Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402592.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5663.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 278--321 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
268 GTCATAACCG
***
278 ATTTTAAGTTAAAATTTTTTAT
1 ATTTTAAGTTAAAATAGATTAT
300 ATTTT-AGTTAAAATAGATTAT
1 ATTTTAAGTTAAAATAGATTAT
321 A
1 A
322 ATTAAATATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 14 0.74
22 5 0.26
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ATTTTAAGTTAAAATAGATTAT
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* * * * * * * *
1 GGAAACATCAAG-AAAGGCCATTCGTTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGACACCCAAGCCTTTAA
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAA
* * * *
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
130 TATTATAT-GTTAAATTAGATTA-CACTTGAATATTTA-CCTCA
130 TATT-TTTGGTTAAAATAGATTATAAC-TGAATATCTACCCTCA
* * * * * * * *
171 GGGAACATGAAGGAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTTTATTTATAATCACTTATACCTTCG
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CATGCCTTCA
* * * * ** * *
235 AAAGCATTACTACTTGCTTT-AATGG-TTTATAATGTCATAACCGATTTTAAGTTAAAATTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
298 ATA-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATATTTACCTTGA
129 ATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAACTGAATATCTACCCTCA
* * *
340 -GAAACATGAACAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCCATGCCTTTAA
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAA
* *
404 AATCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * *
469 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCCT-A
130 TATTTTTGGTTAAAATAGATTATAACTGAATATCTACCCTCA
* * * * * * *
510 CGAAACATCAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAGAA-TCCATTTATACTCATCCAAGCCTTCA
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAA-AAGTCTATTTATAGTCA-CCATGCCTTCA
* ** *
574 AAAGCCTTATTACTCGTTTTACCTGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * * *
639 TATATTATTGATTAAATTAAATTATAATTGAATATCT-GCCTCA
128 TATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAACTGAATATCTACCCTCA
* * * * *
682 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-G-GAGAGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCG
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGA-AAAGTCTATTTATAGTCACC-ATGCCTTCA
* * * * *
745 AAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTGATTTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
*
810 ACA-TTTTGGTTAA
129 ATATTTTTGGTTAA
823 TCTCATAATT
Statistics
Matches: 530, Mismatches: 104, Indels: 37
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 87 0.16
169 54 0.10
170 68 0.13
171 259 0.49
172 60 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCATGCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAACTGAATATCTACCCTCA
Found at i:767 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--2995 Score: 1269
Period size: 342 Copynumber: 8.5 Consensus size: 340
* * * * * * * * **
1 GGAAACATCAAG-AAAGGCCATTCGTTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGACACCCAAGCCTTTAA
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGA
* * * *
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * ** * * * * * * * * * * *
130 TATTATAT-GTTAAATTAGATTACACTTGAATATTTACCTCAGGGAACATGAAGGAAAAGCCATC
130 CATT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATT
* ** * * * * * *
194 CATTAG-AGAGAAAAGTTTATTTATAATC-ACTTATA-CCTTCGAAAGCATTACTACTTGCTTT-
194 CATTGGCA-AGAAAA-TCCATTTATAGTCAAC-CA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * ** * * *
255 AATG-GTTTATAATGTCATAACCGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTAG-TTAAAATAGAT
255 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGAT
* * * *
318 TATAATTAAATATTTACCT-T
320 TATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * *
338 GAGAAACATGAACAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGCC-ATGCCTTT
1 G-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTC
* * *
402 AAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
63 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
467 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACCCTACGAAACATCAAGAAAAAGCTAT
128 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTAT
* * * **
532 TCATTGGCAAGAAGAATCCATTTATACTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTACC
