Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402579.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5651.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6271
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Warning! 307 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:389 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--3673 Score: 3739
Period size: 171 Copynumber: 21.6 Consensus size: 171
* * * *
1 TATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTCTTTGCATTTA
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
* * * * * * * * * *
66 TGTTTAAAATATGTTATTATTGAATGTTTACCTTGGGAAATATGAAACAAAAGGCAACTATT-GT
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-
* * *
130 TA-AGAAAAG-CCATTTCTAGTCACAT-AGGCTTTTGAAAGCCT
130 -AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * * * *
171 TACTACTCACATTAAAAGGTTTTATATTCCCAAAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTAACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
** * ** * * * *
236 TTCTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCACAGGAAACATGAAGTAAAATCCATCCAGTAAA
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA
* * * *
301 GAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCAAGCCTCTAAAAGCCT
131 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* ** * * * * *
342 TATCACTCATTTTAAACGGTTTTATATTTTCTTAATTTATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTA
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
* * * * *
407 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACGTGAAGTAAAAGACATCCATTAAA
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA
472 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
131 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
513 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTCATATTCTCATAATTGATTTTAAATTAGATTTTTTTA-TTCTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACAT-TT
* * * *
577 TTGGTTAAAATTTGTTATAATTGAATGAT-TGTCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCAGCCATTA
65 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATG-TCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
* *
641 GTAG-GAAAAG-GCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCT
129 G-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * **
683 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTTTTATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTATTTTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
* ** * * * *
748 TAGTTAAAATATAATATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAATATGAACCAAAA-CCATCCA-TGGT
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-
* * * *
811 AGAGAAAAGTCTAATTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCT
130 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * *
853 TATTACTCACTTCAAATGGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTTAGAATTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
** * *
918 TAATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA
*
983 GAGAAAAGTCCATTTATAGTTA-TGCAAGCCTTTGAAAGCCT
131 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
1024 TATTACTCACTTTAAATGGTTTGATGTTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
* * * * * * * **
1089 TAGTTAAAGTATGCTATAGTTGAATGCCTACCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGGTATCCATTAGA
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA
* *
1154 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACTTTTGAAAGCCT
131 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * *
1195 TATTACTTGCTTTAAACT-ATTTCATATTCTCATAA--G---TT--G-T--ATTTTTTT-TATTT
1 TATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * ** * *
1248 ATGGTTAAAATATGTTATATTTGAATGTATACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTAG
65 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
** * *
1313 CTAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-TGCAAGTCTTTGAAAGCCT
130 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCT
* ** * **
1355 TACTACTAACTTTAAATGGTTTTGA-ATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATGTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * * *
1419 ATGGTTAAAATATGTTATAATTAAATATCTG--TATCGAAAAACATGTAA-CAAAAGCCATTCAT
65 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCT-TAG-GAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCAT
* * * *
1481 TATAGATAAAAGTTCATCTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
127 TAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * * *
1526 TATTACTAGCTTTAAATAGTTTCATATACCCATAATTGATTTTATGTTGGATTTTTTCACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
* * *
1591 TGGTTAAAATTTGTTATAATTGAATGTCTGCC-TCGAGAAAGC-TGAAGCAAAAGCCATCTATTA
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAA-CATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
* *
1654 GAGAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTG-GAGCCCT
129 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG-CCT
* * * * * *
1697 TATTACCCTCTTTAAATAG-TTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTCATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
* * * *
1761 TGGATAAAATTTGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATC-TGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA-CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
1825 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-AAAGCCCT
130 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG-CCT
* * *
1867 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATT-TACATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTCACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCT-CATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
** * * * * * * * * *
1931 TTTATTAGAATTTGTTATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAACGTCAAGCTAAAGCCATCCATTGG
65 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* *
1996 AGAAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
130 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * ** * * *
2038 TACTACTCACTTTAAACAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTTGATTTTTTAACATTTA
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
* * * *
2103 TGGTCAAAATATGTTATAATTAAATGTCTGCCTT-GAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGG
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * *
2167 AGA-AAAATGTCCACTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGGCT
130 AGAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * *
2209 TACTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCCCATAATTGGTTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTA
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
* * * * * * *
2274 TGGTTGAAATATATTATAATTGAATGTTTACC-TCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATT-G
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * *
2337 ATAGGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCA
130 AGA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
2379 TATTACTCGCTTTAAA-GATTTTTATGTTCTTATAATTAATTTTAAGTTGGATTTCTTTACA-TT
1 TATTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * *** *
2442 TAGGTTTAAAATATGCTACAATTGAACACCTGCCTTAGTAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
65 TTGG-TTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
** *
2507 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAATCATTGAAAGCCT
129 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * * *
2550 TATTACTTGCTTTAAACT-ATTTTATATTCTCATAAGTAATTTAAAGCTGGATTTGTTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * * * * *
2614 ATGGTTAAAATATGTTATATTTGAGTGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTAG
65 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* *
2679 AGAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-TGCAAGTCTTTGAAAGCCT
130 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCT
* * *
2721 TATTACTCGTTTTAAACGGTTTTATATTCTC-TGAATTGATTTTAAGTTGGATTTTCTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * *
2785 ATAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAACATGAAG-TAAAGCCATCCATTAG
65 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* *
2849 AGAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCT
130 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
2891 TATTACTTGCTTTAAATCGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
* * ** * * * **
2956 TCGCTAAAATATAATATAATTGAATGTCTG-CTTTGAGAAATATTAAGCAAAA-CCATTTATGGT
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT--T
* *
3019 AGA-A-AAAAGTCCAATTATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCT
128 AGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * * *
3061 TATTACTTGCTTTGAATGGTTTTATATTCTCATAATAGATTTTAATTTAGAATTTTTCACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
* * *
3126 TGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCTAAAGCCATCCATTAGA
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA
** * *
3191 GAGAAAAGTGTATTTATAGTCA-TGCAAGCCTTTAAAAGCTT
131 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * *
3232 TATTACTCACTTTTAATGGTTTGATGTTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTACTTTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
* * * * **********
3297 TAGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCNNNNNNNNNN
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA
* *
3362 GAGAATAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCT
131 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * **
3403 TATTACTTGCTTTAAACT-ATTTTATATTCTCATAATTAATTTAAAACTGGATTTTTTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * *
3467 ATGGTTAAAATATGTTATATTTGAATGTCTTCCTCTA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTA
65 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
* * * ***
3531 GCGAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-TGCACGCCTTTGAAAGTGG
129 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCT
* * *
3574 TATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATATTCT-TTGAATTGATTTTAAATTGGATTTTTTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* *
3638 ATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTCCTTA
65 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTA
3674 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2927, Mismatches: 496, Indels: 160
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.00
160 115 0.04
161 9 0.00
162 1 0.00
163 1 0.00
164 1 0.00
165 2 0.00
166 2 0.00
167 1 0.00
168 6 0.00
169 27 0.01
170 953 0.33
171 1775 0.61
172 32 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA
GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
Found at i:661 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1--3673 Score: 3665
Period size: 341 Copynumber: 10.8 Consensus size: 341
* * *
1 TATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTCTTTGCATTTA
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTA
* * * * * * * * * *
66 TGTTTAAAATATGTTATTATTGAATGTTTACCTTGGGAAATATGAAACAAAAGGCAACTATT-GT
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-
* * * * * * *
130 TA-AGAAAAG-CCATTTCTAGTCACAT-AGGCTTTTGAAAGCCTTACTACTCACATTAAAAGGTT
130 -AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
192 TTATATTCCCAAAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTAACATTTTTT-CTTAAAATATGTTATAAT
193 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTT--TATTTTTTGGTTAAAATATGTTATAAT
* ** * * * * * *
256 TGAATGTCTACCACAGGAAACATGAAGTAAAATCCATCCAGTAAAGAGAAAAGTTCATTTATAGT
256 TGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
321 TACTCAAGCCTCTAAAAGCCT
321 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* ** * * * *
342 TATCACTCATTTTAAACGGTTTTATATTTTCTTAATTTATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTA
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTA
* * * * *
407 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACGTGAAGTAAAAGACATCCATTAAA
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA
* *
472 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTCA
131 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* *
537 TATTCTCATAATTGATTTTAAATTAGATTTTTTTATTCTTTTGGTTAAAATTTGTTATAATTGAA
196 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATT-TTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAA
* * *
602 TGAT-TGTCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCAGCCATTAGTAG-GAAAAG-GCATTTATAGTCA
260 TG-TCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
*
664 CTCAAGCCTTTAAAAGCCT
323 CTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * ** *
683 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTTTTATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTATTTTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTA
* ** * * * *
748 TAGTTAAAATATAATATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAATATGAACCAAAA-CCATCCA-TGGT
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-
* * * * * *
811 AGAGAAAAGTCTAATTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTT
130 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * **
876 ATATTCTTATAATTGATTTTAAGTTAGAATTTTTTATATTTTTAATTAAAATATGTTATAATTGA
195 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTAT-TTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGA
* *
941 ATGTCTGCTTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTTA-
259 ATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
1005 TGCAAGCCTTTGAAAGCCT
324 T-CAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * *
1024 TATTACTCACTTTAAATGGTTTGATGTTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTA
* * * * * * * **
1089 TAGTTAAAGTATGCTATAGTTGAATGCCTACCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGGTATCCATTAGA
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA
* * * * *
1154 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACTTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACT-ATTTC
131 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTT
* * *
1218 ATATTCTCATAA--G---TT--G-TA-TTTTTTTTA-TTTATGGTTAAAATATGTTATATTTGAA
195 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATTTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAA
* * ** * * * ** *
1273 TGTATACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTAGCTAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-T
260 TGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
*
1337 GCAAGTCTTTGAAAGCCT
325 -CAAGCCTTTGAAAGCCT
* ** * **
1355 TACTACTAACTTTAAATGGTTTTGA-ATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATGTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * * *
1419 ATGGTTAAAATATGTTATAATTAAATATCTG--TATCGAAAAACATGTAA-CAAAAGCCATTCAT
65 ATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCT-TAG-GAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCAT
* * * * * *
1481 TATAGATAAAAGTTCATCTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGT
127 TAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * * *
1546 TTCATATACCCATAATTGATTTTATGTTGGATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATTTGTTATAAT
192 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTA-TTTTTTGGTTAAAATATGTTATAAT
* * * *
1611 TGAATGTCTGCCTCGAGAAAGC-TGAAGCAAAAGCCATCTATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAA
256 TGAATGTCTGCCT-TAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAG
*
1675 TCACTCAAGCCTTTG-GAGCCCT
320 TCACTCAAGCCTTTGAAAG-CCT
* * * * * * *
1697 TATTACCCTCTTTAAATAG-TTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTCATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTA
* * * *
1761 TGGATAAAATTTGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATC-TGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA-CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
*
1825 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-AAAGCCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
130 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
1889 TATATT-TACATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTCACATTTTTT-ATTAGAATTTGTTATAAT
194 TATATTCT-CATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTT--TATTTTTTGGTTAAAATATGTTATAAT
* * * * * * * * * *
1952 TTAATGTTTGCATTAGGAAACGTCAAGCTAAAGCCATCCATTGGAGAAAAAAGTCCACTTATAGT
256 TGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGT
2017 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
321 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * ** * *
2038 TACTACTCACTTTAAACAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTTGATTTTTTAACATTTA
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTA
* * * *
2103 TGGTCAAAATATGTTATAATTAAATGTCTGCCTT-GAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGG
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * * * *
2167 AGA-AAAATGTCCACTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGGCTTACTACTCACTTTAAATAGTTT
130 AGAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
2231 TATATTCCCATAATTGGTTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTATGGTTGAAATATATTATAATTG
194 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTA-TTTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTG
* * * * * *
2296 AATGTTTACC-TCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATT-GATAGGAAAAG-CCATTTATAGT
258 AATGTCTGCCTTAGA-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGA-GAAAAGTCCATTTATAGT
* *
2358 CACTCAAGCCTTTGAAAGTCA
321 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
2379 TATTACTCGCTTTAAA-GATTTTTATGTTCTTATAATTAATTTTAAGTTGGATTTCTTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * *** *
2443 A-GGTTTAAAATATGCTACAATTGAACACCTGCCTTAGTAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
65 ATGG-TTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
** * * *
2507 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAATCATTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACT-ATT
129 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTT
* * * * * * * * *
2571 TTATATTCTCATAAGTAATTTAAAGCTGGATTTGTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATATTT
193 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTA-TTTTTTGGTTAAAATATGTTATAATT
* * * * * * * *
2636 GAGTGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTAGAGAGAAAAGTTCATTTATAGTC
257 GAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
2701 A-TGCAAGTCTTTGAAAGCCT
322 ACT-CAAGCCTTTGAAAGCCT
* * *
2721 TATTACTCGTTTTAAACGGTTTTATATTCTC-TGAATTGATTTTAAGTTGGATTTTCTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * * *
2785 ATAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAACATGAAG-TAAAGCCATCCATTAG
65 ATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * *
2849 AGAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATCGTTTT
130 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * **
2914 ATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTCGCTAAAATATAATATAATTGA
195 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTAT-TTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGA
* * * ** *
2979 ATGTCTG-CTTTGAGAAATATTAAGCAAAA-CCATTTATGGTAGA-A-AAAAGTCCAATTATAGT
259 ATGTCTGCCTTAGA-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT--TAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGT
*
3040 CATTCAAGCCTTTGAAAGCCT
321 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * * * *
3061 TATTACTTGCTTTGAATGGTTTTATATTCTCATAATAGATTTTAATTTAGAATTTTTCACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTA
* * *
3126 TGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCTAAAGCCATCCATTAGA
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA
** * * * * *
3191 GAGAAAAGTGTATTTATAGTCA-TGCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTTAATGGTTTG
131 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
3255 ATGTTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATATGCTATAATTGA
195 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTA-TTTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGA
* * * ********** *
3320 ATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCNNNNNNNNNNGAGAATAGTCCATTTATAGTCAC
259 ATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
*
3385 TCAAACCTTTGAAAGCCT
324 TCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * **
3403 TATTACTTGCTTTAAACT-ATTTTATATTCTCATAATTAATTTAAAACTGGATTTTTTTACATTT
1 TATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
* * *
3467 ATGGTTAAAATATGTTATATTTGAATGTCTTCCTCTA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTA
65 ATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
* * * *** *
3531 GCGAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-TGCACGCCTTTGAAAGTGGTATTACTCGCTTTAAACGGTT
