Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402538.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5611.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* * * * *
1 GAGTAATAAGGCTTTTC-AAAGGCATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTTAGCAATGAATGGTT
1 GAGTAATAAGGC-TTTCGAAA-GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT
* * * * * * * ** *
65 TTTTCTTCATGTTTTTTGAGATAAAGATTCAATCATATTCGGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
64 TTTGCTTCATGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
* * * *
130 TAT-AACCT-AAATCCATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGC
129 T-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * * * *
172 GAGTAAT-AGGCCTTTCAAAAGCTTGAGTTACTATAAAGGGACTTCTCGTGCCATTGGATGGCTT
1 GAGTAATAAGG-CTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
* * * ***
236 TTGCTTCATGTTTTCTGAGATAGATATTCAATTATAATATATTTTAGTTAAAAATATAAAAAAAT
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* * *
301 TGAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGT
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * ** * ** *
343 GAGTAATAATGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATAAATTTTTCTCT-CCAACAAATGTCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTT
* * * * * * *
407 TTGCTTCATG-TTTCTTAAGATATACATTCAATTTTTATATATTTTGACAAAAAATATAAAAACA
65 TTGCTTCATGTTTTC-TAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
* *
471 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGT
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* ** ** * * * * * * * * *
514 AAGTAACGACACTTTCGGAGGCTTGAGTAATTATAGATGGACTTTTCATGCCAAT-AGATGACTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTT
* * * * * *
578 TTGCTTCACG-TTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAA-AGTAAAAAT
65 TTGCTTCATGTTTTCT-AAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAA
* *
641 ATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGC
128 ATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * * *
685 GGGTAATAAGG-TCGTC-AAAGGTATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTATCAATAAATGGCT
1 GAGTAATAAGGCT-TTCGAAA-GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT
* * * * *
748 TTTGCCTT-ATG-TTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTGAGCAAAAATATAAAAA
64 TTTG-CTTCATGTTTTCT-AAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
* * *
811 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATACAACTATTTGAAGT
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * *** *
856 GAGTGACAAGGCTTTCG-AAG-ATGTGGGTGACTATAAACATACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCA--TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT
* * * * * * *
919 ATTT-CTTCACGTTTTC-AGGGTAAACATTCAATTATAAAATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAC
64 -TTTGCTTCATGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * *
982 GTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * *
1025 CAGGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATG--TGTGAT
1 GA-GTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-GCT
* * * * * * *
1088 GTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAATAATATAAAAAA
64 -TTTGCTTCATGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * * *
1153 ATTCTACTTAAAATCAATTGTGAGATAATAAAACTATTTAAAGC
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * * * *
1197 GAGTAGTGAGGCTTTTG-AAGTCATGTGTGACAATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATGACTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
* * * * * * * *
1261 TTTCTTCATGTTTCCTTATACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
65 TTGCTTCATGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
* * * * *
1326 TCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTGAAAGC
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * *
1368 GAGTAATAAGGCCTTCG-AAGACATGGGAGATTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGCATGACTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
* * * * **
1432 TTTCTTCATGTTGCTCT-AGTTAGACATTCAATTTTAAT-TCGTTTTAACCAAAAATATAAAACT
65 TTGCTTCATGTT-TTCTAAGATAGACATTCAATTATAATAT-GTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * *
1495 GTTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAGAACCATTTAAAGT
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * *
1539 GAGTGATAAAGCTTTCGAAGGCATG-GATGACTATAAACGGACTTTTGTTTCCAATGAATGGCTA
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT-
* ** * * * * *
1603 TTT-CTTAATGTTTT-TCAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAT
64 TTTGCTTCATGTTTTCT-AAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * *
1666 GTTTAACCT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGT
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * *
1709 -AGATAATAAGGCCTTCGAAGGGATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACAAATGCATGATG-
1 GAG-TAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG--GC
* * * * * * * *
1772 TTTT-CTTTAT-TTTTCCTAAGGTACACATCCAATTATAATCTGTTTTAACTAATAATACAAAAA
