Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402581.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5653.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3438
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Warning! 20 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:370 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4--3438 Score: 2662
Period size: 170 Copynumber: 20.1 Consensus size: 170
1 AAG
* * * * * * * *
4 GCTTGAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTTGCATTT-TCATAGG
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCA-AGG
* * * * * * *
68 TA-AGCATTTAAATATATTTTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAACAATTCACCTTAAAATCAATAA
65 CAGA-CAGTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAATATGAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
131 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTT-TAAA
127 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAA
* * * * *
174 GGTTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGGTTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGG
1 -GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGG
* *
239 CAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGA
65 CAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*
304 GATTATAAAACCATTTAAAAG-GAGTAATAAAGATTTCGAAA
130 GATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAA
* * * * * * *
345 GCTGGAGTAACTATAAATTGACTTTTATTGTCAATGGATGACTTTTGCTTTACGTTT-CCATAGG
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCA-AGG
* * * * * * ** * * *
409 TAAAC-GTTTAAATATAAAATATTTTAAACTAAAATGTAAAAAAAAAAT-AACTTAAAATTAATA
65 CAGACAG-TCAAATATAATATGTTTT-AAC-AAAA-ATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* *
472 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-ATGACTGTC-AAA
126 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGA-TTTCGAAA
* * * * * * * * *
516 GGCTTGATTGGCTATAAATAGACTTTTCTTATTAATGGATGGTTTTTGCGTCACGTTTCTCAAGA
1 -GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGG
* * * ** * *
581 CGGATAGTCAAATATAATCTGTTTTAACTGAAATTTGAAAAAATTCAATTTAAAA-CAAATTATG
65 CAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATG
* * *
645 AGATTATAAAACAATTTAAAG-GAAGTAGTAAGGATTTCGAAG
129 AGATTATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAGGATTTCGAAA
* * ** ** * *
687 GGTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTG-CTTCATTTTTCCTAACG
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTT-ACGTTTCCCAAGG
* ** ** * * * * *
751 CAGACATTCAGTTAGCATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTTAAGTATG
65 CAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ** * * *
816 AGACTCTAAAATAATTTAAAGTGAATAATATA-G-TTTTGAAG
129 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGATTTCGAAA
* * * * * *
857 GCTTGAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTTACATTT-CCATAGG
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCA-AGG
* * * * * * * *
921 CAGACACTTAAATATATTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATAAT
65 CAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAATATGAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTAT
*
985 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AA
128 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAA
* * * * * * * *
1027 GGTTAGAGTGGCTATAAATGGACTTCTCTTGTTAATGGATAGTTTTTGCCTTACGTTTCCTAAGG
1 GCTT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGG
* * * * *
1092 CAAATAGTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAATGTGAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGA
65 CAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*
1157 GATTACAAAACCATTTAAAG-GAAGTAATAAGGATTTCGAAA
130 GATTATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAGGATTTCGAAA
** * * * * *
1198 GCTACAATGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGACTTTTG-CTTCACGTTT-CCATAA
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTT-ACGTTTCCCA-AG
* * * * * * * *
1261 GCAAACATTTAAATATAATATGTTTTAGCCAAAAATAT-AAAAAAATCCACTTAAAATTAATAAT
64 GCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTA-ACAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
1325 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAG
128 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAA
* * * * *
1368 GCTTGAGTGCCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATGGTTTTTGCCTCACGTTTCCCAAGGC
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGC
* * ** * * * *
1433 AGATAGTCAAATATAATCTGTTTTAACCGAAATGTGAAAAAATTTAA-TTTAAACCAATTATGAG
66 AGACAGTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1497 ATTATAAAACCATTTAAAAG-GAGTAATAAGGATTTC-AAA
131 ATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAA
* * ***
1536 GGCTTGAGTGA-TAATAAATGGACTTTTCTTATCAATGTATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCTTGA
1 -GCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTT-ACGTTTCCCAA
* * * * * * * *
1599 TGCAGACATTCAATTATCATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTCAAGTA
63 GGCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAAC-AAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * *
1664 TGAGACTATAAAACAATTTAAAGTGAATAATATGGCTTTCGAAG
