Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402553.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5626.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 843
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Found at i:523 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4--1405 Score: 1090
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 169
1 TTA
* * * *
4 ACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCACTGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCA-TCAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * ** * * *
69 TATAATCTAATAAAT-ATTTTTAAGTCGCAATGCTTTTCATTTTTTGTTAAAATCTATCAGAATT
65 TATAATCTTATAAATGA-TTTTAAATCAAAAT-CTTTTCATTTTTGGTTAAAACCTATCATAATT
* * ** **
133 GGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGCGTATGCCATTTATTG
128 GGATGTTTGCATTGTGGAACATGAAGCAAATGCCATCCATTG
* * * * ***
175 ATAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATTCCATCGAAAACCTTGTTACCCACTTTAAATAG--T
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCATC-AAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTT
** * * * *
238 TATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATAGTTTTCTTTTTTGGTTAAAACCTATCTTCATTG
65 TATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAAT-CTTTTCATTTTTGGTTAAAACCTATCATAATTG
** * * ** **
303 CTTGTTTGCATTAG-GGAACGTAAAGCGGATGCCATATATTG
129 GATGTTTGCATT-GTGGAACATGAAGCAAATGCCATCCATTG
* * * * *
344 ACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTAAGACATCAAAGGCCTTGTTACTTGCTTTTAATAGTTT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCATCAAA-GCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * * **
409 TATAGTCTTATAAATGATTTTAGATCAAAATATATTTCATTTTTGGTTAAAACCTATGTTAATTG
65 TATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCT-TTTCATTTTTGGTTAAAACCTATCATAATTG
* *
474 GATGTTTACATTGTGGAACATGAAGCAAATGCCACCCATTG
129 GATGTTTGCATTGTGGAACATGAAGCAAATGCCATCCATTG
* * * * * * * *
515 ATAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCACTCATGCCATTAAAAACCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCA-TCAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTT
* * ** ** * *
580 TACAATCTTACAAAT-ATTTTCGATTGAAGTCTTTTTCAATTTTT-GTTAAAACATATCATAATT
65 TATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATC-TTTTC-ATTTTTGGTTAAAACCTATCATAATT
* * * **
643 GAATGTTTGCATTAG-GGAACCTTAAAGCAAA-GCCATCTGTTG
128 GGATGTTTGCATT-GTGGAA-CATGAAGCAAATGCCATCCATTG
* * * * * *** *
685 ATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCATCGAAGGCCGTGTTACTCATTTTAAATAGTAT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCATC-AAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTT
* ** * *
750 TACAATCTTATAAATGATTTTAAATCAATATAT-TTTTTGTCTTTGGTTAAAAACTATC-TCAAT
65 TATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAA-A-ATCTTTTCATTTTTGGTTAAAACCTATCAT-AAT
* * * *
813 TGGATGTTTGTAATGGGGAA-AGTGAAGCGAATGCCATCCATTG
127 TGGATGTTTGCATTGTGGAACA-TGAAGCAAATGCCATCCATTG
* * * * *
856 ACAAGAAAAGTTC-TTGTATAGTAACTCATGCCATTGAAAACCTGGTTACTTGCTTTAAATAGTT
1 ACAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACTCATGCCA-TCAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTT
* *
920 TTATGATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTCATTGTTT-GTTAAAACCTATCGTAAT