63 TTTTGCTTCATGTTTT-CTAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
* * * * *
1835 AATTCAACTTAAAATCACTTATGATATTATATAAGCATTTGAAGT
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * *
1880 AACTAATAAAGCTTTC-AAAGGCATTG-GTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATGGCT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT
* *
1943 ATTT-CTTCATG-TTTCTTGAAG-TAGAGATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
64 -TTTGCTTCATGTTTTC-T-AAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAA
* * * * *
2005 CAATTTAACGTAAACTCAATTATGAGATTAT-AAACCTATTTACAGT
126 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGT
* * * ** * * * * *
2051 GAGTAATAATGCTTTCG-AAGACTTGAGTAAAGATAAATGAACTTTT-GTGCCAAGGGATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
* ** * * * * * * ** *
2114 TCGCTTCA-CATTTCTCAAGGTAAATATTCAATGATAATATATTCTAATTAAAAATGTAAAAAAA
65 TTGCTTCATGTTTTCT-AAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
* * * * *
2178 TTTAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAGCCA--T--A-C
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * *
2216 GAGTAATAAGGCTTTAGAAGGC-TTAGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGG-TA
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT-
* ** ** * *** *
2279 TTTTCTTTCACATTTTC-AGAGGCAGACATTCAATTATAACT-TATTTTAATTGAAAATGTAAAA
64 TTTGC-TTCATGTTTTCTA-AGATAGACATTCAATTATAA-TATGTTTTAACCAAAAATATAAAA
* * * * *
2342 AAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAGAACTATTTAAAAT
126 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * *
2388 GAGTAACAATGCTTTC-AAAGGTATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTCT-TCAATGAAT-GCT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCT
* * * * * * **
2450 TTTACTTCATG-TTTCT-TGACGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAATATGCAAAAA
64 TTTGCTTCATGTTTTCTAAGA--TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
* *
2513 AAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGC
127 AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * *
2559 GAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCAT-AGATGGCTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGCATTGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
* * * * * * *
2623 TTTCTTCATGTTTTCT--GACAAATAATCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAACAT
65 TTGCTTCATGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
* * * * **
2686 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCGTCTAAAAC
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * * *
2728 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTACAAATGAACTTTTCATGCCAATTG-ATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA-TGAATGGCTT
** * * *
2792 TTGCTTCA-CATTTCTTAAGATAGACAATT-AATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
65 TTGCTTCATGTTTTC-TAAGATAGAC-ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * *
2855 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAGC
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * *
2899 GAGTAATAAGACTTTTGAAAGCATG-GT-AGTTATAAGTGGGCTTTTCTTATCAATGAATGACTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
* * * * * **
2962 TTTCTTCATGTTTCTCT-AGGTA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACT
65 TTGCTTCATGTTT-TCTAAGATAGA-CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * *
3025 ATTTAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGA
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* ** * * * ** **
3069 GAGCAATAAGTTTTTCAAAAGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TGTGTCAAT-AGATTACT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGA-ATGGCT
* * * * * * *
3132 TTTGCTTCACG-TTTCTCAAGATAGACATTCAATTACAATATATTTGAACAAAAAATGTAAAAAC
64 TTTGCTTCATGTTTTCT-AAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * *
3196 ATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAGCCATTTAAAGT
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
3240 GAGTAATAAGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTT
Statistics
Matches: 2436, Mismatches: 534, Indels: 224
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.00
165 32 0.01
166 16 0.01
167 71 0.03
168 13 0.01
169 130 0.05
170 664 0.27
171 1398 0.57
172 100 0.04
173 10 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTT
TGCTTCATGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
Found at i:1101 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 1--3253 Score: 2251
Period size: 341 Copynumber: 9.5 Consensus size: 338
* * * * *
1 GAGTAATAAGGCTTTTCAAAGGCATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTTAGC-AATGAATG-GT
1 GAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CAAATG--TGTGA
* * ** * * * * *** * *
64 TTTTTCTTCATGTTTTTTGAGATAAAGATTCAATCATATTCGGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
62 TTTTGCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATATAAAAAA
* * * * *
129 ATAT-AACCT-AAATCCATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCCTTTCAAA
127 AT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTC-GA
* * * * * * * * * *
191 AGCTTGAGTTACTATAAAGGGACTTCTCGTGCCATTGGATGGCT-TTTGCTTCATGTTTTCTGAG
188 AGATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTATTT-CTTCATGTTTTCAGGG
* * ** * * * *
255 -ATAGATATTCAATTATAATATATTTTAGTTAAAAATATAAAAAAATTGAACTTGAAATCAATTA
251 CA-A-ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTA
* **
319 TGAGATTATAAAACCATTT-AAGGT
314 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
* * * ** * * ** *
343 GAGTAATAATGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATAAATTTTTCTCTCCAACAAATGT-CTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACAA-ATGTGTGATT
* * * * * *
407 TTGCTTCATGTTTCTTAAGATATACATTCAATTTTTATATATTTT-GACAAAAAATATAAAAACA
64 TTGCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAAC-AAAAATATAAAAAAA
* * ** ** * *
471 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTAAGTAACGACACTTTCGGAGGC
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGA
* * * * * * *
536 TTGAGTAATTATAGATGGACTTTTCATGCCAAT-AGATGACT-TTTGCTTCACGTTTCTC-GAGG
191 TTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGCTATTT-CTTCATGTTT-TCAG-GG
* * * *
598 TAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TCAAAAA-AGTAAAAATATTCAATCTAAAATCAATTA
251 CAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATA-TAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTA
*
661 TGAGATTATAAAACAATTTAAAGC-
314 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
* * * * * * * ** *
685 GGGTAATAAGG-TCGTCAAAGGTATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTATCAATAAATG-GCT
1 GAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CAA-ATGTGTGAT
* * * *
748 TTTGCCTT-ATGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTGAGCAAAAATATAAAAAA
63 TTTG-CTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATATAAAAAA
* * * *
812 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATACAACTATTTGAAGTGAGTGACAAGGCTTTCGAAGA
127 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
*** * * *
877 TGTGGGTGACTATAAACATACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTATTTCTTCACGTTTTCAGGGTAA
191 T-T-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTATTTCTTCATGTTTTCAGGGCAA
* *
942 ACATTCAATTATAAAATGTTTTAACTAAAAATATAAAAACGTTTAACCTAAAATCAATTATGAGA
254 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGA
1007 TTATAAAACTATTTAAAGCA
319 TTATAAAACTATTTAAAGCA
*
1027 G-GTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGTGTGATGTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGTGTGAT-TT
* * * * * * *
1091 TTCTTTATGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAATAATATAAAAAAAT
65 TGCTTCATGTTTCTC-AAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATATAAAAAAAT
* * * * * * * *
1155 TCTACTTAAAATCAATTGTGAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTGAGGCTTTTGAAG-TC
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAT-
* * * * * * * **
1219 ATGTGTGACAATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTTA-TACA
192 -TG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTATTTCTTCATGTTT--TCAGGGCA
* * * * * *
1283 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAG
253 AACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAG
*
1348 ATTATAAAA-TCATTGAAAGC-
318 ATTATAAAACT-ATTTAAAGCA
* * * * * * * **
1368 GAGTAATAAGGCCTTCGAAGACATGGGAGATTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGCATGACTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGTGTGA-TTT
* * * * * * * ***
1433 TTCTTCATGTTGCTCTAGTTAGACATTCAATTTTAAT-TCGTTTTAACCAAAAATATAAAACTGT
65 TGCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATAT-ATTTTAAACAAAAATATAAAAAAAT
* * * *
1497 TCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAGAACCATTTAAAGTGAGTGATAAAGCTTTCGAAGGCA
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-G-A
* * * * *
1562 -TGGATGACTATAAACGGACTTTTGTTTCCAATGAATGGCTATTTCTTAATGTTTTTCAAGGCAA
191 TTGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTATTTCTTCATG-TTTTCAGGGCAA
* * **
1626 ACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATGTTTAACCT-AAATCAATTATGAGA
254 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGA
* * *
1690 TTATAAAACCATTTTAAGTA
319 TTATAAAACTATTTAAAGCA
* * * **
1710 GA-TAATAAGGCCTTCGAAGGGATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACAAATGCATGATGTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGTGTGAT-TT
* * * * * * * * * *
1774 TTCTTTATTTTTC-CTAAGGTACACATCCAATTATAATCTGTTTT-AACTAATAATACAAAAAAA
65 TGCTTCATGTTTCTC-AAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAAC-AAAAATATAAAAAAA
* * * * * * * *
1837 TTCAACTTAAAATCACTTATGATATTATATAAGCATTTGAAGTAACTAATAAAGCTTTCAAAGGC
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-G-
* * * *
1902 ATTGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATGGCTATTTCTTCATG-TTTCTTGAAGTA
190 ATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTATTTCTTCATGTTTTC-AG-GGCA
* * * * * *
