Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402583.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5655.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4323
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Warning! 295 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1030 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 157--1971 Score: 1071
Period size: 170 Copynumber: 10.8 Consensus size: 168
147 AGAGTTATCA
* * * * *
157 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
********* * * * *
221 NNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTTTGTTAAAATAGATTATACTTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTT-T-ATTTTTTG-TAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * **
286 GTCTACCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCGTTCATTGATAAG
126 GTCTACCTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
* * * * * **
329 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTT-TAGAAGCGTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
********** * * * * *
393 ATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTGAATCAGATAATAATTGAATGT
65 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT--ATTTTTTGTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * *
458 CTACCTCA-AGAAATGTGACGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
128 CTACCTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
* ** *
499 AAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCC-TCTGAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
1 AAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
562 AATCTCATAATTGGTTTCAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAT-TAAAACAAATTATAATTGAAT
64 AATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATT-TTTT-TATTTTT-TGTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * * * *
626 GTTTGCCTCAGGAAACGTGAGGAAAAAGCCATTCACTGGAAAG
126 GTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
* * * **
669 AAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
734 TTTCATAAGTGATTTGAAGTTGAA--TTTTT-TTTTAT-TAAAATAGATTATAATTGACTGTCTA
66 TCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * *
795 CCTCTTG-AAACGTGATGAAAAAGAT-ATTCGTTGGTAAG
131 CCT-TAGAAAACGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGCAAG
* * * * * *
833 AAAAGTCCATTTATATTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTACAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*
898 TCTCATAATTGACCTT-AAGTTGAATTTTTTTATTTTTTGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTC
66 TCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTGT-AAAACAGATTATAATTGAATGTC
*
962 -AGCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
129 TA-CCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
* *********** * *
1002 AAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTNNNNNNNNNNTTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
1067 TCTTATAATTAATTTGAAGTTAAATTTTTTTCGATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGATTGT
66 TCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT--ATTTTTT-GTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* ***
1132 CTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCNNN
128 CTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGCAAG
******* ** * * * * *
1173 NNNNNNNCATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCCTTATTACCCG-TTTAAATGGCTTTACAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
1237 TCTCATAATTGACTTT-CAGTTGAATTTTTGTTATTTTTGGTCAAAATAGATTATAGTTGAATAT
66 TCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTT-TTATTTTTTGT-AAAACAGATTATAATTGAATGT
* *
1301 CTACCTT-GAAAAACGTGATGGAAAAG-CAATTCATTGGCAAG
128 CTACCTTAG-AAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGCAAG
* * ** * *
1342 AAAAGTCAATTTATAATCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTAC-CTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
1406 ATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAACATTTTTATATTTTTAT-TAAAA-TGAATTATAATTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTG-A-ATTTTTTTATTTTT-TGTAAAACAG-ATTATAATTGAAT