64 TTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATC-TTTTCATT-TTTGGTTAAAACCTATCATAAT
* **
984 TGGATGTTTGCATTATAAAACATGAA--AAGGATGCCATCCATTG
127 TGGATGTTTGCATTGTGGAACATGAAGCAA--ATGCCATCCATTG
* * * * *
1027 ACAAAAAAAGTCTATTTATAGTAACTCATGCCATCGAAAGCCTTGTTACTTTG-TGTAAATGGTT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCATC-AAAGCCTTGTTAC-TTGCTTTAAATAGTT
* * *
1091 TTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTT-TTGTTTTAGTTAAAACCTATCATAATT
64 TTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTCAT-TTTTGGTTAAAACCTATCATAATT
* ** * *
1155 GGATGTTTGCGTTGTTAAACGTGAAGCAGATGCCATCCATTG
128 GGATGTTTGCATTGTGGAACATGAAGCAAATGCCATCCATTG
* ** * ** * *
1197 AC-----AAGTCCATTTATATTCACTCATGTTATCAAAAGCCTTGTTAATCACTTTAAATGGTTC
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCATC-AAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTT
* ** * * * *
1257 AAGGATCTTACAAA-GAATTTTAAATCAAAATCTATTTCCTTTTTTGCTAAAACCTATCATAATT
65 TATAATCTTATAAATG-ATTTTAAATCAAAATCT-TTTCATTTTTGGTTAAAACCTATCATAATT
* ** * * * *
1321 GGATGTTT-CTAATAAGGAATATGAAGTAGATGCCATCCATTA
128 GGATGTTTGC-ATTGTGGAACATGAAGCAAATGCCATCCATTG
* * * *
1363 AGAAGAAAAGTTCACTTATAGTCTC-CTATGCCATCGAAAGCCT
1 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCATC-AAAGCCT
Statistics
Matches: 979, Mismatches: 203, Indels: 98
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.00
165 72 0.07
166 56 0.06
167 1 0.00
168 3 0.00
169 138 0.14
170 201 0.21
171 488 0.50
172 17 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCATCAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTTT
ATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTCATTTTTGGTTAAAACCTATCATAATTGGA
TGTTTGCATTGTGGAACATGAAGCAAATGCCATCCATTG
Found at i:800 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 4--1197 Score: 1180
Period size: 341 Copynumber: 3.5 Consensus size: 339
1 TTA
* * * * * *
4 ACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCA-CTGAAAGCCTTGTTACT-TGCTTTAAATGGT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCATC-GAAGGCCTTGTTACTCT--TTTAAATAGT
* * ** * * **
67 TTTATAATCTAATAAAT-ATTTTTAAGTCGCAATGCTTTTCATT-TTTT-GTTAAAATCTATCAG
63 TTTATAATCTTATAAATGA-TTTTAAATCAAAAT-ATTTT--TTGTTTTGGTTAAAACCTATCTT
* ** **
129 AATTGGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGCGTATGCCATTTATTGATAAGAAAAGTAC-ATTTA
124 AATTGGATGTTTGCATTGTGAAACATGAAGCAAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGT-CTATTTA
* * *
193 TAGTCACTCATTCCATCGAAAACCTTGTTACCCA-CTTTAAATAG--TTATAATCTTATAAATGA
188 TAGTCACTCATGCCATTGAAAACCTTGTTA-CTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGA
** * * * **
255 TTTTAAATTGAAATAGTTTTCTTTTTTGGTTAAAACCTATCTTCATTGCTTGTTTGCATTAGGGA
252 TTTTAAATTGAAATCTTTTTCATTTTT-GTTAAAACCTATCATAATTGAATGTTTGCATTAGGGA
* *
320 A-CGTAAAGCGGATGCCATATATTG
316 ACCTTAAAGC-GATGCCATCTATTG
* * * * *
344 ACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTAAGACATCAAAGGCCTTGTTACTTGCTTTT-AATAGTT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCATCGAAGGCCTTGTTAC-T-CTTTTAAATAGTT
* * * *
408 TTATAGTCTTATAAATGATTTTAGATCAAAATATATTTCAT-TTTTGGTTAAAACCTATGTTAAT
64 TTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATAT-TTT-TTGTTTTGGTTAAAACCTATCTTAAT
