Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402537.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5610.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3663
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Found at i:320 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 57--3663 Score: 2690
Period size: 171 Copynumber: 21.1 Consensus size: 170
47 TACCTTCAAT
* * *
57 AGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTG
1 AGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* ** * * * * * **
121 TATTTTT-CATTAAATTATACTGTAATTGAATGTTTGCCTAGGGAAATGTGAAGCAAAAACCATT
65 CATTTTTGC-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAG-AAAAACCATT
*
185 CATTGTCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
128 CATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
* ** * * * *
228 AGACTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAATTTTAATTTTTTTAC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * *
293 ATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTACCTCA-AG-AACTATGAAGAAAAAGTCTTT
66 ATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGAGAAAC-ATGAAGAAAAA-CCATT
* * * **
356 CATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCAAG-CTTCCAAA
128 CATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TGAA
* *
399 AGCCTTATTACTTACTTTGAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTG-A-TTTTTTA
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * ** ** * *
461 CCTTTTTG-TTAAAATATG-TTGGAATTGAATGTCTGTTTTA-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCAT
65 CATTTTTGCTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTG-CCTAGAGAAACATGAAG-AAAAACCAT
* * * *
523 CCATTAG-CAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTAAA
127 TCATT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
* *
567 AGCCTTATTACTCA-TCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTCA
1 AGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * ** * * * * **
631 TATTTAT-CGTTAAAACAGAAAATAATTGAATGCCTGCTTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATT
65 CATTTTTGC-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATT
* * * * *
695 CATCAG-CAAGAAAGGTCCATTTACAGTCAC-CTATGCCTTCGAA
128 CAT-TGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAA
* * * * *
738 AGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTCTTTGC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * *
803 ATTTTTAG-TTAAAAC-GAATTAT-ATTAAATGTCTACCTTA-TGAAACATGAAGAAAAAACCAT
66 ATTTTT-GCTTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTGCC-TAGAGAAACATGAAG-AAAAACCAT
* * ** **
864 TCATTGGT-AGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
127 TCATT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
* * * * * * *
908 AGTCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTATGAGTTGAATTTTTTTAT
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * *
973 ATTTTTGGTTAAAACAAATTAT-GTTGAAATGTTTACCTTAG-GAAACATGAAGAGAAAACCATT
66 ATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTG-AATGTCTGCC-TAGAGAAACATGAAGA-AAAACCATT
* * * * **
1036 CACTAG-AAAGAAAAGTCTATTTATAGCCAC-CTATTCCTTCT-AA
128 CA-TTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTT-TGAA
* * * *
1079 AGCGTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * * *
1144 ATTTTT-CATTAAAATATACTATAATTGAATATTTACCTAGAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCC
66 ATTTTTGC-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAG-AAAAACCATTC
* * * * ***
1208 ATTGGCAAGAAAAATGCATTTATAGTCACCCATTTCTTTGAA
129 ATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
** * * ** ** *
1250 AGCCTTATTACTTGCTTTCAGTGGTTTTATGAA-CTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTCGTTAA
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
1314 CATTTTTTG-TTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTTTGA-AAACGTGAATAAAAAGCCAT
65 CA-TTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TAGAGAAACATGAAGAAAAA-CCAT
* * * ** *
1377 TAATAGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATA-CTTTTGAA
127 TCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAA
* * * * * * * *
1421 AGTCGTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATGACCTCATAATTGATTTTAAGTTTGAATTTCTTTG
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTA
* * * * * *
1486 CATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACTATTT
65 CATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAG-AAAAACCATTC
* * ** *
1551 ATTAGT-AAGAAAATTCCATTTATAGTAACTC-ATTCTTTCAAA
129 ATT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAA
* * ** * *
1593 AGGCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTGAGTTGAATTATTTTAC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * *
1658 ATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTCTGA-AAACGTGAAGAAAAAACTATTT
66 ATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGAGAAACATGAAG-AAAAACCATTC
** * * * * * *
1722 ATCATTAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTTAAA
129 ATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
* * *
1764 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAACTTTTTTT-
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTA
* * * * * * *
1828 CATTTTT-CATTAAAATATATTATAGTTGAATTTTTGCCCA-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
