ATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* ********** *
52227 TATAGTCACCCATGCCTTTTAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAACCTCATAATTG
1 TATAGTCACCCA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* ** * * * * * *
52292 ATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTGAAAATATATTATAATTGAATATCT-ACTTTAG
65 ATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGACTGT-TGCCTTGAG
* * * * ** * * **********
52355 AAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTAACAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTCANNNNNNNNNN
127 -AAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAA
* * ** * *
52420 AGCTTTATTACTTGC-TTTAAATGATCCTATAATCTCATAGATGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTA
191 AGCCTTATTAC-T-CATTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * *** *
52484 TATTTTTGATTAAAACAGATTATATTTCG-ATG-TCTACCTT-GAGAGACATGAAAAAAAAGGCA
254 TCTTTTTG-TTAAAACATATTATAATT-GAATGAT-TGCTTTAG-GAAACGTGATGCAAAAGCCA
* * *
52546 TTCGTTGGAAAGAAATA-TCTATT
315 TCCATTGGCAAGAAA-AGTCTATT
* * * * *
52569 TATAGTCATCTATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTTAATCTCAAAATT
1 TATAGTCACCCA-GCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * ** *
52633 GATTTTAAGTTGAATTTTTTCACA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ATTTTA
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGACTGT-TGCCTTGA
* * * * * *
52696 GGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGC-CAAAT-CCTTT
126 -GAAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC--ATGCCTTC
* * * ** * * * * *
52759 AAAAGCCTTGTTACTCGCTTT-AATGGTTTTGTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTC
188 CAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * *
52823 TACCTTTTTAGTTAAAATATATTGTAACTGAATGTTTGCTTCAAGAAACATGATGCAAAGGCCAT
252 TATCTTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGATTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCAT
* *
52888 CCTTTGGCAAGAAAAGTCTGTT
316 CCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * ** * * * *******
52910 TACAGTCACCTATGCCTTCCAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNNN
1 TATAGTCACCCA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
*** * ** * * * * * *
52975 NNNTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTTAATGTCTACTTCTGA-
65 ATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGACTGT-TGCCT-TGAG
* * * * * * **
53039 AAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTTGAA
127 AAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCCAA
* * * * * *
53103 AGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTCATTTGAATTTTTTTAT
191 AGCCTTATTACTCA-TTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * * * * ** * *
53168 ATTTTTGGTTAAGATATATTGTAATTTAATGTTTGCTTCAGGAAATATGATGTAAAAGCCACCCA
255 CTTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGATTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCA
*
53233 TTGGGAAGAAAAGTCTATT
319 TTGGCAAGAAAAGTCTATT
* ** * ** * ** * * *
53252 CATAGTCATGCATACCTTCCAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTGTAATCTCATTATTG
1 TATAGTCACCCA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * * * *
53317 ATTTTAAGTTAAATTTCTTACATTTTTGACTAAAATATATTACAATTGAATTTTTACCTTGGGAA
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTG-ACTGTTGCCTTGAGAA
* * * * * * * * *
53382 ACATGAAGAAAAAGTCGTTCATTAGTAGGAAAAGTCCATTCATAGTCA-TCCATGCCTTCAAAAG
129 ACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CATGCCTTCCAAAG
********* ** * * * * *
53446 CNNNNNNNNNNGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAAGTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA
193 C--CTTATTACTCATTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATC
* * * * * ** *
53510 TTTTTGGATAAAATATAGTGTAATTGAATG-TCTACTTTAGGAAACGTGATGTGAAAGCCATCTA
256 TTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGAT-TGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCA
** * * *
53574 TTGATAAAAAAAAATCCATT
319 TTG-GCAAGAAAAGTCTATT
* * * * * ** *
53594 TATTGTCACTCTAGCCTTTGAAAGCCTTAGTATTCAGTCCAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTG
1 TATAGTCAC-CCAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * *
53659 ATTTTAAGTT-ATATTCTTTTATA-TTTTTAGATAAAATATATTATAATTAAATATCTGTCTTAA
65 ATTTTAAGTTGA-ATT-TTTTATATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGACTGT-TGCCTTGA
* * *
53722 GAAACATTAAGAAAAAGTCA-CTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCT
126 GAAACGTGAAGAAAAAGTCATC-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTC-
** ** * * *
53785 C-AAGCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGATGAATTTTTC
188 CAAAGCCTTATTAC-TCATTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTT-
* * * * * * * * * ** *
53849 TTA-CATCTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGA-AAAAAACCC
251 TTATC-T-TTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGATTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCC
* * *
53912 A-CTCATTTGCAAAAAAAGTCTATA
314 ATC-CATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * * ** **********
53936 TATACTCACTCATGCCGTTGAAAGCCATATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTG
1 TATAGTCACCCA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
54001 ATTTTAAGTTGGATTTTTT-TATATTTTTATTAAAACAAATTGTAATTGAATGTTTG-CTTTAGG
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTATAT-TTTTTATTAAAACATATTATAATTGACTG-TTGCCTTGA-G
* ********** * *
54064 AAACGTGAAGAAAAAGCCANNNNNNNNNNAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGACTTCCAA
127 AAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCCAA
* * ********** * * *
54128 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTA-
191 AGCCTTATTACTC-ATTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * * * * * * **
54192 CATTTTTATT-AAATAGATTGTAATTGAATGTTTACTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTA
255 C-TTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGATTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCA
* * *
54256 CTT-GTAAGAAAGGTCTATA
319 -TTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * ** * * *
54275 CATAGTCACCCATACCTTCT-AAAGCCTTATTACTGGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTTATAATA
1 TATAGTCACCCA-GCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
54339 GATTTTAAGCTGAATTTTTT-TACTTTTTTGGTTAAAATATATTATCATTGAATGTTTG-CTTCA
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTT-ATTAAAACATATTATAATTGACTG-TTGCCTTGA
* * * * * * * * *
54402 -AAGTACATGATGCAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG-CTACCCAAGCCATT
126 GAA--ACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACTCATGCC-TT
* * * ** * *
54465 -GAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATTAATGATTTTAAGTT-ATATTTT
187 CCAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGA-ATTTT
54528 TT
250 TT
54530 ATTAAAACAG
Statistics
Matches: 5852, Mismatches: 1564, Indels: 646
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
328 1 0.00
329 29 0.00
330 109 0.02
331 65 0.01
332 281 0.05
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334 1 0.00
335 1 0.00
336 1 0.00
337 3 0.00
338 84 0.01
339 425 0.07
340 1230 0.21
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343 438 0.07
344 121 0.02
345 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
TATAGTCACCCAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGACTGTTGCCTTGAGAAAC
GTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCT
TATTACTCATTTAAATAATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATCTTTTT
GTTAAAACATATTATAATTGAATGATTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAA
GAAAAGTCTATT
Found at i:48825 original size:511 final size:506
Alignment explanation
Indices: 46452--54505 Score: 3307
Period size: 512 Copynumber: 15.8 Consensus size: 506
46442 GGGTATTACA
* * * * * *
46452 TATAGTTACCCACGCCTTCGAAATCCTTATTACATACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATATTTG
1 TATAGTCACCCATGCCTT-TAAAGCCTTATTAC-TCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
46516 ATTTTAAGTT-GATTTTTTT-TACA-TTTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTA--TCTA
64 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-ATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTC-A
* * * * ** * * *
46576 GGGAAACATGAAGAAAAAGTAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC-ATGCCTTC
126 -GAAAATATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCAATGCCTTC
* * * * * * ** * **
46640 TAAAGTCGTATTACTTGCTTCAGATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTAAAGTTGAGTGTTTT
189 CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-A-AATTTT
* * * * * * * *** ** * **
46705 TACAT-TTTTGATGAAAA-ACATAATATTTTAATATCTACCTAGGGAAATGTGAA-GTAAAGAAA
252 TATATGTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAAT-TCTGTTTA-GGAAACAT-AATGCAAA-ATC
* * * ** ** * * * *
46767 C-T-CATTCA-CAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAGTCATTCTTTTCAAAGCTTTATTACTCGCTG
313 CATCCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * *
46829 TAAATGGTTTTATAAACTCGTTACTAA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAATA
377 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGA-TTGAA-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACA
* * * * ** * * * *
46893 GATTGTATTTGAATGTTTGCCTCGGGAAACATCAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT
439 GATTATAATTGACTATTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCT
46958 ATT
504 ATT
* * * * *
46961 TATAGTCACTCATGCCTTTCAAGGCCTTATTACTCACTTTTAATGGTTTTATAACCTCATAATTG
1 TATAGTCACCCATGCCTTT-AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *** * * * *
47026 ATTTTAAGTTGAATCTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAATTTATTATAGTTAAACGTTTACTTCATG
64 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCA-G
* * ** *
47090 AAACT-TGATGCAAAAGCCATCTATTGTTAAGAAAAGT-TCATTTATAGCCACCCAA-GCCTAT-
127 AAAATATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCA-CCAATGCCT-TC
* * * * *
47151 GAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGCT-AATTGTTT
189 CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTT
* * * * * * * * * *
47215 TTACTTTTTTGATTAAAATATATTACAATTGAATGTTTGCTTGAGAAAACATGATACAAAATCTA
253 ATA-TGTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAAT-TCTG-TTTAGGAAACATAATGCAAAATCCA
* * * * * * * * *
47280 TCTATTGGTAAGAAAAATCCATTTCTAGTTACCCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAA
315 TCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
47345 ATGGTTTTATAATCTCATCATTGA-TTTTAATTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
380 ATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGATTGAATTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTA
* * * * * * * *
47409 TAATTGACTATTTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATT
444 TAATTGACTATTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATT
* *
47471 TATAG-CTACACATGCCTTACAAAGCCTTATTACTCAC--T--ATA-----ATAATCTCATAATT
1 TATAGTC-ACCCATGCCTT-TAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
47526 AATTTTAAGTTAAATATTTTGATAATTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAGG
63 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCA-G
* * * ***
47591 AAACT-TGATGCAAAAGCCATTCATTAAGA-AAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTTGTGCCTTCC
127 AAAATATGATGCAAAAGCCATCCATT--GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATGCCTTCC
** *
47653 AAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCCAAATTTTTTT
190 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTAT
* ** * * * *
47717 ATCTTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGCTTGCTTTAGGAAACGTGATGCAAAATCCATC
255 AT-GTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATTC-TG-TTTAGGAAACATAATGCAAAATCCATC
* * *
47782 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCGAG-TCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAA
317 CATTAGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCAAGCT-TTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * *
47846 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTT-AGTTGAATTGTTTACATTTTTTATTAAAACATATTA
381 TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGA-TTGAATTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTA
* * * ** * *
47910 TAATTTACTAGTTGCCTT-GAGAGACGTGAAGAAAAAGTAATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATT
444 TAATTGACTATTTGCCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATT
* ** * * * * *
47973 TACAGTCACTTATGCCTTGCAAAGCCTTATTACTCATTGTAACTAATTTTATAATCTCATAAATG
1 TATAGTCACCCATGCCTT-TAAAGCCTTATTACTCCTT-TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
48038 ATTTTAAGTTGAATTCTTTTTATAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACTTCAGG
64 ATTTTAAGTTAAATT-TTTTTATAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAGA
* * * *
48103 AAATATGATACAAAAGCCATCTATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAA
128 AAATATGATGCAAAAGCCATCCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATGCCTTCCAA
* * * * *
48167 AGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTGTAATCTCAAAATTTATTTGAAGTTGAATTTTTATAC
192 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATA-
* * **
48232 TGTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATGCGTGCTTTAGGAAACGCAATGCAAAATCCATCCA
256 TGTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATTC-TG-TTTAGGAAACATAATGCAAAATCCATCCA
* * *
48297 TT-GACAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACTCGAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATG
319 TTAG-CAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
*
48361 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGATTGAATTTTTTATATGTTTTGTTAAAACAGATTATAA
383 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGATTGAATTTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAGATTATAA
* * * *
48426 TTGACTATTTTCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAAAAAAAGTTTATT
447 TTGACTATTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATT
* * * *
48486 TATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGTTGAAAATTGTTTTATAATCTTATAATTG
1 TATAGTCACCCATGCCTT-TAAAGCCTTATTACTCCTT-TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
48551 ATTTTAAGTT-AATTTTTTTATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATTTTAGAA
64 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAGAA
* **
48615 AATATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCAATATCTTCCAAAG
129 AATATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATGCCTTCCAAAG
* * * * *
48680 CCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTATATAG
194 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATAT-G
*
48745 TTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATATCTGTTTCAGAAAACATAATGC-AAATGCCATCCAT
258 TTTTAATTAAAATATATTATAATTGAAT-TCTGTTT-AGGAAACATAATGCAAAAT-CCATCCAT
* **
48809 TAGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGGCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTCGAATGGT
320 TAGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * * * **
48874 TTGATAATCTCATAATTGAATTTTTG-CTGAGTTTTTTACATTTTCGGTTAAAATAAATTATGTT
385 TTTATAATCTCATAATT-AATTTTTGATTGAATTTTTTACATTTT-TGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * *
48938 TTACTATTTGCC-TCGAGAAATGTAAAAAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
448 TGACTATTTGCCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATT
* * * ** *
48997 TATATTCACTCC-TGCCTTTCAATGTCTTATTACTCGCTGGAAAT-GATTTTATGATCTCATAAT
1 TATAGTCAC-CCATGCCTTT-AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
49060 TGATTTAAAGTTTAATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGA-TTTA
62 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTCA
* ** * ** ** * *
49124 GGAAACGTGATGCAAAATCCATCTGTTGGTAAG-AAAGT-TCATTTGTAGTCACTCAA-GCCTTT
126 GAAAATATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCAC-CAATGCCTTC
* * * * * * *
49186 GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATGACCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTT
189 CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAAT-TTT
* * * * * * ** * * *
49251 TATAT-TGTTAGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTTTACCTTAGGAAACATGAA-GAAAAAGCT
252 TATATGTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAAT-TCT-GTTTAGGAAACAT-AATGCAAAATCC
* * * * * * * **
49314 GTTCATTAGTAAGAAAAGACTATTTATAGTCACCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATTACTCGGTTT
314 ATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCA-AGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTT
** * * * * * * * *
49378 AAATAATTTTATAATATGATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTATTAGTTAAAATATA
378 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGATTGAATT-TTTTACATT-TTTGTTAAAACAGA
* * * ** * *
49443 TTATAATTAAATA-TTGACATTAGGAAACGACATATATAAAAGCTATCCATTGGTAAGAAAAGTC
441 TTATAATTGACTATTTG-CCTTAGGAAACGTGA-AGA-AAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTC
*
49507 CATT
503 TATT
*
49511 TATAGTCACCTCA-GCCGTTGAAA-CTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
1 TATAGTCACC-CATGCC-TTTAAAGC-CTTATTACTC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** *
49574 GGATTTTAAGTTAAATATTTTTA-AATTTTTGGTAAAACTTATTATAATTGAGTGTCTACATT-A
62 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTCA
* * * * * * * *********
49637 GAAAACATTAAGAAAAACCCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNC-ATGCCTTC
126 GAAAATATGATGCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCTATT-TATAGTCACCAATGCCTTC
* * * * * *
49700 TAAAGCCTTATTACTCTCTTTATATGGTTTTA-AATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
189 CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTT
* ** * * * * ** **
49764 TTTCAT-TTTT-ATTAAAGCAGATAATATTTGAATACCTACCTT-GAGAAATGTGAA--CAAAAA
252 TAT-ATGTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAAT-TCT-GTTTAG-GAAACAT-AATGC-AAAA
* * * * * * * * **
49824 GCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATACCTTCT-AAAGCCTTATTACTTGC
311 TCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCA-AGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCAC
********** * * * * **
49888 TTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATCAA-TTTTAAGTT-AAGTTATTTTATATTTGTGGTGGAA
375 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGA-TTGAA-TT-TTTTACATTT-TTGTTAAA
* * * * * * * **
49951 ACATATAATATTTGAAC-GTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-CTCATTGACAAGAAA
436 ACAGATTATAATTG-ACTATTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATC-CATTGGTAAGAAA
*
50014 AGTCCATT
499 AGTCTATT
* * * * ** * * * *
50022 TATAGTCAACCAT-TCTTTCCAAAGCCTTCTCACTCACTTTAAACGGTTTTATAAACCCATTACT
1 TATAGTCACCCATGCCTTT--AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * * *
50086 GATTTTAAGTTTAATGTTTTTA-CATTTTTGGGTCAAATAGATTGTATTTGAATGTCTGCCTC-G
63 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAG
* *** * * * * *
50149 AGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCACCCATGCCTTTCA
127 A-AAATATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATGCCTTCCA
* * * * * * * * *
50214 AGGCCTTATTACTCACTTTTAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTGT
191 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TT-A
** * * * * * * * * *
50279 TAT-TTTTGGTTTAAACATATTATAGTTGAATGTTTGCTTTTGGAAACTTCATGCAAAAGCTATC
254 TATGTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAAT-TCTG-TTTAGGAAACATAATGCAAAATCCATC
* * * ********** *
50343 TATT-GTTAAGAAAAGT-TCATTTAC-AGTCACTCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCGCTTTA
317 CATTAG-CAAGAAAAGTCT-ATTT-CTAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
** * * * * * * * * *
50405 AATAATTTTATAACCTTAAAATTAA-TTTTAAGCTAAATTTTTTTACCATTTTAGTTAAAATATA
379 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGA-TTGAA-TTTTTTA-CATTTTTGTTAAAACAGA
* * * * * * * * *
50469 TTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACATGATGCAAAATCCATACATTGGTAAGAAAAGTCCAT
441 TTATAATTGACTATTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTAT
50534 T
506 T
* ********** *
50535 TCTAGTCACCCGA-GCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATATTCTCATAATT
1 TATAGTCACCC-ATGCCTTT-AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * *
50599 GATTTTAA-TTAAA-TTTTTTA-CATTTTTGGGTAAAATAGATTATAATTGACTATTTGCCTCGA
63 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTC-A
* * * * * *
50661 GAAACGTA--AAG-AAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTTTATTTATAGTCAACC-ATACCTTC
126 GAAA-ATATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCAATGCCTTC
* * * * * ** *
50722 TAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTGAGTTGTATTTTTT
189 CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTA
* * * * * * * ** *
50787 TATTTTTTTAGTTAAAACATATAATATTTGAATGTCTACTTTAAGAAATGTGAA-GAAAAAGT-C
254 TA-TGTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAAT-TCT-GTTTAGGAAACAT-AATGCAAAA-TCC
* * * * * * ****
50850 ATTCATT-GACAAGAAAAGCCTATATATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCNNNN
314 ATCCATTAG-CAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCAAG-CTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTT
****** * * ** * * **
50913 NNNNNNGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTAAATGTTTTTACATTTTTAGTAAAAATTG
377 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGATTGAAT-TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAG
* * * * * * * *
50978 AGTATAATTGAGTGTCTATG--TCAAGAAACATGAAGAAAAA-CC-TTCATCGGTAAGAAAAGTC
440 ATTATAATTGACTAT-T-TGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTC
**
51039 CGTT
503 TATT
* * * ** * * * *
51043 TAGAGACACCAATGCCTCCCAAATCCTTATTACTCACTTTAAGT-GATTTTATAACCCCATAATT
1 TATAGTCACCCATGCCT-TTAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
51107 GATTTTAAGTTAAATTTTATTAT-ATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCTTTAA
63 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTCA
* * * * * * *
51171 GAAACT-TGAT-CAAAAAGCCATCCATTGAGAAGAAAAATCCATTTATATTCACCCATGCCTTCT
126 GAAAATATGATGC-AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATGCCTTCC
** * * * ** * *
51234 AAAGGTTTATTACT-GACTTTAAATAGTTTTATAATTTTATTATTGATTTTTAGTTGAAGTTTTT
190 AAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTT
* * * * ** * * *
51298 -TATATTTTGATTAAAAGCCATTCATTGGCCAGGAAAAGCCATTC--ATT-GG---CA-AA--AA
253 ATATGTTTTAATTAAAA--TA-T-ATT----A-TAATTG-AATTCTGTTTAGGAAACATAATGCA
* * * * * * * * *
51353 AAAGCCA-CTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAATCACCAAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACT
308 AAATCCATC-CATTAGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
51417 CACTTTCAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTCTACATTTTTAGTCA
372 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGA-TTGAATTTTT-TACATTTTT-GTTA
* * * * * * * * * * * ** *
51481 AAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAAAAAAAACGATTTATTGGCAAGAAA
434 AAACAGATTATAATTGACTATTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAA
* *
51546 AGTTTGTT
499 AGTCTATT
* * *
51554 TATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGT-ATCCTCATAATT
1 TATAGTCACCCATGCCTTT-AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCATAATT
* * * * ** * * * * *
51618 GATTTTAAATTGAATGTTTTTA-CATTTCTACTTAAAGCAAATAATATTTGAATGTCTGCTTTCA
63 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTT-TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTCA
* * * ** *
51682 -AAAATATGAAG-AGAAAGCTATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACC-A--------
126 GAAAATATGATGCA-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATGCCTTCC
* ** * * * *
51736 AAAGCCTCATTACTAACTTTAAATGG-TTTATAATCTCAGAACTGATTTAAAGTTAAATTTTTTT
190 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTAT
** *********
51800 ACATTTTNNNNNNNNNNATATTATAATTGAATGTCTGTTTTAGGAAATC-TAATGCAAAAGT-CA
255 ATGTTTT-AATTAAAATATATTATAATTGAAT-TCTG-TTTAGGAAA-CATAATGCAAAA-TCCA
* * * * * *
51863 TCCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACCTTA
315 TCCATTAG-CAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * *
51927 AATAGTATTATAATCTCATAATTAA-TTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGCTAAAATAGA
379 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGA-TTGAATTTTTT-ACATTTTT-GTTAAAACAGA
* * * * * * * * * * **
51991 TAATATTTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGT
441 TTATAATTGACTATTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTAT
52056 T
506 T
* * * * ********** *
52057 TATAGTCACCTAAGCTTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAACCTCATAATTG
1 TATAGTCACCCATGCCTTT-AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * *
52122 ATTTTAAGTTCAATTTTTTTA-CATATTTAGTTAAAAAAGATAATATTTGAATATCTACTTGAAG
64 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAAT-TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTT-CAG
* * * * **
52186 AAACA-A-GA-GAAAAAGTCATTCATTGGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTT
127 AAA-ATATGATGCAAAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATGCCTTCC
* ********** * * *
52247 AAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTT
190 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAA--ATTTTT
* ** * * * * *
52312 ACAT-TTTTGGTGAAAATATATTATAATTGAATATCTACTTTAGAAAACATGATGCAAAAGCCAT
253 ATATGTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAAT-TCT-GTTTAGGAAACATAATGCAAAATCCAT
* * * * * ********** * **
52376 CCATTAACAATAAAAGTCCATTTATAGTCACTCANNNNNNNNNNAGCTTTATTACTTGCTTTAAA
316 CCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* ** * * * *
52441 TGATCCTATAATCTCATAGA-TGA-TTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGAT
381 TGGTTTTATAATCTCATA-ATTAATTTTTGA-TTGA-ATTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGAT
* * * * * * * * * * *
52504 TATATTTCGA-TGTCTACCTT-GAGAGACATGAAAAAAAAGGCATTCGTTGGAAAGAAATA-TCT
442 TATAATT-GACTATTTGCCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAA-AGTCT
52566 ATT
504 ATT
* * * *
52569 TATAGTCATCTATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTTAATCTCAAAATTG
1 TATAGTCACCCATGCCTT-TAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * *
52634 ATTTTAAGTTGAATTTTTTCA-CATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATTTTAGG
64 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAGA
** * **
52698 AAACGTGATGCAAAAGCCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCCAAAT-CCTTTAA
128 AAATATGATGCAAAAGCCATCCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC-AATGCCTTCCA
* * * * *
52761 AAGCCTTGTTACTCGCTTT-AATGGTTTTGTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTA
191 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATA
* * * * * * * **
52825 CCT-TTTTAGTTAAAATATATTGTAACTGAATGTTTGCTTCAAGAAACATGATGCAAAGGCCATC
256 --TGTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAAT-TCTG-TTTAGGAAACATAATGCAAAATCCATC
* * * * * * ** * * *
52889 CTTTGGCAAGAAAAGTCTGTTTAC-AGTCACCTATGCCTTCCAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAA
317 CATTAGCAAGAAAAGTCTATTT-CTAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
********** * * * *
52953 TGGTTTTATAATCTC-NNNNNNNNNNTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAAT
381 TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGA-TTGA-ATTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATT
* * * * * * * * * * * * *
53017 ATAATTTAATGTCT-ACTTCTGAAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAACTCCATT
443 ATAATTGACTATTTGCCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATT
* * *
53081 TATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTG
1 TATAGTCACCCATGCCTTT-AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * * * *
53146 ATTTTCATTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAGATATATTGTAATTTAATGTTTGCTTCAGG
64 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAGA
* * ** * * *
53210 AAATATGATGTAAAAGCCACCCATTGGGAAGAAAAGTCTATTCATAGTCATGC-ATACCTTCCAA
128 AAATATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCAATGCCTTCCAA
* * * * ** *
53274 AGCTTTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTGTAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTCTTACA
192 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTATA
* * * * * * *
53339 T-TTTTGACTAAAATATATTACAATTGAATT-TTTACCTTGGGAAACATGAA-GAAAAAGT-CGT
256 TGTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATTCTGT---TTAGGAAACAT-AATGCAAAA-TCCAT
* * * * * * * ** ***********
53400 TCATTAGTAGGAAAAGTCCA-TTCATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAA
316 CCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTC-TAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * * * *
53464 ATGGTTTTATAATCTCCTAAGTAA-TTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGATAAAATATAG
380 ATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGA-TTGAATT-TTTTACATTTTT-GTTAAAACAGAT
* * * * * * * ** * * * * *
53528 TGTAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACGTGATGTGAAAGCCATCTATTGATAAAAAAAAATCCAT
442 TATAATTGACTATTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGT-AAGAAAAGTCTAT
53593 T
506 T
* * * * * ** * *
53594 TATTGTCACTC-TAGCCTTTGAAAGCCTTAGTATTCAGTCCAAATGGTTTTATAATCTCGTAATT
1 TATAGTCACCCAT-GCCTTT-AAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * *
53658 GATTTTAAGTTATATTCTTTTAT-ATTTTTAGATAAAATATATTATAATTAAATATCTGTCTTAA
63 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTCA
* * * * * *
53722 GAAACAT-T-AAGAAAAAGTCA-CTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC
126 GAAA-ATATGATGCAAAAGCCATC-CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATGCCTTC
* * ** * *
53784 TC-AAGCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGATGAATTTTT
189 -CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
* ** ** * * * * * * * *
53848 CTTACATCTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAA--AAAAACC
253 -ATATGT-TTTAATTAAAATATATTATAATTGAAT-TCTG-TTTAGGAAACAT-AATGCAAAATC
* * * * * * * ** * **
53911 CA-CTCATTTGCAAAAAAAGTCTATATATACTCACTCATGCCGTTGAAAGCCATATTACTTGCTT
313 CATC-CATTAGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTT
********** * * * * * *
53975 TAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGA-TTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAA
377 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGA-TT-GAATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAG
* * * * ********** *
54039 ATTGTAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCANNNNNNNNNNAGAAAAGTCCA
440 ATTATAATTGACTATTTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTA
54104 TT
505 TT
* * * **********
54106 TATAGTCACCTATGACTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTNNNNNNNNNNAATTG
1 TATAGTCACCCATGCCTT-TAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * *
54171 ATTTTAAATTAAATTTTTTTA-CATTTTTATT-AAATAGATTGTAATTGAATGTTTACTTTAGGA
64 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAGAA
* * * ** * * ** * * *
54234 AACATGAAGAAAAAGCCATTTACTTG-TAAGAAAGGTCTATACATAGTCACCCATACCTTCTAAA
129 AATATGATGCAAAAGCCATCCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATGCCTTCCAAA
* * * * * * * *
54298 GCCTTATTACTGGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTTATAATAGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACT
193 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATA-T
* ** * * * * * *
54363 TTTTTGGTTAAAATATATTATCATTGAATGTTTGCTTCA--AAGTACATGATGCAAAAGCCATTC
257 GTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAAT-TCTG-TTTAGGAA--ACATAATGCAAAATCCATCC
* * * * ** * *
54426 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG-CTACCCAAGCCATTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAAT
318 ATTAGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTC-ACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
*
54490 GGTCTTATAATCTCAT
382 GGTTTTATAATCTCAT
54506 TAATGATTTT
Statistics
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TTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAGAAAA
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TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTATATGTTT
TAATTAAAATATATTATAATTGAATTCTGTTTAGGAAACATAATGCAAAATCCATCCATTAGCAA
GAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTAATTTTTGATTGAATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGACTATT
TGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATT
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* *
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*
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1 A
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
22 20 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.04, T:0.56
Consensus pattern (22 bp):
ATTTTAAGTTAAAATATATTAT
Found at i:51336 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 51310--51381 Score: 92
Period size: 21 Copynumber: 3.4 Consensus size: 21
51300 TATTTTGATT
*
51310 AAAAGCCATTCATTGGCCAGG
1 AAAAGCCATTCATTGGCCAAG
* *
51331 AAAAGCCATTCATTGGCAAAA
1 AAAAGCCATTCATTGGCCAAG
*
51352 AAAAGCCACTCATTGG-CAAG
1 AAAAGCCATTCATTGGCCAAG
51372 AAAAGTCCAT
1 AAAAG-CCAT
51382 CTATAATCAC
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 7, Indels: 2
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.16
21 36 0.84
ACGTcount: A:0.42, C:0.22, G:0.18, T:0.18
Consensus pattern (21 bp):
AAAAGCCATTCATTGGCCAAG
Found at i:56139 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 54947--57037 Score: 748
Period size: 170 Copynumber: 12.1 Consensus size: 170
54937 AAAGTCCATC
* * * * *
54947 TTATAATCTCATAGA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTGATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATT
1 TTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAAT
* * * * * ** * * *
55011 TGAATGTCTG-TCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTTATAGAG-AACAAAAGTCAATTTATA
64 TGAATGTTTGCT-TTAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATA
** * * *
55074 GTCACTTATGA-CTTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-C
127 GTCACCCA-AACCTT-TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * *
55117 TTATATTCTCAAAATTAATTTTCAGTTAAATTTTTTTATATCTTTAGTTAAAATATATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATT
* * * * * *
55182 GAATATCTGCTTTAAGAAACGTGATGCAAAAGCCAACCATTAGG-AAGAAAAGTCAATTTATAGT
65 GAATGTTTGCTTTAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ********** * *
55246 CACCCAAGCCTTTGANNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATAGTT
129 CACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * *
55288 TTATAACCTCTTAATTGATTTTAAGTTGATTTTTCTACATTTTTAGTTAAAATATCTTATAACTG
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTG
* * ** * *
55353 AATGCTTGCTTGAGGAAACGA-GATGCAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
66 AATGTTTGCTTTAGGAAAC-ATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** ** *
55417 A-TCTATGCTGTCCAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTT
130 ACCCAAACCT-TTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * ** * * * * *
55458 TAATAATTTCATTCTTGATTTTTAA-TTGAATTTTTTTACATGTTTGGTTAAAAAAAATTATATT
1 TTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAAT
* * * * * * ** * *
55522 TGAATGTCTAGC-TCAGAAAACATAAAAAG-AAAAGGCATTTATTGGCAAAAAAAAGTCCATATA
64 TGAATGT-TTGCTTTAGGAAACAT--GATGCAAAAGCCATCCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTA
* *** * * *
55585 TAGTCACTCGTGCCTTTGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGATNN
125 TAGTCACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT-T
******** * * * *
55632 NNNNNNNNT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTT-TATTGTTCGTTTAAATATATTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAAT
* * * * *
55695 TGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGATGCCAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTAGAGT
64 TGAATGTTTGCTTTAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * **
55760 CACCCAAACTTTTGAAAGCGTTAATACTCACCATAAATGGTT
129 CACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * * * * *
55802 TTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATAATATTT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATT
* * * * * *** * *** *
55867 GAATGTCTGCATTGGGAAACATGAAGAAAAAATTATTCATCATCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
65 GAATGTTTGCTTTAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ********** *
55932 ACCCATACCTTCT-AAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATAGTT
130 ACCCAAACCTT-TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * *
55973 TTATAATCTCAAAATTGATTTGAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAGTT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATT
* ** *
56038 GAATATTTGCTTTAGGAAATGTGATGCAAAACCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
65 GAATGTTTGCTTTAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** *
56103 ATTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
130 ACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* ********** * * * * * ** *
56144 TGANNNNNNNNNNATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTAAAAACAGATTGCAATG
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATT
* * * * * * ** *
56208 GAGTGTTTGCCTTA-GAGAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTCATAGT
65 GAATGTTTGCTTTAGGA-AACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** ** *** * * *
56272 CACTCATGCCTTCCAAAATGTTATTGCTCGCTTTAAATAGTT
129 CACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * ** * * *
56314 TTATAATCTTATTATTGATTTTAAGTAAAATGTTTTTGTATTTTTATTTAAAATAGATTAAAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATT
* * * * * *** * * * * * *
56379 CAATATCTACCTTAGGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTAGTAGGAAAAGTCTATTTATAGTT
65 GAATGTTTGCTTTAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ********** *
56444 ACCCATACCTTCGAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGATT
130 ACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* ** * **
56485 TTATAATCTCATAATTGATTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGCTGAATATTT--TTATATTT
1 TTATAATCTCATAATTGA-TTT-TAA-GT--TAATT--TTTTTA-C---ATTTTTAGTTA-AAAT
* * ** * ***** ** * ** *
56548 TTATTTCAACTATATTATAATTGAATG-TCT-GCTTTTGAAAATGTGATCCAAAAGCCACCCATT
54 ATA-TT--A-TA-ATT-GAA-TGTTTGCTTTAG-GAAACATGATG-CA-AA---AGCCATCCATT
* * * * * *
56611 GGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTC
106 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
** * * * *
56676 TTATAATCTTGTAATTGATTTTGAGTTGAA-TTTTTTAC-TTTTTTGCTTAAAATAGATTATATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAAT
* * * * * * * ** *
56739 TGAATGTCTACCTTGGGAAATATGA-ACAAAAAGCTAGT-CATTGGCAAGAAAAGTTGATTTACA
64 TGAATGTTTGCTTTAGGAAACATGATGC-AAAAGCCA-TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* ** **********
56802 GTCACTCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCACTNNNNNNNNNN
127 GTCACCCAAACCTT-TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * *
56846 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAATTTTGTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAACT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATT
* * * * *
56911 GAATGTTT-ATTTCAGG-AACATGATACAAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAACTCCATTTATAGT
65 GAATGTTTGCTTT-AGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
56974 CACCC-AAGCTATTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
129 CACCCAAACCT-TTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
57016 TTATAATCTCATAATTGATTTT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTT
57038 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1359, Mismatches: 489, Indels: 146
0.68 0.25 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 14 0.01
170 524 0.39
171 519 0.38
172 51 0.04
173 97 0.07
174 15 0.01
175 9 0.01
176 3 0.00
177 5 0.00
178 1 0.00
179 7 0.01
180 5 0.00
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189 2 0.00
190 3 0.00
191 67 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTG
AATGTTTGCTTTAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
Found at i:56505 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 56480--56525 Score: 92
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 20
56470 NNNNNNTAAA
56480 TGATTTTATAATCTCATAAT
1 TGATTTTATAATCTCATAAT
56500 TGATTTTATAATCTCATAAT
1 TGATTTTATAATCTCATAAT
56520 TGATTT
1 TGATTT
56526 AAAGCTGAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 26 1.00
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Consensus pattern (20 bp):
TGATTTTATAATCTCATAAT
Found at i:60168 original size:131 final size:131
Alignment explanation
Indices: 60003--60259 Score: 406
Period size: 131 Copynumber: 2.0 Consensus size: 131
59993 AAAACGTAAA
* *
60003 GAAAAAACTATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCGAAGCCTTATAA
1 GAAAAAACCATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTTCGAAGCCTTATAA
* * *
60068 CTAGCCTTAAATGATTTTACAACCTTATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCAA
66 CTAGCCTTAAATAATTTTACAACCTTATTATTAATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTTCAA
60133 G
131 G
* * *
60134 GAAAAACCCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTTCGAATCCTTATAA
1 GAAAAAACCATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTTCGAAGCCTTATAA
* * * *
60199 CTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATTATTAATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTT
66 CTAGCCTTAAATAATTTTACAACCTTATTATTAATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTT
60260 GATTAAAACA
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 12, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
131 114 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (131 bp):
GAAAAAACCATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTTCGAAGCCTTATAA
CTAGCCTTAAATAATTTTACAACCTTATTATTAATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTTCAA
G
Found at i:69568 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 68831--72050 Score: 1782
Period size: 171 Copynumber: 18.9 Consensus size: 171
68821 AATGTCTATC
* * * * * * *
68831 TCAAAAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTATCCACGCCTT
1 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * * *
68896 -TCAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGCT-AA-TTT
66 CT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * **
68958 TTTACATTTTTGGTTTAAACAAATTATATTTGAATGTCTGGCT
130 TTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTACT
* * * * *
69001 GC-AGAAACATGAA-AAAAAGTCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCAT
1 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCT
* * ** * * * *
69064 T-GAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATGGTCTTATGATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
65 TCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
**********
69128 TTTANNNNNNNNNNTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACT
130 TTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACT
*** * * * * * * * * ** **
69170 TTGGGAAACATGATGTAAAAGCCATCCATTAGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAACCTT
1 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* ** ** **********
69235 -TGAACA-TCTTATTACTCATTTTAAATTATTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTT
66 CT-AA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * * * * *
69298 TTTTTACATTTTTTGGTTGAAATAGATTATAATTG-AGGTTTTTCC
128 TTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG-TTTACT
* ** * *
69343 TCAAGAAATGCAAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
1 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * * * * * *
69408 CTAAAGACTTATTACTTGCTTTAAGTGATTTTACAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
66 CTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* *
69473 TTACATTTTTAGTTAATATATATCATAATTGAATGTTTACT
131 TTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACT
* * * * * *
69514 TCAAGAAATGTGATGCAAAAGCCATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTGCCTT
1 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * * * *
69579 CTAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTCATTTTAAGTTGAAATGTT
66 CTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * ** * *
69644 TTACATATTTAGTTAAAACAGGTTATATTTGAATGTTTACC
131 TTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACT
** * * *
69685 TCAAGAAATATCAAGAAAAAGCCATTCAATGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
1 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * ********** *
69750 CCAAAACCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
66 CTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * ** * * *
69815 TTACATTGTTGGTTGAAATATATTATCGTGGAATGTCTGCT
131 TTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACT
* * * * * *
69856 TCAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTT
1 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * * ********** *
69921 -TGATAGCTTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAGTTTT
66 CT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *
69985 TTTACATTTTTGGTTAAACTAGATAATATTTGAATGTCTGT-CT
130 TTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-T-TACT
* * * * *
70028 T-AAGAAACATGAAGAAAAAGCGATTCAATAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATG-CTT
1 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * * *
70091 TTCAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTCAGTTGAATTTT
66 CT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
70156 TTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACC
130 TTTACA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACT
* * * *
70198 T-AATGAAACGCGTAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTT
1 TCAA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * *
70262 TCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-G-TTTATAAACTCATTAA-TGATTTTTAAGTTTGAAG
65 TCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGA-TTTTAAG-TTGAAT
* * * * *
70324 TTTTTTACCA---TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCT
127 TTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-ACT
* * * * * **
70368 T-AAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTAATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTT
1 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * * *
70432 -TGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATATCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTG
66 CT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * ** * *
70496 TTTACTTTTTTAGTTAAAAAAGATTATGTTTGAATGTCTGCT
130 TTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACT
*** * * * *** * * *
70538 TTGGGAAACATG-AGCACAAAGCCAATCATTGATGAGAAAAGTCGATTTATAGCCACTCATGCCT
1 TCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * **********
70602 TCTAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTT
65 TCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * ** *
70667 TTTACTTTTTTGGTTAAAATATATTATAACCGAATGTCTACT
130 TTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACT
* * * * * * * * * *
70709 TTAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCACTTAAAGTCACCCATGTCTT
1 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * ********** *
70774 CTAAAGCTTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTCAATTTTT
66 CTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * *
70839 TTACATTTTTGGATAAAACAAAATATATTTCAA---TAACT
131 TTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACT
********** * *
70877 GTCATGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCNNNNNNNNNNAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGTGC
1 -TCA--AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * **
70942 CTTCTAAAGTCC-TATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTAAAAT
63 CTTCTAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * **
71006 TATTTTATATTTGTAGATAAAATATAGTGTAATTGAATGTCTGTT
127 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACT
* * * * ** * ** *
71051 TTAGGAAACGTGACA-TAAAAGCCATCCATTGTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTTTAGCA
1 TCAAGAAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCC
* * * * * * * *
71114 TT-TGAAAGCCTCATTACTCACTTTAACTAGTTTTATATTCTCGTAATTAATTTTAAGTTAAATT
64 TTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
71178 CTTTTACATTTTTAGATGAAATATATCATAATTGAATGTTTTCCT
128 TTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG-TTTACT
** * * * * * *
71223 T-GGGAGACATGAAGGACAACCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACCCATGCCT
1 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCATGCCT
* ********** * *
71287 T-TCGAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATGT
65 TCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* ** * * * *
71351 TTTTAAATTTTTTCTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACT
129 TTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACT
* ** * * * *
71394 T-AGGGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTTA-CCACGCCT
1 TCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * **
71457 TTTAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAACT-AA-TTT
65 TCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * * *
71520 TTTATA-TTTTGGTTTAAACAAATTATATTTGAATGTCTGCT
130 TTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACT
********** * * *
71561 NNNNNNNNNNTGAAG-AAAAGTCATTCATTGAC-AGCAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCA
1 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-
* * * * *
71624 TTGC--AAGCCTTATTTCTTGCGTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
64 TT-CTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
********** *
71687 NNNNNNNNNNTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACT
128 TTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACT
* * * * * * * * * ** *
71731 TTAGGAAACATGATGCAAAAGTCATCCAGTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTT
1 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
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74529 -TTTG-GTTAA-AATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAA-ACATGATGCAAAAGCCATCC
198 GTTTGCCTTAAGAA-ACA-TA-AA--GAA----------A--AAGCCAT--T-CAATAG-----C
* * * *
74590 ACTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
238 A--AG----AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
74654 AGTTTGATAATCTCATAATTGATTGTAAGCTGAATTTTTTTAC
296 AGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * * * * * *
74697 AGTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGATTGTTTTCCTCAAGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCA
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTCA
** * * * * *
74762 TTGGCAAGAAATTTTCATTTATATTCACTCATGCATTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAT-G
* ** * * * * * * * * *
74827 TTTTATAATCTTATTGTTGAATTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTGTCT-AAATAGATTTTG
128 TTTTATAATC-TCTTAATCATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATATTTGGT-TAAAACAGATTATA
* * * * * * * *
74891 TTT-AATTGTCTACCTAAAGAAACATGAAA-AAGAATCCATTC-ATTGACAAGAAAAATCCATTT
191 TTTGAA-TGTTTGCCTTAAGAAACAT-AAAGAAAAAGCCATTCAATAG-CAAGAAAAGTCTATTT
** * ** * * *
74953 ATTCTCACTCATGCCTTCC-AAATTTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTCTATGATCTCATAATTA
253 ATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTC-ATAATCTCATAATTG
* *
75016 ATTTTAACTTGAATTTTTTTGC
317 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* ** * * *
75038 ATTTTT-TTTAAAATATATTATAGCTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGATGCAAAAGCCA-TCT
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTC-
** * * *
75101 ATTCACAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCTATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATA
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAAT-
******* * * * *
75166 GTTTTATAA--TCTTANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTA
127 GTTTTATAATCTCTTA---ATCATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * * ** * ** * * * *
75229 GATTTCAATATCTGCCATGCGAAACATTAAGAAAAAGTTATTCATTAGCAATAAAAATCCATTTA
189 TATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGAAAAGTCTATTTA
** * * * * *
75294 TAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAT
254 TAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGAT
*
75359 TTTAAGTTAAATTTTTTTAC
319 TTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * ** * *
75379 ATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAGGAAACGTGAAGTGAAAGCTATCC
1 ATTTTTAG-TT-AAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTC
* * * ** * * * * *
75443 ATTAGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACTTAAGTCTT-TGAAAGCCTTATTTCTCACATTAAAT
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * * **
75507 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTTG-AATTGTTTTATATTTTTAGATAAAATATTTTA
127 -GTTTTATAATCTCTTAA-TCATTTTAAGTTGAAATT-TTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * * * * *
75571 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCACT-AATTATG-AA-AAAAATCCATT
189 TATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAA-TA-GCAAGAAAAGTCTATT
* * ** * * *
75633 TATAGTCACTCAAGCCTTTTAAAAGCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT-ATAATCTCATTATTG
252 TATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTG
* *
75697 ATTTTGAGTTGAATTTTTTGAC
317 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * * *
75719 ATTCTTGGTTAAAATATATTATAATTGAGTGTTTACTTCAGGAAACATAATGCAGAAGCCATCCA
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTCA
* * * **********
75784 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTT-TAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATA
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAT-
* * * * * * * * * * * *
75848 GTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTTTGATACAATATATCAT
127 GTTTTATAATCTCTTAA-TCATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * * ** *
75913 AATTGAATATTTACC-TAGGAAACATGAGGAAAAAGCCACTCTTTAGCAA-AAAGAGTCCATTTA
190 ATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGAAA-AGTCTATTTA
* * * * * **********
75976 GAGTCACTCAAG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGA
254 TAGTCACCCATGCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGA
* *
76040 TTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
318 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * * * *
76061 AGTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGTAAAAGCCATCCA
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTCA
** * *** * * *
76126 TTAGGGGA-AAAAGTCCCTTTATAGTCATTAATACCTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATA
65 TT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAT-
* * * * * * * *
76190 GTTTTATAACCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATA
127 GTTTTATAATCTCTTAA-TCATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATA
** * * * * * * * *
76255 ACTAAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGTCA-TCTATTGGCAAAAAAAGT-TCATTTA
191 TTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTC-AATAGCAAGAAAAGTCT-ATTTA
** * * * * ****
76318 TAGTCACTTAAGCCTT-CAAAAGCCTCATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAANNNN
254 TAGTCACCCATGCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGA
****** * *
76382 NNNNNNGTTAAATTTTTTTAT
318 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * ** * * *
76403 ATTTTTGGTTAAAACAAATTGTATTTGAATGTTTGCTTC-AGAAAATATAATGCAAAAGCTATCC
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAAG-AAACGTGATGCAAAAGCCATTC
*** * * *
76467 ATTAATAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG-CTTTTGAAAGTCTTATTACTTC-CTTTAAA
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAG-CTTATTAC-TCGCTTTAAA
* * * *
76530 TGGTTTGATAATCTCATAATTACTTTTGAAAGTCT-AATTACTTGCTTTAAATGGAAAGTCCATT
126 T-GTTTTATAATCTCTTAATCA-TTTT--AAGT-TGAA--A-TT--TTT---T--ACA-T--ATT
