Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402524.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5598.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2951
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Warning! 229 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:773 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 443--1120 Score: 660
Period size: 172 Copynumber: 3.9 Consensus size: 170
433 NNNCAAAGGC
* * * * *
443 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTCAATTTTTTTACATT
1 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATT
* * * * *
508 ATTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTG
66 ATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG
* **********
573 GTAAGAAAAGTCNNNNNNNNNNCACCCATTTCTTCAAAAGT
131 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAA-T
* * * * *
614 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTATTATAATCTCATAATTAATTTCAGGTTCAATATTTTTTACAC
1 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAGGTTCAAT-TTTTTTACAT
* * *
679 TATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGCCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCACT
65 TATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATT
* *
744 GGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTTCTTTCAAAAT
130 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTC-TTCAAAAT
* *********
786 CCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTNNNNNNNNNNTTTTTTAC
1 -CTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTTATAATCTCAAAATTAATTTT-AGGTTCAATTTTTTTAC
* * *
851 ATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCATGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTC
63 ATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAATGTGAAGAAAAAGGCATTC
* * * *
915 ATTGATAAGAAAAGTCCACTTATTGTCACGC-TTTCCTTCAAAACC
127 ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTT-CTTCAAAA-T
* * ** * * *
960 CTTGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGGTTTTAAGTTTAATTTTTTTTTACT
1 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAGGTTCAA--TTTTTTTACA
* * * * * * *
1025 TTCTTGGTTGAAACAGATTATAATTCAATGTCTACATTGAGAAATATG-AGGAAAAGGTATTCAT
64 TTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCAT
* *
1089 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT
129 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
1121 CCTTTNNNNN
Statistics
Matches: 416, Mismatches: 79, Indels: 22
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 49 0.12
172 149 0.36
173 106 0.25
174 112 0.27
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAGGTTCAATTTTTTTACATT
ATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTG
ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAT
Found at i:956 original size:346 final size:336
Alignment explanation
Indices: 496--1125 Score: 674
Period size: 346 Copynumber: 1.8 Consensus size: 336
486 TTAGATTCAA
* * *
496 TTTTTTTACATTATTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCCTCAGAAACGTGAAGAAAA
* ********** ** *
561 AGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCNNNNNNNNNNCACCCATTTCTTCAAAAGTCTTATTACTCGC
66 AGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCACTTATTGTCACCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCAC
* *
626 TTTAAATGGTATTATAATCTCATAATTAATTTCAGGTTCAA-TATTTTTTACACTATTGGTTAAA
131 TTTAAATGGTATTATAATCTCAAAATTAATTTCAAGTTCAATTATTTTTTACACTATTGGTTAAA
* * * * **
690 ACAGATTATAATTGAGTGCCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCACTGGTAAGAAAAG
196 ACAGATTATAATTCAATGCCTACATTGAGAAATATG-AGAAAAAGGCATTCACTGACAAGAAAAG
*
755 CCCATTTATAGTCACCCATTTCTTTCAAAATCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTTATAATCT
260 CCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAAATCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTTATAATCT
820 CAAAATTAATTT
325 CAAAATTAATTT
*
832 TNNNNNNNNNNTTTTTTACATT-TTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCATGAA
1 T----------TTTTTTACATTATTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCCTCA-GAA
* * *
895 ATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCACTTATTGTCACGC-TTTCCTTCAAAAC
54 ACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCACTTATTGTCACCCATTT-CTTCAAAAC
* * * ** * * *
959 CCTTGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGGTTTTAAGTTTAATTTTTTTTTAC
118 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTATAATCTCAAAATTAATTTCAAGTTCAATTATTTTTTAC
** * * * * * *
1024 TTTCTTGGTTGAAACAGATTATAATTCAATGTCTACATTGAGAAATATGAGGAAAAGGTATTCAT
183 ACTATTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGCCTACATTGAGAAATATGAGAAAAAGGCATTCAC
* *
1089 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTT
248 TGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT
1126 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 48, Indels: 18
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
345 9 0.04
346 173 0.75
347 49 0.21
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (336 bp):
TTTTTTTACATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCCTCAGAAACGTGAAGAAAA
AGACATTCATTGATAAGAAAAGTCCACTTATTGTCACCCATTTCTTCAAAACCCTTATTACTCAC
TTTAAATGGTATTATAATCTCAAAATTAATTTCAAGTTCAATTATTTTTTACACTATTGGTTAAA
ACAGATTATAATTCAATGCCTACATTGAGAAATATGAGAAAAAGGCATTCACTGACAAGAAAAGC
CCATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAAATCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTTATAATCTC
AAAATTAATTT
Found at i:2632 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1627--2951 Score: 850
Period size: 170 Copynumber: 7.8 Consensus size: 172
1617 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1627 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACGTTATTAGTTAAAACAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
** * * * ** *
1692 ATTATAATTGAATACCCACCTT-TAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCC
65 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTATCAAGAAAAGTCC
* * * *
1756 CTTCATAATCACCGATTCCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTT
130 ATTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * *
1799 AAATGGTATTCATAAACTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATTTTGTTACCA-TTTTGGTTAAAACA
1 AAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-CATTTTTTGTTAAAACA
* * * *
1863 GATTATAATTGAAT-TTTGCC-TAGTGAAACTTGAAGAAAAA-AGCATTCATTGA-CAAGAAAAG
64 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATT-ATCAAGAAAAG
* * * * * *
1924 TCCACTTATAGTCATC-ATTCCTTTAAAAGCCTTGTTTCTCACTTT
127 TCCATTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
1969 AAATGGTTTTATAATCTAAAAATTAATTTTAAGTT-CATTTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAACAG
* * * * **
2032 ATTATAATTAAATGTCTACGTT-GAGAAACGTGAGGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
65 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTATCAAGAAAAGTC
* * * *
2095 TATTTATAGT-AACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
129 CATTTATAATCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * ********** ** *
2139 AAATGGTTTTGTAATCTCATACTTGATTTT-NNNNNNNNNNTTTTACATTTTTCATTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * ** *
2203 CTATAATTGAATGCCTACCTT-GAGAAACGT-ATAGAAAAACCCATTTATTTAT-AAGAAAAGTC
66 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGA-AGAAAAAGACATTCA-TTATCAAGAAAAGTC
* * * * *** *
2265 CATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAATTTTATTACTCGCTTT
129 CATTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * * * *
2309 AAATAGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTAGCTAAAA-ATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * * ********** * * * *
2373 CTATAATTAAATGTCTCCCTCA-AGAAACATGNNNNNNNNNNCATTTATTTGTTAA-AAAAGTCT
66 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCA-TTATCAAGAAAAGTCC
* * * *
2436 ATTGAT-AGC-CTCTCATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCACTTT
130 ATTTATAATCAC-CT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
2479 AAATAGTTTAATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
* * *
2544 CTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTATCAAGAAAAGTCTA
66 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTATCAAGAAAAGTCCA
* ** * *
2608 TTTATAATCACCTATTCGTTCAAAATTCTTAGTACTCGCTTT
131 TTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * * *
2650 AAATGGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAATTGAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
* * * *
2715 TTATAATTGAATGTCTACC-TCGTGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGCTC-AGAAAAGTCC
66 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATT-ATCAAGAAAAGTCC
* * **
2777 ATTTATATTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGTTT
130 ATTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
********* * * * * * * *
2819 NNNNNNNNNNTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTCAATTGGTTTTACATTGTTGGTAAAAACA
1 -AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
* * * * * * * **
2884 TATTACAATTGAATGTTTAGCTCA-AGAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
64 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTATCAAGAAAAGTC
2948 CATT
129 CATT
Statistics
Matches: 892, Mismatches: 225, Indels: 72
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.01
168 33 0.04
169 76 0.09
170 416 0.47
171 266 0.30
172 71 0.08
173 25 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTATCAAGAAAAGTCCA
TTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
Done.