193 TCATTGGCAAGAA-AATCCATTTATAGTCAACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
597 TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTATTGATTAAATTAAATT
257 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATT
* *
662 ATAATTGAATATCTGCCTCA
321 ATAATTGAATGTCTACCTCA
* *
682 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGA
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGA
* * * * *
746 AAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTGATTTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * **** * ** *
811 CA-TTTTGGTT-AATC---TCATAATTG-AT-TCT-TAGTT--GAATC-TTTTTATATTGTTAGT
130 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAT-CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTA--
* ** * * * *
865 TTAATT----AGATTAT--ATTTGAGT-GTCTACCTTAAGAAACATGAAACAAAA-CC-CATT-C
192 TTCATTGGCAAGAAAATCCATTT-A-TAGTCAACC--AAG---CCT---TCAAAAGCCTTATTAC
* * ** * * * ** * * **
920 ATTGGTAAGAAAAGTGCATTTGA-AGTCGCCCATGCCTTCGAAGGCCTCATTGAGAG-TAAATGG
247 -TCGCT--TTAAA-TG-ATTTTATAAT--CTCAT-AATT-G-A----T--TTTA-AGTTGAATTT
** * * ** * ** *
983 TTTTATAATTTTACAATTGACTGTAAGTTAAATTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAA
295 TTTTAT-A-TTT----TTGA-T-TAAAATAGA---TTATA--ATTG---AATGTCTA-CCTCA
* * * * ** * ** *
1046 TTGAATGTCTGCTTCGGGAGATGTGAAGCAAAAGCCATCAATTGAAAAGAAAAGTCC-TTCTATA
1 -GGAA-----ACAT--GAAGA--AAAAGCCATT-----C-ATTG-GAAGAAAAGTCCATT-TATA
* * * * *
1110 GTCA-CTCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
48 GTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
1174 TTAAGTTAAATTTGTTCT-CA-TTTTGTGTTAAAACAG-TATATAATTGAATGTCT-GCTTTAAG
112 TTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTG-GTTAAAACAGAT-TATAATTGAATGTCTATC-TTAAG
** * * ** * * * **
1235 AAATGTTAAGAATAAA-CCATTTGTTAGCAAGAAAAATCTATTTATAGACAACCAAGCCTTTGAA
173 AAACATGAAGAA-AAAGCTATTCATTGGCAAG-AAAATCCATTTATAGTCAACCAAGCCTTCAAA
* *
1299 AGCCTTACTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
236 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * * *
1364 ATTATAGGTTAAATTAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCA
301 ATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * *** * * *
1404 GGAAACATTAAGCAAAAGGTGTCCATTGGAGAGAAAAGTTCATTTATAGTTA-CTCATGCCTTCG
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCG
** * * * *
1468 AAAGTATTATCATTTGCTTT-AATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* ** * * * *
1532 TACAGTTTTCATTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
128 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTAT
* * * *
1597 TCA-TGAACAAGAAAAGTTCATTTATAGT-AACTCATGCCTTCAAAATCCTTATTACTCGCTTTA
193 TCATTG-GCAAGAAAA-TCCATTTATAGTCAAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
1660 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAATAGGT
255 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGAT
* * *
1725 TATAAATAAATGTCTACCTTA
320 TATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * *
1746 GGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAGAA-TCCATTTATTGTCACCTAAGCCTTTG
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCG
* * * *
1810 AAAGCCTTATTACAT-G-TATTAAATTGTTTTATAATCTTATACTTGATTTCAAGTTGAATTTTT
64 AAAGCCTTATTAC-TCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * *
1873 TTACA-TTTTGGTTAATCTCATA-ATTGATTCTTAGTTGAATATTTTTATATTTTTAGTTAA-AT
127 TTACATTTTTGGTTAA----A-ACA--GATT-ATAATTG-A-A--TGTCTATCTTAAG-AAACAT
* * * * *
1935 -TAGATTATAACTGAGTGTCTACCTCAAGAAATGTGAAAGAAAAGCCATTTATTGGCAACAAAAG
179 GAAGA--A-AA---A--G-CTA-TTC----ATTG-GCAAGAAAATCCATTTA-T---------AG
** * ** *
1999 TCCATATATAGTCTCTCGTGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATTTCA
219 T-C----A-A----C-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
2064 TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTGGTTAAAACATATTATAACTAAATGTTTACC
273 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACC
*
2129 TTA
338 TCA
* * * *
2132 GGAAACATCAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAGAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCG
* * * *
2196 AAAGCCTTATTAC-AGTCTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * ** * * ** * * * *
2260 TATATTGTTGGTTAAATTAAATTATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAGACATGAAGCAAAAGCCAT
128 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTAT
* * * * * * *
2325 CCATTGG-AGAGAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAA
193 TCATTGGCA-AGAAAATCCATTTATAGTCAACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