* * ** ***
1469 GTTTACCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATTCAAAGATGAG
126 GTCTACCTTAGA-AAACGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGCAAG
* * * * **
1512 AAAAGCCCATTTATAAG-CACCCATGCCTTCGAAAACCTTATAACTTGCTTTAAATATTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
********** * ** *
1576 ATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATGGATAATAATTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT--ATTTTTT-GTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * *
1641 TCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAG-C---CA-T------
127 TCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
* * * *
1672 -----T-CATTTATAATCAACTATGCCTTCGAAACCCTTATTACTAC-CTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATA
* * ** **
1730 ACCTCATAATTGATTTGAAATTGAACTTTTTTATATTTTTTGATAAAATGGATTATAATCAAATG
65 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTT-TATTTTTTG-TAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * *
1795 TCTACCTCTAG-AAACGCGATGCAAAAGAT-ATTCA-TGCGCGAG
127 TCTACCT-TAGAAAACGTGAAGAAAAAG-TCATTCATTG-GCAAG
* * * * *
1837 AAAAGTCCATTTGTAGT-AGCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
1901 ATCTCATAGTTCATTTTAAATTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGT
65 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTT-TATTTTTT-GTAAAACAGATTATAATTGAATGT
1966 CTACCT
128 CTACCT
1972 CGAGAAANNN
Statistics
Matches: 1270, Mismatches: 291, Indels: 166
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
153 1 0.00
154 104 0.08
155 8 0.01
156 1 0.00
158 3 0.00
164 122 0.10
165 7 0.01
166 5 0.00
167 11 0.01
168 16 0.01
169 215 0.17
170 474 0.37
171 225 0.18
172 78 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
CCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
Found at i:1940 original size:324 final size:324
Alignment explanation
Indices: 1350--1971 Score: 754
Period size: 324 Copynumber: 1.9 Consensus size: 324
1340 AGAAAAGTCA
* * *
1350 ATTTATAATCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTACCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAATCACTTATGCCTTCGAAACCCTTATTACTACCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAA
** ** *
1415 TTGATTTGAGGTTGAACATTTTTATATTTTTATTAAAATGAATTATAATTGAATGTTTACCTCAA
66 TTGATTTGAAATTGAACATTTTTATATTTTTATTAAAATGAATTATAATCAAATGTCTACCTCAA
* * *
1480 GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAAAGATGAGAAAAGCCCATTTATAAGCACCCATGCCTTCGAA
131 GAAACGCGAAGAAAAAGATATTCAAAGACGAGAAAAGCCCATTTATAAGCACCCATACCTTCGAA
* ***********
1545 AACCTTATAACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTAC
196 AACCTTATAACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTAC
**
1610 ATTTTTTATTAAAATGGATAATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
261 ATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
*
1674 ATTTATAATCAAC-TATGCCTTCGAAACCCTTATTACTACCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATA
1 ATTTATAATC-ACTTATGCCTTCGAAACCCTTATTACTACCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATA
* *
1738 ATTGATTTGAAATTGAACTTTTTTATATTTTT-TGATAAAATGGATTATAATCAAATGTCTACCT
65 ATTGATTTGAAATTGAACATTTTTATATTTTTAT--TAAAATGAATTATAATCAAATGTCTACCT
* * * * * * * *
1802 CTAGAAACGCGATGCAAAAGATATTC-ATGCGCGAGAAAAGTCCATTTGT-AGTAGCCCATACCT
128 CAAGAAACGCGAAGAAAAAGATATTCAAAG-ACGAGAAAAGCCCATTTATAAGCA-CCCATACCT
* * *
1865 TC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGA-TTTTATAATCTCATAGTTCATTTTAAATTGAA-T
191 TCGAAAA-CCTTATAACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTGAATT
* * *
1927 TTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCT
254 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCT
1972 CGAGAAANNN
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 42, Indels: 14
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
323 1 0.00
324 136 0.55
325 111 0.45
326 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (324 bp):
ATTTATAATCACTTATGCCTTCGAAACCCTTATTACTACCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAA
TTGATTTGAAATTGAACATTTTTATATTTTTATTAAAATGAATTATAATCAAATGTCTACCTCAA
