Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402550.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5623.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5654
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.12, T:0.31
Warning! 962 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:619 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 316--1136 Score: 521
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
306 AATGGGAGAT
* * * * * *
316 TATAAATGGACCTTTCTT-CCTAATGAATGTCTTTTTCTACATCTTTTCTGA-G-ACAAGTATTA
1 TATAAATGGACTTTTCTTACC-AATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTA-AACT-TT-
** * * * *
378 AATTATAATTTGTTTTAACC-AAAATGTAAGAAAAACTGAACTTAAAATCGATT-TTGAGATAAT
62 AATTAT-AGCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGATTAT
* * * *
441 AAAACCATTTAAAGTGAA-TAATAAGACTTTTGAAGGAATAAGTGGC
124 AAAACCATTTAAAGTCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGAC
* * * * * *
487 TATAAATGGACTGTTCTTGCCAATAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACTTTCAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACTTT-AAT
* ** * *
552 TATAGCATGTTTTAACCATAAATGTAAAAACGTTCAACTTAAAATCAATTATTAGCTTATCAAAC
65 TATAGC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAAC
** * **
617 CATTTTGAG-CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGAC
129 CATTTAAAGTCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGAC
* * * * * *
658 TATAAAGGGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCTAAGGTAAACATTTAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAAC-TTTAAT
* * * **********
723 TATAGCCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAA
65 TATAG-CTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAA
* ** *
788 CCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGCGAGAC
128 CCATTTAAAGTCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGAC
* * * * ** *
830 TATAAATAGACTTTCTTTTA-TAATGAAT-TCATTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGGCATTCA
1 TATAAATGGACTTT-TCTTACCAATGAATGTC-TTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAAC-TTTA
* ** ** ********** * *
893 TTTATAATTTGTTTTAATGAAAAATGTANNNNNNNNNNACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAA
63 ATTAT-AGCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAA
* * * *
958 ACCATTTAAA-ACAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAC
127 ACCATTTAAAGTCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGAC
** * * * * *
1001 TATACGTTGATTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACCTTTAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAA-CTTTAAT
* * ** * * * *
1066 TATAGTCTGTTTTAAGCATAAACATAAAAAAGTTCAACTTAAAATTAATTATTAGCTTATAAAAT
65 TATAG-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAAC
1131 CATTTA
129 CATTTA
1137 GAGCAAGNNN
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 150, Indels: 38
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.02
171 327 0.68
172 141 0.29
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACTTTAATT
ATAGCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCA
TTTAAAGTCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGAC
Found at i:3382 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3032--5475 Score: 1377
Period size: 172 Copynumber: 14.3 Consensus size: 170
3022 NNNNNNNGGT
** * * * *
3032 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-CTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACTTT
1 GACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGC-CTTTTTCTTCATGTTCCCTAAGGTAGACATT
* * * * *
3096 CAATTATAGTCTATTTTAAGCATAAA-TGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATT-AGCTTA
64 CAATTATAGTCT-TTTTAATCAAAAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTA
* ** * ** * ** * *
3159 TAAAACCATTTAGAGCAAGTCATAAGGCTTTCAAACGCTTAAGT
127 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* ** * * *
3203 GACTATAAATGGACTTTTTGTGCCAATGAATGGCTTTCGCTTCGTGTTCCCTAAGGCAAACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTCCCTAAGGTAGACATTC
* * *
3268 AATTATAGCCTTTTATAATCAAAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATA
65 AATTATAGTCTTTT-TAATCAAAAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
** * * * *
3333 AAATTATTAAAAGTGGGCAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGA
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * *
3375 GACTATAAATGGATTTTTTTTTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCTGATGCA-AGCA
1 GACTATAAATGGA---CTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTCCCTAAGGTAGA-CA
* * * * * * *
3439 TTCAATTATAGTTTGTTTTAAT-GAAAACTGTTAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGATT
62 TTCAATTATAGTCT-TTTTAATCAAAAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* **
3503 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTGTTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * *** * **
3548 GAGTATAAATGGACCTTTCTT-CCTAATAAATGCCTTTTTCTAT-ATGTTTTTTAAGATAGGTAT
