Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402528.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5601.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* * **
1 ATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTATCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * * * * * * * *
66 AAGAAACATGAAGAAATACCCATTTATTGGCAACAAATGTCTATTTATAGTCA-CTCATGCCTTC
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTC
* * * *
130 AAAAGCCTTATTACTCGCTGTGAATGATTTTATAATCACATA
130 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
172 GTTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTAGTTAAAACA-AGTTATAATTGAATGTTGGCC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTGCC
* * * * * * * *
236 CTGGGAAATAAGAAGAAAAATCCATTCATTTG-CACA-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
64 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCA-TTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCC
*
299 TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
127 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
344 ATAGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATGTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * * * * *
409 GGGAAACGTGAAGAGAAAGCTATTCATTGACAAAAAAAGTACATTTATAGTCACCTAAGCCATCG
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
*
474 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAAGTTTTATAATCTCATA
131 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATA
* * * * ** * * * * **
516 ATCGATTGTAAGTTTAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATATTTTTCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * * * *
581 GTGAAACGTGAAGCAAAAG-TCATTGATGGACATA-AAAAGTCCATCTATAGTCA-CTCAAGCCT
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCT
* * ** *
643 TCGAAAGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
128 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
687 ATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * * * * ** *
752 G-GAAAACGTGAA-AAAAATAC-ATTTATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCC
66 GAG-AAACATGAAGAAAAA-GCTATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCT
* * *
813 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCACA
128 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** * * *
857 TTTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTTACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCAT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * * *
922 G-GAAAACATGAAGACAAAGCTATTCATTGATAAGTAAAGTTCATTTATAGTCATCC-ATGCCTT
66 GAG-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTAAGCCTT
** * *
985 CAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTGTACAATCTCATA
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
1028 ATTAATTTTAGGTTAAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAAAATATAATTGACTGTGTT-C
1 ATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGC
** * *
1092 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-TGATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATCGTCAACC-ATGC
63 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTAAGC
* * * *
1155 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTATAAACTCATA
126 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
1201 ATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * * * * * * **
1266 AAGAAACGTGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAA-AACAAATCTATTTATAGTCACCCATA-TTTT
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCTA-AGCCTT
* * * * * * * *
1329 CAAAAGCTTTAGTGCTTGCTTTAGATGATTTTATAACCTCAAA
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
1372 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGCTTAGAACAGATTGTAATTGAATCTTTGCCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * * * * * * **
1436 CAAAAACGTGAAGAAAAAG-TAATTTATT-AGCAACAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATCCCTT
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTT
* * * * *
1499 GAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAGATAGTTTTATAAACTCATA
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
1542 ATTGATTTT-AGACTGAATTTTCTTGCATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAGTTGAATGTTTGCAT
1 ATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * * *
1606 TGGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATCA-TCAACC-ATGCCT
65 TGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTC-ACCTAAGCCT
* * ** *
1669 TCGAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATGGTATTATAATCTCATA
128 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** * *
1713 ATTGATTTTAAGATGAATTTTTTCACATTTTTGATTAAAACAGATTGCAATCGAATGTTTACCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-
* * * * *
1778 T-AGAAATATGAAGAAAAACCTTATTATCCTCTATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATTGTCACTT
65 TGAGAAACATGAAGAAAAAGC----TAT--TC-ATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* * * *
1841 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGTTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
122 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * **
1891 ATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGGTTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * * * * * **
1956 GGGAAACACGATGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTCAGTCTTTG
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
* * *
2021 AAAGCCATATTACTCGCTTTAAATTGATTTTATATTCTCATA
131 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** * * * * *
2063 ATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATCTGTCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * *
2128 GAGAAACAT-AATGCAAAAG-TCA-TCTATTGGCATA-ACAAA-TCCATTTATAGTCA-TTCAAG
66 GAGAAACATGAA-GAAAAAGCT-ATTC-ATTGACA-AGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAG
** ** * * *
2187 TTTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTCAATGGTTTTGTAATCTCATA
125 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * * *
2234 ATTAATTTTAGGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAGTTGACTGTCTGTCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * * *
2299 GAGAAACGTTAAAAAAAAG-TCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTT
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTT
* *
2362 CAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ** * * * ***
