Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397773.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1071.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12627
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.10, T:0.25
Warning! 3773 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2003 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1605--2190 Score: 504
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
1595 NNNNNNTGAC
* * * *
1605 ATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTTGAATGGTATGGGTGACTATAAATGGACTT
1 ATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAA-GGAAAGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
1669 TTTTTGCCAATGAATG-CTTCTTTCTTGACA-TTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATGATCTGTT
64 TTCTTGCCAATGAATGTCCT-TTTCTTCA-AGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT
* * * *
1732 TTAACAAAAAATAAAAACAAATTCAACCTAAAAT-TAGTTATGAG
127 TTAACCAAAAATATAAACAAATTCAACATAAAATCGA-TTATGAG
* * * ********* *
1776 ATAATAAAACCATTTACAGCGAGTAATANNNNNNNNNNAGGAATA-GGTGACTATAAATAGACTT
1 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA-AGGTTTTGAAGGAA-AGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
1840 TTCTTGCCAATGAATGTCCTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAATATTTTTT
64 TTCTTGCCAATGAATGTCCTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT
*
1905 AACCAAAAATGTAAACAAATTCAACATAAAATCGATTATGAG
129 AACCAAAAATATAAACAAATTCAACATAAAATCGATTATGAG
* * * ****
1947 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAGGTTTTTGAAGGAAAGGATGGCTATAAATGGANNNN
1 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATGGACTTT
****** * *
2012 NNNNNNCAATGAATATCCTTTTCTTCAAGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT
65 TCTTGCCAATGAATGTCCTTTTCTTCAAGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT
* * * * *
2076 -AGCTAAAATATAAA-ACAATTCAACTTAAAATCGCTTATGAC
129 AACCAAAAATATAAACA-AATTCAACATAAAATCGATTATGAG
* * * *
2117 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTTAGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTT
1 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATGGACTTT
2182 TCTTGCCAA
65 TCTTGCCAA
2191 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 88, Indels: 21
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 91 0.29
171 221 0.70
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATGAATGTCCTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
CCAAAAATATAAACAAATTCAACATAAAATCGATTATGAG
Found at i:2173 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 1847--2178 Score: 346
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
1837 CTTTTCTTGC
* * * *
1847 CAATGAATGTCCTTTTCCTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAATATTTTTTAACCAAA
1 CAATGAATATCCTTTTCCTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
* *
1912 AATGTAAACAAATTCAACATAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAG
66 AATGAAAACAAATTCAACATAAAATCGATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAG
* * *
1977 GTTTTTGAAGGAAAGGATGGCTATAAATGGA
131 GCTTTAGAAGGAAAGGATGACTATAAATGGA
* * *
2008 NNNNNNNNNNCAATGAATATCCTTTTCTTCAAGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTA
1 ----------CAATGAATATCCTTTTCCTCAAGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATA
* * * *
2072 TTTTAGCTAAAATAT-AAAAC-AATTCAACTTAAAATCGCTTATGACATTATAAAACTATTTAAA
55 TTTTAACCAAAA-ATGAAAACAAATTCAACATAAAATCGATTATGACATTATAAAACTATTTAAA
* * * * *
2135 GCGAGTTATAAGGCTTTAGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGA
119 GCGAGTAAAAAGGCTTTAGAAGGAAAGGATGACTATAAATGGA
2178 C
1 C
2179 TTTTCTTGCC
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 21, Indels: 15
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
170 76 0.55
171 59 0.43
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (161 bp):
CAATGAATATCCTTTTCCTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
AATGAAAACAAATTCAACATAAAATCGATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAG
GCTTTAGAAGGAAAGGATGACTATAAATGGA
Found at i:5965 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5670--6697 Score: 849
Period size: 172 Copynumber: 6.0 Consensus size: 171
5660 NNNNNNNNNN
* * * * * *
5670 ATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGACTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * **
5735 TGCAAATGAATACCTTTTTCTTGACATTTCCCAAGG-CAGATGTTCAATTATAATCTGTTTGAAC
66 TGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTC-GACATTCAATTATAATCTGTTTGAAC
* * *
5799 TAATAATGTAAATAAATTTGAAGTTAAAATCAATTTTGAGATT
130 TAAAAATGTAAA-AAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * * * * * *
5842 ATGAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAGTCTTTCGATGCAATGGGTGTCTATCAATAGACTTTTCT
1 ATAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
5907 TGCCAATAAATACCTTTTTCTTGACATTTCTTGAGGTCGACATTCAATTATGATCTGTTTTAACC
66 TGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTCGACATTCAATTATAATCTGTTTGAACT
* * * * *
5972 ATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTCTGAAATT
131 AAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * *
6013 ATAAAACCT-TTTACAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGAGTGACTATTAAATGGACTTTT
1 ATAAAA-CTATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA-TAAATGGACTTTT
* * * * * * *
6077 ATTGCCAATGAATATCC-TTTTCTTCATGTTTCACAAGG-CAGATATTCAATTACAATCTGTTCT
64 CTTGCCAATAAATA-CCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTC-GACATTCAATTATAATCTGTT-T
* * * * * * *
6140 -AATTAAAAAGGTCAAAAAA-TTCTACCTATAATCAATTATAAGATT
126 GAACTAAAAATGT-AAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * * *
6185 ATAAAACCATTTAAAG-CATGTAATAAGGTTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
1 ATAAAACTATTTAAAGTTA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * ** *
6249 TTGCCAATGAAAGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTG-
65 TTGCCAAT-AAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTCGACATTCAATTATAATCTG-TTTGA
* * * * *
6312 CCCAAAAATATATAAAGAA-TTCAAATTCAAATCAATTTTGAGATT
128 ACTAAAAATGTA-AAA-AATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * ** * *
6357 GTAAAACTTTTTAAAGTTAAGTAACGAGGCTTTT-AATGGAATAGGTGACTATAAATGGGCTTTT
1 ATAAAACTATTTAAAGTT-AGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** ** * *
6421 CTTACTAATAAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTATACATTCAATTATAATATGTTTTAA
64 CTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTCGACATTCAATTATAATCTGTTTGAA
* *
6486 CCAAAAAATGT-AAAAATCATTCAACTTAAAATCAATTTGGAGATT
129 -CTAAAAATGTAAAAAAT--TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* ** * *
6531 ATAAAACCATTTAAAGAGATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * ** * ** * * * * *
6596 TACAAATGAGTGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAACTACAATCTCTTTTAACC
66 TGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTCGACATTCAATTATAATCTGTTTGAACT
*
6661 AAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
131 AAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
6698 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 681, Mismatches: 148, Indels: 56
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 23 0.03
171 130 0.19
172 297 0.44
173 184 0.27
174 47 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTCGACATTCAATTATAATCTGTTTGAACT
AAAAATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
Found at i:7571 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 6798--8302 Score: 1108
Period size: 342 Copynumber: 4.4 Consensus size: 340
6788 NNNNNNNNNN
* * * *
6798 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTA
* * *
6863 AA-GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCACA-TTCAAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAACAG
65 AATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTA-AGTT-AAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAATAG
* * ********* * * *
6926 ATTATATTTGAATNNNNNNNNNNAGAAACATGAAG-AAAAGGATTTTCATTGGTAATAAAAGTCC
128 ACTATAATTGAAT-ATCTACCTAAGAAACATGAAGAAAAAGG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * ***
6990 ATTAAATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTGTAAAAATTTTTATAATCTCATA
191 -TTATATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ********* * * *
7055 ATTGATTTTAAGTTGANNNNNNNNNNATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCCACCTC
255 ATTGATTTTTAGATGA-ATTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGAATATCTACCTC
** *
7120 AAGAAATGTCAAG-AAAAGGTA
319 AAGAAACATGAAGAAAAAGGTA
* * * * * * *
7141 TTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATTGCTTCAAAAACCTTATTGCTGACTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
********** * *
7206 ATGGTTNNNNNNNNNNAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATTTACT-TTTGTGGTTAAAGTAGA
66 ATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTATTTA-TATTTTTGGTTAAAATAGA
* * *
7270 TTATAACTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAGGTCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCT
129 CTATAATTGAATATCTACCT-AAGAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCT
* *** *
7334 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCACGTTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAA-CTCATAAT
192 TATATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
7398 TGATTTTTGGATGAATTTGTTGACCTTTTGGGTTAGAACAGATCATAATTGAATATCTACCTTAG
257 TGATTTTTAGATGAATTT-TTGACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGAATATCTACCTCAA
7463 GAAACATGAAGAAAAAGGTA
321 GAAACATGAAGAAAAAGGTA
* * * *
7483 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCATATTACTCTCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * *
7548 ATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTGGTTAAAAAAGGCT
66 ATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAATAGACT
* * * * * * * ** ** * *
7613 ATAATTAAATGTTTGCCTTAGAGAACGTGAAGCAAAAGCCAACCATTGGTACGAAAAGTCCATT-
131 ATAATTGAATATCTACCTAAGA-AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-TTA
* * *** * * *
7677 TATAGTCACTCAAGT-CTTCGAAAGCCTTATTACTTGGTTTCAATGGTTTTATAAACTAATAATT