**** * * * * * ** ** *** * * * * **
76594 T--TTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGGAAAAG
173 TGGTTA-A-AACAGATTATATTTG--AATGTTTGCCT-TAAGAAAC-ATAAAGA-AAAAG-CCA-
* * * * ** * *
76657 TGGTTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCCAAGGCCTTATTATTTGCTT
229 T---TCAATAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTT
* * * * *
76722 TAAATGGTTTTATAAACTTGA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTAC
291 TAAATAGTTTCATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * *
76770 ATTTTTGGTTAAAATATATTACAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACGTGA--CAGAAATACTATC
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGATGCA-AAA-GCCATT
* * * * * *
76833 CATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTT-TAAAAGTCCTATTAGTCACTTTAAA
63 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAA
** * ** *
76897 TGGTTTGGTAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTAACAT-TTTATTTAAAATAGATT
126 T-GTTTTATAATCTCTTAA-TCATTTTAAGTTGAAATTTTTT-ACATATTTGGTTAAAACAGATT
* * * * * * * *
76960 ATAATTGAGTGTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAATAAAAATCCATT
188 ATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAG-CAAGAAAAGTCTATT
* ** * * * * * *
77024 TATATTCATTCATGCATTGCAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTT-ATAATCTCATTATTG
252 TATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTG
* *
77088 ATTTTAAGTTGAGTTTTTTTAT
317 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * *** * * **
77110 A-TTTTGGTTAAAAAAGATTCTATTTAAATGTCTATTTTGGGAAACGTGAAGAAAAATTCATTCA
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTCA
* * * *
77174 TTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTTACCCATG-CTTTTCAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAT-
* * * * *
77238 GTTTTATGATCTCATAATTGATTTTTAA-TTG-AATTGTTTTACAT-TTTGGTTAAAATATATTA
127 GTTTTATAATCTCTTAA-TCA-TTTTAAGTTGAAATT-TTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * * * ** * * * * * * * *
77300 TAATTAAATGTCTACATTAAAAAATGTGATGTAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTAC-ATTA
189 TATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGAAAAGT-CTATTT
* * * * * * * * * *
77364 ATAGTTACCCAAGCCTTTCAAAGCATTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGA
253 ATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGA
*
77429 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTAT
318 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * *
77449 ATTTTTAGTTAAAAAAATTATATTTAAATGTCTGC--CATAGGAAACGTGAAG-AAAAACCATTT
1 ATTTTTAGTTAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCA-A-GAAACGTGATGCAAAAGCCATTC
* * *
77511 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGTCTTCTAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATA
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAT-
* * * * ** * *
77576 GTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTG-AATTGTTCACA-GTTAAGTT-AAATATATTATA
127 GTTTTATAATCTCTTAATC-ATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATA
* * ** * * * * * * * * *
77638 ATTGAAT-TCT-ATTTTAGAAAACGTGATGCAAAAGTCATT--ATTGACAAAAAAAAGTCTTTTT
191 TTTGAATGTTTGCCTTAAG-AAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAG-C-AAGAAAAGTCTATTT
** ** * *
77699 ATAGTCA--TGTCGCACTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGGTTT-ATAATCTCATAAT
253 ATAGTCACCCAT-GC-CTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTCATAATCTCATAAT
* * *
77761 TGATTTTAAGTTTAATTGTTTTAT
315 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * ** * *
77785 ATTTTT-GATTGAAACAGATTATAATAGCATGTTTTCCTT-GGGAAACATGAAT-AAAAAGCCAT
1 ATTTTTAG-TT-AAATATATTATAATTGAATG-TCTACTTCAAGAAACGTG-ATGCAAAAGCCAT
* * *
77847 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTCTACAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
62 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAA
** * * * * * * *
77912 TGGTTTTATAATCTCACAATTGAATTTAAGTTGCATTTTTTTACAT-TGTTGGCTGAAATATG-T
126 T-GTTTTATAATCTCTTAA-TCATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATAT-TTGGTTAAAACA-GAT
* * ** * * * * * * * *
77975 TGTAATTGAATGCATG-CTTTAGAAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCA-
187 TATATTTGAATGTTTGCCTTAAG-AAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGAAAAGTCTAT
* * * ** * * * * *******
78038 TTACAGTCAGCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAGTCNNNNNNN
251 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTCATAATCTCATAAT
*** *
78102 NNNTTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
315 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * * * * * *
78126 ATTTTTGGTTAAAACAAATTCTATTTGAATGTTTGCCTTGAA-AAACATGAAGAAAAACCCATTC
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTC
** * * * *
78190 ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCTTCGAAAGCCATATTACTCACTTTAAATG
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAT-
********** * * * * *
78255 GNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT-TATACTGTTTGTTAAAATAGATTA
127 GTTTTATAATCTCTTAA-TCATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATA-T-TTGGTTAAAACAGATTA
* * * *
78318 TAATTGAATG--T--C-T-----AC------CAAAAGCCA-TCTATTAG-AGAGAAAAAT-TCAT
189 TATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTC-AATAGCA-AGAAAAGTCT-AT
* * *********** * *
78364 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATT
251 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATT
*
78429 -AGTTTTAAGATT-AATTTTTTTAT
316 GA-TTTTAAG-TTGAATTTTTTTAC
* * * ** * * *
78452 ATTTTTTGTTAAAATATATTACAATTAAATGTCTACATT-GGGAAACATGAAGCTAAAGCCATTC
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTAC-TTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTC
* * * * *
78516 AATAG-ATAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-CTACTTTAAA
64 ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAG-CTTATTACTC-GCTTTAAA
* * * * * * *
78579 TGATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAATTTG-AATTGTTTTACATTTTTGGTTAGAATATACT
126 TG-TTTTATAATCTCTTAA-TCATTTTAAGTTGAAATT-TTTTACATATTTGGTTAAAACAGATT
* * * * * * * * * * * * * *
78643 ATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGAAGTACAAGCTA-TCCATTGATAAGAAAA-TTTCCT
188 ATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAG-CAAGAAAAGTCT-AT
* * * * * * * * *
78706 TCATAGTCTCTCAAGCCTT-CAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAACAATC-CTATAG
251 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTC-ATAA
*
78769 TTGATTTGGAA-TTGAATTTTTTTAC
314 TTGATTT-TAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * *** *
78794 ATTCTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGCCTACCTT-GAGAAATGT-AAAAAAAAGTCATTC
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTC
* * **
78857 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCC-TCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCTAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAT
********** * * * * * * *
78921 GGTTTTATNNNNNNNNNNTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTGAAATATATTA
127 -GTTTTAT-AATCTCTTAATCATTTTAAGTTGAA-ATTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * * * * * * *
78986 TAGTTGAATATTTG-CTTAAAGAAACATGAAG-AAATGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTACTT
189 TATTTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGAAAAGTCTATTT
* * * * * *
79049 ATAGTCACTCAAGCCTT-CAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGCTTT-ATAAGCTCATAATT
253 ATAGTCACCCATGCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTCATAATCTCATAATT
* ********** *
79112 AATTTTAANNNNNNNNNNTTTAT
316 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
** * * * * * * * * *
79135 ATTTTGGGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTGCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTC
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTC
* * * * *
79199 ATTAGTAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TAGAACCTTTATTACTTGCTTT-AAT
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTA-AAGC-TTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
79262 GGGTTTTATAAACT-TATAATTGATTTTAAGTT-AAATTATAGTCCCATATATTTTATATTTTTG
127 --GTTTTATAATCTCT-TAA-TCATTTTAAGTTGAAATT-T--T----T-TA---CATA--TTTG
* * * * * * * * * * * * * * *
79325 ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAAACGT-GACAAAATGCCATTTATTGGTA
175 GTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAG-AAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAGCA
* * * * * * *
79388 AGAAAAGTTTATTTATAGTTACCCATG-CTTTCAAAAGCTATTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
239 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCT-TATTACTCGCTTTAAATAGTTTCA
* * * * *
79452 AAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTAAA
303 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * * *
79488 ATCTTTAAATAAAATATATTAGAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGTCATCCA
1 AT-TTTTAGTTAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTCA
* * * * **
79553 TTGGTAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCAAGCCTT-TGGAAGCCTTATTACTATCTTTAAATG
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAT-
* * * * ** *
79617 GTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTG-AATGTTTTACATTTTTGAATAAAA-TGTATTAT
127 GTTTTATAATCTCTTAATC-ATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATATTTGGTTAAAACAG-ATTAT
* * * * * * * ** *
79680 AATTGAATGTCTACC-TCAGAAA-ATGTAAAG-AAAAGCCA-CCCATTGGTAGAAAAAGTCCATT
190 ATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACA--TAAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAG-AAAAGTCTATT
** * * *
79741 TATAGTCACCCATGCCTTCCAAAATGTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATGATCTCATAGTT
252 TATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTCATAATCTCATAATT
*
79805 GATTTTAAGTTGAATTTTTTCAC
316 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
79828 ATTTTTAGTTAAAATATATGATAATTGAATGTTTGCTTC-AGCCAACGTGAAGCAAAAGCCATCC
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAAG-AAACGTGATGCAAAAGCCATTC
* * * ** **********
79892 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCAAACCTT-TGAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAAT
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAA-
* * * *
79956 TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGAT-AAATTTGCTTACAT-TTTAGGTTCAAAA-AGA-
126 TGTTTTATAATCTCTTAA-TCATTTTAAGTTGAAATTT-TTTACATATTT-GGTT-AAAACAGAT
* * * ** * * *
80017 TATATTTGAATGTATGCCTCTAA-AAACGTGAAGAAAAATTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTAT
187 TATATTTGAATGTTTGCCT-TAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGAAAAGTCTAT
* * * ** ** * *
80081 CTATAGTCACACATGCGTTCCAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATGTCATAATT
251 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATT
* * * *
80146 GATTTAAATTTGAA--GTTTTAT
316 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * ** * *
80167 ATATTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTATACCTT-AGGAAATGTGA-AAAAAAGTCACTC
1 ATTTTTAG-TTAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTC
* * * * * * ***
80230 ATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAATCACCTATACCTTCGAAAAGCTAATTACTTATTTTAAATA
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-TAAAGCTTATTACTCGCTTTAAAT-
* ********* *
80295 GTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGG-TACAAACAGATTAT
127 GTTTTATAATCTCTTA-ATCATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATATTTGGTTA-AAACAGATTAT
* * * * ** * * * * * *
80358 AATGGAGA-GTTTTCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGTCACTCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTA
190 ATTTGA-ATGTTTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGAAAAGTCTATTTA
** ** * *
80422 TAGTCACCCATGCCTTCCAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTACAATCTCATAATTGAT
254 TAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGAT
* *
80487 TTAAAGTTGAATTTTTTTAT
319 TTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * *
80507 ATTTTTGGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAATGTGAAGAAAAAGCCACTC
1 ATTTTTAG-TTAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTC
* * * ** *
80571 ATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTT-TGAAAGTCTAATTACTCGCTTTAAAT
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * **
80635 GCTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTA
127 G-TTTTATAATCTCTTAA-TCATTTTAAGTTGAAA-TTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTA
* * * ** * * * ** * * * * * *
80699 TAATGGAGTGTTAACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGTTACTC-ATTGATAAGAACAGCCCATTT
189 TATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAG-CAAGAAAAGTCTATTT
* * * * * * **********
80763 ATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGA-CTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNN
253 ATAGTCACCCATGCCTTCCAAA-ACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTG
*
80827 ATTTTAAGTTGAATATTTTTAC
317 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * *
80849 ATTTTTGGCTAAA-AGTATTATAATT-AATGTCTGCTTTAGGAAATGTGATGCAAAAGCCATCCA
1 ATTTTTAGTTAAATA-TATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTCA
* * * *
80912 TTGACGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACAAGCCTT-TGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATA
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAT-
* * * * * * * *
80976 GTTTTATAGTCTCATAACTAATTTTAAGCT-AAATATTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTAA
127 GTTTTATAATCTCTTAA-TCATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * * * *
81040 AATT-AGGTGTTGGCCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTTATTGGGAAGAAAAGTCTATTT
190 ATTTGA-ATGTTTGCCTTAAG-AAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGAAAAGTCTATTT
* ** * * * ** *
81103 ATAGTTACCCATGCCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTT-ATAAACCCATTGTTA
253 ATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTCATAATCTCATAATTG
* *
81167 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
317 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * * * *
81189 AGTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAACCCATTC
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTC
* * * * * *
81253 ATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTC
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAT-
* * * * * * *
81318 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAATATTTTAC-TGTTTTGGGTAAAATAGATTAT
127 GTTTTATAATCTCTTAA-TCATTTTAAGTTGAAATTTTTTACAT-ATTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * *
81382 AATTGAGTGTTTGCCTT-GGTAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACAAAAGTCCATTTA
190 ATTTGAATGTTTGCCTTAAG-AAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGAAAAGTCTATTTA
* ** * * * *********
81446 TAGTCACCCATGACTTCCAAGGCTTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCNNNNNNNNN
254 TAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGAT
* *
81511 NTTAAGTTAAATTTTTTTAC
319 TTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * * *
81531 ATTTTTACTTAAAAAAAATTATATTTGAAT-TTTACCTT-GAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTC
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTC
********** * *
81594 ATTGGCAAGAAAAGTNNNNNNNNNNTCATCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAT-
* * * * * * *
81659 GTTTTATAGTCTCATAATAGATTTTAAG-AGAAATTTTTTTACATTTTTCGG-TAAAATATATTA
127 GTTTTATAATCTCTTAAT-CATTTTAAGTTGAAA-TTTTTTACATATTT-GGTTAAAACAGATTA
* * * * * * * * * *
81722 TACTTGAATGTTTG-CTTCAACAAACGTGATGCAAAAGCCA-TCTATTGATAAGAAAAGTCCATT
189 TATTTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAG-CAAGAAAAGTCTATT
* * ** ** * * * ***
81785 TATAGTCACCCATACTTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAGCTTCTCATAATTG
252 TATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTG
* *
81850 ATTTTAAGCTGAATTTTTTTAT
317 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * *
81872 ATTTTT-GTTAGAGTATAGTATAATTGAATGTCTACTTCAGGAAACGCGAAGCAAAAGCCATCCG
1 ATTTTTAGTTA-AATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTCA
* ** * * * *
81936 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGA
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATG-
* *
82001 TTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTG-AATTTTCTTAC--ATTTGGCTTAAAGA-AGATAA
128 TTTTATAATCTCTTAATC-ATTTTAAGTTGAAATTTT-TTACATATTTGG-TTAAA-ACAGATTA
* * * ** * * * ** * * *
82062 TATTTAAATGTCTGCCTCT-GGAAATGTGAAGAAAAGGCTATTCGTTGGCAAGAAATGTCAATTT
189 TATTTGAATGTTTGCCT-TAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGAAAAGTCTATTT
* * * * **********
82126 ATAGTCACCCTTGTCTTCCAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATAGTTNNNNNNNNNNATAATTGA
253 ATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGA
* * *
82191 GTTTAAGTTGAATTTATTTGC
318 TTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* ** * * * * * * *
82212 ATTTTTTGTTCAAATATATTATTCTTGAATGTCTACTTTAGGAAATGTGAAGTAAAAGCTATCCA
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTCA
* * * * * ** *
82277 TTGGCAAGAAAAGTCTATTGATAGTTACTCAAGTGTTCGAAAGCCTTATTAC-C-CATTTAAATA
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAG-CTTATTACTCGC-TTTAAAT-
* * * * * *
82340 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
127 GTTTTATAATCTCTTAA-TCATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * *
82405 AATT-AAGTGTTTGCCTT-AGTAAACATGAAGAAAAA-TCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
190 ATTTGAA-TGTTTGCCTTAAG-AAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGAAAAGTCTATTT
* * * ** * * * * * *
82467 ATAGTTACCCATGCCTT-TAAAGCCTTATTTTTCAG-TTTAAATGGTTTTATAAGCTCTTACTTA
253 ATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTC-GCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTG
*
82530 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAT
317 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
** ** * * * * * * * * *
82551 ATTTTGGGTTGAACCAGATAATATTTGAGTGTCTGCCTTGAA-AAAAGTGAAGAAAAAGCCATTC
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTC
* * * * * *
82615 ATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAT-
* ** * * * *** *
82680 GTTTTATATTCTGATAATTGATTTTAAGTTGAAAATTTTTTATAT-TGTTAGTTAAATTTGATTT
127 GTTTTATAATCTCTTAA-TCATTTTAAGTTG-AAATTTTTTACATAT-TTGGTTAAAACAGATTA
* * * * * * * *
82744 TGA-TTGAATGTCTGCCTTAGGAAATATAAAGCAAAAGCCA-TCCATTGGAGAGAAAAGTCCATT
189 T-ATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAGCA-AGAAAAGTCTATT
** ** *** * * * ** *
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252 TATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTG
* ** * *
82872 GTTTTTGGTTTAA-CTTTTTAGC
317 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-C
* ** * * ** * * ****
82894 ATTTTTTGTTAAAATATATTGCAATTGAATGTATGCCTT-GGGAAACATGAAGTGGGAGCCATTC
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTC
* * * * ** *
82958 ATTGG-ATAGAAGAGTCCATTTAAAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGTTTGCTTTAAAT
64 ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
83022 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA--TGTAAATTTTTTTCATACTATTGGTTAAAATATAT
127 -GTTTTATAATCTCTTAA-TCATTTTAAGTTG-AAATTTTTTACATA-T-TTGGTTAAAACAGAT
* * * * * * *
83085 TATAATTGAATGTTTG-CTTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGACAAA-TCCA
187 TATATTTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGA-AAAGTCTA
* * * **********
83148 TTTATAGTC-CCTAAAGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATA
250 TTTATAGTCACC-CATGCCTTCCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATA
* *
83211 ATTGATTTGAAGCTGAATTTTTTTAC
313 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
** * * * * * * * * *
83237 ATGATTGGTTAAAACAGATAATAGTTGGATGTCTATCTT-AAGAAATGTGAAG-AAAAGTCATTC
1 ATTTTTAGTT-AAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTC
* * * *
83300 ATTAGCAAGACAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * *
83365 ATTTTATAAGCTCTTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTGGATTAAAATAGA-TAG
128 -TTTTATAATCTCTTAA-TCATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATATTTGG-TTAAAACAGATTA-
* * * * * *
83428 TATTTGAATGTCTGTCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTC-ATTGACAAGAAAAGTCTATTT
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* *** * * *********
83492 ATATTCGGTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNAA-CTCATAATTG
253 ATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTCATAATCTCATAATTG
*
83556 ATTTTAAGTTAAATTTTTTATAC
317 ATTTTAAGTTGAATTTTTT-TAC
** * * * * * * * * * *
83579 --CGTTGGTAAAAATAGATTAAAATTGAATGTTTGCCTCAATAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA
1 ATTTTTAGT-TAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACGTGATGCAAAAGCCATTCA
* *
83642 TTTG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
65 TTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
83680 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 10852, Mismatches: 2964, Indels: 1459
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Consensus pattern (338 bp):
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TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGTTT
TATAATCTCTTAATCATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATATTTGA
ATGTTTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAATAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
CCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTTAC
Found at i:70705 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 69450--74052 Score: 1345
Period size: 513 Copynumber: 9.0 Consensus size: 507
69440 ACAATCCCAA
* * * * * * *
69450 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAATATATATCATAATTGAATGT-T-TAC
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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127 TCTCAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTT
* * * *** * * *
69642 TTTTACA-TATTTAGTTAAAACAGGTTATATTTGAATGTTTACCTCAA-GAAATATCAAGAAAAA
192 TTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAACCGAATGTCTACCT-AAGGAAACA-CGAGAAAAA
* * * * **
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254 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTC-GC
******* * * * *
69770 NNNNNNNGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTGAAATA
318 TTTAAATGTTT-ATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACA-T-TTGGTTAAAACA
* ** * * *
69835 TATTATCGTGGAATGTCTGCTTCAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCT
380 GATTATAATGGAATGTCTGCTTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCAATTAGCAAGAAAAGTCT
** * * * * ***
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445 ATTTATAGCCACCCAAACCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATATCGT
******* * * * **
69963 NNNNNNNTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAACTAGATAATATTTGAATGTCTGTCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATAATATTTGAATGTCTGTCT
* * * * *
70028 TAAGAAACATGAAGAAAAAGCGATTCAATAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTT
66 TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAATCAATAG-AAGAAAAGTCGATTTATAGCCACCCATGCTTCT
* * *
70093 CAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTCAGTTGAATTTTTT
130 CAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTT
*** * * *
70158 TACATTTTTTATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTAATGAAACGCGTAGAAAAAGCAAT
195 TACATTTTTTATTAAAATAGATTATAACCGAATGTCTACCTAAGGAAACACG-AGAAAAAGCCAT
70223 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
259 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
70288 TGTTTATAAACTCATTAA-TGATTTTTAAGTTTGAAGTTTTTTACCA-TTGGTTAAAACAGATTA
324 TGTTTATAAACTCA-TAATTGA-TTTTAAG-TTGAAGTTTTTTA-CATTTGGTTAAAACAGATTA
* * * *
70351 TAATTGAGTGTTTGCCTT-AAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTAATTAGCAAGAAAAGTCTATTT
385 TAATGGAATGTCTG-CTTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCAATTAGCAAGAAAAGTCTATTT
* *
70415 ATAGTCACCCAAACCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATATCGT
449 ATAGCCACCCAAACCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATATCGT
* * *
70474 AATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACTTTTTTAGTTAAAAAAGATTATGTTTGAATGTCTG-CT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATAATATTTGAATGTCTGTC-
** * * *
70538 TTGGGAAACATG-AGCACAAAGCCAATC-ATTGATGAGAAAAGTCGATTTATAGCCACTCATGCC
65 TTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCCAATCAATAGA--AGAAAAGTCGATTTATAGCCACCCATG-C
**********
70601 TTCT-AAAGCCTTATTACTCGATTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNT
126 TTCTCAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAAT
* * * * * *
70664 TTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAAATATATTATAACCGAATGTCTACTTTAGGAAACATGATGCAAA
190 TTTTTTACATTTTTT-ATTAAAATAGATTATAACCGAATGTCTACCTAAGGAAACACGA-GAAAA
* * * * * * *
70728 AGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCACTTAAAGTCACCCATG-TCTTCTAAAGCTTTATCACTCG
253 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCT-TTCCAAAGCCTTATTACTCG
* ********** * * *
70792 CTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAA
317 CTTTAAAT-G-TTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACA--TTTGGTTAAAA
* * * ** ** * * **********
70857 CAAAATATATTTCAATAACTG--TCATGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCNNNNNNNNNNAAGAAAA
378 CAGATTATAATGGAATGTCTGCTTCA--AGAAACATAAAGAAAAAGCCATCAATTAGCAAGAAAA
* * * *** *
70920 GTCCATTTATAGTCACTCGTGCCTTCT-AAAG-TCCTATTACTCACTTTAAATGG-CTTTATAAT
441 GTCTATTTATAGCCACCCAAACCTT-TGAAAGCT-TTATTACTCACTTTAAATGGTC-TTATAAT
* **
70982 CTTAT
503 ATCGT
* ** * * * * *
70987 AATTAATTTTAAGTAAAATTAT-TTTATATTTGTAGATAAAATATAG-T-GTAATTGAATGTCTG
1 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TGTTTACATTTTTAGTTAAAA-A-AGATAATATTTGAATGTCTG
* * * * * * * * * **
71049 TTTTAGGAAACGTGACA-TAAAAGCC-ATCCATTGTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTTTA
63 TCTTAAGAAACATGA-AGAAAAAGCCAATCAATAG--AAGAAAAGTCGATTTATAGCCACCCAT-
* * * * * * * *
71111 GCATT-TGAAAGCCTCATTACTC-ACTTTAACTAGTTTTATATTCTCGTAATTAATTTTAAGTTA
124 GC-TTCTCAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTG
* * * * * ** * * ** * * *
71174 AATTCTTTTACA-TTTTTAGATGAAATATATCATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAGACATGAAGG
187 AATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAACCGAATGTCTACCTAAGGAAACACG-AGA
* * * *
71238 ACAACCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACCCATGCCTTT-CGAAGCCTTATTA
250 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCATG-CTTTCCAAAGCCTTATTA
******** * * * **
71302 CTCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTAAATTTTTTCT
313 CTCGC--TTTAAATGTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGT-TTTTTACA--TTTGGT
* * * * * * * *
71366 TAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACTT-AGGGAAATATGAAGAAAAACCCATTC-ATTGGCAA
373 TAAAACAGATTATAATGGAATGTCTGCTTCA-AGAAACATAAAGAAAAAGCCA-TCAATTAGCAA
* * ** ** * * * * *
71429 AAAAAGTCCATTTATAGTTA-CCACGCCTTTTAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
436 GAAAAGTCTATTTATAGCCACCCAAACCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATA
*
71493 ATCTCGT
501 ATATCGT
** * * * *
71500 AATTGATTTTAAACT-AATTT-TTTATA-TTTTGGTTTAAACAA-ATTATATTTGAATGTCTG-C
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAG-TTAAAAAAGATAATATTTGAATGTCTGTC
********* * * * *
71560 TNNNNNNNNNNTGAAG-AAAAGTCATTC-ATTGACAGCAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATGC
65 T-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAATCAATAGA-AG-AAAAG-TCGATTTATAGCCACCCATG-
* * * ** * * * *
71622 CATT-GC-AAGCCTTATTTCTTGCGTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
125 C-TTCTCAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAA
********** * * ** * * * *
71685 TTNNNNNNNNNNTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGATGCAAA
189 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAACCGAATGTCTACCTAAGGAAACACGA-GAAAA
* * * * ** * *
71750 AGTCATCCAGTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTT--AAACGCGTTATTACT-
253 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CTTTCCAAA-GCCTTATTACTC
** * ********** * * *
71812 TATTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAA
316 GCTT-TAAAT-G-TTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACA--TTTGGTTAA
* ** * * * * * ** * *
71877 AATATTTTATAACT-TAATGTTTGCTTC-AGAAAACATGATGCAAACCCCATCCATTGGCAAGAA
376 AACAGATTATAA-TGGAATGTCTGCTTCAAG-AAACATAAAGAAAAAGCCATCAATTAGCAAGAA
* * * * ** ** * * *
71940 AAGTCAACTTACAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
439 AAGTCTATTTATAGCCACCCAAACCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATA
**
72005 TTAT
504 TCGT
* * * * *
72009 TATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAA-AT--TATTT---T-TC--A
1 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTGTTTACATTTTTAGTTAAAA-AAGATAATATTTGAATGTCTGT
* * * * * * * * * * *
72065 C-T-------ATGATGCAAAA-CCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCGAAGCC
64 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAAT-CAATAG-AAGAAAAGTCGATTTATAGCCACCCATGCT
* * * * * * *
72121 TATGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGCT-AAGTT
127 TCTCAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAA-TT
** * ** * * * **
72185 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-ATTTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAA--AAACGTGAAGAAA
191 TTTTTACATTTTTTATTAAAATAGA-TTATAACCGAATGTCTACC-T-AAGGAAACACG-AG-AA
** * * * ***********
72247 AAAATCATTTATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCNNNNNNNNNNTTATTACTC
251 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
72312 GTTTTAAATAGTTTTATGAACTCAAAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
316 GCTTTAAAT-G-TTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACA--TTTGGTTAAA
* * * * * * * * * * *
72376 ATATATTATAACT-GAATGTCTACTTTAGGAAA-AGTGATGCAAAAGACATCCATTGGCAAGAAA
377 ACAGATTATAA-TGGAATGTCTGCTTCAAGAAACA-TAAAGAAAAAGCCATCAATTAGCAAGAAA
* * * ** * * * *
72439 AGTCTACTTATAGTCATCCATGCCTTTCAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATGGAT-TTATAATC
440 AGTCTATTTATAGCCACCCAAACCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGG-TCTTATAATA
**
72503 TTAT
504 TCGT
* * * * * * * *
72507 TATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAATAA-ATTATATTTCAATATTTGCC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAA-AAGATAATATTTGAATGTCTGTC
* * * * * * * * * *
72570 ATAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGAAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTT
65 TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAATCAATAG-AAGAAAAGTCGATTTATAGCCACCCATG-CTT
* * * * * * * *
72635 C-CGAAGCCTTATTCCTC-ACTTCAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATAT
128 CTCAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTT
** * * * * * * * * *
72698 TTAAATATTTTTTGTTAAAATATG-TTATAACTGAATGTCTGCTTTA-GAAAAAGTGATGTAAAA
192 TTTTACATTTTTTATTAAAATA-GATTATAACCGAATGTCTACCTAAGGAAACA-CGA-GAAAAA
* * * * * * *
72761 GTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATACCTTCCAAAACTTTATTACTCACT
254 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * *
72825 TTAAATAATTTTTTAATCTCATTAA-TGAATTTAGGTTGAA-TTTTCTTACATTTTTGATTAAAA
319 TTAAAT--GTTTATAAACTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTT-TTACA--TTTGGTTAAAA
* * * * * * * * * * *********
72888 TATATTATAATGGAATGTCTGTTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTNNNNNNNNN
378 CAGATTATAATGGAATGTCTGCTTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCAATTAG-CAAGAAAAG
* * * ** * * * * *
72953 NC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGATTTTATAATCTT
442 TCTATTTATAGCCACCCAAACCTTTGAAAGCTTTATTACTCA-CTTTAAATGGTCTTATAATATC
*
73016 AT
506 GT
* * * * * ** * **
73018 TATTGATTTTATGCTGAA-TTGTTTTACATTTTTGGTTCAAATGGACT-ATATTTGAATGTTTAC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTG-TTTACATTTTTAGTTAAAAAAGA-TAATATTTGAATGTCTGT
* * * * * * * * *
73081 CTCAAGAAACGTGAAAAAAAAG-TAATTCATTGGCAGAAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATAC
64 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAA-TCAATAGAAG-AAAAG-TCGATTTATAGCCACCCAT-G
* * * * * * * *
73144 CTTC-CGAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATTACTAATTTTAAGTTGAAT
125 CTTCTCAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAAT
* ** * * * **
73207 TTTTTTAC-CTTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTC-AATGTTTGCC-ACTGGAAACTTGAAGAA
190 TTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATA-ACCGAATGTCTACCTA-AGGAAACACG-AGAA
* * * * * * * * *
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251 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTC
* * ** *
73334 GCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTAAATATTTTTTGTTAA
316 GCTTTAAAT-GTTT-ATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGT-TTT--TTACATTTGGTTAA
* * * * * * * * * * * *
73398 AATATATTATAACT-AAATGTCTTCTTTAGGAAA-AGTGATGTAAAAGCTATCCATTGGCAAGAA
376 AACAGATTATAA-TGGAATGTCTGCTTCAAGAAACA-TAAAGAAAAAGCCATCAATTAGCAAGAA
* * * ** ** * * * ** * *
73461 AAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACATTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATC
439 AAGTCTATTTATAGCCACCCAAACCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATA
*
73526 TCATT
504 TC-GT
* * * ** * * * * * *
73531 AA-TGATTTTAGGTTGAATTT-TCTTATATTTTTGGTTAAACTATATTATAATGGAATGTTTGTT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTGT-TTACATTTTTAGTTAAAAAAGATAATATTTGAATGTCTGTC
* * * * * * * *
73594 TTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCC-ATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT
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* * *
73658 TC-CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATTATTGATTTT-ATGCTGAAT
127 TCTCAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTCA-GTTGAAT
* ** * *** * * **
73720 TTTGTTTACA-TTTTTAGTTGAAACGGACTATATTTGAATGTTTACCCCAA-GAAACGTGAAGAA
190 TTT-TTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAACCGAATGTCTA-CCTAAGGAAACACG-AGAA
** * * *
73783 AAAGTAATTCATTGGC-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAT-ATCTTCCGAA-CCTTATTACT
251 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCT-TTCCAAAGCCTTATTACT
** * * *
73845 CGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATTACTGATTTTAAGTTGAA-TCTTTTTACATTTTTAGTTA
315 CGCTTTAAAT-G-TTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGT-TTTTTACA--TTTGGTTA
* * ** * * * *
73909 AAATAGATTATATTTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAGAAGCAATTCATTGGTAG-AA-
375 AAACAGATTATAATGGAATGTCTGCTTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCA-TCAAT--TAGCAAG
* * * ** * *
73972 AAAATTC-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCTG-AAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGT-TCTAT
437 AAAAGTCTATTTATAGCCACCCAAACCTT-TGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTCT-TAT
* *
74034 AATCTCAT
500 AATATCGT
*
74042 TATTGATTTTA
1 AATTGATTTTA
74053 GAAAATATGA
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TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAATCAATAGAAGAAAAGTCGATTTATAGCCACCCATGCTTCTC
AAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTTATTAAAATAGATTATAACCGAATGTCTACCTAAGGAAACACGAGAAAAAGCCATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
TTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTGGTTAAAACAGATTATAATGG
AATGTCTGCTTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCAATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCA
CCCAAACCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATATCGT
Found at i:72479 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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** * * * **
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* * * * ** * *
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* * * * *
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* *
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** * * * *
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* *
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*********** * *
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* * * * * * * * **
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65 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* ** * * * * * *
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* * * *
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1 -CATCCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAACCTTATTACTCGCT
* * * * *
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* ** * * ** *
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* * * * * * * * * *
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1 C-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTT
* * ** * *
73338 TAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTAAATATTTTTTGTTAAAATAT
65 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * *
73403 ATTATAACTAAATGTCTTCTTTAGGAAAAGTGATGTAAAAG
130 ATTATAACTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAAAAG
* * *
73444 CTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACATTATTACTCGCTT
1 C-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTT
** * * * * *
73509 TAAATAATTTTATAATCTCATTAA-TGATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAACTA
65 TAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
* * *
73573 TATTATAA-TGGAATGTTTGTTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAG
129 TATTATAACT-GAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAAAAG
* *
73615 CCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTT
1 -CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTT
* * * * * **
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65 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTAGTTAAAATA
* * ** * * *** *
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129 TATTATAACTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * * *
73787 TAATTCATTGGC-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATATCTTCC-GAACCTTATTACTCGCTT
1 -CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTT
* * * * *
73850 TAAATGGTTTTATAATGTCATTACTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAG
65 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
** * * * * * * *
73915 ATTATATTTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAGAAG
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* * * * * * ** * * *
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1 C-ATCCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAACCTTATTACTCGCT
* *
74020 TTAAATGGTTCTATAATCTCATTATTGATTTTA
64 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
74053 GAAAATATGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
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AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATA
TTATAACTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAAAAG
Found at i:74340 original size:171 final size:169
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Indices: 74059--83533 Score: 4303
Period size: 171 Copynumber: 55.5 Consensus size: 169
74049 TTTAGAAAAT
* * * * *
74059 ATGAAGACAAAGCCA-TCTATTGGTAAGAGAAGTCCGTTTATAGTCAGCC-ATGCC-TTCAAAAG
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* * *
74121 CCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTCTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAC
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* * * *
74186 TTTTTGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTAAGAAAT
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* * * *
74230 ATGAAGAAAAACTGATTCATTGGCAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCTATACCTTTCAAAGCAT
1 ATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCT
* * * *
74295 TATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATACTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTT
* *** * * * * *
74360 TGGTTAAAACGGATTCTATTTGATTTTCTACCTCAAAAAAC
129 TTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* ** * * * *
74401 ATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTTTATTAATAGGCACCTATGCC-TTCAAAAACT
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTC-AAAGCC
* ** * * *
74464 TTATTAGTCATTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTATAAT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTA-CAT
* * ** *
74529 TTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTCAGGAAAC
127 TTTTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTT-AAGAAAC
* * * * * * * * *
74572 ATGATGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTTAAAAGCC
1 ATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTCAAAGCC
* * *
74636 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTGATTGTAAGCTGAATTTTTTTACAGTT
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* * * * * * *
74701 TTAGTTAAAACAGATTATATTTGATTGTTTTCCTCAAGAAAC
128 TTTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* ** * * * *
74743 ATTAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATTTTCATTTATATTCA-CTCATGCATTCCAAAGCC
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTCAAAGCC
* ** * *
74807 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATTGTTGAATTTAAATTGAATTTTTTTACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
* * * *
74872 TTTGTCT-AAATAGATTTTGTTT-AATTGTCTACCTAAAGAAAC
128 TTTGT-TAAAATATATTATATTTGAA-TGTCTACCTTAAGAAAC
* ** * *
74914 ATGAA-AAAGAATCCATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATTCTCA-CTCATGCCTTCCAAA-T
1 ATGAAGAAA-AA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTCAAAGC
* * * * * * *
74976 TTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATGATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTTGCATT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* ** * *
75041 TTTTTTAAAATATATTATAGCTGAATGTCTACTTTAGGAAAC
128 TTTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * ** * * * *
75083 ATGATGCAAAAGCCA-TCTATTCACAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCTATGCCTTCCAAAGCT
1 ATGAAG-AAAAACCATTC-ATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCC
* **********
75147 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * **
75212 TTAGTTAAAACAAATTAGATTTCAATATCTGCCATGCGAAAC
129 TT-GTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* ** * * * *
75254 ATTAAGAAAAAGTTATTCATTAGCAATAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCT
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCT
* * * *
75319 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* *
75384 TGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAGGAAAC
130 TG-TTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTT-AAGAAAC
* * * * * * * * * * * * *
75425 GTGAAGTGAAAGCTATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACTTAAGTCTTTGAAAGCCT
1 ATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCT
* * * * * * * *
75490 TATTTCTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTTGAATTGTTTTATATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * *
75555 TAGATAAAATATTTTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
130 T-GTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * *
75596 ATGAAGAAAAAGCCACTAATTATG-AA-AAAAATCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTTTAAAAG
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATT-GGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT-ATGCC-TTTCAAAG
* * * *
75658 -CTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTATAATCTCATTATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTGACAT
62 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * *
75721 TCTTGGTTAAAATATATTATAATTGAGTGTTTA-CTTCAGGAAAC
127 T-TTTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTT-AAGAAAC
* * * * * * *
75765 AT-AATGCAGAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGCC
1 ATGAA-G-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCC
********** * *
75829 TTNNNNNNNNNNTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-T
* * * * * * *
75894 TTTTGATACAATATATCATAATTGAATATTTACC-TAGGAAAC
127 TTTTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * * * *
75936 ATGAGGAAAAAGCCACTCTTTAGCAA-AAAGAGTCCATTTAGAGTCA-CTCAAG-CTTTCAAAAG
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAA-AATCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTC-AAAG
* ********** * *
75998 CCTTATTACTTGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAG
62 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-
* * * * * * *
76063 TGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAT
126 TTTTTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * * * *
76107 GTGAAGTAAAAGCCATCCATTAGG--GGAAAAAGTCCCTTTATAGTCA-TTAATACC-TTCGAAA
1 ATGAAG-AAAAACCATTCATT-GGCAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTC-AAA
** * *
76168 GTATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
61 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
** * * * *
76233 TTTTTAGTTAAAATATATTATAACTAAATGTTTGCCTTGAGAAAC
126 TTTTT-GTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
** * * *
76278 ATGAAGCAAAAGTCA-TCTATTGGCAA-AAAAAGTTCATTTATAGTCACTTAAGCC-TTCAAAAG
1 ATGAAG-AAAAACCATTC-ATTGGCAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTC-AAAG
* * ********** * *
76340 CCTCATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTAAATTTTTTTATAT
62 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * ** *
76405 TTTTGGTTAAAACAAATTGTATTTGAATGT-TTGCTTCAGAAA-
127 TTTT-GTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * *** * * * * * * *
76447 ATATAATGCAAAAGCTATCCATTAATAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTTGAAAGT
1 AT-GAA-G-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGC
* * **
76512 CTTATTACTTC-CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATT-ACTTTTGAAAGTCT-AA-TTACTT
63 CTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTT--AAGT-TGAATTTTTTT
* * * * * * * *** *
76573 GC-TTTAAATG-GAAAGTCCATTTTTACATTT--TTGGT-TAAAAT-AGATAAT
123 ACATTT--TTGTTAAAAT--A-TATTATATTTGAAT-GTCTACCTTAAGA-AAC
***** ** * ** * * *** * *
76621 ATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACA-T-G-AAGGAAAAGT-GGTTTATTGGCAAGAAAAGTCTAT
1 A--TGAA-GAAAAAC-C---ATTCATTGGCAA-GAAAAATCCATTTATAGTC-ACCTATGCCT-T
* * * ** * * * * * *
76682 TTATAGTTACC-CATGCCTTCCAAGGCCTTATTATTTGCTTTA-AATGGTTTTATAAACTTGAAA
56 TCAAAG---CCTTATTAC-T-C---G-CTT-TAAATAGTTTTATAA---TCTCAT--A----A--
* * * *
76745 TTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTACAATTGAATGTCT-GCTTC
100 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTT-
*
76809 AGGAAAC
163 AAGAAAC
* * * * ** * *
76816 GTGACAGAAATACTATCCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGTCC
1 ATGA-AGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAG-CC
* * * ** * *
76881 -TATTAGTCACTTTAAATGGTTTGGTAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * *
76945 TAT-TTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTGAGAAAC
129 T-TGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * * * *
76986 ATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAATAAAAATCCATTTATATTCA-TTCATGCATTGCAAAGCC
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTCAAAGCC
* * * * *
77050 TTATTACTCGTTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * ** **
77114 TGGTTAAAAAAGATTCTATTTAAATGTCTATTTTGGGAAAC
129 TTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * *
77155 GTGAAGAAAAATTCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTTACCCATGCTTTTCAAAGCCT
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCT
* * * *
77220 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTTAA-TTGAATTGTTTTACATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * *
77284 TGGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACATTAAAAAAT
129 TTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * * * * * * *
77325 GTGATGTAAAAGCCATTCATTGGTAA-AAAAAGTACATTAATAGTTACCCAAGCCTTTCAAAGCA
1 ATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCC
* * * * *
77389 TTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * *
77453 TTAGTTAAAA-AAATTATATTTAAATGTCTGCCATAGGAAAC
129 TT-GTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * * * *
77494 GTGAAGAAAAACCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGTC-TTCTAAAGCCC
1 ATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTC-AAAGCCT
* * * * *
77558 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTGTTCACAGTTA
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * *
77622 AGTT-AAATATATTATAATTGAAT-TCTA-TTTTAGAAAAC
130 TGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAG-AAAC
* * ** * * ** * *
77660 GTGATGCAAAAGTCATT-ATTGACAAAAAAAAGTCTTTTTATAGTCA--TGTCGCACTTTGAAAG
1 ATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACCTAT-GC-CTTTCAAAG
* * * * *
77722 CCTTATTACTCACTTTAAATAGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTATAT
62 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * * **
77787 TTTTGATTGAAACAGATTATAATAGCATGTTTTCCTTGGGAAAC
127 TTTTG-TTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * *
77831 ATGAATAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCC-TTCTACAGCC
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTC-AAAGCC
* * * * *
77895 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGAATTTAAGTTGCATTTTTTTACATTG
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-
* * * * * * * *
77960 TTGGCTGAAATATGTTGTAATTGAATG-C-ATGCTTTAGAAAAC
128 TTTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTA-CCTTAAG-AAAC
* * * * * * * * *
78002 ATGATGCAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCA-TTACAGTCAGCC-AAGCCTTTGAAAGCC
1 ATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTTCAAAGCC
* * ********** *
78065 TTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAGTCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * *
78129 TTTGGTTAAAACAAATTCTATTTGAATGTTTGCCTTGAA-AAAC
128 TTT-GTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTT-AAGAAAC
** * * *
78172 ATGAAGAAAAACCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCC-TTCGAAAGCC
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTC-AAAGCC
* * * ********** * * *
78236 ATATTACTCACTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATACTG
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
* * ** * *
78301 TTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCAAAAGCCATC
128 TTTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAG-AAAC
*
78344 TATTAGAGAGAAAA--ATTCA-T-----------T-----TATAGTCA-CTCATGCC-TTCGAAA
1 -ATGA-AGA-AAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTC-AAA
********** *
78388 GNNNNNNNNNNCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATT-AGTTTTAAGATT-AATTTTTTTA
61 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAG-TTGAATTTTTTTA
* * * * * **
78451 TATTTTTTGTTAAAATATATTACAATTAAATGTCTACATTGGGAAAC
124 CA-TTTTTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * * * *
78498 ATGAAGCTAAAGCCATTCAATAG-ATAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGC
1 ATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCA-AGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTC-AAAGC
* * * *
78561 CTTATTAC-CTACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAATTTGAATTGTTTTACA
63 CTTATTACTC-GCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * *
78624 TTTTTGGTTAGAATATACTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAAC
126 TTTTT-GTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * ** * * * *
78669 ATGAAGTACAAGCTATCCATTGATAAGAAAATTTCC-TTCATAGTC-TCTCAAGCC-TTCAAAAG
1 ATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAA-ATCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTC-AAAG
* * * * * *
78731 CTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAACAATC-CTATAGTTGATTTGGAA-TTGAATTTTTTTAC
62 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTT-TAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
78794 ATTCTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGCCTACCTTGAG-AA-
125 ATT-TTTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * *
78838 ATGTAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGTCC--TCGAAA
1 ATG-AAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT-ATG-CCTTTC-AAA
** * ********** *
78900 GCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAC
61 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAC
* * * **
78965 ATTTTTTGTTGAAATATATTATAGTTGAATAT-TTGCTTAAAGAAAC
125 A-TTTTTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTT-AAGAAAC
*** * * * * * *
79011 ATGAAGAAATGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTCA-CTCAAGCC-TTCAAAAGCC
1 ATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTC-AAAGCC
* * * * * * ********** *
79074 TTATTATTCACTTTAAATGGCTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAANNNNNNNNNNTTTATATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * *
79139 TGGGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTGCCTTGAGAAAC
129 T-TGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * ** *
79181 ATGAAGAAAAAGTCATTCATTAGTAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT-AGAA-CC
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCA-AAGCC
* * * * *
79244 TTTATTACTTGCTTT-AATGGGTTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTATAGTCCCA
64 -TTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T---TGA-A-T----
* * *
79308 TATATTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACC-TAGGAAAAC
117 T-T-TTTTACATTTTTG-TTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAG-AAAC
* ** * * * ** * *
79364 GTGACA-AAATGCCATTTATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTTACCCATG-CTTTCAAAAG-C
1 ATGA-AGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTC-AAAGCC
* * * * * * *
79426 TATTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTAAAATC
64 T-TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-
*** * * * *
79491 TTTAAATAAAATATATTAGAATTGAATGTCT-GCTTCAGGAAAC
127 TTTTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTT-AAGAAAC
* ** * * * * * * **
79534 ATGATGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCAAGCCTTTGGAAGCCT
1 ATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCT
** * * * *
79599 TATTACTATCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * *
79663 TGAATAAAATGTATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAA-
130 TG-TTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* ** * * * **
79702 ATGTAAAGAAAAGCCACCCATTGG-TAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAAT
1 ATG--AAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGC
* * * *
79766 GTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATGATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACAT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * ** * *
79830 TTTTAGTTAAAATATATGATAATTGAATGT-TTGCTTCAGCCAAC
127 TTTT-GTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAG-AAAC
* * * * * * ** *
79874 GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCA-CTCAAACCTTTGAAAGCC
1 ATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTCAAAGCC
********** * * * **
79938 NNNNNNNNNNCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTGCTTACATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * *
80003 TAGGTTCAAAA-AGA-TATATTTGAATGTATGCCTCTAA-AAAC
129 T-TGTT-AAAATATATTATATTTGAATGTCTACCT-TAAGAAAC
* * * * * * * * *
80044 GTGAAGAAAAATTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACAC-ATGCGTTCCAAAGGC
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTTCAAAGCC
** * * * * * *
80108 TTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTAAATTTGAAGTTTTATATA-TT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * *
80172 TAGATAAAATATATTATAATTGAATGTATACCTTAGGAAAT
129 TTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * *
80213 GTGAA-AAAAAGTCACTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAATCACCTATACC-TTCGAAAAG-
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTC--AAAGC
* *** ********** *
80275 CTAATTACTTATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTT-AAATTTTTTACATT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * * * * * *
80339 TTTGGTACAAACAGATTATAATGGAGA-GTTTTCCTTGAGAAAT
128 TTTGTTA-AAATATATTATATTTGA-ATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * * * * * *
80382 GTGAAGAAAAAGTCACTCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGGCT
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCT
** * * *
80447 TATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * *
80512 TGGATAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAT
130 T-GTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * * ** * *
80553 GTGAAGAAAAAGCCACTCATTGACAA-AAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTTTGAAAGTC
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCC
* * * *
80617 TAATTACTCGCTTTAAAT-GCTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-T
* * * * * * * *
80681 TTTTATTAAAACAGATTATAATGGAGTGT-TAACCTCAAGAAAT
127 TTTTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCT-ACCTTAAGAAAC
** * ** * ** *
80724 ATGAAGAAAAAGTTACTCATTGATAAGAACAGCCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGACT
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCT
* * * ********** *
80789 TATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * * *
80854 TGGCTAAAA-GTATTATAATT-AATGTCTGCTTTAGGAAAT
130 T-GTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * * * * * * *
80893 GTGATGCAAAAGCCATCCATTGACGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAC-AAGCCTTTGAAAGTC
1 ATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTTCAAAGCC
* * * * * * *
80957 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAACTAATTTTAAGCTAAATATTTTTATATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * *
81022 TTGATTAAAACAGATTAAAATT-AGGTGT-TGGCCTT-AGAAAAC
129 TTG-TTAAAATATATTATATTTGA-ATGTCT-ACCTTAAG-AAAC
* * * * * * * *
81064 ATGAAGAAAAAGCTATTTATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTTTAAAGCCT
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCT
* * * ** * * *
81129 TATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAAACCCATTGTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTT
* * * *
81194 TGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAAC
129 TTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* *
81235 ATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCATCC-ATGCCTTCCAAAGCC
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTTCAAAGCC
* * * * * *
81299 TTATTACTCACTTTAAGTCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAATATTTTAC-TGT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-T
* * * * * * *
81363 TTTGGGTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTT-GGTAAAC
128 TTT-GTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAG-AAAC
* * * * * * * *
81406 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCCAAGGCTT
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCT
* ********** *
81471 TATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * *
81536 TACTTAAAAAAAATTATATTTGAAT-TTTACCTTGAGAAAC
130 T-GTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * ********** *
81576 GTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTNNNNNNNNNNTCATCC-ATGCCTTCCAAAGCC
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTTCAAAGCC
* * *
81640 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATAGATTTTAAG-AGAAATTTTTTTACATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATT
* * ** *
81704 TTTCGGTAAAATATATTATACTTGAATGT-TTGCTTCAACAAAC
128 TTT-GTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTT-AAGAAAC
* * * ** * * * * * *
81747 GTGATGCAAAAGCCA-TCTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTTGAAAGTC
1 ATGAAG-AAAAACCATTC-ATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCC
* * *** * *
81811 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAGCTTCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * *
81876 TTGTTAGAGTATAGTATAATTGAATGTCTA-CTTCAGGAAAC
129 TTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTT-AAGAAAC
** * * * * * * *
81917 GCGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-TTCAAGCC-TTCGAAAGC
1 ATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTC-AAAGC
* * * *
81980 CTTATTATTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACA-
63 CTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
82043 TTTGGCTTAAAGA-AGATAATATTTAAATGTCTGCCTCT-GGAAAT
127 TTTTG-TTAAA-ATATATTATATTTGAATGTCTACCT-TAAGAAAC
* * * * ** * * *
82087 GTGAAGAAAAGGCTATTCGTTGGCAAGAAATGTCAATTTATAGTCACCCT-TGTCTTCCAAAGCC
1 ATGAAGAAAA-ACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTTCAAAGCC
* ********** * * *
82151 TTATTACTGGCTTTAAATAGTTNNNNNNNNNNATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTATTTGCATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
* * * *
82216 TTTGTTCAAATATATTAT-TCTTGAATGTCTACTTTAGGAAAT
128 TTTGTTAAAATATATTATAT-TTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * * * * * *
82258 GTGAAGTAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTGATAGTTA-CTCAAG--TGTTCGAAAG
1 ATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT-ATGCCT-TTC-AAAG
*
82320 CCTTATTAC-C-CATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTC
62 CCTTATTACTCGC-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAC
* * * * *
82383 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT-AAGTGTTTGCCTT-AGTAAAC
125 ATTTTT-GTTAAAATATATTATATTTGAA-TGTCTACCTTAAG-AAAC
* * * * *
82429 ATGAAGAAAAATCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTT-AAAGCCTT
1 ATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCTT
** * * * * * *
82493 ATTTTTCAG-TTTAAATGGTTTTATAAGCTCTTACTTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTT
66 ATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * ** * * * *
82556 GGGTTGAACCAGATAATATTTGAGTGTCTGCCTTGAA-AAA-
130 -TGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTT-AAGAAAC
* * * * *
82596 AGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCTATGCC-TTCGAAAGC
1 A-TGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTC-AAAGC
* * * *
82660 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTGATAATTGATTTTAAGTTGAAAATTTTTTATAT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACAT
* * * * * *
82725 TGTTAGTT-AAATTTGATTTTGA-TTGAATGTCTGCCTTAGGAAAT
127 T-TTTGTTAAAATAT-ATTAT-ATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * * * **
82769 ATAAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGGA
1 ATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCA-AGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCC
* * ** * * ** * *
82833 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAAGTCAGAATTGGTTTTTGGTTTAA-CTTTTTAGCATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CA-T
** * * * **
82897 TTTTGTTAAAATATATTGCAATTGAATGTATGCCTTGGGAAAC
127 TTTTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
*** * * * * * *
82940 ATGAAGTGGGAGCCATTCATTGG-ATAGAAGAGTCCATTTAAAGTCACCCATACC-TTCAAAAGC
1 ATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCA-AGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTC-AAAGC
** * *
83003 CTTATTGTTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TGTAAATTTTTTT-CAT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACAT
* * **
83066 ACTATTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTCAAGAAAC
127 --T-TTTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTT-AAGAAAC
* * * *
83112 ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGACAAATCCATTTATAGTC-CCTAAAGCC-TTCAAAAGC
1 ATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTC-AAAGC
* ********** * *
83175 CTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTGAAGCTGAATTTTTTTACATG
63 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-
* * * * * * * * *
83240 ATTGGTTAAAACAGATAATAGTTGGATGTCTATCTTAAGAAAT
127 TTTTGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* ** * * * * *
83283 GTGAAGAAAAGTCATTCATTAGCAAGACAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCC-TTCTAAAGCCT
1 ATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTC-AAAGCCT
* * * *
83347 TATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAAGCTCTTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * ** *
83411 TGGATTAAAATAGA-TAGTATTTGAATGTCTGTCTTGAGAAAC
129 TTG-TTAAAATATATTA-TATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * * * * * * **
83453 GTAAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATATTC-GGTCATGCC-TTCGAAAGC
1 ATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTC-AAAGC
83516 CTTATTACTCGCTTTAAA
63 CTTATTACTCGCTTTAAA
83534 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 7032, Mismatches: 1852, Indels: 840
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
152 5 0.00
153 3 0.00
154 9 0.00
155 89 0.01
156 2 0.00
160 1 0.00
165 3 0.00
166 28 0.00
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175 16 0.00
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177 8 0.00
178 5 0.00
179 8 0.00
180 2 0.00
181 12 0.00
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185 5 0.00
186 8 0.00
187 1 0.00
188 8 0.00
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197 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTCAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
GTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
Found at i:74493 original size:456 final size:456
Alignment explanation
Indices: 73611--74508 Score: 1142
Period size: 456 Copynumber: 2.0 Consensus size: 456
73601 ACGTGAAGCA
* *
73611 AAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTA
* * *
73676 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTATGCTGAATTTTGTTTACATTTTTAGTTGA
66 GCTTTAAATGATTCTATAATCTCATTATTGATTTTAAGCTGAATTTTGTTTACATTTTTAGTTAA
** * * *
73741 AACGGACTATATTTGAATGTTTACCCCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTAATTCATTGGCAGAAAAG
131 AACAAACTATATTTGAATGTCTACCCCAAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAGAAAAG
* * * * *
73806 TTCATTTATAGTCACCCATATCTTCCGAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCAT
196 ATCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAACATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
73871 TACTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTAAATGTCTGCCT
261 TACTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACACTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCT
* * * * *
73936 CAAGAAACATAAAGAAGAAGCAATTCATTGGTAGAAAAAATTCATTTATAGTCACCTATGCCTTC
326 CAAAAAACATAAAGAAAAAGCAATTCATTGGAAGAAAAAATTCATTAATAGGCACCTATGCCTTC
** * * * *
74001 TGAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTCATTATTGATTTTAGAAAATATGAAGA
391 AAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAGAAAATATGAAGA
74066 C
456 C
* * * * *
74067 AAAGCCATCTATTGGTAAGAGAAGTCCGTTTATAGTCAGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTA
1 AAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTA
*
74132 GCTTTAAAT-AGTTCTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACACTTTTT-GTT
66 GCTTTAAATGA-TTCTATAATCTCATTATTGATTTTAAGCTGAATTTTGTTTACA-TTTTTAGTT
* * ** * *
74194 AAAACAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAACTGATTCATTGGCAAGAA
129 AAAACAAACTATATTTGAATGTCTACCCCAAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGC-AGAA
* * *
74259 AA-ATCAATTTATAGTCACCTATACCTTTCAAAGCATTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAAT
193 AAGATC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAA-CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * * *
74323 CTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATACTTTTGGTTAAAACGGATTCTATTTGATTTTC
256 CTCATTACTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACACTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTC
* * * *
74388 TACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGGCAAG-AAAAGTTTATTAATAGGCACCTAT
321 TACCTCAAAAAACATAAAGAAAAAGCAATTCATTGG-AAGAAAAAATTCATTAATAGGCACCTAT
* * * * *
74451 GCCTTCAAAAACTTTATTAGTCATTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
385 GCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTA
74509 ATTTGAATTT
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 62, Indels: 12
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
455 60 0.16
456 207 0.55
457 107 0.29
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (456 bp):
AAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTA
GCTTTAAATGATTCTATAATCTCATTATTGATTTTAAGCTGAATTTTGTTTACATTTTTAGTTAA
AACAAACTATATTTGAATGTCTACCCCAAGAAACATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAGAAAAG
ATCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAACATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
TACTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACACTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCT
CAAAAAACATAAAGAAAAAGCAATTCATTGGAAGAAAAAATTCATTAATAGGCACCTATGCCTTC
AAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAGAAAATATGAAGA
C
Found at i:75010 original size:969 final size:968
Alignment explanation
Indices: 73127--75021 Score: 2348
Period size: 969 Copynumber: 2.0 Consensus size: 968
73117 AAAAAGTTCA
** * * *
73127 TTTATAGTCACCCATACCTTCCGAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATTACT
1 TTTATAGTCACCCATACCTTCAAAACCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTCTATAATCCCATTACT
* * * *
73192 AATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTCAATGTTTGCCACTGG
66 AATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTCAATGTCTGCCACTAG
* ** * * *
73257 AAACTTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCAATGCCTTCCGAA
131 AAACTTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCAATACCTTCCAAA
* *
73322 GCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTAAATA
196 GCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTAAATA
* * * * * * * * * * * *
73387 TTTTTTGTTAAAATATATTATAACTAAATGTCTTCTTTAGGAAAAGTGATGTAAAAGCTATCCAT
261 CTTTTGGTTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTCAGAAAAAATGAAGAAAAAGCCATCCAT
* * *
73452 TGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACATTATTACTCGCTTTAAATAAT
326 TGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGGCACCCATGCCTTCAAAAACATTATTACTCACTTTAAATAAT
* * *
73517 TTTATAATCTCATTAATGATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAACTATATTATAAT
391 TTTATAATCTCATTAATGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATAATTTTGGTTAAAATATATTATAAT
* * * * *
73582 GGAATGTTTGTTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
456 GGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
73647 CACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTA
521 CACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTGATAATCTCATAATTGATTGTA
* * * * *
73712 TGCTGAATTTTGTTTACATTTTTAGTTGAAACGGACTATATTTGAATGTTTACCCCAAGAAACGT
586 AGCTGAATTTTGTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGACTATATTTGAATGTTTACCCCAAGAAACAT
* * *
73777 GAAGAAAAAGTAATTCATTGGCAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATATCTTCCGAACCTTATT
651 GAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATAGCTTCCAAACCTTATT
* * * *
73842 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATTACTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTAGT
716 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTACTGAATTTAAATTGAATCTTTTTACATTTTTAGT
* * **
73907 TAAAATAGATTATATTTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAGAAGCAATTCATTGGTAGAA
781 TAAAATAGATTATATTTAAATGTCTACCTAAAGAAACATAAAGAAGAAGCAATTCATTGCAAGAA
* * * * *
73972 AAAATTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCTGAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTCTATAAT
846 AAAATCCATTTATACTCACCTATGCCTTCTCAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAAT
* *
74037 CTCATTATTGATTTTAGAAAATATGAAGACAAAGCCATCTATTGGTAAGAGAAGTCCG
911 CTCATAATTAATTTTAGAAAATATGAAGACAAAGCCATCTATTGGTAAGAGAAGTCCG
* * * *
74095 TTTATAGTCAGCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTCTATAATCTCATTAT
1 TTTATAGTCACCCATACCTTCAAAA-CCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTCTATAATCCCATTAC
* * *
74160 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTT-GTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTGCC-TT
65 TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-CTTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTCAATGTCTGCCACT
* *
74223 AAGAAA-TATGAAGAAAAA-CTGATTCATTGGCAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCTATACCTT
129 -AGAAACT-TGAAGAAAAAGCT-ATTCATTAGCAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCAATACCTT
* * * * *
74286 TCAAAGCATTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
191 CCAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTT
** * * ** * * *
74351 TTATACTTTTGGTTAAAACGGATTCTATTTGATTTTCTACCTCA-AAAAACATGAAGAAAAAGCC
256 AAATACTTTTGGTTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTCAGAAAAA-ATGAAGAAAAAGCC
** * * * *
74415 AT-CATTGGCAAGAAAAGTTTA-TTAATAGGCACCTATGCCTTCAAAAACTTTATTAGTCATTTT
320 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCACTT-ATAGGCACCCATGCCTTCAAAAACATTATTACTCACTTT
* * * *
74478 AATTAGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTATAATTTTGGTTAAAATA
384 AAATAATTTTATAATCTCATTAA-TGATTTTAAGTTGAA-TTTTCTTATAATTTTGGTTAAAATA
* *
74542 TATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTCC
447 TATTATAATGGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTCC
* *
74607 ATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTGATAATCTCAT
512 ATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTGATAATCTCAT
* * *
74670 AATTGATTGTAAGCTGAATTTT-TTTACAGTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGATTGTTTTCC
575 AATTGATTGTAAGCTGAATTTTGTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGACTATATTTGAATGTTTACC
* * * ** * *
74734 TCAAGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATTTTCATTTATATTCACTCAT-GCAT
640 CCAAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGC-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATAGC-T
* ** *
74798 TCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATTGTTGAATTTAAATTGAATTTT
703 TCCAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTACTGAATTTAAATTGAATCTT
* * * * *
74863 TTTACATTTTTTGTCT-AAATAGATTTTGTTTAATTGTCTACCTAAAGAAACATGAAA-AAGAAT
767 TTTACATTTTTAGT-TAAAATAGATTATATTTAAATGTCTACCTAAAGAAACAT-AAAGAAGAAG
* * ** *
74926 CCATTCATTGACAAG-AAAAATCCATTTATTCTCA-CTCATGCCTTC-CAAATTTTATTACTCGC
830 CAATTCATTG-CAAGAAAAAATCCATTTATACTCACCT-ATGCCTTCTCAAACCTTATTACTCAC
*
74988 TTTAAATGGTTCTATGATCTCATAATTAATTTTA
893 TTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTA
75022 ACTTGAATTT
Statistics
Matches: 780, Mismatches: 129, Indels: 35
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
967 5 0.01
968 175 0.22
969 455 0.58
970 139 0.18
971 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (968 bp):
TTTATAGTCACCCATACCTTCAAAACCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTCTATAATCCCATTACT
AATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTCAATGTCTGCCACTAG
AAACTTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCAATACCTTCCAAA
GCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTAAATA
CTTTTGGTTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTACCTCAGAAAAAATGAAGAAAAAGCCATCCAT
TGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGGCACCCATGCCTTCAAAAACATTATTACTCACTTTAAATAAT
TTTATAATCTCATTAATGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATAATTTTGGTTAAAATATATTATAAT
GGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTGATAATCTCATAATTGATTGTA
AGCTGAATTTTGTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGACTATATTTGAATGTTTACCCCAAGAAACAT
GAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATAGCTTCCAAACCTTATT
ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTACTGAATTTAAATTGAATCTTTTTACATTTTTAGT
TAAAATAGATTATATTTAAATGTCTACCTAAAGAAACATAAAGAAGAAGCAATTCATTGCAAGAA
AAAATCCATTTATACTCACCTATGCCTTCTCAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAAT
CTCATAATTAATTTTAGAAAATATGAAGACAAAGCCATCTATTGGTAAGAGAAGTCCG
Found at i:75255 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 74083--83533 Score: 2399
Period size: 511 Copynumber: 18.4 Consensus size: 507
74073 ATCTATTGGT
* * * *
74083 AAGAGAAGTCCGTTTATAGTCAGC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTCT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT-T
* *
74147 -ATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTT-GTTAAAACAAATTATATTT
64 GATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATATTT
* * * * *
74210 GAATGTCTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAA-CTGATTCATTGGCAAGAAAAATCAATTTATAGT
128 GAATGTCTGCC-T-CGAAACATTAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAATTC-ATTTATAGT
* * * *
74274 CACCTATACCTTTCAAAGCATTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTA
189 CACC-ATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTA
* * * *
74339 AGTTGAATTTTTTTATACTTTTGGTTAAAACGGATTCTATTTGATTTTCTACCTCAAAAAACATG
253 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-GATTCTATTTAATTGTCTACCTCAAAAAACATG
* * ** *
74404 AAGAAAAAGCCATCATTGGCAAGAAAAGTTTATTAATAGGCACCTATGCCTTCAAAAACTTTATT
317 AAGAAAAAGCCATCATTGACAAGAAAAATCCATTAATACGCACCTATGCCTTCAAAAACTTTATT
* * * * * * *
74469 AGTCATTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTATAATTTTGG
382 ACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTTCAT-ATTTTGG
* * * *
74534 TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCACTAGT
446 TTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCACTAGC
*
74596 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGA
* * * *
74661 TAATCTCATAATTGATTGTAAGCTGAATTTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAT
66 TAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGAA
* * * *
74726 TGTTTTCCTCAAGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATTTTCATTTATATTCACT
131 TGTCTGCCTC--GAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA-ATTCATTTATAGTCAC-
* * * * * *
74791 CATGCATTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATTGTTGAATTTAAATT
192 CATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTAAGTT
* * *
74856 GAATTTTTTTACATTTTTTGTCTAAATA-GATTTTGTTTAATTGTCTACCT-AAAGAAACATGAA
257 GAATTTTTTTACATTTTTGGT-TAAA-ACGATTCTATTTAATTGTCTACCTCAAA-AAACATGAA
* * * * * *
74919 -AAAGAATCCATTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATTCTCA-CTCATGCCTTC-CAAATTTTAT
319 GAAA-AAGCCA-TCATTGACAAGAAAAATCCATTAATACGCACCT-ATGCCTTCAAAAACTTTAT
* * *
74981 TACTCGCTTTAAATGGTTCTATGATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTTGCAT-TTTT-
381 TACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTT-CATATTTTG
* * * * *
75044 TTTAAAATATATTATAGCTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCTATTCA-C
445 GTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCACT-AGC
* * * * *
75107 AAGAAAAGTCCATTTATGGTCAC-CTATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTG
* ********** * *
75171 ATAATCTTANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTAGATTTCA
65 ATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGA
* ** * * *
75236 ATATCTGCCATGCGAAACATTAAGAAAAAGTTATTCATTAGCAATAAAAATCCATTTATAGTCAC
130 ATGTCTGCC-T-CGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-GAAAATTCATTTATAGTCA-
* * *
75301 CCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTTAAG
191 CCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGAA-TTTAAG
* * ** * * * ** *
75365 TTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAA-TGTCTACTTCAGGAAACGTGA
255 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-CGATTCT-ATTTAATTGTCTACCTCAAAAAACATGA
** * * * ** * * * ** * *
75429 AGTGAAAGCTATCCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTCTA-GTCACTTAAGTCTTTGAAAGCCTTA
318 AGAAAAAGCCAT-CATTGA-CAAGAAAAATCCATTAATACG-CACCTATGCCTTCAAAAACTTTA
* * * * * * *
75492 TTTCTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTCTAAGTTGAATTGTTTT-ATATTTTT
380 TTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTTCATA-TTTT
* * * * * * * * * *
75556 AGATAAAATATTTTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-CTAATTATG
444 GGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATC-CACTA-G
75620 -
507 C
* * *
75620 AA-AAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTTAAAAG-CTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT-
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTG
* * * * * * * * *
75682 ATAATCTCATTATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTGACATTCTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGA
* * * * * * * * *
75747 GTGTTTACTTCAGGAAACA-TAATGCAGAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
130 ATGTCTGCCTC--GAAACATTAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCA
* * ********** * * * *
75811 CCTAAGCCTTTAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAG
191 CC-ATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTAAG
* * * * * * **
75876 TTGAATTGTTTTTATATTTTTTGATACAA-TATATCATAATTGAATAT-T-TACCT-AGGAAACA
255 TTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACGAT-TC-T-ATTTAAT-TGTCTACCTCAAAAAACA
* * * * * * * *
75937 TGAGGAAAAAGCCACTC-TTTAGCAA-AAAGAGTCCATTTAGA-GTCA-CTCAAGCTTTCAAAAG
315 TGAAGAAAAAGCCA-TCATTGA-CAAGAAA-AATCCATTAATACG-CACCT-ATGCCTTCAAAAA
* ** ********** * * *
75998 CCTTATTACTTGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ATA
375 CTTTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTTCATA
* * * * * * ** * * *
76062 GTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGTAAAAGCCATCCAT
440 -TTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCAC
76127 TAG-
504 TAGC
** * * * * **
76130 GGGAAAAAGTCCCTTTATAGTCA-TTAATACCTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
1 AAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * * * * ** *
76194 TATAACCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTA
64 GATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTG
* * * * * *
76259 AATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGTCA-TCTATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTC
129 AATGTCTGCC-T-CGAAACATTAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTC
* * * * * * *********
76323 ACTTAAGCC-TTCAAAAGCCTCATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAANNNNNNNNN
190 AC-CATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTA
* * * * * * * * * *
76387 NGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTGTATTTGAA-TGTTTGCTTCAGAAAATAT
253 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-GATTCTATTT-AATTGTCTACCTCAAAAAACAT
* * * * * * * * * *** *
76451 -AATGCAAAAGCTATCCATTAATAGGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCAAG-CTTTTGAAAGTC
316 GAA-GAAAAAGCCAT-CATTGACAAGAAAAATCCATTAATACG-CACCTATGCCTTCAAAAACT-
* *
76513 TTATTACTTC-CTTTAAATGGTT-TGATAATCTCATAATTACTTTTGAAAGTCTAATTACTTGCT
377 TTATTAC-TCACTTTAAATAGTTCT-ATAATCTCATAATTA--ATT-----T-T-A--ACTTG--
* * ** * * * *
76576 TTAAATGGAAAGTCCATTTTTACAT-TTTTGGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTTTGCCTCAA
427 ---AAT------T---TTTTT-CATATTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACTTCAG
* * *** ** * *
76640 GAAACATGAAGGAAAAGTGGTTTATTGGC
479 GAAACATGATGCAAAAGCCATCCACTAGC
* * * * * * * * * *
76669 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCCAAGGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGA
* * * * * * * * *
76734 TAAACTTGA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTACAATTGA
66 TAATC-TCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGA
* * * * * *
76798 ATGTCTGCTTCAGGAAACGTGACAGAAATA-CTATCCATTGGCAAG-AAATGTCCATTTATAGTC
130 ATGTCTGCCTC--GAAACATTA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAT-T-CATTTATAGTC
* * * * ** *
76861 ACCTAAGCCTTTAAAAGTCC-TATTAGTCACTTTAAATGGTTTGGTAATCTC-TTAATTGATTTT
190 ACC-ATGCCTTTCAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATT-ATTGAATTT
* * * * * * * ** *
76924 AAGTTGAATTTTTTAACATTTTAT--TTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTGAGAAACA
252 AAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TGGTTAAAA-CGATTCTATTTAATTGTCTACCTCAAAAAACA
* * * ** * * * *
76987 TAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAATAAAAATCCATTTATATTCA-TTCATGCATTGC-AAAGCC
315 TGAAGAAAAAGCCA-TCATTGACAAGAAAAATCCATTAATACGCACCT-ATGCCTT-CAAAAACT
** * * * * *
77050 TTATTACTCGTTTTAAATGGTT-TATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTT-ATATT
377 TTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTTCATATT
* * * ** * * ** * * * ** * * *
77113 TTGGTTAAAAAAGATTCTATTTAAATGTCTATTTTGGGAAACGTGAAGAAAAATTCATTCATTGG
442 TTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCACTAG
77178 C
507 C
* * * * * * * *
77179 AAGAAAAATCCATTTATAGTTACCCATGCTTTTC-AAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTG
* * * * * * * *
77243 ATGATCTCATAATTGATTTTTAA-TTGAATTGTTTTACA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTA
65 ATAATCTCATAATTGA-TTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTG
* * ** * * * * * * * *
77306 AATGTCTACATTAAAAAATGTGATGTAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTACATTAATAGTTA
129 AATGTCTGCCTCGAAACAT-T-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCA
* * * * *
77371 CCCAAGCCTTTCAAAGCATTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAG
191 -CCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTAAG
* * ** * * * ** *
77436 TTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAATTATATTTAAATGTCTGCCAT-AGGAAACGTGAA
255 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGATTCTATTTAATTGTCTACC-TCAAAAAACATGAA
* * * * * * * * * **
77499 GAAAAA-CCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGTCTTCTAAAGCCCTATTA
319 GAAAAAGCCA-TCATTGACAAGAAAAATCCATTAATACGCACCTATGCCTTCAAAAACTTTATTA
* * ** * * * * **
77563 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA--TTGTTCACAGTTAAGTT
383 CTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTTCATATTTTGGTT
* * * * * * * *
77626 -AAATATATTATAATTGAAT-TCTATTTTAGAAAACGTGATGCAAAAGTCAT-TA-TTGAC
448 AAAATATATTATAACTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCACTAG-C
* ** * ** *
77683 AAAAAAAAGTCTTTTTATAGTCATGTC--GCACTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGGT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GT
* * * * * * *
77746 TT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTATATTTTT-GATTGAAACAGATTATAA
62 TTGATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAAATTATAT
* * * * * * * * *
77809 TAGCATGTTTTCCTTGGGAAACATGAATAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAC
126 TTGAATGTCTGCC-T-CGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAG
* * **
77874 TCACCCATGCC-TTCTACAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGAATT
188 TCA-CCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGAATT
* * * * * * * * * *
77938 TAAGTTGCATTTTTTTACATTGTTGGCTGAAATATG-TTGTAATTGAA-TG-CATGCTTTAGAAA
251 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TTAAA-ACGATTCT-ATTTAATTGTC-TACCTCAAAAA
* * * * * * **
78000 ACATGATGCAAAAGCCATCCATT-AGTAAGAAAAGTCCATT-ACA-GTCAGCC-AAGCCTTTGAA
312 ACATGAAGAAAAAGCCAT-CATTGA-CAAGAAAAATCCATTAATACG-CA-CCTATGCCTTCAAA
* * * * ********** * *
78061 AGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAGTCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTAAATTTTTTTA
373 AACTTTATTACTCACTTTAAATAG-TTCTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTT-
* * * ** * * * * * * *
78125 CAT-TTTTGGTTAAAACAAATTCTATTTGAATGTTTGCCTTGA-AAAACATGAAGAAAAACCCAT
436 CATATTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCT-ACTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCAT
* * *
78188 TCA-TTGAT
500 CCACTAG-C
* * * * * * * *****
78196 AAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCTTCGAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGGNNNNN
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGA
***** * * * * * * *
78261 NNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATACTGTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGA
* *
78325 ATG--T--CT----AC------CAAAAGCCA-TCTATTAG-AGAGAAAAATTCATTTATAGTCAC
130 ATGTCTGCCTCGAAACATTAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCA-AG-AAAATTCATTTATAGTCAC
********** * * * *
78374 TCATGCC-TTCGAAAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATT-AGTTTTAA
192 -CATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGA-ATTTAA
* * ** * * * ****
78437 GATT-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTAC-AATTAAATGTCTACATTGGGAAACAT
254 G-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-CGATT-CTATTTAATTGTCTACCTCAAAAAACAT
** * * * * * * *
78500 GAAGCTAAAGCCATTCAATAGA-TAGAAAAGTCCATCT-ATA-GTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
316 GAAGAAAAAGCCA-TC-ATTGACAAGAAAAATCCAT-TAATACG-CACCTATGCCTTCAAAAACT
* * * *
78562 TTATTAC-CTACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAATTTGAATTGTTTTACAT
377 TTATTACTC-ACTTTAAATAG-TTCTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATT-TTTTTCAT
* * * * * * * *
78625 -TTTTGGTTAGAATATACTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAACATGAAGTACAAGCTATCCA-
439 ATTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCAC
* *
78688 TTGAT
504 TAG-C
* * * * * *
78693 AAGAAAATTTCC-TTCATAGTCTCTCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTA
1 AAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTG
* * * * * *
78757 ACAATC-CTATAGTTGATTTGGAA-TTGAATTTTTTTACATTCTTAGTTAAAATAGATTATATTT
65 ATAATCTC-ATAATTGA-TTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTT
* * * * * *
78820 GAATGCCTACCTTGAGAA-ATGTAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
128 GAATGTCTGCCTCGA-AACAT-TAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTC
** **********
78884 ACTCATGTCC--TCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTT-AATTT
190 AC-CATG-CCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGAA-TT
* * * * * *
78946 TAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTGAAATA-TATTATAGTTGAATAT-T-T-GCTTAAAG
251 TAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTT-AAA-ACGATTCTA-TTTAAT-TGTCTACCTCAAA-
* * ** * * *
79007 AAACATGAAG-AAATGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTACTT-ATA-GTCA-CTCAAGCCTTCA
310 AAACATGAAGAAAAAGCCAT-CATTGACAAGAAAAATCCA-TTAATACG-CACCT-ATGCCTTCA
* * * * * **********
79068 AAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGCTT-TATAAGCTCATAATTAATTTTAANNNNNNNNNNTT
371 AAAACTTTATTACTCACTTTAAATAG-TTCTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTT
* * ** * * * * *
79132 T-ATATTTTGGGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGTC
435 TCATATTTT-GGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCT-ACTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCC
* * *
79195 ATTCATTAGT
498 ATCCACTAGC
* * * * * * *
79205 AAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAGAA-CCTTTATTACTTGCTTT-AATGGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTT
* * * * * *
79268 TATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTATAGTCCCATATATTTTATATTTTT-GATTAAAA
64 GATAATCTCATAATTGATTGTAAG-T---TGA-A-T----T-T-TTTTACATTTTTAG-TTAAAA
* * * * * * * * * * *
79332 TATATTATAATTGAATGTCTACCTAGGAAA-ACGTGACAAAATGCCATTTATTGGTAAGAAAAGT
116 CAAATTATATTTGAATGTCTGCCT-CGAAACA-TTAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-T
* * * *
79396 TTATTTATAGTTACCCATG-CTTTCAAAAG-CTATTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAATCTC
178 TCATTTATAGTCA-CCATGCCTTTC-AAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * *** ** ** *
79459 ATAATT-AATTTTAAATTGAATTTTTTAAAATCTTTAAATAAAATATATTAGAATTGAA-TGTCT
240 ATTATTGAA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-CGATT-CTATTTAATTGTCT
* * ** * * * ** * * * * *
79522 GCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCTTTTATA-GTCACCCAAG
302 ACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCAT-CATTGACAAGAAAAATCCATTAATACG-CACCTATG
*** * * * ** *
79586 CCTTTGGAAGCCTTATTACT-ATCTTTAAATGGTT-TCATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGA
365 CCTTCAAAAACTTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTCT-ATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGA
* * ** * * * *
79649 ATGTTTTACAT-TTTTGAATAAAATGTATTATAATTGAATGTCTACCTCA-GAAA-ATGTAAAG-
428 ATTTTTTTCATATTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACTTCAGGAAACATG--ATGC
* * *
79710 AAAAGCCACCCA-TTGG
491 AAAAGCCATCCACTAGC
* * *
79726 TAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAATG--TTATTACTCGCTTTAAAT-GAT
1 AAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-CAAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-T
* * * * * * * * *
79788 TTTATGATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAATATATGATAAT
62 TTGATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATATT
* * * * * * * * *
79853 TGAATGTTTGCTTCAGCCAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGC
127 TGAATGTCTGCCTC-G-AAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAATTC-ATTTATAGT
** * ********** * * *
79918 CACTCAAACCTTTGAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
189 CAC-CATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTA
* * ** * * * * * * *
79983 AGATAAATTTGCTTACATTTTAGGTTCAAAAAGA-TATATTTGAA-TGTATGCCTCTAAAAACGT
253 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACGATTCTATTT-AATTGTCTACCTCAAAAAACAT
** ** * * * **
80046 GAAGAAAAATTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCT-ATA-GTCACAC-ATGCGTTCCAAAGGC
316 GAAGAAAAAGCCA-TCATTGACAAGAAAAATCCAT-TAATACG-CAC-CTATGCCTT-CAAAAAC
* ** * * * * * * *
80108 -TTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTAAATTTGAAGTTTTAT-ATA-
376 TTTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTTCATAT
* * * * ** ** * *
80170 TTTAGATAAAATATATTATAATTGAATGTATACCTT-AGGAAATGTGA-AAAAAAGTCA-CTCAT
441 TTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTA-CTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATC-CAC
*
80232 TGGC
504 TAGC
* * * ***
80236 AAGAAAAATCCATTTATAATCAC-CTATA-CCTTCGAAAAG-CTAATTACTTATTTTAAATAGTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A-AGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* ********** * * * *
80298 TTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTT-AAATTTTTTACATTTTT-GGTACAAACAGATTATAAT
63 TGATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA-AAACAAATTATATT
* * * * * * * *
80361 GGAGA-GTTTTCCTTGAGAA-ATGTGAAGAAAAAGTCACTCATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATA
127 TGA-ATGTCTGCCTCGA-AACAT-T-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAATTC-ATTTATA
* * * * *
80424 GTCACCCATGCCTTCCAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTACAATCTCATAATTG-ATT
187 GTCA-CCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGAATT
* * ** * * * **
80488 TAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGATAAAATATATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAGGAAA
251 T-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-CGATTCT-ATTTAATTGTCTACCTCAAAAAA
** * * * ** **
80552 TGTGAAGAAAAAGCCACTCATTGACAA-AAAAAGTCTATTTATA-GTCACCCACACCTT-TGAAA
313 CATGAAGAAAAAGCCA-TCATTGACAAGAAAAA-TCCATTAATACG-CACCTATGCCTTCAAAAA
* * * * * * * * *
80614 GTCTAATTACTCGCTTTAAAT-GCTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTAC
375 CT-TTATTACTCACTTTAAATAG-TTCTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTGAA-TTTTTTTC
** * * * * * * * * **
80678 AT-TTTTTATTAAAACAGATTATAA-TGGAGTGT-TAACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGTTA-
437 ATATTTTGGTTAAAATATATTATAACT-GAATGTCT-ACTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCAT
* *
80739 CTCA-TTGAT
500 C-CACTAG-C
* * * * * * *
80748 AAGAACAGCCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTTC-AAAGACTTATTATTCACTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* ********** * * * * ** *
80811 TATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGCTAAAA-GTATTATAATT-
64 GATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTG
* * * * * * * * *
80874 AATGTCTGCTTTAGGAA-ATGTGATGCAAAAGCCATCCATTGACGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
129 AATGTCTGC-CTCGAAACAT-T-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTC
* * * * * * *
80938 ACACAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAACT-AATTTTA
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* * * * * ** * ** * * *
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* * ** * * * * * ** * *
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* * * ** * *
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* * ** * * * * * *
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*
81257 GT
506 GC
* * * * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTG
* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * **********
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* ** ** * ** * * *
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* * *********** * * *
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* * * **
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* * ** * * *
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*
81768 GAT
506 G-C
* * ** * * * *
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*** * * * * ** * * *
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* * *** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * ** ** * * *
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** * * * ** * * * * * ** *
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* * * **** * * *
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* ** * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * *
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375 CTTTATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAA-CTTGAATTTTTTT-CA
* * * ** * * ** * * *
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*
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501 CACTAGC
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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**
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Statistics
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* *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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** * **
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* * * * ** **
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* **
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* * * * **********
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* * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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575 ACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTAATTGTAAGCTAAATTTTTTTACATTTTAGAT
* * * *
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* ** * * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * * ********** *
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571 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTAATTGTAAGCTAAATTTTTTTACA-TTT
* * * *
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* * ** ** * * * * **
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* * ** * * * ** **
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190 ACAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAA-CATTATTACTCGCTTTAAAT-GG
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76363 TTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTGTATT
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* * * * * * * *** ** * * * *
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* * * * * * * * * * * *
76748 ATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTACAATTGAATGTCTGCTTCAGGA
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674 AAC
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76816 GTGACAGAAATA-CTATCCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTTAAAAGT
1 ATGA-AGAAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATG-CTTCAAAAG-
* * * ** * *
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* * * * * ** *
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* * * * ** * *
77201 CCCATGCTTTTC-AAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTTA
381 CCTATGC-CTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTA
* * * * * * * * * ** **
77265 A-TTGAA-TTGTTTTAC-ATTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACATTAAAAAATGT
444 AGTTGAATTTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAAATTAGAATTCAATATCTGC-TCAGGAAACAT
* * * * * * * * * * *
77327 GATGTAAAAGCCATTCATTGGTAA-AAAAAGTACATTAATAGTTACCCAAGCCTTTCAAAGCATT
508 GAAGAAAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTT
* * * * * * * * * *
77391 ATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTT
572 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTAATTGTAAGCTAAATTTTTT-TACATTTT
* * * * *
77455 AG-TTAAAA-AAATTATATTTAAATGTCTGCCAT-AGGAAAC
636 AGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAAC
* ** * * * * * *
77494 GTGAAGAAAAA-CCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGTCTTCTAAAGCCC
1 ATGAAGAAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATG-CTTCAAAAGCCT
* * * * * *
77558 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTGTTCACA-GTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
** * * * * ** * * **
77621 AAGTTAAATATATTATAATTGAAT-TCTA-TTTTAGAAAACGTGATGCAAAAGTCATT-ATTGAC
130 TTGTTAAA-AAATTTTATTTGAATGTCTACCTAAAG-AAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGAC
* ** * * * *
77683 AAAAAAAAGTCTTTTTATAGTCA-T-GTCGCACTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGGT
192 AAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACTCAT-GC-CTTTCAAA-CATTATTACTCGCTTTAAAT-GGT
* * * ** * * * * *
77746 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTGTTTTATATTTTTGATTGAAACAGATTATAATA
252 TTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* * * * * **
77811 GCATGTTTTCCTT-GGGAAACATGAAT-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAC
316 GAATG-TCTACTTCAGGAAACATG-ATGCAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGG
* * * * * ** * * *
77874 TCACCCATGCCTTCTACAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGAATTT
378 TCACCTATGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * ** * * * *
77939 AAGTTGCA-TTTTTTTAC-ATTGTTGGCTGAAATATGTT-GTAATTGAAT-GCATGCTTTAGAAA
443 AAGTTGAATTTTTTTTACAATT-TTAGTTAAAACAAATTAG-AATTCAATATC-TGC-TCAGGAA
* * * * * * * *
78000 ACATGATGCAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCA-TTACAGTCAGCCAAGCCTTTGAAAGC
504 ACATGAAGAAAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGC
* * * ********** * *
78064 CTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAGTCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
569 CTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTGATAATCTCATAATTAATTGTAAGCTAAATTTTTTTACAT
* * * * * * * *
78128 TTTTGGTTAAAACAAATTCTATTTGAATGTTTGCCTTGAA-AAAC
633 TTTAGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAAC
* * * * * * *
78172 ATGAAGAAAAACCCATTCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
1 ATGAAGAAAAAGCCATCCATTAG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATG-CTTCAAAAGCC
* * * ********** * * * * * *
78236 ATATTACTCACTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATACTG
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * ** *
78301 TTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-AAA-AGCCAT---------CTATT-A--GA-
129 TTTGTTAAAA-A-ATTTTATTTGAATGTCTACCTAAAGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGAC
* * ********** *
78351 GAGAAAAATTCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCGAAAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAATAGTTTT
192 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAA-CATTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTT
* * ** * *
78415 ATAATGTCATAATT-AGTTTTAAGATT-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTACAATT
254 ATAATCTCATTATTGA-TTTTAAG-TTGAATTTTTTTGCA-TTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* * * * * * * *
78478 AAATGTCTACATT-GGGAAACATGAAGCTAAAGCCATTCAATAG-ATAGAAAAGTCCATCTATAG
316 GAATGTCTAC-TTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCA-TCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATGG
* * * * *
78541 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-CTACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTCATT
378 TCACCTATGCCTTCAAAAACTTTATTACTC-ACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * * * * * *
78604 TTAATTTGAA-TTGTTTTACATTTTTGGTTAGAATATACTATAATTGAATGTCTACTTTAGGAAA
441 TTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAAATTAGAATTCAATATCTGC-TCAGGAAA
* * * * * * * * * *
78668 CATGAAGTACAAGCTATCCA-TTGATAAGAAAATTTCC-TTCATAGTCTCTCAAGCCTTCAAAAG
505 CATGAAGAAAAAGCCATCCACTAG-CAAGAAAA-ATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAG
* * * * * * * * *
78731 CTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAACAATC-CTATAGTTGATTTGGAA-TTGAATTTTTTTAC
568 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTC-ATAATT-AATTGTAAGCTAAATTTTTTTAC
* * * **
78794 ATTCTTAG-TTAAAATAGATTATATTTGAATGCCTACCTTGAG-AA-
631 ATT-TTAGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * * * * *
78838 ATGTAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCCTCGAAAGCC
1 ATG-AAGAAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATG-CTTCAAAAGCC
** * **********
78903 TTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTT-AATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGAA-TTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAT
* * * * * * * *** *
78967 TTTTTGTTGAAATATATTATAGTTGAATATTTGCTTAAAGAAACATGAAGAAATGTCATCCATTG
127 TTTTTGTT-AAA-AAATTTTATTTGAATGTCTACCTAAAGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTG
** * * * * * * *
79032 GTAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGCT
190 ACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAA-CATTATTACTCGCTTTAAATGG-T
* * * ********** ** * * *
79096 TTATAAGCTCATAATTAATTTTAANNNNNNNNNNTTTATATTTTGGGTTAAAATAGATAATATTT
252 TTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTT-GGTTAAAATATATTATAATT
* * * * * * * * *
79161 GAATGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAGTAAGAAATGTCCATTTATAGT
316 GAATGTCT-ACTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGT
* * * * ** * * *
79225 CACCCATGCCTTTAGAACCTTTATTACTTGCTTT-AATGGGTTTTATAAACTTATAATTGATTTT
379 CACCTATGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * * * * * *
79289 AAGTTAAATTATAGTCCCATATATTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
443 AAGTTGAATT-T--T----T-T-TTACA-ATTTTAG-TTAAAACAAATTAGAATTCAATATCTGC
* * * ** * * * * ** * *
79354 -CTAGGAAAACGTG-ACAAAATGCCATTTATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTTACCCATG-C
497 TC-AGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* * * * * ** *
79416 TTTCAAAAG-CTATTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAAT
560 TTT-AAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTAATTGTAAGCTAAAT
* * * * * * * * *
79480 TTTTTAAAATCTTTA-AATAAAATATATTAGAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAAC
623 TTTTTTACAT-TTTAGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * * * * * ***
79534 ATGATGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACCCAAGCCTTTGGAAGCC
1 ATGAAGAAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCATG-CTTCAAAAGCC
** * * * * * *
79598 TTATTACTATCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTACA-TT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * **
79661 TTTG--AATAAAATGTATTATAATTGAATGTCTACCT-CAGAAA-ATGTAAAGAAAAGCCACCCA
129 TTTGTTAA-AAAAT-T-TTAT--TTGAATGTCTACCTAAAGAAACATG--AAGAAAAACCATTCA
** * *
79722 TTG-GTAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAA-ATGTTATTACTCGCTTTAAAT
187 TTGACAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAACA--TTATTACTCGCTTTAAAT
* * ** * *
79785 GATTTTATGATCTCA-TAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAATATATGA
249 G-GTTTATAATCTCATTA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCA-TTTTGGTTAAAATATATTA
* * ** * * *
79849 TAATTGAATGTTTGCTTCAGCCAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
311 TAATTGAATGTCTACTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * ** ** * *********** *
79914 TAGCCA-CTCAAACCTTTGAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA
375 TGGTCACCT-ATGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * ** * * * * * *
79978 TTTTAAGAT-AAATTTGCTTAC-ATTTTAGGTTCAAAA-AGA-TATATTTGAATGTATGCCTCTA
439 TTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTA-GTT-AAAACAAATTAGAATTCAATATCTG-CTC-A
* * ** * * * * * * * * * * **
80039 -AAAACGTGAAGAAAAATTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACACATGCGTTCCA
500 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAA
* ** * * * ** * * *
80103 AAGGCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATGTCATAATTGATT-TAAATTTGAAGTTTTAT
565 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTAATTGT-AAGCTAAATTTTTTT
* * * * * * *
80167 ATA-TTTAGA-TAAAATATATTATAATTGAATGTATACCTTAGGAAAT
629 ACATTTTAGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * * * * *
80213 GTGAA-AAAAAGTCA-CTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAATCAC-CTATACCTTCGAAAAG
1 ATGAAGAAAAAGCCATC-CATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AT-GCTTC-AAAAG
* *** ********* *
80275 -CTAATTACTTATTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-TANNNNNNNNNNAGTT-AAATTTTTTACA
62 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTA-TTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * ** ** * *
80337 -TTTTTGGTACAAACAGATTATAATGGAGA-GTTTTCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGTCACTC
126 TTTTTTGTTA-AAA-A-ATTTTATTTGA-ATGTCTACCTAAAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTC
* * * * * * *
80400 ATTGGCAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGGC-TTATTACTCGCTTTAAAG
186 ATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAA--CATTATTACTCGCTTTAAAT
* * * ** *
80464 GGTTTTACAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGATAAAATATATTAT
249 GG-TTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCA-TTTTGGTTAAAATATATTAT
** * * * * *
80529 AATTGAATGTCTACCTT-AGGAAATGTGAAGAAAAAGCCACTCATTGACAAAAAAAGTCTATTTA
312 AATTGAATGTCTA-CTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * ** ** * * * *
80593 TAGTCACCCACACCTT-TGAAAGTCTAATTACTCGCTTTAAAT-GCTTTTATAATTTCATAATTG
375 TGGTCACCTATGCCTTCAAAAACT-TTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTG
** * * * ** * * *
80656 ATTTTAAGTT-AAAGTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATGGAGTGT-TAACCTCA
438 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-ATTTTAGTTAAAACAAATTAGAATTCAATATCT--GCTCA
* * ** * * * ** * *
80718 AGAAATATGAAGAAAAAGTTA-CTCA-TTGATAAGAACAGCCCATTTATAGTCACCTATGCCTTT
500 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATC-CACTAG-CAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTT
* * * * * * ********** * * * *
80781 CAAAGACTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATATTTT
563 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTAATTGTAAGCTAAATTTTTT
* ** * * * * *
80846 TACATTTTTGGCT-AAA-AGTATTATAATT-AATGTCTGCTTTAGGAAAT
628 TACATTTTAGATTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * * * * * ** *
80893 GTGATGCAAAAGCCATCCATT-GACGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGTC
1 ATGAAGAAAAAGCCATCCATTAG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATG-CTTCAAAAGCC
* * * * * * *
80957 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAACT-AATTTTAAGCTAAATATTTTTATA-T
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGAA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
** * * * * * *
81020 TTTTGATTAAAACAGATTAAAATT-AGGTGT-TGGCCT-TAGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTT
128 TTTTG-TTAAAA-A-ATTTTATTTGA-ATGTCT-ACCTAAAG-AAACATGAAGAAAAA-CCATTC
** * * * * * *
81082 ATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
186 ATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAA-CATTATTACTCGCTTTAAAT-
* * * * * * ** * *
81147 GATTTATAAACCCATTGTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGATTATA
249 GGTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCA-TTTTGGTTAAAATATATTATA
* * * * * *
81212 TTTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTAT
313 ATTGAATGTCTA-CTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
81276 AGTCATCC-ATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTCGTTTTATAATCTCATAATTGAT
376 GGTCA-CCTATGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** * * * * * * * * * *
81340 TTTAAATTGAA-ATATTTTACTGTTTTGGGTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGC-CTTGGTA
440 TTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAAATTAGAATTCAATATCTGCTC-AGG-A
* * * * * * ** *
81403 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCCAAGG
503 AACATGAAGAAAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAG
* * * ********* *
81468 CTTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNT-TAAGTTAAATTTTTTTACA
568 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTC-ATAATTAATTGTAAGCTAAATTTTTTTACA
* * * * * **
81532 TTTTTA-CTTAAAAAAAATTATATTTGAAT-TTTACCTTGAGAAAC
632 -TTTTAGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * * ********** *
81576 GTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTNNNNNNNNNNTCA-TCCATGCCTTCCAAAGCC
1 ATGAAGAAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CATG-CTTCAAAAGCC
* * * * *
81640 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATAGATTTTAAG-AGAAATTTTTTTACATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTAAGTTG-AATTTTTTTACATT
* * * * * * * * * * * *
81704 TTTCGGTAAAATATATTATACTTGAATGTTTGCTTCAACAAACGTGATGCAAAAGCCA-TCTATT
128 TTTTGTTAAAA-A-ATTTTATTTGAATGTCTACCTAAAGAAACATGAAG-AAAAACCATTC-ATT
* * * * * * *
81768 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTTGAAAGTC-TTATTACTCACTTTAAATGGT
189 GACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAA--CATTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * ** * * * *
81832 TT-TAGCTTCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAGAGTATAGTATAAT
252 TTATA--ATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTGGTTAAAATATATTATAAT
** * * * *
81896 TGAATGTCTACTTCAGGAAACGCGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
315 TGAATGTCTACTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGT
* * * * * * *
81961 CA-TTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATCGATTT
379 CACCT-ATGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * *
82024 TAAGTTGAA-TTTTCTTAC-A-TTTGGCTTAAAGA-AGATAATATTTAAATGTCTGCCTCTGGAA
442 TAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTAG-TTAAA-ACAAATTAGAATTCAATATCTG-CTCAGGAA
** * * * ** * ** * ** * **
82085 ATGTGAAGAAAAGGCTATTCGTTGGCAAGAAATGTCAATTTATAGTCACCCTTGTCTTCCAAAGC
504 ACATGAAGAAAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGC
* ********** * * * * *
82150 CTTATTACTGGCTTTAAATAGTTNNNNNNNNNNATAATTGAGTT-TAAGTTGAATTTATTTGCAT
569 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATT-AATTGTAAGCTAAATTTTTTTACA-
* * * * ** * * * *
82214 TTTTTG-TTCAAATATATTATTCTTGAATGTCTACTTTAGGAAAT
632 TTTTAGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
* * * * * * *
82258 GTGAAGTAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTGATAGTTACTCAAGTG-TTCGAAAGCC
1 ATGAAGAAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-A-TGCTTCAAAAGCC
* * *
82322 TTATTAC-C-CATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTTCAT
64 TTATTACTCGC-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTAAGTTGAATT-TTTTTACAT
* * * * * * *
82385 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATT-AAGTGTTTGCCT-TAGTAAACATGAAGAAAAATCATTCAT
127 TTTTTGTTAAAA-A-ATTTTATTTGAA-TGTCTACCTAAAG-AAACATGAAGAAAAACCATTCAT
** * * * * **
82448 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTT-AAAGCCTTATTTTTCAG-TTTAAATGG
188 TGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAA-CATTATTACTC-GCTTTAAATGG
* * * ** * *
82511 TTTTATAAGCTC-TTACTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAT--ATTTTGGGTTGAACCAGATAAT
251 -TTTATAATCTCATTA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TGCATTTT-GGTTAAAATATATTAT
* * * * * * * * * *
82573 ATTTGAGTGTCTGCCTT--GAAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGTAAGAAAAGTCTATTT
312 AATTGAATGTCT-ACTTCAGGAAACA-TGATGCAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** * * * * * *
82636 ATAATCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTGATAATTGA
374 ATGGTCACCTATGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
** * *** * * * * *
82701 TTTTAAGTTGAAAATTTTTTA-TATTGTTAGTTAAATTTGATTTTG-ATTGAATGTCTGCCTTAG
439 TTTTAAGTTGAATTTTTTTTACAATT-TTAGTTAAA-ACAAATTAGAATTCAATATCTG-CTCAG
* * * * * * ** * *
82764 GAAATATAAAGCAAAAGCCATCCA-TTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTGA
501 GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCACTAGCA-AGAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAA
** * * * ** * ** * ** * * *
82828 AAGGATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAAGTCAGAATTGGTTTTTGGTTTAA-CTTTTTA
565 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTAATTGTAAGCTAAATTTTTTTA
* * * ** * * ***
82892 GCATTTTTTG-TTAAAATATATTGCAATTGAATGTATGCCTTGGGAAAC
630 -CA-TTTTAGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC
**** * * * * * * *
82940 ATGAAGTGGGAGCCATTCATT-GGATAGAAGAGTCCATTTAAAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
1 ATGAAGAAAAAGCCATCCATTAGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT-GCTTCAAAAGCC
** * * * *
83004 TTATTGTTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TGTAAATTTTTTT-CATA
64 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTAAGT-TGAATTTTTTTACAT-
* * * * * * * * * *
83067 CTATTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
127 -TTTTTGTTAAAA-A-ATTTTATTTGAATGTCTACCTAAAGAAACATGAAG-AAAAACCATTCAT
* * * * * * * ***
83132 TGGCAAGACAAATCCATTTATAGTCCCTAAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAANNNN
188 TGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAA-CATTATTACTCGCTTTAA-ATG
****** * * * * * * * * *
83196 NNNNNNAATCTCATAATTGATTTGAAGCTGAATTTTTTTACATGATTGGTTAAAACAGATAATAG
250 GTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCAT-TTTGGTTAAAATATATTATAA
* * ** * * * * * *
83261 TTGGATGTCTATCTT-AAGAAATGTGAAG-AAAAGTCATTCATTAGCAAGACAAGTCCACTTATA
314 TTGAATGTCTA-CTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATG
* * * * * * *
83324 GTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAAGCTCTTAATTAATT
377 GTCACCTATGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATT
*
83388 TTAAGTTGAA-TTTTTTTAC-ATTTTGGATTAAAA
441 TTAAGTTGAATTTTTTTTACAATTTTAG-TTAAAA
83421 TAGATAGTAT
Statistics
Matches: 6606, Mismatches: 1682, Indels: 781
0.73 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
666 15 0.00
667 334 0.05
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669 17 0.00
670 5 0.00
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672 1 0.00
673 20 0.00
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**
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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*
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* *
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1 AAAAGTC-ATTTATAGTCA-GCCAGC-CTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTATA
* * * * * * * *
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* *
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126 GTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCC
* * * * *
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190 ATGCCTTCTAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * *
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255 -AATTGTTTACAGT-TTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TACTTTAGAAAACATGATGC
* ** *
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317 AAAAGCCATTCATTGACAAAA
* * *
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1 AAAAGT-CATTTATAGTCAGCC-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-GTTTATAA
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** ** *
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* *
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319 AAGCCATTC-ATT-GACAAAA
* * ********** * *
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1 AAAAGTCATTTATAGTCAGC-CA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTATAA
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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188 CCATGCCTTCTAAAGCCCTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
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* * * * * *
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315 GCAAAAGCCATTCATTGACAAAA
** * * * ** * * *
78697 AAATTTCCTTCATAGTC-TCTCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAACAA
1 AAAAGTCATTTATAGTCAGC-C-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT-ATAA
* * * * * *
78761 TC-C-TATAGTTGATTTGGAA-TTGAATTTTTTTACATTCTT-AGTTAAAATAGATTATATTTGA
63 TCTCAT-TA-TTGATTT-TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAAAAAATTATATTTAA
** * * * * *
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* * * ** ********** *
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187 CCCATG-CCTTCTAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * *
78949 GTTGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTGAAATATATTATAGTTGAATATTTGC-TTAAAGAAACAT
251 GTTGAA--TTGTTTACA-GTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGA-AAACAT
* * * * ** *
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312 GATGCAAAAGCCATTCATTGACAAAA
* ** *
79037 AAAAGTCTACTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGCTTTATA
1 AAAAGTC-ATTTATAGTCAGC-C-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATA
* * * ********** * * * * * *
79101 AGCTCATAATTAATTTTAANNNNNNNNNNTTTATATTTTGGGTTAAAATAGATAATATTTGAATG
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* * * *
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191 TGCCTTCTA-AAGCC-CTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
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253 TGAA-T-T-G----------TTTACAGTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTA
* * ** *
79357 GGAAAACGTGA--CAAAATGCCATTTATTG-GTAAG
304 -GAAAACATGATGCAAAA-GCCATTCATTGACAAAA
* * * * * * *
79390 AAAAGTTTATTTATAGTTACCCATG-CTTTCAAAAG-CTATTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAA
1 AAAAG-TCATTTATAGTCAGCCA-GCCTTT-GAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGG-TTTAT
* * * * * * * * * * * * *
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61 AATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAAATTATATTTAAAT
* * * ** * * * *
79518 GTCTG-CTTCAGGAAACATGATGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACC
126 GTTTGCCTT-GGGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACC
* * * ** * *
79582 CAAGCCTT-TGGAAGCCTTATTACTATCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGT
189 CATGCCTTCT-AAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * ** * *
79646 TGAA-TGTTTTACATTTTTGAATAAAATGTATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAATGTAAAG
253 TGAATTG-TTTACAGTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGAAAACATGATG
** ** *
79710 -AAAAGCCACCCATTG-GTAGA
316 CAAAAGCCATTCATTGACAAAA
* ** *** * * *
79730 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAATGTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATGA
1 AAAAGT-CATTTATAGTCAGCCA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-GTTTATAA
* * * * * * *
79795 TCTCA-TAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTT-AGTTAAAATATATGATAATTGAAT
63 TCTCATTA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAAAAAATTATATTTAAAT
* ** * * * *
79858 GTTTG-CTTCAGCCAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGC-CAC
126 GTTTGCCTT-GGGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-CTCAC
* ** ********** *
79921 TCAAACCTT-TGAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
188 CCATGCCTTCT-AAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * * *
79985 ATAAATTTGCTTACATTTTAGGTTCAAAA-AGA-TATATTTGAATGTATGCCTCTA-AAAACGTG
252 TTGAA-TTGTTTACAGTTTA-GTT-AAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTAGAAAACATG
* * ** ** *
80047 AAGAAAAATTCATTCATTG-GTAAG
313 ATGCAAAAGCCATTCATTGACAAAA
* * ** * * *
80071 AAAAGTCTATCTATAGTCA-CACATGCGTTCCAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATA
1 AAAAGTC-ATTTATAGTCAGC-CA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATA
* * * * * * * * * * *
80135 ATGTCATAATTGATTTAAATTTGAAGTTTTATATA-TTTAGA-TAAAATATATTATAATTGAATG
62 ATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAAATTATATTTAAATG
* * * ** * * * * *
80198 TATACCTTAGGAAATGTGAA-AAAAAGTCACTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAATCACCTA
127 TTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCA
* * *** * **********
80262 TACCTTCGAAAAG--CTAATTACTTATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTT
191 TGCCTTC-TAAAGCCCT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * * * * ** *
80325 AAATTTTTTACATTTTTGGTACAAACAGATTATAATGGAGA-GTTTTCCTT-GAGAAATGTGAAG
254 GAATTGTTTACAGTTTAGTTA-AAATATATTATAATTGA-ATGTCTACTTTAGA-AAACATGATG
* * * * *
80388 AAAAAGTCACTCATTGGC-AAG
316 CAAAAGCCATTCATTGACAAAA
* * ** * * * *
80409 AAAAGTCTATCTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTACAA
1 AAAAGTC-ATTTATAGTCAGCCA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATAA
* * * * * *
80474 TCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGA-TAAAATATATTATAATTGAATG
63 TCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAAAAAATTATATTTAAATG
* * * ** * * * * *
80538 TCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCACTCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
127 TTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCA
** * * *
80603 CACCTT-TGAAAG-TCTAATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTT
191 TGCCTTCT-AAAGCCCT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * * *
80666 AAAGTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATGGAGTGT-TAACCTCA-AGAAATATGA
254 GAA-TTGTTTACA--GTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTAGA-AAACATGA
* * ** * * *
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314 TGCAAAAGCCATTCATTGACAAAA
* * * * *
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********** * * ** ** *
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* * * ** * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * ** *
81070 AAAAAGCTATTTATTG-GGAAG
316 CAAAAGCCATTCATTGACAAAA
* * * * *
81091 AAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAA
1 AAAAGTC-ATTTATAGTCAGCCA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTATAA
* * * * * * * * * *
81156 ACCCATTGTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGT
63 TCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAAATTATATTTAAATGT
* * * * * * *
81221 CTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCATCCAT
128 TTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCAT
* * * * * *
81286 GCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTCGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA
192 GCCTTCTAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A
* * * * * * * * * * * *
81351 ATAT-TTTACTGTTTTGGGTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGGTAAACATGAAGAAA
256 AT-TGTTTACAG-TTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGAAAACATGATGCAA
*
81415 AAGCCATTCATT-AGC-AAC
319 AAGCCATTCATTGA-CAAAA
* * ** * * * * *
81433 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTCCAAGGCTTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGT-CATTTATAGTCAGCCA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTATAA
********** * * *
81498 TCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-ACTTAAAAAAAATTATATTTGAAT-
63 TCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAAAAAATTATATTTAAATG
* * * * ********** *
81561 TTTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTNNNNNNNNNNTCATCCA
127 TTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCA
* * * * * *
81626 TGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATAGATTTTAAG-AGA
191 TGCCTTCTAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-
* * * * * * * * *
81690 AATTTTTTTACATTTTTCGGTAAAATATATTATACTTGAATGTTTGCTTCA-ACAAACGTGATGC
255 AA-TTGTTTACA-GTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGA-AAACATGATGC
* *
81754 AAAAGCCA-TCTATTGA-TAAG
317 AAAAGCCATTC-ATTGACAAAA
* * * *
81774 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTTGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT-TAGC
1 AAAAGT-CATTTATAGTCAGCCA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTATA--
* * * * ** * * * *
81838 TTCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTG-TTAGAGTATAGTATAATTGAATG
62 ATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAAATTATATTTAAATG
* * * ** * * * * * **
81902 TCT-ACTTCAGGAAACGCGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATTC
127 TTTGCCTT-GGGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCC
* * * * * * *
81966 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTG
190 ATGCCTTCTAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * * ** *
82031 AATTTTCTTACA-TTTGGCTTAAAGA-AGATAATATTTAAATGTCTGCCTCT-GGAAATGTGAAG
255 AATTGT-TTACAGTTTAG-TTAAA-ATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTAGAAAACATGATG
* * * *
82093 -AAAAGGCTATTCGTTGGC-AAG
316 CAAAA-GCCATTCATTGACAAAA
* * * * ** ** * *****
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1 AAAAGTC-ATTTATAGTCAGCC-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT-TATAA
**** * * * * * * *
82179 NNNNATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTATTTGCAT-TTTTTG-TTCAAATATATTAT-TCTTGAA
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* * * * ** * * * * * * * *
82241 TGTCTACTTTAGGAAATGTGAAGTAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTGATAGTTACT
125 TGTTTGCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACC
* ** * * *
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189 CATGCCTTCTAAAGCCCTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
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* ** ** *
82433 AG-AAAAATCATTCATTG-GTAAG
314 TGCAAAAGCCATTCATTGACAAAA
* * ** *
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* * * * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * *
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316 CAAAAGCCATTCATTGACAAAA
* ** **
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1 AAAAGT-CATTTATAGTCAGC-CA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTATA
** ** * ** * * * * * ** * *
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* *** * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * *
83051 GTAAATTTTTTTCATACTATTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCA-AGAAACATG
253 -TGAA-TTGTTT-ACAGT-TTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGA-AAACATG
* * * *
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* ** *********
83140 CAAA-TCCATTTATAGTC--CCTAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNN
1 AAAAGT-CATTTATAGTCAGCC---AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA-ATGGTTTAT
* * * * ** * * * * * **
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61 AATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAAAATTATATTTAAAT
* ** ** ** ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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256 A-TTGTTTACAGTTTAG-TTAAAATATATTA-TAATTGAATGTCT-ACTTTAGAAAACATGATGC
* *
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317 AAAAGCCATTCATTGACAAAA
* * * * *
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TTACAGTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTAGAAAACATGATGCAAAAGCCAT
TCATTGACAAAA
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79120 NNNNNNNNNN
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* *
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78389 NNNNNNNNNN
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* *
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*
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* * *
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316 CCATGCCTTCCAAAATG--TTATTACT
* * * * ********** * **
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1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * *
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* * * * * * **
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1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * * * *
79500 AATATATTAGAATTGAATGTCT-GCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAA
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * **
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* * * *
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1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* ** ** *
79840 AATATATGATAATTGAATGT-TTGCTTCAGCCAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAA
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* * * * * ********** *
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130 AGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * * * *
79969 CATAATTGATTTTAAGATAAATTTGCTTACATTTTAGGTTCAAAAAGA-TATATTTGAATGTATG
195 CATAATCGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTTGATT-AAAAAGATTATAATTGAATGTTTG
** * * *
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258 CCTC-AGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* *
80097 GTTCC-AAAGGCTTATTACT
322 CTTCCAAAATG-TTATTACT
* * * * * * * *
80116 CGCTTTAAAGGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTAAATTTGAA--GTTTTATATATTTAGATAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * *
80179 AATATATTATAATTGAATGTATACCTTAGGAAATGTGAA-AAAAAGTCA-CTCATTGGCAAGAAA
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* * * * *
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130 AGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCG-AAAGCCTTATTAC-TAGCTTTAAATAGTTTTATAA
********** * *
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192 TCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGATTA-AAA-AGATTATAATTGA-ATG
* * * * * * * *
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*
80431 ATGCCTTCC-AAAGGCTTATTACT
318 ATGCCTTCCAAAATG-TTATTACT
* * * * * *
80454 CGCTTTAAAGGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGATAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * *
80519 AATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCA-CTCATTGACAAAAAA
66 AATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATC-CATTGGCAAGAAA
* * * * *
80583 AGTCTATTTATAGTCACCCACA-CCTTTGAAAGTCTAATTACTCGCTTTAAAT-GCTTTTATAAT
130 AGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAG-TTTTATAAT
* * * * *
80646 TTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATGGAGTGTT
193 CTCATAATCGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAA-AGATTATAATTGAATGTT
** ** * * * * *
80711 AACCTCAAGAAATA--TGAAGAAAAAGTTACTCATTGATAAGAACAGCCCATTTATAGTCACCTA
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* * *
80774 TGCCTTTCAAAGA-CTTATTATT
319 TGCCTTCCAAA-ATGTTATTACT
* ********** * * *
80796 CACTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGCTAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * * * * *
80861 AA-GTATTATAATT-AATGTCTGCTTTAGGAAATGTGATGCAAAAGCCATCCATTGACGAGAAAA
66 AATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * *
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131 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * * * * *
80989 ATAA-CTAATTTTAAGCTAAATATTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTAAAATT-AGGTGTTG
196 ATAATC-GATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGATTAAAA-AGATTATAATTGA-ATGTTT
* * * * * * *
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** ***
81117 CTTTTAAAGCCTTATTACT
322 CTTCCAAAATGTTATTACT
* * * * ** * * * * *
81136 CGCTTTAAATAGATTTATAAACCCATTGTTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTGGTTAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * * * *
81201 AACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAA
66 AATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
81266 ATCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAGTCGTTTTATAATCT
131 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * ** *
81330 CATAATTGATTTTAAATTGAAATATTTTAC-TGTTTTGGGTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTT
195 CATAATCGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACAT-TTTTGATTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTT
** * * * * * *
81394 GCCTTGGTAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGA
257 GCCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
** *
81459 CTTCCAAGGCT-TTATTATT
322 CTTCCAA-AATGTTATTACT
* ********** * *
81478 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTACTTAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * * *
81543 AAAAAATTATATTTGAAT-TTTACCTT-GAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
66 AATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAA
********** * * * * *
81606 AGTNNNNNNNNNNTCATCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCT
130 AGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* ** * * *
81671 CATAATAGATTTTAAGAGAAATTTTTTTACATTTTTCG-GTAAAATATATTATACTTGAATGTTT
195 CATAATCGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTT-GATTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTT
* * * *
81735 GCTTCA-ACAAACGTGATGCAAAAGCCA-TCTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
257 GCCTCAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * ** * *
81798 ACTTTTGAAAGTCTTATTACT
320 GCCTTCCAAAATGTTATTACT
* *** * * *
81819 CACTTTAAATGGTTTTAGCTTCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTAG
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * *
81883 AGTATAGTATAATTGAATGTCTA-CTTCAGGAAACGCGAAGCAAAAGCCATCCGTTGGCAAGAAA
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* ** *
81947 AGTTCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCA-CTTTAAAT-GATTTTATAAT
130 AGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAG-TTTTATAAT
* * * * * * *
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193 CTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTT-TTACATTTTTGATTAAA-AAGATTATAATTGAATGTT
* * * * * * * * * *
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* ***
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1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
** * * * *
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* * * * * ** *
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** * * * * * * * * * *
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* * * * ** * *
82691 TGATAATTGATTTTAAGTTGAAAATTTTTTATATTGTT-AGTTAAATTTGATTTTGATTGAATGT
194 TCATAATCGATTTTAAGTT--AAATTTTTTACATTTTTGA-TTAAA-AAGATTATAATTGAATGT
* * * ** * * * **
82755 CTGCCTTAGGAAATATAAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA
255 TTGCCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
** *
82819 TGCCTT-TGAAAGGATTATTACT
319 TGCCTTCCAAAATG-TTATTACT
* ** * * ** * * *
82841 TGCTTTAAATGGTTTTATAAAGTCAGAATTGGTTTTTGGTTTAA-CTTTTTAGCATTTTTTGTTA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTAGTTA
** * * * * **** *
82905 AAATATATTGCAATTGAATGTATGCCTTGGGAAACATGAAGTGGGAGCCATTCATTGG-ATAGAA
65 AAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAA
* * * ** *
82969 GAGTCCATTTAAAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTGTTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
129 AAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * *
83033 CTCATAATTGATTTTAA-TGTAAATTTTTTTCATACTATTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG
193 CTCATAATCGATTTTAAGT-TAAATTTTTTACAT--TTTTGATTAAAA-AGATTATAATTGAATG
* * * * *
83097 TTTGCTTCA-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGACAAA-TCCATTTATAGTC-CC
254 TTTGCCTCAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACC
* *
83159 TAAAGCCTT-CAAAA-GCCTTATTACT
317 -CATGCCTTCCAAAATG--TTATTACT
* ********** * * ** *
83184 CACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTGAAGCTGAATTTTTTTACATGATTGGTTAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * * * * * * * * *
83249 AACAGATAATAGTTGGATGTCTATCTTAAGAAATGTGAAG-AAAAGTCATTCATTAGCAAGACAA
66 AATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * *
83313 GTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAAT-GATTTTATAAGC
131 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAG-TTTTATAATC
* ** * * * *
83376 TCTTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGATTAAAATAGA-TAGTATTTGAATGTC
194 TCATAATCGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGATTAAAA-AGATTA-TAATTGAATGTT
* * * * ** * * ***
83440 TGTCT-TGAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATATTCGGTCAT
256 TGCCTCAGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* ***
83504 GCCTTCGAAAGCCTTATTACT
320 GCCTTCCAAAATGTTATTACT
********* * ** * *
83525 CGCTTTAAANNNNNNNNNNAA-CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATAC--CGTTGGTA
1 CGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTAGTT
* * * * * ** * *
83587 AAAATAGATTAAAATTGAATGTTTGCCTCAATAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-AGAGA
64 AAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA-AGA
* *
83651 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA
128 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
83682 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3833, Mismatches: 934, Indels: 349
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
AATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
ATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGATTAAAAAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
CAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
CAAAATGTTATTACT
Found at i:90017 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 89780--93245 Score: 2254
Period size: 171 Copynumber: 20.3 Consensus size: 170
89770 CGTTACAATC
* * * *
89780 CATTGGCAAGAAAA-TCCATTTATAGTCCA-TCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATAAGTCACTTTAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CAGCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
89842 ATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTACAATTTTGGTTAAAACATATT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
*
89907 ATATTTGAATGTCTGCCTTAGCAAACAAAAGGAAAAAGCCATT
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** * * *
89950 CATTGGCTTGAAAAGTCCATTTATATTCAGCCATACCCTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
90015 GGTTTTATCATCTCATTATTGATTTTAAGTCGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* *
90080 ATTTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
131 ATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACA-AAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * ********** *
90121 CATTCGTAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGANNNNNNNNNNACTTGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * ** * * * * * *
90186 GGTTTTATAATATTATAATTGACCTTAAGTTGAAGTTTTTTA-TTTTTTGATTACAATATATTAT
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
** **
90250 ATTTGAATGTCTG-CTTTCGAAA-AATTGAA-ACAAAAGCCACC
131 ATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACAA---AAGA-AAAAGCCATT
*********** * *
90291 CATTGGCAAGAAAAGTCCATNNNNNNNNNNTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTGAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
90355 TGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATT
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * **
90420 ATAATTGAATGTCTGCCTCA-GAAAGCATGAAA-AAAAA-TAATT
129 ATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAA-CA--AAAGAAAAAGCCATT
* ** * *** * * *
90462 CACTAACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAC
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
90527 GGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTAT
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * ** * **
90592 AATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTTATGGTAAAGCCA-T
131 ATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAAC-AAAAGAAAAAGCCATT
* * * ** *
90632 CTGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-GCTCA-AGCCTTTGAAAAACTTA-TAATCGCTTTA
1 C-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGC-CATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
90694 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATATTGTTGATTACAATAGAT
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * ** *** * * * *
90759 TATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAATGTGAAGCAGAAGACATC
128 TATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAA-CAAAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * * **
90803 CATTAGAAAGAAAGGTCCATTCATAGTCA--CTTACCCTTTGAAAGCATTATTACT-TTTTTCAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AA
* * * * * * *
90865 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGGCTGAAATATATT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
** * **
90930 ATAGCTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTTAAGAAAAA-CC-TT
129 ATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAAC-AAAAGAAAAAGCCATT
* * * *** * * **
90971 CCATTGGTAAGCAAAGTCTATTTATAGTCATTTA-AGCCTTTGAAAGCCTAATTACTCATTTTAA
1 -CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * * * ***
91035 ATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAGTCTTTTCATAATTTAAATTAAAACAGATT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * * ** * * *
91100 ATAATTAAATGTCTACCTCACAAAATATGAAGAAATAGCCATT
129 ATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACA-AAAGAAAAAGCCATT
* * * * ** * ***
91143 CATTGGCAAGAATAGTCCATATATAATCA-CTCATGCCTTTAAAAGCCTTAGTACTTATTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGC-CATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
** ** * * * * *
91207 TCATTTGGTAAGCTCATAATTGATTTTACGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * * * *
91272 CAATTCAATATCTG-CTTCAGGAAAGC-GATGTAAAAA-CCATC
130 TATTTGAATGTCTGCCTT-AGGAAA-CAAAAG-AAAAAGCCATT
* * * ** * * **
91313 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATGGTC-CCTCA-AGCCTTTAAAAGCTTTATTATTCATTTTAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGC-CATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * *
91376 ATAGTTTTATAAACTAATAATTGATGTTAAGCTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * *
91441 ATATTTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATT
129 ATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACA-AAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
91484 CATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAC
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
91549 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCA-TTTTGGTTAAAACAGATTA
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * *
91613 TATTTGAATGTCTGTCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATT
130 TATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACA-AAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
91655 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGGAAGCCTTATTATTTGCTTGAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * *
91720 GATTTTATAATCTCATAATTGCTTTTCAGCTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTT-AAATATATTTT
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * ** * ** * *
91783 AATTGAATGTTTGATTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
131 ATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAAC-AAAAGAAAAAGCCATT
* * * ** * * *
91824 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTGATAGTCGGTTA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTCTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * ** * * * *
91888 TGGTTTTATAATCTCGTTATTCTTTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTCAAATAGATTA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * *
91953 TATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAACAAAAAGCTATT
130 TATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACA-AAAGAAAAAGCCATT
* * * * * *
91995 CGTTGGGATAG-AAAGTCCATTTATAGTCA-CTTATGCCTTTGAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAA
1 CATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAGC-CATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * **
92058 ATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAACTCGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATTTT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * * * ** *
92123 ATAGTTAAATGTTTGCTTTAGGAAACGTAAATCAAAAGCCATC
129 ATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAAC-AAAAGAAAAAGCCATT
* *** * * * * **
92166 CATTAGCAAGAAAAGAAAAATTTATAG-C-CCTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTNN
1 CATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCAGC-CATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
******** * *
92228 NNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTG-ATTTTTTTACATTCTTGGCTT-AAACAA
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TTAAAACAG
* * * * *
92291 ATAATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAATATTAAGAAAAAGCCATT
126 ATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACA-AAAGAAAAAGCCATT
* * ** * * * * *
92337 CCTTAGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATATCTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
92402 AGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGATT-AAACTATATTC
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTA
* * * * *** *
92466 TAGTTGAATGT-TGATCTCAGAAAATGTGAAGAAAAATCCATT
130 TATTTGAATGTCTG-CCTTAGGAAA-CAAAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
92508 CATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCA-CCAATGCCTTCCAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCC-ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
92572 TGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * * * * *
92637 TAGTTAAATGTTTG-CTTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATC
130 TATTTGAATGTCTGCCTT-AGGAAAC-AAAAGAAAAAGCCATT
* *** * * * **
92679 CATTAGCAAGAAAAGAAAAATTTATAG-C--CCTAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCATTTTA
1 CATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCAGCC-ATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
92741 AATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTG-ATTTTTTTATATTCTTGGCTT-AAACAA
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TTAAAACAG
* * *
92804 AATA-ATTTTGAATGTCTGCCTT-GGAAATATTAAGAAAAAAGCCATT
126 ATTATA-TTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACA-AAAG-AAAAAGCCATT
* * ** * * * * *
92850 CCTTAGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATATCTTCTAAAGCCTTATTACTTG-TTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
92914 AGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTAAATTTTTGATT-AAACTATATTA
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTA
* * * *** *
92977 TAGTTGAATGTC-GACCTCAGAAAATGTGAAGAAAAATCCATT
130 TATTTGAATGTCTG-CCTTAGGAAA-CAAAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * *
93019 CATTGGTAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
93084 GGTGTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* ** * *
93149 ATTTCAATGTCTATCTTGGGAAATATAAAGAAAAAGCCATT
131 ATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACA-AAAGAAAAAGCCATT
* *
93190 C-TCCGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC-GCCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
1 CAT-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAG-CCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
93246 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2541, Mismatches: 651, Indels: 207
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.00
169 263 0.10
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171 1435 0.56
172 90 0.04
173 6 0.00
174 1 0.00
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
ATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACAAAAGAAAAAGCCATT
Found at i:93237 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 89777--93245 Score: 2507
Period size: 511 Copynumber: 6.8 Consensus size: 507
89767 AATCGTTACA
* * * * *
89777 ATCCATTGGCAAGAAAA-TCCATTTATAGTCCATC-A-AGCCTTCGAAAGCCTTATAAGTCACTT
1 ATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CATCTATAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT-TCTT
* * * * * *
89839 TAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTACAATTTTGGTTAAAAC-A
64 TAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATT-AAACTA
* * * * ** * *
89903 TATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGCAAAC-AAAAGGAAAAAGCCATTCATTGGCT-TGAAAAGT
127 GATTATAGTTGAATGTC-GCCTCAGAAAACGTGAA-GAAAAATCCATTCATTGG-TAAG-AAAGT
* * * * * *
89966 CCATTTATATTCAGCC-ATACCCTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATCATCTCA
188 CTATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
90030 TTATTGATTTTAAGTCGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCC
252 TTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTG-C
* * * * * *
90095 TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTCGTAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT-GCCT
316 TTAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCCATAGCCT
* ********** ** * * * ** *
90159 TCGANNNNNNNNNNACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATTATAATTGACCTTAAGTTGAAGTTT
380 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTT
* * * ** *
90224 TTTAT-TTTTTGATT--ACAATATATTATATTTGAATGTCTG-CTTTCGAAAAATTGAA-ACAAA
444 TTTATATTCTTGGTTAAACAA-A-ATAAT-TTTGAATGTCTGCCTTGGGAAATATT-AAGA-AAA
90284 AGCC
504 AGCC
* * ********* * *
90288 ACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATNNNNNNNNNNTC-A-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
1 ATCCATTAGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCATCTATAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT-TCTT
* * * * * * *
90351 TGAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTTATATTTTTTG-TTAAAAT
64 TAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACA-TTTTTGATTAAACT
* * * * * * ***
90415 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAGCATGAAAAAAAAT-AATTCACTAACAAGAAAAGT-
126 AGATTATAGTTGAATGTC-GCCTCAGAAAACGTGAAGAAAAATCCATTCATTGGTAAG-AAAGTC
** * *
90478 TCATTTATAGTCATTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCAT
189 T-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
90543 TATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTT
253 TATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGC-T
* * * ** * * *
90608 TAGGAAACGTTATGGTAAAGCCA-TCTGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCA-AGCCT
317 TAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCCATAGCC-
* * * * * * *
90671 TTGAAAA-ACTTA-TAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTT
379 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTT
* * * * **** * * * *
90734 TTTTATATTGTTGATT--ACAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAATGTGAAGCAGAA
443 TTTTATATTCTTGGTTAAACAA-A-ATAAT-TTTGAATGTCTGCCTTGGGAAATATTAAGAAAAA
*
90797 GAC
505 GCC
* * * * * *
90800 ATCCATTAGAAAGAAAGGTCCATTCATAGTCA-CT-TACCCTTTGAAAGCATTATTACTTTTTTC
1 ATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCTTT-
* * * * *
90863 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGGCTGAAA-TAT
65 AAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTT-GATTAAACTAG
* * * * *
90927 ATTATAGCTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTTAAGAAAAA-CC-TTCCATTGGTAAGCAAAGTCT
128 ATTATAGTTGAATGTC-GCCTCAGAAAACGTGAAGAAAAATCCATT-CATTGGTAAG-AAAGTCT
** * * * ** * * *
90990 ATTTATAGTCATTTAAGCCTTTGAAAGCCTAATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAA
190 ATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTA
* * * * * * *** ** *
91055 TTGATTTTAGGTTGAGTCTTTTCATAATTTAAATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCA
255 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT-TTGCTTA
** * * * * * * * *
91120 CAAAATATGAAGAAATAGCCATTCATTGGCAAGAATAGTCCATATATAATCACTCAT-GCCTTTA
319 GGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCCATAGCCTTCA
* * * ** ** * * *
91184 AAAGCCTTAGTACTTATTTTAAATCATTTGGTAAGCTCATAATTGATTTTACGTTGAACTTTTTT
383 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTT
* * * * * * * * *** *
91249 ACATTTTTAGTTAAA-ATAGATTACA-ATTCAATATCTG-CTTCAGGAAA-GCGATGTAAAAA-C
447 ATATTCTTGGTTAAACA-A-AATA-ATTTTGAATGTCTGCCTT-GGGAAATATTAAG-AAAAAGC
91309 C
507 C
* * * * * *
91310 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATGGTC-CCTCA-AGCCTTTAAAAGCTTTATTA-TTCATT
1 ATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCT-ATAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTC--T
* * * *
91372 TTAAATAGTTTTATAA-ACTAATAATTGATGTTAAGCTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAAC
63 TTAAATAGTTTTATAATA-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGATT-AAAC
* * * *
91436 -AGATTATATTTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGTAAGAAAAG
125 TAGATTATAGTTGAATG-TCGCCTCAGAAAACGTGAAGAAAAA-TCCATTCATTGGTAAG-AAAG
* * * *
91499 TCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCA
187 TCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
91564 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCA-TTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGT
252 TTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTG-
* * *
91628 CTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CC
315 CTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCCATAGCC
** * ** * * * *
91692 TTCGGAAGCCTTATTATTTGCTTGAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGCTTTTCAGCTGAATT
379 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATT
* * * * ** ** * *
91756 TTTTTATATT-TTGGTTAAA-TATAT-TTTAATTGAATGTTTGATTTGGGAAACGTGAAGCAAAA
442 TTTTTATATTCTTGGTTAAACAAAATAATT--TTGAATGTCTGCCTTGGGAAATATTAAGAAAAA
91818 GCC
505 GCC
* * * * * *
91821 ATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTGATAGTCGGT-TA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTC
1 ATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ATCTATAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT-TCTT
* * * * **
91884 TAAATGGTTTTATAATCTCGTTATTCTTTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTT-AGTTCAAA-T
64 TAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGA-TT-AAACT
* * * * * * * * *
91947 AGATTATATTTGAATGTTTGCCTTA-AGAAACATGAACAAAAAGCTATTCGTTGGGATAGAAAGT
126 AGATTATAGTTGAATG-TCGCCTCAGA-AAACGTGAAGAAAAATCCATTCATTGGTA-AGAAAGT
* * * * *
92011 CCATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
188 CTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * ** *
92076 TATTGATTTTAACTCGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATTTTATAGTTAAATGTTTGCTT
253 TATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGC-T
* ** * * ***
92141 TAGGAAACGTAAATCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGAAAAATTTATAG-CCCTCA-AGCCT
317 TAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCCC-CATAGCCT
* **********
92204 TCAAAAGCCTTATTGCTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTGATTTT
380 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGATTTT
* *
92269 TTTACATTCTTGGCTTAAAC-AAATAATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAATATTAAGAAAAAGC
444 TTTATATTCTTGG-TTAAACAAAATAAT-TTTGAATGTCTGCCTTGGGAAATATTAAGAAAAAGC
92333 C
507 C
** *
92334 ATTCC-TTAGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATA-TCTTCT-AAAGCCTTATTACTTGCT
1 A-TCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTT-CT
92396 TTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGATTAAACTA
63 TTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAACTA
* * * * * *
92461 TATTCTAGTTGAATGTTGATCTCAGAAAATGTGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAGAAGTCT
127 GATTATAGTTGAATGTCG-CCTCAGAAAACGTGAAGAAAAATCCATTCATTGGTAAGA-AAGTCT
* * *
92526 ATTTATAGTCACCAATGCCTTCCAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTA
190 ATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTA
* * * *
92591 TTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAGTTAAATGTTTGCTTCA
255 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCTT-A
* * * * * *** * *
92656 AGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGAAAAATTTATAG-CCCTAAAGCCTTCA
319 GGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCCCCATAGCCTTCA
* *
92720 AAAGCCTTATTGCTCATTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTGATTTTTTT
383 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGATTTTTTT
92785 ATATTCTTGGCTTAAACAAAATAATTTTGAATGTCTGCCTT-GGAAATATTAAGAAAAAAGCC
447 ATATTCTTGG-TTAAACAAAATAATTTTGAATGTCTGCCTTGGGAAATATTAAG-AAAAAGCC
** * *
92847 ATTCC-TTAGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATA-TCTTCT-AAAGCCTTATTACTTGTT
1 A-TCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTTCTT
* * *
92909 TAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTAAATTTTTGATTAAACTATA
64 TAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAACTAGA
*
92974 TTATAGTTGAATGTCGACCTCAGAAAATGTGAAGAAAAATCCATTCATTGGTAAGAGAAGTCTAT
129 TTATAGTTGAATGTCG-CCTCAGAAAACGTGAAGAAAAATCCATTCATTGGTAAGA-AAGTCTAT
* * * *
93039 TTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTGTTATAATCTCATTATT
192 TTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATT
* * * * *
93104 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATATTTCAATGTCTAT-CTTGG
257 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT-T-TGCTTAG
* * * *
93168 GAAATATAAAGAAAAAGCCATTC-TCCGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCATA-CCTTCG
320 GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCAT-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCCATAGCCTTCA
93231 AAAGCCTTATTACTC
383 AAAGCCTTATTACTC
93246 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2376, Mismatches: 479, Indels: 206
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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514 23 0.01
515 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (507 bp):
ATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCTTTA
AATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAACTAGATT
ATAGTTGAATGTCGCCTCAGAAAACGTGAAGAAAAATCCATTCATTGGTAAGAAAGTCTATTTAT
AGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATT
TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCTTAGGAAACA
TAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCCATAGCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATTCTTG
GTTAAACAAAATAATTTTGAATGTCTGCCTTGGGAAATATTAAGAAAAAGCC
Found at i:93282 original size:682 final size:678
Alignment explanation
Indices: 89780--93245 Score: 2563
Period size: 682 Copynumber: 5.1 Consensus size: 678
89770 CGTTACAATC
* * *
89780 CATTGGCAAGAAAA-TCCATTTATAGTC-CATCA-AGCCTTCGAAAGCCTTA-TAAGTCACTTTA
1 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CCATA-CCTTCGAAAGCCTTAGT-ACTCACTTTA
* * * * *
89841 AATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTACAATTTTGGTTAAAACATAT
63 AATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAT
* * ** * * **
89906 TATATTTGAATGTCTGCCTT--AGCAAACAAAAGGAAAAAGCCATTCATTGGCTTGAAAAGTCCA
128 TATAATTGAATGTTTG-CTTCAAG-AAACGTAA-GCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * ** ** * * *
89969 TTTATATTCAGC-CATA-CCCTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATCATCTCATT
190 TTTATAGTC-CCTCA-AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * *
90032 ATTGATTTTAAGTCGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCCTT
253 ATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTGCCTT
* * * * * * * * *
90097 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTCGTAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT-GCCTTC
317 -GGAAA-ATTAAGAAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATACCCTTC
* ********** * * * **
90161 GANNNNNNNNNNACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATTATAATTGACCTTAAGTTGAAGTTTTT
380 TAAAGCCTTATTACTTG-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * * *
90226 TA-TTTTTTGATTACAATATATTATATTTGAATGTCTG-CTTTCGAAAAAT-TGAA-ACAAAAGC
443 TACATTTTTGCTTA-AACATATTATAGTTGAATGTC-GACCTTAG-AAAATGTGAAGA-AAAAGC
** * *********** **
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504 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTT
* * * * * *
90351 TGAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTTATATTTTTTG-TTAAAAT
568 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTTGATT-AAAC
* ** ***
90415 AGATTATAATTGAATGTCTG-CCTCAGAAAGCATGAA-AAAAAATAATT
630 AGATTATAATTGAATGTCTGATCTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATT
* ** *** * * * * *
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1 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAAT
* *
90527 GGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTAT
66 GGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTAT
* * * ** ** *
90592 AATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTTATGGTAAAGCCATCTGTTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
131 AATTGAATGTTTGCTTCAAGAAACG-TAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
90657 AGTCGCTCAAGCCTTTGAAAA-ACTTA-TAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
195 AGTCCCTCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * * ***
90720 TTTAATTTAAATTTTTTTATATTGTTGATTACAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAA
259 TTTAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTGGAAAA
* * * * * *
90785 TGTGAAGCAGAAGACATCCATTAGAAAGAAAGGTCCATTCATAGTCA-CT-TACCCTT-TGAAAG
323 T-T-AAGAAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATACCCTTCT-AAAG
* * *
90847 CATTATTACTTTTTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACAT
385 CCTTATTACTTGTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACAT
* * * * * * *
90912 TTTTGGCTGAAATATATTATAGCTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTTAAGAAAAA-CC-TTCCAT
448 TTTT-GCTTAAACATATTATAGTTGAATGTCGACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATT-CAT
* * *** * * ***
90975 TGGTAAGCAAAGTCTATTTATAGTCATTTA-AGCCTTTGAAAGCCTAATTACTCATTTTAAATAG
511 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG
* * * * * * * **
91039 TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAGTCTTTTCATAATTTAAATTAAAACAGATTATAA
575 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT-AAACAGATTATAA
* * * *
91104 TTAAATGTCT-ACCTCACAAAATATGAAGAAATAGCCATT
639 TTGAATGTCTGATCTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * ** * *
91143 CATTGGCAAGAATAGTCCATATATAATCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTAGTACTTATTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAAT
** ** * * *
91208 CATTTGGTAAGCTCATAATTGATTTTACGTTGAACTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTA
66 GGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTA
* * * * * * * * *
91272 CAATTCAATATCTGCTTCAGGAAAGCG-ATGTAAAAACCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAA
130 TAATTGAATGTTTGCTTCAAGAAA-CGTAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
91336 TGGTCCCTCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTATTCATTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAATTGAT
194 TAGTCCCTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
91401 GTTAAGCTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTCAGGAAA
259 TTTAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTGCCT-TGGAAA
* * * * * * * * *
91466 CATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAAC
322 -ATTAAGAAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATACCCTTCTAAAGC
* **
91530 CTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCA-
386 CTTATTACTTG-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-CAT
* * * * * * ** *
91594 TTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTG-TCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCAT
448 TTTTGCTT-AAACATATTATAGTTGAATGTC-GACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * *
91658 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGGAAGCCTTATTATTTGCTTGAAAT-GA
511 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-
* * * * * * * *
91722 TTTTATAATCTCATAATTGCTTTTCAGCTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAATATATTTTAAT
575 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAACAGATTATAAT
* ** * ** * *
91786 TGAATGTTTGAT-TTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
640 TGAATGTCTGATCTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATT
* **** * * *
91824 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTGATAGTCGGTTA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTCTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAA
* ** *
91888 TGGTTTTATAATCTCGTTATTCTTTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTCAAATAGATTA
65 TGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTA
* * * * * *
91953 TATTTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACATGAA-CAAAAAGCTATTCGTTGGGATAG-AAAGTCCAT
130 TAATTGAATGTTTG-CTTCAAGAAACGT-AAGC-AAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
92015 TTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATT
191 TTATAGTCCCTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * ** * * * *
92080 GATTTTAACTCGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATTTTATAGTTAAATGTTTGCTTTAGG
256 GATTTTAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTGCCTT-GG
** * *** * * * *
92145 AAACGTAA-ATCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGAAAAATTTATAGCCCTC-A-AGCCTTCA
319 AAAATTAAGA--AAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCATCTATACCCTTCT
* ** ********** *
92207 AAAGCCTTATTGCTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTGATTTTTTT
381 AAAGCCTTATTACT-TGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTT
* * * * * * * * *
92272 ACATTCTTGGCTTAAACAAATAATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAATATTAAGAAAAAGCCATT
444 ACATT-TTTGCTTAAACATATTATAGTTGAATGTCGACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * *
92337 CCTTAGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATATCTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
508 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * * *
92402 AGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGATTAAACTATATTCT
573 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAC-AGATTAT
* * *
92467 AGTTGAATGT-TGATCTCAGAAAATGTGAAGAAAAATCCATT
637 AATTGAATGTCTGATCTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
92508 CATTGGCAAGAGAAG-TCTATTTATAGTCACCAATGCCTTCCAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAA
* *
92572 TGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATT
65 TGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATT
* * * ***
92636 ATAGTTAAATGTTTGCTTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGAAAAATT
129 ATAATTGAATGTTTGCTTCAAGAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG-TCCATT
* * * * *
92701 TATAG-CCCTAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCATTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTG
192 TATAGTCCCTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
92765 ATTTTAAGATTG-ATTTTTTTATATTCTTGGCTT-AAACAAAATA-ATTTTGAATGTCTGCCTTG
257 ATTTT-A-ATTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TTAAAACAAATTATA-TTTGAATGTCTGCCTTG
* *
92827 GAAATATTAAGAAAAAAGCCATTCC-TTAGTGAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATA-TCTTC
318 GAAA-ATTAAG-AAAAAGCCA-TCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATACCCTTC
* *
92890 TAAAGCCTTATTACTTGTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTA
380 TAAAGCCTTATTACTTGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * * *
92955 AATTTTTGATTAAACTATATTATAGTTGAATGTCGACCTCAGAAAATGTGAAGAAAAATCCATTC
445 CATTTTTGCTTAAAC-ATATTATAGTTGAATGTCGACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * *
93020 ATTGGTAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
509 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATA
* * * * *
93085 GTGTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
574 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT-AAACAGATTATA
* * ** * *
93150 TTTCAATGTCT-ATCTTGGGAAATATAAAGAAAAAGCCATT
638 ATTGAATGTCTGATCTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
93190 C-TCCGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
1 CAT-TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAGTACTC
93246 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2173, Mismatches: 524, Indels: 174
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
679 7 0.00
680 103 0.05
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683 341 0.16
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685 19 0.01
686 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (678 bp):
CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTAT
AATTGAATGTTTGCTTCAAGAAACGTAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCCCTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTGGAAAATTA
AGAAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATACCCTTCTAAAGCCTTAT
TACTTGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGCTT
AAACATATTATAGTTGAATGTCGACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
TCTCAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATT
Found at i:93587 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 93353--93835 Score: 526
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
93343 NNNNNNNNNN
* *
93353 AGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATATCTG-TCTTGGAAAACA
1 AGTTGAATTTG-TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCT-TTGGAAAACA
*
93416 TGAAGAGAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCGATGCCTTCAAAAGCCTT
64 TGAAGA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTT
**********
93481 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNN
127 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCA
* *
93524 AGTTGAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGGAAAACATG
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* * * * * *
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*
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* * * * * * *
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** * ** *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* * *** * **** * *
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* ** ** **
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** *
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* * * **
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* * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * **
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* * * * ** * ********
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** ** * * * *
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* ** * * * **
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* *
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********** * * **
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** * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * * ** *
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* * * * * * *
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** * *
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* * * ** * *
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** * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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************ * *
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* * * * *
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* ** ** * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * **
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* * *
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** * * * * * *
108066 ATTGGTAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCATTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTATATG
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* * ** * ** *
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66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAA
********** * * *
108196 TTGAATGTCNNNNNNNNNNAATGTGAAGCAAAAGCCATCC
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* * * * **
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1 ATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* ** * * **
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*
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* ************
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* *
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* * *
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********
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* * * * * * * * *
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109141 ATAGTTTTATAAGCTCATAATTAATTTTTACTTGAATTTCCTT-ACATTTTTTATTAAAACAGAT
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* * *
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* * * * * * *
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* *
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GAATGTCTATCTCAA
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* ** * * *
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*
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* * *
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TATTACTTGCTTTAAAGGTTTTACAATCGTGTAATTAA
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* * * * * *
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*
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* * * * *
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*
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* *
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* * * *
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********** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * ** * *
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1 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCTATTCATTGGA-
* * * * *
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********** * *
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* * * * **
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* * * ** *
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* * *
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* * * * * ** ** * *
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*
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* * *
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** * ** * * * **
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1 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGAAA
* * * * *
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* * *
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* * * ** * * *
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1 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATTG-GA
* * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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1 GTTAAAATAGATTATAA-TTGAATGTTTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGAA
* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * *******
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*** * * *
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* * * *** * ** * * * *
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1 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGAAA
* * * *******
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*** * **
111676 NNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTACATTTTCA
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* * * * * * * * ** * * *
111721 CTTAAAGTATACTATAACT-AAGTGTATGCCTTGGGACACATGAAGCAAAAG-TCATTCATTGGC
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********* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 GTTAAAATAG-ATTATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCTATTCATTGGA
* * *
111954 AAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCTAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAAT-GATT
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* * *
112016 TTATAATCTCAT-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTACA-TTTTA
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* * * * * * * * * *
112060 GTTAAAACATATTATATTTCAATGTTTGC-TTCAGGAACAT-AA-AAAAAGCCATTAATTGGCAA
1 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGAAA
* * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * * * *
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1 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCTATTCATTGGAA
* * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * * * * *
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1 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGAAA
* * * *
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********** * *
112527 AATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTT-
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* * * * *
112569 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAG-TCA-TCTATTGGA
1 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTC-ATTGGA
** * * * *
112632 AAGAAAAGTTAATTTCTAGTCACCAATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GTTTTAAAT-GGTTT
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* * * *
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* * * * * * * * * * * * * *
112739 GTTATAATATATTATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAG
1 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGAAA
* * * ** *
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* ********** * * *
112866 ATAGTCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTA
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* * * *
112911 GTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTA-TATCAAGAAACATGAGGAAAAAGCTATTCATT-GAG
1 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACT-TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGA-
** * * **
112974 AAGAAAAGTTTATTTATAG-CGACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TTTGCTTTAAATAGTTT
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Found at i:111110 original size:682 final size:682
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109397 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTATTGTTACTCATTTTAAATGGCT-TTATA
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* * * * *
109461 ATGTCATAATTGATTTTATGTTG-A-TTTTCTT-TATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAAT
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* * * * * * * * ** * * * *
109523 ATTTATCTTAGGAAACATG--AAGTAAAAGGCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTAAC
129 GTCTA-C-CAGAAAAAATGTAAAGCAAAAGCCAACCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAATCAC
* * * ** * *
109586 TTAAGCTTTTAAAAGTCTTATTACTCA-TCTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAG
192 TCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * * *
109650 AT-AGATTGTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGATAATATTTGAATGTTTACTTTAGGAAACGTG
256 TTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAACATTATAATTGAATGTCTACATTAAGAAACATG
* * * *** * * * **
109713 AAGAAAAAGCTATTCACTGGCGAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCT-ATA-CCTTCGGAAGCCTT
320 AAGCAAAAGCTATACATTGTAAAAAAAAGTCCATTTATAG-TCCCTGA-AGCCATCAAAAGCCTT
* * *********** * * *
109776 ATTACTAGCTTTAAAT-GGTTTAATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGTATT-TTTTTATATTT
383 ATTACTCGCTTTAAATAGCTTT-ATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTGGTTTTACA-TT
* * * * ** * *
109839 TTTA-TTAAAATATATTATAA-TTGAATGTCTATCTCAAGAAA-AGTCAAGAAAAAGCTATTCAT
446 TTTAGTTAAAACA-AATAAAAGATGAATGT-TGGC-CAAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * * * * * *
109901 TGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCCAAAGTCTTATTACTCA-CTTTAAATAG
507 TAGCAACAAAAGTCCATTTATAATCACCAATGCCTTCAAAAGCCTTAATACT-AGCTTTAAATAG
* * * * * ** * *
109965 TTTTATAATCTCATTATCGATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTAATTAAAA-CTGGTTATA
571 TTGTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTAAAT-TTTTT-TATTTTTGGTTAAAATATAG-TATA
* * * * * * * * *
110029 ATTGAA-TGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGC-CATCCATAGG-AGA
633 ACT-AAGTGTCTGCCTTAGGGAACATGAAG-AAAAACTCATTCATTGGCACA
* * * * * * * * * * *
110078 GAAAAATCTATATATTGTCACCCATATCTTCGAAAGCATTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATA
1 -AAAAGTCCATTTATAGTCACACATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTATTATA
* * * * * * *
110143 ATATCATAATT-AGTTTTAAGTT-TATTTTTTTAAAATTTTTTA-TGAAAATATATTATAATTAA
65 ATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAGTTTTTT-ATA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
*** * ** ** * * * * *
110205 ATGTCTACTTCAAAAAATGTGAAGCAAAAATCATTCACTGGATAAAAAAGTTCATTTATAGTCAG
127 ATGTCTACCAGAAAAAATGTAAAGCAAAAGCCAACCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAATCA-
* * * ** * **********
110270 C-CATACCTTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAG
191 CTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
110334 TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACATGA
256 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAACATTATAATTGAATGTCTACATTAAGAAACATGA
* * * * * * **
110399 AGTAAAAGCTATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTTAAGTCATCAAAATTCTTATT
321 AGCAAAAGCTATACATTGTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTGAAGCCATCAAAAGCCTTATT
* * * * *
110464 ACTTG-TTATAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGGATT-TTTTTACATTTTTA
386 ACTCGCTT-TAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTGGTTTTACATTTTTA
* ** * *
110527 GTTAAAACAAATAAGATTTGAATGTCTGGCTCGAGAAACATGAAG-AAAA-CTCATTCATTAGTA
450 GTTAAAACAAATAAAAGATGAATGT-TGGC-CAAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTAGCA
* * * ********** * *
110590 ACAAAAGTTCATTTATAGTCACCCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTGTAT
512 ACAAAAGTCCATTTATAATCACCAATGCCTTCAAAAGCCTTAATACTAGCTTTAAATAGTTGTAT
* *
110655 AATCTCATAATTGATTCTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATGTATTATAACTAAGT
577 AATCTCATAATTGATTCTAAGTTAAATTTTTTT--ATTTTTGGTTAAAATATAGTATAACTAAGT
* *
110719 GTTTGCCTT-GGGAAACATGAAGTAAAAACT-ATTCATTGGTA-A
640 GTCTGCCTTAGGG-AACATGAAG-AAAAACTCATTCATTGGCACA
********** * **
110761 GAAAAGTCCATTTANNNNNNNNNNTACCTTCGAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATGGTATTATA
1 -AAAAGTCCATTTATAGTCACACATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTATTATA
* *
110826 ATCTCATAATTGATTTTTAGTT-AAGGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * ** * **
110890 GTTTACCATAGGAAATGTAAAGCAAAAGCCAACCATTGGAAAGTAAAGT-CATTTATAATCACTC
129 GTCTACCAGAAAAAATGTAAAGCAAAAGCCAACCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAATCACTC
* * *
110954 AAACCTTCGCAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG
194 AAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * **
111019 AATTTTTTTACATTTTTTGTT-AAAATACATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAACATGAAGC
259 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAACATTATAATTGAATGTCTACATTAAGAAACATGAAGC
* *
111083 AAAAGACT-TACATTGATAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTGAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTA
324 AAAAG-CTATACATTG-TAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTGAAGCCATCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
111147 CTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTTAATTGGTTTTATATTTTTGGT
387 CTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTGGTTTTACATTTTTAGT
* * *
111212 TAAAACAAATAAAAGATGAATGTTTGCCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTAGCAAGAAA
452 TAAAACAAATAAAAGATGAATGTTGGCCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACAAA
* *
111277 AGTCCATTTATAATCACCAATGCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
517 AGTCCATTTATAATCACCAATGCCTTCAAAAGCCTTAATACTAGCTTTAAATAGTTGTATAATCT
* * *
111342 CATAATTGGTTTTAAGTTGAAATTTTTTTATTTTTTGTTAAAATATAGTATAACTAAGTGTCTGC
582 CATAATTGATTCTAAGTT-AAATTTTTTTATTTTTGGTTAAAATATAGTATAACTAAGTGTCTGC
*
111407 CTTAGGGAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCACA
646 CTTAGGGAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCACA
* **********
111444 AAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACACATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTATTATAA
* * *
111509 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAGATTGATTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * *
111574 CTACCAGAAAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTTTAATCACTCAA
131 CTACCAGAAAAAATGTAAAGCAAAAGCCAACCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAATCACTCAA
* * ********** *
111639 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
196 ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
*** * * * * * * ** *
111704 TTTGTTTTACATTTTCACTTAAAGTATAC--TATAACT-AAGTGTATGCCTTGGGACACATGAAG
261 TTT-TTTTACATTTTTGGTTAAA-AAAACATTATAATTGAA-TGTCTACATTAAGAAACATGAAG
* ** * *********** * * * *
111766 CAAAAG-TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCATGCCTTCCAAAGTCTTATTA
323 CAAAAGCT-ATACATTGTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTGAAGCCATCAAAAGCCTTATTA
* ** * * * * * *
111830 CTTGCTTTAAATAATTTTAAAATCTTATTATTGATTTTAAACT-AATT-TTTTTACATTTTTAGT
387 CTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTGGTTTTACATTTTTAGT
* * * * * * * * *
111893 TAAAATGC-ATTATAA-TTGATTGTCT--ACATTAGGACACGTGAAGCAAAAA-CCTTTCATTGG
452 TAAAA--CAAATAAAAGATGAATGT-TGGCCA--A-GAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTAG
* * * * * * * * *
111953 TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAAT-GATT
510 CAACAAAAGTCCATTTATAATCACCAATGCCTTCAAAAGCCTTAATACT-AGCTTTAAATAG-TT
* * * * * * * * **
112016 TTATAATCTCAT-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTACATTTTAGTTAAAACATATTATATTTC
573 GTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTAAATTTTTTTA-TTTTTGGTTAAAATATAGTATAACT-
* *
112080 AA-TGTTTG-CTTCA-GGAACAT-AA-AAAAAGC-CATTAATTGGCA-A
636 AAGTGTCTGCCTT-AGGGAACATGAAGAAAAA-CTCATTCATTGGCACA
* * * * * * *
112122 GAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATGCCTCCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTA
1 -AAAAGTCCATTTATAGTCACACATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTATTATA
** * *
112187 ATCTCAATAATTGATTTTACA-TTGATTTTTTTTATATTTTT-GATTAAAATATATTATCATTGA
65 ATCTC-ATAATTGATTTTA-AGTTGAAGTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGA
* ** * * * * ** * * * *
112250 ATGTCTGCTTTGAGAACA--TAAAGCAAAAGGCATCCATTGGCAAGAAAACTCTATATATAATCA
127 ATGTCTAC-CAGAAAAAATGTAAAGCAAAAGCCAACCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAATCA
* * * * * * * *
112313 CTCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTATATAATTTCATAATCGAATTTCAG
191 CTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
112378 TTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAACCAAA-A-TATAATTTAATGTTTGCCTTAAAAAACATG
256 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA-AAAACATTATAATTGAATGTCTACATTAAGAAACATG
* * * ** ** * * * *
112440 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC-CATGCCTTCGAAAGCCTTA
320 AAGCAAAAGCTATACATTGTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTGAAGCCATCAAAAGCCTTA
* * *
112504 TTACTCACTCTAAATAGTTTTATAATCTCAT
384 TTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCAT
112535 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1918, Mismatches: 464, Indels: 153
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678 5 0.00
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Consensus pattern (682 bp):
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TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
CTACCAGAAAAAATGTAAAGCAAAAGCCAACCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAATCACTCAA
ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAACATTATAATTGAATGTCTACATTAAGAAACATGAAGCAA
AAGCTATACATTGTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTGAAGCCATCAAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTGGTTTTACATTTTTAGTTAAA
ACAAATAAAAGATGAATGTTGGCCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAACAAAAGTC
CATTTATAATCACCAATGCCTTCAAAAGCCTTAATACTAGCTTTAAATAGTTGTATAATCTCATA
ATTGATTCTAAGTTAAATTTTTTTATTTTTGGTTAAAATATAGTATAACTAAGTGTCTGCCTTAG
GGAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCACA
Found at i:111173 original size:512 final size:505
Alignment explanation
Indices: 109309--119203 Score: 1964
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109299 TACTCGCTTT
* * * ** *
109309 AGTTAAATTTTTTATAATGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTC-TCAGAAAACATG
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* * * ** * ** *
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* * * *
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126 TTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTT
* * * * * * * * * **
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189 AGTTAAAATACATTATAATTGAATGTCTA-CATT-GGAAACATGAAGCAAAAGCCTTACATTGAA
* * ** * * * * * *
109563 AAGAAAAGTCCATTGATAGTAACTTAAGCTTTTAAAAGTCTTATTACTC-ATCTTAAATAGTTTT
252 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAAT-GGTTT
* * * * * * * **
109627 ATAATCTCATTATTGATTTTAAGATAGATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGA
315 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAACT-A
* * * * * * * *
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* * ** * * * * *********
109756 CCTATACCTTCGGAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAANNNNNNNNN
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* * * * *
109819 NGTTGTATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTCA-A-GAAAA
1 AGTT-AAATTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-C-CATAGGAAAT
* * * ** * *
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62 GT-AAGCAAAAGCCATTCATTGGAAAG-AAAGTC-ATTTATAGTCACTC-AAACCTTCGAAAGCC
* * * *
109945 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATCGATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTT
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* ** * * ** * * * *
110010 TTAATTAAAACT-GGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATAG
187 TTAGTTAAAA-TACATTATAATTGAATGTCTACAT-TGGAAACATGAAGCAAAAGCCTTACAT-T
* * * * * * * * *
110074 GAGAGAAAAA-TCTATATATTGTCACC-CATA-TCTTCGAAAGCATTATTATTCGCTTTAAATAG
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* * * * ** *
110136 TTTTATAATATCATAATT-AGTTTTAAGTT-TATTTTTTTAAAATTTTTTATGAAAATATATTAT
311 GTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATATATTAT
* * * * ** * * * *
110199 AATTAAATGTCT-ACTT-CAAAAAATGTGAAGCAAAAA-TCATTCACTGG-ATAAAAAAGTTCAT
374 AACTAAGTGTTTGCCTTGGGAAACA--TGAAG-AAAAACT-ATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCAT
* * ** * * *********
110260 TTATAGTCAGCC-ATACCTTTGAAAG-CTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNN
434 TTATAATCA-CCAATGCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
*
110323 NTGATTTTA
497 TTGATTTTA
* * * * * ** *
110332 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACAT
1 AGTT-AAATTTTTTATATTTTTAGTT-AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCAT-AGGAA-AT
* * * ** * * ** * * **
110397 G-AAGTAAAAGCTATCCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTTAAGTCATCAAAATTCTT
62 GTAAGCAAAAGCCATTCATTGGAAAG-AAAGT-CATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTT
** * *
110461 ATTACT-TGTTATAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
125 ATTACTCACTT-TAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * * *
110525 TAGTTAAAACAAATAAGATTTGAATGTCTGGC-TCGAGAAACATGAAG-AAAA-CTCATT-CATT
188 TAGTTAAAATACATTATAATTGAATGTCT-ACATTG-GAAACATGAAGCAAAAGC-C-TTACATT
* * * ********** *
110586 -AGTAACAAAAGTTCATTTATAGTCACC-CANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGG
249 GA-AAAAAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
110649 TTGTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATGTATTATAA
312 TT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAA
* ***
110713 CTAAGTGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGTAAAAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTANNN
376 CTAAGTGTTTGCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAA
******* * * * * *
110778 NNNNNNNTACCTTCGAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATGGTATTATAATCTCATAATTGATTTT
440 TCACCAATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
*
110843 T
505 A
* * *
110844 AGTTAAGGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCATAGGAAATGTA
1 AGTTAA-ATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATAGGAAATGT-
** * * *
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* *
110974 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGT
128 ACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
*
111039 TAAAATACATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAACATGAAGCAAAAGACTTACATTGATAAAA
192 TAAAATACATTATAATTGAATGTCTACATT-GGAAACATGAAGCAAAAGCCTTACATTGA-AAAA
* *
111104 AAAAGTCCATTTATAGTCCCTGAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAA
255 AAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAA
* * * * * * * *
111169 TCTCATAATTGATTTTAAATTTAATTGGTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-AATAAAAGATGAA-
319 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAA-CT-AAG
** * * *
111232 TGTTTGCC--AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACC
381 TGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-CTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACC
* * *
111295 AATGCCTTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTA
445 AATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
111356 AGTTGAAATTTTTT-TATTTTTTGTTAAAATATAGTATAACT-AAGTGTCTGCCTTAGGGAACAT
1 AGTT-AAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA-TGTCTACCATA-GGAA-AT
* * * ** *
111419 G-AAGAAAAAGTCATTCATTGGCACAA-AAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCAAAAGCCT
62 GTAAGCAAAAGCCATTCATTGG-A-AAGAAAGT-CATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCT
* ********* *
111482 TATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
124 TATTACTCACTTTA-AATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* ** * * * *
111547 TAGTTAAGATTGATTATAATTGAATGTCTACCA--GAAAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG
188 TAGTTAAAATACATTATAATTGAATGTCTA-CATTGGAAACA--TGAAGCAAAAGCCTTACATTG
* * * * *****
111610 AAAAAAAAAGTCCATTTTTAATCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNN
250 AAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTT
**** *** * *
111675 NNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTTACATTTTCACTTAAAGTATACTATAACT
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* * * * ******
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*** * * * * * *
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*
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125 ATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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*
112373 TTC
503 TTA
* * ** * * * * * * **
112376 AGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAACCAAAATATAATTTAATGTTTGCCTTAAAAAACATG-
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* * * * * **
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* ********** *
112505 TACTCACTCTAAATAGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTT-
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* * * * ** * * * *
112569 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCAT-CTATTGGAA
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* ** * * * * *
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112697 AATCTCATAATTCATTTCAAG-TAGAATTGTTTTACTTTTTTGGTTATAATATATTATAATTAAA
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* *** * * * * * * * *
112761 TGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTACAATCACT
381 TGTTTGCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCAC-
* * * ** * * * **********
112826 CAA-GCTTTCGAAAGCCTTCGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTNNNNNNNNNNTTTA
444 CAATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
112887 AGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTA-TATCAAGAAACA
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* * * * * **
112951 TG-AGGAAAAAGCTATTCATT-GAGAAGAAAAGTTTATTTATAG-CGACCCATGCCTTCGAAAGC
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* ** ********** *
113013 CTTATTATTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTCTTTTACATT
122 CTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * * * * * * * * *
113078 TTTGGCTAAAAGATATTATAATTTAATGTATGCTTTGGAAAACATGAAGTAAAAGACAT-CAAAT
186 TTTAGTTAAAATACATTATAATTGAATGTCTACATTGG-AAACATGAAGCAAAAGCCTTAC-ATT
* * * * ** * * *
113142 GTTAAGAAAAA-CCCATTTATAATTACTCAACCCTACAAAACCCTTATTACAT-GCTTTAAATGG
249 G-AAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGG
********** * * * * * * **
113205 TTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAACTTGAA-TTTTTTACATTTTGGGTCAAAACAGATTATGT
312 -TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAA
* ** * * * * *
113269 TTATA-TGTTTATCTTGGGAAACGTGAAGTAAAAGCTATTCATTGACAAAAAAAGTCCACTTATA
376 CTA-AGTGTTTGCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * **********
113333 GTCACTTAAGTTG--TT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTATAANNNNNNNNNNGA
439 ATCAC-CAA--TGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
113394 TTTTA
501 TTTTA
* * * * * * * * * ** * *
113399 AGTTGAATTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAAATAATATTTCAATGTTTGTCTTGGGAAACAT-
1 AGTT-AAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATAGG-AA-ATG
* * * *
113463 TAAG-AAAATGCTATTTATTGGCAAAGAAAAGTTCAGTTATAGTCAC-CTATACCTTC--AAG--
63 TAAGCAAAA-GCCATTCATTGG-AAAG-AAAG-TCATTTATAGTCACTC-AAACCTTCGAAAGCC
* * * * *
113522 -TA--A---A---T---GGTTTTATAATCTTATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTACATTTA
123 TTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * * * * **** * * *
113575 TAGTTAAAACAGATAATATTTCAATGTCTGCTCGCTTTG--A-ATGGTTTTATAATCTTATAACT
188 TAGTTAAAATACATTATAATTGAATGTCT--AC-ATTGGAAACAT-GAAGCAAAAGCCT-T-AC-
** **** *** * * * * *
113637 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATA-T---T-ATTG-GTTAAAATAG-TTATAGTTGAATGTCTG
246 -ATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCA-AGCCTTCAAA-AGCCT-TA-TT--A-CTC-G
* *** * * ** * *
113694 CCTTAGCAA---AACATGAAGC-AATAGCCATCT-ATTCGAAAG-AAAATTTCATTTATAATCAC
302 CTTTA--AATGGTTTAT-AATCTCATA---AT-TGATT-TTAAGTTAAATTT--TTT-T-A-CAT
** * * ** ** *** ** *
113753 TCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAGTGGTTCTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGT
354 TTTTG-GTT--AAAATA-TATTA-TAAC--TAAGT-GTT-T-GCCT-TGGGAA---ACATGAAG-
** ** * * **** * ** **
113818 TGAATGTTTTTACTTTTTTAGTTACAACAGAT-TATATT-TGAAT-GTC--TGTCCTAGGAAACA
404 AAAAACTATTCA-TTGGCAAG--A-AA-AG-TCCAT-TTAT-AATCACCAATG-CCT-TCAAA-A
**** * * * * **
113878 TGAAGCAATAGCCATC-CATTGGATAGAAAAGTCCATTTAT--TGTCACTCA-TGCCATTGAAA
458 -GTCTTATTA--C-TCGC-TT---TA-AATAGT---TTTATAATCTCA-TAATTG--ATT-TTA
* * * * ** * * *
113938 AGCATTATCACTTACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATCATAGATTTTAAGTTGAATTATTTTA-
1 AG--TTA--AATT--TTT-TATA--TTTTTAGT-T-AAAATAGATTATAA-TTGAA-T-GTCTAC
* * * * *
114002 CATTTACGGTTAAAATATACTA-TAATTGAATGTCTATCTCA-AGAAACATGGAGCAAAAGCCAT
52 CA--TA-GG---AAATGTA--AGCAA---AA-G-CCAT-TCATTG-GA-A---AG--AAAG---T
* * * ** *
114065 CCATTGATAAAAAAAGTCTACTTC-TA-CTCACTCAAGCCTTTGAAAGGCTTTTTACTCGCTTTA
93 -CATT--T----ATAGTC-AC-TCAAACCT-TCGAAAGCC-TT---A------TTACTCACTTTA
********** *
114128 AATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTT-ACA-ACA
138 AAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATACA
* * * ** * * * * * **
114191 TTATATATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TCAGAGAGAGGAGTC
201 TTATA-A-TTGAATGTCTACATT-GGAAACATGAAGCAAAAGCCTTACATTGA-AAAAAAAAGTC
* * * ** * * *********
114255 CATTTACAGTCACTTATA-CCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCAT
262 CATTTATAGTCCCTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCAT
* * * *
114319 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCA-TTTTGGTCAAAATATATTATAATTGAA-TGTTTTC
325 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAATATATTATAACT-AAGTGTTTGC
* * * * * * * * *
114382 TTTGGGAAACATGAAGCCAAAGCTATCCATTAG-AGAGAAAAATTCATTTATAGTCACTC-ATAC
388 CTTGGGAAACATGAAG-AAAAACTATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAATCAC-CAATGC
* ** * *
114445 CTTCGAAAG-CATTATTACTCATTTTAAAT-GATTTTATAACCTCATAACTGATTTTA
450 CTTCAAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
114501 AGTTGAATTTTTTGATGTTTTTGAG-TAAAATATATTCTAATTGAATGTTTGACTCA-AGAAACA
1 AGTTAAATTTTTT-ATATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-AC-CATAGGAA-A
* * * * * *
114564 TG-AAGCAAAAGCCATCCATGGGTAAATAAAAGTCTATTTATAGTCGCTCAAGCCTTTGAAAGCC
61 TGTAAGCAAAAGCCATTCATTGG-AAA-GAAAGTC-ATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* ** * * *
114628 TTATTAATTGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTT
123 TTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * *
114693 TTGGTTAAAATAGATAATATTTGCATGTTTGGC-TTGAGAAACGTGAAGCAAAAG--TTATTCAT
187 TTAGTTAAAATACATTATAATTGAATGTCT-ACATTG-GAAACATGAAGCAAAAGCCTTA--CAT
** * *** ** * * *
114755 TGGCAAGAAAAGTGTTTTTATAGTCATTTATGCCTTCGAAA-CTCTTATTACTCGCTTTAAATAG
248 TGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAAT-G
* * * ** * *
114819 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTATGTTATTGGTTAAAACATATTATAA
311 GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAA
* * * * * * ** *
114884 TTGAA-TGTTTACCTTGGAAAATATGAA-ACAAAAGCCATCCATCAGCAGGAAAAGTCCATTTAT
376 CT-AAGTGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGA-AAAA-CTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * * * *
114947 AGTAACTC-ATACCTTCAAAAG-CATTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTTATTATTTA
438 AATCAC-CAATGCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
115010 TTTTA
501 TTTTA
** * * * * * * * ** * *
115015 AGTTGGATTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAG-TTAATATTTGAACGTTTTTCTTAAGAAACATG
1 AGTTAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATT-ATAATTGAATGTCTACCAT-AGGAA-ATG
** * ** * * * *
115079 -AAAAAAAAGCCATTCATTAGTGAGAAACATCCATTTATAGTTACCCATACCTTCGAAAGCCTTA
63 TAAGCAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAA-GT-CATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTA
* ********* * * *
115143 TTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTCTTACTTTTTTT
126 TTACTCACT-TTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTT
* * * * * * * * *
115208 A-TTGAAATATATTATAATTAAATATGTAC-TTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGACATT-CATT-A
189 AGTTAAAATACATTATAATTGAATGTCTACATT--GGAAACATGAAGCAAAAG-CCTTACATTGA
** * ** * ** *
115269 GTGAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCGTGCCTTTTAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGCT
251 -AAAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-T
** * * ** * **
115333 TTATAATCTCATTGTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTATATTT
313 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAACT
* * * * * * *
115398 GAA-TGTCTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
378 -AAGTGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAAT
* * * * * * * *
115462 CAACTATACCTTCGAAAG-CGTTATTACTCACATTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTT
441 CACCAATGCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
115526 A
505 A
* * * * * *
115527 GGTTGAATTATTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTCTGCC-TAGGGAAGTAT
1 AGTTAAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATA-GGAA--AT
* * * ** * **
115591 G-AA-AAAAAACCTTTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTT
62 GTAAGCAAAAGCCATTCATTGGAAAG-AAAGT-CATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTT
* ********** ** *
115654 ATTACTCGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTACATTTTT
125 ATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * ** * * * * * * ** * * * *
115719 TGTTAAGACAGGTAATATTTCAATGTTTGCCTTAGGAAATGTTAGGAAAAAG-CTATTCATT-AG
189 AGTTAAAATACATTATAATTGAATGTCTACATT-GGAAACATGAAGCAAAAGCCT-TACATTGA-
* * * *** * * * *
115782 CAAGAAAAGTCCACTTATAGTTATTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTT
251 AAAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTT
* * * *
115847 ATAATCTC---ATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAATAGATTAT-ACT-T
315 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTAA
** * ** ** * * * * *
115907 GACTAT-CAACTTCAAGAAATGTAAAGTAAAACCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAAT
380 GTGTTTGC--CTT-GGGAAACATGAAG-AAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAAT
* * ********** *
115971 CACTCAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTAATTTT
441 CAC-CAATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
116035 A
505 A
* * * * * * * * *
116036 AGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTGAAATGGATTATATTTGAATGTTTTCC-TCGAGAAAAAT
1 AGTTAAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCAT--AG-GAAAT
* * * * ** * * * *
116100 G-AA-TAAAAACCATTCATTGCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTCAAAAACTTT
62 GTAAGCAAAAGCCATTCATTGGAAAG-AAAGT-CATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTT
* ********** * * *
116163 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTGTT
125 ATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * * *
116228 AGTTGAAAT-CAATTCTAATTGAATGT-TACCTTAGGAAACGTGAGGCAAAAGCCATCCATTGGA
189 AGTTAAAATAC-ATTATAATTGAATGTCTACATT-GGAAACATGAAGCAAAAGCCTTACATTGAA
* * * * * * ** * **********
116291 GAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTGATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGNNNNNNNNNNTTTTA
252 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTA
* * * * * * * *
116356 TAATCTCATAATTGATTTTTAGTCAAATTCTTTTATATTTTAT-ATTAAAAAATATTACAATTGA
316 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT-TGGTTAAAATATATTATAACT-A
* * * * * ** * *
116420 A-TGTTTACTTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
379 AGTGTTTGCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCA
* * * * * *
116484 CTCAA-GCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAATTTTA
443 C-CAATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
** * * * * * * * * *
116547 AGTTCATTTTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGATAATATTTGAATGTTTGCC-TTGAGAAATG
1 AGTT-A-AATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATAG-GAAATG
* * ** *
116611 TGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCT
63 T-AAGCAAAAGCCATTCATTGGA-AAG-AAAGT-CATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCT
* ** * * * * * * *
116675 TACTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGCTAAATGTTTTTATATTGT
124 TATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * ** * * *
116740 TAATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGTC-TCAAGTAACATAAAGCAAAAGCCAT-CTATTG
188 TAGTTAAAATACATTATAATTGAATGTCT-ACAT-TGGAAACATGAAGCAAAAGCCTTAC-ATTG
* * * * * * * * * ** ** *
116803 TAGAGAAAAGTCCATTTATAATCACTTATGGCTTCGAAAGAATTATTACTTACTTTAAATGATTT
250 AAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTT
** *
116868 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTTT-CATTTTTCATTAAAATATATTATAATT
314 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAA-C
* * * * * * * *
116931 TAA-TGTCTACCTT--CAAAAATGCAAAGGAAAAGCT-GTCTATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
377 TAAGTGTTTGCCTTGGGAAACATG--AA-GAAAAACTATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * ** ** * *
116992 AGTTACTCAA-GCCTTTGAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAAT
438 AATCAC-CAATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
***
117056 TNNNN
502 T-TTA
******* * * * * * * * **
117061 NNNNNNTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTGCC-TCAAAAAATGTA
1 AGTTAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCAT-AGGAAATGT-
* * ********* *
117125 AAGAAAAAGTCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CNNNNNNNNNNAAAGCTTT
64 AAGCAAAAGCCATTCATTGGA-AAG-AAAGT-CATTTATAGTCACTC-AAACCTTCGAAAGCCTT
* * * * *
117188 ATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGGTGAATTTTTTTATACTGTT
125 ATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTT
* * * ** * * *
117253 TA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGATACTTGAAACAAAAG-C-TATCTATTG
188 TAGTTAAAATACATTATAATTGAATGTCTACAT-TGGAAACATGAAGCAAAAGCCTTA-C-ATTG
** * ** *********** *
117315 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTGNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
250 AAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TT
* ** * * * * ** * * *
117380 TATAATCTCATAGTCAATTTTAAGTTGAATAGTATCTGGATTTTTGGTGAAAATAGATTATAATT
314 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAACT
* * *** * * * *
117445 GAA-TGTCT--ATTTCAAAAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCACTT-GCAAGAAAAGTCCATTTAC
378 -AAGTGTTTGCCTTGGGAAACA--TGAAG-AAAAACTATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * ** * * * * * *
117506 AGTCAATCAA-GCCTTTGAAA-CCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAGTCTTATAATTTA
438 AATC-ACCAATGCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
117569 TTTTA
501 TTTTA
* * * ** * * * * *
117574 ACTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTCAAAATATATTAT-ATTTACATGTTTACC-TCGTGAAACA
1 AGTT-AAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTCTACCATAG-G-AA-A
* * * * ** *
117637 TG-AAGAAAAAGCCATTTATT-AAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CTATGCTTTCGAAAGC
61 TGTAAGCAAAAGCCATTCATTGGA-AAG-AAAG-TCATTTATAGTCACTC-AAACCTTCGAAAGC
** * *
117699 CTTATTACTTGCTTTAAAAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATT
122 CTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATT
* * * ***
117763 TTT-GATTAAAATATATTATAATTCAATGTCTACTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCACCCATT
186 TTTAG-TTAAAATACATTATAATTGAATGTCTACATTG-GAAACATGAAGCAAAAGCCTTACATT
* * * ** * * * *
117827 AGTAGAAAACA-TTTATTTATATTCACTCAGGCCGTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
249 -GAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-G
* * * * * *
117890 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAT
311 GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAA
* * * * * * * * * *
117955 TTGAA-TGTCTGTCTAGAGAAGCATGAAGCAAAAACCATTCATTGGGAAGAAAAGCCCCTTTATA
376 CT-AAGTGTTTGCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
118019 GTCACCCATGCCTTCAAAACTCTAATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
439 ATCACCAATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
118084 TA
504 TA
* * * * * * **
118086 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAATGTA
1 AGTT-AAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATAGGAAATGT-
* ** * * *
118151 AAGCAAAAGCCATCCATTGGAGGGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTTTAT
64 AAGCAAAAGCCATTCATTGGAAAG-AAAG-TCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTAT
* ** *
118216 TACTCGCTCGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTGTTTACATTTTTA
127 TACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTA
** * * * * * **
118281 GTTAAAATTGATTATAATTTACTGTCTACCTTAAGAACCATGAAG-AAAAGCCATT-CATTGGTA
190 GTTAAAATACATTATAATTGAATGTCTACATT-GGAAACATGAAGCAAAAGCC-TTACATTGAAA
* * * * *
118344 ATAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGGCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
253 AAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTAT
* * *
118409 AATCTCATAATTGATTTTAACTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA-
317 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAACT-AAG
** * * * ** * * ** * * * *
118472 TGCCTACTTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATAAATTGGTACA-AAAAGTCTATATATAGTCAC
381 TGTTTGCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAACTATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAATCAC
* * * *
118536 CCATG----C---A-T-TTA-T-CTCG--TTAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTCATTCTA
444 CAATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * *
118585 AGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGTAAACGT
1 AGTT-AAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCAT-AGGAAATGT
* * * * * * * * * *
118649 GAAGCAAATGCTATACATTGAAAAGAAAAATCCTTTTGTAATCACTCATACCTTCGAAAGCATTA
64 -AAGCAAAAGCCATTCATTGGAAAG-AAAGT-CATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTA
* * * * * *
118714 CTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAACTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTCTA
126 TTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * ** * **
118779 GTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATT-CATTGGTA
190 GTTAAAATACATTATAATTGAATGTCTACAT-TGGAAACATGAAGCAAAAGCC-TTACATTGAAA
* ** * ** * * *
118843 AGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTTAAGCCTTTGAAATCC-TATTACTCGTTTTGAATGGTTT-TA
253 AAAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATA
* * * * * * ** *
118906 TAGCTTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTATATTTTTGGATAAAATGGATTATAATTGAA
318 -ATC-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAACT-AA
* ** ** * * * * * * * *
118971 -TGTCTATCTTGAAAAACGTGAAGATAAGCCATTCATTGACAAGAAAACTCTATTTATAGTCACC
380 GTGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACC
* * * ** * * *
119035 CATACTTTTGAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAAT-GATTGTATAA-CTTCATAATTAATTTTA
445 AATGCCTTCAAAAGTCTTATTAC-TCGCTTTAAATAG-TTTTATAATC-TCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
119096 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAAACTATAATTGAATGTCT-GCTTAGAAAAATG-
1 AGTT-AAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATAG-GAAATGT
* * * *
119159 AAGCAAAATCTATCCATTGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
64 AAGCAAAAGCCATTCATTGGAAAG-AAAGTC-ATTTATAGTCACT
119204 TAAGCTTTCA
Statistics
Matches: 6977, Mismatches: 1875, Indels: 1067
0.70 0.19 0.11
Matches are distributed among these distances:
493 6 0.00
494 6 0.00
495 62 0.01
496 3 0.00
497 12 0.00
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* * * *
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** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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*** * *
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* * * *
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* * *
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** * ** *
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* ** * * **
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
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*
115614 GAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
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********** **
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* * * * * * ** * * * * *
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* * *
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* * ** *
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1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACTTTTTTGGTT
* * * ** * * ** * * * *
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* *
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********** * *
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1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACTTTTTTGGTT
* * * * * * *
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* * * * *
116124 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTCAAAAACTTTATTA
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* ********** * *
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1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACT-TTTTTGGT
* * * * * * * *
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64 TAAAAT-AGATTATATTTGAATGTCTGTCC-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATT-GAAA
* * *
116293 GAAAAGTCCATTTACAGTCACTGATGCCTTTGAAAGCCTTATTA
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* ********** * ** *
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1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACT-TTTT-TGG
* * * * * * *
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* **
116462 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTA
125 -AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * *
116508 CTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCATTTTTTTTTACATTTTTT-G
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTAC-TTTTTTGG
* * * * * ** *
116572 TTCAAACAGATAATATTTGAATGTTTG-CCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGAGA
63 TTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGTCCTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCT-ATTGA-A
* * *
116635 AGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTACTA
125 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * * * **
116680 CTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGCTAAATGTTTTTA-TATTGTTAAT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACT-TTTTTGGT
* * * * * * *
116744 TAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGT-CTCAAGTAACATAAAGCAAAAGCCATCTATTGTAGAG
64 TAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGTCCT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTG-AAAG
* * * **
116808 AAAAGTCCATTTATAATCACTTATGGCTTCGAAAGAATTATTA
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
** * * **
116851 CTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTT-CATTTTTCATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACTTTTTTGGTT
* * ** * * **
116915 AAAATATATTATAATTT-AATGTCT-ACCT-TCAAAAATGCAAAGGAAAAGCTGTCTATTGACAA
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* * * * *
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* * * ********** *
117021 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTNNNNNNNNNNTTTTTTTACATTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTGGTT
* * * * * *
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********* *
117147 AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CNNNNNNNNNNAAAGCTTTATTA
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* * * * *
117192 CTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGGTGAATTTTTTTA-TACTGTTT-A
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACT--TTTTTGG
* * * * * * *
117255 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTCAAGATACTTGAAACAAAAGCTATCTATTGGCAA
63 TTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGTCCT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATT-GAAA
* ***********
117319 GAAAAGTCCATTTATAGTTACTGNNNNNNNNNNAAGCCTTATTA
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* * ** ** *
117363 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTCAATTTTAAGTTGAATAGTAT-CTGGATTTTTGG
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACT---TTTTTGG
* * * * ** ** * * *