* * * *
472 TGGATGTTTACATTGTGGAACATGAAGCAAATGCCACCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTTTAGT
127 TGGATGTTTGCATTGTGAAACATGAAGCAAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * * *
537 CACTCATGCCATTAAAAACCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTACAAAT-ATTTTC
192 CACTCATGCCATTGAAAACCTTGTTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTA
* * *
601 GATTGAAGTCTTTTTCAATTTTTGTTAAAACATATCATAATTGAATGTTTGCATTAGGGAACCTT
257 AATTGAAATCTTTTTC-ATTTTTGTTAAAACCTATCATAATTGAATGTTTGCATTAGGGAACCTT
* * *
666 AAAGCAAAGCCATCTGTTG
321 AAAGCGATGCCATCTATTG
* * *
685 ATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCATCGAAGGCCGTGTTACTCATTTTAAATAGTAT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCATCGAAGGCCTTGTTACTC-TTTTAAATAGTTT
* * * *
750 TACAATCTTATAAATGATTTTAAATCAATATATTTTTTGTCTTTGGTTAAAAACTATCTCAATTG
65 TATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATATTTTTTGT-TTTGGTTAAAACCTATCTTAATTG
* * * * * * *
815 GATGTTTGTAATGGGGAAA-GTGAAGCGAATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCT-TGTATAGT
129 GATGTTTG-CATTGTGAAACATGAAGCAAATGCCATCCATTGATAAGAAAAG-TCTATTTATAGT
* * * *
878 AACTCATGCCATTGAAAACCTGGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATGATCTTATAAATGATTTTA
192 CACTCATGCCATTGAAAACCTTGTTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTA
** * * *** *
943 AATCAAAATCTTTTTCATTGTTTGTTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTATAAAACATG
257 AATTGAAATCTTTTTCATT-TTTGTTAAAACCTATCATAATTGAATGTTTGCATTAGGGAACCT-
* *
1008 AAAAG-GATGCCATCCATTG
320 TAAAGCGATGCCATCTATTG
* * * * *
1027 ACAAAAAAAGTCTATTTATAGTAACTCATGCCATCGAAAGCCTTGTTACT-TTGTGTAAATGGTT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCATCGAAGGCCTTGTTACTCTT-T-TAAATAGTT
* * * *
1091 TTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTTTTGTTTTAGTTAAAACCTATCATAATTG
64 TTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATATTTTTTGTTTTGGTTAAAACCTATCTTAATTG
* * * *
1156 GATGTTTGCGTTGTTAAACGTGAAGCAGATGCCATCCATTGA
129 GATGTTTGCATTGTGAAACATGAAGCAAATGCCATCCATTGA
1198 CAAGTCCATT
Statistics
Matches: 698, Mismatches: 131, Indels: 49
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 11 0.02
340 187 0.27
341 308 0.44
342 187 0.27
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCATCGAAGGCCTTGTTACTCTTTTAAATAGTTTT
ATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATATTTTTTGTTTTGGTTAAAACCTATCTTAATTGGA
TGTTTGCATTGTGAAACATGAAGCAAATGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
CATGCCATTGAAAACCTTGTTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATT
GAAATCTTTTTCATTTTTGTTAAAACCTATCATAATTGAATGTTTGCATTAGGGAACCTTAAAGC
GATGCCATCTATTG
Found at i:972 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 4--1164 Score: 1308
Period size: 512 Copynumber: 2.3 Consensus size: 507
1 TTA
* * * *
4 ACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCACTGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCATTGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTT
* * * *
69 TATAATCTAATAAATATTTTTAAGTCGCAATGC-TTTTCATTTTTTGTTAAAATCTATCAGAATT
66 TATAATCTTATAAATA-TTTTAAATCG-AAT-CTTTTTCAATTTTTGTTAAAA-CTATCATAATT
* * * *