65 CATTTTTGC-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGA-GAAACATGAAG-AAAAACCAT
* ** ** ** *
1891 CCATTAACACTAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
127 TCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
* * * * * * *
1935 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACATTCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTGAC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * * ***
2000 ATTTTGGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTGTGCCTCA-AG-AACAATAAAGAAATGGTCATT
66 ATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGAGAAAC-ATGAAGAAA-AACCATT
* * * *
2063 TATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGCCAC-CTATA-CCTTTGAA
128 CATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A-AGCCTTTGAA
*** *
2106 AGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAG-TGAATTGTTTTTA
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTA
* ** * * * **
2170 TATTTTTTTATTAAAATA-AGCTATAATTGAATGTCTGCCTAGGGAAACATGAAGCAAAAGTCA-
65 CA-TTTTTGCTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAG-AAAAACCAT
* * * *
2233 ACTATTGGT-AGGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
127 TC-ATT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
* *
2278 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTT-AATTTTTGTTT
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTT-TTT
** * * * * **
2342 TACATTTTTTATTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCAT
63 TACATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAG-AAAAACCAT
* ** * *
2407 CCATTAAC-AGAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCGAA
127 TCATTGTCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
* *
2451 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTAT
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * ** * * **
2516 ATTTTTAG-GTAAAATAGATTAT-ATTGAATGTCTACCTTCAAAAACATGAATAAAAAATTATTC
66 ATTTTT-GCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAA-GAAAAACCATTC
* * * * * **
2579 ACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATTCCTTTGAA
129 ATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
* * * * * * *
2621 AGTCTTATTACACATTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTAC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * *
2686 ATTTTCGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTGCCTTGCA-AAATATGAAAAAAAAGCCATTC
66 ATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAG-AGAAACATGAAGAAAAA-CCATTC
* * *
2750 ATTAG-CAATG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-TCTTTAAA
129 ATT-GTCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAA
* * * * *
2792 AGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATCATCTTATAATTGATTTTAGGTT-ACATTTTTTTA
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTA
* * * * * * * * ** *
2856 TATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATAAAGTAAAAGTCATCC
65 CATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAG-AAAAACCATTC
* * *
2921 ATTAGT-ATA-AAAAGTGCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAA
129 ATT-GTCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
* ** * * * *
2963 AGACTTATTACTCACTTTAAATGACTTTATAATCCCATAATTAATTTAAAGTTGAATTTTTTTAT
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * *
3028 ATTTTTAG-TTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAAAGTGAAGAAAAAGGCATT
66 ATTTTT-GCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACA-TGAAGAAAAA-CCATT
** * **
3091 CATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAA
128 CATTG-TCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
* ** * * * *
3134 AGCCTTATTAATCGTTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTAC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * ** * * *
3199 ATTTTT-CATTAAAACAAATTATAATTGATTGTCCACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTC
66 ATTTTTGC-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTC
* * * * **
3263 ATTGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
129 ATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
* *
3305 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
3370 ATTTTT-CATTAAAA-TGAATTATAATTTAATGTTTGCCTTTAGAG-AA-ATGAAGAAAAACTTA
66 ATTTTTGC-TTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTGCC--TAGAGAAACATGAAGAAAAAC-CA
*
3431 TTCATTTGT-AGGAAAAG-CCTATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTTGAA
126 TTCA-TTGTCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAA
** * * * * * *
3476 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTACAACCTCATAATTCATTTTAGGATGAATTTTTTTAC
1 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
3541 ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGGAAAAGCCATTG
66 ATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TAGAGAAACATGAA-GAAAAACCATTC
* * *
3605 ATT-TATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA
129 ATTGT-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
3647 AGCCTTATTACTCACTT
1 AGCCTTATTACTCACTT
Statistics
Matches: 2771, Mismatches: 526, Indels: 278
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 108 0.04
169 34 0.01
170 356 0.13
171 1801 0.65
172 298 0.11
173 160 0.06