GAAACGCGAAGAAAAAGATATTCAAAGACGAGAAAAGCCCATTTATAAGCACCCATACCTTCGAA
AACCTTATAACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTAC
ATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
Found at i:3861 original size:681 final size:675
Alignment explanation
Indices: 2343--4056 Score: 1654
Period size: 681 Copynumber: 2.5 Consensus size: 675
2333 NNNNNNNNNN
* * ** * *
2343 AAGTTGAATT-TTTTTATTTTTTGGTGAAAACAGATTATTATTGAATGTCTACATAGAGAAATGT
1 AAGTTAAATTATTTTTAATTTTTCATGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATAGAGAAACGT
* * * * **
2407 GAAGAAAAAGACATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATCTATACTCACCCACACCTTCGAAAGCCTTA
66 GAAG-AAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT-TATAATCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTA
* ** * * *
2472 TTACTTGTTTTAATTAATTTTATATTCTCATGATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTA
129 TTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTG
* * **
2537 TTAAAACATATTATAGTTGAATGTCTACCTC-GAAAATGTAAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAG
193 TTAAAACATATTATAGTTGAATGTCTACCTCAGAAAATGT-AAGAAAAAG-TA-TTAATGGTGAG
* * * * * * *
2601 AAAAGTCTAA-TTATCA-TCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACCTGCTTTAAATTATTTTAT
255 AAAAGTC-AATTTAT-AGCCACCCATGCTTTGAAAA-ACTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTAT
* ** ** * *
2664 AATCTAATAATTAATTTGAAGTTGATTTTTTTTGTATTTCTCATCAAAACAGATTTTAATTGAAT
317 AATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAAATTTTTTACATTTCTCATCAAAACAAATTATAATTGAAT
* * **********
2729 GTCTACCTCGGGATACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNC
382 GTCAACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTAATCGTCACCC
*
2794 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTAAAGTTA
447 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTAAAGTTA
* * *
2859 AATTGTTTTTTAGTTTTTATTAAAACAAATGATAATTGAATATCTACCTCAAGAAATGTAGAGAA
512 AATTGTTTTATAGTTTTTATTAAAACAAATGATAATTGAATATCAACCTCAAGAAATATAGAGAA
* * *
2924 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
577 AAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
********** *
2989 TTNNNNNNNNNNTTACAATCTTATAATTGACTTT
642 TTATAAATAGTTTTACAATCTTATAATGGACTTT
* ** * * * * **
3023 AAGTTGAATTATTTTTAATTTTTGGTGAAAACAAATTATAGTTGAATGTTTACCACA-AGAGGCG
1 AAGTTAAATTATTTTTAATTTTTCATGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CATAGAGAAACG
* * *
3087 TGAAGAAAATGCCATTCA-TAATCGAA-AAAACTCCA-TATAATCACCTATGCCTTCGAAAGCCT
65 TGAAGAAAA-GACATTCATTGA-C-AAGAAAAGTCCATTATAATCACCTATGCCTTCGAAAGCCT
* * *
3149 TATTAC-TGCTGTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTGAAGTTGAACTTTTTTATATTT
127 TATTACTTG-TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTT-AAATTTTTTATATTT
* * *
3213 TTTGTTAAAATGA-ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGT-AGAAAAAGATATTCATG
189 TTTGTTAAAA-CATATTATAGTTGAATGTCTACCTC-AGAAA-ATGTAAGAAAAAG-TATTAAT-
* ** * * *
3276 GGTGAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGTCTTTGAAAATTTTATTACTTTCTTTAAAAGCTT
249 GGTGAGAAAAGTCAATTTATAGCCACCCATG-CTTTGAAAAACTTATTACTTGCTTTAAATGATT
* * * * * *
3341 TTATCATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATT
313 TTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAAATTTTTTACATTTCTCATCAAAACAAATTATAATT
* * * *
3406 GAATGTCAACGTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GACAGGAAATGTCCAATT-ATCG
378 GAATGTCAACCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCC-ATTAATCG
* * * * *
3469 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTG
441 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTA
* * * * ***
3534 AAGTTAAATT-TTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACGTTGGGAAATAT
506 AAGTTAAATTGTTTTATAGTTTTTATTAAAACAAATGATAATTGAATATCAACCTCAAGAAATAT
* * *
3597 -GA-ATAAAAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAG-CACCAATGCCTTCAAAAGTCTT
571 AGAGA-AAAAA-TATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATACCTTCAAAAGCCTT
*
3659 ATTACTCACTT-TAAATAGTTTTATAATCTTATAATGGA-TTT
634 ATTACTCA-TTATAAATAGTTTTACAATCTTATAATGGACTTT