127 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAA
* * * * * * *
1708 GCTTGAATGACTATCAATGGACTTATCTTA-CTAATGGATGGCTTTTACTTTACATTT-TCATAG
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCA-AG
* * * * * * * *
1771 GCAGGCATTTAAATATATTCTGTTTTAAGAAAAAATAT-AAAACAATTCACCTTAAAATCAATAA
64 GCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAATATGAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
1835 TGAGATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AAA
127 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAA
* * * * *
1878 GATTTGAGT-AGCTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATGGATGGTTTTTGCCTTACGTTTCCCAAG
1 G-CTTGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCAAG
* * *
1942 GCAGACTA-TCAAATATAATATGTTTTAACTAAAATATGATAAAATTCAACTTAAAGTCAATTAT
64 GCAGAC-AGTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
2006 GGGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAAGATTTCGAAA
128 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAA
* * * * * * *
2049 GCTGGAGTGACTATAAATTGACTTTTATTGTCAATGGATGACTTTT-ACTTCACGTTT-CCATAA
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTT-ACGTTTCCCA-AG
* * * * * * * *
2112 GTAAACATTTAAATATAATATGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTTAAATTAATAA
64 GCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAAC-AAAAATAT-GAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
2176 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
127 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAA
* ** ** * * * *
2220 GCTTGAATGGTTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGATTTTTGCCTCATGTTTCTCAAGGT
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGC
* * * * ** * * *
2285 AGATAGCCAAATATAATCTATTTTAACCGAAATATGAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATAAG
66 AGACAGTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** *
2350 ATTACAAAACCATTTAAACAGAGTAGTAAGGATTTC-AAA
131 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAA
* * *
2389 GTCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGTAAATGGATGGCTTTTG-CTTCACGTTT-CCAGA
1 G-CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTT-ACGTTTCCCA-A
* * ** ** * * * * *
2452 CGCAGACATTCAGTTAGCATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTTAAGTA
63 GGCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * *
2517 TGAGACTATAAAACAATTTAAAGTGAATAATATA-GCTTTTGAAG
127 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGATTTCGAAA
* * * * * * * * * *
2561 GCCTGAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCATTGCATGGCTTTTACTTTACATTT-GCATAGG
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCA-AGG
* * * * * * * *
2625 CAGACACTTAAATATATTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATG
65 CAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
2690 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAG
129 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAA
* * * * * *
2732 GTTTGAGTGGCTATAAATGGA-TTTCTCTTGTCAATGGATAGTTTTTGCCTTACGTTTCCTAAGG
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGG
* * *
2796 CAGATAGTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
65 CAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
2861 GATTACAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGATTTTGAAA
130 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAA
** * * * *
2902 GCTACAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATGACTTTTG-CTTCACGTTT-TCATAA
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTT-ACGTTTCCCA-AG
* * * * * * * *
2965 GCAAACATTTAAATATAATATGTTTTACCCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATTAATAA
64 GCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTA-ACAAAAATATGAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
3030 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCGAAA
127 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAA
* * * * *
3074 GCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATGGTTTTTGCCTCATGTTTCCCAAGGC
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGC
* ********** ** * * *
3139 AGATAGTCAAANNNNNNNNNNTTTAACCGAAATGTGAAAAAATTCAA-TCAAAAAGCAATTATGA
66 AGACAGTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGA
* *
3203 GATTATAAAACCATTTAAAG-GAAGTAATAATGATTTCGAAG
130 GATTATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAGGATTTCGAAA
* ********** * * * * *
3244 GCTTGAGTGACAANNNNNNNNNNTTTCTTGTCAATGTATGGCTTTTG-CTTCACATTTCCTAATG
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTT-ACGTTTCCCAAGG
* ** * * ** * * * *
3308 CAGACATTCAGTTATCATATATTTTATTTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTGAAGTATG
65 CAGACAGTCAAATATAATATGTTTTA-ACAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * * * *
3373 AGACTATAAAAGAATTTAAAGTGAATAATATGGCTTTTGAAG
129 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAA
*
3415 GCTTGAATGACTATAAATGGACTT
1 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
Statistics
Matches: 2537, Mismatches: 632, Indels: 190
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 171 0.07
170 1139 0.45
171 948 0.37
172 258 0.10
173 16 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGC
AGACAGTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCGAAA
Found at i:1006 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1--3438 Score: 2806
Period size: 341 Copynumber: 10.1 Consensus size: 341
* * ** * * *
1 AAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTTGCA-TTTTCAT
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CACGTTTCCT
* * * * * *
65 -AGGTA-AGCATTTAAATATATTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCACCTTAAAATCAA
64 AAGGCAGA-CATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * ** * * *
128 TAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGTTTGAGTGGCTATAAAT
128 T-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAAT
* * * * * *
193 GGACTTTTCTTGTTAATGGATGGTTTTTGCCTTACGTTTCCCA-AGGCAGACAGTCAAATATAAT
192 GGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTT-CCATAGGCAGACACTTAAATATAAT
* * *
257 ATGTTTTAACTAAAATATG--AAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
256 ATGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTT
* *
320 AAAAG-GAGTAATAAAGATTTCG
320 -AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * *
342 AAAGCTGGAGTAACTATAAATTGACTTTTATTGTCAATGGATGACTTTTGCTTTACGTTTCC-AT
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA-
* * * * * * * * * * *
406 AGGTAAACGTTTAAATATAAAATATTTTAAACTAAAATGTAAAAAAAAAAT-AACTTAAAATTAA
65 AGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTT-AACCAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
470 TAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGACTGTCAAAGGCTTGATTGGCTATAAAT
128 T-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAAT
* * * * * * * * * *
535 AGACTTTTCTTATTAATGGATGGTTTTTGCGTCACGTTTCTCA-AGACGGATAGTCAAATATAAT
192 GGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTC-CATAGGCAGACACTTAAATATAAT
* ** * * * * *
599 CTGTTTTAA-CTGAAATTTGAAAAAATTCAATTTAAAA-CAAATTATGAGATTATAAAACAATTT
256 ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATAATGAGATTATAAAACCATTT
* *
662 AAAG-GAAGTAGTAAGGATTTCG
320 AAAGTG-AGTAATAAGGCTTTCG
* * * **
684 AAGGGTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATTTTTCCTAA
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAA
* ** ** * * *
749 CGCAGACATTCAGTTAGCATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTTAAGTA
66 GGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TA
* * ** * *
814 TGAGACTCTAAAATAATTTAAAGTGAATAATATA-G-TTTTGAAGGCTTGAATGACTATAAATGG
130 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATGG
* * * * * * *
877 ACTTATCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTTACATTTCCATAGGCAGACACTTAAATATATTCTA
194 ACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCATAGGCAGACACTTAAATATAATATG
942 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAA
259 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1006 GTGAGTAATAAGGCTTTCG
323 GTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * *
1025 AAGG-TTAGAGTGGCTATAAATGGACTTCTCTTGTTAATGGATAGTTTTTGCCTT-ACGTTTCCT
1 AAGGCTT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG-CTTCACGTTTCCT
* * * * *
1088 AAGGCAAATAGTCAAATATAATATGTTTTAA-CTAAAATGTGAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAA
64 AAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * **
1151 TTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG-GAAGTAATAAGGATTTCGAAAGCTACAATGACTATAAA
128 -TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAA
* * * * * * *
1215 TGGACTTTTTTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCATAAGCAAACATTTAAATATAAT
191 TGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCATAGGCAGACACTTAAATATAAT
* * * * *
1280 ATGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAA-TCCACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAATCATTTA
256 ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTA
* *
1344 AAGCGAGTAATAAAGCTTTCG
321 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
* ** * * * *
1365 AAGGCTTGAGTGCCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATGGTTTTTGCCTCACGTTTCCCAA
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAA
* * * * * * * * *
1430 GGCAGATAGTCAAATATAATCTGTTTTAACC-GAAATGTGAAAAAATTTAA-TTTAAACCAATTA
66 GGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TA
* * *
1493 TGAGATTATAAAACCATTTAAAAG-GAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTGAGTGA-TAATAAATG
130 TGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACT-ATAAATG
* * * * * * *
1556 GACTTTTCTTATCAATGTATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTTGATGCAGACA-TTCAATTATCAT
193 GACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCAT-AGGCAGACACTT-AAATATAAT
* * * * * *
1619 ATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTCAAGT-ATGAGACTATAAAACAATTT
256 ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TAATGAGATTATAAAACCATTT
* *
1683 AAAGTGAATAATATGGCTTTCG
320 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * * *
1705 AAGGCTTGAATGACTATCAATGGACTTATCTT-ACTAATGGATGGCTTTTACTTTACATTTTC-A
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA
* * * * ** * *
1768 TAGGCAGGCATTTAAATATATTCTGTTTTAAGAAAAAATATAAAACAATTCACCTTAAAATCAAT
65 -AGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * ** *