1966 GAGATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAACAATTTAACGTAAACTCAATTATGA
253 AACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAC-ATTTAACCTAAAATCAATTATGA
* * *
2030 GATTATAAACCTATTTACAG-T
317 GATTATAAAACTATTTAAAGCA
* * * * ** * * ** ** *
2051 GAGTAATAATGCTTTCGAAGACTTGAGTAAAGATAAATGAACTTTTGTGCCAAGGGATG-GCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATG-TGTGATTT
* ** * * * * * ** *
2115 CGCTTCACATTTCTCAAGGTAAATATTCAATGATAATATATTCTAATTAAAAATGTAAAAAAATT
65 TGCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATATAAAAAAATT
* * * * * *
2180 TAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAGCCA--T--A-CGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCTT
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GATT
* * ** *
2240 AGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGG-TATTTTCTTTCACATTTTCAGAGGCAG
193 -GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTA-TTTC-TTCATGTTTTCAG-GGCAA
* * * * * * *
2304 ACATTCAATTATAACT-TATTTTAATTGAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
254 ACATTCAATTATAA-TATGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAG
* *
2368 CTTATAGAACTATTTAAA--A
318 ATTATAAAACTATTTAAAGCA
* * * * * * ** *
2387 TGAGTAACAATGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTCTTC-AATGAATGCTT
1 -GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACAAATGTGTGATT
* * * * *
2451 TTACTTCATGTTTCTTGACG-CAGACATTCAATTATAATATATTTT-AAC-TAAATATGCAAAAA
64 TTGCTTCATGTTTC-TCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATAT--AAAAA
* * *
2513 AAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAA
126 AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * * * *
2578 GGCATAGATGGCTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGCATTGCTTTTTCTTCATGTTTTC-TGAC
189 -G-ATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTATTTCTTCATGTTTTCAGGGC
* * *
2642 AAATAATCAATTATAATATGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATG
252 AAACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATATAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATG
* * *
2706 AGATTATAAAA-TCGTCTAAAAC-
316 AGATTATAAAACT-ATTTAAAGCA
* * * * * * * * *
2728 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTACAAATGAACTTTTCATGCCAAT-TGATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGTG-T-GATT
** * * *
2792 TTGCTTCACATTTCTTAAGATAGACAATT-AATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA
64 TTGCTTCATGTTTCTCAAGATAGAC-ATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATATAAAAAAA
* * * * *
2856 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGC
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AAG-
* * * * * * *
2921 A-TGGT-AGTTATAAGTGGGCTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTA-GGT
190 ATTGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTATTTCTTCATGTTT-TC-AGGGC
* * * *
2983 AAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAACTATTTAACCTAAAATCAATTATA
252 AAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAC-ATTTAACCTAAAATCAATTATG
*
3047 AGATTATAAAACCATTTAAAG-A
316 AGATTATAAAACTATTTAAAGCA
* ** * * * * *
3069 GAGCAATAAGTTTTTCAAAAGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TGTGTC-AATAGAT-T-A
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-T-ACAAAT-G-TGTGA
* * * *
3130 CTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTACAATATA-TTTGAACAAAAAATGTAAAA
62 -TTTTGCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAAC-AAAAATATAAAA
* * *
3194 ACATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
125 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
Statistics
Matches: 2322, Mismatches: 469, Indels: 241
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
335 9 0.00
336 54 0.02
337 151 0.07
338 40 0.02
339 57 0.02
340 215 0.09
341 946 0.41
342 758 0.33
343 88 0.04
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGTGTGATTTT
GCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATTGGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTATTTCTTCATGTTTTCAGGGCAAACATTCA
ATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACTATTTAAAGCA
Found at i:1186 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 1--3253 Score: 2380
Period size: 512 Copynumber: 6.4 Consensus size: 510
* * * * * *
1 GAGTAATAAGGCTTTTCAAAGGCATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTTAGCAATGAATG-GTT
1 GAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG--TGTGAT
* ** * * * * ** * *
65 TTTTCTTCATGTTTTTTGAGATAAAGATTCAATCATATTCGGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
63 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAA
* * * * *
130 TATAACCT-AAATCCATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT-AGGCCTTTCAAAAG
128 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-C-TTC-GAAG
* * * * * * * ** *
193 CT-TGAGTTACTATAAAGGGACTTCTCGTGCCATTGGATGGCTTTTG-CTTCATGTTT-TCTGAG
190 GTATGAGTGACTATAAA-TGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTGCCTTCATGTTTCTCTAAG
* * * * * *
