Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402516.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5590.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 820
Length: 1368
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.36
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:578 original size:316 final size:306
Alignment explanation
Indices: 1--620 Score: 776
Period size: 316 Copynumber: 2.0 Consensus size: 306
*
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTCAAATGATTTTGTAATCTCAAAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTAATACTCACTTCAAATGATTTTGTAATCTCAAAAT
* ** * * * * * * * **
66 TGATTCAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTATTAAGAAAGTTTATAATTGACTGTCAACATCA
66 TGAGTCAAATTTGAATTCTTTAAACAATATTGATCAAAAAAGATTATAATTCAAAGTCAACATCA
* * * *
131 AGAAACATGAAGGAAAAGTCATTCCATGGCAAGAAAAGTGCATTAATAGTCACCCATTTCTTCAA
131 AGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCCATGACAAGAAAAGTCCATTAATAATCACCCATTTCTTCAA
* *
196 AAAGCCTTATTACTCGCTTTACATTATTTTATAATGCCATATTTGATTTTAAGTAAAACTTTTTC
196 AAAGCCTTATTACTCGCTTTACATTATTTTATAATGCCATATTTGATTTTAAATAAAACGTTTTC
* *
261 ACATTTTTGGCTAAAACCGATGAGAATTGATGTCTACCTCGAGANNNNNNNNNNCA
261 ACATTTTTGGCTAAAACAGAAGAGAATTGATGTCTACCTCGAGA----------CA
* * * * * *
317 TTTATAGTCACCCATTCCTCCAGAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTGTAATCTGAAAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTAATACTCACTTCAAATGATTTTGTAATCTCAAAAT
* * * *
382 TGAGTGAAATTTGAATTCTTTAAACAATATTGGTCAAAAAAGATTATAATTCAAAGTCAACCTCC
66 TGAGTCAAATTTGAATTCTTTAAACAATATTGATCAAAAAAGATTATAATTCAAAGTCAACATCA
** ** *
447 AGAAATGTGAAGTTAAAGGCATT-CATTGACAAGAAAAGTCCATTAATAATCACTCA-TTCTTTC
131 AGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCCA-TGACAAGAAAAGTCCATTAATAATCACCCATTTC-TTC
*
510 AAAAAGCCTTATTACTCGTTTTACATTATTTTATAATGCCATATTTGATTTTAAATAAAACGTTT
194 AAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATTATTTTATAATGCCATATTTGATTTTAAATAAAACGTTT
*
575 TCACTTTTTTGGCTAAAACAGAAGAGAATTGATGTCTACCTCGAGA
259 TCACATTTTTGGCTAAAACAGAAGAGAATTGATGTCTACCTCGAGA
621 AACGTAATGA
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 38, Indels: 4
0.86 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
315 5 0.02
316 259 0.98
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (306 bp):
TTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTAATACTCACTTCAAATGATTTTGTAATCTCAAAAT
TGAGTCAAATTTGAATTCTTTAAACAATATTGATCAAAAAAGATTATAATTCAAAGTCAACATCA
AGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCCATGACAAGAAAAGTCCATTAATAATCACCCATTTCTTCAA
AAAGCCTTATTACTCGCTTTACATTATTTTATAATGCCATATTTGATTTTAAATAAAACGTTTTC
ACATTTTTGGCTAAAACAGAAGAGAATTGATGTCTACCTCGAGACA
Found at i:765 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 315--1365 Score: 790
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 169
305 NNNNNNNNNN
* ** * * * *
315 CATTTATAGTCACCCATTCCTCCAGAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTGTAAT-CTGAA
1 CATTTATAGTCACCTATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGC-CAA
* ** * * * * * * * * *
379 AATTGAGTGAAATTTGAA-TTCTTTAAACAATATTGGTCAAAAAAGATTATAATTCAAAGTCAAC
65 AATTGATTTTAAGTTGAACTT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATT-GATGTCAAC
* * ** *
443 CTCCAGAAATGTGAAGTTAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTC
127 CTCAAGAAACGT-AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * ** * **
487 CATTAATAATCA-CTCATTCTTTCAAAAAGCCTTATTACTCGTTTTACATTATTTTATAATGCCA
1 CATTTATAGTCACCT-ATTCCTT-AAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCA
* * * ** * * * * * * *
551 TATTTGATTTTAAATAAAACGTTTTCACTTTTTTGGCTAAAACAGAAGAGAATTGATGTCTACCT
64 AAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGATGTCAACCT
* * *
616 CGAGAAACGTAATGAAAAAGGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTC
129 CAAGAAACGTAA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
*
658 CATTTATAGTCACCTATTCCTTAAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAA
1 CATTTATAGTCACCTATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGC-CAA
* * * ** * * *
722 AATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTGTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATCTCAAC
65 AATTGATTTTAAGTTGAACTT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTG-ATGTCAAC
* * * * * *
786 CTTAAGAAATGTGAAAAAAAAGGTATACATTGGCAAGAAAAATC
127 CTCAAGAAACGT-AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * *
830 CGTTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGCCATA
1 CATTTATAGTCACCTATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCAAA
* * * * *
895 ATTGATTTTTAGTTAAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAATCTC
66 ATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTG-ATGTCAACCTC
* * * ** ** *
960 GAGAAACGCAAACAAAAAGTTATTTGTTGGGAAGAAAAGTC
130 AAGAAACG-TAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
