Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402505.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_558.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12777
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.10, T:0.24
Warning! 3652 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:350 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 324--356 Score: 59
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
314 TCTGTGGATG
324 ATGCAGTTTGCTTTTA
1 ATGCAGTTTGCTTTTA
340 ATGCA-TTTGCTTTTA
1 ATGCAGTTTGCTTTTA
355 AT
1 AT
357 TTAGGGAGGT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 12 0.71
16 5 0.29
ACGTcount: A:0.21, C:0.12, G:0.15, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
ATGCAGTTTGCTTTTA
Found at i:3920 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 3882--3934 Score: 106
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
3872 TTCTTTACTT
3882 TTCCCGAGGCAGACATTCAATTATAAA
1 TTCCCGAGGCAGACATTCAATTATAAA
3909 TTCCCGAGGCAGACATTCAATTATAA
1 TTCCCGAGGCAGACATTCAATTATAA
3935 TTTATTTTTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 26 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.23, G:0.15, T:0.26
Consensus pattern (27 bp):
TTCCCGAGGCAGACATTCAATTATAAA
Found at i:4314 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4005--5505 Score: 1231
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 171
3995 NNNNAACAAA
* * * * * *
4005 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGTTAATGAAAGGCTTTTTCTTCACC
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGAATGTCTTTTTCTTCACA
* * * ** * * * *********
4069 CTTCTAGAGGTAGCCATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ANNNNNNNNNNA
65 TTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATA-TTCAACTTAA
*
4133 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAA
129 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * **
4176 GATTTTGAACGAAGGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAATCAATTAATCCCTTTTTCTTCACAT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCACAT
* * *
4241 TTCTCGAGATAAATATTCAATTATAAGT-TGTTTTCACCAAAAATGTAAAACTATTCAACTTAAA
66 TTCTCGAGATAAACATTCAATTAT-AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAA
* * * **********
4305 ATTAATTATGCGATTATACAACCATTTAAAGNNNNNNNNNNG
130 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * *
4347 GCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAG--TTTTT-TTCACC
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GTCTTTTTCTTCACA
* * * * ** *
4409 CTTCTAGTGGTACCCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AGTTTAACTTAA
65 TTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATA-TTCAACTTAA
* *
4473 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAA
129 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * * ** **
4516 GATTTTAAACGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTAATCCATGAATCCCTTTTTCTTCAGGT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCACAT
* * *
4581 TT-TCTGAGACT-GACATTCAATTATAGAT-TGTTCTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTTA
66 TTCTC-GAGA-TAAACATTCAATTATAG-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTA
* * * *
4643 AAATCAATTATGCGATTATACAACCATTTAATGTGAGTGATAAG
128 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * *
4687 GCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTCTCTTCA-AG
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCACA-
* * * * * ** *
4751 TTTTTTGAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAACA-ATTCAACTTAA
65 TTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-ATATTCAACTTAA
* *
4815 AATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAG
129 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * * *
4858 GCTTTAGAAAGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTT-GCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAGA
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGTCTTTTTCTTCACA
** ** * * * *
4922 TTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATACAACTTA
65 TTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAATATTCAACTTA
* ** * *
4987 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA-CCAATGAGTAAG
128 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT-AATAAG
* * ** * * * **
5031 GCTTTCGAAGGCACAGGTGACGATAAATGGACTTTTCTT-GCAAAGAAATGTCTTTTTCTTCATG
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG-AATGTCTTTTTCTTCACA
* * * * * * ** *
5095 TTT-TCCAAGGTAGATATTCAATTGTAGTCTATTTTAACC-AAAATGTAAAAATATTTGACTAAA
65 TTTCT-CGAGATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAA
5158 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
129 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * * * * * *
5201 GCTTTCGAAAGAATGAGTGACTGTAAATGAACTTTTATTGTAAATGAATGTATTTTTCTTCACGT
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCACAT
* * * * *
5266 TTCTTGAGATAAACATTCAATTATAGTATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTTAACTGAAAA
66 TTCTCGAGATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAA
* * *
5331 TCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
131 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * * * *
5372 GCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGTATTTTTCTT-TCCTATGAATGGCTTATTCTTAACG
1 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-CAATGAATGTCTTTTTCTTCACA
* * * * * * ** * *
5436 TTTC-CTAGGCTAGACATTCAATCATAATCTATTTTAAGAAAAAATATAAAAATATTTAACTTAA
65 TTTCTCGA-GATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAA
5500 AATCAA
129 AATCAA
5506 CTANNNNNNN
Statistics
Matches: 1060, Mismatches: 238, Indels: 64
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 122 0.12
170 137 0.13
171 646 0.61
172 25 0.02
173 126 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCACAT
TTCTCGAGATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
Found at i:4692 original size:340 final size:341
Alignment explanation
Indices: 4005--5505 Score: 1440
Period size: 340 Copynumber: 4.4 Consensus size: 341
3995 NNNNAACAAA
* * *
4005 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGTTAATGAAAGGCTTTTTCTTCACC
1 GCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACC
* *********
4069 CTTCTAGAGGTAGCCATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAANNNNNNNNNNAA
65 CTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-TTTAACTTAAA
* *
4134 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTTTGAACGAAGGGGTGACTA
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTTTAAACGAATGGGTGACTA
* * * * *
4199 TAAATGGACTTTTCTAATCAATTAATCCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGATAAATATTCAATTA
194 TAAATGAACTTTTCTAATCAATGAATCCCTTTTTCTTCAGATTTCTTGAGATAAACATTCAATTA
* * * * * *
4264 TAAGTTGTTTTCACCAAAAATGTAAAACTATTCAACTTAAAATTAATTATGCGATTATACAACCA
259 TAAGTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
**********
4329 TTTAAAGNNNNNNNNNNG
324 TTTAAAGCGAGTGATAAG
* *
4347 GCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATA-G-TTTTT-TTCACC
1 GCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAA-AGGCTTTTTCTTCACC
* ** * * *
4409 CTTCTAGTGGTACCCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTTAACTTAAA
65 CTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-TTTAACTTAAA
*
4474 ATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTTTAAACGAATGGGTGACTA
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTTTAAACGAATGGGTGACTA
* * *
4539 TAAATGAACTTTTCTAATCCATGAATCCCTTTTTCTTCAGGTTT-TCTGAGACT-GACATTCAAT
194 TAAATGAACTTTTCTAATCAATGAATCCCTTTTTCTTCAGATTTCT-TGAGA-TAAACATTCAAT
* * *
4602 TAT-AGATTGTTCTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGCGATTATACAA
257 TATAAG-TTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* *
4666 CCATTTAATGTGAGTGATAAG
321 CCATTTAAAGCGAGTGATAAG
* * * * * * ***
4687 GCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTCTCTTCAAGT
1 GCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACCC
* * * * * *
4752 TTTTTGAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAA
66 TTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAA
* * ** * *
4817 TCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTAGAAAGAATGGGTGACAA
130 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTTTA-AACGAATGGGTGACTA
** * **
4881 TAAAT-AGACTTTTCT--TGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAGATTTCTTAAGGCAAACATTCAA
194 TAAATGA-ACTTTTCTAAT-C-AATGAATCCCTTTTTCTTCAGATTTCTTGAGATAAACATTCAA
* * * * *
4943 TTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
256 TTATAAGTTGTTTTAACCAAAAA--TATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
5008 AACCATTTAAA-CCAATGAGTAAG
319 AACCATTTAAAGCGAGTGA-TAAG
* * * * * * *
5031 GCTTTCGAAGGCACAGGTGACGATAAATGGACTTTTCTT-GCAAAGAAATGTCTTTTTCTTCATG
1 GCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAA-GGCTTTTTCTTCA-C
** * * * * * * *
5095 TTTTCCA-AGGTAGATATTCAATTGTAGTCTATTTTAAC-CAAAATGTAAAAATATTTGACTAAA
64 CCTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAA
* * * *
5158 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GAATGAGTGAC
128 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTT-TAAACGAATGGGTGAC
* * ** * ***
5222 TGTAAATGAACTTTTATTGTAAATGAATGTATTTTTCTTCACG-TTTCTTGAGATAAACATTCAA
192 TATAAATGAACTTTTCTAATCAATGAATCCCTTTTTCTTCA-GATTTCTTGAGATAAACATTCAA
* * * * *
5286 TTAT-AGTATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTTAACTGAAAATCAATTATGAGATTACAAA
256 TTATAAGT-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
