Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397306.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_17.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 22425 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2481 original size:171 final size:171
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Indices: 2204--2541 Score: 431
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2194 NNNNNNNNNN
* *
2204 AAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTCAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTAAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
* *
2269 TTATATTTAAATGTCTGCTTTGGAAAATGTAAAACAAAAGCCA-TCGATTGG-C-AGAAAAAGTC
66 TTATATTTAAATGTCTGCCTTGGAAAATGTAAAACAAAAGCCATTC-A-TGGACAAG-AAAAGCC
* **
2331 CATTTATAGTCACATAAGCCTTTGAAAGCCTTATCACTCGTTTT
128 CATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGTTTT
*
2375 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA-T-TTTTATATATTTTGAGTTAAAACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTAAAGTTGAATTCTTTTATAT-TTTTGA-TTAAAACA
* *
2438 GATTATATTTAAATG-CTTGCCTTGG-GAATCGCTAAGA-AAAAGCCATTCATGGACAAGAAAAG
64 GATTATATTTAAATGTC-TGCCTTGGAAAAT-G-TAAAACAAAAGCCATTCATGGACAAGAAAAG
* * *
2500 CCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
126 CCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCG
2542 CNNNNNNNNN
Statistics
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AAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTAAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGATTAAAACAGA
TTATATTTAAATGTCTGCCTTGGAAAATGTAAAACAAAAGCCATTCATGGACAAGAAAAGCCCAT
TTATAGTCACACAAGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGTTTT
Found at i:3190 original size:171 final size:169
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2843 NNNNNNNNNN
* *
2853 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTGTTTTTACATTTTGGGTTAAAACA
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTGGGTTAAAACA
* *
2918 GATTAAATTTAAATGTTTTCCTTGGAAAATGTGAAAAAAAAAATTTATTGGCAGAAAAAGTTCAT
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**
2983 TTATAGTCACCCATTCTTTCGAACGCCTTATTACTCAATT
130 TTATAGTCACCCAAGCTTTCGAACGCCTTATTACTCAATT
* * *
3023 TAAATAGTTTTATAATCTTATAATCGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACA
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTGGGTTAAAACA
* * * *
3087 GATTATATTTGAGTATTTAT-CTTGAGAAACA-T-AAAGAAAAAGCCATTGATTGGCA-AAGAAA
66 GATTAAATTTAAATATTT-TCCTTG-GAAA-AGTGAAA-AAAAA--AATTGATTGGCAGAA-AAA
* * *
3148 G-TCTATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAC-CCTTATTACTCACTT
124 GTTC-ATTTATAGTCACCCAAGCTTTCG-AACGCCTTATTACTCAATT
3194 TAAAT-GATTTTATAATC
1 TAAATAG-TTTTATAATC
3211 NNNNNNNNNN
Statistics
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TAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTGGGTTAAAACA
GATTAAATTTAAATATTTTCCTTGGAAAAGTGAAAAAAAAAATTGATTGGCAGAAAAAGTTCATT
TATAGTCACCCAAGCTTTCGAACGCCTTATTACTCAATT
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5135 ATTTGTTACT
* * ** *
5145 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCCCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
5210 TAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTGTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGA
65 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTT-TT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * **
5275 ATGTTTGCTTTTG-GAAACGTGTAGCAAAAGTCATTCATTCCC
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* * * *
5317 AAGAAAAGTCTATATATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
5382 TAATCTTATAATCGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAA
65 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAA
* * * *
5447 TTTCTATTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCTTCCACTGGC
129 TTT-TATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATT-CATTGGC
* * *
5488 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAA-CTCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATACCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *** ** *
5552 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATCTTTTACGTTTTGGATTAAAACAGATTATATTTAAA
64 ATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAA
* * *
5617 TGTTTACCTT-AGAAAACATGAATAAAAAATCATTCATTGGC
129 T-TTTATCTTGAG-AAACATGAA-GAAAAAGCATTCATTGGC
* * * * * *
5658 TAGAAAAGTCCACTTAAAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * ** * **
5723 TAATCTCATAATCAATTTTAAATTGAA-TTTTTTTATTTTTGGTTAAAACATATTATTTTTAAAT
65 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAAT
* * *
5787 TTCTA-CCTCAGGAAACATAAAGAAAAAGTCATT-ATTGGC
130 TT-TATCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGC
* * *
5826 AAGGAATGTCCATTTATAGTCACC-TAAGCCTTCAAAA-CTCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAT-A-CCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * ** *
5889 TACAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTTTT-TTCATTTTAGGTTAAATTAGATTATAT
63 TATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATT--TTTTA--TTAAAACAGATTATAA
* * ** **
5953 TTAAATTTTTATCTTGGGAGACATGAAGAAAATCCATTCATTGAT
124 TTAAA-TTTTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGC
* * * * * * **
5998 AAGATAAG-CGCATTTATTGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATATTTTT
1 AAGAAAAGTC-CATTTATAGTCA-CCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
6062 ATAATCTCATAA-CTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
64 ATAATCTCATAATC-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAT-TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATT
* * * * *
6126 GAATATT-TGTTGTAGAAA-ATGTGAAGAAAATGTCATTCATTGAC
126 AAATTTTATCTTG-AGAAACA--TGAAGAAAAAG-CATTCATTGGC
* * * ** * **
6170 ATGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATACCTTCAAAAGCTTTGCTGCTCATTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
6235 TAATCTCATA
65 TAATCTCATA
6245 TTTAAATATA
Statistics
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0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 1 0.00
168 89 0.12
169 59 0.08
170 138 0.18
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AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATT
TTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGC
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6316 TTTGAACACC
* * *
6326 TTATTACTCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTT
1 TTATTACTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTGTT
* * * *
6391 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTAAAAGAAAAGCCATTCATTAGGA
66 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACGTAAAAGAAAAGCCATCCATTAGAA
*
6456 GGAAAAGTCCATTTATAGTAATCCATACCTTCGAAGGCT
131 AGAAAAGTCCATTTATAGTAATCCATACCTTCGAAGGCT
* * ** * **
6495 TTATTACTTGCTTTCAATGATTTTATAATCTTATAGTTGATTTTAGGTTGAATATTTTT-ATGTT
1 TTATTAC-T-CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAAAATT
* * * * **
6559 GTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTGCCTCAG-GAAACGT-TTAGCAAAAGCCATCCAT
63 GTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAACGTAAAAG-AAAAGCCATCCAT
*
6622 TTGAAAGAAAAGTCCATTT
126 TAGAAAGAAAAGTCCATTT
6641 GCAATCACTA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 22, Indels: 8
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169 7 0.06
170 3 0.03
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TTATTACTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTGTT
AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACGTAAAAGAAAAGCCATCCATTAGAA
AGAAAAGTCCATTTATAGTAATCCATACCTTCGAAGGCT
Found at i:8049 original size:171 final size:167
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6786 NNNNNNTCAA
* * * * **
6796 GCCTTTGAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * ** * * * * * **
6861 TATTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCTTT-GAGAAACGTGAAGCAA
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********** * *
6925 AAGCCATCTATNNNNNNNNNNAGTCCTTTTATAGTCACTCAA
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* * * * *
6967 GCCTTTGAAAGCCTTA-T--TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTT-AGTTTA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGA
* * * * * ** * ** *
7028 AATATTTTACATTTTTGTTTTAAACAAATTATAATTGAATG-CTTACCTCGAGAAATGTGAAGAA
65 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TATTTGGA-AAACAT-AAAAA
** * * *
7092 AAAGTTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAA
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* * * * ** *
7135 GTCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATTATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
7199 TTTCTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCCT-TCCTAGACAAACATGAAGA
66 -TT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAT-TTGGA-AAACAT-AAAA
* * * *
7263 AAAAGCTATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
126 AAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAT
********************* *
7307 GCCTTCGAAAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * **
7371 TTTTTTTACATGTTTT-GTT-AAACATG-TTATAATTGAATATTTGCTTCAGG-AAACGTGAAGC
66 TTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCT-ATT-TGGAAAACAT-AAAA
* * * *
7432 AAAAGCCATCCACTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACTCAA
126 AAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AT
* *
7476 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
7540 TTTTTTTATATTTTTGGTTCAAACAAATTATAATTGAAAGTCT-TCTTCGAGAAACATGAAAAAA
66 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAT-TTGGA-AAACAT-AAAAAA
* * *
7604 AAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
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* ** * * *
7646 GCCTTCGAAAGCCTTGTT-CTCATTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * ** **
7710 TTGTTTT-CATTTTTGGTTATAACGGATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGG-AAATGTGAAGCAA
66 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ATT-TGGAAAACAT-AAAAAA
* * * * * *
7773 AAGCCACCCATTGTCGAGAAAAGTCCAATTATAGTTACTCAA
128 AAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AT
* ********** * *
7815 GCCCTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATAGATTTCAAGTTGA
1 G-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
7879 ATTCTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTGATTTGGAAAACATAAAACAA
65 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ATTTGGAAAACATAAAA-AA
* * * * *
7944 AAGCTATCGATTGGCAGGAAAAGTCCGTTTATAATCACATAA
128 AAGCCATC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TAT
* * * * *
7986 ACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTAAAGTTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
8051 TTGTTTTACATTTTGGGTTAAAATAGATTATATTTAAATG-CT-TGCCTTGGGAATCATTAAGAA
66 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAT---TTGGAAAACA-TAAAAA
* * * *
8114 AAAGCCATTCATAGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACAT
127 AAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TAT
* * ********** * *
8157 GCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAATTTG-A
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** *
8221 TTTTTTTATATTTTAGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTGCAAAACATGAAAAAAA
66 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ATTTGGAAAACAT-AAAAAAA
* * * * *
8286 A-CCATCCATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTTACCCAT
129 AGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAT
* ** ** * ** * *
8326 TCCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATCAATTTT-ACTTTAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** *
8390 CTTTTTTTTATATTTTTGGTTTAAAA-AAATTATAATTGAAAGTCTACCTCAGAAAACATGAAGA
66 --TTTTTTTACATTTTTGG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-TTTGGAAAACAT-AAAA
* * * * *
8454 AAATGCTCGTCATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAA
126 AAAAGC-CATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AT
* * * * * *
8498 GCCCTCAAAACCCTTCTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * ** **
8563 TTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTA-AATTTAAATGT-TTTTCCTCAAGAAATGTGAAA
66 TT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA-TTGAATGTCTATT--TGGA-AAACAT-AAA
* * *
8626 AAAAA--TATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
125 AAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAT
* * * *
8669 TCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
8734 ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTGAGTGTTTACCTT-GAGAAACATAAAGAAA
66 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-TTTGGA-AAACATAAA-AAA
* * * *
8798 AAGCCATTGATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAA
128 AAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AT
* * *
8840 GCTTTTGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * *
8905 TGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTAAATGTGTACCTTGAAAAACATGAAGAAAA
66 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-TTTGGAAAACAT-AAAAAAA
* * *
8970 AGCCATTCATTGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTCA-TACAT
129 AGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT--AT
* * *
9011 GCCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * *
9076 TTTTTTCACA-TTTTACTTAAGACAGATTAT-ATATGAATGTCTATCTTAGG-AAACGTTAAAAA
66 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT-TGAATGTCTAT-TT-GGAAAAC-ATAAAAA
* *
9138 AAA-CCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
127 AAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAT
* * ** * *
9180 TCCTTCGAAAGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATACTCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * ** * **
9245 TTCTTTTACATTATTT-ATTAAAATATATAATAATTGAATG-CT-TGTTTCAAAAAATGTGAAGC
66 TTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAT-TTGGAAAACA--T-AAAA
* * * *
9307 AAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGT-AGCTCAA
126 AAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CT-AT
* * * * * * *
9351 GCCTTCGAAACCCTTATTATTCGCTTTGAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTAAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
9416 TTTTTTTACATTTTGGGTTAAAATAGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAA
66 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-TTTGGAAAACATAAAAAAAA
* * * * * *
9481 GGCATTTATTGGTAAGAAAAGACCACTTATAGTCACCCAT
130 GCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAT
* * * *
9521 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGA
* * * * ** * ** ** **
9585 ATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATCAAATGTTTGA-TTCAAGAAATGTATAGCA
65 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ATTTGGA-AAACATA-AAAA
9649 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
127 AAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AT
** * * * * * *
9692 ATCTTCGAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAC
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * * * * * * ** *
9757 TTTTTCTGTATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTG-ATATCTATTTTGAGAAACGTGAAGCACA
66 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATTTGGA-AAACAT-AAAAAAA
* * * *
9821 AGCCTTCCATTGACAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
129 AGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AT
* * * * * * *
9862 ACTTTTGAAACCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
1 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
9927 TTTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTATATTTAAATATCTATCTTGGGAAAC
66 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAT-TTGGAAAAC
9982 GTGAAGAAAA
Statistics
Matches: 2326, Mismatches: 575, Indels: 228
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 142 0.06
169 401 0.17
170 586 0.25
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172 214 0.09
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TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATTTGGAAAACATAAAAAAAAG
CCATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAT
Found at i:8230 original size:341 final size:339
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* * * ** *
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* ** * * * * * **
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********** * * * * *
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130 -ATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * * * * * * * *
6995 AGTTTTATAATCTCATAATTAACTTT-TAGTTTAAATATTTTACATTTTTGTTTTAAACAAATTA
194 GGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAAG-TTGAATTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTA
* * * * ** ** *
7059 TAATTGAATG-CTTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTT
257 TATTTAAATGTC-TACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGACAAGAAAAGTCTATTT
* * *
7123 ATAGTCACTCAAGTCTTCA
321 ATAGTCACCCATGCCTTCA
* * ** *
7142 AAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATTATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTCTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTT
* * * ** * * * *
7206 TTTCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCCTT-CCTAGACAAACATGAAGAAAAAGCT
64 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG--TTGATTTGAAAAACATGAAAAAAAAGCC
* * * * ****************
7270 ATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG-NNNNNNNNNNNNNNNN
127 A-TCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
***** * * *
7334 NNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATGTTT-TGTT-AAACATG
191 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA-TTTTTTACAT-TTTGGGTTAAAACA-G
* * * ** * * * * * *
7397 -TTATAATTGAATAT-TTGCTTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACT-GGCAAGAGAAGTC
253 ATTATATTTAAATGTCTACCTT-GGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TAGACAAGAAAAGTC
* * **
7459 TATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG
316 TATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
*
7483 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * ** * * *
7547 ATATTTTTGGTTCAAACAAATTATAATTGAAAGTCTTCTTCGAGAAACATGAAAAAAAAGTCATT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TGATTTGAAAAACATGAAAAAAAAGCCA-T
* * * * ***
7612 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTT-CTCATTTTAAAT
129 CATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * * * * * *
7676 GGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTGTTTT-CATTTTTGGTTATAACGGATTAT
194 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATT-TTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTAT
* * ** * ** * ** * * * * *
7740 AATTGAATGT-TTGCTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCACCCATTGTCGAGAAAAGTCCAATTA
258 ATTTAAATGTCTACCTT-GGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGACAAGAAAAGTCTATTTA
* * * *
7804 TAGTTACTCAAGCCCTT-G
322 TAGTCACCCATG-CCTTCA
* ********** * * *
7822 AAAGCCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATAGATTTCAAGTTGAATTCTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
7887 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTGATTTGGAAAACAT-AAAACAAAAGCTAT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TGATTTGAAAAACATGAAAA-AAAAGCCAT
** * * * ** *
7951 CGATTGGCAGGAAAAGTCCGTTTATAATCACATAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAA
129 C-ATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* *
8016 TGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTAAAGTTGAATTGTTTTACATTTTGGGTTAAAATAGATTA
193 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATT-TTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTA
* * *
8081 TATTTAAATG-CTTGCCTTGGGAATCATTAAGAAAAAGCCATTCATAGACAAGAAAAGTCTATTT
257 TATTTAAATGTC-TACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGACAAGAAAAGTCTATTT
*
8145 ATAGTCACACATGCCTTCA
321 ATAGTCACCCATGCCTTCA
* ********** * *
8164 AAAGCTTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAATTTG-ATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * ** *
8228 ATATTTTAGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTGCAAAACATGAAAAAAAA-CCATC
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TGATTTGAAAAACATGAAAAAAAAGCCAT-
* * * * * * ** *
8292 CATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT
129 CATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* ** * * * * * *
8357 GATTTTATAATCTCATAATCAATTT-TACTTTAACTTTTTTTTATATTTTTGGTTTAAAA-AAAT
194 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA---TTTTTTACA-TTTTGGGTTAAAACAGAT
* ** * * * *
8420 TATAATTGAAA-GTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAATGCTC-GTCATTGGA-AAGAAAAGTCT
255 TAT-ATTTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCA-TAGACAAGAAAAGTCT
* * *
8482 ATTTATAGTCACTCAAGCCCTCA
317 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * *
8505 AAACCCTTCTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
* * * * **
8570 TACATTTTTGGTTAAAAAAGATTA-AATTTAAATGTT-TTTCCTCAAGAAATGTGAAAAAAAA--
65 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA-TTGAATGTTGATT--TGAA-AAACATGAAAAAAAAGC
* * * * **
8631 TATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
126 CA-TCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
* * * *
8696 AAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAA
190 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTG-AATTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGA
* * * * * *
8761 TTATATTTGAGTGTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTGATTAG-CAAGAAAAGTCTA
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* * * **
8825 TTTATAGTCACTCAAGCTTTTG
318 TTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* *
8847 AAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
8912 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTAAATG-TGTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTG-A-TTTGAAAAACATGAAAAAAAAGCCA-
* * * * * *
8976 TCATTGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTCATACATGCCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTGTAAA
128 TCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
** *
9041 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA-TTGAATTTTTTCACATTTT-ACTTAAGACAGATT
193 TGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTGGGTTAAAACAGATT
* * * * * * * * * *
9104 ATATATGAATGTCTATCTTAGGAAACGTTAA-AAAAAACCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTT
256 ATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGACAAGAAAAGTCTATTT
* *
9168 ATAGTCACCCATTCCTTCG
321 ATAGTCACCCATGCCTTCA
* ** * * *
9187 AAAGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATACTCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * **
9252 ACATTATTT-ATTAAAATATATAATAATTGAATGCTTG-TTTCAAAAA-ATGTGAAGCAAAAGCC
66 ACATT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTGATTTGAAAAACA--TGAAAAAAAAGCC
* * * * *
9314 ATCCACTAGCAAGAAAAA-TCCATTTATAGT-AGCTCAAGCCTTCGAAACCCTTATTA-TTCGCT
127 AT-CATTGGCAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCA-CACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT-GCT
* * * ** * *
9376 TTGAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAATA
188 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTGGGTTAAAACA
* * * ** * *
9441 GATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGGCATTTATTGGTAAGAAAAGACC
252 GATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGACAAGAAAAGTCT
*
9505 ACTTATAGTCACCCATGCCTTCA
317 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * *
9528 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * ** * * **
9592 TACATTTTTGATTAAAATATATTATAATCAAATGTTTGA-TTCAAGAA-ATGTATAGCAAAAGCC
65 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTGATTTGAAAAACATG-A-AAAAAAAGCC
* * ** *
9655 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATATCTTCGAAACCCTTATTACTTGCTTTA
127 A-TCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* * * * * ** ** * *
9720 AATAGTTTTACAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGACTTTTTCTGTATTTTTTGTTAAAATATAT
191 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTT-TACATTTTGGGTTAAAACAGAT
* * * ** * * * * * * *
9785 TATAATT-GATATCTATTTTGAGAAACGTGAAGCACAAGCC-TTCCATTGACAAGCAAAGTCCAT
255 TATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT-CATAGACAAGAAAAGTCTAT
* ** * **
9848 TTATAGTCACTCAAACTTTTG
319 TTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * *
9869 AAACCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
*
9934 ACATTTTGGGTTAAAACAGATTATA
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
9959 TTTAAATATC
Statistics
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Consensus pattern (339 bp):
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ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTGATTTGAAAAACATGAAAAAAAAGCCATCA
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TTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTATATT
TAAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
CACCCATGCCTTCA
Found at i:9959 original size:511 final size:506
Alignment explanation
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6936 NNNNNNNNNN
* * * *
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1 AGTCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * * * * * *
7008 CATAATTAACTTTT-AGTTTAAATATTTTACATTTTTGTTTTAAACAAATTATAATTGAATGCTT
66 CATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTT
* * * ** * * * *
7072 ACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGT
130 A-TTCAAGAAATGT-AAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATT
* * ** ** * *
7137 CTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATTATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATT
192 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA--
* * * * * * * * *
7201 TCTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT-AAATGCCTTCCTAGACAAACATGAAGAAA
255 T-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATAT--CTT-TTTGAGAAACGTGAAGCAA
* * * * * * ***********
7265 AAGCTATTCACT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-GNNNNNNNNNN
316 AAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAACCCTTATTACTC
*********** *
7328 NNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAGAATTTTTTTACATGTTT-TGTT-
380 ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACAT-TTTGGGTTA
* * * ** * * * *
7390 AAACATG-TTATAATTGAATAT-TTGCTTCAGG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCAAG
443 AAACA-GATTATATTTAAATGTCTACCTT--GGAAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAG
*
7452 AGA
504 AAA
* * * * *
7455 AGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCC
1 AGTCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * *
7519 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAAACAAATTATAATTGAAA-GTCT
66 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AAATGT-T
* * * *
7583 TCTTCGAGAAACATG-AAAAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
129 TATTCAAG-AA-ATGTAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-
* * * * * * *
7647 CCTTCGAAAGCCTTGTT-CTCATTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAAT
191 TCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT
* ** * * *
7711 TGTTTT-CATTTTTGGTTATAACGGATTATAATTGA-ATGTTTGCTTCAGGAAATGTGAAGCAAA
256 T-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATATCTTT--TTGA-GAAACGTGAAGCAAA
* * * * * * *
7774 AGCCACCCATTGTCGAGAAAAGTCCAATTATAGTTACTCAAGCCCTTGAAAGCCTTATTACTCAC
317 AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAACCCTTATTACTCAC
********** * * * * * **
7839 TTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATAGATTTCAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTGTTAAAAC
382 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAAC
* * * * * * *
7904 AGATTATAATTGAATGTGTGA-TTTGGAAAACAT-AAAACAAAAGC-TATCGATTGGCAGGAAA
447 AGATTATATTTAAATGTCT-ACCTTGGAAAACATGAAGA-AAAGGCAT-TC-ATTGGCAAGAAA
* * * * * * *
7965 AGTCCGTTTATAATCACATAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* * * * *
8030 CCTAATTGATTTAAAGTTGAATTGTTTTACATTTTGGGTTAAAATAGATTATATTTAAATGCTTG
66 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATG-TT-
** ** * * * * *
8095 CCTT-GGGAATCAT-TAAGAAAAAGCCATTCATAGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATG
129 TATTCAAGAA--ATGTAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-
* * * *********** * * * *
8158 CCTTCAAAAGCTTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAATTTGATT
191 TCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT
* * * * ** * *
8223 TTTTTATATTTTAGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTGCCTTGCA-AAACATGAA-AAAAA
256 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTG-ATATCT-TTTTG-AGAAACGTGAAGCAAAA
* * * * * ** * * *
8286 ACCATCCATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTACT
318 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAACCCTTATTACTCACT
** ** * * *
8351 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATCAATTTTACTTTAACTTTTTTTTATATTTTTGGTTTAAAA
383 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTTACA-TTTTGGGTTAAAA
* * ** * *
8416 -AAATTATAATTGAAA-GTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAATGC-TCGTCATTGGAAAGAAA
446 CAGATTAT-ATTTAAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAGGCAT--TCATTGGCAAGAAA
* * * * * *
8477 AGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCCTCAAAACCCTTCTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* *
8542 CATAATTGATTTTAAGTTGATTTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTA-AATTTAAATGTT
66 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA-TTAAATGTT
* * *
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* * * * * *
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** * *
8798 AAGCCATTGATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAACCCTTATTACTC
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* * * * **
8862 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
380 ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAA
* * * * * *
8927 ATAGATTATATTTAAATGTGTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAA
445 ACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * *
8990 AGCCCATTTATAGTCATACATGCCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
* ** * * *
9055 CATAATTGATTTTAAATTGAATT-TTTTCACA-TTTTACTTAAGACAGATTAT-ATATGAATGTC
66 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT-TAAATGTT
* * * *
9117 TATCTTAGGAAACGTTAAAAAAAA-CCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
129 TAT-TCAAGAAATG-TAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * *
9181 CCTTCGAAAGTCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATACTCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT
192 -CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * *
9246 TCTTTTACATTATTT-ATTAAAATATATAATAATTGA-ATGCTTGTTTCAAAAAATGTGAAGCAA
256 T-TTTTACATT-TTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATAT-CTT-TTT-GAGAAACGTGAAGCAA
* * * *
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316 AAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTTGAAACCCTTATTACT
* * * *
9372 CGCTTTGAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTGGGTTAA
379 CACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGGGTTAA
* * * *
9437 AATAGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAGGCATTTATTGGTAAGAAA
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* * * * * * *
9500 AGACCACTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAATCT
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* * * *
9565 CATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATCAAATGTTT
66 CATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTT
** *
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192 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATT
** * * * *
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
506 2 0.00
507 2 0.00
508 81 0.04
509 91 0.04
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515 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (506 bp):
AGTCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTA
TTCAAGAAATGTAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTC
GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTT
ACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATATCTTTTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA
TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGA
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTATAT
TTAAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
Found at i:13940 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13656--15066 Score: 1088
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 171
13646 CTATTTCTTT
* **
13656 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
13721 TATATTATT-GGTTTAAACAAATTATAATTGAAA-GTCGATCTCAGGAAACTTGAAGAAAAAGCT
66 TACATT-TTAGGTTAAAACAAATTATAATT-AAATGTCTATCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCT
* * *
13784 AATCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTAAGCCTTC
129 AATCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * *
13827 GAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * ** *
13892 TACATTTTAGGTTAAAACAGCTTATATTTAAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGAAAATTC-AT
66 TACATTTTAGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTATCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTAA
* * * *
13956 TCATTTGACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCATGTCTT-
131 TCA-TTGATAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * * *
13997 AAAAGCCTTATTACTCGATGTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTCAGTTGAA-TTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * * **
14061 TATATTTTTGGTTAAAACATATTACAATTGAATCTCTATTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAG-TTG
66 TACATTTTAGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTATCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTAA
* * *
14125 TCCATT-ATCAAGAAAAG--CACTTCTATGGTTACTCAAGCATTC
131 T-CATTGAT-AAGAAAAGTCCA-TT-TATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * * **
14167 GAAAACCTTATCACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATCCATTTTAAGTT---TTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * ** * *
14229 T-CA-TTTATGGTTTAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAG-TC
66 TACATTTTA-GGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTATCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCT-
* * * * *
14291 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCGTTC
129 AATCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * ** * * * * * * *
14334 AAAAGCCTTATT-CATCACTTTAAATACTTTTATAATCTAATAACTAACTTTAAGTAGAGTTTTC
1 GAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * *** *
14398 TTACAATTTT--TTATAAAATATATTGTATTTGAATGTCT-GCTTCTAAAATCGTGAAGCAAAAG
65 TTAC-ATTTTAGGT-TAAAACAAATTATAATTAAATGTCTATCTTAGGAAA-CGTGAAGAAAAAG
* *
14460 CT-ATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
127 CTAAT-CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * *
14505 GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
14570 TACATTTTTA-GTTTAAACAAATTATAATTCAAA-GTTTACCTATA--AAACATGAAGAAAAAGC
66 TACA-TTTTAGGTTAAAACAAATTATAATT-AAATGTCTATCT-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGC
* * *
14631 TAGTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATGCCTTC
128 TAATCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTC
* * **
14675 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAGGTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * *
14740 TATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGCCT-GCTTCGAGAAACGTGGAGTAAAAG-TC
66 TACATTTTAGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTATCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCT-
* * * * *
14803 ATTTATTG-TAAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCATTCAAGCCTTT
129 AATCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * ** * * * * *
14846 AAAAGCATTATTATTCAATTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAATCTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
*** * * * * * *
14911 TACATTTTTTATTAAAATATACTATAATTGAATG--TATGCTTCAGAAAACTTGAA-ATAAAAGC
66 TACATTTTAGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTAT-CTT-AGGAAACGTGAAGA-AAAAGC
* *
14973 -CATCGATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
128 TAATC-ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * *
15017 AAAAGCGTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
15067 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 976, Mismatches: 214, Indels: 100
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 110 0.11
168 15 0.02
169 88 0.09
170 254 0.26
171 490 0.50
172 11 0.01
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTAGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCTATCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTAA
TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
Found at i:14729 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 13657--15066 Score: 1278
Period size: 341 Copynumber: 4.1 Consensus size: 340
13647 TATTTCTTTG
* **
13657 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * * * * *
13722 ATATTATTGGTTTAAACAAATTATAATTGAAAGTC-G-ATCTCAGGAAACTTGAAGAAAAAGCTA
65 ATATT-TTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCTTCTGA-GAAACGTGAAGCAAAAGCTA
* * *
13785 AT-CATTGGT-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAACCCTTATTACTTGCTTT
128 ATCCATT-GTAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
* *
13848 AAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTAGGTTAAAACAG
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTA-GTTAAAACAG
* * * * **
13912 CTTAT-ATTTAAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGAAAATTC-ATTCATTTGACAAGAAAAG-C
255 ATTATAATTGAAA-GTCTA-CCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCA-TTGACAAGAAAAGTC
*
13974 CTATTTATAGTCACCCATGTCTT-A
317 C-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * *
13998 AAAGCCTTATTACTCGATGTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTA
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * * * * **
14063 TATTTTTGGTTAAAACATATTACAATTGAATCTCT-ATTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAG-TTGT
66 TATTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCTTCTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCTAAT
* * * * * * * * *
14126 CCATTATCAAGAAAAG--CACTTCTATGGTTACTCAAGCATTCGAAAACCTTATCACTCGTTTTA
130 CCATTGTAAAGAAAAGTCCA-TT-TATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* ** * * * * *
14189 AATGATTTTATAATCTCATAATCCATTTTAAGTT---TTTTTTTCATTTATGGTTTAAATAGATT
193 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * ** **
14251 ATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
258 ATAATTGAAAGTCTACC-TAGAAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
*
14315 TATAGTCACCCATGCGTTCA
321 TATAGTCACCCATGCCTTCA
* ** * * * * * *
14335 AAAGCCTTATT-CATCACTTTAAATACTTTTATAATCTAATAACTAACTTTAAGTAGAGTTTTCT
1 AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-T
* * * *
14399 TACAATTTTT-TATAAAATATATTGTATTTGAATGTCTGCTTCT-A-AAATCGTGAAGCAAAAGC
64 TA-TATTTTTGT-TAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCTTCTGAGAAA-CGTGAAGCAAAAGC
*
14461 T-ATCCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCT
126 TAATCCATT-GTAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCT
* * *
14524 TTAAATGGCTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTTAAACA
190 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * * * *
14589 AATTATAATTCAAAGTTTACCTATAAAACATGAAGAAAAAGCTAGTCATTGACAAGAAAAGTCCA
254 GATTATAATTGAAAGTCTACCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* *
14654 TTTATAGTCATCCATGCCTTCG
319 TTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * *
14676 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAGGTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT
* * * * *
14741 ATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGCCTGCTTC-GAGAAACGTGGAGTAAAAG-TCA
65 ATATTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCTTCTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCTAA
** * * ** *
14804 TTTATTGTAAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCATTCAAGCCTTTAAAAGCATTATTA-TT-CAATTT
129 TCCATTGTAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGC--TTT
* * * * * *
14867 AAATAGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAATCTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAT
192 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAG
* * * * * * * *
14931 ACTATAATTGAATGTATGCTTCAGAAAACTTGAA-ATAAAAGCCA-TCGATTGATAAGAAAAGTC
255 ATTATAATTGAAAGTCTACCT-AGAAAACATGAAGA-AAAAGCTATTC-ATTGACAAGAAAAGTC
* * *
14994 TATTTATAGTCACTCAAGCCTTCA
317 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * *
15018 AAAGCGTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
15067 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 864, Mismatches: 161, Indels: 87
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
335 1 0.00
336 70 0.08
337 68 0.08
338 114 0.13
339 21 0.02
340 134 0.16
341 307 0.36
342 149 0.17
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
TATTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCTTCTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCTAATC
CATTGTAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
ATTGAAAGTCTACCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACCCATGCCTTCA
Found at i:15520 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15212--15576 Score: 414
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
15202 NNNNNNNGCC
* * * *
15212 TTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGAGTTTTTATATTT
1 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTCATTTTAAGTTGAGAGTTTTTATATTT
* ** * **
15277 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCTTGCTTCAAGAAACATGAAGTAAAAGCTGTCTATTGC
66 TTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGCTACCTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGC
** * * * **
15342 CAAGAAAAGTCTTTTTATATTTACTCAAGCCTTTGAAAGCA
131 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCA
*** *
15383 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ACTCATTTTTAAGTTGATTTTTTTTTTATT
1 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTCA-TTTTAAGTTGAGAGTTTTTATATT
* * * *
15447 TTTGGCTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTACCTT-GAGAAATATGAAGAAAAAGCCAT-TAAT
65 TTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATG-CTACCTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCT-A-
* *
15510 TTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
127 TTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCA
*
15554 CTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
1 TTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
15577 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 28, Indels: 8
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
171 150 0.93
172 8 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
TTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTCATTTTAAGTTGAGAGTTTTTATATTT
TTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGCTACCTTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGC
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCA
Found at i:16096 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15721--16104 Score: 445
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
15711 AGACATACAT
* * * ** * * *
15721 TTATAATATGTTTTAATCAAAACTATAAAAACACGCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAA
1 TTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
* *
15786 CCATTTAAAGCAAGTAATAGGATTTTCGAAGACATGGGTTACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAA
66 CCATTTAAAGCAAGTAATA-GATTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
* *** *
15851 TGAATAGCTTTTTCTTTATGTTCTTTGAGGTAGACACTCAA
130 TGAATAGCTTTTTCTTCATGTTCTCCAAGCTAGACACTCAA
* * ** * *
15892 TTATAATCTATGTTAGCCAAAAA-AGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTCTAAGATTATAAA
1 TTATAATCTGTTTTAATCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAA
** *
15956 ACCA-TTAAAGTGAGTAATA-ATGCTTTCGAAGATAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
65 ACCATTTAAAGCAAGTAATAGAT--TTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* *
16018 AATGAATAGCTTTTCTCTTCATGTT-TCCCAAGCTAGACATTTAA
128 AATGAATAGCTTTT-TCTTCATGTTCT-CCAAGCTAGACACTCAA
16062 TTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
1 TTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
16105 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 31, Indels: 13
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 40 0.23
170 81 0.46
171 53 0.30
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCAAGTAATAGATTTTCGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
GAATAGCTTTTTCTTCATGTTCTCCAAGCTAGACACTCAA
Found at i:17896 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17717--18042 Score: 417
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
17707 NNNNAATAGA
* * * * *
17717 TTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGATAGACATTTAAATGTAAGCTAT-TTTAATCTAA-AATGTAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCCTGAAG-TAGACATTCAAATATAA--TATGTTTAAACCAATAATGTAAA
* * * * * *
17779 AAAATTTAACTTGAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGGTTTCGA
63 AAAATTCAAATTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTTCAA
* *
17844 AGG-CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTGGC
128 AGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTGGC
* * *
17888 TTTTTCTTCACGTTTCCTGATGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTAAACCAATAATGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCCTGAAGTAGACATTCAAATATAATATGTTTAAACCAATAATGTAAAAAA
* *
17953 ATTCAAATTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTCAAAGG
66 ATTCAAATTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTTCAAAGG
*
18018 AATAGGTGATTATAAATGGACTTTT
131 AATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
18043 GTTAACCAAT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 19, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.02
170 8 0.06
171 118 0.89
172 4 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTCTTCACGTTTCCTGAAGTAGACATTCAAATATAATATGTTTAAACCAATAATGTAAAAAA
ATTCAAATTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTTCAAAGG
AATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTGGC
Found at i:23023 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 22720--23135 Score: 449
Period size: 170 Copynumber: 2.4 Consensus size: 169
22710 NNNTGAATCA
* * * *
22720 AACATTTGATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAACCAATTATGAG
1 AACATTTAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * * *
22785 ATTACAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAAGTTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAGTGATCTTT
65 ATTATAAAACCATTCAAAGCAAATAATAAAGGTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGATCTTT
** **
22850 TCTTACCAATGAAT-GCCTTTCCTTCATGTTTCTCAAGGC
130 TCTTACCAATGAATGGCCTTTCCTTCACATTTCTCAAAAC
* * * * *
22889 AGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAA
1 A-ACATTTAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
22954 GATTATAAAACCATTCAAAGCAAATAATAAGGGTTTCGAAGGCTTGAGCGACTATAAATGGAT-T
64 GATTATAAAACCATTCAAAGCAAATAATAAAGGTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAAT-GATCT
* * * * * *
23018 TTTCTTGCTAGTGGATGGCTTTTCCTTCACATTTTTCAAAAC
128 TTTCTTACCAATGAATGGCCTTTCCTTCACATTTCTCAAAAC
* * **
23060 AAGCATTCAATTATTATATATTTTAACAAATAATGTAAAAAGAATTCAACTTAAAATTGATTATG
1 AA-CATTTAATTATAATATATTTTAACAAA-AATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
23125 AGATTATAAAA
63 AGATTATAAAA
23136 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 40, Indels: 9
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 118 0.59
171 52 0.26
172 30 0.15
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AACATTTAATTATAATATATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTCAAAGCAAATAATAAAGGTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGATCTTTT
CTTACCAATGAATGGCCTTTCCTTCACATTTCTCAAAAC
Found at i:26291 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 25812--26639 Score: 451
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 168
25802 ATGTTTCTTG
* * * *
25812 AAGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATGAAAATGA-AAAACAAATTGAACTTAAAATCAAT
1 AAGCAAACATTCAATTATAATAT-TGTAAATAAAAAT-ATAAAA-AAATTAAACTTAAAATCAAT
** * * *
25876 TGCGAGATTATAAAACTATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCATGGGTGACTATAAATA
63 TATGAGATTATAAAACCATT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * *
25941 GACTTTTTTTGCTAGTGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTATCA
127 GACTTTTCTTGATAATGAATAGCCTTTCCTTCACATTTATCA
* * * *
25983 AGGCAGACATTCAATTATAAT-TTGTATTAATCAAAAATTTAAAAAAATTAAACTTAAAATCATT
1 AAGCAAACATTCAATTATAATATTGTA--AAT-AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAT
********* * * * * ** *
26047 TATGAGATTATAANNNNNNNNNNAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGTGACTACAAATG
63 TATGAGATTATAA-AACCATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* *
26112 G-CTTTTTCTTGATAAT-AGATAGCCTTTGCTTCACATTTTTCA
127 GAC-TTTTCTTGATAATGA-ATAGCCTTTCCTTCACATTTATCA
* *
26154 AAGCAAACATTCAATTATAATATATGTAAATAAAAAATATAAAAAAATTTAAC-TCAAATCAATT
1 AAGCAAACATTCAATTATAATAT-TGTAAAT-AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATT
* * *
26218 ATGAGATTATAAAACCACTTAAAGTGAGTACTAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
64 ATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * **
26283 ACTTTTCTTGTTAGTCAATAG-CTTGTTCTT--CA-TTCCCA
128 ACTTTTCTTGATAATGAATAGCCTT-TCCTTCACATTTATCA
* * * * * * * *
26321 AAGCAAATATT-ATGTTACAAT-TTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCGAT
1 AAGCAAACATTCA-ATTATAATATTG--TAAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAT
********** * * * * *
26384 TATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGAGTGGCTATAAATG
63 TATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * ** ** * * * *
26449 TACTTTTCGTGCCAACAAATAG-TTTTATCTTCACATTT-CCT
127 GACTTTTCTTGATAATGAATAGCCTTT-CCTTCACATTTATCA
* * * * * * * * * *
26490 AAGCTAGACATTCAAATATAATCTAGTTTAATCAAAAAATGTAAAAAAAATTTAATTTCAAATGA
1 AAGC-AAACATTCAATTATAATATTG-TAAAT--AAAAATAT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCA
* * * * **
26555 ATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGACGGCATGAATGACTATAAA
61 ATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA
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125 TGGACTTTTCTTGA-TAATGA
26640 CTGCTTTTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
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Consensus pattern (168 bp):
AAGCAAACATTCAATTATAATATTGTAAATAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGATAATGAATAGCCTTTCCTTCACATTTATCA
Found at i:27508 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
27108 NNNTTAATGA
* * **
27118 AAAATATAAA-AAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTAATTAAAGCAAGTAAT
1 AAAATGTAAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACT-ATTAAAGTGAGTAAT
* * * * *
27182 AAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATATATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGGCTTTTTCTTCA
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* * *
27247 TGTTGCTAGAGGTAGACTTTCAACTATAATTGATTTTAACC
130 CGTTGCTAGAGGTAGAATTTCAAATATAATTGATTTTAACC
**********
27288 AAAATGTAAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACTATTAAAGTGAGTAATA
1 AAAATGTAAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTAAAGTGAGTAATA
* * * * *
27353 AGGCTTTCCATGGCATAGGTGATTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCAC
66 AGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCAC
** * *
27418 GTTTTTCA-AGGTA-AATATTTAAATATAATCT-ATTTTAACT
131 GTTGCT-AGAGGTAGAAT-TTCAAATATAAT-TGATTTTAACC
* * *
27458 AGAAATGTAAA-AAATTTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
1 A-AAATGTAAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTA-TTAAAGTGAGTAA
* *
27522 CAAGGGTTTCAAAGGC
64 TAAGGCTTTCAAAGGC
27538 CTGAGTGAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAATGTAAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTAAAGTGAGTAATA
AGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCAC
GTTGCTAGAGGTAGAATTTCAAATATAATTGATTTTAACC
Found at i:28828 original size:171 final size:171
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Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 171
27726 GGAATAGGTG
* * * * **
27736 ACTATAAATGGAC-TTTCTTA-CAATCGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCGT-AAGCCCGACATT
1 ACTATAAATGAACTTTTCTTATCAAT-GAATAGCTTTTGCTTCACGTTTCATCAAG-AAGACATT
* * * * * ** * *
27798 CAAATATAATTTGTTCTAACCATAAAA-GTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACAAGATTAT
64 CAATTATAATATATTTTAACTA-AAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT
* * * * * * *
27862 AAAACCATTTACAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGCTTCAGTG
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTA
* ** * * * * ** * * * *
27906 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGGATGGCTTTTGCTCCATATTTCCT-AAAACAAACATTT
1 ACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTTCATCAAGA-AGACATTC
* * * ** * * *
27970 AATTATATTATATTTTAACCACAAAT-ATAAAAGTATTCAACTTAAAATCGATTATGAGACTATA
65 AATTATAATATATTTTAACTAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATA
** ********** ** * ** *
28034 AAATTATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAAGAACAAGTG
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTA
* * * ** * * *
28077 ACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAAAAAAT-GGTGTTTTC-TCAATGTTTC-TCAAAGCAA-ACA
1 ACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAGCT-TTTGCTTC-ACGTTTCATC-AAG-AAGACA
* * * ******
28138 TTCAGTTATATTATATTTTAATTAAAAAT-ATAAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATTATNNNNN
62 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGA-AAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTACGAGAT
***** * *
28201 NNNNNAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTC-AAAGTCAT-AGGTG
125 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAG-CATGA-GTA
* * * * * * ** * *
28248 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGTTTTTTTCTTCATATTTCCT-AAGGTAGACATT
1 ACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAG-CTTTTGCTTCACGTTTCATCAA-GAAGACATT
* ** * * * ********** * *
28312 CAATTGTAATCCATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTANNNNNNNNNNAATTATGAGACTATA
64 CAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATA
* * * ** * * *
28377 AAACCATTTAAAACAAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTGAGTG
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTA
* * * * ** * * * ** * *
28420 ACCATAAAAGGACTTTTCATGCCAATCAATAGCTTTTGTTTCAAGTTTTTTGAAGCAGACATTCA
1 ACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTTCATCAAGAAGACATTCA
* * * * **********
28485 ATTACAATACATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNNATTATAA
66 ATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
* * *
28549 AACCATTTAAAGTGAGTAAT-AGTGCTTTCAAAGGCTTGAGTA
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTCAAAAGCATGAGTA
* * * * *
28591 ATTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAAGAAGACATTCA
1 ACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTTCATCAAGAAGACATTCA
* * *
28656 ATTATAATATATTTTAA-TGAAAATGAAAAACAAATTCAACTTAGAATCAATTGCGAGATTATAA
66 ATTATAATATATTTTAACTAAAAATGAAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAA
* * * *
28720 AACCATTCAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTG
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTA
* * * * * *
28762 ACTATAAATGGACTTTTCTT-GCTACTGAATGGCTTTT-CTTTCACGTTT-ATCAAGGTAGATAT
1 ACTATAAATGAACTTTTCTTATC-AATGAATAGCTTTTGC-TTCACGTTTCATCAA-GAAGACAT
* * ** * * * *
28824 TCAATTATAATTTTTTTTAACTAAAAATTTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCATTTATGAGATTAT
63 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT
*
28889 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
28919 TAAAGNNNNN
Statistics
Matches: 743, Mismatches: 238, Indels: 63
0.71 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 41 0.06
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173 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTGCTTCACGTTTCATCAAGAAGACATTCA
ATTATAATATATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTA
Found at i:29367 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 29024--31360 Score: 1750
Period size: 171 Copynumber: 13.7 Consensus size: 169
29014 NNNNNNNNNN
* * *
29024 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-CTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGC
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAG-
* * * * * * *
29088 TTAAAGA-A-ATTATAATTGAAAGTCTAC-CTCAAGAACCATG-AAGAAAAAACCTTTCATTGGC
64 TTAAA-ATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAA-AA--ATGTAAGAAAAAGCCATTCATTAGC
* * * * ** *
29149 AAGAAAAGTCTATTTATAGTGACCCATGCCTTCGAAAGCCCTATT
125 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATT
* * *
29194 ACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAATGTTTTTACATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGT
* * * *
29259 TAAACTATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAATGTCAAGCAAAGGCCA-TCTATTATCAAG
65 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAATGT-AAGAAAAAGCCATTC-ATTAGCAAG
* * *
29323 AAAAAGT-CATTTGTAGTCACTCAAACCTTTAAAAGTCTTATT
128 -AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATT
* * * *
29365 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAAATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGT
* * * * * * *
29430 TAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGATAAACATG-AAGAAAAAGTCATTCACTGGCAAG
65 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGA-AAA-ATGTAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAG
* * *
29494 AAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTTGAAAA-CCTTATT
128 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATT
* * * * * **
29536 ACTCCCTTTGAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTCTAAATTGAATTTATTTTTTATTTTTA-
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTACATTTTTAG
* * * * *
29600 TTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGC-TTCAAGAAATATAAAGTAAAAA-CCATCCATT-GAT
64 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAA-AAATGT-AAG-AAAAAGCCATTCATTAG-C
* * * *
29662 AAGAAAAGTGCATTTATAATTACTCAAGCCTTTAAAAGTGC-TATT
125 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAG-CCTTATT
* * * *
29707 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTCTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTA-
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTTAG
* * * *
29771 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-TTTCAGGAAACT-TGAA-ACAAAAGCTATTGATTAGC
64 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTT--GAAAAATGT-AAGA-AAAAGCCATTCATTAGC
* * * ** *
29833 ATGAAAAGTCCTTTTATGGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATT
125 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATT
* * * * *
29878 ACTTGTTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGT
* ** * * * * * * *
29943 TAAAGTGGATTACAATTGAATGTCTGCTTTGGGAAAGAT-AAAGAAAAAAGCTATTTATTGGTAA
65 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTT--GAAAAATGTAAG-AAAAAGCCATTCATTAGCAA
* * *
30007 GAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGACTTTAAAAGCATTATT
127 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTAAAAGCCTTATT
* * * *
