Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402567.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_564.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9579
ACGTcount: A:0.24, C:0.09, G:0.09, T:0.24
Warning! 3375 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4853 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4431--5409 Score: 823
Period size: 172 Copynumber: 5.7 Consensus size: 170
4421 NNNNNACGTA
* * * * * *
4431 AAGAAAAAGGCATTCAATGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
4496 TACTCCCTTTAAATATTTTTATAATATCAAAACTGATTTAAATTTGAATATTTTGTATATTTTTG
66 TAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTGTACATTTTTG
* * *
4561 GTTAAAACAGG-CTAGGATTGAATGTCTACCATTAGAAACATT
130 GTT-AAA-AGGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATG
* * * * * *****
4603 AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAGAGTCCATTTATAGTCAACTATTCCTTCCAGAGCNNNNN
1 AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
***** * * *
4668 NNNNNAGTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAGTGATTAAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTG
66 TAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTGTACATTTTTG
* * *
4733 GTTAATATGGACTAGAGTTGAATGCCTACCATGAGAAACATG
130 GTTAA-AAGGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATG
* * *
4775 AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTTAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * * * *
4840 TAATCACTTTAAATTGTTTTATCATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTCCTTTTCTA
66 TAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTT-TG
** * * * *** * *
4905 GTTAAAACATATTATAATTGAACGTCTACCCCAAGAAAGATA
130 GTTAAAA-GGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATG
* * * *
4947 AAGAAGAAAGAATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * ********* *
5012 TACTCATTTTAAATATTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTNNNNNNNNNNTCTTTGTACATTTTT
66 TAATCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTT-AAATTTGAATTTTTGTACATTTTT
* ** *
5077 GGTTAAAAGAGGCTAGAATTGAATGTCTACTTTGGGAAACATG
129 GGTTAAAAG-GACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATG
* * * * * * *
5120 AAGAAAAATGCATTCATTGGCAATAAAAGTGCATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTGAT
1 AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
5185 TATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGT-CTAGTTTT
66 TAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTGTAC-ATTTTT
* * *
5249 GATTCAAATA-GACTAGAATTAAATGTCTACTATGAGAAACATG
129 GGTT-AAA-AGGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATG
********** * * *
5292 AAGAAAAAAGTATTNNNNNNNNNNAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
5357 CAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAACTTT-AATTTTT
66 TAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTTTT
5410 TTTGCTTTTC
Statistics
Matches: 623, Mismatches: 172, Indels: 25
0.76 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 21 0.03
172 462 0.74
173 129 0.21
174 11 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGG
TTAAAAGGACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATG
Found at i:5322 original size:345 final size:334
Alignment explanation
Indices: 4431--5396 Score: 729
Period size: 345 Copynumber: 2.8 Consensus size: 334
4421 NNNNNACGTA
* * * * * * *
4431 AAGAAAAAGGCATTCAATGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTGAT
* * ** * * * * * * *
4496 TACTCCCTTTAAATATTTTTATAATATCAAAACTGATTTAAATTTGAATATTTTGT-ATATTTTT
66 TAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAATGTTTTGTCCT-TTTCT
* * * * * ** * * *
4560 GGTTAAAACAGGCTAGGATTGAATGTCTACCATTAGAAACATTAAGAAAAAAGTATTCATTGGCA
130 AGTTAAAACAGACTAGAATTAAACGTCTACCACAAGAAACATAAAGAAAAAAGAATTCAATGGCA
* * * * * * ********** *
4625 AGAAGAGTCCATTTATAGTCAACTATTCCTTCCAGAGCNNNNNNNNNNAGTTTAAATAGTTTTAT
195 AGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCAATCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
4690 AATCTCAAAAGTGATTAAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGGTTAATATGGACTAGAGTTGAA
260 AATCTC-AAA---ATT--GATTT---T-CTTTGTACATTTTTGGTTAATAAGGACTAGAATTGAA
4755 TGCCTACCATGAGAAACATG
315 TGCCTACCATGAGAAACATG
* * * *
