Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402573.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5646.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3781
ACGTcount: A:0.23, C:0.10, G:0.08, T:0.22
Warning! 1377 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:885 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 442--1772 Score: 1260
Period size: 172 Copynumber: 7.8 Consensus size: 171
432 NNNNNNNNNN
* * *
442 CCATTAATAG-CATCCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTTTGATAATCTC
1 CCATTTATAGTCA-CCCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
505 AGAATTGATTTAAATTTCAATCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCAAC
65 AAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAAC
* *
570 CACAAGAAATATGAAGAAAAAGG--TTCATTGGT-AAGAAAAGT
129 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTCAAGAAAAGT
* * * * * *
611 CCATTTACAATCGCCCATTCC-TCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGTGTAATCTCA
1 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
675 AAATTGAATGAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAAC
66 AAATTGATTTAAATTTGAATT-TTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAAC
** * ** *
740 CTCAAGAAATGTGAGGGTAAAGGCTTTCATTGTCAAGAAAAGT
129 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGT
* * * *
783 CCATTAATAGTCACCCAATCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATGC-C
1 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTC
* * * * * * * *
847 ATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAAACTAGAATTG-ATGTCTAC
65 AAAATTGATTTAAATTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAAC
** * * * * *
911 CTTGATAAACGT-AATGAGAAAGGCATTCATTGGCAACAAAAGT
129 CTCAAGAAACATGAA-GAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGT
* * *
954 CCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCA
1 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* *
1019 AAATTGATTTAAATTTGAATCCTTTGTACATCTTTCTA--TAAAACAGATTAAAATTGAATGTCA
66 AAATTGATTTAAATTTGAAT--TTTTTACAT-TTT-TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCA
* * *
1082 ACCTCCAGAAACATGAAGAAAAAGG--TTTATTGGT-AAGAAAATT
127 ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTCAAGAAAAGT
* ** * *
1125 CCATTTATAGTCACCCATTCC-TCCAAAAGCGATATCACTCACTTTAAATGGTCTTATAATCTCA
1 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
1189 AAATTGATTGAAATTTCAATTCTTTAAACATTGTTGGTCAAAAAAGATTATAATTGAAAGTCAAC
66 AAATTGATTTAAATTTGAATT-TTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAAC
* * ** *
1254 CTCCAGAAATATGAAGTTAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
129 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGT
* * *
1297 CCA-TTAGTCA-TCACTCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATGC
1 CCATTTA-T-AGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-C
* * * * * * * *
1360 -CATATTTGATTTTAAGTTAAACTTTTTCACATTTTT-GATTAAAACAGATGAGAATTG-ATGTC
63 TCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* *
1422 TACCTCAAGAAACAT-AATGAAAAAGGCATTCGTTGGT-AAGAAAAGT
126 AACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAGGCATTCATT-GTCAAGAAAAGT
* *
1468 CCATTTATAGTCACCCATTCCTT-AAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCACA
1 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
*
1532 AAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTTA-TTAAAACAGATTATAACTGAATGTCA
66 AAATTGATTTAAATTTGAATT-TTT-TACA--TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCA
* * *
1596 ACCTCAAGAAACATGAA-AAAAAGGCATACATTGACAAGAAAAAT
127 ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGT
* * * ** * *
1640 CCGTTTAGAGTCACCCATT-TTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATACTGC-C
1 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTC
* *** * * ** *
1703 ATAATTGATTTATGGTTGAAGTTTTTTACA-TTTTGGTTACAACAGACAATAATTGAATGTCAAT
65 AAAATTGATTTAAATTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAAC
1767 CTCAAG
129 CTCAAG
1773 CAACGCAAAG
Statistics
Matches: 949, Mismatches: 164, Indels: 98
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
169 105 0.11
170 214 0.23
171 213 0.22
172 240 0.25
173 156 0.16
174 12 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
AAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCT
CAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAGAAAAGT
Found at i:1354 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 442--1714 Score: 1296
Period size: 343 Copynumber: 3.7 Consensus size: 342
432 NNNNNNNNNN
* *
442 CCATTAATAG-CATCCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTTTGATAATCTC
1 CCATTAATAGTCA-CCCATTCC-TCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
505 AGAATTGATTTAAATTTCAA-TCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCAA
64 AAAATTGATTTAAATTTCAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAA
* * * * *
569 CCACAAGAAATATGAAGAAAAAGG--TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAATCGCCCATTCC
129 CCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCC
* * * * *
632 -TCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGTGTAAT-CTCAAAATTGAATGAAATTTGAAT
193 TTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGC-CAAAATTGATTTAAATTTGAAT
* * * * ** * **
695 TCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAACCTCAAGAAATGTGAGGGTAA
257 ACTTTGTACATTTTTA-TTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
760 AGGCTTTCATT-GTCAAGAAAAGT
321 AGGCTTT-ATTGGT-AAGAAAAGT
* * *
783 CCATTAATAGTCACCCAATCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATGC-C
1 CCATTAATAGTCACCCATTCC-TCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTC
* * * * * * * * *
847 ATAATTGATTTTAAGTTGAACTT-TTT-TACATTTTTAGTTAAAAAAAACTAGAATTG-ATGTCT
64 AAAATTGATTTAAATTTCAA-TTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCA
** * ** * * *
909 ACCTTGATAAACGT-AATGAGAAAGGCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATT
128 ACCTCAAGAAATATGAA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATT
* *
973 CCTTCAAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGA
191 CCTTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGC-CAAAATTGATTTAAATTTGA
* *
1037 ATCCTTTGTACATCTTTCTA-TAAAACAGATTAAAATTGAATGTCAACCTCCAGAAACATGAAGA
255 ATACTTTGTACAT-TTT-TATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGA
*
1101 AAAAGG-TTTATTGGTAAGAAAATT
318 AAAAGGCTTTATTGGTAAGAAAAGT
* * ** * *
1125 CCATTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCGATATCACTCACTTTAAATGGTCTTATAATCTCAA
1 CCATTAATAGTCACCCATTCCTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* ** * * *
1190 AATTGATTGAAATTTCAATTCTTTAAACATTGTTGGTCAAAAAAGATTATAATTGAAAGTCAACC
66 AATTGATTTAAATTTCAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACC
* ** *
1255 TCCAGAAATATGAAGTTAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAGTCA-TCACTCATTCCT
131 TCAAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTA-T-AGTCACCCATTCCT
* * * * * *
1319 TCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTATAATGCCATATTTGATTTTAAGTT-AA-AC
194 TCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCAAAATTGATTTAAATTTGAATAC
* * * *
1382 TTTTTCACATTTTTGATTAAAACAGATGAGAATTG-ATGTCTACCTCAAGAAACAT-AATGAAAA
259 TTTGT-ACATTTTT-ATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAA-GAAAA
**
1445 AGGCATTCGTTGGTAAGAAAAGT
321 AGGC-TTTATTGGTAAGAAAAGT
* * * *
1468 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCACAA
1 CCATTAATAGTCACCCATTCCTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* ** * *
1533 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGTCAAC
66 AATTGATTTAAATTTCAATTCTTTGTACA-TTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAAC
* * * * * * *
1598 CTCAAGAAACATGAA-AAAAAGGCATACATTGACAAGAAAAATCCGTTTAGAGTCACCCATT-TT
130 CTCAAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTATAGTCACCCATTCCT
** * * *
1661 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATACTGCCATAATTGATTTA
194 TCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCAAAATTGATTTA
1715 TGGTTGAAGT
Statistics
Matches: 771, Mismatches: 132, Indels: 57
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 8 0.01
341 126 0.16
342 204 0.26
343 272 0.35
344 156 0.20
345 3 0.00
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
CCATTAATAGTCACCCATTCCTCAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
AATTGATTTAAATTTCAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACC
TCAAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCACCCATTCCTTC
AAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGCCAAAATTGATTTAAATTTGAATACTT
TGTACATTTTTATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCT
TTATTGGTAAGAAAAGT
Found at i:1577 original size:514 final size:514
Alignment explanation
Indices: 442--1697 Score: 1684
Period size: 514 Copynumber: 2.4 Consensus size: 514
432 NNNNNNNNNN
* * * *
442 CCATTAATAG-CATCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTTTGATAATCTCA
1 CCATTTATAGTCA-CCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * ** *
506 GAATTGATTTAAATTTCAA-TCTTTGTACA-TTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCAA
65 AAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAA
* * *
569 CCACAAGAAATATGAAGAAAAAGGTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAATCGCCCATTCCTC
130 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATTCCTC
* * * *
634 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGTGTAATCTCAAAATTGAATGAAATTTGAATTCTT
195 CAAAAGCCATATCACTCACTTTAAATGGTTGTATAATCTCAAAATTGAATGAAATTTCAATTCTT
** * * * * *
699 TGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAACCTCAAGAAATGTGAGGGTAAAGGC
260 TAAACATTGTTAGTCAAAAAAGATTATAATTCAAAGTCAACCTCAAGAAATATGAAGGTAAAGGC
* *
764 TTTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCAATCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
325 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCAATCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
829 ACATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAAA
390 ACATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTCACATTTTTAGTTAAAAAAAA
** * * *
894 CTAGAATTGATGTCTACCTTGATAAACGTAATGAGAAAGGCATTCATTGGCAACAAAAGT
455 CTAGAATTGATGTCTACCTCAAGAAACATAATGAAAAAGGCATTCATTGGCAACAAAAGT
* * *
954 CCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCA
1 CCATTTATAGTCACCCATTCCTT-AAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
1019 AAATTGATTTAAATTTGAATCCTTTGTACATCTTTCTA-TAAAACAGATTAAAATTGAATGTCAA
65 AAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAA
* * * * *
1083 CCTCCAGAAACATGAAGAAAAAGGTTTATTGGTAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATTCCTC
130 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATTCCTC
* *
1148 CAAAAGCGATATCACTCACTTTAAATGGTCT-TATAATCTCAAAATTGATTGAAATTTCAATTCT
195 CAAAAGCCATATCACTCACTTTAAATGGT-TGTATAATCTCAAAATTGAATGAAATTTCAATTCT
* * * *
1212 TTAAACATTGTTGGTCAAAAAAGATTATAATTGAAAGTCAACCTCCAGAAATATGAAGTTAAAGG
259 TTAAACATTGTTAGTCAAAAAAGATTATAATTCAAAGTCAACCTCAAGAAATATGAAGGTAAAGG
* * *
1277 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAGTCA-TCACTCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCT
324 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAAT-AGTCACCCAATCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCT
* *
1341 TTACATGGTTTTATAATGCCATATTTGATTTTAAGTTAAACTTTTTCACATTTTT-GATTAAAAC
388 TTACATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTCACATTTTTAG-TTAAAAA
* * * *
1405 AGA-TGAGAATTGATGTCTACCTCAAGAAACATAATGAAAAAGGCATTCGTTGGTAAGAAAAGT
452 AAACT-AGAATTGATGTCTACCTCAAGAAACATAATGAAAAAGGCATTCATTGGCAACAAAAGT
* *
1468 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCACAA
1 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
*
1533 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTTATTAAAACAGATTATAACTGAATGTCAAC
66 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAAC
* ** * * * * **
1598 CTCAAGAAACATGAA-AAAAAGGCATACATTGACAAGAAAAATCCGTTTAGAGTCACCCATTTTT
131 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGG--TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATTCCT
** * * * *
1662 TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
194 CCAAAAGCCATATCACTCACTTTAAATGGTTGTATA
1698 CTGCCATAAT
Statistics
Matches: 647, Mismatches: 85, Indels: 21
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
512 19 0.03
513 135 0.21
514 429 0.66
515 64 0.10
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (514 bp):
CCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAAC
CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATTCCTCC
AAAAGCCATATCACTCACTTTAAATGGTTGTATAATCTCAAAATTGAATGAAATTTCAATTCTTT
AAACATTGTTAGTCAAAAAAGATTATAATTCAAAGTCAACCTCAAGAAATATGAAGGTAAAGGCA
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCAATCCTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
CATGGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTCACATTTTTAGTTAAAAAAAAC
TAGAATTGATGTCTACCTCAAGAAACATAATGAAAAAGGCATTCATTGGCAACAAAAGT
Done.