30050 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTACATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTAGT
* * * * * * * * *
30115 TAAAATATAATAAAACTGAATGTTTACTTTGAGAAACA-CTACGAAAACA-CCATTGATTGGCAA
65 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGA-AAA-ATGTAAGAAAA-AGCCATTCATTAGCAA
* * *
30178 GAGAAGTCCATTTATAGTCACT--TGTTCTTTCAAAAGCCTTATT
127 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CCTTT-AAAAGCCTTATT
* * * * * * * *
30221 GCTTGCTTTAAATAATTTTATAGTCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCGTTTACATTTGTGGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGT
* * * * * * * * *
30286 TAAAATATAATATAATTGAATGTTTGTTTTAGGAAACATG-GAGCAAAAGCCATCCGTTGGCAAG
65 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTT--GAAAAATGTAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAG
* * * *
30350 AAAAGTCCATTTATAATCACTTAAGCTTTTAAAAGTCTTATT
128 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATT
* * * *
30392 ACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACGTTTGTGGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGT
* * * * * * * * *
30457 TAGAACAAATTATATTTGAATGTCGGGCTTGGGAAACATG-AAGAAAAAACCATTCAGTT-GTAA
65 TAAAATATATTATAATTGAATGTC-TGCTT-TGAAAAATGTAAGAAAAAGCCATTCA-TTAGCAA
* ** *
30520 GAAAAGTCCATTTATAGTC-GTCTATTCCTTCGAAAAG-CTTATT
127 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTT-TAAAAGCCTTATT
** * ** * *
30563 ACTTTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTAGAATTCTTTTATATTTTTTA-
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTTAG
** * * * *
30627 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATTTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGCTATTTATTAGCAAG
64 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAATGT-AAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAG
* * * * *
30692 AAAAGT-TAGTTTAAAGTCACTTAAGCCTTTGAAACCCTTATT
128 AAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATT
* * * **
30734 ACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAAATTTTTTACA-TTTCGGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTAG-
* * * * * * * *
30797 TTAAAATAGATTATATTTAAATGTTTGCCTTAGGAAACATG-AAGAAAAAGGCATTCATT-GATA
64 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CTT-TGAAAAATGTAAGAAAAAGCCATTCATTAG-CA
* * * * *
30860 AGAAAAGCCCATTTATAATCAC-CTATGCCATCAAAAGCCTTATT
126 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTAAAAGCCTTATT
* *
30904 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAGAGTTGAATTTTGTTTACATTTTTG
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAA-TTT-TTTACATTTTTA
* * * * *
30968 GTTAAAACTA-ATTATAGTTGAAAGTCTGCCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGCCACTCATTGGC
63 GTTAAAA-TATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGA-AAA-ATGTAAGAAAAAGCCATTCATTAGC
* * **
31031 AAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
125 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATT
* * * * * * *
31076 ACTTGCTTTAATTAGTTTTATAATATTATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTAGT
* ** * * * ** * * ** * * *
31141 TAAAAAAGGTTATAATTTAATATCTTCTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTGATCCATTATCAAGG
65 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAATGT-AAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGA
* **
31206 AAAGTTC-TTCTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
129 AAAGTCCATT-TATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATT
* * * * *
31247 ACTCGCTTTAAAT-GCTTTTATAATCTCATGATTAATTTTAAGTTAAATTTCTTTTCATTTCTAG
1 ACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTAG
* * * *
31311 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAATGTCAAGAAAAAG
64 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAATGT-AAGAAAAAG
31361 GTATTTACAG
Statistics
Matches: 1724, Mismatches: 351, Indels: 183
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 18 0.01
170 239 0.14
171 1111 0.64
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173 23 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTT
AAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAATGTAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATT
Found at i:29668 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 29024--36681 Score: 3177
Period size: 342 Copynumber: 22.7 Consensus size: 341
29014 NNNNNNNNNN
* *
29024 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-CTATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGG
* * * * ** * * *
29087 CTT-AAAGAAATTATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAACCATGAAGAAAAAACCTTTCATTGGCAA
65 -TTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * *
29151 GAAAAGTCTATTTATAGTGACCCATGCCTTCGAAAGCCCTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
* * *
29216 ATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAACTATATTATAATTGAATG
194 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATG
* * ** * * *
29281 TCTGCTTTGAA-AAATGTCAAGCAAAGGCCATCTATT-ATCAAGAAAAAGT-CATTTGTAGTCAC
258 TCTGCTTT-AAGAAATATGAAGCAAAAACCATCCATTGA-CAAG-AAAAGTCCATTTATAATCAC
*
29343 TCAAACCTTTAAAAGTCTTATT
320 TCAAGCCTTTAAAAGTCTTATT
* * *
29365 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGCTGAATTTTTTTAAATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGT
* * * *
29430 TAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGATAAACATGAAGAAAAAGTCATTCACTGGCAAGA
66 TAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * ** *
29495 AAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTTGAAAACCTTATTACTCCCTTTGAATAGTTTTATAAT
131 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * ** *
29560 CTCGTAATTGATTCTAAATTGAATTTATTTTTTATTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGTC
196 CTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTC
* * * * * *
29625 TGCTTCAAGAAATATAAAGTAAAAACCATCCATTGATAAGAAAAGTGCATTTATAATTACTCAAG
260 TGCTTTAAGAAATATGAAGCAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAG
29690 CCTTTAAAAGTGC-TATT
325 CCTTTAAAAGT-CTTATT
* * * * **
29707 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTCTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGT
* * * * * * * * *
29772 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-TTTCAGGAAACTTGAA-ACAAAAGCTATTGATTAGCAT
66 TAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * * * * *
29835 GAAAAGTCCTTTTATGGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTATA
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * * ** *
29900 GTCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAGTGGATTACAATTGAATG
194 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATG
** * * * * ** ** *
29965 TCTGCTTTGGGAAAGATAAAGAAAAAAGCTATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-C
258 TCTGCTTTAAGAAATATGAAGCAAAAA-CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTC
* *
30029 TATGACTTTAAAAG-CATTATT
322 -AAGCCTTTAAAAGTC-TTATT
* * *
30050 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTACATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGT
* * * * * *
30115 TAAAATATAA-TAAAACTGAATGTTTACTTTGAGAAACACT-ACGAAAACA-CCATTGATTGGCA
66 TAAAATA-AATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-TGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCA
* *** * * * *
30177 AGAGAAGTCCATTTATAGTCACTTGTTCTTTC-AAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATAATTTTA
128 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
* ** ** ** *
30241 TAGTCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCGTTTACATTTGTGGTTAAAATATAATATAATTGAA
192 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTATTAAAATATATTATAATTGAA
* * * * * * * *
30306 TGTTTGTTTTAGGAAACATGGAGCAAAAGCCATCCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACT
256 TGTCTGCTTTAAGAAATATGAAGCAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACT
* *
30371 TAAGCTTTTAAAAGTCTTATT
321 CAAGCCTTTAAAAGTCTTATT
* * * *
30392 ACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAACGTTTGTGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAA-ATTTTTGG
* * * ** * * * *
30456 TTAGAACAAATTATATTTGAATGTCGGGCTTGGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCAGTT-GTAA
65 TTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGCAA
** * * * * *
30520 GAAAAGTCCATTTATAGTCGTCTATTCCTTCGAAAAGCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTATA
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * *
30585 ATCTCATAATCAATTTTAAGTAGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATG
194 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATG
** * * * * ** *
30650 TCTATTTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGCTATTTATT-AGCAAGAAAAGT-TAGTTTA-AAGTCAC
258 TCTGCTTTAAGAAATATGAAGCAAAAACCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCA-TTTATAA-TCAC
* * **
30712 TTAAGCCTTTGAAACCCTTATT
320 TCAAGCCTTTAAAAGTCTTATT
* * * * *
30734 ACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAAATTTTTTACA-TTTCGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGG-
* * * * **
30797 TTAAAATAGATTATATTTAAATGTTTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAA
65 TTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * * **
30861 GAAAAGCCCATTTATAATCACCTATGCCATC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
* * *
30925 AATCTCATAATTGA-TTTAGAGTTGAATTTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACTA-ATTATAGTTG
193 AATCTCATAATTAATTTTA-AGTTGAATTTT-TTTACATTTTT-ATTAAAA-TATATTATAATTG
* * * * *
30988 AAAGTCTGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCA-CTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAAT
254 AATGTCTGCTTTAAGAAATATGAAGCAAAAA-CCATC-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAAT
* ** *
31051 CACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
317 CACTCAAGCCTTTAAAAGTCTTATT
* * * * * * *
31076 ACTTGCTTTAATTAGTTTTATAATATTATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGT
* * * * * * * ** * **
31141 TAAAA-AAGGTTATAATTTAATATCTT-CTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTGATCCATTATCAA
66 TAAAATAA-ATTATAATTGAATGT-TTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * * * *
31204 GGAAAGTTC-TTCTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GCTTTTA
129 GAAAAGTCCATT-TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTA
* * * * *
31267 TAATCTCATGATTAATTTTAAGTTAAATTTCTTTT-CATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
192 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGA
* * * * ** *
31331 ATGTCTGCCTTGAGAAATGTCAAG-AAAAA-GGT--ATTTAC------AGT-C-------A--AC
255 ATGTCTGCTTTAAGAAATATGAAGCAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCAC
* * *
31376 -CATGCCTTCAGAAG-CTTTATT
320 TCAAGCCTTTAAAAGTC-TTATT
* * * *
31397 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAGTTTTTTCTTATATTTTTG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTT-TTAAATTTTTG
* * * *** ** * * **
31462 GTTAAAATATAA-TATAATTAAATGTCT-ACTTCCG-GAATTGTGAAGTGAAAGCTATCCATTAA
64 GTTAAAATA-AATTATAATTGAATGTTTGCCTT--GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* ** * * * * * *
31524 CAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTT
126 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
********** * * * *
31589 ATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTGAGATTTTCTATTTAAACAAATTATAATTG
191 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTT-TATTAAAATATATTATAATTG
* ** * ** *
31654 AAAGTCTG-TTTCAA-AAATGGGAAG-AAAAAGGCAGT-CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
254 AATGTCTGCTTT-AAGAAATATGAAGCAAAAA-CCA-TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAA
* * * ** *
31715 TCATTCATGCCCTCGAAAGCCTTATT
316 TCACTCAAGCCTTTAAAAGTCTTATT
* * * * * * *
31741 ACTCGTTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTCATTTGAAGTTAAATTTTATTGT-ATTTTTTG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TT-TAAATTTTTG
* * * * * **
31805 GTTAAACTAGATTATATTTGAATGTCTGGCTT-AGGAAACATGAAGACAAAA-CCATTTGTTGGC
64 GTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGC
*
31868 ACA-AAAA---C----AT-G--A---A-------G----CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
127 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
* ********** * * * * *
31908 ATAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTGTAATAGAA
191 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAA
* ** * ** * * **
31973 TGTTTGCTTT--GGGA-ATGAAG-AAAAAGCTATTAACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
256 TGTCTGCTTTAAGAAATATGAAGCAAAAA-CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCAC
* * ** * *
32034 CCACGCCTTCGAAAGCCTTAGT
320 TCAAGCCTTTAAAAGTCTTATT
* * * **
32056 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGT
* * * * * * * ** * * * **
32120 TCACATATATTATAATTGAATATCTGCTTTGAAAAATGTGAAGCAGAGGCCA-TCTATTATCAAG
66 TAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAG
* * * * * * * ********** *
32184 AAAAATCTATTTGTAGTCACTCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATAA
130 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * * * *
32249 TCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAAATTTTTTATTAATACAAATTATAATTGAATGT
195 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * ** * * * * * * *
32314 CTGCTTTGATAAACGTGAAGTAAAAGCCATTCACT-AGCAAGAAAAGTCTATTTAT-GTCACCCA
259 CTGCTTTAAGAAATATGAAGCAAAAACCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCA
* ***
32377 TGCCTCCGAAAG-CTTTATT
323 AGCCTTTAAAAGTC-TTATT
** * ** * ** **
32396 ACTCAATTTGAATGGTTTTATAATCTCGCAACTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTCA-TTTTCA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTAAATTTTTGG
* * * * * * *
32460 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTT-TCTTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAA
65 TTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * * * * * * * * * *
32524 GAATAGTGCATTTATAATTACTCAAGCCTTTGAGAGCAC-TATTACTCGTTTTAAATAGTCTTAT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAC-CTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
** ** * * * * *
32588 AATCTCATTGTCGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTACAATTTGAT
193 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAATATATTATAA-TTGAA
* * *** * * * *** ** * * * ** * * *
32653 TGACATG--TAAAGTCCTTTTATGGTCACTCAAGCCTTTGA-AAGCATTATTAC-TTACTTTAA-
256 TGTC-TGCTTTAAGAAATATGAAGCAAAAACCATCCATTGACAAG-AAAAGTCCATT--TATAAT
* * *
32713 -A-T--AG-TTTTACAA-TC-TAAT
317 CACTCAAGCCTTTAAAAGTCTTATT
* * * * * ** * ** * *** *
32731 AATTGATTTTAAGTTGAATTTT-T--T-TACATTTTTGCTTAAAAG-AG-ATTACAATTGAATGT
1 ACTCG-CTTTAA-ATG-GTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAAAT-T
* *** ** **** * **** *
32790 CTACCTT--AGGAAA-TATGAA--GAA-AAAAGCCATTTATTGGC---AAG-AAAAGTCCATTTA
60 TTTGGTTAAAATAAATTAT-AATTGAATGTTTGCC-TTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCA
* * *** * * ** * ** *
32845 TAGTC-ACCTATGT-C-TTTGAAAGT-A-TTATTACTCTCTTTAAATA-GTT-TTA-TAAT-CTT
122 TTGGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCA-TGC-CT-TCGAAA-ACCTTATTACT--TGCTT
* * * *
32901 ATAATTA-ATTT-T-A-----------------AGTTGTATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATA
180 -TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAATA
* * * * ** * * *
32946 TAATATAACTAAATG-CTTGCTTCAAGAAACGTGAAG-AAAGCATCATTCATT-AGCAAGAAAAG
243 TATTATAATTGAATGTC-TGCTTTAAGAAATATGAAGCAAA-AACCATCCATTGA-CAAGAAAAG
* * ** * **
33008 TCCATTTATAGTCAC-CTATTCTTTCAAAAGCCTTANN
305 TCCATTTATAATCACTCAAGCCTTT-AAAAGTCTTATT
********* * * * * *
33045 NNNNNNNNNAAATGATTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTGTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGT
* * * * * ** *
33110 TAAAATATAA-TACAATTGAATGTTTG-TTTCAGGAAATATGAA-ACAAAAGCCATCCGCTAGCA
66 TAAAATA-AATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * *
33172 AGAAAAGAT-CATTTATAGTCA-CCAAGCCTT-TAAAAGCCTTATTACTTTCTGTAAATGGTTTT
128 AGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
********** * ** * * *
33234 ATAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTAACATTTGTGGTTAGAATAGATTATATTTGA
191 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTATTAAAATATATTATAATTGA
* * ** * ** *
33299 ACGTCGAGC-TTAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCGGTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
255 ATGTC-TGCTTTAAGAAATATGAAGCAAAAACCA-TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATC
** * * *
33362 AC-CTATTCTTTTGAAAGGCTTATT
318 ACTC-AAGCCTTTAAAAGTCTTATT
** * * * * * * **
33386 ACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAACTCTTTTATATTTTTTAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGT
* ********** * *** * *
33451 TAAAATATATNNNNNNNNNNTGTCTATTTTGAGAAACGTGAAGCAAAAA-CCA-TCTATTAGCAA
66 TAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTC-ATTGGCAA
* * * * * * * * *
33514 GAAAAGT-CAGTTTAAAGTCACTCAAGCCTTTGAAACCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTCT
129 GAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
* * *** * * *
33578 AATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAAATTTTTTACATTTCGGGTTAAAACAGATTA-AATTTAAA
193 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTATTAAAATATATTATAA-TTGAA
* * * * * * * * *
33642 TATTTTCCTT-AGAAAACATGAAG-AAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
256 TGTCTGCTTTAAG-AAATATGAAGCAAAAA-CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCA
* * * *
33705 CTTATGCC-ATAGAAAGCCTTATT
319 CTCAAGCCTTTA-AAAGTCTTATT
* * * *
33728 ACTCACTTTATATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTTACATTTTTGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTAAATTTTTGG
* ** * * * * * * *
33793 CTAAAACCAATTATAATTGAAAGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGTCACTT-ATTGACAA
65 TTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGGCAA
* * * * *
33857 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAACCTTATTACTTACTTTAATTAGTTTTATA
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
* ** * * * * *
33922 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTTGGTTAAAACATGTTGTAATTAAAT
194 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAAT
* * ** ** * * * * * *
33987 ATCTTCTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAAGGAAAGT-CTTTCTATAGTTACT
257 GTCTGCTTTAAGAAATATGAAGCAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT-TATAATCACT
** *
34051 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
321 CAAGCCTTTAAAAGTCTTATT
* ** *
34072 ACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTTGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGT
* * * * *
34136 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTC-T------C--G-AG-AAATG----TCA--AG--A-A
66 TAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * **
34181 AAAGT-TATTTATAGTCACCCATGTCTTC-AAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
131 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
* ** * * * *
34244 TCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTGTTACATTTTTTGTTAAAATATAATATAACTAAATG
195 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATG
* * ** * * * * * *
34309 TGTACTTTCGGAATTGTTAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
258 TCTGCTTTAAGAAATATGAAGCAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCA
* *
34374 AGCCTTTGAAAGCCTTATT
323 AGCCTTTAAAAGTCTTATT
* * * * *
34393 ACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTTTTAGATTTTCT-
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAAATTTT-TG
* ** * * * * * * *
34457 ATTTGAACAAATTATAATTGAAAGTCTGTCTTCA-AAA-ATCGGAAGAAAACA-ACAGTCATTGG
64 GTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACAT--GAAGAAAA-AGCCATTCATTGG
* * * * * ** *
34519 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCCTCTAAAACTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTA
126 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * *
34584 ATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTTTATTAAAACAAATTATATTT
191 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA---TTTTTATTAAAATATATTATAATT
* * * * * * **
34649 GAATGTCTGAC-TTAGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGC
253 GAATGTCTG-CTTTAAGAAATATGAAGCAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAAT
* ** * *
34712 CACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATT
317 CACTCAAGCCTTTAAAAGTCTTATT
** * * *
34737 ACTTACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGT
* * * * * * * * **
34801 TAAAACAGATTGTAATAGAATGTTTGCTTTGAGAAACATTAAGAAAAAGCCATTGACTAACAAGA
66 TAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
34866 AAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
131 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * * *
34931 CTCATAATTGATTTT-AGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATTCACATATATTATAATTGAATGTT
196 CTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTC
* * * ** * ** * *
34995 TGCTTTAGGAAATGTAAAGCAAAGGCCATCTATTGTGAAGAAAAGGT-CATTTGTAGTCACTCAA
260 TGCTTTAAGAAATATGAAGCAAAAACCATCCATTGACAAGAAAA-GTCCATTTATAATCACTCAA
* *
35059 GCCTTTGAAAGCCTTATT
324 GCCTTTAAAAGTCTTATT
* *
35077 ACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGT
* ** * *
35142 TAAAA-AAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGATAAATGTGAAGGAAAAGCCATTCACTGGCAAGA
66 TAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * *** *
35206 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTGAAT-GATTTTATAA
131 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAA
* * * * *
35270 TCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTTCATTTTCATTAAAACATATTATAATTGAATGT
195 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * **
35335 ATGCTTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAAGT-ACTCA
259 CTGCTTTAAGAAATATGAAGCAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAA-TCACTCA
* *
35399 AGCTTTTGAAAGTGC-TATT
323 AGCCTTTAAAAGT-CTTATT
* * ** * * *
35418 ACTCGTTTTAAATAGGTTTATTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTCAAATTCTTGTACATTTTT
1 ACTCGCTTTAAAT-GG-TT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTT
** * * * * * * * ** * **
35483 TATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACTTTAAAAAATGTGAA-ACAAAAGGCA-TCGACGGG
63 GGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTC-ATTGG
* * * * * * * * * * * *
35546 TAAAAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCAAGGCTTTGGAAGCATTATTACTTGCTTTAAATTGTTTA
126 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
* * * * *
35611 ATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACATATTCA-AATTG
191 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATATATT-ATAATTG
* ** ** * * * *
35675 AATGTCTGCATTGGGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTAGTA-AA-AAAGGTCCATTTATAG
254 AATGTCTGCTTTAAGAAATATGAAGCAAAAA-CCATCCATT-G-ACAAGAAAAGTCCATTTATAA
* * * * * *
35738 TCACCCATGTCTTCAAAAATATTATT
316 TCACTCAAGCCTTTAAAAGTCTTATT
* * ********** * *
35764 ACTTGCTTTAAATAGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTT--ATATTTTTTATATTTTTAG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTAAATTTTTGG
* ** * * * *
35827 TTAAAATATATTATAGCTGAATGTCTG-TTTCAGGAAA-AGTGAAGAAAACA-CCATTCATTGAC
65 TTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACA-TGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGC
* * * * * * * *
35889 AAGAGAAGTCCATTTATAATCACCTATTCTTTCGAAAGCC---TTA----CTTTAAATGGTTTGA
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * **
35947 TAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGCTAAAATATATTATAATTGAA
192 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAA
* * *** * * *** * * *
36012 TGTTTG-TTTCAGGAGCCATGCAGCAAAAGCCATCTGCTGTCAAGAAATGTCCATTTATAGTCA-
256 TGTCTGCTTT-AAGAAATATGAAGCAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCAC
** *
36075 TCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
320 TC-AAGCCTTTAAAAGTCTTATT
* * *
36098 ACTCGCTATAAATGATTTT-TCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAACATTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAA-ATTTTTG
* * * * * * * ** * *
36161 GTTAGAACAGATTATATTTGAATATTTGGCTTAAGAAAGGTGAAGAAAAAACCATTCGTTGGCAA
64 GTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * ** *** *
36226 CAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCATTTCTAT-GAAAGGGTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
* *** * * *
36290 AATCTCATAATCAATTTTAAACAGAATTCTTTTACATTTCTTATTGAAATACATTATAATTGAAT
193 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTATTAAAATATATTATAATTGAAT
* * ** ** * * * *
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* * *
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* * *
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508 TTATT
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* * * *
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* * *
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** * * * * *
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1 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGAT
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** * *
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510 ATT
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* * * * ** * * *
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* * * ** * *
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* * *
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******** * * * * * *
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* * * ** * *
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*
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1 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGAT
* * * * * * ** * *
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* * ** ** **********
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* * * * * ** * * ** *
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* * * ** *
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* * * * * * * * * * * *
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** * ** * * * *
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* * * ** *** * * * *** ** * * * *
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** * * ** * * ** * * *
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** * * * * ** ** * * *
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** * * * *
34370 CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAG
320 CT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * ** * * *
34435 TTAAATTTTTTTTAGATTTTCTA-TTTGAACAAATTATAATTGAAAGTCTGTCTTCA-AAA-ATC
384 TTGAA-TTTTTTTACATTTT-TAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACAT-
* * * * * *
34497 GGAAGAAAACA-ACAGTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCCTCTAAAA-CT
446 -GAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAGC-
34560 TTATT
508 TTATT
* * * * *
34565 ACTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTTT
1 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATATTTTTG
* * * * ** * * * *
34630 ATTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTGACTTAG-GAAACATGAAGAAAAAACCATTCGTTGGCA
64 ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTGAGAAATGTGAAGCAAAAACCATCCATTAGCA
* * * ** * **
34694 AGAAAAGTCCA-TTATAGCCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTAT
128 AGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
34758 AATTTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTGTTAAAACAGATTGTAATAGAAT
193 AATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTGGT-TTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * * * * * *
34822 GTTTG-CTTTGAGAAACATTAAGAAAAAGCCATTGACTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
257 GTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACC
* * *
34886 TATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTT
321 TAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * *
34950 AAATTGTTTTACATTTTTTA-TTCACATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTTAGGAA-ATGTAA
386 GAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG--A
* * * * * *
35012 AGCAAAGGCCA-TCTATTGTG-AAGAAAAGGT-CATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTG-AAAGCCT
448 AGAAAAAGCCATTC-ATTG-GCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAG-CT
35073 TATT
509 TATT
* * * *
35077 ACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGG
1 ACTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA
* * * * * * * * * *
35141 TTAAAA-AAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGATAAATGTGAAGGAAAAGCCATTCACTGGCAAG
65 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAATGTGAAGCAAAAACCATCCATTAGCAAG
* * * * ** ** * *
35205 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTGAATGATTTTATAA
130 AAAAGTCCATTTAAAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *** * *
35270 TCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTTCATTTTCATTAAAACATATTATAATTGAATGT
195 TCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTACATTTGGTTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * ** **
35335 ATGCTTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAAGT-A-CTC
259 CTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAA-TCACCT-
* ** * * *
35398 AAGCTTTTGAAAGTGC-TATTACTCGTTTTAAATAGGTTTATTATAATCTCATAATCGATTTTAA
322 AAGCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATA-G-TT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * * * * * * * * * **
35462 GTCAAATTCTTGTACATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACTTTAAAAAATGTG
383 GTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG
* ** * * * * * * * *
35526 AA-ACAAAAGGCA-TCGACGGGTAAAAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCAAGGCTTTG-GAAGCAT
447 AAGA-AAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAGC-T
35588 TATT
509 TATT
** * * * ** *
35592 ACTTGCTTTAAATTGTTTAATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTGGT
1 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGAT
* * * * * * * *
35657 TAAAACATATTCA-AATTGAATGTCTGCATTGGGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTAGTAA
66 TAAAATATATT-ATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAATGTGAAGCAAAAA-CCATCCATTAGCAA
* * * * * *** * *
35721 -AAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAATATTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
129 GAAAA-GTCCATTTAAAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
********* * * * **
35785 ANNNNNNNNNNT-GATTTTAAGTT-ATATT-TTTTATATTT-TTAGTTAAAATATATTATAGCTG
193 A-ATCTCATAATCGATTTTAAGTTGA-ATTCTTTTACATTTGGT--TTAAAATAGATTATAATTG
* * * *
35846 AATGTCTG-TTTCAGGAAA-AGTGAAGAAAACA-CCATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAA
254 AATGTCTGCCTT-AGGAAACA-TGAAGAAAA-AGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAA
** * * * * *
35908 TCACCTATTCTTTCGAAAGCC---TTA----CTTTAAATGGTTTGATAATTTCATAATTGATTTT
316 TCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * * * **
35966 AAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGCTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-TTTCAGGAGCCA
381 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-GAAACA
* * * * * * *
36030 TGCAGCAAAAGCCA-TC-TGCTGTCAAGAAATGTCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTCG-AAAGC
445 TGAAGAAAAAGCCATTCAT--TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAG-
36092 CTTATT
507 CTTATT
* * * *
36098 ACTCGCTATAAAT-GATTTT-TCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTT-
1 ACTCACTTTAAATAG-TTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG
* * * * * * * * * * * * *
36160 AGTTAGAACAGATTATATTTGAATATTTGGC-TTAAGAAAGGTGAAGAAAAAACCATTCGTTGGC
64 A-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTTGAGAAATGTGAAGCAAAAACCATCCATTAGC
* ** *** * * ** *
36224 AACAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCATTTCTATGAAAGGGTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
127 AAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* *** ** * *
36289 TAATCTCATAATCAATTTTAAACAGAATTCTTTTACATTTCTTATTGAAATACATTATAATTGAA
192 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTGGT-TTAAAATAGATTATAATTGAA
* ** * * * * * * * * *
36354 TGTTTGTTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACT-AGCACGAAAAGTCCGTTTA-AAGTCA
256 TGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAA-TCA
** * *** * **********
36417 -CTCAAGCCATT-GTAACCCTTATTACTTATTTTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTA
319 CCT-AAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* *** * * * * **
36480 AGTAGAATTTTTTTACATTTCGGGTCAAAA-AATATTATAGTTGAAAGTCTACCTTTGA-AAATG
382 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAA-ATTATAATTGAATGTCTGCC-TTGAGAAACA
* * * *
36543 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-CCTATTTATAATCACCCATTCCTTTG-AAAGCC
445 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAG-C
36606 TTATT
508 TTATT
* * ** *
36611 ACTCCCTTCAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
1 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
36662 GTTGACATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (512 bp):
ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGAT
TAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAATGTGAAGCAAAAACCATCCATTAGCAAGA
AAAGTCCATTTAAAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTGGTTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTAAGC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG
CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAGCTTATT
Found at i:32415 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 31936--32648 Score: 521
Period size: 170 Copynumber: 4.2 Consensus size: 170
31926 NNNNNNNNNN
* * * * * * **
31936 TTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTGTAATAGAATGTTTGCTTTG-GGAA--TGAAGAAAA
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
32102 TTTTTTTATATTTTTTATTCACATATATTATAATTGAATATCTGCTTTGAAAAATGTGAAGCAGA
1 TTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACGTGAAGAAAA
* * * * * * * ***
32167 GGCCA-TCTATTATCAAGAAAAATCTATTTGTAGTCACTCAAGCCTTGGAAAGCCTTATTACNNN
66 AGCCATTC-ACTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
******* *
32231 NNNNNNNTGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAA
130 ATTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AAATGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
32273 TTTTTTAAAATTTTTTATTAATACAAATTATAATTGAATGTCTGCTTTGATAAACGTGAAGTAAA
1 TTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACGTGAAGAAAA
* * * *
32338 AGCCATTCACTAGCAAGAAAAGTCTATTTAT-GTCACCCATGCCTCCGAAAGCTTTATTACTCAA
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* * *
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131 TTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAAATGATTTTAAGTTGAA
** * * * * * *
32443 TTTGTTTTTCA-TTTTCATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTTC-TTCAAGAAACATGAAGCA
1 TTT-TTTTAAATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAA-AAACGTGAAGAA
* * * * * * * * *
32506 AAAGCCATCCATTGACAAGAATAGTGC-ATTTATAATTACTCAAGCCTTTGAGAGCAC-TATTAC
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** * * *** *
32569 TCGTTTTAAATAGTCTTATAATCTCATTGTCGATTTTAAGTTAAA
127 TCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT-GATTTTAAGTTGAA
* * * * *
32614 TTCTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTACAATT
1 TTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACATATTATAATT
32649 TGATTGACAT
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 113, Indels: 27
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 9 0.02
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAAAAACGTGAAGAAAA
AGCCATTCACTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAA
TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATGATTTTAAGTTGAA
Found at i:32983 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 32661--36759 Score: 1250
Period size: 171 Copynumber: 24.1 Consensus size: 172
32651 ATTGACATGT
* * * *
32661 AAAGTCCTTTTATGGTCA-CTCAAGCCTTTGAAAGCATTATTACT-TACTTTAAATAGTTTTACA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * *
32724 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAAGAGATTACAATTGAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATG
* * ** *
32789 TCTACCTTAGGAAATATGAAGAAAAAAGCCATTTATTGGCAAGA
129 TCTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * **
32833 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCTTTGAAAGTATTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * * * *
32898 CTTATAATTAATTTTAAGTTGTATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATAATATAACTAAATG-C
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATGTC
* ** * *
32962 TTGCTTCAAGAAACGTGAAGAAAGCA-TCATTCATTAGCAAGA
131 TTCCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
** * ***********
33004 AAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCTTTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNNAAAT-GATTTTATA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAG-TTTTATA
* * * * * *
33067 ATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTGTGGTTAAAATATAATACAATTGAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATG
** * ** * * ** *
33132 T-TTGTTTCAGGAAATATGAA-ACAAAAGCCATCCGCTAGCAAGA
129 TCTTCCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * *
33175 AAAGAT-CATTTATAGTCACC-AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTTCTGTAAATGGTTTTATAA
1 AAAG-TCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAA
********** * * * * * * *
33238 TCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTAACATTTGTGGTTAGAATAGATTATATTTGAACGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATGT
*** *
33303 CGAGCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAA-CCATTCGGTT-GCAAGA
130 CTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGA
** * *
33345 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTTGAAAGGCTTATTACT-TACTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * ** **********
33409 TCTCATAATTAATTTTAAGTAGAACTCTTTTATATTTTTTATTAAAATATATNNNNNNNNNNTGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATGT
* * * *
33474 CTAT-TTTGAGAAACGTGAAGCAAAAA-CCA-TCTATTAGCAAGA
130 CT-TCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGA
* * * *
33516 AAAGT-CAGTTTAAAGTCA-CTCAAGCCTTTGAAACCCTTATTACTCGT-TTTAAATGGTTTTCT
1 AAAGTCCA-TTTATAGTCACCT-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATAGTTTTAT
* * * ** * *
33578 AATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAAATTTTTTACATTTCGGGTTAAAACAGATTA-AATTTAAA
63 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAA-TTAAA
* * * * *
33642 TATTTTCCTT-AGAAAACATGAAG-AAAAAGTCATTCATTGACAAGA
127 TGTCTTCCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * *
33687 AAAGCCCATTTATAGTCACTTATGCCATAGAAAGCCTTATTACTCACTTTATATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAAT
* *
33752 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTTACATTTTTGGCTAAAACCA-ATTATAATTGAAA-
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTGGTTAAAA-TATATTATAATT-AAAT
* ** * * *
33815 GTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAAAGTCACTT-ATTGACAAAA
128 GTCTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCA-TTCATTGGCAAGA
* * *
33859 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG-CTTTCGAAAACCTTATTACT-TACTTTAATTAGTTTTATA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTATA
** * * *
33922 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTTGGTTAAAACATGTTGTAATTAAAT
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAAT
* * ** * * * *
33987 ATCTTCTTTGGGAAACGTGAAG-CAAAAGCCATCCATTGTCAAGG
128 GTCTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * *
34031 AAAGT-CTTTCTATAGTTA-CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GCTTTTAT
1 AAAGTCCATT-TATAGTCACCT-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAG-TTTTAT
** * * *
34093 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
63 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAAT
** * * ** * * * **
34157 GTCTGT-CTCGAGAAATGTCAAG-AAAAAGTTATTTATAGTC-ACC
128 GTCT-TCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * ** * * * *
34200 CATGT-C-TTCAAAAG-C-CCTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA-TAATCTC-AT-AATTGATT
1 AAAGTCCATT-TATAGTCACCTA--A-GC-CTTTGAA-AGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTT
* * ** * ** * * *
34258 T-TAA-GT-A-AA---ATTTT-TGTT-ACATTTTTTGTTA-AAATAT-AATATAACTAAATGTGT
60 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A-TTTTT-TTACATTTTTGGTTA-AAATATAT-TAT
* *** ** * * * * * **
34312 ACTT-TCGGAATT-GTTAAGCAAAAGCT-ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACT
120 AATTAAATGTCTTCCTTAAG-AAACG-TGA---A--G--AA-AAAAG-CCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * * * * *
34372 CAAG-CC-TTTGAAAG-C-CTTATTA-CTTGCTTCAAATG-GTTTTATAATCTC-AT-AATTGAT
1 AAAGTCCATTT-ATAGTCACCTA--AGCCT--TTGAAA-GCCTTAT-TACTCTCTTTAAATAG-T
* * * *** *
34429 TTT-CAGT-T-A-AATT--TTTT---TT-AGA---TTTT-C-TATTTGAACAAATTATAATTGA-
58 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT-ATT-AT
* * * * * * * ** * **
34478 AAGT--CTGTCTT-C--AAAAATCGGAAGAA-AACAACAGTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
120 AATTAAATGTCTTCCTTAAGAAAC-G-TGAAGAA-AAAAGCCATTCAT-TGGCAAG---A
* ** * ** ** * * ** * *
34532 TTTATAGT-CATCCAT-G-CCCTCTAAAACTTT-ATTACTCACTT-TAAAT-AGTTT-AATAATC
1 ---AAAGTCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTTGA--AAGC-CTTATTACTCTCTTTAAATAGTT
* * * ** * ** ** ** * * *
34590 TCATAAT-TGAT--TTAAAGTTAAATT---TTTTTACATTTTTTTTATTAAAACAAATTATATTT
59 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* ** * * *
34649 GAATGTCTGACTTAGGAAACATGAAGAAAAAA-CCATTCGTTGGCAAGA
124 AAATGTCTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * ** *
34697 AAAGTCCA-TTATAGCCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
34760 TTTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTGTAA-TAGAATG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTA-AATG
* * * * * * **
34823 T-TTGCTTTGAGAAACATTAAG-AAAAAGCCATTGACTAACAAGA
129 TCTT-CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
34866 AAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * ** * * *
34931 CTCATAATTGATTTT-AGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATTCACATATATTATAATTGAATGT-
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATGTC
* * * * * *
34994 TTGCTTTAGGAAATGTAAAG-CAAAGGCCA-TCTATTGTG-AAGA
131 TT-CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTC-ATTG-GCAAGA
* *
35036 AAAGGT-CATTTGTAGTCA-CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTAT
1 AAA-GTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATA-GTTTTAT
* * * *
35098 AATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAA-AAATTATAATTGAAT
63 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAAT
* * * * *
35162 GT-TTGCCTTGATAAATGTGAAG-GAAAAGCCATTCACTGGCAAGA
128 GTCTT-CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
35206 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAT-TTTGAAT-GATTTTATA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATAG-TTTTATA
* * ** * *
35269 ATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTTCA-TTTTCATTAAAACATATTATAATTGAAT
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAAT
* * * * * *
35333 GTATGCTTTAAGAAACATGAAG-CAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
128 GTCTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
** * *
35377 AAAGTATATTTATAAGT-A-CTCAAGCTTTTGAAAGTGC-TATTACTCGT-TTTAAATAGGTTTA
1 AAAGTCCATTTAT-AGTCACCT-AAGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTC-TCTTTAAATA-G-TT-
* ** * * **
35438 TTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTCAAATTCTTGTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATT
59 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
* * * * * * ** * *
35503 AAATGTCTACTTTAAAAAATGTGAA-ACAAAAGGCA-TCGACGGGTAAAA
124 AAATGTCTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGA
* * * * * *
35551 AAAGTCCTTTTATAGTCA-CTCAAGGCTTTGGAAGCATTATTACT-TGCTTTAAATTGTTTAATA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTATA
* * * *
35614 ATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACATATTCA-AATTGAAT
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATT-ATAATTAAAT
* * ** * *
35678 GTCTGCATTGGGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTAGTAA-A
128 GTCTTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * ** ***
35722 AAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAATATTATTACT-TGCTTTAAATAGTTTTATA
1 AAA-GTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTATA
********** * * ** *
35786 NNNNNNNNNNTGATTTTAAGTT--ATATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAGCTGAAT
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAAT
* * * *
35849 GTCTGT--TTCAGGAAAAGTGAAGAAAACA-CCATTCATTGACAAGA
128 GTCT-TCCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * ** * *
35893 GAAGTCCATTTATAATCACCT-ATTCTTTCGAAAGCC---TTA----CTTTAAATGGTTTGATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
35950 TTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGCTAAAATATATTATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATGT
** * ** * * * *
36015 -TTGTTTCAGGAGCCATGCAG-CAAAAGCCA-TC-TGCTGTCAAGA
130 CTTCCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCAT--TGGCAAGA
* * * * *
36057 AATGTCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTATAAAT-GATTTT-TCA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAG-TTTTAT-A
* * * * * * * *
36120 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAGAACAGATTATATTTGAATA
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATG
* * * *
36185 T-TTGGCTTAAGAAAGGTGAAGAAAAAA-CCATTCGTTGGCAACA
129 TCTT-CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* *** * ** *
36228 AAAGTCCATTTCTAGTCA-CTCATTTCTATGAAAGGGTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTATA
** *** * * * * *
36291 ATCTCATAATCAATTTTAAACAGAATTCTTTTACATTTCTT-ATTGAAATACATTATAATTGAAT
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTGGTTAAAATATATTATAATTAAAT
** ** * * * * *
36355 GT-TTGTTTTGGGAAACGTGAAG-CAAAAGCCATCCACTAGCACGA
128 GTCTT-CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * *
36399 AAAGTCCGTTTAAAGTCA-CTCAAGCCATTGTAACCCTTATTACT-TATTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTATA
********** * ** * * *
36462 ATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTCGGGTCAAAAAATATTATAGTTGAAA-
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT-AAAT
* * * *
36526 GTCTACCTT-TGAAAATGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGA
128 GTCTTCCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * ** * * **
36570 AAAG-CCTATTTATAATCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTCAAACGGTTTTATAA
1 AAAGTCC-ATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *** *
36634 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTGACATTTTTAGTTAAAACCGATTATAGTTGAAA-
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT-AAAT
* * * **
36698 GT-TTACCTT-GGAAACGTGAAG-ACAAAGCTATTCATTGATAA-A
128 GTCTT-CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
36740 ACAAGTCCATTTATAGTCAC
1 A-AAGTCCATTTATAGTCAC
36760 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2917, Mismatches: 785, Indels: 451
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Matches are distributed among these distances:
155 5 0.00
156 8 0.00
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Consensus pattern (172 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATGTC
TTCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
Found at i:33407 original size:341 final size:343
Alignment explanation
Indices: 32687--35785 Score: 1147
Period size: 341 Copynumber: 9.1 Consensus size: 343
32677 CACTCAAGCC
* *
32687 TTTGAAA-GCATTATTACTTACTTTAAATAGTTTTACAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 TTTGAAAGGC-TTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
32751 TTTTTACATTTTTGCTTAAAAGAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATATGAAGAAAAAA
65 CTTTTACATTTTTGATTAAAATATAATACAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATATGAAGAAAAAA
** * * * * * *
32816 GCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCTTTGAAAGTATTATTACTCTCT
130 GCCATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGCATTATTACTCTCT
* * * * * *
32881 TTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGTATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATA
195 GTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTGTAGTTAAAATA
* * ** ** *
32946 TAATATAACTAAATGCTTGCTTCAAGAAACGTGAAGAAAGCATCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
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33011 ATTTATAGTCACCTATTCT
325 ATTTATAGTCACCTATTCT
** * *********** *
33030 TTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNNAAAT-GATTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATT
1 TTTGAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * *** *
33094 CTTTTACATTTGTGGTTAAAATATAATACAATTGAATGT-TTGTTTCAGGAAATATGAA-ACAAA
65 CTTTTACATTTTTGATTAAAATATAATACAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAATATGAAGAAAAA
* * *
33157 AGCCATCCGCTAGCAAGAAAAGAT-CATTTATAGTCACC-AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTT
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* ********** * *
33220 CTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTAACATTTGTGGTTAGAA
193 CTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTGTAGTTAAAA
* ** * *
33285 TAGATTATATTTGAACGTCGAGCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCGGTT-GCAAGAAAA
258 TAGAATATAACTAAACG-CGAGCTTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTC-ATTAGCAAGAAAA
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* * *
33371 TTTGAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAACTC
1 TTTGAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTC
* * ********* * * ** *
33436 TTTTATATTTTTTATTAAAATAT-ATNNNNNNNNNNTGTCTA-TTTTGAGAAACGTGAAGCAAAA
66 TTTTACATTTTTGATTAAAATATAAT-ACAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAATATGAAGAAAAA
* * * * * *
33499 A-CCATCTATTAGCAAGAAAAGT-CAGTTTAAAGTCA-CTCAAGCCTTTGAAACCCTTATTACTC
129 AGCCATCCACTAGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCT-AAGCCTTTAAAAGCATTATTACTC
* * * * *
33561 GT-TTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAAATTTTTT-ACATTTCG-GGTT
192 -TCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-AATTTTTTAACATTT-GTAGTT
* * * * ** * * **
33623 AAAACAGATTA-AATTTAAA---TATTTTCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GAC
254 AAAATAGAATATAA-CTAAACGCGAGCTT-C-AAG-AAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTAG-C
* * * *
33683 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTATGCC
314 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCT
* * * * * *
33713 ATAGAAAGCCTTATTACTCACTTTATATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TTTGAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTC
** * * * * * **
33778 TGTTTACATTTTTGGCTAAAACCA-ATTATAATTGAAAGTCTACCTTGGGAAACGTGAAG-AAAA
66 T-TTTACATTTTTGATTAAAA-TATAATACAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATATGAAGAAAAA
* * * * * *
33841 AGTCA-CTTA-TTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG-CTTTCGAAAA-CCTTATTAC
129 AGCCATC-CACTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTT--AAAAGCATTATTAC
* * * * ** * *
33902 T-TACTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTTGGT
190 TCT-CTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAACATTTGTAGT
* * * * ** ** *** * * *
33966 TAAAACATG-TTGTAATTAAATATC-TTCTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GTCA
253 TAAAATA-GAATATAACTAAA-CGCGAGCTTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTAG-CA
* * * ** *
34028 AGGAAAGT-CTTTCTATAGTTA-CTCAAGCC
315 AGAAAAGTCCATT-TATAGTCACCT-ATTCT
* * **
34057 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATT
1 TTTGAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* ** * * * *
34120 TTTTTTTATTTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATG--T--C-T--G---TCTCG-AG--AA
65 CTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATAATACAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATAT-GAAGAAAA
* * * * * * ** *
34171 ATG---T-CA--AG--A-AAAAGT-TATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCCTATTACTCA
128 AAGCCATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGCATTATTACTCT
* * ** * * *
34226 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTGTTACATTTTTTGTTAAA
193 CTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT-TAACATTTGTAGTTAAA
* * * * ** * * * * *
34291 ATATAATATAACTAAATGTGTA-CTTTC-GGAATTGTTAAGCAAAAGCTATCCATT-GACAAGAA
257 ATAGAATATAACTAAACGCG-AGC-TTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTAG-CAAGAA
** *
34353 AAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCC
319 AAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCT
* * * * * *
34378 TTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTT
1 TTTGAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * ** * * * ** * **
34443 TTTTTAGATTTTCT-ATTTGAACA-AATTATAATTGAAAGTCTGTCTTCA-AAAATCGGAAGAAA
65 CTTTTACATTTT-TGATTAAAATATAA-TACAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAATATGAAGAAA
* * * * * *
34505 ACAA--CAGT-CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC-ATGCCCTCTAAAA-CTTTATT
127 A-AAGCCA-TCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTAAG-CCTTTAAAAGCATTATT
* * * * * * * *
34565 ACTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTTT
188 ACTCTCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAACA---TTTGT
* ** * * * * * *
34630 A-TTAAAACA-AATTATATTTGAATGTCTGA-CTT-AGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCGTTG
250 AGTTAAAATAGAA-TATAACTAAACG-C-GAGCTTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTA
* * *
34691 GCAAGAAAAGTCCA-TTATAGCCACCCATTCC
312 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCT
* * * * *
34722 TTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTT
1 TTTGAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTC
* * * ** * ** * * *
34787 TTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTGTAATAGAATGT-TTGCTTTGAGAAACATTAAG-AAAAA
66 TTTTACATTTTTGATTAAAATATAATACAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAATATGAAGAAAAAA
** * * * ** * *
34849 GCCATTGACTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
130 GCCATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGCATTATTACTCTCT
* * * * * * *
34914 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTAAATTGTTTT-ACATTTTTTA-TTCACA
195 GTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTAACA-TTTGTAGTTAAAA
* * * * * *** * * * * * ** *
34976 TATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAATGTAAAGCAAAGGCCA-TCTATT-GTGAAGAAAA
258 TAGAATATAACTAAACGCGAGCTTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTC-ATTAG-CAAGAAAA
* ** *
35039 GGT-CATTTGTAGTCA-CTCAAGCC
321 -GTCCATTTATAGTCACCT-ATTCT
* ** *
35062 TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATT
1 TTTGAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * * *
35126 TTTTTAAATTTTTGGTTAAAA-A-AATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GATAAATGTGAAG-GAA
65 CTTTTACATTTTTGATTAAAATATAA-TACAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAATATGAAGAAAA
* * * * * ** *
35187 AAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
128 AAGCCATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGCATTATTACTC-
* * * * **
35252 T-TTTGAAT-GATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTTCATTT-TCA-TT
192 TCTGTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT-TTTAACATTTGT-AGTT
* * * * * * * * * * * * *
35313 AAAACATATTATAATTGAATG-TATGCTTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGA
254 AAAATAGAATATAACTAAACGCGA-GCTTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGA
** **
35377 AAAGTATATTTATAAGT-A-CTCAAGCT
318 AAAGTCCATTTAT-AGTCACCT-ATTCT
*** * **
35403 TTTGAAAGTGC-TATTACTCGTTTTAAATAGGTTTATTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTCAA
1 TTTGAAAG-GCTTATTACTTACTTTAAATA-G-TT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * ** * *
35467 ATTCTTGTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACTTTAAAAAATGTGAA-ACA
62 ATTCTTTTACATTTTTGATTAAAATATAATACAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATATGAAGAAA
* * ** * * * * **
35531 AAAGGCATCGACGGGTAAAAAAAGTCCTTTTATAGTCA-CTCAAGGCTTTGGAAGCATTATTACT
127 AAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTTAAAAGCATTATTACT
* * * * * ** * *
35595 -TGCTTTAAATTGTTTAATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTGGTTA
191 CT-CTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTGTAGTTA
* * * * * * * ** *
35659 AAACATATTCA-AATTGAATGTC-TGCATT-GGGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTAGTAA
255 AAATAGAAT-ATAACTAAACG-CGAGC-TTCAAGAAACGTGAAGAAAAAA-CCATTCATTAGCAA
*
35721 -AAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGTC-
316 GAAAA-GTCCATTTATAGTCACCTAT-TCT
** *** *
35749 TTCAAAAATATTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
1 TTTGAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATA
35786 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2156, Mismatches: 442, Indels: 316
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
320 9 0.00
321 190 0.09
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325 1 0.00
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328 1 0.00
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347 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (343 bp):
TTTGAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTC
TTTTACATTTTTGATTAAAATATAATACAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATATGAAGAAAAAAG
CCATCCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGCATTATTACTCTCTG
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTGTAGTTAAAATAG
AATATAACTAAACGCGAGCTTCAAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCTATTCT
Found at i:34448 original size:321 final size:324
Alignment explanation
Indices: 33858--35510 Score: 1326
Period size: 321 Copynumber: 4.9 Consensus size: 324
33848 TATTGACAAA
* * * *
33858 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAACCTTATTACTTACTTTAATTAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * ** *
33923 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-TTTTTTTGGTTAAAACATGTTGTAATTAAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTT-ATTAAAACATAATATAATTAAAT
* * * * * *
33987 ATCTTCTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAAGGAAAGTCTTTCTATAGTTACTC
129 GTCTACTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCATT-TATAGTCACTC
* *
34052 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
193 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * *
34117 ATTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTC-TCGAG-AAA-TGTCAAG
258 AATTTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCATCGAGAAAACTGTCAAG
34179 A-
323 AG
* * *
34180 AAAAGT-TATTTATAGTCACCCATGTCTTC-AAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * *
34243 ATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTGTTACATTTTTTGTTAAAATATAATATAACTAAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TTACATTTTTTATTAAAACATAATATAATTAAAT
* * ** * * *
34308 GTGTACTTTCGGAATTGTTAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
129 GTCTACTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTC
* * *
34373 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTA
193 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * ** *
34438 AATTTTTTTTAGATTTTCTATTTGAACAAATTATAATTGAAAGTCTGTCTTCAAAAATCGGAAGA
258 AATTTTTTTT--ATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTG---TC----ATC-G-AG-
* *
34503 AAACAACAGTCATTGGTAAG
311 -AA-AACTGTCA--AG--AG
* * * * *
34523 AAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCCTCTAAAACTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * *
34588 TCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTTTATTAAAACA-AATTATATTTGAA
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA--TTTTTTATTAAAACATAA-TATAATTAAA
* * * * * * *
34652 TGTCTGAC-TTAGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGCCAC
128 TGTCT-ACTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCAC
* ** ** * *
34715 CCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATCGATTTTAAGT
191 TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * **
34780 TGAA-TTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTGTAATAGAATGTTTGCTTTGAGAAACATTAAG
256 TAAATTTTTTTTA-TTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATG--T-C--T--G--TCATCGAG
* *
34844 AAAAAGCCATTGACTAACAAG
311 -AAAA--C--TGTC-AA-GAG
* * * * *
34865 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * *
34930 TCTCATAATTGATTTT-AGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATTCACATATATTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATAATATAATTAAATGT
* * * * * * * *
34994 TTGCTTTAGGAAATGTAAAGCAAAGGCCATCTATTGTGAAGAAAAGGTCATTTGTAGTCACTCAA
131 CTACTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAA-GTCATTTATAGTCACTCAA
* * *
35059 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAA
195 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * *
35124 TTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAA-AAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGATAAATGTGAAGGAAA
260 TTTTTTT-TATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATG--T--C-TG-T-CAT-CG-A-GAAA
*
35188 AGCCAT-TCACTGGCAAG
314 A--C-TGTCA--AG--AG
* * * *
35205 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTGAAT-GATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATA
* * * * * *
35269 ATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTTCA-TTTTCATTAAAACATATTATAATTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATTTTTTATTAAAACATAATATAATTAAAT
* * * * * *
35333 GTATGCTTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAAGT-ACT
129 GTCTACTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGT-CATTTAT-AGTCACT
* * * *
35397 CAAGCTTTTGAAAGTGC-TATTACTCGTTTTAAATAGGTTTATTATAATCTCATAATCGATTTTA
192 CAAGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAAT-GG-TT-TTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * ** * * * *
35461 AGTCAAATTCTTGTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGTCT
253 AGTTAAATT-TTTTTTATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
35511 ACTTTAAAAA
Statistics
Matches: 1070, Mismatches: 189, Indels: 126
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
320 11 0.01
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326 2 0.00
331 2 0.00
332 1 0.00
333 2 0.00
336 1 0.00
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347 1 0.00
348 1 0.00
349 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (324 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATAATATAATTAAATGT
CTACTTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTCAAG
CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
TTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTCATCGAGAAAACTGTCAAGAG
Found at i:34610 original size:493 final size:492
Alignment explanation
Indices: 33717--35682 Score: 1418
Period size: 493 Copynumber: 3.9 Consensus size: 492
33707 TATGCCATAG
*
33717 AAAGCCTTATTACTCACTTTATATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTGT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTG-
* * * *
33781 TTACATTTTTGGCTAAAACCAATTATAATTGAAA-GTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAG-T
65 TTACATTTTTTGTTAAAA-CAATTATAA-T-AAATGTCTA-CTTTGGAAACGTTAAGAAAAAGCT
* * * *
33844 CA-CTTATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG-CTTTCGAAAACCTTATTACTTACT
126 -ATC-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTTGCT
* * * * **
33907 TTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTTGGTTAA-AA
187 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTAAATTTTTTTTAATTTTTTATTTAACAA
* * ** *
33971 CATGTTGTAATT-AAATATCT-TCTTTGGGAAA-CGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAAGGAA
251 -A--TTATAATTGAAA-GTCTGTC-TTCAGAAATCGTGAAG-AAAA-CCAT-CATTGTCAAGAAA
* * * *
34033 AGTCTTTCTATAGTTACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GCTTTTATAATC
308 AGTCATT-TATAGTCACTCAAGCCCTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATC
*
34097 TCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
371 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAA-AAATTATAATTGAATGTCT
* * *
34161 GTC-T-C-G-AG-AA-A-T-G-T-CAAGAAAAAGT-TATTTATAGTCACCCATGT-CTTCA
435 GACTTACAGAAGAAACATTCGTTGCAAG-AAAAGTCCA-TTATAGCCACCCAT-TCCTTCA
* **
34210 AAAGCCCTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTGT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGT
* * * ** *
34275 TACATTTTTTGTTAAAATATAATATAACTAAATGTGTACTTTCGGAATTGTTAAGCAAAAGCTAT
66 TACATTTTTTGTTAAAACA-ATTATAA-TAAATGTCTACTTT-GGAAACGTTAAGAAAAAGCTAT
*
34340 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAA
128 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
*
34405 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTTTTAGATTTTCTATTTGAACAAATT
192 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTAAATTTTTTTTA-ATTTTTTATTT-AACAAATT
*
34470 ATAATTGAAAGTCTGTCTTCAAAAATCG-GAAGAAAACAACAGTCATTGGT-AAGAAAAGTCCAT
254 ATAATTGAAAGTCTGTCTTCAGAAATCGTGAAGAAAAC--CA-TCATT-GTCAAGAAAAGT-CAT
* * * * *
34533 TTATAGTCA-TCCATGCCCTCTAAAACTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAAT
314 TTATAGTCACT-CAAGCCCTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
34597 TGATTTAAAGTTAAATTTTTTTACATT-TTTTTTATTAAAACAAATTATATTTGAATGTCTGACT
378 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTT---TTATTTTTTGTTAAAA-AAATTATAATTGAATGTCTGACT
**
34661 TAGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGCCACCCATTCCTTTG
439 T-----ACA-GAAG---AAA-CATTCGTT-GCAAGAAAAGTCCATTATAGCCACCCATTCCTTCA
* * * *
34726 AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTT-T
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGT
* * * * *
34790 TACA-TTTTTGTTAAAACAGATTGTAATAGAATGTTTGCTTTGAGAAACATTAAGAAAAAGCCAT
66 TACATTTTTTGTTAAAACA-ATTATAATA-AATGTCTACTTTG-GAAACGTTAAGAAAAAGCTAT
** * * * * * *
34854 TGACTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
128 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
* *
34919 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTAAA-TTGTTTTACATTTTTTA-TTCACATATATT
192 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTAAATTTTTTTTA-ATTTTTTATTTAACA-A-ATT
* * * * * *
34982 ATAATTGAATGTTTG-CTTTAGGAAAT-GTAAAGCAAAGGCCATCTATTGTGAAGAAAAGGTCAT
254 ATAATTGAAAGTCTGTCTTCA-GAAATCGTGAAG-AAA-ACCATC-ATTGTCAAGAAAA-GTCAT
* *
35045 TTGTAGTCACTCAAG-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAA
314 TTATAGTCACTCAAGCCCTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAA
* * ** * * *
35108 ATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAAAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
377 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAAAAATTATAATTGAATGTCTGAC-T--
* * * * * * *
35173 TAAATGTGAAGGAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
439 TACA---GAA-G-AAA--CATTC-GTTGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGCCACCCATTCCTTCA
* * *
35236 AAAGCCTTATTACTCATTTTGAAT-GATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTATT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TT
* ** * * * * * * * *
35300 -TTTCA-TTTTCATTAAAACATATTATAATTGAATGTATGCTTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCC
64 GTTACATTTTTTGTTAAAACA-ATTATAA-TAAATGTCTACTTT-GGAAACGTTAAGAAAAAGCT
* ** * * * *
35363 ATCCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAAGT-ACTCAAGCTTTTGAAAGTGC-TATTACTCGTTT
126 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCAC-CAAGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTTGCTT
* * * *
35426 TAAATAGGTTTATTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTCAAA-TTCTTGTACATTTTTTA-TTAA
188 TAAAT-GG-TT-TTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTAAATTTTTTTTA-ATTTTTTATTTAA
* * * * * * ** *
35489 AATATATTATAATT-AAATGTCT-ACTTTAAAAAAT-GTGAAACAAAAGGCATCGACGGGT-AAA
248 CA-A-ATTATAATTGAAA-GTCTGTC-TTCAGAAATCGTG-AAGAAAA-CCATC-A-TTGTCAAG
* * * * * * * *
35550 AAAAGTCCTTTTATAGTCACTCAAG-GCTTTGGAAGCATTATTACTTGCTTTAAATTGTTTAATA
305 AAAAGT-CATTTATAGTCACTCAAGCCCTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * ** * *
35614 ATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACATATTCA-AATTGAAT
368 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAA-AAATT-ATAATTGAAT
35678 GTCTG
431 GTCTG
35683 CATTGGGAAA
Statistics
Matches: 1206, Mismatches: 173, Indels: 165
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
491 1 0.00
492 13 0.01
493 283 0.23
494 41 0.03
495 3 0.00
496 33 0.03
497 3 0.00
503 1 0.00
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517 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (492 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGT
TACATTTTTTGTTAAAACAATTATAATAAATGTCTACTTTGGAAACGTTAAGAAAAAGCTATCCA
TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTAAATTTTTTTTAATTTTTTATTTAACAAATTATAATTG
AAAGTCTGTCTTCAGAAATCGTGAAGAAAACCATCATTGTCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTC
AAGCCCTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
AATTTTTTTTTATTTTTTGTTAAAAAAATTATAATTGAATGTCTGACTTACAGAAGAAACATTCG
TTGCAAGAAAAGTCCATTATAGCCACCCATTCCTTCA
Found at i:35420 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 34175--36759 Score: 1745
Period size: 171 Copynumber: 15.1 Consensus size: 171
34165 CGAGAAATGT
* * * ** * * *
34175 CAAGAAAAAGT-TATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATAGTTT
1 CAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
** * * * *
34239 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTGTTACATTTTTTGTTAAAATATAATATAACT
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATT
* * * ** ** * * * * *
34304 AAATGTGTACTTTCGGAATTGTTAAGCAAAAGCTATCCATTGA
129 GAATGTCTGCTTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * *
34347 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * ** *
34412 ATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTTTTAGATTTTCTATTTGAACAAATTATAATTG
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTG
* * * *
34477 AAAGTCTGTCTTCAA-AAATCG-GAAGAAAACA-ACAGTCATTGG
130 AATGTCTG-CTTTAAGAAA-CGTGAAGAAAA-AGCCATTCATTGG
* * * * * * * *
34519 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATGCCCTCT-AAAACTTTATTACTCACTTTAAATAGTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CAAG-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * *
34582 TAATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTTTATTAAAACAAATTATAT
64 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA--TTTTTTATTAAAACATATTATAA
* * * *
34647 TTGAATGTCTGAC-TTAGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCGTTGG
127 TTGAATGTCTG-CTTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * ** **
34692 CAAGAAAAGTCCA-TTATAGCCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
34756 ATAATTTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTGTAATAGA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
* * * * * * **
34820 ATGTTTGCTTTGAGAAACATTAAGAAAAAGCCATTGACTAA
131 ATGTCTGCTTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* *
34861 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
34925 TATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATTCACATATATTATAATTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTG
* * * * * *
34989 AATGTTTGCTTTAGGAAATGTAAAGCAAAGGCCA-TCTATTGTG
130 AATGTCTGCTTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTG-G
* *
35032 -AAGAAAAGGTC-ATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTT
1 CAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * ** *
35095 TATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAA-AAATTATAATTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTG
* * * * * * *
35159 AATGTTTGCCTTGATAAATGTGAAGGAAAAGCCATTCACTGG
130 AATGTCTGCTTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * ** * *
35201 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTGAATGATTTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
35266 ATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTTCA-TTTTCATTAAAACATATTATAATTG
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTG
* * * *
35330 AATGTATGCTTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGG
130 AATGTCTGCTTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * *
35372 CAAGAAAAGTATATTTATAAGT-ACTCAAGCTTTTGAAAGTGC-TATTACTCGTTTTAAATAGGT
1 CAAGAAAAGTCTATTTAT-AGTCACTCAAGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAAT-GG-
* ** * * *
35435 TTATTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTCAAATTCTTGTACATTTTTTATTAAAATATATTATA
62 TT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATA
* * * * * **
35500 ATTAAATGTCTACTTTAAAAAATGTGAA-ACAAAAGGCA-TCGACGGG
126 ATTGAATGTCTGCTTTAAGAAACGTGAAGA-AAAAGCCATTC-ATTGG
* * * * * * *
35546 TAAAAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTCAAGGCTTTGGAAGCATTATTACTTGCTTTAAATTGTTT
1 CAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * **
35610 AATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACATATTCA-AATT
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATT-ATAATT
* ** *
35674 GAATGTCTGCATTGGGAAACGTGAAGAAAAAAGCCATTCATTAG
129 GAATGTCTGCTTTAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGG
* * * * * ** *** * *
35718 TAA-AAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAATATTATTACTTGCTTTAAATAGTTT
1 CAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
********** * * **
35782 TATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTT--ATATTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAGC
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACATATTATAAT
* * *
35844 TGAATGTCTG-TTTCAGGAAAAGTGAAGAAAACA-CCATTCATTGA
128 TGAATGTCTGCTTT-AAGAAACGTGAAGAAAA-AGCCATTCATTGG
* * * * **
35888 CAAGAGAAGTCCATTTATAATCAC-CTATTCTTTCGAAAGCC---TTA----CTTTAAATGGTTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *** *
35945 GATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGGCTAAAATATATTATAATTG
65 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTG
* * ** * * * *
36010 AATGTTTG-TTTCAGGAGCCATGCAGCAAAAGCCA-TC-TGCTGT
130 AATGTCTGCTTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT--TGG
* * * * *
36052 CAAGAAATGTCCATTTATAGTCA-TCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGATTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
36116 T-TCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAGAACAGATTATATT
65 TAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACATATTATAAT
* * * * *
36179 TGAATATTTGGC-TTAAGAAAGGTGAAGAAAAAACCATTCGTTGG
128 TGAATGTCT-GCTTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * *** * ** *
36223 CAACAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCATTTCTATGAAAGGGTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
** *** * * * * *
36288 ATAATCTCATAATCAATTTTAAACAGAATTCTTTTACATTTCTTATTGAAATACATTATAATTGA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
* * ** * * * *
36353 ATGTTTGTTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACTAG
131 ATGTCTGCTTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* ** * * * * ***
36394 CACGAAAAGTCCGTTTAAAGTCACTCAAGCCATTGTAACCCTTATTACTTATTTTAAATGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
********** * **** * * *
36459 ATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTCGGGTCAAAAAATATTATAGTTGA
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
* * * * *
36524 AAGTCTACCTTTGA-AAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
131 ATGTCT-GCTTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * * ** * * *
36565 CAAGAAAAGCCTATTTATAATCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTCAAACGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * ** *
36630 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTGACA-TTTTTAGTTAAAACCGATTATAGTT
66 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATT
* * * * * * * *
36694 GAAAGTTTACCTT-GGAAACGTGAAGACAAAGCTATTCATTGA
129 GAATGTCTGCTTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* *
36736 TAA-AACAAGTCCATTTATAGTCAC
1 CAAGAA-AAGTCTATTTATAGTCAC
36760 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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165 10 0.01
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168 1 0.00
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175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
ATGTCTGCTTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
Found at i:36066 original size:164 final size:162
Alignment explanation
Indices: 35796--36095 Score: 358
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35786 NNNNNNNNNN
* *
35796 TGATTTTAAGTTATATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAGCTGAATGTCTGTTTCAGG
1 TGATTTTAAGTTATATTTTTTATATTTTTAGCTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGTTTCAGG
** *
35861 AAAAGTGAAGAAAACACCATTCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAATCACCTATTCTTTCGAAA
66 AAAAGTGAAGAAAACACCATTCA-TGACAAGAGAAGTCCATTTATAATCACCTAAGCCTTCGAAA
35926 GCCTTACTTTAAATGGTTTGATAATTTCATAAT
130 GCCTTACTTTAAATGGTTTGATAATTTCATAAT
* * *
35959 TGATTTTAAGTTGA-ATTCTTTTATATTTTTGGCTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTTTCA
1 TGATTTTAAGTT-ATATT-TTTTATATTTTTAGCTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGTTTCA
** * * * * *
36023 GGAGCCA-TGCAGCAAAA-GCCATCTGC-TGTCAAGA-AATGTCCATTTATAGTCATCTAAGCCT
64 GGA-AAAGTGAAG-AAAACACCAT-T-CATGACAAGAGAA-GTCCATTTATAATCACCTAAGCCT
36084 TCGAAAGCCTTA
124 TCGAAAGCCTTA
36096 TTACTCGCTA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 15, Indels: 13
0.80 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 17 0.15
164 91 0.79
165 6 0.05
166 1 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (162 bp):
TGATTTTAAGTTATATTTTTTATATTTTTAGCTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGTTTCAGG
AAAAGTGAAGAAAACACCATTCATGACAAGAGAAGTCCATTTATAATCACCTAAGCCTTCGAAAG
CCTTACTTTAAATGGTTTGATAATTTCATAAT
Found at i:39988 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 39570--39989 Score: 393
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39560 NNNNNNNNNN
* *
39570 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTCTTTTACATTTTTATTAAAATATAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCAGAATTCTTTTACATTTTTATT-GAA-ATAT
* * ** * * * * *
39635 TATAATTGAATGTTTGTTTCAAGAGCCATGCAGCAAAAGCCATCCGCTGTCAAGCAAGGTCCATT
64 TATAATTGAATGTTGGCTTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATCCGCTGCCAAGCAAAGTCCATT
** * *
39700 TATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTGT
129 TATAGTCATCCAAGCCTTAAAAAGCGTTATTACTCACTGT
* * * *
39740 AAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATT-TTTTAATATTTTTGGTTAGAACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-CAGAATTCTTTT-ACATTTTT-ATT-GAA-A
* ** ** *
39803 TATTATATTTGAATGTATGGCTT-AAGAAAGGTGAAGAAAAAACCATTTGTTGCCAA-CAAAAGT
61 TATTATAATTGAATGT-TGGCTTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATCCGCTGCCAAGC-AAAGT
*** * *
39866 CCATTTATAGTCA-CTCATTTCTGTAAAAAG-GTTATTACTTACTTT
124 CCATTTATAGTCATC-CAAGCCT-TAAAAAGCGTTATTACTCACTGT
*
39911 AAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGCAGAATTCTTTTACATTTCTTATTGAAATCCA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCAGAATTCTTTTACATTT-TTATTGAAAT--A
39976 TTATAATTGAATGT
63 TTATAATTGAATGT
39990 CTGTTTTGGA
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 37, Indels: 23
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.03
170 49 0.24
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172 15 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCAGAATTCTTTTACATTTTTATTGAAATATTA
TAATTGAATGTTGGCTTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATCCGCTGCCAAGCAAAGTCCATTTA
TAGTCATCCAAGCCTTAAAAAGCGTTATTACTCACTGT
Found at i:43715 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 42763--44211 Score: 1316
Period size: 342 Copynumber: 4.2 Consensus size: 339
42753 NNNNNNNNNN
* * * * *
42763 TTAAATGGTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGATTTAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTG-TTAAAATA
* * * *
42828 TATTATAATTAAATGTTTGCTTCAT-GAAATATGAAGCCAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGCC
65 TATTATAATTAAATGTTTGCTT--TGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCC
* * ** *
42892 CATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAA
128 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
** * * * *
42957 AATGATTTT-A-AT-TTTTTTTTTA-ATTTTTTGGTTGAAACTGATTATAATTGAATGTTTGCTT
193 AATGATTTTAAGATGAATTTTTTTATATTTTTT-ATTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * * * *
43018 TAGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATAGGTAAGAAAAGTCTATTCATAGTCACCTATGCCTTT
257 TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACTTT
* *
43083 GAAAGCCTTATTACTTGCT
321 AAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * ** * *
43102 TTAAATTGTTTTATCATCTTACAATCGATTTTAAGCAGAGTTTTTGTACATTTTTGTTAGAATAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGTTAAAATAT
* * * * * *
43167 ATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAGGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAGAAGTCCA
66 ATTATAATTAAATGTTTGCTTT-GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCCA
* * ********** * * *
43232 TTTATAGTTAGTCAAGCCNNNNNNNNNNTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAAT
130 TTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAA
* * * * * * * * *
43297 TCATTTTAGGTTGAATTTTTTT-TATTTTCTGTTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTGGCTTAG
195 TGATTTTAAGATGAATTTTTTTATATTTTTTATTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG
* * *
43361 GAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTCAAA
260 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTT-AAA
* *
43426 AGCTTTATTACTCACT
324 AGCCTTATTACTCGCT
* * * **
43442 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAGGCAGAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATA
* * * * * * * *
43507 TATTATAATTGAGTGTTATTCTTATGGAAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTGCCAAGAGAAGTC
65 TATTATAATTAAATGTT-TGCTT-TGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCC
* * * * *
43572 GATTTATAGTCAATCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGATTTTATCATCTCATA
128 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* *
43637 ATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTTATTTAAACA-AGTTATAATTGAA-GTTTGCCT
193 AATGATTTTAAGATGAATTTTTTTATATTTTTTATTTAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTGCCT
* * ** * * * ** *
43700 CAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCAATCATTTGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCATTCATGCGTTT
257 TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC-TTT
* ***
43765 GAAAGCCTTATTACTCNNN
321 AAAAGCCTTATTACTCGCT
******* * * *
43784 NNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTGGGTTAAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTT-TTTTTACATTTT-TGTTAAAAT
* * * * * * *
43849 AAATTATATTTAAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGCC
64 ATATTATAATTAAATGTTTGCTTTGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCC
* * ** *
43914 CATTTATAGTCACCCATGCAGTTGAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGATTTTATAATCTCATA
128 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
* * * * * *
43979 AATGATTTTAAGATGAATTGTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACGGATTATAATTAAATATTTACCT
193 AATGATTTTAAGATGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
** * *
44043 TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA-AGCCTT
257 TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA--CTT
* * * *
44107 AAAAAACCTTATTACTTGTT
320 TAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
44127 TTAAATGGTTCTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAGGTTTTTTTTCTTTTTTTGTTAAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-GTTTTTTTAC-ATTTTTGTTAAAAT
*
44192 AGATTATAATTAAATGTTTG
64 ATATTATAATTAAATGTTTG
44212 GCTAAGGAAA
Statistics
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0.78 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
338 113 0.13
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340 138 0.16
341 45 0.05
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343 188 0.21
344 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGTTAAAATAT
ATTATAATTAAATGTTTGCTTTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCCAT
TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAAT
GATTTTAAGATGAATTTTTTTATATTTTTTATTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGG
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTAAAAG
CCTTATTACTCGCT
Found at i:44293 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 42763--44462 Score: 1123
Period size: 170 Copynumber: 10.0 Consensus size: 170
42753 NNNNNNNNNN
* * * * *
42763 TTAAATGGTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-CTTTTGATTTAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTG-TTAAAAT
* * * * * * ** * * *
42827 ATATTATAATTAAATGTTTGCTTCATGAAATATGAAGCCAAAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAGC
65 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTC-ATTGGTAAGAAAAGT
* * * *
42891 CCATTTGTAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCACT
129 CCATTTATAGTCACCCATA--CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
42934 TTAAATGGCTTTATAATCTCAAAAATGATTTTAA-TT---TTTTTTTTAATTTTTTGGTTGAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTT-GTT-AAAA
* * * ** *
42995 T-GATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATAGGTAAGAAAAGT
64 TAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * * * *
43059 CTATTCATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCT
129 CCATTTATAGTCACCCAT-ACTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * ** * * * *
43102 TTAAATTGTTTTATCATCTTACAATCGATTTTAAGCAGAGTTTTTGTACA-TTTTTGTTAGAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATA
* * * * * * * * * ** *
43166 TATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAGGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAGAAGTCC
66 GATTATAATTGAATGTTTGCCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* ** ********** *
43231 ATTTATAGTTAGTCA-AGCCNNNNNNNNNNTTATTACTCACT
131 ATTTATAGTCACCCATA--CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
43272 TTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGAATTTTTTTT-ATTTTCTGTTAAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATA
* * * * * *
43336 GATCATAATTGAATGTCTGGCTTAGGAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAGGAAAAGTCC
66 GATTATAATTGAATGTTTGCCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * *
43401 ATTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGCTTTATTACTCACT
131 ATTTATAGTCACCCATACTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * ** * * *
43442 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAGGCAGAGTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATA
* * * * * ** * ** *
43507 TATTATAATTGAGTGTTATTCTTATGGAAACATGAAGCGAAAG-CTATCCATTGCCAAGAGAAGT
66 GATTATAATTGAATGTT-TGCCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGTAAGAAAAGT
* ** *
43571 CGATTTATAGTCAATCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACCCGCT
129 CCATTTATAGTCACCCATA--CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
43614 TTAAATGATTTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTTATTTAAACA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTT-GTTAAA-A
** * * *
43679 -AG-TTATAATTGAA-GTTTGCCTCAA-GAAATGTGAAGAAAAAGCCAATCATTTGTAAGAAAAG
64 TAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-AAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAG
* ** * ***
43740 TCCATATATAGTCATTCATGCGTTTGAAAGCCTTATTACTCNNN
128 TCCATTTATAGTCACCCATAC-TTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
******* **
43784 NNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTAT-ATTTTGGGTTAAAA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT-TCATTTTTTGTTAAAA
* * * * *
43848 TAAATTATATTTAAATGTTTGCCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAG
64 TAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAAGG-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAG
* * * * *
43912 CCCATTTATAGTCACCCATGCAGTTGAAAGCCTTATTACTCACC
128 TCCATTTATAGTCACCCATAC-TTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * *
43956 TTAAATGATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGATGAATTGTTTTAT-ATTTTTAGTTAAAAC
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTTCATTTTTTGTTAAAAT
* * * * * * ** *
44020 GGATTATAATTAAATATTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTC
65 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* ** * * *
44085 CATTTATAGTCACCTA-AGCCTTAAAAAACCTTATTACTTGTT
130 CATTTATAGTCACCCATA--CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
44127 TTAAATGGTTCTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAGGTTTTTTTTCTTTTTTTGTTAAAAT
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAAT
* * ** ** *
44192 AGATTATAATTAAATGTTTGGCTAAGGAAATGTCCAGAAAAAGTCATTCAATGGT-AGAAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAG-AAAAGT
* * * *
44256 TCATTTATAGTGACCCATACTTTCGAAAGCTTTATTACTCGTT
129 CCATTTATAGTCACCCATACTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * ** * * * *
44299 TTAAATGGTTTTATAGTCTTATAATTAATTTTTGGTAGAGTTTTTTTACATTTTTT-ATAAAATA
1 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATA
* * * * * *
44363 TATTATAATTGAATGTCTT-CTTCAA-GAAACGA-GAAGTAAAAGGCATCCATTGGTAAGAGAAG
66 GATTATAATTGAATGT-TTGCCT-AAGGAAAC-ATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAG
* *
44425 TCCATTTATAATCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTA
128 TCCATTTATAGTCACCCATA--CTTTGAAAGCCTTATTA
44463 TATAATCTTT
Statistics
Matches: 1168, Mismatches: 313, Indels: 97
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.01
168 113 0.10
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170 412 0.35
171 250 0.21
172 359 0.31
173 11 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAATA
GATTATAATTGAATGTTTGCCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATACTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
Found at i:45515 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 45021--47047 Score: 748
Period size: 171 Copynumber: 11.9 Consensus size: 170
45011 NNNTATCTTC
* *
45021 GAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAA-AGATTTTATACTCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * *
45085 TTACACTTTTGATTTAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTC-ATGAAATGTGAAGCAAAAGCC
65 TTACATTTTTTATTTAAATAAATTATAATTGAAAGTATACCTCGA-GAAATGTGAAGAAAAAGCC
** *
45149 ATCCATTGATAAGAAAAGCCCATTT-GTAGTCAAT-CAAGCCTTT
129 ATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTAG-AGTC-ATCCAAGCCTTT
* * * ** **
45192 GAAAACCTTATTACTCACTTTTAACGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTT-AATTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
45256 TAAAAATTTTTTGGTTGAAACAGATTATAATT-AAATGTCTACCATAG-GAAATGTGAAGAAAAA
66 T--ACATTTTTT-ATTTAAATAAATTATAATTGAAA-GTATACC-TCGAGAAATGTGAAGAAAAA
* *
45319 GCCA-CTGATTGGCAAGAACAGTCCATTTAGAGTCATCCATGCCTTT
126 GCCATC-CATTGGCAAGAA-AGTCCATTTAGAGTCATCCAAGCCTTT
* *
45365 GAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATGGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* **
45430 TACATTTTTTATTTAAATAAATTATAATTGAAAGTATACCTCGAGATACATGAAGAAAAAGCCAT
66 TACATTTTTTATTTAAATAAATTATAATTGAAAGTATACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCAT
* * *
45495 CCATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATACTCA-CACAAGCCTTC
131 CCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTAGAGTCATC-CAAGCCTTT
********* * *
45536 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GNNNNNNNNNNCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * **
45600 TTA-TTTTTTTAATTAAA-ACATATTATATTTGAATA-TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
65 TTACATTTTTTATTTAAATA-A-ATTATAATTGAA-AGTATACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAG
* * * * * *
45662 TCATTCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TTCAAGCCTTC
127 CCATCCATTGGCA-AG-AAAGTCCATTTAGAGTCATCCAAGCCTTT
* * ****************** * *
45706 GAAACCCATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* ** * * * * * * ** **
45771 T-TATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGT-TCGCCTCTAAAAACATGAAGAAAAAATCA
66 TACATTTTTTATTTAAATAAATTATAATTGAAAGTAT-ACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCA
* * * * ***
45834 TTCATTGGTAA-AATA-TCCATTTATAGTCA-CTCATGCCAAC
130 TCCATTGGCAAGAA-AGTCCATTTAGAGTCATC-CAAGCCTTT
* * * * * *
45874 GAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAAAATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * * * * * *
45938 CAAACTTTTGATTTAAATATATTATTATTGAATGTCT-GCTCCATGGAATATGAAGCAAAAGCCA
66 TACATTTTTTATTTAAATAAATTATAATTGAAAGTATACCTCGA-GAAATGTGAAGAAAAAGCCA
* * * ** *
46002 TCTATTAGCAAGAAAAGTCCATTT-GTAATCA-CTTGAGCCTTA
130 TCCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTAG-AGTCATC-CAAGCCTTT
* * * *
46044 GAAAGTCTTATTACTCG-TTATAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * ** *
46108 TTATA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATACT-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAA
65 TTACATTTTTTA-TTTAAATAAATTATAATTGAA-AGTATACCTCGAGAAATGTGAAG-AAAAAG
* * * * * * * * * *
46171 ACATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGTCTTC
127 CCATCCATTGGC-AAGAAAGTCCATTTAGAGTCATCCAAGCCTTT
* * * * * *
46216 GAAATG-ATTATTACTTGCTTTAAA-AGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTT-AGTTTAAATTC
1 GAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAG-TTGAATTT
* ** * * * ** * * *
46278 TTTT--ATTCTTGGTTAAAATATATAATAATTGAGTGTCTACTTAG-GAAAATGTGAA-AAGAAA
63 TTTTACATTTTTTATTTAAATAAATTATAATTGAAAGTATACCTCGAG-AAATGTGAAGAA-AAA
* * * * * **
46339 ACCAT-TATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCATTCTTT
126 GCCATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTAGAGTCATCCAAGCCTTT
* * * * * * * *
46383 CAGAAGCC-TATTTCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAATCGAGTTTTT
1 GA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTT
********** * * * ** * ** * * *
46447 TTNNNNNNNNNNTTAAAATAGATTATATTTGATTGTCTA-CTTTAGGAAACGCGAAGAAAAA-CT
65 TTACATTTTTTATTTAAATAAATTATAATTGAAAGTATACCTCGA-GAAATGTGAAGAAAAAGCC
* * ** * * * * **
46510 ATTCGTTCTCGAGAAAAGTCAATTT-GCAGTTA-CCTATTCTTT
129 ATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTAG-AGTCATCCAAGCCTTT
* * * * * * * *
46552 CGAAAGCCCTATTACTTGCTTTAAATGGTTATATAATCTCATAATCGATTTCAAGTTGAA-TTCT
1 -GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * ** * * * * *
46616 TTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATT-AAATGCCTACTTTGTGAAATGTGAAGCAAAAGTC
65 TTACATTTTTTATTTAAATAAATTATAATTGAAA-GTATACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCC
* *
46680 ATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT-TAGTCA-CTCAAGCCTTT
129 ATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTAGAGTCATC-CAAGCCTTT
* * * ** * *
46722 GAAAGCATTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * *
46787 AAAATTTTTTATTGAAACATATTATAATTCAATA-TCTACCTCGAGGAAATGTGAAGAAAAAGTC
66 TACATTTTTTATTTAAATAAATTATAATTGAA-AGTATACCTCGA-GAAATGTGAAGAAAAAGCC
* *********** *
46851 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTANNNNNNNNNNTGCCTTC
129 ATCCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTAGAGTCATCCAAGCCTTT
** *
46894 GAAAGCCTTATTACTTACTATAAAT-GATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTGAA-TTGAATTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAGTTGATTTT-AAGTTGAATTTT
* * * * * * * * * * *
46957 CTTACATTTTTTGTTTACACAAATTATAATAGAAACTCTGCCTCAAGATATGTGAAGCAAAAGCC
64 TTTACATTTTTTATTTAAATAAATTATAATTGAAAGTATACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCC
* * *
47022 ATCCATTGACGTATAAAGTCCATTTA
129 ATCCATTGGC-AAGAAAGTCCATTTA
47048 TATTCACTCA
Statistics
Matches: 1403, Mismatches: 369, Indels: 168
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
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173 120 0.09
174 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTTTATTTAAATAAATTATAATTGAAAGTATACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCAT
CCATTGGCAAGAAAGTCCATTTAGAGTCATCCAAGCCTTT
Found at i:46413 original size:339 final size:337
Alignment explanation
Indices: 45735--46437 Score: 752
Period size: 339 Copynumber: 2.1 Consensus size: 337
45725 NNNNNNNNNN
* * * *
45735 TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTG
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTG
* * * ** * * *
45800 AATGTTCGCCTCTAAAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGTAAAATATCCATTTATAGTCACT
66 AATCTTCACCTCTAAAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGCAAAAAAATCCATTTATAATCACC
* * *
45865 CATGCCAACGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAAAATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT
131 CATGCCAACGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAAAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
45930 AAATTTTTCAAACTTTTGATTTAAATATATTATTATTGAATGTCTGCTCCATGGAATATGAAGCA
196 AAATTTTT-AAACTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACTCCATGGAATATGAAGCA
* ** *
45995 AAAGCCATCTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTGTAATCACTTGAGCCTTAGAAAGTCTTATTACTC
260 AAAGCCATCTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCCAGCCTTAGAAAGTCCTATTACTC
46060 GTTATAAATAGTT
325 GTTATAAATAGTT
* *
46073 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTT-TATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATT
46138 GAATACTT-ACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAAAACATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATA
65 GAAT-CTTCACCTCTAA-AAACATGAAG-AAAAAAACATTCATTG-CAAAAAAA-TCCATTTATA
* ** * ** *
46201 ATCACCCATGTCTTCGAAATG-ATTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATTTCATAATTGATT
125 ATCACCCATGCCAACGAAA-GCATTATTACTCGCTTTAAAAAATTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
46265 TT-AGTTTAAATTCTTT-TA-TTCTTGGTTAAAATATATAATAATTGAGTGTCTACT-TA-GGAA
189 TTAAG-TTAAATT-TTTAAACTT-TTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACTCCATGG--
* * * *
46325 AATGTGAAAAG-AAAA-CCAT-TATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATTCTTTCAG
249 AATATG--AAGCAAAAGCCATCTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCCA-GCCTT-AG
* *
46386 -AAG-CCTATTTCTTGCTT-TAAATAGTT
310 AAAGTCCTATTACTCG-TTATAAATAGTT
*
46412 TTATAATCTCATAATCGATTTTAAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAAT
46438 CGAGTTTTTT
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 43, Indels: 33
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
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343 7 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (337 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTG
AATCTTCACCTCTAAAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGCAAAAAAATCCATTTATAATCACC
CATGCCAACGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAAAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
AAATTTTTAAACTTTTGATTAAAATATATAATAATTGAATGTCTACTCCATGGAATATGAAGCAA
AAGCCATCTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCCAGCCTTAGAAAGTCCTATTACTCG
TTATAAATAGTT
Found at i:46434 original size:167 final size:172
Alignment explanation
Indices: 46064--46437 Score: 430
Period size: 167 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
46054 TTACTCGTTA
* *
46064 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAG
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTCTTTATATTCTTAGTTAAAATAG
*
46129 ATTATAATTGAATACTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAAACATTCATTGACAAAAAAAGTCC
66 ATAATAATTGAATACTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAAACATTCATTGACAAAAAAAGTCC
*
46194 ATTTATAATCACCCATGTCTTCGAAATGATTATTACTTGCTT
131 ATTTATAATCACCCATGTCTTCGAAATGACTATTACTTGCTT
* ** *
46236 TAAA-AGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGTTTAAA-TTCTTT-TATTCTTGGTTAAAATA
1 TAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTCTTTATATTCTTAGTTAAAATA
* * * * * * *
46298 TATAATAATTGAGT-GTCTA-CTTAGGAAA-ATG-TGAAAAGAAAACCATT-ATT-AGCAAGAAA
65 GATAATAATTGAATACT-TACCTCAAGAAACATGAAGAAAA-AAAA-CATTCATTGA-CAAAAAA
* * *
46357 AGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCTTTC-AGAA-GCCTATTTCTTGCTT
126 AGTCCATTTATAATCACCCATGTC-TTCGA-AATGACTATTACTTGCTT
*
46403 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAAT
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAT
46438 CGAGTTTTTT
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 22, Indels: 21
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 50 0.29
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTCTTTATATTCTTAGTTAAAATAG
ATAATAATTGAATACTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAAACATTCATTGACAAAAAAAGTCC
ATTTATAATCACCCATGTCTTCGAAATGACTATTACTTGCTT
Found at i:46750 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 46561--46875 Score: 420
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
46551 TCGAAAGCCC
* * * *
46561 TATTACTTGCTTTAAATGGTTATATAATCTCAT-AATCGATTTCAAGTTGAATTCTTT-ACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTCATAAAT-AATTTCAAGTTAAATTCTTTAAAATTT
* * * * * * *
46624 TTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGCCTACTTTG-TGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTG
65 TTTATTAAAACATATTATAATTAAATACCTACCTCGAGGAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTG
46688 GCAAGAAAAGCCCATTTTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCAT
130 GCAAGAAAAGCCCATTTTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCAT
* * * *
46730 TATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTTAAAATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTCATAAATAATTTCAAGTTAAATTCTTTAAAATTTT
* * * *
46795 TTATTGAAACATATTATAATTCAATATCTACCTCGAGGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGG
66 TTATTAAAACATATTATAATTAAATACCTACCTCGAGGAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGG
*
46860 CAAGAAAAGTCCATTT
131 CAAGAAAAGCCCATTT
46876 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 20, Indels: 4
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 46 0.37
170 36 0.29
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTCATAAATAATTTCAAGTTAAATTCTTTAAAATTTT
TTATTAAAACATATTATAATTAAATACCTACCTCGAGGAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGG
CAAGAAAAGCCCATTTTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCAT
Found at i:46932 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 45130--46875 Score: 428
Period size: 170 Copynumber: 10.3 Consensus size: 170
45120 TTTGCTTCAT
* * ** * *
45130 GAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGCCCATTTGTAGTCAATCAAGCCTTTGAA
1 GAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT-TAGTCACTCAAGCCTTCGAA
* ** * * * * * *
45195 AACCTTATTACTCACTTTTAACGGTTTTATAATCTCATAAAT-GATTTTAAGTTAATTTTTTTAA
65 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATCAATTTCAAGTTAAATTCTTT--
* * * ** *
45259 AAATTTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCAT-AG
128 AAATTTTTT-ATTAAAACATATTATAATTAAATACCTACC-TCGG
* * * * * * *
45303 GAAATGTGAAGAAAAAGCCA-CTGATTGGCAAGAACAGTCCATTTAGAGTCA-TCCATGCCTTTG
1 GAAATGTGAAGAAAAAGTCATC-CATTGGCAAGAAAAGCCCATTT-TAGTCACT-CAAGCCTTCG
* * * ** ** * * *
45366 AAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-GGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
63 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATCAATTTCAAGTT-AAATTCTT
* * * * *
45430 TACATTTTTTATTTAAATAAATTATAATTGAAAGTA--TACCTCGA
127 TAAATTTTTTATTAAAACATATTATAATT-AAA-TACCTACCTCGG
* ** * * * * *
45474 GATACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATACTCACACAAGCCTTCGAA
1 GAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT-TAGTCACTCAAGCCTTCGAA
* ********** * * * * *
45539 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCAT-AATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
65 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATCAATTTCAAGTTAAATTCTTTAA
* * * * **
45603 TTTTTTTAATTAAAACATATTATATTTGAATATCTACCTCAA
130 ATTTTTT-ATTAAAACATATTATAATTAAATACCTACCTCGG
** * * * *
45645 GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TTCAAGCCTTCGA
1 GAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCA-AGAAAAGCCCATTT-TAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * ****************** * ** * * * *
45708 AACCCATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATAACCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
64 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATCAATTTCAAGTTAAATTCTTTA
* ** * * ** * **
45772 TATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAT-GTTCGCCTCTA
129 AATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATACCT-ACCTCGG
* ** * * * * * * **
45814 AAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGTAA-AATA-TCCATTTATAGTCACTCATGCCAACGAA
1 GAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT-TAGTCACTCAAGCCTTCGAA
* * *** * ** *
45877 AGCCTTATTACTCGTTTTAAAAAATTTTATAGTCTCAT-AATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTCA
65 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATCAATTTCAAGTTAAATTCTTT-A
* * * * * * ** * *
45940 AACTTTTGATTTAAATATATTATTATTGAATGTCT-GCTCCATG
129 AATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATACCTACCT-C-GG
* * * * * * * ** *
45983 G-AATATGAAGCAAAAGCCATCTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTGTAATCACTTGAGCCTTAGAA
1 GAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT-TAGTCACTCAAGCCTTCGAA
* * * ** * * *
46047 AGTCTTATTACTCG-TTATAAATAGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAATTAAATT-TTTT
65 AGCCTTATTACTTGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAAATCAATTTCAAGTTAAATTCTTTA
* * * * * **
46109 TATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATACTTACCTCAA
129 AAT-TTTTTA-TTAAAACATATTATAATTAAATACCTACCTCGG
** ** * * * * * * * *
46153 GAAACATGAAGAAAAAAAACATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGTCTTCGA
1 GAAATGTGAAG-AAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT-TAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * * ** *
46218 AATG-ATTATTACTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATTTCAT-AATTGATTT-TAGTTTAAATTCTT
64 AA-GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATCAATTTCAAG-TTAAATTCTT
* * ** * * * * ** * *
46280 T-TATTCTTGGTTAAAATATATAATAATTGAGTGTCTACTTAGG
127 TAAATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATACCTACCTCGG
* ** * * * * ** *
46323 AAAATGTGAA-AAGAAAACCAT-TATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC-A
1 GAAATGTGAAGAA-AAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT-TAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * * * * * ** *
46385 GAAGCC-TATTTCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-AATCGATTTTAAATCGAGTTTTTT
64 -AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATCAATTTCAAGT-TAAATTCTT
********** * * * * * ** * **
46448 TNNNNNNNNNNTTAAAATAGATTATATTTGATTGTCTACTTTAG
127 TAAATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATACCTACCTCGG
* * * * * ** * * * * * ** *
46492 GAAACGCGAAGAAAAACT-ATTCGTTCTCGAGAAAAGTCAATTTGCAGTTAC-CTATTCTTTCGA
1 GAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT-TAGTCACTC-AAGCCTTCGA
* * * *
46555 AAGCCCTATTACTTGCTTTAAATGGTTATATAATCTCAT-AATCGATTTCAAGTTGAATTCTTTA
64 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATCAATTTCAAGTTAAATTCTTTA
* * * * * * *
46619 CATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGCCTACTTTGT
129 AATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATACCTACCTCGG
* *
46661 GAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTTAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
1 GAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTTAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
* * * * *
46726 GCATTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAAAT-AATTTTAAGTTAAATTTTTTAAA
66 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATCAATTTCAAGTTAAATTCTTT-AA
* * *
46790 ATTTTTTATTGAAACATATTATAATTCAATATCTACCTCGAG
130 ATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATACCTACCTCG-G
* *
46832 GAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
1 GAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
46876 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1186, Mismatches: 339, Indels: 98
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 58 0.05
168 141 0.12
169 245 0.21
170 282 0.24
171 246 0.21
172 103 0.09
173 102 0.09
174 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTTAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATCAATTTCAAGTTAAATTCTTTAAA
TTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATACCTACCTCGG
Found at i:47854 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 47628--48674 Score: 859
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 171
47618 NNNNNNNACT
* * * * *
47628 TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT-TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
1 TCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCT-ATTGGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * * *
47692 TCGAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGCTTTATTATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTT
65 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * *
47757 TTTA-ATTTTTGGTTTTAACAAATAATAATTGAAAGTATGCC
130 TTTACATTTTTGATTTAAACAAATAATAATTGAAAGTTTGCC
* * * * *
47798 TC-AGGATACGTGAAGGAAAAGCCATCTATTGGCAACTAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGTCT
1 TCGA-GAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * ***********
47862 TCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATGNNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTTT
65 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * **
47927 TTTATAGTTTTGATTTAAATATATTATAATTGAATGTTTGTT
130 TTTACATTTTTGATTTAAACAAATAATAATTGAAAGTTTGCC
* * * *
47969 TC-ATGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCTATTGGCAA-GAAAGCCCATTTGTAGTCACTAAAGCCC
1 TCGA-GAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAG-CC
* * * * *
48032 TT-AAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTT
64 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * ** * *
48096 TTTATAAATTTTTTA-TTAAACAGATTCTAATTGAATGTTTACC
129 TTT-TACATTTTTGATTTAAACAAATAATAATTGAAAGTTTGCC
** * * * * * * * * * *
48139 TCGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTTATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCA-TCCATGCTT
1 TCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACT-CAAGCCT
* * * **********
48203 TCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTT
65 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* *
48268 TTTACATTTTT-AGTTTAAACAAATAATAATTGAAAATGTGCC
130 TTTACATTTTTGA-TTTAAACAAATAATAATTGAAAGTTTGCC
* * * * * *
48310 TCGAGATATGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGGCAACTAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT
1 TCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* * * *
48375 CGAAAGCCTTATTACTCACTATAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
66 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * *
48440 TAACAGTTTTAATTTAAATATATTATAATTG-AA-TTCTGCT
131 TTACATTTTTGATTTAAACAAATAATAATTGAAAGTT-TGCC
* * * *
48480 TC-ATGAAATATGAAACAAAAGTCATCTATTGG-AA-AGAAAGCCTATTTATAGTCACTCAAGTC
1 TCGA-GAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAACA-AAAGCCCATTTATAGTCACTCAAG-C
* * *
48542 CTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAA-A
63 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *
48605 TTTTCATATTTTTGATTTTAACAAA-ATATAATTGAAAGTTTACC
128 TTTTTACATTTTTGATTTAAACAAATA-ATAATTGAAAGTTTGCC
*
48649 TCGAGATATGTGAAGCAAAAGCCATC
1 TCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATC
48675 CATCAGCAAA
Statistics
Matches: 680, Mismatches: 176, Indels: 43
0.76 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 25 0.04
169 106 0.16
170 271 0.40
171 276 0.41
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TTACATTTTTGATTTAAACAAATAATAATTGAAAGTTTGCC
Found at i:48435 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 47628--48674 Score: 823
Period size: 170 Copynumber: 6.2 Consensus size: 170
47618 NNNNNNNACT
* * * * *
47628 TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT-TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
1 TCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCT-ATTGGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * * * *
47692 TCGAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGCTTTATTATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTT
65 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* *
47757 TTTA-ATTTTTGGTTTTAACAAATAATAATTGAAAGTATGCC
130 TTTACATTTTT-GTTTAAACAAATAATAATTGAAAGTTTGCC
* * * * *
47798 TC-AGGATACGTGAAGGAAAAGCCATCTATTGGCAACTAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGTCT
1 TCGA-GAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * ***********
47862 TCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATGNNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAATTTT
65 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * **
47927 TTTATAGTTTTGATTTAAATATATTATAATTGAATGTTTGTT
130 TTTACATTTTTG-TTTAAACAAATAATAATTGAAAGTTTGCC
* * * *
47969 TC-ATGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCTATTGGCAA-GAAAGCCCATTTGTAGTCACTAAAGCCC
1 TCGA-GAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAG-CC
* * * * * *
48032 TT-AAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTT
64 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * ** * *
48096 TTTATAAATTTTT-TATTAAACAGATTCTAATTGAATGTTTACC
129 TTT-TACATTTTTGT-TTAAACAAATAATAATTGAAAGTTTGCC
** * * * * * * * * * *
48139 TCGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTTATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCA-TCCATGCTT
1 TCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACT-CAAGCCT
* * **********
48203 TCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTT
65 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* *
48267 TTTTACATTTTTAGTTTAAACAAATAATAATTGAAAATGTGCC
129 TTTTACATTTTT-GTTTAAACAAATAATAATTGAAAGTTTGCC
* * * * * *
48310 TCGAGATATGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGGCAACTAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT
1 TCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* * *
48375 CGAAAGCCTTATTACTCACTATAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
66 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* ** * * * *
48440 TAACAGTTTTAATTTAAATATATTATAATTG-AA-TTCTGCT
131 TTACA-TTTTTGTTTAAACAAATAATAATTGAAAGTT-TGCC
* * * *
48480 TC-ATGAAATATGAAACAAAAGTCATCTATTGG-AA-AGAAAGCCTATTTATAGTCACTCAAGTC
1 TCGA-GAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAACA-AAAGCCCATTTATAGTCACTCAAG-C
* * * *
48542 CTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAA-A
63 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *
48605 TTTTCATATTTTTGATTTTAACAAA-ATATAATTGAAAGTTTACC
128 TTTTTACATTTTTG-TTTAAACAAATA-ATAATTGAAAGTTTGCC
*
48649 TCGAGATATGTGAAGCAAAAGCCATC
1 TCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATC
48675 CATCAGCAAA
Statistics
Matches: 678, Mismatches: 173, Indels: 53
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 20 0.03
169 106 0.16
170 273 0.40
171 269 0.40
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TTACATTTTTGTTTAAACAAATAATAATTGAAAGTTTGCC
Found at i:49133 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 48685--49212 Score: 533
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 166
48675 CATCAGCAAA
* * * *
48685 AAAACCCTTATTACTCGATTTGAATAGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTT
* * * ** *
48750 TATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTGTCACAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
64 TATATTTTT-GTT-AAACATATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
* *
48815 TCATTGATAAGAAAAA-TCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTC
127 TCA-TGATAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * * * *
48856 GAAATCCATATCACTTGCTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTA
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTT-
* * * ** *
48921 TTCAT-TTTTTGTTAAA-ATCGATTATAATTGGAA-GCCTGCCTTTGGATGCGTGAAGAAAAAAC
63 TT-ATATTTTTGTTAAACAT--ATTAT-ATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGC
* *
48983 CATTCATCGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
124 CATTCAT-GATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * * *
49027 AAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAAAGATTTTATGATCTCATAATTGATTTTGAGTTACATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTT
* * *
49092 TATATTTTTGGTTAAACCATATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGAAAATGTGAAGATAAAGCCAT
64 TATATTTTT-GTTAAA-CATATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
* * * *
49157 TCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTC
127 TCATGA-TAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
49198 AAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCTTATTACT
49213 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 50, Indels: 32
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 28 0.10
171 244 0.84
172 12 0.04
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (166 bp):
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTA
TATTTTTGTTAAACATATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
GATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
Found at i:50195 original size:340 final size:338
Alignment explanation
Indices: 49552--50598 Score: 1040
Period size: 340 Copynumber: 3.1 Consensus size: 338
49542 AAGGGTTTTT
* * * *
49552 TTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTATCCCTAGGCAAACTTTCAATTATAATTTGTTAAAAC
1 TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTAT-CTTAGGCAAACTTTCAATTATTATTTGTTTAAAC
* * * * *
49617 TAAAAATTTTAAAAAATACAACTTAAAATCGACTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTA
65 -AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTT
** * * ** * * * *
49681 ATAAGGCTTTC-AAGGGCTTGAGTGACTACAAATGGGCTTTCTTTCCAATAGATGACTTTTGCTT
128 ATAAGGCTTTCGAAGGAATGGA-TGACTATAAATGGATTTTCTTACCAATA-AAGGCTTTTTCTT
* * * * * * * *
49745 CACATTTCACGAAGCAGA-ATTCAATTATAATATATTTAAATCAAAACTGTTAAAAATTTTAACT
191 CACGTTTCACGAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTTAAAAAATTTAACT
*
49809 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTACAGCT-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
256 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
*
49873 GACTATAAATAGACTTTAG
320 GACTATAAATAGACTTTAC
* * *
49892 TTGCCAATGGATGGCTTTTCCTTCGCGTATCTTGAGGCATACTTTCAATTATTATTTGTTTAAAC
1 TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTATCTT-AGGCAAACTTTCAATTATTATTTGTTTAAAC
* * * *
49957 AAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGCGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTTAT
65 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTTAT
* * * *
50022 AAGGCTTTCGAAGGTATGGATGACTATAAGTGGATTTTATTACTAATGAAAGGCTTTTTCTTCAC
130 AAGGCTTTCGAAGGAATGGATGACTATAAATGGATTTTCTTACCAAT-AAAGGCTTTTTCTTCAC
** * * *
50087 GTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATTTTAAAAAATTTAAATTAA
194 GTTTCACGAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAA
* * * ** * *
50152 AATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGACCAATAAGGGTTTCGAAGGCTTGAGTGACT