117427 TGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAT-TTCAAAAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCACTTGCAA
63 TTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGTCCT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTA-TTGAAA
* * * *
117491 GAAAAGTCCATTTACAGTCAATCAAGCCTTTGAAA-CCTTTATTA
126 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC-TTATTA
* * * * * * * *
117535 CTCGCTTTAAATGGTTTTACAGTCTTATAATTTATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTC
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTGGTT
* * * * *
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* *
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126 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * *
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1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACTTTTTTGGT
* * * * * * * * *
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64 TAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGTCCTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGA-AAG
* ** * * *
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* * * * *
117876 CTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
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* * *
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* * * * * *
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* *
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1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTGGTT
* * * * ** * * **
118112 AAAATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTTAGGAAATGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGGGA
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* * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * *
118344 ATAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGGCTTCAAAAGCTTTATTA
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* *
118389 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTA
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* * * * * ** ** *
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* * * *
118517 AAAGTCTATATATAGTCACCCATG----C---A--TTTA-T-
128 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * *
118548 CTCG--TTAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTCATTCTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTGTTAGT
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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** * * ** ** *
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*
114607 TCGCTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTA
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* * * * *
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*** *** * * *
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* * *
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*
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** *
114957 ACCTTCAAAAGCATTATTA
322 ACCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * * *
114976 CTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTTATTATTTATTTTAAGTTGGA-TTTTTTACATTTTTGGCT
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* * * **
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* * ** * * *
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* * ** * * * * **
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* * * *
115296 GTGCCTTTTAAAACCTTATTA
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** * **
115317 CTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATTGTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATT
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
115575 CTGCCTAGGGAAGTATGAAA-AAAAACCTTTCATTGCTA-A-GAAAAGTCCATTTACAGTCACTC
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* *
115637 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
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********* ** * *
115658 CTCGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTACATTTTTTGTT
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115723 AAGACAGGTAATATTTCAATGTTTGCCTTAGGAAATGTTAGGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAA
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130 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
** ** * * * *
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* * * * * * * * *
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*
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********* * *
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* * ** * *
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* * * * * * ****
116123 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTCAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTNNNN
127 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
****** * * * * * *
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** ** ** *
116252 G-TTACCTTAGG-AAACGTGAGGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTACAGTCACT
256 GTTTACCTT-GGAAAATATGAAACAAAAGCCATCCATCAGAG-GAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* *
116315 GATGCCTTTGAAAGCCTTATTA
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* ********** * ** * * *
116337 CTTGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTCAAATTCTTTTATATTTTAT-AT
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* ** ** * *
116401 TAAAAAATA-TTACA-A-TTGAATGTTT-ACTTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAAC
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* * ** * *
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125 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * * ** * * * * * *
116526 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCATTTTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGATAATATTTG
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* * * * * *
116591 AATGTTTGCCTT-GAGAAATGTGAAGA-AAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTACAGT
253 AATGTTTACCTTGGA-AAATATGAA-ACAAAAGCCATCCA-TCAGAGGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** *
116654 CACTCATGCCTTCCAAAGCCTTACTA
315 CACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * * * * * * **
116680 CTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGCTAAATGTTTTTATATTGTTAATT
1 CTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * *
116745 AAAATAAATT-ATAATTGAATGTTTGTCTCAAGTAACAT-AAAGCAAAAGCCA-TCTATT-GTAG
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* ** ** ** *
116806 AGAAAAGTCCATTTATAATCACTTATGGCTTCGAAAGAATTATTACTTACTTTAAAT-GATTTTA
126 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTA
** *
116870 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATT-TTTTCA--TTTTTCATTAAAATATATTATAATTT
190 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTATTTT-ATGTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* * * ** * * * * *
116932 AATGTCTACCTT-CAAAA-ATGCAAAGGAAAAGCTGTCTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
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* *
116995 TACTCA-AGCCTTTGAAACCCTTATTA
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* * * **********
117021 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTNNNNNNNNNNTTTTTTTACATTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * *
117086 AAAACAGATAATATTTGAATGTTTGCCTCAA-AAA-ATGTAAAGAAAAAGTCATTCATT-GACAA
65 AAAATAGTTAATATTTGAATGTTTGTCTTAAGAAACATG-AAA-AAAAAGCCATTCATTAG-CAA
********** * *
117148 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT-GCTTTTAT
127 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTAT
* * * * * * *
117212 AATCTCATAATGGATTTTAAGGTGAATTTTTTTATACTGTTT-ATTAAAATAGATTATAATTGAA
191 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTAT-GTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA
* * * * * * ** * *
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***********
117339 CTGNNNNNNNNNNAAGCCTTATTA
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* * ** * * * **
117363 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTCAATTTTAAGTTGAATAGTATCTGGATTTTTGGT
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* * * * * ** ** * *
117428 GAAAATAGATT-ATAATTGAATGTCTAT-TTCAAAAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCACTT-GCA
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* ** * * *
117490 AGAAAAGTCCATTTACAGTCAATCA-AGCCTTTGAAA-CCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
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* * * * * * ** * * *
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* * ** * * *
117617 CATGTTTACCTCGTG-AAACATGAAGA-AAAAGCCATTTATTAAGAAGAAAAGCCCATTTATAGT
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*
117680 CAC-C-TATGCTTTCGAAAGCCTTATTA
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* * * * *
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* * * * * * ** ** *
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* * ** * *
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* ** * ** * * * ** * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * ** * *
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* * * * * ** **
118301 ACTGTCTACCTT--AAGAACCATG-AAGAAAAGCCATTCATTGGTAATAAAAGTCCATTTATAGT
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** ** *
118363 CACTCATGGCTTCAAAAGCTTTATTA
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*
118389 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTT
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* * ** * * ** ** ** * *
118453 AAAATA-TATTATAATTGAATGCCT-ACTTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATAAATTGGTACA
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* * * * * *
118516 -AAAAGTCTATATATAGTCACCC--A---T-----G-CAT-TTA-TCTCGTTAAATAGTTTTCTA
127 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * * *
118567 ATCTCATAATTCATTCTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
192 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATGTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG
* ** * ** * * * * * * * * * * *
118632 TCTACCTCAGTAAACGTGAAGCAAATGCTATACATTGAAAAGAAAAATCCTTTTGTAATCACTCA
257 TTTACCTTGGAAAATATGAAACAAAAGCCATCCA-TCAGAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * *
118697 TACCTTCGAAAGCATTACTA
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* * * * * *
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* ** * ** * * * *
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*** * * ** * *
118845 AAAAGTCCATTTATAGTCAGTTA-AGCCTTTGAAATCC-TATTACTCGTTTTGAATGGTTTTAT-
128 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * * **
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192 ATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATGTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * ** * * * * * * * * *
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*
119036 ATACTTTTGAAAGCCTTATTA
320 ATACCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * **
119057 CAT-GCTTTAAATGATTGTATAA-CTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAA
1 C-TCGCTTTAAATGGTT-TATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
119120 TTAAAATA
63 TTAAAATA
119128 AACTATAATT
Statistics
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CTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
AAATAGTTAATATTTGAATGTTTGTCTTAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATGTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTA
CCTTGGAAAATATGAAACAAAAGCCATCCATCAGAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCT
TTGAAAGCCTTATTA
Found at i:119313 original size:112 final size:110
Alignment explanation
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Period size: 112 Copynumber: 1.8 Consensus size: 110
119101 AATTTTTTTA
*
119111 TATTTTTAATTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTGCTTAGAAAAATGAAGCAAAATCTATCCAT
1 TATTTTTAATTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTGCTTAGAAAAATGAAGCAAAATCCATCCAT
* * *
119176 TGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCTTTCAGAAGCTC
66 TGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCAGAAGCTC
* * * *
119221 TATTTCTT-ATTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTATCTTAGAAAATATGAAGC-AAATGCCAT
1 TATTT-TTAATTAAAATAAACTATAATTGAATGTCT-GCTTAGAAAA-ATGAAGCAAAAT-CCAT
119284 CCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
62 CCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
119314 TTCATGCCTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (110 bp):
TATTTTTAATTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTGCTTAGAAAAATGAAGCAAAATCCATCCAT
TGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCAGAAGCTC
Found at i:119518 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 119230--119758 Score: 550
Period size: 170 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
119220 CTATTTCTTA
* * * * * *
119230 TTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTATCTT-AGAAAATATGAAGCAAATGCCATCCATT-GAAA
1 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTAG-TA
* * * * *
119293 AGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCCCTTTAAATGATTTTGT
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
* *
119358 AATATCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTATTACATTTTTTG
129 AATATTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTACATTTTTGG
** * *
119400 TTAAAATTTATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAGTAAG
1 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTAGTAAG
** * *
119465 AAAAGTCTTTTTATGGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTT-TTCACTCGCTTTAAATGATTTTATA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAATGATTTTATA
* * *
119529 ATTTTATAATTAATTTTGAA-TTAAATTTTTTACATTTGTGG
130 ATATTATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTACATTTTTGG
* * * * * ** *
119570 TTAAAATAGATAAT-ATTAGAATGTTTACCCTGAAAAACATGAACAAAAAATCATTCATTAGTAA
1 TTAAAATAGATTATAATT-GAATGTTTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTAGTAA
* * * * *
119634 GAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAGTGATTTTTT
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
* * *
119698 AATCTTATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGA
129 AATATTATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGG
* * *
119741 TCAAAATATATTTTAATT
1 TTAAAATAGATTATAATT
119759 AAAATTTTTT
Statistics
Matches: 296, Mismatches: 52, Indels: 20
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.03
170 246 0.83
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TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTAGTAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
TATTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGG
Found at i:120406 original size:171 final size:167
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 167
119784 AAATATATTT
* * * * * * * * * *
119794 TAATTGAATATCTGTTTAGGAAACGTGAAGTAAAATCTATCCATTAG-TAGAAAAACTCCATTTA
1 TAATTGAATGTCTGCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTA
* * * * * * * * *
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65 TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG-CTTATTACTTA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
119922 TTTT-AGCTTGAATTGTTTTACATTTTTAATCAAACAAGAGTA
128 TTTTAAG-TTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAA-ACGATTA
* * * * *
119964 TAATTGAATGTCTGTCTT-GAGAAACTTGAAGAAAAAGTCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATAT
1 TAATTGAATGTCTG-CTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
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64 ATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAG-CTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
120092 GTTTTAAGTTAAAATGTTTTTATATTGTT-AGTTAAAATAGATTA
127 ATTTTAAGTT-GAAT-TTTTTATATTTTTGA-TTAAAA-CGATTA
* * * ** **
120136 TAATTGAATGTCTACCTCAGAAAATGTGAAGAAAAATTCAT-TCATTGG-AA-AATAGAGTCCAT
1 TAATTGAATGTCT-GCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCT-ATTGGCAAGAA-A-AGTCCAT
* *
120198 TCATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAAT
62 TTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGC-TTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
120262 TAATTTTAAGTTAAATTTTTTCATATTTTTGATTAAAATCTATTA
125 TGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTGATTAAAA-CGATTA
* * * *
120307 TAATTGAATGTTTGTTTCAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
1 TAATTGAATGTCTGCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
120372 TAGTCGCTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATCGAT
65 TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG-CTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* **
120437 TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGA-TAAAATATATTA
129 TTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTT-GATTAAAA-CGATTA
* * * * * * * *
120478 TAATTGCATGTCTACTTCGAGAAACATTAAGTAAAATCTA-CTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTT
1 TAATTGAATGTCTGCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
120542 ATAGTCACTCAAG----C----G-GTACTACTTACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
64 ATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* *
120598 CTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTA
129 TTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAAC-GATTA
* * ** * *
120639 AAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTAT-TCATTTGCAAGAAAAGTTCATTT
1 TAATTGAATGTCTG-CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ** *
120703 ATAGTCACTCATGTCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATCG
64 ATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG-CTTATTACTT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * **
120767 ATTCTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGA-TAAAATATATTA
127 ATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTT-GATTAAAA-CGATTA
* * * * * * * *
120810 TAATTCAATATGTACTTAGAGAAACATGAAGCAAAATCCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
1 TAATTGAATGTCTGCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
120875 TAGTCACTCAGGCCTT----A-C----TAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
65 TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
120931 TTCAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACATATTA
130 TTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAAC-GATTA
* * * * ** * ** **
120971 TAATTAAATGTCTGCCTTGGGAAATATAAAGAAAAAGGTAT-TGTTTGATAAGAAAAGTTTATTT
1 TAATTGAATGTCTG-CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * *
121035 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTTACATTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTAA
64 ATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG-CTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * *
121100 TTTT---TT---TGTATTATA--ATCGCATTAAAA-GATTA
128 TTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTG-ATTAAAACGATTA
* * * * * * * *
121132 TAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACTTGAAGCAAAAGGCATCCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTA
1 TAATTGAATG-TCTGCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
121197 TAGTCACTCATGCCTTCGAAAGC--ATTTCTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
65 TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
*
121259 TTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTA
129 TTTAAGTTGAATTTTT-TATATTTTTGA-TTAAAAC-GATTA
* * **
121300 TATTTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGTTAAAGCCATCTATTG
1 TAATTGAATGTCTG-CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTG
121347 TTGGTCTTAA
Statistics
Matches: 1091, Mismatches: 210, Indels: 166
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
158 34 0.03
159 1 0.00
160 6 0.01
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
TAATTGAATGTCTGCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACGATTA
Found at i:120665 original size:161 final size:160
Alignment explanation
Indices: 120395--120983 Score: 599
Period size: 161 Copynumber: 3.6 Consensus size: 160
120385 CTTCGAAAGT
* * * *
120395 CTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
1 CTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * *
120460 TTTAGATAAAATATATTATAATTGCATGTCTACTTCGAGAAACATTAAGTAAAATCTACTCATTG
66 TTTAGATAAAACATATTATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAATCTACTCATTG
*
120525 GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
131 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * * * *
120555 CGGTACTACTTACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATCTTAAGTTGAATTGTTTTACAT
1 C-TTACTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * ** *
120620 TTTT-GATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTGCCTT-GGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCA
65 TTTTAGA-TAAAACATATTATAATTGAATGTCT-ACTTAGAGAAACATGAAGAAAAATCTACTCA
* * *
120683 TTTGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATG
128 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* ** * *
120716 TCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATCGATTCTAAGTTGATT
1 -CTT----A--C-TA--CTT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
120781 TTTTTTACATTTTTGGATAAAATATATTATAATTCAATATGTACTTAGAGAAACATGAAGCAAAA
55 TTTTTTACATTTTTAGATAAAACATATTATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAA
* * *
120846 TCCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAGG
120 TCTACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * * * *
120887 CCTTACTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATAT
1 -CTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* *
120952 TTTTCA-TTAAAACATATTATAATTAAATGTCT
65 TTTT-AGATAAAACATATTATAATTGAATGTCT
120984 GCCTTGGGAA
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 67, Indels: 33
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.01
161 200 0.58
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164 2 0.01
165 2 0.01
167 2 0.01
168 2 0.01
170 5 0.01
171 121 0.35
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (160 bp):
CTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
TTTAGATAAAACATATTATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAATCTACTCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
Found at i:120692 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 119895--121330 Score: 1304
Period size: 332 Copynumber: 4.3 Consensus size: 332
119885 TTACTAGCTC
* * * * *
119895 TAAATAGTTTTGTAATCTCATGATTGATTTT-AGCTTGAATTGTTTTACATTTTTAATCAAACAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTTACATTTTTATTAAAAC-A
* * * * *
119959 GAGTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACTTGAAGAAAAA-GTCATTTA-TTGACAAGAAAAGT
63 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTTGACAAGAAAAGT
* * * *
120022 CCATATATAGTCACCCATA-CCTCCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCACG
127 CCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCACA
* * * * *
120086 TAATTGGTTTTAAGTTAAAATGTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC
191 TAATCGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
120151 CT-CAGAAA-ATGTGAAGAAAAAT-TCATTCATTGGAAA-ATAGAGTCCATTCATAGTCACTCAT
255 TTAGAGAAACAT-TGAAGCAAAATCT-ACTCATTGGAAAGA-AAAGTCCATT--TA-T-AGTC--
** *
120212 ACCTTCAAAAGCATTATTACTTACTT
311 A-C-TC--AAGCGGTACTACTTACTT
* * * *
120238 TAAATGGTCTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTCATATTTTTGATTAAAATC-
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTT-ATTAAAA-CA
* * * * * ** *
120302 TATTATAATTGAATGTTTG-TTTCAGGAAACATGAAGTAAAAGCCA-TCTATTAG-CAAGAAAAG
63 GATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTC-ATTTGACAAGAAAAG
* * * * *
120364 TCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCACA
126 TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCACA
* *
120429 TAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAATATATTATAATTGCATGTCTACT
191 TAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACT
* *
120494 TCGAGAAACATT-AAGTAAAATCTACTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCGG
256 TAGAGAAACATTGAAGCAAAATCTACTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCGG
120558 TACTACTTACTT
321 TACTACTTACTT
* *
120570 TAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATCTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTT-ATTAAAACAG
* *
120635 ATTAAAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTTG-CAAGAAAAGTTC
64 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTTGACAAGAAAAGTCC
* * * * *
120699 ATTTATAGTCACTCATGTCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATA
129 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-ACTTTAAATAGTTTTATAATCACATA
* * * * * * * * *
120763 ATCGATTCTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGATAAAATATATTATAATTCAATATGTACTTA
193 ATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTA
* * * * **
120828 GAGAAACA-TGAAGCAAAATCCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAGGCCTTA
258 GAGAAACATTGAAGCAAAATCTACTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCGGTA
* *
120892 CTAGTTGCTT
323 CTACTTACTT
* * *
120902 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAG
* * * * * **
120967 ATTATAATTAAATGTCTGCCTTGGGAAATATAAAGAAAAAGGTATT-GTTTGATAAGAAAAGTTT
64 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTTGACAAGAAAAGTCC
* * * *
121031 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTTACATTAAATAG-TTT-T-AT-AC-T-C
129 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCACATAA
* * * * * *
121090 TC-A---TAA-TT-AATTTTTTTGTATTATAATCGCATTAAA-AGATTATAATTGAATGTTTTCC
194 TCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT-T-TTAG-ATAAAATAGATTATAATTGAATG-TCTAC
* * *
121148 TTAG-GAAAC-TTGAAGCAAAAGGC-A-TCCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
255 TTAGAGAAACATTGAAGCAAAA-TCTACT-CATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * *
121209 CCTTCGAAAGCATTTCTCT-CTT
318 ----CG---GTACTACT-TACTT
121231 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTAGTTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTA-TTAAAACAG
*
121296 ATTATATTTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAG
64 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAG
121331 TTAAAGCCAT
Statistics
Matches: 919, Mismatches: 135, Indels: 92
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
320 11 0.01
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Consensus pattern (332 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTATTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTTGACAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATC
GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGATAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTAGAG
AAACATTGAAGCAAAATCTACTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCGGTACTA
CTTACTT
Found at i:121026 original size:161 final size:160
Alignment explanation
Indices: 120403--121051 Score: 574
Period size: 161 Copynumber: 4.0 Consensus size: 160
120393 GTCTTATTAC
* * *
120403 TTACTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGA-T
1 TTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATT
* * * * * * *
120467 AAAATATATTATAATTGCATGTCTACTTCGAGAAACATTAAGTAAAATCTACTCATTGGA-AAGA
65 AAAACATATTATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTA-TCATTTGACAAGA
* **
120531 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCGGTACTA
129 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAGGCCTTACTA
* * * *
120563 CTTACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATCTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATT
1 -TTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * *
120628 AAAACAGATTAAAATTGAATGTCTGCCTT-GGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTTG-CAAG
65 AAAACATATTATAATTGAATGTCT-ACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTA-TCATTTGACAAG
* *
120691 AAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGTCTTCAAAAGCCTTATTA
128 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-G---------GCCTTACTA
** * *
120734 TTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATCGATTCTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGA-
1 TT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GAT
* * * * * * * * *
120798 TAAAATATATTATAATTCAATATGTACTTAGAGAAACATGAAGCAAAATCCACCCA-TTGGCAAG
64 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTA-TCATTTGACAAG
120862 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAGGCCTTACTA
128 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAGGCCTTACTA
* * * * *
120895 GTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATT
1 -TTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * * * ** *
120960 AAAACATATTATAATTAAATGTCTGCCTT-GGGAAATATAAAGAAAAAGGTATTGTTTGATAAGA
65 AAAACATATTATAATTGAATGTCT-ACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATCATTTGACAAGA
** * *
121024 AAAGTTTATTTATAGTCACCCATGCCTT
129 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAGGCCTT
121052 CAAAAGCCTT
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 78, Indels: 42
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.01
161 247 0.63
162 8 0.02
170 9 0.02
171 120 0.31
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (160 bp):
TTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTA
AAACATATTATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATCATTTGACAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCACTCAGGCCTTACTA
Found at i:121582 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 121562--121591 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
121552 CCACTACCTT
121562 GATTTTTC-AACCAAG
1 GATTTTTCAAACCAAG
121577 GATTTTTCAAACCAA
1 GATTTTTCAAACCAA
121592 ATCACTATAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.57
16 6 0.43
ACGTcount: A:0.37, C:0.20, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (16 bp):
GATTTTTCAAACCAAG
Found at i:126578 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 126552--126599 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
126542 ATAACAAGTA
*
126552 AAAAGAATATTT-TGAAAT
1 AAAATAATATTTATG-AAT
126570 AAAATAATATCTTATGAAT
1 AAAATAATAT-TTATGAAT
*
126589 AAAATATTATT
1 AAAATAATATT
126600 AAAATGTTAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.38
19 14 0.54
20 2 0.08
ACGTcount: A:0.54, C:0.02, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
AAAATAATATTTATGAAT
Found at i:135647 original size:344 final size:338
Alignment explanation
Indices: 134609--135806 Score: 999
Period size: 344 Copynumber: 3.5 Consensus size: 338
134599 NNNNNNNNAA
* * * *
134609 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCA-TGTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTATCTC
1 TTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTGTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTT
** * * *
134673 GGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTATACTTATAGCCACTCAAGCCTTTA
64 AAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCCTTTA
* * * * * * *
134738 AAAGCCTTATTGCTTGCTTTATAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAGGTTGAACTTTTT
129 AAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
134802 TAGA-TTTTTAGTTTAAATAGATAATATTTGAATGTCTGA-TT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCC
193 TACATTTTTTA-TTAAAACAGATAATATTTGAATGTCT-ACTTGGA-AAACATGAAAAAAAAGCC
* * * * *
134864 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTC-GCTTG
255 ATTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAAC-CACCTT-
* **********
134928 AAATGATTTNNNNNNNNNNTAAC
317 AAATGGTTTTATAATCCAAT-AC
* * * * * **
134951 -TAATTTTAAGTTAAATTTTTCTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGCCTT-
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTGTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTA
* * * *
135014 AGAAAATATGAAGCAAAAGCCAT-CATTGGAAAGAAAAGCCCA-TTATAATCACTCATA-CCTTT
65 AG-AAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCA-AGCCTTT
* ** * * *
135076 GAAAGTATT-GTTACTTGCTTTAAAT-GATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTT
128 AAAAGCCTTAG-TACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
* ** * * * * * * *
135139 TCACATTTTTGGTTAAAACGGATTATATTTGAATGCCAATCTTGGGAAACGT-AAAGCAAAAGCC
192 TTACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTA-CTTGGAAAACATGAAA-AAAAAGCC
* * * * * * * * * *
135203 ATCCATAAGAGAGACAAGTCCATTTATTGTCACTCATTCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTA
255 ATTCATTAGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAAC-CACCTTA
* * *
135268 AATAGTTTTATAATCCCATAA
318 AATGGTTTTATAATCCAATAC
* * * *
135289 TTGATTTAAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTGTTAAAATACATTATAATTGAATGTCTATCTTA
1 TTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTGTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTA
* *
135354 AGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTATGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCCTTTAA
65 AGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCCTTTAA
* *
135419 AAGCCTTAGTACTTACTTTCAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTATTTT
130 AAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT-TTTT
* **
135484 ACATTTTTTTATTAAAACAGATAATATTTAAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAAAAAAAGTAAT
194 ACA-TTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTA-CTTGGAAAACATGAAAAAAAAGCCAT
* * *********
135549 TTATTAGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAA
257 TCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA-TAACCACCTTAAA
*
135614 TGGTTTTATAATCTAATAC
320 TGGTTTTATAATCCAATAC
* * * *
135633 TTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTT
1 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTGTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATC-TT
* * * * * *
135697 AGGAAATATGAAACGAAAGCCATCTATTGG-AGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
64 AAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTA-AGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCCTTT
* * * * * *
135761 AGAAGCTTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTA-AATCTCATAATTAA
128 AAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAA
135807 AATAGATTAT
Statistics
Matches: 675, Mismatches: 153, Indels: 55
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 59 0.09
339 181 0.27
340 41 0.06
341 98 0.15
342 34 0.05
343 22 0.03
344 234 0.35
345 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTGTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTAA
GAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAA
AGCCTTAGTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACTTGGAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCAT
TAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACCACCTTAAATGGTTT
TATAATCCAATAC
Found at i:135761 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 134607--135804 Score: 666
Period size: 171 Copynumber: 7.0 Consensus size: 168
134597 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
134607 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCA-TGTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTATC
1 AATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTTATTAAAATACATTATAATTGAATGTCTCT-
** * * * * * *
134671 TCGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTATACTTATAGCCACTCAAGCCTT
63 TTAGGAAATATGAAACAAAAGCCATCTATT-GGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* * * * *
134736 TAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTATAT-GTTTTTATAATCTCAT
127 CAAAAGCCTTAGTACTTACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAT
* * * * * * * **
134778 AATTGAGTTTAGGTTGAACTTTTTTAGA-TTTTTAGTTTAAATAGATAATATTTGAATGTCTGAT
1 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATACATTATAATTGAATGTCTCTT
* * * * *
134842 T-GAGAAACATGAAGA-AAAAGCCAT-TCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCC
64 TAG-GAAATATGAA-ACAAAAGCCATCT-ATTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCC
* * ** * **********
134904 TTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTGAAAT-GATTTNNNNNNNNNNT
125 TTCAAAAGCCTTAGTACTTACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAT
* * * * * * * *
134948 AACTAATTTTAAGTTAAATTTTTCTATA-TTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGCC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTTA-TTAAAATACATTATAATTGAATGTCT-CT
* * * * *
135012 TTAGAAAATATGAAGCAAAAGCCATC-ATTGGAAAGAAAAGCCCA-TTATAATCACTCATA-CCT
63 TTAGGAAATATGAAACAAAAGCCATCTATTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCT
** ** * *
135074 TTGAAAGTATT-GTTACTTGCTTTAAAT-GATTTATAATCTCAT
126 TCAAAAGCCTTAG-TACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* ** *** * *
135116 AATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACGGATTATATTTGAATGCCAATC-
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTATTAAAATACATTATAATTGAATGTC--TCT
* ** * ** * * * **
135180 TTGGGAAACGT-AAAGCAAAAGCCATCCATAAGAGAGACAAGTCCATTTATTGTCACTCATTCCT
63 TTAGGAAATATGAAA-CAAAAGCCATCTATTGGA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * * *
135244 TCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCCCAT
126 TCAAAAGCCTTAGTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * *
135287 AATTGATTTAAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTGTTAAAATACATTATAATTGAATGTCTATCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTTATTAAAATACATTATAATTGAATGTCTCT-T
* * * * * * *
135352 TAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTATGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCAAGCCTTT
64 TAGGAAATATGAAACAAAAGCCATCTATTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
*
135417 AAAAGCCTTAGTACTTACTTTCAATAGTTTTATAATCTCAT
128 AAAAGCCTTAGTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
135458 AATTAATTTTAAGTTGAATTTATTTTACATTTTTTTATTAAAACAGATAATATTTAAATGTCTAC
1 AATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTACA-TTTTTTATTAAAATACATTATAATTGAATGTCT-C
* * * ** * * * * * *
135523 CTT-GGAAAACATGAAAAAAAAGTAATTTATTAGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
62 TTTAGG-AAATATGAAACAAAAGCCATCTATT-GGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCC
********** * *
135587 TTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTAAT
125 TTCAAAAGCCTTAGTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * *
135631 ACTTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAATACATTATAATTGAATGTCT-CTT
*
135696 TAGGAAATATGAAACGAAAGCCATCTATTGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
64 TAGGAAATATGAAACAAAAGCCATCTATTGGA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * ** * *
135761 AGAAGCTTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTA-AATCTCAT
128 AAAAGCCTTAGTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
135801 AATT
1 AATT
135805 AAAATAGATT
Statistics
Matches: 770, Mismatches: 221, Indels: 73
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 63 0.08
169 58 0.08
170 190 0.25
171 312 0.41
172 26 0.03
173 117 0.15
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATACATTATAATTGAATGTCTCTTTA
GGAAATATGAAACAAAAGCCATCTATTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA
AGCCTTAGTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
Found at i:136677 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 136382--142194 Score: 3159
Period size: 171 Copynumber: 34.2 Consensus size: 171
136372 NNNNNNNNNN
* * * *
136382 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCATAAGTAAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * *
136447 TATAAATGGA-TTTTCCTTGCTAATGA-ATGGCTTTT-CTTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
66 TATAAATGGACTTTT-CTTTCCAATGATA-GGCTTTTGC-TTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTC
* ** *
136509 AATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTA
128 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * ** * *
136553 AAATCAATTATAACATTATAAAACTATTTAAA-TGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATTAGTAAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * *
136617 TATAAATGGAGTTTTCTTTCCAATAGATAGG-TTTTACTTCATATTTGTTGAGGCAGACATTAAA
66 TATAAATGGACTTTTCTTTCCAAT-GATAGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAA
* * *
136681 TTATAATCTATTTTAACCAAGAATATAAAAAAAATTTAACTTA
130 TTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTA
* ********** *
136724 AAGTCAATTATGA-NNNNNNNNNNTCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-AGGTG
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTG
* * * * * *
136787 ACAATAAATAGACTTTT-TTTGCCAATGAATA-GCTTTTTCTTCATGTTT-TTCGAGACACACAT
64 ACTATAAATGGACTTTTCTTT-CCAATG-ATAGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGCAGACAT
* * * * *
136849 TCAATTATAATATGTTTTAAGCAAAAA--TATAAAAATTTAACTTA
126 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * ** * * *
136893 AAATCAATTATGAGATTCTAAGACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGA-
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * ** * * * *
136957 TGACAAATGGACTTTT-TTTGTCAATGGGT-GGCATTTGCTTCATGTATCCCAAAGAAAAAATTC
66 T-ATAAATGGACTTTTCTTT-CCAAT-GATAGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTC
* * * *
137020 AATTATAATATATTTGAA-C--TAA---AAAAAAATTCAACTCA
128 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * *********** ** *
137058 TAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTTAAAGGCATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * ** * * *
137123 TGTAAATGGGCTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGCTTCCCAAAGTAAACATTCAA
66 TATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGATA-GGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAA
* * * * *
137187 TTATAATCTGTTTTAGCC-ACAATGTAAAAGAATTTAACTTA
130 TTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
********* * *
137228 AAATCAATTATGAGNNNNNNNNNNC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTAGTGA
1 AAATCAATTATGAG-ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
** * ** * * * * **
137292 CTACCAATGAACTTTTCTTAGCAATGA-ATGACTTTTTCTTAATGTTT-TATGAGATAGACATTC
65 CTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGATA-GGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TAAGGCAGACATTC
* * * *
137355 AATTATAATATATTTCAACCAACAATGTAATAAAAATTTAACTTA
128 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTA
* * ** * *
137400 AAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTAAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGAATGAT
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * *
137465 TATAAATGGGC-TTTCATTGCCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCAGGTTT-TCTATA-GCAAACATT
66 TATAAATGGACTTTTC-TTTCCAAT-GATAGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TA-AGGCAGACATT
* * * * * *
137526 CAATTATAATATATATTAACAAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTG
127 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTA
* *********** * * *
137572 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTTGAAGGTATGAGTCAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * ** * * *
137637 TATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGATG-TTTT-CTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTTA
66 TATAAATGGACTTTTCTTTCCAATG-AT-AGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCA
* * * * * *
137700 GTTATAATATGTTTTAACCCAAAATATAAAGAAATTCAACTTA
129 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * ** * * * *
137743 AAATCAATGA-GAAGATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTGAATAAGGCTTTCAAAGACACGGGTG
1 AAATCAATTATG-AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT-AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG
* * * * * * *
137807 ACTATAGACGGACTTTTCTTGT-CAATGA-ATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATT
64 ACTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATGATA-GGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATT
* * * * *
137870 CAAATATTATCTATTTCAACAAAAAATGTAAAAACATTCAA-TGTA
127 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TA
* * * * * ** *
137915 AAATAAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGTGAGGAATATGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * *
137980 TGTAAATTGACTTTT-TTTGTCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACAT-TTTC-TGAGACAAACATT
66 TATAAATGGACTTTTCTTT-CCAAT-GATAGGCTTTTGCTT--CATGTTTCTTAAGGCAGACATT
* * * * *
138041 CAATTATAGTATATTTTAACTAAAAATG-ATAAACAATTCAACGTA
127 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTA
* ********** * * * * *
138086 ATATCAATTATGAGATTATAAAACTNNNNNNNNNNAGAAATAAGGCTTTTGAAGGTAAGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * ** * *
138151 TATAAATGGAGTTTTCTTAT-CAATGA-ATGGCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGCAAACATTCA
66 TATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATGATA-GGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCA
** * ** *
138214 ATTATAATC-CGTTTATTCTGAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTA
129 ATTATAATCTATTTTA-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
138257 AAATTAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAAG-GGGTAATGAGAC-TT-G-A-G--T-A---A
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
** * * *
138311 CTATAAATGGACTTTTCTCACCAATTGGT-GGCTTTTGCTTTATGTTT-TCTAAGGTAGACATTC
65 CTATAAATGGACTTTTCTTTCCAA-TGATAGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TAAGGCAGACATTC
* * *
138374 AAATATAATCTATTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTCAGCTTA
128 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * *
138418 AAAGCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAACAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTAAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * ** ** **
138483 TACAAATTGACTTTTCTTGT-CAATGGGTA-GCTTTTGCTTCACATTTCCCAAAACAGACATTCA
66 TATAAATGGACTTTTCTT-TCCAAT-GATAGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCA
* * *
138546 ATTATAATATATTTT-ACTCAAAAATATAAAAAGATTCAACTTA
129 ATTATAATCTATTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
138589 AAATTAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAA-TAAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * * * **
138653 CTATAAAT-GATCCTTTCTTGT-CAATCAATA-GCTTGTT-CTTCATGTTT-TCTATGGTAGAGT
65 CTATAAATGGA-CTTTTCTT-TCCAAT-GATAGGCTT-TTGCTTCATGTTTCT-TAAGGCAGACA
* * * * * * *
138713 TTTAAATATAAT-TTTTTTAACCCAAAATATAAAAAAGTTTAACTTA
125 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
138759 ACATCAATTATGAAATTATAAAA-TCATTTAAAGTGGGTAAT-AGGGTTTCGAAGGCTTGAGCGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * * ** *
138822 CTATAAATGGACTTTTCTTACTC-ATGGAT-GACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAACAGACATTG
65 CTATAAATGGACTTTTCTTTC-CAAT-GATAGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTC
** *
138885 AATTATAA-CATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTA
128 AATTATAATC-TATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * * * * *
138930 AAATCAAGTATAAGACTATAAATCTATTTAAAGTAAGTAACAAGTCTTTCGAAGGAATGGGTGGC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * * * * * *
138995 TATGAATGGACTTTTCTTGCTAATGA-ATGG-TTTTCTCTTCATATATCCTGAGGTAAACATTCA
66 TATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGATA-GGCTTTT-GCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCA
* * * * *****
139058 ATTATAACCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTANNNNN
129 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
***** * * * * *
139101 NNNNNAATTATGCGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGACTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * ** *
139166 TATAAATGAACTTTTCTTGT-CAATGGAT-GGCTTTTG-TTCCATATTTCTTGAA-ATAGATATT
66 TATAAATGGACTTTTCTT-TCCAAT-GATAGGCTTTTGCTT-CATGTTTCTT-AAGGCAGACATT
* * * *
139227 CAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTGAAAAAAGTCAACTTA
127 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
********** * *
139272 AAATCANNNNNNNNNNTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTCGAAGGCATGAGTGCC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * ** * *
139337 TATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA-ATTGCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACATTCAG
66 TATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGATA-GGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAA
* * *
139401 TTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATA
130 TTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* ** * * * *
139443 AAATTAACAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCTCAA-GCATAAGTAA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGA
* * * * * * *
139507 CTATAAATGGACGTTTCTTTTCAATGGAT-GGTTTTTGCTTCATATTTCCTAAGACAAACATTCA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTTCCAAT-GATAGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCA
* * ** * * *
139571 ATTAGAATCTATTTTAACTATGAATATAAAACAATTCAATTTA
129 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
********* * * * * *
139614 AAATCAATTATGAGNNNNNNNNNNC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTAAGCGA
1 AAATCAATTATGAG-ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
** * * * *
139678 CTATAAATGGACTTTTCTTAGCATTGGAT-GGCTTTTGCTTTATGTTTTCTGAA-GCAAACATTC
65 CTATAAATGGACTTTTCTTTCCAAT-GATAGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTTAAGGCAGACATTC
** * *
139741 AATTATAATAGATTTTAACC-AAAATGTAAAACAATTCAACTTG
128 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
139784 AAATCAATTATAAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTACTATGACTTTCGAAGGTATGAGTAA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * *
139848 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTTTTTG-TACATGTTTC-TCA--CAGACATTC
65 CTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGATA-GGC-TTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTC
* * * **********
139908 AGTTATAATATATTTTAACTAAAAATGTNNNNNNNNNNAACTTA
128 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * ** * * *
139952 AAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAATACTTTTGAAGGTATGAGTAAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * *
140017 TATAAATGAACTTTTCTTTCTAATAGATA-GCTTTTACTTCATGTTTGCTGAA-GTAGACATTCA
66 TATAAATGGACTTTTCTTTCCAAT-GATAGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTTAAGGCAGACATTCA
** * * ** *
140080 ATTATAATCTATTTTAACCAGGATTATAAAGTAATTTAACTTA
129 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
********** ** * *
140123 AAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCAAGTAATATGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * * ** * * * *
140188 TATAGATAGACTTTTCTTACTAATGA-ATGACTTTTTCTTCACATTTTTTAAGGTAGATATTTAA
66 TATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGATA-GGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAA
* * **
140252 ATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAGTA
130 TTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * ** ** **
140294 AAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGATTTTTAAAGGC-TAGAGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGA
* ** * ** * * *
140358 CTATAAATGGACTTCTCTTGT-CAATGAATAACCTTTT-TTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTC
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* ** * * *
140421 AATTATAATCTGTTTTAAGTAAAAGTTTAAAAATATTCAACTTA
128 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * ** * *
140465 AAATCAATTATGACG-TTAGAAAACTATTTAAAATGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCACCAATTA
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* * * * * * * *
140529 CTATGAATGGACTTTTCTTGCTAGTGA-ATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCG
65 CTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGATA-GGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTC-
* *
140593 AA-TATAATC-AGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTTAACTTA
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* * * * * *
140636 AAATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAG-CATGTAACAAGACTTTCGAAGCCATGGGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * * ** * ** * * *
140700 CTATAAATGGACTTTTCTTGT-AAATGA-ATGATTTTTTTTCACGTTTCTCGAGGTAAATATTCA
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* * *** *
140763 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAGCATAAAACAATTCAACTTA
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* * * * *
140806 AAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTTAAA-TGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATCAGTGG
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTA-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA
* * * * * * * * * *
140870 CTATAAACGGACTTTTCTTTCTAGTGGATA-ACTTTGGCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTGA
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* * * *
140934 ATTATAATCTA-TTTAACCAACAGTTTAAAACAATTCAACTTA
129 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * ** * * *
140976 AAATTAATAATGAGATTCTAAAAGAATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTC-AGAGACATGGGTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGA
** * * * * *** *
141040 CTATAAATGGGTTTTTCTTACCAATGA-ATGGTCTTTT-ATTAACGTTTCCCGAGGTAGACATTC
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* ** *
141103 AATTATAATCTACTTTAACCAAAAATGTAAAAACTTTTAACTTA
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* * ** **********
141147 AAATCAGTGATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCNNNNNNNNNNGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * * *
141212 TATAAATGGACTTTCCTTACCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAATGCAAACATTCAC
66 TATAAATGGACTTTTCTTTCCAAT-GATAGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAA
* * * *
141276 TCACAATATATTTTAACTAAAAAT-TCAAAAAAATTCAACTTA
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* * * * *
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1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * **
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* * * * *
141446 ATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTTAATTTA
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* * * * *
141489 AAATCAATTATCAGATTATAAAGCTATTCAAAGTAATTAATAAGGC-TT---A---A--A-TGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * * ** * *
141544 TATAAATGGACTTTTCTTACCAACGGGT-GGCTTTTGCTTTACGTGTCCCAAAGCAGACAATCAA
66 TATAAATGGACTTTTCTTTCCAA-TGATAGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAA
* * ** *
141608 TTATAATATGTTTTAATTAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTA
130 TTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * * * *
141650 CAGTCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGCAGTCATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * ** * * *
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* * * *
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********** * *
141820 AAATCAATTATNNNNNNNNNNAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATTG-TTGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGAGTGA
* * * *
141884 CTATAAATGGACTTATCTTAT-CAATGA-ATGGCCTTTT-CTTCACGTTT-TCTAAGTCAGACGT
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* * * * * *
141945 TCAATTATATTATATTTCAACCCACAA--T--AAAACTTCAACTTA
126 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
141987 AAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTT-AA---AGTAATAATGCTTTTGAAGACATGAGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGAC
* * * * * * * * *
142048 TATAAATGGACCTTCCTTACCAATCGAT-GGC-TTTGACTTCACGTTTCCTGATGCTGACATTTA
66 TATAAATGGACTTTTCTTTCCAAT-GATAGGCTTTTG-CTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCA
* * * * *
142111 TTTATAATATATTTTAACTAAAAATAT-AAGAAATTCAACTTA
129 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
142153 AAATCAATTATTAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGCAATA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATA
142195 NNNNNNNNNN
Statistics