2405 ATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACATTTTTAATTAAAA-AAATTGTATTTGAATGTTTATTTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * ** * *
2469 GAGAAATAAGAAGAAAAA-CTCATTTATTGTTAAGAAATGCCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTT
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTT
* ** * * *
2532 TAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCATTTTATAACCTTAAA
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
2575 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTTTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * * * * * **
2640 GGGAAACGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGAGAAAAAAAGTCTAATTATAGTTA-CTCATTCCTT
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTT
* * ** *
2703 GAAAAGCGC-TACTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
129 CAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
2746 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAAGAATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACC-
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * * * * *
2809 TAAGGAAACGTGGAGAAAAAGCCATTCATT-AGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCT
65 TGA-GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCT
* * * *
2873 TCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTGTAATCTCATA
128 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** *
2917 ATTAATTTTAAGTT-CATTTTTTTACTTTCTTTCATTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTGCCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * *** * * *
2981 CGAGATAGATGAAGAAAGAGCTATTCATTGGTTAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTC
65 TGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTC
* * *
3046 GAAAGTCTTATTGA-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
130 AAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ** * * **
3088 ATTGATTTTATA-TTGTA-TTTTTTACCTTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTATCT
1 ATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* ** ** * * *
3151 TGAGAAACATGAAGCAAAAGCCGTGAATTGATATGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCAAGCCTT
65 TGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTT
* * * ** * *
3215 CAAAAGCTTTATTATTCTCTAAAAATAGTTTTATAATATCATA
129 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
3258 ATTGATTATAAGTTGAATGTTTTGACATTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGTATGTTTGCCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
** *
3323 -AGGAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCATTCG-TTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTACA-CC
66 GA-GAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA-AGCC
3384 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
127 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * *
3429 AATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCTTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * *
3494 AAGAAACATGAAGAAAAATCTATTCATTGATC-AGACAAGTCTATTTATAGTCATCC-ATA-CCT
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTA-AGCCT
* **
3556 TTAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
128 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * **
3600 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTGGTTGAAACAGATTATAATTAAATGTTTAACTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
** * * ** * *
3665 GAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTAATAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
66 GAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
* ** * *
3730 AAAGCTTTATTTTTTGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATA
131 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
*
3771 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
Statistics
Matches: 2931, Mismatches: 592, Indels: 204
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.00
170 560 0.19
171 1627 0.56
172 445 0.15
173 151 0.05
174 5 0.00
175 2 0.00
177 5 0.00
178 126 0.04
179 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
GAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
Found at i:1022 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1--3793 Score: 2981
Period size: 341 Copynumber: 11.1 Consensus size: 337
* * *
1 ATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTATCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* ** * * *
66 AAGAAACATGAAGAAATACCCATTTATTGGCAACAAATGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
65 GA-AAACATGAAGAAA-AATCATTTATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * * *
131 AAAGCCTTATTACTCGCTGTGAATGATTTTATAATCACATAGTTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *** * *
196 ACATTTTTTAGTTAAAACA-AGTTATAATTGAATGTTGGCCCTGGGAAATAAGAAGAAAAATCCA
192 ACA-TTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTGTCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCTA
* * * *
260 TTCATTTGCA-CA-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
255 TTCA-TTG-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
323 AAATGGTTTTATAATCTCATA
317 AAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
344 ATAGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATGTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * * * * * *
409 GGGAAACGTGAAGAGAAAGCTATTCATTGACAAAAAAAGTAC-ATTTATAGTCACCTAAGCCATC
65 -GAAAACATGAAGAAAAATC-ATTTATTG-CAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * *
473 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAAGTTTTATAATCTCATAATCGATTGTAAGTTTAATTTTT
126 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * *
538 TTAAATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTAAATATTTTTCTTGTG-AAACGTGAAGCAAAAG-
190 TTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTG-GAAAACGTGAAGAAAAAGC
* * * * * * * **
600 TCATTGATGGACATA-AAAAGTCCATCTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTTACT
253 T-ATTCATTGATA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
*
664 TTAAATGGTTTTACAATCTCATA
315 TTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
687 ATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * *
752 GGAAAACGTGAA-AAAAATACATTTATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCCTCA
65 -GAAAACATGAAGAAAAAT-CATTTATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * * *
816 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCACATTTGATTTTAAGTTAAATTCTTTT
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