5350 ATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
320 ACCATTTAAAGCGAGTGATAAG
* * * * * * * *
5372 GCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGTATTTTTCTT-TCCTATGAATGGCTTATTCTTAACG
1 GCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-CAATGAAAGGCTTTTTCTTCACC
* * * * *
5436 TTTCCTAG-GCTAGACATTCAATCATAATCTATTTTAAGAAAAAATATAAAAATATTTAACTTAA
65 CTT-CTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAA
5500 AATCAA
128 AATCAA
5506 CTANNNNNNN
Statistics
Matches: 949, Mismatches: 176, Indels: 68
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 282 0.30
341 134 0.14
342 249 0.26
343 149 0.16
344 127 0.13
345 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
GCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACCC
TTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTTTAAACGAATGGGTGACTATA
AATGAACTTTTCTAATCAATGAATCCCTTTTTCTTCAGATTTCTTGAGATAAACATTCAATTATA
AGTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
TAAAGCGAGTGATAAG
Found at i:5289 original size:514 final size:508
Alignment explanation
Indices: 4132--5505 Score: 1345
Period size: 514 Copynumber: 2.7 Consensus size: 508
4122 NNNNNNNNNN
* * * * *
4132 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTTTGAACGAAGGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGAC
* * * ** * * *
4197 TATAAATGGACTTTTCTAATCAATTAATCCCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGATAAATATTCAAT
66 TATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGATAAACATTCAAT
** * * * *
4262 TATAAGTTGTTTTCACCAAAAATGTAAAACTATTCAACTTAAAATTAATTATGCGATTATACAAC
131 TATAA-TTGTTTT-AATAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
********** * * *
4327 CATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT
194 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTCT-AAT
* * * * ** *
4392 GAATAG-TTTTT-TTCACCCTTCTAGTGGTACCCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG
257 GAATGGCTTTTTCTTCACACTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
* ** * ***
4455 TAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATT
322 TAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAAGATT
* ** * * *
4520 TTAAACGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTAATCCATGAATCCCTTTTTCTTCAGGTTTTC
387 TCAAACGAACAGGTGACGATAAATGAACTTTTCT-ATCAAAGAATCCCTTTTTCTTCAGGTTTTC
** * *
4585 TGAGACTGACATTCAATTATAGATTGTTCTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTTA
451 CAAGACTGACATTCAATTATAGATTATTCTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTAA
* * * * *
4643 AAATCAATTATGCGATTATACAACCATTTAATGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGATGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAG-TGA
* * * *
4707 CTATAAAT-AGACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTCTCTTCAAGTTTTTTGAGATAGACATTCA
65 CTATAAATGA-ACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGATAAACATTCA
* *
4771 ATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
129 ATTATAAT-TGTTTTAAT-AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
4836 ACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAAGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCTA
192 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTT-CTA
* * *
4901 ATGAATGGCTTTTTCTTCAGATTTCTTA-AGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAA
255 ATGAATGGCTTTTTCTTCACACTTC-TAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* *
4965 ATGTAAAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAACCAA-TGAGTA
319 ATGT--AAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGT-AATA
* * * * * * **
5029 AGGCTTTCGAAGGCACAGGTGACGATAAATGGACTTTTCT-TGCAAAGAAATGTCTTTTTCTTCA
381 AAGATTTCAAACGAACAGGTGACGATAAATGAACTTTTCTAT-CAAAG-AATCCCTTTTTCTTCA
* * * * * * **
5093 TGTTTTCCAAG-GTAGATATTCAATTGTAG-TCTATTTTAACC-AAAATGTAAAAATATTTGACT
444 GGTTTTCCAAGACT-GACATTCAATTATAGAT-TATTCTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACT
5155 AA
507 AA
*
5157 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGAGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGAC
* * * * *
5222 TGTAAATGAACTTTTATTGTAAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTTGAGATAAACATTCAAT
66 TATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGATAAACATTCAAT
* * * *
5287 TATAGTATGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-ATATTTAACTGAAAATCAATTATGAGATTACAAAA
131 TATAAT-TGTTTTAA-TAAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
5351 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGTATTTTTCTTTCCT-
193 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTC-TT-CTA
* * ** * * * **
5415 ATGAATGGCTTATTCTTAACGTTTCCT--AGGCTAGACATTCAATCATAATCTATTTTAAGAAAA
255 ATGAATGGCTTTTTCTTCACACTT-CTAGAGGC-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * **
5478 AATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAA
318 AATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAA
5506 CTANNNNNNN
Statistics
Matches: 704, Mismatches: 136, Indels: 45
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 3 0.00
511 209 0.30
512 26 0.04
513 48 0.07
514 289 0.41
515 129 0.18
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (508 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGAC
TATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGATAAACATTCAAT
TATAATTGTTTTAATAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTCTAATGAAT
GGCTTTTTCTTCACACTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
AAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAAGATTTCAA
ACGAACAGGTGACGATAAATGAACTTTTCTATCAAAGAATCCCTTTTTCTTCAGGTTTTCCAAGA
CTGACATTCAATTATAGATTATTCTAACCAAAAATATAAAAATATTCAACTAA
Found at i:10589 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10411--12275 Score: 1439
Period size: 170 Copynumber: 10.9 Consensus size: 168
10401 CCTAGGCCAC
* ** * *
10411 ACATTCAATCATAATCTTTTTTAACAAAAATACAAAAAAATTAAACTAAAAATCAATTATGAGAT
1 ACATTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
10476 TATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTC
66 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTC
* ** * *
10541 TTGCCAATGACTATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGCTAA
130 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGC-AG
* ** *****
10581 AAATTCAATTATAATCTGGTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTANNNNN
1 ACATTCAATTATAATCTTTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
***** * * * * *
10645 NNNNNAAACTATTTAAACCT-AGTAGA-AAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTT
65 TTATAAAACTATTTAAA-GTGAGTA-ATAAGG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
** * * * ** *
10708 TT-TTCGTTAATGAATGGCTTTCT-TTCATATTT-TCCAAGATAG
127 TTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAG-CAG
* * * * * *
10750 ACATTCAATGATAGTCTATTTTAAGGAAAAATGTAAAAATATTTC-ACTTCAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTTTTTTAA-CAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
10814 CTTATAAATCTATTTAAAGTG-GATAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATGGACTT
64 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAG-TAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * * * * * *
10878 CTCTTGCTAATGAGTGGCTTTTTCTTCATGTATCCT-AGGTCAA
127 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-G-CAG
* * *
10921 ACATTCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGAT
1 ACATTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
10986 TATAAAACTATATAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATATAT-AGACTTTT
66 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTT
* ** *
11050 CTTGCCAACGAATGGTTTTTTCTTCATAG-TTCTTGAGGTAG
129 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-GTTTCTTGA-GCAG
* * * * *
11091 ACATTTAATTATAAT-TTGTTGTAACAAAAAATTTAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGGG
1 ACATTCAATTATAATCTT-TTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** *
11155 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAT-GGTGACTATAAATGGA-TT
64 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGG-AATGGGTGACTATAAATGAACTT
* * * * * * *
11218 TCTCTTGCTAGTGACTGCCTTTTCCTTCATGGTTCTCGAGGGAG
127 T-TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GCAG
* * * * *
11262 ACATTTAATTACAATCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
1 ACATTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * ** * * *
11327 TATAAAACTATTTAAAGAGAGTAACAATGCTTTCAAAAGTATGGGTAACTATAAATGGAA-TTTT
66 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTT
* * * * **
11391 -TTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGCAG
129 CTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GCAG
* * * * * * * * *
11432 ACATTCAATTCTTATCTATTGTAATGAAAAATGTAAACAAATTCAACCTAAAATCTATTTTGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTTTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
11497 TTATAAAACTATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTAGAAGGCACGGGTGACTATAAAT-AGACTT
65 TTATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTT
** * * * ** *
11560 TTCTTATCAATGAATACCTTTTTCTTAACGTTT-TCCAAGGCAA
127 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGA-GCAG
* ** * * *
11603 AGATTCAATTATCGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTGAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTTTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * *
11667 TTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGT-ATCTATAAATGGACTTC
65 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGAACTTT
* * * * *
