Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402568.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5640.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4778
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Warning! 378 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:709 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--881 Score: 744
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 170
* *
1 CATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
65 TGGTTTTATAAGT-TCATAGTTGA-TTTCAAGTTGAATTTTTATTTCATTCTTT-GTTCAAACAT
65 TGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTCAAGTTGAATTTTT-TTACATT-TTTAGTTAAAACAT
* * * * * * *
127 ATTACAATTGAATGTTTAC-T-CGAAAAAGTGAAGAGAAAGCTATT
127 -TAATAATTGAATGTTTTCTTAGGAAACA-TGAAGAAAAAGATATT
* * * *
171 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCACGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
236 GGTTTTGTAATCTTATAATTAATTTTCAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGTTAG
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-TTAA
** ** * *
300 TAATTGAATGTTTGTCCCAACAAACTTGAAGAAAATGATATT
130 TAATTGAATGTTT-TCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATT
* * * * *****************
342 TATTGGCAACAAAAGTGCACTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNNNNNNNNATTACTCGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
407 GTTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTCAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTA-TTAAAAAAATT-A
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAAACATTAA
* * * ***
468 TAATTGAATCTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATNNN
130 TAATTGAATGTTT-TCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATT
******* * * *
510 NNNNNNNAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGGCTTTGAAAGCCTTATTAGTCGCTCTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
*
575 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAA-TCGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATTCAA
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATT-AA
* *
639 TAATTGAATGTCTTTCTTAGGAAACATGAACAAAAATATATT
130 TAATTGAATGT-TTTCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATT
* * * * ** * *
681 CGTTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCTTCAAAAGCCTGATTACTTGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
** * * * * * * *
746 ATTTTTATAATCTCATAATTTATTTT-AAGTTAAACTTTTTTACATTTTTTGTAAAAATATATTA
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT-TAA
* * *
810 TAATTGAATGTTTACCTTAGGGAACATGCAGAAAAAGATATT
130 TAATTGAATGTTT-TCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATT
852 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
882 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 554, Mismatches: 138, Indels: 37
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 95 0.17
169 60 0.11
170 116 0.21
171 277 0.50
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATTAAT
AATTGAATGTTTTCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATT
Found at i:743 original size:339 final size:332
Alignment explanation
Indices: 178--849 Score: 714
Period size: 339 Copynumber: 2.0 Consensus size: 332
168 ATTCATTAGC
* * *
178 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCACGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTCTAAATGGTTTTA
* * * *
243 TAATCTTATAATTAATTTTCAATTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGTTAGTAATTGAA
66 TAATCTCATAATTAATTTTCAATCGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGTTAATAATTGAA
* * * *
308 TGTTTGTCCCAACAAACTTGAAGAAAATGATATTTATTGGCAACAAAAGTGCACTTATAGTCACC
131 TGTTTGTCCCAACAAACATGAAAAAAATGATATTCATTGGCAACAAAAGTCCACTTATAGTCACC
***************** *
373 CNNNNNNNNNNNNNNNNNATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTT
196 CATGTCTTCAAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTT
*
438 GAA-TTTTTTACATTTTTAT-TAAAAA-A-ATTATAATTGAATCTTTACCTCAGGAAACATGAAG
261 AAACTTTTTTACATTTTT-TGTAAAAATATATTATAATTGAATCTTTACCTCAGGAAACATGAAG
499 AAAAAGAT
325 AAAAAGAT
* *
507 NNNNNNNNNNAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGGCTTTGAAAGCCTTATTAG-TCGCTCT
1 ----------AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTTGAAAGCCTTATT-GCTCGCTCT
*
571 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAATCGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-T
55 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAATCGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGT
** ** *
635 TCAATAATTGAATGTCTT-TCTTAGGAAACATGAACAAAAAT-ATATTCGTTGGC-ACGAAAAGT
120 T-AATAATTGAATGT-TTGTCCCAACAAACATGAA-AAAAATGATATTCATTGGCAAC-AAAAGT
* * *
697 CCATTTATAGTCACCTATGTCTTCAAAAGCCTGATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
181 CCACTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCAT
* * *
762 AATTTATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTTGTAAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCT
246 AATTGATTTCAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTTGTAAAAATATATTATAATTGAATCTTTACCT
* * *
827 TAGGGAACATGCAGAAAAAGAT
311 CAGGAAACATGAAGAAAAAGAT
849 A
1 A
850 TTCATTGGCA
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 47, Indels: 25
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 1 0.00
338 4 0.01
339 204 0.74
340 28 0.10
341 1 0.00
342 39 0.14
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (332 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTCTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTAATTTTCAATCGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGTTAATAATTGAA
TGTTTGTCCCAACAAACATGAAAAAAATGATATTCATTGGCAACAAAAGTCCACTTATAGTCACC
CATGTCTTCAAAAGCCTGATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTT
AAACTTTTTTACATTTTTTGTAAAAATATATTATAATTGAATCTTTACCTCAGGAAACATGAAGA
AAAAGAT
Found at i:2405 original size:171 final size:162
Alignment explanation
Indices: 2226--2560 Score: 404
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
2216 NNNAATCTCA