881 ACATTTTTACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCATGGAAAACATGAAGACAAAGCTATT
192 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCTATT
* * **
946 CATTGATAAGTAAAGTTCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT
257 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
1011 GGTTGTACAATCTCATA
321 GGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
1028 ATTAATTTTAGGTTAAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAAAATATAATTGACTGTGTT-C
1 ATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTAC
* * * * *
1092 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTGATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATCGTCAACCATGCCT
62 CTTGA-AAACATGAAGAAAAA-TCATTTATTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * * *
1157 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTT
124 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * ** *
1222 TTTACTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATC
189 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGC
* ** * * *** * * * *
1286 CATTCATTGGCAA-AACAAATCTATTTATAGTCACCCATATTTTCAAAAGCTTTAGTGCTTGCTT
253 TATTCATTGATAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
1350 TAGATGATTTTATAACCTCAAA
316 TAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
1372 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTGCTTAGAACAGATTGTAATTGAATCTTTGCCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-
** * * * * * *
1436 CAAAAACGTGAAGAAAAAGTAATTTATTAGCAACAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATCCCTTGA
64 TGAAAACATGAAGAAAAA-TCATTTATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * * *
1501 AAAGTCTTATTACTCGCTTTAGATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTT-AGACTGAATTTTCT
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTT
* * * * * * *
1565 TGCATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAGTTGAATGTTTG-CATTGGGAAACGTAAAGAAAAAGCCA
191 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTC-TTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCTA
* * **
1629 TTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATCA-TCAACCATGCCTTCGAAAGGCTTATTACTTACTTTA
255 TTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTC-ACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*
1693 AATGGTATTATAATCTCATA
318 AATGGTTTTATAATCTCATA
* ** *
1713 ATTGATTTTAAGATGAATTTTTTCACA-TTTTTGATTAAAACAGATTGCAATCGAATGTTTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * * *
1777 CT-AGAAATATGAAGAAAAACCTTATTATCCTCTATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATTGTCACT
64 -TGA-AAACATGAAG-AAAA----ATCAT--T-TATT-GCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * * * * * *
1840 TAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGTTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
117 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * ** *
1905 AAATGTTTTTATATTTTT-GATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGGT-TTGGGAAACACGAT
182 GAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGTCTTGGAAAACGTGAA
* * * * ** *
1968 GAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACC-TCAGTCTTTGAAAGCCATATT
245 GAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAT--GCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
2032 ACTCGCTTTAAATTGATTTTATATTCTCATA
308 ACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * **
2063 ATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATCTGTCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * ** * **
2128 GAGAAACAT-AATGCAAAAGTCATCTATTGGCATA-ACAAA-TCCATTTATAGTCATTCAAGTTT
65 GA-AAACATGAA-G-AAAAATCATTTATT-GCA-AGA-AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCT
** * * * * * * *
2190 TTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTCAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAATTGT
124 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * *
2255 TTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAGTTGACTGTCTGTCTT-GAGAAACGTTAAAAAAAAG-
189 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGC
* * *
2318 TCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCTT
253 T-ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
2383 TAAATAGTTTTATAATCTCATA
316 TAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * * **
2405 ATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACATTTTTAATTAAAA-AAATTGTATTTGAATGTTTATTTT
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* * * * * * * * *
2469 GAGAAATAAGAAGAAAAACTCATTTATTGTTAAGAAATGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTA
65 GA-AAACATGAAGAAAAA-TCATTTATTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
** * * *
2534 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCATTTTATAACCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** *
2599 ATATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAG-TCAT
192 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCT-AT
* * * * * * * * **
2663 TCATTGAGAAAAAAAGTCTAATTATAGTTACTCATTCCTTGAAAAGCGC-TACTACTCATTTTAA
256 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAA
*
2727 ATAGTTTTATAATCTCATA
319 ATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
2746 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAAGAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTA
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-
* * * * * * * * *
2811 AGGAAACGTGGAGAAAAAGCCATTCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCA
64 TGAAAACATGAAGAAAAA-TCATTTATT-GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * * *
2876 AAAACCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-CATTTTTTT
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
2940 ACTTTCTTTCA-TTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTG-CCTCGAGATA-GATGAAGAAAGAGC
192 ACATT-TTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGA-AAACG-TGAAGAAAAAGC
* * * * * * * *
3002 TATTCATTGGTTAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTGA-TCACTT
253 TATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTT
3066 TAAATGGTTTTATAATCTCATA
316 TAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
3088 ATTGATTTTATA-TTGTATTTTTTACCTTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTATCTT
1 ATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
** * ** * *
3152 GAGAAACATGAAGCAAAAGCCGTGAATTG-ATATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