1833 AATGAGATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGATTTGAGT-AGCTATAAAT
129 -ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGA-CTATAAAT
* * * * * *
1897 AGACTTTTCTTCTTAATGGATGGTTTTTGCCTTACGTTTCCCA-AGGCAGACTA-TCAAATATAA
192 GGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTT-CCATAGGCAGAC-ACTTAAATATAA
* * * * *
1960 TATGTTTTAACTAAAATATG--ATAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGGGATTATAAAACCATT
255 TATGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATT
* * *
2023 TAAAGGGAGTAATAAAGATTTCG
319 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * *
2046 AAAGCTGGAGTGACTATAAATTGACTTTTATTGTCAATGGATGACTTTTACTTCACGTTTCCATA
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC-TA
* * * * * *
2111 A-GTAAACATTTAAATATAATATGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTTAAATTAAT
65 AGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* **
2174 AATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGGTTATAAATG
129 -ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATG
** * * * * * *
2239 GACTTTTCTTATCAATGGATGATTTTTGCCTCATGTTTCTCA-AGGTAGATAGC-CAAATATAAT
193 GACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTC-CATAGGCAGACA-CTTAAATATAAT
* * * * * * * *
2302 CTATTTTAACCGAAATATG--AAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATAAGATTACAAAACCATTT
256 ATGTTTTAACC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTT
** * * *
2365 AAACAGAGTAGTAAGGATTTCA
320 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * *
2387 AAGTCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGTAAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC-AG
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA-
* ** ** * * *
2451 ACGCAGACATTCAGTTAGCATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTTAAGT
65 AGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-T
* * * * *
2516 ATGAGACTATAAAACAATTTAAAGTGAATAATATA-GCTTTTGAAGGCCTGAATGACTATAAATG
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATG
* * * * * * * * *
2580 GACTTATCTTACCATTGCATGGCTTTTACTTTACATTTGCATAGGCAGACACTTAAATATATTCT
193 GACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCATAGGCAGACACTTAAATATAATAT
* * * *
2645 ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAA
258 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAA
*
2710 GTGAGTAATAAGGCTTCCG
323 GTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * *
2729 AAGGTTTGAGTGGCTATAAATGGA-TTTCTCTTGTCAATGGATAGTTTTTGCCTT-ACGTTTCCT
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGTCAATGGATGGCTTTTG-CTTCACGTTTCCT
* * * * *
2792 AAGGCAGATAGTCAAATATAATATGTTTTAA-CTAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
64 AAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-
* * * * * ** *
2856 TATGAGATTACAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGATTTTGAAAGCTACAGTGACTATAAATG
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATG
* * * * * * *
2921 GACTTTTTTTATCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTCATAAGCAAACATTTAAATATAATAT
193 GACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCATAGGCAGACACTTAAATATAATAT
* * *
2986 GTTTTACCCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAATCATTTAA
258 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAA
* *
3051 AGCGAGTAAAAAGGCTTTCG
322 AGTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * * *
3071 AAAGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATGGTTTTTGCCTCATGTTTCCCAA
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAA
* * ********** * * * * *
3136 GGCAGATAGTCAAANNNNNNNNNNTTTAACC-GAAATGTGAAAAAATTCAA-TCAAAAAGCAATT
66 GGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAA-T
* * * * ******
3199 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAAGTAATAATGATTTCGAAGGCTTGAGTGACAANNNNNN
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATG
**** * * * * * ** *
3263 NNNNTTTCTTGTCAATGTATGGCTTTTGCTTCACATTTCC-TAATGCAGACA-TTCAGTTATCAT
193 GACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCAT-AGGCAGACACTT-AAATATAAT
* *** * * * * **
3326 ATATTTTATTTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTGAAGT-ATGAGACTATAAAAGAATTT
256 ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TAATGAGATTATAAAACCATTT
* * *
3390 AAAGTGAATAATATGGCTTTTG
320 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
*
3412 AAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTT
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
Statistics
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0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.00
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344 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAA
GGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGAC
TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCCATAGGCAGACACTTAAATATAATATGTT
TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
AGTAATAAGGCTTTCG
Found at i:1136 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 1--3438 Score: 2883
Period size: 512 Copynumber: 6.7 Consensus size: 511
* * * * * * * * *
1 AAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTTGCATTTTC-AT
1 AAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCTA-
