Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402545.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5618.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2973
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Warning! 116 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:442 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 80--2578 Score: 1854
Period size: 171 Copynumber: 14.7 Consensus size: 169
70 TATCCCAATG
* * * * * *
80 CCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAATCTTTATTACTCTCTTT-AA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
* * * * *
144 TGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAATT-ACACTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA-ATA
66 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A-TTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATT
* * * * * *
207 ATATTTGAATATTTGTCTCAAGAAACATGAAACAAAAGCCAT
129 ATAATTGAAT-TCTATGTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * *
249 TCATTGGTAAGAAAATTCTATTTATAGTCA-TCTATACCTTCGAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
* * *
313 ATAGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGATTAAAGTAGATT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAATAGATT
* * * * * *
378 ATAATTAAATACCTATGTCAGGACACATAAAGAAAAAACCAT
129 ATAATTGAAT-TCTATGTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * * **
420 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAATCTTATTACT-TGCTTTAG
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTA-
* * * * *
484 AA-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGGATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGAT
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGAT
* * * * * *
548 TATTATTGAATATTTACT-TGAGAAAATATGAAGCGAAAA-TCAT
128 TATAATTGAAT-TCTA-TGTCAGGAAACATGAAGC-AAAAGCCAT
** * * *
591 CCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTAATTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTA
* * * *
654 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAGTATG-
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAATA-GA
* * ** *
718 TTATAATTG-ATTGTTTGTCGTAGGAAATGTGAAGCAAAAGTCAT
127 TTATAATTGAATTCTATGTC--AGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * * * *
762 CCGTTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACT--TGAGCCTTTGAAAGCCTTTTTGCTCGCTTTA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-A-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * ** * *
825 AATGGTTTTATTACCTCATAATTAATTTTCAA-CAGAATTATTTTACATTTTTCATT-AAATCGA
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAATAGA
* * * * *
888 TTATATTTGAATGT-T-TGCTTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCTAT
127 TTATAATTGAAT-TCTATG--TCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * ** *
932 CCATTAGTAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCGA-GCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
* * *
996 ATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAGATTTTT-AGTTAAAACAGA-T
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAGATT
* * * *
1059 AGTATTTGAATGTCTA-GCCTGAGAAACATGAA-AAAAAGCCAT
129 A-TAATTGAAT-TCTATGTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * *
1101 TCATTGGCAAG-AAATTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACT-TGATTCAA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAA
* * * * *
1164 ATGGTTTTATAA-CTTCATAGTTGATTTTAGGTTGAAATTTTTTATATTTATTG-TTAAAACAGG
65 ATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTT-TTGATTAAAATAGA
* * * ** ***
1227 TTATATTTGAATGTCTACCT-TGA-GAAACGTGAATAAAAAATAAT
127 TTATAATTGAAT-TCTA--TGTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * *
1271 TCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTA-CTTCGAAAGCCTTATTACT-TACTTTC
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TACCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTA
* * * * * ** * *
1334 TATGGTATTCTAGTGTCATAATTGATTGCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-CTAAAATATA
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATAGA
* * *
1398 TTATCATTGAATGTCTACT-T-A-GAAAAAGTGAAGCAAAAGCTAT
127 TTATAATTGAAT-TCTA-TGTCAGGAAACA-TGAAGCAAAAGCCAT
* * * *
1441 CCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATACCATT-GAAAGCATTCTTACTCGCTTTAA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACC-TTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
* *
1505 ATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTT-AGTTAAAATATAT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGA-TTAAAATAGAT
* * * * *
1569 TATAATTGAATGTC--TGCCATCGAAAACGTCAAGCATAAGCCA-
128 TATAATTGAAT-TCTATGTCA--GGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * * * *
1611 CTTATTGGCAAGAGAAGTGCATTTATAGCCACTCAAACCTTTGAAAGCCATATTACT-TACTTTA
1 C-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTA
* * * * *
1675 AATGGTTTTATAACCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTTTTTTAGTTAAAATATA
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAGA
* * *
1739 TTATAATTGAATGT-T-TGTCCTAGAAAACATCAAGCACAAGCCAT
127 TTATAATTGAAT-TCTATGT-C-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* *
1783 CCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAG-CTACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * * * *
1846 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAAAT
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGAT
* * *
1911 AATATTTGAATGT-T-TGCCTCAGGAAACATGAAACAAAAGCCAT
128 TATAATTGAAT-TCTATG--TCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
** * * * * * * * *
1954 TTAGTT-GCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCGCCCATGCCTCCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAA
1 CCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
* *
2018 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAAAAGATT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAATAGATT
* * * * *
2083 ATAATTAAATTTCTGTCTCATGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
129 ATAATTGAA-TTCTATGTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * *
2125 TCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAAT-AGCCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTTTTA-TCT-TGCT
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCT--T
** * * ** * * * *
2186 TAACGGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTGCTGGTCAAACTAA
62 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAATAG
* * * * *
2251 ACTATTATTGAATTTTATCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
126 ATTATAATTGAATTCTATGTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * *
2295 CCGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACCCACTTTAA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAA
* * * * *
2359 ATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGGAATTTTTTACACTTTTCATTAAAATAGATTG
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTA
* * ** * * * * *
2424 TATTTGAATGTTTACCTCAGAAAACATGAAGTAAAAACTAG
130 TAATTGAAT-TCTATGTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* *
2465 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGT-TTTA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTC-TCTTTA
* * *
2528 AATGGCTTTATAATC-CAATTATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTT
64 AATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTT
2579 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1888, Mismatches: 341, Indels: 200
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 76 0.04
169 179 0.09
170 578 0.31
171 1004 0.53
172 45 0.02
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTAT
AATTGAATTCTATGTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
Found at i:714 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 80--2578 Score: 2111
Period size: 342 Copynumber: 7.3 Consensus size: 340
70 TATCCCAATG
* * * * * * *
80 CCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAATCTTTATTACTCTCTTT-AA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
144 TGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAATT-ACACTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA-A-T
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATT
* * * * * * * *
206 AATATTTGAATATTTGTCTCAAGAAACATGAAACAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAATTCTATT
129 ATTATTTGAATGTTT-ACTTAAGAAACATGAAGCAAAA-CCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATT
* * *
271 TATAGTCA-TCTATA-CCTTCGAAAGCCTTATTGCTCT-CTTTAAATAGTTATATAATCTCATAA
192 TATAGTCACTC-A-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * **
333 TTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTT-GATTAAAGTAGATTATAATTAAATACCTATGTC
254 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATGTC
* * *
397 AGGACACATAAAGAAAAAACCAT
318 AGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * *
420 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAATCTTATTACTTGCTTTAGA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTT-GAAAACCTTATTACTCGCTTTA-A
* * *
485 A-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGGATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATT
* * * *
549 ATTA-TTGAATATTTACTTGAGAAAATATGAAGCGAAAATCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATT
129 ATTATTTGAATGTTTACTTAAG-AAACATGAAGC-AAAACCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATT
* * * *
613 TATAGTAATTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA
192 TATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
678 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAGTATG-TTATAATTGATTGT-T-TGTCGTA
257 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGTCTATGTC--A
** * *
740 GGAAATGTGAAGCAAAAGTCAT
319 GGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * ** * * *
762 CCGTTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTTGAGCCTTTGAAAGCCTTTTTGCTCGCTTTAAA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * ** * * ** *
827 TGGTTTTATTACCTCATAATTAATTTTCAA-CAGAATTATTTTACATTTTTCATT-AAATCGATT