65 GA-AAACATGAAG-AAAAATCATTTATTGCA-A-GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * ** * * * *
3216 AAAAGCTTTATTATTCTCTAAAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTATAAGTTGAATGTTTT
126 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
3281 GACATTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGTATGTTTGCCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAG-TC
191 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTT-GGAAAACGTGAAGAAAAAGCT-
* * **
3344 ATTCATTCG-TTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
254 ATTCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
3408 AAATGGTTTTATAATCTCATA
317 AAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * * *
3429 AATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCTTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * * *
3494 AAGAAACATGAAGAAAAATCTATTCATTG-ATCAGACAAGTCTATTTATAGTCATCCATACCTTT
65 GA-AAACATGAAGAAAAATC-ATTTATTGCA--AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
**
3558 AAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
126 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * ** * *
3623 TATATATTTGGTTGAAACAGATTATAATTAAATGTTTAACTT-GAGAAATGTGAAGAAAAAGCCA
191 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCTA
* * * * * * ** *
3687 TTTATTGGTAATAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCTTTATTTTTTGCTTTAA
255 TTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
*
3752 ATGGTTTTATGATCTCATA
319 ATGGTTTTATAATCTCATA
*
3771 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
3794 TAC
Statistics
Matches: 2761, Mismatches: 577, Indels: 226
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 36 0.01
341 949 0.34
342 692 0.25
343 537 0.19
344 270 0.10
345 2 0.00
346 6 0.00
347 2 0.00
348 6 0.00
349 181 0.07
350 68 0.02
351 11 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (337 bp):
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
AAAACATGAAGAAAAATCATTTATTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATT
GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATA
Found at i:1713 original size:512 final size:506
Alignment explanation
Indices: 1--3796 Score: 3172
Period size: 512 Copynumber: 7.4 Consensus size: 506
* * *
1 ATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTATCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TT-TCTT
* * * ** * ** * * * * *
66 AAGAAACATGAAGAAATACCCATTTATTGGCAACAAATGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
64 GAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCG
* ** * * * * * * *
131 AAAGCCTTATTACTCGCTGTGAATGATTTTATAATCACATAGTTGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
128 AAAGGCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
** ** ***
196 ACATTTTTTAGTTAAAACA-AGTTATAATTGAATGTTGGCC-CTGGGAAATAAGAAGAAAAATCC
193 ACA-TTTTT-GTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTACCTC-AAGAAACGTGAAGAAAAATCC
* * *
259 ATTCATTTGCACAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
254 ATTCATTAGCA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
323 AAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATGTTTGGTTAAAACATA
317 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGA
* * * *
388 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAGAAAGCTATTCATTGACAAAAAAAGTAC-A
381 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGACAAGAAAAGT-CTA
* * *
452 TTTATAGTCACCTAAGCCATCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAAGTTTTATAATCTCATA
444 TTTATAGTCACCCATGCC-TTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * *
516 ATCGATTGTAAGTTTAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATATTTTTCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT-GA-ATGTTTCTT
* * * * * *
581 GTGAAACGTGAAGCAAAAGTCATTGATGGACATA-AAAAGTCCATCTATAGTCACTCAAGCCTTC
64 GAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTC
* * *
645 GAAAGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTT
127 GAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * ** *
710 TATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAAACGTGAA-AAAAATACA
192 TACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAATCCA
* * * * * *
773 TTTATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
255 TTCATTAGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
838 ATGGTTTTGTAATCTCACATTTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTTACTTAAAACAGATT
319 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGCTTAAAACAGATT
* * * * * *
903 ATAATTGAATGTCTGTCATG-GAAAACATGAAGACAAAGCTATTCATTGATAAGTAAAGT-TCAT
383 ATAATTGAATGTTTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGACAAGAAAAGTCT-AT
* * ** * * *
966 TTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTGTACAATCTCATA
445 TTATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
1028 ATTAATTTTAGGTTAAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAAAATATAATTGACTGTGTTCC
1 ATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TT-C
* * * ** * *
1093 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGTGATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATCGTCAACCATGCCTT
62 TTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCAAGCCTT
* * * * *
1158 CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTATTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTT
126 CGAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
* * *
1223 TTACTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATCCA
191 TTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATCCA
* * * ** * * * * *
1288 TTCATTGGCAAAACAAATCTATTTATAGTCACCCATATTTTCAAAAGCTTTAGTGCTTGCTTTAG
255 TTCATTAGCAAAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * *
1353 ATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGCTTAGAACAGATTG
319 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGATTA
* ** * * * *
1418 TAATTGAATCTTTGCCTCCAAAAACGTGAAGAAAAAGTAATTTATT-AGCAACAAAAGTCTATTT
384 TAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGT-ATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTT
* * * * *
1482 ATTGTCACCCATCCCTTGAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAGATAGTTTTATAAACTCATA
447 ATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
1542 ATTGATTTT-AGACTGAATTTTCTTGCATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAGTTGAATGTTTGCAT
1 ATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-C-T
* * * *
