Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402594.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5665.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 837
Length: 1395
ACGTcount: A:0.50, C:0.07, G:0.09, T:0.34
Found at i:438 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 401--439 Score: 51
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
391 TCAATTAAGT
**
401 AAAAAAATTTATTTTTATAA
1 AAAAAAATTTAAATTTATAA
421 AAAAAATATTTAAATTTAT
1 AAAAAA-ATTTAAATTTAT
440 TTTCTTAGAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 1
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.38
21 10 0.62
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (20 bp):
AAAAAAATTTAAATTTATAA
Found at i:826 original size:252 final size:250
Alignment explanation
Indices: 63--1394 Score: 1421
Period size: 252 Copynumber: 5.3 Consensus size: 250
53 AAATAATAAG
* * * * * * *
63 AATTAACATAAAAACTTATAAAAGTAGAATAACTAAATTTAAAATTTTATCATAAATGTATGAGA
1 AATTAACATAAAAACTTAT-AAAGTGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTAAGA
* * **
128 GTTAACATAACAAGTCAATTAAG-GAAAAAAATCTAATTTTAATGAAAA-AAATATTTAAATTTA
65 GTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTTAAAAAAAATAAATATTTAAATTTA
* * * * * *
191 TAATCT-ATGGCTAAAAATTTTTAATGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAGG
130 TATTCTCA-GACTAAAAGTATTTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAGG
* * * * * * * * * *
255 ATTAAAATAATTATAACTCAAAATTGACATAAAAAAGCTTTGATGTAAAATTATAAG
194 ATAAAAATAATTATAATTCAAAATTGAAATAGATAAGCCTTGATATAAAACTGTAAC
* * *
312 AATTGACGTAAAAACTTATAAAGATGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATATGTTAA-
1 AATTAACATAAAAACTTATAAAG-TGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTG-TAAG
* * * * * * *
376 AGTTAATGCAATAAATCAATTAAGT-AAAAAAAT-TTATTTTTATAAAAA-AAATATTTAAATTT
64 AGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTTAAAAAAAATAAATATTTAAATTT
* * * * * *
438 ATTTTCTTAGATTAAAAGTGTTTAACAATATACAAATTTTAATTTTTAAATAATGAATAATAAGG
129 ATATTCTCAGACTAAAAGTATTTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAGG
* * * * * * *
503 ATAAAAATAATTATAGTTTAAAACTGATATAGAAAAACCTTGATATAAAACTGTAAG
194 ATAAAAATAATTATAATTCAAAATTGAAATAGATAAGCCTTGATATAAAACTGTAAC
* * **
560 AATTAACGTAAAAATTTATAAATGTGGAATAACTAAAGCTTAAATCTTAACGTAAATGTGTAAGT
1 AATTAACATAAAAACTTATAAA-GTGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTAAG-
625 A-TTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTTAACAAAAAATAAATATTTAAATT
64 AGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTTAA-AAAAAATAAATATTTAAATT
* * * * * *
689 TATATTCTCAGACTAAAAATATATAACGATAAACAAATTTTAATTTTAAAAGAAAAAATAATAAG
128 TATATTCTCAGACTAAAAGTATTTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAG
* *
754 GATAAAAATAATTATAGTTCAAAATTGAAATAGATAAGCCTTGACT-CAAAACTGTAAC
193 GATAAAAATAATTATAATTCAAAATTGAAATAGATAAGCCTTGA-TATAAAACTGTAAC
* * * * * *
812 AATTAATATAAAAATTTATAAAGATAGAATAACTAAATTTTAAATCTTAATGTAAAAGTATGAA-
1 AATTAACATAAAAACTTATAAAG-TGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGT-AAG
* * * * *
876 AGTTAATGTAATAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATTTAATTTTAGTAGAAAATAAATATTTAAATT
64 AGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTTA-AAAAAAATAAATATTTAAATT
* * * * * *
941 TATATTCTCTGACTAAAAGTGTTTAATGATATATAAGTTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAA
128 TATATTCTCAGACTAAAAGTATTTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAG
* * *
1006 GATAAAAATAATTATAATTCAAAATTG-ACTCAGATAAGTCTTGATGTAAAACTGTAAC
193 GATAAAAATAATTATAATTCAAAATTGAAAT-AGATAAGCCTTGATATAAAACTGTAAC
*** * * * * * * *
1064 AACGGACATAAAACCTTGTAAAGGTGAAATAACTAAATTTGAAATCTTAACGTAAATATTTGAGA
1 AATTAACATAAAAACTTATAAA-GTGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTAAGA
* * * ** * *
1129 GTTAACATTACAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTCAGTGAAAACTTAATATTTAAATTT
65 GTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTTA-AAAAAAATAAATATTTAAATTT
* * *
1194 ATATTCTCCAG-CT-AAAGTATTTAACGATATACAAATTTTGATTTTTAAATAAAAAATAATAAT
129 ATATTCT-CAGACTAAAAGTATTTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAG
* * * * * *
1257 AATAAAAATAATTATAATTCAAAATTGACATAGATAAGTCTTAATATAAAACTATAAT
193 GATAAAAATAATTATAATTCAAAATTGAAATAGATAAGCCTTGATATAAAACTGTAAC
* * *
1315 AATTAACGTAAAAACTTATAAAGAGGTAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTGAGA
1 AATTAACATAAAAACTTATAAAGTGG-AATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTAAGA
*
1380 GTTAACGTAATAAGT
65 GTTAACGTAACAAGT
1395 T
Statistics
Matches: 906, Mismatches: 154, Indels: 44
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
247 3 0.00
248 200 0.22
249 84 0.09
250 11 0.01
251 166 0.18
252 436 0.48
253 6 0.01
ACGTcount: A:0.50, C:0.07, G:0.09, T:0.34
Consensus pattern (250 bp):
AATTAACATAAAAACTTATAAAGTGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTAAGAG
TTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTTAAAAAAAATAAATATTTAAATTTAT
ATTCTCAGACTAAAAGTATTTAACGATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAGGAT
AAAAATAATTATAATTCAAAATTGAAATAGATAAGCCTTGATATAAAACTGTAAC
Found at i:1162 original size:504 final size:497
Alignment explanation
Indices: 67--1394 Score: 1602
Period size: 504 Copynumber: 2.7 Consensus size: 497
57 AATAAGAATT
* * *
67 AACATAAAAACTTATAAAAGT-AGAATAACTAAATTTAAAATTTTATCATAAATGTATGAGAGTT
1 AACATAAAAACTTATAAAAGTGA-AATAACTAAATTT-AAATCTTAACGTAAATGTATGAGAGTT
* ** *
131 AACATAACAAGTCAATTAAG-GAAAAAAATCTAATTTTAATGAAAA-AAATATTTAAATTTATAA
64 AACATAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTTAAAAAAAATAAATATTTAAATTTATAT
* * *
194 TCT-ATGGCTAAAAATTTTTAATGATATAA-AAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAGGAT
129 TCTCA--GCTAAAAATATTTAACGATA-AACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAAATAATAAGGAT
* * * * * * * * *
257 TAAAATAATTATAACTCAAAATTGACATAAAAAAGCTTTGATGTAAAATTATAAGAATTGACGTA
191 AAAAATAATTATAATTCAAAATTGACATAGATAAGCCTTGATATAAAACTATAACAATTAACGTA
*
322 AAAACTTATAAAGATGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGT-AAA-TATGTTAAAGTTAATGC
256 AAAACTTATAAAGATGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAAAGTATG--AAAGTTAATGT
* * * *
385 AATAAATCAATTAAGTAAAAAAATTTATTTTTATAAAAAAAATATTTAAATTTATTTTCTTAGAT
319 AATAAGTCAATTAAGTAAAAAAATTTAATTTTATAAAAAAAATATTTAAATTTATATTCTTAGAC
* *
450 TAAAAGTGTTTAACAATATACAAATTTTAATTTTTAAATAATGAATAATAAGGATAAAAATAATT
384 TAAAAGTGTTTAACAATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAAGATAAAAATAATT
* * * * **
515 ATAGTTTAAAACTGATATAGAAAAACCTTGATATAAAACTGTAAGAATT
449 ATAATTCAAAACTGATACAGAAAAACCTTGATATAAAACTGTAACAACG
* * * * * * *
564 AACGTAAAAATTTATAAATGTGGAATAACTAAAGCTTAAATCTTAACGTAAATGTGTAAGTA-TT
1 AACATAAAAACTTATAAAAGTGAAATAACTAAA-TTTAAATCTTAACGTAAATGTATGAG-AGTT
*