11731 TCTTGCCAATGATTGCCTTTTCCTTCATGGTTCTTAAGGGAG
128 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GCAG
* *
11773 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA-ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
11837 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGATTTCGAAGGTATTGGTGCCTATAAAT-AGACTTT
65 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTT
* * ** * *
11901 TCTAGTCAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAAACAG
128 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTG-AGCAG
* *
11943 ACATTCAATTATTAT-TTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTT-TTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * *
12007 ATTATAAAACTATTTAATGCAAGTAATAAAGCTTTTGATGGAATGGATGACTATAAAT-AGACTT
64 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTT
*
12071 TTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCATGTTTTCTCATG-GCA-
127 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG-TTTCT--TGAGCAG
* * *
12114 AGCATTCAATTATAGTCTTTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATT-AATTTAAAATCAATTATGA
1 A-CATTCAATTATAATCTTTTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** * *
12178 GATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATATGTTACTATAAATGGACT
63 GATTATAAAACTATTTAAAG-TGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACT
* * *
12242 TTTCTTACCAATGAATTCATTTTTCTTCATGTTT
126 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT
12276 TCTAAGGTGG
Statistics
Matches: 1345, Mismatches: 288, Indels: 123
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 66 0.05
170 680 0.51
171 448 0.33
172 135 0.10
173 10 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
ACATTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCT
TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGCAG
Found at i:11224 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 10411--12274 Score: 1633
Period size: 341 Copynumber: 5.5 Consensus size: 339
10401 CCTAGGCCAC
* * * * *
10411 ACATTCAATCATAATCTTTTTTAAC-AAAAATACAAAAAAATTA-AACTAAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTGTAACAAAAAATATAAAAAAA-TACAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
10474 ATTATAAAACCATTTGAAG-TGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGG-AATGGGTAACTATAAATGAAC
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAAAT-GGTGACTATAAATGGAC
* * ** * * * * *
10536 TTTTCTTGCCAATGACTATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGCTAAAAATTCAATTATAATCTGGT
127 TTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTCCTAG-GC-AAACATTCAATTATAATCTGTT
********** * *
10601 TTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACTATTTAAACCT
190 TTAACC-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
* * * * ** *
10665 AGTAGA-AAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTCGTTAATGAATGGCTT
254 AGTA-ATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTTACTATAAATAGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTT
* **
10728 TCT-TTCATA-TT-TTCCAAGATAG
317 TTTCTTCATAGTTCTT--AAGGCAG
* * * * ** * * * *
10750 ACATTCAATGATAGTCTATTTTAAGGAAAAATGTAAAAATATTTC-ACTTCAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTGTAACAAAAAATATAAAAA-AATACAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
10814 CTTATAAATCTATTTAAAG-TGGATAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGATGACTATAAATGGACT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCTAG-TAATAAGGCTTTTGAAGGAAATGG-TGACTATAAATGGACT
* * * * *
10877 TCTCTTGCTAATGAGTGGCTTTTTCTTCATGTATCCTAGGTCAAACATTCAATTATAATTTTTTT
128 TTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGT-TCCTAGG-CAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * *
10942 TAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATATAAAGCGAG
191 TAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAG
* * * * **
11007 TAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATATATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGGTTTTTTC
256 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTTACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* *
11072 TTCATAGTTCTTGAGGTAG
321 TTCATAGTTCTTAAGGCAG
* * * *
11091 ACATTTAATTATAATTTGTTGTAACAAAAAATTTAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGGGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTGTAACAAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
11156 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAATGGTGACTATAAATGGA-TTTC
66 TTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAATGGTGACTATAAATGGACTTT-
* * * * * * * *
11220 TCTTGCTAGTGACTGCCTTTTCCTTCATGGTTCTCGAGGGAGACATTTAATTACAATCTGTTTTA
130 TCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-GTTC-CTAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