255 ATAGATATTCAATTATAATATATTTT-AGTTAAAAATATAAAAAAATTGAACTTGAAATCAATTA
254 ACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAG-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
319 TGAGATTATAAAACCATTT-AAGGTGAGTAATAATGCTTTTGAA-A-GCATGAGTGACTATAAAT
318 TGAGATTAT-AAACTATTTGAA-GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATG--TGGGTGACTATAAAT
** * ** * * * * * *
381 AAATTTTTCTCT-CCAACAAATGTCTTTTGCTTCATG-TTTCTTAAGATATACATTCAATTTTTA
379 GGACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTTC-TAGGGTAGACATTCAATTATAA
* * * *
444 TATATTTTGACAAAAAATATAAAAAC-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATT
441 TATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAACTATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
508 TAAAGTA
505 TAAAG-A
** ** * * * * * * * *
515 -AGTAACGACACTTTCGGAGGCTTGAGTAATTATAGATGGACTTTTCATGCCAATAG-ATGACTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GTGTGA-TT
* * * *
578 TTGCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAA-AGTAAAAATA
64 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATA-TAAAAAAA
* * * * *
642 TTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGGGTAATAAGGTCGTCAAAGG
128 TTTAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTCGAAGG
* * *
706 TATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTATCAATAAATGGCTTTTGCCTT-ATGTTTCTC-AAGA
191 TATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTGCCTTCATGTTTCTCTAAGA
*
769 CAGACATTCAATTATAATCTATTTTGAGCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
255 CAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ***
834 AGATTATACAACTATTTGAAGTGAGTGACAAGGCTTTCGAAGATGTGGGTGACTATAAACATACT
320 AGATTATA-AACTATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATGTGGGTGACTATAAATGGACT
* * * *
899 TTTCTTGCCAATGAATGGCTATTTCTTCACGTTTTC-AGGGTAAACATTCAATTATAAAATGTTT
384 TTTCTTACCAATGAATGGCT-TTTCTTCATGTTTTCTAGGGTAGACATTCAATTATAATATGTTT
* * *
963 TAACTAAAAATATAAAAAC-GTTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
448 TAACTAAAAATAT-AAAACTATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-A
* *
1027 G-GTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGTGTGATGTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGTGTGAT-TT
* * * *
1091 TTCTTTATGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAATAATATAAAAAAAT
65 TTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAT
* * * * * *
1155 TCT-ACTTAAAATCAATTGTGAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTGAGGCTTTTGAA-GT
129 T-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCGAAGGT
* * * * * * *
1218 CATGTGTGACAATAAATGAACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTT-TCTTCATGTTTC-CTTATA
192 -ATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTGCCTTCATGTTTCTCTAAGA
* * * * * *
1281 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATA
255 CAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * ** * * *
1346 AGATTATAAAATCA-TTGAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGACATGGGAGATTATAAATGGAT
320 AGATTATAAACT-ATTTG-AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATGTGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
1410 TTTTCTTACCAATGCATGACTTTTTCTTCATGTTGCTCTA-GTTAGACATTCAATTTTAAT-TCG
383 TTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTT-TTCTAGGGTAGACATTCAATTATAATAT-G
* * * * * *
1473 TTTTAACCAAAAATATAAAACTGTTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAGAACCATTTAAAG
445 TTTTAACTAAAAATATAAAACTATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
*
1538 T
510 A
* * * * * *
1539 GAGTGATAAAGCTTTCGAAGGCATG-GATGACTATAAACGGACTTTTGTTTCCAATGAATG-GCT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG--TGTGAT
* * * * * * *
1602 ATTTCTTAATGTTTTTCAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAT
63 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAA
* * * *
1666 GTTTAACCT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAG-TAGATAATAAGGCCTTCGAAG
127 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGG-CTTCGAAG
* * * ** * *
1729 GGATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACAAATGCATGATG-TTTT--CTTTATTTTTC-CTA
190 GTATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTACCAATAAATG--GCTTTTGCCTTCATGTTTCTCTA
** * * * * * *
1790 AGGTACACATCCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAATAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCACT
252 AGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
1854 TATGATATTATATAAGC-ATTTGAAGTAACTAATAAAGCTTTCAAAGGCAT-T-GGTGACTATAA
316 TATGAGATTATA-AA-CTATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-G-ATGTGGGTGACTATAA
* * * *
1916 ATGGATTTTTCTTACCAATGAATGGCTATTTCTTCATG-TTTCTTGAAGTAGAGATTCAATTATA
377 ATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT-TTTCTTCATGTTTTCTAG-GGTAGACATTCAATTATA
* * * * *
1980 ATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTTAACGTAAACTCAATTATGAGATTAT-AAACCTAT
440 ATATGTTTTAACTAAAAATATAAAACTATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-AT