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATT
* * * * *
890 A-TATTTGAATGTTTGCTTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATT-AGTAAGAGAAGTCCAT
129 ATTATTTGAATGTTTAC-TTAAGAAACATGAAGCAAAA-CCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCTAT
* ** ** *
953 TTATAGTCACTCGAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTT
191 TTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
1018 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGA-TAGTATTTGAATGTCTA-GCCTG
256 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTA-TAATTGAATGTCTATGTCAG
1080 AGAAACATGAA-AAAAAGCCAT
320 -GAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * *
1101 TCATTGGCAAG-AAATTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGATTCAAA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
1165 TGGTTTTATAA-CTTCATAGTTGATTTTAGGTTGAAATTTTTTATATTTATT-GTTAAAACAGGT
65 TGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT-TTGGTTAAAATAGAT
* * * ** ** * *
1228 TA-TATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAATAAAAAATAATTCATTGGTAAGAAAAGTCTAT
128 TATTATTTGAATGTTTA-CTTAAGAAACATGAA-GCAAAACCATCCATTGATAAGAAAAGTCTAT
*** ** * * * *
1292 TTATAGTCACTCATTACTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTCTATGGTATTCTAGTGTCATAATT
191 TTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
** * * * *
1357 GATTGCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAATATATTATCATTGAATGTCTACT-T-A-
256 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-TGTCAG
* * *
1419 GAAAAAGTGAAGCAAAAGCTAT
320 GAAACA-TGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * *
1441 CCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATACCATTGAAAGCATTCTTACTCGCTTTAAA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
1506 TGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAATATATTA
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTA
* * * * * * * * * ** *
1571 -TAATTGAATGTCTGC-CATCGAAAACGTCAAGCATAAGCCA-CTTATTGGCAAGAGAAGTGC-A
130 TTATTTGAATGTTTACTTA-AG-AAACATGAAGCA-AAACCATC-CATTGATAAGAAAAGT-CTA
* * * * * *
1632 TTTATAGCCACTCAAACCTTTGAAAGCCATATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACCTCACAAT
190 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** *
1697 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-T-TGTCCT
255 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATGT-C-
* * * *
1760 AGAAAACATCAAGCACAAGCCAT
318 AGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * *
1783 CCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAG-CTACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCAAG-CTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAA
* * * *
1847 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-AAAAT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATT
* * * * * **
1911 AATATTTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAACAAAAGCCATTTAGTTGCA-AA-AAAAGTCTA
129 ATTATTTGAATGTTT-ACTTAAGAAACATGAAGCAAAA-CCATCCA-TTG-ATAAGAAAAGTCTA
* * * * * *
1974 TTTATAGTCGCCCATGCCTCCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
190 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * *
2039 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAAAAGATTATAATTAAATTTCTGTCTCAT
255 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATGTCAG
2104 GAAACATGAAGAAAAAGCCAT
320 GAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * * *
2125 TCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAAT-AGCCCAAGCCTTCGAAAGCCTTTTTATCTTGC-TTA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAG-CTTTGAAAACCTTATTA-CTCGCTTTA
** * * ** * * * *
2188 ACGGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTGCTGGTCAAACTAAAC
63 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * *
2253 TATTA-TTGAAT-TTTATCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCGTTGACAAGAAAAGTCCAT
128 TATTATTTGAATGTTTA-CTTAAGAAACATGAAGCAAAA-CCATCCATTGATAAGAAAAGTCTAT
* ** *
2316 TTATAGTAACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT
191 TTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * **
2381 GATTTTAAGTGGAA-TTTTTTACACTTTTCA-TTAAAATAGATTGTATTTGAATGTTTACCTCAG
256 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATGTCAG
* * *
2444 AAAACATGAAGTAAAAA-CTAG
320 GAAACATGAAG-AAAAAGCCAT
*
2465 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGTTTTAAA
1 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
2530 TGGCTTTATAATC-CAATTATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTT
65 TGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
2579 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1736, Mismatches: 345, Indels: 156
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
338 84 0.05
339 144 0.08
340 293 0.17
341 548 0.32
342 619 0.36
343 42 0.02
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTAT
TATTTGAATGTTTACTTAAGAAACATGAAGCAAAACCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATA
GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATGTCAGGAAACA
TGAAGAAAAAGCCAT
Done.