174 12 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAACCATTCAT
TGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
Found at i:1329 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 13--3663 Score: 3113
Period size: 342 Copynumber: 10.7 Consensus size: 342
3 ACAAAATCAC
** * * * *
13 TCATT-GATAAGAAAAGTTTATTTATAGTCGCTTATACCTTC-AATAGCCTTATTACTAGCTTTA
1 TCATTAGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCTAA-AGCCTTATTACTCGCTTTA
* * ** * *
76 AATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTGTATTTTTCATTAAATTATAC
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATAT
* * * * ** * * *
141 TGTAATTGAATGTTTGCCTAGGGAAATGTGAAGCAAAAACCATTCATTGTCACGAAAAGTCCATT
129 TATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** * *
206 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTG
194 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * *
271 ATTTTAATTTTAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTACCTCAAG-
259 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGA
* *
335 AACTATGAAGAAAAAGTCTT
324 AAC-ATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * ** *
355 TCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCAAG-CTTCCAAAAGCCTTATTACTTACTTTGA
1 TCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT-CTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
419 ATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTG-A-TTTTTTACCTTTTT-GTTAAAATATGT
65 ATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATAT
** *** * * * *
480 TGGAATTGAATGTCTGTTTTA-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAGAAGTCCAT
129 TATAATTGAATGTCT-ACCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
544 TTATAGTCACTCAAACCTTTAAAAGCCTTATTACTCA-TCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
193 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * ** * * *
608 TGATTTTAAATTGAATTTTTTCATATTTATCGTTAAAACAGAAAATAATTGAATGCCTGCTTTGG
257 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
**
673 GAAACATGAAGAAAAAGGTAT
322 GAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * *
694 TCATCAGCAAGAAAGGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAA
1 TCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
759 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTCTTTGCATTTTT-AGTTAAAACGA-AT
66 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAA-TATAT
* * * * * *
822 TAT-ATTAAATGTCTACCTTA-TGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCAT
129 TATAATTGAATGTCTACC-TAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* ** ** * * *
885 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
193 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * *
950 AATTATGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTAT-GTTGAAATGTTTACCTTAG
258 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG-AATGTCTGCCTTAG
1014 GAAACATGAAGAGAAAA-CCAT
322 GAAACATGAAGA-AAAAGCCAT
* * * * * **
1035 TCACTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCTATTCCTTCTAAAGCGTTATTACTTACTTTAAA
1 TCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
1100 TAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATACTA
66 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATATTA
* * * * * *
1165 TAATTGAATATTTACCTAGAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAATGCATTTA
131 TAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* *** ** * * **
1230 TAGTCACCCATTTCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTCAGTGGTTTTATGAA-CTCATAATCAA
196 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGA
** * * * * * *
1294 TTTTAAGTTGAATTCGTTAACATTTTTTGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTTTGAAA
260 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAA
* *
1359 ACGTGAATAAAAAGCCAT
325 ACATGAAGAAAAAGCCAT
* * ** * * * * *
1377 T-AATAGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCA-CTCAT-ACTTTTGAAAGTCGTATTACCCGCTTT
1 TCATTA-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * ** *
1439 AAATGGTTTTATGACCTCATAATTGATTTTAAGTTTGAATTTCTTTGCATTTTTGGTTAAAACAT
63 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAT
* * * * * * * *
1504 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACTATTTATTAGTAAGAAAATTCCA
127 ATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** * * *
1569 TTTATAGTAACTC-ATTCTTTCAAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
192 TTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * * * * *
1633 TCAATTTTGAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTCT
256 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-T
* * * *
1698 -GAAAACGTGAAGAAAAAACTAT
320 AGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * ** * * *
1720 TTATCATTAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGACTT-TAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 TCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* *
1784 ATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAACTTTTTTT-CATTTTTCATTAAAATATAT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATAT
* * * * * * ** ** **
1848 TATAGTTGAATTTTTGCCCA-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACACTAAAAGTTTAT
129 TATAATTGAATGTCTACCTAGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
1912 TTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACATTCTCATAATT
193 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * *
1977 GATTTCAAGTTGAATTTTTTGACATTTTGGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTGTGCCTCAAG
258 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG
* ** *
2042 -AACAATAAAGAAATGGTCAT
323 AAAC-ATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * *
2062 TTATTGGCAAA-AAAAGTCCATTTATAGCCACCTATACCTT-TGAAAGCCTTATTACTTGTTTTA
1 TCATTAG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
2125 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAG-TGAATTGTTTTTATATTTTTTTATTAAAATA-
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTTCATTAAAATAT
* * * * * * *
2188 AGCTATAATTGAATGTCTGCCTAGGGAAACATGAAGCAAAAGTCA-ACTATTGGTAGGAAAAGTC
127 A-TTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
2252 TATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
190 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * *
2317 ATTGATTTTGAGTT-AATTTTTGTTTTACATTTTTTATTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGC
255 ATTGATTTTAAGTTGAA--TTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * *
2381 C-TAGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCAT
317 CTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * *
2407 CCATTA-ACAGAAAAAGTCCATTTATAGTC-GCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
1 TCATTAGAAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
2470 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-AGGTAAAATAGA
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATATA
** * ** *** * *
2534 TTAT-ATTGAATGTCTACCTTCAAAAACATGAATAAAAAATTATTCACTGGCAAGAAAAGTCTAT
128 TTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * ** * * * * *
2598 TTATACTCACCCATTCCTTTGAAAGTCTTATTACACATTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATT
193 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
2663 GATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTCGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTGCCTT-GC
258 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-
* * *
2727 AAAATATGAAAAAAAAGCCAT
322 GAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * ** *
2748 TCATTAGCAATG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTT-TAAAAGCCTTATTACTCGCTCTA
1 TCATTAG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
2811 AATGGTTTTATCATCTTATAATTGATTTTAGGTT-ACATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATA
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATA
* * * * * * * * *
2875 TTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATAAAGTAAAAGTCATCCATTAGTATA-AAAAGTGCA
128 TTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCA
* * * ** *
2939 CTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGACTTTATAATCCCATAAT
192 TTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
3004 TAATTTAAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACCTT-G
257 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
* * *
3068 AAAAAAGTGAAGAAAAAGGCAT
322 GAAACA-TGAAGAAAAAGCCAT
* * * * *
3090 TCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTAATCGTTTTA
1 TCATTAGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
3153 AATAGTTTTGTAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTCATTAAAACAAAT
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATAT
* * * * * * * * *
3218 TATAATTGATTGTCCACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGCCCATT
129 TATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** *
3283 TATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTG
194 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* ** * * *
3348 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA-TGAATTATAATTTAATGTTTGCCTTTA-
259 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTGCC-TTAG
*
3411 GAGAA-ATGAAGAAAAA-CTTAT
322 GA-AACATGAAGAAAAAGC-CAT
* * * * *
3432 TCATTTGTAGGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCTAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
1 TCATTAGAAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * ** *
3495 AATAGTTTTACAACCTCATAATTCATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATAT
* * * ***
3560 TATAATTGACTGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGGAAAAGCCATTGATTTATAAGAAAAGTCCAT
129 TATAATTGAATGTCTACC-TAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
3624 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
193 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTT
Statistics
Matches: 2667, Mismatches: 556, Indels: 172
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 253 0.09
340 28 0.01
341 479 0.18
342 1190 0.45
343 544 0.20
344 34 0.01
345 128 0.05
346 9 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
TCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATATATTA
TAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
CATGAAGAAAAAGCCAT
Found at i:1813 original size:685 final size:680
Alignment explanation
Indices: 21--3663 Score: 3168
Period size: 685 Copynumber: 5.3 Consensus size: 680
11 ACTCATTGAT
** * * * *
21 AAGAAAAGTTTATTTATAGTCGCTTATACC-TTCAATAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATACCTTTGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * * *
85 ATAATATCATAATTGATTTTAA-ATTGAATTTTTTTGTATTTTTCATTAAATTATACTGTAATTG