628 AACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTTAACAAAAAATAAATATTTAAATTTATA
64 AACATAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTTAA-AAAAAATAAATATTTAAATTTATA
* * *
693 TTCTCAGACTAAAAATATATAACGATAAACAAATTTTAATTTTAAAAGAAAAAATAATAAGGATA
128 TTCTCAG-CTAAAAATATTTAACGATAAACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAAATAATAAGGATA
* * * * **
758 AAAATAATTATAGTTCAAAATTGAAATAGATAAGCCTTGACT-CAAAACTGTAACAATTAATATA
192 AAAATAATTATAATTCAAAATTGACATAGATAAGCCTTGA-TATAAAACTATAACAATTAACGTA
* * *
822 AAAATTTATAAAGATAGAATAACTAAATTTTAAATCTTAATGTAAAAGTATGAAAGTTAATGTAA
256 AAAACTTATAAAGATGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAAAGTATGAAAGTTAATGTAA
887 TAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATTTAATTTTAGTAGAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTCT-
321 TAAGTCAATTAAGT-AAAAAAATTTAATTTTA-TA-AAAA-AAATATTTAAATTTATATTCT-TA
** * *
951 GACTAAAAGTGTTTAATGATATATAAGTTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAAGATAAAAATA
381 GACTAAAAGTGTTTAACAATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAAGATAAAAATA
* * ** *
1016 ATTATAATTCAAAATTGACT-CAGATAAGTCTTGATGTAAAACTGTAACAACG
446 ATTATAATTCAAAACTGA-TACAGAAAAACCTTGATATAAAACTGTAACAACG
* * * * * *
1068 GACATAAAACCTTGTAAAGGTGAAATAACTAAATTTGAAATCTTAACGTAAATATTTGAGAGTTA
1 AACATAAAAACTTATAAAAGTGAAATAACTAAATTT-AAATCTTAACGTAAATGTATGAGAGTTA
* * ** * *
1133 ACATTACAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTCAGTGAAAACTTAATATTTAAATTTATAT
65 ACATAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTTA-AAAAAAATAAATATTTAAATTTATAT
* * * **
1198 TCTCCAGCT-AAAGTATTTAACGATATACAAATTTTGATTTTTAAATAAAAAATAATAATAATAA
129 TCT-CAGCTAAAAATATTTAACGATAAACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAAATAATAAGGATAA
* * *
1262 AAATAATTATAATTCAAAATTGACATAGATAAGTCTTAATATAAAACTATAATAATTAACGTAAA
193 AAATAATTATAATTCAAAATTGACATAGATAAGCCTTGATATAAAACTATAACAATTAACGTAAA
* * * *
1327 AACTTATAAAGA-GGTAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAATGTGTGAGAGTTAACGTAAT
258 AACTTATAAAGATGG-AATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAAAGTATGAAAGTTAATGTAAT
1391 AAGT
322 AAGT
1395 T
Statistics
Matches: 705, Mismatches: 102, Indels: 42
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
497 67 0.10
498 21 0.03
499 7 0.01
500 181 0.26
501 21 0.03
502 8 0.01
503 167 0.24
504 228 0.32
505 5 0.01
ACGTcount: A:0.50, C:0.07, G:0.09, T:0.34
Consensus pattern (497 bp):
AACATAAAAACTTATAAAAGTGAAATAACTAAATTTAAATCTTAACGTAAATGTATGAGAGTTAA
CATAACAAGTCAATTAAGTAAAAAAAATCTAATTTTAAAAAAAATAAATATTTAAATTTATATTC
TCAGCTAAAAATATTTAACGATAAACAAATTTTAATTTTTAAATAAAAAATAATAAGGATAAAAA
TAATTATAATTCAAAATTGACATAGATAAGCCTTGATATAAAACTATAACAATTAACGTAAAAAC
TTATAAAGATGGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAAAGTATGAAAGTTAATGTAATAAGT
CAATTAAGTAAAAAAATTTAATTTTATAAAAAAAATATTTAAATTTATATTCTTAGACTAAAAGT
GTTTAACAATATACAAATTTTAATTTTTAAATAAAGAATAATAAAGATAAAAATAATTATAATTC
AAAACTGATACAGAAAAACCTTGATATAAAACTGTAACAACG
Found at i:1265 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1245--1274 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
1235 TTTTTAAATA
1245 AAAAATAATAATAAT
1 AAAAATAATAATAAT
*
1260 AAAAATAATTATAAT
1 AAAAATAATAATAAT
1275 TCAAAATTGA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.70, C:0.00, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (15 bp):
AAAAATAATAATAAT
Done.