* * * * * * *
65 AGGTA-AGCATTTAAATATATTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCACCTTAAAATCAAT
65 AGGCAGA-CAGTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * ** * *
129 AATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG-AGTAAGAAGGCTTTTAAAGGTTTGAGTGGCTATAAAT
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
* * * *
193 GGACTTTTCTTGTTAATGGATGGTTTTTGCCTT-ACGTTTCCCAAGGCAGACAGTCAAATATAAT
193 GGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG-CTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAAT
* * * *
257 ATGTTTTAA-CTAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
257 ATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTT-
* * * * * **
321 AAAG-GAGTAATAAAGATTTCGAAAGCTGGAGTAACTATAAATTGACTTTTATTGTCAATGGATG
321 AAAGTGAGTAAT-AAGATTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATG
* * * * * * * *
385 ACTTTTGCTTTACGTTTCCATAGGTAAACGTTTAAATATAAAATATTTTAAACTAAAATGTAAAA
385 GCTTTTGCTTCACGTTTCCATAGGCAGAC-ATTAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGT--AA
* * * * * *
450 AAAAAAT-AACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGACTGTCA
447 AAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * *
514 AAGGCTTGATTGGCTATAAATAGACTTTTCTTATTAATGGATGGTTTTTGCGTCACGTTT-CTCA
1 AAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCT-A
* * * * ** * * *
578 AGACGGATAGTCAAATATAATCTGTTTTAACTGAAATTTGAAAAAATTCAATTTAAAA-CAAATT
65 AGGCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATT
* * * * *
642 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAG-GAAGTAGTAAGGATTTCGAAGGGTTGAGTGACAATAAATG
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
* ** * ** **
706 GACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATTTTTCCTAACGCAGACATTCAGTTAGCATAT
194 GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATAT
* * * * * **
771 ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTTAAGTATGAGACTCTAAAATAATTTAAA
259 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAA
* * * *
836 GTGAATAATATAG-TTTTGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGGATGGCT
324 GTGAGTAATA-AGATTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCT
* * * * *
900 TTTACTTTACATTTCCATAGGCAGACACTTAAATATATTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
388 TTTGCTTCACGTTTCCATAGGCAGACA-TTAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
965 TAT-AACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
452 T-TCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * *
1025 AAGG-TTAGAGTGGCTATAAATGGACTTCTCTTGTTAATGGATAGTTTTTGCCTTACGTTTCCTA
1 AAGGCTT-GAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCTA
* * * *
1089 AGGCAAATAGTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAATGTGAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATT
65 AGGCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * ** *
1153 ATGAGATTACAAAACCATTTAAAG-GAAGTAATAAGGATTTCGAAAGCTACAATGACTATAAATG
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
* * * *
1217 GACTTTTTTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCATAA-GCAAACATTTAAATATAATA
194 GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC-TAAGGCAGACATTCAAATATAATA
* * * * * *
1281 TGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAA-TCCACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAATCATTTAA
258 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAA
* * * * *
1345 AGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGCCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATGGT
323 AGTGAGTAAT-AAGATTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGC
* * * * * * *
1410 TTTTGCCTCACGTTTCCCA-AGGCAGATAGTCAAATATAATCTGTTTTAACC-GAAATGTGAAAA
387 TTTTGCTTCACGTTT-CCATAGGCAGACA-TTAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * * *
1473 AATTTAA-TTTAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAG-GAGTAATAAGGATTTCA
450 AATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * *
1534 AAGGCTTGAGT-GATAATAAATGGACTTTTCTTATCAATGTATGGCTTTTG-CTTCATGTTTCTT
1 AAGGCTTGAGTGGCT-ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTT-ACGTTTCCT
* * * * * * * *
1597 GATGCAGACATTCAATTATCATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTCAAG
64 AAGGCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
1662 TATGAGACTATAAAACAATTTAAAGTGAA-TAATATGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATCAAT
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
* * * * * * * * *
1726 GGACTTATCTT-ACTAATGGATGGCTTTTACTTTACATTTTC-ATAGGCAGGCATTTAAATATAT
193 GGACTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA-AGGCAGACATTCAAATATAA
* ** * * * *
1789 TCTGTTTTAAGAAAAAATATAAAACAATTCACCTTAAAATCAATAATGAGA-TCATAAAACTATT
256 TATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTC-TAAAACCATT
* * ** * *
1853 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGATTTGAGT-AGCTATAAATAGACTTTTCTT-CTTAATGG
320 TAAAGTGAGTAATAA-GATTTCGAAGGCTTGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGG
* * * *
1916 ATGGTTTTTGCCTT-ACGTTTCCCA-AGGCAGACTATCAAATATAATATGTTTTAACTAAAATAT
382 ATGGCTTTTG-CTTCACGTTT-CCATAGGCAGAC-ATTAAATATAATATATTTTAACCAAAA-AT
* * * * * * *