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTG
* * * * ** *
149 AATGTTTGCCTAGGGAAATGTGAAGCAAAAACCATTCATT-GTCACGAAAAGTCCATTTATAGTC
129 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTAGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** ** ** * * * *
213 ACTCAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAA
192 ACTCATCCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGA
* * * * * *
278 TTTTAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGAC-TATAATTGATTGTCTACC-TCAAGAACTAT
257 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG-CTTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAC-GT
* * * *
341 GAAG-AAAAAGT-CTT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCAAG-CTTCCAAAAGC
319 GAAGAAAAAACTATTTATCATT---AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-CAAAAGC
* * *
402 CTTATTACTTACTTTGAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTG-A-TTTTTTACCT
380 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * ** ** *
464 TTTT-GTTAAAATATGTTGGAATTGAATGTCTGT-TTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAT
444 TTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATGT-T-TACCTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * ** *
527 TAGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTAAAAGCCTTATTACTCA-TCTTAAATGG
507 TGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGG
* * * * **
591 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTCATATTTATCGTTAAAACAGAAAATAA
571 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGATTATAA
* * ** *
656 TTGAATGCCTG-CTTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATCAGC
636 TTGAATGTCTGCCTTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTAAT-AGC
* * * * * *
702 AAGAAAGGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
767 TAATCTCATAATTGATTTTAA-ATTAAATTTCTTTGCATTTTT-AGTTAAAACGA-ATTAT-ATT
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAA-TATATTATAATT
* * *
828 AAATGTCTACCTT-ATGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGT
128 GAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * *
892 CACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTATG
191 CACTCATCCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTG
* ** * * * *
957 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTAT-GTTGAAATGTTTACCTTAGGAAACAT
256 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGCTTATAATTG-AATGTCTACCTT-GAAAACGT
* * * ** * * * * * *
1021 GAAGAGAAAACCATTCA-CTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCTATTCCTTCTAAAGCGTT
319 GAAGAAAAAACTATTTATC-ATTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * *
1085 ATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
383 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * *
1150 CATTAAAATATACTATAATTGAATATTTACCTAGAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA
448 CATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTA-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA
* * ** ** * *
1215 AGAAAAATGCATTTATAGTCACCCATTTCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTCAGTGGTTTTAT
512 AGAAAAGTGCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
** ** * * *
1280 GAA-CTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTCGTTAACATTTTTTGTTAAAACAGCTTATAATTGAA
577 -AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *
1344 TGTTTGCCTTTGAAAACGTGAATAAAAAGCCATTAATAGGC
641 TGTCTGCCTTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATA-GC
** * * * *
1385 AAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATACTTTTGAAAGTCGTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
1450 TGACCTCATAATTGATTTTAAGTTTGAATTTCTTTGCATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGA
* * * *
1515 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACTATTTATTAGTAAGAAAATTCCATTTATAGTAAC
130 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
1580 TCATTCTTTCAAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTGAGT
194 TCATCCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGT
* * * *
1645 TGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTCTGAAAACGTGAAG
259 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTCTACCT-TGAAAACGTGAAG
* * *
1710 AAAAAACTATTTATCATTAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTTAAAAGCCTTATTAC
323 AAAAAACTATTTATCATTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * *
1775 TCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAACTTTTTTT-CATTTTTCATT
388 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCATT
* * * * ** **
1839 AAAATATATTATAGTTGAATTTTTGCCCAAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACACTAA
452 AAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTAA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
** * * * * * * *
1904 AAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACATTC
516 AAGTGCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * ** * * * *
1969 TCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTGACATTTTGGGTTAAAACATATCATAATTGGATGTGT
581 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * ** * * *
2034 GCC--TCAAGAACAATAAAGAAATGGTCATTTATTGGC
646 GCCTTTGAA-AAC-ATGAAGAAAAAGCCA-TTAATAGC
* * * *
2070 AAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