1 GACTATAAATGGA-CTTTTTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTCCCTAAGGTAGACAT
* * * * * *
3611 TAAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAGAAAAATTGAACTTAAAATCACTTTTGAGATA
63 TCAATTATAGTCT-TTTTAATCAAAAATTGTAA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
*** *
3675 ATAAAATTTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GAGA
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GA
* * * * * ** **
3720 GACTATAAATGGACCTTTCTT-CTCAATAAAT-CGATGTTTCTAT-ATATTTCCC-AATATAGGG
1 GACTATAAATGGA-CTTTTTTGC-CAATGAATGC-CTTTTTCT-TCAT-GTTCCCTAAGGTAGAC
* * * * * * *
3781 ATTCAATTATAATC-TGTTAGAACAAAAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGG
61 ATTCAATTATAGTCTTTTTA-ATCAAAAATTGTAA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * * *
3845 TAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATATGT
124 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * * *
3892 GACTACAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTTACGTT-TCTCAAGGTAGACTTT
1 GACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTCCCT-AAGGTAGACATT
* * *
3956 CAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAAA--GTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATT-AGTTT
64 CAATTATAGTCT-TTTTAATCA-AAAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT-TTGAGATT
* ** * * ** * *
4018 ATAAAACCATTTAGAGCAAGTACTAAGGCTTTGGAAGGCTTAAGT
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * *
4063 GACTATAAATGGACTTGTTGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCTCTAAGGTATACATTC
1 GACTATAAATGGACTT-TTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTCCCTAAGGTAGACATTC
* * * * * * * * *
4128 AATTCTAGCCTTTTTTAAT-AAACAATTTTATACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACACTAC
65 AATTATAGTC-TTTTTAATCAAA-AATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * * **
4192 AAAATCATTTAAAGTGGGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAAA
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * ** * * * **
4235 GACTATAAATGGATTTTTTTTGTCAATGAATGCCTATTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGGTATTC
1 GACTATAAATGGA-CTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTCCCTAAGGTAGACATTC
* * *** * * *
4300 AATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATCCAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATA
65 AATTATAGTCT-TTTTAATCAAAAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * * * *
4365 AAATCATTTAAAGCGAGTGATAACGCTTTCGAAGGAATGGGA
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * *** * * * *
4407 GATTATAAATGGACTTTCTTCCCAATGATTGCCTTTTTCTAT-ATGTTTTTTGAGATAGGCATTA
1 GACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTCCCTAAGGTAGACATTC
* * * * * * *
4471 AATTATAATCTGTTTT-AGCTAAAA-TGTAAGAAAAACTGAACTTAAAATCAGTTTTGAGATAAT
65 AATTATAGTCT-TTTTAATCAAAAATTGTAA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * * *
4534 AAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * *
4577 GACTATAAATGGACTATTCTTT-CTAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACTTT
1 GACTATAAATGGACT-TT-TTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTCCCTAAGGTAGACATT
* * * * * *
4641 CAATTATAATCTGTTTTAA-CTATAAA-TGTAAAAAAGTTCAGCTTAAAATCAGTTATT-AGCA-
64 CAATTATAGTCT-TTTTAATC-AAAAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT-TTGAG-AT
* * ** * * ** * *
4702 TATAAAACAATTTAGAGCAAGTAAT-AGGAATTTCGAAGGCTTAAGT
125 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * *
4748 GACTATAAATGGACTTTTCGTGCTACT-AGATAG-CTTTTGCTTCACGTTCCCTAAGGCAAACAT
1 GACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGA-AT-GCCTTTTTCTTCATGTTCCCTAAGGTAGACAT
* * * * *
4811 TCAATTATAGCCTTTTTTAATGAACAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTA
63 TCAATTATAGTC-TTTTTAATCAAAAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * *
4876 TTAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGA
127 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* ** * * * * * * * *
4920 GACTATAAATGAACTTTTTTGGATAATAAATTCTTTTTTCTTTACGTTTCCTGAGGCAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTCCCTAAGGTAGACATTC
* * * ********** * *
4985 ATTTATAAT-TTGTGTTAATGAAAAA-TGTANNNNNNNNNNACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
65 AATTATAGTCTT-T-TTAATCAAAAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * * *
5048 AAAAGCATTTAAA-TCGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGT
128 AAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * * *
5090 GACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGAATGTCTTTTTCTT-TTCGTT-TCTCGAGGT-GACTT
1 GACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-GTTCCCT-AAGGTAGACAT
* * * *
5152 TCAATTATAGTCTTTTTTTAA-CCATAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATT-AGCT
63 TCAATTATAGTC--TTTTTAATCAAAAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT-TTGAGAT
* * ** * * *** * *
5215 TATAAAACTATTTAGAGCAAGTAATTAGGCTTTCGAAGTCTTAAGT
125 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * ** ** *