259 AATCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
* *
50217 ATAAATGGACTTTTC
324 ATAAATAGACTTTAC
* * * * ** ** * * *
50232 TTGCCAATGGATGTCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAACCGACATTCTATTATAATATAT-TTTAA
1 TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTATCT-TAGGCAAACTTTCAATTAT--TATTTGTTTAA
* * * *
50296 TA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTGATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAG-TAAT
63 -ACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
* * * *
50359 TAATAAGGCTTTCGAAGGAATTGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGA-GAACAAATGGTTTTT
127 T-ATAAGGCTTTCGAAGGAA-TGGATGACTATAAATGGA-TTTTCTT-ACCAATAAA-GGCTTTT
* * * * * *
50422 TCTTCACGTTTCCCAAGGAAAACATT-TATATATGATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAAT
187 TCTTCACGTTTCACGAGGAAGACATTCAAT-TATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTTAAAAAAT
* * *
50485 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-T
250 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
* *
50549 ATGTGTGACTATAAATAGACTTTTC
315 -TGAGTGACTATAAATAGACTTTAC
* *
50574 TTGCTAATTTG-TGGCTTTTGCTTCA
1 TTGCCAA-TGGATGGCTTTTGCTTCA
50599 TGTTTCTTGA
Statistics
Matches: 583, Mismatches: 105, Indels: 36
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 109 0.19
340 215 0.37
341 92 0.16
342 164 0.28
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTATCTTAGGCAAACTTTCAATTATTATTTGTTTAAACA
AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTTATA
AGGCTTTCGAAGGAATGGATGACTATAAATGGATTTTCTTACCAATAAAGGCTTTTTCTTCACGT
TTCACGAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
AAATAGACTTTAC
Found at i:50340 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 49547--50637 Score: 902
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 171
49537 ACAATAAGGG
* * * * * * * * *
49547 TTTTTTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTATCCCTAGGCAAACTTTCAATTATAAT-T-TG
1 TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAAGCAGACATTCAATTATAATATATT
* * * * * * *
49610 TTAAAACTAAAAATTTTAAAAAATACAACTTAAAATCGACTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
66 TTAATA--AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
49675 CGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGGCTTGAGTGACTACAAATGGGC
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATAGAC
* * * * *
49718 -TTTCTTTCCAATAGATGACTTTTGCTTCACATTTCACGAAGCAGA-ATTCAATTATAATATATT
1 TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAAGCAGACATTCAATTATAATATATT
* * * * * * * * * * *
49781 TAAATCAAAACTGTTAAAAATTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTACAGCT
66 TTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
*
49846 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC
131 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC
** * * * * * * * *
49887 TTTAGTTGCCAATGGATGGCTTTTCCTTCGCGTATCTTGAGGCATACTTTCAATTAT--TATTTG
1 TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAAGCAGACATTCAATTATAATATAT-
* * * *
49950 TTTAA-ACAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGCGATAATAAAACTATTTAAAG
65 TTTAATA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
50014 CGAGTTATAAGGCTTTCGAAGG-TATG-GATGACTATAAGTGGA-
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAG-TGACTATAAATAGAC
* * * * * * * * * * *
50056 TTTTATTACTAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAAGCAGACATTCAATTATAATATATT
* * * * * * *
50121 TTAATCAAAAATTTTAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
66 TTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** * *
50186 ACCAATAAGGGTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
131 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC
* * * * * *
50227 TTTTCTTGCCAATGGATGTCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAACCGACATTCTATTATAATATATT
1 TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAAGCAGACATTCAATTATAATATATT
** * * **
50292 TTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTGATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTA
66 TTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* *
50357 ATTAATAAGGCTTTCGAAGGAATTG-GTGACTATAAATAGAC
131 AGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTTGAGTGACTATAAATAGAC
** *** * * * * * * * * *
50398 TTTTCTTGAGAACAAATGGTTTTTTCTTCACGTTTC-CCAAGGAAAACATT-TATATATGATCTG
1 TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAA-GCAGACATTCAAT-TATAATATA
* * *
50461 TTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAA
64 TTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** *
50525 GCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-TATGTGTGACTATAAATAGAC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGAC
* * * * * **
50569 TTTTCTTGCTAATTTG-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAAGAAGACATTCAATTATAATCGAT
1 TTTTCTTGCCAA-TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAAGCAGACATTCAATTATAATATAT
50633 TTTAA
65 TTTAA
50638 GCATAAACCA
Statistics
Matches: 726, Mismatches: 170, Indels: 48
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 148 0.20
170 244 0.34
171 326 0.45
172 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAAGCAGACATTCAATTATAATATATT
TTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC
Found at i:51156 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 50679--51975 Score: 881
Period size: 170 Copynumber: 7.6 Consensus size: 170
50669 AATGGATTGA
* * * ** * * * * * * **
50679 GTGAATATAAAAGGACTTTACACGCCAATAGATGGCCTTTGCTTCACATATCTTGAGGCAGAGTT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCGAAGCAGACAT
* * * * * * * * * *
50744 TCTATTATAATTTGTTTAAACAAAAAATGTACAAAAATTCAACTCAAAATCAACTATGAGATTAT
66 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
50809 AAAATCATTTATAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG
131 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGATTTCAAAGGCATG
* * * * *
50849 GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTCGAGGTAGAT
1 G-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCACATTT-CTCGAAGCAGAC
* * * * * * * * *
50914 ATTGAATTATAATTTGTTTCAACCAAAAATTTTAAAAAATTTAACTTAAAATCATTTATGAGATT
64 ATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
50979 ATAAAACCATTAAAAGCAAGTAATAACGATTTCAAAGGCTTG
129 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGATTTCAAAGGCATG
* * * * *
51021 AGTGACTA-AAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCACAAAGCATG-C
1 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCGAAGCA-GAC
* * * **
51084 ATTTAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAATATTTAATTTGAAATTGATTATGAGAT
64 ATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
51148 TATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GAATGG
128 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGATTTC-AAAGGCAT-G
* * * * * * * * *
51192 GTGACTATAAATTGACTTTTCTCGACAACGAATGG-TTTTTTTTCACGTTT-TCTAAGGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCGAA-GCAGACA
* * * * ** * *
51255 ATCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCGATTTAAAATCGATTATGAAATTA
65 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
51320 TAAAACCATTTAAAGCAGGAAATAAAGCTTTTGAAA-GAATG
130 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACG-ATTTCAAAGGCATG
* * * * * * * * *
51361 GCTCACTATAAACGGACTTCTCTTGCCAAT-GAAGGTTTTTTTTTCACATTTCCCTAAGTAGACA
1 G-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCGAAGCAGACA
* * * * ** *
51425 CTCAATTATTATATATTTTAACCAACAA--TAAAAAAATTTAAAGTAAAATCAATTATGAAATTA
65 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
51488 TAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAATC-ATTTCGAAGACATGG
130 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-CGATTTCAAAGGCAT-G
* * * ** * * *
51530 GTGACTATAAATGGACTTTTTTTTGTCAAT-GAGTGACTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAA
1 GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGGA-TGGC-TTTTTCTTCACATTTCTCGAAGCAGA
* * *
51594 TATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGAT
63 CATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
51659 ATATAAAAACCATTTTAAAACGAGT-ATAGAC-TTTTC-AAGGC-TCGG
128 -TAT-AAAACCA-TTTAAAGCAAGTAATA-ACGATTTCAAAGGCAT--G
* * * * * * * *
51704 AGTGATTACAAATGGGCTTTTCTTGCTAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTCCAT-GGAGCAGAC
1 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCACATTTC-TCGAAGCAGAC
* * * * *
51768 ATTCAATTATAATATA-TTTAAATCAAAAGTGT-GAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGAT
64 ATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
51831 TATAAAATCTTTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGCAGGG
128 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGATTTCAAAGGCA-TG
* * * ** * * * *
51875 GTGACTATAAATGGA-TATT-TTACCAATGAATGATTTTTTCTTCATATTTTTAGAGGCAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCGAAGCAGACAT
* * **
51938 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAAAAT
66 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
51976 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.75 0.18 0.07
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167 6 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCGAAGCAGACAT
TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGATTTCAAAGGCATG
Found at i:52408 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 52110--52788 Score: 491
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 170
52100 AAGGCTTGAA
* * * *
52110 GACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT-TCT-TGAGGTAGATA
1 GACTATAAATGGAC-TTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCA--TTATCTCTGAGGTAAACA
* * * * **********
52172 TTCAAATATAATATGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAANNNNNNNNNNAGATT
62 TTCAATTATAATATG-TTTAAACAAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAACTATGAGATT
*
52236 ATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGTGT
126 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGTGT
* * * *
52281 GACAATAAATGGACTTTACTTGTCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTATCTC-GAGGTATACTTT
1 GACTATAAATGGACTTT-CTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCAT-TATCTCTGAGGTAAACATT
* * *
52345 CAATTATAATTTGTTTAAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAACCATGAGATTATA
64 CAATTATAATATGTTTAAACAAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAACTATGAGATTATA
*********** * *
52410 AAACTNNNNNNNNNNAGTAAGAAGGCTTTCAAAGGCATG-GAT
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGTG-T
* * * *
52452 GACTTTAAATGGACTGTTCTTGCCAAT-GAGTGGCTTTTTCTTCA-TATTTCCTAAGGTAGACAT
1 GACTATAAATGGACT-TTCTTGCCAATGGA-TGGCTTTTTCTTCATTATCT-CTGAGGTAAACAT
* * * * ** *
52515 TCAATTATAATCTGTTTCAACTAAAAAATTTTAAAAAAAATTAACTGAAAATCATTTATAAGATT
63 TCAATTATAATATGTTTAAAC-AAAAAA-TGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAACTATGAGATT
** * * *
52580 ATAAAACTGTTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAT-T
126 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG-TGT
* * * * * *
52625 GACTACAAATGGGCTTTTCTTACCAATGGATGG-TTTTTGCTTCA-CATCTCGTGAAGCAAACAT
1 GACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTT-CTTCATTATCTC-TGAGGTAAACAT
* * *
52688 TCAATTATAATATATTTAAATC-AAAAGTGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAACTATGAGAGTA
63 TCAATTATAATATGTTTAAA-CAAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAACTATGAGATTA
* * * * *
52752 TAAAATCTTTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
127 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
52789 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 92, Indels: 40
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
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174 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GACTATAAATGGACTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATTATCTCTGAGGTAAACATTCA
ATTATAATATGTTTAAACAAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGTGT
Found at i:54247 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 53697--54934 Score: 865
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 171
53687 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
53697 AGTAATAAGGCTTTC-AAACGCATGAATGACTATATATGGACTTTTCTTGCAAATGACT-AGCTT
1 AGTAATAAGGCTTTCTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTT
* * * * * * *
53760 TTTCTTCAGATCTCTTAAGGCAGAC-TTCAATTATAACTA-GTTTAAATAAAAAATATAAAAAAA
65 TTTCTTCACATTTCATAA-GCAGACATTCAATTATAA-TATATTTTAACAAAAAATAGAAAAAAA
* * **
53823 TTCATCTTAAAATCAATTATGAGATGATAAAATAATTTAAAGTG
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
53867 AGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTGATTGACTATAAAT-GATCTTCTT-TTGGCAATGGAT-AGC
1 AGTAATAAGGCTTTCTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA-CTT-TTCTTGCCAATGAATGA-C
** * * *
53928 TTTCGCTTCACATTTCTATAAGAATACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAT-GTAAAAA
63 TTTTTCTTCACATTTC-ATAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAG-AAAAA
* * * *
53992 AACTCTA-TCTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
126 AATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
54038 AGTAATAAAGCTTT-TGAAGG-TATGGGTGACTACAAATAGATTTTTCCTGCCAATGAATGACTT
1 AGTAATAAGGCTTTCTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
* * * * *
54101 TTTCTTCATATTTCCTAAGCCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAGAAAAT-GAAAAAAAT
65 TTTCTTCACATTTCATAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAGAAAAAAAT
* * *
54165 TCAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAGAACCATTTAAAGTG
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *
54208 AGTAATAAGGCTTTCT-AAGGCTTGACTAACTATAAATAGACTTCTCTTGTCAATGGATGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
* * ** * * * * *
54272 TGCCTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTCTAATAAAAAATATAAAAAAACT
66 TTCTTCACATTTCATAA-GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAGAAAAAAATT
** * * * * ** **
54337 CTGCTTAAAATCGATTGTAAGATGATAAAATAATTTAAAGCA
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *
54379 AGTAATAAGGCTTT-TGAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTCCTTACCTATGAATGACTT
1 AGTAATAAGGCTTTCTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
** * * * * *
54442 TTTCTTCACATTTTTTAAAGCAGATATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAAATAAAAAAAAA
65 TTTCTTCACATTTCAT-AAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATAGAAAAAAA
* * *
54507 TT-AACTTAAAATCATTTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTG
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *
54550 AGTAATAAGG-TTTTTAAAGGCTTGAGTGACTACAAATGGGC-TTTCTTGTCAAT-AGATGACTT
1 AGTAATAAGGCTTTCTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGACTT
* * * * * *
54612 TTCCTTCACATTTCATGAAGTAAACATTTAATTATAATATATTTAAATC-AAAAGT-GTAAAAAA
65 TTTCTTCACATTTCAT-AAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATAG-AAAAAA
* * * * *
54675 ATTCGACTTGAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAGAGCG
127 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * * *
54720 AGCT-ATAATGCTTTC--ATAGG-TATGAGTGATTACAAATAAACTTTTCTTTCCAATGGATGGC
1 AG-TAATAAGGCTTTCTGA-AGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
** ** ** * * * * * * * * * * *
54781 TTTTGATAAATGTTTCCTGAGGTACACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAATAATATAGAAAG
63 TTTTTCTTCACATTTCAT-AAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAGAAAAAA
** * * * * *
54846 ATTTGACCTAAAATCAATTTTGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCG
127 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *
54891 AGTAATAAGGCCTTC-GAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
54935 GTTTACCAAT
Statistics
Matches: 834, Mismatches: 196, Indels: 75
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 19 0.02
170 324 0.39
171 468 0.56
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AGTAATAAGGCTTTCTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
TTCTTCACATTTCATAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAGAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
Found at i:54333 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 53757--54933 Score: 1141
Period size: 341 Copynumber: 3.5 Consensus size: 337
53747 AAATGACTAG
* * * * *
53757 CTTTTTCTTCAGATCTCTTAAGGCAGAC-TTCAATTATAA-CTAGTTTAAATAAAAAATATAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACAAAAAATA-AAAA
* * **
53820 AAATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATGATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
64 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * *
53885 GGCTTGATTGACTATAAAT-GATCTTCTTTTGGCAATGGATAGCTTTCGCTTCACATTTCTATAA
129 GGCTTGAATGACTATAAATGGA-CTTCTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCCTCACATTTC-CTAA
* *
53949 GAATACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCTA-TCTCAAATCAATTA
192 GAAAACATTCAATTATAATATA-TTTAA-TAAAAATGTAAAAAAACTCTACT-TAAAATCAATTA
*
54013 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTACAAATAGA
254 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTACAAATAGA
*
54078 TTTTTCCTGCCAATGAATGA
319 -TTTTCCTACCAATGAATGA
* * *
54098 CTTTTTCTTCATATTTCCTAAGCCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAGAAAATGAAAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAA
* * * *
54163 ATTCAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCTAAGG
66 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * ** *
54228 CTTGACTAACTATAAATAGACTTCTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCCTCATGTTTCCTAAGGCA
131 CTTGAATGACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCCTCACATTTCCTAA-GAA
* * * * * *
54293 GACATTCAATTATAATATATTCTAATAAAAAATATAAAAAAACTCTGCTTAAAATCGATTGTAAG
195 AACATTCAATTATAATATATT-TAAT-AAAAATGTAAAAAAACTCTACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
54358 ATGATAAAA-TAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTT
258 ATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTACAAATAGATTT
*
54422 TCCTTACCTATGAATGA
322 TCC-TACCAATGAATGA
* ** * * *
54439 CTTTTTCTTCACATTTTTTAAAGCAGATATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAAATAAAAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAAT-AAAAA
* * * * **
54504 AAATT-AACTTAAAATCATTTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTAAA
64 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * *
54568 GGCTTGAGTGACTACAAATGGGCTT-TCTTGTCAATAGATGACTTTT-CCTTCACATTTCATGAA
129 GGCTTGAATGACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCC-TCACATTTCCT-AA
* * * * * *
54631 GTAAACATTTAATTATAATATATTTAAATCAAAAGTGTAAAAAAATTCGACTTGAAATCAATTAT
192 GAAAACATTCAATTATAATATATTT-AAT-AAAAATGTAAAAAAACTCTACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * *
54696 GAGATTACAAAACCATTTAGAGCGAGCT-ATAATGC-TTTCATAGGTATGAGTGATTACAAATAA
255 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG-TAATAAAGCTTTTGA-AGGTATGGGTGACTACAAATAG
* * * *
54759 ACTTTTCTTTCCAATGGATGG
318 A-TTTTCCTACCAATGAATGA
** ** * * * * * * * * *
54780 CTTTTGATAAATGTTTCCTGAGGTACACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAATAATATAGAAA
1 CTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATA-AAAAA
* ** * * * * * *
54845 GATTTGACCTAAAATCAATTTTGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAG
65 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
*
54910 GCATGAATGACTATAAATGGACTT
130 GCTTGAATGACTATAAATGGACTT
54934 TGTTTACCAA
Statistics
Matches: 681, Mismatches: 135, Indels: 40
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 32 0.05
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342 110 0.16
343 11 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
CTTTTTCTTCATATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
CTTGAATGACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCCTCACATTTCCTAAGAAA
ACATTCAATTATAATATATTTAATAAAAATGTAAAAAAACTCTACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTACAAATAGATTTTCCT
ACCAATGAATGA
Found at i:54451 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 53775--54954 Score: 1162
Period size: 512 Copynumber: 2.3 Consensus size: 510
53765 TCAGATCTCT
*
53775 TAAGGCAGAC-TTCAATTATAACTAGT-TTAAATAAAAAATATAAAAAAATTCAT-CTTAAAATC
1 TAAGGCAGACATTCAATTATAA-TA-TATTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TC-TGCTTAAAATC
* *
53837 AATTATGAGATGATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGATTGACTATA
62 AATTATGAGATGATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGAATGACTATA
* ** * *
53901 AATGA-TCTTCTTTTGGCAATGGATAGCTTTCGCTTCACATTTCTAT-AAGAATACATTCAATTA
126 AATGACT-TTCTCTTACCAATGAATAGCTTTCGCTTCACATTT-TATAAAGAAGACATTCAATTA
* * * * * *
53964 TAATATATTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAACTCTATC-TCAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
189 TAATATATTTCAACCAAAAAAT-AAAAAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * **
54027 TATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTACAAATAGATTTTTCCTGCCAA
252 CATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCT-TGAGTGACTACAAAT-GAGCTTTCCTGCCAA
* * * * * * *
54091 T-GAATGACTTTTTCTTCATATTTCCT-AAGCCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAGAA
315 TAG-ATGACTTTTCCTTCACATTTCATGAAG-CAAACATTCAATTATAATATATTTAAATCA-AA
* * * *
54153 AATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAGAACCATTTAAAGTGAG-TAATAA
377 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGCT-ATAA
* * *
54216 GGCTTTC-TAAGGCT-TGACTAACTATAAATAGACTTCTCTTGT-CAATGGATGGCTTTTGCCT-
441 GGCTTTCAT-AGG-TATGACTAACTACAAATAAACTTCTCTT-TCCAATGGATGGCTTTTG-ATA
*
54277 CATGTTTCC
502 AATGTTTCC
*
54286 TAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTCTAATAAAAAATATAAAAAAACTCTGCTTAAAATCGA
1 TAAGGCAGACATTCAATTATAATATATT-TAATAAAAAATATAAAAAAA-TCTGCTTAAAATCAA
* * * * **
54351 TTGTAAGATGATAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATGATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAATGACTATAAAT
* ** * * *
54416 AGACTTTC-CTTACCTATGAAT-GACTTTTTCTTCACATTTTTTAAAGCAGATATTCAATTATAA
129 -GACTTTCTCTTACCAATGAATAG-CTTTCGCTTCACATTTTATAAAGAAGACATTCAATTATAA
* * * * *
54479 TCTGTTTCAACCAAAAAATAAAAAAAAATTAACTTAAAATCATTTTTGAGATTATAAAGCCATTT
192 TATATTTCAACCAAAAAATAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * *
54544 AAAGTGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCTTGAGTGACTACAAATGGGCTTTCTTGTCAATAGATGA
257 AAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTACAAATGAGCTTTCCTGCCAATAGATGA
* * *
54609 CTTTTCCTTCACATTTCATGAAGTAAACATTTAATTATAATATATTTAAATCAAAAGTGTAAAAA
322 CTTTTCCTTCACATTTCATGAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTAAATCAAAAATGTAAAAA
* * * * *
54674 AATTCGACTTGAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAGAGCGAGCTATAATGCTTTCATAG
387 AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGCTATAAGGCTTTCATAG
* * * *
54739 GTATGAGTGATTACAAATAAACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGATAAATGTTTCC
452 GTATGACTAACTACAAATAAACTTCTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGATAAATGTTTCC
* * * * * ** * * * * *
54798 TGAGGTACACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAATAATATAGAAAGATTTGACCTAAAATCAA
1 TAAGGCAGACATTCAATTATAATATA-TTTAATAAAAAATATAAAAAAATCTG-CTTAAAATCAA
* * * * *
54863 TTTTGAGCTTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGAATGACTATAAA
64 TTATGAGATGATAAAA-TAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAATGACTATAAA
* * *
54927 TGGACTTTGT-TTACCAATAAATGGCTTT
128 T-GACTTTCTCTTACCAATGAATAGCTTT
54955 TCCTTTATGT
Statistics
Matches: 547, Mismatches: 96, Indels: 51
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 85 0.16
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513 19 0.03
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
TAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTAATAAAAAATATAAAAAAATCTGCTTAAAATCAATT
ATGAGATGATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAATGACTATAAATGA
CTTTCTCTTACCAATGAATAGCTTTCGCTTCACATTTTATAAAGAAGACATTCAATTATAATATA
TTTCAACCAAAAAATAAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
TGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTACAAATGAGCTTTCCTGCCAATAGATGACTTT
TCCTTCACATTTCATGAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTAAATCAAAAATGTAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGCTATAAGGCTTTCATAGGTAT
GACTAACTACAAATAAACTTCTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGATAAATGTTTCC
Found at i:56107 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 55844--56655 Score: 519
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 166
55834 TTGAAAAAAA
* * * *
55844 AAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAAAGGTTTTATAATC
1 AAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATAAC-CGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * *
55909 TCCTAATTGATTTTAAG-TGTAATTTTTTTATACTTTTAATTTAAATATATTATCATTGAATGTC
65 TCATAAATGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATAATTTTAGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTC
*
55973 TGATTTATGAAATGTGAAATAAAAGTCATCCATTAGCAAG
129 TGATTT-TGAAATGTGAAA-AAAAGTCATTCATTAGCAAG
* * *
56013 AAATGCCCATTTGTAGTCACTCAAG-CTGTTGAAAACCTTACTAACCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAT--CCATTTATAGTCACTCATGCCT-TTGAAAGCCTTA-TAACCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
56077 ATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAAAATTTATGGTTCAAAAATATTAGAATTGAAT
62 ATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTT-TAGTTAAAAAATATTATAATTGAAT
* * * * *
56141 GTCT-ACCTTGGAAAATGTGAAGGAAAAGCCATTCATTAGCAAAAC
126 GTCTGA-TTTTG-AAATGTGAA-AAAAAGTCATTCATTAGC--AAG
* * * * * *
56186 AAATCCATTTACAGTGA-TCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAATCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTGAAAGCCTTA-TAACCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
56250 CTCATAAGTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
64 CTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTAGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTC
* * * *
56315 TGCTTCTTGAAAAGTGAAGAAAAAATCATTTATTAGCAAG
129 TGATT-TTGAAATGTGAA-AAAAAGTCATTCATTAGCAAG
* * ** * *** *
56355 AAAAGTTCATTTATAGTCTC-CTATGTATTCGAAAGTAATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 -AAA-TCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTGAAAGCCTTATAAC-CGCTTTAAATGGTTTTATA
* ** * * * * ** *
56419 AACTCAT-AATCGATTTTAAGCAGAATTGTTTTA-CATTTTTGATTAAAATATAACATAATTAAA
62 ATCTCATAAAT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTAG-TTAAAAAATATTATAATTGAA
** * * * * *
56482 TGTCT-ACCTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAG
125 TGTCTGA--TTTTGAAATGTGAA-AAAAAGTCATTCATTAGCAAG
* * * * * * * * *
56526 AAAAGTACATTTACAGTCACTTAAGCCTTTTAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAA
1 -AAA-TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATAAC-CGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * *
56591 TCCCATAATTGATTTCAACTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATATTTGAATG
63 TCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-ATTTTAGTTAAAAAATATTATAATTGAATG
56655 T
127 T
56656 TTACCTCAAG
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 122, Indels: 54
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 29 0.06
171 425 0.86
172 23 0.05
173 10 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (166 bp):
AAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATAACCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
CATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTAGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTG
ATTTTGAAATGTGAAAAAAAGTCATTCATTAGCAAG
Found at i:56246 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 55797--56655 Score: 835
Period size: 342 Copynumber: 2.5 Consensus size: 338
55787 TTATATTTAG
* ** * * *
55797 ATGTCTATCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTTATTGAAAAAAAAAATCCATTTATAGTCAC
1 ATGTCTACCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG--AAAAAAAATCCATTTACAGTCA-
* * *
55862 CCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAA-AGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAG
63 CTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAG
* * * * *
55926 TGT-AATTTTTTTATACTTTTAATTTAAATATATTATCATTGAATGTCTGATT-TATGAAATGTG
127 T-TAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTAT-ATTGAATGTCTGATTCT-TGAAAAGTG
* * * * **
55989 AA-ATAAAAGTCATCCATTAGCAAGAAATGCCCATTTGTAGTCA-CTCAAGCTGTT-GAAAACCT
189 AAGA-AAAAATCATCCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAG-TATTCGAAAACAA
* * **
56051 TACTAAC-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAAT-GATTTTAAGTTGAATT-TTTTAAAAT
251 TA-TAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCAT-AATCGATTTTAAGCAGAATTGTTTT-AAAT
* ** *
56113 TTATGGTTCAAAA-ATATTAGAATTGA
313 TTATGATT-AAAATATAACAGAATTAA
* * *
56139 ATGTCTACCTTGGAAAATGTGAAGGAAAAGCCATTCATTAGCAAAACAAATCCATTTACAGTGAT
1 ATGTCTACCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-AAAAAAAATCCATTTACAGTCA-
* * * *
56204 CTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAAGT
63 CTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGT
* * * *
56269 TGAATTTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTCTTGAAAAGTGAAG
128 TAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTAT-ATTGAATGTCTGATTCTTGAAAAGTGAAG
** ** * * ** *
56334 AAAAAATCATTTATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCTATGTATTCGAAAGTAATATTAC
192 AAAAAATCATCCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGTATTCGAAAACAATATAAC
* *
56399 TCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGCAGAATTGTTTTACATTTTTGATTA
257 TCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGCAGAATTGTTTTAAATTTATGATTA
*
56464 AAATATAACATAATTAA
322 AAATATAACAGAATTAA
* * * * *
56481 ATGTCTACCTTAGG-AAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTACATTTACAGTCA
1 ATGTCTACCTT-GGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-AAAAAAAATCCATTTACAGTCA
* * * * *
56545 CTTAAGCCTTTTAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAAT-GATTTTATAATC-CCATAATTGATTTCA
63 C-TATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCC-TAATTGATTTTA
* *
56608 ACTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATATTTGAATGT
125 AGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTATA-TTGAATGT
56656 TTACCTCAAG
Statistics
Matches: 425, Mismatches: 76, Indels: 32
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 18 0.04
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343 12 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
ATGTCTACCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAAAAATCCATTTACAGTCACTA
TGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTAA
ATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTATATTGAATGTCTGATTCTTGAAAAGTGAAGAAAA
AATCATCCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGTATTCGAAAACAATATAACTCGC
TTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGCAGAATTGTTTTAAATTTATGATTAAAAT
ATAACAGAATTAA
Found at i:56579 original size:513 final size:502
Alignment explanation
Indices: 55536--56620 Score: 1046
Period size: 513 Copynumber: 2.1 Consensus size: 502
55526 TCACCTATTT
* *
55536 TTTTAAAGTCTTATTACT-TGTTTTAAATGGTTTTATCATCTCAT-AATCGATTTTAAGTTGAAT
1 TTTTAAAGTCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAAT-GATTTTAAGTTGAAT
* * * * *** *
55599 TCTTTTATAGTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAGTGTCTGTTTTTGAAAACATGAAGCAAAA
64 T-TTTTAAAATTTTAGTTAAAATATATTAGAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGCAAAA
* * * * * * * * *
55664 GCCATCTGTTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACTCAAGTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCT
128 GCCATCTATTAGCAAAAAAAGTCCATTTACAGTGACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACT
*
55729 TTAAATAGTTTTATAACTGATTTTAAGTATAATCTTTTACATTATTGGTTAAAACAAATTATATT
193 TTAAATAGTTTTATAACTGATTTTAAGTATAATCTTTTACATTATTAGTTAAAACAAATTATATT
* *
55794 TAGATGTCTATCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTTATTGAAAAAAAAAATCCATTTATAGT
258 GAGATGTCTATCTTGGAAAACATGAAGAAAAAATCATTTATTGAAAAAAAAAATCCATTTATAGT
* * ** * * *
55859 CACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAAAGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTA
323 CACCCATGCATTCGAAAGCAATATTACTCGCTCTAAAAGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTA
* * * * ** * * * *
55924 AGTGTAATTTTTTTATACTTTTAATTTAAATATATTATCATTGAATGTCTGATTTATGAAATGTG
388 AGAGTAATTGTTTTACACTTTTAATTAAAATATAACATAATTAAATGTCTGACTTAGGAAATGTG
* * * * **
55989 AAATAAAAGTCATCCATTAGCAAGAAATGCCCATTTGTAGTCACTCAAGC
453 AAACAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGCACATTTACAGTCACTCAAGC
* ** * * *
56039 TGTTGAAAACCTTACTAAC-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAAT
1 T-TTTAAAGTCTTA-TTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAAT
* ** *
56103 TTTTTAAAATTTATGGTTCAAAA-ATATTAGAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATGTGAAGGAAA
64 TTTTTAAAATTT-TAGTT-AAAATATATTAGAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGCAAA
* *
56167 AGCCAT-TCATTAGCAAAACAAA-TCCATTTACAGTGA-TCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACC
127 AGCCATCT-ATTAGCAAAA-AAAGTCCATTTACAGTGACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACC
* ** *
56229 CACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTTTATTTTTAGTTA
189 CACTTTAAATAGTTTTATAA---C-----TGATTTTAAGTAT-AA-TCTTTTACATTATTAGTTA
* * * *
56293 AAACAGATTATAATTGA-ATGTCTGCTTCTT-GAAAA-GTGAAGAAAAAATCATTTATT-AGCAA
244 AAACAAATTAT-ATTGAGATGTCT--ATCTTGGAAAACATGAAGAAAAAATCATTTATTGA-AAA
* * * * * * * * *
56354 GAAAAGTTCATTTATAGTCTCCTATGTATTCGAAAGTAATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
305 AAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCAATATTACTCGCTCTAAAAGGTTTTATA
* *
56419 AACTCATAATCGATTTTAAGCAG-AATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATATAACATAATTAAAT
370 AACTCATAATCGATTTTAAG-AGTAATTGTTTTACACTTTTAATTAAAATATAACATAATTAAAT
* * * *
56483 GTCT-ACCTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTACATTTACAGTCACT
434 GTCTGA-CTTAGGAAATGTGAAACAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGCACATTTACAGTCACT
*
56547 TAAGCC
498 CAAG-C
* * * * * *
56553 TTTTAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTCAACTTAAATTT
1 TTTTAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTT
56618 TTT
66 TTT
56621 TATATTTTTT
Statistics
Matches: 462, Mismatches: 93, Indels: 44
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
503 13 0.03
504 144 0.31
505 13 0.03
507 1 0.00
511 1 0.00
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514 12 0.03
515 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (502 bp):
TTTTAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTT
TTTAAAATTTTAGTTAAAATATATTAGAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCC
ATCTATTAGCAAAAAAAGTCCATTTACAGTGACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTA
AATAGTTTTATAACTGATTTTAAGTATAATCTTTTACATTATTAGTTAAAACAAATTATATTGAG
ATGTCTATCTTGGAAAACATGAAGAAAAAATCATTTATTGAAAAAAAAAATCCATTTATAGTCAC
CCATGCATTCGAAAGCAATATTACTCGCTCTAAAAGGTTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGA
GTAATTGTTTTACACTTTTAATTAAAATATAACATAATTAAATGTCTGACTTAGGAAATGTGAAA
CAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGCACATTTACAGTCACTCAAGC
Found at i:63275 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 61800--63964 Score: 1364
Period size: 171 Copynumber: 12.7 Consensus size: 170
61790 NNNNNNNNNG
* * * * * * **
61800 TTAAGTTGAATTTTTTTTTAGATTTTTAGTTTAAACAAATTATAA-TGAAAAGTCTATCTCAAGA
1 TTAAGTTGAA--TTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG-AATGTCTACCTTGAGA
* * * * * *
61864 AATATTAAG-AAAATCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAG
62 AACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* *
61928 -CTGTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATN
127 CCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
********* * ** * *
61972 NNNNNNNNNATTTTTTT-ATATTTTTGATTAAAACGGATTATAATTGAATGTCT-GCTTTAGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTCAT-TTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AA
* * * ** * * * *
62035 ACGTAAAGTAAAAGTCATCCA-TGGTCAAGAAAAGT-CATTTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAA
63 ACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGT-AAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* *****************
62098 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNNNNNNNN
126 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
62143 NTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AAATTATAATTGAATGTCTATCTT-AGGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAAC
** * * ** *
62206 ATGAA-AGAAAAGGCATTCAATGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCT
65 ATGAAGA-AAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* **
62270 TTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATT
129 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ** ** * * * * * *
62312 TTAAGTAGAACTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTTAAAATCTATGACAATTCAATGACT-GCTTTAGG
1 TTAAGTTGAA----TTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-G
* * * * * * * ** *
62376 AAAAATGAAGCAAAAGCTATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAA
61 AAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * *
62441 GCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATT
126 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
** * * * * * * *
62486 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTTGAAGAAATTGTAATTGAAAGTTTGCCTTAAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
* ** ** ** * * *
62551 TTGAA-AAAAAAGCCATTCATTGACAAGAATTGTCCATTTATAACCATCCATGTCTTTGAAAGCC
65 ATGAAGAAAAAA-CCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* *****
62615 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATNNNNN
129 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
***** * * *
62657 NNNNNTTGAATTGTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGCCTCT-TGAAA
1 TTAAGTTGAATT-TTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAA
* * * * * *
62721 CGTGAAGAAAAAACTATTCGGTT-GCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCAATGCCTTCGAAAGA
64 CATGAAGAAAAAACCATTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG-
* ********** *
62785 GC-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGACT
127 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
62828 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATAATATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTT-CA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AA
* * * * * * * ** **
62891 ACATGGAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAATCACTCAAACCTTTAAAAGC
63 ACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
* * *
62956 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *** *
62999 TAAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAATGCAGATTAT-ATTTAAGTGTCTACCTTGAGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAA
* * * * *
63063 TATGGAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCGAAAGCC
64 CATGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
********** *
63128 TTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATT
129 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
63170 TTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAATAGATTTTAATTGAATATTTACCTCT-CGAAAT
1 TTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAAC
* * * * * *
63234 ATGAAGAAAAAATCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCGT
65 ATGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
** * *** *
63299 TATTACTCTTTTTAAATAGTTTTATAATCTTGCAATTGACT
130 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
63340 TTACA-TAGAATTTTTTACATTTTT-GATTAAAATATAATATAATTGAATATCTACCTTAAGAAA
1 TTA-AGTTGAATTTTTTTCATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* * * * * ** * * *
63403 CATTAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTAACTCAAGCCTTCGAAAGCC
64 CATGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
*
63468 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATT
129 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
63510 TTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATACATTATAATTGACTGTCTACTTTGGGAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTT-CA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
* * *
63573 CATGAAGAAAAAACTATTCATTCGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCTATCGAAAGC
64 CATGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCGAAAGC
* * *
63637 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATAGATT
128 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
63680 TTAAGTTCAATTCTTTTAT-ATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTA-TTTTAGGAA
1 TTAAGTTGAATT-TTTT-TCATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAA
* * * * * * *
63743 ACAT-ATAGCAAAAGCCATCCGTTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTCGAAAG
63 ACATGA-AGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* * * **
63807 CTTTATTTCTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
127 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * ** * *
63851 TTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAAATTATACTTGAATGTCTGTC-TCATGAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTT-TCATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAA
* * * *
63915 CATGAAGAAAAAATCATAT-GTTGCTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
64 CATGAAGAAAAAACCAT-TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
63965 TATTCTTTTT
Statistics
Matches: 1514, Mismatches: 421, Indels: 117
0.74 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 117 0.08
170 472 0.31
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174 115 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
TGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
Found at i:65510 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 64962--66651 Score: 1029
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 169
64952 NNNNNNNNNN
* * * ** *
64962 AAAATCAATTATGAGATTTTAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AGGCATAAGCGA
* * * ** * * *
65027 CTATAGATGGACTTTTATTGCCAATGAATGGA-TTTTTCTTCACATTTCCCAAGCTAGCCATTCA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * * * *
65091 AATATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAAATT
129 AATATTATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT
********** * * * * * * * *
65133 ANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAA-TCATTTAAAACAAGTACTCAGGCTTTTGAAGACTTAAGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AGGCATAAGCG
* * * * * ** * * * *
65197 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCGAATGGAT-AGCTTTTACTTCACCTTTCCCGAGGTAGATATTT
64 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * * * *
65261 AATTATGATATATTTTAACAAAAAATGCAAAAAAAATGAACTT
128 AAATATTATCTATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTT
* * ********** ** *
65304 GAAATCAATTATGAAATTANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGCGCATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAG-GCATAAGCGA
* * * * * * * * * *
65369 CTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCATTTTTTCCTCACGTTGCCCAATGTAGACATCCAA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* *
65434 ATATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTTAACTT
130 ATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTT
* * * * ** *
65475 AAAATTAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAACCTTAAGCGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAGGCATAAGCGA
* * * * *
65540 CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTGT-TTTATATTTTCTGAA-GTAGACAGTC
65 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTT-TCTTCAT-GTTTCTCAAGGTAGACATTC
* **
65603 -------A---ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAGCCAACTT
128 AAATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTT
* * * * ** *
65635 AAAATCAATTATGAGATTTTAAAACTATTTGAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AGGCATAAGCGA
********** * * * *
65700 CNNNNNNNNNNCTTTTCTTACCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTGCTCGAGCTAGCCATTCA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
*
65764 AATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTAAACTT
129 AATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTT
* ********** * * * *
65806 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCAA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AGGCATAAGCGA
* * * * * * *
65871 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCCTCATGTTTTTCAAGGTAAATATTCAA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * *
65936 TTATAATAC-ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT
130 ATATTAT-CTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT
* * * * * * *
65977 GAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAGTGAGTAATAAGGCTTTCTAAG-ATATGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGCATA--AGCG
* * * * * *
66040 ACTATAGATGGACTTTTCTTACTAATGAATCG-CTTTTTTTTCATGTTTCTTAAAGTAGCCATT-
64 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
*
66103 AAAGTATTATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCAACTT
128 AAA-TATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTT
* * * * * ** *
66147 AAAATCAGTTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAAACTTAAGCGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAGGCATAAGCGA
* * * ** * *
66212 CTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGGATGACTTTTGGTTCACGTTTC-CTAAGGCAGACATTCA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCA
* * * ** * *
66276 ATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACGT
129 AATATTATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT
* * * * * *
66318 AAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCAT-GGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AGGCATAAGCGA
* * * * ** *
66382 CTATAGATGGATTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGCCATTCAA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
*
66447 GTATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
130 ATATTATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT
* * *
66488 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCGAAG-ATTTAAGCC
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGCA--TAAGCG
* * * ** * * *
66552 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACCTTTGCTTCACATTTC-CAAATGCAGACATCC
64 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTC
* * *
66616 AAATATTATATGTTTTAA-TATAAAATGTAAAAAATT
128 AAATATTATCTATTTTAACCA-AAAATGTAAAAAATT
66652 TAATTTAGTC
Statistics
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TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAA
TATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTT
Found at i:66130 original size:341 final size:341
Alignment explanation
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64952 NNNNNNNNNN
* * *
64962 AAAATCAATTATGAGATTTTAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * * ** * **
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* * * * * * **********
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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322 AATGTAAAAAAATTCAACTT
* * ********** *
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCATGGGTG
* * * * ** * * *
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65 ACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATCGCTTTTTT-TTCATGTTGCTTAAAGTAGCCAT-T
* * * * *
65432 AAATATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATCATAA
128 AAATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
65497 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGC-TTTCAAAACCTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
193 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * ** * * *
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**
65615 AAATGT-AAAAAAGCCAACTT
321 AAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
65635 AAAATCAATTATGAGATTTTAAAACTATTTGAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
********** ** * **
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* *
65764 AATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
129 AATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
********** * *
65829 ACTATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
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* * * * *
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259 ATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAA
*
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324 TGTAAAAAAATTCAACTT
* ** * **
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1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* *
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66 CTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATCGCTTTTTTTTCATGTTGCTTAAAGTAGCCATTAAA
* *
66106 GTATTATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAATAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAA
131 -TATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAT-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * ** * * *
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194 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
* * * **
66235 ATGGATGACTTTTGGTTCACG-TTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAA
259 ATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTCC-AAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAA
* *
66299 ATATAAAAAAATTCAACGT
323 ATGTAAAAAAATTCAACTT
* *
66318 AAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCAT-GGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * *
66382 CTATAGATGGATTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTT-ATGTTTCTTGAGGTAGCCATTCA
66 CTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATCGCTTTTT-TTTCATGTTGCTTAAAGTAGCCATT-A
* *
66446 AGTATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
129 AATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
66511 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCGAAGATTTAAGCCACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
194 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
* * * * * * * * * * *
66576 ATGGATGACCTTTGCTTCAC-ATTTCCAAATGCAGACATCCAAATATTATATGTTTTAATATAAA
259 ATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTCC-AAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAA
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323 ATGTAAAAAA
66650 TTTAATTTAG
Statistics
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Consensus pattern (341 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
CTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATCGCTTTTTTTTCATGTTGCTTAAAGTAGCCATTAAA
TATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
GGATGACTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATG
TAAAAAAATTCAACTT
Found at i:67403 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
67075 AGAAATATCT
** * *
67085 ATTTCTAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTTTTCATTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
1 ATTTCTAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAA
* **
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*
67215 AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAGTCC
131 AGAAACATGAAACAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAGTCC
* * * * *
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1 ATTTCTAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATA
* * * * * * * *
67319 ATTAATTTTGAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGTTTAAACTAAATTATAA-TCGAATGTC-GACC
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*
67382 TCAAGAAGCATGAAACAAAAGC
128 TCAAGAAACATGAAACAAAAGC
67404 TGTAACGACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTAAATATCTGCCTCA
AGAAACATGAAACAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAGTCC
Found at i:72124 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 71886--72266 Score: 443
Period size: 169 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
71876 NNNNNNNNNN
* *
71886 ATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGAATATAAAACC
1 ATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACC
* * *
71951 ATTTAAAG-TGAAAAATAAAG-CTTTTGAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGA-TTTCCTTACCAA
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* *
72013 TGGAT-GGCTTTTGCTTCACATTT-TTCGAGGCAAACAGTCAAAT
129 TGGATAGCCTTTT-CTTCACATTTCTT-AAGGCAAACAGTCAAAT
* * * *
72056 AT-AT-TCTGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGCGATTATAAATC
1 ATAATATAT-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAAC
** * * * * *
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65 CATTTAAAGCTGAAAATAAGTCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAATGGACTTTCCTCACAAAT
* ** * *
72184 GGATAGCCTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCTGACATTCAATT
130 GGATAGCCTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAAACAGTCAAAT
* *
72226 ATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAA
1 ATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
72267 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 26, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
168 5 0.03
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171 40 0.23
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACC
ATTTAAAGCTGAAAATAAGTCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAATGGACTTTCCTCACAAATG
GATAGCCTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAAACAGTCAAAT
Found at i:72902 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 72379--72918 Score: 485
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
72369 AAAGGTCATC
* * * * *
72379 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTGGCTTAAATCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAAT
1 CATTGGTAAGAAAAGTTCATCTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* ********* * *
72444 AGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAAT
66 GGTTTTATAAT-CTCATAACAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATAAT
* * *
72509 ATTTGAATGGCTACCTCGAGAAACATAAAAAAAAAGCTATT
130 ATTT-AATGGCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGCCATT
* * * * * *
72550 CATTGGTAAGAAAAATCCGTCTATAGTTAC-CGT--GCCTTCGAAGGCCTTATTACTTGCTTTAA
1 CATTGGTAAGAAAAGTTCATCTATAG-T-CGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* * * * *
72612 ATGGTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTACGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATAT
64 ATGGTTTTATAATCTCATAA-CAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAAAT
* * ** * * * * ** * *
72676 TATAATTGAATGTTTGCCTTGGGGAACGTGAATCAAAAGTCATC
127 AAT-ATTTAATGGCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGCCATT
* * * * *
72720 CATTAGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 CATTGGTAAGAAAAGTTCATCTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
* * *
72785 GGCTTTATAATCTCATAACAGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAAT
66 GGTTTTATAATCTCATAACA-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATAAT
* * *
72850 ACTTTAATGGCTACTTTGAGAAATATGAAGAAAAAGCCATT
130 A-TTTAATGGCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGCCATT
72891 CATTGGTAAGAAAAGTTCATCTATAGTC
1 CATTGGTAAGAAAAGTTCATCTATAGTC
72919 ACCCATACNN
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 77, Indels: 22
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 3 0.01
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Consensus pattern (169 bp):
CATTGGTAAGAAAAGTTCATCTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAACAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATAATA
TTTAATGGCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGCCATT
Found at i:76918 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 76162--76934 Score: 790
Period size: 343 Copynumber: 2.3 Consensus size: 340
76152 NNNNNNNNNN
* * *
76162 CATTCAATTATAATATATTT-TA-ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATAACGAG
1 CATTCAATTATAATATATTTATATA--AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAACGA-
* ** * *
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63 AATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAACTTCCGAAGACTTGAGTGACTAGAAATAGACTTA
* * ** * * ***
76290 TTTTGCTAATGGATAGCTTTTGCTTCATGGTTCCAGAGGCAAATGGTCAAATATAATCTGTTTTA
128 TCTTGCCAACAGATAGCTTTTGCTTCACGGTTCCAGAGGCAAATAGTCAAATATAATCTGCACTA
** * * * *
76355 ATTAAAATGTAAAAAAGTTGAACTTAAAATCAATTATGCAACTATAAAACCATTTAAAGCTTGTA
193 ACAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATACAACTATAAAACCACTTAAAGCTAGTA
* * * * *
76420 CTAAGATTTTTTAGGGCTTGAGTGACAGTAAATTGACTTTTTCAGTAAATAGATTGATTTTGCTT
258 ATAAGATTTTTTAGGGCTTGAGTGACAGTAAATCGACTTTTCCAGTAAATAAATAGATTTTGCTT
*
76485 CACGTTTCCCTAGACAGA
323 CACATTTCCCTAGACAGA
* * * *******
76503 CATTCAGTTATAATATATTTGAAAT-AAAAATATAGAAAAATTTAACTTAAAATCAANNNNNNNN
1 CATTCAATTATAATATATTT-ATATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TAACGAA
** ** * * *
76567 NNATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAATG-CTTGAGTGACTATAAATAGATTTG
64 ATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAACTTCCGAA-GACTTGAGTGACTAGAAATAGACTTA
* *
76631 TCTTGCCAACAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA-AGGCAAATAGTCAAATATAATCTGCACT
128 TCTTGCCAACAGATAGCTTTTGCTTCACGGTTCC-AGAGGCAAATAGTCAAATATAATCTGCACT
* * * *
76695 AACCAAAAATGTAAAACAA-TTCAACTTAAAAATTAATTTTACAATTATAAAACCACTTGAAGCT
192 AA-CAAAAATGTAAAA-AAGTTCAACTT-AAAATCAATTATACAACTATAAAACCACTTAAAGCT
* *
76759 AGTAATAAGTTTTTTTAGGGCTTGAGTGACTA-TAAATCGACTTTTCCCA-TAAATAAATAGTTT
254 AGTAATAAGATTTTTTAGGGCTTGAGTGAC-AGTAAATCGACTTTT-CCAGTAAATAAATAGATT
* * * *
76822 TTGCTTCATATTT-CTTGAGGCTGA
317 TTGCTTCACATTTCCCT-AGACAGA
* * **
76846 CATTCAATTTTAATATATTTATATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATAATTAAAT
1 CATTCAATTATAATATATTTATATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAACGAAA-
*
76911 TATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
65 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
76935 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 73, Indels: 26
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
CATTCAATTATAATATATTTATATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAACGAAAT
ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAACTTCCGAAGACTTGAGTGACTAGAAATAGACTTATCT
TGCCAACAGATAGCTTTTGCTTCACGGTTCCAGAGGCAAATAGTCAAATATAATCTGCACTAACA
AAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATACAACTATAAAACCACTTAAAGCTAGTAATA
AGATTTTTTAGGGCTTGAGTGACAGTAAATCGACTTTTCCAGTAAATAAATAGATTTTGCTTCAC
ATTTCCCTAGACAGA
Found at i:78781 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 78261--78820 Score: 468
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 169
78251 NNNNNNNNNN
* **
78261 TTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGGAGGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
* * * * ** * *
78326 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACAGATAGCTTTTCCTTCATGTTTCCTAAGCCAAATAGTC
66 GACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAACGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGATAAACAATC
* * ** * *
78391 AAATATAATCTGCTCTAATAAAAAATTTAAAACAATTCAAC
131 AAATATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TGAAAA-ATTTCAAC
* * * ***
78432 TTAAAAATCAAT-TTTACGATTATAAAACCATTTGAAGCCAGTAATAA-G-TTTTTTAGGACTTG
1 TT-AAAATCAATAATTA-GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-CTTG
* ***** * * * * * *
78494 AGTGGCTATAAATCA-ACTTTTTCCATAAATGGATAGCTTTTGCTTCATATTTCCTGAGGGT-GA