*
11285 ACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAG-AGAGT
193 ACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA-AGT
* * ** * * * * * *
11349 AACAATGCTTTCAAAAGTATGGGTAACTATAAATGGAATTTT-TTAGTCAATGAATGGCTTTTTC
257 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTTACTATAAATAGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTC
* * *
11413 TTTATATTTCTCAAGGCAG
321 TTCATAGTTCTTAAGGCAG
* * * ** * * * * * *
11432 ACATTCAATTCTTATCTATTGTAATGAAAAATGTAAACAAATTCAACCTAAAATCTATTTTGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTGTAACAAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** *
11497 TTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCACGGGTGACTATAAATAGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAATGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * ** *
11562 CTT-ATCAATGAATACCTTTTTCTTAACGTTTTCCAAGGCAAAGATTCAATTATCGTCTATTTTA
131 CTTGCT-AATGAATGCCTTTTTCTT--CATGTTCCTAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * *
11626 ACAAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGT
193 AC-CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGT
* * * *
11690 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGG-TATCTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGATTGCCTTTTCC
257 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTTA-CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* *
11754 TTCATGGTTCTTAAGGGAG
321 TTCATAGTTCTTAAGGCAG
* *
11773 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTGTAACAAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
11837 ATATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAACAAGGATTTCGAAGGTATTGGTGCCTATAAATAGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAATGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * ** * * *
11901 TCTAG-TCAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAAACAGACATTCAATTATTATTTGTTTT
130 TCTTGCT-AATGAATGCCTTTTTCTTCATG-TTCCT-AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* *
11965 AACCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAATGCAAG
192 AACC-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAG
* ** * * *
12030 TAATAAAGCTTTTGATGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGCCTTTTTC
256 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTTACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* *
12095 TTCAT-GTTTTCTCATGGCA-
321 TTCATAG--TTCTTAAGGCAG
* * * * *
12114 AGCATTCAATTATAGTCTTTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAA-ATTAATTTAAAATCAATTATG
1 A-CATTCAATTATAATCTGTTGTAA-CAAAAAATATAAAAAAATA-CAACTTAAAATCAATTATG
* * *
12177 AGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATAT-GTTACTATAAATGGAC
63 AGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-ATGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
12241 TTTTCTTACCAATGAATTCATTTTTCTTCATGTT
127 TTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTT
12275 TTCTAAGGTG
Statistics
Matches: 1235, Mismatches: 244, Indels: 89
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 36 0.03
340 355 0.29
341 663 0.54
342 76 0.06
343 102 0.08
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTGTAACAAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAATGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTCCTAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
AGGCTTTTGAAAGAATGGGTTACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
AGTTCTTAAGGCAG
Found at i:11439 original size:511 final size:509
Alignment explanation
Indices: 10411--12296 Score: 1879
Period size: 511 Copynumber: 3.7 Consensus size: 509
10401 CCTAGGCCAC
* ** *
10411 ACATTCAATCATAATCTTTTTTAACAAAAATACAAAAAAATTAAACTAAAAATCAATTATGAGAT
1 ACATTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
10476 TATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGAATGGGTAACTATAAAT-GAACTTT
66 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTT
* ** * * *
10539 TCTTGCCAATGACTATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GCTAAAAATTCAATTATAATC-TGGTT
129 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAAG-TTCTTGAGGC-AAACATTCAATTATAATCTTGTTT
* * * ********** * * *
10602 TAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACTATTTAAACCTA
192 TAACAAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAA
* * * *
10666 GTAGA-AAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTCGTTAATGAATGGC-TT
257 GTA-ATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCTAATGAATGCCTTT
* * * ** * * * * *
10728 TCTTTCAT-ATTTTCCAAGATAGACATTCAATGATAGTCTATTTTAAGGAAAAATGTAAAAATAT
319 TCCTTCATGGTTCT-CAAGGGAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA--CAAAATGTAAAAA-AA
* ** * * *
10792 TTC-ACTTCAAATCAATTATGAGCTTATAAATCTATTTAAAGTG-GATAATAAGGCTTTTGAAAG
