Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402566.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5639.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3737
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.12, T:0.31
Warning! 454 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1262 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 920--3668 Score: 1953
Period size: 171 Copynumber: 16.1 Consensus size: 170
910 NNNNNNNNNN
* * * * ** * * *
920 TGACTATAAATAGACTTTT-TTGGCTAAGGAATGCTTTTTTCTTGACATTTCTAGA-TATAGACT
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGA-AGACA
* * * *
983 TTCAATTATAGTCAGTTTTAACCAAAACTATAAAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATGAGATT
64 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ********* *
1048 ATAAAACCATTTAAAGTGAGNNNNNNNNNNTTTGAATGAATGGG
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGTTTTGAAGGAATGGG
* * * * ** * *
1092 TGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTATACACATATCTTGAGGAAGATATT
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATT
* * * * *
1157 CAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAGTCAATTTTGAGATTATA
66 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
1222 AAACCATTTGAAGTGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGAATGGG
131 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTT-GAAGGAATGGG
* * * ** * * * *** * *
1263 TGACTATAAATAGACTTTTTTTTCAAATGAATGAGTTTTTGTACACGTTTCCAAAGGCAGACAAT
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATT
* * * **********
1328 CAATTACAGTCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAA-TCAACTTANNNNNNNNNNTGAGATTATA
66 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
1391 AAACCATTTAAAGC--G--ATAAGCCTTTTGAAGGAATGGT
131 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTTGAAGGAATGGG
* * * *
1428 TGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTTTTCATGTTTCTTGTGGTAA-ACA
1 TGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACA
* * * ********** *
1491 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGCAAAACAATTCNNNNNNNNNNCAATTATAAGATTA
64 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * **
1556 TAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGCCTTTGGAAGAAATACG
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * *
1599 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTGTTCACT-TTTCTTGATGTAGACAT
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-TGTTTCTTGAGGAAGACAT
* * * * *
1663 TCAATTATAGTTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGAGTA
65 TCAATTATAG-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * **
1728 CAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGNN
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGTTTTGAAGGAATGGG
******** * * * * * * **
1771 NNNNNNNNAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAA-ATGT
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACAT
* * * **********
1835 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNNATTAT
65 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
1900 AAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
130 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGG
* ** * * * * ** * *
1942 TGACTTTAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGGTTGAC-TTTGCTACCTGTTTC-CCAGAGCAGGCA
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAG-GAAGACA
* * ** * * **********
2004 TTCAATTATAGTCAGTTTGAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTA
64 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
2069 CAAAACCATTT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGA
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGG
** * * * * *** *
2111 CAACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATT
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATT
* * * * ********** * *
2176 TAATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAATTGAACNNNNNNNNNNTTTTGAGATTGTA
66 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * **
2241 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAAAGG
131 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * ** * * *
2282 AGACTATAAATGGACTTTTATTGCTAACGGATG-CTTGTTTCTTCACATTTCTCGGGGTAGACAT
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT-TTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACAT
* * * * * * * *
2346 TCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAAGGTCAAAATATTTAGCTTAAAGTCAATTATGAGGTTAT
65 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
2411 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
130 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGG
* * * * *** ** **
2453 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTCCTACATGTTTCCCAAGCCAGGTAT
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACAT
* * ** ** * *
2517 TCAATTATAGTATATTTTAATGAAAAACATAAAAATATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
65 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
2582 AAAATCATTTAAAGAGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGG
130 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGG
* * * **
2624 TAACTATAAATAGA-TTTTCCTTTG-TAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGCTAGACA
1 TGACTATAAATAGACTTTT-C-TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACA
* * * * ** *
2687 TTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTGAACCAAAAATCAATTATGAGATTT
64 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
2752 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAG
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGG
* * * ***
2795 TGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGAC-TTTACTACATGTTTCCCAAGGCAAG-CA
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACA
* ** *
2857 TTCAATTATAGTCGGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
64 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
2922 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGT
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTTGAAGGAATGGG
* * *
2965 TGACTATAAGT-GAACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAA-ACA
1 TGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACA
* * * *
3028 TTCAATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGCAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTA
64 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * **
3093 TAAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATAAG
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * * * * *
3136 TCACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTGTTCATATTTCTCGATGTATATATT
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATT
* * * ** * *
3201 CAATTATACTTTGTTTTAACAAAAAATACAAAAATATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATA
66 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * * *
3266 AAATAATTTAAAGCAAATAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGG
131 AAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGTTTTGAAGGAATGGG
* * * * *
3307 TCACTATACATAGACTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-TT-ATGGTAA-ATA
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GG-AAGACA
* ** *
3369 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATACAAAACAATTCAACTT-AAATCCAATTATGAGATT
64 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATT
* * *
3433 ATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGG
128 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGG
* * * ** * ***
3477 TGACTTTAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGATTGAC-TTTGATACATGTTTCCCAAGGTAAG-CA
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG-AAGACA
* * ** *
3539 TTCAATTATAGTCAGTTTGAATAAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
64 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
3604 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA
129 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGGG
*
3647 TGACTTTAAATAGACTTTTCTT
1 TGACTATAAATAGACTTTTCTT
3669 CTCAATGGTT
Statistics
Matches: 2039, Mismatches: 484, Indels: 110
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 86 0.04
166 10 0.00
167 29 0.01
169 106 0.05
170 544 0.27
171 1054 0.52
172 202 0.10
173 7 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATT
CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAGGAATGGG
Found at i:2986 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 983--3668 Score: 2145
Period size: 512 Copynumber: 5.3 Consensus size: 510
973 GATATAGACT
** *
983 TTCAATTATAGTCA-GTTTTAACCAAAACTATAAAAAAAATTCAACTTAAACTCAATTATGAGAT
1 TTCAATTATAGT-ATGTTTTAATAAAAAC-AT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ********** * * * *
1047 TATAAAACCATTTAAAGTGAGNNNNNNNNNNTTTGAATGAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTC
62 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTC
* * * * ** * * * * * * *
1112 TTGCCAATGAATGCCTTTTTATACACATATCTTGAGGAAGATATTCAATTATAATCTGTTTTGAC
127 TTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGATGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC
* * * * *
1177 CAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAGTCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAA
192 CAAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
1242 TAAGGTTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTT-TCAAATGAATGAGTTTTTGTA
257 TAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTCTC-AATGAATGACTTTTTCTT
* * * * *
1306 CACGTTTC-CAAAGGC-AGACAATCAATTACAGTCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAA-TCAA
321 CATGTTTCTC-AAGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAA
********** * *
1367 CTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC--G--ATAAGCCTTTTGAAGGAATGGT
383 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* ** * **** *
1428 TGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTTTTTCATGTTTCTTGTGGTAAACA
448 TGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGC-TTTTGCTACATGTTTCCCAAGGTAAGCA
* * ********** *
1491 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGCA-AAACAATTCNNNNNNNNNNCAATTATAAGATT
1 TTCAATTATAGTATGTTTTAA-TAAAAA--CATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** * *
1555 ATAAAACCATTAAAAGCGAGTAATAAGCCTTTGGAAGAAATACGTGACTATAAATGGACTTTTCT
63 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCT
* * *
1620 TACCAATGAATGCTTTTTTGTTCACT-TTTCTTGATGTAGACATTCAATTATAGTTTTGTTTTAA
128 TACCAATGAATGCTTTTTTCTTCA-TGTTTCTCGATGTAGACATTCAATTATA-ATTTGTTTTAA
* * * * *
1684 CCAAAAATGTAAAAATATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGAGTACAAAACAATTTAAAGCGAGTA
191 CCAAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * ********** * *
1749 ATAAAGCTTTTGAAGGAATGNNNNNNNNNNAATGGACTTTTTTTGTCAATGAAT-ACCTTTTTCT
256 ATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTCTCAATGAATGA-CTTTTTCT
* * * *** * *
1813 TCATGTTTTTTAAGGTAAATGTTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAAC
320 TCATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
********** * *
1878 TTAAAATNNNNNNNNNNATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