1979 G--ATAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAAGAT
443 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
2042 TTCG
508 TTCG
* * * * * * * *
2046 AAAGCTGGAGTGACTATAAATTGACTTTTATTGTCAATGGATGACTTTT-ACTTCACGTTTCCAT
1 AAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTT-ACGTTTCC-T
* * * * * *
2110 AA-GTAAACATTTAAATATAATATGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTTAAATTAA
64 AAGGCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAAC-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * **
2173 TAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGGTTATAAA
127 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* ** * * * * **
2237 TGGACTTTTCTTATCAATGGATGATTTTTGCCTCATGTTT-CTCAAGGTAGATAGCCAAATATAA
192 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAAATATAA
* * * * * * *
2301 TCTATTTTAACC-GAAATATGAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATAAGATTAC-AAAACCATT
256 TATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-CTAAAACCATT
** * * * * ***
2364 TAAACAGAGTAGTAAGGATTTCAAAGTCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGTAAATGGAT
320 TAAAGTGAGTAATAA-GATTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT
* * * * *
2429 GGCTTTTGCTTCACGTTTCCAGACGCAGACATTCAGT-TAGCATATATTTTAACCAAAAATATAA
384 GGCTTTTGCTTCACGTTTCCATAGGCAGACATTAAATATA--ATATATTTTAACCAAAAATGTAA
* * * * *
2493 AAAAATTCAACTTAAATTTAAGT-ATGAGACTATAAAACAATTTAAAGTGAATAATATA-GCTTT
447 AAAAATTCAACTTAAAATCAA-TAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTT
*
2556 TG
510 CG
* * * * * * * * * * *
2558 AAGGCCTGAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCATTGCATGGCTTTTACTTTACATTTGC-AT
1 AAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCTA-
* * * * * * *
2622 AGGCAGACACTTAAATATATTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATA
65 AGGCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
2687 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTCCGAAGGTTTGAGTGGCTATAAATG
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
* * * *
2751 GA-TTTCTCTTGTCAATGGATAGTTTTTGCCTT-ACGTTTCCTAAGGCAGATAGTCAAATATAAT
194 GACTTT-TCTTGTCAATGGATGGCTTTTG-CTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAAT
* * *
2814 ATGTTTTAA-CTAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAC-AAAACCATTT
257 ATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-CTAAAACCATTT
* * * ** * *
2877 AAAGGGAGTAATAAGGATTTTGAAAGCTACAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATG
321 AAAGTGAGTAATAA-GATTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATG
* * * * * *
2942 ACTTTTGCTTCACGTTTTCATAAGCAAACATTTAAATATAATATGTTTTACCCAAAAATGTAAAA
385 GCTTTTGCTTCACGTTTCCATAGGCAGACA-TTAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * *
3007 ACAATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCG
449 A-AATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * *
3071 AAAGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATGGTTTTTGCCTCATGTTTCCCAA
1 AAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCTAA
* ********** ** * * * *
3136 GGCAGATAGTCAAANNNNNNNNNNTTTAACCGAAATGTGAAAAAATTCAA-TCAAAAAGCAATTA
66 GGCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTA
* * * *******
3200 TGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAAGTAATAATGATTTCGAAGGCTTGAGTGACAANNNNNNN
130 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
*** * * * ** * *
3264 NNNTTTCTTGTCAATGTATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAGACATTCAGTTATCATATA
195 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATATG
*** * * * * * **
3329 TTTTATTTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTGAAGTATGAGACTATAAAAGAATTTAAAG
260 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAG
* * * * *
3394 TGAATAATATGGCTTTTGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTT
325 TGAGTAATA-AGATTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
Statistics
Matches: 2368, Mismatches: 474, Indels: 166
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 6 0.00
509 124 0.05
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512 1004 0.42
513 349 0.15
514 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (511 bp):
AAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCCTTACGTTTCCTAA
GGCAGACAGTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATATGT
TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGT
GAGTAATAAGATTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTT
GCTTCACGTTTCCATAGGCAGACATTAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
Found at i:2687 original size:853 final size:854
Alignment explanation
Indices: 1--3438 Score: 5028
Period size: 853 Copynumber: 4.0 Consensus size: 854
*
1 AAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTTGCATTTTCATA
1 AAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTTACATTTTCATA
* * * * * *
66 GGTA-AGCATTTAAATATATTTTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCACCTTAAAATCAATA
66 GGCAGA-CACTTAAATATATTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATA
* * *
130 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTAAAGGTTTGAGTGGCTATAAATGG
130 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGGCTATAAATGG
*