129 GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * *
3595 TTATATTCT-TTGAATTGATTTTAAATTGGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAAT
193 TTATATTCTCAT-AATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTA-TTTTTTGGTTAAAATATGTTATAAT
*
3659 TGAATGTCTTCCTTA
256 TGAATGTCTGCCTTA
3674 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2773, Mismatches: 473, Indels: 171
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 1 0.00
330 3 0.00
331 257 0.09
332 3 0.00
333 8 0.00
334 2 0.00
335 1 0.00
336 2 0.00
337 2 0.00
338 1 0.00
339 5 0.00
340 327 0.12
341 1215 0.44
342 923 0.33
343 23 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTA
TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA
GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATTTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAAT
GTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
AAGCCTTTGAAAGCCT
Found at i:2027 original size:512 final size:513
Alignment explanation
Indices: 1--3673 Score: 3677
Period size: 512 Copynumber: 7.2 Consensus size: 513
* * * * * *
1 TATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTCTTTGCATTTA
1 TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTT
* * * * * * * * * * *
66 TGTTTAAAATATGTTATTATTGAATGTTTACCTTGGGAAATATGAAACAAAAGGCAACTATT-GT
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-
* * * * * * *
130 TA-AGAAAAG-CCATTTCTAGTCACAT-AGGCTTTTGAAAGCCTTACTACTCACATTAAA-AGGT
130 -AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACCCTCTTTAAATA-GT
* * * * * **
191 TTTATATTCCCAAAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTAACATTTTTTCTTAAAATATGTTATAAT
192 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATGTTATAAT
* * * * * *
256 TGAATGTCTACCACAGGAAACATGAAGTAAAATCCATCCAGTAAAGAGAAAAGTTCATTTATAGT
257 TGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * ** ** * * *
321 TACTCAAGCCTCTAAAAGCCTTATCACTCATTTTAAACGGTTTTATATTTTCTTAATTTATTTTA
322 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTA
* * *
386 AGTTGGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTCCTTAGGAAACGTG
387 AGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATG
* * *
451 AAGTAAAAGACATCCATTAAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
452 AAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
513 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTCATATTCTCATAATTGATTTTAAATTAGATTTTTTTA-TTCTT
1 TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACAT-TT
* * *
577 TTGGTTAAAATTTGTTATAATTGAATGAT-TGTCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCAGCCATTA
65 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATG-TCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
* * * *
641 GTAG-GAAAAG-GCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGT-TTTAAATGGT
129 G-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-CCTCTTTAAATAGT
* * * * **
703 TTTTTATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTATTTTTTTAGTTAAAATATAATATAAT
192 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATGTTATAAT
* * * * * * * *
768 TGAATGTCTGCCTTAAGAAATATGAACCAAAA-CCATCCA-TGGTAGAGAAAAGTCTAATTATAG
257 TGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * * *
831 TCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATATTCTTATAATTGATTTT
321 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAATTTT
* * * ** * *
896 AAGTTAGAATTTTTTATATTTTTAATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTTAGAAAACAT
386 AAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACAT
*
961 GAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTTA-TGCAAGCCTTTGAAAGCCT
451 GAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCT
* * *
1024 TATTACTCA-CTTTAAATGGTTTGATGTTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTT
1 TATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTT
* * * * * * **
1088 TTAGTTAAAGTATGCTATAGTTGAATGCCTACCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGGTATCCATTAG
65 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * *
1153 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACTTTTGAAAGCCTTATTA-CTTGCTTTAAACTA-TT
130 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACCCT-CTTTAAA-TAGTT
* * * *
1216 TCATATTCTCATAA--G---TT--G-T--ATTTTTTT-TATTTATGGTTAAAATATGTTATATTT
193 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATT
* * * * ** *
1270 GAATGTATACCTCGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTAGCTAGAAAAGTTCATTTATAGTC
258 GAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** * *
1335 A-TGCAAGTCTTTGAAAGCCTTACTACTAACTTTAAATGGTTTTGA-ATTCTCATAATTGATTTT
323 ACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT-ATATTCTCATAATTAATTTT
** * * * *
1398 AAGTTAGATTTTTTTATGTTTATGGTTAAAATATGTTATAATTAAATATCTG--TATCGAAAAAC
386 AAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCT-TAG-GAAAC
* * * * *
1461 ATGTAA-CAAAAGCCATTCATTATAGATAAAAGTTCATCTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
449 ATG-AAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
1525 T
513 T
* * * * * * *
1526 TATTACTAGCTTTAAATAGTTTCATATACCCATAATTGATTTTATGTTGGATTTTTTCACATTTT
1 TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTT
* * * *
1591 TGGTTAAAATTTGTTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAAGC-TGAAGCAAAAGCCATCTATTAG
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCT-TAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* *
1655 AGAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTG-GAGCCCTTATTACCCTCTTTAAATAG-TT
130 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG-CCTTATTACCCTCTTTAAATAGTTT
* * * * *
1718 TATATTCACATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTCATATTTTTGGATAAAATTTGTTATAATTG
194 TATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTG
* *
1783 AATGTCTGCCTCAAGAAATC-TGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
259 AATGTCTACCTCAGGAAA-CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
1847 ACTCAAGCCTTT-AAAGCCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATT-TACATAATTGATTTT
323 ACTCAAGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCT-CATAATTAATTTT
* * ** * * * * * *
1910 AAGTTAGATTTTTTCACATTTTTTATTAGAATTTGTTATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAACGT
386 AAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACAT
* * * * *
1975 CAAGCTAAAGCCATCCATTGGAGAAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
451 GAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* ** * *
2038 TACTACTCA-CTTTAAACAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTTGATTTTTTAACATTT
1 TATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTT
* * * *
2102 ATGGTCAAAATATGTTATAATTAAATGTCTGCCTT-GAAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
