Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397787.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1086.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6629
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.10, T:0.34
Warning! 737 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:862 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 562--923 Score: 460
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
552 NNNNNNNNNN
* *
562 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGACTTTAAGTTGAATTCC
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTAACTTTAAGTTAAATT-C
* * * *
627 TCATGCATTTTTGATTAAACCATATTATAATTGAATTTTTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAG
65 TCATGCATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACGTAAAGAAAAAAG
* *
692 CATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
130 CATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
* ** *
734 TCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATT-
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTA-TTTTATAATCTCAAAATTAACTTTAAGTTAAATTC
** * * * * *
797 TTTTGTATACTTTTGGTTAAAACA-ACTTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGTGAGGAAAA
65 TCATGCAT--TTTTGATTAAAACATA-TTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACGTAAAGAAAA
* *
861 AAGCTTTCATCGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCT
127 AAGCATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
*
906 TCAAAAGTCTTATTACTC
1 TCAAAAGCCTTATTACTC
924 GCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 24, Indels: 8
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.03
171 3 0.02
172 154 0.95
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTAACTTTAAGTTAAATTCT
CATGCATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACGTAAAGAAAAAAGC
ATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
Found at i:2468 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1020--5599 Score: 2034
Period size: 171 Copynumber: 26.8 Consensus size: 170
1010 NNNNNNTTTG
* * ** * *
1020 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAAAATACATTCATTGGTAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGAAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
* * * * * *
1085 AAAAAGAT-TATTTATAGTCACTCATTCCATCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
65 GAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
1149 AATCTAAAAATTAATTTTAA-TTTAAGTTCTTTGTACATTTTTT
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTACATTTTTT
* * * * * * * *
1192 GTTATAATAGATTAGAATTGAATGTCTACTTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTCGTAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGA-AAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
* * * * ********** *
1257 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATCACNNNNNNNNNNTGGTTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * *
1322 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAATTGTTTACATTTTTA
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * ** * * *
1363 GTTAGAAA-GGGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAGGTGAATG-CAAAGCCCA-CCATTGG
1 GTTA-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGA-AAATATGAA-GAAAAAG-ACATTCATTGG
* * ** * * *
1425 CATA-AAAAATCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTGAATGGTTT
62 CA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
* * * *
1489 TATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACA-TTTTG
126 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * ** *
1532 GATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACGTGAAGAAAAACGA-ATTCATCGG-
1 G-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGA-AAATATGAAGAAAAA-GACATTCATTGGC
* * * * * * *
1595 TAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATCATTCGCTTTAAATAATTTT
63 AAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* ********** *
1660 ATAATGTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTACATTTTTC
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * * ** * * *
1704 ATTAAAAAAGACTATAATTCAATGCCTACCATAGAAAACGTGAAGTAAAAAG-CTTTCATCGACA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAGAAAATATGAAG-AAAAAGACATTCATTGGCA
** * * * * * * *
1768 AGAAAAGTATATTTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTGTAT
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
** * **********
1833 AAGGTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTNNNNNNNNNN
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * * **
1875 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCATGAGAAACGT-T-AAGAAAAA-AGTATTTACCGG
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-T-AGAAA-ATATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGG
* * * ******
1937 TAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATT-CTCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNN
62 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