195 ACTTTTCTTGTTAATGGATGGTTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGCAGAC-AGTCAAATATAATAT
195 ACTTTTCTTGTTAATGGATAGTTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGCAGACTAGTCAAATATAATAT
* * *
259 GTTTTAACTAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA
260 GTTTTAACTAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
** * *
324 GGAGTAATAAAGATTTCGAAAGCTGGAGTAACTATAAATTGACTTTTATTGTCAATGGATGACTT
325 GGAGTAATAAAGATTTCGAAAGCTACAGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGGATGACTT
* * * * * * * * *
389 TTGCTTTACGTTTCCATAGGTAAACGTTTAAATATAAAATATTTTAAACTAAAATGTAAAAAAAA
390 TTGCTTCACGTTTCCATAAGCAAACATTTAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAA
* * * * * *
454 AATAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGACTGTCAAAGGC
454 ATTAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * * * *
519 TTGATTGGCTATAAATAGACTTTTCTTATTAATGGATGGTTTTTGCGTCACGTTTCTCAAGACGG
519 TTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGTTTTTGCCTCACGTTTCCCAAGGCAG
* * *
584 ATAGTCAAATATAATCTGTTTTAACTGAAATTTGAAAAAATTCAATTTAAAACAAATTATGAGAT
584 ATAGTCAAATATAATCTGTTTTAACCGAAATGTGAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATGAGAT
* * * * *
649 TATAAAACAATTTAAAGGAAGTAGTAAGGATTTCGAAGGGTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTC
649 TATAAAACCATTTAAAAGAAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTC
* **
714 TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATTTTTCCTAACGCAGACATTCAGTTAGCATATATTTTAAC
714 TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAACGCAGACATTCAGTTAGCATATATTTTAAC
* *
779 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTTAAGTATGAGACTCTAAAATAATTTAAAGTGAATAA
779 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTTAAGTATGAGACTATAAAACAATTTAAAGTGAATAA
844 TATAG-TTTTG
844 TATAGCTTTTG
*
854 AAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTTACATTTCCATA
1 AAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTTACATTTTCATA
*
919 GGCAGACACTTAAATATATTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATA
66 GGCAGACACTTAAATATATTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATA
* * *
983 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTAGAGTGGCTATAAATGG
130 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGGCTATAAATGG
* * *
1048 ACTTCTCTTGTTAATGGATAGTTTTTGCCTTACGTTTCCTAAGGCA-AATAGTCAAATATAATAT
195 ACTTTTCTTGTTAATGGATAGTTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGCAGACTAGTCAAATATAATAT
* *
1112 GTTTTAACTAAAATGTGAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
260 GTTTTAACTAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
* * * *
1177 GAAGTAATAAGGATTTCGAAAGCTACAATGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGACTT
325 GGAGTAATAAAGATTTCGAAAGCTACAGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGGATGACTT
*
1242 TTGCTTCACGTTTCCATAAGCAAACATTTAAATATAATATGTTTTAGCCAAAAATAT-AAAAAAA
390 TTGCTTCACGTTTCCATAAGCAAACATTTAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAA
** * *
1306 TCCACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCT
455 TTAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT
* * *
1371 TGAGTGCCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATGGTTTTTGCCTCACGTTTCCCAAGGCAGA
520 TGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGTTTTTGCCTCACGTTTCCCAAGGCAGA
*
1436 TAGTCAAATATAATCTGTTTTAACCGAAATGTGAAAAAATTTAATTT-AAACCAATTATGAGATT
585 TAGTCAAATATAATCTGTTTTAACCGAAATGTGAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATGAGATT
* *
1500 ATAAAACCATTTAAAAGGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTGAGTGATAATAAATGGACTTTTCT
650 ATAAAACCATTTAAAAGAAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * * *
1565 TATCAATGTATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGATGCAGACATTCAATTATCATATATTTTAACT
715 TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAACGCAGACATTCAGTTAGCATATATTTTAACC
*
1630 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTCAAGTATGAGACTATAAAACAATTTAAAGTGAATAAT
780 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTTAAGTATGAGACTATAAAACAATTTAAAGTGAATAAT
* *
1695 ATGGCTTTCG
845 ATAGCTTTTG
* *
1705 AAGGCTTGAATGACTATCAATGGACTTATCTTACTAATGGATGGCTTTTACTTTACATTTTCATA
1 AAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTTACATTTTCATA
* * * ** * *
1770 GGCAGGCATTTAAATATATTCTGTTTTAAGAAAAAATATAAAACAATTCACCTTAAAATCAATAA
66 GGCAGACACTTAAATATATTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAA
* * * *
1835 TGAGATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGATTTGAGTAGCTATAAATAGA
131 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGGCTATAAATGGA
* *
1900 CTTTTCTTCTTAATGGATGGTTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGCAGACTA-TCAAATATAATATG
196 CTTTTCTTGTTAATGGATAGTTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGCAGACTAGTCAAATATAATATG
* * * *
1964 TTTTAACTAAAATATGATAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGG
261 TTTTAACTAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGG
** *
2029 GAGTAATAAAGATTTCGAAAGCTGGAGTGACTATAAATTGACTTTTATTGTCAATGGATGACTTT
326 GAGTAATAAAGATTTCGAAAGCTACAGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGGATGACTTT
* * *