5261 GACTATAAATTGACTTTTGTGCCAATGGATGACTTTCACTTCACATTCCCTAAGGTAAACATTCA
1 GACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTCCCTAAGGTAGACATTCA
* ********** *
5326 ATTATAGCCTTTTTTAA-CTNNNNNNNNNNAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATA
66 ATTATAGTC-TTTTTAATC-AAAAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
*
5390 AAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * *
5432 AACTATAAGTGAACTTTTTTTGCTAATAAATGTCTTTTTCTTCA
1 GACTATAAATGGAC-TTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
5476 CGTTTTTTGA
Statistics
Matches: 1734, Mismatches: 455, Indels: 167
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 23 0.01
170 233 0.13
171 642 0.37
172 673 0.39
173 99 0.06
174 56 0.03
175 8 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTCCCTAAGGTAGACATTCA
ATTATAGTCTTTTTAATCAAAAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
Found at i:4049 original size:860 final size:857
Alignment explanation
Indices: 3030--4590 Score: 2349
Period size: 860 Copynumber: 1.8 Consensus size: 857
3020 NNNNNNNNNG
* * *
3030 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATCTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACTT
1 GTGACTACAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATCTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACTT
* *
3095 TCAATTATAGTCTATTTTAAGCATAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATTAGCTTAT
66 TCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAAAGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATTAGCTTAT
*
3160 AAAACCATTTAGAGCAAGTCATAAGGCTTTCAAACGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTTGTG
131 AAAACCATTTAGAGCAAGTCATAAGGCTTTCAAACGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTGTTGTG
*
3225 CCAATGAATGGCTTTCGCTTCGTGTTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTATAATCAA
196 CCAATGAATGGCTTTCGCTTCATGTTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTATAAT-AA
* * * *
3290 A-AATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAATTATTAAAAGTGGGCAAT
260 ACAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACACTACAAAATCATTAAAAGTGGGCAAT
** * * *
3354 AAAGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGATTTTTTTTTTACCAATGAATGTCTTTTTCTT
325 AAAGCTTTTGAAGGAATAAAAGACTATAAATGGATTTTTTTTGT--CAATGAATGCCTATTTCTT
** * * * *** *
3419 CATGTTTCCTGATGCAAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAACT-GTTAAAAAATTTAAC
388 CACATTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATCCAAAAAAAATTCAAC
* * * *
3483 TTAAAATTAATTAT-AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGTTAAGGCTTTTGAAGGAATAGG
453 TTAAAATCAATTATGAA-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAACGCTTTCGAAGGAATAGG
* *
3547 AGAGTATAAATGGACCTTTCTTCCTAATAAATGCCTTTTTCTATATGTTTTTTAAGATAGGTATT
517 AGAGTATAAATGGA-CTTTCTTCCCAATAAATGCCTTTTTCTATATGTTTTTTAAGATAGGCATT
*
3612 AAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAAATTGAACTTAAAATCACTTTTGAGATAAT
581 AAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAGAAAAACTGAACTTAAAATCACTTTTGAGATAAT
*** * *
3677 AAAATTTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTC
645 AAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTC
3742 TCAATAAATCGATGTTTCTATATATTTCCCAATATAGGGATTCAATTATAATCTGTTAGAACAAA
710 TCAATAAATCGATGTTTCTATATATTTCCCAATATAGGGATTCAATTATAATCTGTTAGAACAAA
3807 AAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGGTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
775 AAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGGTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
3872 AGGCTTGTGAAGGAATAT
840 AGGCTTGTGAAGGAATAT
* * *
3890 GTGACTACAAATAGACTTTTCTT-GCTAATGAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACT
1 GTGACTACAAATAGACTTTTCTTATC-AATGAATCTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACT
* * * * *
3954 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAAAGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATTAGTTTA
65 TTCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAAAGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATTAGCTTA
** *
4019 TAAAACCATTTAGAGCAAGT-ACTAAGGCTTTGGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTGTTG
130 TAAAACCATTTAGAGCAAGTCA-TAAGGCTTTCAAACGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTGTTG
* * * * * * *
4083 TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCTCTAAGGTATACATTCAATTCTAGCCTTTTTTAATA
194 TGCCAATGAATGGCTTTCGCTTCATGTTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTATAATA
* * *
4148 AACAATTTTATACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACACTACAAAATCATTTAAAGTGGGCAA
259 AACAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACACTACAAAATCATTAAAAGTGGGCAA
*
4213 TAAGGCTTTTGAAGGAATAAAAGACTATAAATGGATTTTTTTTGTCAATGAATGCCTATTTCTTC
324 TAAAGCTTTTGAAGGAATAAAAGACTATAAATGGATTTTTTTTGTCAATGAATGCCTATTTCTTC
* * *
4278 ACATTTCTTAAGGCAGGTATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATCCAAAAAAAATTCAACT
389 ACATTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATCCAAAAAAAATTCAACT
* *
4343 TAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTGATAACGCTTTCGAAGGAATGGGAG
454 TAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAACGCTTTCGAAGGAATAGGAG
* * * *
4408 ATTATAAATGGACTTTCTTCCCAATGATTGCCTTTTTCTATATGTTTTTTGAGATAGGCATTAAA
519 AGTATAAATGGACTTTCTTCCCAATAAATGCCTTTTTCTATATGTTTTTTAAGATAGGCATTAAA
* * *
4473 TTATAATCTGTTTTAGCTAAAATGTAAGAAAAACTGAACTTAAAATCAGTTTTGAGATAATAAAA
584 TTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAGAAAAACTGAACTTAAAATCACTTTTGAGATAATAAAA
* * *
4538 CCATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
649 CCATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAC
4591 TATTCTTTCT
Statistics
Matches: 622, Mismatches: 74, Indels: 13
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
857 90 0.14
858 122 0.20
859 84 0.14
860 326 0.52
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (857 bp):
GTGACTACAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATCTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACTT
TCAATTATAGTCTATTTTAACCATAAAAGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATTAGCTTAT
AAAACCATTTAGAGCAAGTCATAAGGCTTTCAAACGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTGTTGTG
CCAATGAATGGCTTTCGCTTCATGTTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTATAATAAA
CAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACACTACAAAATCATTAAAAGTGGGCAATA
AAGCTTTTGAAGGAATAAAAGACTATAAATGGATTTTTTTTGTCAATGAATGCCTATTTCTTCAC
ATTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATCCAAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAACGCTTTCGAAGGAATAGGAGAG
TATAAATGGACTTTCTTCCCAATAAATGCCTTTTTCTATATGTTTTTTAAGATAGGCATTAAATT
ATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAGAAAAACTGAACTTAAAATCACTTTTGAGATAATAAAACC
ATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTCTCAATA
AATCGATGTTTCTATATATTTCCCAATATAGGGATTCAATTATAATCTGTTAGAACAAAAAATGT
AAGAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGGTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
GTGAAGGAATAT
Found at i:4690 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3032--5653 Score: 1448
Period size: 171 Copynumber: 15.3 Consensus size: 170
3022 NNNNNNNGGT
* * *
3032 GACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAAT-CTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACTT
1 GACTATAAATGGAC-TTTCTT-TCTAATGAATGC-CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACAT
* * * *
3095 TCAATTATAGTCTATTTTAAGC-ATAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATT-AGCTT
63 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATT
* ** * ** * ** * *
3158 ATAAAACCATTTAGAGCAAGTCATAAGGCTTTCAAACGCTTAAGT
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * ** * * * *
3203 GACTATAAATGGACTTT-TTGTGCCAATGAATGGCTTTCGCTTCGTGTTCCCTAAGGCAAACATT
1 GACTATAAATGGACTTTCTT-T-CTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATT
* * * *
3267 CAATTATAGCCT-TTTATAA-TCAAAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATT
64 CAATTATAGTCTGTTT-TAACT-AAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
** * * * *
3330 ATAAAATTATTAAAAGTGGGCAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGA
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * * * *
3375 GACTATAAATGGATTTTTTTTTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCCTGATGCAAGCAT
1 GACTATAAATGGA--CTTTCTTT-CTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACAT
* * * * * * *
3440 TCAATTATAGTTTGTTTTAA-TGAAAACTGTTAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGATTA
63 TCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* **
3504 TAAAACCATTTAAAGCGAGTGTTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
127 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * ***
3548 GAGTATAAATGGACCTTTCTTCCTAATAAATGCCTTTTTCTAT-ATGTTTTTTAAGATAGGTATT
1 GACTATAAATGGA-CTTTCTTTCTAATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTTAAGGTAAACATT
* * * * * *
3612 AAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAAATTGAACTTAAAATCACTTTTGAGATAAT
64 CAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
*** *
3677 AAAATTTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GAGA
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GA
* * * * ** ** ***
3720 GACTATAAATGGACCTTTC-TTCTCAATAAAT-CGATGTTTCTAT-ATATTTCCCAATATAGGGA
1 GACTATAAATGGA-CTTTCTTTCT-AATGAATGC-CTTTTTCT-TCATGTTTCTTAAGGTAAACA
* ** * * * * *
3782 TTCAATTATAATCTGTTAGAACAAAAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGGTA
62 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * *
3847 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATATGT
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * * * *
3892 GACTACAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACTTTC
1 GACTATAAATGGAC-TTTCTTTCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
* * * *