65 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-AAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
* * * * * *
2166 GAGA-AAAATGTCCACTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGGCTTACTACTCACTTTAAATAGTT
129 GAGAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACCCTCTTTAAATAGTT
* * * * * * *
2230 TTATATTCCCATAATTGGTTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTATGGTTGAAATATATTATAATT
193 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATT
* * * *
2295 GAATGTTTACCTC-GAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATT-GATAGGAAAAG-CCATTTATAG
258 GAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGA-GAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * *
2357 TCACTCAAGCCTTTGAAAGTCATATTACTCGCTTTAAAGATTTTTATGTTCTTATAATTAATTTT
321 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAATTTT
* * * * *** *
2422 AAGTTGGATTTCTTTACATTTA-GGTTTAAAATATGCTACAATTGAACACCTGCCTTAGTAAACA
386 AAGTTAGATTTTTTTACATTTATGG-TTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACA
** *
2486 TGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAATCATTGAAAGCCT
450 TGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * * * *
2550 TATTACTTGCTTTAAACT-ATTTTATATTCTCATAAGTAATTTAAAGCTGGATTTGTTTACATTT
1 TATTACTAGCTTTAAA-TGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTT
* * * * * * * * *
2614 ATGGTTAAAATATGTTATATTTGAGTGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTAG
65 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG
* * * **
2679 AGAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-TGCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGT-TTTAAACGGTT
130 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-CCTCTTTAAATAGTT
* * *
2742 TTATATTCTC-TGAATTGATTTTAAGTTGGATTTTCTTACATTTATAGTTAAAATATGTTATAAT
193 TTATATTCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATGTTATAAT
* ** * *
2806 TGAATGTCTTCCTTGGGAAACATGAAG-TAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAACTCCATTTATAGT
257 TGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
2870 CACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATCGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTA
322 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTA
* * * * ** * *
2935 AGTTAGATTTTTTTATATTTTTCGCTAAAATATAATATAATTGAATGTCTG-CTTTGAGAAATAT
387 AGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACAT
* ** * *
2999 TAAGCAAAA-CCATTTATGGTAGA-A-AAAAGTCCAATTATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCT
451 GAAGCAAAAGCCATCCAT--TAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * *
3061 TATTACTTGCTTTGAATGGTTTTATATTCTCATAATAGATTTTAATTTAGAATTTTTCACATTTT
1 TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTT
* * * *
3126 TGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCTAAAGCCATCCATTAGA
66 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA
** * * * * * * *
3191 GAGAAAAGTGTATTTATAGTCA-TGCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTTAATGGTTTG
131 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACCCTCTTTAAATAGTTTT
* * *
3255 ATGTTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTACT-TTTTTAGTTAAAATATGCTATAATTG
195 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTA-TATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTG
* * ********** *
3319 AATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCNNNNNNNNNNGAGAATAGTCCATTTATAGTCA
259 AATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
3384 CTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACTA-TTTTATATTCTCATAATTAATTTAAA
324 CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAA
** * * *
3448 ACTGGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATATTTGAATGTCTTCCTCTA-GAAACATG
388 GTTAGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCT-TAGGAAACATG
* * * * ***
3512 AAGCAAAAGCCATCCACTAGCGAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-TGCACGCCTTTGAAAGTGG
452 AAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * *
3574 TATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATATTCT-TTGAATTGATTTTAAATTGGATTTTTTTACATTT
1 TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCAT-AATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTT
* *
3638 ATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTCCTTA
65 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTA
3674 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2607, Mismatches: 466, Indels: 175
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
500 1 0.00
501 65 0.02
502 333 0.13
503 15 0.01
504 1 0.00
505 1 0.00
506 2 0.00
507 2 0.00
508 1 0.00
509 1 0.00
510 8 0.00
511 626 0.24
512 1303 0.50
513 246 0.09
514 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (513 bp):
TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTT
TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA
GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACCCTCTTTAAATAGTTTTA
TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAA
TGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTT
AGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGC
AAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
Found at i:4236 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3920--6271 Score: 2165
Period size: 171 Copynumber: 13.8 Consensus size: 171
3910 NNNNNNNNNN
* * *
3920 TTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* **********
3984 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCTATTTNNNNNNNNNNAAGCCTTTGAAAGCC
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
* * * *
4049 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATCTTCTCATAATTAAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
********** * * *
4090 TTTAAGTTAGATTTTTTTACANNNNNNNNNNAAATATGCTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* * * *
4155 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCAAACCTTTGAAAACC
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
* * * * *
4220 TTGTTACTTGCTTTAAACT-ATTTTATATTCTCGTAATTAAT
131 TTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * * *
4261 TTAAACTTGGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATATTTGAGTGTCTGCCTT-GAGAA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAA
* * *********************
4325 ACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGTGAGAAAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAAGC
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGC
** *
4390 CTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTGTATTCTCATAATTGAT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * * * * * *
4432 TTTTAGTTAGATTTTTTTATATTTATGGTTAAAATCTATTATAATTAAATTTTTACCTTAGGAAA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* * * * *
4497 CGTGAAGTAAAAGCCATCTATTATAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAG-CTTGTGAAAGC
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TGAAAGC