**** * *
2001 NNNNATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGTATATTTTTT
126 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTT
* * * *
2047 ATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACGTAGTG-A-AAAAAG-CATTTATTGG
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGA-AAA--TA-TGAAGAAAAAGACATTCATTGG
* * * * * * *
2109 TAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC-CTATACCTTTAAAAGCCTTAATATTCGCTTTAAATAGTTT
62 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
* *
2173 TATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTACATTTTTT
126 TATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* ********** * *
2218 GTTAAAACAGACTATNNNNNNNNNNCTACCTTA-AGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTAGC
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAGA-AAATATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGC
* * * *
2281 AAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATT-TTGTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTT
63 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * * *
2345 ATAATCTAAAAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTGTATATTTTTT
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTT
* *
2390 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATAGAAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAGAAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
* * ********** *
2455 G-AAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATTTCTTTAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTAT
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* **
2518 AATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAAAGTTTTTACATTTTTT
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * ** * * * * * *
2560 GTTAAAA-AGGGTTAAAATTGAATGTCTTCCTTGGGGAACATTAAGCAAAAGCCCA-CCATTGAC
1 GTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACC-TAGAAAATATGAAGAAAAAG-ACATTCATTGGC
* * ** * **********
2623 ACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGCCTTCGAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATAGTTTTA
63 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * * **
2688 TAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTTTAA
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * * * * **
2730 GTT-AAA-AGACTATAATTGAAT-ACTTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAAAATTCATCGATA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTAGA-AAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCA
* * * * ** * * **********
2792 GGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTTTTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTANNNNNNNNNNT
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * ** * *
2857 AATATTATAATTGATTTTAAGTCCAATTTTTTTATATTTTTC
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * * * * * * *
2899 ATTAAAAAAGACTATAATCGAATG-CTTACCTCAAAAAACAAGTAGAAAAAGCCATTCATTAAG-
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCT-AGAAAATATGAAGAAAAAGACATTCATT-GGC
* * * * * * ** * *
2962 AAAAAAAATCTATTTATTGTCTCACATT-CTCTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTCAATGGTTTT
63 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * * * *
3026 ATATTTTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTGTTG
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* ** * * * * *
3070 GTTAAAATAGACAATATTTGAATGTCGACCTCA-AGAAATGTGAAGCAAAACG-CATTCATTAGC
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGA-AAATATGAAG-AAAAAGACATTCATTGGC
* * * *
3133 AAGAAAAGTCTATTTATGGTTAAC-CATTCCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
63 AAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* *
3197 ATAATCTACA-AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTCTTACATTTTTA
127 ATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTT
* * * ** * *
3242 GTTCAAACAGATTATAATT-AATTGTTTACCTCGAGAACCATGAAAAAAAAG-CTATTCATTGAC
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTAGA-AAATATGAAGAAAAAGAC-ATTCATTGGC
********** * *
3305 AAGAAAAGTCCATTTNNNNNNNNNNATTCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCACCTTAAAT-GATTTT
63 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTT
* ** **
3369 ATAATCTCATAAATGATTTTAAGTCAAATTGTTTTTGTATTTTTT
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTT
** * * * * * * * * *
3414 ACTAAAATAGACTATAATTAAATGCCTGCCTTAGGAAACATGTAA-AAAAAG-CTATTCATTAGA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TAGAAAATATG-AAGAAAAAGAC-ATTCATTGGC
* * * * *
3477 AAGAAAAGTCCATTCATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTC-CATTTAAAAAGTTTT
63 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTTAAATAGTTTT
* **
3541 ATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTGTTTTGTATTTTTT
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * * *
3584 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAAGA-ATTCATTAGCA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGA-AAATATGAAG-AAAAAGACATTCATTGGCA
* * * *