2389 TTG-TTTTATAATGTCATACTTGATTTGAAGTTAAATTTGTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGA
257 -TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTATATTTTTGATTAAAATAGA
* *
2453 TTATAACTGAATGTCTACCTTA
319 TTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * * * * *
2475 GAAAACATGAA-AAAAAGTCATTCATTGCAAGAAAAGTTCACTTGTAGTCACCTATGCTTTTGAA
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAA
* * * * * *
2539 ATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTCTTAT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * ** * * * * *
2604 ATTTTTAGTTAAAATATTTTATAATTGGATGCCT-GCTTCAGGAAACATGAA-ACAAAAGCTATC
131 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTT-AAGAAACATGAAGA-AAAAGCTATT
* * *
2667 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAA
194 CATTGGCAAGAAAA-TCCATTTATAGTCAAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * *
2731 T-AGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCT-ACATTTTTTTACATTTTTTATCAAAACA-AA
257 TGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGAT
* * * **
2793 TATATTTGAATATTTGTCTCA
320 TATAATTGAATGTCTACCTCA
* * ** * * * *
2814 TG-AATATGAAGAAAAAATCATTCATTGGTAAG-AAAGTCCAATTATAGTCACCCATACCTTCAA
1 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGA
* *
2877 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTGTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTT
* * * * * *
2942 ACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTCAATATCTATTTTAAGAAACATGAAG
129 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACATGAAG
2996 GATGTCAGTT
Statistics
Matches: 1997, Mismatches: 458, Indels: 402
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
327 4 0.00
328 5 0.00
329 3 0.00
330 6 0.00
332 6 0.00
333 7 0.00
334 11 0.01
335 6 0.00
336 8 0.00
337 12 0.01
338 23 0.01
339 297 0.15
340 81 0.04
341 294 0.15
342 457 0.23
343 143 0.07
344 1 0.00
345 2 0.00
346 2 0.00
347 11 0.01
348 14 0.01
349 5 0.00
350 3 0.00
351 4 0.00
352 15 0.01
353 7 0.00
354 3 0.00
355 8 0.00
357 4 0.00
358 7 0.00
359 5 0.00
360 5 0.00
361 4 0.00
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366 10 0.01
367 8 0.00
368 3 0.00
369 3 0.00
370 2 0.00
371 1 0.00
372 3 0.00
373 2 0.00
374 10 0.01
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376 8 0.00
377 3 0.00
378 1 0.00
379 2 0.00
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385 10 0.01
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389 9 0.00
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391 4 0.00
392 1 0.00
393 5 0.00
394 4 0.00
395 6 0.00
396 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCA
TTGGCAAGAAAATCCATTTATAGTCAACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAAT
TGAATGTCTACCTCA
Found at i:1269 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 1092--2957 Score: 742
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 167
1082 ATCAATTGAA
* *
1092 AAGAAAAGTCCTTCTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCTT-TATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTA
* *
1157 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTCT-CATTTTGTGTTAAAACAGTATATAATTGA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATTTTG-GTTAAAACAG-ATATAATTAA
* * ** ** *
1221 ATGTCTGCTTTAAGAAATGTTAAGAATAAA-CCATTTGTTAGC
126 ATGTCTGCCTTAGGAAACATTAAGAA-AAAGCCATTCATGAGC
* * * * * *
1263 AAGAAAAATCTATTTATAGACAAC-CAAGCCTTTGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGATTTT
1 AAGAAAAGTC-CTTTATAGTC-ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG-TTTT
* * * * ** *
1327 ATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATAGGTTAAATTAGATTATAATTGA
63 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT-TTGGTTAAAACAGA-TATAATTAA
* * * *** *
1392 ATGTTTGCCTCAGGAAACATTAAGCAAAAGGTGTCCATTG-G-
126 ATGTCTGCCTTAGGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCA-TGAGC
* * * ** * *
1433 AGAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCATGCCTTCGAAAGTATTATCATTTGCTTT-AATGGTTTT
1 A-AGAAAAG-TCCTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTT
* * **
1497 ATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACAGTTTTCATTAAAACAGATAATAATTA
63 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGAT-ATAATTA
** * *
1562 AATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATGAAC
125 AATGTCTGCCTTAGGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATGAGC
* * * * * *