2094 TACTTCACGTTTCCATAAGTAAACATTTAAATATAATATGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAAAT
391 TGCTTCACGTTTCCATAAGCAAACATTTAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAAT
*
2159 TAACTTTAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
456 TAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
* * * * * *
2224 GAATGGTTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGATTTTTGCCTCATGTTTCTCAAGGTAGAT
521 GAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGTTTTTGCCTCACGTTTCCCAAGGCAGAT
* * * *
2289 AGCCAAATATAATCTATTTTAACCGAAATATGAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATAAGATTA
586 AGTCAAATATAATCTGTTTTAACCGAAATGTGAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATGAGATTA
* * *
2354 CAAAACCATTTAAACAG-AGTAGTAAGGATTTCAAAGTCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCT
651 TAAAACCATTTAAA-AGAAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCT
*
2418 TGTAAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC-AGACGCAGACATTCAGTTAGCATATATTTTAAC
715 TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA-ACGCAGACATTCAGTTAGCATATATTTTAAC
2482 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTTAAGTATGAGACTATAAAACAATTTAAAGTGAATAA
779 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTTAAGTATGAGACTATAAAACAATTTAAAGTGAATAA
2547 TATAGCTTTTG
844 TATAGCTTTTG
* * * *
2558 AAGGCCTGAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCATTGCATGGCTTTTACTTTACATTTGCATA
1 AAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTTACATTTTCATA
*
2623 GGCAGACACTTAAATATATTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAA
66 GGCAGACACTTAAATATATTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAA
* *
2688 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGTTTGAGTGGCTATAAATGGA
131 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGGCTATAAATGGA
* *
2753 -TTTCTCTTGTCAATGGATAGTTTTTGCCTTACGTTTCCTAAGGCAGA-TAGTCAAATATAATAT
196 CTTT-TCTTGTTAATGGATAGTTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGCAGACTAGTCAAATATAATAT
*
2816 GTTTTAACTAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
260 GTTTTAACTAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
* * * *
2881 GGAGTAATAAGGATTTTGAAAGCTACAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATGACTT
325 GGAGTAATAAAGATTTCGAAAGCTACAGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGGATGACTT
* * * *
2946 TTGCTTCACGTTTTCATAAGCAAACATTTAAATATAATATGTTTTACCCAAAAATGTAAAAACAA
390 TTGCTTCACGTTTCCATAAGCAAACATTTAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAA
* * *
3011 TTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCGAAAGC
455 TT-AACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* *
3076 TTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATGGTTTTTGCCTCATGTTTCCCAAGGCAG
519 TTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGTTTTTGCCTCACGTTTCCCAAGGCAG
********** ** *
3141 ATAGTCAAANNNNNNNNNNTTTAACCGAAATGTGAAAAAATTCAATCAAAAAGCAATTATGAGAT
584 ATAGTCAAATATAATCTGTTTTAACCGAAATGTGAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATGAGAT
* * * **********
3206 TATAAAACCATTTAAAGGAAGTAATAATGATTTCGAAGGCTTGAGTGACAANNNNNNNNNNTTTC
649 TATAAAACCATTTAAAAGAAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTC
* * * * **
3271 TTGTCAATGTATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAATGCAGACATTCAGTTATCATATATTTTATT
714 TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAACGCAGACATTCAGTTAGCATATATTTTAAC
* * *
3336 TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTGAAGTATGAGACTATAAAAGAATTTAAAGTGAATAA
779 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTTAAGTATGAGACTATAAAACAATTTAAAGTGAATAA
*
3401 TATGGCTTTTG
844 TATAGCTTTTG
3412 AAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTT
1 AAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTT
Statistics
Matches: 2309, Mismatches: 261, Indels: 29
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
850 195 0.08
851 564 0.24
852 175 0.08
853 1003 0.43
854 371 0.16
855 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (854 bp):
AAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTATCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTTACATTTTCATA
GGCAGACACTTAAATATATTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAA
TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGGCTATAAATGGA
CTTTTCTTGTTAATGGATAGTTTTTGCCTTACGTTTCCCAAGGCAGACTAGTCAAATATAATATG
TTTTAACTAAAATATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGG
GAGTAATAAAGATTTCGAAAGCTACAGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGGATGACTTT
TGCTTCACGTTTCCATAAGCAAACATTTAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAAT
TAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
GAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGTTTTTGCCTCACGTTTCCCAAGGCAGAT
AGTCAAATATAATCTGTTTTAACCGAAATGTGAAAAAATTCAATTTAAAACCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAAGAAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTT
GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAACGCAGACATTCAGTTAGCATATATTTTAACCA
AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATTTAAGTATGAGACTATAAAACAATTTAAAGTGAATAATA
TAGCTTTTG
Done.