133 GGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGCGTATGCCATTTATTGATAAGAAAAGTACATTTATAGTC
127 GGATGTTTGCATTGAGAAACATAAAGCGAAAGCCATCTATTGATAAGAAAAGTACATTTATAGTC
** * *
198 ACTCATTCCATCGAAAACCTTGTTACCCACTTTAAATAGTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT
192 ACTCAAGCCATCGAAAACCGTGTTACCCACTTTAAATAGTTACAATCTTATAAATGATTTTAAAT
* * * * *
263 TGAAATAGTTTTCTTTTTTGGTTAAAACCTATCTTCATTGCTTGTTTGCATTAGGGAACGTAAAG
257 TCAAATAGTTTTCTTTTTTGGTTAAAAACTATCTTCATTGCATGTTTGCAATAGGGAAAGTAAAG
* * * * * * *
328 CGGATGCCATATATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTAAGACATCAAAGGCCTTGTTAC
322 CGAATGCCATACATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCAAGACATCAAAGACCTGGTTAC
* *
393 TTGCTTTTAATAGTTTTATAGTCTTATAAATGATTTTAGATCAAAATATATTTCATTTTTGGTTA
387 TTGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATATATTTCATTTTTGGTTA
* **
458 AAACCTAT-GTTAATTGGATGTTTACATTGTGGAACATGAAGCAA-ATGCCACCCATTG
452 AAACCTATCG-TAATTGGATGTTTACATTATAAAACATGAA--AAGATGCCACCCATTG
* * * * * *
515 ATAAGAAAAGTCTATTTTTAGTCACTCATGCCATTAAAAACCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCATTGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTT
* * ** * *
580 TACAATCTTACAAATATTTTCGATTGAAGTCTTTTTCAATTTTTGTTAAAACATATCATAATTGA
66 TATAATCTTATAAATATTTTAAATCGAA-TCTTTTTCAATTTTTGTTAAAAC-TATCATAATTGG
* * * *
645 ATGTTTGCATTAGGGAACCTTAAAGC-AAAGCCATCTGTTGATAAGAAAAGT-CTATTTATAGTC
129 ATGTTTGCATT-GAGAAACATAAAGCGAAAGCCATCTATTGATAAGAAAAGTAC-ATTTATAGTC
** * *
708 ACTCAAGCCATCGAAGGCCGTGTTACTCATTTTAAATAGTATTACAATCTTATAAATGATTTTAA
192 ACTCAAGCCATCGAAAACCGTGTTACCCACTTTAAATAG--TTACAATCTTATAAATGATTTTAA
* * *
773 A-TCAATATA-TTTT-TTGTCTTTGGTTAAAAACTATC-TCAATTGGATGTTTGTAATGGGGAAA
255 ATTCAA-ATAGTTTTCTT-T-TTTGGTTAAAAACTATCTTC-ATTGCATGTTTGCAATAGGGAAA
* * * * * *
834 GTGAAGCGAATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTC-TTGTATAGTAACTCATGCCATTGAAA-AC
316 GTAAAGCGAATGCCATACATTGACAAGAAAAGTCCATT-TATAGTAACTCAAGACA-TCAAAGAC
* *
897 CTGGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT-GATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATCTTTTTCAT
379 CTGGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAG-TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATATATTTCAT
* *
961 TGTTT-GTTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTATAAAACATGAAAAGGATGCCATCCAT
443 T-TTTGGTTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTACATTATAAAACATGAAAA-GATGCCACCCAT
1025 TG
506 TG
* * * *
1027 ACAAAAAAAGTCTATTTATAGTAACTCATGCCATCGAAAGCCTTGTTACTTTG-TGTAAATGGTT
1 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCATTGAAAGCCTTGTTAC-TTGCTTTAAATGGTT
* * ** *
1091 TTATAATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTTT-TGTTTTAGTTAAAACCTATCATAATT
65 TTATAATCTTATAAAT-ATTTTAAATC-GAATCTTTTTCAATTTTTGTTAAAA-CTATCATAATT
1155 GGATGTTTGC
127 GGATGTTTGC
1165 GTTGTTAAAC
Statistics
Matches: 541, Mismatches: 87, Indels: 43
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 5 0.01
510 113 0.21
511 91 0.17
512 306 0.57
513 24 0.04
514 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCATTGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTT
TATAATCTTATAAATATTTTAAATCGAATCTTTTTCAATTTTTGTTAAAACTATCATAATTGGAT
GTTTGCATTGAGAAACATAAAGCGAAAGCCATCTATTGATAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTC
AAGCCATCGAAAACCGTGTTACCCACTTTAAATAGTTACAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAA
ATAGTTTTCTTTTTTGGTTAAAAACTATCTTCATTGCATGTTTGCAATAGGGAAAGTAAAGCGAA
TGCCATACATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCAAGACATCAAAGACCTGGTTACTTGC
TTTAAATAGTTTTATAGTCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATATATTTCATTTTTGGTTAAAAC
CTATCGTAATTGGATGTTTACATTATAAAACATGAAAAGATGCCACCCATTG
Found at i:1355 original size:336 final size:336
Alignment explanation
Indices: 690--1405 Score: 758
Period size: 336 Copynumber: 2.1 Consensus size: 336
680 TGTTGATAAG
* * *
690 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCATCGAAGGCCGTGTTACTCATTTTAAATAGTATTACAA
1 AAAAGTCTATTTATAGT-ACTCATGCCATCGAAAGCCTTGTTACT-ATTTTAAATAGTATTACAA
* * *
755 TCTTATAAATGATTTTAAATCAATATATTTTTTGTCTTTGGTTAAAAACTATCTCAATTGGATGT
64 TCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTTTTGTCTTTAGTTAAAAACTATCTCAATTGGATGT
*
820 TTGTAATGGGGAAAGTGAAGCGAATGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCTTGTATAGTAACTCAT
129 TTGTAATGGGGAAAGTGAAGCGAATGCCATCCATTGAC----AAAGTCCTTGTATAGTAACTCAT
* * ** ** * *
885 GCCATTGAAAACCTGGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATGATCTTATAAATGATTTTAAATCAAA
190 GCCATTCAAAACCTGGTTAATCACTTTAAATAGTTCAAGGATCTTACAAATGATTTTAAATCAAA
* * * *
950 ATCTTTTTCATTGTTTGTTAAAACCTATCGTAATTGGATGTTTGCATTATAAAACATGAAAAGGA
255 ATCTATTTCATTGTTTGCTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATAATAAAACATGAAAAGGA
*
1015 TGCCATCCATTGACAAA
320 TGCCATCCATTAACAAA
* * *
1032 AAAAGTCTATTTATAGTAACTCATGCCATCGAAAGCCTTGTTACT-TTGTGTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAGT-ACTCATGCCATCGAAAGCCTTGTTACTATT-T-TAAATAGTATTACA
* *
1096 ATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATCTTTTTTGT-TTTAGTTAAAACCTATCAT-AATTGGAT
63 ATCTTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTTTTGTCTTTAGTTAAAAACTATC-TCAATTGGAT
** * ** * *
1159 GTTTG-CGTTGTTAAACGTGAAGC-AGATGCCATCCATTGAC-AAGTCCATT-TATATTCACTCA
127 GTTTGTAATGGGGAAA-GTGAAGCGA-ATGCCATCCATTGACAAAGTCC-TTGTATAGTAACTCA
** * *
1220 TGTTA-TCAAAAGCCTTGTTAATCACTTTAAATGGTTCAAGGATCTTACAAA-GAATTTTAAATC
189 TGCCATTCAAAA-CCTGGTTAATCACTTTAAATAGTTCAAGGATCTTACAAATG-ATTTTAAATC
* * *
1283 AAAATCTATTTCCTTTTTTGCTAAAACCTATCATAATTGGATGTTT-C-TAATAAGGAATATGAA
252 AAAATCTATTTCATTGTTTGCTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATAATAA--AACATGAA
* * *
1346 GTA-GATGCCATCCATTAAGAAG
315 -AAGGATGCCATCCATTAACAAA
*
1368 AAAAGT-TCACTTATAGT-CTCCTATGCCATCGAAAGCCT
1 AAAAGTCT-ATTTATAGTACT-C-ATGCCATCGAAAGCCT
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 44, Indels: 34
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
334 7 0.02
335 9 0.03
336 152 0.48
337 3 0.01
340 8 0.03
341 51 0.16
342 86 0.27
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (336 bp):
AAAAGTCTATTTATAGTACTCATGCCATCGAAAGCCTTGTTACTATTTTAAATAGTATTACAATC
TTATAAATGATTATAAATCAAAATATTTTTTGTCTTTAGTTAAAAACTATCTCAATTGGATGTTT
GTAATGGGGAAAGTGAAGCGAATGCCATCCATTGACAAAGTCCTTGTATAGTAACTCATGCCATT
CAAAACCTGGTTAATCACTTTAAATAGTTCAAGGATCTTACAAATGATTTTAAATCAAAATCTAT
TTCATTGTTTGCTAAAACCTATCATAATTGGATGTTTGCATAATAAAACATGAAAAGGATGCCAT
CCATTAACAAA
Done.