1605 AAGAAAAGTTCATTTATAGTAACTCATGCCTTCAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAG-TCCTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG-TTTTA
* * * *
1670 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAATAGGTTATAAATAAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACA-GATATAATTAAA
* * *
1735 TGTCTACCTTAGGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTG-GC
127 TGTCTGCCTTAGGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCA-TGAGC
* * *
1776 AAGAAGAA-TCCATTTATTGTCAC-CTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACATG-TATTAAATTGTT
1 AAGAA-AAGTCC-TTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCT-TTAAA-TGTT
* * * *
1838 TTATAATCTTATACTTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAATCTCATA-ATTGATT
61 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGGTTAA----A-ACA--GA-T
* * * * *** ** * * *
1902 CTTAGTTGAATATTTTTATATTTTTAGTTAA-ATT-AGATTATAA-CTGAGTGTC-T-ACCTC
118 -ATAATT-AA-A--TGTCT-GCCTTAGGAAACATTAAGA--AAAAGC-CA-T-TCATGA--GC
* ***** * * * * * * ** * * *
1960 AAGAAATGTGAAAGAAAAGCCATTTATTGGCAACAAAAGTCCATATATAGTCTCTCGTGCCTTCG
1 AAGAAAAGT-CCTTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAG-CC-T-TAT--T-ACT--TG-CTT-T
* * * *
2025 AAA-GCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
54 AAATG---T-TT--T-A---T--A--ATCTCATAA--T--TGA----TTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * *
2089 TATATATTTGGTTAAAACATATTATAACTAAATGTTTACCTTAGGAAACATCAAGAAAAAGCCAT
97 TACAT-TTTGGTTAAAACAGA-TATAATTAAATGTCTGCCTTAGGAAACATTAAGAAAAAGCCAT
2154 TCATTG-GC
160 TCA-TGAGC
* * * *
2162 AA-AAAGAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-AGTCTTTAACTAGTTT
1 AAGAAA-AGTCC-TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTG-CTTTAAAT-GTTT
* * * ** *
2225 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAATTAAATTATAATTA
62 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT-TTGGTTAAAACAGA-TATAATTA
* * * * * *
2290 AATGTCTGCCTCAAGAGACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-G-
125 AATGTCTGCCTTAGGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCA-TGAGC
* * * * *
2332 -AGAGAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTT
1 AAGA-AAAGTC-CTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-TGTTTT
* * * * * *
2396 ATAATGTCATACTTGATTTGAAGTTAAATTTGTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAACT
63 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TT-TTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGA-TATAATT
* * * * * *
2461 GAATGTCTACCTTAGAAAACATGAA-AAAAAGTCATTCAT-TGC
124 AAATGTCTGCCTTAGGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATGAGC
* * * * * **
2503 AAGAAAAGTTCAC-TTGTAGTCAC-CTATGCTTTTGAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAG-TC-CTTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTT
* * * * * * * ** *
2566 TAAAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAATATTTTATAATTG
62 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACA-GATATAATTA
* * * * * *
2631 GATGCCTG-CTTCAGGAAACATGAA-ACAAAAGCTATCCATTAGC
125 AATGTCTGCCTT-AGGAAACATTAAGA-AAAAGCCATTCATGAGC
** * * *
2674 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATAGCTTTA
1 AAGAAAAGTCC-TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTA
* * * * * *
2739 TAATCTCATAATTGATTTTAAGCTACATTTTTTTACATTTT-TTATCAAAACAAATATATTTGAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGGT-T-AAAACAGATATAATTAAA
* * * * * * * ** *
2803 TATTTGTCTCATG-AATATGAAGAAAAAATCATTCATTG-GT
127 TGTCTGCCTTAGGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCA-TGAGC
* * *
2843 AAG-AAAGTCCAATTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCC-TTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTT
*
2906 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAGAATTTTGTTTACATTTTTTGTTAAAA
63 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTT-TTTACA-TTTTGGTTAAAA
2958 TATATTATAA
Statistics
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Consensus pattern (167 bp):
AAGAAAAGTCCTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATATAATTAAATGTC
TGCCTTAGGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATGAGC
Found at i:1780 original size:21 final size:21
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Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
1744 TAGGAAACGT
1754 CAAGAAAAAGCCATTCATTGG
1 CAAGAAAAAGCCATTCATTGG
* * *
1775 CAAGAAGAATCCATTTATTG
1 CAAGAAAAAGCCATTCATTG
