Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402530.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5603.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2933
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.11, T:0.35
Warning! 315 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1807 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 455--2408 Score: 1012
Period size: 171 Copynumber: 11.4 Consensus size: 167
445 NNNNAAGCCT
** * *
455 TATTACTTGCTTTCAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTTACATTT
* * * * * * *
520 TT-GTTTACAACATATTAGAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAGAT-ATTCATTA
64 TTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAA-GTCT-GCTTAGGAAACATGAAGAAAA-ATCATTCATTC
* * * * * * **
583 ACAAAAAAAGTACATTTATAGTCATCGATGCCTTCAAAATCTT
125 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCA
* * *
626 TATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTAAAGTTTTTAACATTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TT-AATTTTTTTACATTT
* ** * * * * * *
690 TTAGTTAAGACGGATTATAATTAAATATTTATCTCATGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-G
64 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA-GTCT-GCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-TCATTCATTCG
* * ** ** *
754 -ATAGGAAAAG-CCTATTTATTGTCACCCAAGCCTTTGAAAGTCT
126 CA-A-GAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCA
* ** * * *******
797 TATTACTCACTTTACATAATTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTNNNNNNNN
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTT-TACATTT
** * * ** * ** * *
862 NNA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTTCCTCGGGATATGTGAAGAAAAAGCCACTCATT-G
64 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA-GT-CTGCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-TCATTCATTCG
* *
925 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCC
126 -CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCA
* * * * * *
968 CATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAAATGATGTGAAGTTGAAATTTTTTTACATTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--AATTTTTTTACATTT
* * * * * * ** * *
1033 TTAGTTAAAACATATTATAACTAAATGCCTGCTTCAGAAAATGTGAAAAAAAGAT-ATTCATTAG
64 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA-GTCTGCTT-AGGAAACATGAAGAAAA-ATCATTCATTCG
* ********** * *
1097 TAAGAAAAGTCCATTTANNNNNNNNNNTGCCTTTAAAAACCT
126 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCA
** * ** * *
1139 TATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTTTTAATTGATTTTAAGTGAAATATTTTTTATATTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAAT-TTTTTTACATTT
* * * * * ** * * * **
1204 TCAGTTCAAATAGATTATATTTAAATGTCTGGCTCAAAAAACATAAAGAAAGAGCTATTCGCT-G
64 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA-GTCT-GCTTAGGAAACATGAAGAAAAATC-ATTCATTCG
* * ** * *
1268 ACAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCT
126 -CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCA
* ********** *
1311 TATTACTCAATTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT-ACATTT
* * * * ** * *
1376 TTA-TTAAAAT-GTATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAACCAAAAGCCATCCATTG
64 TTAGTTAAAATAG-ATTATAATTGAA-GTCT-GCTTAGGAAACATGAA-GAAAAATCATTCATTC
* * * * * * * * *
1439 GTACGAAAAGT-CTTTTCATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCT
125 GCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCA
********** * * * * * * *
1482 TATNNNNNNNNNNAAATAGTTTTATAATATCATAATTGGTTTTTAGTTGAATTGTTTTATATTCT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTT
* * * * ** * * *
1547 TGGTTAAATATAGATAATAATTGAATGTCGGTCTCAAAAAATATGAAAAAAAAGTCATTCATTGG
65 TAGTTAAA-ATAGATTATAATTGAA-GTCTG-CTTAGGAAACATGAAGAAAAA-TCATTCATTCG
*
1612 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCA
126 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCA
* * * * *
1654 TATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTGAGTTAATTTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTACATTTT
* * *
1719 TAATTAAAATAGATTATAATTGAACGTCTGCTTAGGGAACATAAAGGAAAAATCATTCATTCGCA
65 TAGTTAAAATAGATTATAATTGAA-GTCTGCTTAGGAAACATGAA-GAAAAATCATTCATTCGCA
* * * *
1784 AGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCGAAAACCT
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCA
* * * *
1824 TATTACT-AGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTGAATTTTTTAACATTT
1 TATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTT
* * * *
1888 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG-TCTAGGAAACATGAAGGAAAAGTTATTCATTCG
64 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA-GTCTGCT-TAGGAAACATGAA-GAAAAATCATTCATTCG
* * * * ** *
1952 CAAGAAAAGTCCATTGATTGTAACCCATACCTTTGAAAGCC-
126 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCA
** * * **
1993 TCATTACTGGCTTTAAATGGTTTTATAACCACATAATTGATTTTAAGTTGAAACTTTTTACATTT
1 T-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTT
** * * * * * * * *
2058 TGGGTTCAAATAGATTATATTTAAAAGTCTGCTTTGAAAAACATGAAGAAAGAGCTATTCATTAG
64 TTAGTTAAAATAGATTATAATT-GAAGTCTGCTTAG-GAAACATGAAGAAAAATC-ATTCATTCG
* * * * * **
2123 TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCGTTCAAAAATTA
126 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCA
* * *
2165 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAGTTTTTTAACATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTACA-TTT