1606 TGGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATCA-TCAACCATGCCTT
63 TGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTC-ACCAAGCCTT
* * *
1670 CGAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATGGTATTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTT
126 CGAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
* ** * * **
1735 TCACATTTTTGATTAAAACAGATTGCAATCGAATGTTTACCTCTAGAAATATGAAGAAAAA-CCT
191 TTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATCC-
* * ** * *
1799 TATTATCCTCTATTGGCACAAAAAGTCCATTTATTGTCACTTA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTAT
254 ----AT--TC-ATTAGCA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
1863 TCGTTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTATATTTTTGATTA
310 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGCTTA
* * * ** * * * *
1928 AAATAGACTATAATTGAATGTCTGGTTTGGGAAACACGATGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
374 AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGACAAGAAA
* * * * *
1993 AGTCAATTTATAGTCACCTCA-GTCTTTG-AAAGCCATATTACTCGCTTTAAATTGATTTTATAT
438 AGTCTATTTATAGTCACC-CATG-CCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAA
2056 TCTCATA
500 TCTCATA
* * * * * * *
2063 ATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATCTGTCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TCTT
* * * * **
2128 GAGAAACAT-AATGCAAAAGTCA-TCTATTGGCATAA-CAAA-TCCATTTATAGTCATTCAAGTT
64 GAGAAACGTGAA-GAAAAAGTCATTC-ATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCC
* * * * * *
2189 TTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTCAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAATT
124 TTCGAAAGGCTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
* * * * * ** ** * *
2253 GTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAGTTGACTGTCTGTCTTGAGAAACGTTAAAAAAAAG
188 TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-
* * * *
2318 T-CATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCCTATTACTCGCT
251 TCCATTCATTAGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * **
2382 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACATTTTTAATTAAAA-A
315 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGCTTAAAACA
* * * *** * * * * ** * * *
2446 AATTGTATTTGAATGTTTATTTTGAGAAATAAGAAGAAAAACTCATTTATTGTTAAGAAATGCCC
379 GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCT
* * * * * *
2511 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCA-TTTTATAACCTTAAA
443 ATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATA
* *
2575 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTTTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT--CTT
* * * * * * **
2640 GGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCTAATTATAGTTACTCATTCCTT-G
64 GAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCG
* * * * * *
2704 AAAAGCGC-TACTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
128 -AAAG-GCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
* * * * *
2768 TAAGAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCT-AAGGAAACGTGGAGAAAAAGCC
191 TTA-CATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAA-GAAACGTGAAGAAAAATCC
* ** * *
2832 ATTCATTAGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTA
254 ATTCATTAGCA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
2897 AAAGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTCATTTTTTTAC-TTTCTTTCATTAAAACAGA
318 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTT-TTGC-TTAAAACAGA
* * * * * *** * *
2961 TTATAATTGATTGTTTGCCTCGAGATAGATGAAGAAAGAGCTATTCATTGGTTAGAAAAGCCCAT
381 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* * * * *
3026 TTATAGTTACCCAAGCCTTCG-AAAGTCTTATTGA-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
445 TTATAGTCACCCATGCCTT-GAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
3088 ATTGATTTTATA-TTGTA-TTTTTTACCTTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTATCT
1 ATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TT-TCT
* * * * ** * *
3151 TGAGAAACATGAAGCAAAAGCCGTGAATTGATATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
63 TGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTC
* * * * * * *
3216 -AAAAGCTTTATTA-TT-CTCTAAAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTATAAGTTGAATGT
127 GAAAGGC-TTATTACTTACT-T-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * * * * * *
3278 TTTGACATTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGTATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGT
189 TTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-T
* * * * * *
3343 -CATTCATTCGTTAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
252 CCATTCATTAG-CAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
3407 TAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-CATTAAAATA
316 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGC-TTAAAACA
* * * * *
3471 GATTATAATTGAATGTCTGCTTTAAGAAACATGAAGAAAAATCTATTCATTGATC-AGACAAGTC
379 GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GTATTCATTGA-CAAGAAAAGTC
* * * ** *
3535 TATTTATAGTCATCCATACCTTTAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
442 TATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
3600 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTGGTTGAAACAGATTATAATTAAATGTTTAACTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT--CTT
* * * * * *
3665 GAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTAATAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTC-
64 GAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCG
* ** * *
3729 AAAAGCTTTATTTTTTGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
128 AAAGGC-TTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
3794 TAC
192 TAC
Statistics
Matches: 2623, Mismatches: 545, Indels: 228
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
510 10 0.00
511 35 0.01
512 905 0.35
513 571 0.22
514 447 0.17
515 253 0.10
516 6 0.00
517 3 0.00
518 3 0.00
519 72 0.03
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522 11 0.00
523 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (506 bp):
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCTTGA
GAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCGAAA
GGCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATCCATTCATT
AGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
CATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
Done.