194 TATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
7741 -TTTTTTAAATTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-CTAGAATTGAATGTCTACCTCA
258 GATTTTTAGA-TGAAT-TTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATC-ATAATTGAATATCTACCTCA
* *
7804 AGAAACAT-AGAGAAAAATGCA
320 AGAAACATGA-AGAAAAAGGTA
* * * * * *
7825 GTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * **
7890 AGGGTTTTATAAT-TTCATAATTGATTTGACGTTAAAGTTT-TTTATATTTTTTATTAAAATAGA
66 ATGGTTTTATAATCTT-AAAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTATTTATATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * * * *
7953 CTGTAATTGAATTTCTAACT-TGAGAA-ATGCCAAGAAAAAGGTATTCATTGCCAAAAAAAGT-C
129 CTATAATTGAATATCTACCTAAGA-AACATG--AAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
8015 TATAGATAGTCACTCATTGCTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAA
191 T-TATATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * * *
8080 ATTGA-TTTAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAGCT
255 ATTGATTTTTAGATGAATT-TTTG-ACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGAATATCTACCT
* * *
8144 TAAGAAACGTGAAGAAAAAGACT-
318 CAAGAAACATGAAGAAAAAG-GTA
* * * * * **
8167 TTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTCGTTACTCACTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * * * * *
8232 AAGGTTTTACAATC-TCAAATTGATTTAAATTTGAATTCT-TTATATATTTTTAGTCAAAACAGA
66 ATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAATT-TATT-TATATTTTTGGTTAAAATAGA
*
8295 TTATAATT
129 CTATAATT
8303 AAATGNNNNN
Statistics
Matches: 903, Mismatches: 226, Indels: 67
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 10 0.01
341 204 0.23
342 538 0.60
343 150 0.17
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAATAGACT
ATAATTGAATATCTACCTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTATA
TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTTAGATGAATTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTGAATATCTACCTCAAGAAAC
ATGAAGAAAAAGGTA
Found at i:7684 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6798--8307 Score: 904
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 170
6788 NNNNNNNNNN
* * * * *
6798 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTA
* * * * *
6863 AA-GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCACA-TTCAAATTTATTTATATTTTTGGTTAAAACAG
65 AATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTA-AGTT-GAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAG
* * ********** *
6926 ATTATATTTGAATNNNNNNNNNNAGAAACATGAAG-AAAAGGA
128 ACTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCA
* * * * *
6968 TTTTCATTGGTAATAAAAGTCCATTAAATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCT
1 --TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* *** * * ********** *
7032 GTAAAAATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGANNNNNNNNNNATTTTTTGTTAAAACA
62 TTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACA
** * ** * * *
7097 GA-TCATAATTGAATGTCCACCTCAAGAAATGTCAAGAAAAGGTA
127 GACT-ATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCA
* * * * * * * *
7141 TTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATTGCTTCAAAAACCTTATTGCTGACTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
********** * * * * **
7206 ATGGTTNNNNNNNNNNAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTATTTACT-TTTGTGGTTAAAGTAGA
66 ATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * *
7270 TTATAACTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAGGTCT
129 CTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CA
* ***
7313 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCACGTTACTCACTTTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * ** * * * ** ** *
7377 AATGGTTTTCTAA-CTCATAATTGATTTTTGGATGAATTTGTTGACCTTTTGGGTTAGAACAGA-
65 AATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGAC
* * * *
7440 TCATAATTGAATATCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTA
130 T-ATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-GCA
* * *
7483 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCATATTACTCTCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
7548 ATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTGGTTAAAAAAGGCT
66 ATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACT
* * * *
7613 ATAATTAAATGTTTGCCTT-AGAGAACGTGAAGCAAAAGCCA
131 ATAATTGAATGTTTACCTTAAGA-AACATGAAGAAAAAG-CA
** * * * * * *** *
7654 ACCATTGGTACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGT-CTTCGAAAGCCTTATTACTTGGTTTC
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* ** * * * *
7718 AATGGTTTTATAAAC-TAATAATTTTTTTTAAATTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
65 AATGGTTTTATAATCTTAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
* * *
7782 CTAGAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-AGAGAAAAATGCA
129 CTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGA-AGAAAAA-GCA
* * * * * * *
7825 GTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * * *
7890 AGGGTTTTATAAT-TTCATAATTGATTTGACGTTAAAGTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGA
66 ATGGTTTTATAATCTT-AAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGA
* * * *
7953 CTGTAATTGAAT-TTCTAACTTGAG-AA-ATGCCAAGAAAAAGGTA
129 CTATAATTGAATGTT-TACCTTAAGAAACATG--AAGAAAAA-GCA
* * * ** * *
7996 TTCATTGCCAAAAAAAGTCTATAGATAGTCA-CTCATTGCTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * *
8060 AATTGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACAGA
65 AATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * *
8124 TTATAATTGAATATCTAGCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGACT
129 CTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-CA
* * * * **
8167 TTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTC-TCTCATTCCTTTAAAAGCCTCGTTACTCACTTTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * * *
8231 AAAGGTTTTACAATC-TCAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATATATTTTTAGTCAAAACAGA
65 AATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
* *
8295 TTATAATTAAATG
129 CTATAATTGAATG
8308 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1013, Mismatches: 282, Indels: 87
0.73 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 205 0.20
171 605 0.60
172 140 0.14
173 60 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACT
ATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCA
Found at i:8801 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8419--9449 Score: 524
Period size: 172 Copynumber: 6.0 Consensus size: 171
8409 CAAGGCAGAT
* * * * * ** * *
8419 ATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAGGT-CAAAAAATTTTACCTAAAATCAATTATAAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTACAAAGAA-TTCAATTAAAATCAATTTTGAGAT
* ** * * *
8483 TATAAAACCATTT-AAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACCATAAGTGGACTTTT
65 TGTAAAACC-TTTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * ***
8547 -TTACCAATGAAAGACTTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGGTANNN
129 CTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCT-AGCTAGAC
******* * *
8589 NNNNNNNTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTATAAAGAATTCACATTTAAATCAATTTTGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTACAAAGAATTCA-ATTAAAATCAATTTTGAGAT
* * *
8654 TTTAAAACCTTTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
65 TGTAAAACCTTTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* *
8719 TTTCTAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCTAGCTAGAC
130 TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCTAGCTAGAC
* * ***
8761 ATTCAATCATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGANNN
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTACAAAGAATTC-AATTAAAATCAATTTTGAGAT
************** * * * *
8826 NNNNNNNNNNNNNNAAGTGAGAAATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGACTATATATAGACTTTTT
65 TGTAAAACCTTTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTT
* ** * * * * *
8891 TTTATCAATGAATG-CCTTTTCTTGAAATTTCT-TAAGGTATAC
129 CTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCT-AGCTAGAC
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8933 ATTCAATTACAGTTTGTTTTAA-CTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNNN
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTACAAAGAATTCAA-TTAAAAT-CAATTTTGAG
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8996 NNNNNNNNNNNTTT-ATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTAAAAATAGACTTT
63 ATTGTAAAACCTTTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
9060 TCTTGCCAATGAAAGAC-CTTTCTTCATATTTCT-TGAGATAGAC
128 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCT-AGCTAGAC
* * * * * *******
9103 ATTCATTTATAATCTATTTTAACCATAAATAG-ACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATNNNNNNN
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAT-GTACAAAGAATTC-AATTAAAATCAATTTTGAGA
**** * * * * * * *
9167 NNNCAAAA-TTATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTAAAGGAGTGGGTGATTATAAATGGGCTTT
64 TTGTAAAACCT-TTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * *
9231 TCTTACCAACAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGAC
128 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCTAGCTAGAC
* * * * * * *
9275 ATTCAATGATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGATAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTACAAAGAATTCAA-TTAAAATCAATTTTGAGAT
* * *
9340 TGTAAAACCATTTAAAA-TGAGCAATAAGGCTTTTGAAGTAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTT
65 TGTAAAACC-TTTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
9404 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTGACATTTCTCAAGGTAGAC
129 CTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCTAGCTAGAC
9447 ATT
1 ATT
9450 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 648, Mismatches: 189, Indels: 46
0.73 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 99 0.15
171 199 0.31
172 327 0.50
173 21 0.03
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTACAAAGAATTCAATTAAAATCAATTTTGAGATT
GTAAAACCTTTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCTAGCTAGAC
Done.