384 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* ** * * * *
1943 GACTTTAAAT-AGACTTTTCTTCTCAATGGTTGAC-TTTGCTACCTGTTTCCC-AGAGCAGGCA
449 GACTATAAATGA-ACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCCCAAG-GTAAGCA
* * * **********
2004 TTCAATTATAGTCA-GTTTGAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTNNNNNNNNNNTATGAGATT
1 TTCAATTATAGT-ATGTTTTAAT-AAAAACAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** *
2068 ACAAAACCATTT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGACAACAATAAATAGACTTTTCT
63 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * * * * *
2132 TGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACC
128 TACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGATGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACC
* * ********** * * *
2197 AATAATGTAAAAAAATTGAACNNNNNNNNNNTTTTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
193 AAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
2262 AAGGCTTTCGAAGGAA-AAGGAGACTATAAATGGACTTTTATTGCT-AACGGATG-CTTGTTTCT
258 AAGGCTTTCGAAGGAATGA-GTGACTATAAATAGACTTTT-TTTCTCAATGAATGACTT-TTTCT
** * ** * * * * * * *
2324 TCACATTTCTC-GGGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAAGGTCAAAATATTTAG
320 TCATGTTTCTCAAGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* *
2388 CTTAAAGTCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
383 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * ** * *
2453 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTCCTACATGTTTCCCAAGCCAGGTA
448 TGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCCCAAGGTAAGCA
* *
2516 TTCAATTATAGTATATTTTAATGAAAAACATAAAAATATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAGTATGTTTTAAT-AAAAACATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
2581 TAAAATCATTTAAAGAGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGA-TTTTCCT
64 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTT-CT
*** *
2645 TTGTAATGAATG-TCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GCTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA
128 TACCAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTCGATG-TAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA
** * *
2708 CCAAAAATGTAAAAATATTGAACCAAAAATCAATTATGAGATTTTAAAATCATTTAAAGCGAGTA
191 CCAAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
2773 ATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGAC-TTTACTA
256 ATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTCTCAATGAATGACTTTTTCTT
* * *
2837 CATGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCGGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
321 CATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* *
2902 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGTTG
385 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * *** *
2967 ACTATAAGTGAACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACA
450 ACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGC-TTTTGCTACATGTTTCCCAAGGTAAGCA
* * *
3028 TTCAATTATAGTCTGTTTT-ATCCAAAAATGCA-AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGAT
1 TTCAATTATAGTATGTTTTAAT--AAAAA--CATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * ** *
3091 TATAAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATAAGTCACTATAAATAGACTTTTC
62 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTC
* * * * *
3156 TTACCAATGAATGCTTTTTTGTTCATATTTCTCGATGTATATATTCAATTATACTTTGTTTTAAC
127 TTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGATGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC
* ** * * ** * *
3221 AAAAAATACAAAAATATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCAAATAA
192 CAAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
3286 TAAAGCTTTTGAAGGAAT-AGGTCACTATACATAGACTTTTTTTAC-CAATGAATGCCTTTTTCT
257 TAAGGCTTTCGAAGGAATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTTTT-CTCAATGAATGACTTTTTCT
* * * ** ** *
3349 TCATGTTT-TTATGGTAAATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATACAAAACAATTCAAC
320 TCATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
3413 TT-AAATCCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGG
384 TTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * *
3477 TGACTTTAAAT-AGACTTTTCTTCTCAATGATTGAC-TTTGATACATGTTTCCCAAGGTAAGCA
448 TGACTATAAATGA-ACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCCCAAGGTAAGCA
*
3539 TTCAATTATAGTCA-GTTTGAATAAAAA-ATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 TTCAATTATAGT-ATGTTTTAATAAAAACAT---AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
3602 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTTTAAATAGACTTTTC
62 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTC
3667 TT
127 TT
3669 CTCAATGGTT
Statistics
Matches: 1709, Mismatches: 406, Indels: 123
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
507 111 0.06
508 161 0.09
509 12 0.01
510 45 0.03
511 353 0.21
512 695 0.41
513 282 0.17
514 49 0.03
515 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
TTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAACATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTAC
CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGATGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAA
AATGTAAAAATATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTCTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
TTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
AATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTGCTACATGTTTCCCAAGGTAAGCA
Done.