1795 TCACCTAAGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.17, G:0.17, T:0.24
Consensus pattern (21 bp):
CAAGAAAAAGCCATTCATTGG
Found at i:2057 original size:215 final size:215
Alignment explanation
Indices: 1670--2103 Score: 501
Period size: 215 Copynumber: 2.0 Consensus size: 215
1660 AATGATTTTA
* *
1670 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGCTTAAAATAGGTTATAAATAAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGCTTAAAATAGATTATAAATAAA
* * * * * *
1735 TGTCTACCTTAGGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAGAATCCATTTATTGTCACC
66 TGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAGAATCCATATATAGTCACC
* * *
1800 TAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACATGTATTAAATTGTTTTATAATCTT-ATACTTGATTTCAAGT
131 T-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACATGTATTAAATTGTTTTATAAT-TTCATAATTAATTTCAAGT
1864 TGAATTTTTTTACAT-TTTGGT
194 TGAATTTTTTTACATATTTGGT
* * * * *
1885 TAATCTCATAATTGATTCTT-AGTTGAATATTTTTATATTTTTAG-TTAAATTAGATTATAACTG
1 TAATCTCATAATTGATT-TTAAGTTAAATATTTTTACATTTTT-GCTTAAAATAGATTATAAATA
* * *
1948 AGTGTCTACCTCAAGAAATGTGAAAG-AAAAGCCATTTATTGGCAACAA-AAGTCCATATATAGT
64 AATGTCTACCTCAAGAAACGT-AAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAGAA-TCCATATATAGT
*
2011 CTCTCGT-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAT-T-TTAAA-TGATTTTATAATTTCATAATTAAT
127 CAC-C-TAGCCTTCGAAAGCCTTATTA--CATGTATTAAATTG-TTTTATAATTTCATAATTAAT
* *
2072 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTGGT
187 TTCAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGGT
2101 TAA
1 TAA
2104 AACATATTAT
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 22, Indels: 21
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
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216 17 0.09
217 4 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (215 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGCTTAAAATAGATTATAAATAAA
TGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAGAATCCATATATAGTCACC
TAGCCTTCGAAAGCCTTATTACATGTATTAAATTGTTTTATAATTTCATAATTAATTTCAAGTTG
AATTTTTTTACATATTTGGT
Found at i:2239 original size:899 final size:898
Alignment explanation
Indices: 1014--2779 Score: 2120
Period size: 899 Copynumber: 2.0 Consensus size: 898
1004 TGTAAGTTAA
* * * * ** *
1014 ATTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTCGGGAGATGTGAAGCAAAA
1 ATTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGCAAAA
* * * **
1079 GCCATCAATTGAAAAGAAAAGTCCTTCTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTTGCT
66 GCCATCAATTGAAAACAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACT
*
1144 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTCTCATTTTGTGTTAAAACA
131 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTGTTCTCATTTTGTGTTAAAACA
* * * * ** * ** *
1209 GTATATAATTGAATGTCTGCTTTAAGAAATGTTAAGAATAAACCATTTGTTAGCAAGAAAAATCT
196 GTATATAACTAAATGTCTACCTTAAGAAACATCAAGAATAAACCATTCATTAGCAAGAAAAATCC
* *
1274 ATTTATAGACAACCAAGCCTTTGAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAA
261 ATTTATAGACAACCAAGCCTTCGAAAGCCTTACTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAA
* * * *
1339 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATAGGTTAAATTAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCA
326 TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATAGGTTAAATTAAATTATAATTAAATGTCTGCCTCA
* * *** * *
1404 GGAAACATTAAGCAAAAGGTGTCCATTGGAGAGAAAAGT-TCATTTATAGTTACTCATGCCTTCG
391 AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAG-AAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
* * * * *
1468 AAAGTATTATCATTTGCTTT-AATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTT-TTT
454 AAAGCATTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTGAAGTTAAAGTTGTTT
* * *
1531 TTACAGTTTTCATTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
519 TTACAGTTTTCATTAAAACAGATAATAACTAAATGTCTACCTTAGAAAACATGAA-AAAAAGCCA
* *
1596 TTCA-TGAACAAGAAAAGTTCATTTATAGTAA-CTCATGCCTTCAAAATCCTTATTACTCGCTTT
583 TTCATTG--CAAGAAAAGTTCACTTATAGTAACCT-ATGCCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTT
* * *
1659 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GCTTAAAATAG
645 AAATGATTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTCTTACATTTTTAG-TTAAAATAG
* * * *
1723 GTTATAAATAAATGTCTACCTT-AGGAAACGTCAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAGAA-T
709 GTTATAAATAAATGCCT-CCTTCAGGAAACATCAA-ACAAAAGCCATCCATTAGCAAGAA-AAGT