* *
2044 TTACAGT
504 TTAAAGA
* * * * ** * * * * *
2051 GAGTAATAATGCTTTCGAAGACTTGAGTAAAGATAAATGAACTTTT-GTGCCAA-GGGATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGTG-T-GATT
** ** * * * * * *
2114 TCGCTTCACATTTCTCAAGGTAAATATTCAATGATAATATATTCTAATTAAAAATGTAAAAAAAT
64 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAT
* * * *
2179 TTAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAGCCA--T--A-CGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCT
129 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCGAAGG-T
* * * **
2239 -T-AGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGG-TATTTTCTTTCACATTT-TC-AGA
192 ATGA-GTGACTATAAAT-GACTTTTCTTACCAATAAATGGCT-TTTGCCTTCATGTTTCTCTA-A
* *** * *
2299 GGCAGACATTCAATTATAA-CTTATTTTAATTGAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATT
253 GACAGACATTCAATTATAATC-TATTTTAAGCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * * * *
2363 ATGAGCTTATAGAACTATTTAAAATGAGTAACAATGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTACAAATGG
317 ATGAGATTATA-AACTATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATGTGGGTGACTATAAATGG
* * * *
2428 ACTTTTCTCT-TCAATGAAT-GCTTTTACTTCATG-TTTCTTGACGCAGACATTCAATTATAATA
381 ACTTTTCT-TACCAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTTCTAG-GGTAGACATTCAATTATAATA
* * ** ** * *
2490 TATTTTAACTAAATATGCAAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
443 TGTTTTAACTAAAAATATAAAACTA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
*
2555 AAGC
507 AAGA
* * * *
2559 GAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCAT-AGATGGCTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGCAT-TGCT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG--TGTGAT
* ** * * *
2622 TTTTCTTCATGTTT-TC-TGACAAATAATCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAACA
63 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAA
* * * * *
2685 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCGTCTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGC
128 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCGAAGG-
* * * * ** **
2750 T-TGAGTGATTACAAATGAACTTTTCATGCCAATTGATGGCTTTTG-CTTCACATTTCT-TAAGA
191 TATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTGCCTTCATGTTTCTCTAAGA
* * * *
2812 TAGACAATT-AATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
255 CAGAC-ATTCAATTATAATCTATTTTAAGCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * *
2876 GAGATAATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAA-A-GCAT-GGT-AGTTATAAGTG
319 GAGATTATAAACT-ATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATG--TGGGTGA-CTATAAATG
* * *
2937 GGCTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCTA-GGTA-AGCATTCAATTATAAT
380 GACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT-TCTAGGGTAGA-CATTCAATTATAAT
* * * *
3000 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACTATTTAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTA
442 ATGTTTTAACTAAAAATATAAAACTATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
3065 AAGA
507 AAGA
* ** * * * * **
3069 GAGCAATAAGTTTTTCAAAAGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TGTGTCAATAGAT-T-AC
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAAT-G-TGTGA-
* * * * * * * *
3131 TTTTGCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTACAATATATTTGAA-CAAAAAATGTAAAAA
62 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATATAAAAA
* * * *
3195 CATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
126 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
Statistics
Matches: 2180, Mismatches: 439, Indels: 243
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
505 2 0.00
506 9 0.00
507 173 0.08
508 190 0.09
509 27 0.01
510 128 0.06
511 236 0.11
512 974 0.45
513 412 0.19
514 26 0.01
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGTGTGATTTT
TCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTT
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCGAAGGTATGA
GTGACTATAAATGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTGCCTTCATGTTTCTCTAAGACAGACA
TTCAATTATAATCTATTTTAAGCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAACTATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
CCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTTCTAGGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAA
AATATAAAACTATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
Found at i:1322 original size:683 final size:679
Alignment explanation
Indices: 107--3253 Score: 2638
Period size: 683 Copynumber: 4.6 Consensus size: 679
97 TCATATTCGG
* * * * *
107 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATAT-AACCT-AAATCCATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAA
* * * * * * * * * *
170 GCGAGTAAT-AGGCCTTTCAAAAGCT-TGAGTTACTATAAAGGGACTTCTCGTGCCATTGGATGG
64 GCGAGTAATAAGG-CTTTC-GAAGATGTGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * * * **
233 CT-TTTGCTTCATGTTTTCTGAG-ATAGATATTCAATTATAATATATTTTAGTTAAAAATATAAA