3957 AATTATAGTCTGTTTTAACCATAAAA-GTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATT-AGTTTAT
65 AATTATAGTCTGTTTTAACTA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTAT
* ** * * ** * *
4020 AAAACCATTTAGAGCAAGTACTAAGGCTTTGGAAGGCTTAAGT
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * *
4063 GACTATAAATGGACTTGT-TGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTCTCTAAGGTATACAT
1 GACTATAAATGGACTT-TCT-TTCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAAACAT
* * * * * * * *
4126 TCAATTCTAGCCTTTTTTAA-TAAACAATTTTATACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACACT
63 TCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAA-AA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * * **
4190 ACAAAATCATTTAAAGTGGGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAAA
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * ** * ***
4235 GACTATAAATGGATTTTTTTTGTCAATGAATGCCTATTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGGTATTC
1 GACTATAAATGGACTTTCTTTCT-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
* ** * *
4300 AATTATAGTTTGTTTTAA-TGAAAAATCCAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTAT
65 AATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * * * * *
4364 AAAATCATTTAAAGCGAGTGATAACGCTTTCGAAGGAATGGGA
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * * ** *
4407 GATTATAAATGGACTTTCTTCCCAATGATTGCCTTTTTCTAT-ATGTTTTTTGAGATAGGCATTA
1 GACTATAAATGGACTTTCTTTCTAATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
* * * * * *
4471 AATTATAATCTGTTTTAGCT-AAAATGTAAGAAAAACTGAACTTAAAATCAGTTTTGAGATAATA
65 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * *
4535 AAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * *
4577 GACTATAAATGGACTATTCTTTCTAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACTTTC
1 GACTATAAATGGACT-TTCTTTCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
* * * * *
4642 AATTATAATCTGTTTTAACTATAAATGTAAAAAAGTTCAGCTTAAAATCAGTTATT-AGCA-TAT
65 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAG-ATTAT
* * ** * * ** * *
4705 AAAACAATTTAGAGCAAGTAAT-AGGAATTTCGAAGGCTTAAGT
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * * *
4748 GACTATAAATGGACTTTTCGTGCTACT-AGATAG-CTTTTGCTTCACGTTCCCTAAGGCAAACAT
1 GACTATAAATGGAC-TTTCTTTCTAATGA-AT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACAT
* * * * * *
4811 TCAATTATAGCCTTTTTTAA-TGAACAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATT
63 TCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * *
4875 ATTAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGA
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * * * * * *
4920 GACTATAAATGAACTTT-TTTGGATAATAAATTCTTTTTTCTTTACGTTTCCTGAGGCAGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTCTTT--CTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATT
* * * * ********** * *
4984 CATTTATAATTTGTGTTAA-TGAAAAATGTANNNNNNNNNNACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
64 CAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * * *
5048 AAAAGCATTTAAA-TCGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGT
128 AAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * ** * *
5090 GACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGAATGTCTTTTTCTT-TTCGTTTCTCGAGGT-GACTTT
1 GACTATAAATGGAC-TTTCTTTCTAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-GTTTCTTAAGGTAAACATT
* * * * * * *
5153 CAATTATAGTCTTTTTTTAACCATAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATT-AGCTTA
64 CAATTATAGTC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTA
* * ** * * *** * *
5217 TAAAACTATTTAGAGCAAGTAATTAGGCTTTCGAAGTCTTAAGT
127 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * ** ** * *
5261 GACTATAAATTGACTTT-TGTGCCAATGGATGACTTTCACTTCACATTCCCTAAGGTAAACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTCT-TTCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
* * ********* * *
5325 AATTATAGCCTTTTTTAACTNNNNNNNNNNAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATA
65 AATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
*
5390 AAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * * * * * * * * *
5432 AACTATAAGTGAACTTTTTTTGCTAATAAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGCAAGCATTC
1 GACTATAAATGGACTTTCTTT-CTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTC
* ********** * *
5497 AATTATAGTTTGTTTTAA-TGNNNNNNNNNNAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATG
65 AATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* ** * ** * * *
5561 AAATCATTGGAAGCGAGGGATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGT
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
* * * *
5603 GACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-GATGAATGCCTTTTTTTTTATGTTTCT
1 GACTATAAATGGAC-TTTCTT-TCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
5654 C
Statistics
Matches: 1870, Mismatches: 505, Indels: 152
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 20 0.01