2135 TAATCTCATAATTGATTTT--GAGTGAATTGTTTTTATATTTTTTTATTAAAATA-AGCTATAAT
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGATTGAATT-TTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATA-TTATAAT
* * * ** * * * *
2197 TGAATGTCTGCCTAGGGAAACATGAAGCAAAAGTCA-ACTATTGGTAGGAAAAGTCTATTTATAG
127 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAACCATTC-ATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * * * *
2261 TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
190 TCACTCATCCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
** * * * *
2326 GAGTT-AATTTTTGTTTTACATTTTTTATTAAAATATAC-TATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAA
255 GAGTTGAA--TTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACA-GCTTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AA
* * * * * * *
2389 ACGTGAAG-CAAAAGTCA--T-CCATTAACAGAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCGA
315 ACGTGAAGAAAAAACT-ATTTATCATT-A-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
*
2450 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTA
376 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * ** ***
2515 TATTTTT-AGGTAAAATAGATTAT-ATTGAATGTCTACCTTCAA-AAACATGAATAAAAAATTAT
441 CATTTTTCA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACC-T-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * * * * *
2577 TCACTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATACTCACCCATTCCTTTGAAAGTCTTATTACACATTTTAA
503 CCATTGGCAAGAAAAGTGC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * *
2641 CTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACA-TTTTCGGTTAAAACATAT
567 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTC-GTTAAAACAGAT
* * * *
2705 TATAATTAAATGTCTGCC-TTGCAAAATATGAAAAAAAAGCCATTCATTAGC
631 TATAATTGAATGTCTGCCTTTG-AAAACATGAAGAAAAAGCCATT-AATAGC
* * *
2756 AATG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTT
1 AA-GAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
2820 ATCATCTTATAATTGATTTT-AGGTT-ACATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATT
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTGA-ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATT
* * ** * * *
2883 GAATGTCTACATTGAGAAACATAAAGTAAAAGTCATCCATTAGTATA-AAAAGTGCACTTATAGT
128 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTAGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGT
** * ** * **
2947 CACTCAAGCCTTTAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGACTTTATAATCCCATAATTAATTTAA
191 CACTCATCCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTG
* * * * *
3012 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAAGTG
256 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTCTACCTTG-AAAACGTG
* * * * * *
3077 AAGAAAAAGGC-ATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAGCCTT
320 AAGAAAAA-ACTATTTA-TCATTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* ** * * * *
3140 ATTAATCGTTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTT
383 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * ** * * * * * *
3205 CATTAAAACAAATTATAATTGATTGTCCACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
448 CATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACC-TAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA
* ** **
3270 AAAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
512 AGAAAAGTGCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
3335 AATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA-TGAATTATAATTTAA
577 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAG-ATTATAATTGAA
* * * * * *
3399 TGTTTGCCTTTAGAGAA-ATGAAGAAAAA-CTTATTCATTTGT
641 TGTCTGCCTTT-GAAAACATGAAGAAAAAGC-CATT-AATAGC
* * *
3440 AGGAAAAG-CCTATTTATAGTCACC-TAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
1 AAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCAT-A-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
3503 TACAACCTCATAATTCATTTTAGGA-TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
63 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATT
* * * *
3567 GACTGTCTACCTTAAGAAACATGAAGGAAAAGCCATTGATTTA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGT
128 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAACCATTCA-TTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
3631 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
191 CACTCATCCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTT
Statistics
Matches: 2396, Mismatches: 469, Indels: 191
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
679 4 0.00
680 225 0.09
681 109 0.05
682 25 0.01
683 411 0.17
684 400 0.17
685 788 0.33
686 273 0.11
687 156 0.07
688 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (680 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAA
TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
ATCCCTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTG
AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAACGTGAAGAAA
AAACTATTTATCATTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA
TATATTATAATTGAATGTTTACCTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTG
CATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
TGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTAATAGC
Done.