* * * ** * *
2230 TTA-TTAAAAGAAATT-TGAATTAGAAGTCTACCACAGGAAACTTGAAGAAAAAGTCATTCATTG
64 TTAGTTAAAATAGATTAT-AATT-GAAGTCT-GCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-TCATTCATTC
* * * * ** *
2293 GTAAGAAACGCCCATTTATAGTCACCCAAGGATT-AAAAAGCCT
125 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAA-CCA
* * *
2336 TATTACTTACTTTAAATTGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTT
2401 TAGTTAAA
65 TAGTTAAA
2409 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1346, Mismatches: 381, Indels: 112
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 360 0.27
171 717 0.53
172 257 0.19
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTT
AGTTAAAATAGATTATAATTGAAGTCTGCTTAGGAAACATGAAGAAAAATCATTCATTCGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCA
Found at i:2199 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1495--2230 Score: 788
Period size: 340 Copynumber: 2.2 Consensus size: 342
1485 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1495 AAATAGTTTTATAATATCATAATTGGTTTTTAGTTGAATTGTTTT-ATATTCTTGGTTAAATATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAACATTTTTGGTTAAATATA
* *
1559 GATAATAATTGAATGTCGGTCTCAAAAAATATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
65 GATAATAATTGAATGTCGGTCTCAAAAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTCGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
1624 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAACCATATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
130 ATTGATAGTAACCCATACCTTCCAAAACCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCACATAA
* ** * * * *
1689 TAGATTTTGAGTTAATTTTTTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAACGTCTGCTTAG
195 TAGATTTTAAGTTAATACTTTTTACATTTTGAATTAAAATAGATTATAATTAAAAGTCTGCTTAG
** * * * *
1754 GGAACATAAAGGAAAAATCATTCATTCGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCGAA
260 AAAACATAAAGGAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCGAA
*
1819 AACCTTATTACTAGCTTT
325 AAACTTATTACTAGCTTT
* * *
1837 AAATGCTTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAA-ATAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAATATAG
* ** ** ** *
1901 ATTATAATTGAATGTTTGTCT-AGGAAACATGAAGGAAAAGTTATTCATTCGCAAGAAAAGTCCA
66 ATAATAATTGAATGTCGGTCTCAAAAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCA
* ** * ** *
1965 TTGATTGTAACCCATACCTTTGAAAGCC-TCATTACTGGCTTTAAATGGTTTTATAACCACATAA
131 TTGATAGTAACCCATACCTTCCAAAACCAT-ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCACATAA
* ** * * *
2029 TTGATTTTAAGTTGAA-ACTTTTTACATTTTGGGTTCAAATAGATTATATTTAAAAGTCTGCTTT
195 TAGATTTTAAGTT-AATACTTTTTACATTTTGAATTAAAATAGATTATAATTAAAAGTCTGCTTA
* * * * *
2093 GAAAAACATGAA-GAAAGAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG-CGTT
259 G-AAAACATAAAGGAAAAAGC-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTC-TT
* **
2156 C-AAAAATTATATTACTCTCTTT
321 CGAAAAACT-TATTACTAGCTTT
*
2178 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTAACATTTTT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAACATTTTT
2231 TATTAAAAGA
Statistics
Matches: 323, Mismatches: 63, Indels: 17
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 148 0.46
341 127 0.39
342 47 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAATATAG
ATAATAATTGAATGTCGGTCTCAAAAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCA
TTGATAGTAACCCATACCTTCCAAAACCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCACATAAT
AGATTTTAAGTTAATACTTTTTACATTTTGAATTAAAATAGATTATAATTAAAAGTCTGCTTAGA
AAACATAAAGGAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAA
AACTTATTACTAGCTTT
Found at i:2908 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2533--2930 Score: 469
Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
2523 NNNNNNNAGC
* *
2533 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAAATTGAATATTTTTATAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATATTTTTATAT
* *
2598 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATATTTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATT
65 TTTTGATTAAAACAGATAATAATTAAATATTTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATT
* *
2663 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGGCTTCAACAGC
130 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGACTTCAACAGA
* * * *
2705 CTTATTACTCGCTATATATGGTTTAATAATCTCATAATTTATTTTAGAGTTGAATATTTTTATAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATATTTTTATAT
* * * ** * ** ** * *
2770 TTTTTATTACAACAGATAATAATTAAATGTTTGTCTTAGGAAATGTGAAGCGAAAGTCATTCTTT
65 TTTTGATTAAAACAGATAATAATTAAATATTTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATT
* * * *
2835 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATACTTTCGAA-A-A
130 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGAC-TTC-AACAGA
* * *
2876 CTTCATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAAGTTGAAT
1 CTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
2931 TTT
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 33, Indels: 9
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 16 0.08
172 171 0.90
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATT
TTTGATTAAAACAGATAATAATTAAATATTTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTG
GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGACTTCAACAGA
Done.