3648 AGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTAT
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * ******
3713 AATGTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTGTTTTATANNNNNN
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
**** * * * ** *
3755 NNNNAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCTAG-AAACGTGTAA-AAAAA-ATCATTCATTTA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-AC-CTAGAAAATATG-AAGAAAAAGA-CATTCA-TTG
* * * * *
3817 G-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCTC-CAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTT
61 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * *
3880 TTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTA
125 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * *
3926 GCTT-AAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATA--AAGAAAAAAATGCATGCATT
1 G-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT--AGAAA-ATATGAAGAAAAAGA--CATTCATT
* *************
3988 GGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNNNNT
60 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * *
4052 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTCTACATTTTTG
125 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * * *
4098 GTTAAAAAAAATTGTAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTA--AAGAGAAAGACATTCATTGGT
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-T-AGAAA-ATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGC
* ** * * **
4161 AAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATTATTTCAAAAGCTTTATTGCTTGCTTTAAATAGTTTTA
63 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * * * *
4226 TAATCTCAAAATT-ATTTTTATGTTGAATTCTTTGTCCA-TTTTA
128 TAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTT
* * * ** **
4269 GTTCAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTCACAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGA-AAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
* **********
4334 GAAAAGTCC-TTTGATAGACACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATAGTTTTAT
65 GAAAAGTCCATTT-ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
4398 AATTTGAAAATTAATTTTATA-TTGAATTCTTTGTT-CATTTTTA
129 AATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATT-TTT-TTACATTTTTT
* * * ** * *
4441 GCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCA-AGAAAGATGAAGAAAAAGGTAATCATTGGTA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGA-AAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCA
* * * **********
4505 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTTCNNNNNNNNNNCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * * *
4570 AATATGAAAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTGTATA-TTTTG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTT
* * **
4612 GTTAAAACAGATTAT-ATCTGAATGTATACTTTA-AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGC
1 GTTAAAACAGATTATAAT-TGAATGTCTAC-CTAGA-AAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGC
* ** * * *********
4675 AA-AAAATATATATTTATTA-TCAC-CTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNN
63 AAGAAAA-GTCCATTTA-TAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * * *
4737 NTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCT-AAATTTTTTACATTTTTC
125 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * *
4782 ATTAAAACAGACTATAATTGTAT-TCT--C-GGAAAACGTAT--AGAAAAAGTCATTCATTGAG-
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAAAA--TATGAAGAAAAAGACATTCATTG-GC
* * ** * *
4840 AACAAAAGTCCATTTATAGTC-TTCTATT-CTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAAT-GTTTT
63 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
*********** *
4902 ATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNATTTTTACATTTTTG
127 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * ** * ***
4946 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGGAACGTA--AAGAAAAGGGTGTTCATTGGC
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT--A-GAAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGC
* * * **
5009 AAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTTCC-TCAACAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTT
63 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TTCCTTCAA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
* * * * *
5073 TATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAACTGTTTAACATTTTTG
126 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * * *
5118 GTTAAAACTGATTATAATTGAAT-TTTCACATCGATAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTAGA-AAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCA
* * * * ********** *
5182 AAAAAAGTTCA-TTATAGTCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCANNNNNNNNNNATGGTTTTAT
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * ** *
5246 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-ATATGCTTTGTATGTTTTTA
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-AT-TTTTTTACATTTTTT