63 AGTGACTATAAAT-AGACTTTTTTTGCCAACGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCC-CAAGATAAA
* ** * * * *
78557 CATTCAGTTTTAATATATTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTT-AAC
126 CAATCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATG---AAAAATTTCAAC
* * *
78603 TCAAAATCAATAATTAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAAT
1 TTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
* * * *
78668 AACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAACGGAT-GATTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGATAAACAAT
66 GACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAACGGATAG-CTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGATAAACAAT
*
78732 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAGATGAACAAATTTCAAC
130 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAA-AAATTTCAAC
* ** **
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1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
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322 AACCAAAAATGTAAAAAAATT
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*
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* * * * *
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130 CAGTCAGTTATAATTTATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAC
* * * * * * * *
87905 TATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGTAGGCTTAAGCGACCAGAAATAGACTTTTC
195 TATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTAGAAATAGACTTTTC
* * * * * * *
87970 TTGCCAATAGATGGCTCTTGCTTCATGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
260 TTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAA
* * *
88034 CAAAAAATATAAAACAATT
324 CCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * *
88053 CAACATAAAATCAATAATTAGATCATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * *
88118 GAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAACGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGCCAAAC
66 GAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAAC
** * ** * * * * * * * *
88183 AGTCAAATATAATCTGCTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATGAGTTATGCGATT
131 AGTCAGTTATAATTTATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGACT
* * * * *
88248 ATAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAA-GTTTTTTAAGGGCTTAAGTGA-TAATAAATCA-ACTTT
196 ATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGAGTGACT-AGAAAT-AGACTTT
** * * * *
88310 T-TCACAAATGGATAGG-TTTTGCTTCACGTTT-TATAAAGCAAACATTCAGTTATAATATATTT
258 TCTTGCTAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCT-CAAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTT
* * *
88372 TAACAAAAAATATAAAAAAAAT
321 TAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * *
88394 CAACTTAAAATTAATAATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * *
88459 GAGTGACTACAAATGGACCTTTT-TTGCTAGTGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAAA
66 GAGAGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
** * ** * *
88523 CAGTCAAATATAATTTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGCGAT
130 CAGTCAGTTATAATTTATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAC
* * ** * * *
88587 TATAAAGCCATTTAAAGTTAGTAATAAGTTTTTTGAGGGCTTGAGTGACTATAAATATACTTTT-
195 TATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTAGAAATAGACTTTTC
* * * * * *
88651 TAGGTAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAATT-AGTTATAATATTTTTTA
260 TTGCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGAC-ATTCAGTTATAATATATTTTA
*
88715 ACTAAAAATGTAAAAAAATAT
323 ACCAAAAATGTAAAAAAAT-T
* * * * *
88736 -AACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-TTATCGAAAGCT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCT
* * * * * * ** *
88799 TGGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTC-AGATAG
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* ** * *
88863 ACATTTGGTTATAATTTATTTTAAACAAAAATGTAAAACAACTCAACTCAAAATCAATTATGAGA
129 ACAGTCAGTTATAATTTATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
88928 CCATAAAACCATTTGAAG-TAAGTAACT-AGGCTTTCGAAGGCTTGAACT-ATTAGAAAT-GAAC
194 CTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGCTTG-AGTGACTAGAAATAG-AC
* * ** * ** * * *
88989 TTTTCTTGCCAGTAAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAGGCACACAGTCAGTTATAATTTATT
255 TTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAGTTATAATATATT
** * *
89054 TTAAATAAAAATATAAAAAAACT
320 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
** * *
89077 CAAGGTAAAATCAATTATGAGACTATAAAA-TCATTTAAAGTGA-T--TAA------C-AAGGCT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* * * * * *** *
89131 TGAGTGGCTAGAAAT-GAACTTTTCTTGCCAAT-AGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTTGTGGTA
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* * * * * * * * *
89194 AACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAACACTATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGAG
128 AACAGTCAGTTATAATTTATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAG
* * * * *
89259 AATATAAACCCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGAGTGACTAGAAATAGACTT
193 ACTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAGTGACTAGAAATAGACTT
* * * * * * * * * *
89323 TTTTTGCCAATAGATAGCTATTGCCTCACATTTCTCAAGGCAAACATTTAGTTATATTATATTTT
257 TTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTT
* *
89388 AACAAAAAATGTAAAAATATT
322 AACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * *
89409 CAACATACAATCAATAATTAGATCATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAAGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * * *
89472 GAGTGACTTTAAATAGATTTTTTTTTTCCAACGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TTAGAGGCAA
66 GAGAGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCA-AGGCAA
** * * * * * *
89536 ACAGTCAAATATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTCAAC-CTAAAATTATTTATGAG
129 ACAGTCAGTTATAATTTATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTC-AAAATCAATTATGAG
* ** * ** * * *
89600 ATTATAAAACCATTTAAAGCGT-GTAATAAGGCCATCGAAGGCTTGAGAAATTATAAATGGACTT
193 ACTATAAAACCATTTAAAGC-TAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTAGAAATAGACTT
* * * * * * * *
89664 TTCTTG-TCAATGAATAGCTTTTGCTTCACATCTCTCGAGGTAGACATTC-GATTGTAATTTATT
257 TTCTTGCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAG-TTATAATATATT
* * **
89727 TTAAACAAAAATTTAAAAAACCT
320 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
89750 CAACTCAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACTATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAATGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
* * * * * * *
89814 GAGTGACTAGAAATGGACTTTTCCTACCAATAAATGGCTTTTGC-TCACGTTTC-CAGAGGCAGA
66 GAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCA-AGGCAAA
* * * * * **
89877 TAGTCAGTTATAATTTATTTTAAATAAAAGTGTTAAAAAACTCTAGGT-AAAATCAATTATGAGA
130 CAGTCAGTTATAATTTATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTCAAAATCAATTATGAGA
* ** *
89941 CTAT-AAACTCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGCCTAGAAATAGACTTT
194 CTATAAAAC-CATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTAGAAATAGACTTT
* * * ** * * *
90005 TCTTG-TCAATAGATGGCTTTTGCTTTACGTTTTTTGAGACAGACATTTAATTATAATATATTTT
258 TCTTGCT-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTT
90069 AACCAAAAATGTAAAAAAATT
322 AACCAAAAATGTAAAAAAATT
********** * * * *
90090 CAACTTANNNNNNNNNNTGAGAATATAAAA-TCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAGGTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* * * * * * * * * * *
90154 TGAGTGACTAGAAATGGACGTTTGTTGTCAATGGATAGCTTTTACTTCACGTTTCCCAAGGTAAA
65 TGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAA
* ** *** * * * * *
90219 CTGTCAAATATAATCCGTTTT-AACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGCGA
130 CAGTCAGTTATAATTTATTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGA
* * *
90283 TTATCAAACCATTTAAAGCTAATAATA
194 CTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATA
90310 TGCATTTTTA
Statistics
Matches: 6612, Mismatches: 1532, Indels: 517
0.76 0.18 0.06
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Consensus pattern (342 bp):
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TGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACC
AAAAATGTAAAAAAATT
Found at i:83630 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 81565--90301 Score: 5403
Period size: 171 Copynumber: 51.2 Consensus size: 169
81555 NNNNNNNNNN
* *
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* * * ********** * * *
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** * * * *
81694 CATTTGGTTACAATTTATTTCAAAT-AAAAATGTAAAAAAACT
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* * * ** * ** *
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1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * * * *
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* ** * *
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127 ACATTCAGTTATAATATATTTTAATC-AAA-AATGTAAA-AAAATT
* * * * * * *
82079 CAACTTAAAATCAATTATGCGATTCTAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGTTTTTTGAGGGTTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * ** *
82144 GAGTGACTATAAATCGAATTTTCCTGCAAATGGATGACTTTTGCTTCTTGTTTCCTGAGGCAGAC
66 GAGTGACTATAAATAGACTTTTCGT-C-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGAC
* * **
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* * * * * * *
82250 CAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTATCAAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * * *
82315 GAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTGATTTACATCT-CTCAAGGTAGA
66 GAGTGACTATAAATAGACTTTTC--GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGCAGA
* * *
82379 CATTCGGTTATAATTTATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATT
128 CATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * ** *
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1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCT
* ** * * * * * *
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*
82549 ACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
127 ACATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * ********** * *
82592 CAAGTTAAAATCAATAATGATAATATAAANNNNNNNNNNGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * * *
82657 AAGTAACTA-ACAATGGACTTTCTTTGTCAATGAATGG-TTTTGTTTCACGTTT-CTCAAGGCAA
66 GAGTGACTATA-AATAGAC-TT-TTCGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGCAG
* ** * * *
82719 ACAGTCAAATATAATCTGTTTTAA-CAAAAATTGTAAACAAATT
127 ACATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAA-TGTAAAAAAATT
* * * * * * *
82762 CAACTTAAAATCAATTATGTGATTTTAAAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGTTTTTTGAGGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * *
82827 GAATGGCTATAAATTGACTTTTCCTGCAAAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAGACAGA
66 GAGTGACTATAAATAGACTTTTCGT-C--AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGA
* * **
82892 CCTTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAATCATT
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* * * * * *
82934 CAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTATCGAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * *
82999 GAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTGGTTTACATTT-CTAGAGGCAGA
66 GAGTGACTATAAATAGACTTTTC--GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA-AGGCAGA
* * * *
83063 CATTCAGTTATAATTTTTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAAACT
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* * ** * * *
83107 CAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACTGGTTT-AAGCAAGTAATAAGGCTTTT-GTACGC
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGC
** * * * * ** * * *
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* * * * * *
83233 AAACATTTAGTTATATTATATTTTAATGAAAAATATAAAAATATT
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* * * * * * *
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1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
** ** * *
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* ** * * *
83406 CAATCAAATATAATCTGTTTTAA-CTAAAAACGTAAAAAAATT
128 CATTCAGTTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATT
** ** * * * ** *
83448 CAACTTAAAATCAATTATTCGATTATAAAATTATTTAAATCTAGTAATAAGTTTTTTTAGGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * ** *
83513 GAGTGACAATAAATCGACATTTTCGTAAATGGATGGCTCTTGCTTCACGTTTTTTAAGACAGACA
66 GAGTGACTATAAATAGAC-TTTTCGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACA
*
83578 TTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
130 TTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
83618 CAACTTAAAATCAATAATCAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * *
83683 GAGTGACTACAAAT-GAACTTTTC-TCACTAGCGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTC
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* ** * * *
83745 A-ACAATCAAATATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAGAAATT
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* * * * * * * **
83790 TAACCTGAAATTAATTAT-ACGAATATAAAACCATTTAAAGCTAGAAATAAGGTTTT-TTAGGAC
1 CAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGG-C
* * ** * * **
83853 TTGACTGACTATAAATCGACTTTTTTTGCAAATGGACGAG-TTTTGCTTCACGTTT-CTCGAGAT
64 TTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGT-C-AATGGATG-GCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGC
* * *
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125 AGACATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA-TT
* * * * * *
83962 -GACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * *
84026 AAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGGT-AATGGATGACTTTTGCTACACG-TT-CTAGAGGTAG
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* * * *
84088 ACATTCAGTTATATTATATTTTAAACAAAAATATAAAAAAACT
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* * * *
84131 CAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGTAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * * * * * * *
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* * * *
84261 ATTTAGTTATAATATATTTTAA-C-TAATTATAAAAAAATT
129 ATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
84300 CAACATAAAATCAATAATTAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * *
84365 GAGTGACCATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGCCAAAC
66 GAGTGACTATAAATAGACTTTTC--GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGAC
* ** * * * ** *
84430 AGTCAAATATAATCTGTTTTAATTAAAAATAAAAAAAAAAT
129 ATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * ** *
84471 CAACTTAAGATCAGTTATGCGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAAT-AGGTTTTTTTAGGGCT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCT
* ** * * * *
84535 TGAGTGACAATAAATCA-ACTTTTTTATGAATGGATGGGTTTTACTTCACGTTTTCC-AAGGCAA
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* *
84598 ACATTCAGTTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAACT
127 ACATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * ********** *
84641 GAACTTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACTANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * * * * *
84706 GAGTGACTACAAATGGACCTTTTTTGCCAGTGGATGACTTTTACTTCACGTTTCCCAAAGTAAAC
66 GAGTGACTATAAATAGA-C-TTTTCGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGAC
* ** * *
84771 AGTCAAATATAATTTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATT
129 ATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * ** **
84812 TAAATCAAAATTAATTATGCA-ATTATAAAGCCATTTAAAGTTAGTAATAA-GTTTTTTAAGGGC
1 CAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAA-GGC
* * * * *
84875 TTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTAGGTAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAG
64 TTGAGTGACTATAAATAGAC-TTTT-CGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAG
* *
84940 ACAATCAGTTATAATATATTTTAA-CTAAAAATGT-AAAATA-T
127 ACATTCAGTTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
84981 -AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTATCGAAAGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGC-T
* * * * * * * *
85045 TGA-AGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTCAGGTAGA
65 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTC--GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGA
* * *
85109 CATTCAGTTATAATTTATTTTAAAT-AAAAATGTAAAACAACT
128 CATTCAGTTATAATATATTTT-AATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * * *
85151 CAACTCAAAATCAATTATGAAACTAT-AAACTCATTTGAAGTGAGTAATTAGGCTTTCGAAAGCT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCT
* * * * * * * *
85215 TGAGCGACTAGAAATA-AATGTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTTAGGCAG
65 TGAGTGACTATAAATAGACT-TTTCGT--CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAG
* * *
85279 ACAGTCAGTTATAATTTATTTTACA-CAAAAATGTAAAAAAACT
127 ACATTCAGTTATAATATATTTTA-ATCAAAAATGTAAAAAAATT
** * * * **
85322 CAAGGTAAAATCAATTATGAAACTATAAAATCATTTAAAAAGAGTAATAAAGG-TTTCGAAGGCT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGTTTTCGAAGGCT
* * * * ** * * * * *
85386 TGAATGGCTAGAAATAGACTTTTCTTGCCAACAGATGCCTTTTGCTTCACGTTACTTGAGGCAAA
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* *
85451 CATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATT
128 CATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * ** * *
85493 CAACTTAAAATCAATAATAAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAACAATAAGGCTTTCGAAGGTTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * *
85558 GAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCTCGAA-GAAAA
66 GAGTGACTATAAATAGACTTTTC--GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CTAAGGCAGA
* ** * * *
85622 CAGTCAAATATAATCA-GTTGTAA-CTAAAAATGTTAAAAAATT
128 CATTCAGTTATAAT-ATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATT
* * * ** * ** *
85664 TAACTTAAAAGT-AATTATGCGATTATAAAACAATTTAAAGCTTGTAATAAGTTTTTTTAGGGCT
1 CAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCT
* * * * * * **
85728 TGAGTGACTATAAATCGATTTTTC-TCATAAATAGATGGCTTTTGCCTCATGTTTCCTTAGATAG
65 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTC---AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAG
* * * * *
85792 ACATTCGGTTATAATTTATTTTAAACAAAAATAT-AAAAAAGT
127 ACATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
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1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * *
85899 GAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTCTCAATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGAC
66 GAGTGACTATAAATAGACTTTTC--GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGAC
* * * * *
85964 AGTAAGTTATAATTTA-TTTAA--AAAAATATAAAAAAACT
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** * * * * * *
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1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * * *
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66 GAGTGACTATAAATAGACTTTTCGT-C-AAT-GGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGA
* * * * * *
86131 CAGTAAGTTGTAATTTATCTTAAACAAAAATGTAAAAAAACTT
128 CATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA-TT
* * ** * * *
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1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * * *
86238 GAGCGACGAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCGCATTTCCTAAGGCAAAC
66 GAGTGACTATAAATAGACTTTTC--GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGAC
* * *
86303 ATTCAGTTATAATACATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT
129 ATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATT
* * * * * * * *** *
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1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGG-CT
* * * * ** *
86409 TAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGGCTTTTGCTTCGTGTTTCAC-AAGGCAT
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* * * * *
86473 ACAGTCA-TATATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATT
127 ACATTCAGT-TATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * **
86516 CAACTCAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAA-GTTTTTTAAGGGCT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAA-GGCT
* * * * *
86580 TGAGTGACAATAAATAGA-TGTTGTCTGTCAGTGGATGGCTTTTACTTCACGTTT-CTCGAGGTA
65 TGAGTGACTATAAATAGACT-TT-TC-GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGCA
* *
86643 AACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATT
126 GACATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * * * *
86686 TAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACTATTTAATGCAAATAATAAGGCTATCAAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * *
86751 GAGAGACTACAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGGTTCACGTTT-TTAGAGGCAGA
66 GAGTGACTATAAATAGACTTTTC--GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA-AGGCAGA
* * * * *
86815 CATTCAGTTTTAAT-TTTTTTAAAACAAAAATATAAAAAAACT
128 CATTCAGTTATAATATATTTT-AATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
86857 CAACTTAAAATTAATTATGAGACTATATAACCGGTTT-AAGCAAGTAATAAGGCTTTT-GTAA-G
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCG-AAGG
** * ** * * * * *
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* * * * * *
86982 AAACATTTAGTTATATTATATTTTAATGACAAATGTAAAAATATT
125 AGACATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * *
87027 CAACATACAATCAATAATTAGATCATAAAA-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* ** * * * * *
87091 GAGTAACTATAAATAGACTTTTTTTTTCAACGGATGGCTTTTACTTCATGTTT-CTAGAGACAAA
66 GAGTGACTATAAATAGAC--TTTTCGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA-AGGCAGA
** ** * *
87155 CAGCCAAATATAATATGTTTTAATCAAAAATAT-AAAAAATT
128 CATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* ** * * * ** *
87196 TAACTTAAAATCAATTATTCGATTATAAAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGTTTTTTTAGGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * * *
87261 GAGTGACAATAAATTGATATTTTC-ACAAACGGATGGCTCTTGCTTAACGTTTTCC-AAGGCAGA
66 GAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCCTAAGGCAGA
* * *
87324 CATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAACAATT
128 CATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAA-AATT
* * * * * * * *
87367 TATCTTAAAATTAATAATCAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAA-GTCTTTCAAAGGCT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGT-TTTCGAAGGCT
* * * * * * * *
87431 TGAGTAACTACAAATAGACTTTTC-TCACCAGCGGAAGGCTTTTACTTCACGTTTCATAAAGCAA
65 TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTCA--A-TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAG
* ** * ** * * * *
87495 ACAGTCAAATAAAACCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAACATT
127 ACATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * ** * * ** *
87538 AAACCTAAAATCAATTATGCGATTATAAAACCATTTAAAGTTAGAAATAAGATTTTTTAAGACTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * ** **
87603 GACTGACTATAAATCGACTTTTTC-TGCAAATGGATGGGTTTTTTTTTTCATATTT-CTAGAGGC
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* *
87666 AGACATTCAGTTATTATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAAATT
125 AGACATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATT
* * * *
87712 -AACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATCAAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * *
87776 GAGAT-ACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTT-CTAGAAGTAG
66 GAG-TGACTATAAATAGACTTTTC--GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA-AGGCAG
* * *
87839 ACATTCAGTTATAATTTATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAACT
127 ACATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * *
87882 CAACTTAAAATTAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGTAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * * * *
87947 AAGCGACCAGAAATAGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTCTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTAGAC
66 GAGTGACTATAAATAGACTTTTC--GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGAC
* * *
88012 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAATATAAAACAATT
129 ATTCAGTTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATT
* * * * ** * *
88053 CAACATAAAATCAATAATTAGATCATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * *
88118 GAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAACGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGCCAAAC
66 GAGTGACTATAAATAGAC--TTTTCGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGAC
* ** * ** * *
88183 AGTCAAATATAATCTGCTTTAACCAAAAATGTAAAAACATT
129 ATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * ** **
88224 TAACTTAAAATGAGTTATGCGATTATAAAACCATTTAAAGTTAGTAATAA-GTTTTTTAAGGGCT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAA-GGCT
* * ** *
88288 TAAGTGA-TAATAAATCA-ACTTTTTC-ACAAATGGATAGG-TTTTGCTTCACGTTTTATAAAGC
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* * *
88349 AAACATTCAGTTATAATATATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAAAT
125 AGACATTCAGTTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * *
88394 CAACTTAAAATTAATAATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * * *
88459 GAGTGACTACAAATGGACCTTTT-TTGCTAGTGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAAA
66 GAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCGT-C-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGA
* ** * * *
88523 CAGTCAAATATAATTTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATT
128 CATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * ** * * *
88564 CAACTCAAAATCAATTATGCGATTATAAAGCCATTTAAAGTTAGTAATAAGTTTTTTGAGGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * *
88629 GAGTGACTATAAATATACTTTTTAGGTAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTCGAGGTAGA
66 GAGTGACTATAAATAGAC-TTTT-CGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGCAGA
*
88693 CAATT-AGTTATAATATTTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATAT
128 C-ATTCAGTTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAAT-T
* * * * *
88736 -AACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTATCGAAAGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * **
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** * * * *
88865 ATTTGGTTATAATTTATTTTAAACAAAAATGTAAAACAACT
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* ** * ** *
88906 CAACTCAAAATCAATTATGAGACCATAAAACCATTTGAAGTAAGTAACT-AGGCTTTCGAAGGCT
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* * * * * ** * * *
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* * * * *
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** * * *
89077 CAAGGTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTGA-T--TAA------C-AAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * ** * *
89132 GAGTGGCTAGAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATAGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCTTGTGGTAAA
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* * * * *
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128 CATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * *
89238 CAACTTAAAATCAATAATGAGAATATAAACCCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCGAAGG-TA
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCT-
* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * ** * * * *
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66 GAGTGACTATAAATAGA--CTTTTCGT-CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA-AGGCAG
* ** * * * *
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127 ACATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * ***
89579 CAACCTAAAATTATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCCATCGAAGGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
** * * * * * * * *
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66 GAGTGACTATAAATAGACTTTTC--GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGCAGA
* * * * **
89708 CATTC-GATTGTAATTTATTTTAAACAAAAATTTAAAAAACCT
128 CATTCAG-TTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * *
89750 CAACTCAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACTATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAATGCTT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * **
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* * * * * *
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128 CATTCAGTTATAATATATTTT-AATCAAAAATGTAAAAAAATT
* ** * * * *
89919 CTAGGTAAAATCAATTATGAGACTAT-AAACTCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT
1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCT
* * * * ** * *
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* * *
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128 CATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
********** * * * * * *
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1 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTT
* * * * * * * *
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** *** *
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* * * *
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90302 TAATAATATG
Statistics
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TCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
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* * * * *
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* *
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* * *
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* ** ** * ** *
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAACAGATTATAACTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACTTTAGCCCTAAAAACGCATAT
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* *
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** * *
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** *
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* * *
91229 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAAT-AGTTTTATAGTCTCAGAATTGATTTTGA-GTTGAGTT
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* * * *
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*
91356 GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAA
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91396 GCCTTCGATN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTAACACTTTTATTTAAAATAAATTATAACCGAATATCTACCTCTGGAAACGTGAAGCAAAAGCC
ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAACAT
Found at i:92398 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 91956--92866 Score: 810
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91946 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * * *
91956 ATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATATTTACC-TCAGG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTTGA-G
* **
92020 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC-AGACAACA-TCTGTTTATAGTCACTCAAGCCCTCAA
65 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGA-AA-AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCAA
*** * * * *
92083 AAAATTTATTACTAGCTTTAAACT-G-TTTATAATCACATAACTG
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAGTCTCATAATTG
* * * * * *
92126 ATTTTGAGTTGAATTTTTTTATC-TTTTTCATTAAAACAGATTATATA-TGATTGTATGCCTTG-
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGATTAAAATAAATTATA-ACTGAATGTCTGCCTTGA
* * * *
92188 GAAAACGTGAAGTAAAAGCCAT-TCGTTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCCTCA
64 G-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCT-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCA
* * * *
92252 AAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATTATTG
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTG
* * * *
92297 ATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTTGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTTGAGA
* * * * ** *
92362 AACGTGAAGCAAAAGCGATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTCGTCACTCAAGCATTCGAAAG
66 AACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCAAAAG
* *
92427 CCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTG
131 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTG
* * * * * * * * *
92468 ATTTTGACTT-AAGTTGTTTTACATTTTTGTTTAAGATAAATTACAACTTACTGTCTGCCTTGGG
1 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTTGAG
* * * * * * * *
92532 AAAAGTTAAACAAAAGTCACCTATTTG-TAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTCAAA
65 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCTA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCAAA
*
92596 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAG-CCCTATAATTG
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTC-ATAATTG
* * * * * * * *
92639 ATCTTAACTTGAGTTTTTTTACA-TTTT--TT-AAATAAATTATAACTTACTATCTACCTTGGGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTTGAGA
* * * * *
92700 AACGTGAAGTAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCAATTTTTAGTCACTCAAGCCATCGAAAG
66 AACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCAAAAG
* * * *
92765 CCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTA
131 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTG
* * * * **
92806 ATTTTGAGTTGAGTTTTTTTCACATTTTTGTTTAAAATAAATGATAACCAAATGTCTGCCT
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGATTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCT
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Statistics
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.39
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AACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTG
Found at i:92780 original size:338 final size:342
Alignment explanation
Indices: 92221--92847 Score: 888
Period size: 338 Copynumber: 1.8 Consensus size: 342
92211 CGTTGACAAA
* * * *
92221 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCCTCAAAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAC
* * * * * * *
92286 TCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGT
66 CCTCATAATTGATCTTAACTTGAATTTGTTTACATTTTT-GTTAAAATAAATTATAACTGAATAT
* * * * *
92351 CTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCGATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTCGTCACTCAA
130 CTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCAATTTCTAGTCACTCAA
* *
92416 GCATTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTGACTTAAG
195 GCATTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTGACTTAAG
*
92481 TTGTTTT-ACATTTTTGTTTAAGATAAATTACAACTTACTGTCTGCCTTGGGAAAAGTTAAACAA
260 TTGTTTTCACATTTTTGTTTAAAATAAATTACAACTTACTGTCTGCCTTGGGAAAAGTTAAACAA
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325 AAGTCACCTATTTGTAAG
* *
92563 AAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAG
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA-
* * * *
92628 CCCT-ATAATTGATCTTAACTTGAGTTTTTTTACA-TTTT-TT-AAATAAATTATAACTTACTAT
65 CCCTCATAATTGATCTTAACTTGAATTTGTTTACATTTTTGTTAAAATAAATTATAACTGAATAT
* * *
92689 CTACCTTGGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCAATTTTTAGTCACTCAA
130 CTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCAATTTCTAGTCACTCAA
* * * *
92754 GCCA-TCGAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTGAGTTGA
195 G-CATTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTGACTTAA
*
92818 GTTTTTTTCACATTTTTGTTTAAAATAAAT
259 GTTGTTTTCACATTTTTGTTTAAAATAAAT
92848 GATAACCAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAC
CCTCATAATTGATCTTAACTTGAATTTGTTTACATTTTTGTTAAAATAAATTATAACTGAATATC
TACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCAATTTCTAGTCACTCAAG
CATTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTGACTTAAGT
TGTTTTCACATTTTTGTTTAAAATAAATTACAACTTACTGTCTGCCTTGGGAAAAGTTAAACAAA
AGTCACCTATTTGTAAG
Found at i:93511 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
93324 NNNNNNNNNC
* * *
93334 TTGAGTTTTTTTATATTTTTATTTTAAAA-AAATTATAACTGACTGTCTCCCTCAGGAAACGTGA
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* * * *
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* *** *
93460 GTTACTCACTTCAAATGGGTTTATAGTTTCATAATTGATTTTGAG
128 -TTACTCACTTAAAATGGGTTTATAACATCATAATTGATTTTAAG
* ** *
93505 TTGAGTTGTTTTATATTTTTATTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTATATGAAGAAACGTGAA
1 TTGAGTTTTTTTATATTTTTATTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAA
** * * * * *
93570 GCAAAATTCATCTATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCTAAGCCTTCGATAACTTTATTA
66 GCAAAAGCCATCTACTAAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGATAACTCTATTA
* * *
93635 CTCGCTTAAAATGGTTTTATAACATCCTAATTGATTTTAAG
131 CTCACTTAAAATGGGTTTATAACATCATAATTGATTTTAAG
* * * *
93676 TT-A-TATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGATTGTCTACCTCAAGAAACATGA
1 TTGAGT-TTTTTTATATTTTTATTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGA
93739 AGCAAAAGCCATC
65 AGCAAAAGCCATC
93752 CATTTACTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTGAGTTTTTTTATATTTTTATTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAA
GCAAAAGCCATCTACTAAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGATAACTCTATTA
CTCACTTAAAATGGGTTTATAACATCATAATTGATTTTAAG
Found at i:93734 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 93334--94063 Score: 482
Period size: 170 Copynumber: 4.3 Consensus size: 171
93324 NNNNNNNNNC
* * *
93334 TTGAGTTTTTTTATATTTTTATTTTAAAA-AAATTATAACTGACTGTCTCCCTCAGGAAACGTGA
1 TTGAGTTTTTTTATATTTTTA-TTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGA
* * * *
93398 AGCAAAAGCCATCTACTAAAAAGAAAATTTCATTTCTAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTAGTT
65 AGCAAAAGCCATCTACTAAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTAGTT
* *** *
93463 ACTCACTTCAAATGGGTTTATAGTTTCATAATTGATTTTGAG
130 ACTCACTTAAAATGGGTTTATAACATCATAATTGATTTTAAG
* ** *
93505 TTGAGTTGTTTTATATTTTTATTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTATATGAAGAAACGTGAA
1 TTGAGTTTTTTTATATTTTTATTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAA
** * * * * *
93570 GCAAAATTCATCTATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCTC-CTAAGCCTTCGATAA-CTTTA-
66 GCAAAAGCCATCTACTAAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGA-AAGC-CTAG
* * *
93632 TTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAACATCCTAATTGATTTTAAG
128 TTACTCACTTAAAATGGGTTTATAACATCATAATTGATTTTAAG
* * * *
93676 TT-A-TATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGATTGTCTACCTCAAGAAACATGA
1 TTGAGT-TTTTTTATATTTTTATTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGA
* * *** * * * * * *
93739 AGCAAAAGCCATCCATTTACTTAG-AAAGTCTATTTATAGTCA-TCCAAGCCCTCAAAAAACTTA
65 AGCAAAAGCCATCTA-CTAAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTC-GAAAGCCTA
* *********** * *
93802 -TTACTAACTTTNNNNNNNNNNATAATC-GCATAATTGATTTTTAG
127 GTTACTCACTTAAAATGGGTTTATAA-CATCATAATTGATTTTAAG
* ** * * ***
93846 TTGAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAA-AAATTATATTTGACTGTTTACCTTGGGAAACGTGA
1 TTGAGTTTTTTTATATTTTT-ATTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGA
* ** ** * * * *
93909 AGCAAAAGCCATCCACTGGCAAA-AAAGGTCCATTTGTAATCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTA-
65 AGCAAAAGCCATCTACT-AAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC-TAG
* * * * * *
93972 TTACTCACTTTAGATGGTTTTATAATC-TAATTATTGATTTTAAA
128 TTACTCACTTAAAATGGGTTTATAA-CATCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
94016 TTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATACCTGAATGTCT
1 TTGAGTTTTTTTATATTTTTATTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCT
94064 GGCTTAGAAA
Statistics
Matches: 432, Mismatches: 107, Indels: 40
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (171 bp):
TTGAGTTTTTTTATATTTTTATTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAA
GCAAAAGCCATCTACTAAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTAGTTA
CTCACTTAAAATGGGTTTATAACATCATAATTGATTTTAAG
Found at i:93860 original size:341 final size:329
Alignment explanation
Indices: 93489--94153 Score: 661
Period size: 340 Copynumber: 2.0 Consensus size: 329
93479 TTTATAGTTT
*
93489 CATAATTGATTTTGAGTTGAGTTGTTTTATATTTTT-ATTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCT
1 CATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCA-TTAAAA-AAATTATAACTGAATGTCT
** * * * *
93553 A-TATGAAGAAACGTGAAGCAAAATTCATCTATTGACAAGAAAA-ATCCATTTATAGTCTC-CTA
64 ACT-TG-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGACAA-AAAAGATCCATTTATAATCACTC-A
* * * ** *
93615 AGCCTTCGATAA-CTTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAA-CATCCTAATTGATTTT-AAGT
125 AACCTTCGA-AAGCCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTATAATC-TAATAATTGATTTTAAATT
* *
93677 T-ATATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGATTGTCTACCTCAAG-AAACATGAA
188 TAAT-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAACTGAATGTCTACCT-AAGAAAACATGAA
* * * *
93740 GCAAAAGCCATCCATTTACTTAG-AAAGTCT-ATTTATAGTCA-TCCAAGCCCTCAAAAAACTTA
251 ACAAAACCCATCCATTT--GTAGAAAAGT-TGATTTATAGTCACT-CAAGCCCTAAAAAAACTTA
93802 TTACTAACTTTNNNNNNNNNNATAATCG
312 TTACTAACTTT----------ATAATCG
* * ** * *
93830 CATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAAAAATTATATTTGACTGTTTAC
1 CATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCATTAAAAAAATTATAACTGAATGTCTA-
* * * *
93895 CTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCAAAAAAGGTCCATTTGTAATCACTCAAACCT
65 CTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGACAAAAAAGATCCATTTATAATCACTCAAACCT
* * * *
93960 TTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAGATGGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAAATTTAATTTT
130 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAATTTAATTTT
* ** * *
94025 TTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATACCTGAATGTCTGGCTTAGAAAACGTGAAACAAAACCC
195 TTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAACTGAATGTCTACCTAAGAAAACATGAAACAAAACCC
* *
94090 ATCCATTTGTGGAAAAGTTGATTTATTGTCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAACTTTA
260 ATCCATTTGTAGAAAAGTTGATTTATAGTCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAACTTTA
94154 AATAATTTTA
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 40, Indels: 37
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (329 bp):
CATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCATTAAAAAAATTATAACTGAATGTCTAC
TTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGACAAAAAAGATCCATTTATAATCACTCAAACCTT
CGAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAATTTAATTTTT
TTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAACTGAATGTCTACCTAAGAAAACATGAAACAAAACCCA
TCCATTTGTAGAAAAGTTGATTTATAGTCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAACTTTATA
ATCG
Found at i:94310 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 93560--94310 Score: 802
Period size: 340 Copynumber: 2.2 Consensus size: 340
93550 TCTATATGAA
* ** * * * * *
93560 GAAACGTGAAGCAAAATTCATCTATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCTC-CTAAGCCTTCGA
1 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGA
* * **
93624 TAA-CTTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAACATCCTAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTA
65 -AAGCCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTATAACATAATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTA
* * * *
93688 TATTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGATTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC
129 TATTTTTAGTTAAAACATATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAACAAAACCCATCC
* * *****
93753 ATTTACTTAGAAAGTCTATTTATAGTCATCCAAGCCCTCAAAAAACTTATTACTAACTTTNNNNN
194 ATTTACTGAGAAAGTCTATTTATAGTCATCCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAACTTTAAATA
***** * * * *
93818 NNNNNATAATCGCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAAAAATTATAT
259 ATTTTATAATCGCATAACTGATCTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAATTATAT
93883 TTGACTGTTTACCTTGG
324 TTGACTGTTTACCTTGG
* * * * *
93900 GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCAA-AAAAGGTCCATTTGTAATCACTCAAACCTTTGA
1 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* * * *
93964 AAGCCTTATTACTCACTTTAGATGGTTTTATAATC-TAATTATTGATTTTAAATT-TAATTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTATAA-CATAATAATTGATTTTAAGTTAT-A-TTTTT
* ** * *
94027 TATATTTTTAGTTAAAACATATTATACCTGAATGTCTGGCT-TAGAAAACGTGAAACAAAACCCA
127 TATATTTTTAGTTAAAACATATTATAACTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAACAAAACCCA
* *
94091 TCCATTT-GTG-GAAAAGT-TGATTTATTGTCA-CTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAACTT
191 TCCATTTACTGAG-AAAGTCT-ATTTATAGTCATC-CAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAACTT
* ** *
94152 TAAATAATTTTATAATCGCATAACTGATCTTAAGTTGAATTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAG
253 TAAATAATTTTATAATCGCATAACTGATCTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA-AA
**
94217 ATTATATTTGACTGTTTGGCTTGG
317 ATTATATTTGACTGTTTACCTTGG
* * ** *
94241 GAAACATGAAGCAAAAGGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
1 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
94306 AGCCT
66 AGCCT
94311 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 62, Indels: 23
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 10 0.03
340 179 0.53
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342 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
AGCCTTATTACTCACTTAAAATGGTTTTATAACATAATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTATA
TTTTTAGTTAAAACATATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAACAAAACCCATCCAT
TTACTGAGAAAGTCTATTTATAGTCATCCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAACTTTAAATAAT
TTTATAATCGCATAACTGATCTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAATTATATTT
GACTGTTTACCTTGG
Found at i:95226 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 94676--96355 Score: 901
Period size: 171 Copynumber: 9.8 Consensus size: 169
94666 NNNNNNNNNN
* ** * * *
94676 TTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTCAAATTTTTTTACTTTTTTGATTAAAATATATAATAAC
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAAC
** * * * *
94741 TGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAA-CTCATCTATTTGTAGAAAAAGTCGATATATAG
66 TGAATGTCTACCT-TGGAAACGTGAAGCAAAAGC-CATCCATTTGCA-AAAAAGTCTATTTATAG
* * * * * *
94805 TCAGTCAAGTCCTAAAAAACCTTATTTCTAGCTCTAAATAGT
128 TCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * * * *
94847 TTTGTAATCGCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTCTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAA
* * * * * * ** * * *
94912 TTGACTGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGTAAAAGTCTTTCGC-TAGTG-AGAAAAGTCCATTTGA
65 CTGAATGTCTACCTT-GGAAACGTGAAGCAAAAG-CCATC-CAT-TTGCAAAAAAGTCTATTT-A
* ** ** * *
94975 -AGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGT
125 TAGTCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * ********* * *
95019 TTTATAATCTGATTATTGATNNNNNNNNNNATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAA
* * * * * *
95084 TTGAATATCTACCTTGGAAAACGTGAAGCAAGAGCCATCCATTTGCTAAAATA-TCGATTTATTG
65 CTGAATGTCTACCTTGG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGC-AAAAAAGTCTATTTATAG
* *
95148 TCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTGGATTTAAATAGT
128 TCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTCGCTTTAAATAGT
** ** * * ***
95190 TTTATAATCGAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATCTT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAAC
* * * * * * * * *
95254 TGACTGTTTTCCTCTAGAAACATGAAGCAAAAGCCAGCCGTTGGAAAAAAAAAGTCTATTTATAG
66 TGAATGTCTACCT-TGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG--CAAAAAAGTCTATTTATAG
* * *** *
95319 TCACTCAA-ACATTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT-GT
128 TCACTCAAGCCCTAAAAAAAC-TTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * * *
95360 TTTATGATCTAATTATTGATTGTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCG-TTAAAATAGAATATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATTAAAATAGATTATAA
* * * * * * ** * * *
95424 CTAAATGTTTGCCCTGGGAAATGTGAGGCAAAAGTTATCTATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTCTA
65 CTGAATGTCT-ACCTTGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAA-AAAAGTCT-ATTTATA
* * ** * * *
95488 GTCGCTCAAG-TCTACAAAAGCCTAATTACTTGC-TTAAACTAGC
127 GTCACTCAAGCCCTA-AAAAAACTTATTACTCGCTTTAAA-TAGT
* * * * * * *
95531 TTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGTTTAAAAAAAATTATAAC
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAAC
* * * *
95596 TGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAACCAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAT
66 TGAATGTCTACCT-TGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAA-AAAAGTCTATTTATAG
* ** **** ** * *
95660 TCTCTCAAGCGTTCGGTAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGT
128 TCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * * *
95702 TTTATAAACTCATAATTGATTTTTAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGTTTAAAATATATTATAAC
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAAC
* ** * * * * *
95767 TGAAGGTCTGTCTTAGGAAACGTGCAA-TAAAAGCCATCCGTTTGTAGGAAAAGTCAATTTATAG
66 TGAATGTCTACCTT-GGAAACGTG-AAGCAAAAGCCATCCATTTGCA-AAAAAGTCTATTTATAG
* * * *
95831 CCATTCAAGCCCTCAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAACTAGT
128 TCACTCAAGCCCT-AAAAAAACTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * * **
95874 TTTAAAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATATT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAAC
* * * * * * * *
95939 TGACTATTTACCATGGGAAACGTGAAACAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTGT-TAG
66 TGAATGTCTACC-TTGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAA-AAAAGTCTATT-TATAG
* * * ** ** * **********
96003 TTACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCNNNNNNNNNN
128 TCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * *
96045 TTTATATTATCATTATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATG-TTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATA-GATTATAA
* * * * * ** * *
96109 TTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTGAAGTACAAGTAATCCATTAGCAAAAAAAGTCTATTTCTAG
65 CTGAATGTCTACCTTG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGC-AAAAAAGTCTATTTATAG
* * * ** * *
96174 TCGCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATATT
128 TCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * * * *
96216 TTTATAGTCTCATAATTAATTTTAACTTGAGTTTTTTTATATTTTTGTTTAAAATAAATTATAAC
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAAC
** * * * * * * *
96281 CAAATGTCTACCTTACGAGATGTAAACCAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAT
66 TGAATGTCTACCTT-GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-CAA-AAAAGTCTATTTATAG
*
96345 TCTCTCAAGCC
128 TCACTCAAGCC
96356 TTCGATAGCC
Statistics
Matches: 1111, Mismatches: 348, Indels: 100
0.71 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 65 0.06
170 92 0.08
171 639 0.58
172 301 0.27
173 11 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAAC
TGAATGTCTACCTTGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAAAAAGTCTATTTATAGTCA
CTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTCGCTTTAAATAGT
Found at i:96026 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 94676--96278 Score: 1227
Period size: 343 Copynumber: 4.7 Consensus size: 342
94666 NNNNNNNNNN
* * * *
94676 TTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTCAAATTTTTTTACTTTTTTGATTAAAATATATAATAAC
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAAC
* * * * *
94741 TGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAA-CTCATCTATTTGTAGAAAAAGTCGATATATAG
66 TGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGC-CATCCATTTGTAGGAAAAGTCGATTTATAG
* * * * * *
94805 TCAGTCAAGTCCTAAAAAACCTTATTTCTAGCTCTAAATAGTTTTGTAATCGCATAATTGATTTT
130 TCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGATTTT
* * * * * *
94870 AGGTTCAATTTCTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTGCCTTGGGAAACA
195 AAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTACCTCGAGAAACA
* *
94935 TGAAGTAAAAG---TCT-TTCGCTAGTGAGAAAAGTCCATTTGA-AGTCACTCAAGCCTTCGAAA
259 TGAAGCAAAAGCCATCTATTGGC-A---AGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
*
94995 GCCCTATTACTCGCTTTAAATGGT
319 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * ********* *
95019 TTTATAATCTGATTATTGATNNNNNNNNNNATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAA
* * *
95084 TTGAATATCTACCTT-GGAAAACGTGAAGCAAGAGCCATCCATTTGCTA--AAATA-TCGATTTA
65 CTGAATGTCTACCTTAGG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-TAGGAAA-AGTCGATTTA
* * * *
95145 TTGTCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTGGATTTAAATAGTTTTATAATCGAATAATTGAT
127 TAGTCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGAT
** ** * * *
95210 TTTAAGTTGAA-TTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATCTTTGACTGTTTTCCTCTAGAAA
192 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTACCTCGAGAAA
* ** * * * * * *
95274 CATGAAGCAAAAGCCAGCCGTTGGAAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACATTTGAAAGC
257 CATGAAGCAAAAGCCATCTATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
*
95339 ATTATTACTCGCTTTAAAT-GT
321 CTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * * *
95360 TTTATGATCTAATTATTGATTGTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCG-TTAAAATAGAATATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GATTAAAATATATTATAA
* * * * * * * ** * * * * *
95424 CTAAATGTTTGCCCTGGGAAATGTGAGGCAAAAGTTATCTATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTCTA
65 CTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAGGAAAAG-TCGATTTATA
* * ** * * * * * *
95488 GTCGCTCAAG-TCTACAAAAGCCTAATTACTTGC-TTAAACTAGCTTTATAGTCTCATAATTAAT
129 GTCACTCAAGCCCTA-AAAAAACTTATTACTAGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCGCATAATTGAT
* * * * ** * * *
95551 TTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGT-TTAAAAAAAATTATAACTGAATGTCTACCTCTAGAA
192 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TATTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTACCTCGAGAA
* * * * * * * **
95615 ACGTGAACCAAAAGCCAT-TCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATATTCTCTCAAGCGTTCGGTAG
256 ACATGAAGCAAAAGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
*
95679 CCTTATTATTCGCTTTAAATGGT
320 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * *
95702 TTTATAAACTCATAATTGATTTTTAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGTTTAAAATATATTATAAC
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAAC
* ** * * *
95767 TGAAGGTCTGTCTTAGGAAACGTGCAA-TAAAAGCCATCCGTTTGTAGGAAAAGTCAATTTATAG
66 TGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG-AAGCAAAAGCCATCCATTTGTAGGAAAAGTCGATTTATAG
* * * *
95831 CCATTCAAGCCCTCAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAACTAGTTTTAAAATCGCATAATTGATTT
130 TCACTCAAGCCCT-AAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGATTT
* * *
95896 TAAGTTGAATTTATTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATATTTGACTATTTACCAT-GGGAAAC
194 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTACC-TCGAGAAAC
* * * *
95960 GTGAAACAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTGT-TAGTTACTTAAGCCTTCGAAAGCC
258 ATGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
* **********
96024 TTATTATTCGCNNNNNNNNNN
322 TTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * *
96045 TTTATATTATCATTATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAAC
* * * * ** * * ** * *
96110 TGAATGTCTATC-TCGAGAAACGTGAAGTACAAGTAATCCATTAGCAAAAAAAGTCTATTTCTAG
66 TGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAGGAAAAGTCGATTTATAG
* * * ** * * * * * *
96174 TCGCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATATTTTTATAGTCTCATAATTAATTTT
130 TCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGATTTT
* * * * *
96239 AACTTGAGTTTTTTTATATTTTTGT-TTAAAATAAATTATA
195 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TATTAAAACAGATTATA
96279 ACCAAATGTC
Statistics
Matches: 980, Mismatches: 244, Indels: 73
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 67 0.07
341 188 0.19
342 292 0.30
343 348 0.36
344 77 0.08
345 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAAC
TGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAGGAAAAGTCGATTTATAGT
CACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTA
AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTACCTCGAGAAACATG
AAGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATGGT
Found at i:96222 original size:685 final size:681
Alignment explanation
Indices: 95053--96372 Score: 1599
Period size: 685 Copynumber: 1.9 Consensus size: 681
95043 NNNNNNATTT
* * *
95053 TTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTTGGAAAACGTGAAGCAAGAG
1 TTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAAGATCTACCTTGGAAAACGTGAAGCAAAAG
* * * *
95118 CCATCCATTTGCTAAAATATCGATTTATTGTCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTGGATTT
66 CCATCCATTTGCTAAAATATCAATTTATAGCCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGATTT
* ** *
95183 AAATAGTTTTATAATCGAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGAT
131 AAATAGTTTTAAAATCGAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGAT
* * * * * * *
95248 TATCTTTGACTGTTTTCCTCTAGAAACATGAAGCAAAAGCCAGCCGTTGGAAAAAAAAAGTCTAT
196 TATATTTGACTATTTACCTCGAGAAACATGAAACAAAAGCCAGCCATTGGAAAAAAAAAGTCCAT
*
95313 TTATAGTCACTCAAACATTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATGATCTAATTATTG
261 TTATAGTCACTCAAACATTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATGATC-AATTATTG
* *
95378 ATTGTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCGTTAAAATAGAATATAACTAAATGTTTGCCCTGGGA
325 ATTGTAACTTGAATATTTTTACATTTTTCGTTAAAATAGAATATAACTAAATGTTTGCCCTGAGA
* * * * * * *
95443 AATGTGAGGCAAAAGTTATCTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTCTAGTCGCTCAAGTCTACAAAAG
390 AACGTGAAGCAAAAGTAATCCATTAGCAAAAAAAGTTCATTTCTAGTCGCTCAAGCCTACAAAAG
* *
95508 CCTAATTACTTGCTTAAACTAGCTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATAT
455 CCTAATTACTCGCTTAAACTAGCTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAACTTGAGTTTTTTTATAT
** *
95573 TTTTGTTTAAAAAAAATTATAACTGAATGTCTACCTCTA-GAAACGTGAACCAAAAGCCATTCAT
520 TTTTGTTTAAAAAAAATTATAACCAAATGTCTACCT-TACGAAACGTAAACCAAAAGCCATTCAT
* *
95637 TGACAAGAAAAGTCTATTTATATTCTCTCAAGCGTTCGGTAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGT
584 TGACAAGAAAAGTCTATTTATATTCTCTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGT
95702 TTTATAAACTCATAATTGATTTTTAGTTAAATG
649 TTTATAAACTCATAATTGATTTTTAGTTAAATG
* * ** *
95735 TTTTTACATTTTTGTTTAAAATATATTATAACTGAAGGTCTGTCTTAGG-AAACGTGCAA-TAAA
1 TTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAAGATCTACCTT-GGAAAACGTG-AAGCAAA
* *
95798 AGCCATCCGTTTG-TAGGAAA-AGTCAATTTATAGCCATTCAAGCCCTCAAAAAAACTTATTACT
64 AGCCATCCATTTGCTA--AAATA-TCAATTTATAGCCACTCAAGCCCT-AAAAAAACTTATTACT
* * * *
95861 AGCTTTAACTAGTTTTAAAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTTATTAA
125 AGATTTAAATAGTTTTAAAATCGAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGATTAA
* * * * * *
95926 AACAGATTATATTTGACTATTTACCAT-GGGAAACGTGAAACAAAAGCCATCTATTGG-CAAGAA
189 AACAGATTATATTTGACTATTTACC-TCGAGAAACATGAAACAAAAGCCAGCCATTGGAAAAAAA
* * * * * * ******** *
95989 AAGTCCATTGT-TAGTTACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCNNNNNNNNNNTTTATATT
253 AAGTCCATT-TATAGTCACTCAAACATTCGAAAGCATTATTACTCGC--TTTAAATGTTT-TATG
* * * * *
96053 ATC-ATTATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATTAAAATATG-TTATAATTGAAT
314 ATCAATTATTGATTGTAACTTGAATATTTTTACATTTTTCG-TTAAAATA-GAATATAACTAAAT