127 CTATTT-CTTCACGTTTTCAGGGCA-A-ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAA
* * * * * * *
296 AAAATTGAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAATGCTTTTGA
189 AAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGA
* ** * * * *
361 AAGCATGAGTGACTATAAATAAATTTTTCTCTCCAACAAATG--T-CTTTTGCTTCATGTTTCTT
254 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT---ACAAATGTATGATTTTTCTTCATGTTTCCT
* * * * * * * *
423 AAGATATACATTCAATTTTTATATATTTTGACAAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAAT
316 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAATAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** ** * * * * * *
488 TATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTAAGTAACGACACTTTCGGAGGCTTGAGTAATTATAGATG
381 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACTATAAATG
* * * * * * **
553 GACTTTTCATGCCAATAGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATAT
446 GACTTTTCTTACCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-TAGACAAACATTCAATTATAATAT
*
618 GTTTTAATCAAAAA-AGTAAAAATATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CAATTT
510 GTTTTAACCAAAAATA-TAAAAA-ATTCAA-CGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTT
* * * * * * **
680 AAAGCGGGTAATAAGG-TCGTCAAAGGTATAAGTGACTATAAAT-AGACTTTTCGTATCAATAAA
571 AAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGT-TGAGTGATTATAAATGA-ACTTTTCGTACCAATGGA
** * *
743 TGGCTTTTGCCTT-ATGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTA
633 TGGCTTTTG-CTTCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATA
* * * *
790 TTTTGAGCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATACAACTATTTGAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AACCATTTAAAG
* * * ** *
855 TGAGTGACAAGGCTTTCGAAGATGTGGGTGACTATAAACATACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTA
65 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATGTGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTA
* * **
920 TTTCTTCACGTTTTCAGGGTAAACATTCAATTATAAAATGTTTTAACTAAAAATATAAAAACGTT
130 TTTCTTCACGTTTTCAGGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT
* *
985 TAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAG-GTAATAAGGCCTTCGAAGGCA
195 TAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
* *
1049 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACAAATGTGTGATGTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGTAG
259 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTACAAATGTATGAT-TTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAG
* * * *
1113 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAATC-AATAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTGTGAG
323 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAATAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * * *
1177 ATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTGAGGCTTTTGAAGTCATGTGTGACAATAAATGAACTTT
387 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
1242 TCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTTATACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
452 TCTTACCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTT-CTTAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTA
* * * *
1307 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTGAAAGCGAGT
516 ACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* ** * * * * * * * *
1372 AATAAGGCCTTCGAAGACATGGGAGATTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGCATGACTTTTTCT
580 AATAAGGCTTTCGAAG-GTTGAGTGATTATAAATGAACTTTTCGTACCAATGGATGGCTTTTGCT
** * * * * *
1437 TCATGTTGCTCTAGTTAGACATTCAATTTTAAT-TCG
644 TCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATAT-A
* *** * *
1473 TTTTAACCAAAAATATAAAACTGTTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAGAACCATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AACCATTTAAAG
* * * *** * * *
1538 TGAGTGATAAAGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAACGGACTTTTGTTTCCAATGAATGGCTA
65 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATGTGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTA
* * * * * **
1603 TTTCTTAATGTTTTTCAAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATGT
130 TTTCTTCACG-TTTTCAGGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * *
1668 TTAACCT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGTAGA-TAATAAGGCCTTCGAAGGG
194 TTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * *
1731 ATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCT-TACAAATGCATGATGTTTTCTTTATTTTTCCTAAGGTA
258 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTACAAATGTATGAT-TTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTA
* * * * * * * *
1795 CACATCCAATTATAATCTGTTTTAACTAATAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCACTTATGAT
322 GACATTCAATTATAATATATTTTAACAAATAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * *
1860 ATTATATAAGCATTTGAAGTAACTAATAAAGCTTTCAAAGGCAT-TGGTGACTATAAATGGATTT