* * * * * * * *
4561 TTTATTACTAGTTTTAAATAGTTTCAGATTCCCATAATAGAT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * * * * * *
4603 TTTATGTTACATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAATTTATTGTAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* * * *
4668 CCTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATATATAGCCACTCAAGTCTTTG-AAGCC
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG-C
* * *
4732 CTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATATTTGAT
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * ** * * * *
4774 TTTAAGCTGGGTTTTTCCACATTTTTGGTTCAAATATGCTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
********** *
4839 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAANNNNNNNNNNTAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCC
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
* * *
4904 TTATTACTCGCTTT-AATCGATTTCATGTTCTCATAATTGAT
131 TTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* ** * * *
4945 TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTTATTAAATTATGTTATAGTTGATTGTCTGCCTT-GAGAA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAA
* * * * * * *
5009 ACAT-ATAGGAAAAGCTATCTA-TATAGAG-AAAGTCCATTTATAGTAACTCAAGACTTTAAAAG
65 ACATGA-AGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG
* * *
5071 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGATTCACATAATTGAT
129 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * * *
5114 TTTATA-CTAGATTTTTTCACATTTTTGCTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAA
1 TTTA-AGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAA
* *
5178 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGC
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGC
* * *
5243 CTTATTACAT-GCTTTAAAAGATTTTATGTTCTCATAATTGAT
130 CTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * * *
5285 TTTCAA-ATGGATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAATATGTTTTAATTGAATGTTTGCCTCAGGAA
1 TTT-AAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAA
* * * * * *
5349 ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTAAAACCTTTGAAAGC
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGC
* *
5414 CTTATTACGT-GCTTTAAATGCTTTTGTATTCTCATAATTGAT
130 CTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* *
5456 TTTAAGTTAGAATTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTG-ATCGTCTGCCTCT-GGA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAAT-GTCTGCCT-TAGGA
* * *
5519 AACATGAAGCAAAAGCCAACCATTGGCAG-GAAAAGT-TATTTATAGTCACAT-AAGCCTTTGAA
64 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTTGAA
* *
5581 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAA
127 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * *
5626 TTTAAGTTAGATGTTTTTCCATTTTTAGTTAAAATA-GATTATAATTGAATG-CTTGCCTTAGGA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATG-TTATAATTGAATGTC-TGCCTTAGGA
* * * *
5689 AGCATGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCA-AGAAAAG-CCA-TTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAA
64 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
* **
5751 GCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATATTCTCATAATCAAT
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * ** * * * * * *
5795 TTTAAATTGGATTTCATTACATTTATGTTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGCAA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* * * * *
5860 CATAAAAG-AAAAGCCAACCATT-GCTA-AGAAAAG-CCATTTCTAGTCACACAAGTCTTTGAAA
66 CAT-GAAGCAAAAGCCATCCATTAG--AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
* * * *
5921 GCCTTACTACTCTCTTTAAATGGTTTTGTATTCTCATAATGGAT
128 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * *
5965 TTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTT--TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCATAGGAAA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* * **
6028 CATGAAGCAAAATCCATCAATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTG
66 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
*
6093 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATATTCTCATAATTGAT
131 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * * * * * *
6134 TTTCAGTTGGATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAATTTGTTATAGTTGAATGTTTACC-TCGAAAA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAA
* * * * * * * *
6198 ACGTGAAGCAAAAGCCAGCCATTAAAAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACTCAAGCCATAGAAAGC
65 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGC
6263 CTTATTACT
130 CTTATTACT
Statistics
Matches: 1754, Mismatches: 383, Indels: 89
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 53 0.03
169 344 0.20
170 307 0.18
171 1035 0.59
172 11 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
Found at i:5215 original size:511 final size:505
Alignment explanation
Indices: 3920--6271 Score: 1969
Period size: 511 Copynumber: 4.6 Consensus size: 505
3910 NNNNNNNNNN
* * * * * *
3920 TTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTT-TTTAAAATATGTTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAA
* * * **********
3984 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCTATTTNNNNNNNNNNAAGCCTTTGAAAGCC
65 CATGAAGCAAAAGCCATCTATTATAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
* * * ** * * *
4049 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATCTTCTCATAATTAATTTTA-AGTTAGATTTTTTTACANN
130 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTCAGATTCTCATAATTGATTTTATA-TTAGATTTTTTCACA-T
******** * * *
4113 NNNNNNNNAAATATGCTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
193 TTTTGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
** * ** * * * *
4178 GCGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCAAACCTTTGAAAACCTTGTTACTTGCTTTAAACT-ATT
258 GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTG-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTT
* * * * *
4242 TTATATTCTCGTAATT-AATTTAAACTTGGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATATT
321 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAA--TGGA--TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAAT
* * * * * **********
4306 TGAGTGTCTGCCT-TGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGTGAGAAAAGTNNNNNNNNNN
382 TGAATGTTTGCCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AAGAAAAG-CCATTTATAG
*********** ** *
4370 NNNNNNNNNNNTTTGAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTGTATTCTCATAATTGAT
444 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTATTCTCATAATTGAT
* * ** * * * * *
4432 TTTTAGTTAGATTTTTTTATATTTATGGTTAAAATCTATTATAATTAAATT-TTTACCTT-AGGA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTT-TTTTTAAAATATGTTATAATT-GATTGTCTGCCTTGA-GA
* * *
4495 AACGTGAAGTAAAAGCCATCTATTATAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAG-CTTGTGAAA