170 239 0.13
171 735 0.39
172 718 0.38
173 97 0.05
174 56 0.03
175 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GACTATAAATGGACTTTCTTTCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCA
ATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGA
Found at i:4813 original size:685 final size:686
Alignment explanation
Indices: 3432--5010 Score: 1819
Period size: 685 Copynumber: 2.3 Consensus size: 686
3422 GTTTCCTGAT
* * * * * *
3432 GCAAGCATTCAATTATAG-TTTGTTTTAATGAAA-ACTGTT-AAAAAATTTAACTTAAAATTAAT
1 GCAAACATTCAATTATAGCCTT-TTTTAAT-AAACAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * *** *
3494 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGTTAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGAGTATAAATG
64 TTTGACACTACAAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATG
* * * * * ** * *
3559 GACCTTTCTT-CCTAATAAATGCCTTTTTCTATATGTTTTTTAAGATAGGTATTAAATTATAATC
129 GACTTTTTTTGTC-AATAAATGCCTTTTTCT-TACGTTTCTTAAGGCAGGTATTCAATTATAATT
** ** * * * * * **
3623 TGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAAATTGAACTTAAAATCACTTTTGAGATAATAAAATTTTTTA
192 TGTTTTAATGAAAAATCCAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATAATAAAATCATTTA
* * * *
3688 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTCTCAATAAATCG
257 AAGCGAGTAATAACGCTTTCAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATAAATCG
* * *
3753 ATGTTTCTATATATTTCCCAATATAGGGATTCAATTATAATCTGTTAGAACAAAAAATGTAAGAA
322 ATGTTTCTATATATTTCCCAAGATAGGCATTAAATTATAATCTGTTAGAACAAAAAATGTAAGAA
* * * * *
3818 AAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGGTAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAA
387 AAACTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTGTGAA
* * ** *
3883 GGAATATGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGG
452 GGAATAGGTGACTACAAATAGACTATTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * *
3948 TAGACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAAAGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATT
517 TAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACCATAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT
** * * * *
4013 AGTTTATAAAACCATTTAGAGCAAGTACTAAGGCTTTGGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACT
582 AGCATATAAAACAATTTAGAGCAAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACT
* * * *
4078 TGTTGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCTCTAAG
647 TGTTGTGCCAATAGATAGCTTTTGCTTCACGTTCCCTAAG
* * * * *
4118 GTATACATTCAATTCTAGCCTTTTTTAATAAACAATTTTATACAAATTCAACTTAAAATCAATTT
1 GCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAATAAACAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
* **
4183 TGACACTACAAAATCATTTAAAGTGGGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAAAGACTATAAATGGA
66 TGACACTACAAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGA
* * * * *
4248 TTTTTTTTGTCAATGAATGCCTATTTCTTCACATTTCTTAAGGCAGGTATTCAATTATAGTTTGT
131 CTTTTTTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTT-ACGTTTCTTAAGGCAGGTATTCAATTATAATTTGT
*
4313 TTTAATGAAAAATCCAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAG
195 TTTAATGAAAAATCCAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATAATAAAATCATTTAAAG
* * * * * * *
4378 CGAGTGATAACGCTTTCGAAGGAATGGGAGATTATAAATGGA-CTTTCTTCCCAAT-GATTGCCT
260 CGAGTAATAACGCTTTCAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATAAATCG-AT
* * **** ** * *
4441 TTTTCTATATGTTTTTTGAGATAGGCATTAAATTATAATCTGTTTTAGC-TAAAATGTAAGAAAA
324 GTTTCTATATATTTCCCAAGATAGGCATTAAATTATAATCTGTTAGAACAAAAAATGTAAGAAAA
* * *
4505 ACTGAACTTAAAATCAGTTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
389 ACTAAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTGTGAAGG
* * * * *
4570 AATGGGTGACTATAAATGGACTATTCTTTCTAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTA
454 AATAGGTGACTACAAATAGACTATTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTA
* * * * *
4635 AACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACTATAAATGTAAAAAAGTTCAGCTTAAAATCAGTTATTAG
519 AACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACCATAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAG
4700 CATATAAAACAATTTAGAGCAAGTAAT-AGGAATTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTT
584 CATATAAAACAATTTAGAGCAAGTAATAAGG-ATTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTT
* *
4764 -TTCGTGCTACTAGATAGCTTTTGCTTCACGTTCCCTAAG
648 GTT-GTGCCAATAGATAGCTTTTGCTTCACGTTCCCTAAG
* *
4803 GCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAATGAACAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTT
1 GCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAATAAACAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
* ** * * *
4868 TGACATTATTAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATGAA
66 TGACACTACAAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGA
* * * * * ** *
4933 CTTTTTTGGAT-AATAAATTCTTTTTTCTTTACGTTTCCTGAGGCAGACATTCATTTATAATTTG