* * ********** * * *
5289 GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCA-AGAAACANNNNNNNNNNGGCATTCATTAGTA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-AGA-AAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCA
* * ** **********
5353 AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTNNNNNNNNNNTTA
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* ** *
5417 TAATGTCATAATTGATTTTACTTTGAATTGTTTTACA-TTTTT
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* ** * * ** * ** *
5459 GATTAAAAAAGGCTATAATT-AATTGTCTGCCTTGGGGAATGTGAAGTGAAAGCCATTCATTGGC
1 G-TTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACC-TAGAAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGC
* * *
5523 ACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATCCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTT
63 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
5587 ATAATCTCATAAT
127 ATAATCTCATAAT
5600 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3280, Mismatches: 958, Indels: 341
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 20 0.01
164 54 0.02
165 37 0.01
166 6 0.00
167 6 0.00
168 88 0.03
169 87 0.03
170 450 0.14
171 1521 0.46
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174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
Found at i:3733 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1454--4376 Score: 1117
Period size: 343 Copynumber: 8.5 Consensus size: 339
1444 GTCACTAAAG
* * ** * * *
1454 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTGAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAA-
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCCATTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * *
1518 TTTTTTACA-TTTTGGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACGTGAAGAAAA
66 TTTTTTACATTTTTAG-TT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA
* * ** * * * *
1582 ACGAATTCATCGGTAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATCATTCGC
129 AAGAATTCATTGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * ********** * * * * *
1647 TTTAAATAATTTTATAATGTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTACATTTTTCATTAAAAA
193 CTTAAATGATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTTACTAAAAT
* * * * * * * * *
1712 AGACTATAATTCAATGCCTACC-ATAGAAA-ACGTGAAGTAAAAAGCTTTCATCGACAAGAAAAG
258 AGACTATAATTAAATGCCTGCCTCTAGAAACATGT-AA-AAAAAATCATTCAT-TAGAAGAAAAG
** * *
1775 TATATTTATGGTCACCCATT
320 TCCATTTATAGTCTCCCATT
* * ** * ** *
1795 CCTTCAAAAGTCTCATTACTCGC-TTTAAATGGTTGTATAAGGTCGTAATTGATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CATTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
********** * * *
1859 TTTTTTNNNNNNNNNNGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCAT-GAGAAACGTTAAGAAA
65 TTTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TCGAGAAACATGAAGAAA
* * ** * * *
1923 AAAGTATTTACCGGTAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATTC-TCTCAAAAGCCTTATTACTC
128 AAAGAATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCAT-TCAAAAGCCTTATTACTC
* * ********** ** * *
1987 GCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCA-AAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGTATATTTTTTATTA
191 ACCTTAAATGATTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTCAAATTGTTT-TATATTTTTTACTA
* * * * * * * ** * * * * *
2051 AAACAAATTATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACGTAGT-GAAAAAAGCATTTATTGGTAAGAA
254 AAATAGACTATAATTAAATGCCTGCCTCTAGAAACAT-GTAAAAAAAATCATTCATTAG-AAGAA
* * * *
2115 AAGTCCATTTATAGCCACCTATA
317 AAGTCCATTTATAGTCTCCCATT
* * * * *
2138 CCTTTAAAAGCCTTAATATTCGC-TTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTAGA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CATTTAAAAAGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *********** **
2201 ATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATNNNNNNNNNNCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA
64 ATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAA
* * * * *
2266 AAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATT-TTGTCAAAAGCCTTATCACTC
128 AAAGAATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCAT-TCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * **
2330 ACTTTAAATGGTTTTATAATCT-AAAAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTGTATATTTTTTGTTA
191 ACCTTAAATGATTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTCAAATTGTTT-TATATTTTTTACTA
* * * * * * *
2394 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-ATAGAAA-ATATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGTAAG
254 AAATAGACTATAATTAAATGCCTGCCTCTAGAAACATGT-AA-AAAAA-ATCATTCATTAG-AAG
* *
2456 -AAAGTCCATTTATAGTCACCAATT
315 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATT
* * ********** ** * *
2480 TCTTTAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCCATTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * * * *
2545 GTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAGGGTTAAAATTGAATGTCTT-CCTTGGGGAACATTAAG-CAA
66 TTTTTTACATTTTTAGTTAAACA-GATTATAATTGAATGT-TTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA
* * * ** ** * * ********
2608 AAGCCCA-CCATTGACACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGCCTTCGAAAGCCTNNNNNNNN
129 AAG--AATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTC
*** * ** * * * *
2672 NNTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCA-AAATTAATTTTAAGTTTAATT-TTTTACA-TTTTAAGTT
191 ACCTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTTACTA
* * * * * ** *
2733 AAA-AGACTATAATTGAATACTTACCTCGAG-AA-ATGTGAAGAAAAAAAAATTCA-TCGATAGG
254 AAATAGACTATAATTAAATGCCTGCCTCTAGAAACATGT-AA-AAAAAATCATTCATTAGA-A-G
*
2794 AAAAGTTCATTTATAGT-TACCCATT
315 AAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATT
** * * ********** * * **
2819 TTTTTAAAAGCCTTATTACT-TACTTTANNNNNNNNNNTAATATTATAATTGATTTTAAGTCCAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCCA-TTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * *
2883 TTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAAAAGACTATAATCGAATGCTTACCTCAAAAAACAAGTAG-AA
65 TTTTTTTACATTTTT-AGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAA
* * * * * * *
2946 AAAGCCATTCATTAAG-AAAAAAAATCTATTTATTGTCTCACATTC-TCTCAAAAGCCTTATTAC
128 AAAG-AATTCATT--GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCAT-TCAAAAGCCTTATTAC
** * * * * * * * * * * * ***
3009 TTGCTTTCAATGGTTTTATATTTTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTGTTGGTTA
189 TCACCTTAAATGATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTTACTA
* * * * * * **
3074 AAATAGACAATATTTGAATGTC-GACCTCAAG-AA-ATGTGAAGCAAAACGCATTCATTAGCAAG
254 AAATAGACTATAATTAAATGCCTG-CCTCTAGAAACATGT-AA-AAAAAATCATTCATTAG-AAG
* * *
3136 AAAAGTCTATTTATGGT-TAACCATT
315 AAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATT
* * *
3161 CCTTCAAAATCCTTATTACT-CACTTTAAATAGTTTTATAATCTACA-AATTGATTTTAAGTTCA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCCA-TTTAAAAAGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGA
*
3224 ATTTTTCTTACATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATT-AATTGTTTACCTCGAGAACCATGAA-A
64 ATTTTT-TTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTCGAGAAACATGAAGA
* ********** * *
3287 AAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTNNNNNNNNNNATTCCTTCAAAAGCCTTATTCC
126 AAAAAG-AATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTAC
*
3352 TCACCTTAAATGATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTCAAATTGTTTTTGTATTTTTTACT
189 TCACCTTAAATGATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTCAAATTG-TTTTATATTTTTTACT
*
3417 AAAATAGACTATAATTAAATGCCTGCCT-TAGGAAACATGT-AAAAAAAGCTATTCATTAGAAAG
253 AAAATAGACTATAATTAAATGCCTGCCTCTA-GAAACATGTAAAAAAAATC-ATTCATTAG-AAG
*
3480 AAAAGTCCATTCATAGTCTCCCATT
315 AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATT
*
3505 CCTTCAAAAGCCTTAATACTCCATTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCCATTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * ** *
3569 TGTTTTGTA-TTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAATGTGAAGCAA
66 T-TTTT-TACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAA
*
3632 AAAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCA
128 AAAGAATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCA
** * * * ** **********
3697 TTTTAAAT-AGTTTTATAATGTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTGTTTTATANNNNNNNNNNAA
192 CCTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTTACTAAA
* * *
3761 ATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCTAGAAACGTGTAAAAAAAATCATTCATTTAGAAGAAAAG
256 ATAGACTATAATTAAATGCCTGCCTCTAGAAACATGTAAAAAAAATCATTCA-TTAGAAGAAAAG
* *
3826 CCCATTTATAGTCTCCAATT
320 TCCATTTATAGTCTCCCATT
* * *
3846 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAAAAGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CATTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
3910 TTTCTTTACATTTTTAGCTTAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAA
65 TTTTTTTACATTTTTAG-TTAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAG-AAA
* * * * *
3975 AAATGCATGCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTN
128 AAA-GAATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTC
************ * * * ***
4039 NNNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-CTGAATT-TTTCTACATTTTTGGTTA
191 ACCTTAAATGATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTC-AAATTGTTT-TATATTTTTTACTA
* * * * * * * *
4102 AAAAAAATTGTAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAAC--GTAAAGAGAAAGA-CATTCATTGGTAA
254 AAATAGACTATAATTAAATGCCTGCCTCT-AGAAACATGTAAA-A-AAA-ATCATTCATTAG-AA
* * *
4163 GAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATT
314 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATT
** * * * * * *
4189 ATTTCAAAAGCTTTATTGCTTGC-TTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT-ATTTTTATGTTGA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCCATTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGA
* * * * * *
4252 ATTCTTTGTCCA-TTTTAGTTCAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG-A
64 ATT-TTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAA
* * * *
4315 AAAAGACATTCATTCACAAGAAAAGTCC-TTTGATAGACACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
127 AAAAGA-ATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATT
4377 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1958, Mismatches: 523, Indels: 201
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
337 4 0.00
338 44 0.02
339 170 0.09
340 21 0.01
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342 630 0.32
343 698 0.36
344 146 0.07
345 6 0.00
346 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCCATTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTTACATTTTTAGTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAA
GAATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACCTT
AAATGATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTTACTAAAATAGA
CTATAATTAAATGCCTGCCTCTAGAAACATGTAAAAAAAATCATTCATTAGAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCTCCCATT
Found at i:3804 original size:514 final size:503
Alignment explanation
Indices: 2863--4339 Score: 1043
Period size: 514 Copynumber: 2.9 Consensus size: 503
2853 NNNTAATATT
* * * * *
2863 ATAATTGATTTTAAGTCCAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAAAAGACTATAATCGAATGCTTAC
1 ATAAATGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTCACTAAAAAAGACTATAATCAAATGCCTAC
* * * *
2928 CTCAAAAAACAAGTAGAAAAAGCCATTCATTAAGAAAAAAAATCTATTTATTGTCTCACATTCTC
66 CTCAAAAAACAAGTAAAAAAAGCCATTCATTAAGAAAAAAAATCCATTCATAGTCTCACATTCTC
* * * ** * * * *
2993 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTCAATGGTTTTATATTTTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
131 TCAAAAGCCTTAATACTTCCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGT
* * * * *
3058 TTTACATTGTTGGTTAAAATAGACAATATTTGAATGTCGACCTCAAGAAATGTGAAGCAAAACGC
196 TTTACATTGTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCGACCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAAGA
* * * * *
3123 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATGGTTAACCATTCCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTA
261 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGAACCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
*
3188 AATAGTTTTATAATCTACAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTCTTACATTTTTAGTTCAAACAGA
326 AATAGTTTTATAATCTACAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTCTTACATTTTTAGTTCAAACAGA
* * * *
3253 TTATAATTAATTGTTTACCTCGAGAACCATGAAAAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
391 CTATAATTAATTGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAGC-ATTCATTGACAAGAAAAGCCCAT
3318 TTNNNNNNNNNNATTCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCACCTTAAATGATTTTATAATCTC
455 TT----------ATTCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCACCTTAAATGATTTTATAATCTC
* * * * *
3377 ATAAATGATTTTAAGTCAAATTGTTTTTGTATTTTTTACTAAAATAGACTATAATTAAATGCCTG
1 ATAAATGATTTTAAGTCAAATT-TTTTTATATTTTTCACTAAAAAAGACTATAATCAAATGCCTA
* ** * * * *
3442 CCTTAGGAAACATGTAAAAAAAGCTATTCATT-AGAAAGAAAAGTCCATTCATAGTCTCCCATTC
65 CCTCAAAAAACAAGTAAAAAAAGCCATTCATTAAGAAA-AAAAATCCATTCATAGTCTCACATTC
*
3506 -CTTCAAAAGCCTTAATAC-TCCATTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAA
129 TC-TCAAAAGCCTTAATACTTCC-TTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
** * * ** ** * **
3568 TTGTTTTGTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAATGTGAAGCAAA
192 TTGTTTTACATTGTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCGACCTCAAGAAATGTGAAGCAAA
* *
3633 AAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCAT
257 AAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGAACCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * **********
3698 TTTAAATAGTTTTATAATGT-CATAATTGGTTTTAAGTTGAATTGTT-TTATANNNNNNNNNNAA
322 TTTAAATAGTTTTATAATCTACA-AATTGATTTTAAGTTCAATTGTTCTTACATTTTTAGTTCAA
* * * * * * *
3761 ATAGACTATAATTGAA-TGTCTGCCTCTAGAAACGTGTAAAAAAAATCATTCATTTAGAAGAAAA
386 ACAGACTATAATT-AATTGTCTACCTCGAGAAACATG-AAAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAA
* * * *
3825 GCCCATTTATAGTCTCCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AAGTTTTATAATCT
449 GCCCA-TT-TA-T-T-C----C-TTCAAAAGCCTTATTCCTCACCTTAAATGA-TTTTATAATCT
*
3889 T
503 C
* * ** * * * * * * ** *
3890 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTT-AGCTTAAACAGATTATAGTTGAATGTCTA
1 ATAAATGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTCA-CTAAAAAAGACTATAATCAAATGCCTA
* * * * * * * *
3954 CCTCAAGAAACATAAAG-AAAAAAATG-CATGCATT-GGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
65 CCTCAA-AAA-A-CAAGTAAAAAAA-GCCATTCATTAAGAAAAAAAATCCATTCATAGTCTCACA
* * ************* * *
4016 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGA
126 TTCTCTCAAAAGCCTTAATACTTCCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
* * * * *** * * * *
4081 ATT-TTTCTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTGTAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAAAG-A
191 ATTGTTT-TACATTGTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCGACCTCAAGAAATGTGAAGCA
* * * * * * *
4144 GAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGT-CACTCATT-ATTTCAAAAGCTTTATTG
255 AAAAGA-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGAAC-CATTCA-TTCAAAAGCCTTATTA
** * * * *
4207 CTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-CAAAATT-ATTTTTATGTTGAATTCTT-TGTCCA-TTTT
317 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAC-AAATTGA-TTTTAAGTTCAATTGTTCT-TACATTTTT
* * * * * *
4268 AGTTCAAATAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTCAC
379 AGTTCAAACAGACTATAATT-AATTGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAG-CATTCATTGAC
4332 AAGAAAAG
442 AAGAAAAG
4340 TCCTTTGATA
Statistics
Matches: 756, Mismatches: 173, Indels: 68
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
505 1 0.00
506 1 0.00
507 1 0.00
508 1 0.00
511 1 0.00
512 36 0.05
513 189 0.25
514 394 0.52
515 132 0.17
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (503 bp):
ATAAATGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTCACTAAAAAAGACTATAATCAAATGCCTAC
CTCAAAAAACAAGTAAAAAAAGCCATTCATTAAGAAAAAAAATCCATTCATAGTCTCACATTCTC
TCAAAAGCCTTAATACTTCCTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGT
TTTACATTGTTGATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCGACCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAAGA
ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGAACCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATAGTTTTATAATCTACAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTCTTACATTTTTAGTTCAAACAGA
CTATAATTAATTGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATT
TATTCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCACCTTAAATGATTTTATAATCTC
Found at i:3903 original size:341 final size:332
Alignment explanation
Indices: 3410--4037 Score: 761
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 332
3400 TTTTTGTATT
3410 TTTTACTAAAATAGACTATAATTAAATGCCTGCCTTAGGAAACATGTAAAAAAAGCTATTCATTA
1 TTTTA-TAAAATAGACTATAATTAAATGCCTGCCTTAGGAAACATGTAAAAAAAGCTATTCATTA
* *
3475 GAAAGAAAAGTCCATTCATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCCATTTAAAAAGTTT
65 GAAAGAAAAGCCCATTCATAGTCTCCAATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCCATTTAAAAAGTTT
* * *
3540 TATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTGTTTTGTA-TTTTTTA-TTAAAACAGATTATAAT
130 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TCTT-TACATTTTTACTT-AAACAGATTATAAT
* * ** ** * * *
3602 TGAATGTTTATCTTGAGAAATGTGAAG-CAAAAA-GAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATA
192 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAATGAATGCATTAGCAA-AAAAGTCCATTTATA
*
3665 GTGACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGGTTT
256 GTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGGTTT
3730 TAAGTTGAATTG
321 TAAGTTGAATTG
* * *
3742 TTTTATANNNNNNNNNNAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCTA-GAAACGTGTAAAAAAA-
1 TTTTATA----------AAATAGACTATAATTAAATGCCTGCCT-TAGGAAACATGTAAAAAAAG
* * * *
3805 ATCATTCATTTAG-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
55 CT-ATTCA-TTAGAAAGAAAAGCCCATTCATAGTCTCCAATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTC-C
*
3869 -TTTAAAAAGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTAGCTTAAA
117 ATTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTA-CTTAAA
* * *
3933 CAGATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAATGCATGCATTGGCAAAAAAG
181 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAATGAATGCATTAGCAAAAAAG
* *
3998 TCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
246 TCCATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCCTTATTACT
4038 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 28, Indels: 29
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
331 2 0.01
332 5 0.02
340 3 0.01
341 131 0.53
342 47 0.19
343 49 0.20
344 11 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
TTTTATAAAATAGACTATAATTAAATGCCTGCCTTAGGAAACATGTAAAAAAAGCTATTCATTAG
AAAGAAAAGCCCATTCATAGTCTCCAATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCCATTTAAAAAGTTTT
ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTACTTAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAATGAATGCATTAGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGGTTTTAAGT
TGAATTG
Found at i:4368 original size:514 final size:500
Alignment explanation
Indices: 3035--4526 Score: 1027
Period size: 514 Copynumber: 2.9 Consensus size: 500
3025 TATATTTTCG
* * * * * * * ** * *
3035 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAATAGACAATATTTGAATGTCGACC
1 TAATTGATTTTAA-CTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * * * * *
3100 TCAAGAAATGTGAAGCAAAACGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATGGTTAACCATTCCTT
65 TTAAGAAACGTAAAGCAAAAAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATT
* * *
3165 CAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT-ACAAATT-GATTTTAAGTTCAATTT
130 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-AAATTAG-TTTTAAGTTGAATTC
* * * * * * *
3228 TTCTTACATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATT-AATTGTTTACCTCGAGAACCATG-AAAAAAA
193 TT-TTACAATTTTAGTTCAAATAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTCTAGAAACGTGTAAAAAAA
* * * ********** * *
3291 AGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTNNNNNNNNNNATTCCTTCAAAAGCCTTATTCCTCAC
256 ATC-ATTCATTCACAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * ** * *
3356 CTT-AAATGATTTTATAATCTCATAAA-TGATTTTA-AGTCAAATTGTTTTTGTA-TTTTTTA-C
320 TTTAAAAAG-TTTTATAATTTGA-AAATTAATTTTATA-TTGAA-T-TCTTTGTACATTTTTAGC
* * * * * * * * ** * *
3416 TAAAATAGACTATAATTAAATGCCTGCCTTAGGAAACATGTAA-AAAAAGCTATTCATTAG-AAA
380 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-AAAGAAAAAAATAATCATTGGTAAA
* * * * *
3479 GAAAAGTCCATTCATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCCATTTAAAAAGTTTTATA
444 -AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCC----T--T--A-TT----ACTTTTATA
3544 ATCTCA
495 ATCTCA
* ** * * * * *
3550 TAATTGATTTTAATTGAATTGTTTTGTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCT
1 TAATTGATTTTAACTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
3615 TGAGAAATGTGAAGCAAAAAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATTCATTC
66 TAAGAAACGTAAAGCAAAAAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTC
* * * * *
3680 AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTGTTT
131 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAGTTTTAAGTTGAATTCTTT
* ********** *
3745 TATANNNNNNNNNNAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCTAGAAACGTGTAAAAAAAATCAT
196 TACAATTTTAGTTCAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGTAAAAAAAATCAT
* * * * *
3810 TCATTTAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
261 TCATTCACAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* *
3875 AAGTTTTATAATCTT-ATAATTAATTTTA-AGTTGAATT-TCTT-TACATTTTTAGCTTAAACAG
326 AAGTTTTATAAT-TTGAAAATTAATTTTATA-TTGAATTCT-TTGTACATTTTTAGCTAAAACAG
* * *
3936 ATTATAGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAATGCATGCATTGG-CAAAAAAGTC
388 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAAT-AAT-CATTGGTAAAAAAAGTC
4000 CATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNNNNTTTATAATCTCA
451 CATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT-------------TTTATAATCTCA
* *
4063 TAATTGATTTTAAGCTGAATT-TTTCTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTGTAATTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAA-CTGAATTGTTT-TACATTTTTGATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * *
4127 CTTAAGAAACGTAAAG-AGAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATT-A
64 CTTAAGAAACGTAAAGCAAAAAGA-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCA
* * ** * *
4190 TTTCAAAAGCTTTATTGCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTATTTTTATGTTGAATT
128 -TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAGTTTTAAGTTGAATT
* *
4255 CTTTGT-CCATTTTAGTTCAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTG-AAGAAA
192 CTTT-TACAATTTTAGTTCAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACGTGTAA-AAA
* **
4317 AAGA-CATTCATTCACAAGAAAAGTCC-TTTGATAGACACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTNN
254 AA-ATCATTCATTCACAAGAAAAGCCCATTT-ATAGACAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
******** * *
4379 NNNNNNNNAATAGTTTTATAATTTGAAAATTAATTTTATATTGAATTCTTTGTTCATTTTTAGCT
316 TCGCTTTAAAAAGTTTTATAATTTGAAAATTAATTTTATATTGAATTCTTTGTACATTTTTAGCT
* * * **
4444 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAGATGAAGAAAAAGGTAATCATTGGTAAAAA
381 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAATAATCATTGGTAAAAA
4509 AAGTCCATTTATAGTCAC
446 AAGTCCATTTATAGTCAC
4527 CCGTTCNNNN
Statistics
Matches: 771, Mismatches: 165, Indels: 83
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
500 2 0.00
504 2 0.00
505 1 0.00
507 1 0.00
509 1 0.00
510 3 0.00
511 11 0.01
512 40 0.05
513 184 0.24
514 451 0.58
515 75 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (500 bp):
TAATTGATTTTAACTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTACCT
TAAGAAACGTAAAGCAAAAAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCATTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAGTTTTAAGTTGAATTCTTT
TACAATTTTAGTTCAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGTAAAAAAAATCAT
TCATTCACAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
AAGTTTTATAATTTGAAAATTAATTTTATATTGAATTCTTTGTACATTTTTAGCTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAATAATCATTGGTAAAAAAAGTCCATTT
ATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTTTATAATCTCA
Done.