63 AACATGAAGCAAAAGCCATCTATTATAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TGAAA
* * * * * * *
4559 GCTTTATTACTAGTTTTAAAT-AGTTTCAGATTCCCATAATAGATTTTATGTTACATTTTTTCAC
127 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTCAGATTCTCATAATTGATTTTATATTAGATTTTTTCAC
* * * * * * * *
4623 ATTTTTTGTTAAAATTTATTGTAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACCTGAAGCAAAAGCCATCCA
191 A-TTTTTGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
* * * *
4688 TTAGAGAGAAAAGTCCATATATAGCCACTCAAGTCTTTGAAGCCCTTATTGCTCGCTTTAAATGG
255 TTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
4753 TTTTATATTCACATATTTGATTTTAAGCTGGGTTTTTCCACATTTTTGGTTCAAATATGCTATAA
319 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA-ATGGATTTTT--ACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAA
*********
4818 TTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAANNNNNNNNNNTAG
381 TTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA-AGAAA-AGCCATTTATAG
* ** *
4883 TCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATCGATTTCATGTTCTCATAATTGAT
444 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTGTATTCTCATAATTGAT
* * *
4945 TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTTATTAAATTATGTTATAGTTGATTGTCTGCCTTGAGAAA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAATATGTTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAA
* * * * *
5010 CAT-ATAGGAAAAGCTATCTA-TATAGAG-AAAGTCCATTTATAGTAACTCAAGACTTTAAAAGC
65 CATGA-AGCAAAAGCCATCTATTATAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGC
* * *
5072 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGATTCACATAATTGATTTTATACTAGATTTTTTCACATT
129 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTCAGATTCTCATAATTGATTTTATATTAGATTTTTTCACATT
*
5137 TTTGCTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
194 TTTG-TTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
* *
5202 GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAAAGATT
258 GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTG-AAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTT
* * * *
5266 TTATGTTCTCATAATTGATTTTCAAATGGATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAATATGTTTTAATT
321 TTATATTCTCATAATTGATTTT-AAATGGA--TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATT
* * *
5331 GAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATTGTC
383 GAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AAGAAAAG-CCATTTATAGTC
* * *
5396 ACTAAAACCTTTGAAAGCCTTATTACGT-GCTTTAAATGCTTTTGTATTCTCATAATTGAT
446 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTGTATTCTCATAATTGAT
* ** *
5456 TTTAAGTTAGAATTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGATCGTCTGCCTCTG-GAA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTT-TTTTTAAAATATGTTATAATTGATTGTCTGCCT-TGAGAA
* * ** *
5520 ACATGAAGCAAAAGCCAACCATTGGCAG-GAAAAGT-TATTTATAGTCACAT-AAGCCTTTGAAA
64 ACATGAAGCAAAAGCCATCTATT-ATAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTTGAAA
* * * * *
5582 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAATTTA-AGTTAGATGTTTTTC-
127 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTCAGATTCTCATAATTGATTTTATA-TTAGAT-TTTTTCA
* * *
5645 CATTTTTAGTTAAAATA-GATTATAATTGAATG-CTTGCCTTAGGAAGCATGAAGCAAAAGCCAT
190 CATTTTT-GTTAAAATATG-TTATAATTGAATGTC-TACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * *
5708 CCATTTGCAAGAAAAG-CCA-TTATAGTCACTCAAG-CTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGA
252 CCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTC-TTT-GAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
** * *
5770 ATGGTTTTATATTCTCATAATCAATTTTAAATTGGATTTCATTACATTTATGTTTAAAATATGCT
315 ATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAA-TGGATTT--TTACATTTTTGGTTAAAATATGCT
* * ** * * *
5835 ATAATTGAATGTCTGTCTTGGGCAACATAAAAG-AAAAGCCAACCATT-GCTAAGAAAAGCCATT
377 ATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACAT-GAAGCAAAAGCCATCCATTAG--AAGAAAAGCCATT
* * * * * * *
5898 TCTAGTCACACAAGTCTTTGAAAGCCTTACTACTCTCTTTAAATGGTTTTGTATTCTCATAATGG
439 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTATTCTCATAATTG
5963 AT
504 AT
* * * * *
5965 TTTAAGTTAGATTTTTTTATA-TTTTTTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCAT-AGGAAA
1 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTTTTAAAATATGTTATAATTGATTGTCTGCCTTGA-GAAA
* * * **
6028 CATGAAGCAAAATCCATCAATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTG
65 CATGAAGCAAAAGCCATCTATTATAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
* * * * *
6093 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATATTCTCATAATTGATTTTCA-GTTGGATTTTTTTACATT
130 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTCAGATTCTCATAATTGATTTT-ATATTAGATTTTTTCACATT
* * * * * * *
6157 TCTGGTTAAAATTTGTTATAGTTGAATGTTTACCTC-GAAAAACGTGAAGCAAAAGCCAGCCATT
194 T-TTGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * * *
6221 AAAAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACTCAAGCCATAGAAAGCCTTATTACT
257 AGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTG-AAGCCTTATTACT
Statistics
Matches: 1496, Mismatches: 276, Indels: 138
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
506 3 0.00
507 63 0.04
508 136 0.09
509 89 0.06
510 159 0.11
511 410 0.27
512 223 0.15
513 405 0.27
514 8 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (505 bp):
TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTTTTAAAATATGTTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAAC
ATGAAGCAAAAGCCATCTATTATAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATGATTTCAGATTCTCATAATTGATTTTATATTAGATTTTTTCACATTTT
TGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
TTCTCATAATTGATTTTAAATGGATTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTTT
GCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTATTCTCATAATTGAT
Found at i:5410 original size:682 final size:672
Alignment explanation
Indices: 3932--6271 Score: 2035
Period size: 682 Copynumber: 3.4 Consensus size: 672
3922 TAAGTTAAAA
* * *
3932 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AACATGAAGCAAAA
1 TTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCC-TAGGAAACATGAAGCAAAA
* ********** *
3996 GCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCTATTTNNNNNNNNNNAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACT
64 GCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * **********
4061 TTAAATGGTTTGATCTTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACANNNNNNNNNNAAATA
129 TTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTACATTTATGGTTAAAATA
* * * *
4126 TGCTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGC-GAGAAAAGTC
193 TGTTATAATTGAATGTTTGCC-TCGGAAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTAGCAG-GAAAAGT-
* ** * * ** * *
4190 CATTTATAGTCACGCAAACCTTTGAAAA-CCTTGTTACTTGCTTTAAACT-ATTTTATATTCTCG