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TATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGATAGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAT
TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
Found at i:140062 original size:168 final size:161
Alignment explanation
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Period size: 168 Copynumber: 2.8 Consensus size: 161
139628 NNNNNNNNNN
* * * ** * * *
139638 CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCT-TAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTAGCAT
1 CATTTAAAGTGAGTAATATGACTTTCGAAGG-TATGAGTAACTATAAATGAACTTTTCTTACCAA
* * * ** * * *
139702 TGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTCTGAAGCAAACATTCAATTATAATAGATTTTAACCAAAATG
65 TGAATAGCTTTTACTACATGTTTGCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-C------
* *
139767 TAAAACAAT-TCAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAAAAT
123 T-AAA-AATGT-AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAC
* *
139808 CATTTAAAGTGAGTACTATGACTTTCGAAGGTATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
1 CATTTAAAGTGAGTAATATGACTTTCGAAGGTATGAGTAACTATAAATGAACTTTTCTTACCAAT
* ** * *
139873 GAATGGCTTTTTGTACATGTTT-CT-CA-CAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATG
66 GAATAGCTTTTACTACATGTTTGCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATG
* *
139935 TNNNNNNNNNNAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAAC
131 T----------AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAC
* * * *
139976 CATTTCAAGTGAGTAATAAT-ACTTTTGAAGGTATGAGTAACTATAAATGAACTTTTCTTTCTAA
1 CATTTAAAGTGAGTAAT-ATGACTTTCGAAGGTATGAGTAACTATAAATGAACTTTTCTTACCAA
* * *
140040 T-AGATAGCTTTTACTTCATGTTTGCTGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
65 TGA-ATAGCTTTTACTACATGTTTGCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC
140098 CAGGATTATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CATTTAAAGTGAGTAATATGACTTTCGAAGGTATGAGTAACTATAAATGAACTTTTCTTACCAAT
GAATAGCTTTTACTACATGTTTGCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATG
TAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAC
Found at i:141668 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 141379--141697 Score: 397
Period size: 161 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
141369 AAGGCATGAG
* * * * * *
141379 TGACTATAAATGGACTTTCTTTCCCAATAAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAACAGACATT
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* * * *
141444 CAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTTAATTTAAAATCAATTATCAGATTATA
66 CAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATA
* * *
141509 AAGCTATTCAAAGTAATTAATAAGGCTTAAA
131 AAACCATTCAAAGTAAGTAATAAGGCTTAAA
*** * *
141540 TGACTATAAATGGACTTT-TCTTACCAACGGGTGGCTTTTGCTTTACGTGTCCCAAAGCAGACAA
1 TGACTATAAATGGACTTTCT-TTACCAACAAATGGCTTTTGCTTCACGTGTCCCAAAACAGACAA
* * * * * *
141604 TCAATTATAATATGTTTTAATTAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTACAGTCAATTTTGAGATTAT
65 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTAT
*
141669 AAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTT
130 AAAACCATTCAAAGTAAGTAATAAGGCTT
141698 TTGCAGTCAT
Statistics
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160 1 0.01
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Consensus pattern (161 bp):
TGACTATAAATGGACTTTCTTTACCAACAAATGGCTTTTGCTTCACGTGTCCCAAAACAGACAAT
CAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATA
AAACCATTCAAAGTAAGTAATAAGGCTTAAA
Found at i:142572 original size:164 final size:167
Alignment explanation
Indices: 142295--142658 Score: 423
Period size: 164 Copynumber: 2.2 Consensus size: 167
142285 NNNNNNNNNN
*
142295 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTAGAAGGTGCGGGTAA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TT--AGC-AGTAATAAGGCTTTAGAAGGAGCGGGTAA
* * * * *
142360 CTATAACTAAACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTACACGTTTCTTAAAGCAGACATTCAA
62 CTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTACACGTTTCTCAAAGCAAACATTCAA
* * * *
142425 TTATAATAAATTTTAAT-CAAAAATTAAAAAACTTTAACTT
127 TTATAATAAATTTTAATAAAAAAATAAAAAAAATTCAACTT
* *
142465 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT-G-AGTAATAAGGCTTTCGCAGGCAG-GGGTAACTA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAGCAGTAATAAGGCTTTAGAAGG-AGCGGGTAACTA
* ** * * *
142527 TAAATGAAA-TTTTTTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAATGCAAACATTCAATT
65 TAAAT-AAACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTACACGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATT
** **
142591 ATAATATGTTTTTCTAAAAAAATAAAAAAAATTCAACTT
129 ATAATAAATTTTAATAAAAAAATAAAAAAAATTCAACTT
* *
142630 AAAATCTATTATGAGATTATAAAATCATT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
142659 TAAAGAGTGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
164 87 0.52
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ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAGCAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAGCGGGTAACTAT
AAATAAACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTACACGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTAT
AATAAATTTTAATAAAAAAATAAAAAAAATTCAACTT
Found at i:143326 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 142868--144052 Score: 975
Period size: 172 Copynumber: 6.9 Consensus size: 170
142858 CTTTTGCTTC
* * *
142868 ACATTCAATTAGAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAACTT-AACCTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
142932 TTTATAAAATCAGTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAAT-GAGCTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AAAGCATAGGTGACTATAAATGGA-CTT
* * * * * *
142996 TTCTTG-TCAATCAATAGCTTTTGTTTCATGTTTCCTGAGGTAGA
128 TTCTTGCT-AATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGTA-A
* * * * * * * * *
143040 A-TTTTAAATATAACATGTTTTAACCCAAAATGT-AAAAATTTCAGCTTAACATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * * * **
143103 TTATAAAACCATTTAAAG-TGGATAATAAGGGTTTCGAAGGC-TTGAGTGACTATGAATTAACTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCAAG-TAATAAGGCTTTC-AAAGCATAG-GTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
143166 TTCTTGCTAGTGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTTTAAAGTAA
128 TTCTTGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGTAA
* *
143209 ACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
143274 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATACGTGACTATGAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * **
143339 TCATGCCAATCAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCCCGAA-GTAA
129 TCTTGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTTAAGGTAA
* * * * * *
143381 TCATTCAAATATAAT-TCGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATAAG
1 ACATTCAATTATAATAT-ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
143445 ATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTCAAAAGAAT-GCATGACTATGAATTGACAT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AAAGCATAG-GTGACTATAAATGGACTT
* ** * * * *
143509 TTCTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAA
128 TTCTTGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGTAA
* * * *
143552 ACACTCAAATATAAT-TTTTTGTGAACCCAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTG
1 ACATTCAATTATAATATATTT-T-AA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
143615 AGATTATAAAGCCATTTAAAGTAAGTAATATGGGTTTCAAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGACT
63 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCATAGGTGACTATAAATGGACT
* ** * *
143680 TTTCTTGCCAATGAATAACATTTT-CTTGACGTTT-TTCAAGGTAG
127 TTTCTTGCTAATGAATGGC-TTTTGCTTCACGTTTCTT-AAGGTAA
* * * * * * * * *
143724 ACATTCAGTCATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAACTTTAACTCAAAATTAATTATAAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
143789 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAATGCTTTCAAAGGCAT-GAGTAACTATAAATAGATTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCATAG-GTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
143853 TCTTTCCT-ATGGATGCCTTTGGCTTCACGTTTCTTGAGGCAG
129 TC-TTGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGTAA
** * * * *
143895 ATGTTCAATTATAATCTATTTTAACCAAGAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
143960 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAA-GCATAGGTGACTATAAATGGACTTT
144025 TCTTG-TAAATGAATGGCATTTT-CTTCAC
129 TCTTGCT-AATGAATGGC-TTTTGCTTCAC
144053 ATTTTTCGAG
Statistics
Matches: 818, Mismatches: 163, Indels: 64
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 142 0.17
171 291 0.36
172 353 0.43
173 24 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCTAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTAAGGTAA
Found at i:143603 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 142868--144029 Score: 1184
Period size: 343 Copynumber: 3.4 Consensus size: 342
142858 CTTTTGCTTC
* * * *
142868 ACATTCAATTAGAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAACTT-AACCTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
142932 TTTATAAAATCAGTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAAT-GAGCTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGA-CTT
* * * * * * * *
142996 TTCTTGTCAATCAATAGCTTTTGT-TTCATGTTTCCTGAGGTAGA-ATTTTAAATATAACATGTT
130 TTCTTGCCAATCAAT-GATTTTTTCTTCACGTTTCCCGAAGTAGACA-TTCAAATATAA-TTGTT
* * * *
143059 TTAACCCAAAATGT-AAAAATTTC-AGCTTAACATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-
192 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAG-TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * * * * * *
143121 TGGATAATAAGGGTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATGAATTAACTTTTCTTGCTAGTGGATGGCTT
256 AAG-TAATAAGGATTTCAAAGGCATGAGTGACTATGAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTT
* * *
143186 TTGCTTCACATTTTTTAAAGTAA
320 TTGCTTCACATTTCTTAAGGCAA
* *
143209 ACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
143274 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GAATACGTGACTATGAATGGACTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTT
* *
143338 TTCATGCCAATCAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCCCGAAGTA-ATCATTCAAATATAATTCGTTT
130 TTCTTGCCAATCAATGATTTTTTCTTCACGTTTCCCGAAGTAGA-CATTCAAATATAATT-GTTT
* *
143402 TAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAA
193 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAA
* * * * *
143467 GTAATAAGGATTTCAAAAGAATGCA-TGACTATGAATTGACATTTCTTGCCAATGAATGATTTTT
258 GTAATAAGGATTTCAAAGGCATG-AGTGACTATGAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTT
* *
143531 TCTTCACATTTCCTAAGGCAA
322 GCTTCACATTTCTTAAGGCAA
* * * *
143552 ACACTCAAATATAAT-TTTTTGTGAACCCAAAAA-GT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGT
1 ACATTCAATTATAATATATTT-T-AA-CCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
143614 GAGATTATAAAGCCATTTAAAGTAAGTAATATGGGTTTCAAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGAC
63 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC
* * ** * ** * *
143679 TTTTCTTGCCAATGAATAACATTTTCTTGACGTTTTTC-AAGGTAGACATTC-AGTCATAATATA
128 TTTTCTTGCCAATCAATGATTTTTTCTTCACGTTTCCCGAA-GTAGACATTCAAAT-ATAAT-TG
* * * * * * *
143742 TTTTAACTAAAAATATAAAAAACTTTAACTCAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG
190 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * * * * *
143807 CGAGTAAGAATGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATAGATTTTTCTTTCCTATGGATGCCTT
255 CAAGTAATAAGGATTTCAAAGGCATGAGTGACTATGAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTT
* * * *
143872 TGGCTTCACGTTTCTTGAGGCAG
320 TTGCTTCACATTTCTTAAGGCAA
** * * * *
143895 ATGTTCAATTATAATCTATTTTAACCAAGAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
143960 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTT
144025 TCTTG
131 TCTTG
144030 TAAATGAATG
Statistics
Matches: 675, Mismatches: 123, Indels: 44
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 54 0.08
342 136 0.20
343 465 0.69
344 14 0.02
345 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATCAATGATTTTTTCTTCACGTTTCCCGAAGTAGACATTCAAATATAATTGTTTTAA
CCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
ATAAGGATTTCAAAGGCATGAGTGACTATGAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTT
CACATTTCTTAAGGCAA
Found at i:145156 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 144074--145221 Score: 859
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 171
144064 CATACTTTTG
* * * * *
144074 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-TTTTTCCTTGGCAATGGATAGCTTTTTCTTTTCAT-TTT-C
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGGATGGCTTTTGC--TTCATGTTTCC
** * * * * *
144136 TGAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAGCCAAAAATGT--AAAAATTTTACTTCAAATCAA
63 CAAGGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* *
144199 TTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCA
128 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
* * * * * * * * **
144243 AATGCATGAATGACCATAAATGGGCTTTTCTTTCTAATGGATGG-TATTTGCTTAACGTTTCCTT
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT-TTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * ** * * *
144307 AGGTAAACATTCAACTATAATCTGTTTTAATGAATAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
65 AGGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
*
144371 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
* * * * **
144413 AAGGC-TCTAGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-AGAGTGACTTTTGCTTCACATTGT-C
1 AAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCATGTT-TCC
* * * * * *
144475 CAAAGCACACATTGAATTATAATATATTTTAACCAAAACTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
63 CAAGGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* ** * *
144540 ATATGAGATTATAAAACTGTTTAAAGC-ATATAATAAGGCTTTCG
128 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCA
* * * ** * * ** **
144584 AAGGCTTGAATGACTAGACGTAGACTTTCCTTAACAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTGTCAA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAA
* ** * * *
144649 GGCAGACATTCATTTACAATATATTTTAACCAGAAATGTGAAAAAATTTAACTTAAAAAT-AATT
66 GGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT-AAAATCAATT
* * ** * *
144713 ACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTTGTAATGCTTTTA
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
* * * * * *
144755 AAGGTATGAGTGAATAAAAATGGACTTTTC-T-CCTAATGGATGGGTTTTGCTTCACGTTTCCTA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
** * * * * * *
144818 AAACATACATTCAACTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAGAAATTCAACATAAAATCAATT
65 AGGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
********** * * **
144883 ATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCAAGAAATAAGGCTTTTG
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
* * ** * * * * * * *
144925 AAGACATGAGAGACTATTGATGGGCCTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTGATGTTTCCCAA
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAA
** * * * * * *
144990 GGCAAACATGAAAATATTATTTTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATGTAACATAAAATCAATTA
66 GGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* * *
145055 TCAGAGTATAAAACCATTTAAAACGAAG-AATAAGGCTTTCA
131 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCA
** * **
145096 AAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCGT
1 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAA
** * * * ** *
145161 GATAAACAGTCAGATATAGTATATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
66 GGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
145222 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 743, Mismatches: 215, Indels: 40
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 4 0.01
169 76 0.10
170 252 0.34
171 396 0.53
172 12 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAA
GGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
Found at i:146185 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 145933--146291 Score: 389
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
145923 NNNNNNNNNN
* * * *
145933 AATCAATTGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATAAGAGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGGAATAAGGCCTTCAAAGGCATAAGAGACT
* * * * * *
145998 ATAGATGGGCTTTTCTTACT-AATGAATGGCTTTTTCTTGATGTTTGCT-GAGGTAAATATAAAA
66 ATAGATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTGCTTGACGTTT-CTCGAGATAAACATAAAA
** * *
146061 ATATTTTTTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAAATTCAACGTAA
129 ATATAATATATCTTAACCAAAAATGT-AAACAAATTCAACGTAA
* * ** * * *
146105 ACTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGGAATAAGGCCTTCAAAGGCATAAGAGACT
* * * * * **
146170 ATGGATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCTCGAGATCAACATTCAAAT
66 ATAGATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTGCTTGACGTTTCTCGAGATAAACATAAAAAT
* * * *
146235 ATAATATGTCTTAACTAAAAATGTAAAGAAATTCAACTTAA
131 ATAATATATCTTAACCAAAAATGTAAACAAATTCAACGTAA
146276 AATCAATTATGAGATT
1 AATCAATTATGAGATT
146292 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 33, Indels: 5
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 33 0.22
172 119 0.78
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGGAATAAGGCCTTCAAAGGCATAAGAGACT
ATAGATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTGCTTGACGTTTCTCGAGATAAACATAAAAAT
ATAATATATCTTAACCAAAAATGTAAACAAATTCAACGTAA
Found at i:146486 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 146073--146493 Score: 388
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
146063 ATTTTTTATT
* *
146073 TTAACCAAAAATGTAAAACAAATTCAACGTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
1 TTAA-CAAAAATGT-AAACAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGT
* ** ** * * * *
146138 GAGGAATAAGG-TTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATGGATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTT
64 GAGTAATAAGGCTTTTCAAAGGCAGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGAATGGATT
* * * *
146202 TTGCTTTACGTTTCTCGAGATCAACATTCAAATATAATATGTC
129 TTGCTTCACATTTCTCAAGAGCAACATTCAAATATAATATGTC
* * **********
146245 TTAACTAAAAATGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAGTG
1 TTAAC-AAAAATGTAAACAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTG
* * *
146310 AGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCAGGGGTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGAATGGATTT
65 AGTAATAAGGCTTTTCAAAGGCAGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGAATGGATTT
* * * *
146374 TTCTTCACATTTC-CTAAG-GCAAACATTCAATTATAATCTATTTT
130 TGCTTCACATTTCTC-AAGAGC-AACATTCAAATATAA--TATGTC
*
146418 TTAA-AAAAATGTGAAA-AAATTCAAC-TAAAATTCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGC
1 TTAACAAAAATGT-AAACAAATTCAACGTAAAA-TCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGT
*
146480 GAGTAATGAGGCTT
64 GAGTAATAAGGCTT
146494 GAGTAACTTT
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 45, Indels: 17
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.04
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173 8 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (171 bp):
TTAACAAAAATGTAAACAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGA
GTAATAAGGCTTTTCAAAGGCAGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATATCAATGAATGGATTTT
GCTTCACATTTCTCAAGAGCAACATTCAAATATAATATGTC
Found at i:147638 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 147129--147919 Score: 656
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 169
147119 NNNCTTCATG
* * *
147129 TTTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAGAAAAATTCAACTTAA
1 TTTCCCAAAGTAAACATTCAATTATAATATACTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAA
* * ********* * *
147194 AATCGATTATGAGATTATAAAATCATTT-AAGCCGANNNNNNNNNNTTTCGAAGGCATGGGTGAC
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGA-GTAATAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAC
* * * ** * *
147258 TATAAAT-GAGCTTTTCTTGTCAATCAATGGCTTTTTCTTCAAA
128 TACAAATGGA-CTTTTCTT-ACCATGGATGGCTTTTGCTTCACA
* * * * * * * ** *
147301 TTTCCTAAGGCAGACTTTTAAATATAATATGTTTTAACCTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
1 TTTCCCAAAGTAAACATTCAATTATAATATACTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* ********** * *
147366 TTCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTGGAAGGCTTGAGTGACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTA
* * *
147431 CAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGGTGGCATTTGCTTCACA
130 CAAATGGACTTTTCTTACC-ATGGATGGCTTTTGCTTCACA
* *
147472 TTTCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATATA-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAA
1 TTTCCCAAAGTAAACATTCAATTATAATATACTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
147536 AGTCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
65 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTA
* * *
147601 GAAGTGGACTTTCCTTACTCATGGATGGCTTTTGCTTCACA
130 CAAATGGACTTTTCTTAC-CATGGATGGCTTTTGCTTCACA
* * * * * * *
147642 TTTCCTAAAGTAGACATTTAATTGTAATAGACTTTAACCAAAAAT-TAGAAAAATTTAACTTAAA
1 TTTCCCAAAGTAAACATTCAATTATAATATACTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
147706 ATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGCAT-AGGTGAC
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATA-AGCTTTCGAAGGCTTGA-GTGAC
* * * ** * *
147770 TATAAATGGACTTTTCTTAACAATGAATGGCTTTTTTTTTACG
128 TACAAATGGACTTTTCTT-ACCATGGATGGCTTTTGCTTCACA
* * * * ** *
147813 TTTCCCAAGGTACACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATGTTCAACTGAAA
1 TTTCCCAAAGTAAACATTCAATTATAATATACTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* **
147878 ATCAATTATGATATTATAAAGTCATTTAAAGCGAGTAATAAG
66 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
147920 GTTTTCGTGT
Statistics
Matches: 491, Mismatches: 116, Indels: 26
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 39 0.08
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172 86 0.18
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
TTTCCCAAAGTAAACATTCAATTATAATATACTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTAC
AAATGGACTTTTCTTACCATGGATGGCTTTTGCTTCACA
Found at i:148715 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 148212--154779 Score: 3887
Period size: 171 Copynumber: 38.8 Consensus size: 171
148202 NNNNNNNNNN
* * * *
148212 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTGTTGGTTGAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * **
148277 ATTATAATTGAATGT-TGATCTCAAG-AACGTGAAGAAAAAACCATTAATT-GACAAGAAAAGTC
66 ATTATAATTGAATGTCT-ATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-AAGAAAAGTC
* *
148339 TATTTATACTTAC-CAATGCCTTCGAAAGTC-TTATTACTCGCTT
129 TATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAG-CATTATTACTCGCTT
* ** * * * *
148382 TAAATAGTTTTATAATCTGGTAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACA-TTTTGGTTTAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * *
148446 ATTATAATTGAATGT-T-TGCTTCAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCC-TT-GACAAGGAAAG
66 ATTATAATTGAATGTCTAT-C-TCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCCATTGGA-AAGAAAAG
* * **
148507 TCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCATTATTACTTTCTT
127 TCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* ** * *
148552 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGCTTTTATATTTTTACTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * ** * *
148617 ATTATAATTAAATATTTATCTCAAAAAACCTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTA
66 ATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTA
* * * *
148682 TTTATAGTCACCCTTGCCTTCAAAAGTATTATTACTCGCTT
131 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
*** * * * * *
148723 CCGATGGTTTAATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTCAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * * *
148788 ATTATGATTGAATGTCTA-C-CATGGGAAACATGAAGCAAACGGCATCCACT-AAAGAGAAAAGT
66 ATTATAATTGAATGTCTATCTCA--GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAA-AGAAAAGT
* * * * ** * *
148850 CCATTTTTATTCACTCATGCTTTTAAAAGTATTATAACTCGCTT
128 CTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* * * * *
148894 TAAATGGTTTTATAACCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTAACA-TTTTCGATCAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATA
* * * * * * * *
148958 TACTGTAAGTGAATGT-T-TGCCCTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATACATTGGCAAGAAAAGT
65 TATTATAATTGAATGTCTAT-CTC-AGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGT
* * * *
149021 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTT
128 CTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
********** * * ** *
149065 TAAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTCCTAGTTAAAATAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * * *
149130 ATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTTTGAAAGAAAAGT-TC
66 ATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCT-
* * * * **
149194 ATTTATAGTTACTTATGCCTTCAAAAGCATTATTATTTACTT
130 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* * *
149236 TAAATGGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTT-GATTAAAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAG-TTAAAA
* * * * * * * * * *********
149300 TATATTATAACTAAATGTC-AACGTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTNNNNNNNN
63 TATATTATAATTGAATGTCTATC-TCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAG
** * * *
149364 NNTATTTATAGTCACTCATACCTTCGGAAACCA-TATTACTTGCTT
127 TCTATTTATAGTCACTCATGCCTTC-GAAAGCATTATTACTCGCTT
* ***
149409 TAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAA-TGTGAATTTTTTTAC-TCTTTCCTTTAAAAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAAT
* * * * *
149472 ATATTAAAATTGAATGTCTATCTTAGAAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGGAGAA-AAAAGT
64 ATATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-AAGAAAAGT
* * ** * * * *
149536 TTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGTATTATTACCCACTT
128 CTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* * * * * * * * *
149580 TAAATAGTGTTATACTCTTATAACTAATTATAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTCAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * ** * * * *
149645 ATTATGATTAAATGTCTGCCAT-AGGAAACATAAAGCAAAAACCATCCATTGGAGAGAAAAGTCT
66 ATTATAATTGAATGTCTATC-TCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCT
* * * * * * *
149709 GTTTTTATTTACTCATGCCTTTGAAAGCATTATAACTCTCTT
130 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
********** * * * * *
149751 TAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTGGATAAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * * *
149816 ATTATAATTGAATATCTACCTGAGGAAACGTGAAGTAAAAGCTATCCATTGGAAAGAAAAGTCCA
66 ATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTA
********** * **
149881 TNNNNNNNNNNTCATGCCTTCGAAAGCATTATTAGTTACTT
131 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* * * *
149922 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAA-TTAAATTTTCTTTACATGTTTAGTTAAAAC
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTAGTTAAAAT
* * * ** * ** *
149986 AGATTATAATTGACTGTGTGCAT-T--GTGAAATTTTAATAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAA
64 ATATTATAATTGAATGTCT--ATCTCAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-AAGAAA
** * * ***
150047 AGTGAATTTATAGTCACTCATGTCTTTC-AAAGCCTTATTACTTATTT
125 AGTCTATTTATAGTCACTCATG-CCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
********** *** * *
150094 TAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATCACTAGATAAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * * **
150159 ATTATAATT-TATGTCTGTCTTATGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGAAAGAAAAGTCCG
66 ATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTA
* * * * * **
150223 TTTATACTTACTCATACTTTCGAAAGTATTATTACTCATTT
131 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* * * * * *
150264 TAAATAGTTTCATAGTCTCATAATTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
******** * * * * * *
150329 TATTATAACNNNNNNNNNNC-ATC-GA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGTAAGAAAAG
65 TATTATAA---TTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAG
*
150391 TCTATTTATAGTCAC-CAATGCCTTTGAAAGCCA-TATTACTCGCTT
127 TCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAG-CATTATTACTCGCTT
* * * *
150436 TAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAATT-AAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * * * * *
150500 TTTA-AATTGAATGTTTATCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGCTATCTATTGGAGAGAAAAGTTTA
66 ATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTA
* * *
150564 TTTATAGTCA-TCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACCCACTT
131 TTTATAGTCACT-CATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* ** * * * *
150605 TAAATAGTTTTATTCTCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * * *
150670 ATTATGATTGAATGTCTA-C-CATGGGAGACATAAAGCAAAAGGCATCCATTGGAAAGAAAAGCC
66 ATTATAATTGAATGTCTATCTCA--GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTC
* * * * *
150733 TATTTTTATTTACTCATGCCTTTGAAAGCATTA-CAGCTCGCTT
129 TATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTA-CTCGCTT
********** * * *
150776 TAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATATTTTAACA---TT--TT----CA-
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * ** ** *** * *
150831 ATTGTAAGTGAATGTTTGCCTTGGGAAACACAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
66 ATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTA
* *
150896 TTTATAGCCACTCAAGCCTTCGAAAG-ATTTATTACTCGCTT
131 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCA-TTATTACTCGCTT
* * * * *
150937 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTACA-TTGAATTATTTTATATTTTTAGCTAAAAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
* * * * * * * *
151000 AGATTATAATTGACTATTTGC-AT-T-GGGAAATGT-AA--ACAAGTCATTCATT--AACATGGA
64 ATATTATAATTGA--ATGT-CTATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAA-A-GAA
* * *
151057 AAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTA
124 AAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* *
151105 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTATATTTTTAGTTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
* * * * * * ** *
151170 TATTATAACTGAATGTCTA-CCCTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATCCATTGTCAAGAAAAGTG
65 TATTATAATTGAATGTCTATCTCAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTC
* * ** * * *
151234 TATTTATGGTCGCTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
129 TATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* * * *
151277 TAAATCGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTCTTT-GATAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAATA
* ** * * * * * *
151340 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGTAAAAGCCACCCATTGGAAAGAAAAATCC
65 TATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCT
* *
151405 ATTTATAGAT-ACTCATGCATTCGAAAGCATTATTACTC-ATT
130 ATTTATAG-TCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
********* * *
151446 TNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTTACATTTTT-GATTGAAA
1 T-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAG-TTAAAA
* * ** * * *
151510 TATATTATAACTGAATGTCTA-CTTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-
63 TATATTATAATTGAATGTCTATC-TCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAG
* * *
151573 TTTCATTTATAGTCACCCATGGCTTCGAAAGC-TATATTACTCGCTT
127 TCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCAT-TATTACTCGCTT
* * * * *
151619 TAAATGATTTTATAATCTCAGAATTGATTTTACA-TTGAATTTTTTTACATTTATCGTTAAAATC
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
* * * * * *
151683 TATTATAATTGAATGTCTATTTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGCCACA-AAAAGT-
65 TATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG-GAAAGAAAAGTC
* * * * *******
151746 TCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTANNNNNNN
129 T-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
*** * * * * * * ** **
151790 NNNATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTCTTGGAGAAAATGG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* ** * * * * *
151855 ATTATAATTGAGTGTCTGCCTTAGAAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCCA
66 ATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTA
* * *
151920 TTTATAGTTA-TCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTTGCTT
131 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
********** * *
151960 TAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATGTTTGGTTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
* * * * * * * *
152025 TATTTTAACTGAATGTCTA-CATC-GAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCGTTGGTAAGAAAAGT
65 TATTATAATTGAATGTCTATC-TCAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGT
* * ** *
152088 CCATTTATTA-TCAGC-CTTGGTTTCGAAAGCCA-TATTAGTCAG-TT
128 CTATTTA-TAGTCA-CTCATGCCTTCGAAAG-CATTATTACTC-GCTT
* * * * * * *
152132 TAAATAGTTTTATAATCTCTTAATTCATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTGAAACTCT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * * * * *
152197 ATTATAATTGAATGACT-GCTTTAGGAGACGTGAAGTAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCC
66 ATTATAATTGAATGTCTATC-TCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCT
* ** * * *
152261 ATTTATAATCGTTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTT
130 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* * * * * ***
152303 TAAATAGTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * * * * * * *
152368 ATTATATTTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA-AAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
66 ATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTA
* * * * * * *
152432 TTTATAGCCACTCATTCTTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTT
131 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* *
152473 TAAATAGTTTTATAATC-CAATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
** * * * *
152537 ATATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCACTGGGAAGAAATA-
64 ATATTATAATTGAATGTCTATCTCAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAA-AG
* * * * *** * *
152600 TCTATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGACACCCCAATTACCCACTT
127 TCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* * * * **
152645 TAAATGATTTTATAATCGCTTAATTGATCTTAAGTCAAATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
* * * * * * * *
152710 TATTATAATTGAATATCTA-CTTCAAGAAACGTTAAGCAAAAGCTATCAACTAGCAAGAAAAGTC
65 TATTATAATTGAATGTCTATC-TCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTC
* * * * ** * *
152774 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAACCCCTATTACCCACTT
129 TATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* * * * ** *
152817 TAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATGTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTGGGTTAAAACAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * * * * ***
152882 ATTGTATTTAAAAGTTTA-CTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAG-TATTGGTT-GATAAGAAAAG-C
66 ATTATAATTGAATGTCTATC-TCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-AAGAAAAGTC
* * * * * *
152943 TCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCACTATTAGTTGTTT
129 T-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* * * *
152987 TAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-ATATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
* * *** ** ** * *
153051 TATTATAATTGAA-G-CAAAAGC-CATCCATTGACAAG-AAAAG-C--CCATT------TATAGT
65 TATTATAATTGAATGTC--TATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGT
* * * ** * * *
153103 C-ACTCA-AGCCTTTCAAAGCCTT-----G--TTCTT-CGC--TT
128 CTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* * * *
153136 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAATGTTTTTACCTTTTTAGTTACAAA-A
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA-AAATA
* * * * * * ** * *
153200 GATAATATTTGAATGT-TTTC-CATGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTTATTGGCAAGACAAGT
65 TATTATAATTGAATGTCTATCTCA-G-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGT
* * * * *
153262 -TCGTCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTT
128 CT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* * *
153306 TAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTACATTTATT-GTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTAGTTAAAATA
* * ** * * ** * * ** * *
153369 TATAATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAATATAAAG-AAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCC
65 TATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCT
* * * * * *
153433 ATTCA-AGTGACCCATGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
130 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* *
153474 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * ** * ** * *
153539 ATTACAATTGAATATTTA-CTTTGGGAAACCTGAAGCAAAAGTGATCCATTGTCAAGGAAAA-TG
66 ATTATAATTGAATGTCTATC-TCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG-GAAAGAAAAGT-
* * ** *
153602 C-ATATATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTTACAT
128 CTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* ** * * *
153645 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTGCTTTACATTGTTGGTTGAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * * * * ** *
153710 ATTATAATTGAATGTCTATCT-TGATAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTCGCTAGAAAAGTCG
66 ATTATAATTGAATGTCTATCTCAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCT
* * *
153774 ATTTATAGTCAC-CTATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
130 ATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* * * * * * * *
153816 TCAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTCAGTTAAAATCTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
* ** * ** ** * * * * * * ** *
153880 AATTGCAATTAAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCTTTGGTAAGAAAAACCC
65 TATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCT
* * * *
153945 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-ACTTATTACTTTGGTT
130 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCA-TTATTAC-TCGCTT
* * * * * *
153988 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAGTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
** * * *
154053 ATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGAAAATTGTGATA-CAAAAGCCACCCATT-GACAAGAAAAGT
66 ATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAA-CGTGA-AGCAAAAGCCATCCATTGGA-AAGAAAAGT
* *
154115 CCATTTATAG----TCA----TTC--AAGCCTTATTACTCGCTT
128 CTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* * * * * * * **
154149 TGAATAGTTTTATAATATGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTAACATTTTTTGGAAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * *
154214 ATTATAATTGAGTATCTA-CTTCAGGAAATGTGAAGTAAAAGCCATCCATT-GATAAGGAAAGTC
66 ATTATAATTGAATGTCTATC-TCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-AAGAAAAGTC
* * * * *
154277 CATTTATAGTCATTCATACCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTT
129 TATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
** * * * *
154319 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGCTGTAAGTTGAGTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
* ** * * * * *
154384 TATTATAATTTAATGTCT-TCTTTGGGAAACATGAAGCGAAACCCACCCATTGGCAAGAAAAGTC
65 TATTATAATTGAATGTCTATC-TCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTC
* * *
154448 CATTTATAG----TCA----TTC--AAGCCTTATTACTCACTT
129 TATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* * * *
154481 TGAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * *
154546 ATTATAATTGAATATCTCTCTTAAGAAACGTGAAGTC-AAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTTT
66 ATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAG-CAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCT
* * * *
154610 ATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTT
130 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
* ** * *
154652 T-AA----TTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACATTTTTACATTTTTGGTCAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
* ** * * ** *
154712 ATTATGATTGAATGTCTGCCGT-GGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTGTTGGAGAGAAAAGTCT
66 ATTATAATTGAATGTCTATC-TCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCT
154776 ATTT
130 ATTT
154780 TTGTTCTCTC
Statistics
Matches: 4895, Mismatches: 1259, Indels: 492
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
148 3 0.00
149 63 0.01
150 9 0.00
151 6 0.00
152 3 0.00
153 3 0.00
154 1 0.00
158 4 0.00
159 12 0.00
160 12 0.00
161 307 0.06
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163 3 0.00
164 5 0.00
165 7 0.00
166 111 0.02
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168 154 0.03
169 362 0.07
170 781 0.16
171 1981 0.40
172 838 0.17
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174 10 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAT
ATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCTA
TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
Found at i:153212 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 152929--153212 Score: 349
Period size: 149 Copynumber: 1.9 Consensus size: 149
152919 AAAGTATTGG
* * * * * *
152929 TTGATAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCACTATTAGTTGTTTTAAATGG
1 TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCACTATTACTTGCTTTAAATGG
* * * * * *
152994 CTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTATATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAA
66 CTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAA
153059 TTGAAGCAAAAGCCATCCA
131 TTGAAGCAAAAGCCATCCA
* *
153078 TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTCAAAGC-CT-TGTTCTTCGCTTTAAAT
1 TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCACTAT-TACTT-GCTTTAAAT
* * * *
153141 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAATGTTTTTACCTTTTTAGTTACAAA-AGATAA
64 GGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTA-AAATAGATAA
*
153205 TATTTGAA
128 TAATTGAA
153213 TGTTTTCCAT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 19, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
147 1 0.01
148 5 0.04
149 104 0.92
150 3 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (149 bp):
TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTCAAAGCACTATTACTTGCTTTAAATGG
CTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAA
TTGAAGCAAAAGCCATCCA
Found at i:153408 original size:319 final size:315
Alignment explanation
Indices: 152763--154399 Score: 853
Period size: 319 Copynumber: 5.0 Consensus size: 315
152753 TATCAACTAG
* * * *
152763 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAACCCCTATTACCCACTTTAAATGGTTT
1 CAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * ** * *
152827 TATAATTTCATAATTGATGTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTGGGTTAAAACATATTGTATTTA
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATATTTG
* * * * ** * * *
152892 AAAGTTTACTTCA-GGAAACGTGAAGAAAAAGTATTGGTTGATAAGAAAAGCTCATTTATAGTCA
130 AATGTTT--TCCATGGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAG-AAAGTTCATATATAGTCA
* * * * *
152956 CCCATGCCTTTGAAAGCAC-TATTAGTTGTTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
192 CCCATGCCTTCGAAAGC-CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ***
153020 GTTA-TATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAA-GCAAAAGCCATCCATTGA
256 G-TAGAATTGTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATG--TAAGCCAAAAATTGA
*
153082 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTC-AAAGCCTTGTT-CTTCGCTTTAAATGGTT
1 CAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTT
* * ** * *
153145 TTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAATGTTTTTACCTTTTTAGTTACAAA-AGATAATATT
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTA-AAACATATTATATT
* * * *
153209 TGAATGTTTTCCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTTATTGGCAAGACAAGTTCGTCTATAGTC
128 TGAATGTTTTCCATG-GAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGA-AAGTTCATATATAGTC
153274 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
191 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * **
153338 GTAGAATTGTTTTACATTTATTGTTAAAACATATAATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAATAT-A
256 GTAGAATTGTTTTACATTT-TTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTAAGCC--A-AAAAT-TGA
* *
153402 -AAGAAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTCAAGTGACCCATGGCTTCAAAAGCCTTATT
1 CAAGAAAAGCCATTTA-T---------AGT-CACTCAA--G--CC-T---TTCAAAAGCCTTATT
* *
153466 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGT
47 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGT
* * * * * ** * * * * *
153531 TAAAATATATTACAATTGAATATTTACTTTGGGAAACCTGAAGCAAAAGTGATCCATTGTCAAGG
112 TAAAACATATTATATTTGAATGTTTTCCAT-GGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGACAA-G
* * * * * * *
153596 AAAATGCATATATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTTACATTAAATGGTTTTATAAT
174 AAAGTTCATATATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
153661 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTGCTTTACATTGTTGGTTGAAATATATTATAATTGAATGTC
239 CTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTACATT-TTTGTTAAAATATATTATAATTG-A----
* * *
153726 TATCTTGATAAACATAAAGAAAAAGCCATTCA
298 -A---TG-TAAGC------CAAAA---ATTGA
* * ** * *
153758 TTCGCTAGAAAAGTCGATTTATAGTCAC-CTATTCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAAT
1 ----CAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
153821 GGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTCAGTTAAAATCTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAAATTG
60 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTA
* * * * * * * * ** *** *
153885 CAATTAAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCTTTGGTAAGAAAAACCCATTTA
124 TATTTGAATGTTTTCCAT-GGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGACAAG-AAAGTTCATATA
* * * *
153950 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGACTTATTACTTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA
186 TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * **
154015 GTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGAAA
250 TTTTAAGTAGAATTGTTTTACA-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-AAGC--CAAAA
*
154079 ATTGT
311 ATTGA
* * *** * * *** *
154084 GATACAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTATTACTCGCTT
1 CA-AGAAAAGCCATTTATAGTC-ACTCAAG-CC---T-T--TCA--AAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * * * * ** *
154149 TGAATAGTTTTATAATATGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTAACATTTTTTGGAAAAATAT
55 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAT
* * * ** * * * *
154214 ATTATAATTGAGTATCTACTT-CA-GGAAATGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGATAAGGAAAGTC
120 ATTATATTTGA--ATGT-TTTCCATGGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGACAA-GAAAGTT
* ** *
154277 CATTTATAGTCATTCATACCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
180 CATATATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** * * * * * *
154341 ATTGGCTGTAAGTTGAGTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTTAATGT
245 ATTGATTTTAAGTAGA-ATTGTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGT
154400 CTTCTTTGGG
Statistics
Matches: 1021, Mismatches: 202, Indels: 177
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
317 8 0.01
318 68 0.07
319 190 0.19
320 9 0.01
321 1 0.00
322 6 0.01
323 8 0.01
324 2 0.00
326 3 0.00
327 1 0.00
328 4 0.00
329 9 0.01
330 1 0.00
331 46 0.05
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333 114 0.11
334 5 0.00
335 4 0.00
336 2 0.00
337 7 0.01
338 100 0.10
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341 3 0.00
342 137 0.13
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344 2 0.00
346 2 0.00
347 2 0.00
349 2 0.00
350 3 0.00
351 3 0.00
352 3 0.00
353 3 0.00
354 1 0.00
355 1 0.00
356 3 0.00
361 8 0.01
362 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (315 bp):
CAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATATTTGA
ATGTTTTCCATGGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAGTTCATATATAGTCACCCA
TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGA
ATTGTTTTACATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTAAGCCAAAAATTGA
Found at i:154185 original size:161 final size:160
Alignment explanation
Indices: 153990--154755 Score: 679
Period size: 161 Copynumber: 4.7 Consensus size: 160
153980 CTTTGGTTTA
* * *
153990 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAAGTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAATAT
*
154055 TATAATTGAATGTCTACTTTGAAAATTGTGATA-CAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
66 TATAATTGAATGTCTACTTTGGAAA-TGTGA-AGCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
154119 TTATAGTCATTCAAGCCTTATTACTCGCTTTG
129 TTATAGTCATTCAAGCCTTATTACTCGCTTTG
* * * * * * *
154151 AATAGTTTTATAATATGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTAACATTTTTTG-GAAAAATATA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAA-ATA
* * * * * * *
154215 TTATAATTGAGTATCTACTTCAGGAAATGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGATAAGGAAAGTCCAT
65 TTATAATTGAATGTCTACTT-TGGAAATGTGAAGCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* *
154280 TTATAGTCATTCATACCTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
129 TTATAG----TC--A--TTC-AAGCCTTATTACTCGCTTTG
** * * *
154321 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGGCTGTAAGTTGAGTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAATA
* * ** * * *
154386 TTATAATTTAATGTCTTCTTTGGGAAACATGAAGCGAAACCCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
65 TTATAATTGAATGTCTACTTT-GGAAATGTGAAGCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
*
154451 TTATAGTCATTCAAGCCTTATTACTCACTTTG
129 TTATAGTCATTCAAGCCTTATTACTCGCTTTG
* * * *
154483 AATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAATAT
* * * * **
154548 TATAATTGAATATCT-CTCTTAAGAAACGTGAAGTC-AAAGCCATCCATTGGA-AAGAAAAGTTT
66 TATAATTGAATGTCTACT-TT-GGAAATGTGAAG-CAAAAGCCACCCATT-GACAAGAAAAGTCC
*
154610 ATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTT-
127 ATTTATAG-T---C--A--TTC--AAGCCTTATTACTCGCTTTG
* * ** * * *
154653 AA----TTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACATTTTTACATTTTTGGTCAAAATATAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAATAT
* * * * **
154714 TATGATTGAATGTCTGCCGTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
66 TATAATTGAATGTCT-ACTTTGGAAATGTGAAGCAAAAGCCA
154756 TCTGTTGGAG
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 81, Indels: 57
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 8 0.02
161 182 0.37
162 56 0.11
163 3 0.01
165 5 0.01
166 83 0.17
167 5 0.01
168 1 0.00
169 6 0.01
170 50 0.10
171 90 0.18
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (160 bp):
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAATAT
TATAATTGAATGTCTACTTTGGAAATGTGAAGCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCATTCAAGCCTTATTACTCGCTTTG
Found at i:154443 original size:332 final size:334
Alignment explanation
Indices: 153060--154755 Score: 1425
Period size: 332 Copynumber: 5.0 Consensus size: 334
153050 ATATTATAAT
* * *
153060 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTCAAAGCCTT
1 TGAAGCAAAAGCCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT--C-C-A----TTCAAAGCCTT
* * * * *
153125 GTT-CTTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTT-AAATGTTTTTACCTTT
58 ATTAC-TCGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTT
* * * * * * * * * ** * * **
153188 TTAGTTACAAA-AGATAATATTTGAATGTTTTCCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTTATT
121 TTTGGTA-AAATATATTACAATTGAATATCTACTTTAG-GAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATT
** * * * * * *
153250 GGCAAGACAAGTTCGTCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTT
184 GATAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
* * *
153314 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTACATTTATT-GTTAAAACATATAATAAT
249 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTGGTTAAAACATATTATAAT
* *
153378 TGAATGT-TTGCCTTAGAAAATA
313 TGAATGTCTT-CCTTGGAAAACA
* * *** *
153400 TAAAG-AAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTCA-AGTGACCCATGGCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGCAAAAGCCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT---CCA----TTC-AAAGCCTT
* * * *
153463 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
58 ATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT
* * * * * * **
153528 AGTTAAAATATATTACAATTGAATATTTACTTTGGGAAACCTGAAGCAAAAGTGATCCATTG-TC
123 TGGTAAAATATATTACAATTGAATATCTACTTTAGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGAT-
* * * * * * *
153592 AAGGAAAATGCATATATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTTACATTAAATGGTTTTA
187 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* ** * * *
153657 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTGCTTTACATTGTTGGTTGAAATATATTATAATTGAA
252 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAA
153722 TGTCTAT-CTT-GATAAACA
317 TGTCT-TCCTTGGA-AAACA
* * ** * * *
153740 TAAAGAAAAAGCCATTCATTCGCTAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCTATTCCTTTGAAAGCCTT
1 TGAAGCAAAAGCCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT--CC-ATT-C----AAAGCCTT
* * * * * * * *
153805 ATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTCAGTTAAAATCTTTT-TATATTT
58 ATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT
* * * * * * * * * * * * * *
153869 TGGTTAAAACAAATTGCAATTAAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCTTTGGT
123 TGG-TAAAATATATTACAATTGAATATCTACTTTAGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGAT
* * *
153934 AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGACTTATTACTTTGGTTTAAATGGTTTT
187 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TTGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
153999 ATAATCTCATAATTAAGTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGA
251 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
* * **
154064 ATGTC-TACTTTGAAAATTG
316 ATGTCTTCCTTGGAAAA-CA
*
154083 TGATA-CAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CATTC-AAGCCTTATTACTC
1 TGA-AGCAAAAGCCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCATTCAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
154145 GCTTTGAATAGTTTTATAATATGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTAACATTTTTTGGAAAA
65 GCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGGTAAA
* * * * * *
154210 ATATATTATAATTGAGTATCTACTTCAGGAAATGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGATAAGGAAAG
130 ATATATTACAATTGAATATCTACTTTAGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAA
** *
154275 TCCATTTATAGTCATTCATACCTTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
195 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
** * * *
154339 TAATTGGCTGTAAGTTGAGTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTTAATGTCTTC
260 TAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTTC
* *
154404 TTTGGGAAACA
324 CTTGGAAAACA
* * *
154415 TGAAGCGAAACCCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CATTC-AAGCCTTATTACTCA
1 TGAAGCAAAAGCCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCATTCAAAGCCTTATTACTCG
* *
154478 CTTTGAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTTGTTAAA
66 CTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTTGGTAAA
* * *
154542 ATATATTATAATTGAATATCT-CTCTTAAGAAACGTGAAGTCAAAGCCATCCATTGGA-AAGAAA