* * *
96115 GTCTAT-CTC-GAGAAACGTGAAGTACAAGTAATCCATTAGCAAAAAAAG-TCTATTTCTAGTCG
377 GT-T-TGCCCTGAGAAACGTGAAGCAAAAGTAATCCATTAGCAAAAAAAGTTC-ATTTCTAGTCG
* * * **
96177 CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAA-TATTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAA
439 CTCAAGCCTACAAAAGCCTAATTACTCGC-TTAAACTAGCTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAA
* * *
96241 CTTGAGTTTTTTTATATTTTTGTTTAAAATAAATTATAACCAAATGTCTACCTTACGAGATGTAA
503 CTTGAGTTTTTTTATATTTTTGTTTAAAAAAAATTATAACCAAATGTCTACCTTACGAAACGTAA
*
96306 ACCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATATTCTCTCAAGCCTTCGATAGCCTTGTT
568 ACCAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATATTCTCTCAAGCCTTCGATAGCCTTATT
96371 AT
633 AT
96373 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 535, Mismatches: 84, Indels: 35
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
681 2 0.00
682 62 0.12
683 27 0.05
684 103 0.19
685 321 0.60
686 13 0.02
687 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (681 bp):
TTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAAGATCTACCTTGGAAAACGTGAAGCAAAAG
CCATCCATTTGCTAAAATATCAATTTATAGCCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGATTT
AAATAGTTTTAAAATCGAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGAT
TATATTTGACTATTTACCTCGAGAAACATGAAACAAAAGCCAGCCATTGGAAAAAAAAAGTCCAT
TTATAGTCACTCAAACATTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATGATCAATTATTGA
TTGTAACTTGAATATTTTTACATTTTTCGTTAAAATAGAATATAACTAAATGTTTGCCCTGAGAA
ACGTGAAGCAAAAGTAATCCATTAGCAAAAAAAGTTCATTTCTAGTCGCTCAAGCCTACAAAAGC
CTAATTACTCGCTTAAACTAGCTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAACTTGAGTTTTTTTATATT
TTTGTTTAAAAAAAATTATAACCAAATGTCTACCTTACGAAACGTAAACCAAAAGCCATTCATTG
ACAAGAAAAGTCTATTTATATTCTCTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTT
TATAAACTCATAATTGATTTTTAGTTAAATG
Found at i:98404 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 98207--99133 Score: 446
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 171
98197 CAATTTACGA
* * * *
98207 GAAAAGTCGATTTATAGTCACTTAAGCCCTAAAAAAAGTTACTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTCTAGTCGCTTAAGCCCTAAAAAAACTTACTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
* ** * *
98272 AT-TGTATAATTGGCTGTAAGTTAAATTTTGTTACAT-TTTTTGTTAAAATATATTATAACTAAA
66 ATCT-CATAATTAACTGTAAGTTAAATTTTGTTACATATTTGT-TTAAAATAAATTATAACTAAA
**
98335 TGTCT-ACCTGAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTTATTGGCAT
129 TGTCTGA-CTGAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAT
* * ** ** * *
98378 GAAAAATCCATTTCTAGTCGCTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTCTAGTCGCTTAAGCCCTAAAAAAACTTACTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * ** * * * *
98443 GTCTCATAATTAATTTTGCGTTGAGTTTTTTTACATATTTGTTTAAAATAAATTATAACTGAATG
66 ATCTCATAATTAACTGTAAGTTAAATTTTGTTACATATTTGTTTAAAATAAATTATAACTAAATG
* * * **
98508 TCTGACTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGTTT
131 TCTGACTGAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAT
* * * ** ** * * * *
98549 GAAAAGTCCATTTCTAGTTGCTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATT
1 GAAAAGTCCATTTCTAGTCGCTTAAGCCCTAAAAAAACTTACTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * ** * * * * *
98614 GTCTCATAATTGATTTTTCGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGTTTAAAATAAATTATAACTGAAA-
66 ATCTCATAATTAACTGTAAGTTAAATTTTGTTACATATTTGTTTAAAATAAATTATAACT-AAAT
* * * ** *
98678 GTCTGTCTCG-AGAACCGTGAAGCAAAAGCCATCTGTTGGAAT
130 GTCTGACT-GAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAT
* * * * * * ** * * *
98720 GAAAAATCCATTTCGAGTTG-TTCAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATGGTTTTAC
1 GAAAAGTCCATTTCTAGTCGCTT-AAGCCCTAAAAAAACTTACTACTAGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * * * * ** * *
98784 GATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAAATTGTATTTGAC
65 AATCTCATAATTAACTGTAAGTTAAATTTTGTTACATATTT-GTTTAAAATAAATTATAACTAAA
* * **** * * * ** *
98848 TGTTTGCCTTCGGAAACATGAGGCAAAAGCCATCCGTTCACAA
129 TGTCTGACTGAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAT
* * * * * * ** * *
98891 G-AAAGCTCTATTTAT-GATCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 GAAAAG-TCCATTTCTAG-TCGCTTAAGCCCTAAAAAAACTTACTACTAGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * * * *
98954 CAATCTAATTATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TT--ATATTTTTTTAAAAATATATTATAACTGA
64 TAATCTCATAATTAACTGTAAGTTAAATTTTGTTACATATTTGTTT-AAAATAAATTATAACTAA
* ** * * *
99016 ATGTCTGCCTCG-TTAAACATAAAGC-AAAGCCATCCATTGTGGA-
128 ATGTCTGACT-GAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG-GCAT
* * ** * * *
99059 -AAAAGTCAATTTATAGTTACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTCTAGTCGCTTAAGCCCTAAAAAAACTTACTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
*
99123 ATCGCATAATT
66 ATCTCATAATT
99134 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 131, Indels: 40
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 56 0.09
168 24 0.04
169 31 0.05
170 8 0.01
171 478 0.79
172 10 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
GAAAAGTCCATTTCTAGTCGCTTAAGCCCTAAAAAAACTTACTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTAACTGTAAGTTAAATTTTGTTACATATTTGTTTAAAATAAATTATAACTAAATG
TCTGACTGAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAT
Found at i:98699 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 98058--99027 Score: 836
Period size: 342 Copynumber: 2.8 Consensus size: 342
98048 NNNNNNNNNN
* * * * *
98058 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA-ATCTAATTATTTATTTTAAGT
1 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTA-AGATCTCATAATTAATTTTAAGT
* * * * * * * ** * ** *
98122 TGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATTTCT-ATCCCAGGAAATGTAAA
65 TAAATTTTTTTACATATTTAGTTAAAACAAATTATAACTGAATGTCTGA-CTTAAGAAACATGAA
* * * * * * * * *** *
98186 GTAAAAGCCATCAATTTACGAGAAAAG-TCGATTTAT-AGTCACTTAAGCCCTAAAAAAAGTTAC
129 GCAAAAGCCATCCATTCACAAG-AAAGCTCCATTTATGA-TCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * ** * * *
98249 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAT-TGTATAATTGGCTGTAAGTTAAATTTTGTTACATTTTT-
192 TACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTG
* *
98312 TGTTAAAATATATTATAACT-AAATGTCTACCT-GAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATTTATTGG
255 T-TTAAAATATATTATAACTGAAA-GTCTGCCTCGAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGG
* *
98375 CATGAAAAATCCATTTCTAGTCGCTT
318 AATGAAAAATCCATTTCGAGTCG-TT
** * **
98401 -AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAG-TCTCATAATTAATTTTGCGT
1 CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTA-AGATCTCATAATTAATTTTAAGT
* * * *
98464 TGAGTTTTTTTACATATTT-GTTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGACTTAAGAAACGTGAA
65 TAAATTTTTTTACATATTTAG-TTAAAACAAATTATAACTGAATGTCTGACTTAAGAAACATGAA
***** * ** **
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*** * ** *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* * * ** * * * ** *
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* *
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** ** * *
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* * * ** * *
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** * ** * * *
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* * ** *
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* * * * * * *
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* * *
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* **** ** * * * **********
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* * * * * * * *
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* ** * ** * * ** ** *
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* *
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* **
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* **
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** * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** *
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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********** * * * *
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* *** * * ** *
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* * ** ** *
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* * * * **
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* * ** ** * * * *
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* *
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* * * * * *
104960 CTGAATGTCT-GCCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTTATACGAAAAGCCGATTTATA
64 CTGAATGTCTACCCTCGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-AAGAAAAGTC-ATTTATA
* * * ** ** *
105024 ATTACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGT
126 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * **
105067 TTTATAATCACATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACATATTGTATT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAATATATTATAAC
* ** * *
105132 TGATTGT-TTGCCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCAATTGGCAAA-AAAAGTCCATTTCTA
65 TGAATGTCTACCCTCGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-G-AAAGAAAAGT-CATTTATA
* * * *
105195 GTTACTTAATCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGT
126 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * *
105238 TTTATATTCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAAC
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAATATATTATAAC
* * * * * * * *
105303 TGAAT-ACTTCCAT-GAGAACCATAAAGCAAAAGCCATCCATTTGTACGAAAAGTCGATTTATAG
65 TGAATGTCTACCCTCGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGAAAGAAAAGTC-ATTTATAG
* * ** ** * *
105366 TCACTTAA-ACTCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATAGT
127 TCACTCAAGCCT-TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * *
105408 TTTATAATCGCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTATTACATTTTTCATTAAAACAGATTGTAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTT-TTTAAAATATATTATAA
* * * * * * * * * * * * **
105473 TTGACTATTTGCCTTAGAAAACGTAAAGCAAAACCCATCTACTGACAAGAAAATTCTATTTCCAG
64 CTGAATGTCTACCCTCGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-AAGAAAAGTC-ATTTATAG
* * * *
105538 TCACTCAAGTCTTCGAATGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
127 TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * *
105580 TTTATAGTCTCATAATTG--GTTGAGTTGAGA-TTTTTTGCATTTTTGTTTAAAATAAATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAATATATTATAA
* * * * * *
105642 CCGAATCTCTA-CTTAGGAAACGTGAAGCAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG
64 CTGAATGTCTACCCTCGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-AAGAAAAGTC-ATTTATAG
* * * *
105706 TCTCCCAAGCTTTCGATAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
127 TCACTCAAGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * ** * *
105748 TTTAAAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGACTAAAACATATTCTAAC
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAATATATTATAAC
** * ** * * * *
105813 TGAATGT-TTGCCTCAAGAAACAAGAAGCAAAAGGCATCTATTTACGAA-AAAAGCTAATTTATA
65 TGAATGTCTACCCTCGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA--AAGAAAAG-TCATTTATA
* * ** ** * *
105876 GTCACCCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATAGT
126 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * **
105919 TTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATATT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAATATATTATAAC
* * * * * *
105984 TGACTGTTTGA--CTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTCTA
65 TGAATGTCT-ACCCTC-GAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GAAAGAAAAG-TCATTTATA
* * ** *
106047 GTCACTCAAGCGTTCAAAAGCCTTATTTTTCGCTTTGAATGGT
126 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * *
106090 TTTATATTCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTCTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAAC
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAATATATTATAAC
* * * * * * * * *
106154 TAAATGTCT-GCCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCGTCTATTGGCAATAACAA-TCTATCTCTA
65 TGAATGTCTACCCTCGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GAAAGAA-AAGTC-ATTTATA
*
106217 GTCGCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
126 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
106254 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1422, Mismatches: 362, Indels: 143
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
156 11 0.01
157 2 0.00
158 27 0.02
159 67 0.05
160 9 0.01
162 2 0.00
164 1 0.00
166 7 0.00
167 63 0.04
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172 95 0.07
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAATATATTATAACT
GAATGTCTACCCTCGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAGAAAAGTCATTTATAGTCAC
TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
Found at i:105233 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 104228--106253 Score: 1532
Period size: 342 Copynumber: 6.0 Consensus size: 341
104218 NNNNNNNNNN
* * * *
104228 TTTATAATCTCATAATTAATTTTA-AGTTAAATTTTTTTATATTTTTATTTAAAATAAATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAATATATTATAA
* * **
104292 CTGAAAGTCT-ACCCTGGAAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-AAGAAAAGT-TCAGTTT
64 CTGAATGTCTGACTCAAG-AAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATT-GATAAGAAAAGTCT-A-TTT
* * ** ** * * **
104354 -TAGTCGCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAGCCTCATAATTGA
125 ATAGTCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * ** ***
104418 TTTTAACTTGAGTTTTTTCATATTTTTGT-TTAAAATAAATTATAACT-AACTGTTTGCCTTGGG
190 TTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TCTTAAAACATATTATATTTGAA-TGTTTGCCTCAAG
* * * * * * * * * * * *
104481 AAGCATGATGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCTAGCCTT-TAAT
253 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCAAGCCTTCGAA-
* *
104545 AGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGT
317 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
********** *
104570 TNNNNNNNNNNATAATTGATTTTTAG-TTGAA-CTTTTTATATATTTT-TT-AAATATATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGATTGAATTTTTTTATAT-TTTTGTTAAAATATATTATAA
* * * **
104631 CTAAATG-CTTGACTCAAAAAACGTCAAGC-AAAGCCATGTATTGAT-AGAAAAAGTCTATTTAT
64 CTGAATGTC-TGACTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAG-AAAAGTCTATTTAT
* *
104693 AGTCGCTCAAGCCGTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTAT-A--T--T--TTGA--
127 AGTCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
** * * * * * * *
104749 GTCAA-TT---TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGACTGTTTACTTTAAAAAA
192 GT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAA
* * * * *
104810 CATGAAGTAAAAGCCATAC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAATGC
256 CGTGAAGCAAAAGCCAT-CTATTGGCAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* *
104874 CTTATTACTCACTTTAAATGGT
320 CTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * *
104896 TTTATAATCTAATTATTGATTTTAGATTGAATATTTTTATATATTTTGTTAAAATATATTATAAC
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTATAT-TTTTGTTAAAATATATTATAAC
* * * * * *
104961 TGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTTATACGAAAAGCCGATTTATAAT
65 TGAATGTCTGACTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* *
105026 TACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTGTA
130 CACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTA
* * *
105091 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACATATTGTATTTGATTGTTTGCCTCGAGAAACGTG
195 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTG
* * * *
105156 AAGCAAAAGCCATCAATTGGCAAAAAAAGTCCATTTCTAGTTACTTAATCCTTCGAAAGCCTTAT
260 AAGCAAAAGCCATCTATTGGCAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* *
105221 TATTCGCTTTAAATGGT
325 TACTCGCTTTAAATAGT
* * *
105238 TTTATATTCCCATTATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAATATATTATAA
* * * * * *
105302 CTGAAT-ACT-TC-CATGAGAACCATAAAGCAAAAGCCATCCATTTG-TACGAAAAGTCGATTTA
64 CTGAATGTCTGACTCA--AGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCA-TTGATAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * *
105363 TAGTCACTTAAACTCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGAT
126 TAGTCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
105428 TGTAAGTTGAATTTTTATTACA-TTTTTCATTAAAACAGATTGTATTTGACTATTTGCCT-TAGA
191 TGTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTTC-TTAAAACATATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAG-
* * * * * * * * * *
105491 AAACGTAAAGCAAAACCCATCTACTGACAAGAAAATTCTATTTCCAGTCACTCAAGTCTTCGAAT
253 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
*
105556 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
318 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * ** *
105580 TTTATAGTCTCATAATTG-GTTGAG-TTGAGA-TTTTTTGCATTTTTGTTTAAAATAAATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGA-ATTTTTTTATATTTTTG-TTAAAATATATTATAA
* * * * * * *
105642 CCGAATCTCT-ACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG
64 CTGAATGTCTGACTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * ** ** * * * * * *
105706 TCTCCCAAGCTTTCGATAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTAATTTT
129 TCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGT
* * * ** *
105771 AAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGAC-TAAAACATATTCTAACTGAATGTTTGCCTCAAGAAACA
194 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TCTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACG
* * ** * * * * * ** **
105835 AGAAGCAAAAGGCATCTATTTACGAAAAAAG-CTAATTTATAGTCACCCAAGCCCTAAAAAAACT
258 TGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAAAAAAAGTC-CATTTCTAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT
*
105899 TATTACTAGCTTTAAATAGT
322 TATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * * *
105919 TTTATAATCGCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGAATTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAATATATTATAA
* * * * * ** * *
105983 TTGACTGTTTGACTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTCTAG
64 CTGAATGTCTGACTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAG
** * ** ** * * * * *
106048 TCACTCAAGCGTTCAAAAGCCTTATTTTTCGCTTTGAATGGTTTTATATTCTCATTATTGATTTT
129 TCACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGT
* * * ** * * *
106113 AAGTTGAA-TTTCTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAACTAAATGTCTGCCTCGAGAAACGT
194 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGT
* * * * * *
106177 GAAGCAAAAGTCGTCTATTGGCAATAACAA-TCTATCTCTAGTCGCTCAAGCCTTCGAAAGCCTT
259 GAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAA-AAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTT
106241 ATTACTCGCTTTA
323 ATTACTCGCTTTA
106254 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1350, Mismatches: 272, Indels: 125
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
325 6 0.00
326 121 0.09
327 18 0.01
328 2 0.00
329 39 0.03
330 73 0.05
331 6 0.00
333 1 0.00
335 2 0.00
337 11 0.01
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340 151 0.11
341 272 0.20
342 431 0.32
343 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAATATATTATAACT
GAATGTCTGACTCAAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
ACTCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAA
GTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGA
AGCAAAAGCCATCTATTGGCAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATAGT
Found at i:105815 original size:510 final size:510
Alignment explanation
Indices: 105045--106253 Score: 1253
Period size: 510 Copynumber: 2.4 Consensus size: 510
105035 CCTAAAAAAA
* * * * *
105045 CTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTTACAT
1 CTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGAGT-TAAGTTGAA-TTTCTTACAT
* * * * **** * * * * * *
105109 TTTTTCTTAAAACATATTGTATTTGATTGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCAATT
63 TTTTTATTAAAATAAATTATAACCAAATCTCTACCTAGAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCAATT
* * ** *
105174 GGCAAAAAAAGTCCATTTCTAGTTACTTAATCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTT
128 GACAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * *
105239 TTATATTCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAACT
193 TTAAAATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACATATTATAACT
* * *
105304 GAATACTT-CCAT-GAGAACCATA-AAGCAAAAGCCATCCATTTGTACG-AAAAG-TCGATTTAT
258 GAATACTTGCC-TCAAGAAACA-AGAAGCAAAAGCCATCCA-TT-TACGAAAAAGCT-AATTTAT
** *
105364 AGTCACTTAAACTCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGATT
318 AGTCACCCAAACCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGATT
* * * *
105429 GTAAGTTGAATTTTTATTACATTTTTCATTAAAACAGATTGTATTTGACTATTTGCCTTAGAAAA
383 GTAAGTTAAATTTTT-TTACATTTTTCATTAAAACAGATTATATTTGACTATTTGACTCAGAAAA
* * *
105494 CGTAAAGCAAAACCCATCTACTGACAAGAAAA-TTCTATTTCCAGTCACTCAAGTC-TTCGAATG
447 CGTAAAGCAAAACCCATCCACTGACAAGAAAAGTT-TATTTCCAGTCACTCAAG-CGTTCAAAAG
105557 C
510 C
* * *
105558 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTG-GTTGAGTTGAGATTTTTTGCATTT
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGAGTTAAGTTGA-ATTTCTTACATTT
* * *
105622 TTGT-TTAAAATAAATTATAACCGAATCTCTACTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAACCATCCATTG
65 TT-TATTAAAATAAATTATAACCAAATCTCTACCTAGAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCAATTG
* * *
105685 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCT-CCCAAGCTTTCGATAA-CCTTATTACTT-GCTTTAAATGG
129 ACAAAAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCAAGCCTTCGA-AAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATGG
* * *
105747 TTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTT-GACTAAAACATATTCTA
191 TTTTAAAATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-CTAAAACATATTATA
** * *
105811 ACTGAATGTTTGCCTCAAGAAACAAGAAGCAAAAGGCATCTATTTACGAAAAAAGCTAATTTATA
255 ACTGAATACTTGCCTCAAGAAACAAGAAGCAAAAGCCATCCATTTACG-AAAAAGCTAATTTATA
* *
105876 GTCACCCAAGCCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGATTT
319 GTCACCCAAACCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGATTG
* * * *
105941 TAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTGACTCAGGAAACG
384 TAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATATTTGACTATTTGACTCAGAAAACG
* * * * *
106006 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTCTAGTCACTCAAGCGTTCAAAAGC
449 TAAAGCAAAACCCATCCACTGACAAGAAAAGTTTATTTCCAGTCACTCAAGCGTTCAAAAGC
** * * * * * *
106068 CTTATTTTTCGCTTTGAATGGTTTTATATTCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTACATTT
1 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGA-GTTAAGTTGAATTTCTTACATTT
* * * * * ** * * *
106133 TTTATTAAAATATATTATAACTAAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCGTCTATTGG
65 TTTATTAAAATAAATTATAACCAAATCTCTACCTAGAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCAATTGA
* * * * ** * *
106198 CAATAACAA-TCTATCTCTAGTCGCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
130 CAA-AAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTA
106254 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 576, Mismatches: 97, Indels: 47
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
509 6 0.01
510 263 0.46
511 195 0.34
512 73 0.13
513 38 0.07
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (510 bp):
CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGAGTTAAGTTGAATTTCTTACATTTT
TTATTAAAATAAATTATAACCAAATCTCTACCTAGAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCAATTGAC
AAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTA
AAATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACATATTATAACTGAA
TACTTGCCTCAAGAAACAAGAAGCAAAAGCCATCCATTTACGAAAAAGCTAATTTATAGTCACCC
AAACCCTAAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCGCATAATTGATTGTAAGTTA
AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATATTTGACTATTTGACTCAGAAAACGTAAAGCA
AAACCCATCCACTGACAAGAAAAGTTTATTTCCAGTCACTCAAGCGTTCAAAAGC
Found at i:106707 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 106390--106780 Score: 403
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
106380 CTTAATGTCT
* * *
106390 ATCTCATAATTGATTTTATATTGAGTTTTTTTATATTTTTATTTAAAATAATATATAACTGATGT
1 ATCTCATAATTGATTTTA-ATGGAGTTTTTCTACATTTTTATTTAAAATAATATATAACTGATGT
* * * * * * * *
106455 CTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAATCTATTTCTAATTGTCCGA
65 CTACCTCAAGAAACGTAAAGCAAAACCCATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAATAGTCCAA
* ** *
106520 GCCTTCGAATGCCTTATTGCTCGTTTTAAATAGTTTTATG
130 GCCTTCGAATGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* *
106560 ATCTCATAATTAATTTTAATGGAGTTTTTCTACATTTTTGTTTAAAA-ATATATTATAACTGATT
1 ATCTCATAATTGATTTTAATGGAGTTTTTCTACATTTTTATTTAAAATA-ATA-TATAACTGA-T
* * * * * * * *
106624 GTTTGCCTTAAGAAATGTAAAGTAAAACCCATCCATTGATAATAAAAATCCATTTATAGTCAGT-
63 GTCTACCTCAAGAAACGTAAAGCAAAACCCATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAAT-AGTC
*
106688 CAAGCCTTCG-ATAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATA
127 CAAGCCTTCGAAT-GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * * *
106731 ATCTCACT-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATA
1 ATCTCA-TAATTGATTTTAA-TGGAGTTTTTCTACATTTTTATTTAAAATA
106781 GATTATATTT
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 33, Indels: 13
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 28 0.16
170 28 0.16
171 97 0.54
172 25 0.14
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (169 bp):
ATCTCATAATTGATTTTAATGGAGTTTTTCTACATTTTTATTTAAAATAATATATAACTGATGTC
TACCTCAAGAAACGTAAAGCAAAACCCATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAATAGTCCAAG
CCTTCGAATGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
Found at i:110269 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 109868--110313 Score: 473
Period size: 177 Copynumber: 2.6 Consensus size: 177
109858 CGCAAAGCAC
* * * *
109868 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCTATTATGAGA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
109933 TTATAAAACCATTTAAAGGGAG--A-AA---TAAGCCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATGG
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTAAGCCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATGA
* * * * *
109992 ATTTTTCTTGCCAATAGAGGGCTTTTGCTTCACATTTCATAAGGCAG
131 AATTTTCTTACCAATAGAGGGCTTTTGATTCACATTTCATAAGACAA
* * * **
110039 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAATAATTCACCTTAAAATCAATTACAAG
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
110103 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTAAGGCTTTC-AATGTCTTGAGTGA-TACTAAA
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTAAGCCTTTCGAA-GGCTTGAATGACTA-TAAA
* * * * * * ** *
110166 TGAAATTTTCTTATCGATGGATGGTTTTTGATTTATGTTTCCTAAGACAA
128 TGAAATTTTCTTACCAATAGAGGGCTTTTGATTCACATTTCATAAGACAA
* * * *
110216 ACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAATATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTAA-TAGTGAG
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAG
110280 ATTATAAAACCATTTCAAA-TGAGTAATAAGGCTA
65 ATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTA
110314 TCGAAGGCTT
Statistics
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0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 75 0.33
173 1 0.00
174 2 0.01
176 6 0.03
177 136 0.61
178 4 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (177 bp):
ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTAAGCCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATGA
AATTTTCTTACCAATAGAGGGCTTTTGATTCACATTTCATAAGACAA
Found at i:110423 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 109582--110861 Score: 862
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 170
109572 CCAACTTAAT
* ** *
109582 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCT-AGTAATAAGTTTTTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAA
1 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAG--GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * * * * * * * **
109646 ATAGTCTTTTCTCG-CAAATGGATGGCTTTTGGTTTATGTATCCCAAGGTAGACATTCAGTTATA
63 ATGGACTTTTCTAGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATA
* * *
109710 ATATATTTTAATCAAAACTATAAAAAAATTCAATTTAAAATAAA
127 ATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAA
* * * * ** *
109754 CTATGAGATTATATAATCATTTAAAGGGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGTGACTATAAAT
1 -TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
* ********** * *
109819 GGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTNNNNNNNNNNGTTTCGC-AAAGCACACATTCAAATATAAT
65 GGACTTTTCTAGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTC-CTAAGGCAGACATTCAAATATAAT
* * * * * * *
109883 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCTAT
129 CTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAA
* * * *
109926 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGAAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATG
1 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
* * * * * *
109991 GATTTTTCTTGCCAATAGAGGGCTTTTGCTTCACA-TTTCATAAGGCAGACATTCAAATATAATC
66 GACTTTTCTAGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-AGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATC
* * * * *
110055 TGTTTTAATAAAAAATATAAAATAATTCACCTTAAAATCAAT
130 TATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAA
** * *
110097 TACAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTAAGGCTTTC-AATGTCTTGAGTGA-T
1 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG---TAA---TAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACT
* * * * * * * * *
110160 ACTAAATGAAATTTTCTTA-TCGATGGATGGTTTTTGATTTATGTTTCCTAAGACAAACATTCAA
59 A-TAAATGGACTTTTC-TAGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTAAGGCAGACATTCAA
* * * *
110224 ATATAATCTATTTTAA-CTAAATATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTAA
122 ATATAATCTATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAA
*
110273 TAGTGAGATTATAAAACCATTTCAAA-TGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
1 TA-TGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * * **
110337 TGGATTTTTCTAGTCAATGCATAGCTTTTGCTTTAAGTTTCCTTAGGCAGACACTCAGTTATAAT
64 TGGACTTTTCTAGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAAT
* * ********* *
110402 TTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCANNNNNNNNNNAAT
129 CTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCA-ACTTAAAATAAA
* * * *
110445 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGATTGAGTGACTATAAATG
1 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
* * * * * * *** * ** *
110510 GACTTTTCTTG-CAAATAGATGCCATTTACTTCATGTTTCAGGAGGTAGACATTCAGTTATAATT
66 GACTTTTCTAGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATC
* * *
110574 TATTTTAATCAAAAATTTAAAAGATTTCAACTTAAAATCAAA
130 TATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAA
********** * *
110616 TATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AATGGTTTGAGTTACTATAAAT
1 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAAT
*** * *
110680 GGACTTTTCTTA-TCAATGGATTATTTTTACTTCACA-TTTCTTAAGGCAGACATTCAAATATAA
65 GGACTTTTC-TAGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-AGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAA
* *
110743 TTTATTTTAA--AATATATATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
128 TCTATTTTAATCAA-A-A-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAA
** * * * * * *
110787 TAATTTGATAATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGCGATTACAAAT
1 T-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
*
110852 AGACTTTTCT
65 GGACTTTTCT
110862 TGCAAACGGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 9 0.01
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178 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
GACTTTTCTAGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCT
ATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAA
Found at i:111279 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 111076--111399 Score: 409
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
111066 AACATTTAAA
* * * * *
111076 TATAATCTATTTTAACAAAAAAGGTTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATAATGAGATTCTAACAC
1 TATAATCTATTTTAACAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGACTATAAAAC
* * * *
111141 CATTTAAA-CCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGACTGACTATAAATGAACTTTTCTTATC-A
66 CATTTAAAGCCAA-CAATAAGGCTTTCGAAAGCCTAACTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAA
111204 CTGAATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCGAGTGAGACATTCTGT
130 C-GAATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCGAGTGAGACATTCTGT
* * * * * * * * *
111247 TATAATTTATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAATTCTATTATGAGACTATAAAAT
1 TATAATCTATTTTAACAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGACTATAAAAC
* * *
111312 CATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAAGCCTAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAAC
66 CATTTAAAGCCAACAATAAGGCTTTCGAAAGCCTAACTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAAC
* *
111377 GGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC
131 GAATAGCTTTTGCTTCATGTTTC
111400 TTAAGGTAAN
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 23, Indels: 4
0.83 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 123 0.96
172 5 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TATAATCTATTTTAACAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGACTATAAAAC
CATTTAAAGCCAACAATAAGGCTTTCGAAAGCCTAACTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAAC
GAATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCCGAGTGAGACATTCTGT
Found at i:117751 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 117560--118008 Score: 433
Period size: 168 Copynumber: 2.7 Consensus size: 167
117550 TCGGGAAATG
* * *
117560 TGAAGTCAAAG-CCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCTCTTGAAAGCCT
1 TGAAG-CAAAGTCTATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC-CTTAAAAGCCT
* * * * *
117624 TATTACTTATTTTAAATTA-CTTTAAAACCTCATAATTAATTTTAAGCTTAAAAGTTTAACATTT
64 TATTACTTACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TT--AAGTTTAACATTT
* *
117688 TTTATTAAAACAGATTATATTTAAATGCCTACCTCAAGAAACA
125 TTTATTAAAACAGATTATAATTAAATACCTACCTCAAGAAACA
* ** * ** * *
117731 TGAAGCAAAAG-CTGTCCATTGGCAAGAAAAATTTATTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAGACT
1 TGAAGC-AAAGTCTATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-AAAAGCCT
* * * * * *
117795 TATTGCTCT-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGATTTTTATATTTTTT
64 TATTACT-TACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAGTTTAACATTTTTT
* * * * ** * *
117859 GTTAAAATATATTATAATTGAATATTTTCCTCGAGAAACA
128 ATTAAAACAGATTATAATTAAATACCTACCTCAAGAAACA
* * *
117899 TGAAGCAAAGTCTATCCATT-AGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTTAAAAACTT
1 TGAAGCAAAGTCTATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CCTTAAAAGCCT
117963 TATTAC-TAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
64 TATTACTTA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
118009 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 45, Indels: 21
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 4 0.02
168 125 0.56
169 4 0.02
170 8 0.04
171 81 0.36
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
TGAAGCAAAGTCTATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAAAAGCCTTA
TTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAGTTTAACATTTTTTATT
AAAACAGATTATAATTAAATACCTACCTCAAGAAACA
Found at i:118793 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 118483--118806 Score: 411
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
118473 AGCCTTCGAT
* * *
118483 AGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACTACTAATTTTAAGGTGAATTTTTTTAT
1 AGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACTACTAATTTCAAAGTAAATTTTTTTAT
** *
118548 ATTTTTGATTAAAATAGATTATATTTGAATATCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAACTATCCA
66 ATTTTT-ATTAAAATAGATTATAGCTGAATATCTACCTGAGGAAACATAAAGCAAAAACTATCCA
*
118613 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTGAAGTCTTTGAA
130 TTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTGAAGTCTTTGAA
* * * * * * *
118654 AGCCTTATTTCTCACTTTAAATTGTTTTATTATCTCA-TAATTGATTTCAAATTAAATTTTTTTA
1 AGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACT-ACTAATTTCAAAGTAAATTTTTTTA
* * * * * *
118718 TATTTTT-TTAAAATATATTATAGCTGAATATCTATCTCGA-GAAACGTGAAGTAAAATCTATCC
65 TATTTTTATTAAAATAGATTATAGCTGAATATCTACCT-GAGGAAACATAAAGCAAAAACTATCC
*
118781 ATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGT
129 ATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
118807 CAATTAAGCC
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 21, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 69 0.53
170 2 0.02
171 59 0.45
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (170 bp):
AGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACTACTAATTTCAAAGTAAATTTTTTTAT
ATTTTTATTAAAATAGATTATAGCTGAATATCTACCTGAGGAAACATAAAGCAAAAACTATCCAT
TAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTGAAGTCTTTGAA
Found at i:119763 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 119468--120891 Score: 947
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
119458 NNNNNNNTTG
* * * *
119468 TTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAACGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGCAAAAGC
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAAAAGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGC
* * * * * *
119533 CATCCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATATTCCCTCAAGCCTTTGAAAGGCTCATTACTCGCTTT
66 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * **********
119598 AAATTATTTTATAATCCCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTT
130 AAATTGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * *
119639 TTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTAAAAGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGC-AAAGC
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAAAAGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGC
* * *
119703 TCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCACTT
66 -CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
119768 TAAA-TGTTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTG
129 TAAATTG-TTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *
119810 TTTTACATATTTGGTT-AAATAGATTATATTTGAATA-TCTACC-TCAGGAAACGTGAAGCAAAA
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATT-AAAAGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGCAAAA
* * ** * *
119872 ACTATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGAGCCTTGAATAGCCTTATTAGTCGCT
64 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTGAA-AGCCTTATTACTCGCT
* * *
119937 TT-AATTGGTTTTATATTCTCATTATTGATTTTAAATTAAATTT
128 TTAAATT-GTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * * *
119980 TTTTACATTATTGGTTAAAACT-GATTATATTTGAATA-TCTGCCTTGGGAAACTTAAAG-AAAA
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAA-TAAATTATAATT-AAAAGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAA
* * ** * * * * * * *
120042 GACGATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAAACATTGAAAACCTTATTTCTTGC
64 G-CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* ********** *
120107 TTTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTAAATTT
127 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTT
* ** * * * * *
120151 TTTTACTTTTTTAATTAAAATGAATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAAACGTGAAGCAAAAG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAAAAGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAGCAAAAG
* * * * * * * * *
120215 CGATCCATTGAGAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCCCTCAAACCTTTGAAAGCCTCACTGCTTGCTT
65 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
120280 TAAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGATTTT
129 TAAATTGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * *
120322 TTTTACATATTTT-GTAAAAATAAAGTATAACTGAATGTTTACCTCT-AGAAACGTGAAGCAAAA
1 TTTTACAT-TTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAAAAGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGCAAAA
* * * *
120385 -CTTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACCCAC
64 GC-CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTGAA-AGCCTTATTACTCGC
* * *
120449 TTTAAATAGTTTTATAATCTCACTATTGATTTTAAGTTGAATTG
127 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTT
********** * * * * * * *
120493 TTNNNNNNNNNNGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACC-TCAGGAAACGTGAAGTAAAAA
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAAAAGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGCAAAAG
** * * * *
120557 CCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTAAGCCTTCAATAGCCTTATTAGTCGCTT
65 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTGAA-AGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
120622 TAAATAGTTTTATATTCTCATTATTGAATTTAAGTTAAATTG
129 TAAATTGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * * ** * * * * **
120664 TTTTACATTTTTAGCTGAAACAGATTATATTTGAATTTCTGCCAT-AGGAAACTTAAAAAAAAAG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAAAAGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGCAAAAG
* * * * * * * * *
120728 TCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAATCATTAAAAACCTTATTGCTCGCTT
65 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * *
120793 TAAATGGTTTTACAAGCTCATAAATAATTTTAAGTT-AAATT
129 TAAATTGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTT
* ** * * * * * * *
120834 TTTTA-TTTTTTAATTAAAATAAACTATAACTAAATGCCTGCCTTAAGAAATGTGAAGC
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAAAAGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGC
120892 CTTATTGCTC
Statistics
Matches: 986, Mismatches: 235, Indels: 66
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 40 0.04
170 163 0.17
171 750 0.76
172 33 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAAAAGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGC
CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATTGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTT
Found at i:120529 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 119465--120675 Score: 1066
Period size: 342 Copynumber: 3.5 Consensus size: 340
119455 NNNNNNNNNN
* * * * * *
119465 TTGTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATAATTGAACGTCTACCT-TGAGAAACTTGAAGCAA
1 TTGTTTTACATATTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGTGAAGCAA
* * * * *
119529 AAGCCATCCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATATTCCCTCAAGCCTTTGAAAGGCTCATTACTC
65 AAACCATCCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTTGAAAGCCTCATTGCTC
* ********** *
119593 GCTTTAAATTATTTTATAATCCCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
129 GCTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTAAAA
* * * *
119658 ATAAATTATAACTAAAAGTTTTCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAGCTCATCCATTGACAAGAAAAG
193 ATAAATTATAACTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAACTCATCCATTGACAAGAAAAG
* *
119723 TCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCA
258 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTCA
*
119788 TTATTGATTTTAAGTTGAA
322 CTATTGATTTTAAGTTGAA
* *
119807 TTGTTTTACATATTTGGTT-AAATAGATTATATTTGAATATCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAA
1 TTGTTTTACATATTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAA
* * * *
119871 AACTATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGAGCC-TTGAATAGCCTTATTAG-TC
66 AACCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTTGAA-AGCCTCATT-GCTC
* * * * * *
119934 GCTTT-AATTGGTTTTATATTCTCATTATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTATTGGTTAA
129 GCTTTAAATT-GTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTG-TAA
* * ** * * * * * * * * * **
119998 AACT-GATTATATTTGAATATCTGCCTTGGGAAACTTAAAGAAAAGAC-GATTCATTGGTAAGAA
191 AAATAAATTATAACTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAA-ACTCATCCATTGACAAGAA
* * * * * * * **
120061 AAGTCTATTTATAGTCACTTAAAACATTGAA-AACCTTATTTCTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
255 AAGTCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAAT
********** *
120125 CTCNNNNNNNNNNTTAAGTTAAA
318 CTCACTATTGATTTTAAGTTGAA
* * * ** * * *
120148 TTTTTTTACTTTTTTAATTAAAAT-GAATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGGAAAACGTGAAGCA
1 TTGTTTTACATATTTGGTTAAAATAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTCAGG-AAACGTGAAGCA
* * * * *
120211 AAAGCGATCCATTGAG-AAGAAAAGTCCCTTTATAGTCCCTCAAACCTTTGAAAGCCTCACTGCT
64 AAAACCATCCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTTGAAAGCCTCATTGCT
* *
120275 TGCTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATATTTTGTAAA
128 CGCTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGTAAA
* *
120340 AATAAAGTATAACTGAATGTTTACCTCT-AGAAACGTGAAGCAAAACTTATCCATTGACAAGAAA
192 AATAAATTATAACTGAATGTTTACCT-TGAGAAACGTGAAGCAAAACTCATCCATTGACAAGAAA
*
120404 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
256 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCT
120469 CACTATTGATTTTAAGTTGAA
320 CACTATTGATTTTAAGTTGAA
********** * *
120490 TTGTTNNNNNNNNNNGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGTAAA
1 TTGTTTTACATATTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAA
** * * *
120555 AACCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTAAGCC-TTCAATAGCCTTATTAG-TC
66 AACCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTTGAA-AGCCTCATT-GCTC
* * * * * * *
120618 GCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATTATTGAATTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTT
129 GCTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
120676 AGCTGAAACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TTGTTTTACATATTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAA
AACCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCTCAAGCCTTTGAAAGCCTCATTGCTCGC
TTTAAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTAAAAATA
AATTATAACTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAACTCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCACTAT
TGATTTTAAGTTGAA
Found at i:120746 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 119698--120837 Score: 1186
Period size: 513 Copynumber: 2.2 Consensus size: 512
119688 AACGTGAAGC
* * * * *
119698 AAAGCTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCGATAGCCTTATTACT
1 AAAG-TCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTGCT
* * * *
119763 CACTTTAAA-TGTTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATATTTGGTTA
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* * ** **
119827 AATAGATTATATTTGAATATCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAACTATCCATTGGTAAGAAAA
129 AATAAAGTATAACTGAATATCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAACTATCCATTGACAAGAAAA
* * ** * * * *
119892 GTCCATTTATAGTCACTCGAGCCTTGAATAGCCTTATTAGTCGCTTTAATTGGTTTTATATTCTC
194 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAATCTC
* * *
119957 ATTATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACTGATTATATTTGAATATCTGC
259 ACTATTGATTTTAAATTAAATTGTTTTACATTATTGGTTAAAACTGATTATATTTGAATATCTAC
** * * * *
120022 CTTGGGAAACTTAAAGAAAAGACGATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAAACA
324 CTCAGGAAACGTAAAGAAAAGACCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAAACA
* * * * ********** *
120087 TTGAAAACCTTATTTCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTAAATTTT
389 TTCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTAAGTTAAATTGT
* * * * **
120152 TTTACTTTTTTAATTAAAATGAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACGTGAAGCA
454 TTTACATTTTTAATGAAAATGAATTATAATTGAATGTTTGCCTAGGAAAACGTAAAAAA
* * * * *
120211 AAAG-CGATCCATTGAGAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCCCTCAAACCTTTGAAAGCCTCACTGCT
1 AAAGTC-ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTGCT
* * * *
120275 TGCTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATATTTTGTAAA
65 CGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGGT-AA
* *
120340 AATAAAGTATAACTGAATGTTTACCTCTA-GAAACGTGAAGC-AAAACTTATCCATTGACAAGAA
129 AATAAAGTATAACTGAATATCTACCTC-AGGAAACGTGAAGCAAAAAC-TATCCATTGACAAGAA
120403 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAATC
192 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAATC
* * ********** *
120468 TCACTATTGATTTTAAGTTGAATTGTTNNNNNNNNNNGGTTAAAA-TAGATTATATTTGAATGTC
257 TCACTATTGATTTTAAATTAAATTGTTTTACATTATTGGTTAAAACT-GATTATATTTGAATATC
* *
120532 TACCTCAGGAAACGTGAAGTAAAA-ACCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TTTA
321 TACCTCAGGAAACGTAAAG-AAAAGACCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAA
* * * * *
120595 AGCCTTCAATAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATTATTGAATTTAAGTTAA
385 AACATTCAA-AACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTAAGTTAA
* * *
120660 ATTGTTTTACATTTTTAGCTGAAACA-G-ATTATATTTGAAT-TTCTGCCATAGG-AAACTTAAA
449 ATTGTTTTACATTTTTA-ATGAAA-ATGAATTATAATTGAATGTT-TGCC-TAGGAAAACGTAAA
120721 AAA
510 AAA
* * * * * * *
120724 AAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAATCATTAAAAACCTTATTGCTC
1 AAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTGCTC
* * * * * *
120789 GCTTTAAATGGTTTTACAAGCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTT
66 GCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
120838 ATTTTTTAAT
Statistics
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0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 1 0.00
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515 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
AAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTGCTC
GCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGGTAAAA
TAAAGTATAACTGAATATCTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAACTATCCATTGACAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAC
TATTGATTTTAAATTAAATTGTTTTACATTATTGGTTAAAACTGATTATATTTGAATATCTACCT
CAGGAAACGTAAAGAAAAGACCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAAACATT
CAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGAATTTAAGTTAAATTGTTT
TACATTTTTAATGAAAATGAATTATAATTGAATGTTTGCCTAGGAAAACGTAAAAAA
Found at i:120989 original size:113 final size:113
Alignment explanation
Indices: 120778--120982 Score: 286
Period size: 113 Copynumber: 1.8 Consensus size: 113
120768 TCATTAAAAA
* *
120778 CCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTACAAGCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTTATTTT
1 CCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTACAAGCCCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTTATTTT
120843 TTAATTAAAATAAACTATAACTAAATGCCTGCCTTAAGAAATGTGAAG
66 TTAATTAAAATAAACTATAACTAAATGCCTGCCTTAAGAAATGTGAAG
* ** * * * *
120891 CCTTATTGCTCGCTTTAAATTATTTTATGATCCCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATTT
1 CCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTACAAGCCCATAAATAATTTTAAGTTAA-ATTTTTTATTT
* * *
120956 TTT-GTTAAAATAAATTATAACTGAATG
65 TTTAATTAAAATAAACTATAACTAAATG
120983 TTTGCCTCGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (113 bp):
CCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTACAAGCCCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTTATTTT
TTAATTAAAATAAACTATAACTAAATGCCTGCCTTAAGAAATGTGAAG
Found at i:121386 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 120888--121639 Score: 757
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 168
120878 AAGAAATGTG
* * *
120888 AAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATTATTTTATGATCCCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTT-T
1 AAGCCTTATTGCTCACTTTAAA-TATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTAT
* * * * * *
120952 ATTTTTTGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCTCGA-GAAACATGAAGCAAAACTCATCC
65 ATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGGAAACTTGAAGAAAAAC-CATCC
*
121016 ATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
129 ATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-A
* * * * * * *
121057 TAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTCATAATCTCACT-GTTAATTTTAAATTGAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTGCTCACTTTAAATATTTT-ATAATCCCA-TAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTT
* * ** * * *
121121 ACA-TTTTGGTTAAAATAGATTATATTTAAATGTCTACC-TCATGAAACTTGAAGCAAAAACCAT
63 ATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGGAAACTTGAAG-AAAAACCAT
* *
121184 CCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGAGCCTTCA
127 CCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCA
* * * *
121226 ATAGCCTTATTAG-TCAATTTAAATAGTTTTATATTCTCATTATTGATTTTAAGTTTGATTTTTT
1 A-AGCCTTATT-GCTCACTTTAAATA-TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAG-TTGATTTTTT
* * * * * *
121290 TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGA-GAAACTTGAAAAAAAAGCCA
62 TATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGGAAACTTGAAGAAAAA-CCA
* * * * *
121354 TTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACAATTGA
126 TCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC-CTTCA
* * * * *
121398 AAGCATTATTGCTCGCTTTAAATCATTTTATATTCCCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTGCTCACTTTAAAT-ATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTA
* **
121463 TATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTT-AGGAAACTTGAAGCAAAAGGCATC
64 TATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGGAAACTTGAAG-AAAAACCATC
* * * * *
121527 CATTAGGAAGAGAAGTCCATTTATATTCCCTCAAGCCTTTGA
128 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCA
* *
121569 AAGCCTCATTGCTCGCTTTAAATTATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTGCTCACTTTAAA-TATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTA
121634 TATTTT
64 TATTTT
121640 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 75, Indels: 46
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Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
AAGCCTTATTGCTCACTTTAAATATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATA
TTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGGAAACTTGAAGAAAAACCATCCAT
TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCA
Found at i:121615 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 120888--121639 Score: 908
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 339
120878 AAGAAATGTG
* *
120888 AAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATTATTTTATGATCCCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTT-T
1 AAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATTATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTAT
* * * * **
120952 ATTTTTTGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAACTCATCCA
66 ATTTTTAGTTAAAATAAATTATAACTGAATATCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAACTCATCCA
* * * * *
121017 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCACTTTAAATGT
131 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACATTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAT
* * * * **
121082 TTTCATAATCTCACTGTTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAATAGATTATATT
196 TTTCATAATCCCACTATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAATAAATTATAAC
* *
121147 TAAATGTCTACCTCATGAAACTTGAAGCAAAAACCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
261 TAAATGTCTACCTCAGGAAACTTGAAGCAAAAACCATCCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
*
121212 CACTCGAGCCTTCA
326 CACTCAAGCCTTCA
** * * *
121226 ATAGCCTTATTAG-TCAATTTAAA-TAGTTTTATATTCTCATTATTGATTTTAAGTTTGATTTTT
1 A-AGCCTTATT-GCTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAG-TTGATTTTT
* * * * *
121289 TTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACTTGAAAAAAAAGC-C
62 TTATATTTTTAGTTAAAATAAATTATAACTGAATATCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAA-CTC
* * *
121353 ATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACAATT-GAAAGCATTATTGCTCGCTT
126 ATCCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAAC-ATTCGAAAGCATTATTACTCACTT
* * *
121416 TAAATCATTTT-ATATTCCCA-TAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAT
189 TAAAT-ATTTTCATAATCCCACT-ATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAAT
* * * ** *
121479 AAATTATAACTGAATGTCTGCCTTAGGAAACTTGAAGCAAAAGGCATCCATTAGGAAGAGAAGTC
251 AAATTATAACTAAATGTCTACCTCAGGAAACTTGAAGCAAAAACCATCCATTAGGAAGAAAAGTC
* * *
121544 CATTTATATTCCCTCAAGCCTTTGA
316 CATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCA
*
121569 AAGCCTCATTGCTCGCTTTAAATTATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATTATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTA
121634 TATTTT
65 TATTTT
121640 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 54, Indels: 26
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.01
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343 6 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (339 bp):
AAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATTATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTAT
ATTTTTAGTTAAAATAAATTATAACTGAATATCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAACTCATCCA
TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACATTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAT
TTTCATAATCCCACTATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAATAAATTATAAC
TAAATGTCTACCTCAGGAAACTTGAAGCAAAAACCATCCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACTCAAGCCTTCA
Found at i:123486 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 123015--124384 Score: 1189
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 170
123005 NNNNNNNNNN
* *
123015 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-GTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGG
1 ATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTATGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-G
* * * *
123079 AAACTTGAAGCAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAT
64 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA-
* *
123143 AGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTA-TG
128 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * ** *
123185 GTTTTAAATTCAATTGTTTTACA-TTTTATGTTAAAACAGATTATAGGTGAATATCTACCTCTAG
1 ATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTATGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAG
* * * * * * * *
123249 AAACTTGAAGAAAAAGTCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACCATTGAAA
64 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
* *
123314 GCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
129 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * **
123356 ATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATGTTTAT-TTAAAATAAATTAAAATTGGATGTCTATATTGAG
1 ATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTATGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AG
* * * * *
123420 AAACGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATATTCCCTCAAGCCTTTGAAA
64 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
* * *
123485 G-CTTCATTGCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATC-CTATAATTG
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* * * * * * * *
123527 ATTTTGAGTGTAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAATAAATTATAACTAAATGTTTATCTCGAA
