Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402490.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5564.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4691
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.12, T:0.30
Warning! 848 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:994 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 692--3480 Score: 1720
Period size: 171 Copynumber: 16.3 Consensus size: 170
682 NNNNNNNNNN
* ** * **
692 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAA-CAAAACATGTACAATGAAA-TCAAATTTCAATCAATT
1 TAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACCAAAA-ATGTA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * ** * *
755 TTGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGG
63 ATGACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
*
820 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTAGACG
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTA-AGG
* * *
864 TACACATTCAATTATAGTCTGTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACG
1 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
929 ACATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAGTGGACT
66 ACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * *
994 TTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCAAGTTTTCTCAAGG
131 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATG-TTTCT-AAGG
* * * * *
1036 TAGACATTCAATTCTAGTCTCTTTTAACCAAAAATG-AACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATGT
1 TAGACATTCAATTATAGTCT-GTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-T
* * * * * * *
1100 -TGAGATGATAAAAACATTTAAAATGAGCAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
63 ATGACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * *
1164 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-TTATACGTTTCTTGAGA
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-TATGTTTC-TAAGG
* * * *
1208 TAGACATTCAATTATAGTCTATTTAAACCAAAAATGT-AGAAAAATTCAACTTCAAATAAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * * * *
1272 GTCATTAGAAAACCATTTAAAACGAGTAATACGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACCATAAATAGAC
65 GACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
1337 TTTTCTTACAAATGAATGCATTTTTCTTCATGATTCTCAAGG
130 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCT-AAGG
*** * * * * * *
1379 TAGACATTCAACGCTAGTCTGTTCTAACCAAAAATGTACAAAGAATTAAAATTTAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTATAGTCTGTT-TAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** *
1444 GAGATT-CTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGAATGGGTGACTATCGATAG
65 GACATTAC-AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
1507 ACTTCTCTTCCCAATGAATGCCTTTTT-TGTTACGTTTCTCGAGA
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT-TTATGTTTCT-AAGG
*
1551 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAA-CAAACATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
1614 GCATTACAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGTATGGGTGAC-AAAAATAGACT
66 ACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * *
1678 TTTCTTGCCAATGAATGTTCTTTTT-TTCATGTTTCTCAATG
131 TTTCTTGCCAATGAATG-CCTTTTTCTTTATGTTTCT-AAGG
* * * * * * * *
1719 TAG-CATTCAATTCTAGTTTGTTTTAACCAATAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * * *
1783 GAGATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
65 GACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
1848 TTTTCTTAG-CAATGAATACCTTTTTCTATACGTTTCTTGAGG
130 TTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTC-TAAGG
* * *
1890 TAGACATTCAATTATCA-TCTTTTTAAATCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTA
1 TAGACATTCAATTAT-AGTCTGTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * ** * * * * *
1953 TGGCATTACAAAACCACTTAAAGCAAGTAATACA-ACTTTTGAAAGTATAGGTGACCATAAATGG
64 TGACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
2017 ACTTTTCTTGCTAATAAATGCATTTTTCTTCATGATTCTTAAGG
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTC-TAAGG
* * * * * * *
2061 TAGACATTCAATTCA-AGCCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTT
1 TAGACATTCAATT-ATAGTCT-GTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * * ** *
2125 TGAGATTATAACATCC-TTTGAGGTGAGTAAAAAGGCTCTTGAAGGAATACGTCACTATAAATGG
64 TGACATTACAA-AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * *
2189 ACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTCTCTTTATATTTCTCAAGG
128 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCT-AAGG
* * * * *
2233 TAGATATTCAATTAAAGTCTATTTTAACCAAAATTGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAGTCT-GTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
2297 GGCATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGAT
65 GACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * *
2362 TTTTTTTG-CAATGAATGCCCTCTTCTTTATGTTTCTCAAGG
130 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCT-AAGG
* * * * * ******************** *
2403 TAAACGTTCAATTATAATATGTTTTAACCAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * ** * *
2468 CAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGTAACGAATGATTATAAATAGAC
65 GACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * *
2533 TTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTCTTCTTCATGTTTCTCATGG
130 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT-TTCTTTATGTTTCT-AAGG
* * * * * * * *
2575 TAGACATTCAATTCTAGACTATTTTAACCAAAAATG-GACAAACATTCAGA-TTTAAATCAATTT
1 TAGACATTCAATTATAGTCT-GTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTA
* * * * * * **
2638 TCAGATTATAAAATCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAA
64 TGACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
2703 GTCTTCTTGCCAAAGAATGCCTTTTTATTCAGGTTAATC-GAGG
129 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTT--TCTAAGG
* ********** * *
2746 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTANNNNNNNNNNT-AATAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-
*** * * * *
2810 TG-CATTACAAAACCATTTAACCCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACCATAAATGGA
64 TGACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
** ********** * *
2874 CTTTTCTTGATAATGNNNNNNNNNNTCTTCATGATTCTAAAGG
129 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCT-AAGG
* ** * * * * * * *********
2917 TAGGCATTCAATCCTAGCCTATTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATNNNNNNNNNNTT-
1 TAGACATTCAATTATAGTCT-GTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTA
* ** * * *
2981 TGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAGTGGA
64 TGACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
********** * *
3046 CTTTTCTTGNNNNNNNNNNCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
129 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCT-AAGG
* * * * * * * *
3089 TAGACGTTTAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTNN
1 TAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-A
*************** ** *
3154 NNNNNNNNNNNNNNNA-TTAAAGTGAACAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTCACTATAAATGGA
64 TGACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * ** *
3218 CTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTATACATTTCTTGAGG
129 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTC-TAAGG
* ********** *
3261 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAA--ATCAAANNNNNNNNNNATTCAACTTAAAATAAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAACCA-AAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
3324 GGCATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGACTTTTGAA-CATATGGGTGACCATAAATAGA
65 GACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
3388 CTTTTCTTGCAAATGAATACTTTTTTCCTCATGTTTCTCATGA
129 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCT-AAGG
* * * * *
3431 TAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATGCACAAAACATTCAA
1 TAGACATTCAATTATAGTCT-GTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
3481 ATTTNNNNNN
Statistics
Matches: 1959, Mismatches: 585, Indels: 146
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 15 0.01
168 41 0.02
169 83 0.04
170 250 0.13
171 797 0.41
172 647 0.33
173 125 0.06
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
ACATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTAAGG
Found at i:1534 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 692--3484 Score: 2228
Period size: 343 Copynumber: 8.2 Consensus size: 341
682 NNNNNNNNNN
* * *
692 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAA-CAAAACATGTACAATGAAATCAAATTTCAATCAATTT
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAA-ATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTT
* *
756 TGAGATTATAAAATA-ATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGG
65 TGAGATTATAAAA-ACATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * *
820 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-TATGTTTCTAGACG-TACACATTCAATTATAGTC
128 ACTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTT-TTATACGTTTCTCGA-GATAGACATTCAATTATAGTC
* * * * *
883 TGTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGACATTACAAAACCATTTAA
191 TATTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTACAAAACCATTTAA
* * * * *
948 AGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT
255 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCA
*
1013 TTTTTCTTCAAGTTTTCTCAAGG
320 TTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGG
* * *
1036 TAGACATTCAATTCTAGTCTCTTTTAACCAAAAATGAACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATGTT
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTT
* * * *
1101 GAGATGATAAAAACATTTAAAATGAGCAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
66 GAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAG-GTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* *
1166 TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTATACGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAGTCTATT
130 TTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTTTATACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAGTCTATT
* * * * *
1231 TAAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTCAAATAAATTATGTCATTAGAAAACCATTTAAAACG
195 T-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
1296 AGTAATACGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCTTACAAATGAATGCATTTT
259 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTT
*
1361 TCTTCATGATTCTCAAGG
324 TCTTCATGTTTCTCAAGG
** * *
1379 TAGACATTCAACGCTAGTCTGTTCTAACCAAAAATGTACAAAGAATTAAAATTTAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTT
* * ** *
1444 GAGATTCTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGAATGGGTGACTATCGATAGAC
66 GAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* *
1509 TTCTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTTGT-TACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGT
130 TTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTT-TATACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAGTCTAT
* * *
1573 TTAA-CAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACCATTTAGAGCG
194 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGCG
* * *
1637 AGTAATAAGGCTTCTGAAGGTATGGGTGA-CAAAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTC-TT