* * * * * * *
3700 GAAGTTAAATTTTTTTTCATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAACA
1 -AAGTTAAATTATTTTTAATTTTTCATGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATAGAGAAACG
* * * * *
3765 AGAAGAGAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
65 TGAAGA-AAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAATCACCTATGCCTTCGAAAGCCTT
*
3830 ATTACTTGTTTTAAATGGCTTTTACAATCTCATAATTGACTTTAAGCTTAAATTTTTT-TCATTT
128 ATTACTTGTTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAG-TTAAATTTTTTAT-ATTT
* * * *
3894 TTGGTGAAAACATATTATAGTTGAATGTCTACCTCA-AGAAATGTGAGGAAAAAGTCATTTAATT
189 TTTGTTAAAACATATTATAGTTGAATGTCTACCTCAGA-AAATGT-AAGAAAAAGT-A-TTAATG
* * * * *
3958 GTGAGAAAAGTCAATTTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAAACTTATTACTCGCTTTAGATGGTTT
250 GTGAGAAAAGTCAATTTATAGCCACCCATG-CTTTGAAAAACTTATTACTTGCTTTAAATGATTT
* * *
4023 TATAATCTCATAAATAATTTGAAGTGGAACTTTT
314 TATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAAATTTT
4057 ATATAGATNN
Statistics
Matches: 835, Mismatches: 160, Indels: 77
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
677 8 0.01
678 118 0.14
679 134 0.16
680 117 0.14
681 427 0.51
682 27 0.03
683 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (675 bp):
AAGTTAAATTATTTTTAATTTTTCATGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATAGAGAAACGT
GAAGAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTATAATCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATT
ACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTGTTA
AAACATATTATAGTTGAATGTCTACCTCAGAAAATGTAAGAAAAAGTATTAATGGTGAGAAAAGT
CAATTTATAGCCACCCATGCTTTGAAAAACTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
ATTAATTTGAAGTTGAAATTTTTTACATTTCTCATCAAAACAAATTATAATTGAATGTCAACCTC
GGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTAATCGTCACCCATGCCTTCA
AAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTAAAGTTAAATTGTTTT
ATAGTTTTTATTAAAACAAATGATAATTGAATATCAACCTCAAGAAATATAGAGAAAAAATATTC
ATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTATAAATA
GTTTTACAATCTTATAATGGACTTT
Found at i:4059 original size:509 final size:509
Alignment explanation
Indices: 3128--4060 Score: 1143
Period size: 509 Copynumber: 1.8 Consensus size: 509
3118 TCCATATAAT
* * * * *
3128 CACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTGCTGTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTGA
1 CACCAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTACTGTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATGGATTTGA
* ** * *
3193 AGTTGAACTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATGAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
66 AGTTGAAATTTTTTATATTTTTCATTAAAATGAATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACAAG
* *** * * * **
3258 TAGAAAAAGATATTCATGGGTGAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGTCTTTGAAAATTTTAT
131 AAGAAAAAGATATTCATGGACAAGAAAAGTCAATTTATAGCCACCCATGTCCTTCAAAACCTTAT
* *
3323 TACTTTCTTTAAAAGCTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTA
196 TACTTTCTTTAAAAGCTTTTATCATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGA
* * *** *
3388 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCAACGTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAGG
261 TGAAAACAAATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTAATTGACAGG
* * * * *
3453 AAATGTCCAATTATCGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAA
326 AAAAGTCCAATTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAA
* * * *
3518 TCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCA
391 TCTCATAAATAATTTGAAGTGAAATCTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCA
3583 ACGTTGGGAAATATGAATAAAAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAG
456 ACGTTGGGAAATATGAATAAAAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAG
* * *
3637 CACCAATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACT-TTAAATAGTTTTATAATCTTATAATGGATTTG
1 CACCAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-ACTGTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATGGATTTG
* * *
