Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402576.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5649.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1817
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.10, T:0.34
Warning! 260 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1232 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 938--1817 Score: 767
Period size: 172 Copynumber: 5.1 Consensus size: 170
928 NNNNNNNNNN
*
938 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATATTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTT
* * * * * *
1003 ACATTTTCATTTAAAACAGATTATAATTGACTGTTTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAATGGCAT
65 ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAA-GGCAT
* * * *
1068 TTATTGACAAGAAAGTCCATTTATATTCACCTATTCCTTCAA
129 TCATTGACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
** * * *
1110 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAAATGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTT
* * * * * *
1175 ATATTTTTTA-TTAAAATAAATTATAATTGACTGTCTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAGACAT
65 ATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCAT
* *
1239 TCATTGAAAAAAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTCCATT-AA
129 TCATTG-ACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAA
* * ********** *
1282 AAGCCTTTTTAGTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAA-TTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATATTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTT
* * * ***
1346 ATATTTTTAGTTGAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATAAAAAGAAAAAGGCATT
65 ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
** * * *
1411 CATTGGTAGAAAAA-TCTATTTATAGTCATCAATTCCTTCAA
130 CATTGACA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
1452 AAGCCTAATTACT-AGCTTTAAATGATTTTAT-TATCTCAAAATTAATTTTATGTTCAATTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATG-TTTTATAT-TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTT
* ** * * * *
1515 TTGTAATATTTTTGGCCAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGACAAATGTAAAGAAAAAG
62 TT-T-ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAG
* * * * * ** * *
1580 TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTTGTTACTTAGTCTTTCAA
125 GCATTCATTGACAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
1627 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAT-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-TATTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTT--AAATGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
* * * * * *
1689 TA-CTTTTTAGCTAAAAC-GAATTGTAATTGAATGTCTGCCTTC-AGAAAGGTAAAGAGAAAGGC
64 TATATTTTTAGTTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGC
* * *
1751 ATTCAATGGCAAAAAGAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
127 ATTCATTGACAAAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
1796 AAGCCTTATTACTCACTTTAAA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAA
Statistics
Matches: 564, Mismatches: 120, Indels: 53
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
168 4 0.01
169 100 0.18
170 65 0.12
171 76 0.13
172 174 0.31
173 13 0.02
174 75 0.13
175 50 0.09
177 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTA
TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTC
ATTGACAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
Found at i:1631 original size:345 final size:334
Alignment explanation
Indices: 986--1817 Score: 680
Period size: 343 Copynumber: 2.4 Consensus size: 334
976 AAATTGATTT
* * * *
986 TAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTCATTTAAAACAGATTATAATTGACTGTTTACCTCGAGAAAC
1 TAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
* * * *
1051 ATAAAGAAAAATGGCATTTATTGACAAGAAAGTCCATTTATATTCACCTATTCCTTCAAAAGCCT
66 AAAAAGAAAAATGGCATTCATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
1116 TATTACTTGCTTTAAAATGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTATATTT
131 AATTACTAGCTTTAAAATGTTTTATACTCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTGTTTTATATTT
* ** * * * *
1181 TTTATTAAAATAAATTATAATTGACTGTCTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGA
196 TTGACCAAAACAAATTATAATTGAATGTCCACCTCGAAAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGA
* * * *
1246 AAAAAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTCCATTAAAAGCCTTTTTAGTCACTTTAAATGGTTTT
261 AAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGTCCATTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1311 ATATTCTCA
326 ATATTCTCA
* * * *
1320 NNNNNNNNNNTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTGAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
1 ----------TAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * *
1384 CTTGAGAAATAAAAAGAAAAA-GGCATTCATTGGTAGAA-AAA-TCTATTTATAGTCATCAATTC
56 CTCGAGAAACAAAAAGAAAAATGGCATTCATT-G-ACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTC
*
1446 CTTCAAAAGCCTAATTACTAGCTTT-AAATGATTTTATTA-TCTCAAAATTAATTTTATGTTCAA
119 CTTCAAAAGCCTAATTACTAGCTTTAAAATG-TTTTA-TACTCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAA
* * * * * *
1509 TTTTTTTTGTAATATTTTTGGCCAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGACAAATGTAAAG
182 -TTTGTTT-T-ATATTTTTGACCAAAACAAATTATAATTGAATGTCCACCTCGAAAAACGTAAAG
* ** * * * * ** *
1574 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTTGTTACTTAGT-CTTTCAAAAGCCTTATTA
244 AAAAAGACATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGTCCATT-AAAAGCCTTATTA
* *** *
1638 CTCGCTTTAAAAATTTTTATAATCTCA
308 CTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * * * *
1665 TAATTGATTTAAGTTGAATATTTTTAC-TTTTTAGCTAAAAC-GAATTGTAATTGAATGTCTGCC
1 TAA--G--TTAAATT---T-TTTTTACATTTTCAGTTAAAACAG-ACTATAATTGAATGTCTACC
*** * * * * * *
1728 TTC-AGAAAGGTAAAGAGAAA-GGCATTCAATGGCAAAAAGAGTCTATTTATAGTCACCCATTCC
57 -TCGAGAAACAAAAAGAAAAATGGCATTCATTGACAAGAA-AGTCCATTTATAGTCACCAATTCC
*
1791 TTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAA
120 TTCAAAAGCCTAATTACT-AGCTTTAAA
Statistics
Matches: 391, Mismatches: 73, Indels: 47
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
335 3 0.01
337 1 0.00
339 3 0.01
340 1 0.00
341 7 0.02
342 79 0.20
343 121 0.31
344 63 0.16
345 113 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (334 bp):
TAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
AAAAAGAAAAATGGCATTCATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCT
AATTACTAGCTTTAAAATGTTTTATACTCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTGTTTTATATTT
TTGACCAAAACAAATTATAATTGAATGTCCACCTCGAAAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGA
AAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGTCCATTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
ATATTCTCA
Done.