4775 AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTTAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTGAT
* * * * *
4840 TAATCACTTTAAATTGTTTTATCATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTCCTTTTCTA
66 TAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAATGTTTTGTCCTTTTCTA
* * * * * * *
4905 GTTAAAACATATTATAATTGAACGTCTACCCCAAGAAAGATAAAGAAGAAAGAATTCAATGGCAA
131 GTTAAAACAGACTAGAATTAAACGTCTACCACAAGAAACATAAAGAAAAAAGAATTCAATGGCAA
* * * * * *
4970 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATATTTTTTAT
196 GAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCAATCACTTTAAATA-GTTTTAT
*
5035 AATCTCAAAATTGATTTNNNNNNNNNNTCTTTGTACATTTTTGGTTAA-AAGAGGCTAGAATTGA
260 AATCTCAAAATTGATTT----------TCTTTGTACATTTTTGGTTAATAAG-GACTAGAATTGA
* ** *
5099 ATGTCTACTTTGGGAAACATG
314 ATGCCTACCATGAGAAACATG
* *
5120 AAGAAAAATGCATTCATTGGCAATAAAAGTGC-ATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTGA
1 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTGA
* * * *
5184 TTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGT-CTAGTTT
65 TTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAATGTTTTGTCCT--TTT
* * * * ** * * *****
5248 -T-GATTCAAATAGACTAGAATTAAATGTCTACTATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTNNNNN
128 CTAG-TTAAAACAGACTAGAATTAAACGTCTACCACAAGAAACATAAAGAAAAAAGAATTCAATG
***** * *
5311 NNNNNAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATCAATCACTTTAAATAGTTT
192 GCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCAATCACTTTAAATAGTTT
5376 TATAATCTCAAAATTGATTTT
257 TATAATCTCAAAATTGATTTT
5397 AACTTTAATT
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 112, Indels: 38
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
334 1 0.00
339 4 0.01
341 3 0.01
344 230 0.46
345 253 0.51
346 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (334 bp):
AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTGAT
TAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAATGTTTTGTCCTTTTCTA
GTTAAAACAGACTAGAATTAAACGTCTACCACAAGAAACATAAAGAAAAAAGAATTCAATGGCAA
GAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCAATCACTTTAAATAGTTTTATA
ATCTCAAAATTGATTTTCTTTGTACATTTTTGGTTAATAAGGACTAGAATTGAATGCCTACCATG
AGAAACATG
Found at i:5409 original size:517 final size:516
Alignment explanation
Indices: 4429--5452 Score: 1275
Period size: 517 Copynumber: 2.0 Consensus size: 516
4419 NNNNNNNACG
* * * *
4429 TAAAGAAAAAGGCATTCAATGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCCTT
1 TAAAGAAAAAGGAATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
4494 ATTACTCCCTTTAAATATTTTTATAATATCAAAACTGATTTAAATTTGAATATTTTGTATATTTT
66 ATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATATCAAAACTGATTTAAATTTGAATACTTTGTACATTTT
* * *
4559 TGGTTAAAACAGGCTAGGATTGAATGTCTACCATTAGAAACATTAAGAAAAAAGTATTCATTGGC
131 TGGTTAAAACAGGCTAGAATTGAATGTCTACCATTAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
* * * * ********** *
4624 AAGAAGAGTCCATTTATAGTCAACTATTCCTTCCAGAGCNNNNNNNNNNAGTTTAAATAGTTTTA
196 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACAATTCCTTCAAAAGCCTGATTATTCACTTTAAATAGTTTTA
* * * * *
4689 TAATCTCAAAAGTGATTAAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGGTTAATATGGACTAGAGTTGA
261 TAATCTCAAAAGTGATTAAAATTTGAATGTTTTGTACAGTTTTGATTAATATAGACTAGAATTAA
*
4754 ATGCCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
326 ATGCCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCAC
* * * * *
4819 CCATTGCTTTAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATTGTTTTATCATCTCAAAATTGATTTTAAGT
391 CCATTGCTTCAAAAGCCTTATCAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAACT
4884 TCAATTTTTTTTCCTTTTCTAGTTAAAACATATTATAATTGAACGTCTACCCCAAGAAAGA
456 TCAATTTTTTTTCCTTTTCTAGTTAAAACATATTATAATTGAACGTCTACCCCAAGAAAGA
*
4945 TAAAGAAGAAA-GAATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCT
1 TAAAGAA-AAAGGAATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *********
5009 TATTACTCATTTTAAATATTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTNNNNNNNNNNT-CTTTGTACAT
65 TATTACTCACTTTAAATA-TTTTTATAATATCAAAACTGATTT-AAATTTGAATACTTTGTACAT
* * * *
5073 TTTTGGTTAAAAGAGGCTAGAATTGAATGTCTA-CTTTGGGAAACATGAAGAAAAATGCATTCAT
128 TTTTGGTTAAAACAGGCTAGAATTGAATGTCTACCATT-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * * *
5137 TGGCAATAAAAGTGCATTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAGCCTGATTATTCACTTTAAATGGT
192 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACAATTCCTTCAAAAGCCTGATTATTCACTTTAAATAGT
* * *
5202 TTTATAATCTTAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGT-CTAGTTTTGATTCAA-ATAGACTAG
257 TTTATAATCTCAAAAGTGATTAAAATTTGAATGTTTTGTAC-AGTTTTGATT-AATATAGACTAG
* * **********
5265 AATTAAATGTCTACTATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTNNNNNNNNNNAAAAGTCTATTTAT
320 AATTAAATGCCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
5330 AATCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATCAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
385 AATCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATCAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * *
5395 TTAACTTTAATTTTTTTTGCTTTTCTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCC
450 TTAACTTCAATTTTTTTTCCTTTTCTAGTTAAAACATATTATAATTGAACGTCTACCC
5453 TAAGNNNNNN
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 76, Indels: 11
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
516 75 0.18
517 348 0.82
518 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (516 bp):
TAAAGAAAAAGGAATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATATCAAAACTGATTTAAATTTGAATACTTTGTACATTTT
TGGTTAAAACAGGCTAGAATTGAATGTCTACCATTAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACAATTCCTTCAAAAGCCTGATTATTCACTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCAAAAGTGATTAAAATTTGAATGTTTTGTACAGTTTTGATTAATATAGACTAGAATTAA
ATGCCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCAC
CCATTGCTTCAAAAGCCTTATCAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAACT
TCAATTTTTTTTCCTTTTCTAGTTAAAACATATTATAATTGAACGTCTACCCCAAGAAAGA
Found at i:5985 original size:172 final size:160
Alignment explanation
Indices: 5711--6218 Score: 383
Period size: 172 Copynumber: 3.0 Consensus size: 160
5701 TCACCTATAC
* * * * * *
5711 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTGTAATGCCGT-AATTGATTTGAAGTTGACT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT--CTTAAATTGATTTAAATTTGA-T
* * * ** * * *
5775 TTTTTTTTATATTTTTTGTTAAACAGACTATCATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAA
63 TTTTTTGTACATTTTTGGTTAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAAGAAAA
* * * *
5840 AGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGNNNNNNNNNN
127 AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG---------T
* * *
5883 CTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTAAAATTTGATTT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTT-AAATTGATTTAAATTTGATTT
* * * * *
5948 TTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTAGGATTGAATGTCTTCCTTTAGAAACTTGAAGAAAAA
65 TTTTGTACATTTTTGGTT-AAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAGAAAAA
6013 AGTATTCATTGGCAAGAAAAGTGC-ATTTATAGT
128 AGTATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGT
* * * * *
6046 NNNNNNNNNNTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATAGATTTATAAT-TTCCAAATTGATTTA
1 ---------CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTT--AAATTGATTTA
* * * * * * *
6110 AATTTGAATGTTTTGTGCATTTTCGTTTCAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAGAAATA
55 AATTTGATTTTTTTGTACATTTTTGGTT-AAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACA
6175 TGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
118 TGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
6218 C
1 C
6219 ACCNNNNNNN
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 47, Indels: 41
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 21 0.08
172 248 0.91
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (160 bp):
CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAATTGATTTAAATTTGATTTT
TTTGTACATTTTTGGTTAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTAAGAAACATGAAGAAAAAAGT
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
Found at i:6848 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6326--7645 Score: 1476
Period size: 172 Copynumber: 7.7 Consensus size: 171
6316 NNNNNNGTAG
* * **
6326 AAGCCCTATTACTCACTTTAAAT-ATTCTTAAAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCCTTG
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATT-TTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTG
*