3701 AAGTT-AAATTTTTTTTCATTTTTCATTAAAAT-AGATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAAC
65 AAGTTGAAATTTTTTAT-ATTTTTCATTAAAATGA-ATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAAC
* * * *
3764 AAGAAGAGAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTATG-CCTTCAAAAGCC
128 AAGAAGAAAAAGATATTCATGGACAAGAAAAGTCAATTTATAGCCACCCATGTCCTTCAAAA-CC
* *
3828 TTATTACTTGT-TTTAAATGGCTTTTA-CAATCTCATAATTGACTTTAAGCTT-AAATTTTTTTC
192 TTATTACTT-TCTTTAAA-AGCTTTTATC-ATCTCATAATTGACTTTAAG-TTGAAATTTTTTAC
* * * * ** *
3890 ATTTTTGGTGAAAACATATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAGGAAAAAGTCATTTA
253 ATTTTTGATGAAAACAAATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCA-TTA
** *
3955 ATTGTGA-GAAAAGT-CAATTTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAA-ACTTATTACTCGCTTT-AG
317 ATTGACAGGAAAAGTCCAA-TTATAGCCACCCATGCCTTC-AAAAGACTTATTACTCGCTTTGA-
*
4016 ATGGTTTTATAATCTCATAAATAATTTGAAGTGGAA-CTTTTATAT
379 ATGGTTTTATAATCTCATAAATAATTTGAAGTGAAATCTTTTATAT
4061 AGATNNNNNN
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 59, Indels: 24
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 17 0.05
509 167 0.47
510 156 0.44
511 13 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (509 bp):
CACCAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTACTGTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATGGATTTGA
AGTTGAAATTTTTTATATTTTTCATTAAAATGAATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACAAG
AAGAAAAAGATATTCATGGACAAGAAAAGTCAATTTATAGCCACCCATGTCCTTCAAAACCTTAT
TACTTTCTTTAAAAGCTTTTATCATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTGA
TGAAAACAAATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTAATTGACAGG
AAAAGTCCAATTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAA
TCTCATAAATAATTTGAAGTGAAATCTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCA
ACGTTGGGAAATATGAATAAAAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAG
Found at i:4254 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2199--4319 Score: 1091
Period size: 171 Copynumber: 12.5 Consensus size: 171
2189 AATTTTTATT
* * * * ** * * *
2199 AAAATAGATTATAAATGAGTGTCTACCTTAAGAAACGTGAACTA-AAAGATATTCATTGGTCATA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGT-AAAGAGAAAGACATTCATTGGTAAGA
* * * * * *
2263 AAAGTCCATTTATACTCACCTATGCCTAT-AAAAGCCTTACTATTCGTTTTAAATGGTTTTATAA
65 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTACAA
**********
2327 TCTCAT-NNNNNNNNNNAAGTTGAA-TTTTTTT-ATTTTTTGGTG
129 TCTCATAATTGACTTTGAAGTT-AATTTTTTTTCA-TTTTTGGTG
* * * * *
2369 AAAACAGATTATTATTGAATGTCTACAT-AGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCT-AG
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACGTAAAGAGAAAGACATTCATTGG-TAAG
* * * ** * * * * *** * *
2432 AAAAGTCCATCTATACTCACCCACACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAATTAATTTTATAT
64 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTACAA
* * * ** *
2497 TCTCATGATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTAT-ATTTTTTATT
129 TCTCATAATTGACTTTGAAGTT-AATTTTTTTTCATTTTTGGTG
* * * * * * * *
2539 AAAACATATTATAGTTGAATGTCTACCTCGA-AAATGTAAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAGAAAGACATTCATTGGTAAGAA
* * * * *** *
2603 AAGTCTAATTATCA-TCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-CTGCTTTAAATTATTTTATAA
66 AAGTCCATTTAT-AGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGCTTTACAA
* * * * * ** *
2666 TCTAATAATT-AATTTGAAGTTGATTTTTTTTGTATTTCTCATC
129 TCTCATAATTGACTTTGAAGTTAATTTTTTTT-CATTTTTGGTG
* ** * * * * * * *
2709 AAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACCTCGGGATACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAGAAAGACATTCATTGGTAAGAA
********* * * * *
2774 AAGTCCATTNNNNNNNNNNC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACGCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
66 AAGTCCATT-TATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTACAAT
* * * *
2838 CTCATAATTGA-GTTAAAGTTAAATTGTTTTTT-AGTTTTT-ATT
130 CTCATAATTGACTTTGAAGTT-AATT-TTTTTTCA-TTTTTGGTG
* * * * * * *
2880 AAAACAAATGATAATTGAATATCTACCTCAAGAAATGTAGAGA-AAAGATATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAGAAAGACATTCATTGGTAAGAA
* * * * *********
2944 AAGTTCTTTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTNNNNNNNNNNTTACAAT
66 AAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGCTTTACAAT
* * *
3008 CTTATAATTGACTTT-AAGTTGAATTATTTTTAATTTTTGGTG
130 CTCATAATTGACTTTGAAGTT-AATTTTTTTTCATTTTTGGTG
* * * * ** * * *
3050 AAAACAAATTATAGTTGAATGTTTACCACAAGAGGCGTGAAGA-AAATGCCATTCATAATCG-AA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAGAAA-GACATTCAT--TGGTAA
* * * * *
3113 -AAAACTCCA--TATAATCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCTGTTAAATGGTTTTAT
63 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGCTTTAC
* * * *
3174 AATCTCACAATTGA-TTTGAAGTTGAACTTTTTTAT-ATTTTTTGTT
127 AATCTCATAATTGACTTTGAAGTT-AA-TTTTTTTTCATTTTTGGTG
* * * ** * * * *
3219 AAAA-TGAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGATATTCATGGGTGAGA
1 AAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAGAAAGACATTCATTGGTAAGA
* * * * ** ** *
3283 AAAGTCCATTTATAGCCACCCATGTCTTTGAAAA-TTTTATTACTTTCTTTAAA-AGCTTTTATC
65 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGC-TTTA-C
* * * ** *
3346 -ATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTATT
127 AATCTCATAATTGACTTTGAAGTT-AATTTTTTTTCATTTTTGGTG
* * * *** * * * * ** *
3390 AAAACAAATTATAATTGAATGTCAACGTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAGGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAGAAAGACATTCATTGGTAAGAA
* * * * * * * *
3455 ATGTCCAATTATCGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATC
66 AAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTACAATC
* * *
3520 TCATAATTGA-TTTGAAGTTAAATTTTTTAT-ATTTTT-ATT
131 TCATAATTGACTTTGAAGTT-AATTTTTTTTCATTTTTGGTG
* * *** ** * *
3559 AAAACAGATTATAATTGAATGTCAACGTTGGGAAATATGAATA-AAA-ACTATTCATTGGTAAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAGAAAGAC-ATTCATTGGTAAGA
* * * * * * *
3622 AAAGTTCATTTATAG-CACCAATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
65 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTACAAT
* * ** *
3686 CTTATAATGGA-TTTGAAGTTAAATTTTTTTTCATTTTTCATT
130 CTCATAATTGACTTTGAAGTT-AATTTTTTTTCATTTTTGGTG
* * *** * * **
3728 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAAC-AAGAAGAGAAAGATATTCATTGACAAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTA-AAGAGAAAGACATTCATTGGTAAGA
* * *
3792 AAAGTCAATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGCTTTTACAA
65 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGC-TTTACAA
*
3857 TCTCATAATTGACTTT-AAGCTTAAATTTTTTTCATTTTTGGTG
129 TCTCATAATTGACTTTGAAG-TTAATTTTTTTTCATTTTTGGTG
* * * * * * * * *
3900 AAAACATATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAGGAAAAAGTCATTTAATT-GTGAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAGAAAGACA-TTCATTGGTAAGA
* * * * * *
3964 AAAGTCAATTTATAGCCA-CTCATGCCTTCGAAAA-ACTTATTACTCGCTTTAGATGGTTTTATA
65 AAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTACA
* * * * * ** ******
4027 ATCTCATAAAT-AATTTGAAGTGGAACTTTTATAT-AGATNNNNNN
128 ATCTCATAATTGACTTTGAAGT-TAA-TTTTTTTTCATTTTTGGTG
****** * *
4071 NNNNTGGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTAAAGAGAAAGACATTCAATGGTAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAGAAAGACATTCATTGGTAAGAA
* * * * *
4136 AAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTATTCGGTTTCAATGGCTTTACAATC
66 AAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTACAATC
4201 TCATAATTGACTTT-AAGTTAATTTTTTTTTCATTTTTGGTG
131 TCATAATTGACTTTGAAGTTAA-TTTTTTTTCATTTTTGGTG
* * * * * * *
4242 AAAACAGATTATAGTCGAATGTCTACCTCTAGAAATGTGAAGA-AAAAACCATTCATTGGTGAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAGAAAGA-CATTCATTGGTAAGA
4306 AAAGTCCATTTATA
65 AAAGTCCATTTATA
4320 ATCA
Statistics
Matches: 1494, Mismatches: 386, Indels: 141
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 73 0.05
168 44 0.03
169 302 0.20
170 366 0.24
171 538 0.36
172 149 0.10
173 22 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAGAAAGACATTCATTGGTAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTACAATC
TCATAATTGACTTTGAAGTTAATTTTTTTTCATTTTTGGTG
Done.