* * *
2226 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAACAGATAATAATTGAATGCTTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTCAAACAGATAACAATTGAATGCTTGCC
** **
2291 TTA-AGAAACGTG-AAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGTCATATGCC
66 TTAGA-AAACAAGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACATATGCC
* *
2354 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
130 TTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
*
2387 TANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTTAAACAGATAACAATTG
1 TA----------ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTCAAACAGATAACAATTG
* *
2452 AATGTTTTCCTTAGAAAACAAGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
56 AATGCTTGCCTTAGAAAACAAGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
2517 ACTTGTGGCTTCAAAAACCTTATTGCTCATTTTAAATAGTTT
121 ACATATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
2559 TA
1 TA
2561 TAATTTCATA
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 17, Indels: 13
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.01
171 65 0.45
172 78 0.54
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (162 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTCAAACAGATAACAATTGAATGCTTGCC
TTAGAAAACAAGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACATATGCCT
TCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
Found at i:3473 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1403--4778 Score: 1862
Period size: 171 Copynumber: 19.9 Consensus size: 168
1393 CGCTTTAAAT
* * **
1403 ATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAG-TTAATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACATGAAGAA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAAGAA
* * * *
1467 AAAGATATTTATTGGCAAG-TAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CTTCAAAAGCCTTATTACTC
64 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTT-GAAAGCCTTATTACTC
********** *
1530 GCTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
*
1572 ATTTTTTATA-ATTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATTCA--AAG
1 ATTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAA--CATGAAG
* * * * * *
1633 AAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAAAGTCTCCCATATCTTTGAAAGCCTTATTAC
62 AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCAT-GCCTTGAAAGCCTTATTAC
* **********
1698 TCGCTTTAAATAGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTCAA-TTGA
125 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGA
**
1742 ATTTTTTTACATTTTCGGTTAAAACAG-TTAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-AGAGA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGA-AGA
* * *
1805 AAAAGATATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTC-CCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
63 AAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG--TCACCATGCC-TTGAAAGCCTTATTAC
** * * * ** *
1869 TCAATTTAAA-AGTTTATATTACCTTGTAATTGATTTTAAGTTTA
125 TCGCTTTAAATGGTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * *
1913 ATTTTTTTATATTTTTTGTTTAAATAGATTATATTTGATTGTCTACCTC-GAAAAAAGTAAAAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-AAACA-T--GAAG
* * *
1977 AAAAAGCTATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCA-GTCTT---A---TTACTTA--
62 AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTGAAAGCCTTA-TTACT
* *
2033 C-C-TTAAAT-GTCTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGA
126 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * *
2073 ATTTTGTTACATTGTTGGTTAAAACAAATAACAATTGAATGTCTTCCTCGAGAAACAAGAAGAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAAGAAA
* * ******
2138 AAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATNNNNNN
65 AAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCG
****************
2203 NNNNNNNNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
2244 ATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAACAGATAATAATTGAATG-CTTGCCTTAAGAAACGTGAAAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACC-TCAGAAACATGAAGAA
* * * *
2308 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGTCA-TATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
64 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA--GTCACCATGCCTT-GAAAGCCTTATTACT
* **********
2372 CACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGA
126 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * *
2415 ATTTTTTTACATTTTTAATTTAAACAGATAACAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAACAAGAAAAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-AAACATG-AAGAA
* * ** * * * *
2480 AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTGTGGCTTCAAAAACCTTATTGCTC
64 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTT-GAAAGCCTTATTACTC
** * * **********
2545 ATTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAANNNNNNNNNNGTTGA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * ** ** *
2587 ATTTTTTTAGATTTTTAGTTCAAACAGACTATAGGT-AATGTCT-TTTTAGAGAGACATGAAGAA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGA-A-ACATGAAGAA
* * * * *
2650 AAGGCCAATCATTGACAAGAAAAGTCC-TTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
64 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCC-TTGAAAGCCTTATTACTC
** *
2714 ATTTTAAATGGTTTTATAATCTTA-AAGTTGATTTTAAGTTGA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGA
* * * * *
2756 ATTGTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAACTGAATGTGTACCTCAAGAAACACGAAGAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAAGAAA
* * * * * * * *
2821 GACCCATTGATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCGTCCAAGCCCTCAGAAGCCTTATTACTC
65 AAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTC-ACCATGCCTTGA-AAGCCTTATTACTC
********** *
2885 GCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAGTTGATTTTAAGTTGA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * **
2927 ATTTTTTT-CAATTTTTAGTTCAGATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAA
1 ATTTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAACATGAAGAA
* * * * ** *
2991 ACAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAACCATGCCTCCAAAGGCCTTATTACTT
64 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATGCCTTGAAA-GCCTTATTACTC
********* *
3056 GCTTTAAAT-GTTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTAA
127 GCTTTAAATGGTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
3098 ATTTTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACATCAAGAAACATAAAG
1 A--TTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAAG
* * * * *****
3162 AAAAAGATAGTCATTGGCAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTNNNNN
62 AAAAAGCTATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTT-GAAAGCCTTATTA
***** * *
3227 NNNNNTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTCGA
124 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
3272 ATTTTTTTACCTTTTTTGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGTAAATATGAAGAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-AAACATGAAGAAA
* * *
3337 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCACATGCCTTGAAAGCTTTATTACTCGC
65 AAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTGAAAGCCTTATTACTCGC
* ** *
3402 ATTAAA-AATTTTATTAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGA
129 TTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * *
3442 ATTGTTTTGCATTTTTAGTTCAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAA-AGTGAAGAA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAACA-TGAAGAA
* ********* * *
3506 AGAG-TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTNNNNNNNNNNTTCAAAAGTCTTATTACT
64 AAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCATGCCTT-GAAAGCCTTATTACT
* * *
3570 TGCTTTAAATGTTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-
126 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * **
3612 A---TTTT---TTTTT-GTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGCGA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-GAAACATGAAGAAA
** * * * **********
3670 AATATATTCATTGGTAAGAAAAGTACATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCNNNNNNNNNN
65 AAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCG
* * *
3735 CTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGACTTTGAGTTGA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
3776 ATTTTTTGTAC-CTTTCA-TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAA
1 ATTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAAGAA
* ** ** *
3839 AAAGATATTCATTGGCAAGAAATTTTGATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
64 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTT-GAAAGCCTTATTACTC
********** *
3904 GCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * *
3946 ATTTTTTTTCATTTAT-GATTAAACCAGATTACAGTTGAATATTTGCCTAAAGAAAC-TGAAGAA
1 ATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-CAGAAACATGAAGAA
* * * * * *
4009 AAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATACTCTTCGATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
64 AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATGCC-TTGAAAGCCTTATTACTC
* * *
4074 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTAATTTTAAGTTGA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * ** * *
4116 ATTTTTTTTTTACATTTTTCA-TTCAAATAGATTATAGTTAAATGTATGGCTC-GAAAAAGGAGA
1 A---TTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACA--TGA
* * * * * ** * * * *
4179 AAAAAAAGCTATTCGTTGGCATGAAAGGTCCATCTATAGTCATTTAAGCCTTCAAAAGTCATATT
60 AGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTT-GAAAGCCTTATT
* * *
4244 ACTAGCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
123 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * ** * * * * * *
4290 ATTTTTTCAACATTTTTGGTTCAAACAGAAAATAATTAAATGTTTTCTTTGAGAAACATAAAGAA
1 ATTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTCAGAAACATGAAGAA
* ** * * * * *
4355 AAAG-TCATTTATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAATAACCCATATCTTTGAAAGCCTTATTACT
64 AAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAT-GCCTTGAAAGCCTTATTACT
* * * *
4419 CACTTTAAATGGTATTATAATCTCGTAATTGATTTTAGGTTGA
126 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ********** * * *
4462 ATTCTTTNNNNNNNNNNGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TGAAAAATG-AGAAAA
1 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACATGAAG-AAA
* * * * *
4525 AAGCTATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCCAATGCATTTGAAAACCTTATTACTCG
65 AAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGC-CTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
4590 CTTTCAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGATGA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* *
4631 ATTTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAATCATGAA-AT
1 A-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAACATGAAGA-
* * ** *
4694 AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
63 AAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTT-GAAAGCCTTATTACT
*
4759 CGCTTTAAATGGTTTCATAA
126 CGCTTTAAATGGTTTTATAA
Statistics
Matches: 2438, Mismatches: 631, Indels: 274
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
158 38 0.02
159 3 0.00
160 61 0.03
161 14 0.01
162 3 0.00
163 109 0.04
164 11 0.00
165 3 0.00
166 1 0.00
167 11 0.00
168 61 0.03
169 259 0.11
170 504 0.21
171 759 0.31
172 305 0.13
173 135 0.06
174 154 0.06
175 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACATGAAGAAAA
AGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
Found at i:4392 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 4354--4392 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
4344 AACATAAAGA
*
4354 AAAAGTCATTTATTGATAAG
1 AAAAGTCATTTATTAATAAG
4374 AAAAGTCTATTTA-TAATAA
1 AAAAGTC-ATTTATTAATAA
4393 CCCATATCTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.71
21 5 0.29
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (20 bp):
AAAAGTCATTTATTAATAAG
Done.