130 ATATATTACAATTGAATATCTACT-TTAGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATT-GATAAGAAA
* ** * * * * *
154605 AGTTTATTTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTT-AA----TTTAGAATCT
193 AATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
** * * * *
154665 CATAATTGATTTTAAGTTGAACATTTTTACATTTTTGGTCAAAATATATTATGATTGAATGTCTG
258 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTT
* *
154730 CCGTGGGAAACA
323 CCTTGGAAAACA
154742 TGAAGCAAAAGCCA
1 TGAAGCAAAAGCCA
154756 TCTGTTGGAG
Statistics
Matches: 1112, Mismatches: 209, Indels: 83
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
327 59 0.05
328 26 0.02
331 45 0.04
332 238 0.21
333 150 0.13
334 8 0.01
337 7 0.01
338 103 0.09
339 94 0.08
340 81 0.07
341 38 0.03
342 153 0.14
343 109 0.10
344 1 0.00
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TGAAGCAAAAGCCACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCATTCAAAGCCTTATTACTCG
CTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGGTAAAA
TATATTACAATTGAATATCTACTTTAGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAAT
CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTTCCT
TGGAAAACA
Found at i:155941 original size:32 final size:32
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155885 GACTAAGATG
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1 CTACTGCCAAAAACTGGGTTAAGAGACAGAGA
* * *
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1 CTACTGCCAAAAACTGGGTTAAGAGACAGAGA
155959 TGACTTAGTT
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CTACTGCCAAAAACTGGGTTAAGAGACAGAGA
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162578 AGCCAACATT
* * * ** * *
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* * * * * * * **
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** * * *
162716 AAATGAGTAATAAGGCTCTTGAAGGCATAGGT-A-GATAAATA
129 AAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATG
* * * * * ** * * * *
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1 GACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* *
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66 ATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * *
162886 AGTAAGTAATAAGGCTATCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
130 AACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATG
* * * ** * * *
162928 GACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTGTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGATATTTAATTATAATCT
1 GACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
162993 ATTTTAACAAAAAA-AT---AAAATTCAACTTAAAGTCAA-CTATGAGATTATAAAACCATTTAA
66 ATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATC-ATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
163053 AACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAAGTGACTATAAATG
130 AACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATG
* * * * * * * *
163095 GACTTTTTTTACCAATAAATAAATTTTTCTTCACATTTTTCGAGGTAGACAATCAATTATAATCT
1 GACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * * * * *
163160 ATTTTAATAAAAAA-AGGTAAAACAATTAAACTTCAAAAT-AGTTATGGGACTATAAAACTATTT
66 ATTTTAACAAAAAATA--TAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATCATGAGATTATAAAACCATTT
* * *
163223 AAAACAAGTAATAGGGCTTTTGAAGGCATAAGTGAATATAAATG
128 AAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATG
** * * * * *
163267 GACTTTTCTTGTCAACGAAT-ATCTTTTTCTTCCCGTTTCCCCAA-GTAAACATTCAATTATAAC
1 GACTTTTCTTACCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * * * * *
163330 CTGTTTTAATAAAAAATGTAAAATATTTCAACTTCAAA-TCAATCATGAGATTATAAAAACAATT
64 CTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATCATGAGATTATAAAACCATTT
* **
163394 AGAACAAGTAATAAGGCTTTCT-AAGGCACGGGTGAGC-ATAAATG
128 AAAACAAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGCATAGGTGA-CTATAAATG
* * *
163438 GA-TTTTTTTCACCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA-TCTAATTATAAT
1 GACTTTTCTT-ACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTC-AATTATAAT
* * * *
163501 ATGA-TTTAACCAAAAATA-AAAACATATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATT
64 CT-ATTTTAACAAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAGTCAATCATGAGATTATAAAACCATT
* *
163564 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATG
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1 GACTTTT
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Statistics
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GACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
ATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAA
ACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATG
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163421 ACGGGTGAGC
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*
163452 ATAAATGGCTTTTTCTTCAC
1 ATAAATGGATTTTTCTTCAC
163472 GTTTCTCAAG
Statistics
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ATAAATGGATTTTTCTTCACCA
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163442 TTTTTCACCA
*
163452 ATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATCTAATTATAATATGATTTAACCAAAAA
1 ATAAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATCTAATTATAATATGATTTAACCAAAAA
* *
163517 TAAAAACATATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
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*
163582 TTTTGAAGGCATAGGTGACT
131 TTTTGAAGGCATAAGTGACT
* * *
163602 ATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAA
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*
163665 A-AAATAA-A-ATTCAACTTCAAGTCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
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129 GATTTTGAAGGCATAAGTGACT
*
163749 ATAAATGACTTTT
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163762 CTTGCTGATG
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 9, Indels: 7
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TAAAAACATATTCAACTTAAAGTCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGA
TTTTGAAGGCATAAGTGACT
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163599 ACTATAAATG
* **
163609 GCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA--AATAA
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* * * * *
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* **
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* * * * *
163776 TCTTTTTCTTCACGTTT-TCTAAAGTACAAATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATTA-TAA
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* * * * * *
163839 AAAATTAAACTTGAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGA
63 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
*
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128 AGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * * * * * * *
163943 TCTTTTTCTTCATGTTT-TCTCAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAA-TAAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAGT---A
* * ** * * *
164006 AAAAATT-AACTTCAAATCAATCATGAGATTATAAAAATAATTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTC
62 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTC
** * * * ** * *
164070 -AAGGCACGGGAGAATATAAATGGATTTTTCTCACCAACGTATCA
126 GAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-A
* ** * * * * *
164114 -CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAATAGATA-TCTATTATAATCTATTTTAACAATAAATGAAGAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAA-AAAAGTA-AA
* * *
164177 AAATTCAACTTAAAGA-CAATTATAAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
64 AAATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* *
164241 AGGCATAGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATG
128 AGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * * *
164283 GCTTGTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG------AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAAGTAAAA
* * *
164342 GAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAA
65 -AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * ** * *
164407 GGTATAAGTGGGTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATG
129 GGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * *
164448 GCTTTTTCTTCATGTTTATTAAGGTAGACATTGAATTA-ATATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATA-ATCTGTTTTAA-CAAAAAAGTAAA
* * * * * * * *
164512 ATAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAATCATTTAAAACAAGTAATAACGATTACGA
64 A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* *
164577 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTAG-CAATGAATA
128 AGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGAATA
* * * * * *
164619 TCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAGAAAATGTCAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAAAGT-AAA
* * * * *
164684 AAATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTATCAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCCTTCGAA
64 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
** * * *
164749 GGCAT-GAGTGACTATAAATAAAGTTTTCTTACCAACGAATA
129 GGCATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * * * *
164790 TCTTTTTGTTCACGTTT-TCAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA-GT-AA
* * * *
164854 AAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTCGA
63 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * *
164919 AGGTATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAGTTGAATA
128 AGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA-ATGAATA
* * * *
164961 GCTTGTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAG------AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTACAA
1 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA-GTA-AA
* *
165020 AAATTCAACATAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
64 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * *
165085 GGTATGGGT-AGGTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA-A
129 GGCATAGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * * ** * *
165125 GACTTTTTTTTCATGTTTATCGAGGTAGATATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAA
1 G-CTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAA
165183 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1158, Mismatches: 196, Indels: 101
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 8 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
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GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAGTAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
CATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATA
Found at i:164820 original size:342 final size:337
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Period size: 336 Copynumber: 7.4 Consensus size: 337
162578 AGCCAACATT
** * * * * ** * *
162588 GACTTTTCTCACCAATGATTGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGATATTTAATTATAATCT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTGTTCTTCACATTTCTTGAGGTA-ACATTCAATTATAATCT
* * * * * * * * **
162653 GATTTAACCAAAAATGAAAAAGAATTTAACTTAAAGTCAATTACGACATTACAAAATGATTTAAA
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** * * * ** **
162718 ATGAGTAATAAGGCTCTT-GAAGGCATAGGT-A-GATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAGTGAATGG
128 GCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTACCAACGAATAT
* * ** * * * * *
162779 CTTGTTCTTCACGTTTTTTTATGTAGACAATCAACTAAAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAA
191 CTTTTTCTTCACGTTTATCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAA-ATAAAAA
* * * * ** *
162844 AATTCAACTTCAAATTAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTATCGAAG
254 AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
*
162909 GCATGGGTGACTATAAATG
319 GCATAGGTGACTATAAATG
** * * *
162928 GACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTGTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGATATTTAATTATAATC
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATAG-CTTGTTCTTCACATTTCTTGAGGTA-ACATTCAATTATAATC
* *
162992 TATTTTAACAAAAA---AATAAAATTCAACTTAAAGTCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
64 TGTTTTAACAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * ** **
163054 ACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATAAATAAAT
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAACGAATATCT
* * * * * * *
163119 TTTTCTTCACATTTTTCGAGGTAGACAATCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAAGGTAAAACA
193 TTTTCTTCACGTTTATCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAA--TAAAAAA
* * ** * * * * * *
163184 ATTAAACTTCAAAAT-AGTTATGGGACTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAGGGCTTTTGAAG
255 ATTCAACTT-AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* *
163248 GCATAAGTGAATATAAATG
319 GCATAGGTGACTATAAATG
* * * * * * *** * *
163267 GACTTTTCTTGTCAACGAATATCTTTTTCTTCCCGTTTCCCCAAGTAAACATTCAATTATAACCT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTGTTCTTCACATTTCTTGAGGT-AACATTCAATTATAATCT
* * * * *
163332 GTTTTAATAAAAAATGTAAAATATTTCAACTTCAAATCAA-TCATGAGATTATAAAAACAATTAG
65 GTTTTAA-CAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAACT-ATGAGATTATAAAACCATTTA-
* * *** * * **
163396 AA-CAAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCACGGGTGAGC-ATAAATGGA-TTTTTTTCACCAATAAAT
126 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGA-CTATAAATGAACTTTTCTT-ACCAACGAAT
** * * * *
163458 GGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA-TCTAATTATAATATGA-TTTAACCAAAAATAAA
189 ATCTTTTTCTTCACGTTTATCAAAGTAGACATTC-AATTATAATCT-ATTTTAACAAAAAATAAA
* * *
163521 AACATATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
252 AA-A-ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
163586 GAAGGCATAGGTGACTATAAATG
315 GAAGGCATAGGTGACTATAAATG
163609 G-CTTTTTCTT--C-----AT-G--T-TTC--C-CA-------AGGTAGACATTCAATTATAATC
1 GAC-TTTTCTTGCCAATGAATAGCTTGTTCTTCACATTTCTTGAGGTA-ACATTCAATTATAATC
* * *
163652 TGTTTTAACAAAAA--AAATAAAATTCAACTTCAAGTCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
64 TGTTTTAACAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * ** *
163715 GCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGCTGATGAATATCT
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAACGAATATCT
* * * * *
163779 TTTTCTTCACGTTT-TCTAAAGTACAAATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATTATAAAAAA
193 TTTTCTTCACGTTTATC-AAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATA-AAAAAA
* * ** * * *
163843 TTAAACTTGAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGC
256 TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
163908 ATAGGT--C-ATAAATG
321 ATAGGTGACTATAAATG
* * * ** * * *
163922 GACTTTTCTTGCCAACGAATATCTTTTTCTTCATGTTT-TCTCAGATAAACATTCAATTATAATA
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTGTTCTTCACATTTCT-TGAGGT-AACATTCAATTATAATC
* * ** * ** *
163986 TATTTTAATAAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTCAAATCAA-TCATGAGATTATAAAAATAATTA
64 TGTTTTAA-CAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAACT-ATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *** * * * * * *
164049 AAGCAAGTAATAAAGCTTTTC-AAGGCACGGGAGAATATAAATGGATTTTTCTCACCAACGTATC
126 AAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAACGAAT-
* * * * *
164113 A-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAATAGATA-TCTATTATAATCTATTTTAACAATAAATGAAGA
189 ATCTTTTTCTTCACGTTTATCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT-AA-A
* *
164176 AAAATTCAACTTAAAGA-CAATTATAAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
252 AAAATTCAACTTAAA-ATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
164240 AAGGCATAGGTGACTATAAATG
316 AAGGCATAGGTGACTATAAATG
* * *
164262 GATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTGTTCTTCACATTTCTTGAGGT---A--GAATTATAATCTG
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTGTTCTTCACATTTCTTGAGGTAACATTCAATTATAATCTG
* * *
164322 TTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAA
66 TTTTAA-CAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * * **
164387 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGGGTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAACGAATATCTT
* * * * * *
164452 TTTCTTCATGTTTATTAAGGTAGACATTGAATTA-ATATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAATAA
194 TTTCTTCACGTTTATCAAAGTAGACATTCAATTATA-ATCTATTTTAA-CAAAAAA-TAAAAAAA
* * * * * * *
164516 TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAATCATTTAAAACAAGTAATAACGATTACGAAGGC
256 TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
*
164581 ATGGGTGACTATAAATG
321 ATAGGTGACTATAAATG
* * *
164598 GACTTTTCCTAG-CAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATC
1 GACTTTT-CTTGCCAATGAATAGCTTGTTCTTCACATTTCTTGAGGT-AACATTCAATTATAATC
* * *
164662 TGTTTTAATAGAAAATGTCAAAAAATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTATCAAACCATTTAA
64 TGTTTTAACA-AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
164727 ATCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAAGTTTTCTTACCAACGAATATC
127 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAACGAATATC
* *
164792 TTTTTGTTCACGTTT-TCAAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAA
192 TTTTTCTTCACGTTTATCAAA-GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAA--TAAAAA
* * * * *
164856 AATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTCGAAG
254 AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* *
164921 GTATAGATGACTATAAATG
319 GCATAGGTGACTATAAATG
* ** * *
164940 GACTTTTCTTG-CAGTTGAATAGCTTGTTCTTCATGTTTTTTGAGGT---A--GAATTATAATCT
1 GACTTTTCTTGCCA-ATGAATAGCTTGTTCTTCACATTTCTTGAGGTAACATTCAATTATAATCT
* * *
164999 GTTTTAACAAAAAATGTACAAAAATTCAACATAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
65 GTTTTAAC-AAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
165064 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
165087 TATGGGTAGG
Statistics
Matches: 1758, Mismatches: 301, Indels: 204
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
313 15 0.01
314 2 0.00
315 1 0.00
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319 3 0.00
320 8 0.00
321 26 0.01
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324 3 0.00
326 1 0.00
328 1 0.00
329 1 0.00
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341 22 0.01
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343 124 0.07
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (337 bp):
GACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTGTTCTTCACATTTCTTGAGGTAACATTCAATTATAATCTG
TTTTAACAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAACGAATATCTTTT
TCTTCACGTTTATCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATAAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGG
TGACTATAAATG
Found at i:164967 original size:678 final size:669
Alignment explanation
Indices: 163642--165182 Score: 1827
Period size: 678 Copynumber: 2.3 Consensus size: 669
163632 GTAGACATTC
* * * *
163642 AATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAA--AAATAAAATTCAACTTCAAGTCAACTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * ** **
163704 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGACTTTTCTTGCTG
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGGGTATAAATGACTTTTCTTGCCA
* * * *
163769 ATGAAT-ATCTTTTTCTTCACGTTT-TCTAAAGTACAAATTCAATT-ATAATCTGTTTTAATAAA
130 ATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTAT-TAAGGTAGAAATTCAATTAAT-ATCTGTTTTAACAAA
* ** *** **
163831 AATTATAAAAAATTAAACTTGAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATG
192 AA-TATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAC
* ** * **
163896 GCTTTTGAAGGCATAGGTCATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATATCTTTTTCTTCATGTTTT
256 GATTACGAAGGCATAGGTCATAAATGGACTTTTCTAGCCAACGAATATCTTTTTCTTCACATTTT
*
163961 CTCAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAAAAAAAAATTAACTTCAAATCAA
321 CTCAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAA
* * *
164026 TCATGAGATTATAAAAATAATTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTCAAGGCACGGGAGAATATAAAT
386 TCATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAAGCTCTTCAAGGCACGAGAGAATATAAAT
** * * * *
164091 GGATTTTTCTCACCAACGTATCACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAATAGATATCTATTATAATCT
451 AAAGTTTTCTCACCAACGAATCACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAATAGACATCAATTATAATCT
*
164156 ATTTTAACAATAAATGAAGAAAAATTCAACTTAAAGACAATTATAAGATTATAAAACCATTGAAA
516 ATTTTAACAAAAAATGAAGAAAAATTCAACTTAAAGACAATTATAAGATTATAAAACCATTGAAA
* * * * * *
164221 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGGCT
581 GCGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGCATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCT
164286 TGTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
646 TGTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
164310 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
164375 AACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGGGTATAAATGAACTTTTCTTGCC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGGGTATAAATG-ACTTTTCTTGCC
* * *
164440 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTATTAAGGTAGACATTGAATTAATATCTGTTTTAACCAAAA
129 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTATTAAGGTAGAAATTCAATTAATATCTGTTTTAA-CAAAA
* * *
164505 A-AGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAATCATTTAAAACAAGTAATAAC
193 ATA-TAAAA-AATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAC
* *
164569 GATTACGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTAG-CAATGAATATCTTTTTCTTCACA
256 GATTACGAAGGCATAGGT--C-ATAAATGGACTTTT-CTAGCCAACGAATATCTTTTTCTTCACA
* * * * * ***
164633 -TTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAGAAAATGTCAAAAAATTAAACTTAA
317 TTTTC-TCAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAAAAAAAAATT-AACTTAA
* * * * * * * *
164697 AATCAA-CTATGAGATTATCAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGC-CTTCGAAGGCATGAGTGA
380 AATCAATC-ATGAGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAAGCTCTTC-AAGGCACGAGAGA
* * * *
164760 CTATAAATAAAGTTTTCTTACCAACGAAT-ATCTTTTTGTTCACGTTT-TCAAAGGTAGACATTC
443 ATATAAATAAAGTTTTCTCACCAACGAATCA-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAA-ATAGACA-TC
* * *
164823 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGATTAT
505 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATG-AAGAAAAATTCAACTT-AAAGACAATTATAAGATTAT
* * *
164886 AAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
568 AAAACCATTGAAAGCGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGCATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* ** *
164951 -CAGTTGAATAGCTTGTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAG
633 CCA-ATGAATAGCTTGTTCTTCACATTTCTTGAGGTAG
* * *
164988 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTACAAAAATTCAACATAAAATAAATTATGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* ** * * *
165053 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTAGGTATGAATGGACTTTTCTTGTC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGGGTATAAAT-GACTTTTCTTGCC
* * ** * *
165118 AATGAAAGACTTTTTTTTCATGTTTATCGAGGTAGATATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAA
129 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTATTAAGGTAGAAATTCAATTAATATCTGTTTTAA-CAAAA
165183 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 741, Mismatches: 105, Indels: 44
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
668 18 0.02
669 6 0.01
670 2 0.00
671 78 0.11
672 62 0.08
673 66 0.09
675 5 0.01
676 87 0.12
677 100 0.13
678 308 0.42
679 9 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (669 bp):
AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGGGTATAAATGACTTTTCTTGCCAA
TGAATGACTTTTTCTTCATGTTTATTAAGGTAGAAATTCAATTAATATCTGTTTTAACAAAAATA
TAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAACGATTA
CGAAGGCATAGGTCATAAATGGACTTTTCTAGCCAACGAATATCTTTTTCTTCACATTTTCTCAG
ATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATCATG
AGATTATAAAAACAATTAAAGCAAGTAATAAAGCTCTTCAAGGCACGAGAGAATATAAATAAAGT
TTTCTCACCAACGAATCACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAATAGACATCAATTATAATCTATTTT
AACAAAAAATGAAGAAAAATTCAACTTAAAGACAATTATAAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAG
TAACAAAGCTTTCGAAGGCATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTGTTC
TTCACATTTCTTGAGGTAG
Found at i:167338 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 166976--168191 Score: 806
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
166966 NNNNNNNNNN
* * * * * ** *
166976 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGTAGGCATGGGTGAAT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTAAGTGACT
* * * * * ** * * * *
167041 ATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT-TTTATGTTT-TCTAAGGTAGACATTTAAA
66 ATAAATGGACTTTTGTT-CCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCT-TGAGGCAGACATTCAAT
* * * *
167104 TATTATCT-GTTTAATCAAAAATGT-AAACGAATACAACTTAA
129 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAC-AATTCAACTTAA
* * * * * *
167145 AATGAATTATAAGATTATAAAACCATGAAAAGTGAGTGATACA-ATTTTCGAAGGCTTAAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATA-AGACTTTCGAAGGCTTAAGTGAC
* * ** * * * *
167209 TATAAATGGACTTTTATTCTCAATGAATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGTAGGCAGTCAAC
65 TATAAATGGACTTTTGTTC-CAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAAT
* * *
167274 TATAATGTATTTTAACCAAAAATCTATAACAATTCAACTTAA
129 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAA
* * * * * *
167316 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAGTAATACTTTCGAAGGCATGAA-TAAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGC-TTAAGTGAC
** * * *
167380 TATACGTGGACTCTTCT-TTCCAATGGATGGCTTTTACTTCACATATT-TTGAGGCAGACATTCA
65 TATAAATGGACT-TT-TGTTCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACAT-TTCTTGAGGCAGACATTCA
* * * * * * *
167443 ATTATAATCTATTTTAGCTAAGAATATAGAAGAATTCAACGTAA
127 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAA
* ** ** * * * *
167487 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TGTGATTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCT-TAAGTGAC
* * * *
167551 TATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTGTCGAGGCACACATTCAAT
65 TATAAATGGACTTTTGTT-CCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAAT
* *
167616 TATAATCTTTTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAA
129 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAA
* * * *
167658 TATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAA-CGAGTAATATAG-CTTTCGAAGGCAT-GGTGA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAAGCGAGTAATA-AGACTTTCGAAGGCTTAAGTGA
* ** * * * ** *
167720 CTATAAATGGACTTTTGTTGTCAATGCTTGGCTTTTTTTTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCA
64 CTATAAATGGACTTTTGTT-CCAATGAATAGC-TTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCA
* * * *
167785 GTTATAATATATTATAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAA
127 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAA
* ********** * * * *
167829 AATAAATTATNNNNNNNNNNAACTATTTAAAGCGAGTAATAATG-CTTTCGAAGGCATGAA-TAA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAA-GACTTTCGAAGGC-TTAAGTGA
* * * * * ** * **
167892 CTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTATCTTGAGATAGACATTCAA
64 CTATAAATGGACTTTT-GTTCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAA
* * * * * * * *
167957 TTATAATCTATTTTAGCTAAGAATATAGAAGAATTCATCCTAA
128 TTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAA
********** * * * *
168000 AATCAATTATGAGATTATAANNNNNNNNNNAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TGTGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCT-TAAGTGAC
* * * ** * *
168064 TATAAATGTACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTGTTGAGGCACACATTCAAT
65 TATAAATGGACTTTTGTT-CCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAAT
* * ** *
168129 TATAATCTTTTTTAACTAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAA
129 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAA
168171 AATCAATTATGAGATTATAAA
1 AATCAATTATGAGATTATAAA
168192 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 813, Mismatches: 205, Indels: 56
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 80 0.10
170 75 0.09
171 609 0.75
172 45 0.06
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTAAGTGACT
ATAAATGGACTTTTGTTCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTA
TAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAA
Found at i:167953 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 166976--168191 Score: 1449
Period size: 513 Copynumber: 2.4 Consensus size: 513
166966 NNNNNNNNNN
* *** ** * *
166976 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGTAGGCATGGGTGAAT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTGTGAGTGACT
* * * * * * *
167041 ATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT-TTTATGTTT-TCTAAGGTAGACATTTAAA
66 ATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTGTC-GAGGCACACATTCAAT
* * * * *
167104 TATTATC-TGTTTAATCAAAAATGT-AAACGAATACAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAA
130 TATAATCTTTTTTAATCAAAAATGTAAAAC-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
167167 CCATGAAAAGTGAGTGATACAATTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTATTCTCAA
194 CCATGAAAAGCGAGTAATACAACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTATTCTCAA
* * * *
167232 TGAATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGTAGGCAGTCAACTATAATGTATTTTAACCAAAAAT
259 TGAATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAGTCAACTATAATATATTATAACAAAAAAT
* * *
167297 CTATAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAGTAATACT
324 CTAAAACAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAATACT
** *
167362 TTCGAAGGCATGAATAACTATACGTGGACTCTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTACTTCACATATT
389 TTCGAAGGCATGAATAACTATAAATGGACTCTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTACTTCACATATC
* *
167427 TTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGCTAAGAATATAGAAGAATTCAACGTAA
454 TTGAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGCTAAGAATATAGAAGAATTCAACCTAA
* * * *
167487 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTGTGATTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTGTGAGTGACT
* * **
167552 ATAAAT-AGACTTTTGTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTGTCGAGGCACACATTCAAT
66 ATAAATGA-ACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTGTCGAGGCACACATTCAAT
* *
167616 TATAATCTTTTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAGC
130 TATAATCTTTTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * *
167681 CATTTAAAA-CGAGTAATATAGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGTCAA
195 CA-TGAAAAGCGAGTAATACAACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTATTCTCAA
** * ** * * **
167744 TGCTTGGCTTTTTTTTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTATAACAAAAAA
259 TGAATAGC-TTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAGTCAACTATAATATATTATAACAAAAAA
* ********** * * *
167809 TGTAAAACAATTCAACTTAAAATAAATTATNNNNNNNNNNAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGC
323 TCTAAAACAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAATAC
* * * **
167874 TTTCGAAGGCATGAATAACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTAT
388 TTTCGAAGGCATGAATAACTATAAATGGACTCTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTACTTCACATAT
* *
167939 CTTGAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGCTAAGAATATAGAAGAATTCATCCTAA
453 CTTGAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGCTAAGAATATAGAAGAATTCAACCTAA
**********
168000 AATCAATTATGAGATTATAANNNNNNNNNNAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTGTGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTGTGAGTGACT
* *
168065 ATAAATGTACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTGTTGAGGCACACATTCAATT
66 ATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTGTCGAGGCACACATTCAATT
** *
168130 ATAATCTTTTTTAA-CTAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
131 ATAATCTTTTTTAATC-AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
168192 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 592, Mismatches: 104, Indels: 16
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 83 0.14
512 55 0.09
513 444 0.75
514 9 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (513 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTGTGAGTGACT
ATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTGTCGAGGCACACATTCAATT
ATAATCTTTTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
ATGAAAAGCGAGTAATACAACTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTATTCTCAATG
AATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAGTCAACTATAATATATTATAACAAAAAATCT
AAAACAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAATACTTT
CGAAGGCATGAATAACTATAAATGGACTCTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTACTTCACATATCTT
GAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGCTAAGAATATAGAAGAATTCAACCTAA
Found at i:168964 original size:171 final size:162
Alignment explanation
Indices: 168563--168964 Score: 342
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 162
168553 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
168563 CTTTTCTTTTCAATAAATGGCTTTGGCTCCACATTTCTTGAGATAGACA-TCAATTATAACCTTT
1 CTTTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATAT
* * * * *
168627 TTTAACCAAGAATATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGC
66 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATG---------AACCATTTAAAGA
*
168692 GAGCAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAGTAAATATAAATGGA
122 GAGCAATAAGGCTTTGGAAGGCATAAGTAAATATAAATGGA
* * * * ** *
168733 CTTTTC-TTACTAATGCATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATT-ATGTTATAATAT
1 CTTTTCTTTTC-AATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCA-ATTATAATAT
* *
168796 ATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAA
64 ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTAT---------GAACCATTTAAA
* * * *
168861 GAGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATAAGTAACTATAAATGGA
120 GAGAGCAATAAGGCTTTGGAAGGCATAAGTAAATATAAATGGA
* * *
168904 CTTTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATATCCTGAGGTAGACATTCAATTATAAT
1 CTTTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAAT
168965 CTACTTTAGC
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 35, Indels: 27
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 36 0.20
171 140 0.77
172 4 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (162 bp):
CTTTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATAT
TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAACCATTTAAAGAGAGCAATAA
GGCTTTGGAAGGCATAAGTAAATATAAATGGA
Found at i:174781 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 174756--174798 Score: 52
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
174746 TCATAATAGA
*
174756 TTTTAAGTT-AAATATTTTATAC
1 TTTT-AGTTAAAATATATTATAC
*
174778 TTTTGGTTAAAATATATTATA
1 TTTTAGTTAAAATATATTATA
174799 ACTAAATGTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 2
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 3 0.17
22 15 0.83
ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.07, T:0.53
Consensus pattern (22 bp):
TTTTAGTTAAAATATATTATAC
Found at i:175064 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 174357--176443 Score: 1493
Period size: 171 Copynumber: 12.2 Consensus size: 169
174347 GTTACAGCAT
* * * * * *
174357 GTCACACATGCCTTTGAAAGCATTATAATTCGCTTTAAATGGTTTTGTAACCTCATAATTGATTT
1 GTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * ** * * * * * *
174422 TAAGTTGAATTTTTTAACATCTTCGGTCAAAATATATTGTAAGTGAATGTCTACCTCAGGAAACG
66 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATCTTAGGAAACG
* * *
174487 TGAAGCGAAAGCCATCCATTGGTAAAGAAATGTCCATTTATA
131 TGAAGCAAAAGCCATTCATTGG---AGAAAAGTCCATTTATA
* ** * * * * *
174529 GTCACTCAAGTGTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTAATTT
1 GTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * ** * * *
174594 TAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTGCAATTGAATGTCTGTATT-GGTAAAC
66 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATCTTAGG-AAAC
* * *
174657 GTGAAGAAAAAGCCATTC--T-AAGAAAAGCCCATTTATA
130 GTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGAGAAAAGTCCATTTATA
* ** * * * * *
174694 GTCAC-CTATGCCTTCAAAAGCCCTATTAATTGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATAGATT
1 GTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * *
174758 TTAAGTT-AAATATTTTATACTTTTGGTTAAAATATATTATAACTAAATGTCTA-CATCGAGAAA
65 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATCTTAG-GAAA
* * **
174821 CATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
129 CGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGG--AGAAAAGTCCATTTATA
* * *
174864 GTCACTCATACCTTTGAAAGTCA-TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1 GTCACTCATGCCTTCGAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
*
174928 TTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATC-CTTATCTTAGGAAA
65 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATCTC-TATCTTAGGAAA
**
174992 CGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGAGAAAGTAGTTTATTTATA
129 CGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGGAGAAA--AGTCCATTTATA
* * * ** *
175035 ATCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAGCGGTTTTATACTCTCATAATTGATTT
1 GTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * ** * *
175100 TAAGTTAAATTTTTTTACT-TTTTTTGATTAAAATATATTATGATTGAATGTCTGCCAT-GTTAA
66 TAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATCTTAG-GAA
* * * * ** *
175163 ACATAAAGCCAAAAGCCA-TCTATTTGAGAGAAGTGTATTTTTA
128 ACGTGAAG-CAAAAGCCATTC-ATTGGAGAAAAGTCCATTTATA
* * * ** * *
175206 TTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATAACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTT
1 GTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * ** *
175271 TGAGTTGAATTTTTTAATATTTTCAGTTAAAATATGTTGTAAGTGAATGTTTGCCTCAGGAAA-G
66 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATCTTAGGAAACG
* * * * *
175335 ATGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAATAAAAGTTCATTTATA
131 -TGAAGCAAAAGCCATTCATTGG--AGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * * * *
175377 GTCAATCAAGCCTACGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTAATTT
1 GTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * *
175442 TAAGCTGAATTTTTTTACATATTTGGTTCAAACATATTATAATTG-A-CTGTGTGCATTAGGAAA
66 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTAT-C-TTAGGAAA
* * * * **
175505 CGTAAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTTAATTTATA
129 CGTGAAGCAAAAGCCATTCATTG--GAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
175548 GTCAC-CTATGCTTTCCAAAGCTTTATTACTGGCTTTAAATGGTATTATAATTTCATAATTGATT
1 GTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ** * * * * * * **
175612 TTGAGTT-TCTATTTTTTATATTCTT-GATTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGTCTTATAAA
65 TTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATCTTAGGAA
* * *
175675 ACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATA
128 ACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGG--AGAAAAGTCCATTTATA
*
175719 GTTACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 GTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * ** * *
175784 TAAGTTGAATTTGTTTTACATTGTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTGCCTCAAGAAAC
66 TAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATCTTAGGAAAC
* * * *
175849 TTGATGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
130 GTGAAGCAAAAGCCATTCATTGG--AGAAAAGTCCATTTATA
** ** * * * * * *
175891 GTCAC-CTATGGTTTTAAAAGC-TATATTTCTCGCTTTAAATAGATTTATAACCTCGTAATAGAT
1 GTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCAT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
175954 TTTACA-CTGAATCTTTTTATATTTTTTGTTAAAATCTATTATAATTGAATGT-T-TGCTTTAGG
64 TTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTAT-C-TTAGG
** * * *
176016 AAACGTGAAGTTAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCACTTATA
126 AAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTG--GAGAAAAGTCCATTTATA
* ** * *
176062 GTCACTCAAGCCTTTAAGAAGTC-TTTTTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
1 GTCACTCATGCCTTCGA-AAG-CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
176126 TTTAAGATGTATTTTTTTATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CATCAAGAA
64 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATC-TTAGGAA
* * * * ** *
176190 ACATGAAGCAAAAGGCATTTATTGCTAAGAAAAGTTAATTTATT
128 ACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTG--GAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
176234 GTCAC-CAATACCTTCGAAAGTCA-TATTACTCGCATTT-AATGGTTTTTTAATCTCATAAGTGA
1 GTCACTC-ATGCCTTCGAAAG-CATTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
176296 TTTTATGTTGAATTTTTTTAAATTTTT-GCTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTA-CTTTA-G
63 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATC-TTAGG
* * *
176358 AAGACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGGCAAGAAAACTCTATTTATA
126 AA-ACGTGAAGCAAAAGCCATTCA-TTGG--AGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
176406 GTCGCTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 GTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAA
176444 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1513, Mismatches: 332, Indels: 140
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 11 0.01
165 120 0.08
166 1 0.00
167 1 0.00
169 20 0.01
170 123 0.08
171 788 0.52
172 421 0.28
173 28 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
GTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATCTTAGGAAACG
TGAAGCAAAAGCCATTCATTGGAGAAAAGTCCATTTATA
Found at i:175424 original size:513 final size:503
Alignment explanation
Indices: 174366--176443 Score: 1782
Period size: 513 Copynumber: 4.1 Consensus size: 503
174356 TGTCACACAT
* * * * *
174366 GCCTTTGAAAGCATTATAATTCGCTTTAAATGGTTTTGTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 GCCTTTGAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAA
* * * * * * * * *
174431 TTTTTTAACATCTTCGGTCAAAATATATTGTAAGTGAATGTCTA--CCTCAGGAAACGTGAAGCG
65 TTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATGCATTAGGAAACGTGAAGCA
* * * **
174494 AAAGCCATCCATTGGTAAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCAAGTGTTCAAAAGCCTTATTACT
129 AAAGCCATCCATT-G-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG-CTTATTACT
* * * * *
174559 TGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAA
191 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAA
* ** * * * * *
174623 AACAGATTGCAATTGAATGTCTGTATTGGTAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCTA---AGAAAAGC
256 AATAGATTATAATTGAATGTCTGCA-TGTTAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGAGAAAAGT
* * ** * *
174685 CCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCAAAAGCCCTATTAATTGCTTTAAAT-AGTTTTATAAACTC
319 CCATTTATATTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCATTA-TAACT-CTTTAAATGA-TTTTATAATCTC
* * * * * *
174748 ATAA-TAGATTTTAAGTTAAATATTTTATACTTTTGGTTAAAATATATTATAACTAAATGTCTAC
380 ATAATTA-ATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTGC
* * *
174812 ATC-GAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA
443 CTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCA-A
* * *
174874 -CCTTTGAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 GCCTTTGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAA
* *
174938 TGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATC-CTTAT-C-TTAGGAAACGTGAAGC
65 T-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATCTC-TATGCATTAGGAAACGTGAAGC
* * ** * *
175000 AAAAGCCATTCATTG-GAGAAAGTAGTTTATTTATAATCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTAC
128 AAAAGCCATCCATTGCAAGAAA--AGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC-TTATTAC
** * * *
175064 TCGCTTTAAGCGGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTTGATT
190 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGATT
* * * *
175129 AAAATATATTATGATTGAATGTCTGCCATGTTAAACATAAAGCCAAAAGCCATCTATTTGAGAGA
254 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTG-CATGTTAAACATGAAG-CAAAAGCCATCTA-TTGAGAAA
** * *
175194 AGTGTATTTTTATTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATAACTCATTTTAAATGATTTTATAATCT
316 AGTCCATTTATATTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATAACTC--TTTAAATGATTTTATAATCT
* * * *
175259 CATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTAATATTTTCAGTTAAAATATGTTGTAAGTGAATGTTTG
379 CATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTT-AGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTG
* * * *
175324 CCTCAGGAAAGATGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAATAAAAGTTCATTTATAGTCAATCAA
442 CCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCAA
** * * * *
175386 GCCTACGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGCTGAA
1 GCCTTTGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAA
* * * * * * *
175451 TTTTTTTACATATTTGGTTCAAACATATTATAATTG-A-CTGTGTGCATTAGGAAACGTAAAGAA
65 -TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATGCATTAGGAAACGTGAAGCA
* * ** * * * * *
175514 AAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACCTATGCTTTCCAAAGCTTTATTACTG
129 AAAGCCATCCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC-TTATTACTC
* * * ** *
175579 GCTTTAAATGGTATTATAATTTCATAATTGATTTTGAGTT-TCTATTTTTTATATTCTTGATTAA
192 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTGATTAA
* * * * * * *
175643 AATAGATTATAATTAAATGTTTGTCTTATAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGAAAGAAAA
256 AATAGATTATAATTGAATGTCTG-CATGTTAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATT-G--AGAAAA
* *
175708 GTCCATTTATAGTT-ACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
317 GTCCATTTATA-TTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATAACT--CTTTAAATGATTTTATAATCT
* *
175772 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTGTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTT
379 CATAATTAATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTATATT-TTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTT
* * * * *
175837 GCCTCAAGAAACTTGATGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTAT
441 GCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATC-AA
** * * * * *
175900 GGTTTTAAAAGCTATATTTCTCGCTTTAAATAGATTTATAACCTCGTAATAGATTTTACA-CTGA
1 GCCTTTGAAAGCT-TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTA-AGCTGA
* * * * * *
175964 ATCTTTTTATATTTTTTGTTAAAATCTATTATAATTGAATGT-T-TGCTTTAGGAAACGTGAAGT
64 AT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATGCATTAGGAAACGTGAAGC
* * * * *
176027 TAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAGAAGTCTTTTTAC
128 AAAAGCCATCCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA-AAG-CTTATTAC
* * * *
176092 TCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGTATTTTTTTATATTTTTAATTA
190 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTA
* * *** * *
176157 AAATATATTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGCAAAAGGCATTTATTGCTAAGAAA
255 AAATAGATTATAATTGAATGTCTGCAT-GTTAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTG---AGAAA
** * * * *
176222 AGTTAATTTAT-TGTCAC-CAATACCTTCGAAAGTCA-TATTACTCGCATTT-AATGGTTTTTTA
316 AGTCCATTTATAT-TCACTC-ATGCCTTCGAAAG-CATTATAACT--C-TTTAAATGATTTTATA
* * * * * * *
176283 ATCTCATAAGTGATTTTATGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGCTTAAAATCTATTATAATTGAATG
375 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTAG-TTAAAATATATTATAACTGAATG
* * * * * * * * * **
176348 TTTACTTTA-GAAGACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCGCT
438 TTTGCCTCAGGAA-ACATGAAGAAAAAGTCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAT
176412 CAA
501 CAA
176415 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 GCCTTTGAAAG-CTTATTACTCGCTTTAA
176444 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1282, Mismatches: 227, Indels: 115
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
504 5 0.00
505 1 0.00
506 79 0.06
507 111 0.09
508 49 0.04
509 9 0.01
510 3 0.00
511 19 0.01
512 118 0.09
513 359 0.28
514 274 0.21
515 243 0.19
516 12 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (503 bp):
GCCTTTGAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAAT
TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATGCATTAGGAAACGTGAAGCAAA
AGCCATCCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTATTACTCGCTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAG
ATTATAATTGAATGTCTGCATGTTAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGAGAAAAGTCCATTTA
TATTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATAACTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTT
TAAGTTGAATTTTTTATATTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATG
AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCAA
Found at i:176465 original size:343 final size:337
Alignment explanation
Indices: 174357--176443 Score: 1728
Period size: 343 Copynumber: 6.1 Consensus size: 337
174347 GTTACAGCAT
* * * * * * * *
174357 GTCACACATGCCTTTGAAAGCATTATAATTCGCTTTAAATGGTTTTGTAACCTCATAATTGATTT
1 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * * * *
174422 TAAGTTGAATTTTTTAACATCTTCGGTCAAAATATATTGTAAGTGAATGTCTACCTCAGGAAACG
66 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAACA
** * * * ** * ** ** *
174487 TGAAGCGAAAGCCATCCATTGGTAAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCAAGTGTTCAAAAGCCT
131 TGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-CAAGAAAAGTTAATTTATAGTCAC-CATGCCTTTGAAAG-CA
* * * *
174552 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
192 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTTAAATTTT
* * * ** * *
174617 GGTTAAAACAGATTGCAATTGAATGTCTGTA--TT-GGTAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC--T-
256 TGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-T-TACTTTAGG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* *
174676 --AAGAAAAGCCCATTTATA
318 GCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * * * *
174694 GTCAC-CTATGCCTTCAAAAGCCCTATTAATTGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATAGATT
1 GTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * *
174758 TTAAGTT-AAATATTTTATACTTTTGGTTAAAATATATTATAACTAAATGTCTACATCGAGAAAC
65 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAAC
** ** *
174822 ATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGTCA
130 ATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTTAATTTATAGTCAC-CATGCCTTTGAAAG-CA
* * *
174887 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTT
192 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTTAAATTTT
** *
174952 TAGTTAAAATATATTATAATTGAATCCTTA-TCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGG
256 T-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACT-TTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGG
*
175016 --AGAAAGTAGTTTATTTATA
319 CAAGAAA--AGTCTATTTATA
* * * * * ** *
175035 ATCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAGCGGTTTTATACTCTCATAATTGATTT
1 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * *
175100 TAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTTGATTAAAATATATTATGATTGAATGTCTGC--CATGTTAA
66 TAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATCAAG--AA
* * * * *
175163 ACATAAAGCCAAAAGCCA-TCTATTTG--AGAGAAGTGT-ATTTTTATTCACTCATGCCTTTGAA
128 ACATGAAG-AAAAAGCCATTC-A-TTGCAAGAAAAGT-TAATTTATAGTCAC-CATGCCTTTGAA
* ** * *
175224 AGCATTATAACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTGAA-TTTTTTAA
188 AGCA-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTTAA
* * * * * * * * *
175288 TATTTTCAGTTAAAATATGTTGTAAGTGAATGTTTGCCTCAGGAAA-GATGAAGAAAAAGTCATC
251 -ATTTT-TGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTTAGGAAACG-TGAAGCAAAAGCCATC
*
175352 CATTGGCAATAAAAGT-TCATTTATA
313 CATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATA
* * * * * *
175377 GTCAATCAAGCCTACGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTAATTT
1 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * * *
175442 TAAGCTGAATTTTTTTACATATTTGGTTCAAACATATTATAATTGACTGTGTGCATTAGGAAACG
66 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAACA
* * * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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66 TAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAAC
* * * ** ** *
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130 ATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACC-ATGCCTTTGAAAGC-A
* * * * * * ** * *
175914 TATTTCTCGCTTTAAATAGATTTATAACCTCGTAATAGATTTTACACTGAATCTTTTTATATTTT
192 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTTTA-AATTT
* * ** *
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255 TTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC
* *
176044 AAGAAAAGTCCACTTATA
320 AAGAAAAGTCTATTTATA
** * * *
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1 GTCACTCAAGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * ** *
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65 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAAC
* * * * * *
176192 ATGAAGCAAAAGGCATTTATTGCTAAGAAAAGTTAATTTATTGTCACCAATACCTTCGAAAGTCA
130 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGC-AAGAAAAGTTAATTTATAGTCACC-ATGCCTTTGAAAG-CA
* *
176257 TATTACTCGCATTT-AATGGTTTTTTAATCTCATAAGTGATTTTATGTTGAATTTTTTTAAATTT
192 TATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTTTAAATTT
*
176321 TTGCTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTACTTTA-GAAGACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTT
255 TTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTTAGGAA-ACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TT
*
176385 GGCAAGAAAACTCTATTTATA
317 GGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* *
176406 GTCGCTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
176444 NNNNNNNNNN
Statistics
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AGTCTATTTATA
Found at i:176485 original size:343 final size:337
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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** ** *
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* * *
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** *
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*
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* * * * * ** *
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1 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * *
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* * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * * *
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*
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313 CATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATA
* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
175698 GGAAAGAAAAGTCCATTTATA
317 GGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * *
175719 GTTACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * *
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* * * * * * ** * *
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* *
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** * * *
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*
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*
176385 GGCAAGAAAACTCTATTTATA
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* * ********** *
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*
176533 CATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAG
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Matches: 1496, Mismatches: 311, Indels: 125
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Matches are distributed among these distances:
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Done.