1 ATTTTAAGT-TAATTTTTTTACATTTTTATGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAG
* * * ** * * * *
123591 AAACGTGAAACAAAA-CTCATTCATTGACACA-AAAAGTCTAATTATAGTGACTCAAGCCTTCGA
64 AAACATGAAGCAAAAGC-CATCCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* * * *
123654 TAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCACT-ATTT
127 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTG
* * * *
123698 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTT-TGATTAAAATAGATGATATTTGACTGTCTGCCTTAG
1 ATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTATG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-
* * * * *
123761 GAAATATGAAGTAAAAGCCATCCATT-GTGAAGAAAAGTCTA-TTATAGTCACTTAAGCC-TTCA
63 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* * * * * * *
123823 ATAGCTTTATTAGTCACTTTAAATGG-TTTATATTGTTATTATTA
127 A-AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* ** * * * * *
123867 ATTTTAAGTTAAATTTCTTTGTATTTTT-TGTTAAAACAGATTATATTTGAGTATCTACCTTGGG
1 ATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTATGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AG
** * * * *
123931 AAATTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAA-ACTATTGAA
64 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT-TTG-A
* * * * * *
123995 AAGTCTTACTATTTACTTTAAATGGTTTTATAATCACACAATTG
127 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* ** * * * *
124039 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTA-ATTAAAATAGATTGCAACTGAATGTTTGTCTTTA
1 ATTTTAAGTT-AA-TTTTTTTACATTTTTATGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTA
* * * * * * *
124103 GAAACATGAAACAAAAGACATCCATTAGTAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAT
63 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
* * ** *
124168 AGCCTTATTGCTC-TTTATAAATTATTTTATAATCTCATAATTA
128 AGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
124211 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTTCTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTCAAG
1 ATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTATGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAG
* * * * * *
124276 AAACATAAAGCAAAAACCATGCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCATTGAAA
64 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
124341 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
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124383 AT
1 AT
124385 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 953, Mismatches: 207, Indels: 78
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
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169 100 0.10
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Consensus pattern (170 bp):
ATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTATGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAA
ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGC
CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
Found at i:125260 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 125002--132125 Score: 5332
Period size: 171 Copynumber: 41.7 Consensus size: 171
124992 GTGAAATGTA
* * ** * * * ** *
125002 AAGCACAAGCCATCTATTGGCAAGAAGAGTCCATTTCTTGTTGCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * *
125067 TACTCA-CTTTAAATGATTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAGTTTTG
66 TACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * *
125131 TTTAAAATAAATTATAACTGATTGTCTACCTTGGGAAACCTG
130 TTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * *
125173 AAGCAAAAGCCTTCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGATAGCCTTAT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * *
125238 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
66 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGT
* * * * * * *
125303 TTAAAATAAATTATAACTAAATGTCTACATCGAGAAACGTG
131 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * *
125344 AAGCAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTTACTCAAGCCTTTGAAAGCCTCA
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
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65 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG
* * ** * *
125471 TGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAGATGTG
130 T-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * * * * *
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1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* ** * * * *
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65 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG
* * * ** * *
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130 TTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGGAAACGTG
* * * * * *
125684 AAGCAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTGTAGTCACTCAAGCCATTGAAAGCTTTAT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * * *
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66 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGT
* * * *
125813 ATTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCATAGGAAACGTG
131 -TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * *
125855 AAGCAAAAACCATGCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCAAG-CTATTGAAAGCCTTA
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT-TTGAAAGCCTTA
* * * * *
125919 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTA
65 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG
* * ** *
125984 ATTAAAATAAATTATAACAGAATGTCTGCCTTGGGAAAAGTG
130 TTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * *
126026 AAGCAAAAGCCATCCATTG-TCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGGCTTCGATAA-CTTT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA-AAGCCTT
* * * *
126089 ATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTT-GA-TTTTTTACATTTTT
64 ATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * *
126152 -TGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTACCTCGAGAAACATG
129 GT-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * * *
126195 AAGCAAAATCCATCCATT-AGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCCTTAAAAACTTTA
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* * * *
126259 TTACTAGTTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG
65 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * * * ** *
126324 GTTAAAACATATTATATTTGACTATTTTCCCTAAGAAATGTG
130 TTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
*
126366 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGATAGCCTTAT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * * * *
126431 TGCTCA-CTTTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATTATTAATTTTAAGTTGACTTTATTTACATTTA
66 TACT-AGC--TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT-
* *
126495 TTG-TTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCTTTAGGG-AACGTG
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* * * * * * * * *
126539 AGGCAAAAGCTATCTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTTAAGTCATTGAAAGCCTTAT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * ********** * * *
126604 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTTAATTTTTTT-TATTTTTGG
66 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGT
* * * *
126668 TTAAAATATATTATAACTGAATGT-TCGCCTTGAGAAACCTG
131 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-GCCTTGGGAAACGTG
* * * * * **
126709 AAGTAAAAGCTATCCATT-AGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCCTTAAAAAACTTA
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
********* *
126773 TTACTAGCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
65 TTACTAGCTTTAAATGGTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * * * *
126837 -TGTTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTACTTTAGGAAACATA
129 GT-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * *
126880 AAGCAAAAGCCATCCAATT-ACAAGAAAAGTCCATTTGTAGTGACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTT
1 AAGCAAAAGCCATCC-ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTT
* * * * * *
126943 ATTACTTGCTCTAAATAGTTTTATAGTCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
64 ATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
* * * *
127008 -TGTTAAAATATATTATATTTGAATGTC-GAGCTTAGGAAACGTG
129 GT-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTTGGGAAACGTG
* * * * * *
127051 AAGCAAAAACTATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCGTTAAAAACCTTAT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * *
127116 TACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTACATTTT
66 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA--ATTTTTTTACATTTT
* * * * * * * *
127181 TGATTAAAATAAATTGTAACTGAATGTCTGTCTTAGAAAATGTG
128 TGTTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * * *
127225 AAGCAATAGACATCCATCGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * * * * * * *
127290 TTCTCA-TTTTAAATAGTTTTCTAGTCTCATAATTGATATTGAGTTGAATTTTTTTACATCTTTA
66 TACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * ** * * *
127354 ATTAAAACAAACTATACCTAAATGTCTGGCTTGGGAAATGTG
130 TTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * * * * *
127396 AAGCAAAACCCATCCATTGACAAGAGAAGTCCATATATAGTCACTAAAGCC-TTCAATAACTTTA
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA-AGCCTTA
** * * * * * *
127460 TTTTTCAG-TATAAATAGTTTTACAATCTCACAATT-AGTTTTAACTTAAATATTTTTACATTTT
65 TTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
* * * ** * **
127523 TAG-TTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCATATGATACACG
128 T-GTTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
*** * * *
127567 AAGCAAAAATTATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATGGTCACTCAAG-TTTTCGAAAGCCTTA
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTA
* * * *
127631 TTACTGGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTG
65 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG
* * ** * * *** *
127696 ATTAAAACAGATTATGTTTGAATGCCTACCTCAAGAAATGTG
130 TTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * ** * * *
127738 AAGCAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAATTTATTTATAGTCATTCAAG-CTTTCAAAAGACTTA
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTA
* ** * * *
127802 TTGCTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GA-TTTTTTATATTTTTA
65 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG
* * *** * *
127865 ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGAG
130 TTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * * * * **
127907 AAACAAAATCCATCCATTAATAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACTCAAGCATTCGAAAATCTTAT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * * *
127972 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAGTTTCATTATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTT-T
66 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGT
* * * * **
128036 GTTAAAGTAGATTATTATTGATTGTTTGCC-TCAGAGAACGTG
131 -TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGA-AACGTG
* * * * * *
128078 AAAG-ACACA-CTATCCATTGACAAAAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAGCCATTGAAAGCCTT
1 -AAGCA-AAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTT
* *
128141 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAAGTTTAATTATTTTTTACATT
64 ATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAG-TTAAAT-TTTTTTACATT
* * * * * * *
128206 TTTGATTAAAATAAATTATAACT-AGATATCTGCCTCGAGAAACATG
126 TTTGTTTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * * * * *
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1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG--TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTT
* *
128317 ATTACT-GACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACT-ATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTT
64 ATTACTAG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * ** * *
128380 TTGATTAAAATCA-ATTATATTTGAATGTCTGCCTCAGAAAACATG
127 TTGTTTAAAAT-AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * *
128425 AAGCAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * * * * *
128490 TACTTGCTTTAAATTGTTTTATGATCTCATAATTGATTCTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGG
66 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGT
* * * * *
128555 TTAAAATATATTATAACTAAATGTCT-ACTTAGAGAAACGTG
131 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGGAAACGTG
* * * * * * ** **
128596 AAACAAAAGCTATCCATT-AGTAAGAAAAGACCGTTCATAGTCACTCAAGCCCTCAAAAAACTTA
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* * * *
128660 TTACTAGCTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTT-
65 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * *
128724 TATTAAAACAGATTATATTTGACTATTTGCCTTGAGAAACGTG
130 T-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * * * * * *
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1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * * * * *
128832 TACTTA-CTTTAAATGATTTTATAGTGTCATTATTAATTTTAAGTTCACTTTCTTTACATTTTT-
66 TAC-TAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * *
128895 TGTTAAAATACATTATATTTGAATATCTGCAC-TAGGAAATGTG
130 T-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGC-CTTGGGAAACGTG
* * * * * *
128938 AAGCAAAAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTGCATTTATAGTTACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * ** * * *
129003 TATTCA-TTTTAAATTATTTTATGATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAAA-TTTTTTACATGTTT
66 TACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTT
* * * * *
129066 GATTAAAATATATTATAACTG-ATGTCTGCCTTGAGAAACATG
129 GTTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * * ** ** *
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1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * *
129173 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCACT-ATT-AGTTTTAAGTTAAATTTTTCTATATTTTT
66 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
* * * ** * *
129236 AG-TTAAGATAGATTATATTTGAATGTCTGTCTCAGGAAATGTA
129 -GTTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * * ** * *
129279 AAGCAAAAGCTACCCATTTAAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGTATTCGAAAGCTTTAT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* ** * *
129344 TACTCA-TTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAACTTTTTTACATTTTTG
66 TACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * * *
129408 ATTAGAATATATCATAACTAAATGTTTGCCTCGTGAAA--TG
130 TTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * ** ** ** * * *
129448 CAAGGTAAAAGTCATATATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCCAGTCACT-ATAGCCTTCGAAAACTT
1 -AA-GCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
129512 TATTA-TTGTCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAGTTTTTTTATATTT
63 TATTACTAG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
* * * * * * *
129576 TTGGTTAAAATAAATTATAATAGAATGTTTGTCTTGAGAAACATG
127 TTGTTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * *
129621 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCGATAA-TCTTA
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA-AAGCCTTA
** * * * * * *
129685 TTACTCA-CTTTTTATAGCTTTATAATCTCACT-GTTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTTATATTT
65 TTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTT
* * * * *
129748 TTAG-TTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCCTAGGAAACATG
127 TT-GTTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * * *
129793 AAGTAAAAACCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCCTTGAAAGCCATAT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * ** * ** *
129858 TACTCGCTTTAAATTGTTTTAGGATCTCATAATT-AATTTAAGTTGATTTTTTTTTACAATTTTA
66 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTAC-ATTTTT
* * * * * *
129922 G-TTAAAATATATTATAACTGAATGTCTG-TTTCGAGAAACATA
129 GTTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGGAAACGTG
** * ** * * * * ** **
129964 AAAAAAAAGCCATCCATT-AGTATGAAAAGTCTGTTTATAGTTATTGAAGCCCTCAAAAAACTTA
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* ********** *
130028 TTACTAGCTTTAAATGGTATTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTGTTTTACATTTTTA
65 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-
* * * * ** * *
130093 G-TTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTGCCTCAGAAAAAGTG
129 GTTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * * *
130135 AAGTAAAAGTCATCCAGTT-ACAAGAAACA-TCCCTTTATAGTCACTGAAGTCTTTGAAAGCCTT
1 AAGCAAAAGCCATCCA-TTGATAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTT
* * * * * * *
130198 ATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TATT
64 ATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
* * * *
130262 -TTTAAAA-AGATTAT-ATTCAAATGTTTGCCTTAGGAAACATG
129 GTTTAAAATAGATTATAATT-GAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * *
130303 AAACAAAA-CCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCGTTGGAAGCCTTAT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * *
130367 TACTTGCTTTGAATGGTTTTATAATC-CTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG
66 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * * *
130431 ATTAGAATAAATTATAACTAAATATTTGCCTTGGAAAATGTG
130 TTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * *
130473 AAGCAAAAGACATCCATCTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCAAGCCTTCGAAAGCCTTA
1 AAGCAAAAGCCATCCAT-TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* * *
130537 TTACTCA-CTTTAAATGGTTTTCTAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAATTGTTTTTTACATTTT
65 TTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTACATTTT
* * ** ** * *
130601 T-TATGAAAATAAACAATACCTGAATGTCTACCTTGGGAAACATG
128 TGT-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
** * * * * *
130645 AAGCAAAAATCATCAATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTGT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * * * *
130710 TGCTAACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
66 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGT
* * * * *
130775 TTAAAATATATTATAACTGAATGTTTGCCTCT-AGAAACGTA
131 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGGAAACGTG
** * ** **
130816 AAGCAAAAGCCATCCATT-AGTAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCAATCAAGCAC-TCAAAAAACTT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC-CTTTGAAAGCCTT
* * * * *
130879 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTATATTTTC
64 ATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * * * *
130943 ATTTAAAACAAATTATATTTGACTGTTTGCATCGAGAAACGTG
129 GTTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * * * * *
130986 AAGCAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTGAAGTC-TTCAAACGCCTAA
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA-GCCTTA
* * * * * *
131050 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATTATTGATTTTAAGTTGAGTGTTTTTACATTTTT-
65 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * *** *
131114 ATTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTACCTCAAGAAACATG
130 TTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * * * *
131156 AAGCAAAAACCTATCCATTGACAATAAAAGCCCATTTATAAGT--GTGAAAGCCTTTGATAGCCT
1 AAGCAAAAGCC-ATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
131219 TATTACTCA-CTTTAAATGGTTCTATAATCTTACT-ATT-AGTTTTAACTTGAATTTTTTTATAT
63 TATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
* * *** * *
131281 TTTTAG-TTAAGATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAAAAAACATA
125 TTTT-GTTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * * * * ** *
131328 AAGCATAAGCTACCCATTGGTAAGAAAGGGT-CACTTATAGTCACTTAAGTATTCGAAAGCC---
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* * * * * * * * * *
131389 CTACTAACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAAATGATTTTGAGCTGAACTTTTTGACATTTTTG
65 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * *
131454 ATTAAAATATATTATTACTAAATG--TACCTTGTGAAACATG
130 TTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
** * * *
131494 AAGCAAAAGCCATCCATTGACGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCTTTAT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * *
131559 TAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTACATTTTT-T
66 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGT
* * * ** **
131622 CCTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGTCTCAGGAAATATG
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* * * * *
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1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * *
131729 TACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
66 TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGT
* * * * * * * * * **
131794 TT-AAACAGATGAT-GTTTAACTATTTACCTCGAGAAATATG
131 TTAAAATAGATTATAATTGAA-TGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * *
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1 AAGCAAAAGCCATCC-ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* * * * * *
131898 TTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATATTATTATCGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTC
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* * * ** *
131963 T-ATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAATATA
128 TGTTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
* * * * * * *
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1 AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * *
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132126 TATATTTTNN
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TACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGT
TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACGTG
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132224 NNNNNNNNNN
* * * * * *
132234 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTT-AACTGTTTTC
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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127 TTCG-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * ** * * * *
132405 TTATTAATTTTAAGTTCAATTTCTTT-ACT-GTTTTCATTAAAATAGATTATATTTGAATATCTG
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* * ** * * *
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* * * * *
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126 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * ** * * *
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1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTTACC
* * * * * * * *
132641 TTAAGAAAAATGAA-CAAAATCCATCCATTGACAACAAAATTCTATTTATAGTCACTTAAGCCCT
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* ** *
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* * * * * * * * ***********
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1 -TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTTAC
* * * * * **
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* * *
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* * * * * ** * *
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1 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-CATATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTTA
* * * * * *
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* * ** * *
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133088 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTTACC
* * * *
133153 TTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
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* * *
133218 TGATAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
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* * * *
133259 CT-GTTGATTCTAAGTTGAATTTTTAT-ATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTA
1 -TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TCATATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTTA
* *
133322 CCCTAGGAAACGTGAAGCAAAAACCATCTATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
64 -CCTAGGAAAC-TGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
* ** * * * *
133387 CTCGACTGTCATATTACTCACTTTAAATTGTTTTATGATCTCA
127 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * ** *
133430 TAATTGA-TTTAAGTT-AATTTTTTTTTTACATTTTTGGTCAAAATATATTATAACTGAATGTCT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTT
** * * * * * * * * *
133493 GTCTTGAGAACCATAAAGCAAAAGCCATCCATT-AGTATGAAAAGTCTATTTATAGTTACTAAAG
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* * ** * *
133557 CCCTCAAAAAACTTATTA-TTAGCTTTAAATGGTATTATAATCTCA
125 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *********************
133602 TAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAA--TAAATTATATTTGAATGTTTA
*********** * * * * * *
133667 NNNNNNNNNNNGAAGTAAAAGCCA-ATACTT-ACAAGAAATGTCCCTTTATAGTCACTAAAGTCT
64 CCTAGGAAACTGAAGCAAAAGCCATCTA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * ** * * *
133730 TCAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAGTGGTTTTATAGTCCCA
128 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
133772 TTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT--TTAAAAGAGATTATATTCGAATGTTTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTTACC
* * ** * *
133835 TTAGGAAATGTGAAGCAAAA-CCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCGT
66 -TAGGAAA-CTGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-T
* ** *
133899 T-GGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
128 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
********** * * * * **
133940 TNNNNNNNNNNAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATACCTGAATGTTTATC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTTA-C
* * * *
134005 TTGGGAAACGTGAAGCAAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCT
65 CTAGGAAAC-TGAAGC-AAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * *
134070 TCGAAAGCCTTGTTGCTAACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCA
128 TCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
*
134112 TTATTGATTTTAAGT
1 TAATTGATTTTAAGT
134127 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTTACC
TAGGAAACTGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
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Alignment explanation
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Period size: 513 Copynumber: 1.9 Consensus size: 511
132493 ATTCATTGGT
* * * *
132503 AAGAAAAATGCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATTGTTTTA
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* *
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* * * * * *
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131 TATCTACCTTAAGAAAAATGAACAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTC
* * *
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* * ********* * *
132763 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAGATAGATTATATTNNNNNNNNNNTCTCAGGAAATGTAAAGCA
261 AATTTTTATACATTTTTAGTTAAAATAGATTATATT-ATGAATGTCTCCCAGGAAACGTAAAGCA
* * * * *** *
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325 AAAACCACCTATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCGAAAGCTATATTACTC
* * *
132893 -GTTGTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAA-ACTTTTTTACATTTTTTATTA
390 ACTT-TAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAA-TTTAAGTTAATACTTTTTTACATTTTTGATCA
*
132956 GAATATATTATAACTAAATGTTTGCCTCGTGAAATGCAAGGTAAAAGTCATATATTGAC
453 AAATATATTATAACTAAATGTTTGCCTCGTGAAATGCAAGGTAAAAGTCATATATTGAC
* * * * *
133015 AAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCTAGCGTTCGAAAGCCTTATCACT-GTCTTTA-AATGATTT
1 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATCACTCG-CTTTACAATG-TTT
* * * **
133078 TAT-AGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAAATTATATTT
64 TATGA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATGTTTGATTAAAATAAATTATAACT
* * * **
133142 GAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAATCCATTTATAGTC
128 GAATATCTACCTTAAGAAAAATGAA-CAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAATCCATTTATAGTC
* * * ** **
133207 ACTCAAGCCTTTGATAGTCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATC-TCACTGTTGATTCT
192 ACTCAAGCCCTTAAAAAACTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCGT-ACTACTGATTCT
* * *
133270 AAGTTGAATTTTTATATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATT-TGAATGTCTACCCTAGGAAACG
255 AACTTGAATTTTTATACATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTATGAATGTCT-CCC-AGGAAACG
* * **
133334 TGAAGCAAAAACCATCTATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCGACTG-TCA
318 TAAAGCAAAAACCACCTATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCGAAAGCT-A
* * * * **
133398 TATTACTCACTTTAAATTGTTTTATGATCTCATAATTGATTTAAGTTAATTTTTTTTTTACATTT
382 TATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTAAGTTAA-TACTTTTTTACATTT
* *
133463 TTGGTCAAAATATATTATAACTGAATGT
446 TTGATCAAAATATATTATAACTAAATGT
133491 CTGTCTTGAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTACAATGTTTTA
TGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATGTTTGATTAAAATAAATTATAACTGAA
TATCTACCTTAAGAAAAATGAACAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTC
AAGCCCTTAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCGTACTACTGATTCTAACTTG
AATTTTTATACATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTATGAATGTCTCCCAGGAAACGTAAAGCAA
AAACCACCTATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCGAAAGCTATATTACTCA
CTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTAAGTTAATACTTTTTTACATTTTTGATCAAAA
TATATTATAACTAAATGTTTGCCTCGTGAAATGCAAGGTAAAAGTCATATATTGAC
Found at i:133586 original size:343 final size:342
Alignment explanation
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Period size: 343 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
132998 AAAAGTCATA
* * * ** * **
133008 TATTGACAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACTCTAGCGTTCGAAAGCCTTATCACTGTCTTTAAAT
1 TATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCGAAAGCCATATCACTCACTTTAAAT
* *
133073 GATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAAATTAT
66 GATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTCAAAATAAATTAT
** * * *
133138 ATTTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAATCCATTTAT
131 AACTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAATCCATTTAT
* * ** * ** * **
133203 AGTCACTCAAGCCTTTGATAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACT-GTTGAT
196 AGTCACTAAAGCCCTCAAAAAACTTATTACTCACTTTAAATGGTATTATAATCTCA-TAACTGAT
133267 TCTAAGTTGAATTTTTATATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCCTAGGAAA
260 TCTAAGTTGAATTTTTATATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCCTAGGAAA
133332 CGTGAAGCAAAAACCATC
325 CGTGAAGCAAAAACCATC
** * *
133350 TATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCGACTGTCATATTACTCACTTTAAAT
1 TATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCGAAAGCCATATCACTCACTTTAAA-
* *
133415 TG-TTTTAT-GATCTCATAATTGA-TTTAAGTT-AATTTTTTTTTTACATTTTTGGTCAAAATAT
65 TGATTTTATAG-TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTCACATTTTTGGTCAAAATAA
** * * ** * *
133476 ATTATAACTGAATGTCTGTCTTGAGAACCATAAAGCAAAAGCCATCCATT-AGTATGAAAAGTCT
126 ATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGA-CAAAAAAAATCC
* *
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190 ATTTATAGTCACTAAAGCCCTCAAAAAACTTATTACTCA-CTTTAAATGGTATTATAATCTCATA
* *
133604 ACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
254 ACTGATTCTAAGTTGAATTTTTATATATTTTTGGTTAAAA
133644 CNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTCAAAATAAATTAT
AACTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAATCCATTTAT
AGTCACTAAAGCCCTCAAAAAACTTATTACTCACTTTAAATGGTATTATAATCTCATAACTGATT
CTAAGTTGAATTTTTATATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCCTAGGAAAC
GTGAAGCAAAAACCATC
Found at i:136162 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 135869--136465 Score: 609
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 170
135859 NNNNNNNNNN
* * *
135869 AATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAAA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAA
* *
135934 TTATAACTGAATGTCTGTCTT--GAAAAATGTGAAGCAAAAGACATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
65 TTATAACTGAATGTCTGCCTTAGGAAAAA--TGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAGAAAAGTCC
* *
135997 ATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTTTTACTCTCTTTA
127 ATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
136041 AATGGTTTTCTAATCTGATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAAC
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAAT
* * * *
136106 TATACCTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAACCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT
66 TATAACTGAATGTCTGCCTTAGGAAAAATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-CAAGAAAAGTCCATT
* * *
136171 TATAGTCACTAAAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCACTTTA
130 TATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * *
136212 AATGGTCTTATAATCTCACT-ATT-AGTTTTAACTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAGATA
1 AATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGA-TTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATA
* ** * * * * * * *
136274 GATTATATTTGAATGTTTGCCTCAGGAAATATAAAGTAAAAGCTA-CCAATTTGCAAGAAAGGTC
63 AATTATAACTGAATGTCTGCCTTAGGAAAAATGAAGCAAAAGCCATCC-A-TTGCAAGAAAAGTC
*
136338 CATTTATAGTCACTTC-AG-TGTCCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
126 CATTTATAGTCAC-TCAAGCT-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * * * * * * *
136383 AATAGCTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTGAACTTTTTTACA-TTTTGATTAGAATATAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAAT
* *
136447 TATAACTAAATGTTTGCCT
66 TATAACTGAATGTCTGCCT
136466 CATGAAATGC
Statistics
Matches: 358, Mismatches: 55, Indels: 26
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (170 bp):
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAAT
TATAACTGAATGTCTGCCTTAGGAAAAATGAAGCAAAAGCCATCCATTGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
Found at i:136824 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 136481--137075 Score: 706
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 168
136471 AATGCAAGGT
** * * ** * *
136481 AAAAGTCCATTTCCAATCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATAGTTTTATAG
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
136546 TCTCATAATAGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTTAAATAAATTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGT
* * *
136611 TTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAATCATAAG
130 TTGCCTAG-GAAACATTAAGCAAAAGCCATCC-ATTATAAG
* * * * *
136652 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCTTTATTAGTCGCTTTAAATGTTTTTATGA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
136717 TCTTATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTC
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTT
* *
136782 TGCCTAAGGAAACATTAAGCAAAAACCATCCATTGGTAAG
131 TGCCT-AGGAAACATTAAGCAAAAGCCATCCATT-ATAAG
* * *
136822 AAAAGTCCATTTATAGTCACGCAAGCCATT-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTTAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
136886 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGACTG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATG
* ** *
136951 TTTGCCTTAGAAAATGTTAAGCAAAAGCCATCCAATTACAAG
129 TTTGCC-TAGGAAACATTAAGCAAAAGCCATCC-ATTATAAG
* * * *
136993 AAAAGTCCAATTATAGTCACTCAGGTCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*
137058 TCTCATTATTGATTTTAA
66 TCTCATAATTGATTTTAA
137076 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 58, Indels: 14
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 145 0.40
171 208 0.58
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTT
TGCCTAGGAAACATTAAGCAAAAGCCATCCATTATAAG
Found at i:136957 original size:492 final size:492
Alignment explanation
Indices: 135989--136942 Score: 1213
Period size: 492 Copynumber: 1.9 Consensus size: 492
135979 CATTGGCAAG
* * * * * *
135989 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTTTTACTCTCTTTAAATGGTTTTCTAA
1 AAAAGTCCATTTACAATCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATAGTTTTATAA
* * *
136054 TCTGATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAACTATACCTGAATGT
66 TCTCATAATAGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAACTATAACTGAATGT
* *
136119 CTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAACCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAA
131 CTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAACCCATCCAATCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAA
136184 GCCTTCGATAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATCTCACTATTAGTTTTAACTTGAA
196 GCCTTCGATAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATCTCACTATTAGTTTTAACTTGAA
* * * * * *
136249 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAGATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTCAGGAAATATAAAGTAAA
261 ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTAAGGAAACATAAAGCAAA
* * * * * *
136314 AGCTACCAATTTGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACTTCAGTGTCCGAAAGCCTTATTACTCAC
326 AACCACCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGCAGAGTCCGAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * *
136379 TTTAAATAGCTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTGAACTTTTTTACATTTTGATTAGAATA
391 TTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTGATTAAAACA
*
136444 TATTATAACTAAATGTTTGCCTCATGAAATGCAAGGT
456 GATTATAACTAAATGTTTGCCTCATGAAATGCAAGGT
* *
136481 AAAAGTCCATTTCCAATCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATAGTTTTATAG
1 AAAAGTCCATTTACAATCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
136546 TCTCATAATAGATTTTAACTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTTAAATAAATTATAATTGAATG
66 TCTCATAATAGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAAACTATAACTGAATG
* * * * *
136610 TTTGCCTT-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAATCATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
130 TCTACCTTAG-GAAACATGAAGCAAAACCCATCCAATCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTA
* * * * * * * * *
136674 AAGCCTTCGATAGCTTTATTAGTCGCTTTAAATGTTTTTATGATCTTATTATT-GATTTTAAGTT
194 AAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATCTCACTATTAG-TTTTAACTT
* * *
136738 -AAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTAAGGAAACATTAAGC
258 GAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTAAGGAAACATAAAGC
*
136802 AAAAACCATCC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-GCA-AG-CCATTGAAAGCCTTAT
323 AAAAACCA-CCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGCAGAGTCC---GAAAGCCTTAT
** * * * * * *
136863 TACTTGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGG
384 TACTCACTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAACTTTTTTACA-TTTTGA
136928 TTAAAACAGATTATA
448 TTAAAACAGATTATA
136943 TTTGACTGTT
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 63, Indels: 16
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
488 2 0.01
489 1 0.00
490 2 0.01
491 153 0.39
492 233 0.60
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (492 bp):
AAAAGTCCATTTACAATCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATAGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAACTATAACTGAATGT
CTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAACCCATCCAATCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAA
GCCTTCGATAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATCTCACTATTAGTTTTAACTTGAA
ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTAAGGAAACATAAAGCAAA
AACCACCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGCAGAGTCCGAAAGCCTTATTACTCAC
TTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTGATTAAAACA
GATTATAACTAAATGTTTGCCTCATGAAATGCAAGGT
Found at i:137589 original size:163 final size:162
Alignment explanation
Indices: 137363--137691 Score: 423
Period size: 163 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
137353 TTTTTTTAAA
* * * *
137363 TTTTTTTAAAATAAATTATAATTAAATGTTTGTCTTGGAAAATGTGAAGCAATAAACATCCATTG
1 TTTTTTTAAAAGAAACTATAATTAAATGTTTGCCTTGGAAAACGTGAAGCAATAAACATCCATTG
* *
137428 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTATAAATTG-T
66 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTAACTATAAA-TGAT
* * *
137491 TTTCTAATCTC-GTAATTGATTTTAAGTTGAATTT
129 TTTATAATCTCACT-ATTGATTTTAACTTGAATTT
* * *
137525 TTTTTATTAAAAGAAACTATACTTGAATGTTTGCCTTGGAAAACGTGAAGCAA-AACCTATCCAT
1 TTTTT-TTAAAAGAAACTATAATTAAATGTTTGCCTTGGAAAACGTGAAGCAATAAAC-ATCCAT
* * * * *
137589 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGCGTTCGATAGCCTTATTACTAACTTTAGATGAT
64 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCGTTCGAAAGCCTTATTACTAACTATAAATGAT
*
137654 TTTATAATCTCACTATTGGTTTTAACTTGAATTT
129 TTTATAATCTCACTATTGATTTTAACTTGAATTT
137688 TTTT
1 TTTT
137692 ACATTTTTAG
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 18, Indels: 9
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 11 0.08
163 132 0.92
164 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (162 bp):
TTTTTTTAAAAGAAACTATAATTAAATGTTTGCCTTGGAAAACGTGAAGCAATAAACATCCATTG
ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCGTTCGAAAGCCTTATTACTAACTATAAATGATTT
TATAATCTCACTATTGATTTTAACTTGAATTT
Found at i:138605 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 138288--140019 Score: 1567
Period size: 171 Copynumber: 10.2 Consensus size: 169
138278 NNNNNNNNNN
* * * *
138288 AGGCTTTCGAAGGCTTTAGTGACT-TAAAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCCTC
1 AGGCTTTC-AAAGCTTGAGTGACTAT-AAA-TGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTC
** * * * * * * * * *
138352 ATATTT-CTCAAGGCAAACATT-TAATATAATTTGTTTTAACCTAAATTGTAAAACAA-CCTAAC
63 ACGTTTCCT-GAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTC-AAC
* *
138414 TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATA
125 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * *
138459 AGACTTTCAACAGTTTCAGTGACTATAAATAGACTTTT-TCTACCTATGGATGGCTTTTACTTCA
1 AGGCTTTCAA-AGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * *
138523 -GTATCCTGAGGCAGACATTCAAATATCATCTGTTTTAACCAAACATGTCAAAAAATTCAGCTTA
64 CGTTTCCTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTA
* ** *
138587 CAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCT-AGTAGTA
128 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATA
* ** * * * ** *
138629 AAGCTTTCAAAAGAATG-GATAAATATAAATAGAC-TTTCTTGTCAATAGG-TGGCTTTTTCTTC
1 AGGCTTTC-AAAGCTTGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GGATGGCTTTTGCTTC
* * * * * * *
138691 ACGTTTCTTGAGGTA-ATAGTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTAAATTTA
63 ACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTA
138755 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAAGTGAGTAATA
128 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * *
138798 AGGCTTTCAATGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACTAATAGATAGTTTTTGC-TCAC
1 AGGCTTTCAA-AGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* ** * * *
138862 GTTTCCTGAGGCAGACATTTAGTTATAATTTATTTTGACCAAAAATATAAAAAAAAATCTAACTT
65 GTTTCCTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATAT--AAAAAATTC-AACTT
* * **
138927 -AAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
127 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* ** * * *
138969 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATCAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAGGGCTTTTGCTTCAT
1 AGGCTTTCAAA-GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* *
139034 GTTTCTCT-AGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTT-ACTAAAAAATATAAAACAATTCAACTT
65 GTTTC-CTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAAC-CAAAAATATAAAA-AATTCAACTT
* * * *
139097 AAAATGAATTATGAGATTATAAAACCGTTTTAAGCGAGTAATA
127 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * *
139140 AGGCTTCCAATGGCTTGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCATTGGATGGTTTTTACTTCAC
1 AGGCTTTCAA-AGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * * *
139205 ATTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAA
65 GTTTCCTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAA
* * * * *
139270 AATAAATAATGAGATAATAAAACTATTTAAAATGAGTAATA
129 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * *** * *
139311 AGGCCTTTGAAGGATTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTGATTGGATGGCTTTTGCTTAAC
1 AGG-CTTTCAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * * * * *
139376 ATTTCTTGAGACAAACAGTCAAACATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAG
65 GTTTCCTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAA
* ** *
139441 AATCAATTATGAGATCATAAAAGAATTTAAAGCGAGTAATA
129 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
*** *
139482 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAATTTTTGCTTCAT
1 AGGCTTTCAAA-GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * ** *
139547 GTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATATA-TTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAA
65 GTTTCCTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAA
* *
139611 AATCAATAATGAGACTATAAAACCATTTAAAAG-GAGTAATA
129 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATA
* * * * ** * *
139652 AGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGTCTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGC-CTTGCTTCAT
1 AGGC-TTTCAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
** * * * * * *
139716 GTTTCCCAAGGCAAATAGTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAACATATAAAAAATTCAA-TATAA
65 GTTTCCTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACT-TAA
* * * * *
139780 AATCAATTCTAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGGGTAATA
129 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * *
139821 AGGCTTTCAATGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGTTTTTGCTTCAC
1 AGGCTTTCAA-AGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * * * * * *
139886 GTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTGATCAAAAATGTAAAACAAATTTAAATTA
65 GTTTCCTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAA-AAATTCAACTTA
* *
139951 AAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATA
128 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
139993 AGGCTTTCAATAGCTTGAGTGACTATA
1 AGGCTTTCAA-AGCTTGAGTGACTATA
140020 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1269, Mismatches: 247, Indels: 89
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 48 0.04
169 231 0.18
170 341 0.27
171 489 0.39
172 153 0.12
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AGGCTTTCAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACG
TTTCCTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
Found at i:139153 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 138288--140019 Score: 1838
Period size: 342 Copynumber: 5.1 Consensus size: 342
138278 NNNNNNNNNN
* * * *
138288 AGGCTTTCGAAGGCTTTAGTGACT-TAAAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCCTC
1 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT-AAA-TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * ** * * * *
138352 ATATTTCTCAAGGCAAACA-TTTAATATAATTTGTTTTAACCT-AAATTGTAAAACAA-CCTAAC
64 ATGTTTCTCTAGGCAAACAGTCAAATATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAA-AATTC-AAC
* ** * ** * *
138414 TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTCAACAGTTTCAGT
126 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGT
* * * * *
138479 GACTATAAATAGACTTTT-TCTACCTATGGATGGCTTTTACTTCA-GTATCCTGAGGCAGACATT
191 GACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATT
* * * * * * *
138542 CAAATATCATCTGTTTTAACCAAACATGTCAAAAAATTC-AGCTTACAATCAATTATGAGATTAT
255 CAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
138606 AAAATTATTTAAAGCTAGTAGTA
320 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
* * ** * * * *
138629 AAGCTTTCAAAAGAATG-GATAAATATAAATAGAC-TTTCTTGTCAATAGG-TGGCTTTTTCTTC
1 AGGCTTTCAAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT-GGATGGCTTTTGCTTC
* * * * * *
138691 ACGTTTCT-TGAGG-TAATAGTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTAAATTT
64 ATGTTTCTCT-AGGCAAACAGTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTT
*
138754 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTG
128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTG
* * * * *
138819 GCTATAAATGGACTTTTCTTACTAATAGATAGTTTTTGC-TCACGTTTCCTGAGGCAGACATTTA
192 ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCA
** * * * *
138883 GTTATAATTTATTTTGACCAAAAATATAAAAAAAAATCTAACTT-AAATCAATTATGAAATTATA
257 AATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
*
138947 AAACTATTTAAAGCAAGTAATA
321 AAACTATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
138969 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATCAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAGGGCTTTTGCTTCAT
1 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * * *
139034 GTTTCTCTAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTT-ACTAAAAAATATAAAACAATTCAACTTA
66 GTTTCTCTAGGCAAACAGTCAAATATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAA-AATTCAACTTA
* * * * *
139098 AAATGAATTATGAGATTATAAAACCGTTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTCCAATGGCTTGTGTGAC
129 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGAC
* * * * *
139163 TATAAATGGACTTTTCTTACCATTGGATGGTTTTTACTTCACATTTCTTGAGGCAAACATTCAAA
194 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAAA
* * * * * * *
139228 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATTC-AACTTAAAATAAATAATGAGATAATAAAA
259 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
**
139292 CTATTTAAAATGAGTAATA
324 CTATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * *
139311 AGGCCTTT-GAAGGATTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTGATTGGATGGCTTTTGCTTAA
1 AGG-CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
** * * * * *
139375 CATTTCT-TGAGACAAACAGTCAAACATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
65 TGTTTCTCT-AGGCAAACAGTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTT
* * ** *
139439 AGAATCAATTATGAGATCATAAAAGAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA
128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGA
** * *
139504 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAATTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAA
193 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAA
* ** * * * *
139569 ATATAATATA-TTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGACTATAAA
258 ATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
*
139632 ACCATTTAAAAG-GAGTAATA
323 ACTATTT-AAAGCGAGTAATA
** * * *
139652 AGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGTCTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGGC-CTTGCTTCAT
1 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * * *
139716 GTTTCCCAAGGCAAATAGTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAACATATAAAAAATTCAA-TATAA
66 GTTTCTCTAGGCAAACAGTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACT-TAA
* * * * *
139780 AATCAATTCTAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGGCT
130 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACT
* * *
139845 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATT
195 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAAAT
* * * * * * *
139910 ATAATTTATTTTGATCAAAAATGTAAAACAAATTTAAATTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAC
260 ATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
*
139975 TATTTAAAGTGAGTAATA
325 TATTTAAAGCGAGTAATA
139993 AGGCTTTCAATA-GCTTGAGTGACTATA
1 AGGCTTTCAA-AGGCTTGAGTGACTATA
140020 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1151, Mismatches: 206, Indels: 68
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 40 0.03
339 290 0.25
340 148 0.13
341 227 0.20
342 362 0.31
343 84 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
GTTTCTCTAGGCAAACAGTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGCAGACATTCAAATA
TAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
ATTTAAAGCGAGTAATA
Found at i:140780 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 140260--140980 Score: 778
Period size: 341 Copynumber: 2.1 Consensus size: 340
140250 NNNNNNNNNN
* * * *
140260 CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGATAGTAATAAGGCTTTTGCAGGCTTGAG
1 CTTAAAATCAAT-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGATAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCAA
* * * *** *
140325 TGACTGAAAATTGACTTTTCCTGTCAATATATGACTTTTATATTACGTTTCTTGAGGCAAACATT
65 TAACTGAAAATGGACTTTTCCTGTCAATATATGACTTTTATATCACGTTTCCAAAAGCAAACATT
* * * * *
140390 TAGTTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAGTTTAATCCAAAATCAATTATGAGATTATAA
130 CAGGTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAACTTTAATCCAAAATCAATTATGAGATTAGAA
* * * ** * * *
140455 AGCCATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTTGAACACTTGAGTGGCTATAAATGGACCTTTCTTGCC
195 AACCATTGAAAACGAGTAATAAAGCTTTCAAACACTTGAGTGACTATAAATAGACCTTTCTCGCC
* * *
140520 AATGGGTAG-CTTTCGCTT-CATGTTTCCTGAGACAGACATTCAAATATAATCTATCTT-AATTA
260 AATGGAT-GTCTTTCGCTTACAT-TTTCC-AAGACAGACATTCAAATATAATCTAT-TTAAATCA
140582 AAAATGT-AAAAAAATTCAA
321 AAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * *
140601 GTTAAAACCAATAGTGAGATTATAAAACCATCTAAA-ATGAGTAATAAGG-TTATCGAAGGCTTC
1 CTTAAAATCAATA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAT-AGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCTTC
* * *
140664 AATAACT-ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATATATTG-GTTTTGCT-TCACGTTTCCAAAAGCAA
63 AATAACTGA-AAATGGACTTTTCCTGTCAATATA-TGACTTTT-ATATCACGTTTCCAAAAGCAA
* * * * *
140726 ACATTCAGGTATAGTTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACTTTAA-CTTAAAATCAATTATGAGA
125 ACATTCAGGTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAACTTTAATC-CAAAATCAATTATGAGA
* * ** *
140790 TTAGAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT
189 TTAGAAAACCATTGAAAACGAGTAATAAAGCTTTCAAACACTTGAGTGACTATAAATAGACCTTT
* * * ** *
140855 CTCGTCAATGGATGTCTTTTGCTTCACATTTTTCAAGACAGACATTCAGCTATAATTTATTTAAA
254 CTCGCCAATGGATGTCTTTCGCTT-ACATTTTCCAAGACAGACATTCAAATATAATCTATTTAAA
*
140920 TCAAAAATGTAAAAAAAAATTTAA
318 TCAAAAATGT-AAAAAAAATTCAA
*
140944 CTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAG
1 CTTAAAATCAA-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
140981 CGAGNNNNNN
Statistics
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0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
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341 249 0.80
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343 43 0.14
344 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
CTTAAAATCAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGATAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCAAT
AACTGAAAATGGACTTTTCCTGTCAATATATGACTTTTATATCACGTTTCCAAAAGCAAACATTC
AGGTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAACTTTAATCCAAAATCAATTATGAGATTAGAAA
ACCATTGAAAACGAGTAATAAAGCTTTCAAACACTTGAGTGACTATAAATAGACCTTTCTCGCCA
ATGGATGTCTTTCGCTTACATTTTCCAAGACAGACATTCAAATATAATCTATTTAAATCAAAAAT
GTAAAAAAAATTCAA
Found at i:140844 original size:170 final size:171
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Indices: 140260--140984 Score: 635
Period size: 170 Copynumber: 4.2 Consensus size: 171
140250 NNNNNNNNNN
* ** * *
140260 CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGATAGTAATAAGGCTTTTGCAGGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
* * * * * *** *
140325 TGACTGA-AAATTGACTTTTCCTGTCAATATATGACTTTT-ATATTACGTTTCTTGAGGCAAACA
66 TGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGACTTTTGCT-TCACGTTTCCAAAAGCAAACA
* * * * * *
140388 TTTAGTTATAATATATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAGTTTAA
129 TTCAGATATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAA
* * ** * * **
140430 -TCCAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTTGAACACTTGA
1 CT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * * * ** *
140494 GTGGCTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATGGGT-AGCTTTCGCTTCATGTTTCC-TGAGACAGAC
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGA-CTTTTGCTTCACGTTTCCAAAAG-CAAAC
* * * * *
140557 ATTCAAATATAATCTATCTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
128 ATTCAGATATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAA
* * * ** *
140601 GTTAAAACCAA-TAGTGAGATTATAAAACCATCTAAAATGAGTAATAAGG-TTATCGAAGGCTTC
1 CTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGGCTTG
* * * *
140664 AATAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATATATTG-GTTTTGCTTCACGTTTCCAAAAGCAAAC
64 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGA-TGACTTTTGCTTCACGTTTCCAAAAGCAAAC
* * * *
140728 ATTCAGGTATAGTTTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAACTTTAA
128 ATTCAGATATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAA
* * *
140771 CTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
* * * * * * * *
140836 TGACTATAAATAGACTTTTCTCGTCAATGGATGTCTTTTGCTTCACATTTTTCAAGA-CAGACAT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGACTTTTGCTTCAC-GTTTCCAAAAGCAAACAT
* *
140900 TCAGCTATAATTTATTTAAATCAAAAATGTAAAAAAAAATTTAA
130 TCAGATATAATTTATTTTAATCAAAAATGT--AAAAAAATTTAA
*
140944 CTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
140985 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 440, Mismatches: 96, Indels: 35
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.34
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CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCAAAAGCAAACATT
CAGATATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAA
Found at i:141529 original size:170 final size:172
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Indices: 141244--141696 Score: 556
Period size: 170 Copynumber: 2.7 Consensus size: 172
141234 NNNNNNNNNN
* *
141244 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCAA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA
* * * * * * * *
141309 TGACTTGCGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGTTTTTGCTTCATGTTTC-CTGA
66 AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AA
* **
141373 GGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAAC-AAAAA-ATGTAA
130 AGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* * * * * *
141414 AAAATTCAACTTAAAATCAATAATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAACAAAGCTATCAA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA
* * *
141479 AGGCTTGAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAA
66 AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAA
** * *
141544 GTAGACATTCAGTTATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
131 GTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
* * ** *
141586 AAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTCGA
1 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA
* *
141650 AGGCCTT-AGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTT
66 AGG-CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTT
141697 AACTTTGCGT
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 41, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA
AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAA
GTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
Found at i:142328 original size:264 final size:264
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Indices: 141839--142316 Score: 611
Period size: 264 Copynumber: 1.8 Consensus size: 264
141829 NNNNNNNNNN
* * * **
141839 AAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTAAATTGCTTT
1 AAGCATTAGTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAACTACAAATTGCTTT
* * ** * * *
141904 CTATTTTTTGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCCTC
66 CTATTTTTTATTAAAACATAATATAACTGAATGTCTGCATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* * * ** * * *
141969 CATTGACAAGAAAAATTCATTTATAGTAACCCACGCCTTCGGAAGTCTTATTTCTCCCTTTAAAT
131 AATTGACAAGAAAAATTCATTTATAGTAACCCAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
142034 GGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCT
196 AGTTTTATAATCTCATAATAGATCTTAAGTTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCT
142099 TTGA
261 TTGA
* * * *
142103 AAGCATTATTACTCGCTCTAAGTGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAACTACAATTTGTTTT
1 AAGCATTAGTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAACTACAAATTGCTTT
* *
142168 AC-ATTTTTTATTAAAATATAATATAACTGAATGTCTGCATCA-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCA
66 -CTATTTTTTATTAAAACATAATATAACTGAATGTCTGCAT-AGAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * *
142231 TTAATTGGCAAGAAAAGA-TCATTTATAGTCACTCAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
129 TCAATTGACAAGAAAA-ATTCATTTATAGTAACCCAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
*
142295 AATAGTTTTATAGTCTCATAAT
193 AATAGTTTTATAATCTCATAAT
142317 TACTCTTAAG
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 32, Indels: 6
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
264 176 0.98
265 3 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (264 bp):
AAGCATTAGTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAACTACAAATTGCTTT
CTATTTTTTATTAAAACATAATATAACTGAATGTCTGCATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
AATTGACAAGAAAAATTCATTTATAGTAACCCAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
AGTTTTATAATCTCATAATAGATCTTAAGTTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCT
TTGA
Found at i:142401 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 142071--142438 Score: 411
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
142061 AGTTAGCAAA
* * ** * * *
142071 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTCTAAGTGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCAAAAGCATTATTACTCACTCTAAATAGTTTTATAA
* * *
142136 TCTTATAATTGATTTTAACTACAATTTGTTTTACATTTTTTATTAAAATATAATATAACTGAATG
66 TCTCATAATTGATCTTAACTACAATTTGTTTTACATTTTTGATTAAAATATAATATAACTGAATG
* * *
142201 TCTGCATCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTAATTGGCAAG
131 TCTGCATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAAG
* *
142243 AAAAGAT-CATTTATAGTCACTCAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAG-TCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCAAAAGCATTATTACTCACTCTAAATAGTTTTATA
* * ** * * *
142307 GTCTCATAATT-ACTCTTAAGTTGACTTT-TTTTACATTTTTGGTTAAACTA-AATTATAACTGA
65 ATCTCATAATTGA-TCTTAACTACAATTTGTTTTACATTTTTGATTAAAATATAA-TATAACTGA
* * * * * **
142369 ATGTCTGCCTCAAGAGATATGAAGCCAAAGCCATCCATTGATGAG
128 ATGTCTGCATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAAG
*
142414 AAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAG
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
142439 CCTTATTACT
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 30, Indels: 9
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 86 0.53
172 72 0.44
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCAAAAGCATTATTACTCACTCTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTGATCTTAACTACAATTTGTTTTACATTTTTGATTAAAATATAATATAACTGAATG
TCTGCATCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCAATTGACAAG
Found at i:143389 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 143099--152459 Score: 7186
Period size: 171 Copynumber: 55.0 Consensus size: 171
143089 NNNNNNNNNN
**
143099 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTCAAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * * * *
143163 ACGTGAAGCAAATGCTATCCATTGGTAAGAAAAATTTATTTGTAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGA
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* * ** *
143228 CTTATTGCTCATTTTAAATAATTTTATAATCAT-ATGATTGAT
130 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGAT
* * ** * *
143270 TTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAACTAAATGTCTACCTCAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
* * * * *
143335 CGTGAAGCAAAAGTCATCCATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAATCAAGCCTTCAAAAGCC
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
* * *
143400 TTATTACTCACTTTAAATAGTTGTATAATCTTATAATTGAT
131 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
** * *
143441 TTTAAGTAT-AATTTGTTTTACATTTTT-AGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTCGAG
1 TTTAAGT-TGAATTT-TTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAG
** * * * * * * * * * * *
143504 AAATGTAAAGCTAAAGTCA-CTAATTGATAAAAAAAGACTATTTATAATCCCTTAAGACTT-GAA
63 AAACATGAAGCAAAAGCCATC-CATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG-A
* * *
143567 AAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATT-ACT
126 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-T
* * * * * ** * *
143613 TTTAAGTTGACTTTTTTTACATTTCTCG-TTAAACTAAAATATAACTGAATGTCTGCCTGAGGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * * *
143677 ATAAGAAGCCAAAGCCATCCATTGATAAGAATAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-C-T-------
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* ** ***
143733 -TTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATTGCTGAT
130 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * ** *
143774 TTTAAGTT-AATTTTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGATTATATTTGAATGTCTTTCT-TAG
1 TTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAG
* * * ** * * * **** *
143837 AAA-AGTAAAGAAAAAACCATTTATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTTTTTCAAA
63 AAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
* ** * *
143901 AGCTTTATTACTTGCTTTAAATTGG-TTGATAACCTCATAATTGAT
127 AGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** * * * * * *
143946 GTTAAATTG-AGTTTTTT---TTTTACATT----TTTAAT-TA-TTGAATGACTGCTTCAGGAAG
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
* * * * *
144001 CATGAGGCAAAACCCATCCGTTGGTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCC
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
* * ** * * *
144065 TTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAGCCCCATTATTAAT
131 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
144106 TTTAAGTTGAATTTTTGTACATTTTT-AGTTAAGATAGATTATATTTCAATGTCTACCTTAGGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * ** *
144170 ACATGAAGCAAAAGCTACCCATTGGTAAGAAAGGTCCATTTATAGTCA-TCCAAGTGTTCAAAAG
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAG
* ** *
144234 -C-T-CTACTCACTTTAAATGACTTTATAATCTTATAATT-ACT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-T
* * * ** * * *
144274 TTTGAGTTTAACTTTTTTACATTTTTTGATTAAAATATATTATAACTAAATGTTTGCCTCATGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * * * *
144339 ACATAAAGTAAAAGCCATCTATTGATAAGAAAAATCCATTTCTAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* * * *
144404 CTTATTA-TTAGCTATAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGAT
130 CTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ** * *
144446 TTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTATAGCTGAATGTTTGCCT-TAGAA
1 TTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * * * * * * *
144510 A-ATGTGAAGCAAAAGACATCCTTTGGAAAGAAATGTCCACTTATAGTTATTCAAACCTTCAAAA
65 ACA--TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
* *
144574 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGAT
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * ** **
144618 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAAACTATACTTGAATGTCTATCT-TGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
* ** * * * *
144682 CATGAAGCAAAACCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTGAAGCCTTTGACAA-C
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA-AAGC
* *
144746 TTTATTACTCATTTTAGAA-GGTTTTATAATCTCACT-ATT-AGT
130 CTTATTACTCACTTTA-AATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGA-T
* * * ** * * * *
144788 TTTAACTTGAATTGTTTTACACTTTT-AGTTAAGCTAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
** * * ** * **
144852 ATGTGAAGCAAAAGCTACCCATTGGTAAGAACGGTCCATTTATAGTCACTCAAGTATTCGAAAGC
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* **
144917 C---CTACTCACTTTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGAT
130 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** * * *
144956 TTTGAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGATTAAATTATATTATAAGTAAATGTTTGCCTCATG-AA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
** * * * * * *
145020 -ATGCAAAGTTAACGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAATCATTCAAGCCTTCGAAAG
66 CATG--AAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
* *
145084 CCTTATTA-TTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
129 CCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * ** *
145127 TTTGAGTTGAGTTTTTTTTTATATTTTCGGTTAAAGTAAATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGA
1 TTTAAGTTGA--ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGA
* * * * *
145192 AACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTACAGTTACTCAAGCCTTCGATAG
64 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
* * ** * * *
145257 CTTTATTAGTTGCTTTAAATTGTTTTATTATCTCATTATTGAT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
** * * *
145300 TTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTTG-TTCAAATATATTATATTTAAATGTTTGCCTC-AGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAG-A
* * * *
145363 AATATGAAGCAAAA-CCATCCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-GAAA
64 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAA
*
145426 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *** * *
145470 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTAT-AGTTAAAATAAATTATAACAGAATATCTGCCTTAAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * *
145534 ACGTGAAGCAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGCCACTCAAGCCGTT-GAAA
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAA
* ** * *
145597 GCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAAT
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * * ***
145641 TTTAAGTTCAA-TTTTTTATATTTTT-AGCTAAAACAAATTATATTTGACTATTTGCCTTGGGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * ** * * *
145704 ACGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCAAAAG
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
* * * * *
145768 CCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATTATTGAT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
145811 TTTAAGTTAAATTTGTTTGCATTTTTTATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCTTCAGGGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
* * *
145876 CATGAAGCAAAAACTATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCAAGCCATT-GAAAGC
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGC
* *
145940 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAT
130 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** **
145982 TTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTTATTAACATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTTGAGAA
1 TTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * *
146047 ACATGAAGCAAAACCCATCCATTGAG-AAGAAATGTGC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTTGATA
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-GTAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
*
146110 GTCC-TATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCACT-ATTGAT
128 G-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGAT
* * * * **
146154 TTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATATCCACCTCAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
* * * *
146219 CGA-GAAGCAAAAACCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGC
66 C-ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* * *
146283 CTTATTACTCACTTTTAAATTGTCTTATGATCTCATAATTGAT
130 CTTATTACTCAC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* *** * * * * * * * *
146326 TATAAGTATTCTTTTTTTTATATTTTTGATTAACATAGATTATATTTGACTATTTGTCT-AGGGA
1 TTTAAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCA-AGA
** * * *
146390 AATGTGAAGCAAAAGCCATCAATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
64 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
* * * * * *
146455 CCTTGTTGCTTACTTTAAATGATTTTATAGTCTCATTATTGAT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
146498 TTTAAGTTGAA-TTGTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
* * * *
146562 CATGAAGCAAAAGCTATCCATTTGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCAAGCC-GCTAAAAG
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAAG
* * * ********** *
146625 CCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTNNNNNNNNNNCATAATTTAT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * ** *
146668 TTTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTGAGTAAAGTAGT-TTATATTTGAATGTCTATCTCGAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATA-TATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
** * * * * * * *
146732 ATGTAAAGCAAAAGCCCTCCATTGGCAAGAAAAATCCATTGATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGC
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* ** ** * * *
146797 CTTACTACT-TGTTTAAAATTCTTTTATGATTTCATAATTAAT
130 CTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * ** * * *
146839 TTTTAGTTAAATTCTTTTTATATTTTTGATTAAAATAAATTATAACTAAATGTCTACCTCGAGAA
1 TTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
** * * * *
146904 ACATGAAGCAAAAATCATCTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGGCACTCAGGCCTTTGAAAGC
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
** * *
146969 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATTATTGA-
130 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * * *
147010 TTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAACAAATTATGTTTGAATGTCTACCTTAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
* * * * * * * * ** * *
147075 CGTAAAGGAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTTGAAAGC
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGC-CTTCGAAAGC
* * *
147140 CTTACTT-CT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTAAT
130 CTTA-TTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
147182 TTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTTTGCCTCAAGAT
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * *
147246 ACATGAAGTAAAAGCCATCCATAGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTGAAGCCGTT-GAAA
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAA
147309 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * ** *
147353 TTTAAGTT-AGATTATTTTACAATTTAGGTTAAAACAAATTATA-TTGAATGTCTATCTCGAGAA
1 TTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * ** * * *
147416 ACGTGAGGCAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGC
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* ** * * *
147481 TTTATCGCTCCCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGAT
130 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
147523 TTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATATTTGAATGTTTGCCTC-AGCAT
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAG-AA
* ** * * * * *
147587 ACAAGAAGTTAAAGCCATCCATAGGTAAAAAAAGT-TAATTTATAGTCACTGAAGTCGTT-AAAA
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAG-CCTTCGAAA
* * *
147650 ACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATCATTGAT
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * * * **
147694 TTTAAGTT-AGATTGTTTTATACTTTT-ACTTAAAACAAATTGTATTTGGATGTTTACCTTGAGA
1 TTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGA
* * * * *
147757 AACATGAGGTAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTGC-ATTTATAGTCACTAAAGCCATCGAAA
64 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
* * *
147821 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAGA-CTCATTATTGAT
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA-ATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
147865 TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTGGA-TAAAACAGATTATATTTGAATGT-TTCC-CTAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAG-A
** * * * * ** * *
147927 AACAT-AAAAAAAAACCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTAT-GTCACCCATTCTTTTGAAAG
64 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
** * * * *
147990 CCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTGATAACCTTATAATTGAT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * ** * * **
148033 TTTAAGTTAAACTTTTTTGCATTCTTAATTAAAATATCCTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
* *
148098 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
* ** * *
148163 TTATTACTCGCTTTAAATTCTTTTGTAATCTCATTATTGAT
131 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
148204 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTGGAATGTCTGTCTTAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
* *** * * * *
148269 CATAAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTTTATTTATACTTACTCTAGCCTTCGAAAGCC
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
* * *
148334 CTATTACTCCCTTTAAATGG-TTTATAATCTCGTAATTGAT
131 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ** * * *
148374 TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATATATTATAACTAAATGTCTGGCTCATGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * * *
148438 ACATGAAGTAAAAGCCATTCATT-GTCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACTTTTGAAAG
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGT-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
* ** *
148502 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATTGTCGAT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * ***
148545 TTTAAGTTGAGTTTTTTAAAATTTTT-AGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * ** * * ** * *
148609 ACATGAA-TAAAACGCCAACCATTAGCAAGAGGAGTCTATTTATTGTCACCCATTCTTTTGAAAG
65 ACATGAAGCAAAA-GCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
** * *
148673 -CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAACCTCATAATTGAT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
148715 TTTAAGTT--TTTTTTTTGCATTTTTAATGAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
* * * * *
148778 CACGAAGCCAAAGCCATCTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTGT-GAAAGC
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCT-TCGAAAGC
* * * *
148842 CTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTGAT
130 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
148884 TTGAAGTTGAATTTCTTTGA-ATTTTTGGTTAAAAAAGATTATATTTAAATGTCTGTCTCATGAA
1 TTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* ** ** *
148948 ACATGAAGTAGTAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCGTTTATAGTGACTCAAGCCGTT--AAAG
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAA-
* * * *
149011 GCCTTAATACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGGT
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
149055 TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAAATTATTTTTGAATGTTTGCCTCTAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * *
149119 ACGTGAAGCAAAAGCCCTCCATTGGAAAGAAAAATTTATTTATTA-TCACTCAAGCCTTCGAAAG
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTA-TAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
** ** * * * *
149183 AGTTATTGTTCTCTTTAAATGATCTTATAATCTCATGATTGAT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* ** * ** *
149226 TTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTCAATTAAAACATATTATAACTGAATGTCTGCCTTAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
* * * * ** * ** *
149291 CGTGAGGCAAAAGTCATTCATTGACAAAAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTCAAGTATTTGAAAGC
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* * * * *
149355 CTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATACTCTCATTAGTGAT
130 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** * * * * *
149397 TTTAAGTTAAATTTTTCTATATTTTTGGCTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTTCCTTAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
* * *
149462 CGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGGAAA-C
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAAGC
* * * ** **
149526 CTTATTGCTCTCTTTAAATAGTTTTATAGCCTCATTCTTGAT
130 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
149568 TTTAAGTTAAATTTTTTTAGATTTTTCATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCT-ACTCAAGGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAA-GAA
** * * * * * *
149632 ATGTGAAGTC-AAAGCTATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAG-TTGTTGAAA
65 ACATGAAG-CAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCT-TCGAAA
*
149695 GCCTTATTACT-AGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
128 GCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
149739 TTTCACTTAAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTACATTT-AACTGTTTGCCTCAGGA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATATTTGAA-TGTCTGCCTCAAGA
* * * * * *
149802 AACGTGAAG-TAAAGCAATCCATTGGCAA-AAAAATCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAA
64 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
* * * **
149865 TCTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAACAGAT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * ** * *
149908 TTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAATATATATTATAATTAAATGTCCACCTTATGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
** * ** * * *
149973 TGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGACCATTTCTAGT---T---G-C-TC--AAGCC
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
* * * *
150028 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAAGTGAT
131 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** * * *
150069 TTTTAGTT-AACTTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCTC-TGG
1 TTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGA
*** * *
150131 AA-ATGAAAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA
64 AACATG--AAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
* * * * *
150195 AGCCTTATTACTAACTTTAAATGATTTTAGAATCTCATTACTGAT
127 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
150240 TTTAAGTTGAATGTTCTTAAATTTTT-AGTTAAAACT-GATCATATTTGACTGTTTGCCTC-AGA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAA-TATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGA
* * * * * * * ** *
150302 GAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAA
64 -AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
** ** * *
150367 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCGATAA-CTTTATAATTAAT
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGAT
* * * * * * * **
150411 TTTAAGCTGAATTTTTTTTACA-TTTTAATAAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACTTCTGGAA
1 TTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * *
150475 ACATGAAGCGAAAGTCATCTATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCAAGCCTATTG-AA
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCT-TCGAAA
* *
150538 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATTATTGAT
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ** ** * *
150582 TTGAAGTTGAA-TTTTTT-CGAATTTACAGTTAAAGCAGATTATA-TTGAAATGTCTGCCTCAGG
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGA-TTAAAATATATTATATTTG-AATGTCTGCCTCAAG
** ** * * *
150644 AAACATGAA-CAAAAAGTTATCCATTGACAAGAAAAGTCCT-TTTATGGTTACTCTAGCCTTCGA
63 AAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
*
150707 AAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
126 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
150753 ATTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGATTGTCTACCTCATGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
* ** * *
150818 GATGAAGCAAAAGCCATCCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
** * * * *
150883 TTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAGTCTCATTACTGAT
131 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
150924 TTTGA-TTGGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACATATTATATTTGAATGTCTACCTTC-GG
1 TTTAAGTT-GAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCC-TCAAG
* * * * * *
150986 AAACATGAAGTAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATTAAG-CTATCGAA
63 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCT-TCGAA
*
151050 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
127 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** * * ** *
151095 TTTAAATTGAATTGTTATATGTTTTTGGTT--AATAGATTATATTTGAATGTCT-ATTTAGAGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCA-AGAA
* * * * * * * *
151157 ACATGAAGCAAAAGCCCTCCACTGGCAAGAAAAATTTATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGA
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* * * * * *
151222 CTTATTGCTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATGATTAAT
130 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
151264 TTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACATATTATAACTT-AATGTTTGCCTTAAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTAT-ATTTGAATGTCTGCCTCAAGA
** * * * *
151327 AATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAA-AAATAGTCTATTTATAGTCACTAAAGCCTTCAAAA
64 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAA-AGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
* *
151391 GCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTGTTTATAATCTCATAATAGAT
128 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * * * *
151435 TTTAAGTTGAATTGTTTTAAATGTTTCATTAAAACAGATTATATTTGAATATTTACCTTAA-AAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAA
* * * * * * * * *
151499 CATGAAGCACACGCCCTCCATTGGCAAGAAAAATTTATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGGC
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
* * * * *
151564 TTATTGCACCCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATGATTGAT
131 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * ** * * * *
151605 TTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTT-AGTTAAAACATATTATAACTAAATGTCTACCTTAAAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
** * * *
151669 ATGTGAAGCAAAAGCCATCCAGTT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATCGAAAG
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
** * * *
151733 CCTTATTACTCGTTTTAAATAGATTTATATTCTCATAATTGAT
129 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * *
151776 TTTAAGTTAAATTCTTTTT--ATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAA
1 TTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * * * * *
151839 ACATGAAACAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCAGGCTTTTGAAAGG
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* *
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* * * * * *
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** * * * * * **
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* ** * *
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131 TTATTACTCAC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
** * *
152117 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAGCAAATTATATTTGAATGTTTGCCTC-AGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAA
* * * * ** * * * *
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* ** * * *
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* * * **
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* * ** * * * *
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* *
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* ** * *
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* * * * *
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* * *
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** **
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* * * **
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* * * ** * * * * **** *
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63 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
* * * * * * *
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** * * * * * * *
143963 -TTTTACATT---TTTAA-T-TA-TTGAATGACT-GCTTCAGGAAGCATGAGGCAAAACCCATCC
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* ** *
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* ** * *
144083 AGTTTTATAGCCCCATTATTAAT
319 GGTTTTATAATCTCATTATTGAT
* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * ** *
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* * * * * * * * * *
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*
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* * * *
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* * * *
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*
144769 TTATAATCTCACTATT-AGT
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* * ** * *
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* * * * * * * *
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*
145105 GTTTTATAATCTCATAATTGAT
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* * * * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
145256 GCTTTATTAGTTGCTTTAAATTGTTTTATTATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TAC
* * * * * * * * * *
145320 TTTTTTTGTTCAAATATATTATATTTAAATGTTTGCCTCAGAAAATATGAAGCAAAA-CCATCCA
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*
145384 TTAGTA-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
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* *
145447 AGTTTTATAATCTCATAATTGAT
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* * * *** *
145470 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTAT-AGTTAAAATAAATTATAACAGAATATCTGCCTTA-AGA
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * **
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* * * * *
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*
145939 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACA
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACA
* ** * *
146004 TTTTTTATTAACATAAATTATAACTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAACCCATCCAT
193 TTTTTTATTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * * * *
146069 TGAGAAGAAATGTGCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGATAGTCC-TATTACTCACTTTAAATGC
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*
146133 TTTTATAATCTCACTATTGAT
321 TTTTATAATCTCATTATTGAT
* * * ** *
146154 TTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATATCCACCTCA-AGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGA-AA
* * * *
146218 ACGAGAAGCAAAAACCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGC
65 ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* * * * * *** *
146283 CTTATTACTCACTTTTAAATTGTCTTATGATCTCATAATTGATTATAAGTATTCTTTTTTTTATA
130 CTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACA
* * * * * * ** * ** *
146348 TTTTTGATTAACATAGATTATATTTGACTATTTGTCTAGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCAAT
193 TTTTTTATTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCT-TGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * * * * * *
146413 TGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTGCTTACTTTAAATGAT
257 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
*
146478 TTTATAGTCTCATTATTGAT
322 TTTATAATCTCATTATTGAT
* * * * *
146498 TTTAAGTTGAA-TTGTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATATTTGAATGTCTGCCTCA-AGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGA-AA
* * * * * *
146561 ACATGAAGCAAAAGCTATCCATTTGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCC-GCTAAAAG
65 ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC-GAAAG
* * ********** * * *
146625 CCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTNNNNNNNNNNCATAATTTATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAAT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * ** * * ** * *
146690 TTTTGAGTAAAGTAGTTTATATTTGAATGTCTATCTCGAGAAATGTAAAGCAAAAGCCCTCCATT
194 TTTTTATTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * ** **
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* * * *
146819 TTTATGATTTCATAATTAAT
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* * * * ** * * *
146839 TTTTAGTTAAATTCTTTTTATATTTTTGATTAAAATAAATTATAACTAAATGTCTACC-TCGAGA
1 TTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGA-A
* ** * * * * *
146903 AACATGAAGCAAAAATCATCTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGGCACTCAGGCCTTTGAAAG
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* * * * *
146968 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATTATTGA-TTTAAGTTAAATTGTTTTACAT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
147032 TTTTAATTAAAACAAATTATGTTTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTAAAGGAAAAGCCATTCATT
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* * * ** *
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* *
147159 AGTTTTATAATCTCA-TAGTTAAT
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* * * * * *
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* * * * * *
147245 TACATGAAGTAAAAGCCATCCATAGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTGAAGCCGTT-GAAA
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* *
147309 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTATTTTAC
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* *** * * * * * *
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* * * * ** * *
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* *
147502 TTTTACAATCTCATAATTGAT
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* * * * * * * *
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** ** * * ** * * * *
147588 CAAGAAGTTAAAGCCATCCATAGGTAAAAAAAGTTAATTTATAGTCACTGAAGTCGTT-AAAAAC
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* * * * *
147652 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATCATTGATTTTAAGTT-AGATTGTTTTATA-
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* * * * * * *
147715 CTTTTACTTAAAACAAATTGTATTTGGATGTTTACCTTGAGAAACATGAGGTAAAAGCCATCCAT
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* * * * * *
147780 TGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACTAAAGCCATCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
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*
147845 TTTACAGA-CTCATTATTGAT
322 TTTATA-ATCTCATTATTGAT
* * * * * *
147865 TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTGGA-TAAAACAGATTATATTTGAATGT-TTCCCTAGAAA
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* ** * * * * * ** * *
147928 ACAT-AAAAAAAAACCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTAT-GTCACCCATTCTTTTGAAAGC
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* * * * * * * *
147991 CTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTGATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTGCATT
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* * *** * **
148056 CTTAATTAAAATATCCTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
195 TTTTATTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
** * **
148121 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTCTTT
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*
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* * * * *
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* * *** ** * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* * *
148527 TATAGTCTCATTGTCGAT
324 TATAATCTCATTATTGAT
* * * * * * * *
148545 TTTAAGTTGAGTTTTTTAAAATTTTT-AGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGAAA
* * * * * ** * * * ** * *
148609 ACATGAA-TAAAACGCCAACCATTAGCAAGAGGAGTCTATTTATTGTCACCCATTCTTTTGAAAG
65 ACGTGAAGCAAAA-GCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
* * * * *
148673 -CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT--TTTTTTTTGCAT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
148735 TTTTAATGAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAGGAAACACGAAGCCAAAGCCATCTAT
194 TTTTTATTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCTT--GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * * *
148799 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTGTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGAT
257 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
148864 TTTATAATCTCATTATTGAT
322 TTTATAATCTCATTATTGAT
* * * * * * *
148884 TTGAAGTTGAATTTCTTTGA-ATTTTTGGTTAAAAAAGATTATATTTAAATGTCTGTCTCATG-A
1 TTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTA-GAA
* * ** * *
148947 AACATGAAGTAGTAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCGTTTATAGTGACTCAAGCCGTT--AAA
64 AACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAA
* * * *
149010 GGCCTTAATACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTGTTTTAC
128 -GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * *
149075 A-TTTTTAGTTAAAACAAATTATTTTTGAATGTTTGCCTCTAGAAACGTGAAGCAAAAGCCCTCC
192 ATTTTTTA-TTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCT-TGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC
* ** * ** ** *
149139 ATTGGA-AAGAAAAATTTATTTATTA-TCACTCAAGCCTTCGAAAGAGTTATTGTTCTCTTTAAA
255 ATT-GACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * *
149202 TGATCTTATAATCTCATGATTGAT
318 TGGTTTTATAATCTCATTATTGAT
* ** * * **
149226 TTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTCAATTAAAACATATTATAACTGAATGTCTGCCTTA-AGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGA-AA
* * * ** * * ** *
149290 ACGTGAGGCAAAAGTCATTCATTGACAAAAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCAAGTATTTGAAAGC
65 ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* * * * * * *
149355 CTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATACTCTCATTAGTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTATATT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
*** * * * * *
149420 TTTGGCTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTTCCTTAGGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTG
195 TTTTATTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCTT-GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
** * * * *
149485 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGGAAA-CCTTATTGCTCTCTTTAAATAGTT
259 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
** *
149549 TTATAGCCTCATTCTTGAT
323 TTATAATCTCATTATTGAT
* * * * * *
149568 TTTAAGTTAAATTTTTTTAGATTTTTCATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCT-ACTCAAGGAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCT-TAGAAA
* * * * * *
149632 ATGTGAAGTC-AAAGCTATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAG-TTGTTGAAA
65 ACGTGAAG-CAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT-TCGAAA
* * * * *
149695 GCCTTATTACTAGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCACTTAAATTTTTTTACA
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * * * *
149760 -TTTTTAGTTAAAACAGATTACATTT-AACTGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAG-TAAAGCAATCC
193 TTTTTTA-TTAAAATAAATTATATTTGAA-TGTCTACCT-TGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC
* * * * ** * *
149822 ATTGGCAA-AAAAATCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAATCTTATTACTCGCTCTAAATG
255 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* **
149886 GTTTTATAATCTCATAACAGAT
320 GTTTTATAATCTCATTATTGAT
* * * * * * * * **
149908 TTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAATATATATTATAATTAAATGTCCACCTTATG-AA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTA-GAAA
* * ** * *
149972 ATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGACCATTTCTAGT---T---G-C-TC--AAGC
65 ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* * * * *
150027 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAAGTGATTTTTAGTT-AACTTTTTTTATA-
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAT
** * *
150090 TTTTTAGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCTCTGG-AA-ATGAAAAGCAAAAGCCATCC
194 TTTTTA-TTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCT-TGGAAACATG--AAGCAAAAGCCATCC
* * ** *
150153 ATTAACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATG
255 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
150218 ATTTTAGAATCTCATTACTGAT
320 GTTTTATAATCTCATTATTGAT
* * * * * * * *
150240 TTTAAGTTGAATGTTCTTAAATTTTT-AGTTAAAACT-GATCATATTTGACTGTTTGCCTCAGAG
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAA-TAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGAA
** * * * * * * * ** *
150303 AATATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAG
64 AACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
* ** * * *
150368 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCGATAA-CTTTATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTTAC
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAC
* * * * * * * * *
150432 A-TTTTAATAAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACTTCTGGAAACATGAAGCGAAAGTCATCTA
192 ATTTTTTATTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCT-TGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
* *
150496 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTATTG-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
256 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT-TTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
*
150560 GTTTTATAATCTTATTATTGAT
320 GTTTTATAATCTCATTATTGAT
* * ** ** * *
150582 TTGAAGTTGAA-TTTTTT-CGAATTTACAGTTAAAGCAGATTATA-TTGAAATGTCTGCCTCAGG
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGA-TTAAAATAGATTATATTTG-AATGTCTGCCTTAGA
* ** ** * * * *
150644 AAACATGAA-CAAAAAGTTATCCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATGGTTACTCTAGCCTTCGAA
63 AAACGTGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
* * * *
150708 AGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTATTTTAT
127 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* ** * * *
150773 ATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGATTGTCTACCTCAT-GAAAGATGAAGCAAAAGCCATCC
192 ATTTTTTATTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCT--TGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC
* **
150837 ATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
255 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * *
150902 ATTTTATAGTCTCATTACTGAT
320 GTTTTATAATCTCATTATTGAT
* * * * * *
150924 TTTGA-TTGGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACATATTATATTTGAATGTCTACCTTCGGA
1 TTTAAGTT-GAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGAA
* * * * * *
150987 AACATGAAGTAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATTAAG-CTATCGAAA
64 AACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT-TCGAAA
* * * **
151051 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTATATG
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
** * * *
151116 TTTTTGGTT--AATAGATTATATTTGAATGTCTA-TTTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCCTCCA
193 TTTTTTATTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCTT-G-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
* * * ** * * * * * * *
151178 CTGGCAAGAAAAATTTATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGACTTATTGCTCCCTTTAAATAG
256 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * *
151243 TTTTATAATCTAATGATTAAT
321 TTTTATAATCTCATTATTGAT
* * * * * *
151264 TTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACATATTATAACTT-AATGTTTGCCTTAAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAGATTAT-ATTTGAATGTCTGCCTTAGAA
* * * * * *
151327 AATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAA-AAATAGTCTATTTATAGTCACTAAAGCCTTCAAAA
64 AACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
* * *
151391 GCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTGTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAA
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * ** * * *
151455 ATGTTTCATTAAAACAGATTATATTTGAATATTTACCTTAAAAACATGAAGCACACGCCCTCCAT
192 ATTTTTTATTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCTTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * ** * ** * * * *
151520 TGGCAAGAAAAATTTATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGGCTTATTGCACCCTTTAAATGGT
257 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* *
151585 TTTATAATCTTATGATTGAT
322 TTTATAATCTCATTATTGAT
* * * * * ** * * *
151605 TTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTT-AGTTAAAACATATTATAACTAAATGTCTACCTTAAAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGAAA
* * *
151669 ATGTGAAGCAAAAGCCATCCAGTT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATCGAAAG
65 ACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
* * * * *
151733 CCTTATTACTCGTTTTAAATAGATTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTT--A
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA
* * * * * * *
151796 TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAACAAAAACCATCCAT
193 TTTTTTATTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
** * * * *
151861 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCAGGCTTTTGAAAGGCTTATTACT-ATCTTTAAATGG
257 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGG
*
151925 TTTTATAGTCTCATTATTGAT
321 TTTTATAATCTCATTATTGAT
* * * *
151946 TTTAAGTTAAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTCTAG-AA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCT-TAGAAA
* * * * * * * **
152010 ATGTGAAGCAAAAGTCATCTATTAGTAAGAAAAGTCTATTTGTATTCACTCAAGCCTTTAAAAGC
65 ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC
* ** * *
152075 CTTATTACTC-CTTTTAAATGATTTTATTGTCTCATTACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
130 CTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* ** * * ** * * * *
152139 TTTTTGTTAAAGCAAATTATATTTGAATGTTTGCCTCAGAAACGTGGAGCAAAAACC-TACATTG
194 TTTTTATTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCTTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* * * * * ** * *
152203 ACAAGAAAAATTCATTTATAGTCACTCAA-ACTTTCAAAAGACTTATTGTTCCCTTTAAAT-GAT
259 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* *
152266 TTATAATCTCATAATAGAT
323 TTATAATCTCATTATTGAT
* *
152285 TTTAAGTT-AGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTGC-GCCTT-GAG
1 TTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATATTTGAATGT-CTGCCTTAGA-
* ** * *** *
152347 AAACGTAAAGCAAAATTCATCCATTGGCAAGAAAAGTTTGTTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAA
63 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAA
* * *
152411 AGCCTTATTACTCACATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
127 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
152460 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 7238, Mismatches: 1514, Indels: 537
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGAAAA
CGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
TTTATTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCTTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATTATTGAT
Found at i:150062 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 149866--150190 Score: 379
Period size: 161 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
149856 CTTCGAAAAT
*
149866 CTTATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAACAGA-TTTTAGGTTGAA-TTGTTTTATA
1 CTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCTCATAACAGATTTTTA-GTT-AACTTGTTTTATA
* * * * ** *
149929 TTTTTTA-TTAATATATATTATAATTAAATGTCCACCT-TATGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCT
64 -TTTTTAGTTAAAATAAATTATAACTAAATGTCCACCTCT-GGAAATGAAAAGCAAAAGCCATCC
* * * **
149992 ATTGACAAGAAAAGACCATTTCTAGTTGCTCAAGC
127 ATTAACAAGAAAAGACAATTTATAGTCACTCAAGC
* * ** *
150027 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAGTCTCATAAGTGATTTTTAGTTAACTTTTTTTATATT
1 CTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCTCATAACAGATTTTTAGTTAACTTGTTTTATATT
* ***
150092 TTTAGTTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGCCTCTGGAAATGAAAAGCAAAAGCCATCCATTA
66 TTTAGTTAAAATAAATTATAACTAAATGTCCACCTCTGGAAATGAAAAGCAAAAGCCATCCATTA
*
150157 ACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGC
131 ACAAGAAAAGACAATTTATAGTCACTCAAGC
150188 CTT
1 CTT
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Statistics
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0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
160 8 0.06
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
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TTTAGTTAAAATAAATTATAACTAAATGTCCACCTCTGGAAATGAAAAGCAAAAGCCATCCATTA
ACAAGAAAAGACAATTTATAGTCACTCAAGC
Found at i:153126 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 152562--153358 Score: 844
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152552 NNNNNNNNTA
* *
152562 TATTTTAACCAAAAATGT-AAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAAAT-ATTT
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* * * * * * *
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*
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129 GCTTTTGCTTCATGTTTC-TGAAGATAGACATTCAAATATAATC
* * * *
152733 TGTTTTAACTAAAAATATAAAATAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
1 TATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
* * * * * * *
152798 ATCGTGTAATAAGGCTTTTA-ACGGCTTAAGTGACTATAAACT-GAC-TTTCTTACCAATGGATG
66 AGCGAGAAATAAGGC-TTTAGAAGGCTTAAGTGACTATAAA-TGGACTTTTTTTGCCAATGGAGG
* * ** * * *
152860 GCTTTTGCTTCATGTTTCCCGAGGCA-A-ACATTCAGTTACAGTA
129 GCTTTTGCTTCATGTTT-CTGAAG-ATAGACATTCAAATATAATC
* * * * *
152903 TATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCATATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAA
1 TATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
* * * * **
152968 AGCGAGAAATGAGGCTTTAGAAGGATTAAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCTAATGGATAGC
66 AGCGAGAAATAAGGCTTTAGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGAGGGC
* * *
153033 GTTTGCTTCATGTTTCTGAAGATGGGCATTCAAATATAATC
131 TTTTGCTTCATGTTTCTGAAGATAGACATTCAAATATAATC
* *
153074 TATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAA-CTATTTA
1 TATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTA
* * * * * *
153138 AAGGGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCGTGAGTTACTATAATTGGA-TTTTTCTTGCCAATGGAGG
65 AAGCGAGAAATAAGGCTTTAGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTGCCAATGGAGG
* ** * *
153202 GCTTTTGCTTCACGTTTCACATGACAGACATTCAAATATAATC
129 GCTTTTGCTTCATGTTTCTGAAGATAGACATTCAAATATAATC
* * *
153245 TTTTTTAACTAAAAATGCACAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTA
1 TATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTA
* * ** *
153309 AAGCGAGTAACAAGGCTTTCA-TTGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
65 AAGCGAGAAATAAGGCTTT-AGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTT
153359 CTTANNNNNN
Statistics
Matches: 517, Mismatches: 93, Indels: 31
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 147 0.28
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172 11 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
AGCGAGAAATAAGGCTTTAGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGAGGGC
TTTTGCTTCATGTTTCTGAAGATAGACATTCAAATATAATC
Found at i:154091 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 153798--154502 Score: 697
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 170
153788 TGTAGACAAA
* ** * * * * * *
153798 CAAATATAATTTGTTTTAACTGAAACTG-TAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTAATGAGATTATA
1 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
* * * *
153862 AAACCATTTAAAG-CAGGTAATAAGGCCTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTT-TCT
66 AAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGG-CTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAACAGACTTTTCT-T
* *
153925 GTCAATGAAGGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATT
128 GCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATT
**********
153968 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAACAATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTATA
1 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
** * *
154033 AAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAATGGCTTGAGTGACAATAAACAGACTTTTCTTGC
66 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAA-GGCTTGAGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGC
* * * **
154098 CAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTTTTAAGGCGCACATT
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* * * * *
154139 CAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATG-TAAAAAAATCTAACATAAAATCTATTATAAGATTAT
1 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAACAATTC-AACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
* * * * * * *
154203 AAAACCATTTAATGGGAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATCAATAAATTTTTCTTG
65 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCTTGAGTGACTATAAACAGACTTTTCTTG
* *
154268 CCAATTGAA-GGCTTTTGCCTCATGTTT-TTGAGGCAAACATT
129 CCAA-TGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATT
* ** * *
154309 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATAAAAATTAAAATCAATTATGAGATTATA
1 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
* * * * * **
154374 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTAAACGGCTTGAGTGACCATAAACGGACATTTCTTAT
66 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAA-GGCTTGAGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGC
* * * * *
154439 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTCCTGAGGCAGACATT
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1 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAAA
154503 NNNNNNNNNN
Statistics
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AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAACAGACTTTTCTTGCC
AATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATT
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Alignment explanation
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153788 TGTAGACAAA
* ** * * * *
153798 CAAATATAATTTGTTTTAACTGAAACTGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTAATGAGATTATAA
1 CAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATCTAACATAAAATCAGTAATAAGATTATAA
* *
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66 AACCATTTAAAGCAGGTAATAAGGCCTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGAATTTTTCTGCC
*
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131 AATGAAGGGCTTTTGCCTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAA
* ** * ********** ** *
153993 ATGTTAAACAATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGG
196 ATGTAAAACAATAAAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAG
* * * * *
154058 CTTTTAATGGCTTGAGTGACAATAAACAGACTTTTCTTGCCAATGGATGCCTTTTGCTTCATGTT
261 CTTTAAACGGCTTGAGTGACAATAAACAGACATTTCTTACCAATGGATGCCTTTTGCTTCACG-T
**
154123 TTTTAAGGC-GCACATT
325 TCCTAAGGCAG-ACATT
*
154139 CAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACATAAAATCTA-TTATAAGATTAT
1 CAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATCTAACATAAAATC-AGTAATAAGATTAT
* * * * * *
154203 AAAACCATTTAATG-GGAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATCAATA-AATTTTTCT
64 AAAACCATTTAAAGCAG-GTAATAAGGCCTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGAATTTTTC-
*
154266 TGCCAATTGAA-GGCTTTTGCCTCATGTTT-TTGAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAAC
127 TGCCAA-TGAAGGGCTTTTGCCTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAAC
154329 CAAAAATGTAAAACAATAAAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
191 CAAAAATGTAAAACAATAAAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * *
154394 TAAAGCTTTAAACGGCTTGAGTGACCATAAACGGACATTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTC
256 TAAAGCTTTAAACGGCTTGAGTGACAATAAACAGACATTTCTTACCAATGGATGCCTTTTGCTTC
*
154459 ACGTTCCTGAGGCAGACATT
321 ACGTTCCTAAGGCAGACATT
154479 CAAATATAATCTGTTTTAACAAAA
1 CAAATATAATCTGTTTTAACAAAA
154503 NNNNNNNNNN
Statistics
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CAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATCTAACATAAAATCAGTAATAAGATTATAA
AACCATTTAAAGCAGGTAATAAGGCCTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGAATTTTTCTGCC
AATGAAGGGCTTTTGCCTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAA
ATGTAAAACAATAAAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAG
CTTTAAACGGCTTGAGTGACAATAAACAGACATTTCTTACCAATGGATGCCTTTTGCTTCACGTT
CCTAAGGCAGACATT
Found at i:154923 original size:172 final size:173
Alignment explanation
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154616 NNNNNNNATG
* * *
154626 GATGGATTTTGCTTTACATTTCTTAAGGCAAACATTCAGTTATAATTTATTTTAA-TCAAAAATG
1 GATGGTTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGCAAACATTCAGATATAATTTATTTTAACTCAAAAATG
* ********** * *
154690 TAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
66 TAAAAAAAAATCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAATAATAAGGCT
*
154755 TTCAATGGCTTGAGTGGCTATAAATCG-ACTTTTCTTACC-AATA
131 TTCAATGGCTTGAGTGACTATAAAT-GTACTTTTCTT-CCTAATA
** *
154798 GATGGTTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAGATATAATTTATTTTAACT-AAAAATG
1 GATGGTTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGCAAACATTCAGATATAATTTATTTTAACTCAAAAATG
* * * *
154862 TAAAAAACATTCAACTGAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAATAATAAGGCT
66 TAAAAAAAAATCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAATAATAAGGCT
* *
154927 TTCAATGGCTTGAGTGATTATAAATGTACTTTTCTTCCTAATG
131 TTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGTACTTTTCTTCCTAATA
* * * * *
154970 GATAGTTTTGGCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAAC
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155026 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 34, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
171 3 0.02
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.35
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GATGGTTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGCAAACATTCAGATATAATTTATTTTAACTCAAAAATG
TAAAAAAAAATCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAATAATAAGGCT
TTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGTACTTTTCTTCCTAATA
Found at i:155424 original size:171 final size:161
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Indices: 155128--155500 Score: 320
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 161
155118 NNNNNNNNNN
* * * *
155128 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTATATTTTTTTCTTAAAATA
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* * ** *
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66 GATTATATTTGAATATCTACCATAGGAAACAAGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATCC
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* *
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* * * * * ** *
155362 T-GAATTATATTTGAATGTCTGCCTTAGGGAACAAGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAG
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* *
155426 TCCATTTATAGTCATTCAAGCTATTGAAAGCCTTATTACTCGCT
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*
155470 TTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTT
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155501 TATGTTGATT
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 24, Indels: 28
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170 2 0.01
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Consensus pattern (161 bp):
TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTGCTTAAAATA
GATTATATTTGAATATCTACCATAGGAAACAAGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATCC
ATTTATAGTCACTCAAGCCTTATTACTCACT
Done.