6390 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAACAACAAAGCAT
65 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAGCAT
* * * *
6455 CCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * ** * * *
6498 AAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATAC-CGTAATTGATTTGAAGTTG-ATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTG
* * *
6561 TATC-TTTTTGGTT-AAACAGACTATAATTAAATGTCTA-CTTGGAGAAACATAAAGAAAAAGCA
65 TA-CATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCA
* * *
6623 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTTCTTTAA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * *
6667 AATCCTTATTACACACTTTAAATGATTTTATAATCTTAAAATTGATTTAAATTTAAATTTTTTGT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGT
* * * *
6732 ACATTTTTGGTTAAAACAGGCTAGGATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAGGTATT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATT
* * *
6797 CATTGGCAAGAAAATTCCATTTGTAGTCACCCATTCCTTTAA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
6839 GAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATATAAATTT-AACTTTTTTG
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTTTTTG
* *
6903 TACATTTTTGGTTAAAACATG-CTAGGATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
65 TACATTTTTGGTTAAAACA-GACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCA
* *
6967 TTTATTGGCAAGAAAAGTACC-TTTATAGTCGCCCATTCCTTCAA
128 TTCATTGGCAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
7011 AAGCCTTATTATTCACTTTGAATGGTTTTATAATCTCTAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGT
* * * *
7076 ACATTTTTTGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACC---A-TAACATGAAGAAAAAAGTATT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATT
* * *
7137 CAATGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCC-TCAA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CCTTCAA
* *
7179 AAGCCTTATTAATCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTT-AATTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTTTTT
* * ** * * * *** * * *
7242 TTTC-TTTTCTAATTAAAACATATTATAATCT-AATGTCTACCCCAAGAAAGATAAAGAAGAGAG
64 GTACATTTT-TGGTTAAAACAGACTAGAAT-TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAG
*
7305 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAA
126 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
*
7351 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCAAAATT-ATTTAAATTTGAATTCTTTG
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTG
* * * ** * *
7414 TACATTTTTGGTTAAAACAGGCTAGAATTAAATGTCTACCTTGAAAAACATGGTGAAAAAATCTT
65 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCAT
*
7479 TCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* ** * *
7522 AA-CTGTTATTTTTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTG
1 AAGC-CTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTG
** * * * * *
7586 TGTATTGTTGGTTCAAATAGACTAGAGTTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAA
65 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
7646 AGTATTCANN
Statistics
Matches: 966, Mismatches: 147, Indels: 71
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.01
168 125 0.13
169 100 0.10
170 63 0.07
171 187 0.19
172 473 0.49
173 13 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGT
ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
Found at i:7316 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 6326--7645 Score: 1475
Period size: 340 Copynumber: 3.9 Consensus size: 339
6316 NNNNNNGTAG
* * *
6326 AAGCCCTATTACTCACTTTAAAT-ATTCTTAAAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCCTTG
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATT-TTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTG
* * *
6390 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAACAACAAAGCAT
65 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC-T-AGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
* * * * * *
6455 CCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAA
128 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* ** * * *
6520 TGGTTTTGTAATAC-CGTAATTGATTTGAAG-TTGATTTTTTTTATCTTTTTGGTT-AAACAGAC
193 TGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTT-TCTTTTTGGTTAAAACATAC
* *
6582 TATAATTAAATGTCTACTTGGAGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