131 CTTTTTTTG-TCAATAAATGCCTTTTTC-TTACGTTTCTTAAGGCAGGTATTCAATTATAATTTG
*
4997 TGTTAATGAAAAAT
194 TTTTAATGAAAAAT
5011 GTANNNNNNN
Statistics
Matches: 739, Mismatches: 144, Indels: 21
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
684 5 0.01
685 445 0.60
686 79 0.11
687 209 0.28
688 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (686 bp):
GCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAATAAACAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
TGACACTACAAAATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGA
CTTTTTTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTACGTTTCTTAAGGCAGGTATTCAATTATAATTTGTT
TTAATGAAAAATCCAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATAATAAAATCATTTAAAGC
GAGTAATAACGCTTTCAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATAAATCGATGT
TTCTATATATTTCCCAAGATAGGCATTAAATTATAATCTGTTAGAACAAAAAATGTAAGAAAAAC
TAAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAA
TAGGTGACTACAAATAGACTATTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAA
CTTTCAATTATAATCTGTTTTAACCATAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGCA
TATAAAACAATTTAGAGCAAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTGTT
GTGCCAATAGATAGCTTTTGCTTCACGTTCCCTAAG
Found at i:5542 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 3029--5621 Score: 1642
Period size: 513 Copynumber: 5.0 Consensus size: 512
3019 NNNNNNNNNN
* * * * *
3029 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-CTCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGAC
1 GGTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGAATAC-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAAC
* * * * *
3093 TTTCAATTATAGTCTATTTTAAGCATAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATTAGCTT
65 TTTCAATTATAATCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGCAT
* * * * * *
3158 ATAAAACCATTTAGAGCAAGTCATAAGG-CTTTCAAACGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTT
130 ATAAAACAATTTAGAGCAAGTAAT-AGGAATTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * *** *
3222 GTGCCAAT-GAATGGCTTTCGCTTCGTGTTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTATAA
194 GTGCCAATAG-ATAGCTTTCACTTCACATTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAA
* * ** * * *
3286 TCAAAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAATTATTAAAAGTGGGC
258 TGAACAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * ** ** * *
3351 AATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGATTTTTTTTTTACCAATGAATGTC-TTTT
323 AATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAAACTATAAAT-GAACTTTTTTGGA-TAATAAAT-TCTTTTT
* * * * *
3415 TCTTCATGTTTCCTGATGCA-AGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAACTGTTAAAAAATT
385 TCTTCACGTTTCCTGAGGCAGA-CATTCAATTATAATTTGTGTTAATGAAAAATG-TAAAAAATT
* * * * * *
3479 TAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGTTAAGGCTTTTGAAGGAAT
448 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAAT
* * * * * * * * * * *
3544 AGGAGAGTATAAATGGACCTTTC-TTCCTAATAAATGCCTTTTTCTAT-ATGTTTTTTAAGAT-A
1 -GGTGACTATAAATAGACTTTTCGTACC-AATGAATACCTTTTTCT-TCACGTTTCTCAAGGTAA
** * * * * *
3606 GGTATTAAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAAATTGAACTTAAAATCACTT-TTG
63 ACT-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCATAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-
*** * ** * ** ** * *
3670 AG-ATAATAAAATTTTTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA
125 AGCAT-ATAAAACAATTTAGAGCAAGTAAT-AGGAATTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * *** *** **
3733 CCTTTC-TTCTCAATAAATCGATGTT-TCTAT-ATATTTCCC-AATATAGGGATTCAATTATAAT
188 CTTTTCGTGC-CAATAGATAGCT-TTCACT-TCACA-TTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGC
* ** * * * * * * ** *
3794 CTGTTAGAA-CAAAAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGGTAATAAAACCATT
249 CTTTTTTAATGAACAATTTTAA-AAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATT
* * * ** * * *
3858 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATATGTGACTACAAAT-AGACTTTTCTT-GCTAATGA
313 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAAACTATAAATGA-ACTTTT-TTGGATAATAA
* * * * * * * **
3921 ATGTC-TTTTTCTTTACGTTT-CTCAAGGTAGACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAAA-
376 AT-TCTTTTTTCTTCACGTTTCCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTGTTAATGA-AAAAT
* * * * * * *
3983 GTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAGAGCAAGT-ACTAAGGC
438 GT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTGA-TAAGGC
* * **
4047 TTTGGAAGGCTT
501 TTTTGAAAGAAT
* * * * ** * * *
4059 AAGTGACTATAAATGGACTTGTT-GTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTCTCTAAGGTAT
1 -GGTGACTATAAATAGACTT-TTCGTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAA
* * ** * * * * * *
4122 ACATTCAATTCTAGCCTTTTTTAA-TAAACAATTTTATACAAATTCAACTTAAAATCAATT-TT-
63 ACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACCATA-AA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTA
* * *** * * * ** **
4184 GACACTACAAAATC-ATTTAAAGTGGGCAATAAGG-CTTTTGAAGGAATAAAAGACTATAAATGG
126 G-CA-TATAAAA-CAATTTAGAGCAAGTAAT-AGGAATTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGG
* ** * * * * ***
4247 ATTTTTTTTGTCAAT-GA-ATGCCTATT-TCTTCACATTTCTTAAGGCAGGTATTCAATTATAG-
187 ACTTTTCGTGCCAATAGATA-G-CT-TTCACTTCACATTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGC
* * *** * * * *
4308 TTTGTTTTAATGAAAAATCCAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATT
249 CTT-TTTTAATGAACAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATT
* * * ** * * * * * *** *
4373 TAAAGCGAGTGATAACGCTTTCGAAGGAATGGGAGATTATAAATGGACTTTCTT-CCCAAT-GAT
313 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAAACTATAAATGAACTTTTTTGGATAATAAAT
* * ** ** * * * * *
4436 TGCCTTTTTCTAT-ATGTTTTTTGAGATAGGCATTAAATTATAATCTGT-TTTA-GCTAAAATGT
378 T-CTTTTTTCT-TCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTGTTAATG-AAAAATGT
* * * * * * *
4498 AAGAAAAACTGAACTTAAAATCAGTTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAAT-AAGTAATAAGGCT
440 -A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAATCGAGTGATAAGGCT
*
4562 TTTGAAGGAAT
502 TTTGAAAGAAT
* * * * * *
4573 GGGTGACTATAAATGGACTATTCTTTCTAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAAC
1 -GGTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAAC
* * * *
4638 TTTCAATTATAATCTGTTTTAACTATAAATGTAAAAAAGTTCAGCTTAAAATCAGTTATTAGCAT
65 TTTCAATTATAATCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGCAT
4703 ATAAAACAATTTAGAGCAAGTAATAGGAATTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCG
130 ATAAAACAATTTAGAGCAAGTAATAGGAATTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCG
* * ** *
4768 TGCTACTAGATAGCTTTTGCTTCACGTTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAATG
195 TGCCAATAGATAGCTTTCACTTCACATTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAATG
* *
4833 AACAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATTAAATCATTTAAAGTGAGTAA
260 AACAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* *
4898 TAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATGAACTTTTTTGGATAATAAATTCTTTTTTCTTT
325 TAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAAACTATAAATGAACTTTTTTGGATAATAAATTCTTTTTTCTTC
* *********
4963 ACGTTTCCTGAGGCAGACATTCATTTATAATTTGTGTTAATGAAAAATGTANNNNNNNNNNACTT
390 ACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTGTTAATGAAAAATGTA-AAAAATTCAACTT
* *
5028 AAAATCAATTATAAGATTATAAAAGCATTTAAATCGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAAT
454 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAAT
** ** * *
5087 GGTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGAATGTCTTTTTCTTTTCGTTTCTCGAGGT-GACT
1 GGTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACT
* * * * * *
5151 TTCAATTATAGTCTTTTTTTAACCATAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATTAGCTT
66 TTCAATTATAATC-TGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGCAT
* * * *
5216 ATAAAACTATTTAGAGCAAGTAATTAGG-CTTTCGAAGTCTTAAGTGACTATAAATTGACTTTT-
130 ATAAAACAATTTAGAGCAAGTAA-TAGGAATTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* *
5279 GTGCCAATGGAT-GACTTTCACTTCACATTCCCTAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAA
194 GTGCCAATAGATAG-CTTTCACTTCACATTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAA
********** *
5343 CT-NNNNNNNNNNAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAATTGAG
258 -TGAACAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * *
5407 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAAACTATAAGTGAACTTTTTTTGCTAATAAATGTC-TTTTT
322 TAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGAAACTATAAATGAACTTTTTTGGATAATAAAT-TCTTTTTT
** * * *********
5471 CTTCACGTTTTTTGAGGCA-AGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGNNNNNNNNNNAAAAATTC
386 CTTCACGTTTCCTGAGGCAGA-CATTCAATTATAATTTGTGTTAATG-AAAAATGTAAAAAATTC
* * ** * *
5535 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAATCATTGGAAGCGAGGGATAAGGCTTTTGAAAGAATT
449 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAA-T
5600 GGTGACTATAAATAGACTTTTC
1 GGTGACTATAAATAGACTTTTC
5622 TTGTCGATGA
Statistics
Matches: 1617, Mismatches: 387, Indels: 149
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 2 0.00
512 279 0.17
513 388 0.24
514 273 0.17
515 377 0.23
516 112 0.07
517 178 0.11
518 8 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (512 bp):
GGTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACT
TTCAATTATAATCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGCATA
TAAAACAATTTAGAGCAAGTAATAGGAATTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGT
GCCAATAGATAGCTTTCACTTCACATTCCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAATGA
ACAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
AAGGCTTTTAAAGGAATAGGAAACTATAAATGAACTTTTTTGGATAATAAATTCTTTTTTCTTCA
CGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTGTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAAT
Done.