387 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGT-GTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
1924 TTCTTACCAATGAATGGCTATTTCTTCATGTTTCTT-GA-AGTAGAGATTCAATTATAATTTGTT
451 TTCTTACCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAGACA--A-ACATTCAATTATAATATGTT
* * * * *
1987 TTAACCAAAAATATAAAACAATTTAACGTAAACTCAATTATGAGATTAT-AAACCTATTTACAGT
513 TTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGC
* * * ** * *
2051 GAGTAATAATGCTTTCGAAGACTTGAGTAAAGATAAATGAACTTTT-GTGCCAAGGGATGGCTTT
576 GAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GTTGAGTGATTATAAATGAACTTTTCGTACCAATGGATGGCTTT
* * * * *
2115 CGCTTCACATTTCTCAAGGTAAATATTCAATGATAATATA
640 TGCTTCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATA
* * * * * *
2155 TTCTAATTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAGCCA--T--A-
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-CCATTTAAAG
* * * * * *
2215 CGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCT-TAGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGG-T
65 CGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GATGTGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT
* * * * * *
2278 ATTTTCTTTCACATTTTCAGAGGCAGACATTCAATTATAACT-TATTTTAATTGAAAATGTAAAA
129 A-TTTC-TTCACGTTTTCAG-GGCAAACATTCAATTATAA-TATGTTTTAACTAAAAATATAAAA
* * * * * * * *
2342 AAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAGAACTATTTAAA-ATGAGTAACAATGCTTTCAA
190 AAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * * * * * *
2406 AGGTATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTCTTC-AATGAATGCTTTTACTTCATGTTTCTTGAC
254 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTACAAATGTATGATTTTTCTTCATGTTTCCTAAG
* **
2470 GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAT-ATGCAAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATT
319 GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAATAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATT
* * *
2534 ATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATAGATG-G-CTATAAAT
382 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-G-TGTGACTATAAAT
* * * * *
2597 GGACTTTTCTTACAAATGCATTG-CTTTTTCTTCATGTTT-TCT-GACAAATAATCAATTATAAT
445 GGACTTTTCTTACCAAT-AAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-TAGACAAACATTCAATTATAAT
* * * * *
2659 ATGTTTTAATCAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCGTCTA
508 ATGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTA
* * * * * *
2724 AAACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTACAAATGAACTTTTCATGCCAATTGATGG
572 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TTGAGTGATTATAAATGAACTTTTCGTACCAATGGATGG
*
2789 CTTTTGCTTCACATTTCTTAAGATAGACAATT-AATTATAATATA
636 CTTTTGCTTCACATTTCTCAAGATAGAC-ATTCAATTATAATATA
* * *
2833 TTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAG
* * * ** * * *
2898 CGAGTAATAAGACTTTTGAA-A-GCAT-GGT-AGTTATAAGTGGGCTTTTCTTATCAATGAATGA
65 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATG--TGGGTGA-CTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGAATGG
* * * * * *
2959 CTTTTTCTTCATGTTTCTCTA-GGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
127 CTATTTCTTCACGTTT-TC-AGGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAA
** * * ** *
3023 CTATTTAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAAGTTTTTCAAA
190 AAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * * *
3088 AGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TGTGTC-AATAG-ATTACTTTTGCTTCACGTTT-CTC
255 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-ACAAAT-GTATGA-TTTTTCTTCATGTTTCCT-
* * * * * * *
3149 AAGATAGACATTCAATTACAATATATTTGAACAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATCAAT
316 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAATAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * **
3214 TATGATATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
381 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
Statistics
Matches: 1997, Mismatches: 391, Indels: 154
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
676 3 0.00
677 161 0.08
678 195 0.10
679 187 0.09
680 13 0.01
681 185 0.09
682 191 0.10
683 907 0.45
684 148 0.07
685 7 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (679 bp):
TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTCGAAGATGTGGGTGACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTAT
TTCTTCACGTTTTCAGGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTT
AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
AGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTACAAATGTATGATTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACA
TTCAATTATAATATATTTTAACAAATAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
ACCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAA
AAATATAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTCGAAGGTTGAGTGATTATAAATGAACTTTTCGTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATT
TCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATA
Done.