Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018402549.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5622.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 837

Length: 1396
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.34


Found at i:877 original size:171 final size:170

Alignment explanation


    Indices: 151--1396  Score: 1000
    Period size: 171  Copynumber: 7.3  Consensus size: 170

        141 ATATTATCTG

                         **          *          *          *        *  *     
        151 TTTTAACCAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACTATGTAAAG
          1 TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG

            *               *              *        *                *       
        216 AGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGAGTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
         65 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTT

              *               *    *  *  *  *   *  * *
        281 TTTCTTCACGTTTCCCTAGA-CACACTTCCAAATATTATCTG
        130 TTGCTTCACGTTT-CCTAAAGCAGACATCTAATTATAATATA

                                     *                *        *             
        322 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATAAGATTATAGAACCATTTAAAGC
          1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC

             *    *   **                *      *     *                       
        387 GTGTAAGAAGAATTTCGAAGGCATGGGTAACTATAGATGGATTTTTCTTGCCAAT-GAGTGGCTT
         66 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGGCTT

              *     *         *     *         *       
        451 TTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGATAT-TCAATTGTAATATA
        130 TTGCTTCACGTTTCCTAAAGCAGACATCT-AATTATAATATA

                 * *      *        **                         *              
        492 TTTTATCTAAAAATATAAAAAA-AAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGC
          1 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC

            * * *           *   *      *      *             * *          *   
        556 AAATCATAAGGCTTTCAAAGAC-TCGGATGACTACAAATGGACTTTTCCTACCAATGGA--ACAT
         66 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC-T

                                 *  *    *  *          
        618 TTTGCATT-ACGTTTCCTAAATCAAACATTTAGTTATAATATA
        129 TTTGC-TTCACGTTTCCTAAAGCAGACATCTAATTATAATATA

                  **     *            *         *    *             *         
        660 TTTTAAGTAAAAAGGTAAAAAAATTCGACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAG
          1 TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG

                            *     *   *                   *    *             
        725 CGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGTCAATGGATGGCTT
         65 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTT

              * *                                    
        790 TTACATCACGTTTCCTAAAGCAGACATCTAATTATAATATA
        130 TTGCTTCACGTTTCCTAAAGCAGACATCTAATTATAATATA

                         *         *   *                                     
        831 TTTTAACCAAAAAGGTGAAAAAAGTCAGCTTAAAATCAACTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAA
          1 TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAA

                 *  *        *                              *   **           
        895 GCGAGCAACAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTTAATGGATGGCT
         64 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT

                 *         * *   *              *  ** *
        960 TTTGCCTCACGTTTCTTGAAGTAGACAT-TCAATTACAACCTG
        129 TTTGCTTCACGTTTCCTAAAGCAGACATCT-AATTATAATATA

                   *    *               *               *                    
       1002 TTTTAACTAAAATTGTAAACAAATTC-ATTCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA
          1 TTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA

                        **    *        *   * *        *                * *  *
       1066 G-GAAGTAATAATACTTTAGAAGGCATTGGTCATTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAAAGGG
         64 GCG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC

                  *    *         * *                     *
       1130 TTTCT-TTTCATGTTTCCTAAGGTAGACA-CTTAATTATAATCA-G
        128 TTT-TGCTTCACGTTTCCTAAAGCAGACATC-TAATTATAAT-ATA

                    *      *              *               *                  
       1173 TTTTAACAAAAAAATATAAAACAATTCAACATAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAA
          1 TTTTAAC-CAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA

            * * **            *     *     *          *          *            
       1238 ACAAACAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTAACTATAAATGCACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
         64 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT

                      *    *  *    *       *  *   *  *  
       1303 TTT--TTC-CATATTTCTCAAGATAGACA-CAAAATATTATCTA
        129 TTTGCTTCACGT-TTCCTAAAG-CAGACATCTAATTATAATATA

                  *                                       *       
       1343 TTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAA
          1 TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA


Statistics
Matches: 849,  Mismatches: 194, Indels: 66
        0.77            0.17        0.06

Matches are distributed among these distances:
 167    1  0.00
 168   43  0.05
 169  125  0.15
 170  247  0.29
 171  331  0.39
 172  101  0.12
 173    1  0.00

ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.33


Consensus pattern (170 bp):   
TTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTT
TGCTTCACGTTTCCTAAAGCAGACATCTAATTATAATATA
Done.