* * * *
1785 CCATTTATTGTCAC-CTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACAT-G-TATTAAATTGTTTTATAATCT
771 CCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTAAAAGCCTTATTA-ATCGCT-TTAAATAGCTTTATAATCT
* * *
1847 TATACTTGATTTCAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTGGTTAATCTCATAATTGATTCTTAGTTGA
833 CATAATTGATTTCAAGCT-ACATTTTTTTACATTTTGGTTAATCTCATAATTGATTCTTAGTTGA
1911 AT
897 AT
* *
1913 ATTTTTATATTTTT-AGTTAAATTAGATTATAACTGAGTGTCTACCTCAAGAAATGTGAAAG-AA
1 ATTTTTATATTTTTGA-TTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTG-AAGCAA
** ** * ** * *
1976 AAGCCATTTATTGGCAACAAAAGTCCATATATAGTCTCTCGTGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
64 AAGCCATCAATTGAAAACAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCA
* * * * *
2041 TTTTAAAT-GATTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATATTTG-GTTA
129 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTGTTCT-CAT-TTTGTGTTA
* * *
2103 AAACA-TATTATAACTAAATGTTTACCTTAGGAAACATCAAGAA-AAAGCCATTCATTGGCAA-A
191 AAACAGTA-TATAACTAAATGTCTACCTTAAGAAACATCAAGAATAAA-CCATTCATTAGCAAGA
* * * *
2165 AAGAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-AGTCTTTAACT-AGTTTTAT
254 AA-AATCCATTTATAGACAACCAAGCCTTCGAAAGCCTTACTACTAG-CTTTAAATGA-TTTTAT
* * *
2228 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAATTAAATTATAATTAAAT
316 AATCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATAGGTTAAATTAAATTATAATTAAAT
*
2293 GTCTGCCTCAAGAGACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
381 GTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
* * * *
2358 TGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATGTCATACTTGATTTGAAGTTAA
446 TGCCTTCGAAAGCATTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTGAAGTTAA
* * * * * *
2423 ATTTGTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAAA
511 AGTTGTTTTTACAGTTTTCATTAAAACAGATAATAACTAAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAAA
* * * * **
2488 AAAGTCATTCATTGCAAGAAAAGTTCACTTGTAGTCACCTATGCTTTTGAAATCCTTATTACTCA
576 AAAGCCATTCATTGCAAGAAAAGTTCACTTATAGTAACCTATGCCTTCAAAATCCTTATTACTCA
* * *
2553 CTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAA
641 CTTTAAATGATTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAA
** * ** * * *
2618 TATTTTATAATTGGATGCCTGCTTCAGGAAACATGAAACAAAAGCTATCCATTAGCAAGAAAAGT
706 TAGGTTATAAATAAATGCCTCCTTCAGGAAACATCAAACAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGT
2683 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCAT
771 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCAT
*
2748 AATTGATTTTAAGCTACATTTTTTTACATTTT
836 AATTGATTTCAAGCTACATTTTTTTACATTTT
2780 TTATCAAAAC
Statistics
Matches: 729, Mismatches: 115, Indels: 47
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
897 9 0.01
898 278 0.38
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900 59 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (898 bp):
ATTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGCAAAA
GCCATCAATTGAAAACAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACT
TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTGTTCTCATTTTGTGTTAAAACA
GTATATAACTAAATGTCTACCTTAAGAAACATCAAGAATAAACCATTCATTAGCAAGAAAAATCC
ATTTATAGACAACCAAGCCTTCGAAAGCCTTACTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAA
TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTATAGGTTAAATTAAATTATAATTAAATGTCTGCCTCA
AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
AGCATTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTGAAGTTAAAGTTGTTTTT
ACAGTTTTCATTAAAACAGATAATAACTAAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAAAAAAGCCATTC
ATTGCAAGAAAAGTTCACTTATAGTAACCTATGCCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGA
TTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATAGGTTATAA
ATAAATGCCTCCTTCAGGAAACATCAAACAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTC
AAGCTACATTTTTTTACATTTTGGTTAATCTCATAATTGATTCTTAGTTGAAT
Found at i:2729 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2703--2743 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
2693 TCACTCAAGC
2703 CTTTAAA-AGCCTTATTAATCG
1 CTTTAAATAGCCTTA-TAATCG
*
2724 CTTTAAATAGCTTTATAATC
1 CTTTAAATAGCCTTATAATC
2744 TCATAATTGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 12 0.67
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ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
CTTTAAATAGCCTTATAATCG
Done.