Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402494.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5568.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 717
Length: 1195
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.10, T:0.29
Warning! 289 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:600 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--786 Score: 887
Period size: 170 Copynumber: 4.6 Consensus size: 171
* * * * *
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAGACAGACTATAATTGATTGTTGACCTTGAGAAACATGCAAAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGTAAAAAA
* * * *
66 AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTT-TAGTCACTCATTCTTTCAAAAGGCTTGTTAGCT-G
66 AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATT-GCTCG
* *
129 CTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTT-AA
130 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *** ** *
170 ATTTTTTA-ATTTTTT-TTAAAAACAAACTATAATTGAATACCTGTCTTGGGAAACATGTAAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTATT-AAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGTAAAAA
* * * * * *
233 AAGCCTGTTCATTGTGAAGAAAAGTGCATTTATAG-CTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTTCT
65 AAGCC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTGCT
* * *
297 CGATTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
128 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
341 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTCACC-TCAGAAAACGTGTAAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAG-AAACATGTAAAAA
405 AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTGCTCG
65 AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTGCTCG
*
470 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AG
130 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
511 TTTTTTTATATTTTTAATTAAAACATACTATAATTGAATATTTAGCTCGAGAAACATG-AAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGTAA-AAA
* * * *
575 CAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTC
65 -AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTGCTC
* * * *
639 ACTTTAAATGGTTTTATTATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA
129 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
682 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATG-CTGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG-AAGAA
1 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACA-GACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGTAA-AA
** * * *
745 ACAAG-GGTTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCA
64 A-AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
787 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 525, Mismatches: 77, Indels: 28
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 46 0.09
169 34 0.06
170 199 0.38
171 197 0.38
172 45 0.09
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGTAAAAAA
AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTGCTCGC
TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
Found at i:651 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--786 Score: 997
Period size: 341 Copynumber: 2.3 Consensus size: 340
* * * *
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAGACAGACTATAATTGATTGTTGACCTTGAGAAACATGCAAAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTCACCTTGAGAAACGTG-AAAAAA
* * * *
66 AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTT-TAGTCACTCATTCTTTCAAAAGGCTTGTTAGCTGC
65 AGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAGCTGC
* * *
130 TTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTTAATTTTTTTTAAAAACAA
130 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATTTTTATTAAAAACAA
* * * ** *
195 ACTATAATTGAATACCTGTCTTGGGAAACATGTAAAAAAAGCCTGTTCATTGTGAAGAAAAGTGC
195 ACTATAATTGAATACCTGTCTCGAGAAACATGTAAAAAAAGCCTATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * *
260 ATTTATAGCTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTTCTCGATTTCAATGGTTTTATAATCTCATAA
260 ATTTAGAGCTACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTAATAA
325 TTGATTTTAAGTTGAA
325 TTGATTTTAAGTTGAA
*
341 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTCACC-TCAGAAAACGTGTAAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTCACCTTGAG-AAACGTG-AAAAA
405 AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATT-GCTC
64 AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAGCT-
**
469 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGTTTTTTTATATTTTTAATT-AAA
128 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA-ATTTTT-ATTAAAA
* **
533 ACATACTATAATTGAATATTTAG-CTCGAGAAACATG-AAGAAACAAG-C-ATTCATTGACAAGA
191 ACAAACTATAATTGAATACCT-GTCTCGAGAAACATGTAA-AAA-AAGCCTATTCATTGACAAGA
594 AAAGTCCATTTAGAG-TCACCCATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTAT
253 AAAGTCCATTTAGAGCT-ACCCATTCCTT-AAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTAT
*
656 TATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA
315 AATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
682 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATG-CTGTAATTGAATG-TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAA
1 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA-GACTATAATTGAATGTTC-ACCTTGAGAAACGTGAA-AA
** * * *
745 ACAAG-GGTTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCA
63 A-AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
787 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 39, Indels: 31
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 92 0.24
341 236 0.60
342 54 0.14
343 6 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTCACCTTGAGAAACGTGAAAAAAA
GCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTAGCTGCT
TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAATTTTTATTAAAAACAAA
CTATAATTGAATACCTGTCTCGAGAAACATGTAAAAAAAGCCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
TTTAGAGCTACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTAATAAT
TGATTTTAAGTTGAA
Done.