259 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG--CATT
*
1700 TTT-TTCATGTTTCTCAATG
322 TTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* *
1719 TAG-CATTCAATTCTAGTTTGTTTTAACCAATAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTT
* * * *
1783 GAGATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
66 GAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
** * * * * *
1848 TTTTCTTAGCAATGAATACCTTTTTCTATACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATCA-TCTTT
130 TTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTTTATACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTAT-AGTCTAT
* *
1912 TTAAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTACAAAACCACTTAAAGC
194 TT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
1977 AAGTAATACA-ACTTTTGAAAGTATAGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGCATT
258 GAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATT
* *
2041 TTTCTTCATGATTCTTAAGG
322 TTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * *
2061 TAGACATTCAATTCAAGCCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTT
* * * * * * * ** *
2126 GAGATTATAACATCCTTTGAGGTGAGTAAAAAGGCTCTTGAAGGAATACGTCACTATAAATGGAC
66 GAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
2191 TTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTCTCTTTATA--TTTCTCAAGGTAGATATTCAATTAAAGTCTA
130 TTTTCTTCCCAATGAATGCCTTT-T-TTTATACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAGTCTA
* *
2254 TTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAG
193 -TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAG
* * * * * * **
2319 TGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTG-CAATGAATGCCCT
257 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATT
* *
2383 CTTCTTTATGTTTCTCAAGG
322 TTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * * * * * ******************** *
2403 TAAACGTTCAATTATAATATGTTTTAACCAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTT
* * * * * ** * *
2468 CAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAAGTAACGAATGATTATAAATAGAC
66 GAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
2533 TTTTCTTGCCAATGAAT-ACTTTCTTCTTCAT--GTTTCTC-ATGGTAGACATTCAATTCTAGAC
130 TTTTCTTCCCAATGAATGCCTTT-TT-TT-ATACGTTTCTCGA-GATAGACATTCAATTATAGTC
* * * * * * * * *
2594 TATTTTAACCAAAAATGGACAAACATTCAGA-TTTAAATCAATTTTCAG-ATTATAAAATCATTT
191 TA-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATAAATTAT-GGCATTACAAAACCATTT
** * * * ** * * *
2657 AAATTGAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAAGTCTTCTTGCCAAAGAATG
253 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * ** *
2722 CCTTTTTATTCAGGTTAATCGAGG
318 CATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * ********** * * *
2746 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTANNNNNNNNNNTA-ATAA-AATTTAACTTAAAATCAATTA
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACA-AAGAATTCAAATTTAAATCAATT-
* * * *** * * * *
2809 TTG-CATTACAAAACCATTTAACCCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACCATAAATGG
64 TTGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
*** ******** * * * ** * * ** *
2873 ACTTTTCTTGATAATGNNNNNNNNNNTCTTCAT--GATTCTAAAGGTAGGCATTCAATCCTAGCC
128 ACTTTTCTTCCCAATG--AATGCCTTTTTTTATACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAGTC
* * * ********* **
2936 TATTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATNNNNNNNNNNTT-TGAG-ATTGTAAAACCATT
191 TA-TTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACT-TAAAATAAATTATG-GCATTACAAAACCATT
* * * ** * *********
2999 TAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAGTGGACTTTTCTTGNNNNNNNNN
252 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* *
3064 NCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
317 GCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * * * *
3089 TAGACGTTTAATTCTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAATTTAAATCAATTNN
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATT-T
*************** ** *
3154 NNNNNNNNNNNNNNNA-TTAAAGTGAACAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTCACTATAAATGGA
65 TGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
** * * * * * *
3218 CTTTTCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTATACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT
129 CTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTTTATACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAGTCTAT
* **********
3283 TTAAATC-AAANNNNNNNNNNATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGC
194 TT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGC
* * ** * * * *
3347 GAGTAATACGACTTTTGAACATATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATACTTTT
258 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTT
* * *
3412 TTCCTCATGTTTCTCATGA
323 TTCTTCATGTTTCTCAAGG
* *
3431 TAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATGCACAAA-ACATTCAAATTT
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGA-ATTCAAATTT
3485 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1946, Mismatches: 451, Indels: 106
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 157 0.08
340 55 0.03
341 180 0.09
342 550 0.28
343 606 0.31
344 374 0.19
345 23 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTT
GAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTTTATACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAGTCTATTT
AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGCGAG
TAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTC
TTCATGTTTCTCAAGG
Found at i:2008 original size:682 final size:679