255 TATTTATAGTCACATAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGATTTCATATTCTCA
* * * * * * *
4253 TAATT-AATTTAAACTTGGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATG-TTATATTTGAGTG-TCT
318 TAATTGAATTT-AAGTTAGATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGCT-T
* * ******************
4315 GCCTT-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTAGTGAGAAAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
380 GCCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AAGAAAAG--CCATTATAGTAACTCAAG
** * **
4379 NNTTTGAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTT-GTATTCTCATAATTGATTTT-TAGTTAG
441 CTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAG-ATTCTCATAATTGATTTTATA-TTAG
* * * ** * * * *
4442 ATTTTTTTATATTTATGGTTAAAATCTATTATAATTAAATTTTTACCTTAGGAAACGTGAAGTAA
504 A-TTTTTTACATTTATGCTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG-AA
* * * * *
4507 AAGCCATCTATTATAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAG-CTTGTGAAAGCTTTATTACTA
567 AAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTT-TGAAAGCCTTATTACTA
* * * * *
4571 GTTTTAAATAGTTTCA-GATTCCCATAATAGATTTTATGTTACAT
631 GCTTTAAA-AGTTTTATG-TTCTCATAATAGATTTTA-ATTAGAT
* * * * *
4615 TTTTTCACATTTTTTGTTAAAATTTATTGTAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACCTGAAGCAAAA
1 TTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCC-TAGGAAACATGAAGCAAAA
* * * *
4680 GCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATATATAGCCACTCAAGTCTTTG-AAGCCCTTATTGCTCGC
64 GCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTCGC
* * * * * * *
4744 TTTAAATGGTTTTATATTCACATATTTGATTTTAAGCTGGGTTTTTCCACATTTTTGGTTCAAAT
128 TTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTT-TACATTTATGGTTAAAAT
* * **
4809 ATGCTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAANNN
192 ATGTTATAATTGAATGTTTGCCTC-GGAAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTAGCAG-GAAA-AG
******* * *
4873 NNNNNNNTAGTCAC-TCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATCGATTTCATGTTCTC
254 TTATTTATAGTCACAT-AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTCATATTCTC
* * * * * *
4936 ATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAATTATG-TTATAGTTGATTG-TC
317 ATAATTGAATTTAAGTTAGATGTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGCT-
* * *
4998 TGCCTT-GAGAAACAT-ATAGGAAAAGCTATCTATATAG-AG-AAAGTCCATTTATAGTAACTCA
379 TGCCTTAG-GAAACATGA-AGCAAAAGCCATCCAT-TAGAAGAAAAG-CCA-TTATAGTAACTCA
* * *
5059 AGAC-TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAGATTCACATAATTGATTTTATACTA
439 AG-CTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGATTCTCATAATTGATTTTATATTA
* *
5123 GATTTTTTCACATTTTTGCTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCA
503 GATTTTTT-ACATTTATGCTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG-A
5188 AAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTAC-A
566 AAAGCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTA
* * *
5252 TGCTTTAAAAGATTTTATGTTCTCATAATTGATTTTCAAATGGAT
631 -GCTTTAAAAG-TTTTATGTTCTCATAATAGATTTT-AATTAGAT
* * * *
5297 TTTTTTACATTTTTGGTTGAAATATGTTTTAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAA
1 TTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCT-AGGAAACATGAAGCAAAA
* * * * *
5362 GCCATCCATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACTAAAACCTTTGAAAGCCTTATTACGT-GC
64 GCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGC
* * *
5426 TTTAAATGCTTTTGTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATTTTTTACATTTATGGTTAAAAT
128 TTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-GGATTTTTTACATTTATGGTTAAAAT
* *
5491 ATGTTATAATTG-ATCGTCTGCCTCTGGAAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTGGCAGGAAAAGT
192 ATGTTATAATTGAAT-GTTTGCCTC-GGAAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTAGCAGGAAAAGT
* * *
5555 TATTTATAGTCACATAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
255 TATTTATAGTCACATAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTCATATTCTCATA
*
5620 ATTGAATTTAAGTTAGATGTTTTTCCATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCTTGCCTT
320 ATTGAATTTAAGTTAGATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCTTGCCTT
* * *
5685 AGGAAGCATGAAGCAAAAGCCATCCATTTGCAAGAAAAGCCATTATAGTCACTCAAGCTTTTAAA
385 AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AAGAAAAGCCATTATAGTAACTCAAGCTTTTAAA
* * ** * * *
5750 AGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATATTCTCATAATCAATTTTAAATTGGATTTCATTAC
449 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGATTCTCATAATTGATTTTATATTAGATTT-TTTAC
* ** * * * *
5815 ATTTATGTTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGCAACATAAAAGAAAAGCCAACCA
513 ATTTATGCTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT-GAAGAAAAGCCATCCA
* * * * ** *
5880 TT-GCTAAGAAAAG-CCATTTCTAGTCACACAAGTCTTTGAAAGCCTTACTACTCTCTTTAAATG
577 TTAG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAA-A
* * *
5943 GTTTTGTATTCTCATAATGGATTTTAAGTTAGAT
640 GTTTTATGTTCTCATAATAGATTTTAA-TTAGAT
* * * *
5977 TTTTTTATATTTTT-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCATAGGAAACATGAAGCAAAAT
1 TTTTTTACATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCC-TAGGAAACATGAAGCAAAAG
* **
6041 CCATCAATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTGTTATTACTCGCTT
65 CCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
6106 TAAATGGTTTCATATTCTCATAATTGATTTTCAGTTGGATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAATTT
130 TAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTACATTTATGGTTAAAATAT
* * * * * ** *
6171 GTTATAGTTGAATGTTTACCTCGAAAAACGTGAAGCAAAAGCCAGCCATTAAAAAGAAAAGTTCA
194 GTTATAATTGAATGTTTGCCTCG-GAAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTAGCAGGAAAAGTT-A
* *
6236 TTTATTGTCAC-TCAAGCC-ATAGAAAGCCTTATTACT
257 TTTATAGTCACAT-AAGCCTTTA-AAAGCCTTATTACT
Statistics
Matches: 1353, Mismatches: 247, Indels: 118
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
677 4 0.00
678 201 0.15
679 35 0.03
680 91 0.07
681 266 0.20
682 397 0.29
683 79 0.06
684 269 0.20
685 11 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (672 bp):
TTTTTTACATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTAGGAAACATGAAGCAAAAGC
CATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGT
TATAATTGAATGTTTGCCTCGGAAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTAGCAGGAAAAGTTATTTA
TAGTCACATAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTCATATTCTCATAATTGAA
TTTAAGTTAGATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCTTGCCTTAGGAAA
CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAAGAAAAGCCATTATAGTAACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGATTCTCATAATTGATTTTATATTAGATTTTTTACATTTATGC
TTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAGCCATCCATTAGAAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAAGTTTTATGTTC
TCATAATAGATTTTAATTAGAT
Done.