256 TATAATTAAATGTCTACCT-CAGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
6647 ATAGTCATCCATTTCTTTAA
320 ATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
6667 AATCCTTATTACACACTTTAAATGATTTTATAATCTTAAAATTGATTTAAATTTAAATTTTTTGT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
* * *
6732 ACATTTTTGGTTAAAACAGGCTAGGATTGAATGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAGGTATT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC--TAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
* * * * *
6797 CATTGGCAAGAAAATTCCATTTGTAGTCACCCATTCCTTTAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAAT
129 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * * *
6862 GGTTTTATAATCTCAAATTTGA-TATAAATTTAACTTTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACATGCT
194 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTTTTC-TTTTTGGTTAAAACATACT
** * * *
6926 AGGATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGTACC-TT
257 ATAATTAAATGTCTACC-TCAGAAACATAAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CCATT
*
6990 TATAGTCGCCCATTCCTTCAA
319 TATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * *
7011 AAGCCTTATTATTCACTTTGAATGGTTTTATAATCTCTAAATTGATTTAAATTTGAATGT-TTTG
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TCTTTG
* * *
7075 TACATTTTTTGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACC-A-TAACATGAAGAAAAAAGTATTC
65 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTC
* * * *
7138 AATGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCC-TCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAAT
130 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* ** *
7202 AGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTCTTTTCTAATTAAAACATATTA
194 GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTCTTTT-TGGTTAAAACATACTA
* * * *
7267 TAATCT-AATGTCTACCCCAAGAAAGATAAAGAAGAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTA
258 TAAT-TAAATGTCTACCTC-AGAAACATAAAGAA-AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
7331 ATAGTCACCCATTCCTTCAA
320 ATAGTCACCCATTCCTTCAA
7351 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCAAAATT-ATTTAAATTTGAATTCTTTG
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTG
* * * ** *
7414 TACATTTTTGGTTAAAACAGGCTAGAATTAAATGTCTACCTTGAAAAACATGGTGAAAAAA-TCT
65 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC-T-AGAAACATGAAGAAAAAAGT-A
* * **
7478 TTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-CTGTTATTTTTCACTTTA
127 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCACTTTA
* * * * * * * *
7542 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATGTTTTGTGTATTGTTGGTTCAAATAG
191 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTT-AAT-TTTTTTTTCTTTTTGGTTAAAACAT
* * * * *
7606 ACTAGAGTTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAA
254 ACTATAATTAAATGTCTACC-TCAGAAACATAAAGAAAAA
7646 AGTATTCANN
Statistics
Matches: 820, Mismatches: 128, Indels: 61
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 63 0.08
340 219 0.27
341 196 0.24
342 37 0.05
343 157 0.19
344 144 0.18
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCA
TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTCTTTTTGGTTAAAACATACTATAA
TTAAATGTCTACCTCAGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATTCCTTCAA
Found at i:7373 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 6326--7653 Score: 1561
Period size: 511 Copynumber: 2.6 Consensus size: 508
6316 NNNNNNGTAG
* * *
6326 AAGCCCTATTACTCACTTTAAATATTCTTAAAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCCTTGT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATATT-TTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
* * *
6391 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAACAACAAAGCATC
65 ACATTTTTGGTTAAAACAG-CTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
* * * * * * *
6456 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAAT
129 TATTGGCAAGAAAAGTCC-TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAAT
* * * * * *
6521 GGTTTTGTAATAC-CGT-AATTGATTTGAAGTTG-ATTTTTTTTATC-TTTTTGGTTAAACAGAC
193 GGTTTTATAAT-CTC-TAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTA-CATTTTTGGTTAAATAGAC
* * * * * * * *
6582 TATAATTAAATGTCTACTTGGAGAAACATAAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
