Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402466.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5542.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 754
Length: 1258
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Warning! 60 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:305 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 18--1255 Score: 629
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 170
8 GTTTTCCTCA
* * * * *
18 AGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAACTTTATTTATAATCACCCATGCCTTCGA
1 AGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGA
* * *
83 AAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGCTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTCTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTCTTTA
******
148 CATTTG-TTATTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTGNNNNN
130 CA-TTGATTATTAAAACAGATTATAATT-ACATGTCTACCTTG
*****
189 NNNNNCGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATGCCTTCGA
1 AGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGA
* * ********** *
254 AAGACTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTATTANNNNNNNNNNTACTTTTAAGTTGAACTTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GCTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTCTTT
* *
318 ATATTGATTATTAAAACAGATTATAATTACATGTTTACCTTG
129 ACATTGATTATTAAAACAGATTATAATTACATGTCTACCTTG
* * *
360 AGAAACGTAAAGAAAAAGATATCTATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATGCCTTCAA
1 AGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGA
* * ********** *
425 AAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGATTT-TATAANNNNNNNNNNGA-TTTTAATTTGAA-TT-TT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTAT-TAA-TCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTCTT
** ** * * * * **
486 TTTATTTTTTATTCAAATAGACTATAATTGA-ATGTCTGCCTCA
128 TACATTGATTATTAAAACAGATTATAATT-ACATGTCTACCTTG
* * * * * * *
529 AGAAACATGAAGAAAAATATATCCATTAGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCGATACCTTCAA
1 AGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGA
* * * * *
594 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT-TATAACCTCATAATT-TTTTTAATTTGAA--T-TTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTAT-TAATCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTCTTT
* * * ** *
654 ---TT--TTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTTTCTCG
129 ACATTGATTATTAAAACAGATTATAATTACATGTCTACCTTG
* * * * ********** *
691 AGAAACATGAAGAAAATGATATCCATTGGCAAGAAANNNNNNNNNNTAGTCACCCATGCCTTCAA
1 AGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGA
* * * * * *
756 AAGCTTTATTACTCGCTTTACATGATTT-TATAAACTCATAATTGA-TTTTAATTTGAA-TTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTAT-TAATCTCATAATT-ACTTTTAAGTTGAACTTCTT
* ** *
818 GTATATTTTTTATTAAAACA-ATTTATAATTGA-ATGTCTTCCTTG
128 -TACATTGATTATTAAAACAGA-TTATAATT-ACATGTCTACCTTG
* * ********** * * * *
862 AGAAATGTGAANNNNNNNNNNTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCATTGCCTTCGA
1 AGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCA-TGCCTTCGA
* * * * * *
927 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATACTTTTTTAATCTTATAATTAGTTTTCAGTTGAACTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTCTTTA
* ** * * * *
992 TATTTTTTATTCAAAGAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTG
130 CATTGATTATTAAAACAGATTATAATTACATGTCTACCTTG
* * * * *
1033 AGAAACATAAAGAAAAAAATATCAATTGGCAAAAAAAGT-TCATTTATAGTCACCAATGCCTTCG
1 AGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACC-ATGCCTTCG
********** ** * * * * *
1097 AAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATTATTTTTTAATCTAATACTTAATTTTTAGTTGAACTT-TTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTCTTT
* * ** * *
1161 ATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTATTTGTTTACCTCG
129 ACATTGATTATTAAAACAGATTATAATTACATGTCTACCTTG
* * * *
1203 AAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCTGA-TTATAGTCAC
1 AGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCAC
1256 AAA
Statistics
Matches: 843, Mismatches: 191, Indels: 67
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 113 0.13
163 14 0.02
164 3 0.00
165 2 0.00
166 1 0.00
167 4 0.00
168 12 0.01
169 125 0.15
170 96 0.11
171 452 0.54
172 20 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCATGCCTTCGAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTATTAATCTCATAATTACTTTTAAGTTGAACTTCTTTAC
ATTGATTATTAAAACAGATTATAATTACATGTCTACCTTG
Done.