Alignment explanation
Indices: 692--2432 Score: 2323
Period size: 682 Copynumber: 2.5 Consensus size: 679
682 NNNNNNNNNN
* * *
692 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAA-CAAAACATGTACAATGAAATCAAATTTCAATCAATTT
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAA-ATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTT
** * *
756 TGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGA
65 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * *
821 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTAGACGTACACATTCAATTATAGTCTGT
130 CTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTT-TTTATGTTTCTCGA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGT
* * *
886 TTAGCCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGACATTACAAAACCATTTAAAGC
193 TTA-AC-AAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGC
* *
951 GAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-T
255 GAGTAATAAGGCTTT-GAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-TTCT
* * * *
1015 TTTCTTCAAGTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTCTTTTAACCAAAAATGAACAAAGA
318 TTTTTTCATG-TTTCTCAAGGTAG-CATTCAATTCTAGTATGTTTTAACCAAAAATGAACAAAGA
*
1080 ATTCAAATTTAAATCAATGTTGAGATGATAAAAACATTTAAAATGAGCAATAAGACTTTTGAAGG
381 ATTCAAATTTAAATCAATGTTGAGATGATAAAAACATTTAAAATAAGCAATAAGACTTTTGAAGG
* * *
1145 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTATACGTTTCTTGAGATA
446 AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTATACGTTTCTTGAGATA
* * *
1210 GACATTCAATTATAGTCTATTTAAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTCAAATAAATTATGTC
511 GACATTCAATTATAGTCTATTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGC
* * * ** * *
1275 ATTAGAAAACCATTTAAAACGAGTAATACGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACCATAAATAGACTTT
576 ATTACAAAACCACTTAAAACAAGTAATACAACTTTTGAAAGTATAGGTGACCATAAATAGACTTT
*
1340 TCTTACAAATGAATGCATTTTTCTTCATGATTCTCAAGG
641 TCTTACAAATAAATGCATTTTTCTTCATGATTCTCAAGG
** * *
1379 TAGACATTCAACGCTAGTCTGTTCTAACCAAAAATGTACAAAGAATTAAAATTTAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTT
* ** *
1444 GAGATTCTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGAATGGGTGACTATCGATAGA
66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* *
1508 CTTCTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTTGTTACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGT
130 CTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTT-TTATGTTTCTCGAG-TAGACATTCAATTATAGTCTGT
*
1573 TTAACAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACCATTTAGAGCGA
193 TTAACAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGCGA
* *
1638 GTAATAAGGCTTCTGAAGGTATGGGTGAC-AAAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTCTTTT
257 GTAATAAGGCTT-TGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTCTTTT
* * * *
1702 TTTCATGTTTCTCAATGTAGCATTCAATTCTAGTTTGTTTTAACCAATAATGTACAAAGAATTCA
321 TTTCATGTTTCTCAAGGTAGCATTCAATTCTAGTATGTTTTAACCAAAAATGAACAAAGAATTCA
* * * * *
1767 AATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAAATATTTAAAGTAAGTAATAA-AGCTTTTGAAGGAATG
386 AATTTAAATCAATGTTGAGATGATAAAAACATTTAAAATAAGCAATAAGA-CTTTTGAAGGAATG
*
1831 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAG-CAATGAATACCTTTTTCTATACGTTTCTTGAGGTAGAC
450 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATACCTTTTTCTATACGTTTCTTGAGATAGAC
* *
1895 ATTCAATTATCA-TCTTTTTAAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCAT
514 ATTCAATTAT-AGTCTATTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCAT
* *
1959 TACAAAACCACTTAAAGCAAGTAATACAACTTTTGAAAGTATAGGTGACCATAAATGGACTTTTC
578 TACAAAACCACTTAAAACAAGTAATACAACTTTTGAAAGTATAGGTGACCATAAATAGACTTTTC
* * *
2024 TTGCTAATAAATGCATTTTTCTTCATGATTCTTAAGG
643 TTACAAATAAATGCATTTTTCTTCATGATTCTCAAGG
* * *
2061 TAGACATTCAATTCAAGCCTATTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTT
1 TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTT
* * * * * ** *
2126 GAGATTATAACATCC-TTTGAGGTGAGTAAAAAGGCTCTTGAAGGAATACGTCACTATAAATGGA
66 GAGATTATAA-AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * *
2190 CTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTCTCTTTATATTTCTCAAGGTAGATATTCAATTAAAGTCTAT
130 CTTTTCTTCCCAATGAATGCCTTT-TTTTTATGTTTCTCGA-GTAGACATTCAATTATAGTCT-G
* *
2255 TTTAACCAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGT
192 TTTAA-CAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGC
* * * * **
2320 GAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTG-CAATGAATGCCCTC
255 GAGTAATAAGGC-TTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTCT-
* * * * *
2384 TTCTTT-ATGTTTCTCAAGGTAAACGTTCAATTATAATATGTTTTAACCA
318 TTTTTTCATGTTTCTCAAGGT-AGCATTCAATTCTAGTATGTTTTAACCA
2433 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 925, Mismatches: 108, Indels: 44
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
681 1 0.00
682 454 0.49
683 31 0.03
684 138 0.15
685 122 0.13
686 12 0.01
687 162 0.18
688 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (679 bp):
TAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTTTTATGTTTCTCGAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTA
ACAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTCTTTTTTTCA
TGTTTCTCAAGGTAGCATTCAATTCTAGTATGTTTTAACCAAAAATGAACAAAGAATTCAAATTT
AAATCAATGTTGAGATGATAAAAACATTTAAAATAAGCAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGAC
TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTATACGTTTCTTGAGATAGACATTCAAT
TATAGTCTATTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTACAAAAC
CACTTAAAACAAGTAATACAACTTTTGAAAGTATAGGTGACCATAAATAGACTTTTCTTACAAAT
AAATGCATTTTTCTTCATGATTCTCAAGG
Done.