1001 CATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCA
1 CATTTATAGTCACCT-ATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGC-CA
* * * * * * * * *
1064 AAATTGATTTCAATTTGAA-TTCTTTGTACATTGTTGGTCAAAAAAGATTATAATTCAAAGTCAC
64 AAATTGATTTTAAGTTGAACTT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATT-GATGTCAA
* ** *
1128 CCTCCAGAAACGTGAAGGTAAAGGCATTCATTGGCATGAAAAGTC
126 CCTCAAGAAACGT-AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * ** * *
1173 TATTAATAATCACCTATTTCTTCAGAAAGCCTAATTACTTGCTTTACATGGTTTTATAATGCCAT
1 CATTTATAGTCACCTATTCCTT-AAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCAA
* * * *
1238 AATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-AACTAGAATTGATGTCTACCA
65 AATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAA-TATAATTGATGTCAACCT
* *
1302 CAAGATACATAATGAAAAAGGCATTCATT-GCTAAGAAAAGTC
129 CAAGAAACGTAA-GAAAAAGGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTC
*
1344 CATTTATAGTCACCCATTCCTT
1 CATTTATAGTCACCTATTCCTT
1366 CAA
Statistics
Matches: 678, Mismatches: 174, Indels: 55
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 59 0.09
171 266 0.39
172 245 0.36
173 101 0.15
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
CATTTATAGTCACCTATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCAAA
ATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGATGTCAACCTCA
AGAAACGTAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
Found at i:963 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 315--1368 Score: 1329
Period size: 343 Copynumber: 3.1 Consensus size: 342
305 NNNNNNNNNN
* * * * * *
315 CATTTATAGTCACCCATTCCTCCAGAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTGTAATCTGAAA
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* * ** *
380 ATTGAGTGAAATTTGAATTCTTTAAACAATATTGGTCAAAAAAGATTATAATTCAAAGTCAACCT
66 ATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTATTGGTCAAAAAAGATTATAATTCAAAGTCAACCT
* * *
445 CCAGAAATGTGAAGTTAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTAATAATCACTCA-TTCTTT
131 CCAGAAATGTGAAGATAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAATCACCCATTTC-TT
* ** * * *
509 CAAAAAGCCTTATTACTCGTTTTACATTATTTTATAATGCCATATTTGATTTTAAATAAAACG-T
195 C-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTAAA-GTT
* * * **
573 TTTCACTTTTTTGGCTAAAACAGAAGAGAATTGATGTCTACCTCGAGAAACGTAATGAAAAAGGC
258 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGATGTCTACCTCGAGAAACGTAATGAAAAAGGC
638 ATTCGTTGGTAAGAAAAGTC
323 ATTCGTTGGTAAGAAAAGTC
* *
658 CATTTATAGTCACCTATTCCTTAAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* * ** * * * * **
723 ATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATCTCAACCT
66 ATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTATTGGTCAAAAAAGATTATAATTCAAAGTCAACCT
** * * * * * * * *
788 TAAGAAATGTGAAAAAAAAGGTATACATTGGCAAGAAAAATCCGTTTATAGTCACCCATTTCTTC
131 CCAGAAATGTGAAGATAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAATCACCCATTTCTTC
* *
853 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTTAGTTAAAGTTTTT
196 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTT
* * * * ** **
918 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAATCTCGAGAAACGCAAACAAAAAGTTAT
261 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG-ATGTCTACCTCGAGAAACGTAATGAAAAAGGCAT
* *
983 TTGTTGGGAAGAAAAGTC
325 TCGTTGGTAAGAAAAGTC
*
1001 CATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* * *
1066 ATTGATTTCAATTTGAATTCTTTGTACATTGTTGGTCAAAAAAGATTATAATTCAAAGTCACCCT
66 ATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTATTGGTCAAAAAAGATTATAATTCAAAGTCAACCT
* * * * *
1131 CCAGAAACGTGAAGGTAAAGGCATTCATTGGCATGAAAAGTCTATTAATAATCACCTATTTCTTC
131 CCAGAAATGTGAAGATAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAATCACCCATTTCTTC
* * * *
1196 AGAAAGCCTAATTACTTGCTTTACATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTT
196 A-AAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTT
* * * * * *
1261 TTACATTTTTGGTTAAAATAAACTAGAATTGATGTCTACCACAAGATACATAATGAAAAAGGCAT
260 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGATGTCTACCTCGAGAAACGTAATGAAAAAGGCAT
* *
1326 TCATTGCTAAGAAAAGTC
325 TCGTTGGTAAGAAAAGTC
1344 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
1 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
Statistics
Matches: 593, Mismatches: 114, Indels: 8
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 79 0.13
343 425 0.72
344 88 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
ATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTATTGGTCAAAAAAGATTATAATTCAAAGTCAACCT
CCAGAAATGTGAAGATAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAATCACCCATTTCTTC
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTT
TACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGATGTCTACCTCGAGAAACGTAATGAAAAAGGCATT
CGTTGGTAAGAAAAGTC
Done.