255 TAGAATTGAATGTCTAC---CA-TAACATGAAGAAAAAAGTATTCAATGGAAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
6646 TATAGTCATCCATTTCTTTAAAATCCTTATTACACACTTTAAATGATTTTATAATCTTAAAATTG
316 TATAGTCACCCATTGCCTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTG
** * * ***
6711 ATTTAAATTTAAATTTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTAGGATTGAATGTCTACCTTTAG
381 ATTTAAATTTAAATTTTTTGTACATTTTTAATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCCCAAG
* * * ** *
6776 AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTGTAGTCACCCATTCCTTTAA
446 AAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * * *
6839 GAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATATAAATTT-AACTTTTTTG
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTG
* *
6903 TACATTTTTGGTTAAAACATGCTAGGATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
64 TACATTTTTGGTTAAAACA-GCTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
* *
6968 TTATTGGCAAGAAAAGTACCTTTATAGTCGCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTGAA
128 TTATTGGCAAGAAAAGT-CCTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAA
*
7033 TGGTTTTATAATCTCTAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTTGTTAAAATAGACT
192 TGGTTTTATAATCTCTAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGGTT-AAATAGACT
*
7098 AGAATTGAATGTCTACCATAACATGAAGAAAAAAGTATTCAATGGAAAGAAAAGTCTATTTATAG
256 AGAATTGAATGTCTACCATAACATGAAGAAAAAAGTATTCAATGGAAAGAAAAGTCCATTTATAG
7163 TCACCCATTGCCTCAAAAGCCTTATTA-ATCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
321 TCACCCATTGCCTCAAAAGCCTTATTACA-CACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGA-T
* * * * * *
7226 TTAAGTTT-AATTTTTTTTTC-TTTTCTAATTAAAACATATTATAATCT-AATGTCTACCCCAAG
383 TTAAATTTAAATTTTTTGTACATTTT-TAATTAAAACAGACTAGAAT-TGAATGTCTACCCCAAG
* *
7288 AAAGATAAAG-AAGAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAA
446 AAACATAAAGAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAA
7351 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCAAAATT-ATTTAAATTTGAATTCTTTGT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
* * ** *
7415 ACATTTTTGGTTAAAACAGGCTAGAATTAAATGTCTACCTTGAAAAACATGGTGAAAAAATC-TT
65 ACATTTTTGGTTAAAACA-GCTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
* * *
7479 TCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-CTGTTATTTTTCACTTTAA
129 T-ATTGGCAAGAAAAGT-CCTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC-CTTATTATTCACTTTAA
* ** *
7543 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTGTATTGTTGGTTCAAATAGAC
191 ATGGTTTTATAATCTCTAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGGTT-AAATAGAC
*
7608 TAGAGTTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCA
255 TAGAATTGAATGTCTACCAT----AACATGAAGAAAAAAGTATTCA
7654 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 698, Mismatches: 93, Indels: 46
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 4 0.01
511 220 0.32
512 213 0.31
513 196 0.28
514 21 0.03
515 44 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (508 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTA
CATTTTTGGTTAAAACAGCTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTA
TTGGCAAGAAAAGTCCTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGT
TTTATAATCTCTAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGGTTAAATAGACTAGAAT
TGAATGTCTACCATAACATGAAGAAAAAAGTATTCAATGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
CATTGCCTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT
AAATTTTTTGTACATTTTTAATTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCCCAAGAAACATAAAG
AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAA
Found at i:7645 original size:683 final size:683
Alignment explanation
Indices: 6326--7647 Score: 1720
Period size: 683 Copynumber: 1.9 Consensus size: 683
6316 NNNNNNGTAG
6326 AAGCCCTATTACTCACTTTAAATATTCTTAAAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCCTTGT
1 AAGCCCTATTACTCACTTTAAATATTCTTAAAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCCTTGT
*
6391 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAACAACAAAGCATC
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC-T-AGAAACATGAACAAAAAAGCATC
* * * * * *
6456 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAAT
129 CAATGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAAT
* * ** * **
6521 GGTTTTGTAATACCGTAATTGATTTGAAGTTGATTTTTTTTATCTTTTTGGTTAAACAGACTATA
194 AGTTTTATAATACCAAAATTGATTTGAAGTTAATTTTTTTTATCTTTTTAATTAAACAGACTATA
**** *
6586 ATTAAATGTCTACTTGGAGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
259 ATTAAATGTCTACCCCAAGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAG
* * * * *
6651 TCATCCATTTCTTTAAAATCCTTATTACACACTTTAAATGATTTTATAATCTTAAAATTGATTTA
324 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTA
* * * * *
6716 AATTTAAATTTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTAGGATTGAATGTCTACCTTTAGAAACA
389 AATTTAAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTAGAATTAAATGTCTACCTTGAAAAACA
* * * * *
6781 TGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTGTAGTCACCCATTCCTTTAAGAGCCTT
454 TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAACCTT
* * * *
6846 ATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTTGATATAAATTTAACTTTTTTGTACATTTT
519 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATATAAATTTAACTGTTTTGTACATTGT
*
6911 TGGTTAAAACATGCTAGGATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTGGC
584 TGGTTAAAACATGCTAGGATTGAATGTCTACCATCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTGGC
6976 AAGAAAAGTACCTTTATAGTCGCCCATTCCTTCAA
649 AAGAAAAGTACCTTTATAGTCGCCCATTCCTTCAA
* * * * * * *
7011 AAGCCTTATTATTCACTTTGAATGGTT-TTATAATCTCTAAATTGATTTAAATTTGAATGT-TTT
1 AAGCCCTATTACTCACTTTAAAT-ATTCTTAAAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TCCTT
* * * * * *
7074 GTACATTTTTTGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACC-A-TAACATGAAGAAAAAAGTATT
64 GTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTAGAAACATGAACAAAAAAGCATC
* *
7137 CAATGGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCC-TCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAA
129 CAATGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TACCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAA
* *
7201 TAGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTT-TCTTTTCTAATTAAAACATA
193 TAGTTTTATAATAC-CAAAATTGATTTGAAG-TTAATTTTTTTTATCTTTT-TAATT-AAACAGA
* * *
7264 TTATAATCT-AATGTCTACCCCAAGAAAGATAAAGAAGAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
254 CTATAAT-TAAATGTCTACCCCAAGAAACATAAAGAA-AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
*
7328 TTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCAAAA
317 TTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAA
*
7392 TT-ATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTAGAATTAAATGTCTACCTT
381 TTGATTTAAATTTAAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTAGAATTAAATGTCTACCTT
** * *
7456 GAAAAACATGGTGAAAAA-ATCTTTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
446 GAAAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* ** *
7520 AA-AACTGTTATTTTTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TGTT
510 AAGAAC-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATATAAATTT-AACTGTT
** * * *
7583 TTGTGTATTGTTGGTTCAAATA-GACTA-GAGTTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAA
573 TTGTACATTGTTGGTTAAAACATG-CTAGGA-TTGAATGTCTACCATCAGAAACATGAAGAAAAA
7646 AG
636 AG
7648 TATTCANNNN
Statistics
Matches: 548, Mismatches: 74, Indels: 32
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
680 1 0.00
681 97 0.18
682 24 0.04
683 247 0.45
684 86 0.16
685 90 0.16
686 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (683 bp):
AAGCCCTATTACTCACTTTAAATATTCTTAAAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCCTTGT
ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTAGAAACATGAACAAAAAAGCATCCA
ATGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAG
TTTTATAATACCAAAATTGATTTGAAGTTAATTTTTTTTATCTTTTTAATTAAACAGACTATAAT
TAAATGTCTACCCCAAGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTC
ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAA
TTTAAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTAGAATTAAATGTCTACCTTGAAAAACATG
AAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAACCTTAT
TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATATAAATTTAACTGTTTTGTACATTGTTG
GTTAAAACATGCTAGGATTGAATGTCTACCATCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAA
GAAAAGTACCTTTATAGTCGCCCATTCCTTCAA
Done.