380 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAG-TAACAAGGCTTTCGAAAG
* * * * * * *
10855 AATGGATGACTATAAATGGACTTCTCTT-G-CTAATGAGTGGCTTTTTCTTCATGTATC-CTAGG
444 TATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTTTAGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGG
*
10917 TCAA
507 -CAG
* *
10921 ACATTCAATTATAATTTTTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGAT
1 ACATTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
10986 TATAAAACTATATAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATATATAGACTTTTC
66 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* ** * * * *
11051 TTGCCAACGAATGGTTTTTTCTTCATAGTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAAT-TTGTTGTAA
131 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-AGTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTTGTTTTAA
* *
11115 CAAAAAATTTAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
195 CAAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
* * *
11180 ATAAGGCTTTTGAAGGAAATGGTGACTATAAATGGA-TTTCTCTTGCTAGTGACTGCCTTTTCCT
260 ATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCTAATGAATGCCTTTTCCT
* * *
11244 TCATGGTTCTCGAGGGAGACATTTAATTACAATCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACT
323 TCATGGTTCTCAAGGGAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * *
11309 TAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGAGAGTAACAATGCTTTCAAAAGTATGGGTA
387 TAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTG
* *
11374 ACTATAAATGGAATTTTTTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGCAG
452 ACTATAAATGGACTTTTTTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAG
* * * * * * * *
11432 ACATTCAATTCTTATCTATTGTAATGAAAAATGTAAACAAATTCAACCT-AAAATCTATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAATCTTTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAAATCAATTATGAG
* * * *
11496 ATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCACGGGTGACTATAAATAGACTTT
64 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
** * * * ** *
11561 TCTTATCAATGAATACCTTTTTCTT-AACGTT-TTCCAAGGCAAAGATTCAATTATCGTC-TATT
129 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAA-GTTCTT--GAGGCAAACATTCAATTATAATCTTGTT
* *
11623 TTAACAAAAAATATAAAAAAAT-CAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
191 TTAACAAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * *
11687 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG-GTATCTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGATTGCCTTT
256 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGTG-A-CTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTT
* **
11751 TCCTTCATGGTTCTTAAGGGAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTC
319 TCCTTCATGGTTCTCAAGGGAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAATGTA-AAAAAATTC
* * * *
11816 AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGATTTCGAAGGTATT
383 AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGTATG
* * * * * *
11881 GGTGCCTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCTTGAA-ACAG
448 GGTGACTATAAATGGACTTTTTTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTC-TCAAGGCAG
* * *
11943 ACATTCAATTATTAT-TTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTT-TTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAG
* * * * *
12007 ATTATAAAACTATTTAATGCAAGTAATAAAGCTTTTGATGGAATGGATGACTATAAATAGACTTT
64 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * *
12072 TCTTGCCAATGATTGCCTTTTTCTTCATGTTTTCTCATGGCAAGCATTCAATTATAGTCTT-TTT
129 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAAGTTCT-TGA-GGCAAACATTCAATTATAATCTTGTTT
* *
12136 TAATC-AAAAATATAAAAAAA-ATTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
192 TAA-CAAAAAATATAAAAAAATA-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * * *
12199 TAGTAAAAAGGCTTTT-AAAGGAATATGTTACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATTCATT
255 AAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTT
* *
12263 TTTCTTCAT-GTTTTCTAAGGTG-GACATTCAATTA
318 TTCCTTCATGGTTCTC-AAGG-GAGACATTCAATTA
12297 AACTTATTAT
Statistics
Matches: 1145, Mismatches: 188, Indels: 83
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 195 0.17
511 589 0.51
512 241 0.21
513 116 0.10
514 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (509 bp):
ACATTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAAGTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTTGTTTTAAC
AAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
TAAGGCTTTTGAAAGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTCCTTCA
TGGTTCTCAAGGGAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTA
TAAATGGACTTTTTTAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAG
Done.